Today, for most companies, institutions or any organization, the most important thing to consider is the information resource. Not far away this reality, living the Technical University of Babahoyo that it has an intranet where most activities take place and information is generated legal, administrative, academic, etc. Why this research raises the following problem to solve: How adequate topology affects the design of secure technological infrastructure and protection methods at the Technical University of Babahoyo? To address this issue, it has set several objectives of study: Identify the levels of vulnerability and threats that displays the intranet, properly use paradigms in information security, such as defense in depth model to statistically determine the irregularities, and finally make a safe design for the intranet of the Technical University of Babahoyo infrastructure. The methods and research techniques used were: Inductive-deductive and hypothetical-deductive, analytic-synthetic that allowed evaluate the research objectives and validate the following hypothesis: "The security system and infrastructure protection methods technology, favorable impact on the intranet of the Technical University of Babahoyo." The results obtained through surveys and interviews with users, administrators, teachers and authorities of the institution demonstrated that there is a 77% error in the network and services, such as Internet access registered level security hardware, software and interconnectivity users. Finally it obtained as proposed a design that will improve securities within the university network, will allow the implementation of a captive portal to ensure the entry only registered staff intranet, account creation encrypted user, securing the network against attacks malwares and viruses with network monitoring; with the use of Open Source Zentyal Linux system Ubuntu. Hoy en día para la mayor parte de empresas, instituciones o cualquier tipo de organización, el recurso más importante a considerar es la información. No muy apartada a esta realidad, vive la Universidad Técnica de Babahoyo la misma que cuenta con una intranet en la que se desarrolla la mayor parte de actividades y se genera información de índole jurídica, administrativa, académica, etc. Razón por la cual la presente investigación plantea el siguiente problema a resolver: ¿Cómo incide una adecuada topología en el diseño de infraestructuras tecnológicas seguras y métodos de protección en la Universidad Técnica de Babahoyo? Para hacer frente a esta problemática, se ha trazado varios objetivos de estudio: Identificar los niveles de vulnerabilidad y amenazas que exhibe la intranet, usar adecuadamente paradigmas en materia de seguridad informática, como el modelo de Defensa en Profundidad para determinar estadísticamente las irregularidades existentes, y finalmente efectuar un diseño de infraestructura segura para la intranet de la Universidad Técnica de Babahoyo. Los métodos y técnica de investigación que se emplearon fueron: Inductivo-deductivo, Hipotético-deductivo y el analítico-sintético, que permitieron evaluar los objetivos de investigación y validar la siguiente hipótesis: “Los sistemas de seguridad informática y los métodos de protección en infraestructuras tecnológicas, inciden favorablemente en la intranet de la Universidad Técnica de Babahoyo.” Cuyos resultados obtenidos a través de encuestas y entrevistas a usuarios, administradores, docentes y autoridades de la institución demostraron que existe un 77% de errores en la red y sus servicios, tales como: Internet, acceso de usuarios registrados, seguridad a nivel de equipos, programas e interconectividad. Finalmente se obtuvo como propuesta un diseño que mejorará las seguridades dentro de la red universitaria, permitirá la ejecución de un portal cautivo para asegurar el ingreso solo de personal registrado a la intranet, creación de cuentas de usuario encriptadas, aseguramiento de la red ante ataques de malwares y virus con un monitoreo de red; con el empleo del sistema Open Source Zentyal de Linux Ubuntu.