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201. Gastric necrosis complicating a gastroparesis

Author

Boucau, C., Guibert, A., Monneuse, O., OuliÉ, O., Pilleul, F., Allaouchiche, B., Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
[SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [SPI.OPTI]Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph]
Abstract

article

Published
2009

202. Quantitative assessment of the brain macromolecular content in a mouse model of neuro-inflammation from chemical shift imaging data at 11.7T

Author

Ratiney, H., Le Fur, Y., Sdika, Michaël, Touret, M., Bernard, A., Cavassila, S., Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupement de Recherche et d'Etudes en Gestion à HEC (GREGH), Ecole des Hautes Etudes Commerciales (HEC Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de résonance magnétique biologique et médicale (CRMBM), Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Neuro-oncologie et neuro-inflammation, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), INSERM IFR19, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Ratiney, Helene

Subjects
Méthodes et systèmes en IRM et optique, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, categₛt2i, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, categₘixte, imagerie_RMNₒptique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2009

203. 3D estimation of soft biological tissue deformation from radio-frequency ultrasound volume acquisitions

Author

Cédric Schmitt, J.-F. Deprez, Olivier Basset, Elisabeth Brusseau, Guy Cloutier, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Laboratoire Creatis, Compte Général

Subjects
Radio Waves, Computer science, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [SPI.MECA.MEFL] Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Fluids mechanics [physics.class-ph], 01 natural sciences, 030218 nuclear medicine & medical imaging, [SPI.MECA.MEFL]Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Fluids mechanics [physics.class-ph], [PHYS.MECA.MEMA]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Mechanics of materials [physics.class-ph], 0302 clinical medicine, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [SPI.MECA.BIOM] Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Biomechanics [physics.med-ph], [SPI.MECA.MEMA]Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Mechanics of materials [physics.class-ph], 3D ultrasound, 010301 acoustics, Radiological and Ultrasound Technology, medicine.diagnostic_test, [PHYS.MECA.MEFL]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Mechanics of the fluids [physics.class-ph], Ultrasound, [SPI.MECA.BIOM]Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Biomechanics [physics.med-ph], Computer Graphics and Computer-Aided Design, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], Transducer, [INFO.INFO-TI] Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], Elasticity Imaging Techniques, Female, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Ultrasonography, Mammary, Computer Vision and Pattern Recognition, Radiology, Elastography, Radio frequency, [PHYS.MECA.ACOU] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Algorithms, medicine.medical_specialty, [INFO.INFO-TS] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Acoustics, Breast Neoplasms, Health Informatics, Image processing, Deformation (meteorology), Sensitivity and Specificity, [SPI.MECA.MEMA] Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Mechanics of materials [physics.class-ph], Imaging phantom, 03 medical and health sciences, Imaging, Three-Dimensional, [PHYS.MECA.MEMA] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Mechanics of materials [physics.class-ph], Elastic Modulus, Image Interpretation, Computer-Assisted, 0103 physical sciences, medicine, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Humans, [PHYS.MECA.MEFL] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Fluid mechanics [physics.class-ph], Radiology, Nuclear Medicine and imaging, [PHYS.MECA.BIOM]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Biomechanics [physics.med-ph], [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ACOU] Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], business.industry, [PHYS.MECA.BIOM] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Biomechanics [physics.med-ph], Reproducibility of Results, Image Enhancement, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, Stress, Mechanical, business
Abstract

The current research and development of 2D (matrix-shaped) transducer arrays to acquire 3D ultrasound data sets provides new insights into medical ultrasound applications and in particular into elastography. Until very recently, tissue strain estimation techniques commonly used in elastography were mainly 1D or 2D methods. In this paper, a 3D technique estimating biological soft tissue deformation under load from ultrasound radiofrequency volume acquisitions is introduced. This method locally computes axial strains, while considering lateral and elevational motions. Optimal deformation parameters are estimated as those maximizing a similarity criterion, defined as the normalized correlation coefficient, between an initial region and its deformed version, when the latter is compensated for according to these parameters. The performance of our algorithm was assessed with numerical data reproducing the configuration of breast cancer, as well as a physical phantom mimicking a pressure ulcer. Simulation results show that the estimated strain fields are very close to the theoretical values, perfectly discriminating between the harder lesion and the surrounding medium. Experimental strain images of the physical phantom demonstrated the different structures of the medium, even though they are not all detectable on the ultrasound scans. Finally, both simulated and experimental results demonstrate the ability of our algorithm to provide good-quality elastograms, even in the conditions of significant out-of-plane motion.

Published
2009

204. Simultaneous two-channel mice brain chemical shift imaging using a standard Biospec spectrometer

Author

Rengle, A., Ratiney, H., Cavassila, S., Beuf, O., Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Ratiney, Helene

Subjects
Méthodes et systèmes en IRM et optique, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, categₛt2i, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, imagerie_RMNₒptique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2009

205. Lineshape Pertinence in in vivo hepatic 1H Magnetic Resonance Spectroscopic data fitting

Author

Cavassila, S., Ratiney, H., Bucur, A., Pilleul, F., Beuf, O., Ratiney, Helene, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Méthodes et systèmes en IRM et optique, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, categₛt2i, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, imagerie_RMNₒptique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2009

206. In vivo imaging of carbon nanotube biodistribution using magnetic resonance imaging

Author

Achraf Al Faraj, Emmanuelle Canet-Soulas, Sophie Gaillard, Yannick Crémillieux, Ghislaine Lacroix, Katarzyna Cieslar, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
Nanoparticle, Metal Nanoparticles, 02 engineering and technology, Kidney, 01 natural sciences, law.invention, Nuclear magnetic resonance, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, law, Nanotechnology, General Materials Science, Tissue Distribution, Lung, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Inhalation exposure, Inhalation Exposure, medicine.diagnostic_test, 021001 nanoscience & nanotechnology, Condensed Matter Physics, Magnetic Resonance Imaging, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, Liver, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [SDE]Environmental Sciences, [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], 0210 nano-technology, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Preclinical imaging, Biodistribution, Nanotube, Materials science, Bioengineering, Carbon nanotube, 010402 general chemistry, In vivo, medicine, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Animals, Particle Size, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], Nanotubes, Carbon, Mechanical Engineering, Magnetic resonance imaging, General Chemistry, 0104 chemical sciences, Rats, [SPI.OPTI]Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, Nanoparticles, Spleen, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract

International audience; As novel engineered nanoparticles such as carbon nanotubes (CNTs) are extensively used in nanotechnology due to their superior properties, It becomes critical to fully understand their biodistribution and effect when accidently inhaled. A noninvasive follow-up study would be beneficial to evaluate the blodistribution and effect of nanotube deposition after exposure directly in vivo. Combined helium-3 and proton magnetic resonance resonance (MRI) were used In a rat model to evaluate the biodistribution and biological impact of raw single-wall CNTs (raw-SWCNTs) and superpurified SWCNTs (SP-SWCNTs). The susceptibility effects induced by metal impurity in the intrapulmonary instilled raw-SWCNT samples were large enough to induce a significant drop in magnetic field homogeneity detected In He-3 MR Image acquired under spontaneous breathing conditions using a multiecho radial sequence. No MRI susceptibility variation was observed with SP-SWCNT exposition even though histological analysis confirmed their presence In Instilled lungs. Proton MRI allowed detection of Intravenously injected raw-SWCNTs In spleen and kidneys using gradient echo sequence sensitive to changes of relaxation time values. No signal modifications were observed In the SP-SWCNT Injected group. In Instilled groups, the contrast-to-noise ratio in liver, spleen, and kidneys stayed unchanged and were comparable to values obtained In the control group. Histological analysis confirms the absence of SWCNTs In systemic organs when SWCNTs were Intrapulmonary instilled. In conclusion, the presence of SWCNTs with associated metal Impurities can be detected in vivo by noninvasive MR techniques. Hyperpolarized He-3 can be used for the Investigation of CNT pulmonary biodistribution while standard proton MR can be performed for systemic investigation following injection of CNT solution.

Published
2009

207. Progressive Lossless Mesh Compression Via Incremental Parametric Refinement

Author

Sébastien Valette, Raphaëlle Chaine, Rémy Prost, Valette, Sébastien, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modélisation Géométrique, Géométrie Algorithmique, Fractales (GeoMod), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)

Subjects
Mathematical optimization, [INFO.INFO-TS] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, 02 engineering and technology, T-vertices, [MATH.MATH-IT] Mathematics [math]/Information Theory [math.IT], Sampling (signal processing), [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Distortion, Compression (functional analysis), 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Polygon mesh, Parametric statistics, Mathematics, ComputingMethodologies_COMPUTERGRAPHICS, [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Lossless compression, [MATH.MATH-IT]Mathematics [math]/Information Theory [math.IT], 020207 software engineering, Computer Graphics and Computer-Aided Design, Computer Science::Graphics, [INFO.INFO-IT]Computer Science [cs]/Information Theory [cs.IT], 020201 artificial intelligence & image processing, [INFO.INFO-IT] Computer Science [cs]/Information Theory [cs.IT], Algorithm, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Data compression
Abstract

Proceedings of Symposium on Geometry Processing SGP 2009; International audience; In this paper, we propose a novel progressive lossless mesh compression algorithm based on Incremental Parametric Refinement, where the connectivity is uncontrolled in a first step, yielding visually pleasing meshes at each resolution level while saving connectivity information compared to previous approaches. The algorithm starts with a coarse version of the original mesh, which is further refined by means of a novel refinement scheme. The mesh refinement is driven by a geometric criterion, in spirit with surface reconstruction algorithms, aiming at generating uniform meshes. The vertices coordinates are also quantized and transmitted in a progressive way, following a geometric criterion, efficiently allocating the bit budget. With this assumption, the generated intermediate meshes tend to exhibit a uniform sampling. The potential discrepancy between the resulting connectivity and the original one is corrected at the end of the algorithm. We provide a proof-of-concept implementation, yielding very competitive results compared to previous works in terms of rate/distortion trade-off.

Published
2009

208. Multi-kernel SVM based classification for image segmentation of MRI multi-sequence

Author

Zhang, N, Ruan, S, Lebonvallet, S, Liao, Q M, Zhu, y M, Equipe Quantification en Imagerie Fonctionnelle (QuantIF-LITIS), Laboratoire d'Informatique, de Traitement de l'Information et des Systèmes (LITIS), Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Normandie Université (NU), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Zhu, Yuemin

Subjects
[INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2009

209. Standardized evaluation methodology and reference database for evaluating coronary artery centerline extraction algorithms

Author

Annick C. Weustink, Chunliang Wang, Yong Zhang, Caroline Kühnel, Wiro J. Niessen, Simon K. Warfield, Hrvoje Bogunovic, Andrzej Szymczak, Ola Friman, Sebastian Zambal, Xiang Deng, Thomas F. O'Donnell, Nico R. Mollet, Christian Bauer, Huseyin Tek, Örjan Smedby, Karl Krissian, Carlos Castro, Michiel Schaap, Gabriel P. Krestin, Alina G. van der Giessen, Marcela Hernández Hoyos, Martin Styner, Coert Metz, Theo van Walsum, Pieter H. Kitslaar, Michel Frenay, Maciej Orkisz, Engin Dikici, Miguel Luengo-Oroz, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Grupo IMAGINE, Universidad de los Andes [Bogota] (UNIANDES), Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales (MOTIVATE), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Medical Informatics, Cardiothoracic Surgery, Radiology & Nuclear Medicine, and Urology

Subjects
Research groups, Software Validation, Health Informatics, Coronary Angiography, Sensitivity and Specificity, Article, 030218 nuclear medicine & medical imaging, Pattern Recognition, Automated, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Software, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Reference Values, Medical imaging, medicine, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Humans, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, Reference standards, Computed tomography angiography, Netherlands, Radiological and Ultrasound Technology, medicine.diagnostic_test, business.industry, Reproducibility of Results, Computer Graphics and Computer-Aided Design, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, Clinical Practice, Radiographic Image Enhancement, Reference values, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], Reference database, Radiographic Image Interpretation, Computer-Assisted, Computer Vision and Pattern Recognition, business, Tomography, X-Ray Computed, Algorithm, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, 030217 neurology & neurosurgery, Algorithms
Abstract

Efficiently obtaining a reliable coronary artery centerline from computed tomography angiography data is relevant in clinical practice. Whereas numerous methods have been presented for this purpose, up to now no standardized evaluation methodology has been published to reliably evaluate and compare the performance of the existing or newly developed coronary artery centerline extraction algorithms. This paper describes a standardized evaluation methodology and reference database for the quantitative evaluation of coronary artery centerline extraction algorithms. The contribution of this work is fourfold: (1) a method is described to create a consensus centerline with multiple observers, (2) well-defined measures are presented for the evaluation of coronary artery centerline extraction algorithms, (3) a database containing 32 cardiac CTA datasets with corresponding reference standard is described and made available. and (4) 13 coronary artery centerline extraction algorithms, implemented by different research groups, are quantitatively evaluated and compared. The presented evaluation framework is made available to the medical imaging community for benchmarking existing or newly developed coronary centerline extraction algorithms. (C) 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.

Published
2009

210. MRS 2D quantification vs 1D quantification

Author

Roussel, T., Ratiney, H., Cavassila, S., Centre Interdisciplinaire de Nanoscience de Marseille (CINaM), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ratiney, Helene, Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Méthodes et systèmes en IRM et optique, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, categₛt2i, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, imagerie_RMNₒptique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2009

211. Fusion et classification d\\backslashtextquoteright\images multi-sources par SVM avec sélection des caractéristiques dans l\\backslashtextquoteright\espace à noyau

Author

Ruan, S, Zhang, N, Lebonvallet, S, Liao, Q M, Zhu, Y M, Equipe Quantification en Imagerie Fonctionnelle (QuantIF-LITIS), Laboratoire d'Informatique, de Traitement de l'Information et des Systèmes (LITIS), Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Normandie Université (NU), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Zhu, Yuemin

Subjects
[INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Algorithms
Abstract

International audience

Published
2009

212. On the use of internal reference for in vivo Magnetic Resonance Spectroscopy in the liver

Author

Bucur, A., Ratiney, H., Beuf, O., Pilleul, F., Cavassila, S., Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Ratiney, Helene

Subjects
Méthodes et systèmes en IRM et optique, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, categₛt2i, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, imagerie_RMNₒptique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2009

213. Rapid-clearance iron nanoparticles for inflammation imaging of atherosclerotic plaque: initial experience in animal model

Author

Xavier Violas, Danielle Ibarrola, Eric Lancelot, Christine Laclédère, Catherine Desbleds-Mansard, Philippe Douek, Hasan Alsaid, Claire Corot, Jean-Sebastian Raynaud, D. Gamondes, Loic Boussel, Véronique Vives, Dominique Sappey-Marinier, Emmanuelle Canet-Soulas, Monica Sigovan, Abdulrazzaq Sulaiman, Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales (MOTIVATE), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Etude et de Recherche Multimodal Et Pluridisciplinaire en imagerie du vivant (CERMEP - imagerie du vivant), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Groupe Hospitalier Est, Service de Radiologie, Hospices Civils de Lyon (HCL), Service de Radiologie, Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre d'Exploration et de Recherche Médicales par Émission de Positons (CERMEP), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)

Subjects
Pathology, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, Contrast Media, Pilot Projects, 030204 cardiovascular system & hematology, 030218 nuclear medicine & medical imaging, 0302 clinical medicine, Magnetite Nanoparticles, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Dextrans, Oxides, [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Rabbits, medicine.symptom, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, medicine.medical_specialty, Metabolic Clearance Rate, Iron, Inflammation, [SDV.IB.MN]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Nuclear medicine, Sensitivity and Specificity, 03 medical and health sciences, Animal model, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Inflammation imaging, Metabolic clearance rate, medicine, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Animals, Humans, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], Aortitis, business.industry, Vascular disease, Reproducibility of Results, medicine.disease, Atherosclerosis, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, Ferrosoferric Oxide, Disease Models, Animal, Rabbit model, [SPI.OPTI]Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, business, Magnetic Resonance Angiography, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract

To evaluate the use of a recently developed fast-clearing ultrasmall superparamagnetic iron oxide (USPIO) for detection of vascular inflammation in atherosclerotic plaque.The study protocol was approved by the animal experimentation ethics committee. A recently introduced USPIO, P904, and a reference-standard USPIO, ferumoxtran-10, were tested in a rabbit model of induced aortic atherosclerosis. In vivo magnetic resonance (MR) angiography and T2*-weighted plaque MR imaging were performed at baseline and after administration of P904 and ferumoxtran-10 (administered dose for both, 1000 micromol of iron per kilogram of body weight) in 26 hyperlipidemic New Zealand white rabbits. The variation in vessel wall area over time was evaluated with nonparametric testing. Ex vivo MR imaging findings were compared with iron content at linear regression analysis.With in vivo MR imaging, plaque analysis was possible as early as 24 hours after P904 injection. The authors observed a 27.75% increase in vessel wall area due to susceptibility artifacts on day 2 (P = .04) and a 38.81% increase on day 3 (P = .04) after P904 administration compared with a 44.5% increase in vessel wall area on day 7 (P = .04) and a 34.8% increase on day 10 (P = .22) after ferumoxtran-10 administration. These susceptibility artifacts were correlated with intraplaque iron uptake in the corresponding histologic slices. The number of pixels with signal loss on the ex vivo MR images was linearly correlated with the logarithm of the iron concentration (P = .0001; R(2) = 0.93).Plaque inflammation in rabbits can be detected earlier with P904 than with ferumoxtran-10 owing to the faster blood pharmacokinetics and the early uptake of P904 in the reticuloendothelial system.http://radiology.rsnajnls.org/cgi/content/full/252/2/401/DC1.

Published
2009

214. Variational tetrahedral mesh generation from discrete volume data

Author

Sébastien Valette, Noël Burais, Nicolas Siauve, Julien Dardenne, Rémy Prost, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Images et Modèles, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Valette, Sébastien, Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Ampère, Publications

Subjects
[INFO.INFO-TS] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Geometry, 0102 computer and information sciences, 02 engineering and technology, Dihedral angle, Topology, computer.software_genre, 01 natural sciences, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Voxel, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, 5-cell, Polygon mesh, Cluster analysis, Mathematics, ComputingMethodologies_COMPUTERGRAPHICS, [SPI.NRJ]Engineering Sciences [physics]/Electric power, 020207 software engineering, Computer Graphics and Computer-Aided Design, Finite element method, Vertex (geometry), Computer Science::Graphics, 010201 computation theory & mathematics, Tetrahedron, Computer Vision and Pattern Recognition, computer, Software, [SPI.NRJ] Engineering Sciences [physics]/Electric power
Abstract

International audience; In this paper, we propose a novel tetrahedral mesh generation algorithm, which takes volumic data (voxels) as an input. Our algorithm performs a clustering of the original voxels within a variational framework. A vertex replaces each cluster and the set of created vertices is triangulated in order to obtain a tetrahedral mesh, taking into account both the accuracy of the representation and the elements quality. The resulting meshes exhibit good elements quality with respect to minimal dihedral angle and tetrahedra form factor. Experimental results show that the generated meshes are well suited for Finite Element Simulations.

Published
2009

215. Investigation of a Fast Hybrid Simulation Approach for Dose Calculations in Hadrontherapy

Author

Le Loirec, Cindy, Freud, N., Létang, J M, Babot, D., Laboratoire de physique moléculaire et des collisions (LPMC), Université Paul Verlaine - Metz (UPVM), Controle Non Destructif par Rayonnements Ionisants (CNDRI), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Imagerie Tomographique et Radiothérapie, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Léon Bérard [Lyon], Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2009

216. Volume measurement by ultrasonic transverse or sagittal cross-sectional scanning

Author

Olivier Basset, Dominique Cathignol, Jean Louis Mestas, M. Devonec, Gérard Gimenez, Imagerie Ultrasonore, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Applications des ultrasons à la thérapie, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'urologie [Centre Hospitalier Lyon Sud - HCL], Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), and Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL)

Subjects
Male, Materials science, Acoustics and Ultrasonics, Biophysics, Volume estimation, 01 natural sciences, Agar gel, 030218 nuclear medicine & medical imaging, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Optics, Volume measurement, 0103 physical sciences, Image Processing, Computer-Assisted, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, medicine, Humans, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, 010301 acoustics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Ultrasonography, Radiological and Ultrasound Technology, business.industry, Prostate, Centroid, Acoustics, Reference Standards, modelisationₚb_inverses, Sagittal plane, Models, Structural, Transverse plane, medicine.anatomical_structure, categₘixte, Ultrasonic sensor, business, Volume (compression), Biomedical engineering
Abstract

A technique is described that provides an accurate estimation of the volume of an organ from its ultrasonic cross-sectional images. The technique is applied to two types of ultrasonic investigation, one providing transverse and the other sagittal images. The organ outline has to be traced on each scan. The computer first calculates the area and then the volume from the vector areas and the centroids of a series of sections. The technique has been tested with phantoms of various shapes and volumes made with agar gel. These experiments show that the error in the volume estimation is less than 10% and the variability of measurements is less than 2%.

Published
1991

217. Génération de maillages tétraédriques adaptatifs de structures anatomiques pour la simulation électromagnétique et thermique

Author

Dardenne, Julien, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Ampère, Publications

Subjects
[SPI.NRJ]Engineering Sciences [physics]/Electric power, [SPI.NRJ] Engineering Sciences [physics]/Electric power
Abstract

Prix JCGE'08 - Texte complet : http://www.jcge2008.ec-lyon.fr/web_JCGE08/papiers/JCGE08_Julien_DARDENNE.pdf; National audience; Dans cet article, nous présentons une nouvelle méthode de création de structures anatomiques maillées par des tétraèdres dans le but de simuler les phénomènes résultant d'une exposition volontaire ou involontaire du corps humain `a des ondes radiofréquences. Cette représentation maillée sera utilisée pour résoudre, par la méthode des éléments finis, les équations de Maxwell, pour la partie électromagnétique, et l'équation de Pennes pour la partie thermique. Nous proposons une nouvelle méthode, rapide et robuste, de construction du maillage `a partir d'un ensemble de voxels. La représentation maillée devra avoir des caractéristiques adaptées `a la résolution, par la méthode des éléments finis, des phénomènes étudiés. Les caractéristiques importantes sont: le respect de la géométrie des organes du corps humain, la forme et la taille des éléments tétraédriques qui ont une incidence sur la précision du résultat.

Published
2008

218. Transient MR elastography (t-MRE) using ultrasound radiation force: theory, safety, and initial experiments in vitro

Author

Rémi Souchon, Rares Salomir, Olivier Rouvière, Denis Grenier, Laurent Milot, Jean-Yves Chapelon, Olivier Beuf, Denis Lyonnet, Applications des ultrasons à la thérapie, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Souchon, Rémi, and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
[SPI.OPTI] Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, Swine, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, Pilot Projects, Radiation force, MESH: Elasticity Imaging Techniques, 01 natural sciences, 030218 nuclear medicine & medical imaging, 0302 clinical medicine, Nuclear magnetic resonance, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, radiation force, MESH: Sonication, 010301 acoustics, MESH: Swine, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, medicine.diagnostic_test, ultrasound, Ultrasound, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], 3. Good health, [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, Liver, [INFO.INFO-TI] Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], Elasticity Imaging Techniques, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Elastography, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Materials science, Vibration source, In Vitro Techniques, Models, Biological, Sonication, 03 medical and health sciences, transient, Porcine liver, Image Interpretation, Computer-Assisted, 0103 physical sciences, medicine, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Animals, Computer Simulation, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ACOU] Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], business.industry, [SPI.ELEC] Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, MESH: Models, Biological, MESH: Pilot Projects, Magnetic resonance elastography, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [SPI.OPTI]Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, Transient (oscillation), business, Ultrasound Radiation, shear wave, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, MESH: Liver
Abstract

International audience; The purpose of our study was to assess the feasibility of using ultrasound radiation force as a safe vibration source for transient MR elastography (t-MRE). We present a theoretical framework to predict the phase shift of the complex MRE signal, the temperature elevation due to ultrasound, and safety indicators (I(SPPA), I(SPTA), MI). Next, we report wave images acquired in porcine liver samples in vitro. MR thermometry was used to estimate the temperature elevation induced by ultrasound. Finally, we discuss the implications of our results with regard to the feasibility of using radiation force for t-MRE in a clinical setting, and a specific echo-planar imaging (EPI) MRE sequence is proposed.

Published
2008

219. Estimation du mouvement dans des séquences d'images échographiques : application à l'élastographie ultrasonore de la thyroïde

Author

Basarab , Adrian, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), INSA de Lyon, Philippe Delachartre(delachartre@creatis.insa-lyon.fr), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Basarab, Adrian

Subjects
dense motion field, élastographie, elastography, imagerie ultrasonore, décalage subpixélique, subsample shift, modèle paramétrique, [ SPI.SIGNAL ] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, parametric displacement modeling, deformable block matching, estimateur analytique n-D, thyroid, thyroïde, motion estimation, analytic n-D estimator, ultrasound imaging, maillage déformable, estimation du mouvemen, multidimensional analytic signal, images de phase, champ dense de mouvement, phase images, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, signal analytique multidimensionnel
Abstract

This PhD work deals with motion estimation in ultrasound image sequences and its application to static elastography of the thyroid. The aim of elastography is to characterize the elasticity of biological soft tissues. For this, motion tracking is processed between images acquired while a compressive force is applied to the examined medium. In order to discriminate the healthy and diseased tissues, a high level of motion estimation accuracy is required. To achieve this accuracy, we propose a 2-D motion estimation method applied to radiofrequency images issued from a specific beamforming technique. Our method uses four phase images obtained with multidimensional analytic signals. This original approach allowed us to propose an analytic solution to the local motion estimation problem. Our method is shown to be more efficient than classical techniques in terms of accuracy, applicability on low sampled images and computation time. Moreover, we propose the use of a bilinear displacement model in order to take into account the complexity of tissue movements under freehand compression. A spatio-temporal approach allows us to extend our method to motion estimation with ultrasound image sequences. We also propose a novel parameter more appropriate for visualizing thyroid tumors., Cette thèse concerne l'estimation du mouvement dans des séquences d'images échographiques, avec comme application médicale l'élastographie statique de la thyroïde. Le principe de l'élastographie, dont l'objectif est de caractériser l'élasticité des tissus biologiques, consiste à estimer les déplacements qui apparaissent au sein des tissus lorsque ceux-ci sont soumis à une contrainte mécanique externe. Discriminer les tissus pathologiques des tissus sains sur des critères d'élasticité nécessite une grande précision d'estimation du mouvement. Pour cela, nous proposons une méthode 2-D d'estimation du mouvement appliquée à des images radiofréquences dont la formation de voies est adaptée à l'imagerie du mouvement. Notre méthode travaille avec quatre images de phase, construites en utilisant des signaux analytiques multidimensionnels. Cette approche originale nous a permis de proposer une solution analytique à l'estimation locale des déplacements. Notre méthode s'avère plus performante que les approches classiques en terme de réduction d'erreur, de performances avec des images faiblement échantillonnées et de rapidité. Afin de prendre en compte la complexité des mouvements à estimer, engendrée par la diversité anatomique et par les spécificités de l'élastographie ultrasonore (compression des tissus exercée manuellement avec la sonde échographique), nous proposons d'utiliser un maillage déformable, régi par un modèle paramétrique bilinéaire. Une analyse spatio-temporelle du mouvement nous permet d'étendre cette méthode à l'estimation du déplacement dans des séquences d'images et de proposer une nouvelle carte paramétrique adaptée à la visualisation des tumeurs thyroïdiennes.

Published
2008

220. Morlet wavelet analysis of Magnetic Resonance Spectroscopic signals with macromolecular contamination

Author

Aimamorn Suvichakorn, Hélène Ratiney, Adriana Bucur, Sophie Cavassila, Jean-Pierre Antoine, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Méthodes et systèmes en IRM et optique, Physics, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, Noise (signal processing), Pulse (signal processing), Metabolite, Wavelet transform, 020206 networking & telecommunications, 02 engineering and technology, imagerie_RMNₒptique, 01 natural sciences, Signal, 010309 optics, chemistry.chemical_compound, Nuclear magnetic resonance, Amplitude, Wavelet, Morlet wavelet, chemistry, 0103 physical sciences, categₛt2i, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering
Abstract

International audience; We apply theMorlet wavelet transform to characterizing Magnetic Resonance Spectroscopy (MRS) signals acquired at short echo-time. These signals usually contain contributions from metabolites, water and a baseline which mainly originates from large molecules, known as macromolecules, and lipids. The baseline accommodation is one of the major obstructions in in vivo short echo-time MRS quantification as its shape and intensity are not known a priori. In this paper, the simulated signal of the N-acetylaspartate (NAA) metabolite is used as a test signal to be recovered after adding the in vivo macromolecular signal. The in vivo macromolecule MRS signal was acquired on a horizontal 4.7T Biospec system. By optimizing the inversion time, which represents the delay between the inversion pulse and the first pulse of the PRESS sequence, the metabolites are nullified while the others are maintained. The metabolite-nullified signal from a volume-of-interest centralized in the hippocampus of a healthy mouse, which was a combination of residual water, baseline and noise, was added to the signal of NAA. The amplitude of the metabolite is also varied to visualize the sensitivity of the wavelet transform at different ratios between the intensity of the macromolecular and the metabolite signals. Compared to the simulated signal of NAA, the signal decays much faster. The time-scale representation of the wavelet can therefore distinguish the two signals without any additional pre-processing. The amplitude of the metabolite is also correctly derived although at earlier time it still has an effect of the baseline.

Published
2008

221. Quantification method using the Morlet wavelet for Magnetic Resonance Spectroscopic signals with macromolecular contamination

Author

Jean-Pierre Antoine, Hélène Ratiney, Aimamorn Suvichakorn, Sophie Cavassila, Adriana Bucur, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Ratiney, Helene

Subjects
Méthodes et systèmes en IRM et optique, Magnetic Resonance Spectroscopy, Macromolecular Substances, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, 02 engineering and technology, Signal, symbols.namesake, 020210 optoelectronics & photonics, Wavelet, Nuclear magnetic resonance, Image Interpretation, Computer-Assisted, categₛt2i, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Humans, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Physics, Models, Statistical, Fourier Analysis, Phantoms, Imaging, Reproducibility of Results, Signal Processing, Computer-Assisted, 020206 networking & telecommunications, Image enhancement, Creatine, Image Enhancement, Lipids, imagerie_RMNₒptique, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, Morlet wavelet, Fourier analysis, Magnetic resonance spectroscopic, symbols, Regression Analysis, Algorithms, Macromolecule
Abstract

We study the Morlet wavelet transform on characterizing Magnetic Resonance Spectroscopic (MRS) signals acquired at short echo-time. These signals contain contributions from metabolites, water and a baseline which mainly originates from large molecules, known as macromolecules, and lipids. The baseline signal decays faster than the metabolite ones. Therefore, by making use of the time-scale representation of the wavelet, the two signals can be distinguished without any additional pre-processing. This is confirmed by the experimental results which show that the Morlet wavelet can correctly quantify the metabolite contributions even when a baseline is embedded in the MRS signals.

Published
2008

222. A New Transient Two-Wire Method for Measuring the Thermal Diffusivity of Electrically Conducting and Highly Corrosive Liquids Using Small Samples

Author

Amangoua Jean-Jacques Kadjo, J.-P. Garnier, Serguei Martemianov, J.-P. Maye, Laboratoire d'études thermiques (LET), Université de Poitiers-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et d'Aérotechnique [Poitiers] (ISAE-ENSMA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Materials science, Explosive material, Tantalum, chemistry.chemical_element, 04 agricultural and veterinary sciences, 02 engineering and technology, Condensed Matter Physics, Thermal diffusivity, chemistry.chemical_compound, Thermal conductivity, 020401 chemical engineering, Volume (thermodynamics), chemistry, Nitric acid, Thermal, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Transient (oscillation), 0204 chemical engineering, Composite material
Abstract

International audience; The transient hot-wire (THW) technique is widely used for measurements of the thermal conductivity of most fluids, and some attempts have also been carried out for simultaneous measurements of the thermal diffusivity with the same hot wire. However, for some particular liquids like concentrated nitric acid solutions or similar nitric mixtures, for which the thermal properties are important for industrial or security applications, this technique may be difficult to use, because of possible technological incompatibilities between measurement probe materials and highly electrically conducting and corrosive liquids. Moreover, the possible highly energetic (explosive) character of these liquids requires minimum volume liquid samples and safety measurement devices and processes. It is the purpose of this paper to report on a modified THW technique (previously used for thermal-diffusivity measurements in soils), which is associated with a specific patented double-wire probe and is shown to be valid for direct thermal-diffusivity measurements in liquids. This method responds to the previous requirements and allows automatic and quasi-simultaneous thermal-conductivity and thermal-diffusivity measurements to be made safely on liquids compatible with the tantalum technology, with liquid sample volumes < 2 cm3. Low uncertainties are found for the thermal-diffusivity data when relative measurements are carried out with reference liquids like water or toluene

Published
2008

223. Influence of bone mass and of structural anisotropy on the fast and slow wave propagation in femoral trabecular bone

Author

Haiat, Guillaume, Padilla, F, Peyrin, F, Laugier, P, Laboratoire de Modélisation et Simulation Multi Echelle (MSME), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Imagerie Biomédicale (LIB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Imagerie Biomédicale [Paris] (LIB), and Lemaire, Thibault

Subjects
[SPI.MECA.BIOM] Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Biomechanics [physics.med-ph], [SPI.MECA.BIOM]Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Biomechanics [physics.med-ph], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2008

224. Mesures quasi-simultanés de la conductivité et de la diffusivité thermiques de liquides énergétiques par la technique du fil chaud en régime transitoire

Author

Kadjo, Amangoua Jean-Jacques, Maye, J.-P., Saillard, J., Thévenod, G., Garnier, J.-P., Martemianov, Sergueï, Laboratoire d'études thermiques (LET), Université de Poitiers-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et d'Aérotechnique [Poitiers] (ISAE-ENSMA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CEA Le Ripault (CEA Le Ripault), Direction des Applications Militaires (DAM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Poupon, Patricia, Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Univ, Réunion

Subjects
[SPI.GPROC] Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [PHYS.MECA.THER] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Thermics [physics.class-ph], [PHYS.MECA.THER]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Thermics [physics.class-ph], [SPI.MECA.THER]Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Thermics [physics.class-ph], [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SPI.MECA.THER] Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Thermics [physics.class-ph]
Abstract

Ce travail permet de montrer les possibilités d'un nouvel instrument de mesure (breveté), basé sur la technique du fil chaud en régime transitoire, mais utilisant des fils courts (pour réduire le volume des échantillons liquides) en tantale oxydé. Ce dispositif permet des mesures automatisées (sous LabVIEW), sécurisées et quasi-simultanées de la conductivité λ et de la diffusivité thermiques α de liquides électriquement conducteurs et corrosifs (échantillons de volume inférieurs à 2 cm3 ). Dans ce travail, les valeurs de λ et de α de l'acide nitrique pur ont été déterminées avec des incertitudes inférieures à 5 % et 12 % respectivement.

Published
2008

225. Gold nanoparticles designed for in vivo SRCT and MRI imaging and X-ray therapy

Author

Christophe Alric, Jacqueline Taleb, Celine Mandon, Claire Billotey, Thierry Brochard, Géraldine Le Duc, Francis Vocanson, Marc Janier, Pascal Perriat, Stéphane Roux, Olivier Tillement, Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents (LPCML), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), European Synchrotron Radiation Facility (ESRF), Laboratoire Hubert Curien [Saint Etienne] (LHC), Institut d'Optique Graduate School (IOGS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] (MATEIS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents ( LPCML ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), European Synchrotron Radiation Facility ( ESRF ), Laboratoire Hubert Curien [Saint Etienne] ( LHC ), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] ( MATEIS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA )

Subjects
[ CHIM.MATE ] Chemical Sciences/Material chemistry, [CHIM.MATE]Chemical Sciences/Material chemistry
Published
2008

226. [Endoscopic management of postoperative pancreatic collections]

Author

Subtil, C., Moutardier, V., Vitton, V., Gasmi, M., Desjeux, A., Grimaud, J.-C., Berdah, S., Barthet, M., C, Brunet, Centre de recherche en neurobiologie - neurophysiologie de Marseille (CRN2M), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Image et ville (IV), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Dumonceaud, Corinne

Subjects
Adult, Male, Adenocarcinoma, MESH: Splenectomy, MESH: Exudates and Transudates, MESH: Drainage, Endosonography, MESH: Pancreatic Cyst, Pancreatectomy, Postoperative Complications, MESH: Endoscopy, Digestive System, MESH: Pancreatectomy, MESH: Postoperative Complications, Cystadenoma, Mucinous, Pancreatic Pseudocyst, Humans, Endoscopy, Digestive System, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.BBM.BC] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], MESH: Pancreatic Pseudocyst, Aged, MESH: Aged, Cholangiopancreatography, Endoscopic Retrograde, MESH: Humans, MESH: Middle Aged, MESH: Endosonography, MESH: Adenocarcinoma, MESH: Adult, Exudates and Transudates, Middle Aged, MESH: Male, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], MESH: Cystadenoma, Mucinous, Pancreatic Neoplasms, Splenectomy, Drainage, MESH: Cholangiopancreatography, Endoscopic Retrograde, Female, MESH: Pancreatic Neoplasms, Pancreatic Cyst, MESH: Tomography, X-Ray Computed, Tomography, X-Ray Computed, MESH: Female
Abstract

International audience; INTRODUCTION: Treatment of pancreatic postoperative collections are usually managed with a multidisciplinary team. Different managements are possible: abstention, external drainage, endoscopic treatment or surgery. METHODS: We report on a case series of five patients with a postoperative pancreatic collection, endoscopically managed. Patients underwent all a CT scan associated or not with endoscopic ultrasonography. RESULTS: An endoscopic cystenterosotomy was performed in all the cases, with two double pig tail stents sometimes associated with nasocystic drainage for clearing the cyst lumen and with transpapillary drainage in one case. All the procedures were successful and patients healed in all the cases with the disappearance of the radiological image within a 33 days to three months range with one complication due to superinfection of the drained cyst, endoscopically managed with a nasocystic catheter. CONCLUSION: Therapeutic endoscopy, with a multidisciplinary approach, is a promising way to manage postoperative pancreatic collections.

Published
2008

227. Region-oriented CT image representation for reducing computing time of Monte Carlo simulations

Author

David Sarrut, Guigues, L., Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CCIN2P3, and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
Time Factors, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, MESH: Monte Carlo Method, MESH: Software, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, MESH: Radiographic Image Interpretation, Computer-Assisted, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Humans, Radiometry, MESH: Radiotherapy Planning, Computer-Assisted, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], MESH: Humans, Radiotherapy Planning, Computer-Assisted, MESH: Time Factors, MESH: Radiometry, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], MESH: Radiotherapy, Conformal, [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], Feasibility Studies, Radiographic Image Interpretation, Computer-Assisted, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [SDV.NEU]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], Radiotherapy, Conformal, MESH: Feasibility Studies, MESH: Tomography, X-Ray Computed, Tomography, X-Ray Computed, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Monte Carlo Method, Software
Abstract

International audience; PURPOSE: We propose a new method for efficient particle transportation in voxelized geometry for Monte Carlo simulations. We describe its use for calculating dose distribution in CT images for radiation therapy. MATERIAL AND METHODS: The proposed approach, based on an implicit volume representation named segmented volume, coupled with an adapted segmentation procedure and a distance map, allows us to minimize the number of boundary crossings, which slows down simulation. The method was implemented with the GEANT4 toolkit and compared to four other methods: One box per voxel, parameterized volumes, octree-based volumes, and nested parameterized volumes. For each representation, we compared dose distribution, time, and memory consumption. RESULTS: The proposed method allows us to decrease computational time by up to a factor of 15, while keeping memory consumption low, and without any modification of the transportation engine. Speeding up is related to the geometry complexity and the number of different materials used. We obtained an optimal number of steps with removal of all unnecessary steps between adjacent voxels sharing a similar material. However, the cost of each step is increased. When the number of steps cannot be decreased enough, due for example, to the large number of material boundaries, such a method is not considered suitable. CONCLUSION: This feasibility study shows that optimizing the representation of an image in memory potentially increases computing efficiency. We used the GEANT4 toolkit, but we could potentially use other Monte Carlo simulation codes. The method introduces a tradeoff between speed and geometry accuracy, allowing computational time gain. However, simulations with GEANT4 remain slow and further work is needed to speed up the procedure while preserving the desired accuracy.

Published
2008

228. Measurement of Thermal Conductivity and Diffusivity of Electrically Conducting and Highly Corrosive Liquids from Small Samples with a Nex Transient Hot-Wire Instrument

Author

Kadjo, Amangoua Jean-Jacques, Maye, J.-P., Saillard, J., Thévenot, G., Garnier, J.-P., Martemianov, S., Laboratoire d'études thermiques (LET), Université de Poitiers-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et d'Aérotechnique [Poitiers] (ISAE-ENSMA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CEA Le Ripault (CEA Le Ripault), Direction des Applications Militaires (DAM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Langrené, Elsa, and Poupon, Patricia

Subjects
[PHYS.MECA.THER] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Thermics [physics.class-ph], [PHYS.MECA.THER]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Thermics [physics.class-ph], [SPI.MECA.THER]Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Thermics [physics.class-ph], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SPI.MECA.THER] Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Thermics [physics.class-ph]
Abstract

The transient hot-wire technique is widely used for measurements of the thermal conductivity and thermal diffusivity of most fluids. However, for some particular liquids like concentrated nitric acid solutions or similar nitric mixtures , the thermal properties of which are important to know for industrial or security applications , this technique had not still been used (except for a complex particular apparatus using a hot-wire embedded in a glass capillary tube for conductivity measurement), essentially on account of a technological incompatibility between measurement probe materials and highly electrically conducting and corrosive liquids ; moreover , the possible highly energetic character (explosive) of these liquids requires minimum volume liquid samples and safety measurement devices and processes. It is the purpose of this paper to report on a new patented instrument, based on a tantalum short hot-wire probe technology, which responds to the precedent requirements and allows safety automatic and quasi simultaneous conductivity and diffusivity measurements of concentrated nitric acid solutions and similar nitric mixtures from liquid samples less than 2 cm3, with uncertainties less than 5% for conductivity and 12% for diffusivity.

Published
2008

229. Multi-resolution parallel integral projection for fast localization of a straight electrode in 3D ultrasound images

Author

Jan Kybic, Christian Cachard, Herve Liebgott, Marian Uhercik, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Center for Machine Perception, Czech Technical University in Prague (CTU), Imagerie Ultrasonore, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Breast biopsy, Computer science, 0206 medical engineering, Straight electrode, 02 engineering and technology, imagerie_ultrasonore, computer.software_genre, 030218 nuclear medicine & medical imaging, Upsampling, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Voxel, Pyramid, categₛt2i, medicine, Mammography, Computer vision, 3D ultrasound, Pyramid (image processing), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, medicine.diagnostic_test, business.industry, Integral transform, 020601 biomedical engineering, Imagerie Ultrasonore, reseau_international, Artificial intelligence, business, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, computer
Abstract

We address the problem of fast and accurate localization of miniature surgical instruments like needles or electrodes using 3D ultrasound (US). An algorithm based on maximizing a parallel integral transform (PIP) can automatically localize line-shaped objects in 3D US images with accuracy on the order of hundreds of micrometers. Here we propose to use a multi-resolution to accelerate the algorithm significantly. We use a maximum function for downsampling to preserve the high intensity voxels of a thin electrode. We integrate the multi-resolution pyramid into a hierarchical mesh-grid search of PIP. The experiments with a tissue mimicking phantom and breast biopsy data show that proposed method works well on real US images. The speed-up is threefold compared to original PIP method with the same accuracy 0.4 mm. A further speed-up up to 16 times is reached by an early stopping of the optimization, at the expense of some loss of accuracy.

Published
2008

230. SIMONE: a realistic neural network simulator to reproduce MEA-based recordings

Author

Isabelle E. Magnin, Christophe Pouzat, Blaise Yvert, Antoine Chaffiol, R. Escola, Régis Guillemaud, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information (CEA-LETI), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Laboratoire de physiologie cérébrale (LPC - UMR 8118), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Neurosciences cognitives et intégratives d'Aquitaine (INCIA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-SFR Bordeaux Neurosciences-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Electronique et des Technologies de l'Information ( CEA-LETI ), Université Grenoble Alpes [Saint Martin d'Hères]-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ), Laboratoire de physiologie cérébrale ( LPC - UMR 8118 ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-SFR Bordeaux Neurosciences-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Electronique et des Technologies de l'Information (CEA-LETI), Université Grenoble Alpes (UGA)-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)

Subjects
MESH: Microelectrodes, Computer science, MESH: Neurons, Action Potentials, Synaptic Transmission, American cockroach, law.invention, 0302 clinical medicine, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Application-specific integrated circuit, Relay, law, SpikeOMatic, Preprocessor, SIMONE, [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], MESH : Algorithms, MESH: Action Potentials, Neurons, 0303 health sciences, MESH : Synaptic Transmission, Artificial neural network, General Neuroscience, Rehabilitation, simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], MESH : Computer Simulation, Spike sorting, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], Probability distribution, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Algorithm, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Algorithms, Data compression, noise, Models, Neurological, Biomedical Engineering, extracellular, MESH: Algorithms, spike sorting, MESH : Neurons, 03 medical and health sciences, MESH: Computer Simulation, Robustness (computer science), MESH : Action Potentials, MESH: Models, Neurological, [ INFO.INFO-BI ] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], spike detection, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Internal Medicine, Electronic engineering, MESH: Synaptic Transmission, MESH : Models, Neurological, Computer Simulation, integrate-and-fire, 030304 developmental biology, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, MESH: Nerve Net, MESH : Microelectrodes, MESH : Nerve Net, Nerve Net, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], multielectrode array (MEA), Microelectrodes, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract

International audience; Contemporary multielectrode arrays (MEAs) used to record extracellular activity from neural tissues can deliver data at rates on the order of 100 Mbps. Such rates require efficient data compression and/or preprocessing algorithms implemented on an application specific integrated circuit (ASIC) close to the MEA. We present SIMONE (Statistical sIMulation Of Neuronal networks Engine), a versatile simulation tool whose parameters can be either fixed or defined by a probability distribution. We validated our tool by simulating data recorded from the first olfactory relay of an insect. Different key aspects make this tool suitable for testing the robustness and accuracy of neural signal processing algorithms (such as the detection, alignment, and classification of spikes). For instance, most of the parameters can be defined by a probabilistic distribution, then tens of simulations may be obtained from the same scenario. This is especially useful when validating the robustness of the processing algorithm. Moreover, the number of active cells and the exact firing activity of each one of them is perfectly known, which provides an easy way to test accuracy.

Published
2008

231. A dynamic elastic model for segmentation and tracking of the heart in MR image sequences

Author

Patrick Clarysse, Christopher Casta, Joël Schaerer, Jérôme Pousin, Modélisation mathématique, calcul scientifique ( MMCS ), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] ( ICJ ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales (MOTIVATE), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modélisation mathématique, calcul scientifique (MMCS), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Fourier Basis, Health Informatics, Basis function, Strong prior, 02 engineering and technology, Sensitivity and Specificity, 030218 nuclear medicine & medical imaging, Pattern Recognition, Automated, 03 medical and health sciences, Mathematical model, [ MATH.MATH-AP ] Mathematics [math]/Analysis of PDEs [math.AP], 0302 clinical medicine, Elastic Modulus, Convergence (routing), Image Interpretation, Computer-Assisted, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, [MATH.MATH-AP]Mathematics [math]/Analysis of PDEs [math.AP], Humans, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, Segmentation, Computer vision, Computer Simulation, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Mathematics, Smoothness (probability theory), Radiological and Ultrasound Technology, Basis (linear algebra), business.industry, Noise (signal processing), Models, Cardiovascular, Reproducibility of Results, Heart, Image Enhancement, Computer Graphics and Computer-Aided Design, Dynamical image processing, Subtraction Technique, Pattern recognition (psychology), Elasticity Imaging Techniques, 020201 artificial intelligence & image processing, Computer Vision and Pattern Recognition, Artificial intelligence, business, Algorithm, Algorithms
Abstract

Strong prior models are a prerequisite for reliable spatio-temporal cardiac image analysis. While several cardiac models have been presented in the past, many of them are either too complex for their parameters to be estimated on the sole basis of MR Images, or overly simplified. In this paper, we present a novel dynamic model, based on the equation of dynamics for elastic materials and on Fourier filtering. The explicit use of dynamics allows us to enforce periodicity and temporal smoothness constraints. We propose an algorithm to solve the continuous dynamical problem associated to numerically adapting the model to the image sequence. Using a simple 1D example, we show how temporal filtering can help removing noise while ensuring the periodicity and smoothness of solutions. The proposed dynamic model is quantitatively evaluated on a database of 15 patients which shows its performance and limitations. Also, the ability of the model to capture cardiac motion is demonstrated on synthetic cardiac sequences. Moreover, existence, uniqueness of the solution and numerical convergence of the algorithm can be demonstrated.

Published
2008

232. [Ectopic pancreas: an exceptional cause of lower intestinal bleeding with hemorrhagic shock]

Author

Ah-Soune, P., Vitton, V., Subtil, C., Meunier-Carpentier, S., Bonmardion, R., Desjeux, A., Barthet, M., Grimaud, J.-C., Centre de recherche en neurobiologie - neurophysiologie de Marseille (CRN2M), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
MESH: Humans, MESH: Melena, MESH: Jejunal Diseases, MESH: Adult, MESH: Choristoma, MESH: Pancreas, MESH: Laparotomy, MESH: Male, MESH: Capsule Endoscopy, MESH: Shock, MESH: Colonoscopy, MESH: Rectum, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], MESH: Gastrointestinal Hemorrhage, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2008

233. Continuous frequency and phase spectrograms: a study of their 2D and 3D capabilities and application to musical signal analysis

Author

Jean-Charles Pinoli, Laurent Navarro, Guy Courbebaisse, Centre Ingénierie et Santé (CIS-ENSMSE), École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales (MOTIVATE), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire des Procédés en Milieux Granulaires (LPMG-EMSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Imagerie et Statistiques (DIS-ENSMSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-CIS, Institut Fédératif de Recherche en Sciences et Ingénierie de la Santé (IFRESIS-ENSMSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-IFR143, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon I, Toucas, Andrée-Aimée, Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Engineering, [SPI.GPROC] Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [INFO.INFO-TS] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, Acoustics, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, Phase (waves), 02 engineering and technology, 01 natural sciences, 010305 fluids & plasmas, Time-frequency representations, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, 0103 physical sciences, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Chirp, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, Frequency spectrogram (FS), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Signal processing, [SHS.MUSIQ]Humanities and Social Sciences/Musicology and performing arts, business.industry, General Engineering, Short-time Fourier transform, 020206 networking & telecommunications, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, Power (physics), [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, Amplitude, [INFO.INFO-TI] Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], Phase spectrogram (PS), Musical signals, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], Frequency domain, Spectrogram, [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, business, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing
Abstract

A new lighting and enlargement on phase spectrogram (PS) and frequency spectrogram (FS) is presented in this paper. These representations result from the coupling of power spectrogram and short time Fourier transform (STFT). The main contribution is the construction of the 3D phase spectrogram (3DPS) and the 3D frequency spectrogram (3DFS). These new tools allow such specific test signals as small slope linear chirp, phase jump and small frequency jump to be analyzed. An application case of musical signal analysis is reported. The main objective is to detect small frequency and phase variations in order to characterize each type of sound attack without losing the amplitude information given by power spectrogram.

Published
2008

234. Fast screening of paramagnetic molecules in zebrafish embryos by MRI

Author

M. Armenean, Marc Janier, Jens Hasserodt, Laurence Canaple, Jacques Samarut, Olivier Beuf, Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANIMAGE, Rhône-Alpes Genopole, Laboratoire de Chimie - UMR5182 (LC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
Pathology, medicine.medical_specialty, Embryo, Nonmammalian, Contrast Media, Gadolinium, Computational biology, Biology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Imaging, Three-Dimensional, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, In vivo, Surface coil, medicine, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Inner diameter, Animals, [CHIM]Chemical Sciences, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, Zebrafish, Spectroscopy, Voxel size, 030304 developmental biology, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], 0303 health sciences, screening, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Equipment Design, contrast agent, biology.organism_classification, Image Enhancement, zebrafish, Magnetic Resonance Imaging, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, gene function, Research Design, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], Zebrafish embryo, [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [SPI.OPTI]Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, Molecular Medicine, Experimental biology, Acquisition time, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, 030217 neurology & neurosurgery, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, MRI
Abstract

International audience; Zebrafish embryo is a well-established model used in many fields of modern experimental biology. We demonstrate that it provides a promising model platform for exploring fundamental MR aspects that can be used to screen and study active MR molecules before progressing to more complex living systems. Setting up a dedicated MRI methodology, we arrayed a large number of living embryos, which were microinjected at very early stages of development with different contrast agents. We also showed that MRI signal intensity correlates with the gadolinium content of zebrafish embryos. This allowed us to validate a new approach for MR compound screening. Using a specific surface coil of 5 mm inner diameter, we obtained for the first time high-spatial-resolution images at 7 T of living zebrafish embryos with a 47 µm isotropic voxel size with an acquisition time of 39 min. Finally, we discuss potential applications of this development: a viable in vivo assay for screening small pharmacological compounds; assessment of and tracking the action of molecules over time. Exploring in vivo biological activity, gene function analysis, and detailed characterization of disease processes in fish are natural extensions of these preliminary studies.

Published
2008

235. Un modèle de champ aléatoire conditionnel 2D appliqué à la segmentation d'images de documents

Author

Nicolas, Stéphane, Dardenne, Julien, Paquet, Thierry, Heutte, Laurent, Equipe Apprentissage (DocApp - LITIS), Laboratoire d'Informatique, de Traitement de l'Information et des Systèmes (LITIS), Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Nicolas, Stéphane

Subjects
analyse d'images, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [INFO.INFO-TS] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, analyse de structures, segmentation, analyse d'images de documents, modèles markoviens, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, champs conditionnels
Abstract

National audience; Nous nous intéressons dans ces travaux à l'analyse d'images par le biais de techniques Markoviennes discriminantes: les champs aléatoires conditionnels. Nous présentons une implémentation 2D de ces modèles principalement utilisés jusqu'à présent pour l'analyse de données monodimensionnelles. L'implémentation que nous proposons est basée sur une approche de type combinaison de classifieurs discriminants. Nous illustrons et comparons les capacités de cette approche par rapport aux modèles de Champs de Markov Cachés au travers d'un exemple d'application à l'analyse de la structure de documents complexes et dégradés.

Published
2008

236. Analyse quantitative des altérations métaboliques chez un modèle murin de neuro-inflammation par SRM

Author

Bucur, A., Bernard, Arlette, Cudalbu, C., Giraudon, P., Graveron-Demilly, D., Ratiney, H., Cavassila, S., Ratiney, Helene, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INSERM IFR19, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Neuro-oncologie et neuro-inflammation, and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
Méthodes et systèmes en IRM et optique, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, commₒrale, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, categₛt2i, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, imagerie_RMNₒptique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Imagerie cérébrale
Abstract

International audience

Published
2008

237. A beam stop based correction procedure for high spatial frequency scatter in industrial cone-beam X-ray CT

Author

Daniel Babot, A. Peterzol, Jean Michel Létang, Imagerie Tomographique et Radiothérapie, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Léon Bérard [Lyon], Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Physics, Nuclear and High Energy Physics, business.industry, Detector, X-ray, Digital imaging, 01 natural sciences, Flat panel detector, 030218 nuclear medicine & medical imaging, 010309 optics, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Optics, Sampling (signal processing), Nondestructive testing, 0103 physical sciences, categₛt2i, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Imagerie tomographique et thérapie par rayonnement, business, Instrumentation, Energy (signal processing), Beam (structure), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

In the energy range of industrial cone-beam CT (a 450 kV X-ray tube is used), the detector scatter (veiling glare) turned out to be the most important source of secondary radiation for a digital imaging system working in the indirect conversion mode. It has been shown that the detector scatter drives the shape of the total image scatter. As a consequence, the latter may be characterized by an important high spatial frequency content questioning the hypothesis, frequently invoked in the scatter correction techniques, of a slowly varying scatter. We propose a beam stop array (BSA) based method for the evaluation/subtraction of the image scatter. The technique has the potential of simultaneously manage all sources of scattering radiation. It can be used in the high spatial frequency scatter case at the condition of opportunely selecting the BSA effective sampling step. It has been shown that the BSA approach can be also successfully combined with a beam hardening correction scheme based on the linearisation method. The work we present is supported by experimental measurements performed with two test objects at two different beam qualities: (i) 200 kV + 2.5 mm of Cu and (ii) 400 kV + 4 mm of Pb and 1 mm of Cd. The detector scatter represents about 36% and 65% of the total white field image for the two investigated beam qualities, respectively.

Published
2008

238. Estudio no destructivo de los canales internos de octocorales por medio del análisis de imágenes biológicas y médicas

Author

Ardila, N., HernÁndez Hoyos, M., Teillaud, S., Orkisz, Maciej, Dávila Serrano, E. E., Beuf, O., Adrien, J., Rey, C., Sanchez, J.A., Grupo IMAGINE, Universidad de los Andes [Bogota] (UNIANDES), Laboratorio de Biología Molecular Marina (BIOMMAR), Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales (MOTIVATE), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service Informatique et développements, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de mécanique des sols, structures et matériaux (MSSMat), and CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2008

239. Quantitative analysis of metabolic Alterations in a mouse model of Neuro-inflammation using In vivo MR Spectroscopy

Author

Bucur, A., Bernard, Arlette, Cudalbu, C., Giraudon, P., Graveron-Demilly, D., Ratiney, H., Cavassila, S., Ratiney, Helene, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INSERM IFR19, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Neuro-oncologie et neuro-inflammation, and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
Méthodes et systèmes en IRM et optique, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, categₛt2i, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, imagerie_RMNₒptique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, commₐffichee, Imagerie cérébrale
Abstract

International audience

Published
2008

240. Is endoscopic sphincterotomy avoidable in patients with sphincter of Oddi dysfunction?

Author

Ariadne Desjeux, Einate Abou-Berdugo, Rene Delpy, Véronique Vitton, Nathalie Lesavre, Marc Barthet, Jean-Charles Grimaud, Mohamed Gasmi, Centre de recherche en neurobiologie - neurophysiologie de Marseille (CRN2M), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Image et ville (IV), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiopathologie du stress pancréatique, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biomécanique Appliquée (LBA UMR T24), and Aix Marseille Université (AMU)-Université Gustave Eiffel

Subjects
Male, MESH: Cholecystectomy, medicine.medical_treatment, Gastroenterology, 0302 clinical medicine, MESH: Sphincterotomy, Endoscopic, MESH: Gastrointestinal Transit, Prospective Studies, Prospective cohort study, MESH: Pain, Postoperative, MESH: Treatment Outcome, MESH: Aged, Pain, Postoperative, MESH: Middle Aged, medicine.diagnostic_test, MESH: Follow-Up Studies, Middle Aged, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], 3. Good health, Treatment Outcome, medicine.anatomical_structure, 030220 oncology & carcinogenesis, Acute pancreatitis, Female, 030211 gastroenterology & hepatology, Adult, medicine.medical_specialty, digestive system, Sphincterotomy, Endoscopic, 03 medical and health sciences, Internal medicine, medicine, Humans, Cholecystectomy, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Gastrointestinal Transit, Aged, MESH: Humans, Hepatology, business.industry, Gallbladder, MESH: Adult, medicine.disease, MESH: Prospective Studies, MESH: Male, Endoscopy, Surgery, MESH: Sphincter of Oddi Dysfunction, Sphincter of Oddi Dysfunction, Sphincter of Oddi dysfunction, Pancreatitis, Sphincter, business, MESH: Female, Follow-Up Studies
Abstract

International audience; AIM: Endoscopic sphincterotomy is an efficient means of treating sphincter of Oddi dysfunction (SOD), but it is associated with a morbidity rate of 20%. The aim of this study was to assess how frequently endoscopic sphincterotomy was performed to treat SOD in a group of patients with a 1-year history of medical management. METHODS: A total of 59 patients, who had been cholecystectomized 9.3 years previously on average, were included in this study and they all underwent biliary scintigraphy. Medical treatment was prescribed for 1 year. Endoscopic sphincterotomy was proposed for patients whose medical treatment had been unsuccessful. RESULTS: Eleven patients were rated group 1 on the Milwaukee classification scale, 34 group 2 and 14 group 3. The hile-duodenum transit time (HDTT) was lengthened in 32 patients. The medical treatment was efficient or fairly efficient in 45% of the group 1 patients, 67% of the group 2 patients, and 71.4% of the group 3 patients (P=0.29). Only 14 patients out of the 21 whose medical treatment was unsuccessful agreed to undergo endoscopic sphincterotomy. HDTT was lengthened in 11 of the 14 patients undergoing endoscopic sphincterotomy and in 21 of the 45 non-endoscopic sphincterotomy patients (P=0.03). Twelve of the 14 patients who underwent endoscopic sphincterotomy were cured. CONCLUSION: In this prospective series of patients with a 1-year history of medical management, only 23% of the patients with suspected SOD underwent endoscopic sphincterotomy although 54% had an abnormally long HDTT.

Published
2008

241. Evaluation of previously nonscreened hereditary hemorrhagic telangiectasia patients shows frequent liver involvement and early cardiac consequences

Author

Nathalie Rollin, Rodica Gincul, Franck Pilleul, Sophie Giraud, Martine Barthelet, Henri Plauchu, Jean-Christophe Saurin, Bénédicte Gelas-Dore, Gaetan Lesca, Sophie Dupuis-Girod, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Laboratoire Creatis, Compte Général

Subjects
Male, Pathology, [SPI.OPTI] Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, DNA Mutational Analysis, Cardiac index, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, Disease, Gastroenterology, 0302 clinical medicine, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Telangiectasia, Ultrasonography, Aged, 80 and over, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Liver Diseases, Focal nodular hyperplasia, Middle Aged, Hyperplasia, 3. Good health, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, Liver, [INFO.INFO-TI] Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], 030220 oncology & carcinogenesis, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], Female, Telangiectasia, Hereditary Hemorrhagic, 030211 gastroenterology & hepatology, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, medicine.symptom, [PHYS.MECA.ACOU] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Adult, medicine.medical_specialty, Heart Diseases, [INFO.INFO-TS] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, 03 medical and health sciences, Internal medicine, medicine, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Humans, Aged, [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ACOU] Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], Hepatology, business.industry, Vascular disease, Myocardium, [SPI.ELEC] Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, ACVRL1, medicine.disease, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, Mutation, [SPI.OPTI]Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, business, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract

Hereditary hemorrhagic telangiectasia (HHT) is a genetic disease characterized by cutaneous, mucosal, and sometimes visceral arteriovenous malformations. Severe hepatic manifestations have been characterized in a subgroup of patients, but few data are available in previously nonscreened patients. We prospectively evaluated liver involvement and its cardiac consequences in such patients. Between 2000 and 2005, we prospectively evaluated the clinical, biological, and hepatic Doppler sonography (DS) characteristics of 102 consecutive HHT patients (mean age, 52.5 years; range, 19-88; 80.4%) with an identified genetic mutation. Patients were segregated into three different severity groups according to DS values. Factors predictive of an abnormal DS, according to predetermined criteria, and of a high cardiac index were identified by logistic and linear regression analysis, respectively. Abnormal liver biology and clinical signs of hepatic involvement were present in 35.3% and 27.5% of cases, respectively. Abnormal DS (defined as at least enlargement of the main hepatic artery) was observed in 56 (54.9%) cases, and direct or indirect signs of significant fistulas were present in 26 (25.5%) cases. Abnormal liver biology and a mutation involving the ACVRL1 gene were predictive of hepatic ultrasound (US) abnormalities. The diameter of the main hepatic artery and the presence of focal nodular hyperplasia (FNH) were predictive of a higher cardiac index. Conclusion: This large prospective series of previously nonscreened HHT patients identified a subgroup at risk of liver involvement (patients with abnormal liver biology and ACVRL1 mutations) and a subgroup with a higher cardiac index: future studies will show whether such patients would benefit from systematic DS screening and long-term cardiac surveillance. (HEPATOLOGY 2008;48:1570–1576.)

Published
2008

242. Hybrid nanosound for a multimodal imagery monitoring of cells in cancerology

Author

Billotey, C., Mandon, C., Marc Janier, Roux, S., Tillement, O., Penlou, S., Perriat, P., Garinot, M., Louis, C., Villiers, C., M Madec, A., Thivoler, C., Berard, F., Mateis, Laboratoire, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de génétique et de physiologie moléculaire et cellulaire (CGPhiMC), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de psychologie sociale et de psychologie cognitive (LAPSCO), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents (LPCML), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] (MATEIS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute of Molecular Biology and Biotechnology (IMBB-FORTH), Foundation for Research and Technology - Hellas (FORTH), Department of Biology, University of Crete [Heraklion] (UOC), Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Immunité infection vaccination (I2V), Université de Lyon-Université de Lyon-IFR128-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-EFS-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR128-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)

Subjects
[SPI.MAT] Engineering Sciences [physics]/Materials, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SPI.MAT]Engineering Sciences [physics]/Materials
Abstract

International audience

Published
2008

243. Value of double reading of whole body CT in polytrauma patients

Author

Agostini, C., Durieux, M., Milot, L., Kamaoui, I., Floccard, B., Allaouchiche, B., Pilleul, F., Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, [SPI.OPTI]Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph]
Abstract

article; PURPOSE: To assess the value of standard double reading of whole body CT in the management of polytrauma patients. MATERIALS AND METHODS: Prospective study between January and July 2005. Two senior radiologists with expertise in trauma imaging, blinded to clinical findings, reviewed 105 initial CT examinations of polytrauma patients. These examinations had initially been interpreted by the on-call radiologist. The second interpretations were performed within 12 hours of admission, and were considered the gold standard. RESULTS: A total of 105 patients were included with 82 males (78%) and 23 females (22%), aged between 2 and 83 years. The level of admission was graded III (n=64), II (n=30) and I (n=11). The second reading identified 3 lesions that were not initially described, each requiring a change in management, including splenic rupture (n=1), thoracic spine fracture (n=1) and epidural hematoma (n=1), with no unfavorable impact on mortality. Additional errors in the initial interpretation were identified: peripheral fractures (n=38), chest (n=36), brain (n=31), abdominal (n=28), spine (n=19) and maxillofacial (17) lesions and contrast extravasation (n=6). CONCLUSION: Based on the large number and severity of some lesions missed at initial interpretation of whole body CT of polytrauma patients, we recommend standard double reading of these examinations.

Published
2008

244. Estimation d\textquoterightune mixture de gaussiennes par l\textquoterightalgorithme d\textquoterightEspérance-Maximisation pour la modélisation des signaux de macromolécules acquis par inversion-récupération

Author

Ratiney, H., Bucur, A., Cudalbu, C., Cavassila, S., Ratiney, Helene, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Méthodes et systèmes en IRM et optique, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, categₛt2i, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, imagerie_RMNₒptique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, commₐffichee
Abstract

International audience

Published
2008

245. Quantification of the hepatic fatty infiltration and the metabolite concentrations using Magnetic Resonance Spectroscopy and in and out of phase Imaging

Author

Cavassila, S., Bucur, A., Ratiney, H., Cudalbu, C., Beuf, O., Pilleul, F., Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Ratiney, Helene

Subjects
Méthodes et systèmes en IRM et optique, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, commₒrale, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, categₛt2i, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, imagerie_RMNₒptique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2008

246. Utilisation de modèles markoviens 2D pour la segmentation d'images de documents

Author

Nicolas, Stéphane, Dardenne, Julien, Paquet, Thierry, Heutte, Laurent, Nicolas, Stéphane, Equipe Apprentissage (DocApp - LITIS), Laboratoire d'Informatique, de Traitement de l'Information et des Systèmes (LITIS), Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
analyse d'images, documents manuscrits, modélisation markovienne, analyse de structures de documents, [INFO.INFO-TS] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, champs aléatoires de Markov, champs aléatoires conditionnels, analyse d'images de documents, modèles génératifs, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, modèles discriminant, analyse de mises en page, modélisation 2, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing
Abstract

National audience; Nous nous intéressons dans ces travaux à l'analyse d'images par le biais de modèles markoviens génératifs et discriminants : les champs de Markov et les champs aléatoires conditionnels. Pour les champs conditionnels nous présentons une implantation 2D de ces modèles principalement utilisés jusqu'à présent pour l'analyse de données monodimensionnelles. Le modèle que nous proposons repose sur une approche de type combinaison de classifieurs discriminants. Nous illustrons et comparons les capacités de cette approche par rapport aux modèles de Champs de Markov Cachés au travers d'un exemple d'application à l'analyse de la structure de documents manuscrits complexes et dégradés : les manuscrits de Flaubert.

Published
2008

247. Theoretical and experimental investigation of the 1H NMR spectrum of putrescine

Author

Monique Aubert-Frécon, Florence Fauvelle, Abdul-Rahman Allouche, Danielle Graveron-Demilly, Laboratoire Creatis, Compte Général, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-TS] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Analytical chemistry, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, General Physics and Astronomy, [SDV.IB.MN]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Nuclear medicine, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Spectral line, [SDV.IB.MN] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Nuclear medicine, chemistry.chemical_compound, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Molecule, Physical and Theoretical Chemistry, Physics::Chemical Physics, [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], Coupling constant, [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [SPI.ACOU] Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], 010405 organic chemistry, Chemistry, Chemical shift, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], 0104 chemical sciences, 3. Good health, NMR spectra database, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-TI] Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], Putrescine, Proton NMR, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Condensed Matter::Strongly Correlated Electrons, Polyamine, [PHYS.MECA.ACOU] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing
Abstract

article; International audience; Chemical shifts [delta] and spin-spin coupling constants J have been calculated for the putrescine molecule, a polyamine present in prostate tissue, through a DFT/B3LYP/6-311++G(d,p)/PCM/(GIAO) approach, which has been shown to be accurate in previous work. From [delta] and J values, calculated for the first time for the isolated and the solvated putrescine, the 1H NMR spectra have been simulated. Comparisons between the calculated and the experimental NMR spectra at 400 MHz show a good agreement and allow to propose reliable values for the NMR spin Hamiltonian parameters of putrescine to be used as good starting values for further quantitation methods of metabolites in prostate tissue

Published
2008

248. Longitudinal 3He and Proton Imaging of Magnetite Biodistribution in a Rat Model of Instilled Nanoparticles

Author

Emmanuelle Canet-Soulas, Vasile Stupar, Hasan Alsaid, Franck Robidel, Dan Elgrabi, Sophie Gaillard, Yannick Crémillieux, Ghislaine Lacroix, Achraf Al Faraj, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS)

Subjects
Male, Pathology, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, Nanoparticle, Contrast Media, 02 engineering and technology, Helium, 030218 nuclear medicine & medical imaging, Rats, Sprague-Dawley, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Nuclear magnetic resonance, Isotopes, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Image Processing, Computer-Assisted, Tissue Distribution, Longitudinal Studies, Lung, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Magnetite, LUNG MRI, Inhalation, 021001 nanoscience & nanotechnology, Magnetic Resonance Imaging, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [SDE]Environmental Sciences, [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, 0210 nano-technology, NONINVASIVE ASSESSMENT, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, medicine.medical_specialty, Biodistribution, Rat model, Statistics, Nonparametric, 03 medical and health sciences, In vivo, medicine, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, HEALTH AND ENVIRONMENT IMPACT, Animals, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], Ferrosoferric Oxide, Rats, HYPERPOLARIZED HELIUM, chemistry, Proton imaging, [SPI.OPTI]Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, Nanoparticles, Ex vivo, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract

International audience; Epidemiological and toxicological studies have provided evidence that accidentally inhaled nanosize ultrafine particles can induce chronic or acute health damage. MRI, being noninvasive, is able to assess the biodistribution and clearance of magnetically labeled nanoparticles induced by instillation or inhalation. We report He-3 and proton MRI follow-up of lung, liver, spleen, and kidney distribution of USPIO (ultrasmall superparamagnetic iron oxide) in a rat model. The sensitivity of the imaging technique to various concentrations of instilled magnetite suspension was first assessed in vivo (n = 12). A 2-week longitudinal imaging study was then performed on animals (n = 7) instilled with a 0.5 mg magnetite solution. Hypointense and void signal regions associated with intrapulmonary USPIO were observed in the He-3 ventilation images throughout the study, whereas no USPIO-related proton signal intensity changes were found. Intrapulmonary magnetite nanoparticle confinement was confirmed by ex vivo iron assay and histological analysis. This study demonstrates that combined 3 He and proton MRI enables noninvasive assessment of the distribution and clearance of magnetically labeled instilled nanoparticles

Published
2008

249. Effective Voigt model estimation using multiple random starting values and parameter bounds settings for in vivo hepatic 1H Magnetic Resonance Spectroscopy data

Author

Michaël Sdika, Sophie Cavassila, Franck Pilleul, Adriana Bucur, Hélène Ratiney, Olivier Beuf, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de résonance magnétique biologique et médicale (CRMBM), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Voigt profile, Méthodes et systèmes en IRM et optique, Mathematical optimization, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, Gaussian, Monte Carlo method, imagerie_RMNₒptique, imagerie_digestive, 030218 nuclear medicine & medical imaging, 03 medical and health sciences, Nonlinear system, symbols.namesake, 0302 clinical medicine, In vivo, Kelvin–Voigt material, Damping factor, symbols, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Applied mathematics, A priori and a posteriori, 030211 gastroenterology & hepatology, categₘixte, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Mathematics
Abstract

In vivo hepatic 1H lineshapes modeled by the complex Voigt function are desirable to reduce systematic error and obtain accurate fits. However, the optimization procedure becomes challenging when the peak resonances overlap and the proportion of Gaussian to Lorentzian dampings is a priori unknown. In this context, nonlinear least-squares algorithms generally invoked in Magnetic Resonance Spectroscopy quantification are highly sensitive to the starting values and parameter bounds. To alleviate this sensitivity, multiple random starting values and parameter bounds settings are used to generate candidate solutions. The "best fit" fulfilling requirements on the cost function and damping factor final values is then selected among them. Monte Carlo studies and an in vivo hepatic 1H signal quantification demonstrated the relevance of the proposed strategy.

Published
2008

250. Quantification of Metabolites in HR-MAS Spectra of Human Prostate Biopsy Tissues Using ERETIC and the QUEST Algorithm

Author

Zhang, V., Gurascier, H., Albers, M., Ratiney, H., Tabatai, L., Simko, J., Lu, Y., Vigneron, D., Swanson, M., Kurhanewicz, J., Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Ratiney, Helene

Subjects
Méthodes et systèmes en IRM et optique, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, categₛt2i, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, imagerie_RMNₒptique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2008

Catalog

Books, media, physical & digital resources
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