32 results on '"YİĞİN, Akın"'
Search Results
2. Tracking the footsteps of Burkholderia mallei: determination of the molecular differences and potential resistance genes.
- Author
-
DÜLGER, Dilek, EKİCİ, Seda, DEMİRCİ, Mehmet, YİĞİN, Akın, and BABACAN, Orkun
- Subjects
BIOLOGICAL weapons ,BURKHOLDERIA pseudomallei ,BURKHOLDERIA ,GENES ,PSEUDOGENES - Abstract
Background/aim: Chemical biological radiological nuclear threats are at an important point in the agenda of world health today, as they can cause mass deaths. B. mallei attracts attention as a potential biological warfare agent due to its features such as multidrug resistance, a rapid transmission mechanism via aerosol, the absence of a complete treatment protocol for the infection it causes, and the absence of an approved vaccine for protection against the bacteria. B. mallei suspect samples must be studied by experienced personnel in biosafety level III laboratories. B mallei is a difficult and troublesome pathogen to diagnose and many unknowns about B. mallei today. Therefore, the aim of the study was to determine the molecular differences and potential resistance genes of B mallei strains. Materials and methods: Determination of the molecular differences and potential resistance genes of B mallei strains with new bioinformatics approaches by comparatively examining the data of 29 B mallei strains, 10 of which were isolated from Türkiye, on the genome list of the National Biotechnology Information Center (NCBI). Results: According to the genome annotations of the origins, the origin containing the highest number of CDS which is 5172 was found as the 11th strain obtained in Türkiye in 1949. The origin with the highest number of pseudogenes was determined as 23,344 (China 7) origin. Two hundred and eighty-five pseudogenes found in this strain were obtained from a knee effusion in Myanmar. According to chromosome 2 data, B. mallei strain was determined as the most similar strain to ATCC 23344, line 11 with NCTC 10229 strain, and SAVP1 strain was determined as the least similar strain. When the antimicrobial resistance gene markers of the isolates included in the study were examined, amrA and amrB, qacG ade, Burkholderia pseudomallei Omp38 were found to be carrying. Conclusion: In terms of public health, it was thought that the data obtained as a result of our study about B mallei, which is defined as a biological weapon, is very valuable for creating treatment protocols to be applied to possible epidemics in the future. In addition, the available genetic epidemiological data of these strains belonging to a category that is dangerous to work with in a laboratory environment were reviewed. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2024
- Full Text
- View/download PDF
3. Sağlıklı Buzağı Dışkı Örneklerindeki Bakteriyofaj DNA Fraksiyonlarındaki Kinolon Direnç Genlerinin qPCR ile Belirlenmesi
- Author
-
EKİCİ, Seda, primary, DEMİRCİ, Mehmet, primary, DÜLGER, Dilek, primary, and YİĞİN, Akın, primary
- Published
- 2023
- Full Text
- View/download PDF
4. The Quinolone Resistance Genes in the Bacteriophage DNA Fractions in the Healthy Calf Stool Samples Via qPCR.
- Author
-
EKİCİ, Seda, DEMİRCİ, Mehmet, DÜLGER, Dilek, and YİĞİN, Akın
- Subjects
CALVES ,MOBILE genetic elements ,DNA ,DEFECATION ,GENES ,BACTERIOPHAGES ,DRUG resistance in microorganisms - Abstract
Copyright of Kafkas Universitesi Veteriner Fakultesi Dergisi is the property of University of Kafkas, Faculty of Veterinary Medicine and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)
- Published
- 2023
- Full Text
- View/download PDF
5. Investigation of the histopathological effects of increasing amounts of peppermint oil (Mentha piperita) added to quail (Coturnix coturnix japonica) feed as a growth promoter on liver
- Author
-
Boyraz, Mustafa Ünal, Dörtbudak, Muhammet Bahaeddin, Daş, Besime, Yiğin, Akın, Çadırcı, Mehmet Şevki, Daş, Aydın, and Başka Kurum
- Subjects
Bıldırcın karaciğer histolojisi ,quail liver histology ,Nane yağı ,Peppermint (Mentha) oil ,karaciğer yağlanması ,fatty liver - Abstract
Amaç: Bu çalışmada Japon bıldırcını (Coturnix coturnix japonica) rasyonuna nane yağı eklenerek karaciğer üzerine histopatolojik etkileri ışık mikroskobu ile incelenerek gelecekteki benzer çalışmalara ışık tutması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmada rasyonlarına artan oranda nane yağı ilave edilen, 10 günlük, 40 adet Japon bıldırcını kullanıldı. Her birinde 5 erkek 5 dişi olacak şekilde 10’ar civcivlik 4 gruba ayrıldı, Gruplar; rasyonları- na izokalorik ve izonitrojenik olacak şekilde, kontrol grubu %0.3 ayçiçek yağı (AY)+%0.0 nane yağı (NY), diğer üç grup; %0.2(AY)+ %0.1(NY); %0.1(AY)+%0.2(NY) ve %0.0(AY)+%0.3 (NY) ad libitum ilave edilerek düzenlendi. Kesim sonrası, karaciğerden rutin doku takibi ile hazırlanan parafin bloklardan, rotary mikrotomla kesitler alındı. Hematoksilen-Eozin ile boyanan preparatlar ışık mikroskobunda incelendi. Bulgular: Karaciğerde septum interlobaris ile bölünen lobcuk yapısı görülmedi. Az miktarda inter lobuler intersitisyum ve buna bağlı olarak, bilinenin aksine, hepatik lopçuklarda birarada olması beklenen, üçlü yapı(trias hepatica) dağınıktı. Rasyonda artan yağ oranına paralel olarak basit hepatosteatoz meydana geldiği görüldü. Öneri: Antimikrobiyal ve immunmodülatör etkisiyle sağlıklı bir yetiştiricilik imkanı sunmasının yanı sıra protein sentezi ve yemden yararlanmayı arttırarak verimin yükseltilmesine katkı sağlayan nane yağının sayılan bu olumlu özelliklerinden istifade edilebilmesi için uygun dozda verilmesi gerektiği görülmüştür., Aim: In the present study, peppermint oil was added to the ration of Japanese quail (Coturnix coturnix japonica) and it was aimed to shed light on similar studies in the future by examining its effect on liver tissue by light microscopy. Materials and Methods: In the study, 10-day old, 40 Japanese quails were used. There were 4 groups of 10 chicks, each with 5 males and 5 females. Groups; Control group 0.3% sunflower oil (SO)+0.0% peppermint oil (PO), the other three groups 0.2% (SO) +0.1% (PO); 0.1% (SO)+ 0.2% (PO) and 0.0% (SO)+0.3% (PO). Created by adding oil ad libitum. From the paraffin blocks prepared by routine tissue follow-up from the liver, sections were taken with a rotary microtome. Hematoxylin-Eosin stained preparations were examined under a light microscope. Results: The lobule structure divided by the septum interlobaris was not seen in the liver. A small amount of inter lobuler interstitium and consequently the triple structure (trias hepatica) expected to coexist in the hepatic lobes, contrary to what is known, was scattered. It was observed that simple hepatosteatosis occurred in parallel with the increasing fat ratio in the diet. Conclusion: It has been observed that peppermint oil, which contributes to increase the yield by increasing protein synthesis and feed utilization, as well as providing a healthy breeding opportunity with its antimicrobial and immunomodulatory effect, should be given at an appropriate dose in order to benefit from these positive properties.
- Published
- 2021
6. Bıldırcın (Coturnix coturnix japonica) yemine büyüme hızlandırıcı olarak, artan oranlarda ilave edilen nane yağının (Mentha piperita), karaciğer üzerindeki histopatolojik etkilerinin araştırılması
- Author
-
Boyraz, Mustafa Ünal, primary, Dörtbudak, Muhammet Bahaeddin, additional, Daş, Besime, additional, Yiğin, Akın, additional, Çadırcı, Mehmet Şevki, additional, and Daş, Aydın, additional
- Published
- 2021
- Full Text
- View/download PDF
7. The effect of caffeic acid phenethyl ester and Ankaferd Blood Stopper on the diabetic and nondiabetic gingival wound healing: an experimental study
- Author
-
GÜL, Mehmet, primary, DÜNDAR, Serkan, additional, ARTAŞ, Gökhan, additional, YİĞİN, Akın, additional, TANIK, Abdulsamet, additional, POLAT, Mehmet Emrah, additional, and ÖZCAN, Erhan Cahit, additional
- Published
- 2021
- Full Text
- View/download PDF
8. Çadır Tipi Koyun Barınaklarında Altlık olarak Zeolit (Klinoptilolit) Kullanılmasının Bazı Süt Verimi ve Refah Parametreleri Üzerine Etkisi
- Author
-
KAHRAMAN, Mücahit, primary, DAŞ, Aydın, primary, GÜNGÖREN, Gülşah, primary, DOĞAN DAŞ, Besime, primary, YİĞİN, Akın, primary, and BOYRAZ, Mustafa Ünal, primary
- Published
- 2021
- Full Text
- View/download PDF
9. Investigation of the anticancer and apoptotic effect of Micromeria congesta under in vitro conditions and detection of related genes by real-time PCR.
- Author
-
Dinç, Hikmet, Yiğin, Akın, Koyuncu, İsmail, and Aslan, Mustafa
- Subjects
ANTINEOPLASTIC agents ,APOPTOTIC bodies ,POLYMERASE chain reaction ,ANTINEOPLASTIC antibiotics ,CYCLOHEXANONES ,APOPTOSIS - Abstract
At the present time cancer is one of the biggest health problems and because of the problems encountered in its treatment, alternative treatment methods of herbal origin are researched. In this study, the cytotoxic effects of the essential oil extracted from the Micromeria congesta plant on various cancer cells (A549, ECC-1, HCT-116, HELA, HGC-27, MDA-MB-231, SNU-423, U20S, DLD-1, PC-3) and normal cells (BEAS-2B, CRL-4010) have been examined. Anticancer mechanism of action has been particularly examined on gastric cancer (HGC-27; IC50: 15.84 µg mL-1), on which essential oil showed a high cytotoxic effect. In the study, the cytotoxic effect and the apoptotic effect have been applied by MTT and flow cytometric annexin-V methods, respectively. The apoptotic gene expression (caspase 3, caspase 9, MMP2, MMP9, ACTB) real-time PCR content analysis has been performed with gas chromatography mass spectrometry (GC-MS). M. congesta essentials oil has the highest cytotoxic effect on gastric cancer (HGC-27) cells, decreases MMP2 and MMP9 expressions, and induces apoptosis with increasing the expression of caspase 3 and caspase 8 genes. In addition, it has been determined that piperitenone oxide (40.00 - 45.00%), pulegone (11.00%) and cyclohexanone (18.00 - 19.00%) are the major components of M. congesta essentials oil. In conclusion, it has been determined that the compounds found in high amounts in M. congesta plant induces apoptosis by affecting the expression of compound genes and thus can have the potential to be an alternative drug in the treatment of gastric cancer. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2022
- Full Text
- View/download PDF
10. The Effect of Using Zeolite (Clinoptilolite) as a Litter on Some Milk Yield and Welfare Parameters in Tent-Type Sheep Shelters.
- Author
-
KAHRAMAN, Mücahit, DAŞ, Aydın, GÜNGÖREN, Gülşah, DOĞAN DAŞ, Besime, YİĞİN, Akın, and BOYRAZ, Mustafa Ünal
- Subjects
MILK yield ,CLINOPTILOLITE ,ZEOLITES ,MILK quality ,SHEEP ,MARINE debris - Abstract
Copyright of Kafkas Universitesi Veteriner Fakultesi Dergisi is the property of University of Kafkas, Faculty of Veterinary Medicine and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)
- Published
- 2021
- Full Text
- View/download PDF
11. Distribution of OXA-Type Carbapenemase Genes in Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii Strains: An Investigation by Real-Time Polymerase Chain Reaction Method
- Author
-
Demirci, Mehmet, Yiğin, Akın, and Demir, Cemil
- Subjects
Acinetobacter baumannii ,Real-time polymerase chain reaction ,OXA-type carbapenemase - Abstract
Amaç: Karbapenemler, Acinetobacter baumannii infeksiyonlarının tedavisinde kullanılan en önemli geniş spektrumlu antibiyotiklerdir. Fakat dünya genelinde karbapenemlere direnç gittikçe artmaktadır. Bu çalışmamızda, karbapenem direnci saptanan A. baumannii suşlarında gözlenen OXA tipi karbapenemaz genlerinin dağılımını, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle incelemeyi ve epidemiyolojik veri sunmayı amaçladık. Yöntemler: Ocak 2016-Ocak 2018 arasında klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli 20 A. baumannii suşu çalışmaya dahil edildi. Bu suşlardan DNA izolasyonları gerçekleştirildi ve OXA-23, OXA-24, OXA-51 ve OXA-58 karbapenemazlarının genlerine spesifik primer ve TaqMan probları kullanılarak gerçek zamanlı PCR yöntemiyle OXA karbapenemaz genlerinin dağılımı incelendi. Bulgular: Karbapeneme dirençli A. baumannii suşlarının 16 (%80)’sının duyarlı olduğu tigesiklin bu suşlara bağlı infeksiyonlar için en iyi seçenekti. Tüm suşlarda blaOXA-51 saptanırken, blaOXA-24 sadece 1 (%5) suşta saptandı. Yirmi suştan 10 (%50)’unda blaOXA-23 ve blaOXA-51 birlikteliği vardı. Sonuçlar: Karbapeneme dirençli A. baumannii suşlarındaki OXA tipi karbapenemazların dağılımında blaOXA-23 ve blaOXA-51 birlikteliğinin daha sık olması dikkati çekmiştir. Gerçek zamanlı PCR gibi hızlı ve güvenilir sonuç verebilecek tekniklerle, böyle dirençli suşların rutin sürveyansları yapıldığında değerli epidemiyolojik veriler elde edilebilir. Klimik Dergisi 2019; 32(2): 123-6.
- Published
- 2019
12. Vorhandensein von Staphylococcus aureus, Staphylokokken Enterotoxinen und antimikrobielle Resistenzen in traditionell hergestelltem Rohmilchkäse
- Author
-
Gürbüz, Semra, Keskin, Oktay, Erdenliğ Gürbilek, Sevil, Tel, Osman Yaşar, Yiğin, Akın, Demirci, Mehmet, Demir, Cemir, and Hassan, Hala
- Subjects
S. aureus, staphylococcal enterotoxins, enterotoxin genes, antimicrobial resistance, raw milk cheese - Abstract
The objectives of this study was to investigate the presence of Staphylococcus aureus, distribution of classical staphylococcal enterotoxin (SE) SEA to SEE, relevant gene/s and antimicrobial resistance pattern of S. aureus isolated from traditionally produced raw milk cheeses. A total of 106 fresh white cheese samples were examined. The 25 (23.6 %) of 106 cheese samples were found to be contaminated with coagulase positive staphylococci (CPS). From 52 isolates identified as S. aureus, one or more SEs was detected in 38.4 % of the isolates by ELISA whereas one or more se genes were detected in 50 % of the isolates by RT PCR. SEE (75 %) and see gene (61.5 %) were detected most frequently, whereas SED and sed gene were not detected in any isolates. Overall, 63.5 % of isolates were resistant to antimicrobial agents with 59.6 %, 13.5 %, 5.8 %, 5.8 % and 3.8 % of the isolates were resistant to penicillin, erythromycin, tetracycline, cefoxitin and kanamycin, respectively. The results of this study have revealed that cheeses made from raw milk were highly contaminated with S. aureus, therefore, creates a risk for public health due to the presence of enterotoxins as well as resistant strains against antimicrobial agents.
- Published
- 2018
13. Bıldırcın (Coturnix coturnix japonica) yemine büyüme destekleyicisi olarak artan oranda nane yağı (Mentha piperita) ilavesinin karaciğer histolojisine etkilerinin ışık mikroskobik incelenmesi.
- Author
-
Boyraz, Mustafa Ünal, Dörtbudak, Muhammet Bahaeddin, Daş, Besime, Yiğin, Akın, Çadırcı, Mehmet Şevki, and Daş, Aydın
- Subjects
JAPANESE quail ,MICROSCOPES ,PROTEIN synthesis ,MICROSCOPY ,PARAFFIN wax - Abstract
Copyright of Eurasian Journal of Veterinary Sciences is the property of Eurasian Journal of Veterinary Sciences and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)
- Published
- 2021
- Full Text
- View/download PDF
14. Investigation of in-vitro effects of L. acidophilus ATCC 4356 strain on icaA gene expression of biofilm positive Staphylococcus epidermidis
- Author
-
DEMİRCİ, Mehmet and YİĞİN, Akın
- Subjects
Lactobacillus acidophilus,biofilm,Staphyloccoccus epidermidis,icaA gene expression ,Medicine ,Lactobacillus acidophilus,biyofilm,Staphyloccoccus epidermidis,icaA gen ekspresyonu ,Tıp - Abstract
Amaç: S.epidermidis biyofilmoluşumu, bu bakterilerin antibakteriyel ilaçlara ve bağışıklık sistemisavunmasına karşı koruyan önemli bir bariyer görevi oluşturmaktadır. IcaA genibunun oluşumu için önemlidir. Lactobacillus türlerinin probiyotik etkileribilinmektedir. Bizde çalışmamızda, CRA yöntemi ile biyofilm pozitifliğisaptanan S. epidermidis kökenlerinin icaA gen ekspresyonuna, L. acidophilus ATCC 4356 kökenininin-vitro etkisinin incelenmesi amaçladık.Materyal ve metod: Haziran – Aralık 2017 döneminde klinik örneklerdenizole edilmiş olan ve CRA metodu ile biyofilm üretimi pozitif olarak saptananyirmi (20) S. epidermidis kökeniçalışmamıza dahil edildi. CRA’da siyah pozitif kolonilerden, 2 McFarland’lıksüspansiyonundan 250 mLalınarak, L. acidophilus içeren ve içermeyen 2 tüpe ilave edildi ve %5CO2’liortamda 37oC’da inkübasyona bırakıldı. Inkübasyonun 6. saatinde,tüplerden RNA izolasyonları gerçekleştirildi. cDNA sentezi sonrası, spesifikprimerler ile LightCycler480 sisteminde real-time PCR yöntemi ile çalışıldı.Gruplara ait sonuçlar delta delta Ct yöntemi ile oluşturularak, Mann-Whitney Utesti ile istatistiksel olarak incelendi.Bulgular: L.acidophilus ATCC 4356etkileşimi sonrasında S. epidermidiskökenlerinde icaA gen ekspresyonseviyesinde gözlenen upregulasyon, istatistiksel olarak anlamlı düzeyde bulundu(p, Background: The formation of S.epidermidis biofilm is an important barrier to protecting these bacteriaagainst antibacterial drugs and defense of the immune system. IcaA gene is important for the formationof this. The probiotic effects of Lactobacillusspecies are known. Aim of this study was to investigate the in-vitro effect of L. acidophilus ATCC 4356 genotype on theexpression of the icaA gene in S. epidermidis strains, which were found to bepositively biofilm with CRA method.Methods: Between June and December 2017, Twenty (20) S. epidermidis strains isolated fromclinical specimens and detected as positive for biofilm production by CRAmethod were included the study. 250 μL of 2 McFarland suspension ofblack-positive colonies from the CRA were added to 2 vials containing with and withoutL. acidophilus and incubation wascarried out at 37°C in 5% CO2. At the 6th hour of incubation, RNAwas isolated from these tubes. After cDNA synthesis, real-time PCR wasperformed on the LightCycler480 system with specific primers. The results ofgroups by delta delta Ct method were statistically analyzed by Mann-Whitney Utest.Results: The upregulation at the level of icaA gene expression in S.epidermidis strains after L.acidophilus ATCC 4356 interaction was found statistically significant (p
- Published
- 2018
15. Probiyotik Etkili Bifidobacterium longum ATCC 15707’nin, Staphylococcus aureus ATCC 29213’e İn-vitro Etkisinin Real-Time PCR Yöntemi ile İncelenmesi
- Author
-
Yiğin, Akın and Demirci, Mehmet
- Subjects
Staphylococcus aureus ,Real-Time PCR ,Bifidobacterium longum - Abstract
Staphylococcus aureus, kommensal bir bakteri olarak hem insanla birlikte yaşayan, hem de uygun fırsatı bulduğunda ciddi fırsatçı enfeksiyonlara neden olabilen önemli bir patojendir. Bifidobacterium cinsi bakteriler probiyotik olarak kullanılan ana mikroorganizmalardır. Bu cinslere ait çok sayıda türün, konağın sağlığını iyileştirmede güvenli ve etkili olduğu bildirilmiştir. Bizim çalışmamızın amacı, probiyotik etkili Bifidobacterium longum ATCC 15707’nin, Staphylococcus aureus ATCC 29213’e suşları üzerine etkisinin Real-Time PCR yöntemi ile araştırmaktır. 3 tane brain–heartin fusion broth (Oxoid) besiyeri içeren tüp hazırlandı. Tüm tüplere 103 CFU/mL olacak şekilde Staphylococcus aureus ATCC 29213 kökeninden ilave edildi. 1. tüp kontrol olarak kalırken, 2. tüpe 103 CFU/mL olacak şekilde, 3. tüpe de 106 CFU/mL olacak şekilde Bifidobacterium longum ATCC 15707 kökeni ilave edildi. İnkübasyonun 6., 12., 24. saatlerinde tüplerden alınan numunelerden DNA izolasyonu yapıldı ve bu numunelerden LightCycler 480 sisteminde Real-Time PCR ile kantitatif olarak S. aureus miktarları saptandı. Birinci tüpte 6. saatte 523.333+8993 kopya/mL düzeyinde saptanan S. aureus, farklı tüplerde sırasıyla 103 ve 106 CFU/mL miktarlarında B. longum kökeni ile birlikte inkübe edildiğinde bu miktarların düştüğü olduğu bulundu. Sonuç olarak, çalışmamızda, probiyotik etkili Bifidobacterium longum’un, Staphylococcus aureus’un in vitro ortamda üremesini etkilediği ve bakteri sayısının etki düzeyini arttırdığı saptanmıştır. Probiyotiklerin etkilerinin gnotobiyotik hayvan modellerinde veya daha kapsamlı çalışmalarla incelenerek, ilaç dirençlerinin çok yoğunlaştığı günümüzde, önemli patojenlere karşı antimikrobiyal olarak yarar sağlayabileceği düşüncesindeyiz.
- Published
- 2018
16. Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real- Time PCR Yöntemi ile Saptanması
- Author
-
Demirci, Mehmet, Yiğin, Akın, Eser, Nadire, and Dinç, Hikmet
- Subjects
Norovirüs genogrupları ,Su ,Real-time PCR - Abstract
İnsan norovirüsü (HNoV), çevresel etkenlere oldukça dirençli bir RNA virüsüdür ve akut viral gastroenteritin nedeni olan ana etkenlerden birisidir. Hızlı evrim yeteneği nedeniyle 7 genogrubu vardır ve bunlardan GI, GII ve GIV insan enfeksiyonları ile ilişkilidir. Sular HNoV için salgın aracı olarak tanımlamaktadır. Bu bilgiler ışığında, çalışmamızda, lokal kuyular ve derelerden alınan su numunelerinde özellikle insanlarda enfeksiyonları ile ilişkili HNoV genogrup (G)I, GII ve GIV varlığının gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (real-time PCR) ile tanımlanarak moleküler epidemiyolojik bir veri sağlanması amaçlanmıştır. Çalışma için lokal kuyulardan ve derelerden, Ocak 2017 – Ocak 2018 döneminde toplanan 60 adet su numunesi çalışmamıza dahil edildi. RNA izolasyonu ve cDNA sentezi sonrası HNoV GI, GII ve GIV spesifik primer problar ile LightCycler 480 sisteminde real-time PCR yöntemi ile çalışıldı ve sonuçlar değerlendirildi. Çalışmamıza dâhil edilen 60 numunede, HNoV GII’nin %10 yüzeyinde saptandığı, bunu sırasıyla GI (%5) ve GIV (%1.67) varlığının takip ettiği tespit edildi. 10 numunede (%16.67) HNoV GI, GII ve GIV pozitifliği bulundu. Lokal kuyulardan 3 (%8.57) tanesinde ve derelerden alınan numunelerden de 7 (%28) tanesinde pozitiflik saptandı. Sonuç olarak, ülkemizde ilk defa kuyu suları ve derelerden alınan sularla yaptığımız çalışmamızla, moleküler epidemiyolojik olarak HNoV varlığını saptadık. HNoV’lar arasında GII’nin ön planda tutulması gerektiğini ama GI ve GIV’ünde bulunduğunu tespit ettik. HNoV için salgınlarında sular göz önünde bulundurulmalı ve gelişen moleküler tekniklerle, sular gibi önemli enfeksiyon kaynaklarından epidemiyolojik veriler sağlanarak durum ortaya konabilir ve bu bilgiler ile bölgesel aşı geliştirme çalışmaları içinde ön veriler sağlanabileceği kanaatindeyiz.
- Published
- 2018
17. Determination of Giardia intestinalis Genotypes in Stool Specimens by Real-Time PCR Method
- Author
-
Demirci, Mehmet, Yiğin, Akın, Demir, Cemil, Acel, Düriye Pelin, and Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu
- Subjects
Giardia intestinalis, assemblages, real-time PCR ,Giardia intestinalis, genotip, real-time PCR - Abstract
Amaç: Giardia intestinalis flagellalı, Giardiyaz’a neden olan bir protozoondur ve dünya çapında önemli bir sorundur. Moleküler yöntemlerle sekiz farklı genotipi saptanan G. intestinalis’de, A ve B genotipinin, insan ve memelilerde hastalıklarla ilişkili olduğu ve farklı genotiplerin, farklı klinik tablolar meydana getirebildiği bildirilmektedir. Biz de bu bilgiler ışığında, giardiyaz tanısı almış ve G. intestinalis pozitif saptanan dışkı örneklerinde bulunan G. intestinalis genotiplerinin dağılımını real-time PCR yöntemi ile belirlemeyi ve moleküler epidemiyolojik bir veri sunmayı amaçladık. Gereç ve Yöntem: Ocak 2016-Ocak 2018 tarihleri arasında, hem nativ hem de lugol ile mikroskobik olarak incelenen dışkı örnekleri içinde G. intestinalis kist ve/veya trofozoit’i pozitif bulunan 50 G. intestinalis pozitif hastanın dışkı numuneleri çalışmaya dâhil edildi. Dışkı örneklerinden DNA izolasyonu gerçekleştirildikten sonra genotip A ve genotip B için spesifik primerler kullanılarak real-time PCR ile analiz edildi. Bulgular: Çalışmamıza dâhil edilen 50 giardiyaz tanılı hastanın dışkı örneklerinde, 28’inde (%56) A genotipi saptanırken, 17’sinde (%34) B genotipi, 5’inde (%10) ise hem A, hem de B genotipi bulundu. Cinsiyete göre saptanan genotipler incelendiğinde, erkeklerde ve kadınlarda sırasıyla 25 (%50) ve 25 (%50) olarak bulundu. Sonuç: Sonuç olarak, çalışmamız ile ülkemizde giardiyaza neden olan ama ayrımı yalnızca moleküler yöntemlerle ortaya konabilen G. intestinalis genotipleri incelenerek, G. intestinalis’in A genotipinin, B genotipine oranla biraz daha fazla olduğu belirlendi. Ülkemizde G. intestinalis’in moleküler epidemiyolojisine yönelik veriler sınırlıdır. Bu çalışmanın buna katkı sağlayacağı düşüncesindeyiz., Objective: As a causative agent giardiasis, Giardia intestinalis is a flagellated protozoa, and it is a major problem worldwide. Eight different genotypes have been identified in G. intestinalis by molecular method. It has been reported that the genotypes A and B are related to diseases in human and mammals and different genotypes cause different clinical pictures. In this study, we aimed to determine the distribution of G. intestinalis genotypes in stool specimens of G. intestinalis positive patients by realtime PCR and to present a molecular epidemiological data. Material and Methods: Between January 2016 and January 2018, stool samples from fifty G. intestinalis cyst and / or trophozoite positive patients were included in the study. Native andlugol-treated stool specimens were microscopically examined. DNA isolation from stool specimens was performed and then analyzed by real-time PCR using specific primers for genotypes A and B. Results: In stool samples of fifty patients with diagnosis of giardiasis included in our study, genotype A (n=28: 56%), genotype B (n=17: 34%) and both genotype A and genotype B (n=5: 10%) were detected. These genotypes were found in 25 (50%) male, and 25 (50%) female patients. Conclusion: In conclusion, we investigated G. intestinalis genotypes which cause giardiasis in our country but these genotypes can only be distinguished by molecular methods. We found that G. intestinalis genotype A is slightly more frequent than genotype B. In our country, the data on the molecular epidemiology of G. intestinalis genotypes are very limited. We believe this work will contribute to this.
- Published
- 2018
18. Lactobacillus acidophilus ve Lactobacillus casei nin, Metisilin dirençli ve metisilin duyarlı Staphylococcus aureus biyofilm genlerine in-vitro etkisinin incelenmesi
- Author
-
Dinç, Hikmet, primary, Demirci, Mehmet, additional, and Yiğin, Akın, additional
- Published
- 2019
- Full Text
- View/download PDF
19. Şanlıurfa İlinde Satışa Sunulan Yoğurtlarda Listeria spp. Varlığının Real-Time PCR ile Araştırılması
- Author
-
KILIÇ ALTUN, Serap, YİĞİN, Akın, and DEMİRCİ, Mehmet
- Subjects
Listeria spp.,real-time PCR,yoğurt - Abstract
Bu çalışmada Şanlıurfa'da satışa sunulan yoğurtlarda Listeria spp. varlığını ve sıklığını belirlemek ve real-time PCR kullanılarak identifikasyonu amaçlanmıştır. Semt pazarları ve marketlerden toplanan, toplam 62 adet yoğurt örne-ğinde Listeria spp. varlığını belirlemek için ISO 11290-1/A1-2004 tarafından önerilen iki aşamalı bir seçici zenginleştir-me kullanılmıştır. Listeria spp. olarak izole edilen kolonilerden elde edilen DNA’lar kullanılarak yapılan real-time PCR yöntemi ile Listeria monocytogenes identifikasyonu gerçekleştirilmiştir. İncelenen yoğurt örneklerinde Listeria spp. pre-valansı %3.2 (2 örnek) olarak bulunmuştur. Şüpheli kolonilerin ön zenginleştirme broth’tan izole edilen DNA’larla yapı-lan real-time PCR çalışmasında, bu iki Listeria spp. izolatı L. monocytogenes olarak identifiye edilmiştir. Yoğurt örnek-leri 4oC’de 10 gün süreyle muhafaza edilmiş ve pozitif örnekler inkübasyonun birinci, üçüncü ve onuncu günlerinde pH, izolasyon ve real-time PCR ile identifikasyon tekrarlanmıştır. Çalışmamız; Şanlıurfa ilindeki semt marketleri ve pazar-larda satılan yoğurtlarda Listeria spp. türlerinin yaygınlığını göstermesinin yanında, Listeria spp. türleri moleküler yön-temle daha hızlı identifiye edilmiş ve insan sağlığı açısından çok tehlikeli olan L. monocytogenes’in yoğurtta varlığını ve bu yolla insanlarda ciddi gıda kaynaklı hastalıklara neden olabileceği gerçeğini göstermiştir.
- Published
- 2017
20. Identification of Methicillin resistant Staphylococcus aureus in yoghurts from Şanlıurfa by real-time PCR
- Author
-
DEMİRCİ, Mehmet, YIĞIN, Akın, KILIÇ ALTUN, Serap, DİNÇ, Hikmet, and EROL, Serkan
- Subjects
Fen ,MRSA,contamination,real-time PCR,yoghurt ,Science - Abstract
Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is one of the most important pathogenic microorganisms that display multiple drugresistance, causing severe infections in animals and humans. Contaminated or raw milk products, such as yoghurt, are one of the root causesof such MRSA infections for the consumers. Recent studies on clonal investigation revealed the same clonal isolates of animals in humaninfections. Thus, the epidemiology of these bacteria in food products and animals has gained importance. Therefore, the aim of this study wasto epidemiologically detect MRSA in yoghurt samples from Urfa via real-time PCR. To detect MRSA via real-time PCR, the mecA gene wasinvestigated on the DNA obtained from the yoghurt samples. Among 64 yoghurt samples, of which 55 were unpackaged and 9 were packaged,the MRSA mecA gene was only detected in 2 (3.13 %) unpackaged samples via real-time PCR. These results showed that it was possible todetect and epidemiologically investigate MRSA, an important pathogen for human and animal health, via real-time PCR from yoghurt sampleswith direct DNA isolation. In addition, this pathogen can be found in the products sold in Şanlıurfa, which indicates that it may lead to severediseases in case of consumption, if not conformed to hygienic conditions.
- Published
- 2017
21. Determination of BMPR2 Expression in Scleroderma Patients Via Real-Time PCR and its Association with the Clinical Course of Patients
- Author
-
KOÇ, Yasemin, TANRISEVER, Deniz, KUZU, Seçil Berna, YIĞIN, Akın, and GÜVENMEZ, Hatice Korkmaz
- Subjects
Scleroderma,BMPR2 gene,Beta actin gene,PAH - Abstract
Scleroderma is a rarely seen chronic collagen tissue disease which has been first described in the 18th century. It is indicated that the mutations in BMPR2 (bone morphogenetic protein receptor type II) gene affected the course of disease.In this study; determination of BMPR2 gene expression levels via Real Time PCR and its association with the clinical course in scleroderma patients were revealed.20 Scleroderma diagnosed and 29 healthy individuals were taken into this study. Performing the transformation of cDNA complementary to mRNA isolated from leucocyte cells, DNA amplification was carried out via Real-Time PCR. To determine the relative expression level of BMPR2 gene via Real-Time PCR, Beta actin gene was selected as the reference gene.Mean expression levels of BMPR2 gene in patient group showed significant decrease in comparison with control group (Cp
- Published
- 2016
22. Karbapeneme Dirençli Acinetobacter baumannii Suşlarında OXA Tipi Karbapenemaz Genlerinin Dağılımının Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle İncelenmesi.
- Author
-
Demirci, Mehmet, Yiğin, Akın, and Demir, Cemil
- Subjects
- *
ACINETOBACTER infections , *ANTI-infective agents , *ANTIBIOTICS , *DNA , *DRUG resistance in microorganisms , *POLYMERASE chain reaction , *CARBAPENEMS , *PHARMACODYNAMICS - Abstract
Objective: Carbapenems are the most important broad spectrum antimicrobials used in the treatment of Acinetobacter baumannii infections, but resistance to carbapenems is increasing worldwide. In this study, we aimed to investigate the distribution of OXA-type carbapenemase genes observed in carbapenem-resistant A. baumannii strains by real-time polymerase chain reaction (PCR) method and to provide epidemiological data. Methods: Between January 2016 and January 2018, 20 carbapenem-resistant A. baumannii strains from clinical specimens were included in the study. DNA isolations were performed, and distribution of OXA-type carbapenemase genes were examined using primers and TaqMan probes specific to genes of OXA-23, OXA-24, OXA-51 and OXA-58 carbapenemases by real-time PCR method. Results: Tigecycline was the best choice for carbapenem-resistant A. baumannii strains, of which 16 (80%) were susceptible to this antimicrobial. blaOXA-51 was detected in all strains, while blaOXA-24 was detected in only 1 (5%) strain. Of 20 strains, 10 showed the presence of blaOXA-23 and blaOXA-51 simultaneously. Conclusions: Simultaneous occurrence of blaOXA-23 and blaOXA-51 is remarkable in terms of distribution of OXA-type carbapenemases in carbapenem-resistant A. baumannii strains. Valuable epidemiological data can be obtained by performing routine surveillance of such strains by means of techniques that can produce fast and reliable results such as real-time PCR. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2019
- Full Text
- View/download PDF
23. Lactobacillus acidophilus ve Lactobacillus casei'nin, Metisilin dirençli ve metisilin duyarlı Staphylococcus aureus biyofilm genlerine in-vitro etkisinin incelenmesi.
- Author
-
Dinç, Hikmet, Demirci, Mehmet, and Yiğin, Akın
- Abstract
Copyright of Eurasian Journal of Veterinary Sciences is the property of Eurasian Journal of Veterinary Sciences and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)
- Published
- 2019
- Full Text
- View/download PDF
24. JAK2V617F mutation distribution in hematologic malignancies
- Author
-
Yiğin, Akın, Korkmaz, Hatice, and Çukurova Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Anabilim Dalı
- Subjects
JAK2V617F mutation ,AML ,JAK2V617F mutasyonu ,PV ,ALL ,ET - Abstract
TEZ10203 Tez (Doktora) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2013. Kaynakça (s. 121-131) var. xvii, 133 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm. Bu çalışmada; Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı ve Pediatrik Hematoloji Bilim Dalına Eylül 2009-2011 tarihleri arasında başvuran hematolojik malignensi’li hastalarda JAK2V617F mutasyonu dağılımı incelenmiştir. Pediatri grubunda sitomorfolojik, immunohistokimyasal ve immün akımsitometrik çalışmalar ile Akut Lösemi tanısı alan hastalardan 216’sı (164’ü ALL, 52 AML’li) çalışmaya alınmıştır. Ayrıca Eylül 2009-2011 tarihleri arasında Dahiliye Hematoloji bölümüne başvuran PV, ET, KML ve PMF’li 176 yetişkin hasta çalışmaya dahil edilmiştir. JAK2V617F mutasyonunu saptamak amacı ile tam kandan DNA izolasyonu yapılmıştır. DNA izolasyonu manuel yöntemle High Pure PCR Template Preperation Kit (Roche) kullanılarak gerçekleştirilmiş ve DNA’lar -80oC’de saklanmıştır. JAK2V617F gen mutasyonları RealTime PCR kullanılarak, genotiplendirmeler ise erime eğrileri analizleri ile saptanmıştır. Mutant JAK2617F/F için Tm=53ºC, yaban tip JAK2617V/V için Tm=62ºC ve Heterezigot allelleri JAK2617V/F için Tm=53ºC ve Tm=62ºC’dir. Sonuç olarak; ALL’li 164 hastanın hiçbirinde (% 0), AML’li 52 hastanın 1 (% 1,92), PV’li 79 hastanın 71’i (% 89,8), ET’li 51 hastanın 22’si (% 43,1), KML’li 22 hastanın 1’i (% 4,5) ve PMF’li 24 hastanın 15’inde (% 62,5) JAK2V617F mutasyonu saptanmıştır. KML, PV, PMF’li yetişkin hasta gruplarında trombosit değerleri ile JAK2V617F mutasyonu arasında herhangi bir anlamlı ilişki bulunmaz iken beklendiği gibi ET’de hastalığın temel patogenomik bulgusu olan trombositoz nedeni ile JAK2V617F mutasyonu ve trombosit değerleri arasında anlamlı bir ilişki saptanmıştır. ET ve PV’li yetişkin hasta gruplarında, genotip ve allel dağılımı arasında istatiksel olarak önemli bir fark bulunmuş (p=0,000) ve allel dağılımı açısından T allelinin hastalık riski oluşturabileceği saptanmıştır (p=0,000). JAK2 V617F mutasyonu saptanan ve saptanmayan PV ve ET hastaları arasında hemoglobin (Hb), hematokrit (Hct), lökosit (Wbc) değerleri açısından istatistiksel bir fark bulunmamıştır (p>0.05). Erişkinler ile karşılaştırıldığında çocukluk çağı lösemilerinde JAK2V617F mutasyonu hematolojik malignensilerde yok denecek kadar az olduğu sonucu çıkarılmıştır. Bu çalışma; pediatrik yaş grubunda bu kadar yüksek hasta sayısı ile Türkiyede yapılan ilk araştırmadır. Dünya literatüründe ki çalışmalar ile paralel sonuçlar elde edilmiştir. Bunun yanında, ilk kez, lösemilerde önemli bir sınıflama aracı olan immünofenotipleme için yapılan akımsitometrik verileri ile JAK2V617F mutasyon ilişkisi değerlendirilmiştir. Literatürde belirtildiği gibi, hematolojik malignitelerde özellikle PV ve ET ayırıcı tanısında ve tedaviye yanıtın takibinde, JAK2V617F mutasyonun Realtime PCR ile saptanmasının, tarama testi olarak faydalı olduğu birkez daha gösterilmiştir. Yakın zamanda MPDs hastalarında tedavide önemli olan seçici JAK1/2 inhibitorü içeren bir ilaç geliştirilmiştir. Bu da JAK2V617F mutasyonun incelenmesinin ne kadar önemli olduğunu göstermiştir. In this study we have examined the deviation of JAK2V617F mutation among the patients who applied to the departments of child health and disease and pediatric hematology of Çukurova University Medicine Faculty between September 2009 and September 2011. 216 patients in the pediatric group that were diagnosed with acute leukemia by cytomorphological and immunohistochemical studies have been examined. In addition, 176 adults -PV, ET, CML and PMF patients- who applied to Hematology clinic between the dates September 2009 and 2011 have been studied. In order to identify the JAK2V617F mutation, DNA has been isolated from the whole blood. DNA isolation has been carried out with manual methodology, using the High Pure PCR Template Preparation Kit (Roche), and the extracted DNAs have been preserved at -80ºC. Gene mutations have been identified by analyzing the Tm curves obtained throughout the RealTime PCR. The mutant JAK2617F/F Tm value is 53ºC, the wild type JAK2617V/V Tm value is 62ºC, and heterozygosis allels JAK2617V/F Tm values are 53ºC and 62ºC. As a result, the rates of the identified JAK2V617F mutation are as follows: none (0%) among the 164 ALL patients, 1 (1,92%) among the 52 AML patients, 71 (89,8%) among the 79 PV patients, 22 (43,1%) among the 51 ET patients, 1 (4,5%) among the 22 CML patients, 15 (62,5%) among the 24 PMF patients. Although no significant relation has been detected between the platelet value and JAK2V617F mutation for the CML, PV and PMF adult patient groups, a significant relation has been detected between the platelet value and JAK2V617F mutation for the ET patients -as expected- because of thrombocytosis, which is the main pathogenomic sign of the disease. A significant statistical difference (p=0,000) has been found between the allele and genotype distribution. T allele is identified as a risk for the disease according to allele distribution (p0.05) has been found for hemoglobin (Hb), hematocrit (Hct), white blood cell (WBC) values for the PV and ET patients with and without JAK2V617F mutation. It is concluded that the JAK2V617F mutation at the hematological malignancies is very little or negligible in the childhood leukemia when compared to the adults. This study examines the highest number of patients in pediatric age group in Turkey and in the literature. The results obtained are in accordance with the literature. Moreover, this is the first study to evaluate the relationship between JAK2V617F mutation and flowcytometric findings for the immunophenotypic examination, which is an important classification tool of leukemia. It is once again shown that determination of the JAK2V617F mutation with Realtime PCR is a useful screening test for definitive diagnosis of hematologic malignancies especially PV and ET and follow-up of patients’ response to therapy as reported in the literature. A medicine has been recently developed consisting of JAK1/2 inhibitor to cure MPDs patients. This reveals the importance of examination of JAK2V617F mutation. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: FEF2006D13.
- Published
- 2013
25. Sığırlarda Kuduz Hastalığının Teşhisi ve Kuduz Virüsünün Anatomik Lokalizasyonunun Real Time PCR ile BelirlenmesiÜzerine Karşılaştırmalı Çalışmalar
- Author
-
YOLDAŞ, Atilla, TUZCU, Mehmet, ÖZMEN, Erdal, YIĞIN, Akın, ÖZMEN, Murat, KUL, Seval, and TUZCU, Nevin
- Subjects
Kuduz,Sığır,Real Time PCR,Histopatoloji,Nöroanatomi ,Rabies,Cattle,Real Time PCR,Histopathology,Neuroanatomy - Abstract
Rabies is a fatal disease of all warm blooded animals. In this investigation the distribution of the rabies virus was determined by real time PCR, and comparison of PCR against histopathology, Seller reaction and florescent antibody test for diagnosis, was made. The material of the research was composed of 25 head of the cattle with rabies infection that was brought to Adana Veterinary Control and Research Institute between the years 2007-2009. All of the cases were determined viral nucleic acid by real time PCR. Eleven of them were positive by Seller, 15 were positive by histopathologically and 21 was positive by fluorescent antibody reaction for rabies. In this research it was observed that the amount of the viral nucleic acid was higher in cerebellum than the other parts of the head. A positive correlation was found between the viral load on the different areas of the head and viral load on origin of the nerves innerved these areas. The results of this study confirmed the real time PCR can be used in cases that rabies cannot be diagnosed by routine methods and absence of cerebrum and cerebellum., Kuduz bütün sıcakkanlı canlılarda görülen, öldürücü zoonoz bir hastalıktır. Bu çalışmada Real Time PCR tekniği ile kuduz virüsünün sığır kafasındaki lokalizasyonları tespit edilerek, kuduz hastalığının teşhisinde Real Time PCR ile histopatoloji, Seller boyama ve floresan antikor testi (FAT) karşılaştırıldı. Çalışmanın materyalini Adana Veteriner Kontrol ve Araştırma Enstitüsüne 2007-2009 yılları arasında getirilen kuduz pozitif 25 adet sığır kafası oluşturdu. Real Time PCR ile kuduz olduğu belirlenen 25 olgunun 21’inde FAT ile 11’inde Seller boyama ile 15’inde histopatolojik olarak kuduza ait bulgular tespit edildi. Real Time PCR ile cerebellum’larda belirlenen viral nükleik asit miktarının diğer bölgelere göre daha fazla olduğu, kafanın farklı bölgelerinde ve bu bölgeleri inerve eden sinirlerin orijin yerlerinde belirlenen viral nükleik asit miktarları arasında pozitif korelâsyonun bulunduğu belirlendi. Beyin ve beyinciğin klasik yöntemlerle muayeneye uygun olmadığı durumlarda Real Time PCR'nun teşhis için kullanılabileceği ve yine beyin ve beyinciğin bulunamadığı durumlarda kafanın farklı bölgelerinden alınan örneklerden Real Time PCR ile kuduz hastalığının teşhisinin yapılabileceği kanaatine varıldı.
- Published
- 2009
26. An Enzyme-Linked Immunosorbent Assay for Brucella Specific Antibody and Real-Time PCR for Detecting Brucella Spp. in Milk and Cheese in Şanlıurfa, Turkey.
- Author
-
Altun, Serap Kiliç, Yiğin, Akın, Gürbilek, Sevil Erdenliğ, Gürbüz, Semra, Demirci, Mehmet, Keskin, Oktay, and Tel, Osman Yaşar
- Subjects
- *
ENZYME-linked immunosorbent assay , *BRUCELLA , *POLYMERASE chain reaction , *PUBLIC health , *MILK quality , *CHEESE - Abstract
The objective of this study was to investigate the presence of anti-Brucella antibody and Brucella spp. DNA in cow, sheep and goat milk and in Urfa cheese collected from markets and bazaars in Şanlıurfa, located in southeast of Turkey. A total of 258 samples consisting of 178 raw milk (48 cow milk, 65 sheep milk and 65 goat milk) samples and 80 Urfa cheese samples were investigated. Anti- Brucella antibody was detected by indirect ELISA (i-ELISA), and the presence of Brucella spp. DNA was screened by real time Polymerase Chain Reaction (RTPCR). 16.6% of the cow, 6.1% of the goat and 6.1% of the sheep milk and 16.25% of the cheese samples were found as positive for brucella antibodies by i - ELISA. The RT-PCR assay amplified Brucella DNA from 18.75, 7.6 and 6.1% cow, goat and sheep milk samples respectively. Brucella DNA was amplified from 22.5% cheese samples. The 11.2% and 13.9% of the samples were found as positive by i-ELISA and RT-PCR respectively. This study indicates that milk and milk products consumed in Şanlıurfa poses a risk to public health in terms of brucellosis. The combining usage of both i-ELISA and RT-PCR methods could lead to more reliable results to detect anti-Brucella antibody and Brucella spp. DNA from milk and cheese samples. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2017
27. İstanbul ili ve ilçelerinde Salmonella taşıyıcılığının vi antijeni ile taranması çalışmaları
- Author
-
Yiğin, Akın, Semiz, Belma Derman, and Biyoloji Anabilim Dalı Biyoloji Programı
- Subjects
Bakteriler - Abstract
İnsanlarda Salmonella bakterileri Tifo, Paratifo, Sepsis, Salmonella'lı Gastro-Enteritler ve Besin zehirlenmeleri etkeni olabilmektedirler. Kişinin yaşam standartları, yaşadığı evin tipi, kalabalık olması, sosyoekonomik durumu, çevre şartları ve en önemlisi kullanılan suyun kaynağı, hastalığın yayılmasında en önemli etkenlerdir. Bu çalışmamızda İstanbul ili sınırlarında yaşayan ve belirli sektörlerde çalışan personelden kan örnekleri alınarak Salmonella taşıyıcılığı açısından araştırılmıştır. Kan örnekleri Vi-antijeni ile Salmonella taşıyıcılık kontrolünden sonra taşıyıcı bireylerin dışkısından kronik taşıyıcı olup olmadığının tespiti için dışkı örnekleri tekrar incelenmiştir. İstanbul ilinde yapılan bu çalışmada 10.000 denek üzerinde tarama yapılmıştır. Bu 10.000 kişinin 22'sinin taşıyıcı olduğu ve bunlardan da 2'sinin kronik taşıyıcı olduğu tespit edilmiştir. Bunun sonucunda kronik tifo taşıyıcılığının yıllara oranla azaldığı fakat tümüyle kaybolmadığı saptanmış ve tarama sonunda taşıyıcı oldukları saptanan bu bireylere kontrollü bir proflaksi uygulanmıştır.Temmuz,2002 Akın YİĞİNSalmonella bacteria can be the reasons of Typhoid, Paratyphoid, Gasro-Enteriditis and Nutrition poisonings. Person's living standarts, the accommodation type, the crowd of the house, socioeconomic conditions, environmental conditions and the water sources, the most importantly, are the main factor spreading of the disease. Within this study we used blood specimen that were taken from the people who live and work in certain working sectors in Istanbul. After the carrier people's feces were again controlled for chronic carrier. Furthermore, medical treatment was supplied to the carriers to maintain the isolation of these people from the society.With this study, 10.000 people are investigated throughout the city of Istanbul It is determined that 22 of these 10.000 people are carrier and 2 of them are chronic carrier.As a conclusion it is determined that chronic typhoid carrier has been decreasing throughout the years but it is not terminated totally. After the investigation the controlled proflaxi is applied to the infected people.
- Published
- 2002
28. JAK2V617F Mutation In Hematologic Malignancies In Childhood and Myeloproliferative Disorders In Adulthood
- Author
-
Yigin, Akin, Antmen, Bulent Ali, Guvenmez, Hatice Korkmaz, Yilmaz, Mustafa, Sasmaz, Ilgen, and Kilinc, Yurdanur
- Published
- 2013
- Full Text
- View/download PDF
29. The Serum Fas and Fas Ligand levels in Childhood Acute Leukemias.
- Author
-
Kiziltas, Alev, Antmen, Bulent, Sasmaz, Ilgen, Kilinc, Yurdanur, Yilmaz, Mustafa, and Yigin, Akin
- Published
- 2009
- Full Text
- View/download PDF
30. Isolation and Molecular Characterization of Bovine Trichophyton verrucosum Strains Based on Sequence Analysis of Internal Transcribed Spacer Region (ITS1) and Microsatellite Loci.
- Author
-
Tel, Osman Yaşar, Bozkaya, Faruk, Yiğin, Akın, Gürbilek, Sevil Erdenliğ, and Keskin, Oktay
- Subjects
- *
TRICHOPHYTON , *MICROSATELLITE repeats , *CATTLE genetics , *HAIR analysis , *NUCLEOTIDE sequencing - Abstract
The aim of this study was to isolate Trichophyton verrucosum from cattle and investigate the genetic diversity of the isolated strains by sequencing ITS1 region and by fragment length analysis of microsatellite loci. In this study, 84 hair and skin scraping samples from cattle with dermatophytosis were investigated by direct microscopy and culture methods. Furthermore, DNA was isolated from the colonies and sequence of ITS1 region was determined by direct sequencing. In addition, primers were designed for amplification of 11 loci showing simple tandem repeats (CHFD, SRT, HP1, HP2, HP3, HP4 TVMS1, TVMS2, TVMS3, TVMS4 and TVMS5) and PCR products of each locus were examined by fragment length analysis. Out of 84 samples 25 (29.7%) T. verrucosum strains were isolated. Sequence analysis of ITS1 region revealed that all strains have the same sequence. The observed fragment lengths of the microsatellite loci CHFD, SRT, HP1, HP2, HP3, HP4 TVMS1, TVMS2, TVMS3, TVMS4 and TVMS5 were 136 bp, 170 bp 178 bp, 423 bp, 356 bp, 225 bp, 232 bp, 201 bp, 270bp, 173 bp, respectively. None of the microsatellite loci examined showed fragment length variation among the samples included into the study. The results suggested that dermatophyte species could be distinguished based on the sequence of ITS1 region, while absence of sequence variation at ITS1 region did not allow distinguishing between T. verrucosum strains. On the other hand, no fragment length variation of the microsatellite loci among the T. verrucosum strains examined was observed. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2018
- Full Text
- View/download PDF
31. Investigation of Staphylococcus aureus Enterotoxins A to E Via Real-Time PCR from Various Food Samples in Turkey.
- Author
-
Demirci, Mehmet, Tombul, Ferruh, Yiğin, Akın, and Altun, Serap Kılıç
- Subjects
- *
STAPHYLOCOCCUS aureus , *DAIRY products , *POLLUTANTS , *DISEASE prevalence , *NUCLEIC acid isolation methods - Abstract
The aim of this study was to investigate the Staphylococcal enterotoxin (SE) and directly detect the five classical SEA, SEB, SEC, SED and SEE gene in Staphylococcus aureus strains from different food samples by real-time PCR. We studied totally 3650 different food samples such as milk and dairy products, meat and meat products, poultry and eggs, canned food, coffee, cocoa and derived products, honey, confectionery and bakery, ready-to-eat foods, beverages in food control laboratory. We found that a total of 36 (0.98%) S. aureus strains were isolated and only 14 (0.38%) out of 36 S. aureus strains were found to be enterotoxingenic. Milk samples were found to be most contaminant among the products. The most prevalent SE types were SEA 7 (19.4%). Commercial EIA kit results were used to compare with the real-time PCR results. SE results were found to be same with these two methods. This study showed that prevalence and type of the staphylococcal enterotoxin may vary from food to food. It is important to know this data to prevent outbreaks. Additionally, automated DNA isolation and real-time PCR methods can be performed to direct enterotoxin gene detection rapidly and reliably. This technique can be also used for food safety and clinical diagnosis applications. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2017
32. Tracking the footsteps of Burkholderia mallei: determination of the molecular differences and potential resistance genes.
- Author
-
Dülger D, Ekici S, Demirci M, Yiğin A, and Babacan O
- Subjects
- Humans, Drug Resistance, Bacterial genetics, Turkey, Burkholderia mallei genetics
- Abstract
Background/aim: Chemical biological radiological nuclear threats are at an important point in the agenda of world health today, as they can cause mass deaths. B. mallei attracts attention as a potential biological warfare agent due to its features such as multidrug resistance, a rapid transmission mechanism via aerosol, the absence of a complete treatment protocol for the infection it causes, and the absence of an approved vaccine for protection against the bacteria. B. mallei suspect samples must be studied by experienced personnel in biosafety level III laboratories. B mallei is a difficult and troublesome pathogen to diagnose and many unknowns about B. mallei today. Therefore, the aim of the study was to determine the molecular differences and potential resistance genes of B mallei strains., Materials and Methods: Determination of the molecular differences and potential resistance genes of B mallei strains with new bioinformatics approaches by comparatively examining the data of 29 B mallei strains, 10 of which were isolated from Türkiye, on the genome list of the National Biotechnology Information Center (NCBI)., Results: According to the genome annotations of the origins, the origin containing the highest number of CDS which is 5172 was found as the 11th strain obtained in Türkiye in 1949. The origin with the highest number of pseudogenes was determined as 23,344 (China 7) origin. Two hundred and eighty-five pseudogenes found in this strain were obtained from a knee effusion in Myanmar. According to chromosome 2 data, B. mallei strain was determined as the most similar strain to ATCC 23344, line 11 with NCTC 10229 strain, and SAVP1 strain was determined as the least similar strain. When the antimicrobial resistance gene markers of the isolates included in the study were examined, amrA and amrB , qacG ade, Burkholderia pseudomallei Omp38 were found to be carrying., Conclusion: In terms of public health, it was thought that the data obtained as a result of our study about B mallei , which is defined as a biological weapon, is very valuable for creating treatment protocols to be applied to possible epidemics in the future. In addition, the available genetic epidemiological data of these strains belonging to a category that is dangerous to work with in a laboratory environment were reviewed., (© TÜBİTAK.)
- Published
- 2023
- Full Text
- View/download PDF
Catalog
Discovery Service for Jio Institute Digital Library
For full access to our library's resources, please sign in.