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International audience; Introduction et but de l’étudeL’hypermétabolisme (HM) est défini par une variation (Δ) > + 10 % entre la dépense énergétique de repos mesurée (DERm) et calculée. L’objectif principal de l’étude était de confirmer l’existence de l’HM lors de la SLA par rapport à des témoins sains. Les objectifs secondaires étaient de préciser s’il existait une augmentation de DER chez les patients en l’absence d’HM, et quel était le niveau de ΔDER par rapport aux témoins.Matériel et méthodesLes patients et les témoins avaient des mesures de la DER par calorimétrie indirecte (DERm), de la DER par la formule d’Harris et Benedict de 1919 et de la masse maigre [MM] par impédancemétrie. L’analyse statistique utilisait les tests t de Student, de Mann–Withney et du Chi2. L’analyse multivariée comportait une régression logistique, et des modèles linéaires généralisés.Résultats et analyse statistiqueTrois-cent-quinze patients et 80 témoins étaient comparés. Un HM était retrouvé chez 55,2 % des patients SLA versus 13,7 % chez les témoins (p < 0,0001). L’HM était fortement et positivement associé à la présence d’une SLA (Odds Ratio ajusté = 9,50 [4,49–20,10], p < 0,0001). Le DERm médiane était plus élevée chez les patients SLA à 1503 kcal/j [1290–1696] vs 1220 kcal/j [938–1450] chez les témoins (p < 0,0001), même en l’absence d’HM (1339 kcal/j [1154–1543] vs 1200 kcal/j [1005–1461], p < 0,0001). La ΔDER et le rapport DERm/MM étaient plus élevés chez les patients avec ou sans HM par rapport aux témoins (p < 0,0001). En l’absence d’HM, l’effet du groupe sur la ΔDER ne concernait que les sujets de plus de 67 ans (βajusté > 0 et p < 0,05) et l’élévation du ratio DERm/MM n’intéressait que les hommes (différence de moyenne du rapport DERm/MM entre SLA et témoins à 1,99 kcal/kg/j [0,22–3,75] ; p = 0,027).ConclusionL’HM concerne plus d’un patient sur deux et est fortement associé à la SLA. Après ajustement en modèle multivarié, ce travail confirme une très fréquente altération métabolique lors de cette maladie et ce même en l’absence d’HM. Des études métaboliques plus approfondies sont nécessaires pour étudier ces perturbations au cours de la SLA.

This article presents a numerical analysis of the instability developing in horizontal plane Poiseuille flow, when stratification extends along the direction orthogonal to the plane of shear. Our study builds up on the previous work that originally detected the linear instability of such configuration, by means of experiments, theoretical analysis and numerical simulations (Le Gal et al. 2021). We extend hereafter this former investigation beyond linear theory, investigating nonlinear regimes with direct numerical simulations. We notice a tendency for the flow to lose its vertical homogeneity through a point of secondary bifurcation, due to harmonic resonances, and further describe this symmetrybreaking mechanism in the vicinity of the instability threshold. When departing away from this limit, we observe a series of bursting events that break down the flow into disordered motions driven by localized shear instabilities. This intermittent dynamics leads to the coexistence of localized layers of stratified turbulence surrounded by quiescent regions of meandering waves.

Infertility represents a growing burden worldwide, with one in seven couples presenting difficulties conceiving. Among these, 10–15% of the men have idiopathic infertility that does not correlate with any defect in the classical sperm parameters measured. In the present study, we used a mouse model to investigate the effects of maternal undernutrition on fertility in male progeny. Our results indicate that mothers fed on a low-protein diet during gestation and lactation produce male offspring with normal sperm morphology, concentration, and motility but exhibiting an overall decrease of fertility when they reach adulthood. Particularly, in contrast to control, sperm from these offspring show a remarkable lower capacity to fertilize oocytes when copulation occurs early in the estrus cycle relative to ovulation, due to an altered sperm capacitation. Our data demonstrate for the first time that maternal nutritional stress can have long-term consequences on the reproductive health of male progeny by affecting sperm physiology, especially capacitation, with no observable impact on spermatogenesis and classical quantitative and qualitative sperm parameters. Moreover, our experimental model could be of major interest to study, explain, and ultimately treat certain categories of infertilities.

Infertility represents a growing burden worldwide, with one in seven couples presenting difficulties conceiving. Amongst these, 10-15% of the men have idiopathic infertility that does not correlate with any defect in the classical sperm parameters measured. In the present study, we used a mouse model to investigate the effects of maternal undernutrition on fertility in male progeny. Our results indicate that mothers fed on a low protein diet during gestation and lactation produce male offspring with normal sperm morphology, concentration and motility but exhibiting an overall decrease of fertility when they reach adulthood. Particularly, sperm from these offspring show a remarkable lower capacity to fertilize oocytes when copulation occurs early in the estrus cycle relative to ovulation, due to an altered sperm capacitation.Our data demonstrate for the first time that maternal nutritional stress can have long-term consequences on the reproductive health of male progeny by affecting sperm physiology, especially capacitation, with no observable impact on spermatogenesis and classical quantitative and qualitative sperm parameters. Moreover, our experimental model could be of major interest to study, explain, and ultimately treat certain categories of infertilities.

Background and Aims Determining within-species large-scale variation in phenotypic traits is central to elucidate the drivers of species’ ranges. Intraspecific comparisons offer the opportunity to understand how trade-offs and biogeographical history constrain adaptation to contrasted environmental conditions. Here we test whether functional traits, ecological strategies from the CSR scheme and phenotypic plasticity in response to abiotic stress vary along a latitudinal or a center- margins gradient within the native range of Arabidopsis thaliana. Methods We experimentally examined the phenotypic outcomes of plant adaptation at the center and margins of its geographic range using 30 accessions from southern, central and northern Europe. We characterized the variation of traits related to stress tolerance, resource use, colonization ability, CSR strategy scores, survival and fecundity in response to high temperature (34 °C) or frost (- 6 °C), combined with a water deficit treatment. Key Results We found evidence for both a latitudinal and a center-margins differentiation for the traits under scrutiny. Age at maturity, leaf dry matter content, specific leaf area and leaf nitrogen content varied along a latitudinal gradient. Northern accessions presented a greater survival to stress than central and southern accessions. Leaf area, C-scores, R-scores and fruit number followed a center-margins differentiation. Central accessions displayed a higher phenotypic plasticity than northern and southern accessions for most studied traits. Conclusions Traits related to an acquisitive/conservative resource-use trade-off followed a latitudinal gradient. Traits associated with a competition/colonization trade-off differentiated along the historic colonization of the distribution range and then followed a center-margins differentiation. Our findings pinpoint the need to consider the joint effect of evolutionary history and environmental factors when examining phenotypic variation across the distribution range of a species.

This doctoral research in geography is geared towards terrorial development and starts from the observation of a transition of the traditional way of life of « hunter-gatherers » subjected to growing demographic pressure which disrupts ecosystems towards contemporary, more ecological and sustainable practices. The study insists on the valuation of « non-timber forest products » (NTFPs), spontaneous products of plant and animal origin (other than timber), resulting from the traditional harvesting carried out by rural gatherers in the region, huge forest ecoregion of Central Africa. These products, which are culturally shared among the peoples of region, feed into intense and varied forms of consumption, making them a « safety net » for many poor rural and urban households. They therefore constitute an undeniable source of food, treatment for tropical diseases, energy, construction and income, and even job creation, involving 80 % of women in the essentially informal commercial sectors. NWFPs are gradually appearing today as a territorial resource and are posed as an alternative to end the crisis or to end local endemic disease. The main hypothesis of the research therefore considers that « the valuation of NWFPs from Central Africa could contribute to territorial developpement », a hypothesis verified in particular from the case study of two priority products (honey and Gnetum spp.) in the province of Uíge (northen Angola) and supported by documentary research which made it possible to carry out a preliminary overview of the situation of these products in Angola, Cameroon, Congo, Gabon and the Democratic Republic of the Congo.In this geography thesis, it was a question of understanding the modes of access to NTFPs resources by rural communities, the socio-economic and environmental impact of these in the face of continuous demographic and urban growth, associated with a strong demand and strong pressure on natural environments due to the paradigm shift that we observe, from products that have long fallen from simple village subsistence to go towards specialties gradually inserted into the market, all leaging to exit from the « local » to go to the « global ». This new dynamic is expressed by the development of regional trade associated with regional integration (establishment of supraregional trade zones) and exports to Europe. This form of reconsideration of NTFPs opens the way to prospects for territorial development, subject, however, to the question of sustainability due to intense exploitation, together with other forms of logging which further depletes these products and disrupts ecosystems (timber exploitation, mining, slash-and-burn agriculture, etc.), as is the case with Gnetum spp. (a forest vegetable highly prized in the region) which is experiencing significant forest loss. The convergence plan of the Central African Forests Commission (COMIFAC) aims here for a more sustainable management and development of forest resources, in particular NTFPs, which must also integrate the formal economic policies of the countries of the region for a possible territorial development. The domestication of the species most coveted by rural gatherers and the modernization of local traditional harvesting know-how are all strategies targeted by this study for the sustainable management of resources providing NTFPs. The beekeeping experience of action reseach aimed at popularizing beekeeping in the province of Uíge, to the detriment of honey hunting, which is not very ecological (use of fire to decimate bees at the time of sampling), is an example concrete for the protection of biodiversity and the environment. The involvement of politicians and rural people in the sustainable management of the forests (common heritage) of Central Africa, will then limit the strengthening of food insecurity and poverty of present and future generations. The same is true for the sustainable development of forest resources and the fight [...]; Cette recherche doctorale en géographie est tournée vers le développement territorial et part du constat d’une transition du mode de vie traditionnel des « chasseurs-cueilleurs » soumis à une pression démographique croissante qui perturbe les écosystèmes vers des pratiques contemporaines, davantage écologiques et durables. L’étude insiste sur la valorisation des « produits forestiers non ligneux » (PFNL), des produits spontanés d’origine végétale et animale (autres que le bois d’œuvre), issus du prélèvement traditionnel effectué par les ruraux-cueilleurs dans l’immense écorégion forestière de l’Afrique centrale. Ces produits culturellement partagés entre les peuples de la région et alimentant des formes de consommation intense et variée faisant d’eux un « filet de sauvetage » pour bien des ménages ruraux et urbains démunis. Ils constituent, de ce fait, une source indéniable d’alimentation, de traitement contre les maladies tropicales, d’énergie, de construction et de revenu, voire de création d’emplois impliquant 80 % des femmes dans les filières commerciales essentiellement informelles. Les PFNL apparaissent progressivement aujourd’hui comme une ressource territoriale et se posent comme une alternative de sortie de crise ou de sortie du mal développement endémique local. L’hypothèse principale de la recherche considère donc que « la valorisation des PFNL d’Afrique centrale pourrait contribuer au développement territorial », hypothèse vérifiée notamment à partir de l’étude de cas de deux produits prioritaires (le miel et Gnetum spp.) dans la province d’Uíge (nord de l’Angola) et appuyée par une recherche documentaire ayant permis de réaliser au préalable un état des lieux global de la situation de ces produits en Angola, au Cameroun, au Congo, au Gabon et en République Démocratique du Congo. Il a été question dans cette thèse de géographie de comprendre les modes d’accès à la ressource des PFNL par les communautés rurales, l’impact socio-économique et environnemental de ceux-ci face à une croissance démographique et urbaine continue, corrélée à une forte demande et à une forte pression sur les milieux naturels due au changement de paradigme que l’on observe, depuis des produits ayant longtemps relevé de la simple subsistance villageoise pour aller vers des spécialités progressivement insérées dans le marché, le tout conduisant à sortir du « local » pour aller vers le « global ». Cette nouvelle dynamique s’exprime par le développement des échanges régionaux associés à l’intégration régionale (mise en place de zones commerciales suprarégionales) et à l’exportation vers l’Europe. Cette forme de reconsidération des PFNL ouvre la voie à des perspectives de développement territorial, soumis cependant à la question de durabilité à cause d’une intense exploitation, de concert avec d’autres formes d’exploitation forestière appauvrissant davantage ces produits et perturbant les écosystèmes (exploitation du bois d’œuvre, minière, agriculture sur brulis…), comme c’est le cas du Gnetum spp. (légume forestier très prisé dans la région) qui connaît un fort recul forestier. Le plan de convergence de la Commission des Forets d’Afrique Centrale (COMIFAC) vise ici une gestion et une valorisation plus durable des ressources forestières, notamment des PFNL, qui doivent aussi intégrer les politiques économiques formelles des pays de la région pour un possible développement territorial. La domestication des espèces les plus convoitées par les ruraux-cueilleurs et la modernisation des savoir-faire locaux de prélèvement traditionnel, sont autant de stratégies ciblées par cette étude pour une gestion durable des ressources fournissant les PFNL. L’expérience apicole de recherche-action visant à vulgariser l’apiculture dans la province d’Uíge, au détriment de la chasse au miel, bien peu écologique (usage du feu pour décimer les abeilles au moment de prélèvement), en est un exemple concret pour la protection de la biodiversité et de [...]

Aquaporins (AQPs) are transmembrane proteins involved in water and other small polar solutes transport. Because of their essential role in cells homeostasis, they are conserved in all branches of life and constitute a wide and ancient protein family. The diversity of these water channels is striking in plants where it is common to find dozens of AQPs homologues in there genome. Despite a good understanding of the molecular mechanisms underlying AQPs functions and regulations, the conservation and the expression of that many genes in some species still rise questions. This diversity is well illustrated in poplar, the woody “plant model” species studied in our team, experiencing drought. In the leaves of trees undergoing severe water deficiency, 10 AQP homologues, which according to our current knowledge are supposed to function in the same way, are differentially expressed at a given time point. Moreover, half of them are up-regulated while the other half are down-regulated. In order to link this genetic diversity to a functional diversity, we studied water transport across AQPs at the atomic resolution through molecular simulations, focusing on this particular biological context of poplar leaves undergoing water deficiency. Starting from the available crystallographic structures resolved from human, bacteria and plants, we managed to : (i) highlight a new functional diversity in strict AQPs, (ii) propose a correction constant for the osmotic permeability coefficient (pf), a commonly used AQPs permeability indicator, (iii) propose the underlying molecular mechanism, (iv) contextualize this mechanism with poplar genetic diversity during drought and (v) extend the concept to the whole AQP family. Conjointly, preliminary results obtained regarding a plant AQP gating mechanism previously described as well as the study of Trichoderma spp. AQPs allowed us to : (i) open new research opportunities and (ii) unify our team’s prior works to propose an AQP functional archetype.; Les Aquaporines (AQPs) constituent une famille de protéines transmembranaires impliquées dans le transport de l’eau et d’autres petites molécules polaires. Essentielles au maintien des équilibres chimiques des cellules, elles sont conservées dans tous les embranchements du vivant et forment une famille ancienne, étendue et diverse. Cette diversité est particulièrement frappante chez les plantes qui arborent souvent plusieurs dizaines d’homologues d’AQPs dans leur génome. Malgré une base de connaissances solides sur les mécanismes moléculaires du fonctionnement et des régulations des AQPs, la conservation et l’expression d’un certain nombre de gènes de ces homologues témoignent d’une diversité fonctionnelle encore incomprise à ce jour. Chez le peuplier, plante “modèle” et sujet d’étude central de nos recherches, cette énigme s’illustre très clairement en contexte de sécheresse. Dans les feuilles en carence hydrique sévère, les gènes d’une dizaine d’homologues d’AQPs strictes qui sur la base des connaissances actuelles fonctionnent et sont régulés de manière identique, sont différentiellement exprimés dans le même référentiel de temps. De plus, la moitié d’entre eux est sur-exprimée tandis que l’autre est sous-exprimée. C’est dans l’optique de relier cette diversité génétique à une diversité fonctionnelle que nous avons décidé d’étudier le mécanisme de transport de l’eau au travers des AQPs à l’échelle atomique par modélisation moléculaire en nous focalisant sur le cas d’étude des feuilles de peuplier en carence hydrique. En s’appuyant sur des structures cristallographiques d’AQPs humaine, bactérienne et végétales, cette étude nous a permis : (i) de mettre en lumière une diversité fonctionnelle nouvelle au sein des AQPs strictes, (ii) de proposer une correction du coefficient de perméabilité osmotique (pf), indicateur communément utilisé pour caractériser les AQPs, (iii) de proposer un mécanisme moléculaire de cette diversité, (iv) de contextualiser ce mécanisme dans la diversité génétique chez le peuplier en carence hydrique (v) d’étendre ce concept à l’ensemble de la famille AQP. De manière parallèle, des résultats préliminaires autour d’un autre mécanisme de régulation des AQPs végétales faisant intervenir une boucle intra-cellulaire ainsi que l’étude de la diversité de cette famille chez Trichoderma spp. nous a également permis : (i) d’ouvrir des pistes de recherche annexes et (ii) d’unifier les travaux de l’équipe pour proposer un archétype fonctionnel d’AQP.

International audience; Background - Although antiretroviral therapy (ART) has reduced the risk of Kaposi sarcoma (KS), KS cases still occur in HIV-infected people. Objective - To describe all KS cases observed between 2010 and 2015 in a country with high ART coverage. Methods - Retrospective study using longitudinal data from 44 642 patients in the French Dat'AIDS multicenter cohort. Patients' characteristics were described at KS diagnosis according to ART exposure and to HIV-plasma viral load (HIV-pVL) (≤50 or >50) copies/mL. Results - Among the 209 KS cases diagnosed during the study period, 33.2% occurred in ART naïve patients, 17.3% in ART-experienced patients and 49.5% in patients on ART, of whom 23% for more than 6 months. Among these patients, 24 (11.5%) had HIV-pVL ≤50 cp/mL, and 16 (66%) were treated with a boosted-PI-based regimen. The distribution of KS localization did not differ by ART status nor by year of diagnosis. Limitations - Data on human herpesvirus 8, treatment modalities for KS and response rate were not collected. Conclusion - Half of KS cases observed in the study period occurred in patients not on ART, reflecting the persistence of late HIV diagnosis. Factors associated with KS in patients on ART with HIV-pVL ≤50 cp/mL remain to be explored.

The interaction between carbon and flows within the plant is at the center of most growth and developmental processes. Understanding how these fluxes influence each other, and how they respond to heterogeneous environmental conditions, is important to answer diverse questions in forest, agriculture and environmental sciences. However, due to the high complexity of the plant-environment system, specific tools are needed to perform such quantitative analyses.Here we present CPlantBox, full plant modelling framework based on the root system model CRootBox. CPlantbox is capable of simulating the growth and development of a variety of plant architectures (root and shoot). In addition, the flexibility of CPlantBox enables its coupling with external modeling tools. Here, we connected it to an existing mechanistic model of water and carbon flows in the plant, PiafMunch.The usefulness of the CPlantBox modelling framework is exemplified in four case studies. Firstly, we illustrate the range of plant structures that can be simulated using CPlantBox. In the second example, we simulated diurnal carbon and water flows, which corroborates published experimental data. In the third case study, we simulated impacts of heterogeneous environment on carbon and water flows. Finally, we showed that our modelling framework can be used to fit phloem pressure and flow speed to (published) experimental data.The CPlantBox modelling framework is open-source, highly accessible and flexible. Its aim is to provide a quantitative framework for the understanding of plant-environment interaction.

PURPOSE The aim of this study was to describe the fundus autofluorescence patterns in acute ocular toxoplasmosis (OT) and to correlate these findings with other imaging. METHODS A retrospective multicenter case series of 27 eyes from 27 patients with acute onset of posterior OT was conducted. Multimodal imaging including fundus autofluorescence was performed at diagnosis and during follow-up. RESULTS All OT lesions were hypoautofluorescent on fundus autofluorescence imaging. Fourteen patients (51.8%) also had hyperautofluorescent spots around the active foci that disappeared after retinal photobleaching. Although these spots were not seen on early phase of indocyanine green angiography, they become hypofluorescent in the late phase without choriocapillaris flow impairment on optical coherence tomography angiography. On B-scan spectral domain optical coherence tomography, spots corresponded to outer retinal alterations in all cases. All hyperautofluorescent spots disappeared during follow-up as acute OT resolved. Younger patients and those with more posterior inflammatory symptoms (vasculitis and/or papillitis) were more frequent with the presence of hyperautofluorescent spots. CONCLUSION Ocular toxoplasmosis may trigger a transient outer retinal disruption in eyes with marked inflammatory symptoms of the younger patients.

International audience

IntroductionStress and obesity are two public health issues. The relationship between obesity and stress is biological through the actions of stress on the major hormones that regulate appetite (leptin and ghrelin). Many spa resorts in France specialise in the treatment of obesity, but no thermal spa currently proposes a specific programme to manage stress in obesity. The ObesiStress protocol has been designed to offer a new residential stress management programme. This thermal spa treatment of obesity implements stress management strategies as suggested by international recommendations.Methods and analysis140 overweight or obese participants with a Body Mass Index of >25 kg/m2 and aged over 18 years will be recruited. Participants will be randomised into two groups: a control group of usual practice (restrictive diet, physical activity and thermal spa treatment) and an intervention group with stress management in addition to the usual practice. In the present protocol, parameters will be measured on five occasions (at inclusion, at the beginning of the spa (day 0), at the end of the spa (day 21), and at 6 and 12 months). The study will assess the participants’ heart rate variability, cardiac remodelling and function, electrodermal activity, blood markers, anthropometric profile, body composition, psychology and quality of life via the use of questionnaires and bone parameters.Ethics and disseminationThe ObesiStress protocol complies with the ethics guidelines for Clinical Research and has been approved by the ethics committee (CPP Sud-Est VI, Clermont-Ferrand - ANSM: 2016-A01774-47). This study aimed to highlight the efficacy of a 21-day thermal spa residential programme of stress management in obesity through objective measurements of well-being and cardiovascular morbidity. Results will be disseminated during several research conferences and articles published in peer-reviewed journals.Trial registration numberNCT03578757.

Lung cancer is the main cause of death by cancer worldwide. Despite the variety of available treatments, including surgery, chemotherapy, radiotherapy, and immune therapy, the average 5-year survival is 60%. One of the underlying reasons is a very high variability in patients’ susceptibility to treatment, explained by genetic background and since recently – our microbiota. The term microbiota includes bacteria, archaea, fungi, viruses and protists that inhabit our organism. The studies in animal models show that the gut microbiota (focused on bacteria) has a crucial role in host’s responsiveness to therapy through the stimulation of immune system. In this light, several “communication axes” between the gut and distal tumour sites have started to develop, including the “gut-lung” axis. However, the resident microbiota in the lungs that could directly influence the tumour response and interact with the gut microbiota has been scarcely characterised. To enable further development of the idea of the “gut-lung-lung cancer” axis, we included 18 non-small cell lung cancer (NSCLC) patients eligible for surgery and analysed the microbiota from four different lung samples (non-malignant, peritumoural and tumour tissue and bronchoalveolar lavage fluid; BAL), saliva and faeces by high-throughput sequencing. We also analysed several immune markers, as lymphocytic tumour infiltrate, Th and neutrophil profiles and cytokines in BAL and blood, and inflammatory markers in faeces along with short-chain fatty acids. Focusing first on the lungs, we show that BAL microbiota represents a significantly distinct community compared to lung tissue microbiota by providing detailed characterisation of the four different lung samples. Since tumours in lower lobes are reported as the ones with the worse prognosis, we investigated how the lobe location affected the microbiota composition. Peritumoural tissue and BAL microbiota were identified as the most affected in both abundance and diversity, and tumour as the least affected. However, phylum Firmicutes, previously reported as elevated in chronic obstructive pulmonary disease compared to controls, was found more abundant in microbiota from lower lung lobes. Therefore, we propose that both increase in Firmicutes and extensive changes in peritumoural tissue could be associated to increased aggressiveness of the lower lobe tumours. Next, we show that the presence of metastatic lymph nodes (LN), negative prognostic marker in NSCLC, significantly influence the local tissue microbiota in relation to its respiratory profile. We reported that anaerobic bacteria were more abundant within the tumour in the presence of metastatic LN, and aerobic bacteria within the one without it. Moreover, exactly inverse was observed for the same bacteria in extratumoural tissues. Along with migratory hypothesis depending on the bacterial preference for growth conditions shaped by tumour’s features, we propose several biomarkers for detection of metastatic LN that might facilitate their detection without imposing LN biopsy. Finally, we showed that BAL microbiota is the most associated to the local immune response and independent of the presence of metastatic LN. Future research will focus on the exploration of the interaction between the lung microbiota, systemic immunity and the gut microbiota.; Le cancer du poumon est la principale cause de décès par cancer dans le monde. En dépit de la variété de traitements disponibles, tels que la chirurgie, la chimiothérapie, la radiothérapie et l’immunothérapie, la survie moyenne à 5 ans est de 60 %. L’une des raisons sous-jacente est une très grande variabilité de réponse au traitement, expliquée par les antécédents génétiques du patient et depuis peu par son microbiote. Le terme « microbiote » regroupe les bactéries, les archées, les champignons, les virus et les protistes qui colonisent notre organisme. Des études utilisant des modèles animaux montrent que le microbiote intestinal joue un rôle crucial dans la réponse de l’hôte au traitement, via la stimulation du système immunitaire. Dans ce contexte, plusieurs « axes de communication » entre le site intestinal et les sites tumoraux distaux commencent à émerger, y compris l’axe « intestin-poumon ». Cependant, le microbiote pulmonaire, qui pourrait directement influencer la réponse tumorale et interagir avec le microbiote intestinal, est pour l’heure peu caractérisé. Afin de développer cette idée d’un axe « intestin, poumon et cancer du poumon », nous avons inclus dans notre étude 18 patients atteints d’un cancer du poumon non à petites cellules (CBNPC) admissibles à la chirurgie. Nous avons analysé leurs microbiotes par séquençage à haut débit à partir de quatre échantillons différents de poumon (tissu sain, tissus péritumoral et tumoral et fluide de lavage broncho-alvéolaire LBA) mais également à partir d’échantillons de salive et de fèces. Nous avons également analysé plusieurs marqueurs immunitaires (infiltration lymphocytaire des tumeurs, profils Th et neutrophiles, cytokines dans le LBA et le sang), des marqueurs inflammatoires et enfin les acides gras à chaînes courtes dans les fèces. Une caractérisation détaillée de ces quatre types d’échantillons de poumons nous a permis de montrer que le microbiote du LBA présente une communauté nettement distincte de celle du tissu pulmonaire. Les tumeurs des lobes inférieurs prédisant le plus mauvais pronostic, nous avons décidé d’étudier le lien entre l’emplacement des tumeurs et la composition du microbiote. Les microbiotes du tissu péritumoral et du LBA ont été identifiés comme étant les plus impactés en terme d’abondance et de diversité ; la tumeur est quant à elle moins impactée. Cependant nous avons observé que le phylum des Firmicutes, décrit comme étant élevé dans les maladies pulmonaires obstructives chroniques, est plus abondant dans le microbiote des lobes inférieurs du poumon. Par conséquent, nous pouvons émettre l’hypothèse que l’augmentation des Firmicutes et les variations importantes du microbiote dans le tissu péritumoral pourraient être associés à une agressivité accrue des tumeurs du lobe inférieur. Nous avons ensuite démontré que la présence de ganglions lymphatiques (GL) métastatiques, marqueur d’un pronostic négatif dans le NSCLC, influence considérablement le microbiote local de par le profil respiratoire du tissu. Nous avons en effet observé que les bactéries anaérobies étaient plus abondantes dans les tumeurs en présence de LN métastatiques. Les bactéries aérobies sont quant à elles plus représentées dans les tumeurs sans GL métastatiques. Nous avons cependant observé la situation inverse dans les tissus extratumoraux. L’hypothèse avancée est celle d’une migration bactérienne en fonction des préférences de conditions de croissance, directement liées aux caractéristiques de la tumeur. Ceci nous permet de proposer plusieurs biomarqueurs pour la détection de GL métastatique, facilitant ainsi leur détection sans imposer de biopsie. Enfin, nous montrons que le microbiote du LBA est d’avantage associé à la réponse immunitaire locale et est indépendant de la présence de GL métastatique. Les recherches à venir porteront sur l’exploration de l’interaction entre le microbiote pulmonaire, l’immunité systémique et le microbiote intestinal.

L’Inra, en partenariat avec l’université Paris-XIII (Université Sorbonne Paris Nord), l’Inserm, le Cnam et Grenoble INP, a contribué à développer un étiquetage nutritionnel à cinq couleurs, le Nutri-Score, dont l’objectif est d’inciter les Français à limiter leur consommation de produits riches en gras, en sel, en sucre et en calories, pour lutter contre la progression de l’obésité et des maladies chroniques. Au terme d’un débat public animé, d’une étude grandeur nature testant quatre systèmes d’information, et de travaux de recherche qui ont constitué progressivement un dossier scientifique permettant de soutenir la décision politique, un arrêté interministériel a reconnu en octobre 2017 le Nutri-Score comme le système d’information nutritionnelle officiel pour la France.Malgré des résistances initiales, le Nutri-Score a été adopté sur la base du volontariat par plus de 200 entreprises, distributeurs et industriels, représentant fin 2019 plus de 20% des parts de marché des produits laitiers, des plats cuisinés et des aliments transformés suivis par l’Observatoire de l’alimentation (OQALI).Cette évolution présage d’un impact nutritionnel potentiellement important pour les consommateurs, dans la mesure où le Nutri-Score leur donnera les moyens d’améliorer la qualité nutritionnelle de leurs achats alimentaires. D’autre part, on observe que les industriels ont engagé les premières reformulations nutritionnelles de leurs produits alimentaires, afin d’améliorer leurs scores. Le Nutri-Score a rapidement dépassé les frontières françaises : il a été adopté en Belgique en 2018 puis en Allemagne et en Espagne en 2019. Le succès de cette initiative alimente un débat à l’échelle européenne sur l’opportunité d’harmoniser l’étiquetage en face avant des emballages. Sept associations membres du Bureau Européen des Unions de Consommateurs (Beuc) ont lancé une Initiative Citoyenne Européenne visant à inciter la Commission Européenne à rendre obligatoire le Nutri-Score sur les emballages alimentaires en Europe. En France, l’Assemblée Nationale a voté en 2019 un amendement pour rendre l’utilisation du Nutri-Score obligatoire pour la publicité alimentaire. Les pouvoirs publics ont également annoncé son extension à la restauration collective et aux aliments vendus en vrac. Les associations de consommateurs françaises militent pour la création d’un dispositif d’étiquetage analogue des produits ménagers.

Lung cancer is the main cause of death by cancer worldwide. Despite the variety of available treatments, including surgery, chemotherapy, radiotherapy, and immune therapy, the average 5-year survival is 60%. One of the underlying reasons is a very high variability in patients’ susceptibility to treatment, explained by genetic background and since recently – our microbiota. The term microbiota includes bacteria, archaea, fungi, viruses and protists that inhabit our organism. The studies in animal models show that the gut microbiota (focused on bacteria) has a crucial role in host’s responsiveness to therapy through the stimulation of immune system. In this light, several “communication axes” between the gut and distal tumour sites have started to develop, including the “gut-lung” axis. However, the resident microbiota in the lungs that could directly influence the tumour response and interact with the gut microbiota has been scarcely characterised. To enable further development of the idea of the “gut-lung-lung cancer” axis, we included 18 non-small cell lung cancer (NSCLC) patients eligible for surgery and analysed the microbiota from four different lung samples (non-malignant, peritumoural and tumour tissue and bronchoalveolar lavage fluid; BAL), saliva and faeces by high-throughput sequencing. We also analysed several immune markers, as lymphocytic tumour infiltrate, Th and neutrophil profiles and cytokines in BAL and blood, and inflammatory markers in faeces along with short-chain fatty acids. Focusing first on the lungs, we show that BAL microbiota represents a significantly distinct community compared to lung tissue microbiota by providing detailed characterisation of the four different lung samples. Since tumours in lower lobes are reported as the ones with the worse prognosis, we investigated how the lobe location affected the microbiota composition. Peritumoural tissue and BAL microbiota were identified as the most affected in both abundance and diversity, and tumour as the least affected. However, phylum Firmicutes, previously reported as elevated in chronic obstructive pulmonary disease compared to controls, was found more abundant in microbiota from lower lung lobes. Therefore, we propose that both increase in Firmicutes and extensive changes in peritumoural tissue could be associated to increased aggressiveness of the lower lobe tumours. Next, we show that the presence of metastatic lymph nodes (LN), negative prognostic marker in NSCLC, significantly influence the local tissue microbiota in relation to its respiratory profile. We reported that anaerobic bacteria were more abundant within the tumour in the presence of metastatic LN, and aerobic bacteria within the one without it. Moreover, exactly inverse was observed for the same bacteria in extratumoural tissues. Along with migratory hypothesis depending on the bacterial preference for growth conditions shaped by tumour’s features, we propose several biomarkers for detection of metastatic LN that might facilitate their detection without imposing LN biopsy. Finally, we showed that BAL microbiota is the most associated to the local immune response and independent of the presence of metastatic LN. Future research will focus on the exploration of the interaction between the lung microbiota, systemic immunity and the gut microbiota.; Le cancer du poumon est la principale cause de décès par cancer dans le monde. En dépit de la variété de traitements disponibles, tels que la chirurgie, la chimiothérapie, la radiothérapie et l’immunothérapie, la survie moyenne à 5 ans est de 60 %. L’une des raisons sous-jacente est une très grande variabilité de réponse au traitement, expliquée par les antécédents génétiques du patient et depuis peu par son microbiote. Le terme « microbiote » regroupe les bactéries, les archées, les champignons, les virus et les protistes qui colonisent notre organisme. Des études utilisant des modèles animaux montrent que le microbiote intestinal joue un rôle crucial dans la réponse de l’hôte au traitement, via la stimulation du système immunitaire. Dans ce contexte, plusieurs « axes de communication » entre le site intestinal et les sites tumoraux distaux commencent à émerger, y compris l’axe « intestin-poumon ». Cependant, le microbiote pulmonaire, qui pourrait directement influencer la réponse tumorale et interagir avec le microbiote intestinal, est pour l’heure peu caractérisé. Afin de développer cette idée d’un axe « intestin, poumon et cancer du poumon », nous avons inclus dans notre étude 18 patients atteints d’un cancer du poumon non à petites cellules (CBNPC) admissibles à la chirurgie. Nous avons analysé leurs microbiotes par séquençage à haut débit à partir de quatre échantillons différents de poumon (tissu sain, tissus péritumoral et tumoral et fluide de lavage broncho-alvéolaire LBA) mais également à partir d’échantillons de salive et de fèces. Nous avons également analysé plusieurs marqueurs immunitaires (infiltration lymphocytaire des tumeurs, profils Th et neutrophiles, cytokines dans le LBA et le sang), des marqueurs inflammatoires et enfin les acides gras à chaînes courtes dans les fèces. Une caractérisation détaillée de ces quatre types d’échantillons de poumons nous a permis de montrer que le microbiote du LBA présente une communauté nettement distincte de celle du tissu pulmonaire. Les tumeurs des lobes inférieurs prédisant le plus mauvais pronostic, nous avons décidé d’étudier le lien entre l’emplacement des tumeurs et la composition du microbiote. Les microbiotes du tissu péritumoral et du LBA ont été identifiés comme étant les plus impactés en terme d’abondance et de diversité ; la tumeur est quant à elle moins impactée. Cependant nous avons observé que le phylum des Firmicutes, décrit comme étant élevé dans les maladies pulmonaires obstructives chroniques, est plus abondant dans le microbiote des lobes inférieurs du poumon. Par conséquent, nous pouvons émettre l’hypothèse que l’augmentation des Firmicutes et les variations importantes du microbiote dans le tissu péritumoral pourraient être associés à une agressivité accrue des tumeurs du lobe inférieur. Nous avons ensuite démontré que la présence de ganglions lymphatiques (GL) métastatiques, marqueur d’un pronostic négatif dans le NSCLC, influence considérablement le microbiote local de par le profil respiratoire du tissu. Nous avons en effet observé que les bactéries anaérobies étaient plus abondantes dans les tumeurs en présence de LN métastatiques. Les bactéries aérobies sont quant à elles plus représentées dans les tumeurs sans GL métastatiques. Nous avons cependant observé la situation inverse dans les tissus extratumoraux. L’hypothèse avancée est celle d’une migration bactérienne en fonction des préférences de conditions de croissance, directement liées aux caractéristiques de la tumeur. Ceci nous permet de proposer plusieurs biomarqueurs pour la détection de GL métastatique, facilitant ainsi leur détection sans imposer de biopsie. Enfin, nous montrons que le microbiote du LBA est d’avantage associé à la réponse immunitaire locale et est indépendant de la présence de GL métastatique. Les recherches à venir porteront sur l’exploration de l’interaction entre le microbiote pulmonaire, l’immunité systémique et le microbiote intestinal.

Forest vulnerability against climate change is highlighted by the forest diebacks caused by intense droughts. Trees are functioning at their limit of hydraulic failure due to a little hydraulic safety margin. Their behaviour in a context of climate change is, at least partially, linked with phenotypic variability of a key parameter in drought resistance: the xylem vulnerability to cavitation. Previous studies have shown this trait to be under phenotypic plasticity. The main objective of this thesis is to study the consequences of this plasticity in the hydraulic functioning and to identify its structural basis, which is the priority for the search of the genetic determinants for this trait.Poplar saplings were cultivated under grown in contrasted water availability or light exposure in order to induce acclimation in cavitation resistance. The measurements of several functional traits reveal that the leaf area and the cavitation resistance vary the most as response of drought. Simulations using a model (SurEau) confirm the importance of these two traits in drought response, in particular for cavitation resistance. The search of structural determinants was conducted at three levels: xylem, vessel dimensions and pit ultrastructure using several microscopy techniques (S.E.M., T.E.M., optical) and X-ray microtomography. The results show that acclimation of vulnerability to cavitation relies on changes in xylem and vessel dimensions while pit structure remains constant. X-ray microtomography reveals the importance of connectivity between vessels to improve embolism resistance. Plasticity for this trait was also observed on poplar leaves and wheat stems. This calls for research of structural determinants for the primary xylem, and more generally for herbaceous species.; Les dépérissements forestiers causés par des sécheresses intenses mettent en lumière la vulnérabilité des forêts face aux changements climatiques. Les arbres sont en limite de dysfonctionnement hydraulique du fait d’une marge de sécurité hydraulique faible. Leur comportement dans un contexte de changement climatique dépendra donc, au moins en partie, de la variabilité phénotypique d’un paramètre clé dans la résistance à la sécheresse des arbres, la vulnérabilité du xylème à la cavitation. Des études précédentes ont montré que ce trait est soumis à plasticité phénotypique. L’objectif principal de cette thèse est d’évaluer l’impact de cette plasticité dans le fonctionnement hydraulique et d’en identifier les bases structurelles, un préalable à la recherche de déterminants génétiques sur ce trait.Des plants de peupliers ont été cultivés dans des conditions de croissance contrastées pour l’eau et la lumière dans le but d’induire de la plasticité sur la vulnérabilité à la cavitation. Des mesures réalisées sur différents traits fonctionnels indiquent que ce sont principalement des variations de surface foliaire et de résistance à la cavitation qui varient en réponse à une contrainte hydrique. Les simulations d’un modèle de fonctionnement hydraulique (SurEau) confirme l’importance de ces deux traits dans la réponse à la sécheresse, en particulier de la résistance à la cavitation. La recherche de déterminants structuraux de la plasticité pour ce trait a été conduite aux niveaux du xylème, des dimensions des vaisseaux et de l’ultrastructure des ponctuations, grâce à plusieurs techniques de microscopie (M.E.B., M.E.T., optique), et à la tomographie à rayons X. Les résultats montrent que l’acclimatation de la vulnérabilité à la cavitation repose sur un changement de l’organisation du xylème et des dimensions des vaisseaux, alors que la structuration des ponctuations reste constante. La microtomographie à rayons X permet de révéler l’importance de la connectivité entre vaisseaux pour améliorer la résistance à l’embolie. En outre, une plasticité pour ce trait est aussi observée sur des feuilles de peupliers ou sur des tiges de blé, appelant à la recherche de déterminants structuraux du xylème primaire, et plus généralement des espèces herbacées.

Forest vulnerability against climate change is highlighted by the forest diebacks caused by intense droughts. Trees are functioning at their limit of hydraulic failure due to a little hydraulic safety margin. Their behaviour in a context of climate change is, at least partially, linked with phenotypic variability of a key parameter in drought resistance: the xylem vulnerability to cavitation. Previous studies have shown this trait to be under phenotypic plasticity. The main objective of this thesis is to study the consequences of this plasticity in the hydraulic functioning and to identify its structural basis, which is the priority for the search of the genetic determinants for this trait.Poplar saplings were cultivated under grown in contrasted water availability or light exposure in order to induce acclimation in cavitation resistance. The measurements of several functional traits reveal that the leaf area and the cavitation resistance vary the most as response of drought. Simulations using a model (SurEau) confirm the importance of these two traits in drought response, in particular for cavitation resistance. The search of structural determinants was conducted at three levels: xylem, vessel dimensions and pit ultrastructure using several microscopy techniques (S.E.M., T.E.M., optical) and X-ray microtomography. The results show that acclimation of vulnerability to cavitation relies on changes in xylem and vessel dimensions while pit structure remains constant. X-ray microtomography reveals the importance of connectivity between vessels to improve embolism resistance. Plasticity for this trait was also observed on poplar leaves and wheat stems. This calls for research of structural determinants for the primary xylem, and more generally for herbaceous species.; Les dépérissements forestiers causés par des sécheresses intenses mettent en lumière la vulnérabilité des forêts face aux changements climatiques. Les arbres sont en limite de dysfonctionnement hydraulique du fait d’une marge de sécurité hydraulique faible. Leur comportement dans un contexte de changement climatique dépendra donc, au moins en partie, de la variabilité phénotypique d’un paramètre clé dans la résistance à la sécheresse des arbres, la vulnérabilité du xylème à la cavitation. Des études précédentes ont montré que ce trait est soumis à plasticité phénotypique. L’objectif principal de cette thèse est d’évaluer l’impact de cette plasticité dans le fonctionnement hydraulique et d’en identifier les bases structurelles, un préalable à la recherche de déterminants génétiques sur ce trait.Des plants de peupliers ont été cultivés dans des conditions de croissance contrastées pour l’eau et la lumière dans le but d’induire de la plasticité sur la vulnérabilité à la cavitation. Des mesures réalisées sur différents traits fonctionnels indiquent que ce sont principalement des variations de surface foliaire et de résistance à la cavitation qui varient en réponse à une contrainte hydrique. Les simulations d’un modèle de fonctionnement hydraulique (SurEau) confirme l’importance de ces deux traits dans la réponse à la sécheresse, en particulier de la résistance à la cavitation. La recherche de déterminants structuraux de la plasticité pour ce trait a été conduite aux niveaux du xylème, des dimensions des vaisseaux et de l’ultrastructure des ponctuations, grâce à plusieurs techniques de microscopie (M.E.B., M.E.T., optique), et à la tomographie à rayons X. Les résultats montrent que l’acclimatation de la vulnérabilité à la cavitation repose sur un changement de l’organisation du xylème et des dimensions des vaisseaux, alors que la structuration des ponctuations reste constante. La microtomographie à rayons X permet de révéler l’importance de la connectivité entre vaisseaux pour améliorer la résistance à l’embolie. En outre, une plasticité pour ce trait est aussi observée sur des feuilles de peupliers ou sur des tiges de blé, appelant à la recherche de déterminants structuraux du xylème primaire, et plus généralement des espèces herbacées.

International audience; In the wood construction sector, the reduction of energy costs involves the use of alternative methods to natural drying such as the use of green wood obtained immediately after cutting the tree. However, the high hygrometry coupled with the delayed behavior and the orthotropic / heterogeneous nature of the wood can lead to cracks that eventually weaken the structures, especially when they are more and more massive. In this case, the present study proposes a new method for the measurement of the stress intensity factor and the critical energy release rate G in green wood using X-ray microtomography (µCT). The work was performed on "normal" and "reaction" wood for two species; a hardwood (Populus nigra) and a softwood (Abies alba). After cutting from fresh trees, samples were machined in the form of Mixed-Mode Crack Growth specimens. The specimen was placed in a press to control the advance of the crack tip in opening mode. Then a microtomographic scan allowed to observe and measure the crack front in 3D. The critical energy release rate was obtained verus crack fronts, on the outer faces and perpendicular to the direction of propagation for each type of wood. Results enlightened that G is greater in normal wood than in reaction wood in relation to the density of each species. This work highlights the potential of nondestructive observation of the process zone by μCT in the green wood.

Cet évènement s’inscrit dans le cadre du partenariat établi entre le réseau NACRe et la Fondation ARC. Ce sera également l’occasion de marquer les 20 ans du Réseau NACRe.; L'obésité, facteur de risque établi de cancer du sein chez les femmes ménopausées, est aussi responsable de taux plus élevés de récidives et de mortalité. Parmi l’ensemble des types cellulaires présents dans le sein, les cellules myoépithéliales (CME), situées à l’interface des cellules épithéliales et du stroma, sont considérées comme des cellules "suppressives de tumeurs". Au cours de la transition d’un carcinome canalaire in situ (CCIS) vers un cancer invasif, une désorganisation voire une disparition des CME est observée, favorisant ainsi la capacité des cellules cancéreuses à migrer. Le microenvironnement adipeux, étant désormais considéré comme un acteur central de la progression du cancer mammaire, notre objectif était d’évaluer son rôle sur la fonctionnalité des CME dans un contexte d’obésité.Méthodes Des CME (Hs 578Bst) ont été co-cultivées en présence i/de cellules souches adipeuses humaines (hASC) (lignée cellulaire hMAD, hASC de patientes normopondérées ou obèses [hASC20,hASC30]) différenciées en adipocytes matures (AM20,AM30) ou ii/des différents sécrétomes adipocytaires (SA). Après 72h, la prolifération, l’apoptose et les modifications d’expression de gènes (32 gènes,n=6) impliqués dans la prolifération, l’invasion et l’adhésion cellulaire ont été étudiées. En parallèle, un modèle de sphéroïdes tumoraux multicellulaires nommé «TRIMISTIC» (TRIdimensional Model of In Situ To Invasive Carcinoma) a été développé afin de reproduire un modèle multigrade d’évolution des cancers mammaires dans lequel les interactions entre les CME et les cellules épithéliales pourront être évaluées en présence de SA.Résultats En présence des hASC et des AM, une diminution de la viabilité des CME est observée (-23%,-10% avec hMAD et hASC respectivement,p

Cardiovascular disease is the leading cause of death in the world. Many situations trigger heart failure which is usually associated with mitochondrial dysfunction. Oxidative stress is a major contributor to these dysfunctions. Polyunsaturated fatty acids of the 3 family, in particular EPA, have often been associated with cardioprotective effects, but in some cases their impact is deleterious. The hypothesis behind this thesis is that EPA becomes harmful in situations in which the oxidative stress is too high: an appropriate combination with an antioxidant would maintain the cardio-protective properties. Several models of pathological situations characterized by a low or severe and chronic oxidative stress were studied. EPA displays beneficial effects on the heart by modulating collagen, coronary reactivity, mitochondrial function, oxidative status, inflammation, energy metabolism, calcium homeostasis and lipid profile. However, in case of a high and chronic oxidative stress triggered by diabetes mellitus and an obesogenic diet, EPA results in a dramatic increase in animal mortality. This effect is countered by enriching the diet with green tea extract thanks to the antioxidant and lipid-lowering properties of this last. The combination of EPA with an antioxidant adapted to the situation and administered in adequate doses is essential when the oxidative stress is severe enough to induce lipid peroxidation. The beneficial impact of EPA is related to mitochondrial actors such as SOD2, UCP3 and Sirt3. The findings obtained in these animal studies need to be verified in humans to determine whether the cardioprotective effect of EPA combined with an antioxidant is maintained. This thesis also describes a reliable method allowing the extraction of human cardiac mitochondria from atrial rejection obtained during extracorporeal circulation. Omic studies on the plasma would also allow the discovery of new biomarkers of mitochondrial function permitting clinicians to highlight possible dysfunctions prior to onset of the heart failure and to adapt a precocious treatment to the particular patient situation.; Les maladies cardiovasculaires constituent la première cause de mortalité dans le monde. De nombreuses situations conduisent à une insuffisance cardiaque généralement associée à une altération mitochondriale. Le stress oxydant est un acteur majeur favorisant ces dysfonctionnements. Les acides gras polyinsaturés de la famille 3 et, en particulier l’EPA, ont été souvent associés à des effets cardio-protecteurs. Cependant, dans certains cas, l’impact engendré était délétère. L’hypothèse qui a porté cette thèse soutient que l’EPA devient nocif dans les situations où le stress oxydant est trop intense : l’association avec un agent antioxydant adapté permettrait de maintenir les propriétés cardioprotectrices. Divers modèles de situations pathologiques, d’un stress oxydant faible vers une situation où il est sévère et chronique, ont été étudiés. L’EPA a montré des effets bénéfiques pour le cœur en modulant le collagène, la réactivité coronaire, la fonction mitochondriale, le statut oxydant, l’inflammation, le métabolisme énergétique, l’homéostasie calcique et le profil lipidique. Cependant, dans le cas d’un stress oxydant intense et chronique modélisé par un diabète sucré associé à un régime obésogène, l’EPA a entraîné un accroissement radical de la mortalité. Cet effet a été contrecarré par un enrichissement en extrait de thé vert grâce aux propriétés anti oxydantes et hypolipémiantes de ce dernier. L’association de l’EPA à un agent antioxydant adapté à la situation et administré à doses adéquates est indispensable dans les situations où le stress oxydant est suffisamment sévère pour induire une peroxydation lipidique. L’impact bénéfique de l’EPA est lié à des acteurs mitochondriaux tels que la SOD2, l’UCP3 et la Sirt3. Les observations récoltées au cours de ces travaux nous incitent à étudier la fonction mitochondriale chez l’Homme afin de déterminer si l’effet cardioprotecteur de l’EPA combiné à un antioxydant est maintenu. Cette thèse décrit également une méthode fiable pour extraire des mitochondries cardiaques humaines à partir de rejections atriales obtenues lors de circulations extracorporelles. Des analyses omiques sur le plasma permettraient également de découvrir des biomarqueurs du fonctionnement mitochondrial permettant la mise en lumière d’altérations éventuelles survenant en amont du développement de l’insuffisance cardiaque et l’adaptation précoce d’un traitement adéquat.

Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) are a major public health concern. Indeed, these pathogens are responsible for thousands of food-borne illness cases worldwide every year and can lead to serious complications, including kidney damages in young children and brain damages in the elderly. Currently, the main issue is the limited number of available therapeutic treatments since antibiotic therapy can promote the development of infection-related complications. Therefore, it appears essential and topical to identify bacterial factors associated with EHEC virulence and to understand the interactions occurring between the pathogen and the host, in order to develop new anti-infective strategies. The first objective of this thesis was to identify new bacterial factors potentially involved in the infectious process. Application of the RIVET technology to the reference strain O157:H7 EDL933 revealed 31 genes specifically induced during mouse infection. Characterization of these genes showed that some of them encode niche factors potentially involved in the adaptation of EHEC to the intestinal environment, therefore contributing to virulence. The second aim of this thesis was to characterize in vivo the response of EHEC to nitric oxide (NO), a mediator of the host’s immune response, and thus assess the protective role of NO against EHEC infection in a mouse model. By using a NO-sensing reporter EHEC strain, we demonstrated that NO is produced by the host at the early stages of infection and this NO limits adhesion of the pathogen to the colonic mucosa. On the other hand, we also showed that NO is detrimental to the host since it promotes the production of Shigatoxins (Stx), which is the major EHEC virulence factor, and leads to the development of renal dysfunction. Finally, we showed that the NO reductase NorVW is important for the virulence of some, but not all, EHEC strains. Inactivation of the norVW operon in strain O157:H7 620 reduces the ability of the pathogen to efficiently colonize the digestive tract and to produce Stx. However, this observation is strain-specific and this suggests that EHEC response to nitrosative stress during infection is complex and probably multifactorial. This work contributes to a better understanding of the EHEC infectious process, an essential step for the development of future anti-infective strategies., Les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) représentent un enjeu majeur en santé publique. En effet, ces pathogènes sont responsables chaque année de milliers de cas de toxi-infections alimentaires à travers le monde et peuvent engendrer des complications graves, notamment des atteintes rénales chez les jeunes enfants et cérébrales chez les personnes âgées. Actuellement, le principal problème réside dans le fait que les traitements thérapeutiques disponibles sont limités puisque l’antibiothérapie peut favoriser le développement des complications liées à l’infection. Il est donc primordial et d’actualité de mettre en évidence les facteurs bactériens associés à la virulence des EHEC et de comprendre les interactions entre le pathogène et l’hôte afin de développer des stratégies thérapeutiques visant à éliminer le pathogène et limiter l’apparition des symptômes graves. Ainsi, le premier objectif de cette thèse était d’identifier de nouveaux facteurs bactériens potentiellement impliqués dans le processus infectieux. L’utilisation de la technologie RIVET sur la souche de référence O157:H7 EDL933 en modèle murin, a permis de mettre en évidence 31 gènes dont l’expression est spécifiquement induite lors de l’infection. La caractérisation de ces gènes a démontré que certains codent des facteurs de niche qui pourraient accroître le potentiel des souches d’EHEC à s’adapter à l’environnement intestinal et ainsi participer à la virulence du pathogène. Le second volet de cette thèse avait pour but de caractériser in vivo la réponse des EHEC au monoxyde d’azote (NO), un médiateur de la réponse immunitaire de l’hôte, et ainsi d’évaluer le potentiel rôle protecteur du NO lors d’une infection en modèle murin. En utilisant une souche d’EHEC rapportant la présence de NO, nous avons démontré que le NO est produit dès les premiers stades de l’infection et que celui-ci limite l’adhésion du pathogène à la muqueuse colique. En revanche, nous avons également mis en évidence un effet néfaste du NO pour l’hôte puisqu’il favorise la production des Shigatoxines (Stx), le facteur de virulence majeur des EHEC, conduisant au développement d’un dysfonctionnent rénal. Enfin, nous avons montré l’importance de la NO réductase NorVW dans la virulence de certaines souches d’EHEC. En effet, l’inactivation de l’opéron norVW chez la souche O157:H7 620 réduit la capacité du pathogène à coloniser efficacement le tractus digestif et à produire Stx. Cette observation est toutefois souche dépendante et suggère que la réponse des EHEC au stress nitrosant lors d’une infection est complexe et probablement multifactoriel. L’ensemble de ces travaux contribue à une meilleure compréhension du processus infectieux des EHEC, une étape indispensable au développement de futures stratégies anti-infectieuses.

L'obésité est aujourd’hui considérée comme un facteur de risque de cancer du sein chez les femmes ménopausées et est aussi responsable de plus forts taux de récidives et de mortalité. Dans ce contexte, notre équipe a mis en évidence une moindre efficacité des traitements anticancéreux par hormonothérapie à l’aide de différents modèles : i/ un modèle de co-cultures entre cellules cancéreuses mammaires et cellules souches adipeuses prélevées chez des femmes normopondérées ou obèses et différenciées en adipocytes matures ; ii/ un modèle tridimensionnel de peau reconstruite adipeuse permettant de récréer un véritable microenvironnement adipeux [1,2]. Notre objectif est désormais d’évaluer le rôle du sécrétome adipocytaire dans la résistance aux thérapies anticancéreuses à l’aide d’un nouveau modèle 3D d’organoïdes appelé TRIMISTIC (TRIdimensional Multigrade In Situ To Invasive Cancer) consistant en la réalisation d’un modèle pluricellulaire multigrade d’évolution des cancers mammaires d’une structure bénigne vers une structure invasive en passant par le stade in situ.Afin de s’affranchir de la présence de facteurs de croissance, des cellules cancéreuses (MCF-7, MCF10-DCIS) ou non cancéreuses mammaires (MCF10a) sont ensemencées dans un système sans matrice dans lequel les cellules ne peuvent adhérer au support. Après 72h de culture, les sphéroïdes obtenus sont mis au contact des cellules myoépithéliales pendant 24h afin d’obtenir des organoïdes pluricellulaires. L’impact du sécrétome adipocytaire sur l’efficacité de traitements anticancéreux est ensuite évalué sur la viabilité cellulaire et l’organisation cellulaire à l’aide de marqueurs spécifiques de chaque type cellulaire.La mise au point de ce modèle nécessite des expérimentations complémentaires qui nous permettront de mieux appréhender les interactions entre cellules mammaires et le sécrétome adipocytaire ainsi que les mécanismes de résistance aux traitements anticancéreux, l’objectif final étant d’évaluer la réponse thérapeutique à l’aide de cellules cancéreuses de patientes.1. L. Bougaret, L. Delort, H. Billard, C. Le Huede, C. Boby, A. De la Foye, A. Rossary, A. Mojallal, O. Damour, C. Auxenfans, M. P. Vasson, and F. Caldefie-Chezet, PLoS ONE 13, e0191571 (2018).2. L. Delort, C. Lequeux, V. Dubois, A. Dubouloz, H. Billard, A. Mojallal, O. Damour, M.-P. Vasson, and F. Caldefie-Chézet, PLoS ONE 8, e66284 (2013).

Background Selective breeding is a relatively recent practice in aquaculture species compared to terrestrial livestock. Nevertheless, the genetic variability of farmed salmonid lines, which have been selected for several generations, should be assessed. Indeed, a significant decrease in genetic variability due to high selection intensity could have occurred, potentially jeopardizing the long-term genetic progress as well as the adaptive capacities of populations facing change(s) in the environment. Thus, it is important to evaluate the impact of selection practices on genetic diversity to limit future inbreeding. The current study presents an analysis of genetic diversity within and between six French rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) experimental or commercial lines based on a medium-density single nucleotide polymorphism (SNP) chip and various molecular genetic indicators: fixation index (FST), linkage disequilibrium (LD), effective population size (Ne) and inbreeding coefficient derived from runs of homozygosity (ROH). Results Our results showed a moderate level of genetic differentiation between selected lines (FST ranging from 0.08 to 0.15). LD declined rapidly over the first 100 kb, but then remained quite high at long distances, leading to low estimates of Ne in the last generation ranging from 24 to 68 depending on the line and methodology considered. These results were consistent with inbreeding estimates that varied from 10.0% in an unselected experimental line to 19.5% in a commercial line, and which are clearly higher than corresponding estimates in ruminants or pigs. In addition, strong variations in LD and inbreeding were observed along the genome that may be due to differences in local rates of recombination or due to key genes that tended to have fixed favorable alleles for domestication or production. Conclusions This is the first report on ROH for any aquaculture species. Inbreeding appeared to be moderate to high in the six French rainbow trout lines, due to founder effects at the start of the breeding programs, but also likely to sweepstakes reproductive success in addition to selection for the selected lines. Efficient management of inbreeding is a major goal in breeding programs to ensure that populations can adapt to future breeding objectives and SNP information can be used to manage the rate at which inbreeding builds up in the fish genome. Electronic supplementary material The online version of this article (10.1186/s12711-019-0468-4) contains supplementary material, which is available to authorized users.

International audience

Key message Abundant Neotropical canopy-tree species are more resistant to drought-induced branch embolism than what is currently admitted. Large hydraulic safety margins protect them from hydraulic failure under actual drought conditions. Context Xylem vulnerability to embolism, which is associated to survival under extreme drought conditions, is being increasingly studied in the tropics, but data on the risk of hydraulic failure for lowland Neotropical rainforest canopy-tree species, thought to be highly vulnerable, are lacking. Aims The purpose of this study was to gain more knowledge on species drought-resistance characteristics in branches and leaves and the risk of hydraulic failure of abundant rainforest canopy-tree species during the dry season. Methods We first assessed the range of branch xylem vulnerability to embolism using the flow-centrifuge technique on 1-m-long sun-exposed branches and evaluated hydraulic safety margins with leaf turgor loss point and midday water potential during normal- and severe-intensity dry seasons for a large set of Amazonian rainforest canopy-tree species. Results Tree species exhibited a broad range of embolism resistance, with the pressure threshold inducing 50% loss of branch hydraulic conductivity varying from − 1.86 to − 7.63 MPa. Conversely, we found low variability in leaf turgor loss point and dry season midday leaf water potential, and mostly large, positive hydraulic safety margins. Conclusions Rainforest canopy-tree species growing under elevated mean annual precipitation can have high resistance to embolism and are more resistant than what was previously thought. Thanks to early leaf turgor loss and high embolism resistance, most species have a low risk of hydraulic failure and are well able to withstand normal and even severe dry seasons.

International audience; Preparing a food bolus for swallowing is the first and major goal of oral processing ensured by mastication. To fulfill this goal, mastication is accurrately adjusted to the structure and texture of the food. Since the bolus is the main outcome of food oral processing, there is growing interest in improving understanding the food bolus and its features at the end of the masticatory sequence and throughout its formation. Although this step is trivial, its execution is somewhat more complex than it appears. Until now, the food bolus produced has not subjected to full analysis, mainly due to the lack of accessibility during in vivo oral processing. To overcome this difficulty, we developed a masticator apparatus, named AM2, on the basis of in vivo compression and shear stresses applied on food during oral processing. The apparatus was validated against particle size analyses of boluses produced by individuals presenting normal mastication. The present paper provides a comprehensive overview of the various potential uses of the AM2 apparatus to produce food boluses for a large range of scientific needs. The food bolus contains much valuable information regarding the progress of mastication, the completion of the function and its role in food disruption, the oral release of food compounds, changes and bioaccessibility, and finally its impact on nutrition. The AM2 apparatus can also be used to simulate mastication in specific populations, such as the elderly and children, and to address various objectives related to this initial step of digestion.

This article belongs to the Special Issue Biological Potential and Medical Use of Natural Extracts; International audience; Background: Some Bupleurum species, such as the Bupleurum chinense DC. or the Bupleurum scorzonerifolium Willd have been extensively studied (especially their roots) for the treatment of inflammation. In contrast, only compounds extracted from the aerial parts of Bupleurum rotundifolium have been studied and showed anti-inflammatory or antiproliferative activities. This study was conducted to investigate the antioxidant, anti-inflammatory, and immunomodulatory effects of Bupleurum rotundifolium roots. Methods: To tackle the various aspects of inflammation, we studied in vitro a methanolic extract from the roots of Bupleurum rotundifolium on peripheral blood mononuclear cells (PBMCs), polymorphonuclear neutrophils (PMNs), and the monocytic cells THP-1. Its antioxidant capacities and iron-chelating activity were assessed. The extract was tested on THP-1 differentiation, reactive oxygen species (ROS) production by leukocytes, neutrophils chemotaxis, cytokines, PGE2 production, and NF-κB activation in PBMCs. Results: The extract showed a decreased ROS production in stimulated cells. It increased PBMC chemokine secretion and up-regulated the differentiation of THP-1 monocytes into macrophage-like cells, indicating a potential interest of the extract in the resolution of acute inflammation. In addition, the analysis of cytokine production suggests that Bupleurum rotundifolium has immunomodulatory properties. Conclusions: Cytokines secretion, especially IL-1β and IL-12p70, provided us with a set of indicators suggesting that the extract might be able to drive the polarization of macrophages and lymphocytes toward a Th2 anti-inflammatory profile in excessive inflammation.

National audience

Grain-legume crops are important for ensuring the sustainability of agrofood systems. Among them, pulse production is subject to strong lock-in compared to soya, the leading worldwide crop. To unlock the situation and foster more grain-legume crop diversity, scientific research is essential for providing new knowledge that may lead to new development. Our study aimed to evaluate whether research activity on grain-legumes is also locked in favor of soya. Considering more than 80 names grouped into 19 main grain-legume species, we built a dataset of 107,823 scholarly publications (articles, book, and book chapters) between 1980 and 2018 retrieved from the Web of Science (Clarivate Analytics) reflecting the research activity on grain-legumes. We delineated 10 scientific themes of interest running the gamut of agrofood research (e.g., genetics, agronomy, and nutrition). We indexed grain-legume species, calculated the percentage of records for each one, and conducted several analyses longitudinally and by country. Globally, we found an unbalanced research output: soya remains the main crop studied, even in the promising field of food sciences advanced by FAO as the &ldquo, future of pulses&rdquo, Our results raise questions about how to align research priorities with societal demand for more crop diversity.

Lactic acid bacteria (LAB) used as silage additives have been shown to improve several fermentation parameters, including aerobic stability. Inoculation with a combination of Lactobacillus buchneri NCIMB40788 and Lactobacillus hilgardii CNCM-I-4785, contributes to an increase in aerobic stability, compared to each strain inoculated independently. To understand the mode of action of the combination on the LAB community, a fermentation-kinetic study was performed on corn. Four treatments, Control, Lb. buchneri, Lb. hilgardii, and a combination of the two strains, were fermented 1, 2, 4, 8, 16, 32, and 64 days. Corn silage inoculated by both strains had a lactate:acetate ratio of 0.59 after 64 days and a higher concentration of lactate than Lb. buchneri. Analysis of the microbiota by 16S and ITS amplicon metasequencing demonstrated that inoculation led to lower bacterial diversity after 1 day, from 129.4 down to 40.7 observed operational taxonomic units (OTUs). Leuconostocaceae represented the dominant population by day 1, with 48.1%. Lactobacillaceae dominated the succession by day 4, with 21.9%. After 32 days, inoculation by both strains had the lowest bacterial alpha diversity level, with 29.0 observed OTUs, compared to 61.3 for the Control. These results confirm the increased fermentation efficiency when the two Lactobacillus strains are co-inoculated, which also led to a specific yeast OTUs diversity profile, with Hannaella as the main OTU.

Obesity, a recognized risk factor for breast cancer in postmenopausal women, is associated with higher mortality rates regardless of menopausal status, which could in part be explained by therapeutic escape. Indeed, adipose microenvironment has been described to influence the efficiency of chemo- and hormonal therapies. Residual cancer stem cells could also have a key role in this process. To understand the mechanisms involved in the reduced efficacy of hormonal therapy on breast cancer cells in the presence of adipose secretome, human adipose stem cells (hMAD cell line) differentiated into mature adipocytes were co-cultured with mammary breast cancer cells and treated with hormonal therapies (tamoxifen, fulvestrant). Proliferation and apoptosis were measured (fluorescence test, impedancemetry, cytometry) and the gene expression profile was evaluated. Cancer stem cells were isolated from mammospheres made from MCF-7. The impact of chemo- and hormonal therapies and leptin was evaluated in this population. hMAD-differentiated mature adipocytes and their secretions were able to increase mammary cancer cell proliferation and to suppress the antiproliferative effect of tamoxifen, confirming previous data and validating our model. Apoptosis and cell cycle did not seem to be involved in this process. The evaluation of gene expression profiles suggested that STAT3 could be a possible target. On the contrary, leptin did not seem to be involved. The study of isolated cancer stem cells revealed that their proliferation was stimulated in the presence of anticancer therapies (tamoxifen, fulvestrant, doxorubicine) and leptin. Our study confirmed the role of adipocytes and their secretome, but above all, the role of communication between adipose and cancer cells in interfering with the efficiency of hormonal therapy. Among the pathophysiological mechanisms involved, leptin does not seem to interfere with the estrogenic pathway but seems to promote the proliferation of cancer stem cells.

National audience

Keynote Lecture 4 Polyphenols: The road from plants to functional foods (Chairs: Christine Morand France ; Kevin D. Croft Australia )Keynote Lecture 4Polyphenols: The road from plants to functional foods (Chairs: Christine Morand France ; Kevin D. Croft Australia ); Contribution of plant food bioactives in promoting health effects of plant foods – why looking at inter-individual variability?. 7th International Conference on Food Factors (ICoFF 2019) /12th International Conference and Exhibition on Nutraceuticals and Functional Foods (ISNFF 2019)

Food matrix is known to interact with some dietary constituents and microconstituents during digestion. These interactions may potentially affect the metabolism and bioavailability of some compounds, and as a consequence modulate their biological effects. In this context, the aim of this study was to determine the effect of apple food matrix on the bioavailability of flavan-3-ols and on the ability of these compounds to modulate the nutrigenomic response to a high fat challenge in minipigs.Adult male Yucatan minipigs (n = 5) were assigned to a random treatment sequence of high-fat meals non supplemented or supplemented with 250 g of raw apple, 250 g of apple puree or 1.4 g of apple polyphenols extract, with a 7-days washout period between each treatment. Each supplementation provided 155 mg flavan-3-ol monomers. At each treatment period, fasting- and 1h-, 2h-, 3h-postprandial blood samples were collected, and the concentration in flavan-3-ol monomers was measured on hydrolyzed serum, using UPLC-Q-TOF MS. The ability of apple-derived products to modulate the postprandial gene expression profile was assessed and compared in circulating PBMCs collected at 3 h after consumption of the four tested meals using a microarray analysis.Results show that the apple matrix did not affect the kinetic of the postprandial absorption of flavan-3-ol monomers. The total flavan-3-ols concentrations measured at peak were significantly higher in the extract (x1.75), suggesting an impact of the apple matrix on flavan-3-ols absorption. However, no significant difference in total flavanols was observed between raw apple and apple puree.Principal Component Analysis of the microarray data from PBMCs identified three distinct clusters of gene expression patterns: one corresponding to gene expression profiles after the high-fat meal, one for meal supplemented with raw apples or apple puree, and a third cluster for meal supplemented with polyphenol extract. A set of 309 genes was identified as differentially expressed by apple-derived products compared to high-fat meal alone, including 93 modulated with the three apple products. The variations in gene expression were similar for only 75% of the 93 genes, suggesting that the apple matrix affects the nutrigenomic response to flavan-3-ols. A bioinformatics analysis revealed that genes affected by apple-derived products are involved in inflammation and leukocyte transendothelial migration, suggesting a beneficial impact of apple-derived products.In conclusion, these results raise awareness for considering the impact of food matrix on the biological responsiveness of polyphenols in future nutritional studies.

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International audience; Introduction et but de l’étude : Dans le contexte de la transition nutritionnelle en cours vers davantage de protéines végétales (PV) et moins de protéines animales (PA) pour des raisons de durabilité, les PV sont réputées de moindre qualité que les PA du fait de leurs moindres teneurs en acides aminés indispensables. Ici, nous avons analysé comment la composition corporelle et le métabolisme protéique tissulaire varient selon la source protéique et les nutriments énergétiques.Matériel et méthodes : 44 rats Wistar mâles ont été nourris avec 4 régimes iso-protéiques (15% de l’énergie du régime, couvrant les besoins des rats en croissance) constitués de PA (lait) ou PV (50-50 blé-pois) avec des teneurs en lipides et sucres simples normales (N, 27% et 6% de l’énergie du régime, respectivement) ou hautes (H, 55% et 20%, respectivement). Consommation alimentaire, poids et composition corporelle (IRM) ont été suivis pendant 4 mois avant euthanasie et prélèvement de tissus (intestin, foie, muscles tibialis anterior et gastrocnemius). Les masses des protéines tissulaires ont été mesurées par analyse élémentaire de leur contenu en N. Les flux de protéosynthèses tissulaires ont été mesurés par traçage isotopique au ²H (surchargei.p. initiale de ²H2O à 99,9% 2j avant l’euthanasie, puis ²H2O à 5% comme eau de boisson), et calculés à partir des enrichissements en ²H dans l’alanine libre et liée aux protéines tissulaires mesurés en GC-MS. En outre, nous avons estimé l’ampleur des remaniements métaboliques des acides aminés dans les tissus par les écarts d’abondance naturelle en 15N entre protéines alimentaires et tissulaires (Δ15N, ‰), mesurés en EA-IRMS.Résultats et Analyse statistique : Les 4 régimes étaient associés à des consommations de protéines et d’énergie totale similaires, mais avec de plus fortes consommations de lipides (x 2,2) et saccharose (x 2,6) pour les régimes H vs N. Cette consommation plus grasse et sucrée (H vs N) induisait un poids corporel ~10% supérieur du fait d’une masse grasse ~35% supérieure, avec une masse maigre similaire et des masses et flux de synthèses protéiques similaires dans tous les tissus sauf le foie où ils étaient ~20% supérieurs. La source protéique (PV vs PA) n’affectait ni le poids, ni la masse maigre, ni les masses et flux de synthèses protéiquestissulaires. Mais par rapport aux PA, les PV induisaient une plus grande orientation des acides aminés vers les processus isotopiquement discriminants de transaminations dans tous les tissus étudiés (Δ15N supérieurs de ~0,25 à 0,45 ‰).Conclusion : Un mélange équilibré de protéines de céréales et légumineuses assure tout aussi bien que les protéines de lait la synthèse et le renouvellement des protéines des différents tissus, grâce à l’activation de remaniements métaboliques permettant d’adapter le profil d’apport en acides aminés à la demande métabolique tissulaire. Ces remaniements métaboliques ont vraisemblablement un coût et un impact sur le métabolisme énergétique qu’il serait intéressant d’explorer, notamment dans le contexte du risque cardiométabolique.

Introduction et but de l’étude : De nombreuses études montrent que la consommation de produits laitiers (PL) est associée à des bénéfices pour la santé, mais ceux-ci peuvent différer en fonction du type de PL, notamment en raison de la fermentation. Cependant, associer la consommation de chaque PL avec des bénéfices santé spécifiques reste complexe en raison de la précision insuffisante de l'évaluation des profils de consommation par les relevés alimentaires. La métabolomique incluant des biomarqueurs de consommation de PL pourrait permettre une évaluation plus objective. Ces signatures sont aussi dépendantes des différences des réponses métaboliques, notamment au cours du vieillissement. Notre objectif est d’identifier les caractéristiques métaboliques postprandiales (PP) associées à la consommation de deux PL : lait (L) et lait fermenté avec lesbactéries du yaourt (Y) chez l’homme adulte et âgé.Matériel et méthodes : Etude clinique randomisée, contrôlée et en cross-over sur des 28 hommes jeunes (14 J, 20-35 ans) et âgés (14 A, 65-80 ans) en bonne santé. Après 3 semaines d’exclusion de PL et de produits fermentés (PF), les sujets ont ingéré à jeun 600 mL de L ou de Y. Les niveaux de glucose, d’insuline, de triglycérides, de peptide insulinotrope dépendant du glucose (GIP), et Interleukine IL-6 ont été suivis durant les 6h après l’ingestion.Résultats et Analyse statistique : L’augmentation des niveaux circulants de glucose a été plus importante 30 min après la consommation de L vs Y dans les 2 groupes d’âge (J : 6,0±0,2 vs 5,3±0,2, A : 5,9±0,2 vs 5,2±0,1 mmol/L, P

National audience; Introduction et but de l’étude: La sarcopénie peut être expliquée partiellement par le développement d’une résistance anabolique au repas. La présence d’une inflammation bas bruit systémique est un des facteurs potentiellement responsablede cette résistance. Elle pourrait prendre son origine au niveau intestinal avec une augmentation de la perméabilité du tissu digestif associée à l’établissement d’une dysbiose du microbiote intestinal au cours du vieillissement. L’objectif de notre étude est donc de tester in vivo sur des animaux âgés avec une inflammation intestinale bas bruit, l’effetprotecteur vis a vis du muscle squelettique,d’une souche bactérienne (CNRZ 160) présentant des propriétés anti-inflammatoires validées in vitro (Junjua et al, 2016) Matériel et méthodes: L'inflammationintestinale bas bruit a été induite à des rats âgés (18m) par ingestion de DSS (4% p/v) dans l’eau de boisson pendant 28j avec ou sans une dose quotidienne deS. Thermophilus CNRZ160(109 CFU/j). Ils ont été comparés à des rats témoins recevant la même quantité de nourriture (PF). Le poids corporel et l’ingéré ont été suivis quotidiennement, la masse maigre et la masse grasse mesurées par EchoMRI à J0, J14 et J28 et les poids de muscles et colon mesurés à J28 au sacrifice. La synthèse protéique musculaire et du colon sont mesurées par surcharge de valine (13C). L’analyse statistique est une ANOVA 1 facteur et test posthoc Fisher. Significativité: p

Introduction et but de l’étude : Dans le contexte de la transition nutritionnelle en cours vers davantage de protéines végétales (PV) et moins de protéines animales (PA) au sein des régimes occidentaux pléthoriques associés à un fort risque cardiométabolique, nous avons étudié l’impact de la source protéique alimentaire sur la composition corporelle, la résistance à l’insuline et la lipogenèse de novo (LDN) selon les nutriments énergétiques.Matériel et méthodes : 44 rats Wistar mâles ont été nourris avec 4 régimes iso-protéiques (15% de l’énergie du régime, couvrant les besoins des rats en croissance) constitués de PA (lait) ou PV (mélange 50-50 blé-pois) avec des teneurs en lipides et saccharose normales (N, 27% et 6% de l’énergie du régime, respectivement) ou hautes (H, 55% et 20%, respectivement). Consommation alimentaire, poids, composition corporelle (IRM) et insulino-résistance (indice HOMA-IR) ont été suivis pendant 4 mois avant euthanasie et prélèvement du foie et du tissu adipeux épididymaire (TAE). Dans ces tissus, les contenus en lipides et triglycérides ont été quantifiés après extraction par solvants et séparation en couche mince, et les flux de LDN ont été estimés par traçageisotopique au ²H (surcharge initiale de ²H2O à 99,9% par perfusion intrapéritonéale 2j avant l’euthanasie, puis ²H2O à 5% comme eau de boisson), en mesurant les enrichissements en ²H dans le plasma et les triglycérides tissulaires en EA-IRMS. La LDN totale a été calculée comme la somme de la LDN du foie et de celle de l’ensemble des tissus adipeux, elle-même calculée par extrapolation de celle du TAE.Résultats et Analyse statistique : Les 4 régimes étaient associés à des consommations protéique et énergétique similaires, avec de plus fortes consommations de lipides (x 2,2) et saccharose (x 2,6) dans les régimes H vs N. Au terme des 4 mois, le régime gras et sucré (H vs N) induisait un HOMA-IR ~30% supérieur en moyenne sur les 2 sources protéiques, mais cet effet était moins marqué pour les PV que les PA, avec un HOMA-IR ~30% inférieur pour PV vs PA en régime H. Le régime gras et sucré (H vs N) induisait aussi une masse grasse corporelle ~35% supérieure (pour une même masse maigre) et une LDN totale ~65% supérieure. Plusspécifiquement au niveau du foie, la proportion et la masse de lipides et la LDN étaient ~50% supérieures. Concernant la source protéique (PV vs PA), elle n’affectait ni les masses grasse et maigre corporelles ni la LDN totale mais par contre au niveau du foie, la proportion et la masse de lipides étaient ~15% inférieures et la LDN ~25% inférieure avec PV vs PA.Conclusion : Par rapport aux PA, un mélange équilibré de PV assure une même masse protéique tout en limitant la LDN hépatique et l’insulino-résistance induite par un régime gras et sucré, ce qui fait que les PV pourraient réduire le risque cardiométabolique comme le suggèrent les études épidémiologiques. Des analyses en cours pourraient permettre de préciser les modifications métaboliques permettant d’expliquer ces effets.

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Acte et Poster; International audience

Les tendances des principaux évènements phénologiques observées ces dernières années dans le monde du vivant (débourrement, sénescence, migration, période reproduction et émergence des stades adultes chez les insectes…) interrogent le monde scientifique sur la capacité des espèces concernées à s’adapter à leur nouvel environnement et/ou à migrer pour suivre le déplacement rapide de leur aire climatique. Par ailleurs, devant la multiplicité des réponses des espèces aux changements en cours, la recherche se doit, pour progresser, de disposer de longues séries de données phénologiques, et de métadonnées associées fiables et précises. Pour répondre à ce besoin, un réseau d’observateurs s’est mis en place depuis quelques années afin notamment d’assurer la formation continue des praticiens permettant de limiter l’effet « observateur » des données recueillies. Parallèlement à cela, plusieurs équipes développent actuellement des systèmes d’observation d’évènements phénologiques (caméras, signaux biologiques, observations satellitaires, radiométrie, systèmes de suivi automatiques des insectes et des poissons …).

Muscle wasting is associated with many diseases and also physiological conditions (disuse, aging). Skeletalmuscle mass is largely controlled by the ubiquitin-proteasome system (UPS) and thus by the ubiquitinatingenzymes (E2s and E3s) that target substrates for subsequent degradation. MuRF1 is the only E3 known to targetcontractile proteins (α-actin, myosins) during catabolic situations. MuRF1 knock-out partially protected skeletalmuscles from atrophy in denervated or immobilized animals. MuRF1 is therefore a putative target for preventingmuscle wasting. However, MuRF1 depends on E2 ubiquitin conjugating enzymes for ubiquitin chain formation onthe substrates.In this work, we demonstrated that only highly sensitive and complementary interactomic approaches (SurfacePlasmon Resonance, Yeast three-Hybrid and split-GFP) allowed the identification of MuRF1 E2 partners. Amongthe 14 E2 expressed in muscle, 5 physically and functionally interacted with MuRF1. We also showed thattelethonin, a MuRF1 substrate, governed the affinity between MuRF1 and two of these E2s. We are currentlystudying the capacity of E2-MuRF1 duos to target the main contractile proteins both in vitro and in vivo.We report here the first MuRF1-E2s network, which may prove valuable for deciphering the precise mechanismsinvolved in the atrophying muscle program and for proposing new therapeutic approaches.

BackgroundInsertions/deletions (InDels) and more specifically presence/absence variations (PAVs) are pervasive in several species and have strong functional and phenotypic effect by removing or drastically modifying genes. Genotyping of such variants on large panels remains poorly addressed, while necessary for approaches such as association mapping or genomic selection.ResultsWe have developed, as a proof of concept, a new high-throughput and affordable approach to genotype InDels. We first identified 141,000 InDels by aligning reads from the B73 line against the genome of three temperate maize inbred lines (F2, PH207, and C103) and reciprocally. Next, we designed an Affymetrix® Axiom® array to target these InDels, with a combination of probes selected at breakpoint sites (13%) or within the InDel sequence, either at polymorphic (25%) or non-polymorphic sites (63%) sites. The final array design is composed of 662,772 probes and targets 105,927 InDels, including PAVs ranging from 35bp to 129kbp. After Affymetrix® quality control, we successfully genotyped 86,648 polymorphic InDels (82% of all InDels interrogated by the array) on 445 maize DNA samples with 422,369 probes. Genotyping InDels using this approach produced a highly reliable dataset, with low genotyping error (~3%), high call rate (~98%), and high reproducibility (>95%). This reliability can be further increased by combining genotyping of several probes calling the same InDels (99.9% of call rate for 5 probes). This “proof of concept” tool was used to estimate the kinship matrix between 362 maize lines with 57,824 polymorphic InDels. This InDels kinship matrix was highly correlated with kinship estimated using SNPs from Illumina 50K SNP arrays.ConclusionsWe efficiently genotyped thousands of small to large InDels on a sizeable number of individuals using a new Affymetrix®Axiom®array. This powerful approach opens the way to studying the contribution of InDels to trait variation and heterosis in maize. The approach is easily extendable to other species and should contribute to decipher the biological impact of InDels at a larger scale.

International audience

Bonneval will present her collaborative projects across art and science around the topic of trees. She will discuss Dendromacy, a series of workshops, installations, and films developed with teams of ecophysiologists that considers tree intimacies and rethinking trees; Listen to the Earth, a collaboration with fungi specialists, microbiologists, bioacousticians, and soil scientists from Paris, Berlin, and Ithaca that is based on recent research on linkages between sound, soil, plant root behavior, and fungi; and Vertimus, or, how to move with plants, a collaborative project with Eric Badel and Bruno Moulia from PIAF, INRA Lab in Clermont Ferrand, France.

Since it was moved to the salle des Etats in 2005, the poplar board on which the Mona Lisa is painted has been monitored by a Franco-Italian team of researchers in wood science and solid mechanics. To assess the fragility of the artwork while suggesting preventive conservation steps, they developed original methods: optical measurement of shape and effect of mechanical actions; instrumented crossbars for monitoring curvature and forces applied on the back; measurement of pressures exerted by the rebate of the frame... These data made it possible to build virtual models simulating the combined effects of the mechanical and hygrothermal stresses suffered by the work, to demonstrate the low risk of degradation remains provided that stable storage conditions are maintained, and to consider technical improvements to the framing system. This approach of conservation, based on the application of engineering science and the focus on individual objects, has noticeably spread thanks to that project., Depuis son installation dans la salle des Etats en 2005 la planche de peuplier sur laquelle la Joconde est peinte est suivie par une équipe franco-italienne de chercheurs en sciences du bois et mécanique des solides. Chargée d’évaluer la fragilité de l’œuvre tout en émettant des avis sur sa conservation préventive, elle a développé au fil des examens annuels des méthodes originales : mesures optiques de la forme et de l’effet d’actions mécaniques ; traverses instrumentées pour monitorer courbure et efforts appliqués au revers ; mesure des pressions exercées par la feuillure du châssis cadre… Ces données ont permis de construire des modèles virtuels simulant les effets des sollicitations hygro-mécaniques subies par l’œuvre, de démontrer le faible risque de dégradation moyennant le maintien de conditions de conservation stables et d’envisager des améliorations du dispositif d’encadrement. Cette approche de la conservation, basée sur l’apport des sciences de l’ingénieur et l’attention portée à des objets individuels, a connu depuis un essor remarquable.

Sap-In: Comprendre les mécanismes de formation des poches d’eau du bois et des dépérissements du sapin pectiné (Abies alba). Colloque Sapin pectiné, où en est-on ?