Introduction Hearing loss etiology depends on the population studied as well as on the ethnicity and the socio-economic condition of the analyzed region. Etiological diagnosis contributes to the improvement of preventive measures and to the early identification of this deficiency. Objective To identify the etiological factors of hearing loss and its prevalence in a tertiary hospital in southern Brazil, to verify the frequency of mutations in GJB2 and GJB6 genes, and to correlate the degree of hearing loss with the etiological factors of deafness. Methods This prevalence study involved 140 children with bilateral sensorineural or mixed hearing loss. Medical history, physical examination, audiometry, and evoked auditory brainstem response were conducted. Imaging and genetic examinations were also performed. Results Etiologies and their prevalence were as follows: (a) indeterminate causes, 31.4%; (b) conditions related to neonatal period, 22.1%; (c) genetic, 22.1%; (d) auditory neuropathy, 10%; (e) other factors (cortical malformation, intracranial hemorrhage, and internal ear malformations), 7.9% and (f) congenital infections, 6.4%. Within the genetic cases, ten homozygous and seven heterozygotes of the 35delG mutation were identified, besides two cases of rare variants of GJB2: p.Try172* and p.Arg184Pro. One case with homozygosis of del(GJB6-D13S1830) was found. Regarding severity of hearing loss, in 78.6% of the cases the degree of hearing loss was profound and there were no significant differences when comparing between etiologies. Conclusion The number of indeterminate etiologies is still high and congenital CMV infection may be a possible cause of undiagnosed etiology for hearing loss. The predominance of etiologies related to neonatal conditions and infectious causes are characteristic of developing countries. The most prevalent mutation was 35delG, the main GJB2 gene, probably because of the European influence in the genotype of our population. Resumo Introdução A etiologia da perda auditiva depende da população estudada, da etnia e da condição socioeconômica da região analisada. O diagnóstico etiológico contribui para o aprimoramento das medidas preventivas e para a identificação precoce dessa deficiência. Objetivos Identificar os fatores etiológicos da perda auditiva e sua prevalência em um hospital terciário do sul do Brasil, verificar a frequência de mutações nos genes GJB2 e GJB6 e correlacionar o grau da perda auditiva com os fatores etiológicos da deficiência auditiva. Método Este estudo de prevalência avaliou 140 crianças com perda auditiva neurossensorial bilateral ou mista. Foram submetidos a anamnese com histórico médico, exame físico, audiometria e potencial evocado auditivo de tronco encefálico. Exames de imagem e genéticos também foram feitos. Resultados As etiologias e sua prevalência foram as seguintes: (a) causas indeterminadas, 31,4%; (b) condições relacionadas ao período neonatal, 22,1%; (c) genética, 22,1%; (d) neuropatia auditiva, 10%; (e) outros fatores (malformação cortical, hemorragia intracraniana e malformações da orelha interna), 7,9% e (f) infecções congênitas, 6,4%. Entre os casos genéticos, foram identificados dez casos homozigotos e sete heterozigotos da mutação 35delG, além de dois casos de variantes raras do GJB2: p.Try172* e p.Arg184Pro. Foi encontrado um caso homozigoto da mutação del (GJB6‐D13S1830). Em relação à gravidade da perda auditiva, em 78,6% dos casos o grau da perda auditiva foi profundo e não houve diferenças significantes na comparação entre as etiologias. Conclusão O número de etiologias indeterminadas ainda é elevado e a infecção congênita por CMV pode ser uma possível causa de etiologia não diagnosticada para perda auditiva. A predominância das etiologias relacionadas às condições neonatais e às causas infecciosas são características de países em desenvolvimento. A mutação mais prevalente foi a 35delG e o principal gene foi o GJB2, provavelmente devido à influência europeia no genótipo de nossa população.