Search

Mature microRNAs are short non-coding RNA sequences which upon incorporation into the RISC ribonucleoprotein complex, play a crucial role in regulation of gene expression. However, miRNAs can exist within the cell also as free molecules fulfilling their biological activity. Therefore, it is emerging that in addition to sequence even the structure adopted by mature miRNAs might play an important role to reach the target. Indeed, we analysed by several spectroscopic techniques the secondary structures of two artificial miRNAs selected by computational tool (miR-Synth) as best candidates to silence c-MET and EGFR genes and of two endogenous miRNAs (miR-15a and miR-15b) having the same seed region, but different biological activity. Our results demonstrate that both endogenous and artificial miRNAs can arrange in several 3D-structures which affect their activity and selectivity toward the targets.

Many persistent organic pollutants, such as polychlorinated biphenyls (PCBs), have high immunomodulating potentials. Exposure to them, in combination with virus infections, has been shown to aggravate outcomes of the infection, leading to increased viral titers and host mortality. Expression of immune-related microRNA (miR) signaling pathways (by host and/or virus) have been shown to be important in determining these outcomes; there is some evidence to suggest pollutants can cause dysregulation of miRNAs. It was thus hypothesized here that modulation of miRNAs (and associated cytokine genes) by pollutants exerts negative effects during viral infections. To test this, an in vitro study on chicken embryo fibroblasts (CEF) exposed to a PCB mixture (Aroclor 1260) and then stimulated with a synthetic RNA virus (poly(I:C)) or infected with a lymphoma-causing DNA virus (Gallid Herpes Virus 2 [GaHV-2]) was conducted. Using quantitative real-time PCR, expression patterns for mir-155, pro-inflammatory TNFα and IL-8, transcription factor NF-κB1, and anti-inflammatory IL-4 were investigated 8, 12, and 18 h after virus activation. The study showed that Aroclor1260 modulated mir-155 expression, such that a down-regulation of mir-155 in poly(I:C)-treated CEF was seen up to 12 h. Aroclor1260 exposure also increased the mRNA expression of pro-inflammatory genes after 8 h in poly(I:C)-treated cells, but levels in GaHV-2-infected cells were unaffected. In contrast to with Aroclor1260/poly(I:C), Aroclor1260/GaHV-2-infected cells displayed an increase in mir-155 levels after 12 h compared to levels seen with either individual treatment. While after 12 h expression of most evaluated genes was down-regulated (independent of treatment regimen), by 18 h, up-regulation was evident again. In conclusion, this study added evidence that mir-155 signaling represents a sensitive pathway to chemically-induced immunomodulation and indicated that PCBs can modulate highly-regulated innate immune system signaling pathways important in determining host immune response outcomes during viral infections. © 2020 The Author(s). Published by Informa UK Limited, trading as Taylor & Francis Group. This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.

BackgroundClear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is one of the most lethal urologic cancer. Associations of both visceral adipose tissue (VAT) and subcutaneous adipose tissue (SAT) with ccRCC have been reported, and underlying mechanisms of VAT perhaps distinguished from SAT, considering their different structures and functions. We performed this study to disclose different miRNA-mRNA networks of obesity-related ccRCC in VAT and SAT using datasets from Gene Expression Omnibus (GEO) and The Cancer Genome Atlas (TCGA); and find out different RNAs correlated with the prognosis of ccRCC in VAT and SAT.MethodsWe screened out different expressed (DE) mRNAs and miRNAs of obesity, in both VAT and SAT from GEO datasets, and constructed miRNA-mRNA networks of obesity-related ccRCC. To evaluate the sensitivity and specificity of RNAs in networks of obesity-related ccRCC in both VAT and SAT, Receiver Operating Characteristic (ROC) analyses were conducted using TCGA datasets. Spearman correlation analyses were then performed to find out RNA pairs with inverse correlations. We also performed Cox regression analyses to estimate the association of all DE RNAs of obesity with the overall survival.Results136 and 185 DE mRNAs of obesity in VAT and SAT were found out. Combined with selected DE miRNAs, miRNA-mRNA networks of obesity-related ccRCC were constructed. By performing ROC analyses, RNAs with same trend as shown in networks and statistically significant ORs were selected to be paired. Three pairs were finally remained in Spearman correlation analyses, including hsa-miR-182&ATP2B2, hsa-miR-532&CDH2 in VAT, and hsa-miR-425&TFAP2B in SAT. Multivariable Cox regression analyses showed that several RNAs with statistically significant adjusted HRs remained consistent trends as shown in DE analyses of obesity. Risk score analyses using selected RNAs showed that the overall survival time of patients in the low‐risk group was significantly longer than that in the high‐risk group regardless of risk score models.ConclusionsWe found out different miRNA-mRNA regulatory networks of obesity-related ccRCC for both VAT and SAT; and several DE RNAs of obesity-related ccRCC were found to remain consistent performance in terms of ccRCC prognosis. Our findings could provide valuable evidence on the targeted therapy of obesity-related ccRCC.

Rare-earth pneumoconiosis (REP) is the main occupational disease of rare earth exposed workers and there is no specific treatment. In this study, we performed high-throughput sequencing on the plasma of nine REP to describe and analyze the expression profiles of long non-coding RNA (lncRNA), micro RNA (miRNA) and mRNA and investigate their regulatory networks. Our results identified a total of 125 lncRNAs, 5 miRNAs, and 82 mRNAs were differentially expressed in the plasma of patients with REP. Furthermore, Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) analysis were used to analyze the differentially expressed non-coding RNAs (ncRNA). We found the differential expression of ncRNA are mainly related to the response of cells to stimulation, Hedgehog signaling pathway and so on. We also constructed lncRNA-miRNA-mRNA networks to further explore their underlying mechanism and possible relationships in REP. We found that in the competitive endogenous RNA (ceRNA) networks, lncRNA acts as a sponge of miRNA to regulate the target gene. The expression results were verified by qRT-PCR and the protein interaction networks of differentially expressed genes were constructed via the STRING database. OncoLnc online platform was used to do the lung cancer survival analysis among the top five mRNA analyzed by Protein-protein interaction (PPI) network analysis. We found miR-16-2-3p may used as biomarker for REP, because it is closely related to the occurrence and prognosis of REP through inflammatory reaction and in lung squamous cell carcinoma, its expression levels were positively correlated with the overall survival rate of patients.

Covalently closed circular RNAs were recently described in the human DNA tumor viruses Epstein-Barr virus (EBV), Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), and human papillomavirus (HPV). Here, we show that MCV, another DNA tumor virus, generates circRNAs from its early regulatory region in concert with T antigen linear transcripts., Viral noncoding RNAs have acquired increasing prominence as important regulators of infection and mediators of pathogenesis. Circular RNAs (circRNAs) generated by backsplicing events have been identified in several oncogenic human DNA viruses. Here, we show that Merkel cell polyomavirus (MCV), the etiologic cause of ∼80% of Merkel cell carcinomas (MCCs), also expresses circular RNAs. By RNase R-resistant RNA sequencing, four putative circRNA backsplice junctions (BSJs) were identified from the MCV early region (ER). The most abundantly expressed MCV circRNA, designated circMCV-T, is generated through backsplicing of all of ER exon II to form a 762-nucleotide (nt) circular RNA molecule. Curiously, circMCV-T, as well as two other less abundantly expressed putative MCV circRNAs, overlaps in a complementary fashion with the MCV microRNA (miRNA) locus that encodes MCV-miR-M1. circMCV-T is consistently detected in concert with linear T antigen transcripts throughout infection, suggesting a crucial role for this RNA molecule in the regulatory functions of the early region, known to be vital for viral replication. Knocking out the hairpin structure of MCV-miR-M1 in genomic early region expression constructs and using a new high-efficiency, recombinase-mediated, recircularized MCV molecular clone demonstrates that circMCV-T levels decrease in the presence of MCV-miR-M1, underscoring the interplay between MCV circRNA and miRNA. Furthermore, circMCV-T partially reverses the known inhibitory effect of MCV-miR-M1 on early gene expression. RNase R-resistant RNA sequencing of lytic rat polyomavirus 2 (RatPyV2) identified an analogously located circRNA, stipulating a crucial, conserved regulatory function of this class of RNA molecules in the family of polyomaviruses.

MicroRNAs (miRNAs) are 22-nucleotide single-stranded RNAs which regulate gene expression by targeting 3′ untranslated regions. Previous studies have suggested that miRNAs may be used as markers for investigating the molecular regulation of gene expression. In the present study, miRNA and mRNA expression profiles were investigated using a massively parallel next generation sequencing technique to compare herpes simplex virus (HSV)2-infected (n=3) and healthy (n=3) epithelial tissues from guinea pigs. Total RNA was isolated and RNA sequencing was performed using a HiSeq 2000 sequencing system. Differential expression of miRNA and mRNA was analyzed using two-tailed t-tests. A negative correlation was detected between the miRNAs and their predicted target genes. Following infection with HSV2, 205 and 159 miRNAs were demonstrated to be upregulated and downregulated, respectively. These differentially expressed miRNAs were associated with cellular and metabolic processes, biological regulation, response to stimuli and cellular components of the immune system, as determined by functional gene ontology analysis. Following HSV2 infection, 6 upregulated miRNAs including miR-592, miR-1245b-5p, miR-150, miR-342-5p, miR-1245b-3p and miR-124 were demonstrated to participate in the toll-like receptor (TLR) pathway by targeting related genes. These results suggested that the downregulated genes were associated with the TLR pathway after infection with HSV2. The results of reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction analysis were consistent with RNA sequencing, indicating that the increased expression of these miRNAs downregulated the TLR pathway-associated genes, which may mediate the progression of HSV2-induced genital herpes.

Aberrant expression of microRNA (miRNA) in biological cells is crucial evidence for early diagnosis of cancer. Improvements in molecular detection techniques enabled miRNA to be detected in human blood obtained from liquid biopsies (e.g., Polymerase chain reaction, microcantilever sensor, and surface-enhanced Raman spectroscopy). Despite the advances in molecular detection technology, a simultaneous detection of single or multiple mutations of miRNAs is still a challenge. Here, we show electrostatic force microscopy (EFM) imaging of DNA-capped gold nanoparticles (DCNP) that enables discrimination between single and three-nucleotide polymorphism (SNP, TNP): 1 and 3-point mismatched nucleotides in miRNA-21 (M1_RNA, M3_RNA). Detection of the miRNA-21 and their mutant sequence is owing to sterically well-adjusted DNA–RNA interactions that take place within the confined spaces of DCNP. The average absolute EFM amplitudes of DCNP interacting with M1_RNA, and M3_RNA (− 81.0 ± 11.5, and − 65.7 ± 8.2 mV) were found to be lower than the DCNP reacting with normal (non-mutant) miRNA-21 (− 100.2 ± 13.6 mV).

Bu çalışma, TÜBİTAK (Proje No: 112S636) ve PAÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi tarafından desteklenmiştir (Proje No: 2018SABE012). Küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK) yüksek metastatik kapasitesinden dolayı agresif bir kanser tipidir. Nükleer Faktör Kappa B (NF-κB), malign akciğer kanseri hücrelerinde sürekli aktif bir transkripsiyon faktörüdür ve KHDAK progresyonunda hayati öneme sahiptir. Aynı zamanda, tümör baskılayıcı ve onkogen olarak fonksiyon gösteren mikroRNA’lar (miRNA’lar) dahil olmak üzere birçok genin transkripsiyonel düzenlenmesinde yer almaktadır. Bazı miRNA’ların NF-κB tarafından indüklenen gen üyeleri olarak tanımlanmasının giderek arttığı bildirilmiştir. Bu çalışma NF-κB tarafından düzenlenen yeni miRNA'ları bulmayı amaçlamıştır. NF-κB bağımlı miRNA'ların belirlenmesinde Kromatin İmmünopresipitasyon Sekans (ChIP-Seq) deneyi ve biyoenformatik analiz kullanılmıştır. Western blot analizi, kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR), lusiferaz reporter gen deneyleri miRNA'ların hedef genlerini araştırmak için gerçekleştirildi. Biyolojik aktiviteyi belirlemek için, H1299 ve A549 KHDAK hücre hatlarında transwell invazyon, migrasyon ve MTT testi yapılmıştır. miRNA ekspresyon düzeyi, metastatik tanı almış ve almamış olan KHDAK hastalarının primer tümör doku örneklerinde değerlendirildi. ChIP-Seq ve qRT-PCR deneyleri miR-548as-3p, miR-8078, miR-1915-5p, miR-621, miR-1203 ve miR-3179'un tümör nekroz faktör-α (TNF-α) aracılı NF-κB tarafından transkripsiyonel olarak düzenlendiğini gösterdi. Sonra, tümör baskılayıcı fosfataz ve tensin homolog (PTEN)’un miR-548as-3p’nin doğrudan hedefi olduğunu bulduk. Üstelik miR-548as-3p, fosfatidilinositol-3-OH kinaz (PI3K)/AKT/NF-κB yolağını ve Slug, Zeb1 ve matriks metalloproteinaz 9 (MMP9)’un dahil olduğu NF-κB ilişkili genleri aktive etmektedir. Ayrıca, miR-8078'in C2 kalsiyum bağımlı domain içeren 2 (C2CD2)’yi hedefleyerek KHDAK hücrelerinin invazyon ve çoğalmasını arttırdığını tespit ettik. miR-548as-3p ve miR-8078'in KHDAK hücrelerinin invazyonunu arttırdığını ve metastatik tanı almış olan KHDAK hastalarının tümör dokularında metastatik tanı almamışlara göre yüksek seviyede olduğunu gösterdik. Tüm bu bulgular, miR-548as-3p ve miR-8078'in, akciğer kanserinin tedavisi için yeni bir aday hedef molekül olabileceğini göstermektedir. Non-small cell lung cancer (NSCLC) is an aggressive cancer type due to high metastatic capacity. Nuclear Factor Kappa B (NF-κB) is a consistently active transcription factor in malignant lung cancer cells and has crucial significance in NSCLC progression. It is also implicated in the transcriptional regulation of many genes including microRNAs (miRNAs) that function as tumor suppressor or oncogene. It has been increasingly reported that several miRNAs defined as gene members are induced by NF-κB. The present study aimed to find novel miRNAs that are regulated by NF-κB. Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-Seq) experiment and bioinformatic analysis were used to determine NF-κB–dependent miRNAs. Western blot analysis, quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR), luciferase reporter gene assays were carried out to investigate the target genes of miRNAs. To determine biologic activity, transwell invasion, migration and MTT assay were carried out on H1299 and A549 NSCLC cell lines. miRNA expression level was evaluated in primer tumor tissue samples of NSCLC patients with or without metastatic diagnosis. ChIP-Seq and qRT-PCR experiments showed that miR-548as-3p, miR-8078, miR-1915-5p, miR-621, miR-1203 and miR-3179 are transcriptionally regulated by tumor necrosis factor-α (TNF-α)-mediated NF-κB. Then, we found that tumor suppressor phosphatase and tension homolog (PTEN) is a direct target of miR-548as-3p. Furthermore, miR-548as-3p activates phosphatidylinositol-3-OH kinase (PI3K)/AKT/NF-κB pathway and NF-κB-related genes including matrix metalloproteinase 9 (MMP9), Slug and Zeb1. Also, we determined that miR-8078 increases invasion and proliferation of NSCLC cells by targeting C2 calcium dependent domain containing 2 (C2CD2). We further showed that miR-548as-3p and miR-8078 increased invasiveness of NSCLC cells and was upregulated in tumor samples of NSCLC with metastatic diagnosis compared to without non-metastatic diagnosis. All these findings provide that miR-548as-3p and miR-8078 could be a new candidate target molecule for the treatment of lung cancer.

Background Multiple myeloma (MM) accounts for 10% of all hematological malignancies. Dysregulation of microRNAs (miRNAs) or long non-coding RNAs (lncRNAs) has important impacts on progression of MM. Circular RNAs (circRNAs) are correlated with malignancy in the modulation of tumor progression. This study aims to investigate the effect of circ_0000190 on regulating the progression of MM. Method Microscopic examination via single molecule fluorescent in situ hybridization indicates the location of circ_0000190. qRT-PCR and Western blot were used to evaluate the expression of RNAs and proteins. Potential target of circ_0000190 was searched as miRNA, and examined by luciferase reporter assay. A computational screen was also conducted to search the potential target of miRNA. In vitro cell viability, proliferation, apoptosis assays and flow cytometric were performed to assess the effects of circ_0000190 and its target on MM. Mice model of human MM was established with subcutaneous xenograft tumor, qRT-PCR and western blot were performed to detect the underlying mechanisms of circ_0000190 on MM. Results Circ_0000190 was located in the cytoplasm, and down-regulated in both bone marrow tissue and peripheral blood, while the target of circ_0000190, miR-767-5p, was up-regulated, suggesting a negative correlation between them. The binding ability between circ_0000190 and miR-767-5p was confirmed by luciferase reporter assay. Moreover, circ_0000190 inhibited cell viability, proliferation and induced apoptosis of MM thus inhibiting cell progression, which is partially through the negative regulation of miR-767-5p. Mitogen-activated protein kinase 4 (MAPK4) is a direct target of miR-767-5p. In addition, over-expression of miR-767-5p promoted cell progression by directly targeting and regulating MAPK4. The MM model mice with administration of circ_0000190 suppressed tumor growth and progression. Conclusion Our results revealed that the ability of circ_0000190 to protect against MM was inherited through repression of miR-767-5p, and miR-767-5p might be a tumor drive through targeting MAPK4. Therefore, a novel role of circ_0000190 on regulating the progression of MM was found, and the clinical application of circRNAs might represent a strategy in MM. Electronic supplementary material The online version of this article (10.1186/s13046-019-1071-9) contains supplementary material, which is available to authorized users.

AMAÇ: Siklofosfamid (CP) alkilleyici, kemoterapötik ajandır. Kanser tedavilerinde yaygın olarak kullanılmaktadır ve birçok organ üzerinde özellikle gonadlar üzerinde zararlı etkileri bulunmaktadır. Bu çalışmada, farelerde CP uygulaması sonrasında ortaya çıkan testis hasarının, GDNF, Okludin ve TGF-β3 primer antikorları ile immunohistokimyasal teknik kullanılarak belirlenerek, kan ve doku örneklerindeki mir-34b ve mir-34c arasındaki ilişkinin tespit edilmesi amaçlandı. GEREÇ VE YÖNTEM: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Deney Hayvanları Araştırma ve Uygulama Merkezi Laboratuvarları'ndan alınan sağlıklı 2 aylık erkek fareler (n:18) üç gruba ayrıldı. Kontrol grubuna hiçbir işlem uygulanmadı. Deney grubuna 5 gün boyunca intraperitoneal, günde bir kez 100 mg/ kg CP, sham grubuna ise aynı miktarda serum fizyolojik enjekte edildi. Son enjeksiyondan 24 saat sonra hayvanlar sakrifiye edilerek, testis dokuları ve kan örnekleri alındı. Dokular ve kan örnekleri immunohistokimyasal ve RT-PCR incelemeleri için takip edildi.BULGULAR: Testis dokularının immunohistokimyasal incelenmesinde, kontrol grubu ve sham grubu ile karşılaştırıldığında, CP verilen grupta spermatogenik germ hücre sayısında, GDNF ve Okludin ekspresyonlarında azalma; TGF-β3'ekspresyonunda artış gözlendi. RT-PCR tekniği ile mir-34b ve mir-34c ekspresyonları incelendiğinde, doku örneklerinde CP verilen grupta belirgin azalma tespit edilirken, plazma örneklerinde yeterli ekspresyon gözlenmedi.SONUÇLAR: Bu çalışmada, CP'nin neden olduğu testis hasarında GDNF, Okludin ve TGF-β3 ekspresyonlarının önemli rol oynadığı, doku örneklerinde mir-34b ve mir-34c ekspresyonlarında ortaya çıkan azalmanın, testis hasarının belirlenmesinde önemli bir marker olabileceği, ancak plazmada tespit edilebilmesi için daha ileri tetkiklere ihtiyaç olduğu sonucuna varıldı.ANAHTAR KELİMELER: Siklofosfamid, testis, GDNF, Okludin, TGF-β3, miR34b/c CAim: Cyclophosphamide (CP) is an alkylating, chemotherapeutic agent commonly used in cancer treatments and has a detrimental effect on many organs, especially gonads. In this study, we aimed to determine the relationship between GDNF, Okludin and TGF-β3 primary antibodies determined by immunohistochemical techniques and mir-34b and mir-34c in blood and tissue samples in testicular injury after CP administration in mice.Materials and Methods: Eight weeks old male rats (n: 18) from Manisa Celal Bayar University Laboratory of Experimental Animals Research and Application Center were divided into three groups. No treatment was applied to the mice in the control group. Mice in the experimental group were injected 100 mg/kg CP intraperitoneally once daily for 5 days, and in the sham group the same amount of saline was injected. 24 hours after the last injection, the animals were sacrificed, and testicular tissues and blood samples were taken. Tissues and blood samples were analyzed by immunohistochemical and RT-PCR methods.Results: Immunohistochemical analysis of testicular tissues showed a decrease in both spermatogenic germ cell count and GDNF and Okludin expressions, and an increase in TGF-β3' expression in the CP group compared to the control and sham group. When the expression of mir-34b and mir-34c were examined by RT-PCR technique, significant decrease was observed in tissue samples in the CP-treated group, but sufficient expression was not observed in plasma samples of the all groups.Conclusion: In this study, it was concluded that the expression of GDNF, Okludin and TGF-β3 plays an important role in testicular injury caused by CP, and the decrease in the expression of mir-34b and mir-34c in tissue samples may be an important marker for the detection of testicular damage, however, further investigations are needed to detect them in plasma.Keywords: Cyclophosphamide, testes, GDNF, Okludin, TGF-β3, miR34b/c 168

Bu tezin amacı, miRNA-582-5p ve miRNA-363 ekspresyon seviyelerinin, apoptozun başlatılmasında kilit role sahip olan kaspaz-9'un serum düzeyinde ilişkisinin glioblastoma multiforme (GBM) hastalarında araştırılmasıdır. Bu amaçla, toplam olarak 71 birey seçilerek, GBM tanısı almış olan (n=35) ve daha önce bu hastalığın tanısını almamış olanlar (n=36) olmak üzere iki gruba ayrılmıştır.Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak grupların miRNA-582-5p, miRNA-363 ekspresyon seviyeleri ve kaspaz-9 geni Ex5+32 G>A (rs1052576) polimorfizmi analiz edilmiştir. miRNA ekspresyon analizleri, miRNA-582-5p ve miRNA-363 ekspresyon seviyelerinin anlamlı olarak hasta grubunda anlatımının azaldığını göstermiştir (p=0.014* ve p=0.010*). Serum miRNA-582-5p, miRNA-363 ve serum kaspaz-9 seviyeleri karşılaştırıldığında, istatistiksel olarak miRNA ekspresyon seviyesi arasında bir anlamlılık tespit edilememiştir (p=0.144 ve p=0.050).Ayrıca, Türk populasyonunda kaspaz-9 geni Ex5+32 G>A (rs1052576) polimorfizmi GBM hastalarının yanı sıra tanı konulmamış bireylerde araştırılmıştır. GG genotipine sahip olmak, GBM riskini 3.78 kat azaltmaktadır (p=0.015*). Biyobelirteç adaylığının son değerlendirme noktası olan ROC analiz sonuçlarına göre, miRNA-582-5p ve miRNA-363'ün GBM için biyobelirteç adayı olabileceği gözlemlenmiştir (miRNA-582-5p ΔCт p=0.006*; kat değişimi p=0.0001* ve miRNA-363 ΔCт p=0.0016*; kat değişimi p=0.0001*). Sonuç olarak, çalışma grupları ile miRNA-582-5p ve miRNA-363 ekspresyon seviyeleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmuş olup, miRNA-582-5p ve miRNA-363 ekspresyon seviyelerinin serum kaspaz-9 seviyesi üzerinde bir etkisi olmadığı bulunmuştur. The aim of this thesis study is to investigate the expression levels of microRNA-582-5p and miRNA-363 as they relate to serum levels of caspase-9, which holds key roles in the initiation of apoptosis in glioblastoma multiforme (GBM) patients. For this purpose, a total of 71 individuals, were selected and divided into two groups: those who were diagnosed with GBM disease (n=35),and those who were not previously diagnosed with this disease (n=36).The expression levels of miRNA-582-5p, miRNA-363 and caspase-9 gene Ex5+32 G>A (rs1052576) polymorphism of the groups were analyzed using real-time polymerase chain reaction. The miRNA expression analysis showed that miRNA-582-5p and miRNA-363 expressions were significantly downregulated in the patient group (p=0.014* and p=0.010*). When the means of serum miRNA-582-5p, miRNA-363 and serum caspase-9 levels were compared, a statistically significant relationship between miRNA expression levels and caspase-9 level could not be determined (p=0.144 and p=0.050). Also, caspase-9 gene Ex5+32 G>A (rs1052576) polymorphism was investigated in GBM patients, as well as undiagnosed individuals in the Turkish population. Having GG genotype reduced the risk of GBM by 3.78 times (p=0.015*). According to the results of ROC analysis, which is the last assessment point for biomarker nomination, it was observed that miRNA-582-5p and miRNA-363 are candidate biomarkers for GBM (miRNA-582-5p ΔCт p=0.006*; fold change p= 0.0001* and miRNA-363 ΔCт p=0.0016*; fold change; p=0.0001*). In conclusion, while a statistically significant relationship was found between miRNA-582-5p, miRNA-363 expression levels and working groups, no statistically significant relationship was found between miRNA-582-5p and miRNA-363 expression levels regarding an effect on serum caspase-9 levels. 110

Son yıllarda allerjik hastalıkların sıklığındaki artışın çevre-gen etkileşimleri sonucu oluşan epigenetik değişimlerle açıklanabileceği düşünülmektedir. Bu çalışma da alerjik riniti ve astımı olan çocuklarda dolaşımda yer alan bazı miRNA'ların ifadelerindeki değişimi saptayarak hastalık patogenezinde rol oynayabilecek aday miRNA'ları tanımlamayı hedefledik.Çalışmaya 20 sağlıklı çocuk, 20 mevsimsel allerjik rinitli, 20 astımlı ve 12 perennial allerjik rinitli çocuk dahil edildi. Mevsimsel allerjik rinitli hastalar alerjen sezonunda ve sezon dışında karşılaştırmalı olarak değerlendirildi. Allerjik hastalıklarla ilişkisi olabileceği düşünülen miRNA'ların (miR-181a, miR-133b, miR-125b, miR-126 ve miR-206) ifadelerindeki değişim RT–PCR yöntemi ile belirlendi ve kontrol örneklerininki ile kıyaslandı. Sonuçlar 2− ΔΔCT metodu kullanılarak analiz edildi.Çalışmaya dahil edilen sezon dışı mevsimsel AR'li grupta miR-125b'nin ve miR-181'nın ekspresyonunda kontrol grubuna göre azalma olduğu belirlenmiştir (p=0.039, p=0.014). Mevsimsel AR'li grupta allerjen sezonunda aday miRNA'ların ekspresyonları sezon dışına göre kıyaslandığında ise miR-125b ve miR-181a'nın ekspresyonlarının arttığı gözlemlenmiştir (p=0.027, p=0.001). Astımlı ve perennial allerjik rinitli hastaların bulunduğu grupta ise miR-206'nın ekspresyonunda kontrol grubuna göre azalma olduğu bulunmuştur (p=0.002, p=0.024). Çalışmamız mevsimsel AR'li hastaların kontrol grubu ile kıyaslandığında miRNA ekspresyonlarında anlamlı farklılıklar olduğunu, AR'li hastalarda allerji sezonu öncesi ve sezonda da ekspresyon seviyelerinde farlılıklar olduğunu göstermiştir. Ayrıca astımlı hastalar ile mevsimsel AR'li hastalar karşılaştırıldığında iki hastalıkta farklı miRNA'lar hastalıkla ilişkili olarak saptanmıştır. Tüm bu sonuçlar, miR-181a, miR-125b'nin mevsimsel alerjik rinit için ve miR-206'nın ise atopik olmaya astım için aday biyobelirteç olabileceğini göstermektedir. The increase in the frequenccy of allergic disease in recent years thought to be explain by epigenetic changesas a result of gene-environment interactions. In this study we aimed to identify the miRNAs which may have a role in disease pothogenesis in children with allergic rhinitis and asthma by determining of the changes in expression of some circulating miRNAs.The study included 20 healthy children, 20 seasonal allergic rhinitis, 20 asthmatic and 12 perennial allergic rhinitis children. Patients with seasonal allergic rhinitis were evaluated comparatively in and out of the allergen season. The changes in the expressions of miRNAs (miR-181a, miR-133b, miR-125b, miR-126 and miR-206) thought to be related to allergic diseases were determined by RT-PCR and compared to that of the control samples. The results were analyzed using the 2− ΔΔCT method.In seasonal AR (non-allergen season) group, miR-125b and miR-181a expression levels were observed to be lower than control group (p=0.039, p=0.014). In the seasonal AR group, in allergen season miR-125b and miR-181a miRNAs expression levels were observed to be higher than the out of allergen season (p=0.027, p=0.001). Also, in the group of patients with asthma and perennial allergic rhinitis, the expression of miR-206 was found to be decreased compared to the control group (p=0.002, p=0.024).Our study showed that there were significant differences in miRNA expression when the control group and seasonal AR patients were compared. Also, there were differences in expression levels in AR patients before and after the allergy season. In addition, different types of miRNA were found to be associated with the disease when the asthma and seasonal AR patients were compared. All these results showed that miR-181a, miR-125b can be a candidate biomarker for seasonal allergic rhinitis and miR-206 can be a candidate biomarker for non-atopic asthma. 112

Meme kanseri, Dünya'daki kanser çeşitlerinin arasında yeni vakalarda ikinci sırada, ölüm vakalarında ise beşinci sırada gelmektedir. Gün geçtikçe tüm Dünya'da ve ülkemizde meme kanserinin görülme sıklığı artmaktadır. Transkripsiyon faktörlerinden olan Twist1, epitel hücrelerinin yer değiştirme, düzenlenme, farklılaşma gibi faaliyetlerini düzenlemektedir. Tüm kanser türlerinde, kötü prognoz, yüksek dereceli invaziv ve metastatik lezyonlarla ilişkilendirilmiş ve ayrıca apoptozisi indüklediği belirtilmiştir. Ayrıca Twist1, anjiyojenezi ve kromozomal instabiliteyi indükleyen MCF-7 hücrelerinde vasküler endotel büyüme faktörü (VEGF) sentezini arttırabilir. Twist1, kanser ile ilişkilendirilen mikro RNA (miRNA)'ların da ekspresyonlarını düzenlemektedir. miRNA'lar, fonksiyonel RNA molekülleridir. Gen ekspresyonunun fonksiyonel olarak düzenlenmesinde rol oynamaktadır. miRNA'ların meme kanseri patogenezinde rol oynadığının belirlenmesi, miRNA'ların ileride meme kanserinin tanı ve tedavisinde de yararlı olabileceğini düşündürmektedir. Bu çalışmada MCF-7 meme kanseri hücre serisinde eksprese olan Twist1 geninin miRNA'ların ekspresyon düzeylerine etkisi Real Time PCR analizi ile incelendi. Çalışma sonucunda, miR-1-1, miR-7-5p, miR-15a-5p, miR-15b-5p, miR-34c-5p, miR-39-3p, miR-183-5p ve miR-210-3p ekspresyonlarının up regüle olduğu tespit edildi.Çalışmada elde edilen verilere göre, miR-1-1, miR-7-5p, miR-15a-5p, miR-34c-5p, miR-210-3p ve miR-183-5p'nin hücre döngüsünü, apoptozu ve metastazı etkileyebileceği gözlemlenmiştir.Anahtar Sözcükler: MCF-7; miRNA; Twist1. Breast cancer is second among new types of cancers in the world and fifth in death cases.The prevalence of breast cancer is increasing day by day in our country and in the world.Twist1 Transcription factor regulates the functions of epithelial cells such as displacement, regulation, and differentiation. In all types of cancer, poor prognosis is associated with high-grade invasive and metastatic lesions and has also been implicated in inducing apoptosis. In addition, Twist1 may enhance the synthesis of vascular endothelial growth factor (VEGF) in MCF-7 cells that induce angiogenesis and chromosomal instability. Twist1 also regulates the expression of micro-RNAs (miRNAs) associated with cancer.miRNAs are functional RNA molecules. It plays a role in the functional regulation of gene expression. Whether miRNAs play a role in breast cancer pathogenesis suggests that miRNAs may be useful in the diagnosis and treatment of breast cancer in the future.In this study, the effect of Twist1 gene on expression levels of miRNAs expressed in MCF-7 breast cancer cell line was investigated by Real-Time PCR analysis.At the end of the study, the result of expressions of miR-1-1, miR-7-5p, miR-15a-5p, miR-15b-5p, miR-34c-5p, miR-39-3p, miR-183-5p and miR-210-3p were determined as up-regulated.According to the data obtained in the study, it was observed that miR-1-1, miR-7-5p, miR-15a-5p, miR-34c-5p, miR-210-3p and miR-183-5p may affect cell cycle, apoptosis and metastasis.Keywords: MCF-7; miRNA; Twist1. 66

Memeli vücudunun büyüklüğünü doğum öncesi ve doğum sonrası dönemlerde farklı şekillerde düzenlenen genetik ve epigenetik mekanizmalar belirlemektedir. miR-124 hem gelişmekte olan hem de olgun beyindeki pronöronal rolü ile iyi tanınan ve beyinde, özellikle de hipokampuste bol bulunarak belirli genlerin ifadesini doğrudan etkileyebilen epigenetik bir faktördür. Evrimsel süreçte dizisinin ve ekspresyon paterninin korunmuş olması Merkezi Sinir Sistemi (MSS) gelişiminde kritik öneme sahip olduğuna işaret etse de miR-124'ün nöronal gelişimdeki rolü tam olarak açıklanamamaktadır.Çalışmamızda Balb/c ırkı farelerin postnatal çalışma kapsamında miR-124-3p mikroenjeksiyonu sonucunda (miR-124*) dünyaya gelen yavruların 120 gün boyunca haftalık yem tüketimleri ve kilo takipleri yapılmış, 2 aylık olduklarında açık alan, delikli tahta, yeni nesne tanıma, Y labirent, kuyruktan asma, sosyal alan, bilye gömme ve koku deneyi gibi davranış deneyleri uygulanmıştır. Prenatal çalışma kapsamında ise 19,5 günlük embriyodan hipokampus çıkarılıp hem RNA izole edilmiş hem de kültürü yapılıp Epidermal Büyüme Faktörü (EGF) uygulanan (EGF(+)) ve uygulanmayan (EGF(-)) gruplara ayrılarak NS (NS) elde edilmiştir. NS'in sayı ve alan ölçümleri yapıldıktan sonra RNA izole edilmiştir. Böylece hem hipokampus hem de EGF (+) ve EGF (-) NS'de Sox8, Sox9, Sox10, Dcx ve Neurod1 mRNA ekspresyon seviyeleri araştırılmıştır. Sox8 ekspresyonu hipokampuste miR-124* dişilerde arttığı miR-124* erkekte ise azaldığı saptanırken, miR-124* erkeğin NS'inde EGF (-) iken artmış ancak EGF (+) iken değişmediği saptanmıştır. Sox9 ekspresyonu hipokampuste miR-124* erkekde artarken, miR-124* dişide azalmıştır, NS'de ise EGF (-) iken kontrole kıyasla miR-124* dişide ekspresyon seviyesi değişmezken, miR-124* erkekde azalmıştır. Sox10 ekspresyon seviyesi hipokampuste miR-124* erkekde kontrol erkeklerden (p

Akciğer kanseri, kansere bağlı ölümlerin tüm dünyadaki en sık nedenini oluşturmaktadır. Kronik obstruktif akciğer hastalığı ise zararlı gaz ve partiküllere karşı havayolları ve akciğerin artmış kronik inflamatuvar yanıtı ile ilişkili ve genellikle ilerleyici özellikteki kalıcı hava yolu obstruksiyonu ile karakterize, yaygın, önlenebilir ve tedavi edilebilir bir hastalıktır. KOAH doğal seyrinde akciğer kanserine dönüşebilmektedir. Her iki hastalığın da etiyolojisi incelendiğinde büyük oranda sigara dumanına maruziyetin önemli olduğu görülmektedir. KOAH ve akciğer kanseri büyük oranda sigara gibi ortak etiyolojik nedenlere dayalı ortaya çıktığı öngörüldüğü için patogenezlerinde muhtemel benzerlikler bulunduğu düşünülmektedir. Son yıllarda yapılan çalışmalar, miRNA'ların onkogenezde önemli yer tuttuğunu ve yeni bir tanısal biyobelirteç olabileceğini göstermiştir. Çalışmaya yeni tanı almış otuz KHDAK hastası ve tedavileri devam etmekte olan otuz KOAH tanılı hastası dahil edildi. Dışlama kriteri olarak KOAH grubunda herhangi bir ikincil malignite olması, KHDAK grubunda ise KOAH tanısı olması kullanılmışdı. Hastaların plazma örnekleri toplandı ve daha önceden belirlenmiş olan miRNA'ların (miR-20b, miR-518, miR-let-7d, miR-26a, miR-33a, miR-let-7b, miR-199-5p, miR-369-5p, miR-940, miR-662, miR-328, miR-641, miR-935, miR-93, miR-383, miR-449b, miR-511, miR-636, miR-513b , miR-635) ekspresyon düzeylerinin ölçümü yapıldı. Çalışma sonunda miRNA ekspresyon düzeyi değişimlerinin iki grup arasındaki farkları istatistiksel olarak analiz edildi. Analiz sonucunda 15 miRNA (miR-let-7d (p=0.006), miR-26a (p=0.01), miR-33a(p=0.001), miR-let-7b(p=0.001), miR-199-5p(p=0.001), miR-328(p=0.038), miR-641(p=0.001), miR-935(p=0.032), miR-93(p=0.01), miR-383(p=0,001), miR-449b(p=0.001), miR-511(p=0.001), miR-636(p=0.001), miR-513b(p=0.03) ve miR-635(p=0.01) tipinin istatistiksel olarak anlamlı (p

Kırım-Kongo Kanamalı Ateş, kene kaynaklı zoonotik viral bir hastalıktır. KKKA hastalığı, viral kanamalı ateş sendromları arasında yer alır ve ön planda ateş, kanama ve karaciğer fonksiyon bozukluğu ile seyreder. Gen ekspresyonunun düzenlenmesinde önemli rol oynayan mikroRNA'lar gelişme, farklılaşma, sağkalım, apoptoz ve yaşlanma gibi hücre yaşamı için gerekli birçok süreçte görev alırlar. İşlevlerini yerine getiremediklerinde birçok hastalığa yatkınlığa yol açabilirler. Bu çalışma KKKA hastalarında miRNA-1908 ekspresyon düzeylerinin araştırıldığı ilk çalışmadır. Bu amaçla, 60'ı hastalardan ve 40'ı kontrollerden olmak üzere toplam 100 adet kan örneğinin qPCR yöntemi ile miRNA ekspresyon düzeyleri ölçülmüştür. KKKA hastalarında kontrol grubuna göre miRNA-144 ekspresyon seviyesinin 11 kat azalmış olduğu (p=0.91), miRNA-1908 ekspresyonunun ise 1.44 kat artmış olduğu gösterilmiştir (p=0.87). Hastalar klinik ciddiyet düzeyine göre hafif, orta ve ağır olmak üzere 3 gruba ayrıldı. Ciddiyet grupları arasında karşılaştırılma yapıldığında; hastalığı ağır/orta geçirenlerde hafif geçirenlere göre miRNA-144 ve miRNA-1908 ekspresyonunun sırasıyla 2 ve 2.36 kat artmış olduğu bulundu (p=0.09, p=0.37). Yaşayan hastalara kıyasla ölen hastalarda miRNA-144 ekspresyonu 16.3 kat (P=0.002); miRNA-1908 ekspresyonu 14.3 kat (p=0.01) artmıştır. PT'si normal değerlerin üzerinde olan hastalarla normal değerlerde olanlar ve lökosit sayısı normal değerin altında olanlarla normal değerlerde olanlar karşılaştırıldığında, PT'si normal değerin üzerinde olanlarda miRNA-1908 ifadesinin 7 kat arttığı (p

Tekrarlayan implantasyon başarısızlığı (TİB), ardışık en az üç in-vitro fertilizasyon (IVF) uygulaması sonrası iyi kalitede embriyo transfer edilmesine rağmen gebelik elde edilememesi olarak tanımlanmıştır. TİB, IVF uygulamasında ortaya çıkabilen en önemli sorunlardan biridir. Hastalığın gelişiminde ve fonksiyonunda önemli etkenlerden biri gen anlatımının epigenetik düzenlenmesidir ve bu olaylarda görev yapan en önemli moleküllerden biri de mikroRNA (miRNA)'lardır. Endometriyuma özgü miRNA'ların menstruasyon döngüsü sürecinde endometriyum dokusunda ve maternal serumda anlatım seviyelerinin farklı olduğu tespit edilmiştir. miRNA'ların kantitatif olarak anlatım seviyesi değişimleri çeşitli yöntemlerle ölçülebilir; bu yöntemlerin en önemlisi qReal-Time PCR tekniğidir. Bu teknik kullanılarak biyolojik bir örnekte bulanan hedef miRNA'ların anlatım seviyesi kantitatif olarak yüksek hassasiyetle ölçülür.Bu çalışmanın en önemli özelliği TİB hastalarının hem dokularında hem de serumlarında bulunan miRNA'ların anlatım seviyelerini araştıran ilk çalışma olmasıdır. Bu araştırmada hedeflenen ilk amaç miRNA'ların anlatım seviyelerinin istatistiksel sonuçlarından elde edilen verilerle hastalığın biyolojik sürecine dahil olan faktörlerin açığa çıkarılmasıdır. İkincisi, ileride bu hastaların potansiyel tedavisi için strateji geliştirebilme açısından temel oluşturmaktır. Son hedefimiz ise maternal serumda anlamlı şekilde anlatım seviyesi değişen miRNA'ların tanı amaçlı bir girişimsel olmayan (non-invazif) moleküler biyobelirteç olarak kullanılmasıdır.Bu araştırmada TİB problemi olan hastalardan (n=12) ve gönüllü normal bireylerden (n=8) menstruasyon döngüsünün iki farklı fazında örnek toplanmıştır. Menstrual döngünün 7-10. günlerdeki proliferatif fazda (PF) ve 20-24. günlerdeki sekretuar fazda (SF) alınan endometriyum dokusu ve periferik kan örnekleri üzerinde çalışılmıştır. İmplantasyonla ilişkili olduğunu düşündüğümüz aday miRNA'ların (hsa-miR-31, hsa-miR-30b, hsa-miR-145 ve hsa-miR-23b) anlatım seviyeleri ve biyoinformatik analizi RT-qPCR ile gerçekleştirilmiştir. RT-qPCR analiz sonucunda endometriyum örneklerinde TİB ve sağlıklı grubu karşılaştırmasında 4 aday miRNA anlatımında anlamlı şekilde (P

Amaç: Multiple Skleroz (MS) inflamasyon, demiyelinizasyon ve akson hasarı ile karakterize otoimmün merkezi sinir sistemi hastalığıdır. Son çalışmalarda WNT sinyal yolunun miyelinizasyon sürecinde negatif bir faktör olduğu gösterilmiştir. miRNA'lar hedef genleri baskılayarak hücrenin gelişim, farklılaşma, çoğalma ve hücrenin ölümü gibi süreçlerde rol oynayan protein kodlamayan RNA'lardır. Bir çok yolakta olduğu gibi miRNA'lar WNT sinyal yolunun düzenlenmesinde de etkilidir. Çalışmamızda WNT sinyal yolağında görev alan genleri hedefleyen miRNA'lar (miR-145, miR-301b , miR-214, miR-190a, miR-1304) ekspresyon seviyelerine bakıldı. MS ve WNT sinyal yolağı arasındaki ilişkinin anlaşılması, elde edilecek sonuçlar ile MS'in etiyolojisinin aydınlatılmasında, tedavi stratejilerinin belirlenmesinde kliniğe ve literatüre katkı sağlamak amacıyla çalışmamız gerçekleştirildi.Materyal ve Metot: Çalışmamıza alınan MS tanılı (17) hastanın hem atak hem de remisyon dönemlerinde kan örnekleri alındı. Çalışmaya katılan kontrol grubundan (16) kan örneği alınarak, RT-PCR yöntemi kullanılarak çalışmamıza alınan miRNA'ların ekspresyon düzeylerine kantitatif olarak bakıldı.Bulgular: Kontrol grubu ile kıyaslandığında; MS atak dönemine ait miRNA seviyelerinin (miR-145, miR-301b, miR-214, miR-190a ve miR-1304) kat artış değerleri bakımından istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık gözlenmezken, Remisyon dönemine ait tüm miRNA seviyelerinin kat artış değerleri bakımından istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar (sırasıyla; p=0.010, p=0.023, p=0.002, p=0.006, p=0.003) tespit edilmiştir. Hastaların kullandığı ilaçlara ve atak sayılarına göre bakıldığında ise miRNA ekspresyon seviyelerinde istatistiksel olarak anlamlı farklılık bulunmamıştır.Sonuç: Çalışmamızda, MS'in klinik seyri ve genetik mekanizmasının aydınlatılmasında özellikle remisyon döneminde WNT sinyal yolağında etkili olan miRNA ekspresyon düzeylerinin rolü olabileceği sonucuna varıldı.Anahtar Kelimeler: miRNA, multiple skleroz, WNT sinyal yolağı Aim: Multiple sclerosis (MS) is an autoimmune central nervous system disease characterized by inflammation, demyelination and axon damage. Recent studies have shown that the WNT signaling pathway is a negative factor in the myelination process. miRNAs are protein-encoding RNA's that play a role in processes such as cell growth, differentiation, proliferation, and cell death by suppressing target genes. As in many pathways, miRNAs are also effective in regulating the WNT signaling pathway. In our study, expression levels of miRNAs (miR-145, miR-301b, miR-214, miR-190a, miR-1304) targeting genes involved in the WNT signaling pathway were examined. Our study was carried out to understand the relationship between MS and WNT signaling pathway, to clarify the etiology of MS, to determine the treatment strategies and to contribute to the clinic and literature.Material and Method: Blood samples were obtained from both the attack and remission periods of the patient with MS (17). Blood samples were taken from the control group (16) and the expression levels of miRNAs were evaluated quantitatively by using the RT-PCR method.Results: When compared with the control group; While there was no statistically significant difference in miRNA levels (miR-145, miR-301b, miR-214, miR-190a, miR-1304) in MS attack period, there was no statistically significant difference in terms of fold increase values of all miRNA levels of remission period. statistically significant differences (p = 0.010, p = 0.023, p = 0.002, p = 0.006, p = 0.003, respectively). There was no statistically significant difference in miRNA expression levels according to the drugs used and the number of attacks.Conclusion: In our study, it was concluded that miRNA expression levels, which are effective in the WNT signaling pathway, may play a role in clarifying the clinical course and genetic mechanism of MS, especially during remission.Key Words: miRNA, multiple sclerosis, WNT signaling pathway 76