Search

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique des zones de production conchylicoles (REMI) et du réseau d’observation de la contamination chimique (ROCCH), ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département de l’Ille-et-Vilaine (35). Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. En baie du Mont Saint-Michel, deux zones sont surclassées de B vers A. Au large, deux zones sont classées A en l’absence de données : pour le groupe II et en attente de validation de l’étude sanitaire pour le groupe I. En baie de Saint-Malo, une zone est classée B en l’absence de résultats. En Rance, une zone est surclassée de C vers B et une de très mauvaise qualité vers B La majorité des alertes s’est déroulé dans l’estuaire de la Rance, que ce soit dans le bassin maritime ou la baie de St Malo.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique des zones de production conchylicoles (REMI) et du réseau d’observation de la contamination chimique (ROCCH), ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département des Côtes d’Armor (22). Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. Il y a peu d’évolution par rapport à l’estimation de 2013. On peut cependant noter une recrudescence des alertes sur les zones classées A qui ont été « surclassées » par l’administration lors du précédent arrêté. L’analyse des tendances montre une dégradation de la situation pour l’ouest du département. Il en est de même pour une partie de la Rance tandis que la situation semble s’améliorer en baie de Saint-Brieuc.

The extent of light absorption in the near-infrared spectral region (NIR; 700–900 nm) of natural suspended particles was investigated by determining the absorption and mass-specific absorption coefficients of samples from different environments: river, coastal waters, tropical lagoon, and oceanic waters. Large amounts of sample were collected onto glass-fiber filters and measured inside the integrating sphere of a spectrophotometer. The absorption coefficient of particle suspension was also determined for visible wavelengths with a point-source integrating cavity absorption meter. Measurable nonzero particulate absorption in the NIR was determined in all samples, even in algal cultures. It was highest in the river samples (e.g., 1.7 m21 at 850 nm), reaching values similar to the NIR absorption of pure water—a strong NIR absorber. Lowest values were in oligotrophic waters and in algal cultures. Ratios of absorption at 750 nm to absorption at 442 and 672 nm varied between 2% to 30% and 3% to 80%, respectively. Mass-specific absorption in the NIR at 850 nm was also highest in the river (0.012 m2 g21) and lowest in oligotrophic waters (0.002–0.003 m2 g21). The observed NIR absorption can partly be explained by absorption of minerogenic particles, whereas the contribution of organic detritus to the NIR absorption is still mostly unknown.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département de la Vendée septentrionale. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. Sur la partie nord du département, la totalité des points suivis depuis plus de dix ans affichent une tendance générale à un maintien ou à l’amélioration de la qualité sanitaire. En 2013, le dispositif système d’alerte a été déclenché 16 fois suite à des contaminations détectées sur les zones de production. Les classements sanitaires des zones de production professionnelle classées (arrêtés préfectoraux des 14 décembre 2009 et 31 mai 2011) et suivies, sont conformes pour 46 % d’entre eux aux qualités microbiologiques estimées sur ces zones pour la période 2011-2013. Les nouveaux classements arrêtés le 28/02/2014 sont conformes aux qualités estimées, sauf pour les zones 85.01.01 et 85.02.02.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel des départements de l’Hérault et du Gard. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. Sur les 15 zones de production conchylicole suivies, le classement n’est pas concordant avec la qualité estimée pour quatre d’entre-elles. Trois zones ne peuvent être estimées en raison d’un nombre insuffisant de données. En 2013, le nombre d’alertes a diminué par rapport à 2012 (-16%). Enfin, une tendance à l’amélioration des niveaux de contamination est observée sur 25% des points de suivis et aucun point de prélèvement ne présente une estimation de la tendance à la dégradation des résultats.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau d’observation de la contamination chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel des départements de l’Aude et des Pyrénées-Orientales. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. Sur les 17 zones de production conchylicole suivies, le classement n’est pas concordant à la qualité estimée pour 9 d’entre-elles pour certains groupes de coquillages (soit 53 % des zones suivies). La qualité d’une zone ne peut être estimée en raison d’un nombre insuffisant de prélèvements. En 2013, le nombre d’alertes a augmenté par rapport à 2012. Certains classements n’étant toujours pas concordants à l’estimation de la qualité, plusieurs alertes ont été déclenchées en raison de dépassements de seuil sanitaire en surveillance régulière. Enfin, des alertes préventives ont été déclenchées à la suite d’évènements pluviométrique important sur ces deux départements ainsi qu’à la suite de remontées d’information sur des dysfonctionnements de réseaux d’assainissement.

Ce rapport final présente l’évaluation de la qualité microbiologique et chimique de la zone 35.01 pour le groupe I : crépidule (Crepidula fornicata), gastéropode filtreur. Aux vues de l’étendue de la zone d’étude (environ 20 km) et de sa position au large, la phase initiale de l’étude ne s’est pas attachée à la définition précise de l’ensemble des caractéristiques du littoral bordant la zone. Mais elle a consisté en une approche plus globale à l’échelle des bassins versants. L’étude s’est déroulée entre novembre 2012 et janvier 2014, avec l’obtention de 26 résultats microbiologiques (dénombrement des E. coli dans 100 g de CLI (Chair et Liquide Intervalvaire)) et la recherche sur un échantillon de molécules chimiques (Cadmium, mercure, plomb, PCB dioxine like, dioxine et HAP (benzo(a)pyrène, benzo(b)fluoranthène, benzo(a)anthracène et chrysène), par kg de chair humide), au point « Cancale Eau Profonde » 020-P-022. Cette étude a permis d’estimer la qualité sanitaire de la zone 35.01 pour le groupe I. Les analyses effectuées sur les échantillons de crépidules font apparaître une qualité A pour la zone étudiée. Cette zone pourra être suivie pour le groupe I, à une fréquence adaptée, dans le cadre du REMI à partir de février 2014, sur le point 020-P-022 "Cancale Eau Profonde".

21 pages, 9 figures, 4 tables, supporting information https://doi.org/10.1371/journal.pone.0095845, Background: Ecological attributes estimated from food web models have the potential to be indicators of good environmental status given their capabilities to describe redundancy, food web changes, and sensitivity to fishing. They can be used as a baseline to show how they might be modified in the future with human impacts such as climate change, acidification, eutrophication, or overfishing. Methodology: In this study ecological network analysis indicators of 105 marine food web models were tested for variation with traits such as ecosystem type, latitude, ocean basin, depth, size, time period, and exploitation state, whilst also considering structural properties of the models such as number of linkages, number of living functional groups or total number of functional groups as covariate factors. Principal findings: Eight indicators were robust to model construction: relative ascendency; relative overhead; redundancy; total systems throughput (TST); primary production/TST; consumption/TST; export/TST; and total biomass of the community. Large-scale differences were seen in the ecosystems of the Atlantic and Pacific Oceans, with the Western Atlantic being more complex with an increased ability to mitigate impacts, while the Eastern Atlantic showed lower internal complexity. In addition, the Eastern Pacific was less organised than the Eastern Atlantic although both of these systems had increased primary production as eastern boundary current systems. Differences by ecosystem type highlighted coral reefs as having the largest energy flow and total biomass per unit of surface, while lagoons, estuaries, and bays had lower transfer efficiencies and higher recycling. These differences prevailed over time, although some traits changed with fishing intensity. Keystone groups were mainly higher trophic level species with mostly top-down effects, while structural/dominant groups were mainly lower trophic level groups (benthic primary producers such as seagrass and macroalgae, and invertebrates). Keystone groups were prevalent in estuarine or small/shallow systems, and in systems with reduced fishing pressure. Changes to the abundance of key functional groups might have significant implications for the functioning of ecosystems and should be avoided through management. Conclusion/significance: Our results provide additional understanding of patterns of structural and functional indicators in different ecosystems. Ecosystem traits such as type, size, depth, and location need to be accounted for when setting reference levels as these affect absolute values of ecological indicators. Therefore, establishing absolute reference values for ecosystem indicators may not be suitable to the ecosystem-based, precautionary approach. Reference levels for ecosystem indicators should be developed for individual ecosystems or ecosystems with the same typologies (similar location, ecosystem type, etc.) and not benchmarked against all other ecosystems. © 2014 Heymans et al., JH was funded by Knowseas (EUFP7) and Global Environmental Facility (GEF). MC was funded by the European Commission through Marie Curie CIG grant to BIOWEB and the Spanish Research Program ‘‘Ramon y Cajal’’. SL has been partially funded by PERSEUS (EUFP7) and the Flagship Project RITMARE - The Italian Research for the Sea - coordinated by the Italian National Research Council and funded by the Italian Ministry of Education, University and Research within the National Research Program 2011-2013

Historical research is playing an increasingly important role in marine sciences. Historical data are also used in policy making and marine resource management, and have helped to address the issue of shifting baselines for numerous species and ecosystems. Although many important research questions still remain unanswered, tremendous developments in conceptual and methodological approaches are expected to contribute to a comprehensive understanding of the global history of human interactions with life in the seas. Based on our experiences and knowledge from the "History of Marine Animal Populations' project, this paper identifies the emerging research topics for future historical marine research. It elaborates on concepts and tools which are expected to play a major role in answering these questions, and identifies geographical regions which deserve future attention from marine environmental historians and historical ecologists.

Pollution of nature by plastics is a major environmental problem and better management of the lifetime of polymers is a major challenge for the future. In recent years, bio-based and biodegradable polymers, such as polylactide (PLA), or polyhydroxyalkanoates (PHA) have appeared as an alternative solution in order to solve these problems. One of the limits remains the relative lack of knowledge of their lifetime and degradation behaviour in aqueous environments, and more specifically in the marine environment. In this study natural and accelerated ageing tests were performed under several conditions, distilled water, filtered and renewed seawater and natural seawater, at different temperatures, in order to decouple enzymatic and hydrolytic mechanisms. The aim of this study is to establish a baseline on degradation mechanisms and kinetics, in order to make lifetime predictions of biopolymer behaviour in seawater.Degradation phenomena have been identified. Biodegradation tests were also performed in a marine environment by following the release of CO2. Then, lifetime predictions of the properties of these biopolymers at seawater temperature were made using two different approaches., Les matériaux polymères ont de nombreux avantages comme la légèreté, le coût, la formabilité… mais sont aussi à l’origine de certains problèmes environnementaux actuels. La substitution des polymères conventionnels d’origine pétrochimique et non biodégradables par des polymères biosourcés et biodégradables tels que le polylactide (PLA) ou les polyhydroxyalcanoates (PHA) peut apparaître comme une alternative crédible. Cependant, un des freins à leur développement demeure la faible connaissance de la durée de vie de ces biopolymères lorsqu’ils sont exposés à différents types d’environnements, en particulier en milieu marin si l’on considère une application marine. Dans le cadre de cette étude, il a donc été entrepris de suivre le vieillissement naturel et le vieillissement accéléré du PLA et des PHA en milieu marin dans l’objectif d’appréhender les mécanismes et les cinétiques de dégradation. Dans le but de découpler les effets liés à l’eau, aux sels minéraux et aux microorganismes, les échantillons ont été immergés dans différentes conditions, i.e. en eau distillée, en eau de mer naturelle et en eau de mer filtrée et renouvelée à différentes températures. L’influence du milieu sur la dégradation de ces biopolymères est analysée et discutée, de même que l’influence de la géométrie des pièces (films de différentes épaisseurs, éprouvettes ou fibres). Enfin, la prédiction de la durée de vie de ces polymères a été envisagée par l’intermédiaire de deux approches, conduisant à une estimation de leur durabilité dans un milieu bien défini et au regard d’une propriété donnée.

International audience; Quantitative applications of mobile multibeam sonar in aquatic ecology and fisheries require accurate and efficient in-tank calibration methodologies. Calibration factors for a Simrad SM20 multibeam sonar are experimentally extracted thereby enabling sonar estimation of target strength and volume backscattering strength. Measured and modeled sonar characteristics are systematically compared and show good overall correlation. Due to the limited angular span of the sonar head array, well quantified sonar operation is restricted to an equatorial angular sector of only 80° (vs. rated 120°) in 'imaging' mode. In 'echo-sounder' mode, the 'high' power transmit setting appears to introduce artifacts. A routine in-tank measurement procedure is described which for given multibeam sonar minimizes the time required for quality multibeam calibration

Adansonia madagascariensis fruits were found in May 2011 on the beach of Anjiabe in the north of Madagascar. Marks found on the fruits and the absence of this species on this coast indicated that the fruits had been in the sea for a long time. The viability of seeds contained in these fruits was assessed and compared to the viability of seeds collected from under trees. The results show that the time spent in the sea did not affect their germination potential and that germination is possible, and even improves, in tidal zones. These initial results confirm the hypothesis of marine hydrochory for this species. They show that baobab fruits can remain in the sea without affecting the viability of seeds to colonize new areas. This could explain the frequent occurrence of this species along the coast of Madagascar and, more rarely, on the Mayotte coast.

European biodiversity law column. This annual update aims to summarize the key legislative and case law developments in the field of EU biodiversity law for the year 2013 (including significant developments to 1 July 2014 when it is necessary for consistency). The adoption of the EU Strategy on green infrastructure, the Sweetman judgment of the Court of Justice, the settlement of the dispute on the ban of seal products by the Appellate Body of the WTO, the CAP and CFP reforms, the normative and case law developments on GMOs and the adoption of the new LIFE Regulation are the most important landmarks of this year 2013., La présente chronique, annuelle, a pour objet de présenter et de commenter de façon synthétique les principales évolutions législatives et jurisprudentielles du droit de l’Union européenne dans le domaine de la biodiversité pour l’année 2013 (en incluant les développements importants jusqu’au 1er juillet 2014 si nécessaire pour des raisons de cohérence). L’adoption de la stratégie européenne sur l’infrastructure verte, l’arrêt Sweetman de la Cour de justice, le règlement du différend sur l’interdiction des produits dérivés du phoque par l’organe d’appel de l’OMC, les réformes de la PAC et de la PCP, les évolutions normatives et jurisprudentielles en matière d’OGM et l’adoption du nouveau règlement LIFE sont les points les plus marquants de cette année 2013., Born Charles-Hubert. Chronique de droit européen de la biodiversité- 2013. In: Revue Juridique de l'Environnement, n°4, 2014. pp. 688-708.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département de la Gironde. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées pour la période 2011-2013. La qualité a pu être estimée pour 10 zones de production conchylicole. Suivant les seuils microbiologiques du règlement (CE) n° 854/2004, sur le Bassin d’Arcachon 2 zones suivies sont estimées de qualité A pour le groupe 3, 2 zones suivies sont estimées de qualité B pour le groupe 3 et sont classées de qualité A et 6 zones suivies sont estimées de qualité B pour les groupes 2 et 3. L’étude des tendances met en évidence une diminution de la contamination microbiologique sur 7 points de suivies. L’année 2013 a été marquée par 4 épisodes d’alerte microbiologique de niveau 0, 5 épisodes d’alerte microbiologique de niveau 1 et 1 épisode d’alerte microbiologique de niveau 2.

The need for an effective integration of MPAs and fisheries management in least-developed countries (LDCs) is commensurate with the significant territorial stakes raised by their extensive maritime domain. In the LDCs, this effective integration seems particularly difficult to achieve because of the fishery and governance context marked by a population densification and increased mobility of small-scale fishers, an uncontrolled development of small-scale commercial fisheries but also of illegal large-scale fisheries, and lastly by the multiplicity of informal or formal micro-institutions or the overlapping or intertwining management structures. A review of the literature on fisheries and MPAs governance, linked to an FAO Fisheries and Aquaculture Department initiative, showed the necessity of an adequate analytical framework to make possible the characterization of complex governance systems taking into account the LDCs specificities. In most cases, this characterization highlights the difficulties relating to the harmonization of legal, institutional and administrative frameworks that make arrangements more complex, in particular for the enforcement of regulations, monitoring and evaluation, control and surveillance. But, even in LDCs affected by a lack of financial resources, case studies confirm that some attempts to harmonize those frameworks are made possible. In this context, this presentation will discuss the advantages of a participative governance for reducing the divide between fisheries management and MPAs and the modalities for organizing such systems.

International audience; Les aires marines protégées peuvent être définies de manière générale ou conceptuelle ou en fonction de caractéristiques précises, mais elles ne sont que peu détachables du contexte mondial, régional ou même micro-régional dans lesquels elles ont été créé...

Ostracod assemblages and geochemical analyses of valves of specific ostracod taxa are used to reconstruct, both qualitatively and quantitatively, bottom-water temperatures (BWT) for the last 1000,000 years in the western Coral Sea. The investigated core (51GC21) is situated in the lower reaches of the Antarctic Intermediate Water, at 1630 m water depth. First, we ran a Principal Coordinate Analysis (PCoA) of 42 surfaces samples from the Coral Sea, and then compared fossil assemblages with results of the PCoA. In addition, we selected well preserved specimens of the two genera #Krithe$ and #Bythocypris$ for Mg/Ca analyses. The Mg/Ca is used to infer past changes in BWT for intermediate waters of the western Coral Sea ; results indicate large temperature fluctuations over the last 100,000 years. Of interest is the documentation that the BWT was similar to the present-day temperature during part of Isotope Stage 3. Comparison between our temperature record and the benthic foraminifer delta 18O record of core 51GC21, and with the delta 18O variations in seawater, as reconstructed by Labeyrie et al. (1987), allowed assesment of past changes in BWT salinity and density. Thus, we identify for the western Coral Sea three distinct periods on the basis of water mass density changes (i.e. for Isotope Stage 1, Stages 2, 3 and 4, and Stage 5). Our temperature record also indicates a good correlation with the 60°S summer insolation calculations for the period between 25,000 yr B.P. and 75,000 yr B.P. Comparison of our results from this study with other records from the western Pacific (the Ontong Java Plateau in particular) reveal the role of New Guinea as an oceanographic barrier. A wet phase recorded on continental Australia coincides with our high bottom-water temperature record for isotopic Stage 3. (Résumé d'auteur)

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d'interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département du 35. Il présente l'ensemble des résultats obtenus, en particulier l'estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. Même si l'estimation de la qualité sanitaire des zones du département d'Ille et Vilaine présente une dégradation pour quatre zones, les dépassements de seuils sont soit minimes et isolés pour les zones A soit liés à des évènements pluviométriques pour les autres. Il faut cependant noter la difficulté chronique que représente l'obtention d'échantillons des zones du large en 2012.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d'interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département du 22. Il présente l'ensemble des résultats obtenus, en particulier l'estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. Peu de différences par rapport à l'estimation de l'an dernier. On peut cependant noter une recrudescence des alertes sur les zones classées A qui ont été "surclassées" par l'administration lors du précédent arrêté.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département de la Vendée. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. La totalité des points suivis depuis plus de dix ans affichent une tendance générale à un maintien ou à l’amélioration de la qualité sanitaire. En 2012, le dispositif système d’alerte a été déclenché 16 fois suite à des contaminations détectées sur les zones de production. Pour la première fois en Vendée nord, trois alertes de niveau 2 ont été activées sur deux zones. Les fortes contaminations observées permettent d’estimer en D la qualité de la zone 85.02.02. Les classements sanitaires des zones de production professionnelle classées (arrêtés préfectoraux des 14 décembre 2009 et 31 mai 2011) et suivies, sont conformes pour 67 % d’entre eux aux qualités microbiologiques estimées sur ces zones pour la période 2010-2012. Par arrêté du 14 juin 2013, deux zones ne sont plus classées provisoirement, deux zones ont été scindées en deux et une zone classée pour le groupe 3 est désormais classée pour les groupes 2 et 3.

Biological N-2 fixation rates were quantified in the Eastern Tropical South Pacific (ETSP) during both El Nino (February 2010) and La Nina (March-April 2011) conditions, and from Low-Nutrient, Low-Chlorophyll (20 degrees S) to High-Nutrient, Low-Chlorophyll (HNLC) (10 degrees S) conditions. N-2 fixation was detected at all stations with rates ranging from 0.01 to 0.88nmolNL(-1) d(-1), with higher rates measured during El Nino conditions compared to La Nina. High N-2 fixations rates were reported at northern stations (HNLC conditions) at the oxycline and in the oxygen minimum zone (OMZ), despite nitrate concentrations up to 30 mu molL(-1), indicating that inputs of new N can occur in parallel with N loss processes in OMZs. Water-column integrated N-2 fixation rates ranged from 4 to 53 mu molNm(-2) d(-1) at northern stations, and from 0 to 148 mu molm(-2) d(-1) at southern stations, which are of the same order of magnitude as N-2 fixation rates measured in the oligotrophic ocean. N-2 fixation rates responded significantly to Fe and organic carbon additions in the surface HNLC waters, and surprisingly by concomitant Fe and N additions in surface waters at the edge of the subtropical gyre. Recent studies have highlighted the predominance of heterotrophic diazotrophs in this area, and we hypothesize that N-2 fixation could be directly limited by inorganic nutrient availability, or indirectly through the stimulation of primary production and the subsequent excretion of dissolved organic matter and/or the formation of micro-environments favorable for heterotrophic N-2 fixation.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département de la Gironde. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées pour la période 2010-2012. La qualité a pu être estimée pour 10 zones de production conchylicole. Suivant les seuils microbiologiques du règlement (CE) n° 854/2004, sur le Bassin d’Arcachon 2 zones suivies sont estimées de qualité A pour le groupe 3, 2 zones suivies sont estimées de qualité B pour le groupe 3 et sont classées de qualité A et 6 zones suivies sont estimées de qualité B pour les groupes 2 et 3. L’étude des tendances met en évidence une diminution de la contamination microbiologique sur 7 points de suivies. L’année 2012 a été marquée par 3 épisodes d’alerte microbiologique de niveau 1 et un bulletin d’information.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel des départements du Nord, Pas-de-Calais et Somme. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées pour la période 2010-2012. La qualité a pu être estimée pour 15 zones de production conchylicole. Suivant les seuils microbiologiques du règlement (CE) n° 854/2004, l’ensemble des zones suivies sur le littoral Nord Pas-de-Calais Picardie est estimé de qualité B pour les groupes 2 et 3. L’étude des tendances met en évidence une augmentation de la contamination microbiologique sur trois points. Neuf épisodes d’alerte microbiologique ont marqué l’année 2012.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel des départements de l’Aude et des Pyrénées-Orientales. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. Sur les 17 zones de production conchylicole suivies, le classement n’est pas conforme à la qualité estimée pour 7 d’entre-elles (soit pour 41 % des zones suivies). La qualité d’une zone ne peut être estimée en raison d’un nombre insuffisant de prélèvements. En 2012, le nombre d’alertes a diminué de moitié par rapport à 2011 en raison de la mise en conformité de certains classements en 2012 avec l’évaluation de la qualité ainsi que par la plus faible pluviométrie observée en 2012 par rapport à 2011 sur ces deux départements.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel des départements de l’Hérault et du Gard. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. Sur les 14 zones de production conchylicole suivies, le classement n’est pas conforme à la qualité estimée pour deux d’entre-elles. La qualité de autres deux zones ne peut être estimée en raison d’un nombre insuffisant de prélèvements. En 2012, le nombre d’alertes a augmenté par rapport à 2011 (+30%) en raison d’alertes préventives déclenchées suite à des épisodes de pluie et de détection d’épisodes de contamination.

Society’s awakening to environmental problems concerning the oceans and coastal zones has lead to the development of certain principles for the protection of maritime environments and their resources. Of particular importance to this thesis is the concept of responsible fishing, which necessitates strict control over fisheries activity in order to limit its impact on maritime resources and the accompanying ecosystems. Globalization of resources and global resource shortages has made it increasingly difficult to reach a consensus concerning complex and urgent questions concerning their management. One such question is: when does an international organization have the capacity to put in place strong and effective measures in zones which lie beyond the jurisdiction of any given nation? It is therefore important to investigate the role of international actors within the context of management of maritime resources. The objective of this thesis is to examine to what extent the powers conferred to the European Union concerning fisheries management enable it to successfully apply the concept of responsible fishing for the protection of global fisheries resources., L’éveil de la société internationale aux problèmes environnementaux, en particulier ceux touchant les océans et les zones côtières, a permis de développer des principes et notions nécessaires à la protection du milieu marin et de ses ressources. Le concept de pêche responsable vise à atteindre une gestion durable des pêches. Il nécessite la mise en place de mesures de plus en plus contraignantes pour l’activité de pêche afin de limiter son impact sur les ressources biologiques marines et les écosystèmes marins. Dans un contexte global de raréfaction des ressources, la difficulté à trouver un consensus mondial autour des questions les plus urgentes suscite le doute quant à la capacité des organismes internationaux à mettre en place des mesures contraignantes et effectives dans les zones au-delà des juridictions nationales. Il convient donc de s’interroger sur la place que tiennent les acteurs publics dans la gestion durable des ressources halieutiques. L'objet de cette thèse est de vérifier dans quelle mesure les compétences conférées à l'Union européenne en matière de gestion des pêches lui permettent de contribuer à l'application du concept de pêche responsable pour une gestion durable des pêcheries mondiales.

Le but de cette étude était de déterminer les effets d’un enrichissement en cobalt combiné à une augmentation de la pCO2 sur la physiologie de deux espèces de coraux scléractiniaires de Calédonie, Stylophora pistillata et Acropora muricata. Les colonies de ces deux espèces ont été maintenues sous deux conditions de pHT : pHT normal (8.02) et plus faible (7.75) et deux concentrations en cobalt (0.03 μg.l-1 et 0.20 μg.l-1) durant cinq semaines. Au cours du temps, différents paramètres physiologiques des colonies coralliennes ont été suivis : leur efficacité photosynthétique grâce à un diving-PAM fluorimètre, leur croissance et leurs paramètres tissulaires (concentration en chlorophylle et densité en zooxanthelles). Les coraux exposés à une concentration plus élevée en cobalt ont diminué significativement leur croissance (de 27.9% pour S. pistillata et 28.2% pour A. muricata). Les valeurs d’ETRmax des deux espèces ont, au contraire, été augmentées par l’apport en cobalt (de 44.34 ± 2.14 à 58.11 ± 6.31 pour S. pistillata, et de 45.42 ± 5.08 à 56.48 ± 3.67 pour A. muricata). La croissance des deux espèces n’a par contre pas été modifiée par des conditions de pHT plus faible. Ces résultats montrent que le cobalt à cette concentration serait toxique pour la cellule hôte, mais pas pour les symbiontes pour lesquels il jouerait même un rôle stimulateur. Plusieurs hypothèses ont été avancées pour expliquer les effets antagonistes de ce métal sur le métabolisme de ces deux espèces.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département du 35. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. La qualité microbiologique des zones, estimée d’après l’interprétation des résultats de la surveillance, montre l’augmentation du nombre de zones A et B et la diminution des zones C et D (comparaison de l’estimation de la qualité des zones de production conchylicole entre 2009 et 2011). Ceci montre une amélioration globale de la qualité des zones de production. Cependant compte tenu du fait que les tendances calculées sur les dix dernières années sont très majoritairement croissantes vers la dégradation du milieu, on peut penser que cette amélioration est surtout due au déficit pluviométrique exceptionnel de l’année 2011.

Most eukaryotic phytoplankton require vitamin B12 to grow. However, the cycling of this organic growth factor has received substantially less attention than other bioactive substances such as trace metals in the marine environment. This is especially true in the Mediterranean Sea, where direct measurements of dissolved vitamins have never been reported. We report here the first direct measurements of dissolved vitamin B12 across longitudinal gradients in Mediterranean waters. The range of vitamin B12 concentrations measured over the whole transect was 0.5-6.2 pM, which is slightly higher than the range (undetectable-4 pM) of ambient concentrations measured in other open ocean basins in the Pacific and Atlantic oceans. The concentrations measured in the western basin were significantly higher (p < 0.05) than those of the eastern basin. They were positively correlated with chlorophyll concentrations in the most western part of the basin, and did not show any significant correlation with any other biological variables in other regions of the sampling transect. © 2013 Bonnet, Tovar-Sánchez, Panzeca, Duarte, Ortega-Retuerta and Sañudo-Wilhelmy.

L’Analyse de Cycle de Vie (ACV) est un outil d’évaluation des impacts environnementaux. Il s’agit d’un outil robuste, souvent utilisé en éco-conception. Il prend en compte des impacts globaux, à toutes les étapes du cycle de vie d’un produit, « du berceau à la tombe ». Actuellement, cette méthode ne permet pas la prise en compte des impacts de l'occupation et de la transformation de l'espace par l’homme en milieu marin. Ce travail de thèse est le développement d’une nouvelle catégorie d'impacts en ACV pour pallier ce manque : le "sea use". Le cadre méthodologique de cette nouvelle catégorie d’impacts a dû être clairement posé et défini. Il a été construit sur le modèle du land use et intégre les avancées méthodologiques propres à l’ACV des produits de la mer. Ainsi, un travail de revue détaillé a été mené sur le thème du land use et des ACV de pêcherie et d’aquaculture. Les chaînes de causalité reliant les interventions humaines et leurs impacts potentiels sur l’environnement ont également été définies. Certaines ont été étudiées en particulier, avec la volonté de construire une méthode opérationnelle d’évaluation des impacts de l’occupation et de la transformation de l’espace marin sur les fonctions de support de vie des écosystèmes et sur les ressources nautrelles. Du fait de l’importance des impacts de l’extraction de ressources biotiques en mer, la méthode a d’abord été appliquée à la pêche. Elle a ensuite été appliquée au cas des macroalgues, dans le cadre de l’éco-conception d’une filière de production de biométhane algal. Ainsi, cette thèse propose une méthode d’évaluation des impacts de l’usage de l’espace en mer opérationnelle et applicable à des cas concrets., Life Cycle Assessment (LCA) is a robust tool often used for eco-design. It allows the assessment of environmental impacts, at a global scale, accounting for all stage of a product life cycle, “from cradle to grave”. There is a methodological gap in this method to account for occupation and transformation impacts in marine ecosystems due to human activities. The task accomplished during this PhD is the development of a methodological framework for a new impact category in LCA to overcome this lack: the sea use. The general framework for sea use had to be defined. It has been built following the example of land use and integrating the new methods developed for LCA of seafood. Thus, a bibliographic work has been performed on the topic of land use and of LCA of fisheries and aquaculture. Cause-effect chains, linking human interventions to the potential impacts they can induce on their environment, were precisely defined. We focused on one of these cause-effect chains in particular, with the aim to build an operational impact assessment method. The method has then been made operational for the assessment of occupation and transformation impacts on the ecosystem life support functions. Because impacts of biotic biomass removal are an essential concern in marine ecosystems, the method has first been applied to fisheries. It was also exemplified on the case of offshore cultivated seaweed, as a casestudy of ecodesign using LCA for seafood. Thus, a new operational methd of sea use impact assessment is proposed and can be applied to case-studies.

We examined rates of N-2 fixation from the surface to 2000 m depth in the Eastern Tropical South Pacific (ETSP) during El Niño (2010) and La Niña (2011). Replicated vertical profiles performed under oxygen-free conditions show that N-2 fixation takes place both in euphotic and aphotic waters, with rates reaching 155 to 509 mu mol N m(-2) d(-1) in 2010 and 24 +/- 14 to 118 +/- 87 mu mol N m(-2) d(-1) in 2011. In the aphotic layers, volumetric N-2 fixation rates were relatively low (< 1.00 nmol N L-1 d(-1)), but when integrated over the whole aphotic layer, they accounted for 87-90% of total rates (euphotic+ aphotic) for the two cruises. Phylogenetic studies performed in microcosms experiments confirm the presence of diazotrophs in the deep waters of the Oxygen Minimum Zone (OMZ), which were comprised of non-cyanobacterial diazotrophs affiliated with nifH clusters 1K (predominantly comprised of alpha-proteobacteria), 1G (predominantly comprised of gamma-proteobacteria), and 3 (sulfate reducing genera of the delta-proteobacteria and Clostridium spp., Vibrio spp.). Organic and inorganic nutrient addition bioassays revealed that amino acids significantly stimulated N-2 fixation in the core of the OMZ at all stations tested and as did simple carbohydrates at stations located nearest the coast of Peru/Chile. The episodic supply of these substrates from upper layers are hypothesized to explain the observed variability of N-2 fixation in the ETSP.

Sampling was conducted in the Northwater Polynya (between 70°20' and 77°20'N), on 17 and 19 May 1991. At each of the 14 sampling stations, CTD profiles were recorded from surface to bottom and nutrients and phytoplankton were determined at four depths down to 30 m. The presence, between 220 and 400 m, of water temperatures > 0°C is an indication that, in winter, the West Greenland Current enters the Northwater along the Greenland coast. The worm water is progressively mixed as it moves northward and eastward. It was thus hypothesized that sensible heat is as an important factor in keeping the Northwater open. Measured chemical and biological variables were quite homogeneous on the vertical down to 30 m and they showed longitudinal gradients. From east to west, the average concentrations of nutrients increased (phosphate from 0.5 to 1.4, nitrate from 3.7 to 10.8, and silicate from 6.8 to 34.2 mmol/m3), whereas the areal concentrations of phytoplankton decreased (from 47 to 9 x 10 to the ninth power cells/m2 and from 506 to 50 mg Chla/m2). Nutrient ratios indicated possible silicon deficiency in the easternmost part of the polynya. Diatoms dominated cell numbers (greater or equal to 87% at all stations). Concentrations of the three nutrients were inversely correlated with both Chla and cell numbers. The Y-intercepts of regressions of Chla on nutrients provided an estimate of potential maximum biomass in the upper 30 m, which was ca. 600 mg Chla/m2, or lower if there was silicon limitation. The overall picture was that of a diatom bloom, moving westward and progressively exhausting the nutrients. Initiation of the bloom appeared to have been linked to the absence of sea ice. A source of heat for this would have been the above sensible-heat process. (Résumé d'auteur)

Marine N2 fixing microorganisms, termed diazotrophs, are a key functional group in marine pelagic ecosystems. The biological fixation of dinitrogen (N2) to bioavailable nitrogen provides an important new source of nitrogen for pelagic marine ecosystems and influences primary productivity and organic matter export to the deep ocean. As one of a series of efforts to collect biomass and rates specific to different phytoplankton functional groups, we have constructed a database on diazotrophic organisms in the global pelagic upper ocean by compiling about 12 000 direct field measurements of cyanobacterial diazotroph abundances (based on microscopic cell counts or qPCR assays targeting the nifH genes) and N2 fixation rates. Biomass conversion factors are estimated based on cell sizes to convert abundance data to diazotrophic biomass. The database is limited spatially, lacking large regions of the ocean especially in the Indian Ocean. The data are approximately log-normal distributed, and large variances exist in most sub-databases with non-zero values differing 5 to 8 orders of magnitude. Reporting the geometric mean and the range of one geometric standard error below and above the geometric mean, the pelagic N2 fixation rate in the global ocean is estimated to be 62 (52–73) Tg N yr−1 and the pelagic diazotrophic biomass in the global ocean is estimated to be 2.1 (1.4–3.1) Tg C from cell counts and to 89 (43–150) Tg C from nifH-based abundances. Reporting the arithmetic mean and one standard error instead, these three global estimates are 140 &pm; 9.2 Tg N yr−1, 18 &pm; 1.8 Tg C and 590 &pm; 70 Tg C, respectively. Uncertainties related to biomass conversion factors can change the estimate of geometric mean pelagic diazotrophic biomass in the global ocean by about &pm;70%. It was recently established that the most commonly applied method used to measure N2 fixation has underestimated the true rates. As a result, one can expect that future rate measurements will shift the mean N2 fixation rate upward and may result in significantly higher estimates for the global N2 fixation. The evolving database can nevertheless be used to study spatial and temporal distributions and variations of marine N2 fixation, to validate geochemical estimates and to parameterize and validate biogeochemical models, keeping in mind that future rate measurements may rise in the future. The database is stored in PANGAEA (doi:10.1594/PANGAEA.774851).

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel des départements Hérault et Gard. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel des départements de l’Aude et des Pyrénées-Orientales. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées.

The basic concepts and objectives of animal disease surveillance are common to all types of animal production. Yet, the procedures for implementation have been mostly developed for terrestrial animal productions. Disease surveillance in marine shellfish calls for specific measures in view of the peculiarities of marine biology and rearing techniques. The main objective of disease surveillance in marine shellfish is to detect as early as possible exotic and newly emerging diseases. With this objective in mind, a national surveillance network for surveillance of mollusc diseases called Repamo has been developed. It combines passive reporting and risk-based surveillance., Les enjeux de la surveillance épidémiologique sont globalement similaires entre les différentes filières de production animale, mais les modalités de surveillance ont été principalement conceptualisées pour les productions terrestres. Leur adaptation au contexte des productions aquacoles, conchylicoles en particulier, présente plusieurs défis tant par les caractéristiques biologiques des animaux que par celles de leur élevage en milieu marin. L’objectif prioritaire de la surveillance des maladies des coquillages marins est la détection précoce de l’apparition d’une maladie exotique ou nouvelle afin d’entreprendre rapidement une lutte. Pour atteindre cet objectif, des modalités de surveillance événementielle et ciblée sur le risque d’introduction ou d’émergence sont combinées et coordonnées par le Réseau de pathologie des mollusques (Repamo), réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français.

avec la collaboration de F. Zuberer photographe subaquatique; National audience