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The coffee genome provides insight into the convergent evolution of caffeine biosynthesis

Authors :
Giorgio Graziosi
Maria Bernard
Michel Rigoreau
Adriana Muñoz
Olivier Garsmeur
Alan Carvalho Andrade
Qiong Zhang
Priyono
Xavier Argout
Lorenzo Carretero-Paulet
Thomas Gayraud
Giovanni Giuliano
Alexandre de Kochko
Steve Rounsley
Alberto Pallavicini
Benoît Bertrand
David Sankoff
Claudine Campa
Dominique Crouzillat
Patrick Wincker
Loretta Daddiego
François Anthony
Marie Christine Combes
Romain Guyot
Valentin Guignon
Katharina Jahn
Loredana Lopez
Pascal Bento
Stéphane Dussert
Christine Tranchant-Dubreuil
Maud Lepelley
Tianying Lan
Ray Ming
Thierry Joët
Gaëtan Droc
G. Aprea
Corinne Da Silva
Julio Rozas
David Pot
Véronique Jamilloux
Thierry Leroy
Benjamin Noel
Valérie Poncet
Pablo Librado
Adriana Alberti
Victor A. Albert
Jean-Marc Aury
Gaetano Perrotta
Philippe Lashermes
Robert VanBuren
Chunfang Zheng
Robert J Henry
Leiting Li
Julie Leclercq
Chifumi Nagai
Marco Pietrella
Karine Labadie
Jayarama
Stéphanie Bocs
Alberto Cenci
Fabien De Bellis
Mathieu Rouard
Alexis Dereeper
Génomique métabolique (UMR 8030)
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE)
Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)
Institut de Génomique d'Evry (IG)
Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB)
Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
University at Buffalo [SUNY] (SUNY Buffalo)
State University of New York (SUNY)
Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
Résistance des plantes aux bio-agresseurs (UMR RPB)
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)
Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP)
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE)
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])
Agenzia Nazionale per le nuove Tecnologie, l’energia e lo sviluppo economico sostenibile = Italian National Agency for New Technologies, Energy and Sustainable Economic Development (ENEA)
Department of Mathematics and Statistics [Ottawa]
University of Ottawa [Ottawa]
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Bioversity, Parc Scientifique Agropolis II
Nestlé France
Center for Biotechnology (CeBiTec)
Universität Bielefeld = Bielefeld University
Unité de Recherche Génomique Info (URGI)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Chongqing University of Science & Technology
University of Illinois at Urbana-Champaign [Urbana]
University of Illinois System
Institut de Recerca de la Biodiversitat - Biodiversity Research Institute [Barcelona, Spain] (IRBio UB)
Universitat de Barcelona (UB)
Department of Mathematics [College Park]
University of Maryland [College Park]
University of Maryland System-University of Maryland System
Università degli studi di Trieste = University of Trieste
Indonesian Coffee and Cocoa Research Institute
Partenaires INRAE
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia [Brasília]
Queensland Alliance for Agriculture and Food Innovation (QAAFI)
University of Queensland [Brisbane]
Hawaii Agriculture Research Center
University of Arizona
Australian Research Council
Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada
CNR-ENEA Agrifood Project A2 C44 L191
FINEP-Qualicafe
NSF 0922742 0922545
College of Arts and Sciences, University at Buffalo
SouthGreen Bioinformatics platform (UMR AGAP)
CIRAD
INCT-CAFE
ANR-08-GENM-022-001
ANR-09-GENM-014-002
ANR-08-GENM-0022,GénomeCafé,Analyses de séquences d'extrémités de clones BAC comme étape préliminaire au séquençage du génome des caféiers(2008)
ANR-09-GENM-0014,COFFEASEQ,Séquençage du génome du caféier (Coffea canephora)(2009)
Institut de Biologie François JACOB (JACOB)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay
Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)
Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)
Italian National Agency for New Technologies, Energy and Sustainable Economic Development (ENEA)
Department of Mathematics, University of Maryland
University of Trieste
Giuliano, G.
Perrotta, G.
Lopez
Daddiego, L.
Aprea, G.
Pietrella, M.
Denoeud, France
Carretero Paulet, Lorenzo
Dereeper, Alexi
Droc, Gaëtan
Guyot, Romain
Pietrella, Marco
Zheng, Chunfang
Alberti, Adriana
Anthony, Françoi
Aprea, Giuseppe
Aury, Jean Marc
Bento, Pascal
Bernard, Maria
Bocs, Stéphanie
Campa, Claudine
Cenci, Alberto
Combes, Marie Christine
Crouzillat, Dominique
Da Silva, Corinne
Daddiego, Loretta
De Bellis, Fabien
Dussert, Stéphane
Garsmeur, Olivier
Gayraud, Thoma
Guignon, Valentin
Jahn, Katharina
Jamilloux, Véronique
Joët, Thierry
Labadie, Karine
Lan, Tianying
Leclercq, Julie
Lepelley, Maud
Leroy, Thierry
Li, Lei Ting
Librado, Pablo
Lopez, Loredana
Muñoz, Adriana
Noel, Benjamin
Pallavicini, Alberto
Perrotta, Gaetano
Poncet, Valérie
Pot, David
Priyono, P.
Rigoreau, Michel
Rouard, Mathieu
Rozas, Julio
Tranchant Dubreuil, Christine
Vanburen, Robert
Zhang, Qiong
Andrade, Alan C.
Argout, Xavier
Bertrand, Benoît
De Kochko, Alexandre
Graziosi, Giorgio
Henry, Robert J.
Jayarama, J.
Ming, Ray
Nagai, Chifumi
Rounsley, Steve
Sankoff, David
Giuliano, Giovanni
Albert, Victor A.
Wincker, Patrick
Lashermes, Philippe
Source :
Science, Science, inPress, 345 (6201), pp.1181-1184. ⟨10.1126/science.1255274⟩, Science, American Association for the Advancement of Science, In press, 345 (6201), pp.1181-1184. ⟨10.1126/science.1255274⟩, Science, In press, 345 (6201), pp.1181-1184. ⟨10.1126/science.1255274⟩
Publication Year :
2014
Publisher :
HAL CCSD, 2014.

Abstract

Coffee, tea, and chocolate converge Caffeine has evolved multiple times among plant species, but no one knows whether these events involved similar genes. Denoeud et al. sequenced the Coffea canephora (coffee) genome and identified a conserved gene order (see the Perspective by Zamir). Although this species underwent fewer genome duplications than related species, the relevant caffeine genes experienced tandem duplications that expanded their numbers within this species. Scientists have seen similar but independent expansions in distantly related species of tea and cacao, suggesting that caffeine might have played an adaptive role in coffee evolution. Science , this issue p. 1181 ; see also p. 1124

Details

Language :
English
ISSN :
00368075 and 10959203
Database :
OpenAIRE
Journal :
Science, Science, inPress, 345 (6201), pp.1181-1184. ⟨10.1126/science.1255274⟩, Science, American Association for the Advancement of Science, In press, 345 (6201), pp.1181-1184. ⟨10.1126/science.1255274⟩, Science, In press, 345 (6201), pp.1181-1184. ⟨10.1126/science.1255274⟩
Accession number :
edsair.doi.dedup.....60b744b41630479a00cab8e37b933a7d
Full Text :
https://doi.org/10.1126/science.1255274⟩