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Jean-Christophe Plantier, Antonin Bal, Gonché Danesh, Anne-Geneviève Marcelin, Laurence Josset, Sonia Burrel, Sylvie Behillil, Sylvie van der Werf, Etienne Simon-Loriere, Samuel Alizon, Grégory Destras, Yannis Michalakis, Vincent Enouf, Vincent Thibault, Bruno Lina, Baptiste Elie, David Boutolleau, Mircea T. Sofonea, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL), Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Virology and human respiratory Pathologies - Virology and human respiratory Pathologies (VirPath), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Hôpital Charles Nicolle [Rouen], CHU Pontchaillou [Rennes], Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut Pasteur [Paris], Pasteur International Bioresources network (PIBNet), Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), ANR-20-COVI-0098,PHYEPI,Intégration de données de séquences et d'incidence pour analyser et contrôler les épidémies virales(2020), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR - laboratoire associé), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]-Université de Paris (UP), Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - 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Ali Si-Mohammed, Jean-Dominique Poveda, Theresa Rabenja, B Visseaux, Karl Stefic, Fabienne De Oliveira, Anne Signori-Schmuck, Audrey Mirand, Magali Bouvier-Alias, Stéphanie Raymond, Vincent Calvez, Pantxika Bellecave, Coralie Pallier, Anne-Geneviève Marcelin, Véronique Schneider, Sidonie Lambert-Niclot, Chakib Alloui, Marie-Laure Chaix, Jean-Christophe Plantier, Diane Descamps, Elisabeth André-Garnier, Brice Malve, Marc Wirden, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Service de Virologie [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire de virologie [Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène, Groupe de Recherche sur les Antimicrobiens et les Micro-Organismes (GRAM 1.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), CHU Henri Mondor, Laboratoire de Virologie [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire de Virologie [CHU Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Génomes, biologie cellulaire et thérapeutiques (GenCellDi (U944 / UMR7212)), Collège de France (CdF (institution))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire Virologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Laboratoire de sérologie-virologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Service de bactériologie-Virologie-Hygiène [Avicenne], Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Avicenne [AP-HP], Service de virologie [CHU Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Service de virologie et unité de surveillance biologique [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux], Service de Virologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Service de Virologie Médicale et Moléculaire [CHU Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand-CHU Estaing [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand, Service de Virologie [Villejuif], Hôpital Paul Brousse, Laboratoire CERBA [Saint Ouen l'Aumône], Grand Hôpital de l'Est Francilien (GHEF), Service de virologie [Hôpital Tenon], CHU Tenon [AP-HP], Département de virologie [Grenoble], Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), Service de bactériologie-virologie [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Virologie [CHU Bichat], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Mzembaba, Sandy, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Génomes, biologie cellulaire et thérapeutiques (GenCellDi (UMR_S_944)), Collège de France (CdF (institution))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Laboratoire de Virologie [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Hôpital Bretonneau-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Hôpital Henri Mondor, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre National de Référence des virus entériques [CHU de Dijon] (CNR virus entériques), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène-Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Université de Caen Normandie (UNICAEN), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris 13 (UP13)-Hôpital Avicenne [AP-HP]

Adeline Baron, Albane Gicquel, Marie Gueudin, Jean-Christophe Plantier, Laboratoire de virologie [Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène

Lara Vojnov, Smita Kulkarni, Etienne Karita, Mauro Andreotti, Fausta Mosha, Lesley Scott, Orna Mor, Jilian A. Sacks, Youyi Fong, Nigel Garrett, Mercedes Pérez González, Zibusiso Ndlovu, Trevor Peter, Shanmugam Saravanan, Shrikala Baliga, Jeanne A. Jordan, Jean-Christophe Plantier, Meg Doherty, Clinton health Access Initiative Boston (CHAI), Fred Hutchinson Cancer Research Center [Seattle] (FHCRC), World Health Organisation (WHO), Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Istituto Superiore di Sanita [Rome], Kasturba Medical College, Manipal, University of KwaZulu-Natal (UKZN), Georgetown University [Washington] (GU), Université libre de Kigali, Indian Council of Medical Research [New Dehli] (ICMR), Central Virology Laboratory, Ministry of Health, Chaim Sheba Medical Center, National Health Laboratory Quality Assurance and Training Centre (NHLQATC), Médecins sans Frontières [Genève] (MSF), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), and University of the Witwatersrand [Johannesburg] (WITS)

M Gousset, Adeline Mélard, Marie Gueudin, Marie-Laure Chaix, Laurence Meyer, N. Lerolle, Julia Dina, Jean-Paul Viard, Jean-Christophe Plantier, Véronique Avettand-Fenoel, Christine Rouzioux, Anne Maillard, Laboratoire de Virologie [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Laboratoire de virologie [Rouen], CHU Rouen, Laboratoire de Virologie CHU de Rennes, Service de Virologie [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Laboratoire de Virologie [CHU Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Hôpital Paul Brousse-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Infection à VIH, réservoirs, diversité génétique et résistance aux antirétroviraux (ARV) (EA 7327), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Laboratoire de Virologie [Rennes] = Virology [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)

Jean-Christophe Plantier, Diane Descamps, Marie Leoz, Charlotte Charpentier, Elodie Alessandri-Gradt, Thomas Mourez, Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Laboratoire de virologie [Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Virologie [CHU Bichat], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Hôpital Charles Nicolle [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen, and Mzembaba, Sandy

Elodie Téclaire Ngo-Malabo, Jean-Christophe Plantier, Anfumbom Kfutwah, Laure Ngono, Paul Alain Ngoupo, Fabienne De Oliveira, Serge Alain Sadeuh-Mba, Richard Njouom, Centre Pasteur du Cameroun, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Laboratoire de virologie [Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène

Henri Panjo, Guillemette Unal, François Simon, Jean-Christophe Plantier, Elodie Alessandri-Gradt, Diane Descamps, Charlotte Charpentier, Juliette Pavie, Marie Leoz, Francis Barin, Laurence Meyer, Clément Lefèvre, Orivao Study, Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Université Paris Descartes - Faculté de Médecine (UPD5 Médecine), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Morphogénèse et antigénicité du VIH et du virus des Hépatites (MAVIVH - U1259 Inserm - CHRU Tours ), Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Faculté de Médecine [Université Paris Diderot - Paris 7], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), ORIVAO Study : Chennebault J, Fialaire P, Le Guillou-Guillemette H, Rehaiem S, Chanzy B, Clavere G, Gaillat J, Courdavault L, Genet P, Gerbe J, Benoit C, Honore Bouakline S, Waldner A, Bettinger D, Chirouze C, Bernard N, Reigadas S, Dupont X, Gaillard JL, Gault E, Reimann E, Otterbein G, Thomas L, Vaghefi P, Benoit M, Buthiot N, Goux A, Chambrin V, Deback C, Fior R, Raho Moussa M, Antoniotti O, Coban D, Cormerais L, Henquell C, Jacomet C, Lesens O, Chanoine N, Villmant A, Van Autreve JL, Bloch M, Ichou H, Manceron V, Mortier E, Zeng A, Bouvier-Alias M, Dominguez S, Lascaux-Cametez AS, Lelievre JD, Levy Y, Melica-Gregoire G, Pawlotsky JM, Pothier P, Waldner A, Inchiappa L, Verhaeghe A, Olivier B, Pathe JP, Berthe H, Mathez D, Favret V, Troisvallets D, Vandemeulebroucke E, Ceccaldi J, El Harif Z, Bocket L, Barbut P, Chaix F, Lambert C, Lambolez T, Miatezila J, Son O, Brunet P, Chappe C, Dhiver C, Lecomte V, Meddeb L, Poizot-Martin I, Tamalet C, Valadier J, Beck-Wirth G, Benomar M, Delarbre JM, Peter JM, Bevilacqua S, Venard V, Daneluzzi V, Idri N, Montoya B, Ferre V, Garnier E, Hue H, Larmet L, Point P, Raffi F, Reliqiet V, Rodallec A, Secher S, Amoyel P, Botton E, Janowski M, Le Cocguic Y, Deleplanque P, Descamps JM, Lapine M, Sunder S, Chansombat M, Charpentier C, Damond F, Diallo B, Duval X, Julia Z, Landman R, Legac S, Rioux C, Yeni P, Krivine A, Blanche P, Cros A, Gazalet P, Ghosn J, Krivine A, Sobel A, Bercot B, Diemer M, Parrinello M, Bey Boumezrag C, Bodard L, Gibert S, Huche FX, Raffenne L, Strebler M, Blanc C, Bourzam E, Hansel B, Lupin C, Wirden M, Bourzam E, Collias L, Effa J, Jung C, Pavie J, Pere H, Si Mohamed A, Delaugerre C, Gerard L, Loze B, Maylin S, Nabias R, Ponscarme D, Deleuze J, Rozenberg F, Bachour B, Bani-Sadr F, Chas J, Hamidi M, Kherallah L, Le Nagat S, Le Pendeven C, Moreau F, Nicolas JC, Schneider V, Tabone MD, Vaudre G, Giraudeau G, Le Moal G, Plainchamp D, Blondin G, Dorval I, Duthe JC, Perfezou P, Berger JL, Brodard V, Kmiec I, Rouger C, Strady C, Chappelin JM, Maillard A, Ratajczak M, Debab Y, De Oliveira F, Depatureaux A, Gueit I, Lemee V, Theron D, Pasdeloup I, Camps P, Bigaillon C, Ficko C, Imbert C, Rapp C, Grand C, Michau C, Bornarel D, Devillier P, Farfour E, Majerholc C, Vignon D, Zucman D, El Addouli M, Danjoux MF, Journe J, Leveneur Y, Marchou B, Nicot F, Prevoteau Du Clary F, Bonne S., Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Dupuis, Christine

Alexandre Storto, Diane Descamps, Anne Maillard, Audrey Mirand, Corinne Amiel, Charlotte Charpentier, Vincent Calvez, Thuy Van Nguyen, Laurence Bocket, Coralie Pallier, Audrey Rodallec, Elisabeth André-Garnier, Marie Leoz, Laurence Morand-Joubert, Isabelle Malet, Stéphanie Raymond, Véronique Schneider, Catherine Roussel, Camille Tumiotto, Constance Delaugerre, Anne-Geneviève Marcelin, Julia Dina, Jean-Christophe Plantier, Brigitte Montes, Anne Signori-Schmuck, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôtel-Dieu de Nantes, Service de Virologie [Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service de bactériologie-virologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Service de virologie [Hôpital Tenon], CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions (EVA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Service de virologie [CHU Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Laboratoire de virologie [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Service de Virologie [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Service de Virologie [Villejuif], Hôpital Paul Brousse, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de bactériologie-virologie [Tours], Hôpital Bretonneau-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Virologie [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Génétique et Ecologie des Virus, Génétique des Virus et Pathogénèse des Maladies Virales, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Virologie [CHU Bichat], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Saint-Antoine [APHP], CHU Tenon [APHP], Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement - Clermont Auvergne (LMGE), Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unit for Virus Host-Cell Interactions [Grenoble] (UVHCI), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Laboratoire Virologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], and Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)

Elyanne Gault, Fabienne De Oliveira, Véronique Lemée, Jean-Christophe Plantier, Véronique Schneider, Alice Moisan, Thomas Mourez, Marie-Laure Chaix, Marc Wirden, Laurence Bocket, Jean-Dominique Poveda, Magali Bouvier-Alias, Charlotte Pronier, Pierre Cappy, Elodie Alessandri-Gradt, Odile Morvan, Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Laboratoire de virologie [Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène, Service de virologie [Rennes], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes], Laboratoire de virologie [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Laboratoire de Virologie CHU Henri Mondor, Service de microbiologie [Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Microbiologie et Hygiène [AP-HP Hôpital Ambroise-Paré], Hôpital Ambroise Paré [AP-HP], Laboratoire de Biologie Médicale CH Saint Brieuc, Laboratoire CERBA, Laboratoire CERBA [Saint Ouen l'Aumône], Service de virologie [Hôpital Tenon], CHU Tenon [APHP], Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène-Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Laboratoire de Virologie [Rennes] = Virology [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Service de Virologie [Lille], Hôpital Henri Mondor, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre hospitalier Saint-Brieuc, CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), and AP-HP Hôpital Ambroise-Paré [Boulogne-Billancourt]

Pierre Cappy, Alice Moisan, Fabienne De Oliveira, Jean-Christophe Plantier, Matteo Negroni, CHU Rouen, Normandie Université (NU), Laboratoire de virologie [Rouen], Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène-Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Architecture et Réactivité de l'ARN (ARN), Institut de biologie moléculaire et cellulaire (IBMC), and Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Karine Sauné, Jean-Christophe Plantier, Audrey Rodallec, Edouard Tuaillon, Anne Maillard, Véronique Avettand-Fenoel, Christine Rouzioux, Florence Damond, Adeline Mélard, Marie Gueudin, Constance Delaugerre, Pierre Gantner, Julia Dina, Laboratoire de Virologie [Strasbourg], Université Paris Descartes - Faculté de Médecine (UPD5 Médecine), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Virologie [CHU Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Unité de Recherche Risques Microbiens (U2RM), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire de virologie [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), CHU Pontchaillou [Rennes], Centre d'investigation clinique de Toulouse (CIC 1436), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital de l'Hôtel Dieu [CHU-HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Pathogénèse et contrôle des infections chroniques (PCCI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier ), Laboratoire de Virologie [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), CIC - Toulouse (CIC 1436 - CHU de Toulouse/Inserm/UPS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Pierre-Paul Riquet [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]

Arnaud Fontanet, Antoine Gessain, Claudia Filippone, Fabienne De Oliveira, Edouard Betsem, Jean-Christophe Plantier, Laura Schaeffer, Véronique Lemée, Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes (EPVO (UMR_3569 / U-Pasteur_3)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut Pasteur [Paris], Unité de Virologie [Antananarivo, Madagascar] (IPM), Institut Pasteur de Madagascar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), CHU Rouen, Normandie Université (NU), University of Yaoundé [Cameroun], Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), This work was supported by the Institut Pasteur and the Investissement d’ Avenir program, as part of a Laboratoire d’ Excellence (LabEx) research program: Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (IBEID), and the CHU de Rouen. Claudia Filippone was supported by the European programs EDENext (No. 261504) and EMPERIE (No. 223498). Edouard Betsem was supported by the 'Service de Coopération et de l'Action Culturelle (SCAC) ’of the French embassy in Yaounde, Cameroon and the ‘Institut National pour le Cancer ’ (France)., European Project: 261504,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2010-single-stage,EDENEXT(2011), European Project: 223498,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2007-B,EMPERIE(2009), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epidémiologie des Maladies Emergentes, and Pasteur-Cnam risques infectieux et émergents (PACRI)

Kate Templeton, A. H. B. Wu, Jeanne A. Jordan, Jean-Christophe Plantier, The George Washington University (GW), Laboratoire de virologie [Rouen], Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène-Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Royal Infirmary of Edinburgh, and San Francisco General Hospital Medical Center [San Francisco, CA, USA]

Lassana Sangaré, Armen Sanosyan, Jean-Christophe Plantier, Makoura Barro, François Rouet, Karine Bollore, Christine Rouzioux, Thérèse Kagoné, Abdoul Salam Ouedraogo, Boubacar Nacro, Dramane Kania, Sylvie Zida, Arnaud Kwimatouo Lekpa Franchard, Nicolas Meda, Edouard Tuaillon, Pathogénèse et contrôle des infections chroniques (PCCI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier )-Université de Montpellier (UM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Centre Hospitalier Universitaire Souro Sanou [Bobo-Dioulasso] (CHUSS), Institut de Recherche en Sciences de la Santé (IRSS) / Centre Muraz, Centre Hospitalier Universitaire Yalgado Ouédraogo (CHUYO), Laboratoire de virologie [Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier )

Marie Gueudin, Pierre Cappy, Elodie Alessandri-Gradt, Jean-Christophe Plantier, Fabienne De Oliveira, Laboratoire de virologie [Rouen], Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène-Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), CHU Rouen, and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN)

F. Yonli, Marie Gueudin, Jean-Christophe Plantier, R. Ouédraogo, B. Traoré, P. Bonané, D. Kima, A. Nenebi, L. Congo, Christophe Marguet, Astrid Vabret, S. O. Ouédraogo Yugbaré, Diarra Yé, CHU Pédiatrique Charles De Gaulle [Ouagadougou, Burkina Faso] (CHUP-CDG), Laboratoire de virologie [Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène, Service de Virologie [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Service de pneumologie, allergologie, mucoviscidose pédiatrique [Rouen], and CHU Rouen

Peter D. Kwong, Pascal Poignard, Mélanie Bouvin-Pley, Patrick Chames, Pamela J. Bjorkman, Alain Moreau, Marie Pancera, Marion Morgand, Michel C. Nussenzweig, Hugo Mouquet, David D. Ho, François Simon, Francis Barin, Jean-Christophe Plantier, Elodie Alessandri, Craig S. Pace, Martine Braibant, Daniel Baty, Morphogénèse et antigénicité du VIH et du virus des Hépatites (MAVIVH - U1259 Inserm - CHRU Tours ), Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), CHU Rouen, Normandie Université (NU), Laboratoire de Virologie [CHU Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Aaron Diamond AIDS Research Center [New York], Rockefeller University [New York], Vaccine Research Center [Betesda], National Institutes of Health, Bethesda, Department of Immunology and Microbial Sciences [La Jolla], The Scripps Research Institute, California Institute of Technology (CALTECH), Réponse humorale aux pathogènes, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Howard Hughes Medical Institute [New York], Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre national de référence du VIH INSERM U966, Université de Tours, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), National Institutes of Health [Bethesda] (NIH), The Scripps Research Institute [La Jolla, San Diego], Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Tours (UT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, and Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU)

Véronique Lemée, Adeline Baron, Elodie Alessandri-Gradt, Thomas Mourez, Marie Gueudin, Jean-Christophe Plantier, Manuel Etienne, Laboratoire de virologie [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène-Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, and Service des maladies infectieuses et tropicales [Rouen]

Hélène Le Guillou-Guillemette, Agnès Depatureaux, Thomas Mourez, Guillemette Unal, Elodie Alessandri-Gradt, Laurence Meyer, Jean-Christophe Plantier, Jean-Marie Chennebault, Marie Leoz, Laboratoire de virologie [Rouen], Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène-Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), CRSN/Faculté de médecine Université de Montréal, Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)

Thomas Mourez, Jean-Christophe Plantier, Véronique Lemée, Constance Delaugerre, François Simon, Muriel Vray, Laboratoire de virologie [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Laboratoire de Virologie [CHU Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène-Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Université de Caen Normandie (UNICAEN), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Hôpital Charles Nicolle [Rouen], and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen

Didier K Ekouévi, Véronique Avettand-Fènoël, Boris K Tchounga, Patrick A Coffie, Adrien Sawadogo, Daouda Minta, Albert Minga, Serge P Eholie, Jean-Christophe Plantier, Florence Damond, François Dabis, Christine Rouzioux, IeDEA West Africa collaboration, Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Lomé [Togo], Programme PAC-CI, ANRS France Recherche Nord & sud Sida-hiv hépatites, Infection à VIH, réservoirs, diversité génétique et résistance aux antirétroviraux (ARV) (EA 7327), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre Hospitalier Universitaire Souro Sanou [Bobo-Dioulasso] (CHUSS), Centre Hospitalier Universitaire du PointG [Bamako], Centre Hospitalier Universitaire de Treichville [Abidjan, Côte d'Ivoire] (CHU de Treichville), Laboratoire de virologie [Rouen], Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène-Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Service de Virologie [CHU Bichat], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)

Valérie Ngono, Laure Ngono, Jean-Christophe Plantier, Thomas Mourez, Fabienne De Oliveira, Paul Alain Ngoupo, Patrice Tchendjou, Veronique B Penlap, Richard Njouom, Anfumbom Kfutwah, Serge Alain Sadeuh-Mba, Centre Pasteur du Cameroun, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Laboratoire de virologie [Rouen], Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène-Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Laboratoire d'Epidémiologie et de Santé Publique, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Université de Yaoundé I, We thank the Agence Nationale de Recherche sur le SIDA et les Hépatites virales (ANRS) for financial support (ANRS No12256), and We thank the technical staff of Centre Pasteur of Cameroon and Rouen University Hospital. We particularly thank Marie Leoz for its helpful comments.

François Caron, Stephane Bord, Jeremie Leporrier, Gilles Peytavin, Claire Chapuzet, Jean-Christophe Plantier, Manuel Etienne, Thomas Mourez, Françoise Borsa-Lebas, Service des maladies infectieuses et tropicales [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord, Laboratoire de virologie [Rouen], and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène-Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen

Evelyne Schvoerer, Elisabeth André-Garnier, Joël Gozlan, Etienne Brochot, Sylvie Larrat, Sébastien Hantz, Catherine Gaudy-Graffin, Hélène Le Guillou-Guillemette, Nelly Magnat, Vincent Mackiewicz, Syria Laperche, Jean-Christophe Plantier, Philippe Colson, Françoise Lunel-Fabiani, Patrick Soussan, Gisèle Lagathu, Christopher Payan, Jacques Izopet, Sylvain Rosec, S. Gouriou, Anne-Marie Roque-Afonso, Patrice Morand, Caroline Scholtes, Adeline Pivert, Sophie Vallet, Florence Legrand-Abravanel, Vincent Thibault, Sarah Maylin, Audrey Mirand, Stéphane Chevaliez, Jean-Michel Pawlotsky, Charlotte Charpentier, Valérie Giordanengo, Cécile Henquell, Françoise Bouchardeau, Lina Aguilera, Pascale Trimoulet, Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Laboratoire de virologie moléculaire et structurale (LVMS), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence Virus des hépatites B, C et Delta, Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Laboratoire de virologie, Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire (IPMC), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Virologie [Rennes] = Virology [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Service de virologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire de Virologie, CHU Strasbourg, Virus, pseudo-virus: Morphogénèse et Antigénicité, Université de Tours-EA3856, CHU Bordeaux [Bordeaux], Laboratoire de Virologie [CHU Amiens], CHU Amiens-Picardie, Unité de Virologie clinique et fondamentale (UVCF), CHU Amiens-Picardie-Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Service de Bactériologie, Virologie, Hygiène [CHU Limoges], CHU Limoges, Services des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint-Antoine], CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse, Carcinogenèse Hépatique et Virologie Moléculaire, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de virologie [Rouen], Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène-Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Investigation Clinique (CIC - Brest), Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Virologie [Purpan], CHU Toulouse [Toulouse]-Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Université de Tours (UT)-EA3856, Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-IFR10, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de virologie, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes], Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université, Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université-Sorbonne Université, Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Hôpital Charles Nicolle [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Virologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], and Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)

Juliette Foucher, Ghassan Riachi, Sophie Vallet, Julien Guglielmini, Hélène Le Guillou-Guillemette, Arielle R. Rosenberg, Sophie Alain, Jacques Izopet, Evelyne Schvoerer, Véronique Loustaud-Ratti, Cécile Henquell, Hélène Peigue-Lafeuille, Philippe Podevin, Henri Coppere, Armand Abergel, Vincent Thibault, Dominique Roulot, Syria Laperche, Elisabeth André, Jean-Luc Bailly, Jean-Christophe Plantier, Sophie Metivier, Catherine Gaudy, Rafael Juan Pérez-Serra, Olivier Garraud, Jannick Verbeeck, Marc Van Ranst, Jérôme Gournay, Cyrille Feray, Antoine Mahul, Isabelle Fouchard-Hubert, Florence Legrand-Abravanel, Gilles Bommelaer, Audrey Mirand, Pascale Trimoulet, Henia Saoudin, Jean-Baptiste Nousbaum, Hélène Odent-Malaure, Yazid Baazia, Pascal Lebray, Louis d’Alteroche, Samir Gourari, François Habersetzer, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique et Physiologie bactériennes [Gosselies], Université libre de Bruxelles (ULB), Laboratory of Clinical Virology, Rega Institute for Medical Research, Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'optimisation des Systèmes (LIMOS), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pontchaillou [Rennes], CHU Paris, Centre National de Référence Virus des hépatites B, C et Delta, Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Bordeaux [Bordeaux], Hémodynamique, Interaction Fibrose et Invasivité tumorales Hépatiques (HIFIH), Université d'Angers (UA), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Service de Gastro-entérologie - Hépatologie [Purpan], CHU Toulouse [Toulouse], Service de bactériologie-virologie [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau, CHU Trousseau [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Service de Virologie [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Laboratoire de Biologie Cellulaire, UPRES 1833, CHU Rouen, Normandie Université (NU), Service d'Hépato-Gastroentérologie [CHU Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Groupe Immunité des Muqueuses et Agents Pathogènes (GIMAP), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), Institute of Computer Science - University of Augsburg (ICS), Universität Augsburg [Augsburg], Service d'hépato-gastro-entérologie, Hôpital Hôtel-Dieu [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Service de gastroenterologie, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Service de bactériologie-Virologie-Hygiène [Avicenne], Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Université de Limoges (UNILIM), Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (RESINFIT), CHU Limoges-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM), Laboratoire de Virologie, CHU Strasbourg, Interactions Virus-Hôte et Maladies Hépatiques, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Virologie, Epidémiologie et pathogénie des infections à entérovirus (EPIE), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Etablissement Français du Sang (EFS), EFS, VIROLOGIE, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratory of Clinical and Epidemiological Virology, Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)-Rega Institute for medical research, Service d'Hépatogastroentérologie, Hôpital Saint Eloi (CHRU Montpellier), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], Hôpital Bretonneau-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-IFR10, CHU Saint-Eloi, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne (ENSM ST-ETIENNE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pôle Maladies de l'appareil digestif [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Hôpital Charles Nicolle [Rouen], Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen, Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM), Laboratoire Virologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Hôpital Hôtel-Dieu [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris 13 (UP13)-Hôpital Avicenne [AP-HP], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-CHU Limoges, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement - Clermont Auvergne (LMGE), Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Sigma CLERMONT (Sigma CLERMONT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne, Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP], Service d'Hépato-Gastroentérologie [Rouen], Hôpital Hôtel-Dieu [Paris]-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Avicenne, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Jean Verdier [Bondy], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)

Françoise Lunel, Vincent Thibault, Jacques Izopet, François Tosetti, Sophie Alain, Catherine Gaudy, Paul Dény, Bruno Pozzetto, Gilles Duverlie, Syria Laperche, Jean-Christophe Plantier, Jean-Jacques Lefrère, Jean-Michel Pawlotsky, Biologie moléculaire et cellulaire des microorganismes (EA3175), Université de Limoges (UNILIM)-Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST FR CNRS 3503)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université de Limoges (UNILIM)

Sylvie van der Werf, Caroline Demeret, Bernadette Crescenzo-Chaigne, Lila Bouadma, Jade Ghosn, Vincent Enouf, Sarah Tubiana, Stéphane Petres, Marie Noelle Ungeheuer, Sylvie Behillil, Nicolas Escriou, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Institut Pasteur [Paris], Plateforme de Microbiologie Mutualisée (PIBnet) - Mutualized Platform for Microbiology (P2M), Laboratoire d’innovation : vaccins – Innovation lab : vaccines, Plateforme technologique Production et purification de protéines recombinantes – Production and Purification of Recombinant Proteins Technological Platform (PPR), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Investigation Clinique et d’Accès aux Ressources Biologiques (Plate-forme) - Clinical Investigation and Access to BioResources (ICAReB), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC)-Université Sorbonne Paris Nord, Services de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bichat], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre d'Investigations Cliniques [CHU Bichat] (CIC plurithématique), This work was supported by the « URGENCE COVID-19 » fundraising campaign of Institut Pasteur, by REACTING (Research & Action Emerging Infectious Diseases) and by the H2020 project 101003589 (RECOVER). The French Covid Cohort is funded through the Ministry of Health and Social Affairs (PHRC n°20-0424) and Ministry of Higher Education and Research dedicated COVID19 fund., List of the membership of the French COVID cohort study group : Mélanie RORIZ, Patrick RISPAL, Sarah REDL (CHG d'Agen), Laurent LEFEBVRE, Pascal GRANIER, Laurence MAULIN (CH du Pays d'Aix, Aix en Provence), Cédric JOSEPH, Julien MOYET, Sylvie LION-DAOLIO (CHU Amiens Nord), Rafael MAHIEU, Alexandra DU-CANCELLE, Vincent DUBEE (CHU d'Angers), Stéphane SALLA-BERRY, Aldric MANUEL, Gabriel MACHEDA, Mylène MAILLET, Bruno CHANZY (CH d'Annecy Genevois), Jean-Charles GAGNARD (Hôpital privé d'Antony), Guillermo GIORDANO, Clara MOUTON PERROT, Vincent PESTRE (CH Henri Duffaut, Avignon), Cécile FICKO, Marie GOMINET, Aurore BOUSQUET (Hôpital d'instruction des armées Begin), Charline VAUCHY, Kévin BOUILLER, Maïder PAGADOY, Solène MARTY-QUINTERNET, Quentin LEPILLER (CHU Jean Minjoz, Besançon), Cyril LE BRIS, Benoit THILL, Marie-Laure CASANOVA, Georges LE FALHER, Eric OZIOL (CH de Béziers), Hugues CORDEL, Nathalie DOURNON, Olivier BOUCHAUD, Ségolène BRICHLER (Hôpital Avicenne, Bobigny), Duc NGUYEN, Pantxika BELLECAVE, Camille CICCONE, Marie-Edith LAFON (CHU Pellegrin, Bordeaux), Ségolène GREFFE (CHU Ambroise Paré, Boulogne Billancourt), Camille BOUISSE, Nicholas SEDILLOT, Damien BOUHOUR (CH Fleyriat, Bourg en Bresse), Camille CHASSIN (CH Pierre Oudot, Bourgoin-Jallieu), Erwan L'HER, Séverine ANSART, Cécile TROMEUR, Dewi GUELLEC (CHRU de Brest), Antoine MERCKX (CH de Cahors), Felix DJOSSOU (CH Andrée Rosemon, Cayenne), Vincent PEIGNE, Carola PIEROBON, Marie-Christine CARRET, Florence JEGO, Margaux ISNARD (CHMS Chambéry NH), Johann AUCHABIE, Roxane COURTOIS (CH de Cholet), Olivier LESENS (CHU Gabriel Montpied, Clermont-Ferrand), Martin MARTINOT (Hôpital Pasteur, Colmar), Olivier PICONE (Hôpital Louis Mourier, Colombes), Marie LACOSTE (CH Alpes Leman Contamine sur Arve), Brigitte ELHAR-RAR, Valérie GARRAIT, Isabelle DELACROIX, Thomas MAITRE, Jean Baptiste ASSIE (Centre Hospitalier Intercommunal de Créteil), Elsa NYAMANKOLLY (CH de Dax), François Xavier CATHERINE, Ma-thieu BLOT, Sophie MAHY, Marielle BUISSON, Lionel PIROTH, Florence GUILLOTIN, Alexis DE ROUGEMONT (CHU de Dijon Bourgogne), Valentine CAMPANA, Jérémie PASQUIER, André CABIE (CHU de Martinique, Fort de France), Simon BESSIS (Hôpital Raymond Poincaré, Garches), Olivier EPAULARD, Nicolas TERZI, Jean-François PAYEN, Laurence BOUILLET, Rebecca HAMIDFAR, Marion Le MARECHAL (CHU de Grenoble), Moïse MACHADO, Audrey BARRELET, Alexandra BEDOSSA (Grand Hôpital de l'Est Francilien site Marne-la-Vallée, Jossigny), Gwenhaël COLIN, Romain DECOURS, Thomas GUIMARD (CHD Les Oudairies, La Roche Sur Yon), Cécile GOUJARD, Stéphane JAUREGUIBERRY, Antoine CHERET (Hôpital Universitaire Bicêtre, Le Kremlin-Bicêtre), Anne Sophie RESSEGUIER (CH Emile Roux, Le Puy en Velay), Julien POISSY, Daniel MATHIEU, Saad NSEIR, Ilka ENGELMANN, Martine REMY (CHRU de Lille, Hôpital Salengro), Fanny VUOTTO, Benoit GACHET, Karine FAURE, Marielle BOYER-BESSEYRE, Kazali Enagnon (CHRU de Lille, Hôpital Fourrier), Marc LAMBERT, Arnaud SCHERPEREEL, Dominique DEPLANQUE, Stéphanie FRY, Cécile YELNIK (CHRU de Lille, Hôpital Albert Calmette), Laurent BITKER, Mehdi MEZIDI, Hodane YONIS, Nicolas BENECH, Thomas PERPOINT, Anne CONRAD, Vinca ICARD, Martine VALETTE (Hôpital de la Croix Rousse, Lyon), Simon-Djamel THIBERVILLE (Hôpital Louis Raffalli, Manosque), Stanislas REBAUDET (Hôpital Européen de Marseille), Bertrand DUSSOL (Hôpital Conception, Marseille), Sylvain DIAMANTIS, Catherine CHAKVEATZE, Clara FLATEAU (Groupe Hospitalier Sud Ile De France, hôpital de Melun), Vincent DINOT, Rostane GACI, Nadia OUAMARA (Hôpital de Mercy, CHR Metz-Thionville, Ars laquenexy), Hajnal-Gabriela ILLES, Louis GER-BAUD MORLAES, Jérôme DIMET (CH de Mont Marsan), Vincent LE MOING, Nathalie PANSU, Clément LE BIHAN, Brigitte MONTES (CHU de Montpellier), Anne Sophie BOUREAU, Clotilde ALLAVENA, Sabelline BOUCHEZ, Romain GUERY, Paul LE TURNIER, Cécile MEAR-PASSARD, Virginie FERRE (CHU de Nantes), Christophe RAPP (Hôpital Américain de Paris, Neuilly sur Seine), Elisa DE-MONCHY, Céline MICHELANGELLI, Karine RISSO (CHU de Nice), Paul LOUBET, Jean-Phillippe LAVIGNE (CHU Caremeau, Nîmes), Etienne DE MONTMOLLIN, Juliette PATRIER, Paul Henri WICKY, Lucie LE FEVRE, Pierre JACQUET, Raphael BORIE, Antoine DOSSIER, Dominique LUTON, Valentina ISERNIA, Sylvie LE GAC (Hôpital Bichat, Paris), Cécile AZOULAY, Nicolas CARLIER, Liem LUONG, Marie LACHATRE, Odile LAUNAY (Hôpital Cochin, Paris), Younes KERROUMI, Vanina MEYSSONNIER (Groupe Hospitalier Diaconesses Croix Saint-Simon, Paris), Jean-Luc DIEHL, Jean-Sébastien HULOT, Bernard CHOLLEY, Jean-Benoît ARLET, Olivier SANCHEZ (Hôpital Européen Georges Pompidou, Paris), Victoria MANDA, Laurène AZEMAR, Guylaine CASTOR-ALEXANDRE (Hôpital Lariboisière, Paris), Karine LACOMBE, Thibault CHIARABINI, Bénédicte LEFEBVRE, Laurence MORAND-JOUBERT, Djeneba FOFANA, Aurélie SCHNURIGER (Hôpital Saint Antoine, Paris), Nathalie DE CASTRO, Constance DELAUGERRE, Marie-Laure CHAIX (Hôpital Saint Louis, Paris), Julie CHAS (Hôpital Tenon, Paris), Valérie GABORIEAU, Eve LE COUSTUMIER, Walter PICARD (CH de Pau), Jean-Benoît ZABBE, Florent PEELMAN, Edouard SOUM (CH de Périgueux), Hugues AUMAÎTRE (CH de Perpignan), Elodie CURLIER, Rachida OUISSA, Isabelle FABRE (CHU de Pointe à Pitre, Guadeloupe), Blandine RAMMAERT (CHU de Poitiers), Nadia SAIDANI (CH Quimper), Firouzé BANI-SADR, Maxime HENTZIEN, Yohan N 'GUYEN, Juliette ROMARU, Kévin DIDIER (CHU Reims), Isabelle ENDERLE, Vincent THIBAULT, Fabrice LAINE, Matthieu LESOU-HAITIER, Matthieu REVEST, Pierre TATTEVIN (CHU Rennes), Jean-Christophe PLANTIER, Manuel ETIENNE, Véronique LEMEE, Eglantine FERRAND DEVOUGE, Kévin ALEXANDRE, Elise ARTAUD-MACCARI (CHU Rouen), Nathalie ALLOU, Marie LAGRANGE, Julien JABOT (CH Saint Denis et Saint Pierre, La réunion), Benoît ROZE, Delphine BREGEAUD, Younes AIT TAMLIHAT (CH Saintes), Ali HACHEMI (CH Soisson), Hélène SALVATOR, Erwan FOURN, David ZUCMAN (Hôpital Foch, Suresnes), Eric DELAVEUVE, Coline JAUD-FISCHER, Paul DUNAND (Hôpital Bel Air, Thionville), François BISSUEL (CH Thonon les Bains), Karen DELAVIGNE, Marie PIEL-JULIAN, Pierre DELOBEL, Benjamine SARTON, Marie RAFIQ, Guillaume MARTIN-BLONDEL, Laurent GUILLEMINAULT, Marlène MURRIS, Agnès SOMMET (CHU de Toulouse), Eric SENNEVILLE, Olivier ROBINEAU, Agnès MEYBECK (CH Tourcoing), Denis GAROT, Laurent PLANTIER, Valérie GISSOT, Julien MARLET, Karl STEFIC, Catherine GAUDY-GRAFFIN, Francis BARIN, Adrien LEMAIGNEN (CHU Bretonneau, Tours), Grégory CORVAISIER, Delphine LARIVIERE, Marie LANGELOT-RICHARD (CH Vannes), Elisabeth BOTELHO-NEVERS , Amandine GAGNEUX-BRUNON, Tiffany TROUILLON, Thomas BOURLET, Thomas BOURLET, Sylvie PILLET, Bruno POZZETTO (CHU de St Etienne), Antoine KIMMOUM, Bruno LEVY, Mathieu MATTEI, François GOEHRINGER, Christian RABAUD, Sibylle BEVILACQUA, Benjamin LEFEVRE, Anne GUILLAUMOT, Véronique VENARD, Hélène JEULIN, Evelyne SCHVOERER, Cédric HARTARD (CHU de Nancy, Vandoeuvre les Nancy), Pauline CARAUX PAZ, Laurent RICHIER, Mohamed EL SANHARAWI (CH Villeneuve St Georges)., European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord

Moisan, Alice, Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Normandie Université, Jean-Christophe Plantier, Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and STAR, ABES

Unal, Guillemette, Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Université Paris Saclay (COmUE), Laurence Meyer, and Jean-Christophe Plantier

Alessandri, Elodie, Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Normandie Université, and Jean-Christophe Plantier

Unal, Guillemette, STAR, ABES, Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Saclay (COmUE), Laurence Meyer, and Jean-Christophe Plantier

Alessandri, Elodie, STAR, ABES, Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Normandie Université, and Jean-Christophe Plantier