Search

International audience; Due to the high level of endemic species that they support and the high threats they are facing, such as unsustainable limestone quarrying, hunting and urbanization, limestone karsts are recognized as biodiversity hotspots needing urgent protection. The first aim of our study was to investigate the mammal rodent diversity of Thai limestone karsts. Our second aim was to examine the diversity at a finer scale than the species level (intraspecific biodiversity) using phylogeographic approaches. Therefore, we studied the phylogeographic structure of a threatened rodent, endemic to limestone karsts of Thailand, the Murinae Leopoldamys neilli. We sampled 76 limestone karsts in whole Thailand and live-trapped 444 rodents including 115 Leopoldamys neilli. Our study revealed an important rodent diversity in Thai limestone karsts. Besides endemic rodent species, karsts also host typical forest species to which they provide forest refugia in deforested regions. At the intraspecific level, our study revealed an unexpected high level of genetic differentiation within the rodent species L. neilli. As each limestone area of Thailand is characterized by a particular genetic lineage of L. neilli, the destruction of these karsts would lead to the disappearance of unique intraspecific strains not found elsewhere. Our results highlight the importance of protecting limestone habitats to preserve not only their interspecific but also intraspecific rodent diversity that is highly threatened as more than 20% of limestone karsts in Thailand have already been quarried. Management plans of limestone, a non-renewable resource, should urgently take into account this high biological importance of karsts.

Le Rat noir

International audience; Leopoldamys neilli is a threatened murine rodent species endemic to limestone karsts of Thailand. We have studied the phylogeography of L. neilli using two mitochondrial markers (cytb, COI) and one nuclear fragment (bfibr), in order to assess the influence of its endemicity to karst habitat. One hundred fifteen individuals of L. neilli were collected in 20 localities throughout the geographic range of this species in Thailand. Our study revealed strong geographic structure of the mtDNA genetic diversity: six highly differentiated, allopatric genetic lineages were observed in our dataset. They exhibit a very high degree of genetic divergence, low gene flow among lineages and low levels of haplotype and nucleotide diversities within lineages. Our results suggest that L. neilli's populations are highly fragmented due to the scattered distribution of its karst habitat. The most divergent lineage includes the populations from western Thailand, which have been separated from the other genetic lineages since at least the Early Pleistocene. The other lineages are more closely related and have diverged since the Middle Pleistocene. This study revealed an unexpected high level of genetic differentiation within L. neilli and highlighted the high endemicity of this species to limestone karsts. Our results enhance the importance of protecting limestone habitats to preserve not only the species but also intraspecific diversity.

Rats

Focus on synanthropic mammals

International audience; Plague is enzootic in wildlife populations of small mammals in central and eastern Asia, Africa, South and North America, and has been recognized recently as a reemerging threat to humans. Its causative agent Yersinia pestis relies on wild rodent hosts and flea vectors for its maintenance in nature. Climate influences all three components (i.e., bacteria, vectors, and hosts) of the plague system and is a likely factor to explain some of plague's variability from small and regional to large scales. Here, we review effects of climate variables on plague hosts and vectors from individual or population scales to studies on the whole plague system at a large scale. Upscaled versions of small-scale processes are often invoked to explain plague variability in time and space at larger scales, presumably because similar scale-independent mechanisms underlie these relationships. This linearity assumption is discussed in the light of recent research that suggests some of its limitations.

BackgroundUntil recently hantaviruses were poorly studied inSoutheast Asian countries. To better understand theecology of hantaviruses in Southeast Asia, we conducteda large scale serological survey of rodent species in sev-eral locations in Cambodia, Laos and Thailand. Recentarticles indicated that the dilution effect (wherebypathogen prevalence increases with decreasing biodiver-sity) applied to some American hantavirus species.Therefore we also analyzed our data to establish if anyrelationship existed between hantavirus seroprevalenceand rodent species diversity.MethodsSmall mammals were live-trapped in different habitattypes within a 20 km

Parasite species loads are expected to be higher in the tropics and higher parasite species richness to have cumulative eff ects on host physiology or demography. Despite being regularly assumed or predicted, empirical evidence on species - latitude patterns is scarce or contradictory and studies on the impacts of concomitant infections have mainly been done at host intra-specifi c level. Broad generalizations are then very hard, if not spurious. By focusing on rodent species and their non-eukaryotic microparasites (i.e. viruses and bacteria), we investigated, using a comparative approach, microparasite species richness across rodent species according to the latitude where they occur. We also explored the links between rodents ' reproductive traits, latitude and microparasite species richness. We fi nd for the fi rst time in rodents that virus species richness increases towards tropical latitudes, and that rodent litter size seems to decrease when microparasite species richness increases independently from the latitude. Th ese results support the hypotheses that rodent species in the tropics eff ectively harbour higher parasite species loads, at least in terms of species richness for viruses, and that parasite species richness infl uences rodent life-history traits. Although some other factors, such as seasonality, were not taken into account due the lack of data, our study stresses the idea that chronic microparasite infections may have detrimental eff ects on their rodent host reservoirs, notably by aff ecting litter size. (Resume d'auteur)

http://www.ceropath.org/references/rodent_protocols_book; Technical book; "Protocols for field and laboratory rodent studies" present the best practices for the studies of rodents and rodent-borne pathogens and parasites from the field to the laboratory. It aims at covering the different steps of rodent studies: 1) Trapping, 2) Dissection and preparation of tissue samples for pathogens screening, 3) Identification of species, 4) Isolation of helminths, 5) Preparing rodent specimens for collections. This book gathers accurate recommendations and techniques, based on those generally accepted in the literature and adapted from the experience of the different authors during rodent surveys and laboratory work. Its presentation is designed to work in the fields with a clear and colorful organization of each chapter, with: inserts providing definitions and recommendations, protocols detailed step by step, and an emphasis on illustrations with several photographs. This book is a publication generated by the CERoPath project (Community Ecology of Rodents and their Pathogens in a changing environment, www.ceropath.org) funded by the French Ministry of Research from 2008 to 2011.

Seasonal variations in the immunoreactivity of vasopressinergic perikarya in the paraventricular (PVN), supraoptic (SON) and suprachiasmatic nuclei (SCN), and in the labelling of vasopressinergic fibres in the internal zone of the median eminence were studied in Taterillus petteri, a rodent that is found in the north Burkina Faso (formerly Upper Volta). In this region, there are four seasonal climatic combinations: the humid and hot, humid and cold, dry and cold, and dry and hot seasons. In the dry hot season, the rodents experience phases of torpor (adaptation to dryness). Immunoreactivity of the PVN and SON is highest during the dry cold season. Labelling is intense during the dry hot and humid hot seasons, and is at its lowest during the humid cold season. In the SCN, labelling of the perikarya is only dense during the dry hot season, whereas for the rest of the year, the immunoreactivity is weak or undetectable. The pattern of immunoreactive variations of vasopressin-positive fibres located in the internal zone of the median eminence is similar to those of vasopressinergic perikarya in the PVN and SON. These results suggest that there is an association between: (1) seasonal modifications in the immunoreactivity of PVN and SON vasopressinergic perikarya and vasopressinergic fibres of the internal median eminence, and (2) climatic conditions, water metabolism, behavioural activity and diet. It is not possible to establish a correlation between seasonal variations in water availability and fluctuations in the labelling of vasopressinergic perikarya in the SCN. However, labelling is intense when the animals are in torpor during the dry hot season.

International audience; Domestic and wild rodents known as the most abundant and diversified order of mammals have a key role in the ecological food chain and also in the transmission of parasites and pathogens to other animals. While foraging on the ground, they can get infected by Toxoplasma gondii, a protozoan parasite, which is the causative agent of toxoplasmosis. Therefore, they serve as intermediate hosts of T. gondii and can transmit it to their predators. To assess their role in the maintenance of T. gondii lifecycle in Thailand, we sampled rodents in a range of biotopes representative of the high biodiversity and conducted a serological survey with latex agglutination test to detect anti-T. gondii antibodies. Overall, 21 of 461 (4.6%) rodents had diagnostically significant antibody titers (cutoff, 1:64). Every species with at least 37 individuals captured tested positive, confirming the wide range of potential mammalian hosts of toxoplasmosis. None of the ecological traits (sex, maturity, morphology, season, or habitat) was found significant to predict the susceptibility to T. gondii both univariately and in a multivariate analysis. However, high prevalences were reported in either forested or anthropized areas. This survey constitutes the first confirmed serological investigation of T. gondii in rodents in Thailand. The rarity of both domestic and wild felids in Thailand emphasizes the importance of rodents in maintaining T. gondii, and questions the involvement of other carnivores in the life cycle.

Cet ouvrage dédié au Capybara a pour objectif de faciliter, en milieu spécialisé sur les animaux de faune sauvage, l’obtention de clichés radiographiques de qualité, ainsi que leur interprétation. Après une partie consacrée à la présentation du Capybara, on rappelle le principe de l’examen radiographique et donne les réglages utilisés. Les radiographies, présentées en deux exemplaires (avec et sans légende) sont accompagnées des photographies détaillées de la structure osseuse correspondante.

Background Rodents are recognized as hosts for at least 60 zoonotic diseases and may represent a serious threat for human health. In the context of global environmental changes and increasing mobility of humans and animals, contacts between pathogens and potential animal hosts and vectors are modified, amplifying the risk of disease emergence. An accurate identification of each rodent at a specific level is needed in order to understand their implications in the transmission of diseases. Among the Muridae, the Rattini tribe encompasses 167 species inhabiting South East Asia, a hotspot of both biodiversity and emerging and re-emerging diseases. The region faces growing economical development that affects habitats, biodiversity and health. Rat species have been demonstrated as significant hosts of pathogens but are still difficult to recognize at a specific level using morphological criteria. DNA-barcoding methods appear as accurate tools for rat species identification but their use is hampered by the need of reliable identification of reference specimens. In this study, we explore and highlight the limits of the current taxonomy of the Rattini tribe. Results We used the DNA sequence information itself as the primary information source to establish group membership and estimate putative species boundaries. We sequenced two mitochondrial and one nuclear genes from 122 rat samples to perform phylogenetic reconstructions. The method of Pons and colleagues (2006) that determines, with no prior expectations, the locations of ancestral nodes defining putative species was then applied to our dataset. To give an appropriate name to each cluster recognized as a putative species, we reviewed information from the literature and obtained sequences from a museum holotype specimen following the ancient DNA criteria. Conclusions Using a recently developed methodology, this study succeeds in refining the taxonomy of one of the most difficult groups of mammals. Most of the species expected within the area were retrieved but new putative species limits were also indicated, in particular within Berylmys and Rattus genera, where future taxonomic studies should be directed. Our study lays the foundations to better investigate rodent-born diseases in South East Asia and illustrates the relevance of evolutionary studies for health and medical sciences.

This work constitutes a contribution of biometric and karyologic studies of Lemniscomys barbarus (striped rat), a rodent captured in the Cap Bon (Tunisia). The morphological (T+ C, Q, PP, O, PDS) and cranial parameters (LT, BZ, IO, D, B, MS, LN, FP) considered in this work permitted us to locate our specimens in the corresponding taxon. This data show us that our specimens appear morphologically similar to those identified in the north Tunisian and Africa. That may be related to trophic resources available and the warmer climate. The karyotype of the same individuals allowed us to establish for the first time in Tunisia the chromosome of Lemniscomys barbarus and secondly to determine the diploid number of this species and the place established in the nomenclature in the literature., Le présent travail constitue une contribution à l’étude biométrique et caryologique d’une espèce de rongeurs rencontrée dans la région du Cap Bon : Lemniscomys barbarus (rat rayé). Les paramètres morphologiques considérés dans ce travail (T + C, Q, P. P, O, Pds) ainsi que les paramètres crâniens (LT, BZ, IO, D, B, MS, LN, FP) nous ont permis de situer nos spécimens dans le taxon correspondant. De même, par leur grande taille, nos spécimens apparaissent morphologiquement similaires à ceux identifiés dans le nord de la Tunisie et de l’Afrique. Ceci peut être lié aux ressources trophiques plus disponibles et au climat plus clément. Par ailleurs, l’examen du caryotype des mêmes individus nous a permis d’une part d’établir pour la première fois en Tunisie la garniture chromosomique de Lemniscomys barbarus et d’autre part de vérifier le nombre diploïde de cette espèce et de le situer dans la nomenclature établie dans la littérature., Saidi Taufik, Nouira Saïd, Cheniti Tahar Lamine, Chetoui M'Barek. Analyse morphométrique et caryologique du rat rayé de la Tunisie (Lemniscomys barbarus : Murinae). In: Ecologia mediterranea, tome 36 n°2, 2010. pp. 25-29.

Heligmosomoides crarigi n. sp. (Nematoda: Heligmosomoidea) is described from Microtus limnophilus Buchner, 1889 (Rodentia: Cricetidae) from Rangtang, Sichuan, China. It is related to H. protobullosus Asakawa, 1987 and H. longispiculum Tokobaev & Erkulov, 1966 both parasites of Microtus spp. from Japan and USSR, respectively by the following features: a ratio of spicule length/body length of more than 45 % and rays 9 shorter than rays 10. The new species is differentiated by rays 8 being closed to rays 6 and 19-22 cuticular ridges versus 14 in H. protobul10sus (synlophe not described in H. longispiculum). H. longicirratus (Schulz, 1954) also a parasite of Microlus sp. from the USSR is the most closely related species based on the number of cuticular ridges (20) and the ratio of spicule length/body length (48 % versus 50 %). There are no illustrations of this species and the female has not been described; for that reason, it is not possible to compare it accurately with our specimens, Heligmosomoides craigi n. sp. (Nematoda : Heligmosomoidea) est décrit chez Microtus limnophilus Büchner, 1889 (Rodentia : Cricetidae) originaire de la province du Rangtang, Sichuan, Chine. Cette espèce est morphologiquement proche de H. protobullosus Asakawa, 1987 et de H. longispiculum Tokobaev & Erkulov, 1966 tous deux parasites de Microtus spp., provenant respectivement du Japon et de l’URSS, par les caractéristiques suivantes : le rapport longueur des spicules/longueur du corps supérieur à 45 % et des côtes 9 plus courtes que les côtes 10. La nouvelle espèce se différencie par des côtes 8 proches des côtes 6 et par 19-22 crêtes cuticulaires contre 14 chez H. protobullosus (synlophe non décrit chez H. longispiculum). H. longicirratus (Schulz, 1954), également parasite de Microtus sp. d’URSS est l’espèce la plus proche par le nombre de crêtes cuticulaires (20) et le rapport longueur des spicules/longueur du corps (48 % versus 50 %). Il n’y a pas d’illustration de cette espèce et la femelle n’a pas été décrite ; pour cette raison, il n’est pas possible de la comparer correctement avec nos spécimens

Background Human cases of plague (Yersinia pestis) infection originate, ultimately, in the bacterium's wildlife host populations. The epidemiological dynamics of the wildlife reservoir therefore determine the abundance, distribution and evolution of the pathogen, which in turn shape the frequency, distribution and virulence of human cases. Earlier studies have shown clear evidence of climatic forcing on contemporary plague abundance in rodents and humans. Results We find that high-resolution palaeoclimatic indices correlate with plague prevalence and population density in a major plague host species, the great gerbil (Rhombomys opimus), over 1949-1995. Climate-driven models trained on these data predict independent data on human plague cases in early 20th-century Kazakhstan from 1904-1948, suggesting a consistent impact of climate on large-scale wildlife reservoir dynamics influencing human epidemics. Extending the models further back in time, we also find correspondence between their predictions and qualitative records of plague epidemics over the past 1500 years. Conclusions Central Asian climate fluctuations appear to have had significant influences on regional human plague frequency in the first part of the 20th century, and probably over the past 1500 years. This first attempt at ecoepidemiological reconstruction of historical disease activity may shed some light on how long-term plague epidemiology interacts with human activity. As plague activity in Central Asia seems to have followed climate fluctuations over the past centuries, we may expect global warming to have an impact upon future plague epidemiology, probably sustaining or increasing plague activity in the region, at least in the rodent reservoirs, in the coming decades. See commentary: http://www.biomedcentral.com/1741-7007/8/108

Les gènes du Complexe Majeur d’Histocompatibilité (CMH) codent pour des molécules qui jouent un rôle capital dans la réponse immunitaire des vertébrés. Elles reconnaissent de nombreux antigènes pouvant provenir de pathogènes et les présentent aux lymphocytes T pour déclencher la réponse immunitaire. Ces gènes se caractérisent par un degré de polymorphisme élevé maintenu par un type de sélection particulier : la sélection balancée. Plusieurs études ont montré des associations entre ce polymorphisme et la sensibilité ou la résistance à des pathogènes. La caractérisation des allèles du CMH chez des communautés de rongeurs sauvages pourrait permettre de mettre en évidence de telles associations pour des agents responsables de zoonoses. La difficulté majeure pour caractériser ces gènes réside dans le nombre important d’allèles présent dans les populations de rongeurs sauvages. Chaque allèle d’un individu doit être identifié et chaque nouvel allèle doit être isolé et séquencé. Nous avons développés et mis en oeuvre trois stratégies de génotypage et de séquençage permettant de rendre possible l’étude de ces gènes à l’échelle des populations. Les approches indirectes de génotypage par électrophorèse capillaire en conditions non-dénaturante (CE-SSCP) et d’analyse des courbes de fusion haute résolution (HRMA) ont montrés des problèmes de débit, de résolution ou de répétabilité pour les gènes hypervariables du CMH. La dernière stratégie mise au point utilise la technologie haut-débit de pyroséquençage 454 GS-FLX pour génotyper et séquencer plusieurs centaines d’échantillons de communautés de rongeurs d’espèces très différentes. L’accès direct aux séquences des allèles de chaque individu résout les problèmes de résolution et permet d’éviter des étapes lourdes de clonage et de séquençage. Nous avons ainsi caractérisé 285 nouveaux allèles du gène DRB pour une communauté de 651 rongeurs de dix-sept espèces différentes provenant d’Asie du Sud-Est. Vingt-cinq allèles sont partagés, c'est-à-dire ont des séquences parfaitement identiques, entre espèces phylogénétiquement proches. L’analyse phylogénétique des allèles révèlent la présence de polymorphisme trans-spécifique, caractéristique de la sélection balancée. Des signatures de sélection historique dans les séquences et de sélection contemporaine dans les populations sont détectées. La richesse allélique du DRB est très variable en fonction des espèces. Néanmoins, l’étude des caractéristiques physico-chimiques des allèles montre que les espèces possédant peu d’allèles conservent une diversité importante de molécule CMH en termes de propriétés physico-chimiques. La recherche d’association entre génotypes/allèles/supertypes et pathogènes, notamment les agents de zoonoses, reste à réaliser et devrait permettre d’identifier des populations susceptibles ou résistantes sur la base de la caractérisation des allèles DRB.

Cet ouvrage dédié au cobaye a pour objectif de faciliter, lors de la pratique courante de la médecine vétérinaire, l'obtention de clichés radiographiques de qualité ; ainsi que leur interprétation. Après une partie consacrée à la présentation du cobaye, on détaille les techniques spécifiques à mettre en œuvre : contention et positionnement du sujet, réglages de l'appareil de radiologie. Les radiographies sont présentées en deux exemplaires – le seconde étant légendé – et sont accompagnées – pour les tissus durs – des photographies légendées de la structure osseuse en question.

The effect of habitat anthropization is investigated using a comparative analysis based on a literature survey of the gastrointestinal helminths of murid rodents described in Southeast Asia (SEA). The literature survey gave 30 references on helminth diversity concerning 20 murid rodent species. The diversity of helminths was high with a total of 13 species of cestodes, 15 species of trematodes, 29 species of nematodes and one species of acanthocephalans. The highest helminth species richness was found in Rattus tanezumi, Rattus norvegicus and Rattus argentiventer, all these species were found in more human-dominated habitats (agricultural areas or human settlements). Helminth species richness was positively linked across rodent species to the level of the anthropization of the host environment from forests, agricultural areas to human settlements.

Introduction aux actes de la Table-Ronde; International audience; Les petits vertébrés dont le poids est inférieur à 10kg, qu'il s'agisse de Poissons, Amphibiens, Reptiles, Oiseaux ou Mammifères, constituent plus de 80% de la biodiversité de ces groupes taxinomiques. Leurs vestiges sont fréquemment identifiés dans les ensembles osseux fossiles des sites archéologiques et paléontologiques et leur étude fait appel à de nombreux experts qui n'ont pas souvent l'occasion de se rencontrer. Ces restes de petits animaux sont utiles à la connaissance de l'histoire évolutive des faunes, à la reconstitution des paléoenvironnements, à l'établissement de biochronologies et/ou à la connaissance de la subsistance des populations humaines. Ils peuvent s'accumuler en grandes quantités, ce qui en fait un matériel unique. Cependant, eu égard à la variété d'agents et de processus susceptibles de les accumuler et de les modifier après leur dépôt, il est essentiel, préalablement à leur interprétation en ces termes, d'appréhender précisément leur histoire taphonomique. La taphonomie est une branche de la paléontologie qui a pour objectif d'étudier les lois de l'enfouissement depuis la mort d'un animal jusqu'à sa découverte comme archive fossile. Elle s'intéresse aux processus de concentration et de dispersion des accumulations, à leur mode de formation et à leur signification en termes de représentativité des faunes et d'environnements passés. Cette discipline, récemment introduite en France, suscite de nouvelles recherches et nécessitait d'être structurée pour devenir plus visible dans le paysage français de la recherche. Le Réseau Thématique Pluridisciplinaire "Taphonomie" (2007-2009, InEE, CNRS), coordonné par J.-P. Brugal, offrait ce cadre de travail. Il est apparu important d'organiser une rencontre spécifique sur le thème des petits vertébrés. Cela s'est concrétisé par l'organisation, les 20 et 21 octobre 2009, sur le Campus de Talence à l'Université Bordeaux 1, de la table ronde "Taphonomie des petits vertébrés: référentiels et transferts aux fossiles", puis par la parution de cet ouvrage. Cette table ronde avait pour objectif de proposer un état des lieux des travaux visant à déterminer l'origine et l'évolution des accumulations de restes de petits vertébrés quels qu'ils soient, depuis la mort des individus jusqu'à leur étude. Elle se proposait de favoriser la mise en commun et la diffusion des référentiels actualistes, de discuter des outils analytiques et de leurs limites d'application au travers d'exemples issus du domaine fossile. En réunissant une grande partie des acteurs nationaux en la matière ainsi que des collègues d'Espagne, de Suisse et outre-Atlantique, il s'agissait aussi d'identifier les lacunes, les voies de recherche et les collaborations à développer dans ce domaine. Cette manifestation, qui représente la première réunion scientifique organisée en France sur le sujet, a réuni paléontologues, paléoenvironnementalistes et archéozoologues. Cet évènement a rassemblé 25 orateurs et une quinzaine d'auditeurs libres. Vingt deux communications ont été présentées sous la forme de synthèses, d'études de cas, de projets en cours ou de réflexions méthodologiques(1). La majorité de ces présentations a concerné la classe des Mammifères (micro- et méso-) puis, dans une moindre mesure, celles des Poissons, Reptiles, Amphibiens et Oiseaux. Les discussions qui suivirent furent animées et stimulantes surtout en ce qui concerne la méthodologie et les objectifs des travaux en taphonomie. Quinze exposés ont donné lieu à autant d'articles qui sont rassemblés dans cet ouvrage. Plusieurs synthèses sont proposées. C. Denys fournit un état des lieux des référentiels existant sur la taphonomie des petits vertébrés. E. Stoetzel et C. Denys se focalisent sur les travaux de néo- et paléotaphonomie menés en Afrique du Nord sur les microvertébrés. S. Bailon présente, quant à lui, un état de l'art sur les travaux intéressant les amphibiens et les reptiles squamates. Ces contributions soulignent le manque de données néotaphonomiques tant sur les questions abordant la prédation que sur les phénomènes post-dépositionnels. J.-B. Mallye expose les caractéristiques propres aux différents types d'accumulation de restes de blaireaux en croisant les données actuelles et l'analyse de séries fossiles. De nouveaux référentiels actualistes sont mis à disposition de la communauté. A. Sanchiz Serra et collaborateurs présentent un assemblage original, issu de deux "grottes-fenêtres" en Espagne, vraisemblablement accumulé par le Vautour percnoptère. H. Monchot et D. Gendron développent les caractéristiques d'une collection d'os d'oiseaux accumulée par le Renard roux en milieu périglaciaire. J.-C. Castel et ses collaborateurs décrivent trois accumulations modernes constituées par des petits carnivores et discutent les implications archéologiques. A. Val et J.-B. Mallye examinent les résultats d'une approche expérimentale sur les effets de la maille du tamis sur la représentation anatomique des petits animaux à fourrure et les conséquences sur l'interprétation du registre fossile. Des études de cas, qui se fondent sur des approches méthodologiques plus ou moins originales, composent également cet ouvrage. E. Desclaux et ses collaborateurs proposent une synthèse des résultats d'analyses taphonomiques de sept gisements du Pléistocène moyen et supérieur d'Europe méridionale. M. Rillardon développe une étude taphonomique détaillée pour résoudre l'origine de trois accumulations de Lapin provenant de gisements épipaléolithiques du Languedoc. I. Gay s'interroge sur le rôle du Grand-duc dans l'accumulation de Lièvre variable de l'Abri Jean-Pierre 1. Deux contributions traitent spécifiquement des restes de poissons trouvés en contexte archéologiques. S. Cravinho, propose un référentiel ostéométrique pour aider à la quantification des vestiges ichtyofauniques du Pont-d'Ambon qui peut contribuer à l'analyse taphonomique. O. Le Gall discute, à travers deux cas d'étude, de l'utilisation de la taille des individus pour aider à l'interprétation des accumulations de restes de poissons en contexte paléolithique. D. Rambaud et ses collaborateurs tentent une analyse croisée et multicritère des restes ichtyofauniques et avifauniques du Taillis des Coteaux afin de déterminer le(s) prédateur(s) responsable(s) de leur présence sur le site. Enfin, A. Royer et ses collaborateurs se questionnent sur l'origine des brûlures observées sur les vestiges de tortues de l'abri du Mourre de Sève. Quelques évidences sont apparues à l'écoute des communications et des discussions qui ont suivi ainsi qu'à la lecture des différentes contributions. Certes, notre connaissance des référentiels néotaphonomiques est défectueuse et lacunaire, mais le peu qui existe est utile. Il nous faut repenser les modes d'acquisition des référentiels et les standardiser dans la mesure du possible. Les diverses classes et ordres de petits vertébrés, proies et/ou prédateurs, y sont inégalement documentés; les travaux concernant les effets de la prédation des rapaces sur les mammifères ne trouvent pas réellement d'équivalent pour les oiseaux, poissons, amphibiens ou reptiles. De plus, les référentiels actuels apparaissent globalement trop peu nombreux pour saisir la variabilité des modifications résultant de l'activité des prédateurs. De fait, la question de leur valeur pour l'interprétation du registre fossile se pose. Ainsi, l'acquisition de nouvelles données actualistes, contrôlées, est nécessaire pour une meilleure interprétation des ensembles osseux de petits vertébrés. À ce titre, de nombreux référentiels existant restent d'usage plus ou moins privé; leur mise à disposition par publication, réseau d'échange, base de données collaboratives, serait donc souhaitable pour le développement des connaissances. Concernant le "transfert au fossile", on remarque une diversité des approches mises en oeuvre, (signe d'une discipline encore jeune ?) et le peu d'étude portant réellement sur la digestion et les altérations postprédation. Les archéozoologues recherchent prioritairement à distinguer ce qui relève des activités humaines de ce qui n'en relève pas. Ils se soucient moins de l'identité précise du prédateur à la différence des paléobiologistes, paléoenvironnementalistes et des taphonomistes sensu stricto. Pourtant les archéologues devraient s'intéresser à tout ce qui peut permettre de préciser et définir le paléoenvironnement; l'approche taphonomique, incluant la recherche du prédateur, est donc utile pour cet aspect. Il est rappelé que les outils analytiques communément utilisés pour la reconstitution de l'histoire taphonomique d'une accumulation osseuse n'ont pas tous la même valeur diagnostique. Pour pallier cette difficulté, il est recommandé d'employer un faisceau d'indices. Le critère "taille des proies", constitue une piste pour comprendre la prédation mais il faut vérifier la limite physiologique du prédateur et son comportement d'ingestion, dépeçage etc... Le manque de prise en considération des données sur le sédiment entourant les vestiges ou sur le contexte représente une lacune méthodologique. Un autre problème est posé par le manque d'étude sur la conservation différentielle inter-spécifique, intra-spécifique, ou selon le type et l'intensité des modifications occasionnées par la prédation sur les ossements. Là encore, des référentiels taphonomiques pourraient être développés. Le paradoxe suivant est souligné: si les données éthologiques relatives au régime alimentaire des rapaces fournissent des spectres fauniques où figure la part des différentes proies, il n'en est pas de même des référentiels taphonomiques, souvent spécialisés sur une classe de petits vertébrés, et encore moins des analyses plus globales des ensembles paléontologiques et archéologiques. Par exemple, la mésofaune qui peut être accumulée par les mêmes prédateurs que la microfaune est souvent traitée indépendamment, ce qui peut conduire à des mésinterprétations. De même, ne considérer qu'un groupe taxonomique peut aussi générer des interprétations erronées sur l'origine de l'accumulation. La spécialisation des acteurs, nécessaire à un certain niveau de l'analyse pour l'acquisition de données fines de la taxonomie et de la biostratigraphie, devrait être compensée par des associations ultérieures de compétences dans le but d'exploiter au mieux les données paléoenvironnementales tirées de l'analyse taphonomique et paléoécologique à l'échelle des communautés de petits vertébrés. Nous espérons que ces divers constats et propositions constitueront le terreau de réflexions et de recherches à venir sur cette thématique en développement. On ne saurait terminer cette introduction sans renouveler nos remerciements aux participants à cette première rencontre et aux organismes financeurs: le RTP taphonomie (CNRS InEE), la Région Aquitaine via le projet "Transitions", le Muséum national d'Histoire naturelle de Paris et le RHOI (programme NSF -"Taphonomy working group"). Nous souhaitons également remercier Yvette Barnier (UMR 6636-LAMPEA), Jean-François Caro, Sylvie Djian et Françoise Lagarde (UMR 5199-PACEA) pour le soutien logistique apporté lors de la préparation de la manifestation; Myriam Boudadi-Maligne et Solange Rigaud (PACEA), qui se détournèrent un instant de leurs thèses pour accueillir les participants à la table ronde; Jean-Philip Brugal (LAMPEA), Marc Cheylan (UMR 5175 CEFE) et David Cochard (Archéosphère/PACEA) pour l'aide qu'ils ont apportée lors de la relecture des manuscrits; enfin un immense merci à Michèle Charuel (PACEA) pour la relecture finale de ce volume.

International audience; Hantaviruses belong to the Bunyaviridae family. While usually hosted by wild mammals, they are potentially pathogenic for humans, and several serologically distinct groups associated with different syndromes have been identified. Yet, investigations have mostly been conducted where human infections by hantaviruses constitute a real and well-identified public health problem, i.e., the holarctic and neotropical areas. Some hantaviruses have also been described from a Suncus murinus in India and a Bandicota indica in Thailand. In addition, recent investigations in Cambodia revealed new Hantavirus types. More recently, two new Hantavirus species were described: Sangassou from a Hylomyscus simus, and Tanganya from a Crocidura theresae, both from Africa (Guinea), thus strongly questioning the current views about geographic range, evolution, and epidemiology of hantaviruses. In such a framework, we have conducted a survey of Hantavirus diversity in Southeast Asia which allows us to isolate the Thailand virus and address questions about the taxonomy of their rodent hosts. Here we present a molecular analysis of representatives of all currently known Hantavirus species, thus allowing the comparison between the newly described ones with a large range sample of rodent hantaviruses. Our results clearly point to the presence of a particular lineage of hantaviruses in Southeast Asia. It also strongly suggests that new viruses, additional mammalian hosts and different related syndromes in humans are likely to be discovered in the near future, particularly in Southeast Asia and in Africa, where Muridae rodents are highly diversified. Furthermore, additional work is also urgently needed to investigate the hantaviruses associated with Crociduridae and Soricidae.

Eradication des rats sur l'îlot Teuaua (Ua Huka, Marquises)

International audience; Arenaviruses and hantaviruses circulate among the rodent populations of southeast Asia, and can occasionally be transmitted to humans. The latter virus has been identified in human patients in southeast Asia, although the former has not. The case fatality rate due to hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS), caused by hantaviruses and carried by murine rodents, varies between 2–12%, while the case fatality rate due to the arenaviral lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) is lower than 1%. Great care must be taken to avoid infection in pregnant women by LCMV, where serious complications can occur. At present, treatment other than supportive therapy is unavailable for LCMV. A range of vaccines exists in Asia, or are under development for the prevention of hantavirus infection, while ribavirin can help in the early phase of an acute illness. With changing climates and land use and rapidly increasing globalization, it is likely that the situation regarding these zoonotic viruses will change, resulting in an increase in human infections. Few studies have been carried out in this region, particularly in terms of LCMV. More are needed to establish the rates of infection by these agents (and for other potential rodent-borne zoonoses), both in their rodent hosts and in humans, so that they can be used as a baseline to monitor any changes that may occur.

Le piégeage, un outil précieux pour l'étude et la gestion des populations de petits mammifères (2ème partie)

International audience; Rodents have proven to be of increasing importance in transmitting diseases to humans in recent decades, through the emergence of worldwide epidemics and, in Thailand, through the emergence of leptospirosis and scrub typhus. Investigations of parasites and pathogens in murine rodents have helped to describe the implication of the main species and understand the different ways of transmission. From wild to anthropized habitats, rodents can be reservoirs, hosts or vectors of infectious organisms. Related species can react very differently to the same pathogens, with pivotal implications for the understanding of their natural circulation. Scrub typhus is transmitted to humans through the bites of trombiculid mites that have previously fed on infected rodents, generally occurring in wild habitats. Leptospirosis can affect people without any direct contact with infected rodents, but by indirect spread in agricultural areas. Parasitic diseases, such as toxoplasmosis and trypanosomiasis benefit from the proximity of rodents to domesticated animals to jump from one vector to another before reaching humans. By occupying almost all biotopes and by rapidly adapting to environmental changes, rodents are fundamental in the maintenance and transmission of an impressive number of infectious organisms to humans.

L'élaboration progressive d'une stratégie d'éradication adaptée à une population micro insulaire de rongeurs aux îles Marquises

Rattus norvegicus (Berkenhout), Norway rat, brown rat (Muridae, Mammalia)

Projet d'éradication de la population de rats du Pacifique (Rattus exulans) de l'îlot Teuaua et du projet ALIENS de l'ANR

In the Mediterranean, the survival of endemic long-lived seabirds despite the long-standing introduction of one of the most damaging alien predator, the ship rat (Rattus rattus), on most islands constitutes an amazing conservation paradox. A database gathering information on approximately 300 Western Mediterranean islands was analyzed through generalized linear models to identify the factors likely to influence ship rat presence and to account for how ship rat presence and island characteristics may have driven the presence and abundance of seabirds. Our review showed that few Mediterranean islands remain rat-free. At the regional scale, rat presence was only a limiting factor in the abundance of the smallest seabird, the storm petrel (Hydrobates pelagicus), while the distribution and abundance of the three shearwaters were more influenced by island characteristics. We hypothesized that the long-term persistence of these seabirds may have been facilitated by the various biogeographical contexts of Mediterranean islands, likely to provide intra-island refuges. © 2009 Springer Science+Business Media B.V.

Background NLRPs (Nucleotide-binding oligomerization domain, Leucine rich Repeat and Pyrin domain containing Proteins) are members of NLR (Nod-like receptors) protein family. Recent researches have shown that NLRP genes play important roles in both mammalian innate immune system and reproductive system. Several of NLRP genes were shown to be specifically expressed in the oocyte in mammals. The aim of the present work was to study how these genes evolved and diverged after their duplication, as well as whether natural selection played a role during their evolution. Results By using in silico methods, we have evaluated the evolution and functional divergence of NLRP genes, in particular of mouse reproduction-related Nlrp genes. We found that (1) major NLRP genes have been duplicated before the divergence of mammals, with certain lineage-specific duplications in primates (NLRP7 and 11) and in rodents (Nlrp1, 4 and 9 duplicates); (2) tandem duplication events gave rise to a mammalian reproduction-related NLRP cluster including NLRP2, 4, 5, 7, 8, 9, 11, 13 and 14 genes; (3) the function of mammalian oocyte-specific NLRP genes (NLRP4, 5, 9 and 14) might have diverged during gene evolution; (4) recent segmental duplications concerning Nlrp4 copies and vomeronasal 1 receptor encoding genes (V1r) have been undertaken in the mouse; and (5) duplicates of Nlrp4 and 9 in the mouse might have been subjected to adaptive evolution. Conclusion In conclusion, this study brings us novel information on the evolution of mammalian reproduction-related NLRPs. On the one hand, NLRP genes duplicated and functionally diversified in mammalian reproductive systems (such as NLRP4, 5, 9 and 14). On the other hand, during evolution, different lineages adapted to develop their own NLRP genes, particularly in reproductive function (such as the specific expansion of Nlrp4 and Nlrp9 in the mouse).

Figure également dans le rapport d'activités 2008 "Réserve de Béniguet", pour le ministère chargé de l'Environnement (MEEDDAT) et Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage (ONCF) (p.28-32); Echantillonnage standardisé des micromammifères de l'île de Béniguet. Transfert de méthode et résultats de l'année 2008

Le ragondin, rongeur semi-aquatique originaire d'Amérique du Sud, est une espèce qui, à cause de l'homme, s'est répandu dans le monde. Tout d'abord, et de nos jours encore dans sa région d'origine, élevé pour sa fourrure et sa viande, il a rapidement colonisé les nouveaux territoires où il a été introduit volontairement ou pas. Ce travail présente des éléments généraux concernant le ragondin (Myocastor coypus MOLINA) et un ensemble de clichés radiographiques et photographiques effectués sur un animal sain présentant le squelette et divers éléments de son anatomie.