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Dissertação apresentada para a obtenção do grau de Mestre em Ciências da Educação, área de Pedagogia na Saúde, 1996 Submitted by Biblioteca FPIE-ULisboa (bibliorul@fpie.ulisboa.pt) on 2018-03-20T16:05:35Z No. of bitstreams: 2 ulfp007039_tm_tese.pdf: 3866199 bytes, checksum: 473f48848e9d32e1f40a579b8f7aa9c0 (MD5) ulfp007040_tm_anexos.pdf: 2939965 bytes, checksum: 5eafa63cfd815fce6d0bbb68d3785a44 (MD5) Made available in DSpace on 2018-03-20T16:07:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 ulfp007039_tm_tese.pdf: 3866199 bytes, checksum: 473f48848e9d32e1f40a579b8f7aa9c0 (MD5) ulfp007040_tm_anexos.pdf: 2939965 bytes, checksum: 5eafa63cfd815fce6d0bbb68d3785a44 (MD5) Previous issue date: 1996

Understanding patterns of population differentiation and gene flow in insect vectors of plant diseases is crucial for the implementation of management programs of disease. We investigated morphological and genome-wide variation across the distribution range of the spittlebug Philaenus spumarius (Linnaeus, 1758) (Hemiptera, Auchenorrhyncha, Aphrophoridae), presently the most important vector of the plant pathogenic bacterium Xylella fastidiosa Wells et al., 1987 in Europe. We found genome-wide divergence between P. spumarius and a very closely related species, P. tesselatus Melichar, 1899, at RAD sequencing markers. The two species may be identified by the morphology of male genitalia but are not differentiated at mitochondrial COI, making DNA barcoding with this gene ineffective. This highlights the importance of using integrative approaches in taxonomy. We detected admixture between P. tesselatus from Morocco and P. spumarius from the Iberian Peninsula, suggesting gene-flow between them. Within P. spumarius, we found a pattern of isolation-by-distance in European populations, likely acting alongside other factors restricting gene flow. Varying levels of co-occurrence of different lineages, showing heterogeneous levels of admixture, suggest other isolation mechanisms. The transatlantic populations of North America and Azores were genetically closer to the British population analyzed here, suggesting an origin from North-Western Europe, as already detected with mitochondrial DNA. Nevertheless, these may have been produced through different colonization events. We detected SNPs with signatures of positive selection associated with environmental variables, especially related to extremes and range variation in temperature and precipitation. The population genomics approach provided new insights into the patterns of divergence, gene flow and adaptation in these spittlebugs and led to several hypotheses that require further local investigation.

Dissertação de mestrado em Biologia Humana e Ambiente, apresentada à Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, 2015. Trabalho de investigação desenvolvido no Laboratório de Proteómica do Instituto Ricardo Jorge. Deborah Penque (orientadora), Fátima Vaz (co-orientadora) - Laboratório de Proteómica do Departamento de Genética Humana do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge I.P.; Maria Teresa Rebelo (orientadora interna) - Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa. [PT] A Síndrome da Apneia Obstrutiva do Sono (SAOS) é um distúrbio respiratório muito prevalente na população em geral, com graves repercussões na saúde e na qualidade de vida dos doentes. A Proteómica tem vindo a ser aplicada no estudo da SAOS na pesquisa de novos biomarcadores de diagnóstico, prognóstico, monitorização e/ou alvo terapêutico para esta doença. Estudos preliminares realizados no Laboratório de Proteómica do INSARJ revelaram a existência de proteínas diferencialmente moduladas em glóbulos vermelhos (GVs) de doentes com SAOS comparados com roncadores simples. Algumas destas proteínas, como a catalase (CAT) e a peroxiredoxina 2 (Prx2), estão envolvidas em processos antioxidantes, e este mecanismo parece estar significativamente comprometido nos doentes com SAOS. O principal objectivo deste trabalho foi a validação da CAT e da Prx2 por técnicas ortogonais à Proteómica, como o western blotting (WB) e/ou por estudos de cinética enzimática em amostras de GVs de doentes com SAOS, antes e após seis meses de tratamento CPAP (Continuous Positive Airway Pressure), e em indivíduos roncadores simples como controlos. Dois tipos de amostras de GVs foram avaliadas por doente, amostra recolhida no final da tarde antes do exame de polissonografia – PSG (denominadas de “Noite”) e amostra recolhida na manhã seguinte ao exame (denominadas de “Manhã”). Após tratamento CPAP, apenas as amostras de GVs “Manhã” foram preparadas e, portanto, consideradas no estudo. O estudo da CAT, por cinética enzimática, revelou que a actividade da CAT é significativamente menor nos GVs “Manhã” em comparação com as amostras “Noite”, sejam de doentes SAOS ou de controlos (Anova p

Dissertação para obtenção do grau de Mestre no Instituto Universitário Egas Moniz Na presente dissertação, desenvolveu-se um estudo sobre a pré-colonização e oviposição de dípteros primários de cadáveres durante o período diurno e noturno, realizado inicialmente na Faculdade de Ciências de Lisboa (FCUL) e posteriormente no Instituto Universitário Egas Moniz (IUEM), entre dezembro e janeiro de 2019, e entre julho e setembro de 2020, respetivamente. Na FCUL realizou-se um ensaio preliminar que visou coletar dípteros colonizadores primários atraídos para armadilhas iscadas com fígado de porco, para proceder à identificação das espécies mais abundantes na região da Grande Lisboa que devido à pandemia Covid19 apenas decorreu no Outono. No IUEM foram realizados seis ensaios para estudar a pré-colonização e oviposição de dípteros colonizadores primários que englobaram os períodos diurnos e noturnos, a diferentes temperaturas. Nestes ensaios, os dados meteorológicos e os registos fotográficos foram realizados com o auxílio do aparelho meteorológico Weather Station PCEFWS 20 e a câmara Wingscapes® TimelapseCam Pro WCT00126, respetivamente. Os espécimes foram recolhidos, identificados e preservados em álcool a 70%. Não foi registada atividade noturna por parte dos dípteros colonizadores primários, mas apenas de uma família de dípteros não identificada, quando a temperatura média noturna foi de 26°C entre as 22h de 16 de julho de 2020 e as 7h de dia 17 de julho de 2020. Durante os estudos diurnos, verificou-se a presença maioritária da espécie Lucilia sericata (Meigen) nos ensaios realizados entre julho e setembro de 2020. A análise de dados mostrou uma maior probabilidade de oviposição nas temperaturas mais elevadas. A precipitação e a humidade elevadas mostraram ter um impacto negativo na realização de oviposição, bem como no desenvolvimento dos ovos, sendo por isso fatores a ter em conta na determinação do intervalo post mortem (IPM). In this thesis a study has been developed about precolonization and oviposition of primary diptera with forensic importance at daytime and nocturnal time performed initially at Faculty of Sciences of the University of Lisbon (FCUL) and later at the University Institute of Egas Moniz (IUEM) between December and January of 2019, and July and September of 2020, respectively. At FCUL a preliminary test was performed which aimed to collect primary colonizing diptera attracted to baited traps with pig liver, to proceed to the identification of the most abundant species in the Great Lisbon, that due to the Covid19 pandemic only took place in autumn. In IUEM six experiments were performed to study the precolonization and oviposition of primary colonizing diptera at diurnal and nocturnal time at different temperatures. In these tests the meteorological data and photographic records were performed with the assistance of meteorological device Weather Station PCEFWS 20 and Wingscapes® TimelapseCam Pro WCT00126 camera, respectively. The specimens were collected, identified, and preserved in 70% alcohol. No nocturnal activity was recorded by the primary colonizing diptera, but by an unidentified family when the average nocturnal temperature was 26°C (79°F) between 10pm of July 16th and 7am of July 17th of 2020. During daytime studies, it was found the majority presence of the species Lucilia sericata (Meigen) in tests carried out between July and September of 2020. Data analysis showed a higher probability of oviposition at high temperatures. High rainfall and humidity shown to have a negative impact on oviposition as well as on egg development, which is why these factors have to be considered in determining the post mortem interval (PMI).

Dissertação de mestrado em Biologia Humana e Ambiente, apresentada à Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, 2020. This dissertation was conducted in the Department of Human Genetics, I&D Unit, Group of Hemoglobinopathies, Iron Metabolism and Associated Pathologies, at the National Institute of Health Doutor Ricardo Jorge (INSA), IP, Lisbon, Portugal. Dissertação de mestrado orientada por Doutora Paula Faustino (INSA) e Prof.ª Doutora Maria Teresa Rebelo (FCUL). A anemia é um problema de saúde pública global que afeta 24,8 % da população mundial, sendo maioritariamente causada por deficiências nutricionais de ferro. Para além disso, quando perturbados os mecanismos moleculares associados à homeostase do ferro é possível que surjam anemias hereditárias de difícil diagnóstico, como é o caso da Iron-Refractory Iron Deficiency Anemia (IRIDA). Por outro lado, alterações na síntese ou estrutura das cadeias globínicas originam também anemias hereditárias denominadas hemoglobinopatias. Primeiramente, de forma a explicar fenótipos atípicos de hemoglobinopatias e entender os mecanismos fisiopatológicos subjacentes aos mesmos, 15 casos clínicos de hemoglobinopatias foram estudados utilizando as metodologias PCR, gap-PCR, Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) e sequenciação automática de Sanger para analisar vários genes globínicos (HBB; HBD; HBG1; HBG2; HBA1; e HBA2). Este estudo permitiu o esclarecimento das causas moleculares associadas aos fenótipos complexos destes indivíduos, nos quais estavam presentes lesões moleculares responsáveis por: variantes estruturais raras de hemoglobina, talassémias do tipo alfa e beta e polimorfismos responsáveis pela modulação da expressão dos genes globínicos De seguida, o trabalho focou-se no estudo de 10 casos suspeitos de IRIDA, através da amplificação do gene TMPRSS6, que codifica a proteína matriptase-2, por PCR-longo e análise por Next-generation Sequencing, seguida de análise in silico, de forma a prever o possível efeito patogénico na proteína de variantes genéticas novas/raras. Recorreu-se à ferramenta bioinformática Human Splicing Finder de forma a detetar potenciais alterações no processo de splicing e às ferramentas PolyPhen-2, SIFT e Missense3D, a fim de analisar o impacto das variantes missense ao nível da estrutura e função da proteína codificada. Esta investigação permitiu apenas justificar o fenótipo de um dos casos em estudo, cujo quadro clínico julga-se ser fruto da herança digénica de uma nova mutação patogénica (TMPRSS6: c.871G>A; G291S) e 3 polimorfismos modeladores no mesmo gene (K253E, S361S e Y739Y) em conjunto com a co-herança do alelo para a deleção α-talassémica de 3,7 kb, que levam à presença de um fenótipo tipo-IRIDA. De forma a detetar a presença e entender o papel de polimorfismos comuns em genes relacionados com o metabolismo do ferro, foi realizado um estudo populacional de associação para investigar a influência que os polimorfismos nos genes TMPRSS6 (V736A e K253E) e HFE (H63D e C282Y) têm sobre os parâmetros hematológicos e do status do ferro de 317 indivíduos adultos, portugueses, divididos em 3 grupos: portadores de β-talassémia (BTT), indivíduos com anemia ferropénica (IDA) e controlos normais. Os indivíduos foram genotipados recorrendo às técnicas PCR-(RFLP) Restriction fragment length polymorphism e Amplification-Refractory Mutation System (ARMS)-PCR. Os resultados sugerem que ambos os genótipos heterozigótico (TC) e homozigótico (CC) da variante V736A exercem um efeito protetor contra a anemia ferropénica e que indivíduos controlo do sexo feminino com o genótipo CC têm os parâmetros volume globular médio (MCV), hemoglobina corpuscular média (MCH) e saturação de transferrina (TSAT) significativamente aumentados quando comparados com o genótipo wild-type (TT). Os resultados da análise de regressão logística detetaram uma associação positiva entre a presença da variante H63D e os níveis de dispersão do volume eritrocitário (RDW) nos controlos saudáveis e verificou-se uma associação entre esta mesma variante e os parâmetros do status do ferro de indivíduos BTT. Após o estudo de associação, foi testado o desempenho de diagnóstico de 13 índices matemáticos diferenciadores de anemia microcítica em indivíduos BTT ou IDA, com o intuito de determinar quais seriam os mais adequados à população Portuguesa. A análise revelou que para uma população adulta de mulheres portuguesas, os índices com melhor desempenho são RBC, G&K e RDWI. Os resultados foram ao encontro do reportado para outros países Mediterrânicos onde a β-talassémia é endémica. O mesmo verificou-se para o Brasil e França, provavelmente devido, respetivamente, à herança portuguesa e a fluxos migratórios. No geral, os resultados indicam que estes índices podem auxiliar no diagnóstico da causa subjacente à anemia microcítica, reconhecendo indivíduos suspeitos de BTT e encaminhando-os para testes bioquímicos e moleculares adicionais. Em suma, este trabalho permitiu entender melhor as alterações genéticas responsáveis pelas anemias hereditárias, bem como a forma como estas alteram o metabolismo do ferro, levando a um melhor conhecimento dos fatores que conduzem à variabilidade clínica em pacientes com estas doenças. Concluímos também que o estudo destas patologias tornou possível um correto diagnóstico de algum dos indivíduos estudados, permitindo um adequado acompanhamento clínico e aconselhamento genético, que leva por sua vez a uma melhoria da qualidade de vida dos casos em questão. Ademais, este trabalho reforça a importância do estudo dos marcadores moleculares e do uso de ferramentas não moleculares que complementam as técnicas de diagnóstico já implementadas. Anemia is a global public health problem affecting 24.8 % of the world population and is mostly caused by nutritional iron deficiencies. Additionally, molecular mechanism´s disturbances associated with the iron homeostasis may cause hereditary anemias of challenging diagnosis, such as Iron-Refractory Iron Deficiency anemia (IRIDA). Alternatively, globin chains structure or synthesis changes may lead to hemoglobinopathies, another type of hereditary anemia. Firstly, in order to explain atypical hemoglobinopathies’ phenotypes and understand underlying pathophysiological mechanisms, 15 hemoglobinopathies clinical cases were studied by PCR, gapPCR, Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) and automated Sanger sequencing of the various globin genes. These techniques made it possible to clarify the molecular causes behind these complex phenotypes, with molecular lesions being responsible for rare hemoglobin structural variants, β- and α-thalassemias, and the presence of polymorphisms that modulate the expression of globin genes. Secondly, we focused on ten IRIDA suspects, by amplifying their TMPRSS6 gene by long-PCR followed by Next-generation Sequencing and in silico analysis for predicting the possible pathogenic effect of the detected genetic variants. Through this analysis, only the phenotype of one patient could be justified by the presence of digenic inheritance of the novel damaging mutation (TMPRSS6: c.871G>A; G291S) and 3 common modulating SNPs in the same gene (K253E, S361S and Y739Y), in addition to the co-inheritance of the –α 3.7kb -thalassemia allele, which may add up to an IRIDA-like phenotype. Thirdly, to detect the presence and understand the roles and of common SNPs in genes related to iron metabolism, a case-control study was performed to investigate the influence of TMPRSS6 (V736A and K253E) and HFE (H63D and C282Y) on the hematological and iron parameters of 317 Portuguese subjects divided into 3 groups: β-thalassemia trait (BTT), iron deficiency anemia (IDA) and controls. Subjects were genotyped using PCR-(RFLP) Restriction fragment length polymorphism and Amplification-Refractory Mutation System (ARMS)-PCR techniques. Results suggests that both heterozygous (TC) and homozygous (CC) genotypes of V736A act as a protective factor against IDA, and that in the female control group, the CC genotype had significantly increased MCV, MCH and TSAT parameters when compared to the wild type (TT). Logistic regression results detected a positive association between H63D variant and RDW in control subjects, and an association between this variant and the iron parameters of BTT subjects. Finally, we evaluated the diagnostic performance of 13 mathematical indices for differentiating microcytic anemia in BTT and or IDA subjects, to find which ones would better apply to the Portuguese population. When accessing the performance of the indices we found that for a female adult Portuguese population the best performing ones where RBC, G&K and RDWI, similarly to other Mediterranean countries, and also France and Brazil, the latter probably resulting from migratory movements and Portuguese ancestry, respectively. Results imply that these indices can aid diagnosing the condition underlying microcytic anemia, recognizing individuals suspected of BTT and forwarding them to additional biochemical and molecular tests. The study of hereditary anemia made it possible for us to assign a correct diagnostic to the studied patients, allowing for correct clinical management and genetical counselling, that in turn, improves their quality of life. Additionally, this work has reinforced the importance of the study of molecular markers and use of non-molecular tools complementary to the already implemented diagnostic techniques. The work was partially funded by Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) ISAMB, and INSA projects 2012DGH720 and 2013DGH910. Additionally, it is a result of the GenomePT project (POCI-01-0145-FEDER022184), supported by COMPETE 2020 - Operational Programme for Competitiveness and Internationalisation (POCI), Lisboa Portugal Regional Operational Programme (Lisboa2020), Algarve Portugal Regional Operational Programme (CRESC Algarve2020), under the PORTUGAL 2020 Partnership Agreement, through the European Regional Development Fund (ERDF), FCT. N/A

Tese de mestrado em Ecologia e Gestão Ambiental, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2020-12-18T17:59:37Z No. of bitstreams: 1 ulfc125992_tm_Ganna_Popova.pdf: 13035984 bytes, checksum: 58846cd96fd21a158692bafb9d12c26b (MD5) Made available in DSpace on 2020-12-18T17:59:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc125992_tm_Ganna_Popova.pdf: 13035984 bytes, checksum: 58846cd96fd21a158692bafb9d12c26b (MD5) Previous issue date: 2020

Tese de mestrado, Ecologia e Gestão Ambiental, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020 Submitted by Teresa Boa (tdboa@fc.ul.pt) on 2020-12-22T15:25:37Z No. of bitstreams: 1 ulfc126132_tm_Vera_Guerreiro.pdf: 6209564 bytes, checksum: 13d4edf702667228fed4110929b1fe4e (MD5) Made available in DSpace on 2020-12-22T15:25:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc126132_tm_Vera_Guerreiro.pdf: 6209564 bytes, checksum: 13d4edf702667228fed4110929b1fe4e (MD5) Previous issue date: 2020

Tese de mestrado, Biologia Humana e Ambiente, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020 Submitted by Teresa Boa (tdboa@fc.ul.pt) on 2020-12-16T16:17:43Z No. of bitstreams: 1 ulfc126018_tm_Patrícia_Nascimento.pdf: 7947067 bytes, checksum: 1896f3779a02c083d3b9b808e361e9d8 (MD5) Made available in DSpace on 2020-12-16T16:17:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc126018_tm_Patrícia_Nascimento.pdf: 7947067 bytes, checksum: 1896f3779a02c083d3b9b808e361e9d8 (MD5) Previous issue date: 2020

Tese de mestrado, Biologia Humana e Ambiente, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020 Submitted by Teresa Boa (tdboa@fc.ul.pt) on 2021-05-11T15:09:21Z No. of bitstreams: 1 ulfc126260_tm_Ana_Elisabete_Lima.pdf: 859177 bytes, checksum: be77a62b26fa73dfaf41bbf38fc84c33 (MD5) Made available in DSpace on 2021-05-11T15:09:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc126260_tm_Ana_Elisabete_Lima.pdf: 859177 bytes, checksum: be77a62b26fa73dfaf41bbf38fc84c33 (MD5) Previous issue date: 2020

Tese de mestrado, Ecologia e Gestão Ambiental, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020 Submitted by Teresa Boa (tdboa@fc.ul.pt) on 2020-09-01T13:13:19Z No. of bitstreams: 1 ulfc126127_tm_Ana_Catarina_Leal.pdf: 4645395 bytes, checksum: 0a360de881a6d42b809fb479f0425c2a (MD5) Made available in DSpace on 2020-09-01T13:13:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc126127_tm_Ana_Catarina_Leal.pdf: 4645395 bytes, checksum: 0a360de881a6d42b809fb479f0425c2a (MD5) Previous issue date: 2020

Tese de mestrado em Biologia Humana e Ambiente, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2021-05-19T15:19:05Z No. of bitstreams: 1 ulfc126281_tm_Oskar_Alvarez.pdf: 1772946 bytes, checksum: 025e0b134042e8e75f397317744c347a (MD5) Made available in DSpace on 2021-05-19T15:19:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc126281_tm_Oskar_Alvarez.pdf: 1772946 bytes, checksum: 025e0b134042e8e75f397317744c347a (MD5) Previous issue date: 2020

Tese de mestrado em Biologia Humana e Ambiente, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2020-12-23T15:55:22Z No. of bitstreams: 1 ulfc126046_tm_Jerome_Antunes.pdf: 1855435 bytes, checksum: d6d661604d5c979b5412a4259a85c8de (MD5) Made available in DSpace on 2020-12-23T15:55:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc126046_tm_Jerome_Antunes.pdf: 1855435 bytes, checksum: d6d661604d5c979b5412a4259a85c8de (MD5) Previous issue date: 2020

Tese de mestrado em Biologia Humana e Ambiente, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2021-05-18T16:42:15Z No. of bitstreams: 1 ulfc126272_tm_Telma_Silva.pdf: 2905437 bytes, checksum: ce225c494d9c67146a0c3a1c1de63e5d (MD5) Made available in DSpace on 2021-05-18T16:42:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc126272_tm_Telma_Silva.pdf: 2905437 bytes, checksum: ce225c494d9c67146a0c3a1c1de63e5d (MD5) Previous issue date: 2020

Tese de mestrado em Biologia Humana e Ambiente, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2020-12-09T18:32:28Z No. of bitstreams: 1 ulfc125961_tm_Ana_Maria_Filipe.pdf: 1846289 bytes, checksum: d7616597cd1711eff1e2f1e61f3f360a (MD5) Made available in DSpace on 2020-12-09T18:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc125961_tm_Ana_Maria_Filipe.pdf: 1846289 bytes, checksum: d7616597cd1711eff1e2f1e61f3f360a (MD5) Previous issue date: 2020

Tese de mestrado em Biologia Humana e Ambiente, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2021-05-27T17:56:05Z No. of bitstreams: 1 ulfc126343_tm_Inês_Ramires.pdf: 5584597 bytes, checksum: db5d110ba5a031a398e89fbd9cf20044 (MD5) Made available in DSpace on 2021-05-27T17:56:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc126343_tm_Inês_Ramires.pdf: 5584597 bytes, checksum: db5d110ba5a031a398e89fbd9cf20044 (MD5) Previous issue date: 2020

O trabalho apresentado nesta Dissertação de Mestrado foi realizado no Departamento de Saúde Ambiental do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, sob a coorientação da Mestre Carina Menezes e Doutora Elsa Dias. Dissertação de mestrado em Biologia Humana e Ambiente, apresentados à Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, 2019 Orientadora Elisabete Valério, Departamento de Saúde Ambiental do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge Dissertação defendida em 2020. As cianobactérias são seres procariotas fotossintéticos com uma longa história evolutiva, o que possibilitou o desenvolvimento de várias características que permitem a sua adaptação perante as alterações climáticas e as modificações antropogénicas que se verificam nos sistemas aquáticos. Algumas cianobactérias, perante condições favoráveis, atingem elevadas densidades celulares originando os blooms. Este fenómeno está frequentemente associado à produção de toxinas. Dentro do grupo das cianotoxinas, a saxitoxina (STX) e os seus análogos têm ganho algum destaque uma vez que a sua ocorrência nos corpos de água doce representa um fenómeno mundial com um número crescente de casos nos últimos dez anos. A STX e os seus análogos são um grupo de alcalóides que são conhecidos por bloquear principalmente os canais de sódio das membranas dos axónios dos neurónios, afetando assim o sistema nervoso de vários animais, incluindo o Homem. Pode causar severas paralisias, levando inclusivé a uma falha respiratória, e consequentemente provocar a morte. Estas toxinas são produzidas por uma via biossintética única, sendo o cluster sxt responsável por codificar as proteínas que permitem a síntese e o transporte das toxinas SXTs para o meio extracelular. A presença destas toxinas nos corpos de água representa uma ameaça para a saúde humana, para a estabilidade do ecossistema e economia em todo o mundo. Muitos estudos laboratoriais têm mostrado que vários fatores ambientais afetam de diferentes formas a síntese de STXs. Perante o atual contexto de aquecimento global, as temperaturas médias das águas estão a aumentar pelo que muitas cianobactérias estão a expandir a sua distribuição geográfica, especialmente algumas espécies produtoras de STXs. Neste contexto torna-se particularmente importante perceber de que modo a temperatura pode influenciar o crescimento de cianobactérias produtoras de STXs e a sua respetiva síntese. A nível molecular, os efeitos que a própria temperatura tem sobre os níveis de transcrição de genes pertencentes ao cluster sxt encontram-se ainda pouco elucidados, estando descritos apenas numa espécie. De modo a providenciar novos conhecimentos nesta área, este trabalho teve como objetivo avaliar a relação entre três temperaturas diferentes (10, 20 e 30 °C) e parâmetros relacionados com o crescimento [taxa de crescimento, densidade celular e formação de células especializadas (heterócitos e acinetos)], a produção de STXs, e os níveis de expressão de genes que permitem sua síntese (sxtA) e o transporte de SXTs (sxtM e sxtPer) em duas estirpes de cianobactérias, Aphanizomenon gracile LMECYA40 e Cuspidothrix issatschenkoi LMECYA31, isoladas em albufeiras portuguesas. Os resultados obtidos permitiram estabelecer, para ambas as estirpes, uma relação entre as taxas de crescimento e a temperatura, sendo que este primeiro parâmetro foi menor nas culturas que cresceram a 10 °C e maior a 20 °C. A 30 °C nenhuma das culturas de A. gracile LMECYA40 e C. issatschenkoi LMECYA31 cresceu. À temperatura de 20 °C, também se verificou que C. issatschenkoi LMECYA31 produziu duas vezes mais STXs totais (toxin quota cell) ao longo das fases do crescimento do que A. gracile LMECYA40. Em ambas as espécies, a maior produção de STXs ocorreu a 20 °C na fase exponencial final. Em A. gracile LMECYA40, a formação de um elevado número de heterócitos ocorreu nas fases antecedentes às fases de maior produção de SXTs totais. Detetou-se a formação de acinetos nas duas estirpes a 10 °C, e no que diz respeito a C. issatschenkoi LMECYA31, a formação de acinetos com grandes volumes coincidiu com uma menor produção de STXs. Os níveis de expressão génica de sxtM e sxtPer foram influenciados pela temperatura e pela fase de crescimento correspondente nas duas estirpes. De uma forma geral, os dados obtidos sugerem que há uma regulação positiva destes genes à temperatura de 10 °C que foi acompanhada por o aumento de Cyanobacteria are photosynthetic prokaryotes with a long evolutionary history, which enabled them to adapt to climatic changes and more recently to anthropogenic modifications of aquatic environments. A few cyanobacterial species, under favorable conditions, form massive surface growths named ‘blooms’, which are often associated with the production of toxins. Within cyanotoxins, saxitoxin (STX) and its analogues have gained some prominence, since their occurrence in freshwater bodies represents a worldwide phenomenon with an increasing number of cases in the last ten years. Saxitoxins are a group of carbamate alkaloid that are known to inhibit the sodium ion channels affecting the nervous system in vertebrates, which cause severe paralyses with respiratory failure ultimately ending in death. They are produced by a unique biosynthetic pathway, where the cluster sxt is responsible for encoding proteins that allow the synthesis and export of STXs. The presence of these toxins in water bodies represents a significant threat to human health, ecosystems stability and economy all over the world. Given these concerns, several environmental factors have attracted attention due to their potential impact on bloom formation and in the production of STXs. Many laboratory studies have shown that various environmental factors affect STXs synthesis in different ways. In the current context of global warming, where the average water temperatures are rising, many cyanobacteria are expanding their geographical distribution, especially STXs-producing species. It becomes therefore imperative to understand how temperature can influence the growth of STXs-producing cyanobacteria and their synthesis. Moreover, the effects of temperature on the transcription levels of genes belonging to the sxt cluster are poorly understood, being currently only described in one species. The aim of this study was to access the influence of three different temperatures (10, 20 and 30 °C) on STXs production and transportation during the several growth phases, in two strains producers of STXs, Aphanizomenon gracile LMECYA40 and Cuspidothrix issatschenkoi LMECYA31, isolated from Portuguese freshwaters. The goal was to establish a relationship between several parameters such as growth, STXs production, production of specialized cells (heterocytes and akinetes) and expression levels of genes that allow synthesis (sxtA) and transport of SXTs (sxtM and sxtPer) in these two strains. The results obtained allowed to establish a relation between the growth rates and the temperature in both strains. Specifically, the growth rate was lower in the cultures that grew at 10 °C and higher at 20 °C. None of the two isolates grew at 30 °C. At 20 °C, C. issatschenkoi LMECYA31 produced twice the amount of total STXs (toxin quota cell) throughout the growth stages when compared to the A. gracile LMECYA40. In both species the highest STXs production occurred in the final exponential phase at the temperature of 20 °C. In A. gracile LMECYA40, the formation of a large number of heterocytes occurred in the phases preceding a higher production of total SXTs. Akinetes production was detected in both strains at 10 °C. In the case of C. issatschenkoi LMECYA31, the formation of akinetes with large volume was coincident with a lower production of STXs. The expression levels of sxtM and sxtPer genes were influenced by temperature and growth phase in both strains. Overall, the data obtained suggest an over-regulation of these genes at 10 °C which was accompanied by an increase in total STXs. This may imply a higher concentration of extracellular STXs. On the other hand, the highest gene expression occurred in the late growth phases (exponential and stationary). Therefore, it can be concluded that the temperature influenced all the parameters analyzed, although affecting differently the strains A. gracile LMECYA40 and C. issatschenkoi LMECYA31. The results obtained in this study may be incorporated into predictive models or employed in the development of new monitoring techniques to manage bloom development and STX production, thus minimizing potential risks for humans and animals. N/A

Dissertação de Mestrado em Biologia Humana e Ambiente, apresentado à Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, 2019 Co-orientadora Paula Faustino, Departamento de Genética Humana do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge. O ferro é um nutriente essencial para diversos processos biológicos. No entanto, tanto o seu défice como o seu excesso no organismo têm consequências negativas para a saúde. A Hemocromatose Hereditária (HH) é um conjunto de doenças genéticas que resultam de uma absorção excessiva e desregulada deste metal proveniente da alimentação e da sua deposição em órgãos como fígado, coração, pâncreas e glândulas endócrinas. Os sintomas mais frequentes desta doença podem ir deste fatiga e artralgia até cardiomiopatias, cirrose ou carcinoma hepatocelular. O gene HFE que codifica para o regulador homeostático do ferro, quando mutado, é o principal gene associado à patologia na sua forma comum, de desenvolvimento tardio (HH clássica ou tipo I). Contudo, existem outros genes relacionados com o metabolismo do ferro que poderão estar envolvidos no desenvolvimento de outro tipo de HH, mais rara e com características particulares (HH não-clássica). Entre estes, encontram-se os genes HAMP e HJV que codificam, respectivamente, para a hepcidina e hemojuvelina, e que poderão estar na origem de HH com características clínicas mais graves e de início precoce (HH tipo II ou HH juvenil). Por outro lado, o gene TFR2, que codifica para o receptor 2 da transferrina, poderá estar associado a HH tipo III e o gene da ferroportina (SLC40A1) relacionado com a HH tipo IV ou com a Doença da Ferroportina, ambas com transmissão autossómica dominante. Um dos objectivos deste trabalho consistiu na implementação, no laboratório, de uma nova metodologia de análise rápida, de baixo custo e em larga escala de pesquisa de alterações em seis genes relacionados com o metabolismo do ferro (HFE, HAMP, HJV, TFR2, SLC40A1 e FTL), através de PCR-longos e posterior sequenciação por next-generation sequencing, recorrendo à metodologia Nextera XT (Illumina). Foram então analisados, por esta metodologia, 30 indivíduos com fenótipos sugestivos de HH não clássica. Após análise bioinformática dos resultados obtidos, foram identificadas 89 variantes genéticas diferentes para as quais se realizaram estudos in silico. Recorreu-se à ferramenta bioinformática PolyPhen-2, de modo a analisar o impacto das variantes missense ao nível da estrutura e função das respectivas proteínas. Por outro lado, pesquisou-se o possível efeito das variantes genéticas ao nível do splicing, utilizando o software Human Splicing Finder. As variantes consideradas patogénicas ou possivelmente patogénicas foram confirmadas por sequenciação de Sanger. Assim, foi possível, identificar várias alterações genéticas raras, algumas delas observadas pela primeira vez na população portuguesa, como por exemplo, a SLC40A1:c.610G>A ou a TFR2:c.2136+708A>G e compreender o respectivo mecanismo molecular subjacente ao desenvolvimento da respectiva patologia. Neste estudo também se pretendeu pesquisar o possível efeito modulador de uma variante comum no gene BMP2 (SNP rs235768) e de variantes no promotor do HAMP sobre o desenvolvimento de sobrecarga em ferro numa população que já apresentava um factor genético de susceptibilidade para o desenvolvimento de hiperferritinémia (p.His63Asp no gene HFE). A população analisada (n=138) já tinha sido previamente genotipada para as variantes no promotor do gene HAMP, pelo que foi agora genotipada para a alteração c.570A>T no gene BMP2 por PCR-ARMS. A análise estatística realizada com recurso ao software SPSS revelou que nenhuma destas variantes está a contribuir para o fenótipo de sobrecarga em ferro, na população analisada. Concluímos que, com este estudo, contribuímos para o conhecimento da base molecular da HH não-clássica na população portuguesa, esclarecemos a relação genótipo/fenótipo nalguns dos casos complexos estudados e contribuímos para aumentar o conhecimento sobre a fisiopatologia e os mecanismos subjacentes ao desenvolvimento deste tipo de patologias complexas relacionadas com a desregulação do metabolismo do ferro. Iron is an essential nutrient for several biological processes. However, both its deficit and excess in the body have negative health consequences. Hereditary Hemochromatosis (HH) is a set of genetic diseases that result from excessive and unregulated absorption of this metal from food and its deposition in organs such as liver, heart, pancreas and endocrine glands. The most common symptoms of this disease may range from fatigue and arthralgia to cardiomyopathies, cirrhosis or hepatocellular carcinoma. The HFE gene coding for homeostatic iron regulator, when mutated, is the main gene associated with pathology in its common, late-developing form (classic or type I HH). However, there are other genes related to iron metabolism that may be involved in the development of another type of HH, rarer and with particular characteristics (non-classical HH). These include the HAMP and HJV genes coding for hepcidin and hemojuvelin, respectively, which may be the origin of HH with more severe and early-onset clinical features (juvenile or type II HH). On the other hand, the transferrin receptor 2 encoded by the TFR2 gene may be associated with type III HH and type IV HH-related ferroportin gene or Ferroportin Disease, both with autosomal dominant transmission. One of the objectives of this work was the implementation in the laboratory of a new method for rapid, low cost and large scale analysis of changes in six genes related to iron metabolism (HFE, HAMP, HJV, TFR2, SLC40A1 and FTL), by long-range PCR and subsequent sequencing by next-generation sequencing, using the Nextera XT methodology (Illumina). Thirty individuals with phenotypes suggestive of non-classical HH were then analyzed. After bioinformatics analysis of the results obtained, 89 different genetic variants were identified for which in silico studies were performed. PolyPhen-2 software was used to analyze the impact of missense variants on the structure and function of their proteins. The possible effect of splicing genetic variants was investigated using the Human Splicing Finder software. Pathogenic or possibly pathogenic variants were confirmed by Sanger sequencing. Thus, it was possible to identify several rare genetic changes, some of them first observed in the Portuguese population, such as SLC40A1:c.610G>A or TFR2:c.2136+708A>G and to understand their molecular mechanism underlying the development of the respective pathology. This study also intended to investigate the possible modulating effect of a common variant on the BMP2 gene (SNP rs235768) and HAMP promoter variants on the development of iron overload in a population that already had a genetic susceptibility factor for the development of hyperferritinemia. (p.His63Asp in HFE). The population analyzed (n=138) had previously been genotyped for HAMP promoter variants and was now genotyped for the c.570A> T change in the BMP2 gene by PCR-ARMS. Statistical analysis using the SPSS software revealed that none of these variants is contributing to the iron overload phenotype in the population analyzed. In conclusion, with this study we have contributed to the knowledge of the molecular basis of the non-classical HH in the Portuguese population and clarified the genotype/phenotype relationship in some of the uncommon cases studied. Furthermore, we contributed to the understanding of the pathophysiology and mechanisms underlying the development of these complex pathologies related to iron metabolism deregulation. Trabalho parcialmente financiado por INSA_2013DGH910 e GenomePT (POCI-01-0145-FEDER022184) N/A

Tese de mestrado em Biologia Humana e Ambiente, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2019 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2019-07-10T15:04:50Z No. of bitstreams: 1 ulfc125473_tm_Agueda_Semedo.pdf: 978150 bytes, checksum: f6d665f5926bb2c5ffeb952c1d03314b (MD5) Made available in DSpace on 2019-07-10T15:05:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc125473_tm_Agueda_Semedo.pdf: 978150 bytes, checksum: f6d665f5926bb2c5ffeb952c1d03314b (MD5) Previous issue date: 2019

Tese de mestrado, Ecologia e Gestão Ambiental, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2019 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2019-10-15T17:43:30Z No. of bitstreams: 1 ulfc125340_tm_Vasco_Branco.pdf: 32475122 bytes, checksum: 7a8a770df16f2bdc3f972e9fd5a8c30e (MD5) Made available in DSpace on 2019-10-15T17:43:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc125340_tm_Vasco_Branco.pdf: 32475122 bytes, checksum: 7a8a770df16f2bdc3f972e9fd5a8c30e (MD5) Previous issue date: 2019

Dissertação de mestrado em Biologia Humana e Ambiente, apresentada à Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, 2019 Trabalho da dissertação de mestrado realizado nos Departamento de Saúde Ambiental e Departamento de Alimentação e Nutrição do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge. Orientadora Doutora Elsa Dias doDepartamento de Saúde Ambiental do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge. Co-orientadoras Mestre Carina Menezes, do Laboratório de Biologia e Ecotoxicologia, do Departamento de Saúde Ambiental e Mestre Fernanda Vilarinho e Mestre Mariana Andrade, da Unidade de Referência do Departamento de Alimentação e Nutrição do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge. Dissertação defendida em 2020 As cianobactérias são organismos fotossintéticos procarióticos que apresentam grande diversidade em relação à sua morfologia, fisiologia e metabolismo. São um grupo abundante no planeta Terra, com elevada capacidade de adaptação e sobrevivência e são encontrados em habitats com condições ambientais variadas e até extremas. As cianobactérias produzem metabolitos secundários (ácidos gordos, carotenóides, vitaminas, toxinas, entre outros), que exibem vários tipos de bioatividade com potencial biotecnológico, designadamente atividade antioxidante. Um antioxidante é definido como um agente com a capacidade de quebrar ou impedir a proliferação de reações de oxidação lipídica, algo que ocorre naturalmente nos tecidos. Na indústria alimentar, os compostos com essa atividade são importantes porque atrasam e/ou inibem a degradação dos alimentos. No entanto, alguns dos antioxidantes sintéticos disponíveis no mercado são suspeitos de ter atividade carcinogénica e de serem tóxicos para os seres humanos. Portanto, é de grande importância identificar fontes naturais de compostos com atividade antioxidante Este trabalho teve como objetivo avaliar o perfil antioxidante de estirpes de cianobactérias isoladas de águas doces. Prepararam-se extratos etanólicos e metanólicos de oito estirpes de cianobactérias (Aphanizomenon gracile, Aphanizomenon flos-aquae, Microcystis aeruginosa, Leptolyngbya sp., Anabaena flos-aquae, Planktothrix mougeotii, Nostoc sp. e Planktothrix agardhii) e a sua atividade antioxidante foi avaliada pelo ensaio do sistema de inibição do radical 2,2-difenil-1-picrilhidrazilo (DPPH) e pelo ensaio de branqueamento do β-caroteno. Foi também determinado o conteúdo total em compostos fenólicos, pelo ensaio de Folin-Ciocalteu e o conteúdo total em flavonóides pelo ensaio do cloreto de alumínio. Os perfis antioxidantes variaram com a estirpe e com o solvente de extração. Os extratos etanólicos de Aphanizomenon gracile (LMECYA 009) e Aphanizomenon flos-aquae (LMECYA 088) apresentaram os valores mais elevados no ensaio de branqueamento β-caroteno (690,47 e 828,94 AAC respetivamente) e no conteúdo total de compostos fenólicos (102,32 e 123,16 mg EAG/g de extrato, respetivamente) e flavonóides (605,58 e 900,60 mg EQR/g de extrato, respetivamente). Os extratos metanólicos de Microcystis aeruginosa (LMECYA 127), Anabaena flos-aquae (LMECYA 180) e Planktothrix agardhii (LMECYA 257) apresentaram a maior percentagem de inibição do radical DPPH (10,65%, 10,20% e 10,59%, respetivamente). Neste trabalho foi também avaliado o efeito protetor dos extratos etanólicos das oito estirpes contra a citotoxicidade induzida por H2O2 na linha celular humana HEK293T através do ensaio de 3- (4,5-dimetiltiazol-2-il) -2,5-difeniltetrazólio tetrazólio (MTT). A pré-exposição destas células a todos os extratos conferiram proteção contra o H2O2, salientando-se os extratos das estirpes Leptolyngbya sp. (LMECYA 173), Nostoc sp. (LMECYA 291) e Planktothrix mougeotii (LEGE 06224), que conferiram às células tratadas com H2O2 uma taxa de sobrevivência de 47%, 25% e 53%, respetivamente numa exposição de uma hora aos extratos e vinte e três horas ao H2O2, em relação ás células expostas apenas ao H2O2. Das cianobactérias estudadas, selecionaram-se as estirpes Aphanizomenon gracile (LMECYA 009), Aphanizomenon flos-aquae (LMECYA 088), Leptolyngbya sp. (LMECYA 173), Nostoc sp. (LMECYA 291) e Planktothrix mougeotii (LEGE 06224) como as mais promissoras para estudos futuros sobre aplicações biotecnológicas na área dos antioxidantes. Cyanobacteria are prokaryotic photosynthetic organisms that show great diversity in their morphology, physiology and metabolism. They are an abundant group on planet Earth, with high adaptability and survival and are found in habitats with varied and even extreme environmental conditions. Cyanobacteria produce secondary metabolites (fatty acids, carotenoids, vitamins, toxins, among others), which exhibit various types of bioactivity with biotechnological potential, namely antioxidant activity. An antioxidant is defined as an agent with the ability to break or prevent the proliferation of lipid oxidation reactions, which occurs naturally in tissues. In the food industry, compounds with this activity are important because they delay and / or inhibit food degradation. However, some of the commercially available synthetic antioxidants are suspected to have carcinogenic activity and to be toxic to humans. Therefore, it is of great importance to identify natural sources of compounds with antioxidant activity. This work aimed to evaluate the antioxidant profile of cyanobacterial strains isolated from freshwaters. Ethanolic and methanolic extracts of eight strains of cyanobacteria (Aphanizomenon gracile, Aphanizomenon flos-aquae, Microcystis aeruginosa, Leptolyngbya sp., Anabaena flos-aquae, Planktothrix mougeotii, Nostoc sp. and Planktothrix agardhii) were prepared and their antioxidant activity was evaluated by the 2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl (DPPH) radical inhibition system assay and the β-carotene bleaching assay. The total content of phenolic compounds was determined by the FolinCiocalteu assay and the total flavonoid content by the aluminum chloride assay. Antioxidant profiles varied with strain and extraction solvent. The ethanolic extracts of Aphanizomenon gracile (LMECYA 009) and Aphanizomenon flos-aquae (LMECYA 088) showed the highest values in the β-carotene bleaching assay (690,47 and 828,94 AAC respectively) and in the total content of phenolic (102,32 and 123,16 mg EAG/g of extract respectively) and flavonoid (605,58 and 900,60 mg EQR/g of extract, respectively) compounds. The methanolic extracts of Microcystis aeruginosa (LMECYA 127), Anabaena flos-aquae (LMECYA 180) and Planktothrix agardhii (LMECYA 257) showed the highest inhibition percentage of DPPH radical (10,65%, 10,20% and 10,59%, respectively). In this work, the protective effect of the ethanolic extracts of the eight strains against H2O2-induced cytotoxicity in the HEK293T human cell line was also evaluated by the 3- (4,5-dimethylthiazol-2-yl) - 2,5-diphenyltetrazolium tetrazolium (MTT) assay. Pre-exposure of these cells to all extracts provided protection against H2O2, especially Leptolyngbya sp. (LMECYA 173), Nostoc sp. (LMECYA 291) and Planktothrix mougeotii (LEGE 06224), which gave the H2O2 treated cells a survival rate of 47%, 25% and 53%, respectively in an one hour exposure to the extracts and twenty three hours exposure to the H2O2, relative to the cells exposed only to H2O2. From the cyanobacteria studied, the strains Aphanizomenon gracile (LMECYA 009), Aphanizomenon flos-aquae (LMECYA 088), Leptolyngbya sp. (LMECYA 173), Nostoc sp. (LMECYA 291) and Planktothrix mougeotii (LEGE 06224) were selected as the most promising for future studies on biotechnological applications in the field of antioxidants. N/A

Tese de mestrado, Biologia Humana e Ambiente, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2019 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2019-12-06T16:24:48Z No. of bitstreams: 1 ulfc125145_tm_Rita_Simão.pdf: 3456326 bytes, checksum: e2750a0486e7b50e60187086fd892ca1 (MD5) Made available in DSpace on 2019-12-06T16:25:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc125145_tm_Rita_Simão.pdf: 3456326 bytes, checksum: e2750a0486e7b50e60187086fd892ca1 (MD5) Previous issue date: 2019

Tese de mestrado, Ecologia e Gestão Ambiental, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2019 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2019-02-20T18:47:01Z No. of bitstreams: 1 ulfc125237_tm_Miguel_Azevedo.pdf: 4038818 bytes, checksum: 4b23426a19fea947882038e30de849e0 (MD5) Made available in DSpace on 2019-02-20T18:47:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc125237_tm_Miguel_Azevedo.pdf: 4038818 bytes, checksum: 4b23426a19fea947882038e30de849e0 (MD5) Previous issue date: 2019

Tese de mestrado, Biologia Humana e Ambiente, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2019 Submitted by Teresa Boa (tdboa@fc.ul.pt) on 2020-01-29T15:55:11Z No. of bitstreams: 1 ulfc125699_tm_Sara_Teixeira.pdf: 211037 bytes, checksum: c0079a6aad721649d0712836801b8a87 (MD5) Made available in DSpace on 2020-01-29T15:55:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc125699_tm_Sara_Teixeira.pdf: 211037 bytes, checksum: c0079a6aad721649d0712836801b8a87 (MD5) Previous issue date: 2019

Tese de mestrado, Biologia Humana e Ambiente, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2019 Submitted by Teresa Boa (tdboa@fc.ul.pt) on 2019-05-17T10:02:30Z No. of bitstreams: 1 ulfc124906_tm_Joana_Pires.pdf: 1948550 bytes, checksum: b59d11903d01ea20324c0997c17f8867 (MD5) Made available in DSpace on 2019-05-17T10:02:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc124906_tm_Joana_Pires.pdf: 1948550 bytes, checksum: b59d11903d01ea20324c0997c17f8867 (MD5) Previous issue date: 2019

Tese de mestrado em Biologia Humana e Ambiente, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, em 2018 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2018-11-26T18:32:18Z No. of bitstreams: 1 ulfc121880_tm_Ana_Margarida_Campos.pdf: 1457625 bytes, checksum: 118209c1e81c8545a553c854189be2e3 (MD5) Made available in DSpace on 2018-11-26T18:32:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc121880_tm_Ana_Margarida_Campos.pdf: 1457625 bytes, checksum: 118209c1e81c8545a553c854189be2e3 (MD5) Previous issue date: 2018

Tese de mestrado em Biologia Humana e Ambiente, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, em 2018 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2018-10-30T18:59:55Z No. of bitstreams: 1 ulfc121844_tm_Rafel_Luis.pdf: 2972875 bytes, checksum: 8fb449e2e35fb4f61871f686d2f44767 (MD5) Made available in DSpace on 2018-10-30T19:00:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc121844_tm_Rafel_Luis.pdf: 2972875 bytes, checksum: 8fb449e2e35fb4f61871f686d2f44767 (MD5) Previous issue date: 2018

Tese de mestrado, Biologia Humana e Ambiente, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2019 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2019-02-20T16:57:51Z No. of bitstreams: 1 ulfc125236_tm_Mariana_Oliveira.pdf: 1373162 bytes, checksum: c50967bfd1be8585ada0d817536c4b0d (MD5) Made available in DSpace on 2019-02-20T16:58:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc125236_tm_Mariana_Oliveira.pdf: 1373162 bytes, checksum: c50967bfd1be8585ada0d817536c4b0d (MD5) Previous issue date: 2019

Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina Veterinária In the last years, there has been a significant increment on the study of sarcosaprophagous insects and other arthropods as an important tool in the resolution of crime processes. This branch of forensics is known as forensic entomology, and one of its many applications is to provide estimates of the time elapsed since death by taking into consideration the entomofauna present on a decomposing carrion. Although relatively well documented in human forensics, there is still a lot of room for research and improvement in the veterinary field. The present study represents the first research on the insect succession on carrions of dogs (Canis familiaris) performed in Portugal, enabling the acquisition of information concerning its entomological succession and the documentation of forensically relevant Diptera and Coleoptera species occurring in the region of Lisbon, Portugal. This study also aimed to investigate differences regarding both quantity and quality of the entomofauna occurring along the decomposition process and between different seasons. The entomological material was collected in Lisbon (Portugal) during the winter and summer seasons by using a modified version of the “Malaise” trap associated with a “Pitfall”. Identification and analysis focused mainly on the Diptera and Coleoptera orders. As anticipated, climatic factors had a major influence in the carrions’ decomposition rate and entomological succession. The quantity of specimens collected differed greatly between seasons, with twice the amount of Diptera and four times more Coleoptera in summer. As for quality, both seasons had Calliphoridae as the predominant family of the Diptera order, with Calliphora vicina, C. vomitoria and Pollenia sp. predominating in winter, and Chrysomya albiceps in summer. The species Pollenia vagabunda was recorded for the first time in Portugal. Regarding the Coleoptera order, Staphylinidae was the most prevalent family in both seasons, while Dermestidae and Histeridae were mostly present in summer. RESUMO - Influência sazonal na sucessão da fauna entomológica em cadáveres de Canis familiaris em Lisboa, Portugal - Nos últimos anos tem-se vindo a assistir a um aumento no interesse pelo estudo de artrópodes associados a cadáveres como ferramenta coadjuvante na resolução de processos criminais. Este ramo das ciências forenses é designado por entomologia forense e permite, entre inúmeras aplicações, a realização de estimativas do intervalo pós-morte tendo como base a entomofauna presente no cadáver. Embora já relativamente bem documentada no Homem, existe ainda muito espaço para investigação e desenvolvimento desta área no sector veterinário. O presente estudo representa a primeira investigação relativa à sucessão de insectos em cadáveres de cão (Canis familiaris) efectuada em Portugal, possibilitando a aquisição de informação relativa à sua fauna entomológica, bem como a documentação taxonómica de dípteros e coleópteros de interesse forense presentes na região de Lisboa, Portugal. Este estudo teve ainda como objectivo a investigação de diferenças tanto na quantidade como qualidade da entomofauna presente ao longo do processo de decomposição e entre diferentes estações do ano. Todo o material entomológico foi recolhido em Lisboa ao longo das estações de Inverno e Verão, recorrendo a armadilhas do tipo “Malaise” e “Pitfall”. A identificação e análise dos espécimes focou-se principalmente nas ordens Diptera e Coleoptera. Tal como esperado, os factores climáticos exerceram uma grande influência no processo de decomposição e sucessão entomológica nos cadáveres. A quantidade de espécimes diferiu grandemente entre estações, com duas vezes mais dípteros e quatro vezes mais coleópteros no Verão. A família Calliphoridae, da ordem Diptera, foi a mais prevalente em ambas as estações, com as espécies Calliphora vicina, C. vomitoria e Pollenia sp. predominando no Inverno, e Chrysomya albiceps no Verão. Uma das espécies identificadas, Pollenia vagabunda, foi relatada pela primeira vez em Portugal. Em relação à ordem Coleoptera, a família Staphylinidae foi a mais prevalente em ambas as estações, enquanto as Dermestidae e Histeridae ocorreram principalmente no Verão. N/A

Tese de mestrado, Biologia Humana e Ambiente, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2017 Submitted by Teresa Boa (tdboa@fc.ul.pt) on 2018-02-28T14:56:47Z No. of bitstreams: 1 ulfc124350_tm_Madalena_Cota.pdf: 1541612 bytes, checksum: f5129b0a63af3dfccd4c9ea1ff2261bd (MD5) Made available in DSpace on 2018-02-28T14:56:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc124350_tm_Madalena_Cota.pdf: 1541612 bytes, checksum: f5129b0a63af3dfccd4c9ea1ff2261bd (MD5) Previous issue date: 2017

Tese de mestrado, Ecologia e Gestão Ambiental, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2017 Submitted by Teresa Boa (tdboa@fc.ul.pt) on 2018-02-28T15:44:27Z No. of bitstreams: 1 ulfc124352_tm_Ana_Carina_Neto.pdf: 11749247 bytes, checksum: 69a69c2b527b9368b947d0fe44edf97a (MD5) Made available in DSpace on 2018-02-28T15:44:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc124352_tm_Ana_Carina_Neto.pdf: 11749247 bytes, checksum: 69a69c2b527b9368b947d0fe44edf97a (MD5) Previous issue date: 2017

Tese de mestrado em Ecologia e Gestão Ambiental, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2016 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2016-12-16T16:19:47Z No. of bitstreams: 1 ulfc120675_tm_Diana_Fernandes.pdf: 6117873 bytes, checksum: 165ddd2c03585945dfe25b2e3bf7b272 (MD5) Made available in DSpace on 2016-12-16T16:19:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc120675_tm_Diana_Fernandes.pdf: 6117873 bytes, checksum: 165ddd2c03585945dfe25b2e3bf7b272 (MD5) Previous issue date: 2016

Dissertação de Mestrado em Biologia Humana e Ambiente, apresentada à Faculdade de Ciências da Universiade de Lisboa, 2016 As microcistinas são a classe de hepatotoxinas mais vulgarmente produzidas por cianobactérias. Estas são encontradas em ecossistemas aquáticos onde convivem com outros microorganismos, tais como Aeromonashydrophila e Flavobacteriumsp. Já existe uma quantidade razoável de estudos sobre o efeito de microcistinas em organismos eucarióticos, mas existem poucos estudos sobre os efeitos destas toxinas em microorganismos. Os escassos estudos existentes mostram que as microcistinas podem causar uma diminuição do crescimento microbiano, nâo o inibindo completamente. Neste estudo, o objectivo é determinar a razão pela qual bactérias heterotróficas aquáticas não são muito afectadas pela presença de microcistinas no seu meio de crescimento. Para tal, a actividade de algumas enzimas do sistema antioxidante foram avaliadas e a presença de genes responsáveis pela degradação das microcistinas (mlrA-D) foi avaliada em isolados recuperados a partir de água doce onde as microcistinas são comumente encontradas. Estes resultados foram comparados com as bases pré-existentes na literatura para avaliar a importância da presença ou ausência dos genes responsáveis pela degradação microcistinas com a resistência natural encontradas nas bactérias heterotróficas aquáticas. Além disso, a actividade das enzimas do sistema antioxidante também foi contabilizada para explicar este comportamento.Os comportamentos observados parecem indicar que estão mais relacionados com especificidades da estirpe, não havendo um comportamento similar entre os isolados da mesma espécie. Devido ao facto deste tema de trabalho se inserir numa área ainda pouco explorada, existem atualmentemais questões do que respostas. Contudo, não se pode deixar de destacar a relevância do tema, devido à necessidade de perceber o impacto da presença das cianotoxinas nos ecossistemas do meio aquático. Microcystins are the class of hepatotoxins most commonly produced by cyanobacteria. These are found in aquatic ecosystems where they coexist with other microorganisms such as Aeromonas hydrophila and Flavobacterium sp. There are already a fair amount of studies on the effect of microcystins in eukaryotic organisms, but there are only a few studies about the effects of these toxins in microorganisms. The scarce existing studies show that microcystins can cause a decrease of the microbial growth, even though not being fully inhibited by it. In this study the aim is to determine the reason why aquatic heterobacteria are not very affected by the presence of microcystins in their growth medium. Therefore, the activity of some enzymes of the antioxidant system was evaluated and the presence of genes responsible for microcystin degradation (mlrA-D) was assessed in isolates recovered from freshwaters where microcystins are commonly found. These results were compared with the pre-existing bases on the literature to evaluate the relevance of the presence or absence of the genes responsible for microcystin degradation with the natural resistance found in heterobacteria from aquatic environments. Moreover, the activity of the enzymes from the antioxidant system also was accounted to explain this behavior.The observed behaviors seem to indicate that they are more related to specificities of the strain, than to a common behavior among the isolates of the same species. Due to the fact that this theme of work is inserted in an area that has been scarcely explored, currently there are even more questions than answers. However, the relevance of the topic cannot be underemphasized due to the need to understandthe impact of the presence of cyanotoxins on the ecosystems of the aquatic environments. N/A

Tese de mestrado em Biologia Humana e Ambiente, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2016 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2017-04-13T10:47:33Z No. of bitstreams: 1 ulfc120787_tm_André_Pinto.pdf: 1860529 bytes, checksum: 5916818a1fd25c96515dc86129f2295b (MD5) Made available in DSpace on 2017-04-13T10:50:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc120787_tm_André_Pinto.pdf: 1860529 bytes, checksum: 5916818a1fd25c96515dc86129f2295b (MD5) Previous issue date: 2016

Dissertação de mestrado em Biologia Humana e Ambiente, apresentada à Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, 2015. Trabalho de investigação desenvolvido no Laboratório de Proteómica do Instituto Ricardo Jorge. Deborah Penque (orientadora), Fátima Vaz (co-orientadora) - Laboratório de Proteómica do Departamento de Genética Humana do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge I.P.; Maria Teresa Rebelo (orientadora interna) - Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa. [PT] A síndrome da apneia obstrutiva do sono (SAOS) é um importante problema de saúde pública, não só por comprometer o estilo de vida e bem-estar do doente, mas também por ser um factor de risco para o desenvolvimento de doenças cardiovasculares, metabólicas e carcinogénicas. Apesar de grandes avanços nos métodos de diagnóstico e tratamento da SAOS, permanecem ainda por esclarecer os mecanismos moleculares que levam ao seu desenvolvimento e às patologias associadas. A avaliação do perfil proteómico do plasma sanguíneo que possa estar associado à SAOS, aos vários estadios da doença ou à resposta/eficácia do tratamento com pressão positiva contínua das vias aéreas (CPAP), foi o objectivo último deste estudo. As proteínas constituintes deste perfil, uma vez validadas, são potenciais biomarcadores de diagnóstico, prognóstico e/ou de monitorização terapêutica da SAOS. Numa primeira fase foi necessária a optimização da preparação de amostras de plasma e sua análise por electroforese bidimensional (2DE) em mini-géis, para futura identificação de proteínas diferencialmente expressas na doença/condição, por espectrometria de massa. Este objectivo do projecto foi concluído com sucesso, pois mostrou que a utilização de 2DE em minigeis é possível em análises futuras com uma boa relação custo-eficácia. Em paralelo, investigou-se se o estado redox-oligomérico da proteína peroxiredoxina 2 (Prx2) (um biomarcador de inflamação/stress oxidativo), encontrava-se alterado no plasma de doentes com SAOS e, se esta alteração, era parcialmente revertida após tratamento CPAP, tal como vem sendo observado nos eritrócitos destes doentes (dados preliminares do laboratório). A validação em plasma dos dados de proteómica obtidos em eritrócitos, poderá contribuir para uma melhor compreensão da relevância do papel da Prx2 na SAOS. Para isso, selecionaram-se amostras de plasma ‘noite’, recolhidas na noite anterior ao diagnóstico polissonográfico e ‘manhã’, recolhidas na manhã seguinte para cada indivíduo roncador (controlo) e doente SAOS (ligeira, moderada e grave). Para estes últimos, foram também recolhidas amostras matinais ‘CPAP’, após seis meses de tratamento. As amostras de plasma foram analisadas por 1DE SDS-PAGE reduzido e não-reduzido (com ou sem agente redutor), seguido de western blotting com anticorpo específico para a Prx2 ou PrxSO2/3 (formas hiperoxidadas da Prx2). Os resultados indicaram que as formas hiperoxidadas estavam aumentadas nos doentes 3 SAOS, mais significamente (p≤0,05) à noite, em relação aos indivíduos controlo. O tratamento CPAP pareceu reduzir esta hiperoxidação. Estes resultados corroboram os resultados obtidos nos eritrócitos destes doentes. No entanto, formas da Prx2, possivelmente com outras modificações pós-traducionais, que não a hiperoxidação, também mostraram uma tendência para um aumento matinal nos doentes SAOS. Esta tendência foi significativamente (p≤0.05) reduzida após tratamento. Estes resultados, embora preliminares, são interessantes dado que a presença desta proteína no meio extra celular ser reconhecida como uma sinalizadora de stress/inflamação. Em suma, os dados obtidos são motivadores para se prosseguir com a investigação no plasma, no desenvolvimento futuro de novas ferramentas de diagnóstico, prognóstico e/ou monitorização terapêutica da SAOS. [EN] The obstructive sleep apnea (OSA) is a major public health problem, not only for compromising the lifestyle and the patient's well-being but also to be itself a risk factor for developing cardiovascular, metabolic and carcinogenic diseases. Despite great advances in diagnostic methods and treatment of OSA, still remain to be elucidated the molecular mechanisms that lead to its development and associted pathologies. The assessment of blood plasma proteomic profile that may be specifically associated with OSA, OSA severety or the response/efficacy of continuous positive airway pressure (CPAP) treatment, was the ultimate goal of this study. The proteins that constitute this profile, once validated, are potential biomarkers of diagnostic, prognostic and/or therapeutic monitoring of OSA. In a first phase, it was necessary to optimize the preparation of human plasma sample and its analysis by two-dimensional electrophoresis (2DE) on mini-gels, for future identification of differentially expressed proteins in the disease/condition by mass spectrometry. This objective was successfully completed, by showing that the use of 2DE minigels is possivel in future cost-effective analysis. In parallel, it was investigated wheather the redox-oligomeric state of the protein peroxiredoxin 2 (Prx2) (a biomarker of inflammation/oxidative stress) was changed in plasma of OSA patients and wheather this change was parcially reverted by CPAP treatment as it has been observed in erythrocytes of this patients. The validation of erythrocyte data in plasma, may contribute to a better understanding of the importance of the role of Prx2 in OSA. For this, “night” and “morning” plasma samples were selected, taken in the night before polysomnographic diagnosis, and in the next morning, respectively, from snorers (control) and OSA patients (mild, moderate or severe). For these last ones, morning samples "CPAP" were also collected, after six months of treatment. The samples were analyzed by reduced and non-reduced 1DE SDS-PAGE (with or without reducing agent), followed by western blotting with specific antibodys for Prx2 or PrxSO2/3 (hiperoxidized forms of Prx2). The results indicated that the hiperoxidized forms were increased in OSA patients plasma, most significantly (p≤0.05) at night compared to the control ones. The treatment seemed to reduce this hyperoxidation. These results corroborate with the study conducted in erythrocytes. However, forms of Prx2, probably 5 with other post-translational modifications, which do not hyperoxidation, also showed a trend towards an morning increase in OSA patients. This tendency was significantly (p≤0.05) reduced after treatment. These results, although preliminary, are interesting due to the presence of this protein in the extracellular medium and be recognized as a signal of stress/inflammation. In summary, the data are motivating to proceed with the investigation in plasma, in the future development of new diagnostic, prognostic and/or therapeutic monitoring of OSA.