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Caroline Solas, Isabelle Poizot-Martin, Eric Bellissant, Lionel Piroth, Patrizia Carrieri, Jade Ghosn, Marc Bourlière, Philippe Colson, Jean-Michel Molina, Alain Renault, Rodolphe Garraffo, Philippe Halfon, Laurent Alric, Alissa Naqvi, Département de Recherche CLinique, CISIH-Sud, Hôpital Sainte-Marguerite, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale ( SESSTIM - U912 INSERM - AMU - IRD ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ), Department of clinical and biological pharmacology and pharmacovigilance, CHU Pontchaillou [Rennes], Centre d'Investigation Clinique [Rennes] ( CIC ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service de pharmacologie, Hôpital Pasteur [Nice] ( CHU ) -CHU Nice, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes ( URMITE ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Département d'infectiologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Service de Pharmacocinétique et de Toxicologie, Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ), Centre de Recherches en Oncologie biologique et Oncopharmacologie ( CRO2 ), Aix Marseille Université ( AMU ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service de Pharmacologie, Service d'hépato-gastro-entérologie, Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ), Internal Medicine and Infectious Diseases Department, European Hospital and Alphabio Laboratory, Infection à VIH, réservoirs, diversité génétique et résistance aux antirétroviraux (ARV) ( EA 7327 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Pharmacochimie et Pharmacologie Pour le Développement ( PHARMA-DEV ), Université Toulouse III - Paul Sabatier ( UPS ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Service de Maladies Infectieuses [Nice], Observatoire Régional de la Santé Provence Alpes Côte d'Azur, ORS PACA, Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint Louis], Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Génétique et Ecologie des Virus, Génétique des Virus et Pathogénèse des Maladies Virales, Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'Immuno-hématologie clinique [Hôpital Sainte Marguerite - APHM], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud ), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Pasteur [Nice] (CHU), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Centre de Recherches en Oncologie biologique et Oncopharmacologie (CRO2), Aix Marseille Université (AMU)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'hépatologie et de gastroentérologie [Hôpital Saint-Joseph - Marseille], Aix Marseille Université (AMU)-Hôpital Saint-Joseph [Marseille], Hôpital Européen [Fondation Ambroise Paré - Marseille], Infection à VIH, réservoirs, diversité génétique et résistance aux antirétroviraux (ARV) (EA 7327), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service de Médecine Interne - Immunologie Clinique [AP-HP Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Pharmacochimie et Biologie pour le Développement (PHARMA-DEV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Hôpital Archet 2 [Nice] (CHU), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud )-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC), Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Hôpital Pasteur [Nice] (CHU)-Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis(ANRS), Jonchère, Laurent, and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)

Roxane Verdikt, Maryam Bendoumou, Sophie Bouchat, Lorena Nestola, Alexander O. Pasternak, Gilles Darcis, Véronique Avettand-Fenoel, Caroline Vanhulle, Amina Aït-Ammar, Marion Santangelo, Estelle Plant, Valentin Le Douce, Nadège Delacourt, Aurelija Cicilionytė, Coca Necsoi, Francis Corazza, Caroline Pereira Bittencourt Passaes, Christian Schwartz, Martin Bizet, François Fuks, Asier Sáez-Cirión, Christine Rouzioux, Stéphane De Wit, Ben Berkhout, Virginie Gautier, Olivier Rohr, Carine Van Lint, Université libre de Bruxelles (ULB), University of Amsterdam [Amsterdam] (UvA), Université de Liège, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), University College Dublin [Dublin] (UCD), Institut Pasteur [Paris] (IP), HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Université de Strasbourg (UNISTRA), CVL acknowledges funding from the Belgian National Fund for Scientific Research (F.R.S.-FNRS, Belgium), the « Fondation Roi Baudouin », the NEAT (European AIDS Treatment Network) program, the Internationale Brachet Stiftung, ViiV Healthcare, the Walloon Region (« Fonds de Maturation »), « Les Amis des Instituts Pasteur à Bruxelles, asbl », and the University of Brussels (Action de Recherche Concertée ULB grant) related to her work on HIV latency. The laboratory of CVL is part of the ULB-Cancer Research Center (U-CRC). RV was funded by an 'Aspirant' fellowship (F.R.S-FNRS), a fellowship from 'Les Amis des Instituts Pasteur à Bruxelles, asbl' and is a Belgian American Educational Foundation (BAEF) fellow and a scientific collaborator of the ULB. LN is supported by a 'PDR' grant from the F.R.S-FNRS. GD is a postdoctoral clinical master specialist for the F.R.S-FNRS. A A-A is a fellow of the 'Wallonie-Bruxelles International' Program and the Marie Skłodowska Curie COFUND action. EP is a fellow of the 'Télévie Program' (F.R.S-FNRS). MBD and MS are funded by FRIA fellowships (F.R.S.-FNRS). CVL is 'Directeur de Recherches' at the F.R.S-FNRS. Work in OR's laboratory was supported by grants from the French Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), the Sidaction and the 'Alsace contre le Cancer' Foundation. This work was supported by the European Union's Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement No 691119-EU4HIVCURE-H2020-MSCA-RISE-2015. This work is supported by 1UM1AI164562-01, co-funded by National Heart, Lung and Blood Institute, National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases, National Institute of Neurological Disorders and Stroke, National Institute on Drug Abuse and the National Institute of Allergy and Infectious, We thank the members of the ANRS (French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis) RHIVIERA (Remission of HIV Era) Consortium for helpful discussions. We thank the HIV-1+ individuals for their willingness to participate in this study. We thank the nursing team of CHU Saint-Pierre Hospital (Elodie Goudeseune, Joëlle Cailleau and Annick Caestecker) who cared for the HIV+ individuals. We thank Jacqueline Pineau from the transfusion centre of Charleroi (Belgium) for providing blood from healthy donors. We thank Hilde Vereertbrugghen from Francis Corazza's laboratory for excellent technical assistance. We thank Motoko Unoki for her precious advice regarding UHRF1 RNA interference. We thank Mitia Duerinckx and Benoît Van Driessche for their support in the probabilistic and statistical analyses., European Project: 691119,H2020,H2020-MSCA-RISE-2015,EU4HIVCURE(2016), Saez-Cirion, Asier, Accelerating HIV Cure in Europe - EU4HIVCURE - - H20202016-02-01 - 2020-01-31 - 691119 - VALID, Medical Microbiology and Infection Prevention, AII - Infectious diseases, Service of Molecular Virology, Department of Molecular Biology (DBM), Université Libre de Bruxelles (ULB), Gosselies 6041, Belgium, Department of Medical Microbiology, Amsterdam UMC, University of Amsterdam, Laboratory of Experimental Virology, Amsterdam 1105 AZ, the Netherland, Infectious Diseases Department, Liège University Hospital, Liège 4000, Belgium, Centre for Research in Infectious Diseases, University College Dublin, Dublin 4, Ireland, Service des Maladies Infectieuses, CHU St-Pierre, Université Libre de Bruxelles (ULB), Brussels 1000, Belgium, Laboratory of Immunology, IRISLab, CHU Brugmann, Université Libre de Bruxelles (ULB), Brussels 1020, Belgium, Dynamique des interactions hôte pathogène (DIHP), Laboratory of Cancer Epigenetics, Faculty of Medicine, ULB-Cancer Research Center (U-CRC), Université Libre de Bruxelles (ULB), Brussels 1070, Belgium, and AP-HP, Hôpital Necker-Enfants-Malades, Service de Microbiologie clinique, Paris 75015, France

Jean Dubuisson, Laura Riva, Costin-Ioan Popescu, Corentin Spriet, Yves Rouillé, Nicolas Barois, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateformes Lilloises en Biologie et Santé - UAR 2014 - US 41 (PLBS), Institute of Biochemistry [Bucharest], Romanian Academy, This research was funded by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS) and the ANR through ERA-NET Infect-ERA program (ANR-13-IFEC-0002-01). LR was supported by a post-doctoral fellowship co-funded by the University of Liège and the European Union funding Marie Curie BeIPD DG Research-FP7-PEOPLE PCOFUND-GA-2012-600405., ANR-13-IFEC-0002,HCV-ASSEMBLY,Identification of host factors involved in Hepatitis C Virus assembly and characterization of their potential role in vivo(2013), European Project: 600405,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2012-COFUND,BEIPD(2013), Rouillé, Yves, ERA-NET Infect-ERA - Identification of host factors involved in Hepatitis C Virus assembly and characterization of their potential role in vivo - - HCV-ASSEMBLY2013 - ANR-13-IFEC-0002 - IFEC - VALID, Be International Post-Doc - Euregio and Greater Region - BEIPD - - EC:FP7:PEOPLE2013-02-01 - 2019-01-31 - 600405 - VALID, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Plateformes Lilloises en Biologie et Santé - UMS 2014 - US 41 (PLBS)

Avettand-Fenoel, Véronique, Lechenadec, Jérôme, Diallo, Mariama Sadjo, Fillion, Marine, Melard, Adeline, Samri, Assia, Dollfus, Catherine, Blanche, Stéphane, Faye, Albert, Amokrane, Kahina, Autran, Brigitte, Buseyne, Florence, Warszawski, Josiane, Frange, Pierre, Study, ANRS-EP59-CLEAC, Laboratoire de Microbiologie Clinique [AP-HP Hôpital Necker-Enfants Malades], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Cité (UPCité), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses (CIMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de pédiatrie générale, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Cité (UPCité), Service d'Immunologie et d'Histocompatibilité, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Cité (UPCité), Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes / Oncogenic Virus Epidemiology and Pathophysiology (EPVO (UMR_3569 / U-Pasteur_3)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), The ANRS CLEAC study was supported by the ANRS (French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis)., The ANRS CLEAC study group: Hôpital Armand Trousseau, Paris: Mary-France Courcoux, Catherine Dollfus, Marie-Dominique Tabone, Geneviève Vaudre, Hôpital Bicêtre, Le Kremlin-Bicêtre: Corinne Fourcade, Josiane Warsazawski, Jérôme Lechenadec, Olivia Dialla, Laura Nailler, Lamya Ait Si Selmi, Isabelle Leymarie, Thierry Wack, Alexandre Hoctin, Razika Feraon-Nanache, Centre hospitalier intercommunal de Créteil: Isabelle Hau, Hôpital Delafontaine, Saint-Denis: Cécile Gakobwa, Hôpital Necker-Enfants Malades, Paris: Véronique Avettand-Fenoël, Stéphane Blanche, Marine Fillion, Pierre Frange, Nizar Mahlaoui, Adeline Mélard,Florence Veber, Marie-Christine Mourey, Maternité Port-Royal, Paris: Valérie Marcou, Hôpital Robert Debré, Paris: Albert Faye, Martine Lévine, Sandrine Richard, Pitié-Salpêtrière, Paris: Brigitte Autran, Assia Samri, Mariama Diallo, Hôpital Saint-Louis: Sophie Caillat-Zucman, Kahina Amokrane, Rayna Ivanova-Derin, Centre hospitalier intercommunal de Villeneuve-Saint-Georges: Anne Chacé, Institut Pasteur Paris: Florence Buseyne, Thomas Montange, Damien Batalie, Ingrid Fert, Asier Saez-Cirion, Valérie Monceaux, Daniel Scott-Algara, ANRS: Lucie Marchand, Delphine Lebrasseur, Axel Levier., Université de Paris (UP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Service d'hématologie-immunologie-oncologie pédiatrique [CHU Trousseau], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université de Paris (UP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), and Buseyne, Florence

Jean-Charles Guéry, Jacques Izopet, Asma Essat, Arnoo Shaiykova, Caroline Passaes, Sophie Laffont, Ali Youness, Pascal Azar, Michaela Müller-Trutwin, José E. Mejía, Pierre Delobel, Laurence Meyer, Claire Cenac, Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan ex IFR 30 et IFR 150 (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Virologie [Purpan], CHU Toulouse [Toulouse]-Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], HIV, Inflammation et persistance, Institut Pasteur [Paris], Service maladies infectieuses et tropicales [CHU Purpan], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse], his work was supported by grants from the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS, EP-53 study), Fondation pour la Recherche Médicale (DEQ20180339187), and Conseil Régional Occitanie-Midi-Pyrénées. PA was supported by a fellowship from SIDACTION. MMT received grants from the ANRS and the Fondation Beytout., We gratefully acknowledge support from F. L’Faqihi, A.L. Iscache, and V. Duplan at the flow cytometry facility (CPTP), E. Lhuillier, C. Naylies, A. Emile, and Y. Lippi for DNA sequencing and RNA analyses at the GeT-Purpan and GeT-TRiX facilities, and the technical assistance of M. Requena, M. Cazabat, and R. Carcénac. We also thank Anaïs Bellin-Robert and Guilhem Vazzoler for assistance during plasmid cloning, G. von Heijne and H. Nielsen for comments on SignalP, H. Blanché-Koch for curating the CEPH sample panel, S. Lupold for the Metridia luciferase vector, and W. Chowdhury and S. Chavanas for advice on luciferase assays., Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Virologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, Institut Pasteur [Paris] (IP), Service Maladies infectieuses et tropicales [CHU Toulouse], Pôle Inflammation, infection, immunologie et loco-moteur [CHU Toulouse] (Pôle I3LM Toulouse), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), and Passaes, Caroline

Fabienne Marcellin, Vincent Di Beo, Hugues Aumaitre, Marion Mora, Linda Wittkop, Claudine Duvivier, Camelia Protopopescu, Karine Lacombe, Laure Esterle, Cyril Berenger, Camille Gilbert, Olivier Bouchaud, Isabelle Poizot-Martin, Philippe Sogni, Dominique Salmon-Ceron, Patrizia Carrieri, D. Salmon, L. Wittkop, P. Sogni, L. Esterle, P. Trimoulet, J. Izopet, L. Serfaty, V. Paradis, B. Spire, P. Carrieri, M.A. Valantin, G. Pialoux, J. Chas, I. Poizot-Martin, K. Barange, A. Naqvi, E. Rosenthal, A. Bicart-See, O. Bouchaud, A. Gervais, C. Lascoux-Combe, C. Goujard, K. Lacombe, C. Duvivier, D. Neau, P. Morlat, F. Bani-Sadr, L. Meyer, F. Boufassa, B. Autran, A.M. Roque, C. Solas, H. Fontaine, D. Costagliola, L. Piroth, A. Simon, D. Zucman, F. Boué, P. Miailhes, E. Billaud, H. Aumaître, D. Rey, G. Peytavin, V. Petrov-Sanchez, D. Lebrasseur-Longuet, R. Usubillaga, B. Terris, P. Tremeaux, C. Katlama, H. Stitou, P. Cacoub, S. Nafissa, Y. Benhamou, F. Charlotte, S. Fourati, O. Zaegel, H. Laroche, C. Tamalet, P. Callard, F. Bendjaballah, C. Amiel, C. Le Pendeven, B. Marchou, L. Alric, S. Metivier, J. Selves, F. Larroquette, V. Rio, J. Haudebourg, M.C. Saint-Paul, A. De Monte, V. Giordanengo, C. Partouche, A. Martin, M. Ziol, Y. Baazia, V. Iwaka-Bande, A. Gerber, M. Uzan, D. Garipuy, M.J. Ferro-Collados, F. Nicot, Y. Yazdanpanah, H. Adle-Biassette, G. Alexandre, J.M. Molina, P. Bertheau, M.L. Chaix, C. Delaugerre, S. Maylin, J. Bottero, J. Krause, P.M. Girard, D. Wendum, P. Cervera, J. Adam, C. Viala, D. Vittecocq, Y. Quertainmont, E. Teicher, C. Pallier, O. Lortholary, C. Rouzaud, J. Lourenco, F. Touam, C. Louisin, V. Avettand-Fenoel, E. Gardiennet, A. Mélard, A. Ochoa, E. Blanchard, S. Castet-Lafarie, C. Cazanave, D. Malvy, M. Dupon, H. Dutronc, F. Dauchy, L. Lacaze-Buzy, A. Desclaux, P. Bioulac-Sage, S. Reigadas, D. Lacoste, F. Bonnet, N. Bernard, M. Hessamfar, J, F. Paccalin, C. Martell, M.C. Pertusa, M. Vandenhende, P. Mercié, T. Pistone, M.C. Receveur, M. Méchain, P. Duau, C. Rivoisy, I. Faure, S. Caldato, P. Bellecave, C. Tumiotto, J.L. Pellegrin, J.F. Viallard, E. Lazzaro, C. Greib, C. Majerholc, M. Brollo, E. Farfour, J. Polo Devoto, I. Kansau, V. Chambrin, C. Pignon, L. Berroukeche, R. Fior, V. Martinez, S. Abgrall, M. Favier, C. Deback, Y. Lévy, S. Dominguez, J.D. Lelièvre, A.S. Lascaux, G. Melica, F. Raffi, C. Allavena, V. Reliquet, D. Boutoille, C. Biron, M. Lefebvre, N. Hall, S. Bouchez, A. Rodallec, L. Le Guen, C. Hemon, D. Peyramond, C. Chidiac, F. Ader, F. Biron, A. Boibieux, L. Cotte, T. Ferry, T. Perpoint, J. Koffi, F. Zoulim, F. Bailly, P. Lack, M. Maynard, S. Radenne, M. Amiri, F. Valour, C. Augustin-Normand, C. Scholtes, T.T. Le-Thi, P. Chavanet, M. Duong Van Huyen, M. Buisson, A. Waldner-Combernoux, S. Mahy, R. Binois, A.L. Simonet-Lann, D. Croisier-Bertin, A. Salmon Rousseau, C. Martins, S. Galim, D. Lambert, Y. Nguyen, J.L. Berger, M. Hentzien, V. Brodard, M. Partisani, M.L. Batard, C. Cheneau, M. Priester, C. Bernard-Henry, E. de Mautort, P. Gantner et S Fafi-Kremer, F. Roustant, P. Platterier, I. Kmiec, L. Traore, S. Lepuil, S. Parlier, V. Sicart-Payssan, E. Bedel, S. Anriamiandrisoa, C. Pomes, M. Mole, C. Bolliot, P. Catalan, M. Mebarki, A. Adda-Lievin, P. Thilbaut, Y. Ousidhoum, F.Z. Makhoukhi, O. Braik, R. Bayoud, C. Gatey, M.P. Pietri, V. Le Baut, R. Ben Rayana, D. Bornarel, C. Chesnel, D. Beniken, M. Pauchard, S. Akel, C. Lions, A. Ivanova, A.-S. Ritleg, C. Debreux, L. Chalal, J. Zelie, H. Hue, A. Soria, M. Cavellec, S. Breau, A. Joulie, P. Fisher, S. Gohier, S. Ogoudjobi, C. Brochier, V. Thoirain-Galvan, M. Le Cam, M. Chalouni, V. Conte, L. Dequae-Merchadou, M. Desvallees, C. Gilbert, S. Gillet, R. Knight, T. Lemboub, F. Marcellin, L. Michel, M. Mora, C. Protopopescu, P. Roux, S. Tezkratt, T. Barré, M. Baudoin, M. Santos, V. Di Beo, M. Nishimwe, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Centre Hospitalier Saint Jean de Perpignan, Institut de Santé Publique, d'Epidémiologie et de Développement (ISPED), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Team MORPH3EUS (INSERM U1219 - UB - ISPED), Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Pôle de Santé publique [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux], Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), CIC Bordeaux, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de maladies infectieuses et tropicales [CHU Avicenne], Hôpital Avicenne [AP-HP], Université Paris 13 (UP13), Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud ), Département d'hépatologie [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Immunobiologie des Cellules dendritiques, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service Maladies infectieuses et tropicales [AP-HP Hôpital Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This study was sponsored and funded by the French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS)., ANRS CO13 HEPAVIH Study Group : : D Salmon, L Wittkop, P Sogni, L Esterle, P Trimoulet, J Izopet, L Serfaty, V Paradis, B Spire, P Carrieri, M A Valantin, G Pialoux, J Chas, I Poizot-Martin, K Barange, A Naqvi, E Rosenthal, A Bicart-See, O Bouchaud, A Gervais, C Lascoux-Combe, C Goujard, K Lacombe, C Duvivier, D Neau, P Morlat, F Bani-Sadr, L Meyer, F Boufassa, B Autran, A M Roque, C Solas, H Fontaine, D Costagliola, L Piroth, A Simon, D Zucman, F Boué, P Miailhes, E Billaud, H Aumaître, D Rey, G Peytavin, V Petrov-Sanchez, D Lebrasseur-Longuet, D Salmon, R Usubillaga, P Sogni, B Terris, P Tremeaux, C Katlama, M A Valantin, H Stitou, A Simon, P Cacoub, S Nafissa, Y Benhamou, F Charlotte, S Fourati, I Poizot-Martin, O Zaegel, H Laroche, C Tamalet, G Pialoux, J Chas, P Callard, F Bendjaballah, C Amiel, C Le Pendeven, B Marchou, L Alric, K Barange, S Metivier, J Selves, F Larroquette, E Rosenthal, A Naqvi, V Rio, J Haudebourg, M C Saint-Paul, A De Monte, V Giordanengo, C Partouche, O Bouchaud, A Martin, M Ziol, Y Baazia, V Iwaka-Bande, A Gerber, M Uzan, A Bicart-See, D Garipuy, M J Ferro-Collados, J Selves, F Nicot, A Gervais, Y Yazdanpanah, H Adle-Biassette, G Alexandre, G Peytavin, C Lascoux-Combe, J M Molina, P Bertheau, M L Chaix, C Delaugerre, S Maylin, K Lacombe, J Bottero, J Krause, P M Girard, D Wendum, P Cervera, J Adam, C Viala, D Vittecocq, C Goujard, Y Quertainmont, E Teicher, C Pallier, O Lortholary, C Duvivier, C Rouzaud, J Lourenco, F Touam, C Louisin, V Avettand-Fenoel, E Gardiennet, A Mélard, D Neau, A Ochoa, E Blanchard, S Castet-Lafarie, C Cazanave, D Malvy, M Dupon, H Dutronc, F Dauchy, L Lacaze-Buzy, A Desclaux, P Bioulac-Sage, P Trimoulet, S Reigadas, P Morlat, D Lacoste, F Bonnet, N Bernard, M Hessamfar J, F Paccalin, C Martell, M C Pertusa, M Vandenhende, P Mercié, D Malvy, T Pistone, M C Receveur, M Méchain, P Duau, C Rivoisy, I Faure, S Caldato, P Bioulac-Sage, P Trimoulet, S Reigadas, P Bellecave, C Tumiotto, J L Pellegrin, J F Viallard, E Lazzaro, C Greib, P Bioulac-Sage, P Trimoulet, S Reigadas, D Zucman, C Majerholc, M Brollo, E Farfour, F Boué, J Polo Devoto, I Kansau, V Chambrin, C Pignon, L Berroukeche, R Fior, V Martinez, S Abgrall, M Favier, C Deback, Y Lévy, S Dominguez, J D Lelièvre, A S Lascaux, G Melica, E Billaud, F Raffi, C Allavena, V Reliquet, D Boutoille, C Biron, M Lefebvre, N Hall, S Bouchez, A Rodallec, L Le Guen, C Hemon, P Miailhes, D Peyramond, C Chidiac, F Ader, F Biron, A Boibieux, L Cotte, T Ferry, T Perpoint, J Koffi, F Zoulim, F Bailly, P Lack, M Maynard, S Radenne, M Amiri, F Valour, J Koffi, F Zoulim, F Bailly, P Lack, M Maynard, S Radenne, C Augustin-Normand, C Scholtes, T T Le-Thi, L Piroth, P Chavanet, M Duong Van Huyen, M Buisson, A Waldner-Combernoux, S Mahy, R Binois, A L Simonet-Lann, D Croisier-Bertin, A Salmon Rousseau, C Martins, H Aumaître, S Galim, F Bani-Sadr, D Lambert, Y Nguyen, J L Berger, M Hentzien, V Brodard, D Rey, M Partisani, M L Batard, C Cheneau, M Priester, C Bernard-Henry, E de Mautort, P Gantner Et S Fafi-Kremer, F Roustant, P Platterier, I Kmiec, L Traore, S Lepuil, S Parlier, V Sicart-Payssan, E Bedel, S Anriamiandrisoa, C Pomes, F Touam, C Louisin, M Mole, C Bolliot, P Catalan, M Mebarki, A Adda-Lievin, P Thilbaut, Y Ousidhoum, F Z Makhoukhi, O Braik, R Bayoud, C Gatey, M P Pietri, V Le Baut, R Ben Rayana, D Bornarel, C Chesnel, D Beniken, M Pauchard, S Akel, S Caldato, C Lions, A Ivanova, A-S Ritleg, C Debreux, L Chalal, J Zelie, H Hue, A Soria, M Cavellec, S Breau, A Joulie, P Fisher, S Gohier, D Croisier-Bertin, S Ogoudjobi, C Brochier, V Thoirain-Galvan, M Le Cam, P Carrieri, M Chalouni, V Conte, L Dequae-Merchadou, M Desvallees, L Esterle, C Gilbert, S Gillet, R Knight, T Lemboub, F Marcellin, L Michel, M Mora, C Protopopescu, P Roux, B Spire, S Tezkratt, T Barré, M Baudoin, M Santos, V Di Beo, M Nishimwe, L Wittkop., Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Services des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Cochin [AP-HP], Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Dupuis, Christine

Guido Kroemer, Audrey Paoletti, Awatef Allouch, Gabrielle Lê-Bury, Marie-Lise Gougeon, Cristina Di Primio, Annie David, Mauro Piacentini, Gianfranco Pancino, Guillaume Montagnac, Valentina Quercioli, Jean-Luc Perfettini, Asier Sáez-Cirión, Anna Cereseto, Roberta Nardacci, Frédéric Subra, David M. Ojcius, Florence Niedergang, Héla Saïdi, Saez-Cirion, Asier, Instituts Hospitalo-Universitaires B - Institut de Médecine Personnalisée du Cancer - - MMO (IHU-CANCER)2010 - ANR-10-IBHU-0001 - IBHU - VALID, Institut Gustave Roussy (IGR), Radiothérapie Moléculaire et Innovation Thérapeutique (RaMo-IT), Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Saclay, Scuola Normale Superiore di Pisa (SNS), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire de biologie et pharmacologie appliquée (LBPA), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay), National Institute for Infectious Diseases 'Lazzaro Spallanzani', HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, Institut Pasteur [Paris] (IP), Immunité Antivirale, Biothérapie et Vaccins, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre for Integrative Biology (CIBIO), University of Trento (CIBIO), University of Trento [Trento], Arthur A. Dugoni School of Dentistry [San Francisco], University of the Pacific [San Francisco], University of the Pacific-University of the Pacific, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Hématopoïèse normale et pathologique (U1170 Inserm), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Istituto Nazionale di Malattie Infettive 'Lazzaro Spallanzani' (INMI), Università degli Studi di Roma Tor Vergata [Roma], Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Plateforme de métabolomique, Direction de la recherche [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Métabolisme, cancer et immunité = Metabolism, Cancer & Immunity [CRC] (Equipe labellisée Ligue contre le cancer), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), Pôle de biologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Department of Women's and Children's Health, Karolinska Institutet [Stockholm]-Karolinska University Hospital [Stockholm], This work was supported by funds from Agence Nationale de la Recherche (ANR-10-IBHU-0001, ANR-10-LABX33, and ANR-11-IDEX-003-01), Cancéropole Ile de France, Electricité de France, Fondation Gustave Roussy, Institut National du Cancer (INCA 9414), NATIXIS, SIDACTION, and the French National Agency for Research on AIDS and viral Hepatitis (ANRSH) (to J-LP and FN)., We acknowledge Dr Alessandro Donado, Yann Lecluse, Floriane Herit, and Pierre Bourdoncle (IMAG’IC facility of Institut Cochin) for their technical support, and Pr. Eric Solary for the pRLL-EF1-PGK-GFP lentiviral vector plasmid., ANR-10-IBHU-0001,MMO (IHU-CANCER),Institut de Médecine Personnalisée du Cancer(2010), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), HIV, Inflammation et persistance, Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université de Paris (UP)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université de Paris (UP), École Pratique des Hautes Études (EPHE), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité)-École Pratique des Hautes Études (EPHE)

Dominique Salmon-Ceron, Maria Patrizia Carrieri, Fabienne Marcellin, Linda Wittkop, Marie Costa, Philippe Sogni, Issifou Yaya, Denis Lacoste, Hugues Aumaitre, Jessica Krause, Virginie Villes, Teresa Rojas Rojas, Camelia Protopopescu, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Coordination Régionale de la lutte contre l'infection à VIH (COREVIH Aquitaine), CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin-Hôpital du Tondu, Service des maladies infectieuses [CH Perpignan], Centre Hospitalier Saint Jean de Perpignan, Team MORPH3EUS (INSERM U1219 - UB - ISPED), Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d’information Médicale [CHU de Bordeaux] (Pôle de Santé Publique), CHU Bordeaux [Bordeaux], Services des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint-Antoine], CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service Maladies infectieuses et tropicales [AP-HP Hôpital Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Physiopathologie du système immunitaire (Inserm U1223), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Service d'hépatologie médicale [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This work was supported by the French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS: France Recherche Nord & sud Sida-hiv Hépatites), with the participation of Abbott France, Glaxo-Smith-Kline, Roche, Schering-Plough, BMS, Merck-Serono., ANRS CO13 HEPAVIH Study Group : Scientific Committee of the ANRS CO13 HEPAVIH Study Group: D. Salmon (co-Principal investigator), L. Wittkop (co- Principal Investigator), P. Sogni (co-Principal Investigator), L. Esterle (project manager), P. Trimoulet, J. Izopet, L. Serfaty, V. Paradis, B. Spire, P. Carrieri, M.A. Valantin, G. Pialoux, J. Chas, I. Poizot-Martin, K. Barange, A. Naqvi, E. Rosenthal, A. Bicart-See, O. Bouchaud, A. Gervais, C. Lascoux-Combe, C. Goujard, K. Lacombe, C. Duvivier, D. Vittecoq, D. Neau, P. Morlat, F. Bani-Sadr, L. Meyer, F. Boufassa, B. Autran, A.M. Roque, C. Solas, H. Fontaine, D. Costagliola, L. Piroth, A. Simon, D. Zucman, F. Boué, P. Miailhes, E. Billaud, H. Aumaître, D. Rey, G. Peytavin, V. Petrov-Sanchez, A. Pailhé. Clinical Centres (ward/participating physicians): APHP Cochin, Paris (Médecine Interne et Maladies Infectieuses: D. Salmon, R. Usubillaga, Hépato-gastro-entérologie: P. Sogni, Anatomo-pathologie: B. Terris, Virologie: P. Tremeaux), APHP Pitié-Salpétrière, Paris (Maladies Infectieuses et Tropicales: C. Katlama, M.A. Valantin, H. Stitou, Hépato-gastro-entérologie: Y. Benhamou, Anatomo-pathologie: F. Charlotte, Virologie: S. Fourati), APHP Pitié-Salpétrière, Paris (Médecine Interne: A. Simon, P. Cacoub, S. Nafissa), APHM Sainte- Marguerite, Marseille (Service d’Immuno-Hématologie Clinique: I. Poizot-Martin, O. Zaegel, H. Laroche, Virologie: C. Tamalet), APHP Tenon, Paris (Maladies Infectieuses et Tropicales: G. Pialoux, J. Chas, Anatomo-pathologie: P. Callard, F. Bendjaballah, Virologie: C. Le Pendeven), CHU Purpan, Toulouse (Maladies Infectieuses et Tropicales: B. Marchou, Hépato-gastro-entérologie: L. Alric, K. Barange, S. Metivier, Anatomo-pathologie: J. Selves, Virologie: F. Larroquette), CHU Archet, Nice (Médecine Interne: E. Rosenthal, Infectiologie: A. Naqvi, V. Rio, Anatomo-pathologie: J. Haudebourg, M.C. Saint-Paul, Virologie: C. Partouche), APHP Avicenne, Bobigny (Médecine Interne – Unité VIH: O. Bouchaud, Anatomo-pathologie: M. Ziol, Virologie: Y. Baazia), Hôpital Joseph Ducuing, Toulouse (Médecine Interne: M. Uzan, A. Bicart-See, D. Garipuy, M.J. Ferro-Collados, Virologie: F. Nicot), APHP Bichat-Claude Bernard, Paris (Maladies Infectieuses:, A. Gervais, Y. Yazdanpanah, Anatomo-pathologie: H. Adle- Biassette, Virologie: G. Alexandre), APHP Saint-Louis, Paris (Maladies infectieuses: C. Lascoux-Combe, J.M. Molina, Anatomo-pathologie: P. Bertheau, Virologie: M.L. Chaix, C. Delaugerre, S. Maylin), APHP Saint-Antoine (Maladies Infectieuses et Tropicales:, K. Lacombe, J. Bottero, J. Krause P.M. Girard, Anatomo-pathologie: D. Wendum, P. Cervera, J. Adam, Virologie: C. Viala), APHP Bicêtre, Paris (Médecine Interne: C. Goujard, Y. Quertainmont, E. Teicher, Virologie: C. Pallier, Maladies Infectieuses: D. Vittecoq), APHP Necker, Paris (Maladies Infectieuses et Tropicales: O. Lortholary, C. Duvivier, C. Rouzaud, J. Lourenco, F. Touam, C. Louisin: Virologie: V. Avettand-Fenoel, A. Mélard), CHU Pellegrin, Bordeaux (Maladies Infectieuses et Tropicales: D. Neau, A. Ochoa, E. Blanchard, S. Castet-Lafarie, C. Cazanave, D. Malvy, M. Dupon, H. Dutronc, F. Dauchy, L. Lacaze-Buzy, Anatomopathologie: P. Bioulac-Sage, Virologie: P. Trimoulet, S. Reigadas), Hôpital Saint-André, Bordeaux (Médecine Interne et Maladies Infectieuses: Médecine Interne et Maladies Infectieuses: P. Morlat, D. Lacoste, F. Bonnet, N. Bernard, M. Hessamfar, J.F. Paccalin, C. Martell, M.C. Pertusa, M. Vandenhende, P. Merciéer, D. Malvy, T. Pistone, M.C. Receveur, M. Méchain, P. Duffau, C Rivoisy, I. Faure, S. Caldato, Anatomo-pathologie: P. Bioulac-Sage, Hôpital du Haut-Levêque, Bordeaux (Médecine Interne: J.L. Pellegrin, J.F. Viallard, E. Lazzaro, C. Greib, Hôpital FOCH, Suresnes (Médecine Interne: D. Zucman, C. Majerholc, Virologie: E. Farfour), APHP Antoine Béclère, Clamart (Médecine Interne: F. Boué, J. Polo Devoto, I. Kansau, V. Chambrin, C. Pignon, L. Berroukeche, R. Fior, V. Martinez, Virologie: C. Deback), CHU Henri Mondor, Créteil (Immunologie Clinique: Y. Lévy, S. Dominguez, J.D. Lelièvre, A.S. Lascaux, G. Melica), CHU Hôtel Dieu, Nantes (Maladies Infectieuses et Tropicales: E. Billaud, F. Raffi, C. Allavena , V. Reliquet, D. Boutoille, C. Biron, Virologie: A. Rodallec, L. Le Guen), Hôpital de la Croix Rousse, Lyon (Maladies Infectieuses et Tropicales: P. Miailhes, D. Peyramond, C. Chidiac, F. Ader, F. Biron, A. Boibieux, L. Cotte, T. Ferry, T. Perpoint, J. Koffi, F. Zoulim, F. Bailly, P. Lack, M. Maynard, S. Radenne, M. Amiri, Virologie: C. Scholtes, T.T. Le-Thi), CHU Dijon, Dijon (Département d’infectiologie: L. Piroth, P. Chavanet M. Duong Van Huyen, M. Buisson, A. Waldner-Combernoux, S. Mahy, R. Binois, A.L. Simonet-Lann, D. Croisier-Bertin), CH Perpignan, Perpignan (Maladies infectieuses et tropicales: H. Aumaître), CHU Robert Debré, Reims (Médecine interne, maladies infectieuses et immunologie clinique: F. Bani-Sadr, D. Lambert, Y. Nguyen, J.L. Berger), CHRU Strasbourg (Le Trait d’Union: D. Rey, M. Partisani, M.L. Batard, C. Cheneau, M. Priester, C. Bernard- Henry, E. de Mautort, Virologie: P. Gantner et S. Fafi-Kremer), APHP Bichat-Claude Bernard (Pharmacologie: G. Peytavin). Data collection: F. Roustant, I. Kmiec, L. Traore, S. Lepuil, S. Parlier, V. Sicart-Payssan, E. Bedel, F. Touam, C. Louisin, M. Mole, C. Bolliot, M. Mebarki, A. Adda-Lievin, F.Z. Makhoukhi, O. Braik, R. Bayoud, M.P. Pietri, V. Le Baut, D. Bornarel, C. Chesnel, D. Beniken, M. Pauchard, S. Akel, S. Caldato, C. Lions, L. Chalal, Z. Julia, H. Hue, A. Soria, M. Cavellec, S. Breau, A. Joulie, P. Fisher, C. Ondo Eyene, S. Ogoudjobi, C. Brochier, V. Thoirain-Galvan. Management, statistical analyses: E. Boerg, P. Carrieri, V. Conte, L. Dequae- Merchadou,M.Desvallees, N. Douiri, L. Esterle, C. Gilbert, S. Gillet, R. Knight, F. Marcellin, L. Michel, M. Mora, C. Protopopescu, P. Roux, B. Spire, S. Tezkratt, I. Yaya, T. Barré, T. Rojas, V. Villes, M. Baudoin, M. Santos., Dupuis, Christine, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)

Haithem Dakhli, David M. Ojcius, Maxime Thoreau, Héla Saïdi, Eric Solary, Awatef Allouch, Jean-Luc Perfettini, Olivier Lambotte, Marina Caillet, Eric Deutsch, Olivier Delelis, Qiuji Wu, Zeinaf Muradova, Mauro Piacentini, Gianfranco Pancino, Roger Le Grand, Syed Qasim Raza, Audrey Paoletti, Asier Sáez-Cirión, Béatrice Poirier-Beaudouin, Nathalie Dereuddre-Bosquet, Frédéric Subra, Laurent Voisin, Guido Kroemer, Marie-Lise Gougeon, Roberta Nardacci, Frédéric Law, Radiothérapie moléculaire (UMR 1030), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Apoptose, cancer et immunité (U848), Immunité Anti-virale, Biothérapie et Vaccins (IABV), Institut Pasteur [Paris] (IP), Laboratoire de Biologie et de Pharmacologie Appliquée (LBPA), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Istituto Nazionale di Malattie Infettive 'Lazzaro Spallanzani' (INMI), Immunologie des Maladies Virales et Autoimmunes (IMVA - U1184), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Infectious Diseases Models for Innovative Therapies (IDMIT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, University of the South Pacific (USP), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Hématopoïèse normale et pathologique, Département de radiothérapie [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR), Università degli Studi di Roma Tor Vergata [Roma], Agence Nationale de la RechercheFrench National Research Agency (ANR) [ANR-10-IBHU-0001, ANR-10-LABX33, ANR-11-IDEX-003-01], Electricite de France, MIUR (FIRB)Ministero dell' Istruzione, dell' Universita e della Ricerca (MIUR), Ministry of Health of Italy 'Ricerca Finalizzata', ANR under the program 'Investissements d'Avenir'French National Research Agency (ANR) [ANR-10-LABX-33, ANR-11-IDEX-0003-01], Fondation Gustave Roussy, AIRCAssociazione Italiana per la Ricerca sul Cancro (AIRC), European Commission 'Transpath' Marie Curie Project, Agence Nationale de Recherche sur le Sida et sur les Hepatites (ANRSH)French National Research Agency (ANR), Higher Education Commission (Pakistan)Higher Education Commission of Pakistan, Laboratory of Excellence LERMIT, Institut National du CancerInstitut National du Cancer (INCA) France [INCA 9414], Canceropole Ile-de-FranceRegion Ile-de-France, Institut National du Cancer (INCa)Institut National du Cancer (INCA) France, NATIXIS, Sidaction, French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRSH)French National Research Agency (ANR), Ligue contre le Cancer (equipe labellisee), Agence National de la Recherche (ANR) -Projets blancsFrench National Research Agency (ANR), Institut Universitaire de France, Ministry of Health of Italy 'Ricerca Corrente', LabEx Immuno-Oncology, RHU Torino Lumiere, SIRIC Stratified Oncology Cell DNA Repair and Tumor Immune Elimination (SOCRATE), SIRIC Cancer Research and Personalized Medicine (CARPEM), MIUR (PRIN 2012)Ministero dell' Istruzione, dell' Universita e della Ricerca (MIUR), We gratefully acknowledge Y. Lecluse and S. Salome-Desnoulez for technical support., ANR-10-IBHU-0001,MMO (IHU-CANCER),Institut de Médecine Personnalisée du Cancer(2010), ANR-11-IDEX-0003,IPS,Idex Paris-Saclay(2011), European Project: 289964,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2011-ITN,TRANSPATH(2011), Leriche, Marianne, Instituts Hospitalo-Universitaires B - Institut de Médecine Personnalisée du Cancer - - MMO (IHU-CANCER)2010 - ANR-10-IBHU-0001 - IBHU - VALID, Idex Paris-Saclay - - IPS2011 - ANR-11-IDEX-0003 - IDEX - VALID, Transglutaminase in disease: a novel therapeutic target? - TRANSPATH - - EC:FP7:PEOPLE2011-11-01 - 2015-10-31 - 289964 - VALID, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Institut Pasteur [Paris], and HIV, Inflammation et persistance

Christine Rouzioux, Asma Essat, Véronique Avettand-Fenoel, Adeline Melard, Olivier Delelis, Tiphaine Lenfant, Marc Bary, Marine Gousset, Jean-Paul Viard, Laurence Meyer, Faroudy Boufassa, Cécile Goujard, Pauline Trémeaux, CCSD, Accord Elsevier, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Virologie [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Faculté de Médecine (UPD5 Médecine), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Laboratoire de Biologie et de Pharmacologie Appliquée (LBPA), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Diagnostic et de Thérapeutique, Hôpital de l’Hôtel-Dieu [Paris], Laboratoire de Microbiologie Clinique [AP-HP Hôpital Necker-Enfants Malades], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), The ANRS-PRIMO and SEROCO cohorts are sponsored by the ANRS (French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis). This work was funded by the ANRS., ANRS-SEROCO and PRIMO cohorts, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Khadim Ndiaye, Laura March, Christopher Kuaban, Luis Sagaon-Teyssier, Marie-Thérèse Mengue, Marie Suzan-Monti, Christian Laurent, Sylvie Boyer, Bruno Spire, Marion Fiorentino, Laurent Vidal, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Université Catholique d'Afrique Centrale - Institut Catholique de Yaoundé (UCAC), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Montpellier (UM), This study was funded by the French National Agency for Research on AIDS and viral hepatitis (ANRS)., Aiello, Mélisande, Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Université catholique d'Afrique centrale, Institut catholique de Yaoundé, Université de Yaoundé I [Yaoundé], Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses (TransVIHMI), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), and Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI)

Arielle R. Rosenberg, Alexandre Vandeputte, Karin Seron, Yves Rouillé, Muriel Lavie, Priscille Brodin, Jean Dubuisson, Sevser Sahpaz, Véronique Pène, Riadh Ksouri, Céline Rivière, Ramla Sahli, Marie-Emmanuelle Sahuc, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Charles Viollette (ICV) - EA 7394 (ICV), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Artois (UA)-Institut Supérieur d'Agriculture, Laboratoire des plantes aromatiques et médicinales (Faculté des Sciences Mathématiques, Physiques et Naturelles, Tunis) (LPAM), Faculté des Sciences Mathématiques, Physiques et Naturelles de Tunis (FST), Université de Tunis El Manar (UTM)-Université de Tunis El Manar (UTM), Virologie de l'hépatite C (EA 4474), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), This work was supported by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS-18208), the European Community (ERC-STG INTRACELLTB grant 260901), the Agence Nationale de la Recherche (ANR-10-EQPX-04-01), the Fonds Européen de Développement Régional (Feder) (12001407 [D-AL] EquipEx ImagInEx BioMed), and the Région Nord-Pas-de-Calais (convention 12000080), We thank platforms of CUMA (University of Lille 2, J. F. Goossens) and LARMN (University of Lille 2, N. Azaroual) for access to equipment. We are grateful to J. Bukh, C. M. Rice, and T. Wakita for providing essential reagents. We are also grateful to Abderrazak Smaoui (Biotechnology Centre of Borj-Cédria) concerning botanical identification and to Thibaut Vausselin for useful discussions. M.-E.S. is a recipient of a Ph.D. Fellowship provided by the French Government., European Project: 260901,EC:FP7:ERC,ERC-2010-StG_20091118,INTRACELLTB(2010), Université d'Artois (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Institut Supérieur d'Agriculture-Université de Lille, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille (CIIL) - U1019 - UMR 8204 (CIIL), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Faculté des Sciences Mathématiques, Physiques et Naturelles de Tunis - Faculty of Mathematical, Physical and Natural Sciences of Tunis, Séron, Karin, and A Chemical Genomics Approach of Intracellular Mycobacterium tuberculosis Towards Defining Specific Host Pathogen Interactions - INTRACELLTB - - EC:FP7:ERC2010-12-01 - 2015-11-30 - 260901 - VALID

Roux, Perrine, Mezaache, Salim, Briand-Madrid, Laélia, Debrus, Marie, Khatmi, Nicolas, Maradan, Gwenaelle, Protopopescu, Camelia, Rojas-Castro, Daniela, Carrieri, Patrizia, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), AIDES [Pantin, France], Groupe de Recherche en Psychologie Sociale (GRePS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Médecins du Monde [Paris, France] (Association médicale militante de solidarité internationale), and This study received external funding from the French National Agency for Research for AIDS and Viral Hepatitis (ANRS).

Yaya, Issifou, Marcellin, Fabienne, Costa, Marie, Morlat, Philippe, Protopopescu, Camelia, Pialoux, Gilles, Santos, Melina Erica, Wittkop, Linda, Esterle, Laure, Gervais, Anne, Sogni, Philippe, Salmon-Ceron, Dominique, Carrieri, Maria Patrizia, Group, the ANRS CO13-HEPAVIH Cohort Study, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de médecine interne et maladies infectieuses [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Saint-André, CHU Tenon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Departamento de Vigilância, Prevenção e Controle das IST, do HIV/Aids e das Hepatites Virais [Brasília, Brazil], Ministério da Saúde [Brasília, Brazil]-Secretaria de Vigilância em Saúde [Brasília, Brazil], Programa de Pós-Graduação em Saúde Coletiva [Brasília, Brazil], Universidade de Brasilia [Brasília] (UnB)-Faculdade de Ciências da Saúde [Brasília, Brazil], Service d'information médicale, CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Service des maladies infectieuses et tropicales, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Service d'hépatologie médicale [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Physiopathologie du système immunitaire (Inserm U1223), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service Maladies infectieuses et tropicales [AP-HP Hôpital Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This work was supported by the French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS), with the participation of Abbott France, Glaxo-Smith-Kline, Roche, Schering-Plough, and INSERM’s ‘Programme Cohortes TGIR’., Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Tenon], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Tenon [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université-Sorbonne Université, Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Hépato-gastro-entérologie et cancérologie digestive [APHP Bichat Claude Bernard], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Service de médecine interne et centre de référence des maladies rares [CHU Cochin], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], and YAYA, Issifou

Raymond, E, Nicot, F., Morand-Joubert, A, Rodallec, D, Mourez, M, Beby-Defaux, D, Lambert-Niclot, P, Charpentier, E, Malvé, B., Le Guillou-Guillemette, A, Si-Mohamed, D, Avettand Fenoel, A, Roussel, A., Calvez, P, Saune, E, Rodriguez, M, Descamps, E, Izopet, E, Lagier, E, Roussel, C, Le Guillou-Guillemette, G, Alloui, A., Bettinger, D., Pallier, P, Fleury, Frédéric, Reigadas, R, Bellecave, P., Recordon-Pinson, P, Payan, P, Vallet, S., Vabret, A., Dina, D, Henquell, C., Mirand, A., Bouvier-Alias, A, de Rougemont, A, Dos Santos, D, Morand, P, Signori-Schmuck, A., Bocket, B, Rogez, R, Andre, A, Tardy, C, Trabaud, A, Tamalet, C., Delamare, D, Montes, B, SCHVOERER, Evelyne, Ferré, F., André-Garnier, E., Cottalorda, C, Guinard, G, Guiguon, A, Descamps, D., Brun-Vézinet, B, Charpentier, c, Visseaux, B, Peytavin, G., Krivine, A., Si-Mohamed, A, Avettand-Fenoel, Véronique, Marcelin, A, Calvez, C, Lambert-Niclot, L, Soulié, C., Wirden, M., Morand-Joubert, M, Delaugerre, D, Chaix, M, Amiel, A, Schneider, S., Giraudeau, G, Beby- Defaux, D, Brodard, B, Maillard, A., Plantier, P, Chaplain, C, Bourlet, B, Fafi-Kremer, F, Stoll-Keller, F., Schmit, P, Barth, B, Yerly, S, Poggi, P., Izopet, I, Raymond, R, Barin, B, Chaillon, A, Marque-Juillet, M, Roque-Afonso, A, Haïm-Boukobza, B, Flandre, P., Grudé, G, Assoumou, A, Costagliola, D, Allegre, A, Schmit, J, Chennebault, M, Bouchaud, B, Magy-Bertrand, B, Delfraissy, D, Dupon, D, Morlat, P, Neau, D, Ansart, A., Jaffuel, J, Verdon, R, Jacomet, C, Lévy, L, Dominguez, D, Chavanet, P., Piroth, P, Cabié, A., Leclercq, P, Ajana, A, Cheret, A, Weinbreck, P, Cotte, C, Poizot-Martin, P, Ravaud, R., Christian, B, Truchetet, F, Grandidier, G, Rey, R., May, M, Goehringer, G, Raffi, F., Dellamonica, D, Prazuck, P, Hocqueloux, L, Landman, R, Yazdanpanah, Y., Launay, L, WEISS, L, Viard, P, Katlama, C., Simon, A., Girard, G, Meynard, M, Molina, M, Pialoux, G, Hoen, B., Goeger-Sow, G, Lamaury, I, Beaucaire, G, Le Moal, G., Jaussaud, R., Rouger, C, Michelet, M., Borsa-Lebas, B, Caron, F, Khuong, A., Lucht, F., Rey, D., Calmy, A, Lafeuillade, A, Marchou, B, Delobel, D, Gras, G, Greder-Belan, A, Vittecoq, D, Teiche, E, Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Laboratoire de virologie [CHU Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Hôpital Paul Brousse, CHU Bordeaux [Bordeaux], Laboratoire de Virologie [Rennes] = Virology [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Hospices Civils de Lyon (HCL), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre Hospitalier Universiatire Hôtel-Dieu de Nantes (CHU Hôtel-Dieu), CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Universitaire de Rouen, Centre Hospitalier Universitaire de Lille (CHU de Lille), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Hôpital Henri Mondor, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), INSERM UMR-S 606, Hôpital Lariboisière, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, PRES Sorbonne Paris-Cité, and Université Paris Denis Diderot, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Laboratoire de Virologie [AP-HP Hôpital Bichat-Claude-Bernard], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Universitaire de Nancy (CHU Nancy), CHU Clermont-Ferrand, Service de Virologie [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Centre de Référence des Maladies Auto-Inflammatoires et des Amyloses [CH Versailles] (CeRéMAIA - Hôpital André Mignot), Centre Hospitalier de Versailles André Mignot (CHV), Centre hospitalier universitaire de Grenoble (CHU de Grenoble), CHU Grenoble, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Hôpital Necker, Centre Hospitalier Universitaire d'Amiens, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), AP-HP, Hôpital Henri-Mondor Albert-Chenevier, Service d'Immunologie Clinique et Maladies Infectieuses 94000 Créteil, France, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Agence Nationale de Recherches sur le SIDA et les hepatites virales (French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis, ANRS), Janssen-Cilag SAS, Erosion torrentielle neige et avalanches (UR ETGR (ETNA)), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Service de Virologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Laboratoire de Pharmacologie Médicale, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Faculté de Médecine/CHU, CHU Besançon, Université de Franche-Comté (UFC), Génétique et évolution des interactions hôtes-parasites, Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE] (GINSENG), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité (MCMP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Laboratoire de Virologie Humaine et Moléculaire [Caen], Laboratoire de biologie structurale des interactions entre virus et cellule hôte, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l'Environnement (LCPME), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique et épigénétique des pathologies placentaires (Inserm U709), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôtel-Dieu de Nantes, Centre d'Etudes Lasers Intenses et Applications (CELIA), Université de Bordeaux (UB)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), AP-HP - Hôpital Cochin Broca Hôtel Dieu [Paris], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Laboratoire de Virologie [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Service de Virologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), AgroParisTech, T1, Laboratoire Matériaux Optiques, Photonique et Systèmes (LMOPS), CentraleSupélec-Université de Lorraine (UL)-CentraleSupélec-Université de Lorraine (UL), Interaction virus-hôte et maladies du foie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Sciences pour l'environnement (SPE), Université Pascal Paoli (UPP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département d'infectiologie (CHU de Dijon), Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Laboratoire d'Acoustique de l'Université du Mans (LAUM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Le Mans Université (UM), ONERA - The French Aerospace Lab [Toulouse], ONERA, Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), UMR CNRS 8179, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies, Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Service de Médecine Interne, Maladies Infectieuses et Tropicales (POTIERS - Mal Inf), Service de Médecine interne, Maladies Infectieuses et Immunologie Clinique [Reims], Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherches sur la Cognition Animale (CRCA), Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University Hospital and University Jean Monnet, Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Biologie structurale des interactions entre virus et cellule hôte (UVHCI), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Bordeaux (UB), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pascal Paoli (UPP), CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG), Université de Lille, Sciences et Technologies-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Service de Médecine Interne, Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Poitiers], Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA ), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Hôpital de la Pitié-Salpêtrière, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC)

Marc Bonnin, Nathalie Bendriss-Vermare, Ludovic Aillot, Sarah Maadadi, Caroline Scholtes, David Durantel, Isabel Najera, Fabien Zoulim, Julie Lucifora, Miroslava Subic, Malika Ait-Goughoulte, Laura Dimier, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Roche Pharma Research and Early Development [Basel] (pRED), F. Hoffmann-La Roche [Basel], Département d'Hématologie [CHU Lyon], Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Développement Cancer et Thérapies Ciblées / Cancer Development and Targeted Therapies (DEVweCAN LabEx), Université de Lyon - UDL, This work was supported by grants from ANRS (French national agency for research on AIDS and viral hepatitis), FINOVI (Foundation for innovation in infectiology), and INSERM. Besides academic funding, this work was mainly supported by Hoffmann-La Roche via its RPF (Roche Postdoc Fellowship) program, M. Bonnin was the recipient of this program under the supervision of D. Durantel (academic side) and M. Ait-Goughoulte/I. Najera (Roche scientist leaders)., ANR-10-LABX-0061,DEVWECAN,Development Cancer and Targeted Therapies(2010), ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE(2011), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Durantel, David, Development Cancer and Targeted Therapies - - DEVWECAN2010 - ANR-10-LABX-0061 - LABX - VALID, and PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE - - Avenir L.S.E.2011 - ANR-11-IDEX-0007 - IDEX - VALID

Christelle, Tong, Marie, Suzan-Monti, Luis, Sagaon-Teyssier, Mohamed, Mimi, Christian, Laurent, Gwenaëlle, Maradan, Marie-Thérèse, Mengue, Bruno, Spire, Christopher, Kuaban, Laurent, Vidal, Sylvie, Boyer, I, Seyep, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Université Catholique d'Afrique Centrale - Institut Catholique de Yaoundé (UCAC), Department of Internal Medicine and Subspecialties [Yaoundé, Cameroon], University of Yaoundé [Cameroun], This study was approved by the Cameroonian Ministry of Public Health and was financially supported by the French National Agency for Research on AIDS and viral hepatitis (ANRS)., EVOL Cam group, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), and Lissalde, Claire

Guy Lippens, Xavier Hanoulle, Marie Dujardin, François-Xavier Cantrelle, Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-11-JSV8-005, French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis [A02014-2], Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-11-JSV8-0005,StruFunc5A5B,Etude des relations structurales et fonctionnelles entre les protéines NS5A et NS5B du virus de l'hépatite C et la Cyclophiline A humaine.(2011), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Daniela Rojas Castro, Lionel Dany, Perrine Roux, Khadim Ndiaye, Patrizia Carrieri, Nicolas Khatmi, Dupuis, Christine, Laboratoire de Psychologie Sociale (LPS), Aix Marseille Université (AMU), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d’Oncologie Médicale [Hôpital de la Timone - APHM], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Groupe de Recherche en Psychologie Sociale (GRePS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), AIDES [Pantin, France] (Mission Innovation Recherche Expérimentation), and This study received external funding from the French National Agency for Research for AIDS and Viral Hepatitis (ANRS).

Mezaache, Salim, Protopopescu, Camelia, Debrus, Marie, Morel, Stéphane, Mora, Marion, Suzan-Monti, Marie, Rojas Castro, Daniel, Carrieri, Patrizia, Roux, Perrine, Mezaache, Salim, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Médecins du Monde [Paris, France] (Association médicale militante de solidarité internationale), AIDES [Pantin, France], Groupe de Recherche en Psychologie Sociale (GRePS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Coalition PLUS [Pantin, France], and This study received external funding from the French National Agency for Research for AIDS and Viral Hepatitis (ANRS).

Laurent Voisin, Céline Leteur, Fabien Milliat, Eric Deutsch, Qiuji Wu, Eric Solary, Zeinaf Muradova, Haithem Dakhli, Audrey Paoletti, Awatef Allouch, Jean-Luc Perfettini, Filippo Rosselli, Frédéric Law, Mélanie Gauthier, David M. Ojcius, Maxime Thoreau, Elodie Mintet, Nazanine Modjtahedi, Olivier Caron, Isabelle Martins, Céline Mirjolet, Radiothérapie moléculaire (UMR 1030), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER, Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire [Fontenay-aux-Roses] (IRSN), Ministère de l'économie, de l'industrie et de l'emploi-Ministère de la Défense-Ministère de la santé-Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique-Ministère de l'écologie de l'Energie, du Développement durable et de l'Aménagement du territoire, University of California [Merced], University of California, Stabilité Génétique et Oncogenèse (UMR 8200), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Apoptose, cancer et immunité (U848), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Radiothérapie moléculaire [UMR 1030], Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] [UNICANCER/CRLCC-CGFL], Institut Jacques Monod [IJM (UMR_7592)], Institut Cochin [IC UM3 (UMR 8104 / U1016)], Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL], University of California [Merced] [UC Merced], Stabilité Génétique et Oncogenèse [UMR 8200], Apoptose, cancer et immunité [U848], Institut Gustave Roussy (IGR), Systerel, Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Onco-génétique, Département de médecine oncologique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Laboratoire de Radiopathologie, Génomes et cancer (GC (FRE2939)), Hématopoïèse normale et pathologique, This work was supported by funds from Agence Nationale de la Recherche (ANR-10-IBHU-0001, ANR-10-LABX33 and ANR-11-IDEX-003-01), Electricité de France, Fondation Gustave Roussy, Institut National du Cancer (INCA 9414), NATIXIS, SIDACTION and the French National Agency for Research on AIDS and viral Hepatitis (ANRSH) (to J-LP.), Electricité de France and Fondation Gustave Roussy (to ED). QW is recipient of PhD fellowship of China Scholarship Council. AP and AA are, respectively, recipient of PhD fellowship and post-doc fellowship from Agence Nationale de Recherche sur le Sida et sur les Hépatites (ANRSH). LV and FL are recipient of PhD fellowships from Fondation pour la Recherche Médicale and CIFRE. HD, EM and MT are supported by the Laboratory of Excellence LERMIT with a grant from ANR (ANR-10-LABX-33) under the program ‘Investissements d'Avenir’ ANR-11-IDEX-0003-01. IM is funded by INCA (INCA-DGOS-INSERM 6043). CM work was supported by the ‘Cancéropôle Grand Est’, and the ‘Conseils Régionaux de Bourgogne, de Franche Comté et de Lorraine’., We gratefully acknowledge S Solier, Y Lecluse and S Salome-Desnoulez for technical support., Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc (CRLCC - CGFL), Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL) - UMR 9189 (CRIStAL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Ecole Centrale de Lille, and Ministère de l'écologie de l'Energie, du Développement durable et de l'Aménagement du territoire-Ministère de la santé-Ministère de la Défense-Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique-Ministère de l'économie, de l'industrie et de l'emploi

Véronique Boyer, Antoine Vilotitch, Fabienne Marcellin, Baptiste Demoulin, Rosemary Dray-Spira, Bruno Spire, France Lert, Maria Patrizia Carrieri, Christine Hamelin, Nicolas Lorente, Marie Préau, Marie Suzan-Monti, Martin Duracinsky, Marion Mora, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS) (ANRS-EN12), Lissalde, Claire, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)

Saïk Urien, Déborah Hirt, Marie Suzan-Monti, Jade Ghosn, Christine Rouzioux, Elodie Valade, Lambert Assoumou, Sílvia M. Illamola, Frantz Foissac, Jean-Marc Tréluyer, Maïlys De Sousa Mendes, Sihem Benaboud, Gabrielle Lui, Naïm Bouazza, Jean-Paul Viard, Aurélie Cobat, Camille Chenevier-Gobeaux, Evaluation thérapeutique et pharmacologie périnatale et pédiatrique (EA_7323), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CIC - Mère Enfant Necker Cochin Paris Centre (CIC 1419), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de Recherche Saint-Antoine (CR Saint-Antoine), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Département de Pharmacologie Clinique [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], CTG repeat instability and myotonic dystrophy (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Université Paris Descartes - Faculté de Médecine (UPD5 Médecine), Infection à VIH, réservoirs, diversité génétique et résistance aux antirétroviraux (ARV) (EA 7327), Laboratoire de Virologie [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Epidémiologie, stratégies thérapeutiques et virologie cliniques dans l'infection à VIH [Paris], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), UF de Thérapeutique en Immuno‑Infectiologie [AP-HP Hôtel Dieu], Hôpital Hôtel-Dieu [Paris], Service de médecine interne et maladies infectieuses, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Infections à Vih, Réservoirs, Pharmacologie des Antirétroviraux et Prévention de la Transmission Mère Enfant, The French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS) sponsored the Evarist study. This study also received financial support from SIDACTION., Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], and Lissalde, Claire

Thomas F. Baumert, Mirjam B. Zeisel, Interactions Virus-Hôte et Maladies Hépatiques, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Virologie, Université de Strasbourg (UNISTRA), Pôle hépato-digestif, Nouvel Hôpital Civil, Hospices Civils de Strasbourg-Institut Hospitalo-Universitaire de strasbourg, Grant support from the European Union, NIH, the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis, the French Research Agency, and the French Foundation for Cancer Research (ARC)., and Zeisel, Mirjam

Maria Patrizia Carrieri, Laure Esterle, Fabienne Marcellin, Philippe Sogni, Dominique Salmon-Ceron, Camelia Protopopescu, Karine Lacombe, Linda Wittkop, Lissalde, Claire, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service Maladies infectieuses et tropicales [AP-HP Hôpital Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This work was supported by the French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS), with the participation of Abbott France, Glaxo-Smith- Kline, Roche, ScheringPlough, and INSERM’s ‘Programme Cohortes TGIR’., Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)

Caroline Lions, Perrine Roux, Laurent Michel, Bruno Spire, Sandra Nordmann, Marion Mora, Antoine Vilotitch, Alain Morel, Patrizia Carrieri, Gwenaëlle Maradan, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Troubles du comportement alimentaire de l'adolescent (UMR_S 669), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Oppelia, French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS), French Ministry of Health, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Lissalde, Claire

Faroudy Boufassa, Caroline Lascoux-combes, Olivier Lambotte, Claudine Duvivier, Nadia Mahjoub, Marie Laure Néré, Marianne Leruez-Ville, Jade Ghosn, Philippe Genet, Candice Meyzer, Marie Laure Chaix, Laboratoire de Virologie [CHU Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Génétique et Ecologie des Virus, Génétique des Virus et Pathogénèse des Maladies Virales, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Laboratoire de Virologie [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Centre Hospitalier Victor Dupouy, Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker], Institut Pasteur [Paris] (IP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de maladies infectieuses et tropicales [Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Médecine interne-Immunologie clinique [Kremlin-Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Immunologie des Maladies Virales et Autoimmunes (IMVA - U1184), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Infectious Diseases Models for Innovative Therapies (IDMIT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), This study was funded by a grant from the French National Agency for Research on AIDS and viral hepatitis (ANRS). The funder had no role in the study design, data collection and analysis, decision to publish or preparation of the manuscript., Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Institut Pasteur [Paris]-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations ( CESP ), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines ( UVSQ ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Immunologie des Maladies Virales et Autoimmunes ( IMVA - U1184 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ), Institute for Emerging Diseases and Innovative Therapies (iMETI) ( IDMIT Center ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique ( iPLESP ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), and HAL UPMC, Gestionnaire

Géraldine Laumond, Jean-Christophe Paillart, Yves Mély, Jean-Luc Darlix, Hala El Mekdad, Marina Elizabeth Biedma, Hugues de Rocquigny, Hassan Karnib, Eleonore Real, Kamal Kant Sharma, Marion Roy, Iuliia Malytska, Christiane Moog, Emmanuel Boutant, Laboratoire de Biophotonique et Pharmacologie - UMR 7213 (LBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immuno-Rhumatologie Moléculaire, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Architecture et Réactivité de l'ARN (ARN), Institut de biologie moléculaire et cellulaire (IBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by SIDACTION, the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), and Centre national de la recherche scientifique (CNRS)., de Rocquigny, Hugues, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA)), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Strasbourg (UNISTRA)

Philippe Morlat, Bruno Spire, François Dabis, Laurent Michel, Isabelle Poizot-Martin, Lang Jp, Marc-Arthur Loko, Bruno Marchou, Caroline Lions, Perrine Roux, Eric Rosenthal, Marc-Antoine Valantin, Lascoux-Combe C, Maria Winnock, Philippe Sogni, Didier Neau, M.-P. Carrieri, Dominique Salmon-Ceron, Karine Lacombe, Claudine Duvivier, Santé mentale et santé publique (SMSP - U1178), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Pierre Nicole [Paris], Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Epidemiologie-Biostatistique [Bordeaux], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux Ségalen [Bordeaux 2], Laboratoire de Génétique Moléculaire [CHRU Strasbourg], CHRU Strasbourg, Service de Médecine Interne [CHU Nice] (Hôpital l'Archet), Hôpital l'Archet-Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU de Nice), Pathologie Infectieuse et Tropicale, Clinique et Biologique [CHU Purpan de Toulouse], Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse], Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de médecine interne et maladies infectieuses [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Saint-André, Service de Gastro-entérologie et hépatologie [AP-HP Hôpital Cochin], Sorbonne Paris Cité-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service d'Immuno-hématologie clinique [Hôpital Sainte Marguerite - APHM], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud ), Services des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint-Antoine], CHU Saint-Antoine [AP-HP], Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint Louis], Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut Pasteur [Paris], Service des Maladies Infectieuses et Tropicales A [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, AbbVie and the French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS)., Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice)-Hôpital l'Archet, Service Maladies infectieuses et tropicales [CHU Toulouse], Pôle Inflammation, infection, immunologie et loco-moteur [CHU Toulouse] (Pôle I3LM Toulouse), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Pasteur [Paris] (IP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], and Lissalde, Claire

Ulveling, Damien, Le Clerc, Sigrid, Cobat, Aurélie, Labib, Taoufik, Noirel, Josselin, Laville, Vincent, Coulonges, Cédric, Carpentier, Wassila, Nalpas, Bertrand, Heim, Markus H., Poynard, Thierry, Cerny, Andreas, Pol, Stanislas, Bochud, Pierre-Yves, Dabis, Francois, Theodorou, Ioannis, Lévy, Yves, Salmon, Dominique, Abel, Laurent, Dominguez, Stéphanie, Zagury, Jean-François, Grp, HEPAVIH ANRS CO13 Cohort Study, Grp, Swiss Hepatitis C Cohort Study, Genoscan, French ANRS HC EP 26, Laboratoire génomique, bioinformatique et applications (GBA), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S), UMS omique (OMIQUE), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département d'hépatologie [CHU Cochin], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), University Hospital Basel [Basel], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Epatocentro Ticino, Université de Lausanne (UNIL), Epidemiologie-Biostatistique [Bordeaux], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux Ségalen [Bordeaux 2], Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-IFR10, Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Rockefeller University [New York], French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), Merck Sharp and Dohme (France), National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), Swiss National Science Foundation [33CS30\₁48417, 324730-144054], Leenaards Foundation, Santos-Suarez Foundation, HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire génomique, bioinformatique et applications ( GBA ), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM ), Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition ( Equipe Inserm U1163 ), Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière ( P3S ), UMS omique ( OMIQUE ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut Pasteur [Paris]-CHU Cochin [AP-HP]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Université de Lausanne ( UNIL ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Bordeaux Ségalen [Bordeaux 2], Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses ( CIMI ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Sorbonne Université-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Sorbonne Université, Institut Mondor de Recherche Biomédicale ( IMRB ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), CHU Cochin [AP-HP], The Rockefeller University [New-York], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and CHU Cochin [AP-HP]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Kévin Jean, Marie-Claude Boily, Christine Danel, Raoul Moh, Anani Badjé, Annabel Desgrées-du-Loû, Serge Eholié, France Lert, Rosemary Dray-Spira, Xavier Anglaret, Eric Ouattara, Laboratoire Modélisation, épidémiologie et surveillance des risques sanitaires (MESuRS), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Imperial College London, Programme PAC-CI, ANRS France Recherche Nord & sud Sida-hiv hépatites, Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Félix Houphouët-Boigny (UFHB), Laboratoire Population-Environnement-Développement (LPED), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Centre population et développement (CEPED - UMR_D 196), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre Hospitalier Universitaire de Treichville [Abidjan, Côte d'Ivoire] (CHU de Treichville), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Bordeaux [Bordeaux], This work was supported by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis, Paris, France (grants TEMPRANO ANRS 12136 and TEMPRANO Social ANRS 12239)., HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire Modélisation, épidémiologie et surveillance des risques pour la sécurité sanitaire ( MESuRS ), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM ) -Pasteur-Cnam risques infectieux et émergents ( PACRI ), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM ) -Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM ), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations ( CESP ), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines ( UVSQ ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), ANRS, Bordeaux population health ( BPH ), Université de Bordeaux ( UB ) -Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Félix Houphouët-Boigny ( UFHB ), Laboratoire Population-Environnement-Développement ( LPED ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ), Centre population et développement ( CEPED - UMR_D 196 ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Centre Hospitalier Universitaire de Treichville [Abidjan, Côte d'Ivoire] ( CHU de Treichville ), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique ( iPLESP ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), and Jean, Kévin

Daniel Vittecoq, David Zucman, Laurent Alric, Hugues Aumaitre, Firouzé Bani-Sadr, Julie Chas, Isabelle Poizot-Martin, Anne Simon, Philippe Sogni, Karine Lacombe, Didier Neau, Linda Wittkop, Laure Esterle, François Boué, Stéphanie Dominguez, Cécile Goujard, Camille Gilbert, Anne Gervais, Marc-Antoine Valantin, Caroline Lascoux-Combe, Dominique Salmon, François Dabis, Lionel Piroth, Philippe Morlat, Olivier Bouchaud, Eric Billaud, Eric Rosenthal, Patrick Miailhes, Service d'hépatologie médicale [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Dynamiques des Réponses immunes - Dynamics of Immune Responses, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Département d'infectiologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Université de Bourgogne (UB), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), Hôpital l'Archet, Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL], Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Service des maladies infectieuses et tropicales, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Santé Publique, d'Epidémiologie et de Développement (ISPED), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, CHU Tenon [AP-HP], Service d'Immuno-hématologie clinique [Hôpital Sainte Marguerite - APHM], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud ), Service d'immunologie clinique [Créteil], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Service de médecine interne et maladies infectieuses [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Saint-André, Université de Bordeaux (UB), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales A [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Hôpital Foch [Suresnes], Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris 13 (UP13), Service de maladies infectieuses et tropicales [Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Pharmacochimie et Biologie pour le Développement (PHARMA-DEV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT), Service de Médecine Interne - Immunologie Clinique [AP-HP Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Service de médecine interne et maladies infectieuses, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Service de maladies infectieuses et tropicales [Nantes], Université de Nantes (UN)-Hôtel-Dieu-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Centre Hospitalier Saint Jean de Perpignan, Service de médecine interne, immunologie clinique [Béclère], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Antoine Béclère [Clamart], Service de médecine interne et centre de référence des maladies rares [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS). Roche, Schering-Plough, GSK, BMS, and Merck-Serono., Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Services des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Tenon], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service d'Immunologie [CHU Pitié-Salpétrière], Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris 13 (UP13), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC), Hôpital Bicêtre-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), AP-HP - Hôpital Antoine Béclère [Clamart], Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], Lissalde, Claire, and Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Arielle R. Rosenberg, Yves Rouillé, Laurence Cocquerel, Czeslaw Wychowski, Thibaut Vausselin, Adeline Danneels, Ahmed Atef Ahmed Abouzeid Mesalam, Matthieu Lemasson, Sandrine Belouzard, Karin Séron, Muriel Lavie, Jean Dubuisson, Patricia Melnyk, Lucie Fénéant, Lander Foquet, Philip Meuleman, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille (CIIL) - U1019 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ghent University [Belgium] (UGENT), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer (JPArc - U1172 Inserm), Université Lille Nord de France (COMUE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université Lille 2 - Faculté de Médecine, This work was supported by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), the ANR through ERA-NET Infect-ERA program (ANR-13-IFEC-0002-01). Philip Meuleman was supported by Ghent University (Concerted Action Grant 01G01712) and the Belgian Science Policy Office (BELSPO, IUAP P7/47-HEPRO-2). Thibaut Vausselin and Matthieu Lemasson were supported by a fellowship from the ANRS. Sandrine Belouzard was supported by a Marie Curie International Reintegration Grant (PIRG-GA-2009-256300). Ahmed Atef Mesalam is the recipient of a Ph.D. fellowship provided by the Egyptian Government. The 300-MHz NMR facilities were funded by the Région Nord-Pas de Calais (France), the Ministère de la Jeunesse, de l'Education Nationale et de la Recherche (MJENR), and the Fonds Européens de Développement Régional (FEDER)., We thank P.-E. Larchanché for the synthesis of the compounds. We are grateful to Gilles Duverlie and Véronique Descamps for core protein quantification. We thank Laure Saas for technical assistance. We are also grateful to R. Bartenschlager, C. Biot, J. Bukh, F.L. Cosset, P. Halfon, J. McKeating, and T. Wakita for providing essential reagents. The immunofluorescence analyses were performed with the help of the imaging core facility of the BioImaging Center Lille Nord-de-France., ANR-13-IFEC-0002,HCV-ASSEMBLY,Identification of host factors involved in Hepatitis C Virus assembly and characterization of their potential role in vivo(2013), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U1172 Inserm - U837 (JPArc), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Lille Nord de France (COMUE)-Université de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U837 (JPArc), and Université Lille Nord de France (COMUE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille

Launay, Odile, Rosenberg, Arielle, Rey, David, Pouget, Noelle, Michel, Marie-Louise, Reynes, Jacques, Neau, Didier, Raffi, François, Piroth, Lionel, Carrat, Fabrice, Group, ANRS HB03 VIHVAC-B (Trial Comparing 3 Strategies of Vaccination Against the Virus of Hepatitis B in HIV-Infected Patients), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CIC Cochin Pasteur (CIC 1417), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Groupe hospitalier Broca-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Hôtel-Dieu-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), REseau national d'Investigation clinique en VACcinologie (REIVAC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôtel-Dieu-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de Gestion des Essais de Produits de Santé (CeNGEPS), CHU Strasbourg, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biologie des virus entériques (BVE), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales A [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité (MCMP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Collège des Universitaires des Maladies Infectieuses et Tropicales (CMIT), CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Service de santé publique [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), This study was supported by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS). Sanofi Pasteur-MSD contributed the vaccines., CHU Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP]-Hôtel-Dieu-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP]-Hôtel-Dieu-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de Gestion des Essais de Produits de Santé (CeNGEPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses (TransVIHMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université de Montpellier (UM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Saint-Antoine [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôtel-Dieu-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité (MFP), Herrada, Anthony, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), CHU Saint-Antoine [AP-HP], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)

Michaela Müller-Trutwin, Mickaël J.-Y. Ploquin, Guido Silvestri, HIV, Inflammation et persistance, Institut Pasteur [Paris], Division of Microbiology and Immunology, Emory Vaccine Center, Yerkes National Primate Research Center [Lawrenceville, GA], Emory University [Atlanta, GA]-Emory University [Atlanta, GA], The authors are supported by the Fondation AREVA, the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), SIDACTION, the National Institute of Health and Institut Pasteur., HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, and Institut Pasteur [Paris] (IP)

Heike Hildebrandt, Jean-Philippe Herbeuval, Susanne Ziegler, Claudia Beisel, Marcus Altfeld, Sophie Laffont, Michael Sirignano, Brigitte Autran, Nikaïa Smith, Jean-Charles Guéry, Armon Sharei, Sylvie Le Gall, Lise Chauveau, Meghan G. Hart, Olivier Schwartz, Thomas J. Diefenbach, Phillip Tomezsko, Georgio Kourjian, Filippos Porichis, Christine D. Palmer, Morgane Griesbeck, J. Judy Chang, Alexandra-Chloé Villani, Claire Cenac, Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ragon Institute of MGH, MIT and Harvard, Heinrich-Pette-Institut, Leibniz Institute for Experimental Virology, Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Chimie et de Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques (LCBPT - UMR 8601), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virus et Immunité, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Koch Institute for Integrative Cancer Research, Massachusetts Institute of Technology (MIT), Medical Department [Hamburg], Universitaetsklinikum Hamburg-Eppendorf = University Medical Center Hamburg-Eppendorf [Hamburg] (UKE), Broad Institute of MIT and Harvard (BROAD INSTITUTE), Harvard Medical School [Boston] (HMS)-Massachusetts Institute of Technology (MIT)-Massachusetts General Hospital [Boston], Department of Infectious Diseases [Monash], Monash University [Melbourne], This work was supported by National Institutes of Health/National Institute of Allergy and Infectious Diseases Grants R01 AI078784 and P01 AI078897, fellowships from the National Health and Medical Research Council of Australia (Grant 519578 to J.J.C.), a Ragon Fellowship from The Phillip T. and Susan M. Ragon Foundation (to J.J.C.), a fellowship from the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (Grant 2013-219 to M.G.), the Fondation pour la Recherche Médicale (Grant DEQ2000329169 to J.-C.G.), the Conseil Régional Midi-Pyrénées (J.-C.G.), the Arthritis Fondation Courtin (J.-C.G.), and the Fondation ARC pour la recherche sur le cancer (J.-C.G.), Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses ( CIMI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Centre de Physiopathologie de Toulouse Purpan ( CPTP ), Université Toulouse III - Paul Sabatier ( UPS ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Chimie et de Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques ( LCBPT - UMR 8601 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Massachusetts Institute of Technology ( MIT ), Universitaetsklinikum Hamburg-Eppendorf = University Medical Center Hamburg-Eppendorf [Hamburg] ( UKE ), Broad Institute of MIT and Harvard ( BROAD INSTITUTE ), Harvard Medical School [Boston] ( HMS ) -Massachusetts General Hospital [Boston] ( MGH ) -Massachusetts Institute of Technology ( MIT ), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Koch Institute for Integrative Cancer Research at MIT [Cambridge, MA], Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan ex IFR 30 et IFR 150 (CPTP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Nicoletta Archidiacono, Jennifer F. Hughes, George M. Weinstock, Yoon Jung, Christopher A. Schmitt, Angela Noll, Nelson B. Freimer, Matthew J. Jorgensen, Jennifer J. Tuscher, Nam Tran, Jason M. Brenchley, David H. O’Connor, Matthew W. Hahn, Eugene Redmond, Alex Nisbett, Roland Zahn, Hannes Svardal, Gary P. Schroth, Raquel García-Pérez, Magnus Nordborg, Nikoleta Juretic, Michael J. Montague, Gregg W.C. Thomas, Michel M. Dione, Julie A. Karl, Anna J. Jasinska, Wesley C. Warren, Jay R. Kaplan, Richard K. Wilson, Patrick Minx, Bronwen Aken, Mariano Rocchi, Colby Chiang, Françoise Thibaud-Nissen, Jessica Wasserscheid, Vasily Ramensky, Oi Wa Choi, Gennady Churakov, Roscoe Stanyon, Yu S. Huang, David Webb, Brian J. Raney, Jörn E. Schmitz, Milinn Kremitzki, Beatrice Jacquelin, Michaela Müller-Trutwin, Juergen Schmitz, Rishi Nag, Tomas Marques-Bonet, LaDeana W. Hillier, Martin Antonio, Tina Graves, Trudy R. Turner, Kim Kyung, Ken Dewar, Chad Tomlinson, Roger W. Wiseman, Oronzo Capozzi, The McDonnell Genome Institute (MGI), Washington University in Saint Louis (WUSTL), Semel Institute for Neuroscience and Human Behavior [Los Angeles, Ca], University of California [Los Angeles] (UCLA), University of California-University of California, Institute of Bioorganic Chemistry [Poznań], Polska Akademia Nauk = Polish Academy of Sciences (PAN), Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats (ICREA), Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] (CNAG), Gregor Mendel Institute of Molecular Plant Biology (GMI), Austrian Academy of Sciences (OeAW), University of Bari Aldo Moro (UNIBA), Whitehead Institute, Massachusetts Institute of Technology (MIT), McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], University of Wisconsin - Milwaukee, University of the Free State [South Africa], University of Wisconsin-Madison, Beth Israel Deaconess Medical Center [Boston] (BIDMC), Harvard Medical School [Boston] (HMS), Crucell Holland B.V, St. Kitts Biomedical Research Foundation, Régulation des Infections Rétrovirales, Institut Pasteur [Paris], National Institute of Allergy and Infectious Diseases [Bethesda] (NIAID-NIH), National Institutes of Health [Bethesda] (NIH), Medical Research Council Unit The Gambia (MRC), Illumina Incorporated [San Diego, CA, USA], Wake Forest School of Medicine [Winston-Salem], Wake Forest Baptist Medical Center, Indiana University [Bloomington], Indiana University System, University of California [Santa Cruz] (UCSC), University of California, European Molecular Biology Laboratory [Hinxton], Institute of Experimental Pathology (ZMBE), Westfälische Wilhelms-Universität Münster (WWU), Institute for Evolution and Biodiversity (IEB), Università degli Studi di Firenze = University of Florence [Firenze] (UNIFI), National Center for Biotechnology Information (NCBI), The Jackson Laboratory [Bar Harbor] (JAX), Funding to R.K.W. was provided by NIH-NHGRI grant 5U54HG00307907. Support for the Vervet Research Colony was provided by NIH grant RR019963/OD010965 to J.R.K. Funding to N.B.F. was provided by NIH grants R01RR016300 and R01OD010980. The French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS) provided funding to M.C.M.-T. Funding to M.R. and R.S. was provided by the Ministero della Universita’ e della Ricerca. Funding to K.D. was provided by Genome Canada and Genome Quebec. B.A. and R.N. acknowledge support from the Wellcome Trust (grant number WT095908) and the European Molecular Biology Laboratory., We thank the following organizations for providing sampling permits and permissions: Ethiopian Wildlife Conservation Authority, Zambia Wildlife Authority, Wildlife Division, Forestry Commission, Republic of Ghana, and Gambia Department of Parks and Wildlife Management. We thank Dr. James L. Blanchard and Dr. Ivona Pandrea for vervet samples used to characterize MHC. We thank Josh McMichael and Josh Peck for figure assistance. We thank Joanne Nelson and Barbara Gillam for data submission. We thank the members of the library production group led by Catrina Fronick and sequencing led by Matt Cordes. We also thank the Medical Research Council Unit (MRC), The Gambia for their assistance, as well as all the veterinarians who worked with us to safely obtain samples., National Institutes of Health (US), National Human Genome Research Institute (US), Agence Nationale de Recherches sur le SIDA et les Hépatites Virales (France), Agence Nationale de la Recherche (France), Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca, Genome Canada, EMBO, Wellcome Trust, University of California (UC)-University of California (UC), Università degli studi di Bari Aldo Moro = University of Bari Aldo Moro (UNIBA), University of the Free State [South Africa] (UFS), Institut Pasteur [Paris] (IP), University of California [Santa Cruz] (UC Santa Cruz), University of California (UC), Westfälische Wilhelms-Universität Münster = University of Münster (WWU), and Università degli Studi di Firenze = University of Florence (UniFI)

Fénéant, Lucie, Ghosn, Jade, Fouquet, Baptiste, Helle, François, Belouzard, Sandrine, Vausselin, Thibaut, Séron, Karin, Delfraissy, Jean-François, Dubuisson, Jean, Misrahi, Micheline, Cocquerel, Laurence, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Infection à VIH, réservoirs, diversité génétique et résistance aux antirétroviraux (ARV) (EA 7327), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Hôpital Hôtel-Dieu [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Physiopathologie et traitement des maladies du foie, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Amiens-Picardie, AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), This work was supported by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS) (grants ANRS AO-2008-1 and ANRS AO 2013-2). L. F. and T. V. were supported by a fellowship from the French Ministry of Research. L. F. was also supported by a fellowship from the ANRS. S. B. was supported by a Marie Curie International Reintegration Grant (PIRG-GA-2009-256300), We thank Anne Françoise Batto, Véronique Descamps and Sophana Ung for their technical assistance. We thank the BioImaging Center Lille Facility for access to equipment. nk the BioImaging Center Lille Facility for access to equipment., Institut Pasteur de Lille, and Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Eric Billaud, Marie-Josée Wendling, Georges Haour, Fabrice Carrat, Philippe Sogni, Lionel Piroth, Patrick Miailhes, David Rey, Faiza Ajana, Alexandra Rohel, Jean-Michel Molina, Cécilie Dufour, Marie-Louise Michel, Odile Launay, Le Trait d'Union, centre de soins de l'infection par le VIH [CHU Strasbourg], CHU Strasbourg, Département d'infectiologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Laboratoire de Virologie [Strasbourg], Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL], Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Pathogenèse des Virus de l'Hépatite B (PVHB), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Service d'hépatologie médicale [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), ANRS France Recherche Nord & sud Sida-hiv hépatites, Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [Hôpital Gustave Dron, Tourcoing], Centre Hospitalier Gustave Dron [Tourcoing], Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint Louis], Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], CIC Cochin Pasteur (CIC 1417), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Groupe hospitalier Broca-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Hôtel-Dieu-Hôpital Cochin [AP-HP], Département de santé publique [AP-HP Groupe Hospitalier Est Parisien], Hôpitaux universitaires Est parisien [AP-HP], French National Institute for Medical Research (Inserm)., French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS)., ANRS HB04 B-BOOST study group : Aumaitre H, Berger JL, Devidas A, Abgrall S, Patey O, Thiebaut MC, Lucht F, Hoen B, Lascoux-Combe C, Lortholary O, Delcey V, De Truchis P, Jeantils V, Vittecoq D, Slama L, Zucman D, Levy Y, Katlama C, Simon A, Girard PM, Molina JM, Pierre-Francois S, Chennebault JM, Le Berre R, Neau D, Livrozet JM, Poizot-Martin I, Matheron S, Reynes J, Billaud É, Perre P, Durand J, Rosenthal É, Arvieux C, Cuzin L, Verdon R, Leclercq P, Ajana F, May T, Debab Y, Lefort A, Delacroix I, Beck-Wirth G, Poinsignon Y, Prazuck T, Philibert P, Viard JP, Andrieu M, Rey D, Carrat F, Launay O, Piroth L, Miailhes P, Ajana F, Sogni P, Michel ML, Wendling MJ, Rohel A, Dufour C, Bailly F, Hanslik T, Touze E, Pol S, Aboulker JP, Chaix ML, Gougeon ML, Allain L, Kaabeche K, Simony M, Rohel A, Metro A, Diallo A, Mendy Y, Paul C, Carrat F, van der Vliet D, Martin K, Pouget N, Dorival C, Dufour C, Rabiéga P, Bendriss R, Lutton O, Duflos Y, N'Diaye A, Boinet S, Toubiwou E, Madouni A, Kutala C, Chevallot C, Goderel I, Pourteau V, Quimbert S, Pannetier G, Bitchiné S, Sallé AV, Chau F., Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôtel-Dieu-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Lissalde, Claire

Cheret , Antoine, Bacchus-Souffan , Charline, Avettand-Fenoël , Véronique, Mélard , Adeline, Nembot , Georges, Blanc , Catherine, Samri , Assia, Saez-Cirion , Asier, Hocqueloux , Laurent, Lascoux-Combe , Caroline, Allavena , Clotilde, Goujard , Cécile, Valantin , Marc Antoine, Leplatois , Anne, Meyer , Laurence, Rouzioux , Christine, Autran , Brigitte, Group , OPTIPRIM ANRS-147 Study, Centre Hospitalier de Tourcoing, Infection à VIH, réservoirs, diversité génétique et résistance aux antirétroviraux (ARV) ( EA 7327 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Laboratoire de Virologie [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Immunité et Infection, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -IFR113-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service de santé publique et d'épidémiologie, Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Plateforme Cytométrie Pitié-Salpêtrière ( CyPS ), Unité Mixte de Service d'Imagerie et de Cytométrie ( UMS LUMIC ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP), Régulation des Infections Rétrovirales, Institut Pasteur [Paris], Centre Hospitalier Régional d'Orléans ( CHR ), Service de maladies infectieuses et tropicales [Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Service de maladies infectieuses et tropicales [Nantes], Université de Nantes ( UN ) -Hôtel-Dieu-Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ), Médecine interne [CHU Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Service de Maladies Infectieuses [Nice], These trials were funded by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS) and conducted with the support of MSD, Janssen, ViiV Healthcare and GILEAD Laboratories., OPTIPRIM ANRS-147 Study Group, Infection à VIH, réservoirs, diversité génétique et résistance aux antirétroviraux (ARV) (EA 7327), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR113-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Plateforme Cytométrie Pitié-Salpêtrière (LUMIC-CYPS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Unité Mixte de Service d'Imagerie et de Cytométrie (UMS LUMIC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHRO), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université de Nantes (UN)-Hôtel-Dieu-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-IFR113-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], Institut Pasteur [Paris] (IP), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)

Karin Séron, Guangxiang Luo, Fabrice Allain, Yan Xu, Pierre Martinez, Sandrine Belouzard, Jean Dubuisson, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille (CIIL) - U1019 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), University of Alabama at Birmingham [ Birmingham] (UAB), This work was supported by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS). Y.X. was supported by a fellowship from the China Scholarship Council (CSC, no. 2011610005), and S.B. was supported by a Marie Curie International Reintegration Grant (PIRG-GA-2009-256300)., We are grateful to Yves Rouillé and Czeslaw Wychowski for their scientific advice. We are grateful to Sophana Ung for his assistance with the illustrations. We also thank M. Law, J. McKeating, S. Foung, A. Goffard, and T. Wakita for providing us with reagents. The fluorescence microscopy data were generated with the help of the Bio-Imaging Center Lille Nord-de-France (BICeL)., Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Françoise Barré-Sinoussi, Roger Le Grand, Michaela Müller-Trutwin, Pierre Lebon, Désirée Kunkel, Kenneth A. Rogers, Simon P. Jochems, Beatrice Jacquelin, Francois Villinger, Gaël Petitjean, Anne-Sophie Liovat, Yoann Madec, Mickaël J.-Y. Ploquin, Nathalie Dereuddre-Bosquet, Régulation des Infections Rétrovirales, Institut Pasteur [Paris], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Yerkes National Primate Research Center [Lawrenceville, GA], Emory University [Atlanta, GA], Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Institut des Maladies Emergentes et des Thérapies Innovantes (IMETI), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Hôpital Saint-Vincent de Paul, This work was supported by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), 'Fondation AREVA', Sidaction and 'Fondation TOTAL'., We are grateful to Christophe Joubert, Benoît Delache, Jean-Marie Héliès, Patrick Flament and the staff of the CEA animal facilities for outstanding work in animal care. We also thank the staff of the Institut Pasteur animal facility. We appreciate the excellent technical assistance of Claire Torres, Julie Morin, Aurélien Corneau and the TIPIV staff of the CEA. We also would like to acknowledge the state-of-the-art National Center for Infectious Disease Models and Innovative Therapies (IDMIT)., Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), and HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)

Catherine Quillet, Alexander S. Pym, Anthony D. Harries, Catherine Connolly, Christian Lienhardt, Didier Laureillard, Nguyen Thi Nguyet Thu, Truong Xuan Lien, Aurélie Barrail-Tran, Nguyen Ngoc Lan, Anne-Marie Taburet, Nguyen Huy Dung, Dominique Lagarde, Nguyen Thi Ngoc Lan, Nguyen Hong Duc, Laurence Borand, Pham Ngoc Thach Hospital, Institut Pasteur d'Ho Chi Minh Ville, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Barrières physiologiques et réponses thérapeutiques, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), ANRS Vietnam [Hô Chi Minh-Ville], Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales (ANRS), Unité d'Épidémiologie et de Santé Publique [Phnom Penh], Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Medical Research Council [South African], University of KwaZulu-Natal (UKZN), International Union against Tuberculosis and Lung Disease, Africa Health Research Institute [KwaZulu-Natal] (AHRI), Stop Tuberculosis Program [Genève], Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), and The French National Institute for Health and Medical Research-French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (INSERM-ANRS) was the Sponsor and Funder of the study. Fondation Total also provided a grant to support the study. Laboratoires SERB generously provided a donation of rifabutin and Pfizer (SA) generously provided a donation of rifabutin and 25-O-desacetyl rifabutin reference powder which was used for the preparation of standard curves and quality control of assays.

Adélaïde Doussau, Véronique Rieux, Geneviève Chêne, Rodolphe Thiébaut, Amel Bouakane, Laura Richert, Vincent Arnold, Jean-Daniel Lelièvre, Yves Levy, BMC, Ed., Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), CHU Bordeaux [Bordeaux], Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Statistics In System biology and Translational Medicine (SISTM), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), ANRS France Recherche Nord & sud Sida-hiv hépatites, Groupe Henri Mondor-Albert Chenevier, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Hôpital Albert Chenevier, The Vaccine Research Institute (VRI) is funded by the French government and receives support from the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (Inserm-ANRS). L. Richert received a PhD grant financed by Sidaction (http://www.sidaction. org). A. Doussau received a PhD grant financed by the French National Cancer Institute (INCa, http://www.e-cancer.fr)., Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-IFR10, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Henri Mondor-Hôpital Albert Chenevier

Roux, Perrine, Lions, Caroline, Cohen, Julien, Winnock, Maria, Salmon-Céron, Dominique, Bani-Sadr, Firouzé, Sogni, Philippe, Spire, Bruno, Dabis, François, Carrieri, Maria Patrizia, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité de Maladies Infectieuses, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Unité des Maladies Infectieuses et Tropicales, Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Institut Cochin (UMR_S567 / UMR 8104), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'hépatologie médicale [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This study was sponsored and funded by the French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS), with the participation of Abbott France, Glaxo-Smith-Kline, Roche, Schering-Plough and INSERM's 'Programme Cohortes TGIR'., ANRS CO 13 HEPAVIH Study Group, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale ( SESSTIM - U912 INSERM - AMU - IRD ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Cochin [AP-HP], Centre Hospitalier Universitaire de Reims ( CHU Reims ), Institut Cochin ( UMR_S567 / UMR 8104 ), and Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )

Roux, Perrine, Lions, Caroline, Cohen, Julien, Winnock, Maria, Salmon-Céron, Dominique, Bani-Sadr, Firouzé, Sogni, Philippe, Spire, Bruno, Dabis, François, Carrieri, Maria Patrizia, Roux, Perrine, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité de Maladies Infectieuses, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Unité des Maladies Infectieuses et Tropicales, Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Institut Cochin (UMR_S567 / UMR 8104), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'hépatologie médicale [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This study was sponsored and funded by the French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS), with the participation of Abbott France, Glaxo-Smith-Kline, Roche, Schering-Plough and INSERM's 'Programme Cohortes TGIR'., and ANRS CO 13 HEPAVIH Study Group

Rodriguez, Christophe, Chevaliez, Stéphane, Bensadoun, Paul, Pawlotsky, Jean-Michel, Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-IFR10, Centre National de Référence Virus des hépatites B, C et Delta, Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This work was funded by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), and Guellaen, Georges

Françoise Barré-Sinoussi, Gianfranco Pancino, Chiraz Hamimi, Asier Sáez-Cirión, Régulation des Infections Rétrovirales, Institut Pasteur [Paris], Our studies are funded by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS). G.P. is an employee of INSERM. C.H. is a PhD student funded by the Université Pierre et Marie Curie and Sidaction, and Institut Pasteur [Paris] (IP)

Lecuroux, Camille, Girault, Isabelle, Chéret, Antoine, Versmisse, Pierre, Nembot, Georges, Meyer, Laurence, Rouzioux, Christine, Pancino, Gianfranco, Venet, Alain, Saez-Cirion, Asier, trial, ANRS 147 OPTIPRIM, Régulation de la réponse immune, infection VIH-1 et autoimmunité, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Infections à Vih, Réservoirs, Pharmacologie des Antirétroviraux et Prévention de la Transmission Mère Enfant, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service Universitaire de Maladies Infectieuses et du Voyageur, Centre Hospitalier Gustave Dron, Régulation des Infections Rétrovirales, Institut Pasteur [Paris], INSERM U1018, Faculté de Médecine Paris Sud, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Departement d'épidémiologie, AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Laboratoire de Virologie [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), The ANRS 147 OPTIPRIM trial was funded by ANRS (French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis) and conducted with the support of MSD, Janssen, ViiV Healthcare and Gilead. CL received a postdoctoral fellowship from ANRS. GP is an employee of INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale). The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript., Institut Pasteur [Paris] (IP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Guibert, Marie-Genevieve, Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]

Christine, Durier, Corinne, Desaint, Frédéric, Lucht, Pierre-Marie, Girard, Yves, Lévy, Thierry, May, Christian, Michelet, Agathe, Rami, François, Roman, Jean-François, Delfraissy, Jean-Pierre, Aboulker, Odile, Launay, Sandrine, Couffin-Cadiergues, Essais Therapeutiques et Infection Par Le Vih, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CIC - Biotherapie - AP-HP (cochin - Pasteur), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Groupe Immunité des Muqueuses et Agents Pathogènes (GIMAP), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de médecine interne et maladies infectieuses, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS, Paris, France), ANRS 151 study group and the REIVAC network, Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM), and Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )