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18 pages, 4 figures, supplemental information https://doi.org/10.1016/j.xgen.2022.100123.-- Data and code availability: • All data our study generated are publicly available at http://www.genoscope.cns.fr/tara/. The link provides access to the 11 raw metagenomic co-assemblies, the FASTA files for 713 MAGs and SAGs, the ∼10 million protein-coding sequences (nucleotides, amino acids and gff format), and the curated DNA-dependent RNA polymerase genes (MAGs and SAGs and METdb transcriptomes). This link also provides access to the supplemental figures and the Supplemental material. Finally, code development within anvi’o for the BUSCO single copy core genes is available at https://github.com/merenlab/anvio. • Original code has been deposited at Zenodo and is publicly available. The accession number is listed in the key resources table. • Any additional information required to reanalyze the data reported in this paper is available from the lead contact upon request, Marine planktonic eukaryotes play critical roles in global biogeochemical cycles and climate. However, their poor representation in culture collections limits our understanding of the evolutionary history and genomic underpinnings of planktonic ecosystems. Here, we used 280 billion Tara Oceans metagenomic reads from polar, temperate, and tropical sunlit oceans to reconstruct and manually curate more than 700 abundant and widespread eukaryotic environmental genomes ranging from 10 Mbp to 1.3 Gbp. This genomic resource covers a wide range of poorly characterized eukaryotic lineages that complement long-standing contributions from culture collections while better representing plankton in the upper layer of the oceans. We performed the first, to our knowledge, comprehensive genome-wide functional classification of abundant unicellular eukaryotic plankton, revealing four major groups connecting distantly related lineages. Neither trophic modes of plankton nor its vertical evolutionary history could completely explain the functional repertoire convergence of major eukaryotic lineages that coexisted within oceanic currents for millions of years, Tara Oceans (which includes the Tara Oceans and Tara Oceans Polar Circle expeditions) would not exist without the leadership of the Tara Ocean Foundation and the continuous support of 23 institutes (https://oceans.taraexpeditions.org/). We thank the commitment of the following people and sponsors who made this singular expedition possible: CNRS (in particular Groupement de Recherche GDR3280 and the Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution FR2022/Tara GOSEE), the European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Genoscope/CEA, the French Ministry of Research and the French Governement ‘Investissement d’Avenir’ programs Oceanomics (ANR-11-BTBR-0008), FRANCE GENOMIQUE (ANR-10-INBS-09), ATIGE Genopole postdoctoral fellowship, HYDROGEN/ANR-14-CE23-0001, MEMO LIFE (ANR-10-LABX-54), PSL Research University (ANR-11-IDEX-0001-02) and EMBRC-France (ANR-10-INBS-02), Fund for Scientific Research—Flanders, VIB, Stazione Zoologica Anton Dohrn, UNIMIB, ANR (projects ALGALVIRUS ANR-17-CE02- 0012, PHYTBACK/ANR-2010-1709-01, POSEIDON/ANR-09-BLAN-0348, PROMETHEUS/ANR-09-PCS-GENM-217, TARA-GIRUS/ANR-09-PCS-GENM-218), EU FP7 (MicroB3/No. 287589, IHMS/HEALTH-F4-2010-261376), Genopole, CEA DRF Impulsion program, OCEANOMICS (project no. ANR-11-BTBR-0008), ERC Advanced Award Diatomic (grant agreement No 835067) to CB. The authors also thank Agnès B. and E. Bourgois, the Prince Albert II de Monaco Foundation, the Veolia Foundation, the EDF Foundation, Region Bretagne, Lorient Agglomeration, Worldcourier, Illumina, Serge Ferrari, and the Fonds Francais pour l'Environnement Mondial for support and commitment. [...] Part of the computations were performed using the platine, titane, and curie HPC machine provided through GENCI grants (t2011076389, t2012076389, t2013036389, t2014036389, t2015036389, and t2016036389, With the institutional support of the ‘Severo Ochoa Centre of Excellence’ accreditation (CEX2019-000928-S)

International audience; La flore de l’Éocène supérieur de Célas (Bassin d’Alès, France) a été étudiée d’un point de vue taxonomique et paléoclimatique. Ici, la taphonomie et la paléoécologie de ces plantes fossiles sont analysées. La localité historique de Célas n’est malheureusement plus accessible mais de nouveaux restes ont été retrouvés dans trois affleurements proches, qui apportent des précisions sur les paléoenvironnements des végétaux fossiles :1)Saint-Hyppolite-de-Caton montre des intercalations de marnes et de calcaires correspondant à une bordure de lac. Cet affleurement est dominé par des écailles de cônes et des pousses bien articulées de Doliostrobus, des pinnules de Pteris, des rhizomes de Nymphaea et des tiges de plantes hélophytes. On trouve également des feuilles entières de Comptonia schrankii, Salix et/ou Myrica. Les données taphonomiques suggèrent queles restes de Doliostrobus, de Nymphaea et des tiges de plantes hélophytes se sont déposés pratiquement sans transport au sein d’une ceinture palustre du lac. Sur les berges de cette ceinture se développaient Myrica ou Salix, Pteris et Comptonia schrankii, formant une végétation riveraine. 2) Le site de Saint-Jean-de-Ceyrargues montre des couches tabulaires de grès avec des stratifications entrecroisées et ripple-marks interprétés commedes dépôts d’embouchure d’un delta lacustre. Il contient d’abondantes feuilles entières mais aussi déchirées de Daphnogene et Laurophyllum, des costae déchirées de palmier, des feuilles entières de «Ficus» et des plantes hélophytes. Les feuilles entières de «Ficus», Daphnogene, Laurophyllum et des plantes hélophytes seraient tombées et déposées directement au bord du lac, tandis que les feuilles brisées de Daphnogene, Laurophyllumet les restes de palmier indiquent un transport fluviatile, suggérant qu’elles ont poussé en ammont, sur les berges d’une rivière. 3) Les affleurements de Saint-Jean-de-Maruéjols-et-Avéjan sont formés de marnes bitumineuses et calcaires argileux qui représentent des dépôts plus profonds de lac. Ce faciès est composé de rameaux désarticulés et d’écailles isolées de Doliostrobus, feuilles dechirées, rhizomes isolés et feuilles cassées de Nymphaea. La fragmentation significative des restes indique un long transport fluviatile suivi d’un période de flottaison dans le lac avant l’enfouissement. Par comparaison, la localité contemporaine de Sarral, en Bassin de l’Ebre, montre une ceinture palustre moins développée, sans Doliostrobus. La végétation riveraine présente certaines espèces communes (e.g. C. schranckii), et aussi des lauracées, myricacées et salicacées mais l’absence de fougères. Ces différences peuvent être liées aux conditions paléoclimatiques, beaucoup plus arides dans la localité catalane.

Chemical communication plays a major role in social interactions. Cancer, by inducing changes in body odours, may alter interactions between individuals. In the framework of research targeting non-invasive methods to detect early stages of cancer development, this study asked whether untrained mice could detect odour changes in cancerous congeners. If yes, were they able to detect cancer at an early developmental stage? Did it influence female preference? Did variations in volatile organic components of the odour source paralleled mice behavioural responses? We used transgenic mice strains developing or not lung cancer upon antibiotic ingestion. We sampled soiled bedding of cancerous mice (CC) and not cancerous mice (NC), at three experimental conditions: before (T0), early stage (T2) and late stage (T12) of cancer development. Habituation/generalisation and two-way preference tests were performed where soiled beddings of CC and NC mice were presented to wild-derived mice. The composition and relative concentration of volatile organic components (VOC) in the two stimuli types were analysed. Females did not show directional preference at any of the experimental conditions, suggesting that cancer did not influence their choice behaviour. Males did not discriminate between CC and NC stimuli at T0 but did so at T2 and T12, indicating that wild-derived mice could detect cancer at an early stage of development. Finally, although the VOC bouquet differed between CC and NC it did not seem to parallel the observed behavioural response suggesting that other types of odorant components might be involved in behavioural discrimination between CC and NC mice.

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Mechanistic models of terrestrial ectotherms predict that climate warming will induce activity restriction due to heat stress and loss of shade, leading to the extinction of numerous populations. Such models rely on the assumption that activity patterns are dictated by simple temperature thresholds independent of changes in water availability. However, changes in water availability may further influence thermoregulation behaviour of ectotherms through dehydration risk perception, changes in water balance or changes in microclimatic conditions. Here, we experimentally assess the interactive effects of thermal conditions and water availability on activity patterns, shade selection and thermoregulation efficiency in a model ectothermic species. Thermoregulation behaviour of adult common lizards Zootoca vivipara was monitored in outdoor mesocosms as we manipulated water availability, providing water as mist in the morning and free-standing water during the daytime. We recorded operative temperatures and micro-meteorological conditions to infer thermal constraints and dehydration risk. Activity and shade selection were better predicted by continuous changes in thermal conditions and dehydration risk, respectively, than by threshold functions. In addition, water supplementation increased activity in males and reduced shade selection in both sexes, most probably as a behavioural response to the perception of a stronger dehydration risk. Water supplementation also influenced the thermal quality of the environment, which in turn altered daily activity patterns and thermoregulation statistics. This demonstrates that dual effects of heat and water stress on activity patterns may lead to stronger activity restriction as a result of climate change than currently predicted.

For large mammals, area expansion is a key conservation measure to prevent species’ decline and extinction. Yet, its success depends on whether animals discover and later use these areas. Here, using GPS data, we investigated how herds of elephants detected and used an area made available to them after the removal of a fence. We studied the elephants’ behaviour before and after the fence removal, accounting for seasonal changes in movement patterns. In contrast to previous studies, herds visited the newly available area within a month of the fence removal, and the maximum distance they moved into the new area was reached between 5 and 9 months after the fence removal. Yet, elephants did not preferentially visit the new area at night. By the second year, all herds had shifted their seasonal home ranges and incorporated the new area, in contrast to a previous range expansion event. Our analyses show that the regular proximity of elephants to the original fence, and the fact that the new area was generally composed of preferred habitats of the elephants, probably explained the rapid discovery and use of the area. Our study improves our understanding of animal exploration and the role of habitat quality, and thus may improve range expansion and corridor programmes.

Rapid shifts in biotic communities due to environmental variability challenge the detection of anthropogenic impacts by current biomonitoring programs. Metacommunity ecology has the potential to inform such programs, because it combines dispersal processes with niche-based approaches and recognizes variability in community composition. Using intermittent rivers—prevalent and highly dynamic ecosystems that sometimes dry—we develop a conceptual model to illustrate how dispersal limitation and flow intermittence influence the performance of biological indices. We produce a methodological framework integrating physical- and organismal-based dispersal measurements into predictive modeling, to inform development of dynamic ecological quality assessments. Such metacommunity-based approaches could be extended to other ecosystems and are required to underpin our capacity to monitor and protect ecosystems threatened under future environmental changes.

International audience; Thanks to the development of high-throughput sequencing technologies, target enrichment sequencing of nuclear ultraconserved DNA elements (UCEs) now allows routine inference of phylogenetic relationships from thousands of genomic markers. Recently, it has been shown that mitochondrial DNA (mtDNA) is frequently se-quenced alongside the targeted loci in such capture experiments. Despite its broad evolutionary interest, mtDNA is rarely assembled and used in conjunction with nuclear markers in capture-based studies. Here, we developed MitoFinder, a user-friendly bioinformatic pipeline, to efficiently assemble and annotate mitogenomic data from hundreds of UCE libraries. As a case study, we used ants (Formicidae) for which 501 UCE libraries have been sequenced whereas only 29 mitogenomes are available. We compared the efficiency of four different assemblers (IDBA-UD, MEGAHIT, MetaSPAdes, and Trinity) for assembling both UCE and mtDNA loci. Using MitoFinder, we show that metagenomic assemblers, in particular MetaSPAdes, are well suited to assemble both UCEs and mtDNA. Mitogenomic signal was successfully extracted from all 501 UCE libraries, allowing us to confirm species identification using CO1 barcoding. Moreover, our automated procedure retrieved 296 cases in which the mitochondrial genome was assembled in a single contig, thus increasing the number of available ant mitogenomes by an order of magnitude. By utilizing the power of metagenomic assemblers, MitoFinder provides an efficient tool to extract complementary mitogenomic data from UCE libraries, allowing testing for potential mitonuclear discordance. Our approach is potentially applicable to other sequence capture methods, transcriptomic data and whole genome shotgun sequencing in diverse taxa. The MitoFinder software is available from GitHub (https://github.com/ RemiA llio/MitoF inder).

This revision of the genus Scapicoelis complements the work of Dégallier et al. (2020) and includes the description of the following new species: S. ayri n. sp., S. bichoae n. sp., S. erwini n. sp., S. gomyi n. sp., S. guyanensis n. sp., S. incognitus n. sp., S. kinitii n. sp., S. koriphensis n. sp., S. kovariki n. sp., S. lackneri n. sp., S. lagardei n. sp., S. leivasi n. sp., S. margarhetae n. sp., S. mariaeclarae n. sp., S. marinae n. sp., S. minor n. sp., S. nazareti n. sp., S. paraguayense n. sp., S. parallelus n. sp., S. pilosus n. sp., S. punctatus n. sp., S. rolandi n. sp., S. rugosifrons n. sp., S. shueyi n. sp., S. simplex n. sp., S. touroulti n. sp., S. tuberculatus n. sp. and S. unistriatus n. sp. An identification key is proposed for the thirty known species, eco-ethological data and species distribution are summarized and discussed., Cette révision du genre Scapicoelis complète le travail de Degallier et al. (2020) et s’accompagne de la description des espèces nouvelles suivantes : S. ayri n. sp., S. bichoae n. sp., S. erwini n. sp., S. gomyi n. sp., S. guyanensis n. sp., S. incognitus n. sp., S. kinitii n. sp., S. koriphensis n. sp., S. kovariki n. sp., S. lackneri n. sp., S. lagardei n. sp., S. leivasi n. sp., S. margarhetae n. sp., S. mariaeclarae n. sp., S. marinae n. sp., S. minor n. sp., S. nazareti n. sp., S. paraguayense n. sp., S. parallelus n. sp., S. pilosus n. sp., S. punctatus n. sp., S. rolandi n. sp., S. rugosifrons n. sp., S. shueyi n. sp., S. simplex n. sp., S. touroulti n. sp., S. tuberculatus n. sp. et S. unistriatus n. sp. Une clé d'identification est proposée pour les trente espèces connues, les données éco-éthologiques et la distribution des espèces sont discutées.

The stability of food webs and its relation to diversity and network complexity have been subject to a lot of attention from theoretical studies in ecology. However, those studies have been criticised for the way they represented stability, because they were mainly using stability measures that were not comparable with stability measures in experimental and observational studies. In addition, while the stability of ecosystem functioning has received strong attention in the context of plant communities, it has yet been understudied in food webs. During my Ph.D., I studied the stability of ecosystem functioning in food webs with measures that can be compared with experimental and observational studies. I first studied the temporal variability of the total biomass and its relation with diversity and food web structure. I showed that in my model diversity and synchrony were less important for the temporal stability of animal community than found previously for plant communities. I then studied the impacts of warming and eutrophication as perturbations on the functioning and stability of ecosystems. My second article focused on press (long term) perturbations. I showed that, by including nutrient dynamics and updated relations between temperature and species consumption rates, competition and inedible plants had strong impacts on ecosystem response to perturbations, leading to an absence of the paradox of enrichment and no antagonistic interactions between warming and eutrophication, as opposed to what is commonly found. Finally, I studied in my third chapter the multidimensionality of stability of ecosystems under pulse (short term) perturbations. In this model, while both perturbations had short term effects of similar amplitude, warming had stronger long-term impacts, long after the perturbation was over. Overall, my results highlight that food web complexity affects our understanding of the stability of ecosystem functioning and stability is a multidimensional concept that cannot be simplified into a single dimension., La stabilité des réseaux trophiques, et leur relation avec la diversité et la complexité des réseaux, est un sujet qui a reçu beaucoup d’attention de la part des études théoriques en écologie. Cependant, ces études ont été critiquées pour leur représentation de la stabilité, car elles utilisent des mesures de stabilité qui ne sont pas comparables avec celles des études expérimentales et d’observations. De plus, alors que la stabilité du fonctionnement des écosystèmes a été bien étudiée dans le contexte des communautés végétale, celle-ci reste encore trop peu abordée dans les réseaux trophiques. C’est dans ce contexte que s’inscrit cette thèse, où j’ai étudié la stabilité du fonctionnement des réseaux trophiques avec des mesures de stabilité applicables dans les études expérimentales et d'observations. Je me suis d’abord intéressé à la variabilité temporelle de la biomasse totale et à sa relation avec la diversité et la structure des réseaux trophiques. J'ai montré que dans mon modèle la diversité et la synchronie étaient moins importantes pour la stabilité de la communauté des animaux que ce qui avait été montré pour les plantes. J’ai ensuite étudié l’impact de perturbations de type réchauffement et eutrophisation sur le fonctionnement et la stabilité des écosystèmes. Ma deuxième étude a ainsi porté sur des perturbations de long terme (press). J’ai montré que, en incluant la dynamique des nutriments et une mise à jour récente des relations entre température et taux de consommation des espèces, la compétition et les plantes non-comestibles avaient un impact fort sur la réponse des écosystèmes aux perturbations, au point de faire disparaître le paradoxe de l’enrichissement et les interactions antagonistes entre réchauffement et eutrophisation trouvés dans d’autres études. Enfin, j’ai étudié la multidimensionnalité de la stabilité face à des perturbations de court terme (pulse) dans mon troisième chapitre. Dans mon modèle, bien que les deux types de perturbation avaient des effets sur la stabilité de même amplitude à court terme, le réchauffement avait des effets à long terme bien plus fort, longtemps après s’être arrêté. Globalement, mes résultats ont souligné que la complexité des réseaux trophiques affecte notre compréhension de la stabilité du fonctionnement des écosystèmes, et que la stabilité est un concept multidimensionnel qui ne peut pas être simplifié en une seule dimension.

This document was prepared thanks to the collective expert assessment, carried out by the Anses expert working group ‘Antimicrobial resistance and the environment’ (ANSES opinion 2016-SA-0252), chaired by Morgane Bachelot and whose active contributors are co-authors of this publication.; International audience; Antimicrobial resistance (AMR) is a major global public health concern, shared by a large number of human and animal health actors. Within the framework of a One Health approach, actions should be implemented in the environmental realm, as well as the human and animal realms. The Government of France commissioned a report to provide policy and decision makers with an evidential basis for recommending or taking future actions to mitigate AMR in the environment. We first examined the mechanisms that underlie the emergence and persistence of antimicrobial resistance in the environment. This report drew up an inventory of the contamination of aquatic and terrestrial environments by AMR and antibiotics, anticipating that the findings will be representative of some other high-income countries. Effluents of wastewater treatment plants were identified as the major source of contamination on French territory, with spreading of organic waste products as a more diffuse and incidental contamination of aquatic environments. A limitation of this review is the heterogeneity of available data in space and time, as well as the lack of data for certain sources.Comparing the French Measured Environmental Concentrations (MECs) with predicted no effect concentrations (PNECs), fluoroquinolones and trimethoprim were identified as representing high and medium risk of favoring the selection of resistant bacteria in treated wastewater and in the most contaminated rivers. All other antibiotic molecules analyzed (erythromycin, clarithromycin, azithromycin, tetracycline) were at low risk of resistance selection in those environments. However, the heterogeneity of the data available impairs their full exploitation. Consequently, we listed indicators to survey AMR and antibiotics in the environment and recommended the harmonization of sampling strategies and endpoints for analyses.Finally, the objectives and methods used for the present work could comprise a useful example for how national authorities of countries sharing common socio-geographic characteristics with France could seek to better understand and define the environmental dimension of AMR in their particular settings.

National audience

La religion correspond à ce qu’il y a de mieux et à ce qu’il y a de pire entre appel à la paix, au respect de l’autre et exclusion ou appel au meurtre au nom de Dieu. Les aspirations religieuses sont en train de muter en relation avec les sociétés, mais les systèmes religieux semblent incapables d’y répondre. Les humains ont précocement manifesté une sensibilité religieuse (pratiques funéraires, rites) et le droit à la religion revendique pour eux de s’émanciper des dogmes et des clergés.

International audience

The article deals with the genetics and dating of the larches growing at the Järvselja Centre for Learning and Experimental Forestry (N: 58º 16'; E: 27° 19') established by the University of Tartu in 1921 for student practical training needs. Prior to that, the site was owned by Kastre Manor, which founded a manorial forest management district there. The first forester of the manor (1883-1897) was Martin Maurach, who initiated the planting of the first larches there. Two Dunkeld specimens (Larix × marschlinsii) have been morphologically identified among the larches at the Centre. According to dendrologist Aleksei Paivel, the first reports of the approximately 40-year trees date from 1957-1960 [7] or the early 1960s. Their dimensions were as follows: 1) H (height) = 17.5 m, PBH (girth at breast height 1.3 m) = 154 cm; 2) H = 17 m, PBH = 138 cm [7]. The objective of the article, in addition to the morphological approach, was to genetically verify the species of the local larches and to dendrochrologically determine their ages. Altogether, eight larches were examined at Järvselja on 15-16 August 2022 (Figure 1): 1) H = 23.5 m, PBH = 285 cm; 2) H = 27.9 m, PBH = 258 cm; 3) H = 39. 4 m, PBH = 275 cm; 4) H = 37.1 m, PBH = 258 cm; 5) H = 40.6 m, PBH = 276 cm; 6) H = 23.4 m, PBH = 225 cm; 7) H = 21.2 m, PBH = 141 cm; 8) H = 22.4 m, PBH = 230 cm (below 1.3 m because of a branch). They were measured and photographed by the head of the foundation, Chief Forester Tanel Piir. According to dendrologist Heino Kasesalu, who lives at Järvselja, the morphology pointed to two Euro-Japanese larches (Nos. 1 and 2) as well as an old L. kaempferi tree (No. 3-one of Estonia's highest and thickest trees), two L. decidua's (Nos. 4 and 5) and three specimens of L. kaempferi (Nos. 6, 7 and 8). Concerning Nos. 1 and 2, dendrologist professor Endel Laas (1915-2009) wrote in 1967: "Both trees, aged approximately 40 years, are rather similar in appearance, although there are differences in cone shapes as well as other morphological features. A comparison of […….] the morphological features of individual specimens to those described by Beissner-Fitschen [...] in […] would result in the recognition of a very great similarity." [2, 5: 154]. The genetical analysis of the larches was performed on the initiative of L. E. Pâques at the laboratory of Integrated Biology for valorisation of genetic diversity of trees and forests of INRAE (Institut National de Recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement). The methodology was based on the study [1: Acheré, V., et al., 2004], which is also outlined. In 2017, four larches out of the eight at Järvselja were morphologically and genetically identified as Japanese larches (No. 3photo missing; Nos. 6, 7, 8-Photo 4). Their maternal and paternal species was Japanese larch. The remaining four specimens proved problematic due to the absence of a clear pattern for the chloroplastic marker. The larches with Euro-Japanese morphology (Nos. 1 and 2the trees in Photo 1 with young cones and in Photo 2 with old cones) were not typical Dunkeld larches. Similarly, the morphology of the European larches (No. 4photo missing, and No. 5-Photo 3, the highest larch) was not typical. Based on genetical analysis, their maternal species was Japanese larch while the second species was unidentifiable with the markers used. Indeed for the chloroplastic DNA (of male origin) marker, EL is normally distinguished from JL by the presence of a single band at 481 bp while JL has a band at 601 bp (Acheré et al. 2004). For trees 1 and 2, we found not just one band as expected but two, a case we cannot interpret at this stage (revealing an extra species. However, it is in no case a hybrid between EL & JL or in this case between JL & EL. The best scenario would have been first to get and test new samples from these trees just in case to confirm this result, but most probably this would not change the matter. Other trees, such as Nos. 4 and 5, show a similar situation. According to the dendrochronological analysis of 2008 (at the height of 1.3 m), the age of two Euro-Japanese larches (Nos. 1 and 2) could not be correctly determined as the stems were decayed on the inside. Samples could only be obtained from the years 1945-2008 and 1955-2008 (Figures 2 and 3); the trees had probably been planted in the 1920s. A morphological dating of three larches (in the figure, L. kaempferi-No. 6 = No. 1 in the figure and No. 3 = No. 2 and L. decidua-No. 4 = No. 3) (Figure 4) revealed that the younger Japanese larch (No. 6) had probably been planted in 1935 as a 1.3 m-high sapling, the older Japanese larch (No. 3)

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The study of two new scorpion specimens from Cretaceous Burmite leads to the descriptions of a new species of Cretaceoushormiops Lourenço, 2018, confirming therefore the validity of this genus, previously known by a single species. The new species shows quite distinct characters, particularly a possible majorante trichobothriotaxy. The validity of Betaburmesebuthus joergi Lourenço & Rossi, 2017 (Family Palaeoburmesebuthidae) is also confirmed and the male is characterized for the first time., L’étude de deux nouveaux spécimens de scorpions de l’ambre du Crétacé inférieur du Myanmar conduit à la description d’une nouvelle espèce de Cretaceoushormiops Lourenço, 2018 et confirme ainsi la validité de ce genre, connu auparavant par une seule espèce. La nouvelle espèce présente des caractères très distincts, notamment une trichobothriotaxie possiblement majorante. La validité de Betaburmesebuthus joergi Lourenço & Rossi, 2017 (Family Palaeoburmesebuthidae) est également confirmée et le mâle diagnostiqué pour la première fois.

Et soudain vous voilà dans la tête d'une abeille...Avez-vous déjà observé une abeille ? De près, avec attention, sans la perturber ? Vous vous êtes alors peut-être demandé ce qu'il se passait dans sa tête. A-t-elle eu peur ? Vous a-t-elle seulement remarqué ?Comme nous, les insectes ont un cerveau. Mais, à la différence du nôtre, il est minuscule. À quoi donc peut-il servir ? Les insectes sont-ils doués d'intelligence ? Ont-ils une conscience ? Un sens créatif ? Ressentent-ils des émotions ?À travers mille découvertes, anecdotes et réflexions sur les abeilles et les insectes en général, Mathieu Lihoreau révèle les capacités cognitives fascinantes de ces créatures miniatures.Bouleversant ce que nous pensions à leur sujet, ce livre incite au respect de l'infiniment petit, qui n'a de petit que sa taille !

In the context of the São Tomé and Principe project "Archipelago of Biodiversity", a research programme set up by the NGO Microland in partnership with the OPIE-Provence-Alpes-du-Sud, and in collaboration with local authorities and institutions, where a few expeditions have already been carried out since 2019. It was during one of them, in February 2019, that we discovered on the island of Sao Tomé, this cerambycid at Bom Sucesso (0°13'56'' N - 6°35'20'' E), (cover photo). We present its description as well as its picture., Dans le cadre du projet São Tomé-et-Principe « Archipel de la Biodiversité », un programme de recherche a été mis en place par l’ONG Microland, en partenariat avec l'OPIE-Provence-Alpes-du-Sud, et en collaboration avec les autorités et institutions locales. Quelques expéditions on déjà été réalisées depuis 2019. C’est lors de l’une d’elles, en février 2019, que nous avons découvert sur l’île de Sao Tomé, à Bom Sucesso (0°13’56’’ N - 6°35’20’’ E), un nouveau cérambycidé. Nous présentons sa description ainsi que sa photo.

The One Health concept initiated at the beginning of the century as the “One World One Health” initiative, has many roots historically and has been given plenty of definitions and populates a constellation of related concepts (ecohealth, planetary health, global health, environmental health, etc.). It has gained momentum with the increasing frequency of disease emergence and pandemics and the failure of traditional public health approach and biosecurity to prevent them. This had led WHO, WOAH, FAO and UNEP to jointly propose a “new definition (of One Health) for a sustainable and healthy future” (OHHLEP et al., 2022). However, there is still a long road ahead to fully integrate the multiple disciplines and concepts, to organize governance making their implementation possible in the field, and to subsequently mobilize sufficient manpower and appropriate funding (Destoumieux-Garzón et al., 2018; Giraudoux et al., 2022). Here we discuss the challenges posed by the increasing emergence of human, animal and ecosystem health issues and how a nexus approach of those issues is necessary (see IPBES (2020) and ongoing nexus assessment 2022-2024, IPBES (2019)). This applies to a large number of human health issues in the African Great Rift, those known (e.g. Ebola disease, Monkeypox, Malarias, Cholera, Echinococcoses, etc.) as well as those still unknown and incubating, whose origin and expansion combine with the deterioration of local socioecosystems.Destoumieux-Garzón, D., Mavingui, P., Boetsch, G., Boissier, J., Darriet, F., Duboz, P., Fritsch, C., Giraudoux, P., Le Roux, F., Morand, S., Paillard, C., Pontier, D., Sueur, C., Voituron, Y., 2018. The One Health Concept: 10 Years Old and a Long Road Ahead. Front. Vet. Sci. 5. https://doi.org/10.3389/fvets.2018.00014Giraudoux, P., Besombes, C., Bompangue, D., Guégan, J.-F., Mauny, F., Morand, S., 2022. One Health or One Health washing: an alternative more than ever to overcome. CABI One Health 1–4. https://doi.org/10.1079/cabionehealth20220006IPBES, 2020. Workshop Report on Biodiversity and Pandemics of the Intergovernmental Platform on Biodiversity and Ecosystem Services. IPBES, Bonn, Germany. https://doi.org/10.5281/zenodo.4147317IPBES, 2019. Nexus assessment [WWW Document]. IPBES Secr. URL https://ipbes.net/node/35931 (accessed 9.15.22).OHHLEP, Adisasmito, W.B., Almuhairi, S., Behravesh, C.B., Bilivogui, P., Bukachi, S.A., Casas, N., Becerra, N.C., Charron, D.F., Chaudhary, A., Zanella, J.R.C., Cunningham, A.A., Dar, O., Debnath, N., Dungu, B., Farag, E., Gao, G.F., Hayman, D.T.S., Khaitsa, M., Koopmans, M.P.G., Machalaba, C., Mackenzie, J.S., Markotter, W., Mettenleiter, T.C., Morand, S., Smolenskiy, V., Zhou, L., 2022. One Health: A new definition for a sustainable and healthy future. PLOS Pathog. 18, e1010537. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1010537

Dans cette étude, nous avons cherché à identifier les déterminants des abondances de bioagresseurs à l’échelle nationale, en mobilisant les données EPIPHYT, collectées dans le cadre du BSV, Bulletin de Santé du Végétal. Les niveaux d’occurrence de trois types de bioagresseurs (les limaces, les pucerons des céréales, et les ravageurs du colza) ont été analysées pour l’année 2018 afin d’identifier le poids relatif du climat et du paysage dans leurs niveaux d’occurrence, au grain spatial de la Petite Région Agricole (PRA). Les données de paysage ont été générées par agrégation de plusieurs bases de données d’occupation du sols (BD TOPO, RPG, OSO). L’approche statistique utilisée est une analyse par modèles linéaires généralisés moyennés (model averaging avec GLMM). La proportion moyenne d’occurrence par PRA était de 0,17 pour les limaces, de 0,25 pour les pucerons des céréales et de 0.61 pour les ravageurs du colza. Dans le cas des limaces et des ravageurs du colza, le climat avait un pouvoir explicatif prépondérant par rapport au paysage, alors que climat et paysage avait le même poids explicatif de la proportion d’occurrence des pucerons des céréales. Les limaces étaient favorisées par des températures hivernales élevées, une forte humidité du sol et une quantité élevée de haies dans le paysage, et défavorisées par de fortes précipitations hivernales. Les pucerons des céréales et les ravageurs du colza étaient défavorisés par la proportion de prairies dans le paysage. Contrairement à nos attentes, aucun effet de la proportion de culture hôte des ravageurs étudiés ni de la proportion de cultures en agriculture biologique n’a été identifié.

The author analyzes the validity of the synonymies of the Polistinae taxa recorded in metropolitan France. The following taxa are considered as nomina dubia : Vespa bimaculata Geoffroy in Fourcroy, 1785 ; Vespa nimpha Christ, 1791 ; Polistes italica Herrich-Schäffer, 1841 ; Polistes pectoralis « Meg. » Herrich-Schäffer, 1841 ; Polistes gallica var. lefebvrei Guérin-Méneville, 1844 ; Polistes maculatus (Derv.) Rudow, 1889 ; Polistes gallicus var. rufescens Buysson, 1912 ; Polistes gallica pacifica Weyrauch, 1939. Polistes opinabilis Kohl, 1898 turns out to be the earliest available name for Polistes nimpha auctorum. A catalog of the synonymies of the different species of the subgenus Polistes is provided., L’auteur analyse la validité des synonymies des taxons de Polistinae cités de France métropolitaine. Les taxons suivants sont considérés comme des nomina dubia : Vespa bimaculata Geoffroy in Fourcroy, 1785 ; Vespa nimpha Christ, 1791 ; Vespa diadema Latreille, 1802 ; Polistes italica Herrich- Schäffer, 1841 ; Polistes pectoralis « Meg. » Herrich-Schäffer, 1841 ; Polistes gallica var. lefebvrei Guérin- Méneville, 1844 ; Polistes maculatus (Derv.) Rudow, 1889 ; Polistes gallicus var. rufescens Buysson, 1912 ; Polistes gallica pacifica Weyrauch, 1939. Polistes opinabilis Kohl, 1898 s’avère être le plus ancien nom disponible pour désigner Polistes nimpha auctorum. Un catalogue des synonymies des différentes espèces du sous-genre Polistes est fourni.

Notes on Anobrium fasciatum Galileo & Martins, 2002 are provided and the type locality is discussed, as well as the identity of a paratype. The sex of the holotype of Anobrium fraterculum Galileo & Martins, 2002 is corrected, and notes on morphological information in the original description are provided. Morphological variation in Anobrium simplicis Galileo & Martins, 2002 is reported and a new country record is added. The identity of the holotype of Anobrium luridum (Breuning, 1940) is discussed. We provide better photos of the holotypes of A. punctatum Galileo & Martins, 2002, and A. minimum Martins, Galileo & Limeira-de-Oliveira, 2009., Des données sur Anobrium fasciatum Galileo & Martins, 2002 sont fournies et la localité type est discutée, ainsi que l'identité d'un paratype. Le sexe de l'holotype d'Anobrium fraterculum Galileo & Martins, 2002 est corrigé et des notes sur les informations morphologiques de la description originale sont fournies. Les variations morphologiques chez Anobrium simplicis Galileo & Martins, 2002 est signalée et un nouveau signalement national est ajouté. L'identité de l'holotype d'Anobrium luridum (Breuning, 1940) est discutée. Nous fournissons de meilleures photos des holotypes de A. punctatum Galileo & Martins, 2002, et A. minimum Martins, Galileo & Limeira-de-Oliveira, 2009.

La sélection génomique (SG) est une technologie véritablement disruptive pour l’amélioration, capable d'apporter des prédictions précises à des stades très précoces, et potentiellement sur un grand nombre de candidats. La révolution qui s'est déjà opérée chez les bovins et certaines espèces de grandes cultures pourrait aussi changer la donne pour les espèces pérennes aux cycles très longs comme les arbres forestiers. Dans cette présentation, nous passerons en revue la plupart des études récentes sur la SG des arbres forestiers dans le monde. Bien que la plupart des cas montrent des prédictions de qualité au moins aussi bonnes que celles qui suivent un schéma traditionnel basé sur le pedigree, ils considèrent encore un échantillon relativement réduit des espèces les plus diffusées, et concernent encore des études de preuve de concept, avec peu d'implémentations à grande échelle et en routine. Nous présenterons quelques statistiques clés issues de cette revue, qui donnent une image générale de la GS pour les arbres à l'heure actuelle. Nous nous concentrerons ensuite sur la GS dans nos espèces, celles pour lesquelles l'INRAE gère un programme de sélection, le peuplier et le pin maritime notamment. Bien que ces dernières initiatives soient représentatives de ce qui a été montré dans la revue précédente, elles développent quelques approches originales dans le contexte forestier qui seront brièvement expliquées : l'incorporation de co-variables environnementales et l'utilisation d'autres omiques. La présentation abordera ensuite certains nouveaux développements qui vont très certainement stimuler la GS dans les prochaines années, notamment l'utilisation du phénotypage systématique et de la télédétection, qui sont probablement aussi disruptives, sinon plus, que la GS.

International audience

Par son usage de plus en plus systématique par le législateur, la performance environnementale s’impose comme un nouveau paradigme des politiques agricoles. Saisi par la logique de performance, le droit s’en empare également pour transformer ses raisonnements et ses outils. Au niveau macro-juridique, d’une part, la notion sert désormais de boussole guidant les autorités dans la manière de produire le droit rural. Au niveau micro-juridique, d’autre part, la performance dessine un nouvel horizon normatif pour les entreprises agricoles.

Le peuple Bale comme tout autre peuple a une histoire. Son récit, ici retracé, ne présente qu’une vue plus au moins générale de son histoire, afin d’apporter aux lecteurs de tout bord une connaissance pouvant lui permettre de se faire une idée concise sur l’homme bale. Nous avons donc identifié le Bale de par son histoire, le situant dans son emplacement géographique dans le temps ancien et actuel, distinguant les différentes variations dialectiques qu’a subi sa langue, le « baledha », suite aux mouvements migratoires intenses, présenté l’organisation politico-administrative de sa société antique et les changements qu’elle a connus sous l’influence du régime colonial ainsi qu’au lendemain de l’indépendance des Etats africains, circonscrit le social dans lequel s’est encré sa culture, l’impact économique de ses activités ainsi que ses croyances et sa religion.Sans avoir la prétention d’avoir épuisé le contenu de l’histoire Bale, nous croyons que l’homme Bale a un passé profond dont le détail est susceptible d’être l’objet d’une étude plus élaborée et thématique à entreprendre, afin d’en constituer une encyclopédie.Enfin, nous avons l’assurance d’avoir donné un outil d’intérêt pédagogique, de recherche et d’information générale et croyons avoir répondu à la préoccupation de ceux qui en feront bon usage.

A new treehoppers species of the genus Centronodus is described from French Guiana: Centronodus prasinatus n. sp.. The holotype is deposited at the Muséum nationale d'Histoire naturelle (France, Paris). This new species is similar to C. denticulus and C. magnificus, but differs in having a large greenish patch on the posterior part of the pronotum and a more pronounced antero-dorsal process, elevated in a tooth almost as high as the main dorsal lobe. Three other Centronodus are reported from French Guiana: C. bilobatus Barreira & Sakakibara, 2001, C. intermedius Fonseca, 1974 and C. rochalimai Fonseca, 1940. Examination of wing venation shows that the number of discoidal and apical cells in Centronodus is variable within a species, and even within the same individual between the left and right wings., Une nouvelle espèce de membracide du genre Centronodus est décrite de Guyane française : Centronodus prasinatus n. sp.. L'holotype est déposé au Muséum nationale d'Histoire naturelle (France, Paris). Cette nouvelle espèce se rapproche de C. denticulus et C. magnificus par son aspect général, mais s'en différencie par sa grande tache verdâtre dans la partie postérieure du casque et une projection dorsale antérieure plus prononcée, élevée en une dent presque aussi haute que le lobe dorsal principal. Trois autres Centronodus sont signalés de Guyane : C. bilobatus Barreira & Sakakibara, 2001, C. intermedius Fonseca, 1974 et C. rochalimai Fonseca, 1940. L'examen de la nervation alaire montre que chez les Centronodus le nombre de cellules discoïdales et apicales est variable au sein d'une même espèce, mais aussi au sein d'un même individu entre l'aile gauche et l'aile droite.

Euthycaelus janae sp. nov. is described from Pebas, Peru based on a holotype female in the Natural History Museum, London, simultaneously constituting the first record of the subfamily Schismatothelinae Guadanucci, 2014 in Peru., Euthycaelus janae sp. nov. est décrite de Pebas, au Pérou, sur la base d'une femelle holotype au Muséum d’Histoire Naturelle de Londres, constituant simultanément la première mention de la sous-famille des Schismatothelinae Guadanucci, 2014 au Pérou.

In this paper, we consider a reduced model of anaerobic digestion with recycling between organic matter and organic acid. The model is a four-dimensional system of ordinary differential equations. With the same removal rates, we give a complete analysis for the existence and local stability of all steady states of the system. We show that the model can have at most four steady states where a positive steady state is unique and is stable when it exists. To describe how the system behaves according to the control parameters represented by the dilution rate and the input concentration of the substrate, we determine theoretically the operating diagram by plotting the various conditions of existence and stability. We show that the steady states can bifurcate only through transcritical bifurcations. On the other hand, we determine the rate of biogas produced in each steady state according to the regions of the operating diagram.

This paper is a translation by P. Jarne of an opinion paper published in the 'Regards sur la biodiversité" (Views on biodiversity) of the Web site of the SFE2 (French society for ecology and evolution) in January 2022. It should be cited as:Jarne P. At the border between ecology and evolution. English translation of “Jarne P. 2022. A la frontière entre écologie et evolution. Regards sur la Biodiversité RO18, SFE2 - https://sfecologie.org/regard/ro18-jan-2022-ph-jarne-frontiere-ecologie-evolution/”.

Four new species of Acanthocinini are described from Ecuador: Atrypanius rogueti sp. nov.; Eleothinus latus sp. nov.; Sternacutus latens sp. nov.; and Sternacutus brunneus sp. nov. The type locality of Atrypanius irrorellus Bates, 1885 is discussed, and new state and country records are provided. Variation in the pattern of pronotal and elytral pubescence in Leptocometes brevicornis Vlasak, Santos- Silva & Nascimento, 2020 is reported., Quatre nouvelles espèces d’Acanthocinini sont décrites d’Equateur : Atrypanius rogueti sp. nov., Eleothinus latus sp. nov., Sternacutus latens sp. nov. et Sternacutus brunneus sp. nov. La localité typique d’Atrypanius irrorellus Bates, 1885 est discutée, et de nouvelles citations pour de nouveaux états et de nouveaux pays sont données. Des variations de pubescence sur le pronotum et les élytres chez Leptocometes brevicornis Vlasak, Santos-Silva & Nascimento, 2020 sont reportées.

Caves are home to unique and fragile biotas with high levels of endemism. However, little is known about how the biotic colonization of caves has developed over time, especially in caves from middle and low latitudes. Subtropical East Asia holds the world's largest karst landform with numerous ancient caves, which harbor a high diversity of cave-dwelling organisms and are regarded as a biodiversity hotspot. Here, we assess the temporal dynamics of biotic colonization of subtropical East Asian caves through a multi-taxon analysis with representatives of green plants, animals, and fungi. We then investigate the consequences of paleonviromental changes on the colonization dynamics of these caves in combination with reconstructions of vegetation, temperature, and precipitation. We discover that 88% of cave colonization events occurred after the Oligocene-Miocene boundary, and organisms from the surrounding forest were a major source for subtropical East Asian cave biodiversity. Biotic colonization of subtropical East Asian caves during the Neogene was subject to periods of acceleration and decrease, in conjunction with large-scale, seasonal climatic changes and evolution of local forests. This study highlights the long-term evolutionary interaction between surface and cave biotas; our climate-vegetation-relict model proposed for the subtropical East Asian cave biota may help explain the evolutionary origins of other mid-latitude subterranean biotas.

60% des Français ne peuvent plus observer les étoiles depuis chez eux. Mais lutter contre la pollution lumineuse ne se résume pas à éteindre les 11 millions de lampadaires allumés chaque nuit. La question est complexe, elle soulève des enjeux économiques et sécuritaires. Imagine-t-on des rues non éclairées la nuit ?

Depuis des temps immémoriaux, les communautés côtières pratiquent une pêche active aux poissons, notamment migrateurs (appelés poissons amphihalins), au sein des estuaires du nord de l’Europe. Un véritable système sociotechnique s’est ainsi mis en place, allant de l’osiériculture jusqu’à la consommation de poissons, en passant par la vannerie et la pêche. Une enquête ethnographique a été conduite auprès des derniers pêcheurs-vanniers de la Basse-Loire et une comparaison a été menée avec d’autres territoires européens, à la recherche des derniers artisans fabriquant et employant encore des nasses d’estuaire, à la vannerie bien particulière, puisque devant résister aux marées, aux tempêtes et aux salinités fluctuantes. Ces pratiques sont partout en voie d’extinction, menacées à la fois par des contraintes réglementaires, des changements environnementaux et le désintérêt des nouvelles générations, et ce malgré leur caractère soutenable vis-à-vis de l’écosystème.

National audience

The species closely related to Acalolepta permutans (Pascoe, 1857) are analysed. Orsidis semisericeus Pic, 1935 is considered a subspecies of Acalolepta permutans (Pascoe, 1857) resulting in the following new status: Acalolepta permutans semisericea (Pic, 1935). The following taxa are all considered new synonyms of A. permutans semisericea: Dihammus mutans Breuning, 1938, Acalolepta pseudospeciosa Breuning, 1965, Cypriola permutans occidentalis Breuning, 1958 and Acalolepta paraspeciosa Breuning, 1982., Les espèces étroitement apparentées à Acalolepta permutans (Pascoe, 1857) sont étudiées. Orsidis semisericeus Pic, 1935 est considéré comme une sous-espèce d'Acalolepta permutans (Pascoe, 1857) comme suit : Acalolepta permutans semisericea (Pic, 1935) n. status. Les taxons suivants sont tous considérés comme synonymes plus anciens d’Acalolepta permutans semisericea : Dihammus mutans Breuning, 1938, Acalolepta pseudospeciosa Breuning, 1965, Cypriola permutans occidentalis Breuning, 1958 et Acalolepta paraspeciosa Breuning, 1982.

A l’aide de clés de détermination simples et de cartes mentales, l’utilisateur de ce guide pratique pourra facilement identifier le test adéquat pour ses données en biologie et en écologie.Ce guide pratique de Biostatistique permet de choisir le test adapté au cas rencontré par l'étudiant ou l'enseignant en biologie. Il comporte plusieurs originalités majeures, notamment, la présentation des différentes étapes pour le choix et la conduite de tests statistiques pertinents, une adaptation du traitement des données sous R. Il inclut, à la fin de chaque chapitre, un arbre décisionnel des tests et des exercices choisis à partir de données biologiques et écologiques réelles tirées de la littérature et d’articles scientifiques des auteurs. Une bibliographie récente et un glossaire des termes utilisés complètent le guide et permettent à l’utilisateur d’approfondir certains aspects du traitement des données qu’il souhaite analyser

Major rivers freshwater and sediment discharges strongly affect biodiversity and functioning of coastal marine ecosystems. They define marine regions influenced by continental inputs and high sedimentation rates (River-dominated Ocean Margins, or RiOMar), which are associated with benthic communities and biogeochemical processes whose functioning vary according to the temporal dynamics of particulate fluxes and the interaction of these latter with hydrodynamics. The West Gironde Mud Patch (WGMP) constitutes a pertinent model for this type of systems since it is the main preferential depositional area for particles from the Gironde estuary, and is located in a high-energy environment. Although its past and present sedimentary dynamics have been the subject of many studies, the analysis of the characteristics of its surface sediments in relation to organic matter, and of its biological compartment has been largely neglected. This thesis is aiming at better describing and understanding the spatio-temporal structure of the WGMP benthic ecosystem through the study of the sedimented particulate organic matter (POM) and the composition and activity of benthic macrofauna. A comparison is also achieved with the Rhône prodelta (RP)system, which has already been extensively studied. Although also characterized as a temperate area RiOMar, the RP differs from the WGMP both by the more pronounced seasonality of fluvial inputs and by the lower intensity of hydrodynamics in the receiving area. One synoptic (June 2018, 32 stations) and 4 seasonal (5 stations along an inshore-offshore gradient, October 2016-April 2018) sampling cruises were conducted in the WGMP under contrasting flow and hydrodynamics conditions. A wide range of parameters was measured: (1) surface sediment characteristics (grain size, sediment surface area, quantitative and qualitative descriptors of POM), (2) benthic macrofauna composition, and (3) biological activity traces (Sediment Profile Imaging). Based on the analysis of the spatial distribution of these parameters, my results confirm the WGMP subdivision into a proximal and a distal area, which had already been observed by sedimentological studies. They show the existence of marked gradients (i.e., between proximal and distal areas, and within the distal area) for most of the assessed parameters. The analysis of the correlation between these spatial changes and those of several controlling factors suggests the predominant role of hydrodynamics compared to Gironde estuary flow and bottom trawling. My results also show the evidence of significant temporal changes, with a seasonal component related to the spring bloom, overlaid with an inter-annual trend between 2016 and 2018 for the benthic macrofauna composition. In the latter, and for the 3 stations already sampled in 2010, my results finally point to the existence of major temporal changes between 2010 and 2016-2018. These changes are attributed to the succession of exceptionally severe storms that occurred during the 2013/2014 winter, which are suspected to have profoundly disturbed the WGMP benthic ecosystem and initiated a cicatrization sequence. Overall, an important distinction with the RP relates to the major role of hydrodynamics (i.e., compared to riverine inputs) in controlling the spatio-temporal structuration of the studied parameters. This difference tends to validate the transposition to temperate areas of the current RiOMar typology, which has been established on biogeochemical grounds and mostly based on the study of tropical and subtropical systems., Les grands fleuves influencent fortement certaines régions côtières (i.e., les Riverdominated Ocean Margins, ou RiOMar), qui présentent de forts taux de sédimentation et auxquelles sont associés des communautés benthiques et des processus biogéochimiques dont le fonctionnement varie en fonction de la dynamique temporelle des flux particulaires et de leur interaction avec l'hydrodynamisme. La Vasière Ouest-Gironde (VOG) constitue un modèle pertinent pour ce type de systèmes puisqu’elle constitue la principale zone de dépôt primaire des particules issues de l'estuaire de la Gironde, et qu’elle est située dans un environnement hautement énergétique. Bien que sa dynamique sédimentaire ait fait l’objet de nombreux travaux, l’étude des caractéristiques (dont la matière organique associée) des sédiments superficiels, et de la macrofaune benthique y a été jusqu'à présent négligée. L’objectif de cette thèse consiste à mieux décrire la structuration spatio-temporelle de l’écosystème benthique de la VOG, via l’étude de la matière organique particulaire (MOP) sédimentée ainsi que de la composition de la macrofaune benthique et de son activité. Une comparaison a par ailleurs été effectuée avec le prodelta du Rhône qui a déjà beaucoup été étudié. Bien qu’également situé en zone tempérée, celui-ci diffère en effet de la VOG à la fois par la saisonnalité plus marquée des apports fluviaux ainsi que par la plus faible intensité de l'hydrodynamisme dans la zone réceptrice. Une campagne synoptique (juin 2018, 32 stations) et 4 campagnes saisonnières (5 stations le long d’un gradient côte-large, octobre 2016-avril 2018) ont été réalisées sur la VOG dans des conditions de débits et d’hydrodynamisme contrastées. Une large gamme de paramètres a été mesurée : (1) caractéristiques des sédiments superficiels (granulométrie, surfaces spécifiques, descripteurs quantitatifs et qualitatifs de la MOP), (2) composition de la macrofaune, et (3) traces d’activité biologique (imagerie de profils sédimentaires). Sur la base de l’analyse de la distribution spatiale de ces paramètres, les résultats obtenus confirment la subdivision de la VOG en une zone proximale et une zone distale qui avait déjà été mise en évidence par des études sédimentologiques. Ils montrent l’existence de gradients de profondeur (i.e., entre zones proximale et distale et à l’intérieur de la zone distale) marqués pour la plupart de ces paramètres. L’analyse des corrélations entre ces variations spatiales et celles de plusieurs facteurs de contrôle potentiels suggère le rôle prédominant de l’hydrodynamisme comparé à celui du débit de la Gironde et du chalutage de fond. Mes résultats montrent également l’existence de variations temporelles dont la composante saisonnière est liée à l’efflorescence printanière, et à laquelle se superpose une tendance interannuelle entre 2016 et 2018 pour la composition de la macrofaune benthique. Dans le cas de cette dernière, et pour les 3 stations déjà échantillonnées en 2010, mes résultats montrent enfin l’existence d’importants changements temporels entre 2010 et 2016-2018. Ces changements sont attribués à la succession de tempêtes exceptionnelles intervenues durant l’hiver 2013/2014, qui aurait profondément perturbé l’écosystème benthique de la VOG et initié une séquence de cicatrisation. De manière générale, une différence importante avec le prodelta du Rhône réside dans le rôle majeur joué par l’hydrodynamisme (i.e., par rapport aux apports fluviaux) dans le contrôle de la structuration spatio-temporelle des paramètres étudiés. Cette différence tend à valider la transposition aux zones tempérées de la typologie des RiOMar jusqu’ici établie sur des bases biogéochimiques et principalement à partir d’exemples tropicaux et subtropicaux.

International audience; Due to the consequences of human activities, maintaining biodiversity has recently become a major concern, especially among western countries. Maintaining biodiversity means protecting natural habitats, but also facilitating biodiversity circulation since human activities impede biodiversity circulation in fragmented habitats (Foley et al., 2005; Newbold et al., 2015). Habitat restoration is one of the major responses put forward to mitigate the ongoing biodiversity crisis, but is also presented as a means to alleviate the growing climatic stresses caused by climate change. Concerning plant communities, restoration can be achieved through two mediums : soil seedbank and seed dispersal.Agroecosystems are interesting zones for restoration projects because they represent an major land use which grows every year, and because they are often surrounding or in contact to natural habitats. Increasing the biodiversity inside agroecosystems has recently gained interest thanks to the growing literature describing the ecosystem services it can provide (Petit et al., 2010; Wezel et al., 2014 ; Gaba et al., 2017 ; Garcia et al., 2018).By studying seedbank dynamics and seed dispersal by water in vineyards located in the south of France, we aim to assess the potential benefits of keeping the inter-rows vegetated around the year, and to this extent we want to caracterize plant communities inside and outside our vineyards, as well as build a frame of reference concerning biodiversity circulation inside and between Mediterranean vineyards.

A third species of the genus Oceanomegopis Komiya & Drumont, 2009, also endemic from New-Caledonia, is described: Oceanomegopis doensis n. sp., Une troisième espèce du genre Oceanomegopis Komiya & Drumont, 2009, également endémique de la Nouvelle-Calédonie, est décrite : Oceanomegopis doensis n. sp.

National audience; Jusqu’à présent, les politiques de préservation de l’environnement nocturne peinent à saisir l’ensemble des effets négatifs de la lumière artificielle nocturne (ALAN). La question de la qualité de l’environnement nocturne n’est ainsi que partiellement traitée. D’une part, les enjeux liés à l’efficience énergétique des systèmes techniques d’éclairage et à la qualité du ciel étoilé occultent quasi systématiquement les enjeux écologiques et sanitaires de la préservation de l’obscurité. D’autre part, un fossé considérable persiste entre des solutions de mitigation technique à l’échelle locale et la mise en œuvre, à des échelles plus larges, de zonages construits par et pour des labels de qualité du ciel étoilé. Mais, liée à l’exceptionnalité de la voûte céleste, la logique de ces labels ignore les espaces et les nuits ordinaires. Pour combler ce fossé, le concept de ‘réseau écologique sombre’ émerge. Il place la préservation de la biodiversité ordinaire au premier plan de la lutte contre la pollution lumineuse en intégrant les dynamiques nocturnes des processus écologiques multiscalaires et multi-niveaux dans la planification de la conservation de la biodiversité. La traduction pratique de ce concept et son ancrage dans les territoires nécessitent donc l’articulation des échelles et niveaux de l’action. Cette ‘territorialisation’, comprise comme un processus d’objectivation située, cherche à produire les connaissances utiles à la préservation de l’environnement nocturne. Celle-ci requiert donc la structuration d’une recherche interdisciplinaire portant attention aux multiples usages humains et non humains des espaces-temps nocturnes ou, en d’autres termes, la structuration d’une écologie globale de l’environnement nocturne.C’est pour accompagner cette territorialisation de la préservation de l’environnement nocturne que nous mettons en œuvre l'Observatoire de l’environnement nocturne, qui succède au Collectif Renoir (Ressources environnementales nocturnes et territoires) et poursuit le travail collaboratif engagé depuis 2013 par ce groupe pluridisciplinaire de chercheurs et praticiens autour de la thématique de la préservation et de la valorisation de l’environnement nocturne. Conçu comme un dispositif d’observation, d’étude, mais aussi de modélisation et d’expérimentation, l’Observatoire de l’environnement nocturne vise à répondre à des questionnements sociaux, écologiques et sanitaires. Également orienté vers l’action, il accompagne la fabrique des politiques locales consacrées à l’environnement nocturne (éducation et formation aux enjeux de réduction de l’empreinte lumineuse et de valorisation de la ressource obscurité). L’Observatoire de l’environnement nocturne est un dispositif soutenu par le CNRS.