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245 results on '"École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé"'

1. Écologie de la maladie de Lyme

Author: Jean-François Cosson, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: Integrated Pest Managment, [SDV]Life Sciences [q-bio], Ecology (disciplines), 030231 tropical medicine, Tick, Zoonosis, 03 medical and health sciences, Health services, 0302 clinical medicine, Lyme disease, medicine, One Health, Forest, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, Ecology, Borrelia, Public Health, Environmental and Occupational Health, Forestry, biology.organism_classification, medicine.disease, 3. Good health, Geography, 13. Climate action, Identification (biology), Element (criminal law)
Abstract: L'ancien DOI trouvé dans ce dépôt https://doi.org/10.4267/2042/69996; Diseases spread by ticks are complex and typically come under the One Health approach because the impli-cations for human, animal and environmental health are so intricately interconnected. In Europe and North America, these diseases, particularly the emblematic case of Lyme disease, are constantly on the rise. They are associated with a very strong emotional element in Western societies, where citizens are preoccupied by this upsurge and call on governments and health services to act. There is no vaccine against Lyme disease. This is the backdrop against which scientists are looking for alternative solutions based on the identification of ecological factors that are liable to better control tick populations and the movements of pathogens within ecosystems. This article describes the main knowledge already acquired about the ecology of Lyme disease and then provides a list of a number of instruments that can be leveraged to limit the risks and improve control.; Les maladies transmises par les tiques sont complexes et relèvent typiquement d’une approche One Health, tant la santé humaine, animale et environnementale y sont intriquées. En Europe et en Amérique du Nord, ces maladies, et notamment l’emblématique maladie de Lyme, sont en constante augmentation. Ces maladies convoient une très forte charge émotionnelle dans les sociétés occidentales, en Amérique du Nord comme en Europe, où les citoyens s’inquiètent de cette recrudescence et interpellent les gouvernements et les services de santé. Il n’existe pas de vaccin contre la maladie de Lyme. Dans ce contexte, les scientifiques cherchent des solutions alternatives basées sur l’identification de facteurs écologiques susceptibles d’aider à mieux contrôler les populations de tiques et la circulation des agents pathogènes dans les écosystèmes. Dans cet article nous décrivons les principales connaissances sur l’écologie de la maladie de Lyme, puis nous listons quelques leviers d’action pour limiter le risque et en améliorer le contrôle.
Published: 2019

2. Cryptosporidium parvum-Infected Neonatal Mice Show Gut Microbiota Remodelling Using High-Throughput Sequencing Analysis: Preliminary Results

Author: Karim Tarik Adjou, Myriam Thomas, Isabelle Vallée, Mohamed Mammeri, Bruno Polack, Eric Auclair, Christine Julien, Aurélie Chevillot, Thomas Pollet, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Phileo Lesaffre Animal Care, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: medicine.medical_specialty, Firmicutes, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030231 tropical medicine, Cryptosporidiosis, Gut microbiota, Gut flora, digestive system, 030308 mycology & parasitology, Microbiology, Actinobacteria, Feces, Mice, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Medical microbiology, RNA, Ribosomal, 16S, CD-1 neonatal mouse model, 16S rDNA, medicine, Animals, Intestinal Diseases, Parasitic, Gene, Cryptosporidium parvum, 0303 health sciences, Bacteria, biology, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Sequence Analysis, DNA, biology.organism_classification, Gastrointestinal Microbiome, 3. Good health, Hypervariable region, Animals, Newborn, Parasitology, High-throughput sequencing occurrence
Abstract: International audience; Background During the last decade, the scientific community has begun to investigate the composition and role of gut microbiota in normal health and disease. These studies have provided crucial information on the relationship between gut microflora composition and intestinal parasitic infection, and have demonstrated that many enteric pathogen infections are associated with altered gut microflora composition. In this study, we investigated the effects of Cryptosporidium parvum infection (zoonotic protozoan affecting a large range of vertebrates) on both qualitative and quantitative composition of gut microbiota in a CD-1 neonatal mouse model. Methods 5-day-old neonate mice were experimentally infected with 105Cryptosporidium parvum Iowa oocysts by oesophageal gavage. The intestinal microbiota of both infected (Cp+) and uninfected (Cp−) mice groups was examined by high-throughput sequencing of the bacterial 16S rDNA gene V3–V4 hypervariable region. Results The most consistent change in the microbiota composition of Cp+ mice was the increased proportion of bacterial communities belonging to the Phylum Bacteroidetes. In contrast, the microbiota of Cp− mice was associated with increased proportions of several Firmicutes and Actinobacteria phyla members. Conclusion For the first time, our study provides evidence of an association between cryptosporidial infection and gut dysbiosis, thus contributing valuable knowledge to the as-yet little-explored field of Cryptosporidium–microbiota interactions in a neonatal mouse model.
Published: 2019

3. Shear Stress as a Major Driver of Marine Biofilm Communities in the NW Mediterranean Sea

Author: Catão, Elisa C. P., Pollet, Thomas, Misson, Benjamin, Garnier, Cédric, Ghiglione, Jean-Francois, Barry-Martinet, Raphaëlle, Maintenay, Marine, Bressy, Christine, Briand, Jean-François, Laboratoire Matériaux Polymères Interfaces Environnement Marin - EA 4323 (MAPIEM), Université de Toulon (UTLN), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Laboratoire d'Océanographie Microbienne (LOMIC), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB)
Subjects: Microbiology (medical), Sphingomonadaceae, marine microbiome, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, multi-species biofilm, artificial surface, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Microbiology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Original Research, hydrodynamic
Abstract: International audience; While marine biofilms depend on environmental conditions and substrate, little is known about the influence of hydrodynamic forces. We tested different immersion modes (dynamic, cyclic and static) in Toulon Bay (north-western Mediterranean Sea; NWMS). The static mode was also compared between Toulon and Banyuls Bays. In addition, different artificial surfaces designed to hamper cell attachment (self-polishing coating: SPC; and fouling-release coating: FRC) were compared to inert plastic. Prokaryotic community composition was affected by immersion mode, surface characteristics and site. Rhodobacteriaceae and Flavobacteriaceae dominated the biofilm community structure, with distinct genera according to surface type or immersion mode. Cell density increased with time, greatly limited by hydrodynamic forces, and supposed to delay biofilm maturation. After 1 year, a significant impact of shear stress on the taxonomic structure of the prokaryotic community developed on each surface type was observed. When surfaces contained no biocides, roughness and wettability shaped prokaryotic community structure, which was not enhanced by shear stress. Conversely, the biocidal effect of SPC surfaces, already major in static immersion mode, was amplified by the 15 knots speed. The biofilm community on SPC was 60% dissimilar to the biofilm on the other surfaces and was distinctly colonized by Sphingomonadaceae ((Alter)Erythrobacter). At Banyuls, prokaryotic community structures were more similar between the four surfaces tested than at Toulon, due possibly to a masking effect of environmental constraints, especially hydrodynamic, which was greater than in Toulon. Finally, predicted functions such as cell adhesion confirmed some of the hypotheses drawn regarding biofilm formation over the artificial surfaces tested here.
Published: 2019

4. Epidemiological surveillance of schistosomiasis outbreak in Corsica (France): Are animal reservoir hosts implicated in local transmission?

Author: Ricardo Pérez-Sánchez, Olivier Rey, Jérôme Boissier, Bruno Polack, Sébastien Grech-Angelini, Yann Quilichini, Anne Rognon, Ana Oleaga, Stephen Mulero, Aimé Brunet, Isabelle Vallée, Pascal Boireau, Julien Kincaid-Smith, Jean-François Allienne, Oleaga, Ana, Pérez Sánchez, Ricardo, Parasitology Laboratory, Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología de Salamanca (IRNASA, CSIC), Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements (IHPE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Groupement Technique Vétérinaire de Corse, Sciences pour l'environnement (SPE), Université Pascal Paoli (UPP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pascal Paoli (UPP), Oleaga, Ana [0000-0002-8019-7354], Pérez Sánchez, Ricardo [0000-0001-8875-439X], Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: 0301 basic medicine, Male, RC955-962, Disease Outbreaks, Mice, 0302 clinical medicine, Arctic medicine. Tropical medicine, Medicine and Health Sciences, Prevalence, Schistosomiasis, 2. Zero hunger, Schistosoma haematobium, Mammals, biology, Transmission (medicine), Goats, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], Eukaryota, Agriculture, Ruminants, Animal Models, 3. Good health, Infectious Diseases, Experimental Organism Systems, Parasitic disease, Human parasite, Vertebrates, Schistosoma, Livestock, Female, France, Public aspects of medicine, RA1-1270, Research Article, 030231 tropical medicine, Zoology, Rodentia, Research and Analysis Methods, Rodents, 03 medical and health sciences, Model Organisms, Helminths, medicine, Parasitic Diseases, Disease Transmission, Infectious, Animals, Humans, Disease Reservoirs, Sheep, business.industry, Public Health, Environmental and Occupational Health, Organisms, Outbreak, Biology and Life Sciences, biology.organism_classification, medicine.disease, Invertebrates, Schistosoma Haematobium, Rats, 030104 developmental biology, Amniotes, Animal Studies, Cattle, business
Abstract: 15 páginas, 3 figuras y 2 tablas., Environmental and anthropogenic changes are expected to promote emergence and spread of pathogens worldwide. Since 2013, human urogenital schistosomiasis is established in Corsica island (France). Schistosomiasis is a parasitic disease affecting both humans and animals. The parasite involved in the Corsican outbreak is a hybrid form between Schistosoma haematobium, a human parasite, and Schistosoma bovis, a livestock parasite. S. bovis has been detected in Corsican livestock few decades ago raising the questions whether hybridization occurred in Corsica and if animals could behave as a reservoir for the recently established parasite lineage. The latter hypothesis has huge epidemiological outcomes since the emergence of a zoonotic lineage of schistosomes would be considerably harder to control and eradicate the disease locally and definitively needs to be verified. In this study we combined a sero-epidemiological survey on ruminants and a rodent trapping campaign to check whether schistosomes could shift on vertebrate hosts other than humans. A total of 3,519 domesticated animals (1,147 cattle; 671 goats and 1,701 sheep) from 160 farms established in 14 municipalities were sampled. From these 3,519 screened animals, 17 were found to be serologically positive but were ultimately considered as false positive after complementary analyses. Additionally, our 7-day extensive rodent trapping (i.e. 1,949 traps placed) resulted in the capture of a total of 34 rats (Rattus rattus) and 4 mice (Mus musculus). Despite the low number of rodents captured, molecular diagnostic tests showed that two of them have been found to be infected by schistosomes. Given the low abundance of rodents and the low parasitic prevalence and intensity among rodents, it is unlikely that neither rats nor ruminants play a significant role in the maintenance of schistosomiasis outbreak in Corsica. Finally, the most likely hypothesis is that local people initially infected in 2013 re-contaminated the river during subsequent summers, however we cannot definitively rule out the possibility of an animal species acting as reservoir host., JB received a grant from the ANSES (Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail) (https://www.anses.fr/fr). This study is set within the framework of the "Laboratoire d’Excellence (LABEX)" TULIP (ANR-10-LABX-41).
Published: 2019

5. Caractérisation de IrSPI, un inhibiteur de sérine protéase impliqué dans la prise du repas sanguin et l’infection bactérienne des tiques Ixodes ricinus

Author: Blisnick, Adrien, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), AgroParisTech, Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France, Sarah Lesage-Bonnet, École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Sarah Bonnet, STAR, ABES, and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: Host immune-Responses modulation, Serine protease inhibitor, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Tick-Host-Pathogen interaction, Ixodes ricinus, [SDV.BA.MVSA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Inhibiteur de sérine protéase, Modulation des réactions immunitaires de l'hôte, Interactions tique-Hôte-Agent pathogènes
Abstract: Ixodes ricinus tick species, the most abundant and widespread tick in Europe, is an important vector of pathogens affecting both animal and human health. To replace the use of acaricides that generate environmental contamination and resistances, new environmentally sustainable approaches providing broad protection against ticks and tick-borne pathogens (TBP) are urgently needed. Such development requires improved understanding of the biology of ticks and more particularly of their interactions with vertebrate hosts and TBP. Tick saliva is an essential biofluid for ticks, as its proteolytic, anticoagulant, immunomodulatory, analgesic and anti-inflammatory activities allow ticks to acquire their blood meal under optimal conditions. Moreover, injection of saliva during blood feeding represents the principal route by which TBP are transmitted to the host. To understand the molecular mechanisms involved in TBP transmission, as well as to identify putative vaccine candidates against I. ricinus, salivary glands from bacteria infected and uninfected ticks were previously compared by high throughput transcriptomics. The most up-regulated transcript following infection was IrSPI, which belongs to the Kunitz/BPTI inhibitor family. Functional analyses via RNAi knockdown experiments revealed that IrSPI enhances both blood feeding and bacterial burden in the salivary glands. This present PhD work concerns then the structural, biochemical and functional characterization of IrSPI as a molecule involved in tick-host-pathogen interactions. Our aim was first to define the structure of IrSPI gene but, unfortunately, while our results have led to progress on this issue, we have not been able to get the full sequence. Then, the dynamic of IrSPI expression was evaluated during both tick feeding and colonization of ticks by pathogens, showing that its expression is induced by blood feeding and TBP but not by Escherichia coli that is not transmitted by I. ricinus. In addition, our results shown the expression of IrSPI in several tick organs, suggesting its implication in several functions in tick physiology. Among them, the discovery of the injection of IrSPI, through the saliva, to the vertebrate host allowed us to consider a role in host responses to tick bite. Evaluation of IrSPI effect on host showed no impact on coagulation through extrinsic pathway, as determined by analysis of thrombin generation time and by fibrinolysis, or in angiogenesis. However, it inhibited the proliferation of mitogen-stimulated CD4+ lymphocytes and increased unstimulated-B cell proliferation. In addition, IrSPI also modulated cytokine production from macrophages and splenocytes, repressing significantly most of proinflammatory cytokines and chemokines. Thus, we demonstrated that IrSPI plays a role in modulating the host immune response during blood feeding. Finally, preliminary results in the identification of the protein’s interactants open many research perspectives for understanding how IrSPI acts in tick physiology and counteracts host responses to tick injury and pathogen transmission., Ixodes ricinus est l’espèce de tique la plus abondante et ayant la plus vaste répartition géographique en Europe. Elle est le vecteur de nombreux agents pathogènes d’importance en santé publique et vétérinaire. Le remplacement des acaricides générant pollution environnementale et apparition croissante de résistances requiert le développement urgent de nouvelles stratégies de lutte efficaces contre les tiques et les agents pathogènes qu’elles transmettent. La découverte de telles stratégies passe nécessairement par une meilleure connaissance des interactions entre les tiques, leurs hôtes et les agents pathogènes transmis. La salive de tique, à l’interface de ces interactions, est un fluide essentiel pour ces arthropodes et possède notamment des propriétés protéolytiques, anticoagulantes, immunomodulatrices, analgésique, et anti-inflammatoires qui permettent à la tique de réaliser ses repas sanguins extrêmement longs. Afin de comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans la transmission des agents pathogènes et pour identifier de possibles candidats vaccinaux contre I. ricinus, une étude transcriptomique comparative entre des glandes salivaires infectées et non infectées par la bactérie Bartonella henselae a été antérieurement réalisée. Le transcrit le plus surexprimé suite à cette infection était IrSPI, un inhibiteur de sérine protéase de la famille des Kunitz. Les analyses fonctionnelles par ARN interférence ont montré l’implication de ce gène dans le gorgement et de l’infection des glandes salivaires par B. henselae. Ainsi, les travaux de thèse présentés ici ont concerné l’analyse structurelle, biochimique et fonctionnelle de IrSPI en tant que molécule impliquée dans les interactions tick-hôte-pathogène. Le premier objectif était de définir la structure et la séquence du gène IrSPI mais, malheureusement, bien que nos résultats aient permit des avancés sur cette question, nous n'avons pu obtenir la totalité de sa séquence. Dans un second temps, la dynamique d’expression d’IrSPI a été évaluée au cours du gorgement et de l’infection des tiques par différents agents pathogènes, montrant que son expression est induite par le repas sanguin, par des agents transmis par la tique mais pas par Escherichia coli, bactérie non transmise. De plus, nos résultats ont montré l’expression de IrSPI dans plusieurs organes de la tique, suggérant son implication dans diverses fonctions au sein de ce vecteur. Parmi elles, la mise en évidence d'une injection, par la salive, de la protéine à l'hôte vertébré nous a permis d'envisager un rôle sur les réponses de l'hôte à la piqûre de tique. Nos résultats n’ont montré aucune implication dans la voie extrinsèque de la coagulation ni dans la fibrinolyse, ni dans l’angiogenèse. En revanche, ils ont démontré que IrSPI inhibe la prolifération des lymphocytes TCD4+ sous stimulation monogénique quand chez des lymphocytes B non stimulés IRSPI, il induit une hausse de la prolifération. De plus IrSPI a montré une action négative significative sur la production de la majorité des cytokines et chimiokines pro-inflammatoires produites par les macrophages et les splénocytes. Ainsi, IrSPI, correspond à un des composants salivaires d’I. ricinus lui permettant de moduler la réponse immune de l’hôte pour lui permettre de prélever son repas sanguin tout en favorisant la transmission des agents pathogènes. Enfin, des résultats préliminaires dans l'identification des interactants de IrSPI à la fois chez la tique et l’hôte vertébré ouvre de nombreuses voies de recherche quant à la compréhension de ses fonctions.
Published: 2019

6. Haemagogus leucocelaenus and Haemagogus janthinomys are the primary vectors in the major yellow fever outbreak in Brazil, 2016-2018

Author: Aloísio Falqueto, Maria Ignez Lima Bersot, Monique de Albuquerque Motta, Anna-Bella Failloux, Ieda Pereira Ribeiro, Mario Sergio Ribeiro, Eduardo Oyama Lins Fonseca, Alessandro Pecego Martins Romano, Iule de Souza Bonelly, Mariela Martínez Gómez, Ricardo Lourenço-de-Oliveira, José Luis da Silva, Taissa Pereira dos Santos, Myrna C. Bonaldo, Rafaella Moraes de Miranda, Roberto da Costa Laperrière, Rodrigo Fabiano do Carmo Said, Christophe Paupy, Márcia Gonçalves de Castro, Anielly Ferreira-de-Brito, Sara Moutailler, Marcelo Quintela Gomes, Alexandre Dos Santos, Roberta Gomes Carvalho, Filipe Vieira Santos de Abreu, Maycon Sebastião Alberto Santos Neves, Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Instituto Federal do Norte de Minas Gerais (IFNMG), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Ministério da Saúde [Brasília, Brazil], Diversity, ecology, evolution & Adaptation of arthropod vectors (MIVEGEC-DEEVA), Evolution des Systèmes Vectoriels (ESV), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Arbovirus et Insectes Vecteurs - Arboviruses and Insect Vectors, Institut Pasteur [Paris] (IP), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Acknowledgments to Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) and the Institut Pasteur - Transversal Research Program for funding this work., Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Institut Pasteur [Paris], Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Lourenco-de-Oliveira, Ricardo, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Arbovirus et Insectes Vecteurs, École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Aedes albopictus, Epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Immunology, Population Dynamics, education, Zoology, Aedes aegypti, Mosquito Vectors, Biology, Microbiology, sabethes, aedes, haemagogus, atlantic forest, yellow fever, Article, law.invention, Disease Outbreaks, 03 medical and health sciences, Abundance (ecology), law, Aedes, Virology, Drug Discovery, medicine, Animals, Haemagogus, Cities, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Yellow fever, Outbreak, General Medicine, medicine.disease, biology.organism_classification, 3. Good health, Phylogeography, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, Transmission (mechanics), Sabethes, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Parasitology, Female, Atlantic forest, Yellow fever virus, Brazil
Abstract: International audience; The yellow fever virus (YFV) caused a severe outbreak in Brazil in 2016-2018 that rapidly spread across the Atlantic Forest in its most populated region without viral circulation for almost 80 years. A comprehensive entomological survey combining analysis of distribution, abundance and YFV natural infection in mosquitoes captured before and during the outbreak was conducted in 44 municipalities of five Brazilian states. In total, 17,662 mosquitoes of 89 species were collected. Before evidence of virus circulation, mosquitoes were tested negative but traditional vectors were alarmingly detected in 82% of municipalities, revealing high receptivity to sylvatic transmission. During the outbreak, five species were found positive in 42% of municipalities. Haemagogus janthinomys and Hg. leucocelaenus are considered the primary vectors due to their large distribution combined with high abundance and natural infection rates, concurring together for the rapid spread and severity of this outbreak. Aedes taeniorhynchus was found infected for the first time, but like Sabethes chloropterus and Aedes scapularis, it appears to have a potential local or secondary role because of their low abundance, distribution and infection rates. There was no evidence of YFV transmission by Aedes albopictus and Aedes aegypti, although the former was the most widespread species across affected municipalities, presenting an important overlap between the niches of the sylvatic vectors and the anthropic ones. The definition of receptive areas, expansion of vaccination in the most affected age group and exposed populations and the adoption of universal vaccination to the entire Brazilian population need to be urgently implemented.
Published: 2019

7. The redox metabolic pathways function to limit Anaplasma phagocytophilum infection and multiplication while preserving fitness in tick vector cells

Author: Alberdi Vélez, María Pilar, Cabezas Cruz, Alejandro, Espinosa Prados, Pedro, Villar Rayo, Margarita María, Artigas Jerónimo, Sara, Fuente, José de la, SaBio, Instituto de Investigación en Recursos Cinegéticos (IREC), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Department of Veterinary Pathobiology, Center for Veterinary Health Sciences, Oklahoma State University [Stillwater], Research Plan of UCLM, Junta de Comunidades of Castilla-La Mancha (JCCM, Spain), Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha, Universidad de Castilla La Mancha, Cabezas-Cruz, Alejandro [0000-0002-8660-730X], Espinosa, Pedro J. [0000-0003-2829-4779], Villar, Margarita [0000-0003-4172-9079], Fuente, José de la [0000-0001-7383-9649], École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Oklahoma State University [Stillwater] (OSU), Cabezas-Cruz, Alejandro, Espinosa, Pedro J., Villar, Margarita, and Fuente, José de la
Subjects: Anaplasmosis, Neutrophils, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:Medicine, HL-60 Cells, Disease Vectors, Article, parasitic diseases, Animals, Humans, Transcriptomics, lcsh:Science, Sheep, Ixodes, Mass spectrometry, lcsh:R, bacterial infections and mycoses, Oxidative Stress, Gene Expression Regulation, Host-Pathogen Interactions, lcsh:Q, Rabbits, Pathogens, Infection, Redox metabolic pathways, Oxidation-Reduction, Metabolic Networks and Pathways, Anaplasma phagocytophilum, Signal Transduction
Abstract: Aerobic organisms evolved conserved mechanisms controlling the generation of reactive oxygen species (ROS) to maintain redox homeostasis signaling and modulate signal transduction, gene expression and cellular functional responses under physiological conditions. The production of ROS by mitochondria is essential in the oxidative stress associated with different pathologies and in response to pathogen infection. Anaplasma phagocytophilum is an intracellular pathogen transmitted by Ixodes scapularis ticks and causing human granulocytic anaplasmosis. Bacteria multiply in vertebrate neutrophils and infect first tick midgut cells and subsequently hemocytes and salivary glands from where transmission occurs. Previous results demonstrated that A. phagocytophilum does not induce the production of ROS as part of its survival strategy in human neutrophils. However, little is known about the role of ROS during pathogen infection in ticks. In this study, the role of tick oxidative stress during A. phagocytophilum infection was characterized through the function of different pathways involved in ROS production. The results showed that tick cells increase mitochondrial ROS production to limit A. phagocytophilum infection, while pathogen inhibits alternative ROS production pathways and apoptosis to preserve cell fitness and facilitate infection. The inhibition of NADPH oxidase-mediated ROS production by pathogen infection appears to occur in both neutrophils and tick cells, thus supporting that A. phagocytophilum uses common mechanisms for infection of ticks and vertebrate hosts. However, differences in ROS response to A. phagocytophilum infection between human and tick cells may reflect host-specific cell tropism that evolved during pathogen life cycle., MV was supported by Research Plan of UCLM. PA was supported by the Junta de Comunidades of Castilla-La Mancha (JCCM, Spain).
Published: 2019

8. Insights into the host range, genetic diversity, and geographical distribution of jingmenviruses

Author: Paul T. Brey, Veasna Duong, Vibol Hul, Stéphane Petres, Philippe Pérot, Delphine Chrétien, Evelyne Dufour, Valérie Pinarello, Muriel Vayssier-Taussat, Sarah Temmam, Emmanuel Albina, Elodie Devillers, Marine Dumarest, Thomas Bigot, Marc Grandadam, Thavry Hoem, Virginie Pommelet, Irène Loiseau, Jeffrey C. Hertz, Sara Moutailler, Khamsing Vongphayloth, Philippe Dussart, Julien Cappelle, Marc Eloit, Mathilde Gondard, Découverte de Pathogènes - Pathogen Discovery, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Plateforme technologique Production et purification de protéines recombinantes – Production and Purification of Recombinant Proteins Technological Platform (PPR), Institut Pasteur du Cambodge, US Naval Medical Research Unit n°2, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Université Paris-Est (UPE), This work was supported by Laboratoire d’Excellence (Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases, grant no. ANR-10-LABX-62-IBEID) and by the Direction Internationale de l'Institut Pasteur., We thank Jacques Bellalou and his team at the Production and Purification of Recombinant Proteins Technological Platform of Institut Pasteur for their help in expression of recombinant proteins, Yves Jacob and Mélanie Dos Santos for their technical assistance with the luminometer, the staff members at the ICAReB Platform of Institut Pasteur for access to human control sera, and all the people involved in the sampling of ticks, bats, and cattle in France, French Antilles, Lao PDR, and Cambodia., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), Eloit, Marc, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Plateforme technologique Production et purification de protéines recombinantes – Production and Purification of Recombinant Proteins Technological Platform, Institut Pasteur [Paris], Naval Medical Research Unit Two [Cambodge] (NAMRU-2), Naval Medical Research Center [Silver Spring, USA] (NMRC), Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: 0301 basic medicine, lcsh:QR1-502, jingmenvirus, Global Health, L73 - Maladies des animaux, lips, lcsh:Microbiology, Ticks, Blood serum, Chiroptera, Tick-borne disease, biology, Microbiology and Parasitology, Amblyomma testudinarium, Jingmenvirus, LIPS, emergence, evolution, QR1-502, Microbiologie et Parasitologie, 3. Good health, Phylogeography, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Rhipicephalus microplus, Martinique, L72 - Organismes nuisibles des animaux, Research Article, Autre (Sciences du Vivant), Ixodes ricinus, Distribution géographique, 030106 microbiology, Zoology, Ecological and Evolutionary Science, Relation hôte pathogène, Tick, Microbiology, Arbovirus, Host Specificity, Virus des animaux, 03 medical and health sciences, Variation génétique, parasitic diseases, Filoviridae Infections, medicine, Animals, Humans, Molecular Biology, Maladie transmissible par tiques, Flaviviridae, Genetic Variation, biology.organism_classification, medicine.disease, 030104 developmental biology, Cattle
Abstract: Several arboviruses emerging as new pathogens for humans and domestic animals have recently raised public health concern and increased interest in the study of their host range and in detection of spillover events. Recently, a new group of segmented Flaviviridae-related viruses, the Jingmenviruses, has been identified worldwide in many invertebrate and vertebrate hosts, pointing out the issue of whether they belong to the arbovirus group. The study presented here combined whole-genome sequencing of three tick-borne Jingmenviruses and one bat-borne Jingmenvirus with comprehensive phylogenetic analyses and high-throughput serological screening of human and cattle populations exposed to these viruses to contribute to the knowledge of Jingmenvirus host range, geographical distribution, and mammalian exposure., Jingmenvirus is a recently identified group of segmented RNA viruses phylogenetically linked with unsegmented Flaviviridae viruses. Primarily identified in various tick genera originating in China, Jingmenvirus geographical distribution has rapidly expanded to cover Africa, South America, Caribbean, and Europe. The identification of Jingmen-related viruses in various mammals, including febrile humans, opens the possibility that Jingmenviruses may be novel tick-borne arboviruses. In this study, we aimed at increasing knowledge of the host range, genetic diversity, and geographical distribution of Jingmenviruses by reporting for the first time the identification of Jingmenviruses associated with Rhipicephalus microplus ticks originating in the French Antilles (Guadeloupe and Martinique islands), with Amblyomma testudinarium ticks in Lao PDR, and with Ixodes ricinus ticks in metropolitan France, and from urine of Pteropus lylei bats in Cambodia. Analyses of the relationships between the different Jingmenvirus genomes resulted in the identification of three main phylogenic subclades, each of them containing both tick-borne and mammal-borne strains, reinforcing the idea that Jingmenviruses may be considered as tick-borne arboviruses. Finally, we estimated the prevalence of Jingmenvirus-like infection using luciferase immunoprecipitation assay screening (LIPS) of asymptomatic humans and cattle highly exposed to tick bites. Among 70 French human, 153 Laotian human, and 200 Caribbean cattle sera tested, only one French human serum was found (slightly) positive, suggesting that the prevalence of Jingmenvirus human and cattle infections in these areas is probably low. IMPORTANCE Several arboviruses emerging as new pathogens for humans and domestic animals have recently raised public health concern and increased interest in the study of their host range and in detection of spillover events. Recently, a new group of segmented Flaviviridae-related viruses, the Jingmenviruses, has been identified worldwide in many invertebrate and vertebrate hosts, pointing out the issue of whether they belong to the arbovirus group. The study presented here combined whole-genome sequencing of three tick-borne Jingmenviruses and one bat-borne Jingmenvirus with comprehensive phylogenetic analyses and high-throughput serological screening of human and cattle populations exposed to these viruses to contribute to the knowledge of Jingmenvirus host range, geographical distribution, and mammalian exposure.
Published: 2019

9. What is the evidence that ecosystem components or functions have an impact on infectious diseases? A systematic review protocol

Author: Nonito Pagès, Nathalie Boulanger, Romuald Berrebi, Christophe Boëte, Franck Boué, Ludivine Amdouni-Boursier, Thierry Durand, Sylvain Larrat, Vincent Robert, Marie Moinet, Michel de Garine-Wichatitsky, Jean-François Cosson, Léa Lugassy, Olivier Plantard, Haoues Alout, Barbara Livoreil, Catherine Moulia, Fondation pour la recherche sur la Biodiversité (FRB), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agence Française pour la Biodiversité (AFB), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy (LRFSN), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Virulence Bactérienne Précoce : fonctions cellulaires et contrôle de l'infection aigüe et subaigüe, Université de Strasbourg (UNISTRA), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Parc national des Ecrins, Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Diversity, ecology, evolution & Adaptation of arthropod vectors (MIVEGEC-DEEVA), Evolution des Systèmes Vectoriels (ESV), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: 0106 biological sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], Scientific literature, Culling, Disease, L73 - Maladies des animaux, 01 natural sciences, Santé publique, Scientific evidence, dilution effect, ecological function, landscape, regulation, one health, ecological control, ecosystem functioning, lcsh:Environmental sciences, One health, 2. Zero hunger, lcsh:GE1-350, 0303 health sciences, Ecology, Santé animale, Pollution, 3. Good health, Ecological function, One Health, C30 - Documentation et information, Ecological control, S50 - Santé humaine, Écosystème, Regulation, zoonose, ecosystem approaches [EN], Facteur écologique, Ecology (disciplines), Dilution effect, Management, Monitoring, Policy and Law, Biology, 010603 evolutionary biology, 03 medical and health sciences, Landscape, Environmental planning, 030304 developmental biology, Functional ecology, Paysage, Critical appraisal, 13. Climate action, Maladie infectieuse, Ecosystem functioning
Abstract: International audience; Background: Many infectious pathogens can be transmitted from animals to humans and vice versa, or by animals (especially arthropods) to humans. Such diseases are called zoonotic and/or vector-borne diseases. To control or prevent them, it is often recommended to target population reduction of host or vector species, through preventive culling or insecticide use for example. But these types of destructive interventions have shown several limits altering their efficiency, including acquired resistance of arthropods to insecticides, unpredicted change in the ecology of host populations, unexpected negative functional consequences on ecosystems, as well as economic embrittlement when livestock is concerned. An alternative pathway of action would be to rely on the functioning of ecosystems, and on their careful management, to regulate diseases and thus reduce their impact on human health. In this perspective, a thorough evaluation of the conditions that can potentially promote such a positive regulation of infectious pathogens by ecosystems, and their efficiency, is needed. Here, we present the protocol of a systematic review that will evaluate the scientific evidence existing on potential links between ecosystem components or functions and 14 vector-borne and zoonotic diseases impacting human health. Methods: We will search for studies that tested the effect of changes in (i) biological communities, and (ii) habitats and landscapes, on diseases. Scientific literature from 5 publication databases will be screened in a 3-rounds process: title, abstract and full-text screening. At each stage, articles will be either rejected or kept for the next round, depending on whether they fall in the exclusion or inclusion criteria. We will present results in two parts: a systematic map and a systematic review. The systematic map will present, for the 14 diseases, the number of publications, their geographical distribution, the type of ecosystem component/function they studied, as well as the host(s) in which epidemiological measurements have been performed. From this systematic map, we will identify groups of articles that allow for critical appraisal, i.e. groups of articles that studied the effect of the same ecosystem component/function on the same disease. Only those articles will be included in the systematic review. The validity of these articles will be assessed by critical appraisal and presented as a narrative synthesis with confidence levels.
Published: 2019

10. Molecular identification of spotted fever group Rickettsia in ticks collected from dogs and small ruminants in Greece

Author: Smaragda Sotiraki, José de la Fuente, Ιlias Chaligiannis, Anna Papa, Alejandro Cabezas-Cruz, Alberto Moraga-Fernández, Isabel G. Fernández de Mera, SaBio, Instituto de Investigación en Recursos Cinegéticos (IREC), Veterinary Research Institute, National, Department of Microbiology, Medical School, University of Thessaly [Volos] (UTH), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Hellenic Agricultural Organization Demeter (HAO Demeter), Department of Veterinary Pathobiology, Center for Veterinary Health Sciences, Oklahoma State University [Stillwater], State Scholarship Foundation IKY, NSRF, Own Research Program by University of Castilla-La Mancha, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Oklahoma State University [Stillwater] (OSU), State Scholarships Foundation, and Universidad de Castilla La Mancha
Subjects: Male, 0106 biological sciences, Veterinary medicine, Ixodidae, Rhipicephalus sanguineus, [SDV]Life Sciences [q-bio], 01 natural sciences, 030308 mycology & parasitology, 03 medical and health sciences, Dogs, Ticks, parasitic diseases, medicine, Tick-borne diseases, Animals, Rickettsia, Phylogeny, 0303 health sciences, Tick-borne disease, Sheep, Ecology, biology, Greece, Goats, General Medicine, biology.organism_classification, medicine.disease, bacterial infections and mycoses, 3. Good health, Spotted fever, 010602 entomology, Animal ecology, Genetic marker, Larva, Insect Science, bacteria, Female, Ixodes, Hyalomma, Spotted fever group Rickettsia
Abstract: Spotted fever group (SFG) Rickettsia are zoonotic and emerging pathogens with considerable impact in public and animal health. Greece is an endemic country of diseases caused by SFG Rickettsia. This work aims to evaluate the prevalence of SFG Rickettsia in ticks collected from domestic hosts including sheep, goats and dogs. Several genetic markers for bacterial genes, such as 16S rRNA, ompA, ompB, atpA, gltA, recA, dnaA and dnaK, were amplified and sequenced to accurately classified the rickettsial pathogens in the ticks. Taxonomy and species classification of the Rickettsia was achieved by combining phylogenetic and in silico digestion analysis of the gene sequences obtained. A total of 187 ticks were collected and classified at the species level as Ixodes gibosus, Dermacentor marginatus, Haemaphysalis parva, H. sulcata, H. punctata, Hyalomma scavatum, Rhipicephalus sanguineus, R. bursa and Rhipicephalus sp. The results showed that 7.5% of ticks were infected with at least one SFG Rickettsia including R. massiliae (n = 3), R. slovaca (n = 5), R. raoultii (n = 1) and R. hoogstraalii (n = 5), collected from sheep (n = 4), goats (n = 5) and dogs (n = 3). Molecular analysis revealed the presence of novel genetic variants of R. hoogstraalii (in H. sulcata and H. parva from goat and sheep) and R. raoultii (in D. marginatus from goat). These results proof the presence of SFG Rickettsia in domestic hosts in Greece, and support the need for continued monitoring, surveillance and further analyses of other hosts and study areas., This study was financially supported by the State Scholarship Foundation IKY, NSRF 2007–2013. IGFM is funded from the Own Research Program by University of Castilla-La Mancha.
Published: 2019

11. Population genetics and genotyping as tools for planning rat management programmes

Author: Jean-François Cosson, Amélie Desvars-Larrive, Ahmed Hodroge, Philippe Berny, Virginie Lattard, Abdessalem Hammed, Etienne Benoit, University of Veterinary Medicine [Vienna] (Vetmeduni), Rongeurs Sauvages, Risques Sanitaires et Gestion des Populations - UR 1233 (RS2GP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Interactions Cellules Environnement - UR (ICE), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, University of Veterinary Medicine Vienna, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA Grant), Agence Nationale de la Recherche (RODENT programme) : ANR-2009-CESA-008, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: 0106 biological sciences, Population genetics, Population, Plant Science, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Rattus norvegicus, Dispersal, Assignment, Vkorc1, Anticoagulant resistance, Control programme, genetique des populations, Biologie animale, education, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Isolation by distance, 2. Zero hunger, Animal biology, education.field_of_study, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Ecology, Resistance (ecology), business.industry, Pest control, 010602 entomology, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Insect Science, Genetic structure, Biological dispersal, Rural area, business, Agronomy and Crop Science
Abstract: International audience; Brown rats are a prolific synanthropic pest species, but attempts to control their populations have had limited success. Rat population dynamics, dispersal patterns, and resistance to rodenticides are important parameters to consider when planning a control programme. We used population genetics and genotyping to investigate how these parameters vary in contrasting landscapes, namely one urban and two rural municipalities from eastern France. A total of 355 wild brown rats from 5 to 6 sites per municipality were genotyped for 13 microsatellite loci and tested for mutations in the Vkorc1 gene which confers resistance to some rodenticides. Results revealed a strong genetic structure of the sampled rat populations at both regional (between municipalities) and local (between sites within municipalities) levels. A pattern of isolation by distance was detected in the urban habitat and in one of the rural municipalities. GeneClass and DAPC analyses identified 25 (7%) and 36 (10%) migrants, respectively. Migrations occurred mostly between sites within each municipality. We deduced that rat dispersal is driven by both natural small-scale movements of individuals and longer-distance (human-assisted) movements. Mutation Y139F on gene Vkorc1 was significantly more prevalent in rural (frequency 0.26-0.96) than in urban sites (0.00-0.11), likely due to differences in selection pressures. Indeed, pest control is irregular and uncoordinated in rural areas, whereas it is better structured and strategically organised in cities. We conclude that simultaneous pest control actions between nearby farms in rural habitats are highly recommended in order to increase rat control success while limiting the spread of resistance to rodenticides.
Published: 2019

12. Etude des mécanismes moléculaires de la compétence vectorielle d’I. ricinus pour 2 flavivirus

Author: Manon Lemasson, Grégory Caignard, Yves Unterfinger, Houssam Attoui, Lesley Bell-Sakyi, Sara Moutailler, Sarah Bonnet, Damien Vitour, Jennifer Richardson, Sandrine Lacour, Richardson, Jennifer, Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Département Santé Animale (DEPT SA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, ProdInra, Migration, ProdInra, Archive Ouverte, École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.BBM.MN] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular Networks [q-bio.MN], [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.BBM.MN]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular Networks [q-bio.MN], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: Etude des mécanismes moléculaires de la compétence vectorielle d’I. ricinus pour 2 flavivirus. Journées du Réseau "Tiques et Maladies à Tiques"
Published: 2019

13. Anaplasma phagocytophilum modifies tick cell microRNA expression and upregulates isc-mir-79 to facilitate infection by targeting the Roundabout protein 2 pathway

Author: Lourdes Mateos-Hernández, José de la Fuente, Pedro J. Espinosa Prados, Sara Artigas-Jerónimo, Pilar Alberdi, Alejandro Cabezas-Cruz, Margarita Villar Rayo, SaBio, Instituto de Investigación en Recursos Cinegéticos (IREC), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Department of Veterinary Pathobiology, Oklahoma State University [Stillwater], Ministerio de Economia, Industria y Competitividad (Spain) grant [BFU2016-79892-P], Universidad de Castilla La Mancha, Spain Funding Text : This work was financially supported by the Ministerio de Economia, Industria y Competitividad (Spain) grant BFU2016-79892-P to JF and MV. MV was funded by the Universidad de Castilla La Mancha, Spain., Ministerio de Economía y Competitividad (España), Universidad de Castilla La Mancha, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Oklahoma State University [Stillwater] (OSU), and de la Fuente, José
Subjects: 0301 basic medicine, Molecular biology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Immunology, pathways, lcsh:Medicine, Nerve Tissue Proteins, Biology, Tick, Disease Vectors, Article, Non-coding RNAs, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Immune system, metabolic, microRNA, parasitic diseases, evolution, medicine, Animals, Receptors, Immunologic, lcsh:Science, Pathogen, 3' Untranslated Regions, invasion, immunity, Multidisciplinary, Ixodes, lcsh:R, medicine.disease, biology.organism_classification, bacterial infections and mycoses, Virology, Anaplasma phagocytophilum, 3. Good health, Up-Regulation, Gene expression profiling, MicroRNAs, 030104 developmental biology, Ixodes scapularis, lcsh:Q, Anaplasmosis, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Article Open Access Published: 24 June 2019 Anaplasma phagocytophilum modifies tick cell microRNA expression and upregulates isc-mir-79 to facilitate infection by targeting the Roundabout protein 2 pathway Sara Artigas-Jerónimo, Pilar Alberdi, Margarita Villar Rayo, Alejandro Cabezas-Cruz, Pedro J. Espinosa Prados, Lourdes Mateos-Hernández & José de la Fuente Scientific Reports volume 9, Article number: 9073 (2019) Cite this article 730 Accesses 2 Citations 3 Altmetric Metricsdetails Abstract The microRNAs (miRNAs) are a class of small noncoding RNAs that have important regulatory roles in multicellular organisms including innate and adaptive immune pathways to control bacterial, parasite and viral infections, and pathogens could modify host miRNA profile to facilitate infection and multiplication. Therefore, understanding the function of host miRNAs in response to pathogen infection is relevant to characterize host-pathogen molecular interactions and to provide new targets for effective new interventions for the control infectious diseases. The objective of this study was to characterize the dynamics and functional significance of the miRNA response of the tick vector Ixodes scapularis in response to Anaplasma phagocytophilum infection, the causative agent of human and animal granulocytic anaplasmosis. To address this objective, the composition of tick miRNAs, functional annotation, and expression profiling was characterized using high throughout RNA sequencing in uninfected and A. phagocytophilum-infected I. scapularis ISE6 tick cells, a model for tick hemocytes involved in pathogen infection. The results provided new evidences on the role of tick miRNA during pathogen infection, and showed that A. phagocytophilum modifies I. scapularis tick cell miRNA profile and upregulates isc-mir-79 to facilitate infection by targeting the Roundabout protein 2 (Robo2) pathway. Furthermore, these results suggested new targets for interventions to control pathogen infection in ticks., This work was financially supported by the Ministerio de Economía, Industria y Competitividad (Spain) grant BFU2016–79892-P to JF and MV. MV was funded by the Universidad de Castilla La Mancha, Spain.
Published: 2019

14. Cartographie des interactions protéiques entre les flavivirus transmis par les tiques et leurs différents hôtes mammifères

Author: Manon Lemasson, Grégory Caignard, Yves Unterfinger, Steeve Lowenski, Jessy Vandekerkhove, Cécile Beck, Sylvie Lecollinet, Sara Moutailler, Houssam Attoui, Damien Vitour, Jennifer Richardson, Sandrine Lacour, Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), ProdInra, Migration, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Société Française de Virologie (SFV). FRA., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2018

15. Bile Salt Hydrolase Activities: A Novel Target to Screen Anti-Giardia Lactobacilli?

Author: Allain, Thibault, Chaouch, Soraya, Thomas, Myriam, Travers, Marie-Agnès, Valle, Isabelle, Langella, Philippe, Grellier, Philippe, Polack, Bruno, Florent, Isabelle, Bermúdez-Humarán, Luis G., MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Laboratoire de Génétique et Pathologie (LGP), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Molécules de Communication et Adaptation des Micro-Organismes (MCAM), Unité d'Ecologie et de Physiologie du Système Digestif, INRA, Unité d'écologie et de physiologie du système digestif, Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Thérapie des maladies du muscle strié, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Region Ile-de-France-DIM (Maladies Infectieuses, Parasitaires et Nosocomiales Emergentes) [120092], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, and KOHL, Linda
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], lactobacilli, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Lactobacillus gasseri, probiotics, [SDV]Life Sciences [q-bio], bile salt hydrolases, [CHIM]Chemical Sciences, Microbiology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Original Research, Giardia duodenalis, Lactobacillus johnsonii
Abstract: International audience; Giardia duodenalis is a protozoan parasite responsible for giardiasis, a disease characterized by intestinal malabsorption, diarrhea and abdominal pain in a large number of mammal species. Giardiasis is one of the most common intestinal parasitic diseases in the world and thus a high veterinary, and public health concern. It is well-established that some probiotic bacteria may confer protection against this parasite in vitro and in vivo and we recently documented the implication of bile-salt hydrolase (BSH)-like activities from strain La1 of Lactobacillus johnsonii as mediators of these effects in vitro. We showed that these activities were able to generate deconjugated bile salts that were toxic to the parasite. In the present study, a wide collection of lactobacilli strains from different ecological origins was screened to assay their anti-giardial effects. Our results revealed that the anti-parasitic effects of some of the strains tested were well-correlated with the expression of BSH-like activities. The two most active strains in vitro, La1 and Lactobacillus gasseri CNCM I-4884, were then tested for their capacity to influence G. duodenalis infection in a suckling mice model. Strikingly, only L. gasseri CNCM I-4884 strain was able to significantly antagonize parasite growth with a dramatic reduction of the trophozoites load in the small intestine. Moreover, this strain also significantly reduced the fecal excretion of Giardia cysts after 5 days of treatment, which could contribute to blocking the transmission of the parasite, in contrast of La1 where no effect was observed. This study represents a step toward the development of new prophylactic strategies to combat G. duodenalis infection in both humans and animals.
Published: 2018

16. Tick-host-pathogen interactions

Author: Bonnet, Sarah I., Nijhof, Ard M., de la Fuente, Jose, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institute for Parasitology and Tropical Veterinary Medicine, Freie Universität Berlin, Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Department of Veterinary Pathobiology, Center for Veterinary Health Sciences, Oklahoma State University [Stillwater], École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Oklahoma State University [Stillwater] (OSU)
Subjects: host, tick-borne diseases, [SDV]Life Sciences [q-bio], transmission, tick-borne pathogens, vector, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, ticks, pathogen
Abstract: International audience
Published: 2018

17. mRNA export in the apicomplexan parasite Toxoplasma gondii: emerging divergent components of a crucial pathway

Author: Mathieu Gissot, Andréa Rodrigues Ávila, Alexjandro Cabezas-Cruz, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), University of South Bohemia, Institute of Parasitology, Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (INSERM), French National Research Agency (ANR) [ANR-13-JSV3-0006-01], Programa Estrategico de Apoio a Pesquisa em Saude (PAPES/FIOCRUZ, Brazil) [407775/2012-9-CNPq], École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Avila, Andrea Rodrigues, École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho [Rio de Janeiro] (IBCCF), Universidade Federal do Rio de Janeiro [Rio de Janeiro] (UFRJ), Czech Academy of Sciences [Prague] (ASCR), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille (CIIL) - U1019 - UMR 8204 (CIIL), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie
Subjects: 0301 basic medicine, Plasmodium, Active Transport, Cell Nucleus, Cryptosporidium, Computational biology, Review, lcsh:Infectious and parasitic diseases, Apicomplexa, 03 medical and health sciences, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Gene expression, parasitic diseases, CRISPR, lcsh:RC109-216, Parasites, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, RNA, Messenger, Nuclear export signal, Molecular Biology, mRNA export, Toxoplasma, Cell Nucleus, Messenger RNA, biology, Cas9, Toxoplasma gondii, biology.organism_classification, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, Gene Expression Regulation, Parasitology, RNA, Protozoan
Abstract: Control of gene expression is crucial for parasite survival and is the result of a series of processes that are regulated to permit fine-tuning of gene expression in response to biological changes during the life-cycle of apicomplexan parasites. Control of mRNA nuclear export is a key process in eukaryotic cells but is poorly understood in apicomplexan parasites. Here, we review recent knowledge regarding this process with an emphasis on T. gondii. We describe the presence of divergent orthologs and discuss structural and functional differences in export factors between apicomplexans and other eukaryotic lineages. Undoubtedly, the use of the CRISPR/Cas9 system in high throughput screenings associated with the discovery of mRNA nuclear export complexes by proteomic analysis will contribute to identify these divergent factors. Ligand-based or structure-based strategies may be applied to investigate the potential use of these proteins as targets for new antiprotozoal agents. Electronic supplementary material The online version of this article (10.1186/s13071-018-2648-4) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2018

18. Consequences of organ choice in describing bacterial pathogen assemblages in a rodent population

Author: Eve Afonso, Jean-François Cosson, Petra Villette, Maxime Galan, Aurélien Levret, Caroline Tatard, G. Couval, Patrick Giraudoux, Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Fédération Régionale de Défense contre les Organismes Nuisibles de Franche-Comté ( FREDON Franche-Comté ), Centre de biologie et de gestion des populations, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations ( CBGP ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), UMR BIPAR, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort ), Institut Universitaire de France ( IUF ), Ministère de l'Éducation nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche ( M.E.N.E.S.R. ), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Fédération Régionale de Défense contre les Organismes Nuisibles de Franche-Comté (FREDON Franche-Comté), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), grant 2015-0011 FREDON-UFC and a PhD scholarship of the Région de Bourgogne Franche-Comté, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: 0301 basic medicine, Operational taxonomic unit, MESH: Sequence Analysis, DNA, Epidemiology, MESH : Prevalence, MESH : Tissue Distribution, Rodent Diseases, RNA, Ribosomal, 16S, bacterial pathogens, Prevalence, MESH : DNA, Bacterial, Tissue Distribution, MESH: Animals, Pathogen, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, education.field_of_study, biology, Ecology, Arvicolinae, Microbiota, MESH : Rodent Diseases, 3. Good health, MESH: RNA, Ribosomal, 16S, Infectious Diseases, France, rodent-borne pathogen, DNA, Bacterial, 030106 microbiology, Population, Short Report, Zoology, [ SDV.EE ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, 03 medical and health sciences, Animals, MESH: Microbiota, MESH : Bacteria, MESH: Tissue Distribution, Arvicola terrestris, education, MESH : France, MESH: Prevalence, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bacteria, Host (biology), tissue selection, Bacteria Present, Sequence Analysis, DNA, MESH: Arvicolinae, biology.organism_classification, MESH: DNA, Bacterial, MESH: France, MESH : Arvicolinae, MESH : RNA, Ribosomal, 16S, MESH: Bacteria, High-Throughput Sequencing, 030104 developmental biology, MESH : Microbiota, Species richness, MESH: Rodent Diseases, MESH : Animals, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, MESH : Sequence Analysis, DNA
Abstract: SUMMARYHigh-throughput sequencing technologies now allow for rapid cost-effective surveys of multiple pathogens in many host species including rodents, but it is currently unclear if the organ chosen for screening influences the number and identity of bacteria detected. We used 16S rRNA amplicon sequencing to identify bacterial pathogens in the heart, liver, lungs, kidneys and spleen of 13 water voles (Arvicola terrestris) collected in Franche-Comté, France. We asked if bacterial pathogen assemblages within organs are similar and if all five organs are necessary to detect all of the bacteria present in an individual animal. We identified 24 bacteria representing 17 genera; average bacterial richness for each organ ranged from 1·5 ± 0·4 (mean ± standard error) to 2·5 ± 0·4 bacteria/organ and did not differ significantly between organs. The average bacterial richness when organ assemblages were pooled within animals was 4·7 ± 0·6 bacteria/animal; Operational Taxonomic Unit accumulation analysis indicates that all five organs are required to obtain this. Organ type influences bacterial assemblage composition in a systematic way (PERMANOVA, 999 permutations, pseudo-F4,51 = 1·37, P = 0·001). Our results demonstrate that the number of organs sampled influences the ability to detect bacterial pathogens, which can inform sampling decisions in public health and wildlife ecology.
Published: 2017

19. Etude de la maladie épizootique hémorragique en Tunisie

Author: Ben Dhaou, Sameh, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université Paris-Est, Faculté des sciences de Bizerte (Tunisie), Stéphan Zientara, Salah Hammami, École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, STAR, ABES, Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Bites of culicoides, Culicoides, Ehdv, Bluetongue, Etude moléculaire, Serologic study, Etude épidémiologique, Ehd, Orbivirus, Etude sérologique, Btv, Dromadaires
Abstract: The epizootic hemorrhagic disease (EHD) is an arthropod-borne virus that is on the OIE’s list (World Animal Health Organisation, formerly Office international des épizooties), this disease is mainly transmitted to wild (mainly deer) as well as domestic (primarily cattle) ruminants, by the bites of minute size midges, the culicoides (Diptera: Ceratopogonidae) also known as biting midges. In the beginning of the 21st century, EHD was emerged in Maghreb (North Africa) and in the Middle East (Turkey, Israel, Jordan), causing severe losses for the farmers and ranchers.The unexpected emergency of EHDV in Tunisia in 2006, simultaneously with the observation of EHDV-6 cases in Morocco and Algeria, has aroused great concern in the Tunisian agricultural sector, which had already to face the occurrence of other animal diseases orbivirus: African horse sickness in 1966 and bluetongue in 1999 giving examples of the possibility that deemed exotic disease could emerge and become endemic (case bluetongue).This project was carried out to raise the knowledge on the EHDV virus causing the infection in Tunisia in 2006, which led to the appearance of clinical signs similar to those of BTV.First, we prepared a sampling of various samples of cattle, Culicoides type imicola collected in 2006 and stored at the serum bank of IRVT. So, we searched therefore the genome of the EHDV by RT-PCR in order to characterize and isolate the virus. Results showed that EHDV-6 was actually the serotype circulating in Tunisia in 2006. This part of the job was published in Acta Veterinaria Hungarica.The second working paper concerned the potential presence of the EHDV-6 in Tunisia before and after the epidemic of 2006 in two animal species: cattle and camels. For this we looked for antibodies or viral genome from field samples collected from 2000 to 2014 cattle and camels. Following this study, we detected a possible circulation of EHDV-6 at a very low level of intensity among the cattle. The found results were discussed and made the subject of a publication to be in the newspaper Veterinaria iItaliana.Regarding the study on the dromedary species sensitive to BTV, we wanted to examine its potential role as a reservoir species for EHD virus. All serological and virological results of our study indicate that this species does not seem to play a role in the epidemiology of EHD.Finally, alongside these researches on EHD virus, we have investigated the presence of Bluetongue Virus in Tunisian samples from camels and cattle. The results were discussed.All these studies contribute to a better knowledge of EHDV-6 present in Tunisia and allows taking into account some species that are potentially reservoir. Some presented researches could be pursued to assess the role of the camel as a reservoir for Orbivirus and better identify species of the faunal inventory of Culicoides involved in transmission of orbivirus., La maladie épizootique hémorragique (EHD) est une arbovirose inscrite sur la liste de l'OIE (organisation mondiale de la santé), qui affecte aussi bien les ruminants sauvages (essentiellement les cervidés) que les ruminants domestiques (les bovins) par la morsure de petits moucherons hématophages, les Culicoïdes (Diptera: Ceratopogonidae). Au début du 21ème siècle, cette maladie a émergé au Maghreb et au Moyen Orient (Turquie, Israël et Jordanie), générant de lourdes pertes économiques pour les éleveurs.L'émergence inattendue de l'EHDV en Tunisie en 2006, simultanément avec l’observation de foyers d'EHDV-6 au Maroc et en Algérie, a suscité une vive inquiétude dans le monde agricole tunisien, qui avait déjà eu à faire face à la survenue d’épizooties d'autres orbivirus : la peste équine africaine en 1960 et de la fièvre catarrhale ovine en 1999 donnant l’exemple qu'une maladie, réputée exotique, puisse émerger et devenir endémique (cas pour la fièvre catarrhale ovine).Ce projet a donc été réalisé pour améliorer les connaissances sur le virus de l’EHDV responsable de l'infection en Tunisie, en 2006, qui entrainait l’apparition de signes cliniques semblables à ceux du BTV.Dans un premier temps, nous avons disposé d'un échantillonnage de différents prélèvements de bovins, Culicoïdes de type imicola collectés en 2006 et conservés à la sérothéque de l'IRVT. Nous y avons donc recherché le génome de l’EHDV par RT-PCR afin de le caractériser et d'isoler le virus. Les résultats ont démontré que l'EHDV-6 était bien le sérotype qui circulait en Tunisie en 2006. Cette partie du travail a fait l'objet d'une publication dans Acta Veterinaria Hungarica.Le deuxième travail exposé s'est intéressé à la recherche d'une présence éventuelle de l’EHDV-6 en Tunisie avant et après l'épidémie de 2006 dans deux espèces animales : les bovins et les dromadaires. Pour cela, nous avons recherché les anticorps ou le génome viral à partir de prélèvements de terrain réalisés de 2000 à 2014 sur des bovins et des dromadaires. A l'issue de cette étude, nous avons détecté une possible circulation à très bas bruit de l'EHDV-6 chez les bovins. Les résultats obtenus sont discutés et ont fait l'objet d'une publication en cours de publication dans le journal Véterinaria Italiana.Concernant l’étude réalisée chez le dromadaire, espèce sensible au BTV, nous voulions évaluer son rôle de réservoir potentiel pour le virus de l’EHD. L’ensemble des résultats sérologiques et virologiques de notre étude nous indique que cette espèce ne semble pas jouer un rôle dans l’épidémiologie de l’EHD.Enfin, parallèlement à ces recherches sur le virus de l’EHD, nous avons mené une enquête sur la présence du virus de la Bluetongue à partir des échantillons de dromadaires et de bovins tunisiens. Les résultats ont été discutés. L'ensemble de ces études contribue à une meilleure connaissance de l'EHDV-6 présent en Tunisie, et permet de rendre compte des espèces potentiellement réservoirs. Certains travaux présentés pourraient être poursuivis pour évaluer le rôle du dromadaire comme réservoir d’Orbivirus et mieux déterminer les espèces de l'inventaire faunique des Culicoïdes impliquées dans la transmission des Orbivirus.
Published: 2017

20. Microevolution of bank voles (Myodes glareolus) at neutral and immune-related genes during multiannual dynamic cycles: consequences for Puumala hantavirus epidemiology

Author: Renaud Vitalis, Maria Razzauti, Liina Voutilainen, Heikki Henttonen, Nathalie Charbonnel, Maxime Galan, Emmanuel Guivier, Bertrand Gauffre, Jukka Niemimaa, Adelaïde Dubois, Jean-François Cosson, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Natural Resources Institute Finland (LUKE), Department of Medical and Clinical Genetics [Helsinki], Haartman Institute [Helsinki], Faculty of Medecine [Helsinki], Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki-Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki-Faculty of Medecine [Helsinki], Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki-Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki, Biogéosciences [UMR 6282] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Study funded by an INRA-EFPA/ANSES fellowship., European Project: 261504,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2010-single-stage,EDENEXT(2011), European Project, Department of Virology, Medicum, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Natural Resources Institute Finland, University of Helsinki-University of Helsinki-Faculty of Medecine [Helsinki], University of Helsinki-University of Helsinki, Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Myxovirus Resistance Proteins, 0106 biological sciences, SELECTION, Population genetics, Population Dynamics, Gene Expression, NATURAL-POPULATION, Puumala virus, 01 natural sciences, Rodent Diseases, Nephropathia epidemica, Finland, Genetics, Molecular Epidemiology, 0303 health sciences, education.field_of_study, Rodent, Arvicolinae, Microevolution, Biological Evolution, Bank vole, Infectious Diseases, MHC DIVERSITY, Hemorrhagic Fever with Renal Syndrome, Host-Pathogen Interactions, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, Female, Disease Susceptibility, Density fluctuations, Microbiology (medical), Gene Flow, Population, Metapopulation, Biology, Microbiology, 010603 evolutionary biology, 03 medical and health sciences, Genetic drift, medicine, Immunogenetics, Animals, Humans, POPULATION-STRUCTURE, Adaptation, education, Molecular Biology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Disease Reservoirs, 030304 developmental biology, TOLL-LIKE RECEPTORS, Host-pathogen interaction, Polymorphism, Genetic, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], MX2 PROTEIN, Genetic Drift, NECROSIS-FACTOR-ALPHA, DENSITY-FLUCTUATIONS, medicine.disease, biology.organism_classification, EUROPEAN ROE DEER, Toll-Like Receptor 4, 030104 developmental biology, Toll-Like Receptor 7, Evolutionary biology, 3121 General medicine, internal medicine and other clinical medicine, Vole, RODENT HOST, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: Understanding how host dynamics, including variations of population size and dispersal, may affect the epidemiology of infectious diseases through ecological and evolutionary processes is an active research area. Here we focus on a bank vole (Myodes glareolus) metapopulation surveyed in Finland between 2005 and 2009. Bank vole is the reservoir of Puumala hantavirus (PUUV), the agent of nephropathia epidemica (NE, a mild form of hemorrhagic fever with renal symptom) in humans.M glareoluspopulations experience multiannual density fluctuations that may influence the level of genetic diversity maintained in bank voles, PUUV prevalence and NE occurrence. We examine bank vole metapopulation genetics at presumably neutral markers and immune-related genes involved in susceptibility to PUUV (Tnf-promoter,Mhc-Drb, Tlr4,Tlr7andMx2gene) to investigate the links between population dynamics, microevolutionary processes and PUUV epidemiology. We show that genetic drift slightly and transiently affects neutral and adaptive genetic variability within the metapopulation. Gene flow seems to counterbalance its effects during the multiannual density fluctuations. The low abundance phase may therefore be too short to impact genetic variation in the host, and consequently viral genetic diversity. Environmental heterogeneity does not seem to affect vole gene flow, which might explain the absence of spatial structure previously detected in PUUV in this area. Besides, our results suggest the role of vole dispersal on PUUV circulation through sex-specific and density-dependent movements. We find little evidence of selection acting on immune-related genes within this metapopulation. Footprint of positive selection is detected atTlr-4gene in 2008 only. We observe marginally significant associations betweenMhc-Drbhaplotypes and PUUV serology, and betweenMx2genotype and PUUV genogroups. These results show that microevolutionary changes and PUUV epidemiology in this metapopulation are mainly driven by neutral processes, although the relative effects of neutral and adaptive forces could vary temporally with density fluctuations.
Published: 2017

21. One particular Anaplasma phagocytophilum ecotype infects cattle in the Camargue, France

Author: Anne-Claire Lagrée, Sophie Pradier, Aurélien Joulié, Agnès Leblond, Nadia Haddad, Isabelle Desjardins, Thibaud Dugat, Henri-Jean Boulouis, Benoit Durand, Nicolas Keck, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire Départemental Vétérinaire de l'Hérault, Conseil Général de l'Hérault, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité d’Épidémiologie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de Santé Animale, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA)
Subjects: 0301 basic medicine, DNA, Bacterial, Veterinary medicine, Anaplasmosis, Ixodidae, Hyalomma marginatum, [SDV]Life Sciences [q-bio], animal diseases, Cattle Diseases, Camargue, Biology, Tick, Real-Time Polymerase Chain Reaction, Horse, lcsh:Infectious and parasitic diseases, Rhipicephalus pusillus, 03 medical and health sciences, parasitic diseases, medicine, Rhipicephalus, Animals, lcsh:RC109-216, Horses, Dermacentor, Research, Ricinus, fungi, Genetic Variation, biology.organism_classification, medicine.disease, bacterial infections and mycoses, Anaplasma phagocytophilum, 3. Good health, Tick Infestations, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, Vector (epidemiology), Parasitology, Cattle, France, Hyalomma, Haemaphysalis punctata
Abstract: Background Anaplasma phagocytophilum is a zoonotic tick-borne pathogen responsible for granulocytic anaplasmosis, a mild to a severe febrile disease that affects man and several animal species, including cows and horses. In Europe, I. ricinus is the only proven vector for this pathogen, but studies suggest that other tick genera and species could be involved in its transmission. Our objective was to assess the presence and genetic diversity of A. phagocytophilum in domestic animals and different tick species from the Camargue region, located in the south of France. Methods A total of 140 ticks and blood samples from 998 cattle and 337 horses were collected in Camargue and tested for the presence of A. phagocytophilum DNA by msp2 quantitative real-time PCR. Molecular typing with four markers was performed on positive samples. Results Anaplasma phagocytophilum DNA was detected in 6/993 (0.6%) cows, 1/20 (5%) Haemaphysalis punctata, 1/57 (1.75%) Rhipicephalus pusillus, and was absent in horses (0%). All cattle A. phagocytophilum presented a profile identical to an A. phagocytophilum variant previously detected in Dermacentor marginatus, Hyalomma marginatum, and Rhipicephalus spp. in Camargue. Conclusions Our results demonstrate that one particular A. phagocytophilum variant infects cattle in Camargue, where I. ricinus is supposed to be rare or even absent. Dermacentor marginatus, Rhipicephalus spp. and Hyalomma spp., and possibly other tick species could be involved in the transmission of this variant in this region. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s13071-017-2305-3) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2017

22. Transmission differentials for multiple pathogens as inferred from their prevalence in larva, nymph and adult of Ixodes ricinus (Acari: Ixodidae)

Author: Sara Moutailler, Christian S. Christoffersen, Kirstine Klitgaard, Per Moestrup Jensen, Rene Bødker, Lorraine Michelet, Department of Plant and Environmental Sciences [Copenhagen], Faculty of Science [Copenhagen], University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), National Veterinary Institute, Technical University of Denmark [Lyngby] (DTU), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Danmarks Tekniske Universitet = Technical University of Denmark (DTU)
Subjects: 0301 basic medicine, Nymph, Ixodes ricinus, Borrelia valaisiana, Denmark, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030231 tropical medicine, piroplasma, Zoology, Tick, medicine.disease_cause, Borrelia afzelii, Microbiology, Animal Diseases, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, parasitic diseases, medicine, Prevalence, Animals, Humans, Transmission, Babesia divergens, Ecology, biology, Ixodes, borrelia, fungi, General Medicine, biology.organism_classification, bacterial infections and mycoses, ixodes ricinus, rickettsia, babesia, anaplasma, 030104 developmental biology, Tick-Borne Diseases, Insect Science, Larva, Borrelia garinii, Borrelia spielmanii
Abstract: Ixodes ricinus serves as vector for a range of microorganisms capable of causing clinical illness in humans. The microorganisms occur in the same vector populations and are generally affected by the same tick–host interactions. Still, the instars have different host preferences which should manifest in different transmission patterns for various microorganisms in the tick populations, i.e., most microorganisms increase in prevalence rate from larvae to nymphs because their reservoirs are among small mammals and birds that serve as blood hosts for larvae. Other microorganisms, like Anaplasma phagocytophilum, mainly increase in prevalence rates from nymphs to adults, because their reservoirs are larger ungulates that serve as primary blood hosts for nymphs and adults. We sampled a representative sample of ticks from 12 locations on Zealand and Funen, Denmark, and investigated the differences in prevalence rate of infection in larvae, nymphs and adults for multiple pathogens. Prevalence of infection for larvae, nymphs and adults, respectively, was: 0, 1.5 and 4.5% for Borrelia burgdorferi; 0, 4.2 and 3.9% for Borrelia garinii; 0, 6.6 and 6.1% for Borrelia afzelii; 0, 0 and 0.6% for Borrelia valaisiana; 0, 3.7 and 0.6% for Borrelia spielmanii; 0, 0.7 and 1.2% for Babesia divergens; 0, 0, 0.6% for Babesia venatorum; 0, 1.5 and 6.1% for A. phagocytophilum. The results were in general compatible with the hypothesis i.e., that differences in blood host for larvae and nymphs define differences in transmission of infectious agents, but other factors than differences in blood hosts between larvae and nymphs may also be important to consider.
Published: 2017

23. The essential role of tick salivary glands and saliva in tick feeding and pathogen transmission

Author: Simo, Ladislav, Kazimirova, Maria, Richardson, Jennifer, Bonnet, Sarah, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université Paris-Est (UPE), Institute of Zoology, Université de Neuchâtel (UNINE), Virologie UMR1161 (VIRO), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Slovak Research and Development Agency APVV-0737-12, École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: Ixodidae, Vasodilator Agents, [SDV]Life Sciences [q-bio], Anti-Inflammatory Agents, lcsh:QR1-502, Gene Expression, Review, Microbiology, Salivary Glands, lcsh:Microbiology, Arthropod Proteins, ticks, parasitic diseases, Animals, Humans, tick saliva, tick-borne pathogens, tick salivary glands, Salivary Proteins and Peptides, Saliva, Tick Bites, Anticoagulants, Tick-Borne Diseases, Host-Pathogen Interactions, Immunosuppressive Agents
Abstract: International audience; As long-term pool feeders, ticks have developed myriad strategies to remain discreetly but solidly attached to their hosts for the duration of their blood meal. The critical biological material that dampens host defenses and facilitates the flow of blood-thus assuring adequate feeding-is tick saliva. Saliva exhibits cytolytic, vasodilator, anticoagulant, anti-inflammatory, and immunosuppressive activity. This essential fluid is secreted by the salivary glands, which also mediate several other biological functions, including secretion of cement and hygroscopic components, as well as the watery component of blood as regards hard ticks. When salivary glands are invaded by tick-borne pathogens, pathogens may be transmitted via saliva, which is injected alternately with blood uptake during the tick bite. Both salivary glands and saliva thus play a key role in transmission of pathogenic microorganisms to vertebrate hosts. During their long co-evolution with ticks and vertebrate hosts, microorganisms have indeed developed various strategies to exploit tick salivary molecules to ensure both acquisition by ticks and transmission, local infection and systemic dissemination within the vertebrate host.
Published: 2017

24. Ticks and Tick-borne diseases in Ireland

Author: Peter Stuart, Estelle Gonzalez, Sara Moutailler, Annetta Zintl, Colm OMuireagain, Elodie Devillers, Justine Dutraive, Jeremy S. Gray, Theo de Waal, Jack O’Connor, Fergal Morris, Barbara Good, Linda Paredis, Zintl, Annetta, Univ Coll Dublin, UCD Sch Vet Med, University College Dublin [Dublin] (UCD), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Trinity College Dublin, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, MSD Anim Hlth, Animal and Grassland Research and Innovation Centre (AGRICE), School of Biology and Environmental Science, MSD Animal Health, UCD Overhead Investment Plan (OIP), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)
Subjects: 0301 basic medicine, Veterinary medicine, Ixodes ricinus, tick-borne diseases, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030231 tropical medicine, Review, lyme-disease, Tick, ticks, ixodes-ricinus ticks, bovine babesiosis, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Lyme disease, Environmental health, Borrelia, parasitic diseases, louping ill, medicine, Anaplasma, anaplasma-phagocytophilum, Tick-borne disease, great-britain, borrelia, General Veterinary, biology, northern-ireland, louping ill virus, ixodes ricinus, biology.organism_classification, medicine.disease, bacterial infections and mycoses, burgdorferi sensu-lato, babesia, 1st report, 3. Good health, anaplasma, babesia-divergens infection, 030104 developmental biology, Babesia, Louping ill, Ticks, Tick-borne diseases
Abstract: Throughout Europe interest in tick-borne agents is increasing, particularly with regard to those that can cause human disease. The reason for this is the apparent rise in the incidence of many tick-borne diseases (TBD's). While there has never been a national survey of ticks or TBD's in Ireland, the trend here appears to be the reverse with a decline in the incidence of some agents seemingly associated with decreasing tick numbers particularly on agricultural land. In the absence of robust baseline data, however, this development cannot be confirmed. This review collates the limited information available from several dated published records on tick species and a small number of studies focused on certain TBD's. Some pilot data on tick density and TBD agents collected in 2016 are also presented. The aim is to explore the particular situation in Ireland with regard to ticks and TBD's and to provide a reference for future workers in the field.
Published: 2017

25. Population genetics, community of parasites, and resistance to rodenticides in an urban brown rat (Rattus norvegicus) population

Author: Desvars-Larrive, Amélie, Pascal, Michel, Gasqui, Patrick, Cosson, Jean-Francois, Benoit, Etienne, Lattard, Virginie, Crespin, Laurent, Lorvelec, Olivier, Pisanu, Benoît, Teynie, Alexandre, Vayssier-Taussat, Muriel, Bonnet, Sarah, Marianneau, Philippe, Lacôte, Sandra, Bourhy, Pascale, Berny, Philippe, Pavio, Nicole, Le Poder, Sophie, Gilot-Fromont, Emmanuelle, Jourdain, Elsa, Hammed, Abdessalem, Fourel, Isabelle, Chikh, Farid, Vourc'h, Gwenaël, Research Institute of Wildlife Ecology, University of Veterinary Medicine [Vienna] (Vetmeduni), Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Rongeurs Sauvages, Risques Sanitaires et Gestion des Populations - UR 1233 (RS2GP), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Agence Française pour la Biodiversité (AFB), Unité Virologie, Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Collaborateur FAO/OMS pour l'épidémiologie de la leptospirose, Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre National de Référence de la Leptospirose - National Reference Center Leptospirosis (CNR), Biologie des Spirochètes / Biology of Spirochetes, Interactions Cellules Environnement - UR (ICE), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Biodémographie évolutive, Département écologie évolutive [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Conseil Départemental Hauts-de-Seine, Conseil Départmental des Hauts-de-Seine, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA Grant), ANR-09-CESA-0008,RODENT,Impacts des rodenticides anticoagulants sur les écosystèmes - adaptation des populations de rongeurs cibles et effets sur leurs prédateurs(2009), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire de Lyon, Unité Virologie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), University of Veterinary Medicine [Vienna] ( Vetmeduni ), Écologie et santé des écosystèmes ( ESE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Épidémiologie des maladies animales et zoonotiques ( UMR EPIA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques ( BIPAR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort-AFSSA-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), Rongeurs Sauvages – Risques Sanitaires et Gestion des Populations, INRA, VetAgro Sup ( USC1233/RS2GP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), UMS 2006 Patrimoine Naturel, Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Agence française pour la biodiversité, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort ), Centre National de Référence de la Leptospirose-Centre Collaborateur FAO/OMS pour l'épidémiologie de la leptospirose-Biologie des Spirochètes, Virologie UMR1161 ( VIRO ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort-ANSES, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), ANR-09-CESA-0008,RODENT,Impacts des rodenticides anticoagulants sur les écosystèmes - adaptation des populations de rongeurs cibles et effets sur leurs prédateurs ( 2009 ), Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), Agence Française pour la Biodiversité (AFB)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: analyse de données, 0301 basic medicine, Veterinary medicine, milieu urbain, Brown rat, Population genetics, Drug Resistance, lcsh:Medicine, Artificial Gene Amplification and Extension, Pathology and Laboratory Medicine, Polymerase Chain Reaction, détection moléculaire, Gene flow, Medicine and Health Sciences, caractérisation morphologique, Rodenticide, Immunogenetic Phenomena, lcsh:Science, Mammals, Leptospira, education.field_of_study, Multidisciplinary, biology, Geography, Biodiversity, Animal Models, Bacterial Pathogens, [ SDV.GEN.GPO ] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], Experimental Organism Systems, Medical Microbiology, parasite, Vertebrates, France, résistance génétique, Pathogens, Bartonella, Autre (Sciences du Vivant), Research Article, Microsatellite loci, Trypanosoma, Genotype, Genetic loci, Population, rattus norvegicus, Research and Analysis Methods, Rodents, Microbiology, 03 medical and health sciences, Model Organisms, Gene Types, Vitamin K Epoxide Reductases, Helminths, [SDV.BA.ZV]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, Genetics, Animals, Parasites, education, Molecular Biology Techniques, Microbial Pathogens, Molecular Biology, Genetic diversity, Evolutionary Biology, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], Population Biology, Bacteria, anticoagulant, lcsh:R, Urban Health, Organisms, Genetic Variation, Rodenticides, Biology and Life Sciences, [ SDV.GEN.GA ] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, biology.organism_classification, Invertebrates, Blood Cell Count, Rats, Medical risk factors, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, 030104 developmental biology, Genetics, Population, Amniotes, [ SDV.BA.ZV ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, paramètre hématologique, lcsh:Q, Species richness, Biomarkers, Microsatellite Repeats
Abstract: International audience; Brown rats are one of the most widespread urban species worldwide. Despite the nuisances they induce and their potential role as a zoonotic reservoir, knowledge on urban rat populations remains scarce. The main purpose of this study was to characterize an urban brown rat population from Chanteraines park (Hauts-de-Seine, France), with regards to haematology, population genetics, immunogenic diversity, resistance to anticoagulant rodenticides, and community of parasites. Haematological parameters were measured. Population genetics was investigated using 13 unlinked microsatellite loci. Immunogenic diversity was assessed for Mhc-Drb. Frequency of the Y139F mutation (conferring resistance to rodenticides) and two linked microsatellites were studied, concurrently with the presence of anticoagulant residues in the liver. Combination of microscopy and molecular methods were used to investigate the occurrence of 25 parasites. Statistical approaches were used to explore multiple parasite relationships and model parasite occurrence. Eighty-six rats were caught. The first haematological data for a wild urban R. norvegicus population was reported. Genetic results suggested high genetic diversity and connectivity between Chanteraines rats and surrounding population(s). We found a high prevalence (55.8%) of the mutation Y139F and presence of rodenticide residues in 47.7% of the sampled individuals. The parasite species richness was high (16). Seven potential zoonotic pathogens were identified, together with a surprisingly high diversity of Leptospira species (4). Chanteraines rat population is not closed, allowing gene flow and making eradication programs challenging, particularly because rodenticide resistance is highly prevalent. Parasitological results showed that co-infection is more a rule than an exception. Furthermore, the presence of several potential zoonotic pathogens, of which four Leptospira species, in this urban rat population raised its role in the maintenance and spread of these pathogens. Our findings should stimulate future discussions about the development of a long-term rat-control management program in Chanteraines urban park.
Published: 2017

26. Cross-sectional study of toxoplasma gondii infection in pig farms in england

Author: Wendy Beauvais, Isabelle Villena, Georgina Limon, Javier Guitian, Radu Blaga, Nikolaos Dadios, Charlotte Cockle, Hawkshead Lane, Hatfield, Royal Veterinary College, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Food Standard Agency United Kingdom [FS517004], European Food Safety Authority, [GA/EFSA/BIOHAZ/2013/01], Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Veterinary medicine, Swine, 040301 veterinary sciences, Cross-sectional study, [SDV]Life Sciences [q-bio], Antibodies, Protozoan, Toxoplasma gondii, Food Contamination, Applied Microbiology and Biotechnology, Microbiology, Serology, Foodborne Diseases, 0403 veterinary science, 03 medical and health sciences, Food Parasitology, Direct agglutination test, Credible interval, Animals, risk factors, Swine Diseases, 2. Zero hunger, biology, pigs, Bayes Theorem, 04 agricultural and veterinary sciences, 030108 mycology & parasitology, biology.organism_classification, infection, Red Meat, Cross-Sectional Studies, Toxoplasmosis, Animal, England, Relative risk, empirical Bayes approach, Immunology, Red meat, Female, Animal Science and Zoology, Toxoplasma, Food Science, Food contaminant
Abstract: Ingestion of undercooked meat has been proposed as an important source of human Toxoplasma gondii infection. To ascertain the contribution of meat consumption to the risk of human infection, estimates of the prevalence of infection in meat-producing animals are required. A cross-sectional study was conducted to assess T. gondii infection in pigs raised in England, to identify risk factors for infection, and to compare performance of two serological tests: modified agglutination test (MAT) and enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Blood samples from 2071 slaughter pigs originating from 131 farms were collected and 75 (3.6%) were found to be positive by MAT. Positive pigs originated from 24 farms. A subset of samples (n = 492) were tested using ELISA, and a significant disagreement (p < 0.001) was found between the two tests. An empirical Bayes approach was used to estimate the farm-level prevalence and the probability of each individual farm having at least one positive animal, considering the uncertainty arising from the sampling strategy and the imperfect test performance. The adjusted farm-level prevalence was 11.5% (95% credible interval of positive farms 8.416.0%). Two different criteria were used for classifying farms as infected: (1) >= 50% probability of having at least one infected pig (n = 5, 6.8%) and (2) >= 10% probability (n = 15, 20.5%). Data on putative risk factors were obtained for 73 farms. Using a 10% cutoff, the relative risk (RR) of infection was higher in farms where cats have direct access to pigs' food (RR = 2.6; p = 0.04), pigs have outdoor access (RR = 3.0; p = 0.04), and farms keeping
Published: 2017

27. Population structure of the soft tick Ornithodoros maritimus and its associated infectious agents within a colony of its seabird host Larus michahellis

Author: Dupraz, M., Toty, Céline, Devillers, E., Blanchon, T., Elguero, Eric, Vittecoq, M., Moutailler, S., McCoy, K. D., Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut de recherche de la Tour du Valat, Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Evolution of host-microbe communities (MIVEGEC-EVCO), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), ANR grant ESPEVEC [ANR blanc ANR-13-BSV7-0018-01], ANSES, French Ministry for National Education and Research at University of Montpellier, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie
Subjects: zoonose, Epidemiology, agent infectieux, Within-nest dynamics, lcsh:Zoology, parasitic diseases, Dynamique des populations, lcsh:QL1-991, Structure de la population, Distribution spatiale, Dispersal, Dispersal Epidemiology, Maladie transmise par vecteur, Épidémiologie, Parasite, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, Vecteur de maladie, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Argasidae, L72 - Organismes nuisibles des animaux, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: International audience; The epidemiology of vector-borne zoonoses depends on the movement of both hosts and vectors, which can differ greatly in intensity across spatial scales. Because of their life history traits and small size, vector dispersal may be frequent, but limited in distance. However, little information is available on vector movement patterns at local spatial scales, and particularly for ticks, transmitting the greatest diversity of recognized infectious agents. To test the degree to which ticks can disperse and disseminate pathogens at local scales, we investigated the temporal dynamics and population structure of the soft tick Ornithodoros maritimus within a colony of its seabird host, the Yellow-legged gull Larus michahellis. Ticks were repeatedly sampled at a series of nests during the host breeding season. In half of the nests, ticks were collected (removal sampling), in the other half, ticks were counted and returned to the nest. A subsample of ticks was screened for known bacteria, viruses and parasites using a high throughput real-time PCR system to examine their distribution within the colony. The results indicate a temporal dynamic in the presence of tick life stages over the season, with the simultaneous appearance of juvenile ticks and hatched chicks, but no among-nest spatial structure in tick abundance. Removal sampling significantly reduced tick numbers, but only from the fourth visit onward. Seven bacterial isolates, one parasite species and one viral isolate were detected but no spatial structure in their presence within the colony was found. These results suggest weak isolation among nests and that tick dispersal is likely frequent enough to quickly recolonize locally-emptied patches and disseminate pathogens across the colony. Vector-mediated movements at local scales may therefore play a key role in pathogen emergence and needs to be considered in conjunction with host movements for predicting pathogen circulation and for establishing effective control strategies.
Published: 2017

28. Metabarcoding of Bacterial Pathogens in a Rodent Pest: Which Organ?

Author: VILLETTE, P., Afonso, Eve, Couval, G, Levret, A, Galan, M., Tatard, C., Cosson, J.-F, Giraudoux, P., Giraudoux, J.-F, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fédération Régionale de Défense contre les Organismes Nuisibles de Franche-Comté (FREDON Franche-Comté), Unité de recherche Comportement et Ecologie de la Faune Sauvage (CEFS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), Society for Molecular Biology and Evolution, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Unité comportement et écologie de la faune sauvage, École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, and Villette, Petra
Subjects: [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], tissue selection, [SDV.BA.MVSA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, High-Throughput Sequencing, [SDV.BID.EVO] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], Bacterial pathogens, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Arvicola terrestris, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.MP.PAR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology
Abstract: International audience; High-throughput sequencing technologies now allow for rapid and cost-effective surveys of multiple pathogens in rodents, but it is currently unclear if the host organ chosen for screening influences the number and identity of bacteria detected. We used 16s rRNA metabarcoding to identify bacterial pathogens in the heart, liver, lungs, kidneys and spleen of 13 water voles (Arvicola terrestris) collected from two populations in Franche-Comté, France to determine if bacterial assemblages within organs are similar, if all five organs are necessary to detect all of the bacteria present in an individual animal, and if differences between the two host population’s bacterial assemblages can be detected by each organ. We identified 25 bacteria representing 17 genera; average bacterial richness for each organ ranged from 1.5 ± 0.4 (mean ± standard error) to 2.5 ± 0.4 bacteria/organ and did not differ significantly between organs. The average bacterial richness when organ assemblages were pooled within animals was 5.4 ± 0.7 bacteria/animal, and rarefaction analysis indicates that all five organs are required to obtain this. Organ type does not, however, influence bacterial assemblage composition in a systematic or predictable way (PERMANOVA, 999 permutations, pseudo-F4,51=1.34, p=0.12). Ordination and PERMANOVA analysis indicates that differences in pooled, liver, and lung assemblages map to host populations, but heart, kidney and spleen assemblages do not. Our results demonstrate that the number of organs sampled influences the power to detect bacterial pathogens and host-population trends in bacterial assemblage composition. These results can inform sampling decisions in public health and wildlife ecology.
Published: 2016

29. Neutropenic Mice Provide Insight into the Role of Skin-Infiltrating Neutrophils in the Host Protective Immunity against Filarial Infective Larvae

Author: Géraldine Schlecht-Louf, Gregory Karadjian, Françoise Gaudin-Nomé, Françoise Bachelerie, Nathaly Vallarino-Lhermitte, Adelaide Nieguitsila, Marie-Laure Aknin, Nicolas Pionnier, Viviana Marin-Esteban, Emilie Brotin, Coralie Martin, Sylvie Chollet-Martin, Frédéric Fercoq, Patrice Hémon, Inflammation, Chimiokines et Immunopathologie [Châtenay-Malabry], Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen] (UNICANCER/CRLC), Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Plateforme d’Histologie (PHIC), Institut Paris Saclay d’Innovation Thérapeutique (IPSIT), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cytokines, chimiokines et immunopathologie, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Tribologie et Dynamique des Systèmes (LTDS), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Ecole Nationale d'Ingénieurs de Saint Etienne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut Paris-Saclay d’Innovation Thérapeutique (IPSIT), Sorbonne Université (SU), Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse (CRLC François Baclesse ), Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Sorbonne Universités
Subjects: 0301 basic medicine, Neutrophils, Pathogenesis, Skin infection, Pathology and Laboratory Medicine, CXCR4, Mice, White Blood Cells, Chemokine receptor, Larvae, 0302 clinical medicine, Animal Cells, Medicine and Health Sciences, Nematode Infections, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Skin, Pleural Cavity, biology, lcsh:Public aspects of medicine, Thorax, Filariasis, 3. Good health, Respiratory burst, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Larva, Host-Pathogen Interactions, Leukocyte Reduction Procedures, Cellular Types, Anatomy, Research Article, Skin Infections, Receptors, CXCR4, lcsh:Arctic medicine. Tropical medicine, lcsh:RC955-962, Immune Cells, Immunology, Dermatology, Neutropenia, Research and Analysis Methods, 03 medical and health sciences, Parasitic Diseases, medicine, Animals, Molecular Biology Techniques, Molecular Biology, Filarioidea, Blood Cells, Innate immune system, Metamorphosis, Public Health, Environmental and Occupational Health, Biology and Life Sciences, lcsh:RA1-1270, Cell Biology, Neutrophil extracellular traps, biology.organism_classification, medicine.disease, Immunity, Innate, Disease Models, Animal, 030104 developmental biology, Developmental Biology, Cloning, 030215 immunology
Abstract: Our knowledge and control of the pathogenesis induced by the filariae remain limited due to experimental obstacles presented by parasitic nematode biology and the lack of selective prophylactic or curative drugs. Here we thought to investigate the role of neutrophils in the host innate immune response to the infection caused by the Litomosoides sigmodontis murine model of human filariasis using mice harboring a gain-of-function mutation of the chemokine receptor CXCR4 and characterized by a profound blood neutropenia (Cxcr4+/1013). We provided manifold evidence emphasizing the major role of neutrophils in the control of the early stages of infection occurring in the skin. Firstly, we uncovered that the filarial parasitic success was dramatically decreased in Cxcr4+/1013 mice upon subcutaneous delivery of the infective stages of filariae (infective larvae, L3). This protection was linked to a larger number of neutrophils constitutively present in the skin of the mutant mice herein characterized as compared to wild type (wt) mice. Indeed, the parasitic success in Cxcr4+/1013 mice was normalized either upon depleting neutrophils, including the pool in the skin, or bypassing the skin via the intravenous infection of L3. Second, extending these observations to wt mice we found that subcutaneous delivery of L3 elicited an increase of neutrophils in the skin. Finally, living L3 larvae were able to promote in both wt and mutant mice, an oxidative burst response and the release of neutrophil extracellular traps (NET). This response of neutrophils, which is adapted to the large size of the L3 infective stages, likely directly contributes to the anti-parasitic strategies implemented by the host. Collectively, our results are demonstrating the contribution of neutrophils in early anti-filarial host responses through their capacity to undertake different anti-filarial strategies such as oxidative burst, degranulation and NETosis., Author Summary Filariases are chronic debilitating diseases caused by parasitic nematodes affecting more than 150 million people worldwide. None of the current drugs are selective, neither able to eliminate the parasites nor to prevent new infections once the drug pressure has waned. Therefore, blocking the entry and the migration of the infective larvae (L3) could be an efficient way to control the infection. In the present study we investigated the early interaction between the host and the L. sigmodontis murine filariasis with a focus on the neutrophils in the innate host responses. We uncovered a key role of neutrophils in the control of infection provided by the CXCR4-gain-of-function mice (Cxcr4+/1013) that display a blood neutropenia as well as an accumulation of skin-infiltrating neutrophils. Overall, we reveal that in the early phase of filariasis, i.e. after L3 are delivered into the skin and before they reach their site for reproduction, neutrophils are critical elements of the host innate protective response arsenal. A better understanding of their indirect and/or effector role(s) may provide mechanistic clues to host factors implicated in parasitic nematode entry and potentially lead to the identification of new drug targets.
Published: 2016

30. Maladie de Lyme. Les tiques, leurs hôtes & les agents infectieux

Author: Vourc'h, Gwenaël, Cosson, Jean-Francois, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Bar des Sciences., Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Maladie de Lyme. Les tiques, leurs hôtes & les agents infectieux. « Et tique et toc : les tiques ! La maladie de LYME ». Bar des sciences de Montbéliard, soirée organisée par le « Pavillon des Sciences »
Published: 2016

31. Influence of Breed Size, Age, Fecal Quality, and Enteropathogen Shedding on Fecal Calprotectin and Immunoglobulin A Concentrations in Puppies During the Weaning Period

Author: Sylvie Chastant-Maillard, Romy M. Heilmann, Jan S. Suchodolski, Bruno Polack, Jörg M. Steiner, Dominique Grandjean, Niels Grützner, Corine Boucraut-Baralon, Alexandre Feugier, Aurélien Grellet, Royal Canin, Small Animal Clinic, College of Veterinary Medicine, Universität Leipzig [Leipzig], Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Scanelis, Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort, Université Paris Est, Department of Clinical Veterinary Medicine, Vetsuisse Fac Berne, Gastrointestinal Laboratory, Department of Small Animal Clinical Sciences, College of Veterinary Medicine and Biomedical Sciences, Texas A&M University System, Royal Canin SAS (Aimargues, France), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), and École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: 0301 basic medicine, Immunoglobulin A, Aging, 040301 veterinary sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], Immunology, Physiology, 610 Medicine & health, Digestive, Weaning, Standard Article, 0403 veterinary science, Feces, 03 medical and health sciences, Dogs, fluids and secretions, Age, Enteropathogens, Immunity, parasitic diseases, Dog, Animals, Body Size, Calprotectin, General Veterinary, biology, Canine parvovirus, Radioimmunoassay, 04 agricultural and veterinary sciences, 030108 mycology & parasitology, biology.organism_classification, Standard Articles, Breed, 3. Good health, biology.protein, SMALL ANIMAL, Leukocyte L1 Antigen Complex, Biomarkers
Abstract: BACKGROUND Fecal calprotectin and immunoglobulin A (IgA) are markers of intestinal inflammation and immunity in adult dogs. HYPOTHESIS Fecal calprotectin and IgA concentrations in puppies are not influenced by fecal moisture in puppies but by enteropathogen shedding. ANIMALS Three hundred and twenty-four puppies. METHODS Fecal consistency was assessed by gross examination. Fecal moisture was evaluated before and after lyophilization. Canine parvovirus and coronavirus were detected in feces by qPCR and qRT-PCR respectively. Giardia intestinalis antigen was quantified by ELISA. The standard McMaster flotation technique was used to detect eggs and oocysts in feces. Fecal calprotectin and IgA concentrations were quantified by in-house radioimmunoassays. RESULTS For each marker (IgA and calprotectin), a strong positive correlation was observed between concentration in fresh feces and concentration in fecal dry matter. 75.6% of the puppies were found to be infected by at ≥1 of the enteropathogens evaluated. Fecal calprotectin concentration was significantly influenced by age (P = .001), with higher concentrations in younger puppies, but not by viral (P = .863) or parasitic infection (P = .791). Fecal IgA concentration was significantly influenced by enteropathogen shedding (P = .01), with a lower fecal IgA concentration in puppies shedding at ≥1 enteropathogen compared to puppies without any enteropathogen shedding, but not by age. CONCLUSIONS Fecal calprotectin and IgA are of no diagnostic value to detect presence of enteropathogens in clinically healthy puppies or puppies with abnormal feces, but could help to better understand the maturation of digestive tract.
Published: 2016

32. Tick species, tick-borne pathogens and symbionts in an insular environment off the coast of Western France

Author: Sara Moutailler, Elodie Devillers, Muriel Vayssier-Taussat, Alessandra Torina, Guy Joncour, Lorraine Michelet, Sarah Bonnet, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Société Nationale des Groupements Techniques Vétérinaires (SNGTV), Dipartimento Sanità Interprovinciale, Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Sicilia, GTV Bretagne, Institut national de medecine agricole (INMA), Fondation Alfort, French Agency for Food, Environmental and Occupational Health and Safety (ANSES), the Animal Health department of INRA, European Network for Neglected Vectors and Vector-Borne Infections (COST Action) [TD1303], École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)
Subjects: 0301 basic medicine, DNA, Bacterial, Male, Ixodidae, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030231 tropical medicine, 030106 microbiology, Insular environment, Zoology, Tick, Microbiology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Ticks, Borrelia, Theileria, parasitic diseases, Animals, Anaplasma, Dermacentor, Islands, Haemaphysalis, Tick-borne pathogens, biology, Bacteria, biology.organism_classification, bacterial infections and mycoses, Infectious Diseases, Rickettsia, Tick-Borne Diseases, Insect Science, Babesia, bacteria, Parasitology, Female, France, Animal Distribution
Abstract: Insular environments provide ideal natural conditions to study disease ecology, especially emerging diseases, due to clear differentiation between local and long-distance transmission. Such environments are of particular interest regarding tick-borne pathogens (TBP), since animal exchange with the mainland (along with any ticks they carry) is limited, and because such locations could lie on migratory routes for birds carrying ticks. Therefore both tick species and TBP may display different prevalence than those observed on the continent. As such, an epidemiological survey was performed on Belle-Ile-en-Mer, an island off the coast of Western France, in order to estimate the prevalence of tick species and the microorganisms they carried. Three tick species, Dermacentor marginatus, D. reticulatus, and Haemaphysalis punctata were collected at five different sites in 2010 and 2011. All ticks were tested for pathogen's and symbiont's DNA by (i) PCR for Anaplasma spp., Borrelia spp., Rickettsia spp.; (ii) real-time PCR for Francisella tularensis, Francisella-like endosymbionts (FLE) and Coxiella spp. and (iii) PCR-RLB for Babesia-Theileria spp. Pathogen DNA detected in D. marginatus including Borrelia spp. (18%), Rickettsia spp. (13%) which was identified as R. slovaca, Babesia spp. (8%), and Theileria spp. (1%). Pathogens detected in D. reticulatus including Rickettsia spp. (31%) identified as R. raoulti, Francisella-like endosymbiont (86%), and Babesia spp (21%). Pathogens detected in H. punctata including Rickettsia spp. (1%) identified as R. aeschlimannii, FLE (0.4%), Babesia spp. (18%), and Theileria spp. (7%). Anaplasma spp., F. tularensis, or Coxiella spp. were not detected in any of the collected ticks. This study represents the first epidemiological survey of the insular Belle-Ile-en-Mer environment. It demonstrated the presence of expected pathogens, consistent with reports from island veterinarians or physicians, as well as unexpected pathogens, raising questions about their potential introduction through infected animals and/or their dispersion by migratory birds.
Published: 2016

33. Co-infection of Ticks: The Rule Rather Than the Exception

Author: Elise Vaumourin, Elodie Devillers, Gwenaël Vourc’h, Patrick Gasqui, Lorraine Michelet, Patrick Mavingui, Muriel Vayssier-Taussat, Florence Hélène Tran, Jean-François Cosson, Sara Moutailler, Claire Valiente Moro, Van Tran Van, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical (PIMIT), Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IRD-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cyclotron Réunion Océan Indien (CYROI), Université de La Réunion (UR)-Centre Hospitalier Universitaire de La Réunion (CHU La Réunion), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IRD-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de La Réunion (UR), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques ( BIPAR ), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ) -AFSSA-Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Épidémiologie des maladies animales et zoonotiques ( UMR EPIA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical ( PIMIT ), Université de la Réunion ( UR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IRD-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Cyclotron Réunion Océan Indien ( CYROI ), Université de la Réunion ( UR ) -Centre Hospitalier Universitaire de La Réunion ( CHU La Réunion ), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Univ, Réunion, and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie
Subjects: 0301 basic medicine, Bacterial Diseases, [ SDV.BA.ZI ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, Epidemiology, Disease Vectors, Pathology and Laboratory Medicine, 0302 clinical medicine, Lyme disease, Ticks, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, RNA, Ribosomal, 16S, Theileria, [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, Medicine and Health Sciences, Pathogen, Flowering Plants, Lyme Disease, biology, Transmission (medicine), Coinfection, lcsh:Public aspects of medicine, Plants, 3. Good health, Bacterial Pathogens, [ SDV.MHEP.MI ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, RNA, Bacterial, Infectious Diseases, Medical Microbiology, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Female, France, Pathogens, RNA, Protozoan, Research Article, DNA, Bacterial, lcsh:Arctic medicine. Tropical medicine, Ixodes ricinus, Arthropoda, Borrelia Burgdorferi, lcsh:RC955-962, 030231 tropical medicine, Babesia, Microbiology, 03 medical and health sciences, Rheumatology, Virology, Arachnida, parasitic diseases, medicine, Animals, Microbial Pathogens, Ixodes, Bacteria, Ricinus, Borrelia, Public Health, Environmental and Occupational Health, Organisms, Biology and Life Sciences, lcsh:RA1-1270, [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, DNA, Protozoan, biology.organism_classification, medicine.disease, bacterial infections and mycoses, Invertebrates, Borrelia Infection, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, 030104 developmental biology, Co-Infections, [SDV.BA.ZI] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, Animal Distribution, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: Introduction Ticks are the most common arthropod vectors of both human and animal diseases in Europe, and the Ixodes ricinus tick species is able to transmit a large number of bacteria, viruses and parasites. Ticks may also be co-infected with several pathogens, with a subsequent high likelihood of co-transmission to humans or animals. However few data exist regarding co-infection prevalences, and these studies only focus on certain well-known pathogens. In addition to pathogens, ticks also carry symbionts that may play important roles in tick biology, and could interfere with pathogen maintenance and transmission. In this study we evaluated the prevalence of 38 pathogens and four symbionts and their co-infection levels as well as possible interactions between pathogens, or between pathogens and symbionts. Methodology/principal findings A total of 267 Ixodes ricinus female specimens were collected in the French Ardennes and analyzed by high-throughput real-time PCR for the presence of 37 pathogens (bacteria and parasites), by rRT-PCR to detect the presence of Tick-Borne encephalitis virus (TBEV) and by nested PCR to detect four symbionts. Possible multipartite interactions between pathogens, or between pathogens and symbionts were statistically evaluated. Among the infected ticks, 45% were co-infected, and carried up to five different pathogens. When adding symbiont prevalences, all ticks were infected by at least one microorganism, and up to eight microorganisms were identified in the same tick. When considering possible interactions between pathogens, the results suggested a strong association between Borrelia garinii and B. afzelii, whereas there were no significant interactions between symbionts and pathogens. Conclusion/significance Our study reveals high pathogen co-infection rates in ticks, raising questions about possible co-transmission of these agents to humans or animals, and their consequences to human and animal health. We also demonstrated high prevalence rates of symbionts co-existing with pathogens, opening new avenues of enquiry regarding their effects on pathogen transmission and vector competence., Author Summary Ticks transmit more pathogens than any other arthropod, and one single species can transmit a large variety of bacteria and parasites. Because co-infection might be much more common than previously thought, we evaluated the prevalence of 38 known or neglected tick-borne pathogens in Ixodes ricinus ticks. Our results demonstrated that co-infection occurred in almost half of the infected ticks, and that ticks could be infected with up to five pathogens. Moreover, as it is well established that symbionts can affect pathogen transmission in arthropods, we also evaluated the prevalence of four symbiont species and demonstrated that all ticks were infected by at least one microorganism. This work highlights the co-infection phenomenon in ticks, which may have important implications for human and animal health, emphasizing the need for new diagnostic tests better adapted to tick-borne diseases. Finally, the high co-occurrence of symbionts and pathogens in ticks, reveals the necessity to also account for these interactions in the development of new alternative strategies to control ticks and tick-borne disease.
Published: 2016

34. A new taxonomic toolkit for identification of two sympatric species of Bandicota (Rodentia: Muridae) from mainland Southeast Asia

Author: Serge Morand, Jean-François Cosson, Julien Claude, Surachit Waengsothorn, Yannick Chaval, Unité de recherche Comportement et Ecologie de la Faune Sauvage (CEFS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Thailand Institute of Scientific and Technological Research, Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Ouest]), Université de Montpellier (UM), Animal et gestion intégrée des risques (Cirad-Bios-UPR 22 AGIRs), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), the ANR-robovirose, CERoPath (ANR 07 BDIV 012), and BiodivHealthSEA (ANR 11 CPEL 002) research programs financed by the French National Agency for Research, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Animal et gestion intégrée des risques (UPR AGIRs), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, sigmodon, [SDV]Life Sciences [q-bio], species identification, Zoology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, rodentia, muridae, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Morphometrics, asie du sud est, morphometrics, biology, Bandicota indica, Bandicota, primer-specific, biology.organism_classification, Bandicoot, Bandicota savilei, 030104 developmental biology, Sympatric speciation, southeastern asia, Animal Science and Zoology, Identification (biology), Mainland
Abstract: Bandicoot rats are a widespread species in Asia. Throughout their distribution, bandicoot rats are of high sanitary importance as reservoirs of at least 10 human diseases. In mainland Thailand, Cambodia, Laos, and Vietnam, where two species coexist, taxonomic distinction based on external characters is difficult and may lead to a certain proportion of misidentification. The purpose of this paper is to evaluate the efficiency of classical methods for distinguishing these bandicoot species, and provide new, simple, and cheap tools for discriminating species based on molecular characteristics, morphological ratio, and morphometric variation. Two PCR tests were developed: a first (PCR1) for distinguishing Bandicota and Rattus genera, and a second (PCR2) for distinguishing Bandicota indica and Bandicota savilei species. We evaluated two morphometric approaches for species discrimination: (a) one based on the ratio between head and body and hind-foot length, and (b) a second based on landmark analysis of mandible forms. The accuracy of both morphological approaches was fairly high. Together, the three identification tools appear useful for a wide scientific community, including curators, agronomists, ecologists, and epidemiologists wishing to have access to reliable species identification.
Published: 2016

35. Identification of a novel nanoRNase in Bartonella

Author: Undine Mechold, Antoine Danchin, Ma Feng Liu, Francis Biville, Dorit Cohen, Henri-Jean Boulouis, Jing Wang, Sandra Cescau, Jilin University (JLU), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Biochimie des Interactions Macromoléculaires / Biochemistry of Macromolecular Interactions, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chinese Academy of Sciences [Beijing] (CAS), Bar-Ilan University [Israël], AMAbiotics SAS, This work was supported by the Pasteur Institute, the Centre National de la Recherche Scientifique (URA2172), the Agence Nationale pour la Recherche (ANR-06-MIME-019-01) and TARPOL (grant KBBE-212894). M. F. L. was supported by the China Scholarship Council, ANR-06-MIME-0019,HEMBART,Persistance des Bartonella dans leur hôte réservoir : mécanismes moléculaires impliqués dans la pénétration et la survie dans les érythrocytes.(2006), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Biochimie des Interactions Macromoléculaires
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], RNA Stability, PHOSPHATASE-ACTIVITY, HENSELAE, MESH: Amino Acid Sequence, Bacillus subtilis, medicine.disease_cause, Genomic library, MESH: Bacterial Proteins, Peptide sequence, GENE-EXPRESSION, PRIME TRANSCRIPTION INITIATION, Genetics, MESH: Genetic Complementation Test, Genomic Library, 0303 health sciences, biology, MESH: Escherichia coli, MESH: Genomic Library, MESH: RNA Stability, respiratory system, RNA, Bacterial, ESCHERICHIA-COLI, Gene Knockdown Techniques, MESH: Exoribonucleases, MESH: Bartonella, MESH: RNA, Bacterial, Bartonella, EXORIBONUCLEASE RNASE-R, Bartonella birtlesii, STRATEGIES, Molecular Sequence Data, Microbiology, BACILLUS-SUBTILIS, 03 medical and health sciences, Bacterial Proteins, Escherichia coli, medicine, Amino Acid Sequence, Gene, 030304 developmental biology, MESH: Molecular Sequence Data, 030306 microbiology, OLIGORIBONUCLEASE, Genetic Complementation Test, fungi, Alphaproteobacteria, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, DEGRADATION, biology.organism_classification, MESH: Gene Knockdown Techniques, Exoribonucleases, sense organs
Abstract: International audience; In Escherichia coli, only one essential oligoribonuclease (Orn) can degrade oligoribonucleotides of five residues and shorter in length (nanoRNA). In Bacillus subtilis, NrnA and NrnB, which do not show any sequence similarity to Orn, have been identified as functional analogues of Orn. Sequence comparisons did not identify orn, nrnA or nrnB homologues in the genomes of the Chlamydia/Cyanobacteria and Alphaproteobacteria family members. Screening a genomic library from Bartonella birtlesii, a member of the Alphaproteobacteria, for genes that can complement a conditional orn mutant in E. coli, we identified BA0969 (NrnC) as a functional analogue of Orn. NrnC is highly conserved (more than 80 % identity) in the Bartonella genomes sequenced to date. Biochemical characterization showed that this protein exhibits oligo RNA degradation activity (nanoRNase activity). Like Orn from E. coli, NrnC is inhibited by micromolar amounts of 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate in vitro. NrnC homologues are widely present in genomes of Alphaproteobacteria. Knock down of nrnC decreases the growth ability of Bartonella henselae, demonstrating the importance of nanoRNase activity in this bacterium.
Published: 2012

36. Breaking down carnivores mixed diets using noninvasive sampling: exploitation of anthropogenic foods and preys by rural free-ranging domestic cats (Felis silvestris catus) revealed by DNA-based methods

Author: Forin-Wiart, Marie-Amélie, Galan, Maxime, Uhmang, G., Piry, Sylvain, Hormaz, V., Boué, François, Cosson, Jean-Francois, Larose, Chloé, Poulle, Marie-Lazarine, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Inconnu, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, ProdInra, Migration, Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO]Computer Science [cs], [INFO] Computer Science [cs], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

37. Environmental factors influencing tick densities over seven years in a French suburban forest

Author: Martine Cote, Evelyne Le Naour, Richard Paul, Sarah Bonnet, Génétique fonctionnelle des Maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), We gratefully thank all who participated in collecting ticks throughout the study: M. Chaumien, E. Devillers, F. Femenia, N. Galais,D.Huet,X.Liu,S.Moutailler,C.Reis and L. Simo. We are very grateful to Jean-Louis Chapuis for his critical reading ofthe manuscript. Thanks are also due to the 'Tiques et Maladies à Tiques' group (REID, Réseau Ecologie des Interactions Durables) for stimulating discussions., Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Bonnet, Sarah, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: Male, 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Ixodes ricinus, Forests, medicine.disease_cause, Population density, 0302 clinical medicine, Ticks, Longitudinal Studies, Rickettsia, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Tick-borne pathogens, biology, Ecology, 3. Good health, Infectious Diseases, [SDU.STU.CL]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Climatology, Female, France, Longitudinal study, Bartonella, Climate impact, Anaplasma phagocytophilum, Nymph, 030231 tropical medicine, Babesia, Borrelia miyamotoi, Tick, Peri-urban forest, Tick density, 03 medical and health sciences, parasitic diseases, medicine, Animals, Humans, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Weather, Population Density, Ixodes, Borrelia, Research, biology.organism_classification, bacterial infections and mycoses, 030104 developmental biology, Rickettsia helvetica, 13. Climate action, Arachnid Vectors, Parasitology
Abstract: Background Worldwide changes in socio-economic and environmental factors and the global climate are recognised causes of variation in tick distribution and density. Thus it is of great importance that new studies address the changing risk of infection for exposed populations. In Europe, Ixodes ricinus ticks are the most common vectors of several pathogens impacting veterinary and public health that have colonised suburban habitats. Methods This study aimed to evaluate longitudinal I. ricinus questing densities and infection rates over 7 years in a French suburban forested area with high human population density. Ticks were collected in spring yearly between 2008 and 2014 and, out of a total of 8594 collected I. ricinus, a representative subset of adult females (n = 259) were individually examined for the presence of several pathogens via PCR. Results Nymph densities peaked in 2009–2011, and then declined in 2012–2014. Changes in monthly temperature only had a modest impact on this variation. In contrast, analysis revealed a complex intra-annual relationship between mean nymph density and both concurrent and lagged mean monthly temperatures. The following pathogens were detected in the studied area: Anaplasma phagocytophilum, Rickettsia helvetica, Babesia venatorum and B. divergens, Francisella tularensis, Borrelia miyamotoi, B. afzelii/valaisiana, B. garinii/lusitaniae and Bartonella spp. Conclusion Our findings reinforce the conclusion that ticks are important vectors of pathogenic microorganisms in suburban forests and suggest that despite complex intra-annual relationships between tick densities and temperature, there is no evidence for a climate-associated increase in infection risk over the 7-year period. Rather, tick densities are likely to be strongly influenced by population density fluctuations in vertebrate host species and wildlife management. Further detailed studies on the impact of climate change on tick population densities are required. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s13071-016-1591-5) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2015

38. Detection of Orientia sp. DNA in rodents from Asia, West Africa and Europe

Author: Nathalie Charbonnel, Ambroise Dalecky, Maxime Galan, Jean-François Cosson, Khalilou Bâ, Serge Morand, Maria Bernard, Carine Brouat, Emilie Bard, Muriel Vayssier-Taussat, Maria Razzauti, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Helminthology, Faculty of Tropical Medicine, Mahidol University [Bangkok], Laboratoire Population-Environnement-Développement (LPED), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), European Project: 267196,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2010-COFUND,AGREENSKILLS(2012), Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226, and Cosson, Jean-Francois
Subjects: DNA, Bacterial, medicine.medical_specialty, Orientia tsutsugamushi, Asia, Rodentia, Scrub typhus, L73 - Maladies des animaux, DISEASE, West africa, SCRUB-TYPHUS, Zoonoses, TSUTSUGAMUSHI, medicine, Animals, Humans, Socioeconomics, Letter to the Editor, Phylogeny, biology, Public health, Emerging disease, biology.organism_classification, medicine.disease, bacterial infections and mycoses, Virology, Orientia, 3. Good health, Europe, Africa, Western, Infectious Diseases, Parasitology, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Metagenomics, Rodent-borne disease, L72 - Organismes nuisibles des animaux, Rodent borne disease
Abstract: Article Open Access; International audience; Orientia bacterium is the agent of the scrub typhus, a seriously neglected life-threatening disease in Asia. Here, we report the detection of DNA of Orientia in rodents from Europe and Africa. These findings have important implications for public health. Surveillance outside Asia, where the disease is not expected by sanitary services, needs to be improved.
Published: 2015

39. Aspergillose aviaire : développement d’un modèle d’aspergillose chez la dinde (Meleagris gallopavo) et évaluation de l’efficacité de l’énilconazole

Author: Melloul, Elise, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université Paris-Est, Jacques Guillot, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), and École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: Turkey, Aspergillus fumigatus, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Enilconazole, Dinde
Abstract: Aspergillus fumigatus remains a major respiratory pathogen in both ornamental and poultry. Aspergillosis can be responsible for high mortality rates and induces significant economic losses, particularly in turkey production, and it is still difficult to treat. We developed a new model of acute aspergillosis in young turkeys by inoculating few-days-old turkeys via intratracheal aerosolization with increasing concentrations (105 up to 108) of conidia using a MicroSprayer® device. The fungal burden was assessed and compared by real-time PCR, galactomannan (GM) dosage, fungal colony (CFU) counting and by histopathology. Early death occurred in the first 96 h post-inoculation only at the highest inoculum dose. We observed a correlation between inoculum size and results obtained by real-time PCR, GM dosage and CFU counting. The mean fungal burden detected by qPCR was 1.3 log10 units higher than the mean values obtained by CFU measurement. Furthermore, this new model, with its unique combination of markers, has been used to evaluate the efficacy of enilconazole; Aspergillus fumigatus est un agent pathogène respiratoire majeur chez les oiseaux d’ornement comme de production. L’aspergillose qui peut être responsable de mortalités importantes et de chutes de performances est difficile à traiter. Nous avons développé un modèle d’aspergillose aiguë chez le dindonneau en inoculant différents lots d’oiseaux âgés de moins d’une semaine via une aérosolisation intratrachéale de doses croissantes de conidies (105 à 108/animal) en utilisant un MicroSprayer®. Le développement de la masse fongique a été évalué par qPCR, dosage du galactomannane (GM), culture fongique et évaluation histopathologique dans le but de comparer les résultats obtenus en fonction du nombre de conidies inoculées. Une mortalité significative a été observée dans les 4 jours suivant l’inoculation uniquement pour l’inoculum le plus concentré. Les résultats des différents marqueurs du développement du champignon (culture, qPCR et GM), sont très bien corrélés avec la dose de l’inoculum administrée. Les moyennes d’équivalents conidies/g de poumon obtenues par qPCR étaient 1,3 log10 plus importantes que les numérations obtenues par culture sur gélose. Ce nouveau modèle incluant une combinaison inédite de biomarqueurs chez la dinde a été utilisé pour évaluer l’efficacité de l’énilconazole, seule molécule utilisée en élevage avicole pour lutter contre l’aspergillose
Published: 2015

40. Reliability of molecular host-identification methods for ticks: an experimental in vitro study with Ixodes ricinus

Author: Karen D. McCoy, Xiangye Liu, Valérie Noël, Sarah Bonnet, Elsa Léger, Sébastien Masséglia, Gwenaël Vourc’h, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Evolution of host-microbe communities (MIVEGEC-EVCO), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), partial financial support was provided by the Agence Nationale de la Recherche (programs OSCAR: ANR-11-AGRO- 0001-04, ESPEVEC: ANR-13-BSV7-0018-01), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie
Subjects: Erythrocytes, Ixodes ricinus, Host identification, Ixodidae, 030231 tropical medicine, Zoology, Tick, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, Host-Parasite Interactions, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Vector-borne diseases, Animals, 030304 developmental biology, Hematophagous arthropods, Mammals, 0303 health sciences, Ixodes, biology, Transmission (medicine), Host (biology), Detection biases, Research, Feeding Behavior, biology.organism_classification, Virology, 3. Good health, Molecular methods, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, Infectious Diseases, Parasitology, Vector (epidemiology), [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Chickens
Abstract: Background Reliable information on host use by arthropod vectors is required to study pathogen transmission ecology and to predict disease risk. Direct observation of host use is often difficult or impossible and indirect methods are therefore necessary. However, the reliability of currently available methods to identify the last host of blood-feeding arthropods has not been evaluated, and may be particularly problematic for ticks because host blood has been digested at capture. Biases in host detection may lead to erroneous conclusions on both vector ecology and pathogen circulation. Methods Here, we experimentally tested for biases in host detection using the generalist three-host tick Ixodes ricinus as a model system. We fed ticks using an artificial feeding system and amplified blood meal traces post-moult (i.e., in the succeeding unfed life stage) via both a quantitative real-time polymerase chain reaction assay and a reverse line blotting method. We then experimentally tested for three types of biases in host detection: 1) time post-moult, 2) tick life stage and 3) host type (non-nucleated mammal blood versus nucleated avian blood), and compared these biases between the two molecular methods. Results Our results show that all three factors can influence host detection in ticks but not necessarily in the expected way. Although host detection rates decreased with time post-moult, mammal blood tended to be more readily detected than bird blood. Tick life stage was also an important factor; detection was higher in nymphs than in adults and, in some cases, remnants from both larval and nymphal blood meals could be detected in the adult stage. These biases were similar for the two detection techniques. Conclusions We show that different factors associated with questing ticks may influence our ability to correctly infer previous host use and that these factors may bias inferences from field-based studies. As these biases may be common to other vector-borne disease systems, their implications for our understanding of vector ecology and disease transmission require more explicit consideration. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s13071-015-1043-7) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2015

41. How a multidisciplinary 'One Health' approach can combat the tick-borne pathogen threat in Europe

Author: Didier Raoult, Jean-François Cosson, Marie-Noëlle Ungeheuer, Eric Sellal, Patrick Zylbermann, Marc Eloit, Brigitte Degeilh, Muriel Vayssier-Taussat, Sara Moutailler, Arnaud Fontanet, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre Hospitalier Universitaire [Rennes], Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chercheur indépendant, Investigation Clinique et d’Accès aux Ressources Biologiques (Plate-forme) - Clinical Investigation and Access to BioResources (ICAReB), Institut Pasteur [Paris], AP-HP - Hôpital Cochin Broca Hôtel Dieu [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Animal Health department of INRA, the MEM metaprogram of the INRA and the EU grant FP7–261504 EDENext, European Project: 261504,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2010-single-stage,EDENEXT(2011), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Epidémiologie des Maladies Emergentes, and Pasteur-Cnam risques infectieux et émergents (PACRI)
Subjects: Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, Veterinary medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Wildlife, Disease, Biology, Tick, Microbiology, ticks, Environmental health, parasitic diseases, medicine, Humans, Animals, Tick-borne disease, Public health, Zoonosis, zoonosis, medicine.disease, biology.organism_classification, bacterial infections and mycoses, 3. Good health, Europe, One Health, Tick-Borne Diseases, Communicable Disease Control, PUBLIC HEALTH, Arthropod Vector
Abstract: ABSTRACT In Europe, ticks are the major arthropod vectors of disease agents to humans and domestic animals. They are capable of transmitting many pathogens most of which have been discovered or identified as tick-borne pathogens in the last 20 years. In recent years, unexplained syndromes occurring after a tick bite have become an increasingly important issue in public and animal health. Ticks and wildlife (the main reservoir of tick-borne pathogens) are highly susceptible to global environmental and socio-economic changes, which in turn may lead to an increased burden of tick-borne diseases. In this review, we explain the importance of a ‘One Health’ approach to better combat tick-borne diseases.
Published: 2015

42. The Business Model, a Tool for Transition to Sustainable Innovation

Author: Bisiaux, Justine, Gidel, Thierry, Huet, Dominique, Connaissance Organisation et Systèmes TECHniques (COSTECH), Université de Technologie de Compiègne (UTC), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Dune, Claire, Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)
Subjects: [SPI.MECA.GEME] Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Mechanical engineering [physics.class-ph], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SPI.MECA.GEME]Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Mechanical engineering [physics.class-ph]
Abstract: International audience
Published: 2015

43. Candidatus Neoehrlichia mikurensis in Bank Voles, France

Author: Danielle Le Rhun, Narimane Maaoui, Nathalie Charbonnel, Jean-François Cosson, Emmanuel Guivier, Jean-Philippe Buffet, Maxime Galan, Muriel Vayssier-Taussat, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), European Project: 261504, École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: Microbiology (medical), DNA, Bacterial, Veterinary medicine, Ixodes ricinus, Candidatus Neoehrlichia mikurensis, Epidemiology, Biodiversité et Ecologie, wildlife, vector-borne infections, Myodes glareolus, Zoology, lcsh:Medicine, lcsh:Infectious and parasitic diseases, ticks, Biodiversity and Ecology, 03 medical and health sciences, Genotype, Animals, lcsh:RC109-216, bank vole, bacteria, Phylogeny, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, Anaplasmataceae Infections, 030306 microbiology, Arvicolinae, lcsh:R, Dispatch, biology.organism_classification, Anaplasmataceae, zoonoses, Bank vole, Infectious Diseases, Genes, Bacterial, rodents, France, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: To further assess the geographic occurrence, possible vectors, and prevalence of Candidatus Neoehrlichia mikurensis, we analyzed spleen tissues from 276 voles trapped close to human settlements in France; 5 were infected with the organism. Sequencing showed the isolates carried the same genotype as the bacteria that caused disease in humans and animals elsewhere in Europe.
Published: 2012

44. First identification of Rickettsia helvetica in questing ticks from a French Northern Brittany Forest

Author: Evelyne Le Naour, Emmanuel Bischoff, Martine Cote, Sarah Bonnet, Richard Paul, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Génétique fonctionnelle des Maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The authors received no specific funding for this work., Thanks are due to Sylvain Langlois and Etienne Fillol who contributed to tick collection. Thanks are also due to the 'Tiques et Maladies à Tiques' group (REID—Réseau Ecologie des Interactions Durables) for stimulating discussion., Bonnet, Sarah, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Life Cycles, Artificial Gene Amplification and Extension, Disease Vectors, Forests, Pathology and Laboratory Medicine, medicine.disease_cause, Geographical Locations, Ticks, 0302 clinical medicine, Medicine and Health Sciences, MESH: Animals, Rickettsia, Flowering Plants, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, biology, lcsh:Public aspects of medicine, Plants, MESH: Forests, Polymerase chain reaction, Europe, Infectious Diseases, Medical Microbiology, MESH: Borrelia burgdorferi, MESH: Bartonella, Female, France, Pathogens, Bartonella, Research Article, Anaplasma phagocytophilum, Nymph, lcsh:Arctic medicine. Tropical medicine, Ixodes ricinus, Arthropoda, lcsh:RC955-962, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, 030231 tropical medicine, 030106 microbiology, Zoology, Tick, Research and Analysis Methods, Microbiology, MESH: Ixodes, 03 medical and health sciences, Arachnida, parasitic diseases, medicine, Animals, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Borrelia burgdorferi, Molecular Biology Techniques, Microbial Pathogens, Molecular Biology, Ixodes, Bacteria, Ricinus, MESH: Nymph, Organisms, Public Health, Environmental and Occupational Health, Biology and Life Sciences, lcsh:RA1-1270, MESH: Polymerase Chain Reaction, MESH: Rickettsia, bacterial infections and mycoses, biology.organism_classification, Invertebrates, MESH: Male, Nymphs, MESH: France, Species Interactions, Rickettsia helvetica, People and Places, bacteria, Bacterial pathogens, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, MESH: Anaplasma phagocytophilum, MESH: Female, Developmental Biology
Abstract: Tick-borne rickettsiae are considered to be emerging, but data about their presence in western Europe are scarce. Ixodes ricinus ticks, the most abundant and widespread tick species in western Europe, were collected and tested for the presence of several tick-borne pathogens in western France, a region never previously explored in this context. There was a high tick abundance with a mean of 4 females, 4.5 males, and 23.3 nymphs collected per hour per collector. Out of 622 tested ticks, specific PCR amplification showed the presence of tick symbionts as well as low prevalence of Borrelia burgdorferi (0.8%), Bartonella spp. (0.17%), and Anaplasma phagocytophilum (0.09%). The most prevalent pathogen was Rickettsia helvetica (4.17%). This is the first time that this bacteria has been detected in ticks in this region, and this result raises the possibility that bacteria other than those classically implicated may be involved in rickettsial diseases in western France., Author summary Due to socio-economical and meteorological changes, the geographical distribution of several tick species is changing. As ticks are the most important vectors of pathogens in northern latitudes, performing epidemiological studies is essential to assess the extent of tick activity as well as the risk of pathogens transmission. The detection of the bacteria Rickettsia helvetica in questing ticks in western France, for the first time, raises the possibility that bacteria other than those classically implicated may be involved in rickettsial diseases in this region.
Published: 2017

45. Co-infection restrains Litomosoides sigmodontis filarial load and plasmodial P. yoelii but not P. chabaudi parasitaemia in mice

Author: Nathaly Vallarino-Lhermitte, Grégory Karadjian, Irène Landau, Odile Bain, Coralie Martin, Nathalie Dogna, Dominique Berrebi, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Cochin (UMR_S567 / UMR 8104), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Sorbonne Universités, and École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: Plasmodium, Lung Diseases, Parasitic, Parasitemia, Parasite load, Monocytes, Parasite Load, Plasmodium chabaudi, Mice, Glomerulonephritis, Murine, Anatomopathology, Microfilariae, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Mice, Inbred BALB C, Pleural Cavity, Granuloma, biology, Coinfection, 3. Good health, Filariasis, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Cytokines, Female, Plasmodium yoelii, Research Article, Hemeproteins, Veterinary (miscellaneous), Microfilaria, lcsh:Infectious and parasitic diseases, parasitic diseases, medicine, Animals, lcsh:RC109-216, Filarioidea, Macrophages, Litomosoides sigmodontis, medicine.disease, biology.organism_classification, Malaria, Insect Science, Immunology, Splenomegaly, Animal Science and Zoology, Parasitology
Abstract: Infection with multiple parasite species is clearly the norm rather than the exception, in animals as well as in humans. Filarial nematodes and Plasmodium spp. are important parasites in human public health and they are often co-endemic. Interactions between these parasites are complex. The mechanisms underlying the modulation of both the course of malaria and the outcome of filarial infection are poorly understood. Despite increasing activity in recent years, studies comparing co- and mono-infections are very much in their infancy and results are contradictory at first sight. In this study we performed controlled and simultaneous co-infections of BALB/c mice with Litomosoides sigmodontis filaria and with Plasmodium spp. (Plasmodium yoelii 17 XNL or Plasmodium chabaudi 864VD). An analysis of pathological lesions in the kidneys and lungs and a parasitological study were conducted at different times of infection. Whatever the plasmodial species, the filarial recovery rate was strongly decreased. The peak of parasitaemia in the plasmodial infection was decreased in the course of P. yoelii infection but not in that of P. chabaudi. Regarding pathological lesions, L. sigmodontis can reverse lesions in the kidneys due to the presence of both Plasmodium species but does not modify the course of pulmonary lesions. The filarial infection induces granulomas in the lungs.
Published: 2014

46. Shifting the paradigm from pathogens to pathobiome: new concepts in the light of meta-omics

Author: Marc-Henri Lebrun, Marie-AgnÃ¨s Petit, MylÃ¨ne Ogliastro, Muriel Vayssier-Taussat, Christine Citti, Thierry Candresse, Yves Le Loir, Emmanuel Albina, Marie-AgnÃ¨s Jacques, Jean-FranÒ«ois Cosson, Philippe Roumagnac, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Diversité, Génomes & Interactions Microorganismes - Insectes [Montpellier] (DGIMI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Taussat, Muriel, Petit, Marie Agnès, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Département Santé Animale (DEPT SA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie, and Université de Bordeaux
Subjects: H01 - Protection des végétaux - Considérations générales, Microbiology (medical), microbial ecosystem, Virulence Factors, Biodiversité et Ecologie, [SDV]Life Sciences [q-bio], Immunology, lcsh:QR1-502, Virulence, Context (language use), Review Article, new generation sequencing, interactions, Disease, Biology, Microbiology, lcsh:Microbiology, Biodiversity and Ecology, 03 medical and health sciences, Microbial ecosystem, Animals, Humans, pathogénèse, 030304 developmental biology, métagénomique, next generation sequencing, 0303 health sciences, communauté microbienne, 030306 microbiology, Ecology, pathogenesis, Microbiota, pathogens, Pathogenicity, Infectious Diseases, Metagenomics, Evolutionary biology, Host-Pathogen Interactions, Research questions, interaction entre pathogènes, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Arthropod Vector
Abstract: Les affiliations mentionnées sur la publication sont erronées.; International audience; The concept of pathogenesis has evolved considerably over recent years, and the scenario "a microbe + virulence factors = disease" is probably far from reality in a number of cases. Actual pathogens have extremely broad biological diversity and are found in all major groups of microorganisms (viruses, bacteria, fungi, protozoa…). Their pathogenicity results from strong and often highly specific interactions they have with either their microbial environment, hosts and/or arthropod vectors. In this review, we explore the contribution of metagenomic approaches toward understanding pathogens within the context of microbial communities. With this broader view, we discussed the concept of "pathobiome" and the research questions that this raises.
Published: 2014

47. Assessment of Aspergillus fumigatus burden in lungs of intratracheally-challenged turkeys (Meleagris gallopavo) by quantitative PCR, galactomannan enzyme immunoassay, and quantitative culture

Author: Christophe Bostvironnois, Benoit Durand, Françoise Botterel, Pascal Arné, René Chermette, Jacques Guillot, Elise Melloul, Nathalie Cordonnier, Simon Thierry, Jacques Chandenier, Guillaume Desoubeaux, EA Dynamyc 7380, École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire d'études et de recherches en pathologie animale et zoonoses, Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Centre d’Etude des Pathologies Respiratoires (CEPR), UMR 1100 (CEPR), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Tours, CHU Tours, Service de Parasitologie - Mycologie - Médecine Tropicale, CHU Trousseau [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Research Group Dynamyc , EA 7380, EnvA (DynamYc), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est (UPE), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), AFSSA, Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort, Unité d’anatomie pathologique, Université Paris-Est (UPE), Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Francois Rabelais [Tours], Research Group Dynamyc, EA 7380, Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Dynamic Microbiology - EA 7380 (DYNAMIC), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est (UPE)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: Turkey, [SDV]Life Sciences [q-bio], Culture, Colony Count, Microbial, Aspergillosis, Conidium, Aspergillus fumigatus, Mannans, chemistry.chemical_compound, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Immunology and Allergy, Lung, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, 0303 health sciences, biology, medicine.diagnostic_test, General Medicine, Spores, Fungal, Infectious Diseases, medicine.anatomical_structure, Real-time polymerase chain reaction, Real-time PCR, Turkey, Lung, Aspergillosis, Galactomannan, Culture, Aspergillus fumigatus, Model, Turkeys, Immunology, Real-Time Polymerase Chain Reaction, Microbiology, 03 medical and health sciences, Galactomannan, medicine, Animals, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Poultry Diseases, 030304 developmental biology, Aerosols, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, General Veterinary, 030306 microbiology, Inoculation, Galactose, medicine.disease, biology.organism_classification, Survival Analysis, chemistry, Immunoassay, Real-time PCR, Model
Abstract: International audience; Assessment of Aspergillus fumigatus burden in lungs of intratracheally-challenged turkeys (Meleagris gallopavo) by quantitative PCR, galactomannan enzyme immunoassay, and quantitative culture. Comp Immunol Microbiol Infect Dis (2014), http://dx. a b s t r a c t Aspergillus fumigatus remains a major respiratory pathogen in birds and treatment is still difficult. We challenged different groups of few-day-old turkeys via intratracheal aerosoli-sation with increasing concentrations (10 5 up to 10 8) of conidia using a MicroSprayer ® device. The fungal burden was assessed by real-time PCR, galactomannan dosage, CFU counting and histopathological evaluation in order to provide a comparison of these results within each inoculum groups. Significant mortality, occurring in the first 96 h after inoculation , was only observed at the highest inoculum dose. Culture counts, GM index and qPCR results on the one hand and inoculum size on the other hand appeared to be clearly correlated. The mean fungal burden detected by qPCR was 1.3 log 10 units higher than the mean values obtained by CFU measurement. The new model and the markers will be used to evaluate the efficacy of antifungal treatments that could be used in poultry farms.
Published: 2014

48. Questionnaire-based survey on the distribution and incidence of canine babesiosis in countries of Western Europe

Author: Monika Schillmeier, Fabien Danlois, Christian Ducrot, David Abrial, Lénaïg Halos, Daniel Rodes, Isabelle Lebert, Jacques Guillot, Karin Garzik, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne (MEDIS), Université Clermont Auvergne (UCA)-INRA Clermont-Ferrand-Theix, Unité d'épidémiologie animale, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Unité de Microbiologie (MIC), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Gwenael Vourc'h, Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), INRA Clermont-Ferrand-Theix-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: Veterinary medicine, medicine.medical_specialty, Canine babesiosis, Babesia spp, Veterinary (miscellaneous), [SDV]Life Sciences [q-bio], Population, Distribution (economics), Babesia, Geographic Mapping, Biology, lcsh:Infectious and parasitic diseases, Veterinarians, Hospitals, Animal, Dogs, Babesiosis, Surveys and Questionnaires, Epidemiology, medicine, Animals, lcsh:RC109-216, Dog Diseases, education, education.field_of_study, business.industry, Incidence (epidemiology), Incidence, medicine.disease, biology.organism_classification, Health Surveys, 3. Good health, Europe, Infectious Diseases, Canis, Insect Science, Babesia canis, Animal Science and Zoology, Parasitology, Geographic distribution, business, Demography, Research Article
Abstract: International audience; : The incidence of canine babesiosis may vary considerably from one country to another depending on the distribution of the causative parasite species and their specific vectors. The aim of the present study was to evaluate the clinical occurrence of canine babesiosis diagnosed in European veterinary clinics and propose an updated map of the disease distribution in Western Europe. Questionnaires were sent to companion animal veterinary clinics in Spain, France, Benelux, Germany and Austria. The annual number of babesiosis cases in 2010, the number of practitioners in the clinic and the location of the clinic were recorded. The total numbers of dogs and practitioners in each country were used for definition of the reference populations and the annual incidence of canine babesiosis was calculated by dividing the total number of reported babesiosis cases by the total number of dogs in the veterinary practices involved in the study. Data were georeferenced for distribution map construction. The overall annual incidence of clinical babesiosis amongst the investigated dog population was 0.7%, with significant variations amongst countries and regions. Three epidemiological situations were described: (i) Spain, with co-existence of several species of piroplasms and patchy distribution of babesiosis, (ii) France, with overall presence of babesiosis due to Babesia canis and local variations and (iii) Benelux, Germany and Austria, with overall low prevalence of the disease associated with localised description related either to imported cases or to small autochthonous foci of B. canis infection.
Published: 2014

49. To be or not to be associated: power study of four statistical modeling approaches to identify parasite associations in cross-sectional studies

Author: Ulrike Seitzer, Serge Morand, Elise Vaumourin, GwenaÃ«l Vourc'h, Patrick Gasqui, Sandra Telfer, Diaeldin A. Salih, Muriel Vayssier-Taussat, Xavier Lambin, Nathalie Charbonnel, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), School of Biological Sciences (APERU), University of Aberdeen, Department of Ticks and Tick-borne Diseases, Veterinary Research Institute Khartoum, Division of Veterinary-Infection Biology and Immunology, Research Center Borstel - Leibniz Lung Center [Germany], Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Animal et gestion intégrée des risques (UPR AGIRs), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), European Project: 261504, UMR INRA-ENVA 1198 (BDR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Research Center Borstel Borstel, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Animal et gestion intégrée des risques (Cirad-Bios-UPR 22 AGIRs), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Vaumourin, Elise, and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: bovin, Logiciel, lcsh:Microbiology, association de parasites, Theileria, Animal biology, Parasitologie, education.field_of_study, Coinfection, Microbiology and Parasitology, Theileria parva, Microbiologie et Parasitologie, 3. Good health, Épidémiologie, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Parasitose, Bartonella, L72 - Organismes nuisibles des animaux, Modèle mathématique, associations, Anaplasma phagocytophilum, Microbiology (medical), Anaplasma, Immunology, Médecine humaine et pathologie, Microbiology, GLM approach, Biologie animale, chi-square test, Humans, Computer Simulation, Parasites, education, Models, Statistical, Méthode statistique, screening, modeling, interactions, Cross-Sectional Studies, Babesia, parasite community, Human health and pathology, Rongeur, Sciences agricoles, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, lcsh:QR1-502, L73 - Maladies des animaux, Dynamique des populations, Parasite hosting, Original Research Article, Campagnol, Genetics, interactions biologiques, U10 - Informatique, mathématiques et statistiques, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Confounding, santé humaine, Agricultural sciences, Infectious Diseases, Maladie des animaux, Algorithms, Population, Relation hôte pathogène, infection parasitaire, Biology, Babesia microti, network model, parasitic diseases, Parasitic Diseases, Animals, méthode de dépistage, Transmission des maladies, Étude de cas, biology.organism_classification, Theileria mutans, Bovidae, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: A growing number of studies are reporting simultaneous infections by parasites in many different hosts. The detection of whether these parasites are significantly associated is important in medicine and epidemiology. Numerous approaches to detect associations are available, but only a few provide statistical tests. Furthermore, they generally test for an overall detection of association and do not identify which parasite is associated with which other one. Here, we developed a new approach, the association screening approach, to detect the overall and the detail of multi-parasite associations. We studied the power of this new approach and of three other known ones (i.e., the generalized chi-square, the network and the multinomial GLM approaches) to identify parasite associations either due to parasite interactions or to confounding factors. We applied these four approaches to detect associations within two populations of multi-infected hosts: (1) rodents infected with Bartonella sp., Babesia microti and Anaplasma phagocytophilum and (2) bovine population infected with Theileria sp. and Babesia sp. We found that the best power is obtained with the screening model and the generalized chi-square test. The differentiation between associations, which are due to confounding factors and parasite interactions was not possible. The screening approach significantly identified associations between Bartonella doshiae and B. microti, and between T. parva, T. mutans, and T. velifera. Thus, the screening approach was relevant to test the overall presence of parasite associations and identify the parasite combinations that are significantly over- or under-represented. Unraveling whether the associations are due to real biological interactions or confounding factors should be further investigated. Nevertheless, in the age of genomics and the advent of new technologies, it is a considerable asset to speed up researches focusing on the mechanisms driving interactions between parasites.
Published: 2014

50. To be or not to be co-infected

Author: Martine Cote, Jean-François Cosson, Sara Moutailler, Elise Vaumourin, Didier Raoult, Marie-Lazarine Poulle, Muriel Vayssier-Taussat, Gwenaël Vourc’h, E Le Naour, F Féménia, Patrick Gasqui, J Chotte, Lorraine Michelet, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Protozooses Transmises par l'Alimentation (Cryptosporidiose, Giardose et Toxoplasmose) : Mode de Contamination et Pathogénie (PROTAL) - EA 3800 (PROTAL), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Aix Marseille Université (AMU), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: Bartonella, Ixodes ricinus, biology, [SDV]Life Sciences [q-bio], biology.organism_classification, medicine.disease, bacterial infections and mycoses, Virology, 3. Good health, Infectious Diseases, Rickettsia, Babesia, Theileria, parasitic diseases, Coinfection, medicine, Oral Presentation, Parasitology, Anaplasma, Borrelia burgdorferi
Abstract: Ticks can transmit a large spectrum of pathogens including bacteria, viruses and parasites with a significant number of these pathogens being agents of emerging infectious diseases. In Europe, the most prevalent tick-borne disease is Lyme Borreliosis, caused by the bacteria Borrelia burgdorferi s.l. In most cases, Lyme Borreliosis is well diagnosed. However, beside these typical cases, patients bitten by ticks can be infected by many other pathogens (bacteria: Anaplasma spp., Bartonella spp., Rickettsia spp.; parasites: Babesia spp., Theileria spp.; and arboviruses: TBEV) that are more difficult to diagnose. Moreover, co-infections between several of these pathogens might also occur. Clinical surveys show that patients coinfected by several tick-borne pathogens present more severe symptoms and a longer duration of illness than those infected by a single pathogen. The overall objective of our study was to evaluate tick-borne pathogen coinfection in ticks and the consequence of those coinfections for human health. Using the high throughput real-time PCR chip, we detected the DNA of the 37 major tick-borne pathogens in a cohort of questing adult of Ixodes ricinus ticks collected in Ardennes (France). We identified that 60% of ticks were infected by at least one pathogen and half of the infected ticks were coinfected. We then evaluated the risk for simultaneous infection of those pathogens to humans by detecting the DNA of the most prevalent tick-borne pathogens in the blood of patients bitten by ticks. Our data illustrated the importance of coinfection, and highlighted the necessity to evaluate coinfection in the context of tick-borne diseases.
Published: 2014

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