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1. Extracts from Wallis Sponges Inhibit Vibrio harveyi Biofilm Formation

Author: Caudal, Flore, Rodrigues, Sophie, Dufour, Alain, Artigaud, Sébastien, Le Blay, Gwénaëlle, Petek, Sylvain, Bazire, Alexis, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: sponge extract, anti-biofilm activity, [SDV]Life Sciences [q-bio], marine natural products, Vibrio harveyi, biofilm
Abstract: International audience; Pathogenic bacteria and their biofilms are involved in many human and animal diseases and are a major public health problem with, among other things, the development of antibiotic resistance. These biofilms are known to induce chronic infections for which classical treatments using antibiotic therapy are often ineffective. Sponges are sessile filter-feeding marine organisms known for their dynamic symbiotic partnerships with diverse microorganisms and their production of numerous metabolites of interest. In this study, we investigated the antibiofilm efficacy of different extracts from sponges, isolated in Wallis, without biocidal activity. Out of the 47 tested extracts, from 28 different genera, 11 showed a strong activity against Vibrio harveyi biofilm formation. Moreover, one of these extracts also inhibited two quorum-sensing pathways of V. harveyi.
Published: 2023
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2. Monitoring de la croissance de bactéries / biofilms bactériens via une sonde coaxiale

Author: Longo, Matthieu, Rioual, Stéphane, Talbot, Philippe, Fay, Fabienne, Hellio, Claire, Lescop, Benoît, Equipe Smart Materials and Related Technologies (Lab-STICC_SMART), Laboratoire des sciences et techniques de l'information, de la communication et de la connaissance (Lab-STICC), École Nationale d'Ingénieurs de Brest (ENIB)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bretagne Loire (UBL)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École Nationale d'Ingénieurs de Brest (ENIB)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bretagne Loire (UBL)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, [SDE]Environmental Sciences
Abstract: International audience;  Le but de ce travail est de développer une sonde radiofréquence pour le suivi du développement de bactéries et/ou de biofilm bactérien. Il s'agit d'une sonde coaxiale ouverte plongée dans un réservoir rempli d'une solution. Des simulations HFSS ont été effectuées afin de vérifier la faisabilité de la sonde. Le suivi de la prolifération de deux bactéries modèles a été testé avec succès. La détermination de la présence d'un biofilm est aussi possible. Ces suivis peuvent être obtenus à une fréquence unique permettant un suivi temps réel à faible coût.
Published: 2023

3. Biofuel Production from Seaweeds: A Comprehensive Review

Author: Yiru Zhao, Nathalie Bourgougnon, Jean-Louis Lanoisellé, Thomas Lendormi, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Control and Optimization, Renewable Energy, Sustainability and the Environment, [SDV]Life Sciences [q-bio], Energy Engineering and Power Technology, Building and Construction, Electrical and Electronic Engineering, Engineering (miscellaneous), Energy (miscellaneous)
Abstract: International audience; Seaweeds represent a promising and sustainable feedstock for biofuel production which raises increasing research interests. Their high availability, easy fermentable composition, and good degradation potential make them a suitable candidate for alternating fossil fuels as an advantageous energy resource. This comprehensive review aims to summarize and discuss data from the literature on the biochemical composition of seaweeds and its potential for biomethane and biohydrogen production, as well as to investigate the effect of the common pretreatment methods. Satisfactory yields comparable to terrestrial biomass could be obtained through anaerobic digestion; concerning dark fermentation, the challenge remains to better define the operating conditions allowing a stable production of biohydrogen. Finally, we propose a potential energy production scheme with the seaweed found by the Caribbean Islands of Guadeloupe and Martinique, as well as current techno-economic challenges and future prospects. An annual energy potential of 66 GWh could be attained via a two-stage biohythane production process, this tends to be promising in terms of energetic valorization and coastal management.
Published: 2022
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4. Maritime transportation: Let's slow down a bit

Author: Maxime Sèbe, Pierre Scemama, Anne Choquet, Jean-Luc Jung, Aldo Chircop, Phénia Marras-Aït Razouk, Sylvain Michel, Valérie Stiger-Pouvreau, Laura Recuero-Virto, Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en gestion i3 (i3-CRG), École polytechnique (X)-Université Paris-Saclay-Institut interdisciplinaire de l’innovation (I3), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Brest Business School, Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Dalhousie University [Halifax], French Biodiversity Agency, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Collision, Environmental Engineering, Invasive species, Speed reduction, Animals, Wild, Transportation, Environment, Pollution, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, Gas emission, Environmental Chemistry, Animals, Noise, Ship, Waste Management and Disposal, Ships, Underwater noise
Abstract: International audience; Maritime transportation is a major contributor to the world economy, but has significant social and environmental impacts. Each impact calls for different technical or operational solutions. Amongst these solutions, we found that speed reduction measures appear to mitigate several issues: (1) collision with wildlife; (2) collision with non-living objects; (3) underwater noise; (4) invasive species; and (5) gas emission. We do not pretend that speed reduction is the best solution for each individual issue mentioned in this paper, but we argue that it could be a key solution to significantly reduce these threats all together. Further interdisciplinary research is required to balance private economic costs of speed reduction measures with environmental and social benefits emerging from all mitigated issues.
Published: 2022
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5. Pseudoalteromonas ostreae sp. nov., a new bacterial species harboured by the flat oyster Ostrea edulis

Author: Amine M. Boukerb, Olivier Lesouhaitier, Yannick Fleury, Leila Parizadeh, Héléna Cuny, Camille Jégou, Clément Offret, Alexis Bazire, Patrick Le Chevalier, Benjamin Brillet, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, 0303 health sciences, Oyster, biology, Strain (chemistry), [SDV]Life Sciences [q-bio], Context (language use), General Medicine, Phenotypic trait, biology.organism_classification, 16S ribosomal RNA, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Microbiology, 03 medical and health sciences, Pseudoalteromonas, biology.animal, Ostrea edulis, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Bacteria, 030304 developmental biology
Abstract: Three bacterial strains, named hOe-66T, hOe-124 and hOe-125, were isolated from the haemolymph of different specimens of the flat oyster Ostrea edulis collected in Concarneau bay (Finistère, France). These strains were characterized by a polyphasic approach, including (i) whole genome analyses with 16S rRNA gene sequence alignment and pangenome analysis, determination of the G+C content, average nucleotide identity (ANI), and in silico DNA–DNA hybridization (isDDH), and (ii) fatty acid methyl ester and other phenotypic analyses. Strains hOe-66T, hOe-124 and hOe-125 were closely related to both type strains Pseudoalteromonas rhizosphaerae RA15T and Pseudoalteromonas neustonica PAMC 28425T with less than 93.3% ANI and 52.3% isDDH values. Regarding their phenotypic traits, the three strains were Gram-negative, 1–2 µm rod-shaped, aerobic, motile and non-spore-forming bacteria. Cells grew optimally at 25 °C in 2.5% NaCl and at 7–8 pH. The most abundant fatty acids were summed feature 3 (C16:1 ω7c/C16:1 ω6c), C16:0 and C17:1 ω8c. The strains carried a genome average size of 4.64 Mb and a G+C content of 40.28 mol%. The genetic and phenotypic results suggested that strains hOe-66T, hOe-124 and hOe-125 belong to a new species of the genus Pseudoalteromonas . In this context, we propose the name Pseudoalteromonas ostreae sp. nov. The type strain is hOe-66T (=CECT 30303T=CIP 111911T).
Published: 2021
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6. Mathematical Modeling of Air Impingement Drying of the Brown Algae Sargassum muticum (Fucales)

Author: Pascal Morançais, Virginie Boy, Jean-Louis Lanoisellé, Jeanne Le Loeuff, Nathalie Bourgougnon, Thibaut Colinart, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, biology, Chemistry, General Chemical Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], 04 agricultural and veterinary sciences, General Chemistry, biology.organism_classification, 040401 food science, 01 natural sciences, Industrial and Manufacturing Engineering, Brown algae, 0404 agricultural biotechnology, 010608 biotechnology, Environmental chemistry, Air drying, Sorption isotherm, Sargassum muticum, Fucales, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2021
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7. Antifouling properties of amphiphilic poly(3-hydroxyalkanoate): an environmentally-friendly coating

Author: Isabelle Linossier, A Guennec, Estelle Renard, Valérie Langlois, E Balnois, Fabienne Faÿ, G Q Chen, Karine Vallée-Réhel, L Brelle, Christelle Simon-Colin, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Chimie et des Matériaux Paris-Est (ICMPE), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)
Subjects: Materials science, Biofouling, Polymers, Surface Properties, 02 engineering and technology, Aquatic Science, engineering.material, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Applied Microbiology and Biotechnology, Polyethylene Glycols, chemistry.chemical_compound, Coating, Amphiphile, Copolymer, [CHIM]Chemical Sciences, Phaeodactylum tricornutum, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Water Science and Technology, Diatoms, biology, Polydimethylsiloxane, 021001 nanoscience & nanotechnology, biology.organism_classification, Environmentally friendly, 6. Clean water, 0104 chemical sciences, chemistry, Chemical engineering, engineering, Biopolymer, 0210 nano-technology
Abstract: The development of biofouling is a major problem for marine industries. The conception of antifouling and fouling release coatings, with controlled physical-chemical properties is a promising strategy. Among them, amphiphilic systems, such as those composed of a hydrophobic polydimethylsiloxane matrix and a hydrophilic polyethyleneglycol additive are the most efficient and up to date. Despite their effectiveness, these systems are questioned due to the petrochemical origin of PDMS. The aim of this project was to substitute the PDMS matrix with a biopolymer, poly(3-hydroxybuyrate-co-3-hydroxyvalerate) and to improve its anti-adhesion properties through the elaboration of an amphiphilic system, via the addition of PEG or PHBHHx-b-PEG copolymer. The results, including the physico-chemical properties of PHBHV based coatings and static adhesion tests on a marine bacterium, Bacillus 4J6 and a diatom, Phaeodactylum tricornutum are compared with those of PDMS and PEG-modified PDMS coatings. Real antiadhesion activity was obtained for the PHBHV/PHBHHx-b-PEG system for a promising eco-friendly strategy.
Published: 2021
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8. Virulence of Vibrio harveyi ORM4 towards the European abalone Haliotis tuberculata involves both quorum sensing and a type III secretion system

Author: Morot, Amandine, El Fekih, Sahar, Bidault, Adeline, Le Ferrand, Alizée, Jouault, Albane, Kavousi, Javid, Bazire, Alexis, Pichereau, Vianney, Dufour, Alain, Paillard, Christine, Delavat, François, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the ‘Laboratoire d'Excellence’ LabexMER (ANR-10-LABX-19), by the ‘Ecole Universitaire de Recherche’ ISblue (ANR-17-EURE-0015) and co-funded by a grant from the French government under the programme ‘Investissements d'Avenir’, and by a grant from the Regional Council of Brittany. This project received grants from the H2020 VIVALDI project (grant agreement n°678589), and the CNRS Prematuration (CoMAq project) and EC2CO (ViViMar project) programmes. The LBCM is supported by the Région Bretagne and European FEDER. A.M. and A.J. are the recipient of doctoral fellowships co-funded by the Région Bretagne, France, and the Université de Bretagne-Sud., ANR-17-EURE-0015,ISBlue,Interdisciplinary Graduate School for the Blue planet(2017), ANR-10-LABX-0019,LabexMER,LabexMER Marine Excellence Research: a changing ocean(2010), European Project: 678589,H2020,H2020-SFS-2015-2,VIVALDI(2016), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDE]Environmental Sciences, bacteria, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; Environmental Vibrio strains represent a major threat in aquaculture, but the understanding of their virulence mechanisms heavily relies on the transposition of knowledge from human-pathogen vibrios. Here, the genetic bases of the virulence of Vibrio harveyi ORM4 towards the European abalone Haliotis tuberculata were characterized. We demonstrated that luxO, encoding a major regulator of the quorum sensing system, is crucial for the virulence of this strain, and that its deletion leads to a decrease in swimming motility, biofilm formation, and exopolysaccharide production. Furthermore, the biofilm formation by V. harveyi ORM4 was increased by abalone serum, which required LuxO. The absence of LuxO in V. harveyi ORM4 yielded opposite phenotypes compared with other Vibrio species including V. campbellii (still frequently named V. harveyi). In addition, we report a full type III secretion system (T3SS) gene cluster in the V. harveyi ORM4 genome. LuxO was shown to negatively regulate the promoter activity of exsA, encoding the major regulator of the T3SS genes, and the deletion of exsA abolished the virulence of V. harveyi ORM4. These results unveil virulence mechanisms set up by this environmentally important bacterial pathogen and pave the way for a better molecular understanding of the regulation of its pathogenicity.
Published: 2021
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9. Cinnamomum cassia and Syzygium aromaticum Essential Oils Reduce the Colonization of Salmonella Typhimurium in an In Vivo Infection Model Using Caenorhabditis elegans

Author: Emmanuel Duteil, Marie Lang, Aude Montjarret, Gilles Bedoux, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Salmonella, [SDV]Life Sciences [q-bio], Pharmaceutical Science, Organic chemistry, medicine.disease_cause, Caenorhabditis elegans, swimming motility, Article, Analytical Chemistry, 03 medical and health sciences, QD241-441, Cassia, In vivo, Drug Discovery, medicine, Food science, Physical and Theoretical Chemistry, essential oils, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, feed additives, Salmonella Typhimurium, biology, colonization assay, 030306 microbiology, Chemistry, biology.organism_classification, Nematode, Chemistry (miscellaneous), Syzygium, Toxicity, Molecular Medicine, Cinnamomum
Abstract: The regulation of intestinal colonization in livestock by means of non-bactericidal additives is an important management lever for zoonotic bacteria such as Salmonella spp. Caenorhabditis elegans is proposed here as a model for the evaluation of five essential oils (EOs) as anti-colonization products against Salmonella Typhimurium. An evaluation of the toxicity of EOs for C. elegans showed LD50 values ranging from 74.5 ± 9.6 µg/mL for Cinnamomum cassia (CEO) to 271.6 ± 14.9 µg/mL for Syzygium aromaticum (SyEO). Both EOs significantly inhibited bacterial colonization in the digestive tract of C. elegans with reductions of 0.88 and 0.70 log CFU/nematode at nontoxic concentrations of 50 µg/mL and 150 µg/mL, respectively. With the minimal bactericidal concentrations of CEO and SyEO against S. Typhimurium being 312.5 µg/mL and 625 µg/mL, respectively, an antibacterial effect can be excluded to explain the inhibition of the bacterial load. The anti-colonizing activity of these two EOs could, however, be related to an inhibition of the swimming motility, which was significantly reduced by 23.47% for CEO at 50 µg/mL and 19.56% for SyEO at 150 µg/mL. This study shows the potential of C. elegans as a predictive in vivo model of anti-colonizing activities that is suitable for the evaluation of essential oils.
Published: 2021
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10. Participatory Qualitative Modeling to Assess the Sustainability of a Coastal Socio-Ecological System

Author: Gourguet, Sophie, Marzloff, Martin Pierre, Bacher, Cédric, Boudry, Pierre, Cugier, Philippe, Dambacher, Jeffrey Mark, Desroy, Nicolas, Gangnery, Aline, Le Mao, Patrick, Monnier, Léa, Pérez Agúndez, José, Thébaud, Olivier, Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dynamiques de l'Environnement Côtier (DYNECO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The REMAIC project was supported by the d’Excellence' LabexMER (ANR-10-LABX-19)., ANR-10-LABX-0019,LabexMER,LabexMER Marine Excellence Research: a changing ocean(2010), Dynamiques des Écosystèmes Côtiers (DYNECO), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: participatory approach, loop analysis, socio-ecological system (SES), shellfish aquaculture, sustainability, Normand-Breton Gulf, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract: International audience; Assessing the sustainability of socio-ecological systems requires understanding the interactions between numerous ecological, economic and social components. Models are often used to investigate how interactions shape system feedbacks and drive the complex dynamics at play in such systems. However, building these models is a non-trivial exercise, which often neglects stakeholder knowledge and perceptions. We adopted a participatory approach that relies on conducting workshops to engage stakeholders into the development of qualitative models of system feedback. This type of participatory qualitative modeling is well suited to address the complexity of socio-ecological systems in a holistic manner, identify key stakes and feedbacks, and predict responses to perturbations. We use this approach to investigate the factors that condition sustainability of the socio-ecological system associated with shellfish aquaculture in the Normand-Breton Gulf in France. Six region-specific workshops were organized with shellfish producers, managers and other stakeholders to identify and describe key components, interactions and pressures that contribute to overall socio-ecological dynamics. Differences and commonalities in system perceptions were identified across the different regions and focus groups. We reconciled stakeholder-specific discrepancies in model structure into a synthetic representation that conciliates alternative views of the system. Next, we predicted how the system might respond to alternative scenarios of change. Overall, our participatory qualitative modeling exercise identified key drivers of the system under study that constitute effective management levers to maintain system sustainability. For instance, low social acceptability of the aquaculture industry generally appears to be a major constraint on the sustainability of shellfish aquaculture in the Normand-Breton Gulf, while reducing rearing density appears to be a key driver of sustainability.
Published: 2021
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11. Anti-Herpes simplex virus (HSV-1) activity and antioxidant capacity of carrageenan-rich enzymatic extracts from Solieria filiformis (Gigartinales, Rhodophyta)

Author: Madera-Santana Tomás, Bedoux Gilles, Bourgougnon Nathalie, Peñuela Ana, Freile-Pelegrin Yolanda, Robledo Daniel, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Antioxidant, medicine.medical_treatment, [SDV]Life Sciences [q-bio], Carbohydrase, Herpesvirus 1, Human, 02 engineering and technology, Carrageenan, Polysaccharide, Antiviral Agents, Biochemistry, Antioxidants, Hydrolysate, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Phenols, Picrates, Polysaccharides, Structural Biology, medicine, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, ABTS, Protease, biology, Plant Extracts, Biphenyl Compounds, General Medicine, 021001 nanoscience & nanotechnology, chemistry, Rhodophyta, biology.protein, 0210 nano-technology
Abstract: Solieria filiformis has been reported to have molecules with various biological activities. In this study we used environmentally friendly extraction methods, such as enzyme-assisted extraction (EAE), as a first step to obtain bioactive compounds from this species. Five combinations of protease (PRO) and carbohydrase (AMG) were utilized (1:0, 0:1, 2:1, 1:1, 1:2 PRO:AMG) to obtain Water Soluble Enzymatic Hydrolysates (WSEHs). Extraction yields, biochemical and structural characterization, as well as in vitro activity against Herpes simplex virus type 1 (HSV-1) and antioxidant capacities were determined. All PRO:AMG combinations significantly improved yields. EAE yielded heterogeneous extracts rich in iota-carrageenan and phenols, as confirmed by FTIR spectra. The highest antiherpetic activity (EC50 4.5 ± 0.4 μg mL−1) was found in the WSEHs obtained under 2:1 PRO:AMG. At this combination high antioxidant capacity was also obtained for ABTS (2,2′-Azino-Bis-3-ethylbenzoThiazoline-6-Sulfonic acid) radical scavenging activity and Ferric Reducing Antioxidant Power (FRAP). These could probably play a synergistic role associated to the strong antiviral activity obtained. These results suggest that 2:1 PRO:AMG could be effective in promoting the hydrolytic breakdown of high MW polysaccharides, contributing to the improvement of WSEHs bioactivity. Although Solieria filiformis WSEHs showed promising results, further research, including separation and purification techniques are needed.
Published: 2021
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12. Food sources, digestive efficiency and resource allocation in the sea cucumber Holothuria forskali (Echinodermata: Holothuroidea): Insights from pigments and fatty acids

Author: Hélène Laguerre, Gwen Herault, Cédric Hubas, Théo Bordelet, Frank David, Nadia Ameziane, Aicha Badou, Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station de Biologie Marine de Concarneau, Direction générale déléguée à la Recherche, à l’Expertise, à la Valorisation et à l’Enseignement-Formation (DGD.REVE), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), and Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE)
Subjects: 0106 biological sciences, 0303 health sciences, Holothuria forskali, biology, 010604 marine biology & hydrobiology, Aquatic Science, biology.organism_classification, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, Sea cucumber, Botany, [SDE]Environmental Sciences, Resource allocation, 14. Life underwater, 030304 developmental biology
Abstract: International audience; Various research projects in Europe and North Africa have recently intended to breed temperate holothurians to alleviate fishing pressure on natural populations. However, to date little is known about the nutritional requirements of East Atlantic and Mediterranean species. In this study, we propose a “natural population”‐oriented approach to characterize food sources, digestive efficiency and resources allocation based on the composition of pigments and fatty acids (FA) in gut contents and tissues (muscles, gonads and digestive tract walls) of wild individuals of the species Holothuria (Panningothuria) forskali (Delle Chiaje, 1823) sampled in Brittany (France). Our study reveals that neither green nor red algae enter the diet of H. forskali in spring and that the only fresh vegetal material found in gut contents is brown algae (very likely diatoms). The high nutritional quality of gut contents however contrasts with the detrital nature of the ingested food sources, suggesting that a trophic upgrading of organic matter occurs before digestion. In addition, unusual FA (i.e. only present in a few groups of living species) such as long‐chain monounsaturated FA (especially the FA 23:1ω9) were found in large proportions in muscles and gonad and their effect on sea cucumber fitness needs further investigation.
Published: 2020
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13. Alterocin, an Antibiofilm Protein Secreted by Pseudoalteromonas sp. Strain 3J6

Author: Erwan Corre, David Vallenet, Emilie Portier, Marjolaine Simon, Alexis Bazire, Yannick Fleury, Fanny Gaillard, Angélique Gobet, Gurvan Michel, Morgan Perennou, Albane Jouault, Alain Dufour, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse Bio-Informatique pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM), Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)
Subjects: Signal peptide, Operon, [SDV]Life Sciences [q-bio], medicine.disease_cause, Applied Microbiology and Biotechnology, biofilm, Microbiology, 03 medical and health sciences, Pseudoalteromonas, Marine bacteriophage, medicine, 14. Life underwater, Gene, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Ecology, biology, 030306 microbiology, Pseudomonas aeruginosa, Biofilm, biology.organism_classification, 3. Good health, antibiofilm protein, Bacteria, Food Science, Biotechnology
Abstract: We sought to identify and study the antibiofilm protein secreted by the marine bacterium Pseudoalteromonas sp. strain 3J6. The latter is active against marine and terrestrial bacteria, including Pseudomonas aeruginosa clinical strains forming different biofilm types. Several amino acid sequences were obtained from the partially purified antibiofilm protein, named alterocin. The Pseudoalteromonas sp. 3J6 genome was sequenced, and a candidate alt gene was identified by comparing the genome-encoded proteins to the sequences from purified alterocin. Expressing the alt gene in another nonactive Pseudoalteromonas sp. strain, 3J3, demonstrated that it is responsible for the antibiofilm activity. Alterocin is a 139-residue protein that includes a predicted 20-residue signal sequence, which would be cleaved off upon export by the general secretion system. No sequence homology was found between alterocin and proteins of known functions. The alt gene is not part of an operon and adjacent genes do not seem related to alterocin production, immunity, or regulation, suggesting that these functions are not fulfilled by devoted proteins. During growth in liquid medium, the alt mRNA level peaked during the stationary phase. A single promoter was experimentally identified, and several inverted repeats could be binding sites for regulators. alt genes were found in about 30% of the Pseudoalteromonas genomes and in only a few instances of other marine bacteria of the Hahella and Paraglaciecola genera. Comparative genomics yielded the hypothesis that alt gene losses occurred within the Pseudoalteromonas genus. Overall, alterocin is a novel kind of antibiofilm protein of ecological and biotechnological interest. IMPORTANCE Biofilms are microbial communities that develop on solid surfaces or interfaces and are detrimental in a number of fields, including for example food industry, aquaculture, and medicine. In the latter, antibiotics are insufficient to clear biofilm infections, leading to chronic infections such as in the case of infection by Pseudomonas aeruginosa of the lungs of cystic fibrosis patients. Antibiofilm molecules are thus urgently needed to be used in conjunction with conventional antibiotics, as well as in other fields of application, especially if they are environmentally friendly molecules. Here, we describe alterocin, a novel antibiofilm protein secreted by a marine bacterium belonging to the Pseudoalteromonas genus, and its gene. Alterocin homologs were found in about 30% of Pseudoalteromonas strains, indicating that this new family of antibiofilm proteins likely plays an important albeit nonessential function in the biology of these bacteria. This study opens up the possibility of a variety of applications.
Published: 2020
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14. An Analysis of the Nutritional and Health Values of Caulerpa racemosa (Forsskål) and Ulva fasciata (Delile)—Two Chlorophyta Collected from the Philippines

Author: Magdugo, Rexie, Terme, Nolwenn, Lang, Marie, Pliego-Cortés, Hugo, Marty, Christel, Hurtado, Anicia, Bedoux, Gilles, Bourgougnon, Nathalie, Institut des Sciences Chimiques de Rennes (ISCR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Université de Bretagne Sud - Vannes (UBS Vannes), and Université de Bretagne Sud (UBS)
Subjects: lipids, amino acids, [SDV]Life Sciences [q-bio], human food, biological activities, green seaweeds, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; Polysaccharides, lipids and amino acid profiles were investigated to understand the nutritional value of Caulerpa racemosa and Ulva fasciata from the Philippines. The results revealed that both species contain high amounts of proteins (8.8-19.9% for C. racemosa and 8.0-11.1% for U. fasciata). The portions of the total amino acids that were essential amino acids (EAAs) (45.28 ± 0.12% for C. racemosa and 42.17 ± 0.12% for U. fasciata) out were comparable to FAO/WHO requirements. Leucine, valine, isoleucine, and lysine are the dominant EAAs in C. racemosa, while leucine, valine, lysine, and phenylalanine are those in U. fasciata. The fatty acid profiles are dominated by monounsaturated fatty acids and polyunsaturated fatty acids in C. racemosa (56.2%), while saturated fatty acids (72.1%) are dominant in U. fasciata. High C18/C20 polyunsaturated fatty acid ratios were recorded in both species. Mineral contents for both seaweeds were within levels considered safe for functional foods. Total pigment content of C. racemosa (140.84 mg/g dw) was almost 20 times higher than that of U. fasciata (7.54 mg/g dw). Hot water extract (HWE) from C. racemosa showed in vitro antiherpetic activity without cytotoxicity. Nutritional characteristics confirmed that C. racemosa could be potentially used as a nutritious and functional food items for human consumption.
Published: 2020
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15. Chemical defense against microfouling by allelopathic active metabolites of Halymenia floresii (Rhodophyta)

Author: A Abdul Malik, Shareen, Bedoux, Gilles, Robledo, Daniel, García-Maldonado, José, Freile-Pelegrín, Yolanda, Bourgougnon, Nathalie, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bretagne Sud - Vannes (UBS Vannes), and Université de Bretagne Sud (UBS)
Subjects: [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2020
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16. Assessing the relationship between macro-faunal burrowing activity and mudflat geomorphology from UAV-based Structure-from-Motion photogrammetry

Author: Antoine Gardel, Jules Fleury, Emma Michaud, Sylvain Morvan, Guillaume Brunier, Edward J. Anthony, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre européen de recherche et d'enseignement des géosciences de l'environnement (CEREGE), Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Laboratoire Ecologie, évolution, interactions des systèmes amazoniens (LEEISA), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Guyane (UG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the French National Agency under the programmes 'Young Researcher' (BIOMANGO: ANR-12-JSV7-0012-01), 'Investissements d'Avenir' (LabexMER: ANR-10-LABX-19), and the Belmont Forum-ANR Project 'BF-Deltas: ANR-13-JCLI-0004, and by the 'Pépinière Interdisciplinaire de Guyane' (PIG CNRS) and by the FEDER ECOCOT. The project is a contribution of the French GDR LIGA researcher network, ANR-12-JSV7-0012,BIOMANGO,BIOdiversité et fonctionnement des écosystèmes dans les MANgroves de Guyane française : perspectives pour une gestion de l'écOsystème dans son contexte amazonien(2012), ANR-10-LABX-0019,LabexMER,LabexMER Marine Excellence Research: a changing ocean(2010), ANR-13-JCLI-0004,DELTAS,Catalyser l'action vers la durabilité des systèmes deltaïques avec un cadre de modélisation intégrée d'évaluation des risques(2013), Laboratoire Géosciences Océan (LGO), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Laboratoire de MicrobiologiE de Géochimie et d'Ecologie Marines (LMGEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Collège de France (CdF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire Ecologie, Evolution, Interactions des Systèmes amazoniens (LEEISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Guyane (UG)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), 'Pepiniere Interdisciplinaire de Guyane' (PIG CNRS)FEDER ECOCOT, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Amazon-influenced coast, 010504 meteorology & atmospheric sciences, 0208 environmental biotechnology, Soil Science, Intertidal zone, 02 engineering and technology, Spatial distribution, 01 natural sciences, Structure from motion, Ecosystem, 14. Life underwater, Computers in Earth Sciences, Geomorphology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences, Remote sensing, Acl, Biofilm, Mudflat biogeomorphology, Geology, SfM photogrammetry, 15. Life on land, Crab burrows, 020801 environmental engineering, Photogrammetry, 13. Climate action, Benthic zone, Facies, [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bioturbation
Abstract: International audience; Characterisation of the ecosystem functioning of mudflats requires insight on the morphology and facies of these coastal features, but also on biological processes that influence mudflat geomorphology, such as crab bioturbation and the formation of benthic biofilms, as well as their heterogeneity at cm or less scales. Insight into this fine scale of ecosystem functioning is also important as far as minimizing errors in upscaling are concerned. The realisation of high-resolution ground surveys of these mudflats without perturbing their surface is a real challenge. Here, we address this challenge using UAV-supported photogrammetry based on the Structure-from-Motion (SfM) workflow. We produced a Digital Surface Model (DSM) and an orthophotograph at 1 cm and 0.5 cm pixel resolutions, respectively, of a mudflat in French Guiana, and mapped and classed into different size ranges intricate morphological features, including crab burrow apertures, tidal drainage creeks and depressions. We also determined subtle facies and elevation changes and slopes, and the footprint of different degrees of benthic biofilm development. The results generated at this scale of photogrammetric analysis also enabled us to relate macrofaunal crab burrowing activity to various parameters, including mudflat elevation, spatial distribution and sizes of creeks and depressions, benthic biofilm distribution, and flooding duration. SfM photogrammetry offers interesting new perspectives in fine-scale characterisation of the geomorphology, benthic activity and degree of biofilm development of dynamic muddy intertidal environments that are generally difficult of access. The main shortcomings highlighted in this study are a drift of accuracy of the DSM outside areas of ground control points and the deployment of which perturb the mudflat morphology and biology, the waterlogged or very wet surfaces which generate reconstruction artefacts through the sun glint effect, and the timeconsuming task of manual interpretation of extraction of features such as crab burrow apertures. On-going developments in UAV positioning integrating RTK/PPK GPS solutions for image-georeferencing and precise orientation with high-quality inertial measurement units will limit the difficulties inherent to ground control points, while conduction of surveys during homogeneous cloudy conditions could reduce the sun-glint effect. Manual extraction of image features could be automated in the future through the use of deep-learning algorithms.
Published: 2020
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17. Draft Genome Sequences of Four Pseudomonas aeruginosa Clinical Strains with Various Biofilm Phenotypes

Author: Olivier Lesouhaitier, Albane Jouault, Emeline Bouffartigues, Alexis Bazire, Elise Persyn, Emilie Portier, Amine M. Boukerb, Sylvie Chevalier, Jocelyne Caillon, Erwan Pernet, Alain Dufour, Marjolaine Simon, Marc G. J. Feuilloley, Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Thérapeutiques cliniques et expérimentales des infections (EA 3826) (EA 3826), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), and Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)
Subjects: congenital, hereditary, and neonatal diseases and abnormalities, 0303 health sciences, Pseudomonas aeruginosa, Genome Sequences, Biofilm, Biology, medicine.disease_cause, medicine.disease, Genome, C content, Phenotype, Cystic fibrosis, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 3. Good health, Microbiology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Immunology and Microbiology (miscellaneous), Genetics, medicine, Molecular Biology, Genome size, 030217 neurology & neurosurgery, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology
Abstract: Biofilms produced by Pseudomonas aeruginosa present a serious threat to cystic fibrosis patients. Here, we report the draft genome sequences of four cystic fibrosis isolates displaying various mucoid and biofilm phenotypes. The estimated average genome size was about 6,255,986 ± 50,202 bp with a mean G+C content of 66.52 ± 0.06%.
Published: 2020
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18. How to model social-ecological systems? – A case study on the effects of a future offshore wind farm on the local society and ecosystem, and whether social compensation matters

Author: Haraldsson, Matilda, Raoux, Aurore, Riera, Fabien, Hay, Julien, Dambacher, Jeffrey M., Niquil, Nathalie, Department of Marine Sciences [Gothenburg], University of Gothenburg (GU), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES Paris ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CSIRO Marine and Atmosphere Research [Hobart], Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation [Canberra] (CSIRO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: local participation, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, Renewable energy, environmental impact assessment, quantitative analysis, future prospect, Qualitative modeling, wind farm, Eastern English channel, Network, development project, social impact assessment, decision making, Acceptance, participatory approach, Perception, stakeholder, numerical model, complexity, offshore structure, comparative study
Abstract: Publisher: Elsevier Ltd; International audience; Models of social-ecological systems (SES) are acknowledged as an important tool to understand human-nature relations. However, many SES models fail to integrate adequate information from both the human and ecological subsystems. With an example model of a future Offshore Wind Farm development and its effects on both the ecosystem and local human population, we illustrate a method facilitating a “balanced” SES model, in terms of including information from both subsystems. We use qualitative mathematical modeling, which allows to quickly analyze the structure and dynamics of a system without including quantitative data, and therefore to compare alternative system structures based on different understandings of how the system works. By including similar number of system variables in the two subsystems, we balanced the complexity between them. Our analyses show that this complexity is important in order to predict indirect and sometimes counterintuitive effects. We also highlight some conceptually important questions concerning social compensations during developmental projects in general, and wind farms in particular. Our results suggest that the more project holders get involved in various manner in the local socio-ecological system, the more society will benefit as a whole. Increased involvement through e.g. new projects or job-opportunities around the windfarm has the capacity to offset the negative effects of the windfarm on the local community. These benefits are enhanced when there is an overall acceptance and appropriation of the project. We suggest this method as a tool to support the decision-making process and to facilitate discussions between stakeholders, especially among local communities. © The Authors
Published: 2020
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19. Bioactivity of compounds secreted by symbiont bacteria of Nudibranchs from Indonesia

Author: Kristiana, Rhesi, Bedoux, Gilles, Pals, Gerard, Mudianta, I. Wayan, Taupin, Laure, Marty, Christel, Asagabaldan, Meezan Ardhanu, Ayuningrum, Diah, Trianto, Agus, Bourgougnon, Nathalie, Radjasa, Ocky Karna, Sabdono, Agus, Hanafi, Muhammad, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Clinical Genetics, VU University Medical Center [Amsterdam], Université de Bretagne Sud - Vannes (UBS Vannes), and Université de Bretagne Sud (UBS)
Subjects: [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2020
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20. Carbon and silica megasink in deep-sea sediments of the Congo terminal lobes

Author: Martial Taillefert, Karine Olu, Mélanie Raimonet, Lucie Pastor, Jean-Louis Reyss, Olivier Ragueneau, Philippe Martinez, Laurence Méjanelle, Laurence Droz, P. Michalopoulos, Elsa Stetten, François Baudin, Christophe Rabouille, Bernard Dennielou, Audrey M. Pruski, Johann Schnyder, Julie Tourolle, Alexis Khripounoff, Livio Ruffine, Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] (LSCE), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Océan et Interfaces (OCEANIS), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Géosciences Marines (GM), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut des Sciences de la Terre de Paris (iSTeP), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Géosciences Océan (LGO), Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Environnement Profond (LEP), Etudes des Ecosystèmes Profonds (EEP), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques (EPOC), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques (LECOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hellenic Centre for Marine Research (HCMR), Paléoenvironnemements Paléoclimats, Bassins (ISTEP-PPB), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), School of Earth and Atmospheric Sciences [Atlanta], Georgia Institute of Technology [Atlanta], ANR-11-BS56-0030,CONGOLOBE,Transfert de carbone organique et fonctionnement des écosystèmes dans les lobes terminaux de l'éventail sous-marin du Congo(2011), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Unité de recherche Géosciences Marines (Ifremer) (GM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer - Brest (IFREMER Centre de Bretagne), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), IFREMER- Département Etude des Ecosystèmes Profonds (DEEP/LEP), UMR 5805 Environnements et Paléoenvironnements Océaniques et Continentaux (EPOC), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO), Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Physique du Globe de Paris (IPGP), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-IPG PARIS-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université de La Réunion (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Conception, Optimisation et Modélisation des Systèmes (LCOMS), Université de Lorraine (UL), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de La Réunion (UR)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-IPG PARIS-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)
Subjects: 010506 paleontology, Archeology, Biogeochemical cycle, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Geochemistry, Sedimentology-marine cores, [SDU.STU]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences, Submarine canyon, 01 natural sciences, Deep sea, South Atlantic, Paleoceanography, Organic geochemistry, 14. Life underwater, Glacial period, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 0105 earth and related environmental sciences, Total organic carbon, Present, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Global and Planetary Change, geography, geography.geographical_feature_category, ACL, Geology, Last Glacial Maximum, 13. Climate action, Inorganic geochemistry, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: International audience; Carbon and silicon cycles at the Earth surface are linked to long-term variations of atmospheric CO2 and oceanic primary production. In these cycles, the river-sea interface is considered a biogeochemical hotspot, and deltas presently receive and preserve a major fraction of riverine particles in shallow water sediments. In contrast, periods of glacial maximum lowstand were characterized by massive exports of sediments to the deep-sea via submarine canyons and accumulation in deep-sea fans. Here, we calculate present-day mass balances for organic carbon (OC) and amorphous silica (aSi) in the terminal lobe complex of the Congo River deep-sea fan as an analogue for glacial periods. We show that this lobe complex constitutes a megasink with the current accumulation of 18 and 35% of the OC and aSi river input, respectively. This increases the estimates of organic carbon burial by 19% in the South Atlantic Ocean in a zone representing less than 0.01% of the basin. These megasinks might have played a role in carbon trapping in oceanic sediments during glacial times.
Published: 2019
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21. Production of Active Poly- and Oligosaccharidic Fractions from Ulva sp. by Combining Enzyme-Assisted Extraction (EAE) and Depolymerization

Author: Thomas Latire, Marie Lang, Nolwenn Terme, Mathilde Fournière, Gilles Bedoux, Nathalie Bourgougnon, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bretagne Sud - Vannes (UBS Vannes), Université de Bretagne Sud (UBS), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and GDR 3711CNRS Cosm’Actifs
Subjects: 0301 basic medicine, Ammonium sulfate, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, lcsh:QR1-502, 02 engineering and technology, Fractionation, enzyme-assisted extraction, Polysaccharide, Biochemistry, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Lipoxygenase, green seaweed, ulvan, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Ammonium, depolymerization, Molecular Biology, chemistry.chemical_classification, endo-protease Protamex ®, endo-protease Protamex®, Chromatography, biology, Depolymerization, Extraction (chemistry), polysaccharide, human dermal fibroblast, lipoxygenase, 021001 nanoscience & nanotechnology, 6. Clean water, 030104 developmental biology, Enzyme, chemistry, biology.protein, 0210 nano-technology
Abstract: Data on fractionation and depolymerization of the matrix ulvan polysaccharides, and studies on the biological activities on skin cells, are very scarce. In this work, crude ulvans were produced by using EAE (enzyme-assisted extraction) and compared to maceration (an established procedure). After different fractionation procedures—ethanolic precipitation, dialysis, or ammonium sulfate precipitation—the biochemical composition showed that EAE led to an increased content in ulvans. Coupling EAE to sulfate ammonium precipitation led to protein enrichment. Oligosaccharides were obtained by using radical depolymerization by H2O2 and ion-exchange resin depolymerization. Sulfate groups were partially cleaved during these chemical treatments. The potential bioactivity of the fractions was assessed using a lipoxygenase inhibition assay for anti-inflammatory activity and a WST-1 assay for human dermal fibroblast viability and proliferation. All ulvans extracts, poly- and oligosaccharidic fractions from EAE, expanded the fibroblast proliferation rate up to 62%. Our research emphasizes the potential use of poly- and oligosaccharidic fractions of Ulva sp. for further development in cosmetic applications.
Published: 2019
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22. Stress tolerance and photoadaptation to solar radiation in Rhodymenia pseudopalmata (Rhodophyta) through mycosporine-like amino acids, phenolic compounds, and pigments in an Integrated Multi-Trophic Aquaculture system

Author: Hugo Pliego-Cortés, Nathalie Bourgougnon, Gilles Bedoux, Daniel Robledo, Romain Boulho, Laure Taupin, Yolanda Freile-Pelegrín, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bretagne Sud (UBS), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, Photoinhibition, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, DPPH, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, Pigment, chemistry.chemical_compound, otorhinolaryngologic diseases, [CHIM]Chemical Sciences, 14. Life underwater, Food science, Integrated multi-trophic aquaculture, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, 010604 marine biology & hydrobiology, Thallus, Salinity, chemistry, 13. Climate action, Photosynthetically active radiation, Photoprotection, visual_art, visual_art.visual_art_medium, Agronomy and Crop Science
Abstract: Rhodymenia pseudopalmata lives in the intertidal zone receiving high doses of solar radiation, including the potentially harmful UVR. Previous studies proved it ability to adapt to different artificial light intensities and salinity concentrations. The aim of this study was to describe the differences on the Mycosporine-like amino acids (MAAs), phenolic compounds, and pigments of R. pseudopalmata due to exposure to high solar radiation. Vegetative thalli were exposed to solar radiation using a Solar Exposure Chambers System (SECS) under an Integrated Multi-Trophic Aquaculture (IMTA) approach with marine fish culture. Samples from natural populations in Playa de Carmen, Mexico were included as reference. The biosynthesis of MAAs, and phenolic compounds were stimulated as a response to the stress caused by the exposure to high solar irradiation. Liquid Chromatography-Mass Spectrometry (LC-MS) revealed seven MAAs and their precursor deoxygadusol. Five MAAs were partially characterized through MS2 and fragmentation patterns suggested a common fragmentation pattern pathway. After seven days (D7), the MAAs total content was significant five-fold higher compared to wild populations (0.26 ± 0.1 mg g−1 DW). The Individual composition increased from four MAAs at D0, up to eight at D7, including deoxygadusol, palythene and usujirene, MAAs with high antioxidant activity. At D7, phenolic compounds increased up to 20%, and the 2, 2-diphenyl-1-picrylhydrazyl (DPPH) antioxidant activity reduced the IC50 to 4.0 ± 0.6 mg mL−1. The pigment content, Phycoerythrin (PE):Chl-a, and MAAs:Chl-a ratios might confer a unique photoprotection role from PE and MAAs to Chl-a. Similarly, Fv/Fm which was adapted to the variations of Photosynthetic Active Radiation (PAR) indicated a process of dynamic photoinhibition. Overall, our results evidenced the ability of this species to tolerate the stress to high solar irradiance and suggested the photoadaptation of the thalli. Farming possibilities, expected MAAs productivity, potential applications of MAAs and ecological considerations are also discussed.
Published: 2019
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23. Protective Efficacy of a Pseudoalteromonas Strain in European Abalone, Haliotis tuberculata, Infected with Vibrio harveyi ORM4

Author: Hélène Laguerre, Yannick Fleury, Clément Offret, Jérôme Mounier, Benjamin Brillet, Patrick Le Chevalier, Vincent Rochard, Sylvain Huchette, laboratoire universitaire de biodiversité et écologie microbienne- IUT de Quimper (LUBEM Quimper), Université de Brest (UBO), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Scea France Haliotis, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Oyster, food.ingredient, Abalone, [SDV]Life Sciences [q-bio], Gastropoda, 030106 microbiology, Microbiology, 03 medical and health sciences, food, Pseudoalteromonas, Aquaculture, Hemolymph, biology.animal, Animals, 14. Life underwater, Haliotis, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, biology, Vibrio harveyi, business.industry, fungi, biology.organism_classification, Bacterial Load, Vibrio, 3. Good health, 030104 developmental biology, Vibrio Infections, Molecular Medicine, business
Abstract: The hemolymph of healthy marine invertebrates is known to harbor antibiotic-producing bacteria belonging to the genus Pseudoalteromonas. Such strains are potential probiotics to control infectious diseases in aquaculture. In the present study, we screened a collection of Pseudoalteromonas strains isolated from the hemolymph of oyster and mussel for antimicrobial activity against Vibrio harveyi, a pathogenic species responsible for high mortality in abalone. Subsequently, the protective efficacy of the most active strain named hCg-6 was investigated in abalone culture faced with a Vibrio harveyi ORM4 infection. First, we have controlled the Pseudoalteromonas hCg-6 safety for abalone health. To that end, animals were immersed for 4 h in Pseudoalteromonas hCg-6 suspensions in seawater. The abalone viability was monitored and Pseudoalteromonas hCg-6 was tracked by quantitative-PCR in abalone hemolymph. After immersion, no abalone death occurred while the strain hCg-6 was significantly detected in hemolymph. Therefore, the strain hCg-6 was considered safe for abalone and evaluated for its ability to protect abalone against V. harveyi (injection of 1 × 103 Vibrio per animal). A 4-h long immersion of abalone in a seawater suspension of Pseudoalteromonas hCg-6 (1 × 106 CFU mL−1) prior to infection with Vibrio harveyi significantly improved the abalone viability. Indeed, 15 days post infection, the hCg-6 treatment used increased the abalone survival rate from 16% in untreated animals to 40% in treated abalone. We hypothesized that Pseudoalteromonas hCg-6 antibacterial activity increased the hemomicrobiota shielding effect. In conclusion, Pseudoalteromonas hCg-6 is a promising anti-Vibrio strain for abalone culture.
Published: 2019
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24. Photo-protective compounds in red macroalgae from Brittany: Considerable diversity in mycosporine-like amino acids (MAAs)

Author: Fanny Lalegerie, Laure Taupin, Valérie Stiger-Pouvreau, Sirine Lajili, Solène Connan, Gilles Bedoux, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bretagne Sud (UBS), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, Pigments, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Algae, Ultraviolet Rays, Red algae, Aquatic Science, Oceanography, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Pigment, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Botany, otorhinolaryngologic diseases, Metabolites, Photo-protection, 14. Life underwater, MAAs, Amino Acids, Carotenoid, Phylogeny, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, Abiotic component, chemistry.chemical_classification, Diversity, biology, Chemistry, 010604 marine biology & hydrobiology, Phycobiliprotein, ACL, General Medicine, Seaweed, biology.organism_classification, Adaptation, Physiological, Pollution, Amino acid, visual_art, Rhodophyta, visual_art.visual_art_medium, Screening, Composition (visual arts), France, HPLC
Abstract: International audience; To cope with the biotic and abiotic stresses experienced within their environment, marine macroalgae have developed certain defence mechanisms including the synthesis of photo-protective molecules against light and particularly harmful UV radiation. The aim of this study was to screen selected red algae, a highly diverse phylogenetic group, for the production of photo-protective molecules. The pigment content and composition (Le. chlorophyll-a, phycobiliproteins and carotenoids) and the composition of mycosporine-like amino acids (MAAs) were studied in 40 species of red macroalgae collected in Brittany (France), at two distinct periods (i.e. February and July 2017). A high inter-specific variability was demonstrated in terms of pigment content and MAA composition. Twenty-three potential MAAs were detected by HPLC, and six were identified by LC-MS (i.e. shinorine, palythine, asterina-330, porphyra-334, usurijene and palythene). This is the first study to report on the composition of pigments and MAAs in a diverse group of red seaweeds from Brittany, including some species for which the MAA composition has never been studied before. Nevertheless, the results suggested that some species of red algae are more likely to cope with high levels of light radiation since those species such as Bostrychia scorpioides, Porphyra dioica, Gracilaria vermiculophylla and Vertebrata lanosa are living in environments exposed to higher levels of irradiation, and had various MAAs in addition to their photo-protective pigments.
Published: 2019
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25. A new method for evaluation of antifouling activity of molecules against microalgal biofilms using confocal laser scanning microscopy-microfluidic flow-cells

Author: Isabelle Linossier, Claudia Zea Obando, Karine Réhel, Tiffany Le Norcy, Claire Hellio, Fabienne Faÿ, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Laser scanning, Confocal, 030106 microbiology, Microfluidics, Kinetics, coatings, 010501 environmental sciences, surfaces, clsm, 01 natural sciences, Microbiology, diatoms, Biomaterials, Biofouling, 03 medical and health sciences, Microalgae, Molecule, Cylindrotheca closterium, Porphyridium purpureum, Waste Management and Disposal, metabolites, attachment, 0105 earth and related environmental sciences, phosphorus removal, Chemistry, marine-bacteria, ACL, Biofilm, Methodology, Adhesion, Antifouling, adhesion strength, Flow-cell, communities, cultivation, Biophysics, Bioassay, Multi-well plate, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: WOS:000464485900007; Regulatory developments regarding antifouling molecules encourage the search for non-toxic substances. Evaluation tools must evolve to highlight anti-adhesion effects rather than growth inhibition. The work presented here aimed at developing a method based on confocal laser scanning microscopy-microfluidic flow-cells in order to characterize microalgal biofilms. The first part of the work was dedicated to the setting-up of experimental parameters allowing the production of microalgal biofilms. The results obtained showed that it was indeed possible to produce reproducibly biofilms. The size of microalgal strains appeared to be a key-parameter in the adhesion rate and cells adhesion strength. Cylindrotheca closterium cells adhered in lower amount but formed denser biofilms than Porphyridium purpureum. The second part of the work focused on the evaluation of a known antifouling molecule, dibromohemibastadin-1 (DBHB). A comparison with the conventionally used method, multi-well plates experiments, was established. The multi-well plates experiments allowed the determination of minimum inhibitory concentration (MIC) for growth and adhesion inhibition (around 80 mu M). The flow-cells combined with confocal laser scanning microscopy (CLSM) enabled the observation of biofilm, the determination of kinetics parameters of adhesion and an estimation of the adhesion strength.
Published: 2019
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26. Relation between Biofilm Condition and Virulence in Vibrio tapetis: A Transcriptomic Study

Author: Rodrigues, Sophie, Paillard, Christine, Van Dillen, Sabine, Tahrioui, Ali, Berjeaud, Jean-Marc, Dufour, Alain, Bazire, Alexis, Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecologie et biologie des interactions (EBI), Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-LABX-0019,LabexMER,LabexMER Marine Excellence Research: a changing ocean(2010), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: virulence, Vibrio tapetis, brown ring disease, quorum sensing, type VI secretion system, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, transcriptome, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, biofilm
Abstract: International audience; Marine pathogenic bacteria are able to form biofilms on many surfaces, such as mollusc shells, and they can wait for the appropriate opportunity to induce their virulence. Vibrio tapetis can develop such biofilms on the inner surface of shells of the Ruditapes philippinarum clam, leading to the formation of a brown conchiolin deposit in the form of a ring, hence the name of the disease: Brown Ring Disease. The virulence of V. tapetis is presumed to be related to its capacity to form biofilms, but the link has never been clearly established at the physiological or genetic level. In the present study, we used RNA-seq analysis to identify biofilm- and virulence-related genes displaying altered expression in biofilms compared to the planktonic condition. A flow cell system was employed to grow biofilms to obtain both structural and transcriptomic views of the biofilms. We found that 3615 genes were differentially expressed, confirming that biofilm and planktonic lifestyles are very different. As expected, the differentially expressed genes included those involved in biofilm formation, such as motility- and polysaccharide synthesis-related genes. The data show that quorum sensing is probably mediated by the AI-2/LuxO system in V. tapetis biofilms. The expression of genes encoding the Type VI Secretion System and associated exported proteins are strongly induced, suggesting that V. tapetis activates this virulence factor when living in biofilm.
Published: 2018
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27. Governing the Southern Ocean: The science-policy interface as thorny issue

Author: Choquet Anne, Danto Anatole, Faure Chloé, Mazé Camille, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherches sur l'Action Politique en Europe (ARENES), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut d'Études Politiques [IEP] - Rennes-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CNRS, LTER, Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AgroParisTech, Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut d'Études Politiques [IEP] - Rennes-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut des sciences et industries du vivant et de l'environnement (ISIVE)
Subjects: 0106 biological sciences, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Geography, Planning and Development, Gestion environnementale, French Southern and Antarctic Lands, LTER, Antarctique, 01 natural sciences, [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, Océan austral, TAAF, Environmental resource management, ZATA, 010601 ecology, Geography, Gestion des pêches, Science policy, Fisheries management, Recherche socio-écosystémique à long terme, Marine conservation, Environmental management, Fishing, Climate change, Management, Monitoring, Policy and Law, LTSER, Long term social-ecological research, Zone Atelier Antarctique et Subantarctique, Recherche écologique à long terme, Marine ecosystem, 14. Life underwater, 0105 earth and related environmental sciences, business.industry, Action de l'Etat en Mer, ACL, 15. Life on land, [SHS.ANTHRO-SE]Humanities and Social Sciences/Social Anthropology and ethnology, Long term ecological research, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, [SHS.SCIPO]Humanities and Social Sciences/Political science, Terres australes et antarctiques françaises, Southern ocean, Action of State at sea, 13. Climate action, [SHS.ENVIR]Humanities and Social Sciences/Environmental studies, Marine protected area, Antarctic, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, business, Tourism
Abstract: International audience; The Southern Ocean is a unique ecosystem with highly coveted marine resources. It includes the largest marine protected area anywhere, with management spread across national jurisdictions and a number of international bodies and cooperative arrangements. The area has local, national and international stakeholders with interests in an array of activities, such as fishing, tourism and scientific research. This article sheds light on the linkages between climate change and governance of Southern Ocean marine territories. It unravels the complexity of governing this marine region, in the process looking at biodiversity conservation, exploitation of resources and military activities. Using socio-historic analysis and ethnographic observation, it examines multiple decision-making areas, institutions, groups and actors. Issues examined in this artice include marine protected areas, fisheries management and environmental impacts of melting Antarctic ice and French subantarctic territories. These issues are viewed through the prisms of knowledge and policy – a knowledge-policy interface. Case studies highlight the interactions between human activities and climate change in Southern Ocean ecosystems. Real-world examples illustrate the governance of marine ecosystems and resources and demonstrate adaptations to environmental changes already affecting sub-Antarctic societies.
Published: 2018
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28. Cellular responses of Pacific oyster ( Crassostrea gigas ) gametes exposed in vitro to polystyrene nanoparticles

Author: Mathieu Berchel, Ika Paul-Pont, Philippe Soudant, Kevin Tallec, Arnaud Huvet, Nelly Le Goïc, Christophe Lambert, Carmen González-Fernández, Marc Suquet, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) ( LEMAR ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer - Brest ( IFREMER ), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ), Chimie, Electrochimie Moléculaires et Chimie Analytique ( CEMCA ), Université de Brest ( UBO ) -Institut de Chimie du CNRS ( INC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IFR148 ScInBioS, French doctoral research grant from Ifremer (50%), Region Bretagne (50%), ANR-15-CE34-0006-02,NANO,ANR-15-CE34-0006-02, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer - Brest (IFREMER Centre de Bretagne), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Chimie, Electrochimie Moléculaires et Chimie Analytique (CEMCA), Université de Brest (UBO)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), Université de Brest (UBO), ANR-15-CE34-0006,Nanoplastics,Microplastiques, nanoplastiques dans l'environnement marin: caractérisation, impacts et évaluation des risques sanitaires.(2015), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Oyster, Environmental Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], Health, Toxicology and Mutagenesis, Gametes, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, [ CHIM ] Chemical Sciences, [ SDE ] Environmental Sciences, 03 medical and health sciences, Oysters, biology.animal, [CHIM]Chemical Sciences, Environmental Chemistry, Animals, 14. Life underwater, Crassostrea, 0105 earth and related environmental sciences, biology, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Chemistry, ACL, Public Health, Environmental and Occupational Health, technology, industry, and agriculture, Cellular responses, General Medicine, General Chemistry, Adhesion, Pacific oyster, biology.organism_classification, Pollution, Sperm, In vitro, Polystyrene nanoparticles, 030104 developmental biology, Germ Cells, [SDE]Environmental Sciences, Toxicity, Biophysics, Nanoparticles, Polystyrenes, Nanoplastics, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Plastics, Water Pollutants, Chemical
Abstract: International audience; While the detection and quantification of nano-sized plastic in the environment remains a challenge, the growing number of polymer applications mean that we can expect an increase in the release of nanoplastics into the environment by indirect outputs. Today, very little is known about the impact of nano-sized plastics on marine organisms. Thus, the objective of this study was to investigate the toxicity of polystyrene nanoplastics (NPs) on oyster (Crassostrea gigas) gametes. Spermatozoa and oocytes were exposed to four NPs concentrations ranging from 0.1 to 100 mg L−1 for 1, 3 and 5 h. NPs coated with carboxylic (PS-COOH) and amine groups (PS-NH2) were used to determine how surface properties influence the effects of nanoplastics. Results demonstrated the adhesion of NPs to oyster spermatozoa and oocytes as suggested by the increase of relative cell size and complexity measured by flow-cytometry and confirmed by microscopy observations. A significant increase of ROS production was observed in sperm cells upon exposure to 100 mg L−1 PS-COOH, but was not observed with PS-NH2, suggesting a differential effect according to the NP-associated functional group. Altogether, these results demonstrate that the effects of NPs occur rapidly, are complex and are possibly associated with the cellular eco-corona, which could modify NPs behaviour and toxicity.
Published: 2018
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29. Seasonal biomass and alginate stock assessment of three abundant genera of brown macroalgae using multispectral high resolution satellite remote sensing: A case study at Ekas Bay (Lombok, Indonesia)

Author: Maya Puspita, Nathalie Bourgougnon, Valérie Stiger-Pouvreau, Nur Azmi Ratna Setyawidati, Eric Deslandes, Awaludin H. Kaimuddin, Ita Widowati, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, Stock assessment, Alginates, [SDV]Life Sciences [q-bio], High resolution, Aquatic Science, Phaeophyta, Oceanography, 01 natural sciences, Biomass stock, remote sensing, Glucuronic Acid, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Biomass, 14. Life underwater, Ekas Bay, Alginates stock, biology, Hexuronic Acids, 010604 marine biology & hydrobiology, ACL, Sargassum, Seaweed, biology.organism_classification, GIS, Pollution, Fishery, Brown algae, Indonesia, Satellite remote sensing, Remote Sensing Technology, Sargassaceae, Environmental science, Seasons, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bay, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; The potential of Indonesian bays as alginate producers was assessed by determining the stock of wild brown algae and exploring their biomass as alginophytes at the scale of entire bay, using a combination of field observations, remote sensing high resolution data and GIS tools. Ekas Bay in Lombok Island presented a stock of brown macroalgae which varied with season and species: for Padina the biomass reached 97.85 +/- 12.63 and 79.54 +/- 2.53 tons in May/June and November respectively; for Sargassaceae species, it reached 669.70 +/- 109.64 and 147.70 +/- 77.97 tons in May/June and November respectively. The best alginate yields occurred during the May/June period: Padina could produce 9.10 +/- 0.06 tons DW of alginates. Interestingly, Sargassurn/Turbinaria together allow 207.61 +/- 0.42 tons DW of alginates. This study suggests that wild Sargassaceae represent an interesting stock in terms of biomass, alginate yield and M/G ratio.
Published: 2018
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30. The One Health Concept: 10 Years Old and a Long Road Ahead

Author: Delphine Destoumieux-Garzón, Patrick Mavingui, Gilles Boetsch, Jérôme Boissier, Frédéric Darriet, Priscilla Duboz, Clémentine Fritsch, Patrick Giraudoux, Frédérique Le Roux, Serge Morand, Christine Paillard, Dominique Pontier, Cédric Sueur, Yann Voituron, Laboratoire de Chimie et Biochimie des Substances Naturelles, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), UMR 6578 : Adaptabilité Biologique et Culturelle ( UAABC ), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements ( IHPE ), Université de Perpignan Via Domitia ( UPVD ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins ( LBI2M ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier ( ISEM ), Université de Montpellier ( UM ) -Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) ( LEMAR ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Département Ecologie, Physiologie et Ethologie ( DEPE-IPHC ), Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien ( IPHC ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Strasbourg ( UNISTRA ), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés ( LEHNA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École Nationale des Travaux Publics de l'État ( ENTPE ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon, Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements (IHPE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical (PIMIT), Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IRD-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mixte Internationale 'Environnement Santé Sociétés' (ESS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Téssékéré International Human-Environment Observatory Labex DRIIM, Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Vector Control Group (MIVEGEC-VCG), Evolution des Systèmes Vectoriels (ESV), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecoépidémiologie évolutionniste, Département écologie évolutive [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Ecologie, Physiologie et Ethologie (DEPE-IPHC), Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), French National Center for Scientific Research (CNRS) National Institute of Ecology and Environment (INEE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup, Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical ( PIMIT ), Université de la Réunion ( UR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IRD-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), UMI 3189 ESS Environnement, santé, sociétés, ( UMI 3189 ), CNRS and Cheikh Anta Diop University, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle ( MIVEGEC ), Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Universitaire de France ( IUF ), Ministère de l'Éducation nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche ( M.E.N.E.S.R. ), Unité Physiologie Fonctionnelle des Organismes marins, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ), UPR ASTRE, CIRAD, Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), LabEx Ecofect, Eco-Evolutionary Dynamics of Infectious Diseases, Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État ( ENTPE ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IRD-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de La Réunion (UR), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Unité Mixte Internationale 'Environnement Santé Sociétés' (UMI ESS), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer - Brest (IFREMER Centre de Bretagne), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), UMR 6578 : Adaptabilité Biologique et Culturelle (UAABC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins (LBI2M), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), Giraudoux, Patrick, Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), and Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, 0301 basic medicine, EcoHealth, Environmental pollution, Disease, Review, [ SDE ] Environmental Sciences, maladie infectieuse, One health, ecotoxicology, infectious disease, interdisciplinary research, multifactorial disease, non-communicable disease, public health, [SDV.MHEP.ME] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, 2. Zero hunger, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, lcsh:Veterinary medicine, 3. Good health, [SDV.EE] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, One Health, [SDE]Environmental Sciences, Veterinary medicine and animal Health, écotoxicologie, medicine.medical_specialty, 030106 microbiology, Public policy, [ SDV.EE ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, 03 medical and health sciences, Globalization, medicine, Environmental planning, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, General Veterinary, Public health, ACL, [SDV.BA.MVSA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Non-communicable disease, medicine.disease, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Médecine vétérinaire et santé animal, 030104 developmental biology, 13. Climate action, santé publique, lcsh:SF600-1100, Veterinary Science, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: International audience; Over the past decade, a significant increase in the circulation of infectious agents was observed. With the spread and emergence of epizootics, zoonoses, and epidemics, the risks of pandemics became more and more critical. Human and animal health has also been threatened by antimicrobial resistance, environmental pollution, and the develop- ment of multifactorial and chronic diseases. This highlighted the increasing globalization of health risks and the importance of the human–animal–ecosystem interface in the evo- lution and emergence of pathogens. A better knowledge of causes and consequences of certain human activities, lifestyles, and behaviors in ecosystems is crucial for a rigor- ous interpretation of disease dynamics and to drive public policies. As a global good, health security must be understood on a global scale and from a global and crosscutting perspective, integrating human health, animal health, plant health, ecosystems health, and biodiversity. In this study, we discuss how crucial it is to consider ecological, evolu- tionary, and environmental sciences in understanding the emergence and re-emergence of infectious diseases and in facing the challenges of antimicrobial resistance. We also discuss the application of the “One Health” concept to non-communicable chronic dis- eases linked to exposure to multiple stresses, including toxic stress, and new lifestyles. Finally, we draw up a list of barriers that need removing and the ambitions that we must nurture for the effective application of the “One Health” concept. We conclude that the success of this One Health concept now requires breaking down the interdisciplinary barriers that still separate human and veterinary medicine from ecological, evolutionary, and environmental sciences. The development of integrative approaches should be pro- moted by linking the study of factors underlying stress responses to their consequences on ecosystem functioning and evolution. This knowledge is required for the development of novel control strategies inspired by environmental mechanisms leading to desired equilibrium and dynamics in healthy ecosystems and must provide in the near future a framework for more integrated operational initiatives.
Published: 2018
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31. ODD 14 et aménagement de l'espace côtier et marin en Afrique de l'Ouest

Author: Marie Bonnin, Ibrahima Ly, Philippe Fotso, Betty Queffelec, Sophie Bertrand, Solange Teles da Silva, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (Sète), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Universidade Presbiteriana Mackenzie, Julien, Séverine, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Environmental law, Droit de l’environnement, [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, [SHS.DROIT] Humanities and Social Sciences/Law, Marine spatial planning, Planification spatiale marine, [SHS] Humanities and Social Sciences, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: The SDGs promote sustainable use of resources through the implementation of ambitious measures to strengthen the achievement of ecological, economic and social needs. Although they do not constitute a legally binding instrument, they encourage and support States’ efforts to implement these environmental policies. The sea is not forgotten in these objectives, Objective 14 (SDO 14) is to «conserve and sustainably use oceans, seas and marine resources for sustainable development». Marine spatial planning is a political process that aims to reconcile uses at sea. Its implementation in African countries requires a combination of environmental protection, the right to development and social progress and could help to achieve MDG 14., Les Objectifs de développement durable (ODD) promeuvent une utilisation durable des ressources à travers la mise en oeuvre de mesures ambitieuses pour renforcer la réalisation des besoins écologiques, économiques et sociaux. Bien qu’ils ne constituent pas un instrument juridiquement contraignant, ils encouragent et permettent de soutenir les démarches des Etats afin de concrétiser ces politiques environnementales. La mer n’est pas oubliée dans ces objectifs, l’objectif 14 (ODD 14) consiste à « conserver et exploiter de manière durable les océans, les mers et les ressources marines aux fins du développement durable». La planification spatiale marine est un processus politique qui vise à permettre la conciliation des usages en mer. Sa mise en oeuvre dans les pays Africains implique d’associer protection de l’environnement, droit au développement et progrès social et pourrait permettre d’atteindre l’ODD 14
Published: 2018

32. Vibrio tapetis Displays an Original Type IV Secretion System in Strains Pathogenic for Bivalve Molluscs

Author: Dias, Graciela M., Bidault, Adeline, Le Chevalier, Patrick, Choquet, Gwenaëlle, Der Sarkissian, Clio, Orlando, Ludovic, Medigue, Claudine, Barbe, Valerie, Mangenot, Sophie, Thompson, Cristiane C., Thompson, Fabiano L., Jacq, Annick, Pichereau, Vianney, Paillard, Christine, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Interactions cellulaires et moléculaires (ICM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IFR140-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Section for GeoGenetics, Globe Institute, Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Institut des sciences biologiques (INSB), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Signalisation et Réseaux de Régulations Bactériens (SRRB), Département Biologie des Génomes (DBG), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), 266157, Seventh Framework Programme, 678589, Horizon 2020 Framework Programme, ANR-10-LABX-19, Agence Nationale de la Recherche, 4002- 659 00152B, Natur og Univers, Det Frie Forskningsråd, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse (AMIS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique métabolique (UMR 8030), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-LABX-0019,LabexMER,LabexMER Marine Excellence Research: a changing ocean(2010), European Project: 266157,EC:FP7:KBBE,FP7-KBBE-2010-4,BIVALIFE(2011), European Project: 678589,H2020,H2020-SFS-2015-2,VIVALDI(2016), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)
Subjects: Vibrio tapetis, T4SS, core genome, pangenome, ACL, [SDV]Life Sciences [q-bio], pathogenicity, comparative genomics, Venerupis philippinarum, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Microbiology, Original Research
Abstract: The Brown Ring Disease (BRD) caused high mortality rates since 1986 in the Manila clam Venerupis philippinarum introduced and cultured in Western Europe from the 1970s. The causative agent of BRD is a Gram-Negative bacterium, Vibrio tapetis, which is also pathogenic to fish. Here we report the first assembly of the complete genome of V. tapetis CECT4600T, together with the genome sequences of 16 additional strains isolated across a broad host and geographic range. Our extensive genome dataset allowed us to describe the pathogen pan- and core genomes and to identify putative virulence factors. The V. tapetis core genome consists of 3,352 genes, including multiple potential virulence factors represented by haemolysins, transcriptional regulators, Type I restriction modification system, GGDEF domain proteins, several conjugative plasmids, and a Type IV secretion system. Future research on the coevolutionary arms race between V. tapetis virulence factors and host resistance mechanisms will improve our understanding of how pathogenicity develops in this emerging pathogen.
Published: 2018
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33. In situ variability of carrageenan content and biomass in the cultivated red macroalga Kappaphycus alvarezii with an estimation of its carrageenan stock at the scale of the Malasoro Bay (Indonesia) using satellite image processing

Author: T. Perrot, N. Rossi, Nathalie Bourgougnon, Valérie Stiger-Pouvreau, Nur Azmi Ratna Setyawidati, Eric Deslandes, P. O. Liabot, N. Radiarta, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Etude et de Valorisation des Algues (CEVA), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO), and Université de Brest (UBO)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM)
Subjects: 0106 biological sciences, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, 010504 meteorology & atmospheric sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], Carrageenan yield, Plant Science, Aquatic Science, 01 natural sciences, chemistry.chemical_compound, Kappaphycus alvarezii, Aquatic plant, Botany, Satellite imagery, 14. Life underwater, Biomass, Stock (geology), 0105 earth and related environmental sciences, 2. Zero hunger, biology, 010604 marine biology & hydrobiology, ACL, 15. Life on land, Remote sensing, biology.organism_classification, Bay-scale monitoring, Thallus, Carrageenan, Salinity, Agronomy, chemistry, Infrared analysis, Environmental science, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bay
Abstract: The combination of in situ measurements, hydrodynamical modeling, and satellite imagery processing presents a complete tool to improve seaweed culture management. This study measured the evolution of carrageenan content during 1-year period and estimated the biomass of Kappaphycus alvarezii at a bay scale in Malasoro Bay, Indonesia. It allowed the determination of the carrageenan stock at the scale of the bay. The carrageenan content was assessed from different parts, i.e., basal and apical, of the thallus. The biomass from T 0 (beginning of the cultivation) to T 45 (harvesting time) was determined at two seasons. Satellite image processing was performed to estimate the biomass at bay scale using parcels resulting from a semi-automatic delineation process. As no long-term in situ environmental data existed in the study area, a 3D hydrodynamical model (Model for Application at Regional Scale 3D) was implemented to obtain high-frequency salinity, water temperature, and currents. The high carrageenan yield was obtained from April to September 2015 (54–63%) when temperature ranged from 25 to 30 °C, salinity range from 33.8 to 34.8 psu, and precipitation below 0.5 mm. The biomass at bay scale was estimated at 2590 t with the highest carrageenan stock at 1.8 t ha−1 in May 2015. The carrageenan yields and quality obtained in this study fulfilled the specification recommended for industry, and the cultivation of K. alvarezii can be carried out at optimal environmental conditions on April–September. The comprehensive approaches used in this study provide information for carrageenan stock and seaweed culture management as an important economic activity to support Indonesian coastal communities.
Published: 2017
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34. Seasonal Variation of Sargassum Muticum Biochemical Composition Determined by Fourier Transform Infra-Red Spectroscopy

Author: Déniel, Maureen, Puspita, M., Douzenel, Philippe, Stiger-Pouvreau, Valérie, Bedoux, Gilles, Bourgougnon, Nathalie, Vandanjon, Laurent, Université de Bretagne Sud - Vannes (UBS Vannes), Université de Bretagne Sud (UBS), Laboratoire de génie des procédés - environnement - agroalimentaire (GEPEA), Institut Universitaire de Technologie - Nantes (IUT Nantes), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie Saint-Nazaire (IUT Saint-Nazaire), Université de Nantes (UN)-Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (EPUN), Université de Nantes (UN)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bretagne Loire (UBL)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Universitaire de Technologie - La Roche-sur-Yon (IUT La Roche-sur-Yon), Université de Nantes (UN), Diponegoro University, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Brest (UBO)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO), This work was supported by the regional research project COSELMAR (Région Pays de la Loire, IUML), Coselmar, Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (EPUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie - Nantes (IUT Nantes), Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie Saint-Nazaire (IUT Saint-Nazaire), Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie - La Roche-sur-Yon (IUT La Roche-sur-Yon), Université de Nantes (UN)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Université Bretagne Loire (UBL), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: FTIR spectroscopy, Colorimetric method, Seasonal variation, Biochemical composition, Sargassum muticum, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ACLN
Abstract: International audience; Proliferation of the introduced brown macro alga Sargassum muticum is known as a natural and hard to control phenomenon occurring along the Atlantic coasts. The phenomenon causes serious troubles for local ecosystems including the alteration of ecosystem structure, the reduction in indigenous biodiversity and economic losses (tourism, aquaculture). However, despite the serious troubles caused by S. muticum, this species contains highly remarkable bioactive metabolites. This macro alga is at present under-exploited and the valorization of its metabolites to give a positive value to this seaweed could be a solution of ecosystemic service. Biorefinery process could be one solution to valorize S. muticum. Comprehensive knowledge concerning the biochemical composition of S. muticum and the impact of environmental factors, particularly seasons, on its composition is a prerequisite before its valorization. In this study, the biochemical composition of S. muticum was evaluated by using classic colorimetric methods based on chemical analysis and Fourier Transform Infra-Red spectrometry (FTIR), and was used as a rapid and safe method that could bring advantages in screening studies and a more comprehensive management and use of seaweed products. Our results are globally in accordance, notably for phenolic compounds, showing the relevance of the use of infrared spectrometry. Moreover, based on the absorption bands of some specific and valuable compounds shown by FTIR, there was a seasonal variation in the polysaccharides, i.e., uronic acids and sulphated compounds, together with phenolic contents of S. muticum.
Published: 2017
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35. The involvement of the ami operon in Pseudomonas aeruginosa virulence regulation and biofilm formation reveals new functions for the amidase AmiE

Author: Clamens, T., Desriac, F., Rosay, T., Crépin, Alexandre, Dufour, Alain, Cornelis, P, Bouffartigues, E, Chevalier, S, Feuilloley, M, Lesouhaitier, Olivier, Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lesouhaitier, Olivier, Université de Brest (UBO)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM)
Subjects: [SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BC.IC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology
Abstract: International audience; We have previously shown that the C-type Natriuretic Peptide (CNP), a peptide produced by the lung, prevents Pseudomonas aeruginosa biofilm formation. In the present study, we identified AmiC as the bacterial target explaining CNP effects, and we studied the involvement of the aliphatic amidase AmiE in these effects. Comparison of 3D structures of human natriuretic peptide receptors and Pseudomonas proteins revealed that the bacterial protein AmiC shows significant similarity with the human C-type natriuretic peptide receptor (hNPR-C). Recombinant protein AmiC was purified and protein/peptide interactions assessed using MicroScale Thermophoresis. Results showed that both CNP and hNPR-C agonists bind the AmiC protein. The amiC gene belongs to the ami operon. This operon also encodes the aliphatic amidase AmiE which hydrolyses short-chain aliphatic amides to their corresponding organic acids. We investigated AmiE potential alternative functions in P. aeruginosa. We observed that over expression of AmiE protein altered biofilm formation, bacterial motilities and quorum sensing molecules production. Using several infection models, we demonstrated that AmiE overproduction led to a strong decrease in P. aeruginosa virulence both in vitro and in vivo, suggesting that in addition to its carbon-nitrogen metabolic process activities, AmiE would have multiple other functions. We demonstrate that the bacterial protein AmiC is an ortholog of the eukaryotic receptor hNPR-C, acting as a CNP sensor in P. aeruginosa. Our data show that the whole ami operon has new functions in bacteria, allowing to modulate the switch between chronic and acute infection depending on exposition to host factors.
Published: 2017

36. Lithospheric low-velocity zones associated with a magmatic segment of the Tanzanian Rift, East Africa

Author: K. Mtelela, Sophie Peyrat, M. Plasman, B. Le Gall, Christel Tiberi, Stéphanie Gautier, G. Kianji, G. D. Mulibo, S. W. Roecker, Julie Albaric, Julie Perrot, Sophie Hautot, Michael Msabi, Remigius Gama, Jacques Déverchère, Cynthia Ebinger, F. Wambura, A. Muzuka, Pascal Tarits, Laboratoire Géosciences Océan (LGO), Université de Brest (UBO)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer - Brest (IFREMER Centre de Bretagne), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Géosciences Montpellier, Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université des Antilles (UA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Rochester [USA], Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Rensselaer Polytechnic Institute (RPI), University of Dar Es Salaam, Nelson Mandela African Institute of Science and Technology [Arusha] (NM-AIST), Uppsala University, Ellidiss Technologies [Brest], Ellidiss Technologies, Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer - Brest (IFREMER Centre de Bretagne), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Géosciences Océan ( LGO ), Université de Bretagne Sud ( UBS ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université des Antilles et de la Guyane ( UAG ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Risques ( Géosciences Montpellier ), Université des Antilles et de la Guyane ( UAG ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université des Antilles et de la Guyane ( UAG ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Rensselaer Polytechnic Institute ( RPI ), Nelson Mandea Institute of Science and Technology, Arusha, and University of Uppsala
Subjects: geography, Rift, geography.geographical_feature_category, 010504 meteorology & atmospheric sciences, extensional [Continental tectonics], [SDU.STU.GP]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Geophysics [physics.geo-ph], Crust, 010502 geochemistry & geophysics, 01 natural sciences, Mantle (geology), [ SDU.STU.GP ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Geophysics [physics.geo-ph], Geophysics, Volcano, Geochemistry and Petrology, Receiver function, Lithosphere, East African Rift, Time-series analysis, Magmatism, Africa, Seismology, Geology, Crustal imaging, 0105 earth and related environmental sciences
Abstract: International audience; Rifting in a cratonic lithosphere is strongly controlled by several interacting processes including crust/mantle rheology, magmatism, inherited structure and stress regime. In order to better understand how these physical parameters interact, a 2 yr long seismological experiment has been carried out in the North Tanzanian Divergence (NTD), at the southern tip of the eastern magmatic branch of the East African rift, where the southward-propagating continental rift is at its earliest stage. We analyse teleseismic data from 38 broad-band stations ca. 25 km spaced and present here results from their receiver function (RF) analysis. The crustal thickness and Vp/Vs ratio are retrieved over a ca. 200 × 200 km2 area encompassing the South Kenya magmatic rift, the NTD and the Ngorongoro-Kilimanjaro transverse volcanic chain. Cratonic nature of the lithosphere is clearly evinced through thick (up to ca. 40 km) homogeneous crust beneath the rift shoulders. Where rifting is present, Moho rises up to 27 km depth and the crust is strongly layered with clear velocity contrasts in the RF signal. The Vp/Vs ratio reaches its highest values (ca. 1.9) beneath volcanic edifices location and thinner crust, advocating for melting within the crust. We also clearly identify two major low-velocity zones (LVZs) within the NTD, one in the lower crust and the second in the upper part of the mantle. The first one starts at 15–18 km depth and correlates well with recent tomographic models. This LVZ does not always coexist with high Vp/Vs ratio, pleading for a supplementary source of velocity decrease, such as temperature or composition. At a greater depth of ca. 60 km, a mid-lithospheric discontinuity roughly mimics the step-like and symmetrically outward-dipping geometry of the Moho but with a more slanting direction (NE–SW) compared to the NS rift. By comparison with synthetic RF, we estimate the associated velocity reduction to be 8–9 per cent. We relate this interface to melt ponding, possibly favouring here deformation process such as grain-boundary sliding (EAGBS) due to lithospheric strain. Its geometry might have been controlled by inherited lithospheric fabrics and heterogeneous upper mantle structure. We evidence that crustal and mantle magmatic processes represent first order mechanisms to ease and locate the deformation during the first stage of a cratonic lithospheric breakup.
Published: 2017
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37. Antioxidant and antibacterial activity of solid-liquid and enzyme-assisted extraction of phenolic compound from three species of tropical Sargassum

Author: Gilles Bedoux, M Deniel, Maya Puspita, Ita Widowati, Nathalie Bourgougnon, Ocky Karna Radjasa, Philippe Douzenel, Diponegoro University, Ecogéochimie et Fonctionnement des Ecosystèmes Benthiques (EFEB), Adaptation et diversité en milieu marin (AD2M), Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro, Institut de Recherche Dupuy de Lôme (IRDL), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS), Université de Bretagne Sud (UBS), École Nationale d'Ingénieurs de Brest (ENIB)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Université de Bretagne Sud (UBS)
Subjects: 0106 biological sciences, chemistry.chemical_classification, Antioxidant, Chromatography, biology, Chemistry, medicine.medical_treatment, [SDV]Life Sciences [q-bio], Extraction (chemistry), 04 agricultural and veterinary sciences, biology.organism_classification, 040401 food science, 01 natural sciences, 0404 agricultural biotechnology, Enzyme, [SDU]Sciences of the Universe [physics], 010608 biotechnology, Sargassum, medicine, [CHIM]Chemical Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Antibacterial activity, Solid liquid, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2017
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38. Ecolabel certification in multi-zone marine protected areas can incentivize sustainable fishing practices and offset the costs of fishing effort displacement

Author: Garraud, Loana, Beckensteiner, Jennifer, Thébaud, Olivier, Claudet, Joachim, Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement (CRIOBE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Co-management, Fisheries management, Multi-use marine protected areas, Protection levels, Transformative change, Marine spatial planning, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q2 - Renewable Resources and Conservation/Q.Q2.Q22 - Fishery • Aquaculture, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q5 - Environmental Economics/Q.Q5.Q57 - Ecological Economics: Ecosystem Services • Biodiversity Conservation • Bioeconomics • Industrial Ecology, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, Ocean governance
Abstract: International audience; As area-based marine conservation coverage expands to meet global targets, tension with fishing activities increases. While fully protected areas (FPAs) provide the largest range of long-term social-ecological benefits, their establishment has been constrained by difficulties arising from the short-term costs of protection, and associated limitations in economic incentives and in the resources required for effective implementation. Building on an existing bio-economic model for self-financed FPAs, we examine the economic and operational feasibility of establishing an ecolabel approach to balance the costs endured by fishers when implementing an FPA. Optimal increased profits can be achieved by designating the ecolabelled self-funded managed-fishing area for 20-25% of FPA. Multi-zone MPAs with a price premium derived from catch ecolabel certification inside partially protected areas surrounding FPAs provide incentives to help fishers engage into adopting sustainable fishing practices. Here we pave the way for more innovative approaches towards transformative changes for fisheries sustainability.
Published: 2023
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39. Benthic and fish aggregation inside an offshore wind farm: Which effects on the trophic web functioning?

Author: Aurore Raoux, Géraldine Lassalle, François Le Loc'h, Camille Le Guen, Nathalie Niquil, Jean-Philippe Pezy, Dan Wilhelmsson, Steven Degraer, Jean-Claude Dauvin, Karine Grangeré, Matilda Haraldsson, Bruno Ernande, Samuele Tecchio, Marie Cachera, Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Sorbonne Université (SU)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Ecosystèmes aquatiques et changements globaux (UR EABX), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Royal Belgian Institute of Natural Sciences (RBINS), The Royal Swedish Academy of Sciences, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), IFREMER Laboratoire Ressources Halieutiques (IFREMER Laboratoire Ressources Halieutiques), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Ressources halieutiques Manche Mer du nord, IFREMER Centre Manche Mer du Nord, (HMMN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Ressources halieutiques Boulogne sur mer (LRHBL), Halieutique Manche Mer du Nord (HMMN), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques ( BOREA ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université des Antilles ( UA ), Morphodynamique Continentale et Côtière ( M2C ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ), Ecosystèmes aquatiques et changements globaux ( UR EABX ), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ), Royal Belgian Institute of Natural Sciences ( RBINS ), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) ( LEMAR ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), IFREMER Laboratoire Ressources Halieutiques ( IFREMER Laboratoire Ressources Halieutiques ), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)
Subjects: 0106 biological sciences, Reef effect, 010504 meteorology & atmospheric sciences, General Decision Sciences, 01 natural sciences, [ SDE.IE ] Environmental Sciences/Environmental Engineering, Wind farm, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, Ecosystem model, Ecosystem-based approach, EcoSim, Ecosystem, 14. Life underwater, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, 0105 earth and related environmental sciences, Trophic level, Biomass (ecology), [ SDU.STU.OC ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, Ecology, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, 010604 marine biology & hydrobiology, ACL, 15. Life on land, Marine renewable energies, Food web, [ SDV.EE.ECO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, Fishery, Offshore wind power, 13. Climate action, Benthic zone, Ecopath with Ecosim, Environmental science, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: International audience; As part of the energy transition, the French government is planning the construction of three offshore wind farms in Normandy (Bay of Seine and eastern part of the English Channel, northwestern France) in the next years. These offshore wind farms will be integrated into an ecosystem already facing multiple anthropogenic disturbances such as maritime transport, fisheries, oyster and mussel farming, and sediment dredging. Currently no integrated, ecosystem-based study on the effects of the construction and exploitation of offshore wind farms exists, where biological approaches generally focused on the conservation of some valuable species or groups of species. Complementary trophic web modelling tools were applied to the Bay of Seine ecosystem (to the 50 km 2 area covered by the wind farm) to analyse the potential impacts of benthos and fish aggregation caused by the introduction of additional hard substrates from the piles and the turbine scour protections. An Ecopath ecosystem model composed of 37 compartments, from phytoplankton to seabirds, was built to describe the situation " before " the construction of the wind farm. Then, an Ecosim projection over 30 years was performed after increasing the biomass of targeted benthic and fish compartments. Ecological Network Analysis (ENA) indices were calculated for the two periods, " before " and " after " , to compare network functioning and the overall structural properties of the food web. Our main results showed (1) that the total ecosystem activity, the overall system omnivory (proportion of generalist feeders), and the recycling increased after the construction of the wind farm; (2) that higher trophic levels such as piscivorous fish species, marine mammals, and seabirds responded positively to the aggregation of biomass on piles and turbine scour protections; and (3) a change in key-stone groups after the construction towards more structuring and dominant compartments. Nonetheless, these changes could be considered as limited impacts of the wind farm installation on this coastal trophic web structure and functioning.
Published: 2017
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40. Comparison of Different Membrane Filtration Systems for Recovering Active Phenolic Compounds from the European Spread Macroalga Sargassum muticum

Author: Vandanjon, L., Hersant, C., Tanniou, A., Guérard, Fabienne, Stiger-Pouvreau, Valérie, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Brest (UBO)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de génie des procédés - environnement - agroalimentaire (GEPEA), Institut Universitaire de Technologie - Nantes (IUT Nantes), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie Saint-Nazaire (IUT Saint-Nazaire), Université de Nantes (UN)-Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (EPUN), Université de Nantes (UN)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bretagne Loire (UBL)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Universitaire de Technologie - La Roche-sur-Yon (IUT La Roche-sur-Yon), Université de Nantes (UN), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO), ANR-12-SEAS-0002,INVASIVES,Invasive seaweeds in rising temperatures: impacts and risk assessments(2012), European Project: 132832,FCT::,SEAS-ERA/2012,SEAS-ERA/0001/2012(2013), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Université de Nantes (UN)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bretagne Loire (UBL)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (EPUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie - Nantes (IUT Nantes), Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie Saint-Nazaire (IUT Saint-Nazaire), Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie - La Roche-sur-Yon (IUT La Roche-sur-Yon), Université de Nantes (UN)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Université Bretagne Loire (UBL), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [CHIM.GENI]Chemical Sciences/Chemical engineering, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, ASCL, Membrane processes, Sargassum muti-cum, Proliferative macroalgae, Phenolic compounds
Abstract: International audience; Sargassum muticum is an invasive macroalga that uncontrollable widely grows on the European Atlantic coasts. This macroalga is particularly rich in phenolics (phlorotan-nins) presenting biological activities such as antioxidant, radical-scavenging, antibacte-rial, photoprotective properties, etc. Among the diversity of metabolites produced by the species, phenolic compounds could constitute one of the potential ways of valorization of Sargassum muticum.For the needs of the study, algae were harvested along a latitudinal gradient in Norway, Ireland, France, Spain and Portugal.After extraction, the highest phenolic contents and bioactivities were measured for the samples coming from Norway and Portugal. Consequently, both these countries have been retained in the present work.The extracts are composed of a “pool” of phenolic compounds of molecular weight varying, according to the literature, from 126 Da (phloroglucinol) to 650 kDa. But the most common compounds are comprised between 10 and 100 kDa. With the aim of concentrating and eventually fractionating (i.e. isolating the most active fractions) the phenolic extracts of Sargassum muticum, a few membranes of Molecular Weight Cut-Off 10 kDa were chosen. These membranes were tested by using different technologies: ultrafiltration, centrifugal tube and dialysis.Results show that there is no significant activity in the permeates signifying that the retention rate is about 100 % for the active fractions. Concerning the retentates, results show clearly an increase of the total phenolic contents as well as antioxidant and radical scavenging activities. The best performances are obtained with the centrifugal tubes using 10 kDa membranes.
Published: 2017
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41. Extraction assistée par enzyme de phlorotannins provenant d’algues brunes du genre Sargassum et les activités biologiques

Author: Puspita, Maya, STAR, ABES, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS), Université de Bretagne Sud, Universitas Diponegoro (Semarang), Nathalie Bourgougnon, Gilles Bedoux, Ocky Karna Radjasa, Ita Widowati, Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Brest (UBO)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [INFO.INFO-BT] Computer Science [cs]/Biotechnology, Extraction assistée par enzyme, Phlorotannins, Sargassum, [INFO.INFO-BT]Computer Science [cs]/Biotechnology, Pharmacological properties, Alga
Abstract: In France and Indonesia, Sargassum is quite abundant yet this alga has not been optimally exploited. Sargassum contains macro and micro molecules and also bioactive compounds, the most known is phlorotannins, showing a wide range of pharmacological properties. Therefore, it is interesting to further valorize this alga. The heterogeneity and complexity of algal cell wall strongly reduces the extraction efficiency application of conventional extraction. Subjects of interest in this study were to characterize the seasonal variation of Sargassum biochemical composition and to extract phlorotannins using conventional and alternative method, i.e. solid-liquid and enzyme- assisted extraction. In this study, minerals represented a significant value with a content reaching 33% followed by proteins with 24% of algal dry material. In the contrary, sugars showed only 13% of algal dry material. Further, the biochemical composition of Sargassum, like most algae, was highly affected by the seasons and related to Sargassum life cycle. In terms of polyphenol compounds in Sargassum, season might be the most influential factor but suitable methods of extraction determine the efficiency to collect these compounds from Sargassum. Solid-liquid extraction, in certain extent, yielded lower (ranging from 5 to 24% of dry algal material) than the enzyme-assisted extraction (ranging from 21 to 38% of dry algal material). Concerning the polyphenol content of Sargassum extracted with these two methods, enzyme-assisted extraction, in certain extent, had higher content than the solid-liquid extraction. Enzymatic extracts showed a strong antiradical activity., En France et Indonésie, Sargassum est une espèce abondante mais elle algue n’a pas encore été exploitée de façon optimale. Sargassum contient de nombreux métabolites primaires ainsi que des composés bioactifs, dont les phlorotannins, ayant une large gamme de propriétés pharmacologiques intéressantes à valoriser. L’hétérogénéité et la complexité de la paroi cellulaire des algues réduisent fortement l’efficacité d’extraction conventionnelle. Cette étude a eu trois principaux objectifs (1) la caractérisation de la composition biochimique de Sargassum et ses variations saisonnières, (2) l'extraction solide-liquide et (3) l'extraction assistée par enzymes des phlorotannins et l’étude de leurs activités biologiques. Dans cette étude, les minéraux de Sargassum représentent d’une valeur importance avec une teneur qui atteint 33% suivi par les protéines avec 24% de la matière sèche. Les sucres ne représentent que 13% de la matière sèche. La composition biochimique de Sargassum, comme pour la plupart des algues, est fortement affectée par les saisons et est liée au cycle de vie de l’algue. La saisonnalité affecte également la production de phlorotannins. L’étude des différents procédés d’extraction montre que les rendements sont plus faibles pour une extraction solide-liquide traditionnelle (5 à 24% de la matière sèche de l'algue) par rapport à l'extraction assistée par enzyme (21 à 38% de la matière sèche de l'algue). L’extraction assistée par enzymes augmente le rendement d’extraction des polyphénols par rapport à l'extraction solide-liquide. Les extraits obtenus par extraction assistée par enzymes présentent une forte activité antiradicalaire.
Published: 2017

42. Study of natural or derivatives compounds which have an impact on biofouling

Author: Le Norcy, Tiffany, STAR, ABES, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bretagne Sud, Fabienne Faÿ, Claire Hellio, Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Brest (UBO)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)
Subjects: [INFO.INFO-BT] Computer Science [cs]/Biotechnology, Composés naturels, Anti-quorum sensing, Biomimetic approach, Paracoccus sp. 4M6, Approche biomimétique, [INFO.INFO-BT]Computer Science [cs]/Biotechnology, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, DiBromoHemiBastadin-1, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Microfouling, Pseudomonas aeruginosa PAO1
Abstract: Biofouling induces important economic and ecological problems. This phenomenon includes microorganisms (bacteria, microalgae…) giving the microfouling which allows the macrofouling development with algae, invertebrates and sponges. These organisms colonize every immersed surface as boat hull. The colonization induces reduced speed of ships and fuel overconsumption. In the past, the utilization of AF coatings with heavy metals or pesticides caused environmental problems. The purpose of the study is to find an alternative to AF compounds (copper) respecting the marine medium. The marine environment is an inspiration; a biomimetic approach could be an interesting strategy to inhibit biofouling. In a first part, a screening of one hundred compounds is realized against marine and terrestrial bacteria. Eight molecules from two families (batatasins and hemibastadins) are studied to understand the way of action. Among selected compounds, Dibromohemibastadin-1 (DBHB) from hemibastadin family shows promising AF activities. This molecule is able to inhibit the biofilm formation with an IC50 of 6,44 µg/mL against the bacterium Pseudomonas aeruginosa PAO1 and 12,8 µg/mL for the marine bacterium Paracoccus sp. 4M6. To identify the way of action of DBHB, the impact on the bacterial communication named quorum sensing is investigated. The molecule shows an anti-quorum sensing property. In a second part, another group participating at microfouling is studied: microalgae. In order to evaluate the impact of hemibastadin family in particular DBHB, microalgae adhesion and biofilm formation are characterized. DBHB induces inhibition only on the adhesion and the biofilm formation of the diatom Cylindrotheca closterium. The last part presents the formulation of coatings containing six compounds from the batatasin and hemibastadin families. These coatings have been immersed in a harbor to evaluate the impact on natural microfouling. Furthermore, a new method for the evaluation of AF coatings is developed in controlled conditions, in a photobioreactor. This method allows the evaluation of coatings on the formation of a mixed biofilm (bacteria and microalgae). This method has been established to avoid environmental constraints by immersion in natural condition. This study allows the characterization of the AF property of DBHB. This compound provides promising research path to limit biofouling. Moreover, the development of a test allowing adhesion and microalgae biofilm formation in dynamic condition improves the characterization of compounds activities., Le développement de salissures marines (ou biofouling) est à l’origine de nombreux problèmes économiques et écologiques. Ces salissures marines sont constituées de microorganismes (bactéries, microalgues…) formant le microfouling sur lequel va se développer le macrofouling constitué de macroorganismes tels que les algues, coquillages et éponges. La formation de ces salissures va induire un ralentissement des navires provoquant une surconsommation de carburant. De plus, l’utilisation de revêtements antisalissures ou peintures antifouling à base de métaux lourds et de biocides dans le passé a conduit à des problèmes environnementaux. L’objectif de la thèse est de rechercher une alternative aux composés actuellement utilisés (cuivre) en respectant le milieu marin. L’environnement est une source d’inspiration, une approche biomimétique pourrait être une stratégie de lutte efficace contre le biofouling. Dans une première partie, un criblage d’une centaine de composés est réalisé contre des souches bactériennes. Huit composés issus des deux familles : les batatasins et les hemibastadins sont étudiées en vue de comprendre leurs modes d’action. Parmi les composés sélectionnés, la famille des hemibastadins comprenant le DiBromoHemiBastadin-1 (DBHB) a montré des propriétés antifouling prometteuses. En effet, cette molécule est capable d’inhiber 50 % la formation du biofilm avec une IC50= 6,44 µg/mL pour la bactérie Pseudomonas aeruginosa PAO1 et une IC50 = 12,8 µg/mL pour la bactérie marine Paracoccus sp. 4M6. Afin de comprendre le mode d’action de cette molécule, son impact sur la communication bactérienne, le quorum sensing est étudié et le composé DBHB est capable de l’inhiber. Dans une seconde partie, un autre groupe d’organismes participant au microfouling est étudié : les microalgues. Afin d’évaluer l’impact de composés de la famille des hemibastadins et notamment du DBHB, l’adhésion et la formation de biofilm de microalgues sont étudiées. Le DBHB montre des inhibitions de l’adhésion et de la formation du biofilm uniquement envers la diatomée Cylindrotheca closterium. Une dernière partie, s’est intéressée à l’évaluation de revêtements contenant six composés de la famille des batatasins et des hemibastadins sur le microfouling naturel. Une méthode d’immersion de revêtements en conditions contrôlées (photobioréacteur) est mise au point afin de pallier aux contraintes environnementales. L’ensemble de cette étude a permis de mettre en évidence les propriétés antifouling du DBHB et de caractériser son mode d’action. Ce composé offre d’intéressantes voies d’étude dans la lutte contre le biofouling. De plus, l’approfondissement des connaissances sur les procédés d’adhésion et de formation de biofilm de microalgues permet de définir de nouvelles stratégies de lutte.
Published: 2017

43. Preparative separation of marine bioactive compounds by centrifugal partition chromatography

Author: Gilles Bedoux, J. Le Roux, C. Le Quémener, Anne-Sophie Burlot, Nathalie Bourgougnon, Grégoire Audo, Romain Boulho, Université de Bretagne Sud (UBS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Armen Instrument, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)
Subjects: Pharmacology, Chromatography, 010405 organic chemistry, Chemistry, Centrifugal partition chromatography, [SDV]Life Sciences [q-bio], Organic Chemistry, Pharmaceutical Science, 01 natural sciences, 0104 chemical sciences, Analytical Chemistry, 010404 medicinal & biomolecular chemistry, Complementary and alternative medicine, Drug Discovery, [SDE]Environmental Sciences, Molecular Medicine, [CHIM]Chemical Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2016
Full Text: View/download PDF

44. Antiviral and Cytotoxic Activities of Polysaccharides Extracted from Four Tropical Seaweed Species

Author: Bedoux, Gilles, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Bourgougnon, Nathalie
Subjects: [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE] Environmental Sciences, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2016

45. La notion d'abus de droit en droit international public: Much ado about nothing?

Author: Lemey, Marie, Université de Bretagne Occidentale - UFR Droit et sciences économiques (UBO UFR DSE), Université de Brest (UBO), Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut du droit public et de la science politique (IDPSP), and Université de Rennes (UR)
Subjects: [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: International audience
Published: 2023

46. Influence of combined temperature and food availability on Peruvian anchovy (Engraulis ringens) early life stages in the northern Humboldt Current system: A modelling approach

Author: Jorge Flores-Valiente, Christophe Lett, François Colas, Laure Pecquerie, Arturo Aguirre-Velarde, Fanny Rioual, Jorge Tam, Arnaud Bertrand, Patricia Ayón, Saidou Sall, Nicolas Barrier, Timothée Brochier, Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Processus et interactions de fine échelle océanique (PROTEO), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques (LOCEAN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Instituto del Mar del Peru (IMARPE), Laboratoire de Physique de l'Atmosphère et de l'Océan Siméon Fongang (LPAO-SF), École Supérieure Polytechnique de Dakar (ESP), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), and ANR-18-CE32-0009,SOLAB,Interactions planctoniques, facteurs environnementaux et conséquences biologique/géochimiques dans le laboratoire côtier sud-Sénégalais(2018)
Subjects: Larval growth, Early life stages survival, [SDV.SA.STP]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of fishery, Geology, Peruvian anchovy, Aquatic Science, Ichthyop-DEB model, Larval drift
Abstract: International audience; In the northern Humboldt Current system (NHCS), the Peruvian anchovy (Engraulis ringens) constitutes the bulk of landings and has a significant socioeconomic contribution. Understanding the impact of environment on the early-life stages of anchovy and further population dynamics remains challenging. Climate variability at a variety of scales modulates currents velocity, temperature and food availability, impacting early-life stages drift, growth and survival. In order to investigate these impacts, we developed Ichthyop-DEB, an individual-based model including larval retention processes and a Dynamic Energy Budget (DEB) bioenergetic module for larval growth. First, we assessed the effect of hydrodynamic simulations horizontal resolution on simulated larval retention patterns using a recruitment age-criterion of 30 days. Then, we evaluated the impact of the following biological processes on simulated larval recruitment patterns: (i) a minimum size-criterion (2 cm), as opposed to a minimum age-criterion (30 days), to be considered as recruited, (ii) the upper larval thermal limit tolerance of the species, for which lab experiments are lacking, and (iii) a constant larval mortality rate. We found that using different resolutions of the hydrodynamic model (10 and 2 km) led to similar simulated larval retention patterns. Retention was highest when spawning occurred in the superficial layer (0–15 m) in austral winter and in the deepest considered layer (30–45 m) in summer. Coupling with the DEB model produced contrasted growth patterns on the continental shelf with a strong month-latitude interaction. Larval recruitment was strongest from 6° to 10° S in austral summer, largely contributing to the average seasonal pattern. Depending on the temperature correction function tested with the bioenergetic module, simulated larval recruitment could also be strong in the northernmost zone (2°–4°S), an area not known for abundant anchovy populations, which suggests a possible thermal growth limitation. Finally, sensitivity tests performed on larval growth limitation by food suggested a deficiency in food supply in the southernmost zone (18°–20°S).
Published: 2023
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47. Physiological condition of the warty venus (Venus verrucosa L. 1758) larvae modulates response to pile driving and drilling underwater sounds

Author: Gigot, Mathilde, Tremblay, Réjean, Bonnel, Julien, Chauvaud, Laurent, Olivier, Frédéric, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université du Québec à Rimouski (UQAR), Woods Hole Oceanographic Institution (WHOI), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)
Subjects: larval recruitment, energetic metabolism, anthropophony, [SDE]Environmental Sciences, fatty acids, metamorphosis trigger
Abstract: International audience; Noise is now recognized as a new form of pollution in marine coastal habitats. The development of marine renewable energies has introduced new sonorous perturbations, as the wind farm installation requires pile driving and drilling operations producing low frequency sounds at high sound pressure levels. Exponential expansion of offshore wind farms is occurring worldwide, making impact studies, particularly on benthic species highly abundant and diverse in the coastal area used for wind farming, a necessity. As larval recruitment is the basis for establishing a population, we conducted an experimental study to assess the interactive effects of pile driving or drilling sounds and larval rearing temperature on the endobenthic bivalve Venus verrucosa . In ectothermic animals, temperature modifies the organism’s physiology, resulting in performance variability. We hypothesize that temperature modulation could change larval responses to noise and explore the potential interacting effects of temperature and noise. Using two distinct rearing temperatures, physiologically different batches of larvae were produced with contrasting fatty acid content and composition in the neutral and polar lipid fractions. Without defining any absolute audition threshold for the larvae, we demonstrate that the effects of temperature and noise were ontogenic-dependent and modulated larval performance at the peri-metamorphic stage, acting on the metamorphosis dynamic. At the pediveligers stage, a strong interaction between both factors indicated that the response to noise was highly related to the physiological condition of the larvae. Finally, we suggest that underwater noise reduces the compensatory mechanisms established to balance the temperature increase.
Published: 2023
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48. Functional trait-based approaches as a common framework for aquatic ecologists: Synthesis and recent results

Author: Martini, Séverine, Larras, Floriane, Boyé, Aurélien, Faure, Emile, Aberle, Nicole, Archambault, Philippe, Bacouillard, Lise, Beisner, Beatrix, Bittner, Lucie, Castella, Emmanuel, Danger, Michael, Gauthier, Olivier, Karp-Boss, Lee, Lombard, Fabien, Maps, Frédéric, Stemmann, Lars, Thiébaut, Éric, Usseglio-Polatera, Philippe, Vogt, Meike, Laviale, Martin, Ayata, Sakina‐dorothée, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Helmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Norwegian University of Science and Technology [Trondheim] (NTNU), Norwegian University of Science and Technology (NTNU), Institut des Sciences de la MER de Rimouski (ISMER), Université du Québec à Rimouski (UQAR), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université du Québec à Montréal = University of Québec in Montréal (UQAM), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), Laboratoire d'Ecologie et de Biologie Aquatique - LEBA (Genève, Suisse), Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Maine, Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans (GOSEE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Aix Marseille Université (AMU)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université de Toulon (UTLN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay)-European Molecular Biology Laboratory (EMBL)-École Centrale de Nantes (Nantes Univ - ECN), Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Université australe du Chili, Takuvik International Research Laboratory, Université Laval [Québec] (ULaval)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute of Biogeochemistry and Pollutant Dynamics [ETH Zürich] (IBP), Department of Environmental Systems Science [ETH Zürich] (D-USYS), Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich)- Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich), Zone Atelier du Bassin de la Moselle [LTSER France] (ZAM), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Association for the Sciences of Limnology and Oceanography (ASLO)
Subjects: aquatic ecology, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, functional traits
Abstract: International audience; Aquatic ecologists face challenges in identifying the general rules of the functioning of ecosystems. A common framework, including freshwater, marine, benthic, and pelagic ecologists, is needed to bridge communication gaps and foster knowledge sharing. This framework should transcend local specificities and taxonomy in order to provide a common ground and shareable tools to address common scientific challenges. In a recent review paper published in Limnology and Oceanography (Martini et al., 2021), we advocated the use of functional trait-based approaches (FTBAs) for aquatic ecologists and proposed concrete paths to go forward. In this presentation, we will first present an overview of this synthesis work. Then, using a few examples of recent results, including from quantitative imaging, genomics, and machine learning, we will then concretely illustrate how FTBAs can allow aquatic ecologists to tackle some of the scientific challenges identified in the paper.
Published: 2023
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49. La credibilidad de los materiales etnográficos frente al movimiento de apertura de los datos de investigación

Author: Levain, Alix, Revelin, Florence, Beurier, Anne-Gaëlle, Noël, Marianne, Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences Humaines et Sociales (InSHS), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), and Agence nationale de la rechercheRégion BretagneFondation de France
Subjects: épistémologie, human and social sciences, science ethics, estándar profesional, epistemología, sciences humaines et sociales, ethnographie, epistemology, open data, norme professionnelle, ouverture des données de la recherche, [SHS.ANTHRO-SE]Humanities and Social Sciences/Social Anthropology and ethnology, ethnography, ética científica, [SHS]Humanities and Social Sciences, professional norm, apertura de datos de investigación, humanidades y ciencias sociales, open research data (ORD), etnografía, éthique scientifique
Abstract: International audience; The policies of opening research data are based on arguments of transparency, innovation and democratization of knowledge. This article aims to make their implications intelligible for communities working with ethnographic data, confronted with a transformation of the criteria for recognizing the credibility of the knowledge they produce. While researchers who practice ethnography are engaged in situated forms of sharing materials with peers, other disciplines and “source communities”, the strengthening of external control over the conditions under which this sharing takes place destabilizes the economies of credibility that structure these practices. More than a reluctance to the process of openness, the withdrawal of ethnographers from the movement appears at the end of our analysis to be the result of both the existence of alternative ecologies of empirical materials and an ethic of the margins embedded in often implicit professional norms.; Las políticas de apertura de los datos de investigación se basan en argumentos de transparencia, innovación y democratización del conocimiento. Este artículo pretende hacer inteligibles sus implicaciones para las comunidades que trabajan con datos etnográficos, que se enfrentan a una transformación de los criterios de reconocimiento de la credibilidad del conocimiento que producen. Mientras que los investigadores que practican la etnografía participan en formas situadas de compartir materiales con pares, otras disciplinas y «comunidades fuente», el refuerzo del control externo sobre las condiciones en las que tiene lugar este intercambio desestabiliza las economías de credibilidad que estructuran estas prácticas. Más que una reticencia al proceso de apertura, la retirada de los etnógrafos del movimiento parece ser, al final de nuestro análisis, el resultado tanto de la existencia de ecologías alternativas de materiales empíricos como de una ética de los márgenes incrustada en normas profesionales a menudo implícitas.; Les politiques d’ouverture des données de la recherche s’appuient sur des arguments de transparence, d’innovation et de démocratisation des savoirs. Cet article vise à rendre intelligibles leurs implications pour les communautés travaillant à partir de données ethnographiques, confrontées à une transformation des critères de reconnaissance de la crédibilité des savoirs qu’elles produisent. Alors que les chercheur·e·s qui pratiquent l’ethnographie sont engagé·e·s dans des formes situées de partage des matériaux avec les pair·e·s, les autres disciplines et les « communautés sources », le renforcement du contrôle externe sur les conditions dans lesquelles ce partage s’effectue déstabilise les économies de la crédibilité qui structurent ces pratiques. Davantage qu’une réticence au processus d’ouverture, le retrait des ethnographes du mouvement apparaît au terme de notre analyse comme résultant à la fois de l’existence d’écologies alternatives des matériaux empiriques et d’une éthique des marges incorporée dans des normes professionnelles souvent implicites.
Published: 2023
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50. Translocation de nanoplastiques à travers la barrière intestinale du bar commun (Dicentrarchus labrax) : preuve expérimentale à l’aide de nanobilles de polystyrène modèle

Author: Dehaut, Alexandre, Vagner, Marie, Boudry, Gaëlle, Courcot, Lucie, Vincent, Dorothée, Duflos, Guillaume, Huvet, Arnaud, Tallec, Kévin, Zambonino-Infante, Jose-Luis, Laboratoire de Boulogne sur mer, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort (LSAl), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Nutrition, Métabolismes et Cancer (NuMeCan), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire d’Océanologie et de Géosciences (LOG) - UMR 8187 (LOG), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Office français de la biodiversité (OFB), CPER MARCO 2015 - 2020, Société Française d'Ichtyologie, and ANR-15-CE34-0006,Nanoplastics,Microplastiques, nanoplastiques dans l'environnement marin: caractérisation, impacts et évaluation des risques sanitaires.(2015)
Subjects: billes, MEB - Microscopie électronique à balayage, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Nanoplastiques, Dicentrachus labrax, PS, Fluorimétrie, [SDV.TOX.ECO]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Ecotoxicology, Bar commun, Py-GC-MS
Abstract: National audience; La pollution plastique de tous les compartiments de l’environnement, y compris l’environnement marin, n’est désormais plus à démontrer. Concomitamment à cette pollution, la présence de particules plastiques de tailles micrométriques et nanométriques a également été rapportée. Ces particules peuvent constituer un danger physique ou agir en tant que vecteurs de différents contaminants chimiques ou biologiques. Chez les organismes vivants le devenir de ces particules n’est que partiellement connu et le passage des barrières biologiques reste controversé, bien qu’il soit probable pour les particules les plus petites comme les nanoplastiques. Afin de répondre à cette question de la possible translocation de nanoplastiques, des manipulations d’exposition ex vivo à des nanobilles de polystyrène modèle d’une taille de 50 nm (NP-PS) ont été réalisées sur des intestins de bar commun (Dicentrarchus labrax) en utilisant des chambres de Ussing.Grâce à la combinaison des résultats obtenus par plusieurs techniques de détection : fluorométrie, microscopie électronique à balayage (MEB) et pyrolyse couplée à la chromatographie en phase gazeuse et à un spectromètre de masse haute-résolution (Py-GC-HRMS), il a été possible d’enregistrer une augmentation de la fluorescence du côté séreux quelques dizaines de minutes après l’exposition des échantillons à la solution de NP-PS. Cette mesure a pu être confirmée par celles réalisées en MEB et Py-GC-HRMS. La translocation de nanobilles de PS de 50nm et sans agrégation dans le milieu expérimental, à travers la paroi de l’intestin de cette espèce de poisson a donc été attestée.
Published: 2023

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