Search

Rita Verbylaitė Plastidžių DNR sekų panaudojimas obelinių (Pomoideae Focke) filogenijos, rūšių identifikacijos ir populiacijų įvairovės tyrimams SANTRAUKA Šio darbo tikslas buvo nustatyti plastidžių DNR sekų panaudojimo filogenijos, rūšių identifikacijos bei populiacijų įvairovės tyrimams galimybes. Tyrimai buvo atliekami su erškėtrožinių šeimos augalais. Populiacijų įvairovės nustatymui pasirinkta paprastoji avietė, o filogenijai – obelinių pošeimio rūšys. Rūšių identifikacijai buvo pateikti nežinomų rūšių šaknų pavyzdžiai. Filogenetinių ryšių ir rūšių identifikacijos tyrimams buvo naudojamos trnL-trnF plastidžių regiono sekos, o paprastosios avietės populiacijų skirtumus buvo bandoma surasti naudojant trnS-trnG plastidžių regiono sekas. Šio darbo metu išsiaiškintas tinkamiausias DNR išskyrimo metodas Pomoideae pošeimio rūšims, nustatyta, kad tinkamausias metodas filogenetinių ryšių analizei yra mažiausio galimo pokyčių skaičiavimo (angl. maximum parsimony) metodas. Gauti rezultatai patvirtino monofiletinę Pomoideae pošeimio kilmę, įskaitant Vauquelinia ir Kageneckia gentis. Taip pat buvo nustatyta, kad Crataegus bei Mespilus gentys yra artimai giminingos. Analizuojant trnL-trnF chloroplasto rgiono sekas nebuvo nustatyta vidurūšinių skirtumų tirtoms Pomoideae pošeimio rūšims. Remiantis gautais duomenimis negalima galutinai patvirtinti ar atmesti hibridinės Mespilus canescens kilmės. Antrosios tyrimo dalies metu nustatyta, kad sekoskaita yra tinkamas ir daug žadantis metodas... [toliau žr. visą tekstą] Rita Verbylaitė The use of plastid DNA sequences for Pomoideae Focke subfamily phylogeny, species identification and population diversity studies SUMMARY In this study was investigated the use of plastid DNA sequences for phylogeny, species identification and population diversity studies. Rosaceae family plants were used in this experiment. For population diversity studies it was used Rubus idaeus, and for phylogeny research – different Pomoideae subfamily species. For species identification it was taken unidentified species root samples. TrnL-trnF plastid region sequences were used for phylogeny and plant species identification, and for population diversity studies it was used trnS-trnG plastid region sequences. During this study the most suitable DNA extraction method for Pomoideae subfamily plants were identified. Also it was shown, that the most suitable method to analyse phylogenetic data, such as observed in this study is the maximum parsimony method. The monophyletic origin of Pomoideae subfamily including Vauquelinia and Kageneckia were confirmed. The close relationships between Crataegus and Mespilus were obtained. However, no intra-specific variation within the Pomoideae genera according to trnL-trnF plastid region was observed, and the hypothesis of Mespilus canescens origin still needs more data to be confirmed or rejected. In the second part of this study it was confirmed that sequencing is useful and one of the most promising method for species identification... [to full text]

Virus tristeza (Citrus tristeza virus, CTV, Closteroviridae) replicira se samo u floemu agruma. Virioni su nitasti (2000x11 nm) i imaju najdulji (+)RNA-genom među biljnim virusima (19, 3 kb). Ovisno o virusnom “ soju” , plemci i podlozi agruma, CTV može prouzročiti sindrom propadanja stabla, jamičavosti drva (stem pitting, SP) ili žuticu sjemenjaka. Svaki izaziva velike gubitke, ali postoje i blagi “ sojevi” virusa. Oni mogu biti nezamijećeni jer na nekim kombinacijama plemke i podloge ne uzrokuju nikakve simptome. Takva je i u nas najčešće uzgajana kombinacija mandarine unšiu ili Satsuma na podlozi Poncirus trifoliata. No, blagi “ sojevi” mogu postati jako patogeni ukoliko se prenesu na nove domaćine, u drugo područje ili ako se virusna populacija drastično promijeni npr. zbog evolucijskih uskih grla uslijed prijenosa lisnim ušima ili cijepljenjem. CTV u domaćinskoj biljci postoji kao smjesa biogrupa (“ sojeva” , patotipova) koji su i sami skup varijanti genoma koje se ponašaju kao kvazivrste. „ Sojevi“ se mogu razlikovati cijepljenjem na agrumskim bioindikatorima. Njihove biološke značajke su izgleda povezane s varijabilnošću virusnog gena za kapsidni protein (capsid protein, CP). Na temelju filogenetskih analiza CP-a definirano je 7 skupina. Provodimo opsežno istraživanje povezanosti monofiletskih izolata iz svake od 7 skupina s karakterističnim biološkim značajkama tj. patogenim potencijalom. U slučaju postojanja korelacije, pravi sojevi CTV-a mogli bi se lakše definirati. Izolati CTV-a nađeni u našim agrumima su iznenađujuće raznoliki. Pojedinačna stabla su često inficirana izolatima iz različitih filogenetskih skupina, a u našim mandarinama identificirani su i SP-sojevi za koje se smatralo da nisu prisutni na Mediteranu. Faktori koji oblikuju populacije RNA-virusa važni su i u oblikovanju populacija virusa tristeza, ali suprotno od očekivanoga, patogenost populacije tj. izolata iz jednog stabla ne ovisi nužno o biološkim značajkama najzastupljenije varijante.

U ovom je radu restrikcijskom analizom (cpDNA RFLP) područja kloroplastnog genoma između gena trn D i trn T uspoređeno šest vrsta porodice Scrophulariaceae: Digitalis ferruginea L., Digitalis grandiflora Mill., Digitalis lutea L., Digitalis purpurea L. te Scrophularia nodosa L. i Verbascum phlomoides L.. Lančanom reakcijom polimerazom dobiveni produkti pocijepani su odvojeno restrikcijskim endonukleazama Taq I, Hinf I, Rsa I i Hae III. Međugensko područje trn D i trn T konzervirano je u uspoređenih vrsta roda Digitalis. Uočen je samo jedan dobitak/gubitak restrikcijskog mjesta za enzim Taq I. Za razliku od ovog rezultata, pripadnici uspoređenih triju vrsta rodova: Digitalis, Scrophularia i Verbascum se međusobno razlikuju u svim restrikcijskim profilima. Ovakav rezultat ukazuje na mogućnost da bi restrikcijska ili sekvencijska analiza regije između gena trn D i trn T kloroplastnog genoma mogla imati doprinos u praćenju filogenetskih odnosa između rodova porodice Scrophulariaceae.

Bjelonogi rak (Austropotamobius pallipes (Lereboullet)) je autohtona europska vrsta deseteronožnih rakova iz porodice Astacidae koja naseljava i slatkovodne ekosustave Hrvatske. Rasprostranjen je u rijekama jadranskog sliva, a u Europi ga se može naći južnim i zapadnim dijelovima uključujući i britansko otočje. Često je bio objekt proučavanja i predstavlja skupinu čiji su taksonomski odnosi zamršeni pa ga se stoga smatra kompleksom. Zbog antopogenog utjecaja broj populacija je u stalnom opadanju pa se ovu vrstu danas smatra ugroženom te podliježe zaštiti kako u Hrvatskoj tako i u ostatku Europe. Cilj našeg istraživanja je bio proučiti filogenetske odnose između hrvatskih populacija bjelonogog raka kao i njihovu poziciju naspram do sada proučenih populacija ove vrste u Europi korištenjem različitih molekularno-filogenetskih metoda na dva mitohondrijska genetska biljega. U radu se raspravljaju rezultati dobiveni molekularno-filogenetskim analizama.

The phylogenetic relations within the Carabidae family (Coleoptera) are not yet fully understood. New researches indicate digressions from recognized classification. In this research, phylogenetic relationship between 23 species from genus Carabus were analysed. Analyses are based on the DNA sequences of mitochondrial genes for 16S rRNA, cytochrome c oxidase subunit 1 and ND5 gene for NADH dehydrogenase 5. Phylogenetic studies were carried out using statistical analysis by means of different character methods. Given results of this phylogenetic research enabeld better understanding of the relations in the Carabidae family and recommend prospective changes within their classification.

Filogenetski odnosi unutar populacija slatkovodnih rakova vrste Austropotamobius pallipes (Lereboullet, 1858) još nisu u potpunosti razjašnjeni. Novija istraživanja ukazuju na postojanje vrste-kompleksa, odnosno postojanje dva ili više taksona u okviru sadašnje vrste A. pallipes koji bi se u budućnosti mogli zasebno izdvojiti na razinu vrste. Cilj ovog istraživanja je dokazati ovu hipotezu i odrediti filogenetski status jedinki uzorkovanih na teritoriju Hrvatske. U ovom diplomskom radu istražuju se filogenetski odnosi 76 jedinki vrste Austropotamobius pallipes uzorkovanih na 22 lokacije u Hrvatskoj, Bosni i Hercegovini i Austriji. Istraživanje je provedeno na temelju varijabilnosti u DNA sekvencama mitohondrijskih gena za 16S rRNA i COI. Genske sekvence ekstrahirane iz uzorkovanih jedinki uspoređene su sa homolognim sekvencama korištenim u ranijim istraživanjima na ovim životinjama širom Europe. Za analizu rezultata primijenjeni su statistički filogenetski programi koji se baziraju na stanjima karaktera i matrici genske udaljenosti. Dobiveni rezultati potvrdili su pretpostavku da se unutar kompleksa vrste A. pallipes nalaze dva taksona koji odgovaraju razini vrste te nekoliko taksona koji odgovaraju razini podvrste; omogućili su bolje razumijevanje filogenetskih odnosa između populacija rakova u Hrvatskoj i populacija u ostatku Europe te su omogućili određivanje vremena odvajanja pojedinih populacija na istraženom području jugoistočnog Balkanskog poluotoka. Phylogenetic relations within populations of Austropotamobius pallipes (Lereboullet, 1858) are yet not fully understood. Recent research reveals a possible existence of speciescomplex, that is, a multiple taxa existence within a single species that is today known as Austropotamobius pallipes. The aim of this study is to verify that hypothesis and if necessary suggest a differentiation of the species-complex in to two separate species. The second intention is to put the Croatian crayfish in to the right phylogenetic context. Phylogenetic relations between 76 A. pallipes individuals, sampled from 22 localities in Croatia, Bosnia and Herzegovina and Austria were studied in this graduation thesis. The analysis of A. pallipes populations is based on DNA sequence variations of mitochondrial genes for 16S rRNA and COI. The extracted gene sequences were compared with homologues sequences that were used in other studies of this species all over Europe. Phylogenetic studies were carried out using statistical phylogenetic analysis by means of different character state and distance matrix methods. The results of this research showed that the species-complex Austropotamobius pallipes consists of two distinct species and a few subspecies. Also they are a contribution to a better understanding of relations between Croatian and European populations and they specify the time of divergence within population in the Southeast Balkan Peninsula.

Ninety taxa representing 13 sections of the genus Hypericum were analyzed along with two representatives of Thornea using nuclear ITS sequences in order to assess the scope of phylogenetic relationships in this species-rich genus. The resulting parsimony analysis corroborates the actual classification and interspecific affinities. Results with good support indicate the monophyletic assemblage of the sections Campylosporus, Androsaemum, Roscyna, Hypericum, Olympia, Drosocarpium, Coridium, Myriandra and Trigynobrathys. The molecular data provide convincing support for the current infrageneric taxonomic position of the section Roscyna, and the common origin of the sections Myriandra and Trigynobrathys. The earlier evolutionary hypothese concerning the origin of H. balearicum and H. calycinum is not supported by our data analysis. The obtained results encourage the use of ITS sequence analysis in resolving the phylogenetic relationships within the member-rich genus Hypericum.

Unutar roda Ocimum postoji oko 160 vrsta. Međuvrsna hibridizacija i poliploidnost doveli su do teškoća u taksonomiji, kao i postojanje kemotipova unutar vrsta koji se značajno ne razlikuju u morfologiji. Istraživanje je provedeno pomoću molekularnih biljega te određivanja veličine genoma i broja kromosoma na 28 primki među kojima je bilo šest vrsta te šest varijeteta ili kultivara vrste O. basilicum L. Dendrogrami dobiveni Neighbor-Joining analizom na osnovi biljega RAPD i AFLP rezultirali su grupiranjem primki u tri skupine s visokom pouzdanošću. Veličina genoma kretala se između 0.72 pg/2C kod vrste O. tenuiflorum L. i 7.43 pg/2C kod O. basilicum var. purpurascens dok se broj kromosoma kretao od 2n=36 kod O. tenuiflorum do 2n=72 kod O. americanum L., O. x citriodorum Vis. i dvije O. basilicum var. purpurascens primke. Rezultati dobiveni određivanjem veličine genoma i broja kromosoma podupiru grupiranje prema rezultatima dobivenim analizom molekularnh biljega. Dobiveni rezultati ukazuju da bi dvije O. basilicum var. purpurascens primke, te O. americanum i O. x citriodorum mogle predstavljati alopoliploidne vrste koje dijele zajednički roditeljski genom. Ovim istraživanjem je pokazano da RAPD i AFLP analize u kombinaciji s informacijom o veličini genoma i broju kromosoma mogu pridonjeti rješavanju postojećih problema u filogeniji i taksonomiji bosiljka.

Rodu Ocimum pripada veći broj gospodarski važnih vrsta koje se koriste u prehrambenoj i farmaceutskoj industriji te u tradicionalnoj medicini. Unutar roda postoji velika raznolikost morfoloških i kemijskih svojstava, a razlog te raznolikosti leži u stoljetonom uzgoju te jednostavnosti s kojom dolazi do međukrižanja. Međuvrsna hibridizacija i poliploidnost, koji su česti unutar ovog roda, doveli su do teškoća u taksonomiji, a dodatni problem predstavlja postojanje kemotipova unutar vrsta koji se značajno ne razlikuju u morfologiji i stoga je čest slučaj višestrukog imenovanja. Istraživanje je provedeno na 28 primki bosiljka među kojima je bilo 11 svojti, i to: šest vrsta (O. basilicum L., O. americanum L., O x citriodorum Vis., O. minimum L., O. gratissimum L., O. tenuiflorum L.) i šest varijeteta ili kultivara vrste O. basilicum (var. basilicum L. 'Genovese', var. basilicum 'Sweet Basil', var. basilicum 'Dark Opal', var. difforme Benth., var purpurascens Benth., var. thyrsiflorum /L./ Benth.), a pomoću molekularnih biljega te određivanja veličine genoma i broja kromosoma. Analiza pomoću biljega RAPD kao i AFLP rezultirala je razvrstavanjem primki u tri skupine s visokom pouzdanošću. Prva skupina (I) odvaja O. tenuiflorum (28) i O. gratissimum (27) od skupina II i III. Ocimum americanum (23), O. x citriodorum (24) i dvije primke O. basilicum var. purpurascens (15 i 16) pripadaju drugoj skupini, što ukazuje na njihovo zajedničko porijeklo. Treća skupina sastoji se od primki koje pripadaju vrsti O. basilicum i vrsti O. minimum. Veličina genoma kod vrsta roda Ocimum određena je po prvi put i kretala se između 3.98 i 7.43 pg. Te vrijednosti u korelaciji su s brojem kromosoma kod svih primki osim kod vrste O. tenuiflorum kod koje je broj kromosoma 2n=36, a veličina genoma 0.72 pg. Rezultati dobiveni određivanjem veličine genoma i broja kromosoma podupiru razvrstavanje istraživanih primki prema rezultatima dobivenim analizom molekularnh biljega. Dobiveni rezultati ukazuju da bi dvije primke O. basilicum var. purpurascens, te O. americanum i O. x citriodorum mogle predstavljati alopoliploidne vrste koje dijele zajednički roditeljski genom. O. tenuiflorum, iako se na oba dendrograma grupira s vrstom O. gratissimum, prema genetskoj udaljenosti i veličini genoma najudaljenija je, tj. najrazličitija, od ostalih istraživanih primki. U ovom istraživanju je pokazano da RAPD i AFLP analize u kombinaciji s informacijom o veličini genoma i broju kromosoma mogu pridonjeti rješavanju postojećih problema u filogeniji i taksonomiji bosiljka.

U ovom istraživanju su amplificirani, pocijepani i uspoređivani fragmenti mitohondrijske DNK (mtnad1bc) osam vrsta roda Hypericum: Hypericum coris L. , Hypericum densiflorum Pursh , Hypericum kalmanium L., Hypericum prolificum L., Hypericum canariense L., Hypericum dephicum Boiss & Heldr, Hypericum montanum L., Hypericum reflexum L. Restrikcijski profili regije nad1bc razlikovali su se samo u uzorcima vrsta Hypericum canariense L. i Hypericum dephicum Boiss & Heldr što nije dovoljno za primjenu tog fragmenta mitohondrijske DNK kao genetičkog biljega u proučavanju filogenetskih odnosa unutar roda Hypericum.

U ovom je istraživanju amplificirano, pocijepano i uspoređeno područje egzona podjedinice 1 NADH ubikinon oksidoreduktaze mitohondrijske DNK jedanaest vrsta roda Hypericum. Restrikcijski profili dobiveni cijepanjem enzimima Hinf I, Alu I i Hae III nisu se razlikovali između uspoređenih vrsta. Restrikcijski profil dobiven cijepanjem s enzimom Rsa I razlikovao se samo kod vrste H. hirsutum. Dobivenim rezultatima utvrđena je konzerviranost istraživane regije mitohondrijske DNA unutar roda Hypericum. Ovim preliminarnim istraživanjem utvrđeno je da je područje egzona podjedinice 1 NADH ubikinon reduktaze zbog konzerviranosti nepodesno za proučavanje filogenetskih odnosa između vrsta roda Hypericum.

Na osnovu bionomijskih, morfoloških, populacionih, molekularnih i filogenetskih istraživanja o pogodnosti vrsta iz roda Mecinus sa teritorije Balkana u cilju iznalaženja pogodnih agenata za biološko suzbijanje invazivnih vrsta iz roda Linaria, identifikovano je ukupno 5 vrsta ovih surlaša od kojih su dve vrste nove za nauku. U okviru vrste Mecinus janthinus Germar, 1821 registrovana su dva bliska biološka entiteta kod kojih je ustanovljena divergentnost na mitohondrijalnom genu za citohrom oksidazu b subjedinicu 2 (COII) od 1.3-2.5%. Vrsta M. janthinus s.s. vezana je razvićem za biljnu vrstu L. vulgaris, a vrsta M. cf. janthinus sp. nov. za biljne vrste L. genistifolia, L. dalmatica ssp. macedonica i L. linifolia. U okviru vrste M. heydeni Wencker,1866 identifikovana su tri biološka entiteta na osnovu razlike u bionomiji, morfologiji, biljkama domaćinima i izrazite genetičke divergencije na mitohondijalnom genu COII kod populacija koje naseljavaju tri različite biljne vrste: L. vulgaris, L. genistifolia i L. dalmatica ssp. macedonica. Genetička divergencija kod populacija vrste M. heydeni sa L. vulgaris u odnosu na populacije koje za svoje razviće koriste L. genistifolia (= M. laeviceps Tournier, 1873) i L. dalmatica ssp. macedonica (= M. cf. laeviceps sp. nov.) iznosila je preko 11% na COII genu, a izmedju L. genistifolia i L. dalmatica ssp. macedonica više od 6%. Bioekološke karakteristike i visoka specifičnost prema biljkama domaćinima svrstava sve navedene vrste iz roda Mecinus u grupu potencijalnih kandidata za biološku kontrolu invazivnih vrsta iz roda Linaria.

U ovom je istraživanju lančanom reakcijom polimerazom umnožen nekodirajući dio mitohondrijske DNK mtccb203 u uzorcima 10 vrsta roda Hypericum, dobiveni produkti pocijepani su odvojeno sa četiri restrikcijske endonukleaze (Alu I, Hae III, Hinf I, Taq I) te dobiveni restrikcijski profili međusobno uspoređeni. Uspoređene su vrste Hypericum foliosum Aiton, Hypericum bupleroides Griseb, Hypericum kamtshaticum Ledeb, Hypericum tetraptenum Fries, Hypericum olympicum, Hypericum japonicum Thumb. Ex Murray, te Hypericum attenuatum Choisy i Hypericum maculatum Crantz za koje se smatra da su roditeljske vrste ljekovitoj vrsti Hypericum perforatum L. Istraživane vrste pripadaju u sedam različitih sekcija prema intrageneričkoj klasifikaciji roda Hypericum, te autohtono rastu u geografski značajno udaljenim područjima. Restrikcijski profili regija mtccb203 bili su identični u svim uzocima pocijepanim s enzimima Alu I, Hinf I i Taq I, a dobivena su po dva identična produkta. Regija mtccb203 ne posjeduje mjesto cijepanja restrikcijskog enzim Hae III.. Dobivenim rezultatima je potvrđena veća konzerviranost molekule mitohondrijske DNK u odnosu na kloroplastnu DNK. Konzerviranost istraživanih područja mitohondrijske DNK molekule onemogućuje provjeru srodstvenih odnosa između vrsta Hypericum attenuatum, Hypericum maculatum i Hypericum perforatum. Zanimljivo je da ni geografska udaljenost ili izoliranost vrsta nemaju nikakav odraz na strukturu mitohondrijske DNA roda Hypericum.

Slatkovodna spužva Eunapius subterraneus opisana je 1984 godine na temelju morfoloških obilježja i jedinstvene ekologije. Nastanjuje krške špilje u okolici Ogulina i jedini je do sad poznati stigobiontni predstavnik koljena Porifera na svijetu. Upotreba genetičkih markera dovela je do velikih promjena u sistematici spužava uslijed njihove iznimne morfološke jednostavnosti i fenotipske plastičnosti. Kako bi rasvijetlili dvadeset godina star taksonomski položaj endemične spužve, proveli smo genetičke analize i odredili primarne strukture 18S rDNA, 28S rDNA, ITS2 (internal transcribed region 2) i mitohondrijskog gena za citokrom oksidazu I (COI) te ih usporedili s poznatim podacima za slatkovodne spužve iz podreda Spongillina. Ovi markeri su odabrani zbog različitih brzina molekularne evolucije. Genetičke analize nedvojbeno isključuju pripadnost ove spužve rodu Eunapius. E. subterraneus na molekularno genetičkoj razini pokazuje daleko veću sličnost sa spužvama iz roda Ephydatia. S druge strane, osnovno morfološko obilježje roda Ephydatia, gemosklere u obliku amfidiska, nedostaje kod ove vrste. Zbog toga bi svrstavanje ove vrste u rod Ephydatia impliciralo velike promjene u trenutnoj taksonomiji slatkovodnih spužvi.

Temeljni zadatak ovog rada je utvrditi filogenetske odnose vrsta Hypericum ascyron L. i Hypericum tetrapterum Fries usporedbom fragmenata cpDNA restrikcijskom analizom. Uspoređene su regije cpDNA između gena psbC i trnS i gena trnC i trnD nakon cijepanja restrikcijskim endonukleazama Hae III, Hinf I i Taq I. Identičan restrikcijski profil, dobiven je jedino cijepanjem CS regije enzimom Hinf I, dok su se svi ostali restrikcijski profili razlikovali. Ovim radom je potvrđeno da je restrikcijska analiza kloroplastnog genoma prikladna metoda za ispitivanje filogeneze unutar roda Hypericum.

U ovom radu nekodirajući fragment mitohondrijske DNA mtCox3 u uzorcima 10 vrsta roda Hypericum umnožen je lančanom reakcijom polimeraze te su dobiveni produkti pocijepani odvojeno s četiri restrikcijske endonukleaze (Alu I, Hae III, Hinf I, Taq I). Dobiveni restrikcijski profili međusobno su uspoređeni. Istraživane su vrste Hypericum foliosum Aiton, Hypericum bupleuroides Griseb, Hypericum kamtshaticum Ledeb, Hypericum tetrapterum Fries, Hypericum olympicum L., Hypericum japonicum Thumb. Ex Murray, te Hypericum attenuatum Choisy i Hypericum maculatum Crantz za koje se smatra da su roditeljske vrste ljekovitoj vrsti Hypericum perforatum L. Navedene vrste pripadaju u šest različitih sekcija prema intrageneričkoj klasifikaciji roda Hypericum te autohtono rastu u geografski značajno udaljenim područjima. Svi dobiveni restrikcijski profili sastojali su se od po dva fragmenta jednakih duljina u svim uzorcima. Dobivenim rezultatima je potvrđena veća konzerviranost molekule mitohondrijske DNA u odnosu na kloroplastnu DNA. Također ni geografska udaljenost ili izoliranost vrsta nisu pokazale nikakav utjecaj na strukturu mitohondrijske DNA roda Hypericum.

Ponavljajuće DNA smatraju se važnim molekularnim biljezima u praćenju evolucije genoma i kromosoma povezanih sa specijacijom. Vrste roda Anemone pripadaju najraznolikijoj skupini unutar porodice žabnjaka (Ranunculaceae). Karakterizira ih velika količina ponavljajuće DNA te varijabilnost u njihovom položaju. U ovom radu istražena je evolucija raspršene ponavljajuće porodice JMH1 u vrstama kompleksa Anemone kojeg čine rodovi Anemone, Hepatica i Pulsatilla. Rezultati lančane reakcije polimerazom (PCR) pokazali su prisutnost porodice JMH1 u vrstama rodova Anemone i Hepatica, ali ne u vrstama roda Pulsatilla. Filogenetska analiza sekvence JMH1 djelomično je u skladu s prijašnjom klasifikacijom izrađenom uz pomoć drugih molekularnih biljega. Fluorescencijska hibridizacija in situ (FISH) pokazala je raspršenu organizaciju porodice JMH1 na kromosomima vrsta roda Anemone ali s različitim obrascem raspršenosti.

Cilj ovog istraživanja bio je utvrditi pogodnost metode restrikcijske analize kloroplastnog genoma (cpDNA RFLP) za analizu filogenetskih odnosa vrsta porodice Scrophulariaceae. Uspoređene su regije cpDNA između gena trnL i trnF (LF) i dio genskog područja rbcL (rbcL) nakon cijepanja restrikcijskim endonukleazama Taq I i Hinf I. Uspoređene vrste su Digitalis grandiflora Mill., Digitalis lutea L., Digitalis obscura L., Digitalis purpurea L., Scrophularia nodosa L. te Verbascum phlomoides L. Cijepanjem LF regije dobiveni su identični restrikcijski profili vrsta Digitalis grandiflora Mill. i Digitalis lutea L. , koji su se razlikovali od restrikcijskih profila vrsta Digitalis obscura L., Scrophularia nodosa i Verbascum phlomoides, dok su cijepanjem rbcL regije restrikcijski profili roda Digitalis bili identični , razlikovali su se od vrsta Scrophularia nodosa i Verbascum phlomoides. Restrikcijska analiza vrste Digitalis purpurea L. bila je neuspješna. Ovim radom je potvrđeno da je restrikcijska analiza LF i rbcL fragmenata kloroplastnog genoma prikladna metoda za istraživanje filogenetskih odnosa na razini rodova porodice Scrophulariaceae.

Cilj ovog diplomskog rada bio je određivanje filogenetskih odnosa 27 vrsta roda Campanula s područja Dinarida i tri vrste srodnih rodova. Kod svih 30 vrsta sekvencirane su dvije kloroplastne regije (trnT-trnL i trnL-trnF intergenske razmaknice) i ITS regija jezgrene DNA. Kao filogenetska metoda upotrebljena je metoda Maksimalne parsimonije. Filogenetska stabla dviju kloroplastnih regija bila su gotovo identična, dok se ITS stablo razlikovalo u nekoliko manjih detalja. Dobivena filogenetska stabla unutar kojih se rodovi Edraianthus i Asyneuma smještaju među skupine roda Campanula podržavaju gledište po kojem je rod Campanula polifiletski rod sastavljen od nekoliko evolucijski odvojenih linija. Nakon filogenetske analize, kao zasebne evolucijske linije izdvojile su se azijska vrsta C. cashmeriana, grana sastavljena od dvije vrste roda Campanula (C. rapunculus i C. spicata), vrste Edraianthus tenuifolius, zatim vrsta Asyneuma pichleri i tri jasno odijeljene skupine zvončića sastavljene od većeg broja vrsta. Ove tri zadnje skupine poklapaju se sa ranije prepoznatom ser. Garganiceae, skupinom poznatom kao izofiloidni zvončići i skupinom poznatom kao Campanula rotundifolia complex ili heterofilni zvončići. Smještaj vrste Asyneuma pichleri na filogenetskim stablima ne podržava odvojen taksonomski status ovoga roda.

Temeljni zadatak ovog rada bio je utvrditi pogodnost metode restrikcijske analize kloroplastnog genoma (cpDNA RFLP) za analizu filogenetskih odnosa vrsta porodice Scrophulariaceae. Uspoređene su regije cpDNA između gena trnL i trnF i gensko područja rbcL nakon cijepanja restrikcijskim endonukleazama, Alu I i Hae III, vrsta Digitalis grandiflora Mill., Digitalis lutea L., Digitalis obscura L., Digitalis purpurea L., Scrophularia nodosa L. te Verbascum phlomoides L. Cijepanjem LF regije dobiven je identičan restrikcijski profil vrsta roda Digitalis, te identičan restrikcijski profil između vrste Scrophularia nodosa i vrste Verbascum phlomoides, dok su se cijepanjem rbcL regije restrikcijski profili sva tri uspoređena roda razlikovali.Ovim radom je potvrđeno da je restrikcijska analiza kloroplastnog genoma prikladna metoda za ispitivanje filogeneze između vrsta porodice Scrophulariaceae.

In the present study amplification, restriction and comparation of mt DNA fragments of species belonging to genus Hypericum have been performed for the first time. Two regions of mt DNK was compared(mt nad1bic and mtnad4) among ten species of the genus Hypericum: Hypericum japonicum Thumb.ex Murray, Hypericum foliosum Aiton, Hypericum buoleroides Griseb, Hypericum attenuatum Choisy, Hypericum perforatum L., Hypericum maculatum Crantz, Hypericum kamtshaticum Ledeb, Hypericum tetrapterum Fries i Hypericum olympicum L. These species belongs to six different sections according to intrageneric classification of Hypericum. Restriction profiles of fragment nad4 are identical in all samples, while restriction profiles of region nad1bic are different in Hypericum foliosum, Hypericum ascyron, Hypericum japonicum . This result indicates usefulness of this mitohondrial genome region for phylogenetic analysis in genus Hypericum.

U ovom istraživanju su amplificirani, pocijepani i uspoređivani fragmenti mitohondrijske DNK (mtnad1bic) u jedanaest vrsta roda Hypericum: Hypericum balearicum L., Hypericum calycinum L., Hypericum forrestii N. Robson., Hypericum hookerianum Wight & Arn., Hypericum kouytchense H. Lev., Hypericum oblongifolium Choisy, Hypericum patulum Thumb. ex Murray, Hypericum pseudohenryi N. Robson, Hypericum reptans Hook. F. & Thomson ex Dyer, Hypericum androsaemum L. i Hypericum foliosum Aiton. Restrikcijski profili regije nad1bic razlikovali su se samo u uzorku vrste Hypericum pseudohenryi što nije dovoljno za primjenu tog fragmenta mitohondrijske DNK kao genetičkog biljega u proučavanju filogenetskih odnosa unutar roda Hypericum.

Kao što prirodne znanosti općenito, a među njima genetika i molekularna biologija imaju svoju povijest, tako i suvremena teorija evolucije, koja se zasniva na rezultatima istraživanja spomenutih znanosti, ima svoju povijest koja je sastavni dio povijesti bioloških znanosti. U ovom radu autor analizira evolucijsku teoriju J. B. Lamarcka – lamarkizam kao važni moment u povijesti evolucijskih teorija, posežući za njegovim temeljnim djelom Zoološka filozofija. U prvom dijelu rada autor iznosi glavne etape Lamarckovog života, kojima je, na neki način, bio determiniran da postane najprije botaničar, a onda i zoolog, što je na kraju iznjedrilo njegovu teoriju evolucije. U drugom dijelu analizira se Lamarckova teorija, nazvana po njemu lamakrizam, na temelju njegova djela Zoološka filozofija, te se iznose pokušaji revitalizacije lamarkizma u drugoj polovici dvadesetog stoljeća. U trećem dijelu iznosi se kritički osvrt na lamarkizam, kao i obrazloženje zašto Lamarckova teorija, premda je u sebi nosila neke pozitivne strane, nije mogla doživjeti veći uspjeh. Naime, suvremena genetike i molekularna biologija u pokazale da se individualno stečena ili izgubljena svojstva ne prenose na potomstvo. Nasljedne osobine uglavnom su zabilježene na genetičkom materijalu spolnih stanica. Molekularna biologija je dokazala da su nasljedne samo genotipske promjene koje nastaju u liniji stanica, koje u tijeku gametogeneze, produciraju zrele gamete. Pokušaji koji su vodili ka ponovnom oživljavanju lamarkizma ostali su bezuspješni, je se nije uspjelo dati dovoljno argumenata za teorijske spekulacije koje su se često javljale.

Hantavirusi (rod Hantavirus, porodica Bunyaviridae) predstavljaju pravi primjer emergentnih virusa koji u ljudi uzrokuju dva različita sindroma: hemoragijsku vrućicu s bubrežnim sindromom i hantavirusni plućni sindrom. Od kada je izoliran prototip virusa ovoga roda, virus Hantaan, do danas, opisano je više od 20 novih vrsta hantavirusa , a čiji broj se rapidno povećava. Hantavirusi su negativni RNK-virusi od kojih se svaki održava u specifičnoj vrsti glodavaca. Zajedno sa svojim domaćinima rasprostranjeni su širom svijeta. Filogenetska analiza hantavirusa i njihovih domaćina glodavaca pokazuje da se njihova evolucijska stabla preklapaju što upućuje na to da su ovi virusi koevoluirali sa svojim domaćinima glodavcima preko 20 do 30 miliona godina. Razumijevanje ovog fenomena može poboljšati našu sposobnost da predvidimo gdje bi novi hantavirusi mogli biti pronađeni, jesu li oni patogeni za ljude, koji bi hantavirusi bili najbolji kandidati za razvoj cjepiva, te za poboljšavanje postojećih dijagnostičkih metoda za ljude ili praćenje glodavaca na različitim geografskim područjima., Hantaviruses (genus Hantavirus, family Bunyaviridae) represent a prime example of emerging viruses causing two distinct syndromes in humans: hemorrhagic fever with renal syndrome and hantavirus pulmonary syndrome. Since the isolation of Hantaan virus, a prototype of this genus, more than 20 new species have been described and the number of new ones is rapidly increasing. Hantaviruses are negative-stranded RNA viruses each carried by a specific rodent species. Along with its rodent hosts they are distributed throughout the world. Phylogenetic relationships of hantaviruses mirror those of their hosts showing a classical example of a virus-host co-evolution over 20 to 30 million years. Understanding this phenomena can improve our ability to predict where new hantaviruses may be found, whether they are pathogenic for humans, which are the best candidates for vaccine development or to improve existing methods in human diagnostics and rodent surveillance in different geographic areas.

Cilj ovog rada bio je pronaći cpDNA RFLP biljege podesne za usporedbu vrsta roda Hypericum. Vrste H. perforatum, H. maculatum i H. hirsutum uspoređene su na temelju restrikcijskih profila triju međugenskih regija smještenih na velikoj jednostrukoj kopiji cpDNA. Uspoređene su regije između gena psbC - trnS (CS), trnC - trnD (CD), psaA - trnS (AS), a cijepane su sa tri restrikcijske endonukleaze: Alu I, Hae III i Rsa I. Sve tri regije kloroplastnog genoma uspješno su amplificirane lančanom reakcijom polimerazom, dok je restrikcija davala različite rezultate ovisno o kombinaciji fragment - enzim.Najpodesniji cpDNA RFLP biljezi dobiveni su cijepanjem CD enzimom Alu I jer taj restrikcijski profil pokazuje najviši stupanj polimorfizma. Podesne su i regija CS cijepana enzimima Alu I i Hae III, kao i regija AS cijepana enzimom Alu I.

Virus tristeza (Citrus tristeza virus, CTV) najučestaliji je i najznačajniji virusni patogen agruma. Osim izazivanja sindroma koji uzrokuju velike ekonomske štete u nasadima diljem svijeta, ovaj RNA-virus ujedno predstavlja zanimljiv molekularni model za istraživanje genetičke strukture varijanti virusnog genoma. U istraživanju je obrađen velik broj varijanti genoma virusa tristeza iz tri uzorka. Naranča Fukumoto Navel bila je izvorni domaćin s kojeg se virus tristeza pupovima prenio na dvije skupine sjemenjaka vrste Citrus wilsonii Tanaka. Kod prve skupine sjemenjaka pupovi su normalno srasli s podlogom koja je potom dala izuzetno jake simptome infekcije. Kod druge skupine sjemenjaka pupovi nisu srasli s podlogom, no virus je ipak prešao na podlogu s razlikom da je u ovom slučaju izazvao samo blage simptome infekcije virusom tristeza. Budući da je potencijal za prijenos virusnih varijanti iz inficiranih pupova na sjemenjake C. wilsonii bio jednak, cilj ovog rada bio je istražiti genetičku strukturu virusnih populacija u navedenim uzorcima te je pokušati dovesti u vezu s intenzitetom simptoma zapaženih na cijepljenim biljkama. Dobiveni rezultati potvrđuju prisutnost izuzetno patogenih varijanti virusa tristeza u sva tri uzorka. Kako standardne bioindikatorske biljke na sve ove varijante reagiraju pojavom jakim simptoma, zanimljivo je da su se kod skupine sjemenjaka C. wilsonii, kod koje je bila prisutna samo jedna virusna varijanta, razvili samo blagi simptomi infekcije. Budući da u literaturi nisu opisani simptomi infekcije virusom tristeza na vrsti C. wilsonii, dobiveni razultati otvaraju mogućnost njene eventualne primjene kao bioindikatorske biljke koja bi se koristila za biološku karakterizaciju CTV-sojeva.

Hantavirusi (rod Hantavirus, porodica Bunyaviridae) predstavljaju pravi primjer emergentnih virusa koji u ljudi uzrokuju dva različita sindroma: hemoragijsku vrućicu s bubrežnim sindromom i hantavirusni plućni sindrom. Od kada je izoliran prototip virusa ovoga roda, virus Hantaan, do danas, opisano je više od 20 novih vrsta hantavirusa , a čiji broj se rapidno povećava. Hantavirusi su negativni RNK-virusi od kojih se svaki održava u specifičnoj vrsti glodavaca. Zajedno sa svojim domaćinima rasprostranjeni su širom svijeta. Filogenetska analiza hantavirusa i njihovih domaćina glodavaca pokazuje da se njihova evolucijska stabla preklapaju što upućuje na to da su ovi virusi koevoluirali sa svojim domaćinima glodavcima preko 20 do 30 miliona godina. Razumijevanje ovog fenomena može poboljšati našu sposobnost da predvidimo gdje bi novi hantavirusi mogli biti pronađeni, jesu li oni patogeni za ljude, koji bi hantavirusi bili najbolji kandidati za razvoj cjepiva, te za poboljšavanje postojećih dijagnostičkih metoda za ljude ili praćenje glodavaca na različitim geografskim područjima.

Hypericum perforatum L. is considered as a hybrid species. Potential ancient hybridisation occurred in North – East Asia between european species H. maculatum Crantz. and asian species H. attenuatum Choisy on the overlaping zone of their distributions. The aim of the present study was to determine whether hybrid origin of Hypericum perforatum L. could be detected using restriction analysis of cpDNA. Three species was compared on the basis of restriction patterns of two non-coding regions within a large single copy of chloroplast genome. Out of the seven restriction patterns H. perforatum L. differs in all of them, while potential parents species H. attenuatum Choisy and H. maculatum Crantz. are identical. The obtained results indicate high degree of rearrangements in compered parts of cpDNA molecule during speciation of H. perforatum L. Restriction analysis of other chloroplast genome region or sequencing should provide better comperison of these three species and evidence of parental species.

Kao što prirodne znanosti općenito, a među njima genetika i molekularna biologija, imaju svoju povijest, tako i suvremena teorija evolucije, koja se temelji na rezultatima istraživanja spomenutih znanosti, ima svoju povijest, koja je sastavni dio povijesti bioloških znanosti. U ovom radu autor analizira evolucijsku teoriju J. B. Lamarcka, lamarkizam, kao značajni moment u povijesti evolucijskih teorija, posežući za njegovim temeljnim djelom “Zoološka filozofija”. U prvom dijelu rada autor iznosi glavne etape Lamarckova života, koji je, na neki način, bio predodređen da postane najprije botaničar, a onda i zoolog, što je na kraju iznjedrilo njegovu teoriju evolucije. U drugom dijelu analizira se Lamarckova teorija, po njemu nazvana lamarkizam, na temelju njegova djela “Zoološka filozofija”, te se iznose pokušaji revitalizacije lamarkizma u drugoj polovici dvadesetoga stoljeća. U trećem dijelu iznosi se kritički osvrt na lamarkizam, kao i obrazloženje zašto Lamarckova teorija, premda je u sebi nosila neke pozitivne strane, nije mogla doživjeti veći uspjeh. Naime, suvremena genetika i molekularna biologija pokazale su da se individualno stečena ili izgubljena svojstva ne prenose na potomstvo. Nasljedne osobine uglavnom su zabilježene na genetičkom materijalu spolnih stanica. Molekularna biologija je dokazala da su nasljedne samo genotipske promjene koje nastaju u liniji stanica, koje u tijeku gametogeneze, produciraju zrele gamete. Pokušaji koji su vodili k ponovnom oživljavanju lamarkizma ostali su bezuspješni, jer se nije uspjelo ponuditi dovoljno argumenata za teorijske spekulacije koje su se često javljale., As natural sciences in general, and among them genetics and molecular biology, have their history, so does the contemporary theory of evolution too. It is based on the research results of the mentioned sciences and has its history that is an integral part of the history of biological sciences. In this work the author analyses the evolutionary theory of J. B. Lamarck – Lamarckism, as an important moment in the history of evolutionary theories, referring to his fundamental work Zoological Philosophy. In the first part of the work the author presents the major phases of Lamarick’s life, which in some way determined him to become first a botanist, and then a zoologist, which in the end generated his theory of evolution. In the second part Lamarick’s theory is analysed, named Lamarickism after him, on the basis of his work Zoological Philosophy. Some trials of Lamarickism in the second part of 20th century are presented. In the third part a critical review on Lamarckism is set out, as well as the explanation why Lamarck’s theory, in spite of some of its positive points, could not meet with a greater success. Namely, modern genetics and molecular biology have shown that individually received or lost properties are not conveyed to descendents. Hereditary traits are mainly recorded on the genetic material of sexual cells. Molecular biology has proved that only the genotype-changes that occur in the line of cells are hereditary, as they produce mature gametes during the gametogenesis. The trials that led to the resumed revival of Lamarckism remained unsuccessful, because there were not enough arguments for theoretical speculations that often arose.

Lančanom reakcijim polimerazom amplificirane su 3 regija kloroplastnog genoma triju vrsta roda Hypericum: H. calycinum, H. androsaemum i H. montanum.Tri regije jednake su veličine u svim uzorcima. Regije su uspoređene na temelju restrikcijskih profila dobivenih cijepanjem s dvije restrikcijske endonukleaze Hinf I i Taq I čime je dobiven visok stupanj polimorfizma između vrsta.

Rodovi obada (Diptera: Tabanidae) Philipomyia sp. i Tabanus sp. po svojim su morfološkim osobinama razdvojeni u dva tribusa, iako su nekoć pripadali istom rodu. U ovom radu sekvencirana je mitohondrijska DNA obada kako bi se odredila prikladnost nekih njezinih regija za taksonomsko razlikovanje rodova i tribusa, te srodstvenih odnosa rodova Philipomyia sp. i Tabanus sp. Umnoženi su fragmenti gena za podjedinicu I citokrom-oksidaze i dio gena za 16S ribosomsku RNA u genomu mitohondrija u 8 vrsta obada. Rekonstrukcija filogenetičkih stabala rađena je metodama "združivanja susjeda", "maksimalne štedljivosti" i "maksimalne vjerojatnosti". Rezultati, prikazani kladogramima, pokazuju smještanje rodova Philipomyia sp. i Tabanus sp. u izdvojene skupine. Analiza sljedova pokazala je da je ispitivano područje gena za podjedinicu I citokrom-oksidaze pogodnije za analize na razini roda, a ispitivano područje gena za 16S ribosomsku RNA za analizu viših taksonomskih kategorija.

Utvređan je visok stupanj varijabilnosti dviju uspoređenih regija cpDNA između vrsta Hypericum alpigenum Choisy i Hypericum attenuatum Kitaibel.

Utvređan je visok stupanj varijabilnosti dviju uspoređenih regija cpDNA između vrsta Hypericum alpigenum Choisy i Hypericum attenuatum Kitaibel.

The restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of three non-coding regions within a large single copy of chloroplast genome are used to examine the phylogenetic relationships among 9 species of genus Hypericum. The PCR-amplified products of regions psaA-trnS, trnC-trnD and psbC-trnS were digested separately with five restriction endonucleases. Gels were scored in a binary format. Wagner parsimony analysis has been performed on the obtained data matrix. A high level of the interspecific variation was detected while intraspecific was not observed. The obtained results indicate discrimination of H. calycinum L. and H. androsaemum L. as the most primitive species in this sample as well as grouping of two related species H. perforatum L. and H. tetrapterum Fries. Also, relation between H. olympicum L. and H. adenotrichum Spach. is closer in terms of the cpDNA analysis than on morphological grounds, while H. richeri subsp. grisebachii (Boiss.) Nyman. is more distant. H. montanum L. is more related to advanced species while relationships of H. hirsutum L. with the other taxa was not resolved completely. The obtained results identifies three intragenic chloroplast DNA regions useful for phylogenetic or phylogeographical analysis in Hypericum.

Utvređan je visok stupanj varijabilnosti dviju uspoređenih regija cpDNA između vrsta Hypericum alpigenum Choisy i Hypericum attenuatum Kitaibel.

U istraživanju su uspoređeni restrikcijski profili triju regija kloroplastnog genoma između triju filogenetski udaljenih vrsta roda Hypericum, Hypericum bellum H.L.Li, H. olympicum L., H. coris L. Utvrđeni polimorfizam regije trnC- trn D ukazuje na primjenjivost metode u istraživanju filogenije roda Hxypericum.

U radu su, upotrebom RFLP analize mitohondrijskih, kloroplastnih i jezgrinih DNA, te sekvenciranjem jezgrinih ITS regija, istraživani srodstveni odnosi i taksonomski status svojti unutar kompleksa Lilium carniolicum, njihov položaj unutar sekcije Liriotypus i cijelog roda Lilium. RFLP analiza, na sva tri istraživana genoma, nije se pokazala dovoljno informativnom za razlikovanje pojedinih svojti unutar ‘carniolicum’ kompleksa. Sve primijenjene filogenetske analize ITS sekvenci, metoda maksimalne parsimonije, metoda maksimalne vjerodostojnosti i Bayesovska analiza, ukazuju da su sve svojte kompleksa Lilium carniolicum usko srodne i da imaju zajedničkog pretka. Vrste L. pyrenaicum i L. pomponium nalaze se na bazalnom mjestu unutar skupine, a položaj vrste L. chalcedonicum pokazuje da je ona mnogo srodnija sa svojtama L. carniolicum, L. bosniacum i L. jankae nego što se to prije pretpostavljalo. Rezultati ovog rada ukazuju da se svojte L. albanicum i L. jankae fi logenetski mogu razlikovati od svojte L. carniolicum, dok je svojta L. bosniacum istovjetna svojti L. carniolicum. Dobiveni rezultati potvrđuju mišljenje po kojem bi svojte L. albanicum i L. jankae mogle biti zasebne vrste, dok to za svojtu L. bosniacum nije potvrđeno.

Predavanje govori o evoluciji hantavirusa, njihovim filogenetskim odnosima, te njihovoj rasprostranjenosti u svijetu i u Hrvatskoj.

A phylogenetic analysis of partial 12S rRNA mitochondrial gene sequences from representatives of salamandroid families provided moderate support for the monophyly of the family Proteidae, comprising the North American genus Necturus and the European blind cave salamander Proteus., Filogenetska analiza djelomičnih mitohondrijskih genskih sekvenci 12S rRNA predstavnika salamandroidnih porodica umjereno podržava monofiletičnost porodice Proteidae, obuhvaćajući sjevernoamerički rod Necturus i europski rod špiljske čovječje ribice Proteus.

Određivanjem razlika u slijedu nukleotida u DNA moguće je odrediti razvojnu ili filogenetičku vezu među organizmima te razvojnim stablom prikazati evolucijski odnos među njima.

U radu su primjenjene dvije metode: morfološko-anatomska metoda i molekularno-biološka metoda (RAPD). Dobiveni podaci su obrađeni univarijatnom i multivarijatnom statistikom. Bez obzira na primjenjenu metodu unutar hrvatskih populacija crnoga bora mogle su se jasno razlikovati tri skupine populacija. Prvu skupinu čine tri otočne populacije Brač, Hvar i Korčula (Pinus nigra subsp. dalmatica), drugu populacija iz Velike Paklenice (Pinus nigra subsp. nigra), dok je treća skupina prijelazna skupina između prve dvije, a čine ju populacije s Pelješca,Biokova i Grobnika. Isto tako RAPD metoda je jasno odvojila tursku populaciju (P. nigra subsp. pallasiana), austrijsku populaciju (P. nigra subsp. nigra) i hrvatske populacije. Za morfološko-anatomske osobine utvrđena je visoka koreliranost s ekološkim čimbenicima vezanim uz geografsku širinu i nadmorsku visinu, dok su rezultati RAPD analize najviše korelirani s geografskom udaljenošću istraživanih populacija. Utvrđeno je da su s genotipom visoko korelirane anatomske osobine iglica kao što su broj slojeva hipoderme te broj slojeva asimilacijskog i transfuzijskog parenhima. RAPD metodom je utvrđena velika genetička varijabilnost populacija Biokovo, Pelješac i Velika Paklenica te genetička osobitost svake otočne populacije. Ta saznanja moguće je povezati s centrima genetičke diferencijacije na tim prostorima i s geografskom izolacijom. Dobiveni rezultati primjenjivi su u šumarstvu, ali i u programima zaštite biološke raznolikosti.

Analizirana je nova, vrlo zastupljena satelitna DNA u genomu vrsta Palorus subdepressus (Coleoptera, Tenebrionidae). Osnovna ponavljajuća jedinica ili monomer duljine 72 pb je sastavljena od dvije kopije T2A5T oktanukleotida u naizmjeničnom rasporedu s obrnuto ponovljenom sekvencom duljine 22 pb. Svaka od analiziranih vrsta roda Palorus (P. ratzeburgii, P. genalis, P. ficicola, P. subdepressus) sadrži jednu glavnu satelitnu DNA koja je bogata A i T nukleotidima i predstavlja značajnu količinu genoma (20 -40%). Analizom pomoću lančane reakcije polimerazom (PCR) pokazuje da su sve 4 satelitne sekvence prisutne u svakoj od ispitanih vrsta roda Palorus. Jedna od njih je umnožena u velikom broju kopija i predstavlja glavnu satelitnu DNA, dok su ostale tri zastupljene u malom broju kopija i čine približno 0.05% genoma. Srodstveni odnosi među vrstama roda Palorus uspostavljeni su na osnovu 420 pb duge sekvence mitohondrijskog gena za podjedinicu I citokrom oksidaze. Pokazano je da vrste roda Palorus pokazuju veliku divergenciju u nukleotidnoj sekvenci mtDNA tako da se može predpostaviti vrijeme odvajanja ovih vrsta prije 7 do 15 milijuna godina. Ovi rezultati objašnjavaju evoluciju satelitne DNA koja u skladu s hipotezom da srodne vrste posjeduju sačuvanu biblioteku različitih satelitnih DNA od kojih je jedna umnožena u glavnu satelitnu DNA. Kvantitativne promjene satelitnih DNA mogle bi imati za poslijedicu stvaranje genetičke barijere i time djelovati kao okidač procesa stvaranja novih vrsta.

In recent years there has been an exponential increase in the amount of published DNA sequences, as it has become one of the most popular sources of data for reconstructing phylogenies. A number of studies have attempted to resolve the relationships of groups of lacertids using mitochondrial DNA sequence data, in particular Podarcis and Gallotia (e.g. THORPE et al., 1994; 1996; GONZALEZ et al., 1996; FU et al., 1997; HARRIS, 1997; HARRIS et al., 1998a; 1999; CASTILLA et al., 1999a,b). Reassessment of these data suggest some alternative phylogenies to those previously published, and also highlight possible problems. Two studies have attempted to unravel the phylogeny of the whole family using mitochondrial DNA sequences (FU, 1998; HARRIS et al., 1998b). By combining these essentially congruent data sets, and reanalysing levels of support for the phylogenies produced, a more complete estimate of relationships across the family is produced. This is then compared to alternative sources of evidence, primarily morphological (ARNOLD, 1989), biochemical (MAYER & BENYR, 1994) and karyological (OLMO et al., 1993). Reasons for discrepancies are discussed, as are the relative advantages and disadvantages of the different sources of phylogenetic inference., Posljednjih godina objavljuje se sve veći broj DNA sekvencija, što je postalo jednim od najpopularnijih izvora podataka pri rekonstrukciji filogenije. Više radova pokušalo je riješiti odnose skupina lacertida koristeći sekvence mitohondrijske DNA, posebno Podarcis i Gallotia (npr. THORPE et al., 1994; 1996; GONZALEZ et al., 1996; FU et al., 1997; HARRIS, 1997; HARRIS et al., 1998a; 1999; CASTILLA et al., 1999a,b). Ponovno proučavanje tih podataka sugerira neke alternativne filogenije u odnosu na one koje su prethodno objavljene, a također i naglašava moguće probleme. Dva rada pokušala su objasniti filogeniju cijele porodice koristeći sekvencije mitohondrijske DNA (FU, 1998; HARRIS et al., 1998b). Kombinacijom tih zapravo sukladnih podataka, i ponovnom analizom stupnjeva potpore proizašlih filogenija, stvorena je potpunija procjena odnosa u porodici. Ona je tada uspoređena s alternativnim izvorima podataka, prvenstveno morfološkim (ARNOLD, 1989), biokemijskim (MAYER & BENYR, 1994) i kariološkim (OLMO et al., 1993). Raspravlja se o razlozima razilaženja, kao što su relativne prednosti i nedostaci različitih izvora filogenetičkih zaključaka.

Daju se primjedbe na knjigu "Butterflies of Europe" (ur. 0. Kudrna), na 2. svezak tog dijela „Uvod u lepidopterologiju", posebno s dodacima 9. poglavlju "Kromosomi danjih leptira i njihova primjena u sistematici i filogeniji" i to u usporedbi s poglavljem 5. J. A. Scoota i D.M. Wrighta ''Filogenija i fosili danjih leptira". Težište je položeno na dijagram kariotipova (broja i veličine kromosoma) porodica odnosno potporodica u nadporodicama Hesperioidea i Papilionoidea. Dopunjeni kariogrami (sl. 2.) pokazuju da broj kromosoma danjih leptira od modalnog broja Lepidoptera n= 31/30 postupno pada kod porodice Satyridae na n=29. kod Lycaenidae na n=24. kod Heliconiidae na n=2 l. spustivši se na kraju na polovični broj n=15 kod lthomiidae. Ta napadna razlika u modalnim brojevima kromosoma glavnih sistematskih skupina danjih leptira (porodica ili potporodica) predstavlja nezanemarivu karakteristiku u vrednovanju i jasnom odjeljivanju tih skupina. Scott ( 1990) pridružuje lthomiinae kao tribus potporodici Danainae u kojoj nema nižeg broja od n=31 pa bi tako bila zadovoljena okolnost da bi i Danainae poput ostalih porodica sadržavale su također i sekundarni vrh. Ipak, takav postupak ne bi bo identičan sa sekundarnim vrhom, jer od više vrsta jednog roda u pravilu samo neke sadrže niske brojeve sekundarnog vrha dok ostale vrste tog reda karakterizira modalni broj., A survey of the book mentioned in the tItle is given. The remarks and supplements bear connection to chapters 6 and 9 of the same book are given. The karyogram (Diagram II in chapter 9) was completed to include Lycaenidae, Heliconiidae and lthomiidae (Fig.2). While the modal haploid chromosome number for Hesperidae, Nymphalidae and Pieridae is known to be 31, it was found to be less than n=31 in Papilionidae (n=30), Satyridae (n=29), Lycaenidae (n=24), Helioconiidae (n=21, with n=31 as secondary magnitude); the lowest modal number was round in lthomiinae (n=15 with no weight for n=31). The differences are striking enough for karyotype numbers to be required for a clear-cut delineation of systematic groups in butterflies irrespective of karyotype interpretation. It is interesting that Scott ( 1990) associated Ithomiini, as a tribe, with Danainae, in which subfamily no chromosome number lower than n=3 I would occur in Danainae, as is the case in all other butterfly families. Nevertheless, the inclusion of lthomiinae as a tribus of Danainae appears inadequate inasmuch as on of the hand the low number n=15 becomes quite unexpectedly more frequent than even the very universal modal number n=31, but on the other hand, as a rul, only some of the species of a genus acquire the lower numbers of the secondary peak, whilst the greater part of them share the usual modal number of the family.

Ukratko je izložena filogenija proboscida, s posebnim osvrtom na gornjopleistocenske rodove i vrste.

30 cm 2 primerka