1. The coffee genome provides insight into the convergent evolution of caffeine biosynthesis
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Giorgio Graziosi, Maria Bernard, Michel Rigoreau, Adriana Muñoz, Olivier Garsmeur, Alan Carvalho Andrade, Qiong Zhang, Priyono, Xavier Argout, Lorenzo Carretero-Paulet, Thomas Gayraud, Giovanni Giuliano, Alexandre de Kochko, Steve Rounsley, Alberto Pallavicini, Benoît Bertrand, David Sankoff, Claudine Campa, Dominique Crouzillat, Patrick Wincker, Loretta Daddiego, François Anthony, Marie Christine Combes, Romain Guyot, Valentin Guignon, Katharina Jahn, Loredana Lopez, Pascal Bento, Stéphane Dussert, Christine Tranchant-Dubreuil, Maud Lepelley, Tianying Lan, Ray Ming, Thierry Joët, Gaëtan Droc, G. Aprea, Corinne Da Silva, Julio Rozas, David Pot, Véronique Jamilloux, Thierry Leroy, Benjamin Noel, Valérie Poncet, Pablo Librado, Adriana Alberti, Victor A. Albert, Jean-Marc Aury, Gaetano Perrotta, Philippe Lashermes, Robert VanBuren, Chunfang Zheng, Robert J Henry, Leiting Li, Julie Leclercq, Chifumi Nagai, Marco Pietrella, Karine Labadie, Jayarama, Stéphanie Bocs, Alberto Cenci, Fabien De Bellis, Mathieu Rouard, Alexis Dereeper, Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), Institut de Génomique d'Evry (IG), Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), University at Buffalo [SUNY] (SUNY Buffalo), State University of New York (SUNY), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Résistance des plantes aux bio-agresseurs (UMR RPB), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Agenzia Nazionale per le nuove Tecnologie, l’energia e lo sviluppo economico sostenibile = Italian National Agency for New Technologies, Energy and Sustainable Economic Development (ENEA), Department of Mathematics and Statistics [Ottawa], University of Ottawa [Ottawa], Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Bioversity, Parc Scientifique Agropolis II, Nestlé France, Center for Biotechnology (CeBiTec), Universität Bielefeld = Bielefeld University, Unité de Recherche Génomique Info (URGI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Chongqing University of Science & Technology, University of Illinois at Urbana-Champaign [Urbana], University of Illinois System, Institut de Recerca de la Biodiversitat - Biodiversity Research Institute [Barcelona, Spain] (IRBio UB), Universitat de Barcelona (UB), Department of Mathematics [College Park], University of Maryland [College Park], University of Maryland System-University of Maryland System, Università degli studi di Trieste = University of Trieste, Indonesian Coffee and Cocoa Research Institute, Partenaires INRAE, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia [Brasília], Queensland Alliance for Agriculture and Food Innovation (QAAFI), University of Queensland [Brisbane], Hawaii Agriculture Research Center, University of Arizona, Australian Research Council, Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada, CNR-ENEA Agrifood Project A2 C44 L191, FINEP-Qualicafe, NSF 0922742 0922545, College of Arts and Sciences, University at Buffalo, SouthGreen Bioinformatics platform (UMR AGAP), CIRAD, INCT-CAFE, ANR-08-GENM-022-001, ANR-09-GENM-014-002, ANR-08-GENM-0022,GénomeCafé,Analyses de séquences d'extrémités de clones BAC comme étape préliminaire au séquençage du génome des caféiers(2008), ANR-09-GENM-0014,COFFEASEQ,Séquençage du génome du caféier (Coffea canephora)(2009), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Italian National Agency for New Technologies, Energy and Sustainable Economic Development (ENEA), Department of Mathematics, University of Maryland, University of Trieste, Giuliano, G., Perrotta, G., Lopez, Daddiego, L., Aprea, G., Pietrella, M., Denoeud, France, Carretero Paulet, Lorenzo, Dereeper, Alexi, Droc, Gaëtan, Guyot, Romain, Pietrella, Marco, Zheng, Chunfang, Alberti, Adriana, Anthony, Françoi, Aprea, Giuseppe, Aury, Jean Marc, Bento, Pascal, Bernard, Maria, Bocs, Stéphanie, Campa, Claudine, Cenci, Alberto, Combes, Marie Christine, Crouzillat, Dominique, Da Silva, Corinne, Daddiego, Loretta, De Bellis, Fabien, Dussert, Stéphane, Garsmeur, Olivier, Gayraud, Thoma, Guignon, Valentin, Jahn, Katharina, Jamilloux, Véronique, Joët, Thierry, Labadie, Karine, Lan, Tianying, Leclercq, Julie, Lepelley, Maud, Leroy, Thierry, Li, Lei Ting, Librado, Pablo, Lopez, Loredana, Muñoz, Adriana, Noel, Benjamin, Pallavicini, Alberto, Perrotta, Gaetano, Poncet, Valérie, Pot, David, Priyono, P., Rigoreau, Michel, Rouard, Mathieu, Rozas, Julio, Tranchant Dubreuil, Christine, Vanburen, Robert, Zhang, Qiong, Andrade, Alan C., Argout, Xavier, Bertrand, Benoît, De Kochko, Alexandre, Graziosi, Giorgio, Henry, Robert J., Jayarama, J., Ming, Ray, Nagai, Chifumi, Rounsley, Steve, Sankoff, David, Giuliano, Giovanni, Albert, Victor A., Wincker, Patrick, and Lashermes, Philippe
- Subjects
Phylogénie ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,Coffea ,Évolution ,biosynthèse ,Genome ,Camellia sinensis ,F30 - Génétique et amélioration des plantes ,chemistry.chemical_compound ,Solanum lycopersicum ,genetics ,Methyltransferase ,Phylogeny ,Plant Proteins ,caffeine ,2. Zero hunger ,Genetics ,Multidisciplinary ,Medicine (all) ,Plant Protein ,food and beverages ,F70 - Taxonomie végétale et phytogéographie ,Caféine ,Caffeine ,Genome, Plant ,coffea ,Canephora ,F60 - Physiologie et biochimie végétale ,Biology ,Transférase ,Coffea canephora ,Evolution, Molecular ,Phylogenetics ,evolution ,Methyltransferases ,Gene family ,[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology ,Theobroma cacao ,Gene ,genome ,Génome ,Molecular ,Plant ,biology.organism_classification ,chemistry ,Angiosperme - Abstract
Coffee, tea, and chocolate converge Caffeine has evolved multiple times among plant species, but no one knows whether these events involved similar genes. Denoeud et al. sequenced the Coffea canephora (coffee) genome and identified a conserved gene order (see the Perspective by Zamir). Although this species underwent fewer genome duplications than related species, the relevant caffeine genes experienced tandem duplications that expanded their numbers within this species. Scientists have seen similar but independent expansions in distantly related species of tea and cacao, suggesting that caffeine might have played an adaptive role in coffee evolution. Science , this issue p. 1181 ; see also p. 1124
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- 2014
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