D. Blanchet, Marine Ginouves, P. Couppié, Ghislaine Prévot, M. Demar, Cécile Nabet, Romain Blaizot, Christophe Ravel, Stéphane Simon, Département de dermatologie [CH andré-Rosemont, Cayenne], Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Biome Tropical et Immuno-Pathophysiologie = Tropical Biome and ImmunoPhysiopathology [Lille] (TBIP), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Guyane (UG), Centre National de Référence des Leishmanioses - Laboratoire Associé de Cayenne = National Reference Centre for Cutaneous Leishmaniasis (associate laboratory) [Cayenne], Laboratoire de Parasitologie Mycologie, Biologie, Génétique et Pathologie des Pathogènes Eucaryotes (MIVEGEC-BioGEPPE), Pathogènes, Environnement, Santé Humaine (EPATH), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre National de Référence des Leishmanioses [CHRU Montpellier] (CNR-L), Université de Montpellier (UM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Service de parasitologie - mycologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), This work did not receive any specific funding but received routine funding from the National Reference Centre for Leishmaniasis., Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Université de Montpellier (UM), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), Service de Parasitologie - Mycologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), and Gestionnaire, HAL Sorbonne Université 5
Recent studies have highlighted the interest in noninvasive sampling procedures coupled with real-time PCR methods for the detection of Leishmania species in South America. In French Guiana, the sampling method still relied on skin biopsies. Noninvasive protocols should be tested on a large annual cohort to improve routine laboratory diagnosis of cutaneous leishmaniasis. Therefore, we evaluated the performance of a new Leishmania detection and species identification protocol involving cotton swabs and SYBR green-based real-time PCR of the Hsp70 gene, coupled with Sanger sequencing., Recent studies have highlighted the interest in noninvasive sampling procedures coupled with real-time PCR methods for the detection of Leishmania species in South America. In French Guiana, the sampling method still relied on skin biopsies. Noninvasive protocols should be tested on a large annual cohort to improve routine laboratory diagnosis of cutaneous leishmaniasis. Therefore, we evaluated the performance of a new Leishmania detection and species identification protocol involving cotton swabs and SYBR green-based real-time PCR of the Hsp70 gene, coupled with Sanger sequencing. Between May 2017 and May 2018, 145 patients with ulcerated lesions compatible with cutaneous leishmaniasis were included in the study at the Cayenne Hospital and its remote health centers. Each patient underwent scrapings for a smear, skin biopsies for parasite culture and PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) (RNA polymerase II), and sampling with a cotton swab for SYBR green-based PCR. The most accurate diagnostic test was the SYBR green-based PCR on swab samples, showing 98% sensitivity. The mean PCR cycle threshold (CT) was 24.4 (minimum CT, 17; maximum CT, 36) and was