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6 results on '"AGAETIS"'

1. Predictive Modeling of Tacrolimus Dose Requirement Based on High-Throughput Genetic Screening

Author

Pierre Laurent-Puig, L. Toullec, Isabelle Etienne, Gabriel Choukroun, Cécile Vigneau, B. Hurault de Ligny, Mathias Büchler, Anne-Elisabeth Heng, Jean-François Subra, Antoine Thierry, E. Thervet, Anastasia Yartseva, Bruno Moulin, Cécilia Damon, C. Legendre, Dany Anglicheau, A. Monnot, Marie-Anne Loriot, Nicolas Pallet, P Beaune, Mathilde Bateson, Margaux Luck, Génétique, Reproduction et Développement (GReD ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de néphrologie et immunologie clinique [CHRU Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau-Université de Tours (UT), Service de Néphrologie-Dialyse-Transplantation rénale [CHU Caen], Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Mécanismes physiologiques et conséquences des calcifications cardiovasculaires: rôle des remodelages cardiovasculaires et osseux, Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Mécanismes physiopathologiques et conséquences des calcifications vasculaires - UR UPJV 7517 (MP3CV), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), CHU Pontchaillou [Rennes], Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de Néphrologie - Hémodialyses [CHU Clermont-Ferrand], Pôle RHEUNNIRS [CHU Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand-CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Service de Néphrologie [Angers], Université d'Angers (UA)-Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), aucun, AGAETIS, Service de Transplantation Rénale, affiliation inconnue, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Service de néphrologie et immunologie clinique, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours, Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université d'Angers (UA), Domaines Océaniques (LDO), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Observatoire des Sciences de l'Univers-Institut d'écologie et environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique, Reproduction et Développement - Clermont Auvergne (GReD ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de Néphrologie, Hôpital Gabriel Montpied, CHU de Clermont-Ferrand, Clermont-Ferrand, France, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut d'écologie et environnement-Observatoire des Sciences de l'Univers-Université de Brest (UBO)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), and Université de Tours-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)

Subjects
Genetic Markers, Graft Rejection, 0301 basic medicine, Genotype, translational research/science, immunosuppression/immune modulation, Biology, clinical research/practice, Bioinformatics, Polymorphism, Single Nucleotide, 030226 pharmacology & pharmacy, Tacrolimus, ABCC8, Cohort Studies, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, genomics, Humans, Immunology and Allergy, genetics, Pharmacology (medical), Genetic Testing, Gene, Transplantation, Models, Statistical, Transporter, Kidney Transplantation, Transplant Recipients, High-Throughput Screening Assays, 3. Good health, immunosuppressive regimens, Molecular network, 030104 developmental biology, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, biology.protein, Tacrolimus Dose, pharmacology, Immunosuppressive Agents, Drug metabolism
Abstract

International audience; Any biochemical reaction underlying drug metabolism depends on individual gene-drug interactions and on groups of genes interacting together. Based on a high-throughput genetic approach, we sought to identify a set of covariant single-nucleotide polymorphisms predictive of interindividual tacrolimus (Tac) dose requirement variability. Tac blood concentrations (Tac C0 ) of 229 kidney transplant recipients were repeatedly monitored after transplantation over 3 mo. Given the high dimension of the genomic data in comparison to the low number of observations and the high multicolinearity among the variables (gene variants), we developed an original predictive approach that integrates an ensemble variable-selection strategy to reinforce the stability of the variable-selection process and multivariate modeling. Our predictive models explained up to 70% of total variability in Tac C0 per dose with a maximum of 44 gene variants (p-value

Published
2017
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2. Performance optimization of grid aggregation in spatial data warehouses

Author

Mehdi Zaamoune, Philippe Beaune, François Pinet, Sandro Bimonte, Myoung-Ah Kang, Institut Supérieur d'Informatique, de Modélisation et de leurs Applications (ISIMA), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'Optimisation des Systèmes (LIMOS), Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne (ENSM ST-ETIENNE)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Technologies et systèmes d'information pour les agrosystèmes (UR TSCF), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGAETIS CLERMONT FERRAND FRA, Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), and Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
SQL, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Computer science, Relational database, 0211 other engineering and technologies, 02 engineering and technology, REQUETE SQL, computer.software_genre, 01 natural sciences, [INFO]Computer Science [cs], Computer Science::Databases, 021101 geological & geomatics engineering, 0105 earth and related environmental sciences, computer.programming_language, [INFO.INFO-DB]Computer Science [cs]/Databases [cs.DB], Aggregate (data warehouse), InformationSystems_DATABASEMANAGEMENT, computer.file_format, Grid, Data structure, Data warehouse, Computer Science Applications, Spatial query, [SDE]Environmental Sciences, General Earth and Planetary Sciences, Data mining, Raster graphics, computer, Software
Abstract

[Departement_IRSTEA]Ecotechnologies [TR1_IRSTEA]MOTIVE; International audience; The problem of storage and querying of large volumes of spatial grids is an issue to solve. In this paper, we propose a method to optimize queries to aggregate raster grids stored in databases. In our approach, we propose to estimate the exact result rather than calculate the exact result. This approach reduces query execution time. One advantage of our method is that it does not require implementing or modifying functionalities of database management systems. Our approach is based on a new data structure and a specific model of SQL queries. Our work is applied here to relational data warehouses.

Published
2014
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3. A double amino-acid change in the HLA-A peptide-binding groove is associated with response to psychotropic treatment in patients with schizophrenia

Author

Le Clerc, S., Taing, L, Fond, G., Meary, A, Llorca, L, Blanc, O, Beaune, P., Rajagopal, K, Jamain, S., Tamouza, R., Zagury, J-F, Leboyer, L, Hydrologie-Hydraulique (UR HHLY), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Fondation FondaMental [Créteil], Neuro-Psycho Pharmacologie des Systèmes Dopimanégiques sous-corticaux (NPsy-Sydo), CHU Clermont-Ferrand-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), aucun, AGAETIS, Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Faculté de médecine (UPEC Médecine), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire Jean Dausset, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Neuro-Psycho Pharmacologie des Systèmes Dopimanégiques sous-corticaux - Clermont Auvergne (NPsy-Sydo), CHU Clermont-Ferrand-Université Clermont Auvergne (UCA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)

Subjects
Adult, Male, HLA-A Antigens, [SDV.NEU.PC]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Psychology and behavior, [SCCO.NEUR]Cognitive science/Neuroscience, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, [SDV.NEU.SC]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Cognitive Sciences, Risperidone, Polymorphism, Single Nucleotide, Linkage Disequilibrium, Benzodiazepines, Treatment Outcome, Olanzapine, Schizophrenia, Humans, Original Article, Female, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Antipsychotic Agents, Oligonucleotide Array Sequence Analysis
Abstract

The choice of an efficient psychotropic treatment for patients with schizophrenia is a key issue to improve prognosis and quality of life and to decrease the related burden and costs. As for other complex disorders, response to drugs in schizophrenia is highly heterogeneous and the underlying molecular mechanisms of this diversity are still poorly understood. In a carefully followed-up cohort of schizophrenic patients prospectively treated with risperidone or olanzapine, we used a specially designed single-nucleotide polymorphism (SNP) array to perform a large-scale genomic analysis and identify genetic variants associated with response to psychotropic drugs. We found significant associations between response to treatment defined by the reduction in psychotic symptomatology 42 days after the beginning of treatment and SNPs located in the chromosome 6, which houses the human leukocyte antigen (HLA). After imputation of the conventional HLA class I and class II alleles, as well as the amino-acid variants, we observed a striking association between a better response to treatment and a double amino-acid variant at positions 62 and 66 of the peptide-binding groove of the HLA-A molecule. These results support the current notion that schizophrenia may have immune-inflammatory underpinnings and may contribute to pave the way for personalized treatments in schizophrenia.

Published
2015
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4. Integration of incomplete continuous fields data in OLAP: From conceptual modeling to implementation

Author

Zaamoune, M., Bimonte, S., Pinet, François, Beaune, P., Irstea Publications, Migration, Technologies et systèmes d'information pour les agrosystèmes (UR TSCF), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), AGAETIS CLERMONT FERRAND FRA, Partenaires IRSTEA, and Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, SOLAP, MODELISATION CONCEPTUELLE, [SDE]Environmental Sciences, CHAMPS CONTINUS INCOMPLETS, MULTI RESOLUTION
Abstract

National audience; Les champs continus sont des types de représentations utilisés pour modéliser des phénomènes tels que la température, la pollution ou l’élévation. Différents travaux se sont intéressés à l’intégration de ce type de représentations dans un système SOLAP. Ainsi, dans ce papier, nous proposons une modélisation ainsi qu’une implémentation des dimensions spatiales représentant des champs continus incomplets sous forme de grilles régulières à des résolutions différentes, afin de les intégrer dans un système SOLAP.

Published
2013

5. Report on New SOLAP Technologies

Author

Pinet, François, Bimonte, S., Technologies et systèmes d'information pour les agrosystèmes (UR TSCF), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Privé (partenariat avec la sphère socio-économique), irstea, Agaetis, and Irstea Publications, Migration

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, SOLAP, SERVEUR, [SDE]Environmental Sciences, ANALYSE MULTIDIMENSIONNELLE
Abstract

L’objectif de cette étude réalisée pour la société Agaetis est de faire un point sur les récentes technologies SOLAP. Il s’agissait après avoir résumé les principes du SOLAP, de faire le tour des principaux outils proposés actuellement : repérer les prototypes de recherche et surtout tester les solutions opérationnelles. Nous avons aussi donné les tendances du domaine que l’on voit apparaître dans les derniers sujets de recherche, tout en donnant notre analyse sur les limites actuelles de la technologie SOLAP. Nous présenterons sous la forme de reviews, le résultat de nos tests de 11 solutions SOLAP (ou presque SOLAP).

Published
2012

6. Identification, partial purification and characterization of high-molecular-weight gelatin-degrading metalloproteinases produced by a rat mammary carcinoma cell line

Author

Kihal-Talantikite, Wahida, Deguen, Séverine, Padilla, Cindy, Siebert, Muriel, Couchoud, Cécile, Bayat, Sahar, Pallet, N., Jannot, A.-S., El Bahri, M., Etienne, I., Büchler, M., de Ligny, B., Choukroun, G., Colosio, C., Thierry, A., Vigneau, Cécile, Moulin, B., Le Meur, Y., Heng, A.-E., Subra, J.-F., Legendre, C., Beaune, P., Alberti, C., Loriot, M., Thervet, E., Nethery, Andrew, O'Grady, Robert, École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de néphrologie, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Agence de la biomédecine [Saint-Denis la Plaine], Université Grenoble Alpes - UFR Médecine (UGA UFRM), Université Grenoble Alpes (UGA), Service de néphrologie et immunologie clinique, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours, Mécanismes physiologiques et conséquences des calcifications cardiovasculaires: rôle des remodelages cardiovasculaires et osseux, Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, CHU Pontchaillou [Rennes], CHRU Brest - Service de Nephrologie (CHU - BREST - Nephrologie), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Service de Néphrologie, Hôpital Gabriel Montpied, CHU de Clermont-Ferrand, Clermont-Ferrand, France, Service de Néphrologie [Angers], Université d'Angers (UA)-Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Domaines Océaniques (LDO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut d'écologie et environnement-Observatoire des Sciences de l'Univers-Université de Brest (UBO)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), aucun, AGAETIS, Unité d'Epidémiologie Clinique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Robert Debré, Service de Transplantation Rénale, affiliation inconnue, Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université d'Angers (UA), Service de néphrologie [Rennes], Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Service de Néphrologie - Hémodialyses [CHU Clermont-Ferrand], Pôle RHEUNNIRS [CHU Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand-CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Observatoire des Sciences de l'Univers-Institut d'écologie et environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré, Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Service de néphrologie et immunologie clinique [CHRU Tours], and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau-Université de Tours (UT)

Subjects
immunosuppressant, Ultrafiltration, Matrix metalloproteinase, Biochemistry, fine geographic scale, Substrate Specificity, Clinical research, chemistry.chemical_compound, Casein, neighbourhood deprivation, genetics, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, immunosuppression, 030302 biochemistry & molecular biology, Metalloendopeptidases, practice, Microbial Collagenase, Gelatinases, Electrophoresis, Polyacrylamide Gel, Female, pharmacokinetics, spatial analysis, Biophysics, nephrology, kidney transplantation, Biology, Cell Line, calcineurin inhibitor: tacrolimus, 03 medical and health sciences, Extracellular, pharmacodynamics, Animals, Protease Inhibitors, Molecular Biology, 030304 developmental biology, immune modulation, Mammary Neoplasms, Experimental, Molecular biology, Pepsin A, Rats, ESRD incidence, Molecular Weight, Fibronectin, Kinetics, Enzyme, chemistry, Cell culture, Transferrin, biology.protein, PMSF, pharmacology, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract

International audience; BC1 rat mammary carcinoma cells were found to secrete a unique profile of metalloproteinases, distinguished by two gelatin-degrading metalloproteinases of Mr greater than 220.10(3) and Mr much greater than 220.10(3). These enzymes were each partially purified by gel-filtration chromatography, and inhibitor studies showed them to be metalloproteinases. Under conditions where denatured collagen types I, II, and V were completely degraded, native collagen types I, II, IV and V, fibronectin, fibrinogen, C1q, casein, and denatured transferrin were not degraded significantly by these enzymes. The relationship of these enzymes to other extracellular matrix-degrading metalloproteinases and their possible significance in tumour invasion and metastasis is discussed.

Published
1989
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