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Après une synthèse des évolutions majeures qui se sont produites depuis 15 ans en termes de réglementation, de politiques publiques, de production, de consommation et de recherches dans le domaine de l'agriculture biologique (AB), cet avant-propos présente le sommaire de ce numéro spécial consacré à l'élevage biologique. Les articles issus, en majorité, de travaux conduits par INRAE et ses collaborateurs dans le cadre de programmes dédiés à l’AB, analysent les conditions et le potentiel de développement de l’élevage bio avec des regards techniques, économiques et organisationnels.

Afin de contribuer au développement continu de l’Agriculture Biologique (AB) en France, cet article apporte des éléments de compréhension de son cadre réglementaire et de ses particularités. Tout d’abord, l’analyse sociotechnique montre que les conceptions de la santé animale, portées par les éleveurs et les accompagnants techniques spécialisés, sont basés sur une approche préventive et holistique de la santé animale, selon laquelle la gestion de la santé passe avant tout par des leviers liés à la conduite du système d’élevage. Les éleveurs s’entourent d’une diversité d’acteurs pour les accompagner dans cette gestion globale de la santé, qui dépasse le conseil classique du vétérinaire. Ensuite, une autre particularité de la santé en élevage AB traitée ici est relative au statut épidémiologique des élevages : même si une forte variabilité existe entre élevages et pays, l’état sanitaire des troupeaux est en moyenne meilleur en AB qu’en agriculture conventionnelle. Enfin, un focus zootechnique est réalisé sur certaines pratiques d’élevage imposées ou recommandées par le cahier des charges pour des raisons de préservation de la santé ou de la biodiversité. Ces pratiques ont été largement adoptées par les éleveurs en AB et ont eu des impacts positifs sur la préservation de la santé des animaux. Ces particularités ont été traitées dans la littérature de façon inégale selon les filières. Des développements plus importants sont donc faits dans cette synthèse sur les espèces de Ruminants, et des apports plus ponctuels sur les productions porcines et avicoles.

Le recours important aux antiinfectieux en médecine humaine et vétérinaire a favorisé le développement de la résistance des agents infectieux notamment aux antibiotiques. Afin de réduire ce problème, depuis une dizaine d’années, les politiques publiques en France et en Europe ont mis en place des plans de contrôle et de réduction de l’usage des antibiotiques. En élevage, ces plans ont été efficaces puisque les volumes d’antibiotiques utilisés ont fortement diminué. Ils ont aussi permis de raisonner plus globalement le recours aux médicaments en élevage, de renforcer les mesures de prévention (biosécurité, vaccination), de modifier des pratiques d’élevage en concertation avec les éleveurs et les vétérinaires praticiens au sein des différentes filières et de développer des produits alternatifs aux antiinfectieux (extraits de plantes, huiles essentielles, acides organiques, prébiotiques, probiotiques…). Ce numéro spécial de la revue INRAE Productions Animales regroupe des articles qui synthétisent les principaux résultats et les perspectives de projets de recherche récents qui ont traité ces différents aspects.

Dans certains ateliers, la robustesse des vaches de race pure Prim’Holstein, se traduisant par leur capacité à maintenir à la fois de bonnes performances de reproduction, de santé et de production, se trouve dégradée. Ceci peut se traduire par des répercussions avoir des répercussions techniques et économiques négatives importantes. Le croisement entre races laitières pourrait être une voie d’amélioration. Or, à l’exception notable de la Nouvelle Zélande, le croisement laitier reste très marginal dans les pays développés. Ce constat pourrait s’expliquer en partie par un manque de connaissances sur les avantages et inconvénients du croisement. L’objectif de cette synthèse est de faire le point sur les connaissances actuelles autour du croisement laitier. Le croisement permet de bénéficier des effets génétiques additifs de la sélection intra-race mais également des effets génétiques non-additifs. Ces effets sont généralement favorables et augmentent le potentiel génétique des individus issus de croisement. Ainsi les vaches issues de croisement de première génération entre Prim’Holstein et Montbéliarde ont un niveau génétique quasiment équivalent à la Prim’Holstein pour la quantité de lait et à la Montbéliarde pour le taux de conception. L’intérêt technico-économique d’introduire du croisement laitier dans un atelier initialement en race Prim’Holstein dépend de la situation initiale de cet atelier. Lorsque la productivité des vaches Prim’Holstein est élevée et que les performances de reproduction et de santé sont correctes, l’intérêt du croisement semble nul. En revanche dans des ateliers à productivité élevée mais faisant face à des situations de reproduction et de santé dégradées, le croisement permet d’augmenter de 5 % la marge brute de l’atelier. Pour des niveaux de productivité plus modérés, l’intérêt économique est moindre (+ 3 à 4 % de marge brute), mais la robustesse des vaches apparait améliorée.

L’INRA a confié à ses groupes « filières » une étude (2015-2016) visant à analyser et à quantifier les pertes alimentaires aux stades de la production agricole et de la transformation. Cet article synthétise le travail sur les filières animales. Grace à la construction d’une méthodologie par bilan de masse, l’étude a permis d’analyser le devenir des deux types de retraits pratiqués : les denrées alimentaires écartées de la consommation humaine et donc susceptibles, selon la définition de l’étude, d’induire des pertes alimentaires, d’une part, et les matières inconsommables par l’Homme d’autre part, lesquelles contribuent ensemble à la production des Sous-Produits Animaux (SPA). Les taux des pertes alimentaires varient de 3 à 8 % environ dans les filières animales, en lien avec les particularités d’espèces (sensibilité aux encéphalopathies spongiformes transmissibles, notamment). Les pertes alimentaires sont majoritairement liées à la valorisation des SPA en « pet food », sauf dans la filière bovine où la fraction incinérée est importante. En ce qui concerne les parties inconsommables pour l’Homme, l’alimentation du bétail et le « pet food » jouent un rôle différent selon les filières de provenance. Une part modeste (de 1 à 5 % chez les espèces terrestres, 15 % chez les poissons) donne lieu à une valorisation en alimentation du bétail et de façon indirecte à l’alimentation humaine. Cette partie serait beaucoup plus élevée encore si la part dédiée au « pet food » (laquelle varie de 6 à 25 % selon les filières) était réorientée au moins en partie vers les aliments du bétail. Notre étude a permis de montrer que les animaux d’élevage, et en particulier les monogastriques, ne sont pas que concurrents de l’Homme pour les ressources alimentaires, mais rendent service par la valorisation des sous-produits animaux et de ce fait, par la « non-mobilisation » de ressources.

Chez les ruminants élevés au pâturage, les strongles gastro-intestinaux (SGI) peuvent induire des pertes de production, voire des atteintes cliniques chez les animaux non immuns. Le contrôle de l’infestation repose essentiellement sur les traitements anthelminthiques (AH) administrés fréquemment sans évaluation préalable de la réalité du risque parasitaire. Cette synthèse vise tout d’abord à exposer les principaux risques associés à ce recours insuffisamment raisonné aux AH : apparition de populations de parasites résistants aux AH, écotoxicité pour la microfaune prairiale dégradant les fèces, et installation retardée de l’immunité anti-strongles (notamment chez les bovins). Les stratégies de traitement ciblé-sélectif devraient permettre de maîtriser ces risques tout en prévenant les atteintes cliniques et sécurisant les performances des animaux. Il s’agit de rationaliser les traitements AH en ciblant les troupeaux ou les lots et les périodes à risque, et en sélectionnant les individus les plus parasités ou « souffrant » le plus du parasitisme. Cette synthèse vise donc ensuite à décrire les outils et les indicateurs étudiés pour mettre en œuvre de telles stratégies chez les ruminants. Il s’agit d’indicateurs zootechniques (gain moyen quotidien, parité, niveau de production…), cliniques (FAMACHA©, index de diarrhée…), parasitologiques (coproscopie, niveau d’anticorps anti-SGI…), ou d’indicateurs de conduite (modalité de pâturage), et aussi d’outils informatiques (modélisation du recyclage parasitaire). Leur fiabilité et leur opérationnalité sont variables. La mise en place de telles stratégies nécessitera de dépasser les freins à l’acceptation de ces nouvelles pratiques tant au niveau des éleveurs que des vétérinaires prescripteurs. Cet usage raisonné des AH assurerait une meilleure durabilité du contrôle de l’infestation par les SGI.

Les décisions de gestion de la santé animale correspondent à un large éventail de situations et de problèmes. Illustrant ce constat, sept maladies majeures des troupeaux bovins laitiers sont examinées pour identifier les facteurs les plus courants limitant l’efficacité des plans de maîtrise ainsi que les perspectives d’amélioration de la maîtrise sur le terrain. Pour les infections intra-mammaires, la recherche vise à la mise au point de vaccins multivalents, le ciblage des vaches à traiter par les antibactériens, la méthodologie des interventions en ferme, et l’augmentation de la résistance innée par la sélection génomique. Pour les strongyloses gastro-intestinales, les recherches prioritaires s’orientent aussi vers les stratégies de traitement anthelminthique raisonné et ciblé, la voie génétique semblant moins prioritaire que chez les petits ruminants. La maîtrise de la maladie de Mortellaro, affection de l’appareil locomoteur, ne pourra plus recourir aux désinfectants classiquement utilisés dans les pédiluves et des approches alternatives sont nécessaires. La maîtrise de la fièvre Q est à rechercher par la vaccination de l’ensemble du troupeau sur plusieurs années et l’hygiène de la parturition. La paratuberculose pourrait à terme être maîtrisée par la sélection génomique, en raison de l’absence de traitement et de vaccin efficaces et de l’existence de bases génétiques de résistance/résilience prometteuses. La maîtrise de l’infection par le virus BVDV semble pouvoir être atteinte par des mesures sanitaires combinées ou non avec la vaccination. La quasi-éradication des sérotypes exotiques du virus de la fièvre catarrhale ovine pourrait être obtenue par la surveillance ciblée et la vaccination massive et rapide. Les spécificités de l’étiologie, de l’épidémiologie et des moyens de maîtrise des maladies étudiées n’autorisent guère de conclusions génériques.

L’objectif de cet article est d’amener des éléments de réflexion sur les conséquences de la maladie sur le bien-être des animaux et d’envisager les principales voies d’amélioration en élevage. Le bien-être physique de l’animal malade est compromis : il a des modifications physiologiques comparables à celles liées au stress, il doit adopter des postures et des mouvements anormaux afin de limiter la douleur, il a des difficultés à réaliser ses comportements normaux ce qui se traduit in fine par des baisses de performances. Son bien-être mental est lui aussi affecté. Une sensibilisation des intervenants en élevage au mal-être de l’animal malade doit être entreprise. L’éleveur doit détecter et prendre en charge rapidement ses animaux malades. Les vétérinaires doivent améliorer leurs procédures thérapeutiques en ayant recours dès que nécessaire aux analgésiques.