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1. Calcein+/PI- as an early apoptotic feature in Leishmania

Author: Louise Basmaciyan, Magali Casanova, Nadine Azas, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), and Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM )
Subjects: 0301 basic medicine, Cell Membranes, lcsh:Medicine, Apoptosis, DNA fragmentation, Pathology and Laboratory Medicine, Biochemistry, chemistry.chemical_compound, Fluorescence Microscopy, Annexin, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Medicine and Health Sciences, lcsh:Science, Caspase, Protozoans, Leishmania, Staining, Microscopy, Multidisciplinary, medicine.diagnostic_test, biology, Cell Death, Donovani promastigotes, Eukaryota, Light Microscopy, Cell Staining, Flow Cytometry, Fluoresceins, 3. Good health, Cell biology, Nucleic acids, Annexin-v, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Cell Processes, Cellular Structures and Organelles, Research Article, Programmed cell death, Imaging Techniques, 030106 microbiology, Research and Analysis Methods, Flow cytometry, 03 medical and health sciences, Necrosis, Signs and Symptoms, Diagnostic Medicine, parasitic diseases, Fluorescence Imaging, medicine, Genetics, In Situ Nick-End Labeling, Animals, Propidium iodide, Fluorescent Dyes, Markers, lcsh:R, Organisms, Biology and Life Sciences, Cell Biology, DNA, biology.organism_classification, Parasitic Protozoans, AM, 030104 developmental biology, chemistry, Specimen Preparation and Treatment, biology.protein, lcsh:Q, Therapy, Cell-death
Abstract: International audience; Although leishmaniases are responsible for high morbidity and mortality all over the world, no really satisfying treatment exists. Furthermore, the corresponding parasite Leishmania undergoes a very characteristic form of programmed cell death. Indeed, different stimuli can induce morphological and biochemical apoptotic-like features. However, the key proteins involved in mammal apoptosis, such as caspases and death receptors, are not encoded in the genome of this parasite. Currently, little is known about Leishmania apoptosis, notably owing to the lack of specific tools for programmed cell death analysis in these parasites. Furthermore, there is a need for a better understanding of Leishmania programmed cell death in order (i) to better understand the role of apoptosis in unicellular organisms, (ii) to better understand apoptosis in general through the study of an ancestral eukaryote, and (iii) to identify new therapeutic targets against leishmaniases. To advance understanding of apoptosis in Leishmania, in this study we developed a new tool based on the quantification of calcein and propidium iodide by flow cytometry. This double labeling can be employed to distinguish early apoptosis, late apoptosis and necrosis in Leishmania live cells with a very simple and rapid assay. This paper should, therefore, be of interest for people working on Leishmania and related parasites.
Published: 2017

2. Quantification des Brettanomyces par qPCR

Author: Longin, Cédric, Julliat, Frédérique, Serpaggi, Virginie, Maupeu, Julie, Bourbon, Geoffrey, Rousseaux, Sandrine, Guilloux-Benatier, Michèle, Alexandre, Hervé, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Inter-Rhône [Interprofession des Vins AOC Côtes du Rhône et Vallée du Rhône], LEB Aquitaine Transfert-ADERA, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and université de Bourgogne, PAM
Subjects: Laboratoire, kits commerciaux, PCR quantitative, Vin rouge, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Extraction d'ADN, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Bordeaux, Côtes-du-Rhône, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Brettanomycesbruxellensis, Bourgogne, Fiabilité, Répétabilité, Reproductibilité
Abstract: International audience; Brettanomyces bruxellensis est une levure d’altération du vin avec de faibles besoins nutritionnels, résistante à l’éthanol et aux faibles pH, lui permettant une implantation en vin durant ou après la fermentation alcoolique (Conterno et al., 2006). B. bruxellensis est capable de produire des phénols volatils (éthyl-4-phénol, éthyl-4-gaïacol et éthyl-4-catéchol) (Oelofse et al., 2008). Ces molécules volatiles odorantes amènent un caractère phénolé et animal au vin connu sous le nom de « caractère Brett ». D’autres molécules (2-acétyltétrahydropyridine et 2-éthyltétrahydropyridine) produites par B. bruxellensis sont également responsables d’une déviation organoleptique appelée communément « goût de souris ».La détection et la quantification de cette levure sont donc nécessaires afin d’éviter l’altération du vin. L’isolement de cette levure sur milieu gélosé est utilisé en routine par les laboratoires spécialisés en œnologie. Cette méthode nécessite un temps d’incubation très long (> 7 jours) mais ne permet pas la quantification des cellules viables non cultivables. Des cultures en milieu liquide contenant les précurseurs des phénols volatils sont parfois effectuées afin de déterminer si les vins testés contiennent ou non B. bruxellensis. L’apparition de l’odeur « Brett » plus ou moins rapide permet d’avoir une estimation sur la quantité de cellules présentes. La cytométrie en flux est également un outil utilisé par les laboratoires afin de quantifier de manière spécifique B. bruxellensis : sonde spécifique fluorescente (Serpaggi et al., 2010), anticorps. En France comme à l’étranger, la principale méthode moléculaire utilisée est la PCR quantitative (qPCR). De nombreuses études portant sur cette dernière ont permis le développement de kits commerciaux afin de dénombrer spécifiquement B. bruxellensis dans le vin. Cependant, aucune étude n’a été effectuée sur la fiabilité, la répétabilité et la reproductibilité de ces kits.C’est pourquoi, dans cette étude, nous avons comparé les résultats obtenus en utilisant trois kits qPCR commerciaux permettant d’extraire l’ADN des cellules et de quantifier B. bruxellensis en vin rouge. Les analyses ont été effectuées par trois laboratoires sélectionnés, spécialisés en analyses œnologiques et sur trois vins rouges élaborés dans 3 régions différentes.
Published: 2017

3. Metschnikowia pulcherrima Influences the Expression of Genes Involved in PDH Bypass and Glyceropyruvic Fermentation in Saccharomyces cerevisiae

Author: Sadoudi, Mohand, Rousseaux, Sandrine, David, Vanessa, Alexandre, Hervé, Tourdot-Maréchal, Raphaëlle, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Regional Council of Burgundy, SPINDAL-AEB group, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Glycerol, Acetaldehyde dehydrogenase, Molecular-cloning, Mixed cultures, Aldehyde dehydrogenases, lcsh:QR1-502, Oenococcus-oeni, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, food and beverages, Quantitative RT-PCR, Acetic-acid, Sequential culture Metschnikowia pulcherrima/Saccharomyces cerevisiae, Acetic acid, Yeast pyruvate decarboxylase, Microbiology, lcsh:Microbiology, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Volatile acidity, Wine fermentation, Alcoholic fermentation, Original Research
Abstract: International audience; Previous studies reported that the use of Metschnikowia pulcherrima in sequential culture fermentation with Saccharomyces cerevisiae mainly induced a reduction of volatile acidity in wine. The impact of the presence of this yeast on the metabolic pathway involved in pyruvate dehydrogenase (PDH) bypass and glycerol production in S. cerevisiae has never been investigated. In this work, we compared acetic acid and glycerol production kinetics between pure S. cerevisiae culture and its sequential culture with M. pulcherrima during alcoholic fermentation. In parallel, the expression levels of the principal genes involved in PDH bypass and glyceropyruvic fermentation in S. cerevisiae were investigated. A sequential culture of M. pulcherrima/S. cerevisiae at an inoculation ratio of 10: 1 produced 40% less acetic acid than pure S. cerevisiae culture and led to the enhancement of glycerol content (12% higher). High expression levels of pyruvate decarboxylase PDC1 and PDC5, acetaldehyde dehydrogenase ALD6, alcohol dehydrogenase ADH1 and glycerol-3-phosphate dehydrogenase PDC1 genes during the first 3 days of fermentation in sequential culture conditions are highlighted. Despite the complexity of correlating gene expression levels to acetic acid formation kinetics, we demonstrate that the acetic acid production pathway is altered by sequential culture conditions. Moreover, we show for the first time that the entire acetic acid and glycerol metabolic pathway can be modulated in S. cerevisiae by the presence of M. pulcherrima at the beginning of fermentation.
Published: 2017

4. L’efficacité du sulfite sur Brettanomyces bruxellensis dépend de la population présente

Author: Longin , Cédric, Degueurce , Claudine, Julliat , Frédérique, Guilloux-Benatier , Michèle, Rousseaux , Sandrine, Alexandre , Hervé, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), and université de Bourgogne, PAM
Subjects: Population cultivable, Sulfite, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Vin rouge, Brettanomyces, Levure, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Population viable, bruxellensis
Abstract: International audience; Brettanomyces bruxellensis est une levure d’altération du vin avec de faibles besoins nutritionnels, résistante à l’éthanol et aux faibles pH, lui permettant une implantation en vin durant ou après la fermentation alcoolique (Conterno et al., 2006). B. bruxellensis est capable de produire des phénols volatils (éthyl-4-phénol, éthyl-4-gaïacol et éthyl-4-catéchol) (Oelofse et al., 2008). Ces molécules volatiles odorantes amènent un caractère phénolé et animal au vin connu sous le nom de « caractère Brett ». D’autres molécules (2-acetyltetrahydropyridine and 2-ethyltetrahydropyridine) produites par B. bruxellensis sont également responsables d’une déviation organoleptique appelée communément « goût de souris ». C’est pourquoi, différents traitements sont disponibles pour prévenir les contaminations par B. bruxellensis. Le sulfite reste le principal adjuvant utilisé pour éviter le développement de B. bruxellensis. Cependant, l’évaluation de l’efficacité du sulfite est complexe car cette levure peut être plus ou moins tolérante à ce traitement et l’efficacité est connue pour être souche dépendante (Barata et al., 2008).
Published: 2017

5. Wine microbiology is driven by vineyard and winery anthropogenic factors

Author: Michèle Guilloux-Benatier, Chloé Roullier-Gall, Cédric Grangeteau, Philippe Schmitt-Kopplin, Sandrine Rousseaux, Hervé Alexandre, Régis D. Gougeon, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Research Unit Analytical BioGeoChemistry ( BGC ), Helmholtz-Zentrum München ( HZM ), Chair of Analytical Food Chemistry, Technische Universität München [München] ( TUM ), Procédés Alimentaires et Physico-Chimie ( PAPC ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Regional Council of Burgundy, Interprofessional Office of Burgundy, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Research Unit Analytical BioGeoChemistry (BGC), Helmholtz-Zentrum München (HZM), Technische Universität Munchen - Université Technique de Munich [Munich, Allemagne] (TUM), Procédés Alimentaires et Physico-Chimie (PAPC), and Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 0301 basic medicine, Grape berries, Farms, Fungicide treatments, 030106 microbiology, Population, Biodiversity, Non-saccharomyces, Bioengineering, Kloeckera-apiculata, Ethanol fermentation, Biology, Phenolic content, Applied Microbiology and Biotechnology, Biochemistry, Vineyard, Microbiology, 03 medical and health sciences, Anti-Infective Agents, Antioxidant activity, Yeast population-dynamics, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Botrytis-cinerea, Sulfur Dioxide, Vitis, education, Research Articles, Phytosanitary certification, Wine, education.field_of_study, Fungi, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, food and beverages, Agriculture, Biota, Sulfur-dioxide, Winery, 030104 developmental biology, Fermentation, Research Article, Biotechnology
Abstract: International audience; The effects of different anthropic activities (vineyard: phytosanitary protection; winery: pressing and sulfiting) on the fungal populations of grape berries were studied. The global diversity of fungal populations (moulds and yeasts) was performed by pyrosequencing. The anthropic activities studied modified fungal diversity. Thus, a decrease in biodiversity was measured for three successive vintages for the grapes of the plot cultivated with Organic protection compared to plots treated with Conventional and Ecophyto protections. The fungal populations were then considerably modified by the pressing-clarification step. The addition of sulfur dioxide also modified population dynamics and favoured the domination of the species Saccharomyces cerevisiae during fermentation. The non-targeted chemical analysis of musts and wines by FT-ICR-MS showed that the wines could be discriminated at the end of alcoholic fermentation as a function of adding SO2 or not, but also and above all as a function of phytosanitary protection, regardless of whether these fermentations took place in the presence of SO2 or not. Thus, the existence of signatures in wines of chemical diversity and microbiology linked to vineyard protection has been highlighted.
Published: 2017

6. Origines des levures Saccharomyces et non-Saccharomyces présentes dans le moût : Vignoble ou cuverie ?

Author: Rousseaux, Sandrine, Grangeteau, Cédric, Gerhards, Daniel, von Wallbrunn, Christian, Alexandre, Hervé, Guilloux-Benatier, Michèle, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut für Mikrobiologie & Biochemie, Zentrum für Analytische Chemie und Mikrobiologie (IMB), Hochschule Geisenheim University, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Institut für Mikrobiologie & Biochemie, Zentrum für Analytische Chemie und Mikrobiologie ( IMB ), and université de Bourgogne, PAM
Subjects: Laboratoire, Moût, Levures Saccharomyces, Fermentation, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Souches de levure, Levures non-Saccharomyces, Saccharomyces cerevisiae, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Cuverie
Abstract: International audience; Les levures de l’espèce Saccharomyces cerevisiae ont longtemps été considérées comme les seules responsables du processus de fermentation. On sait aujourd’hui que différentes espèces de levures Saccharomyces et non-Saccharomyces (NS) sont présentes dans les moûts et qu’un certain nombre d’entre elles participe à la fermentation alcoolique (FA). Bien qu’il soit aujourd’hui largement admis que les principales sources de levures dans le moût de raisin sont les baies de raisin et le matériel de vinification (Fleet et Heard, 1993 ; Mortimer et Polsinelli, 1999) (figure 1), la part apportée par chacune de ces deux sources est encore mal définie. De plus, d’autres sources potentielles comme l’air, les insectes ou le vinificateur lui-même ont été pour le moment peu ou pas étudiées.
Published: 2017

7. Evaluation of three Brettanomyces qPCR commercial kits: results from an interlaboratory study

Author: LONGIN, Cedric, JULLIAT, Frederique, SERPAGGI, Virginie, MAUPEU, Julie, BOURBON, Geoffrey, ROUSSEAUX, Sandrine, GUILLOUX-BENATIER, Michele, ALEXANDRE, Herve, Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Inter-Rhône [Interprofession des Vins AOC Côtes du Rhône et Vallée du Rhône], Unité de Recherche Oenologie [Villenave d'Ornon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Regional Council of Burgundy, Interprofessional Office of Burgundy Wines E110CVPARI, FranceAgriMer (GNBrett project) 7120164497, Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bordeaux ( UB ) -Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), and Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC )
Subjects: Identification, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Dekkera-bruxellensis, lcsh:S, Volatile phenols, food and beverages, Ribosomal-rna, commercial kits, red wine, lcsh:QK1-989, Gradient gel-electrophoresis, lcsh:Agriculture, Brettanomyces bruxellensis, Sp yeasts, Quantification, lcsh:Botany, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, quantitative PCR, rettanomyces bruxellensis, Time pcr assay, DNA extraction
Abstract: International audience; Aim: Brettanomyces bruxellensis is well adapted to high ethanol concentrations and low pH which allows it to develop in difficult environments, such as wine. B. bruxellensis is mainly found in red wine and is regarded as a spoilage yeast due to its production of ethylphenols and other compounds responsible for organoleptic defects. The detection and quantification of this yeast is essential to preventing wine spoilage. Several specific detection and quantification kits based on real time quantitative PCR (qPCR) are commercially available. Although these kits are frequently used by private enological and research laboratories, no scientific reports on the reliability and performance of these kits, including interlaboratory and interassay comparisons, have been published. The aim of this work was to compare commercially available kits for the quantification of B. bruxellensis in red wine to classical method (plate counting on selective medium) in an interlaboratory study.Methods and results: Three different commercial kits were tested on three different wines from Bordeaux, Cotes du Rhone, and Burgundy inoculated with B. bruxellensis at four different concentrations. Five naturally contaminated wines from different French wine regions were also tested. Our results suggest that all the kits tested probably over or underestimate the quantity of B. bruxellensis in red wine and, under specific conditions, give false positives.Conclusion: Quantification may be very heterogeneous depending on the wine, laboratory, or population level. Underestimations or false negative results may have serious consequences for winemakers. Overestimation may be partly due to the quantification of dead cells by qPCR.Significance and impact of the study: This study highlights that quantification of B. bruxellensis in red wine using commercial kits requires a high level of expertise in molecular biology. We recommend that all users use a microbiological internal control to validate DNA extraction yield.
Published: 2016

8. Is It Time to Include CT 'Reverse Halo Sign' and qPCR Targeting Mucorales in Serum to EORTC-MSG Criteria for the Diagnosis of Pulmonary Mucormycosis in Leukemia Patients ?

Author: Laurence Million, Denis Caillot, Marie Lorraine Chretien, Frédéric Dalle, Ingrid Lafon, Alexandre Payssot, Louise Basmaciyan, Stéphane Valot, Marc Sautour, Caroline Legouge, Service d'Hématologie Clinique (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA), Laboratoire d'Excellence : Lipoprotéines et Santé : prévention et Traitement des maladies Inflammatoires et du Cancer (LabEx LipSTIC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École pratique des hautes études (EPHE)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc (CRLCC - CGFL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] (EFS [Bourgogne-France-Comté])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université de Montpellier (UM), Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Service de parasitologie et mycologie [CHU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-Université de Montpellier (UM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), Laboratoire d'Excellence : Lipoprotéines et Santé : prévention et Traitement des maladies Inflammatoires et du Cancer ( LabEx LipSTIC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques ( UM2 ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ) -Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] ( EFS [Bourgogne-France-Comté] ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Montpellier (UM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Franche-Comté (UFC), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Mucorales, Pathology, medicine.medical_specialty, 030106 microbiology, Computed tomography, law.invention, Reversed halo sign, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, law, Quantitative polymerase chain reaction, medicine, 030212 general & internal medicine, Pulmonary mucormycosis, Halo sign, Polymerase chain reaction, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, Leukemia, biology, medicine.diagnostic_test, business.industry, Brief Report, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, biology.organism_classification, medicine.disease, Early diagnosis, 3. Good health, Infectious Diseases, Real-time polymerase chain reaction, Oncology, medicine.symptom, Erratum, business
Abstract: In 23 leukemia patients with proven (n = 17) or possible (n = 6) pulmonary mucormycosis (PM), the presence of reversed halo sign on computed tomography was strongly associated with the positivity of quantitative polymerase chain reaction assays targeting Mucorales in the serum, confirming the value of these two tools for the diagnosis of PM in this setting.
Published: 2016

9. Rapid non-invasive quality control of semi-finished products for the food industry by direct injection mass spectrometry headspace analysis: the case of milk powder, whey powder and anhydrous milk fat

Author: Makhoul, S., Yener, S., Khomenko, I., Capozzi, V., Cappellin, L., Aprea, E., Scampicchio, M., Gasperi, F., Biasioli, F., Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Department of Chemistry [Balamand], University of Balamand - UOB (LIBAN), Centro Ricerca e Innovazione - Research and Innovation Centre [FEM - Italie], Fondazione Edmund Mach - Edmund Mach Foundation [Italie] ( FEM ), Institut für Ionenphysik und Angewandte Physik - Institute for Ion Physics and Applied Physics [Innsbruck], Leopold Franzens Universität Innsbruck - University of Innsbruck, Free University of Bozen-Bolzano, FIRS>T doctoral school of Fondazione Edmund Mach, European Project : 287382,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2011-ITN,PIMMS ( 2012 ), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), University of Balamand [Liban] (UOB), Fondazione Edmund Mach - Edmund Mach Foundation [Italie] (FEM), and European Project: 287382,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2011-ITN,PIMMS(2012)
Subjects: Component, Settore CHIM/01 - CHIMICA ANALITICA, Whole, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, VOCs, whey powder, Gas-chromatography, Storage, anhydrous milk fat, Flavor stability, PTR-MS, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Volatile organic-compounds, milk powder, Profile, Online, PTR-ToF-MS, Partition
Abstract: International audience; In this study, we demonstrated the suitability of direct injection mass spectrometry headspace analysis for rapid non-invasive quality control of semi-finished dairy ingredients, such as skim milk powder (SMP), whole milk powder (WMP), whey powder (WP) and anhydrous milk fat (AMF), which are widely used as ingredients in the food industry. In this work, for the first time, we applied proton transfer reaction-mass spectrometry (PTR-MS) with a time-of-flight (ToF) analyzer for the rapid and non-invasive analysis of volatile compounds in different samples of SMP, WMP, WP and AMF. We selected different dairy ingredients in various concrete situations (e.g. same producer and different expiration times, different producers and same days of storage, different producers) based on their sensory evaluation. PTR-ToF-MS allowed the separation and characterization of different samples based on the volatile organic compound (VOC) profiles. Statistically significant differences in VOC content were generally coherent with differences in sensory evaluation, particularly for SMP, WMP and WP. The good separation of SMP samples from WMP samples suggested the possible application of PTR-ToF-MS to detect possible cases of adulteration of dairy ingredients for the food industry. Our findings demonstrate the efficient and rapid differentiation of dairy ingredients on the basis of the released VOCs via PTR-ToF-MS analysis and suggest this method as a versatile tool (1) for the facilitation/optimization of the selection of dairy ingredients in the food industry and (2) and for the prompt innovation in the production of dairy ingredients
Published: 2016

10. Design and Performance Testing of a DNA Extraction Assay for Sensitive and Reliable Quantification of Acetic Acid Bacteria Directly in Red Wine Using Real Time PCR

Author: Cédric Longin, Hervé Alexandre, Michèle Guilloux-Benatier, Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Polyvinylpolypyrrolidone, 030106 microbiology, Population, Food spoilage, lcsh:QR1-502, Biology, Microbiology, lcsh:Microbiology, Matrix (chemical analysis), 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, education, Acetic acid bacteria, DNA extraction, Original Research, Wine, education.field_of_study, Chromatography, Red wine, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, biology.organism_classification, 3. Good health, Microbiological internal control, Real time PCR, Real-time polymerase chain reaction, chemistry, Biochemistry
Abstract: International audience; Although strategies exist to prevent AAB contamination, the increased interest for wines with low sulfite addition leads to greater AAB spoilage. Hence, there is a real need for a rapid, specific, sensitive, and reliable method for detecting these spoilage bacteria. All these requirements are met by real time Polymerase Chain Reaction (or quantitative PCR; qPCR). Here, we compare existing methods of isolating DNA and their adaptation to a red wine matrix. Two different protocols for isolating DNA and three PCR mix compositions were tested to select the best method. The addition of insoluble polyvinylpolypyrrolidone (PVPP) at 1% (v/v) during DNA extraction using a protocol succeeded in eliminating PCR inhibitors from red wine. We developed a bacterial internal control which was efficient in avoiding false negative results due to decreases in the efficiency of DNA isolation and/or amplification. The specificity, linearity, repeatability, and reproducibility of the method were evaluated. A standard curve was established for the enumeration of AAB inoculated into red wines. The limit of quantification in red wine was 3.7 log AAB/mL and about 2.8 log AAB/mL when the volume of the samples was increased from 1 to 10 mL. Thus, the DNA extraction method developed in this paper allows sensitive and reliable AAB quantification without underestimation thanks to the presence of an internal control. Moreover, monitoring of both the AAB population and the amount of acetic acid in ethanol medium and red wine highlighted that a minimum about 6.0 log cells/mL of AAB is needed to significantly increase the production of acetic acid leading to spoilage.
Published: 2016

11. A Peptidoglycan-Remodeling Enzyme Is Critical for Bacteroid Differentiation in Bradyrhizobium spp. During Legume Symbiosis

Author: Daniel Gargani, Djamel Gully, Clémence Chaintreuil, Peter Mergaert, Katia Bonaldi, Joël Fardoux, Cédric Grangeteau, Roberta Marchetti, Eric Giraud, Nico Nouwen, Antonio Molinaro, Phuong Nguyen, Laboratoire des symbioses tropicales et méditerranéennes (UMR LSTM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Center for Chronobiology, Division of Biological Sciences, University of California [San Diego] (UC San Diego), University of California-University of California, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Dipartimento di Scienze Chimiche, Complesso Universitario Monte Sant'Angelo, Università di Napoli Federico II, Intéractions Plantes-Bactéries (PBI), Département Microbiologie (Dpt Microbio), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-13-BSV7-0013,BugsInACell,Accommodation intracellulaire des bactéries symbiotiques fixatrices d'azote(2013), University of California (UC)-University of California (UC), University of Naples Federico II = Università degli studi di Napoli Federico II, Laboratoire des symbioses tropicales et méditerranéennes ( LSTM ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Université Montpellier 1 ( UM1 ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques ( UM2 ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite ( BGPI ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), University of California [San Diego] ( UC San Diego ), Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Intéractions Plantes-Bactéries ( PBI ), Département Microbiologie ( Dpt Microbio ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Gully, Djamel, Gargani, Daniel, Bonaldi, Katia, Grangeteau, Cédric, Chaintreuil, Clémence, Fardoux, Joël, Nguyen, Phuong, Marchetti, Roberta, Nouwen, Nico, Molinaro, Antonio, Mergaert, Peter, and Giraud, Eric
Subjects: 0301 basic medicine, Physiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Mutant, nodosité racinaire, chemistry.chemical_compound, Bacteroides, Bradyrhizobium, Photosynthesis, Photosynthèse, Différenciation cellulaire, 2. Zero hunger, food and beverages, Fabaceae, General Medicine, Polyploïdie, Code génétique, Rhizobium, Symbiosi, F60 - Physiologie et biochimie végétale, Symbiose, Bacterial Protein, Peptidoglycan, Biology, Microbiology, 03 medical and health sciences, Photosynthesi, Bacterial Proteins, Symbiosis, Peptidase, Binding Sites, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Binding Site, P34 - Biologie du sol, Aeschynomene, Gene Expression Regulation, Bacterial, biology.organism_classification, 030104 developmental biology, chemistry, Enzyme, Mutation, Agronomy and Crop Science, Bacteria
Abstract: International audience; In response to the presence of compatible rhizobium bacteria, legumes form symbiotic organs called nodules on their roots. These nodules house nitrogen-fixing bacteroids that are a differentiated form of the rhizobium bacteria. In some legumes, the bacteroid differentiation comprises a dramatic cell enlargement, polyploidization, and other morphological changes. Here, we demonstrate that a peptidoglycan-modifying enzyme in Bradyrhizobium strains, a DD-carboxypeptidase that contains a peptidoglycan-binding SPOR domain, is essential for normal bacteroid differentiation in Aeschynomene species. The corresponding mutants formed bacteroids that are malformed and hypertrophied. However, in soybean, a plant that does not induce morphological differentiation of its symbiont, the mutation does not affect the bacteroids. Remarkably, the mutation also leads to necrosis in a large fraction of the Aeschynomene nodules, indicating that a normally formed peptidoglycan layer is essential for avoiding the induction of plant immune responses by the invading bacteria. In addition to exopolysaccharides, capsular polysaccharides, and lipopolysaccharides, whose role during symbiosis is well defined, our work demonstrates an essential role in symbiosis for yet another rhizobial envelope component, the peptidoglycan layer.
Published: 2016

12. Persistence of Two Non-Saccharomyces Yeasts (Hanseniaspora and Starmerella) in the Cellar

Author: Cédric Grangeteau, Daniel Gerhards, Christian von Wallbrunn, Sandrine Rousseaux, Hervé Alexandre, Michèle Guilloux-Benatier, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Institut für Mikrobiologie & Biochemie, Zentrum für Analytische Chemie und Mikrobiologie ( IMB ), Hochschule Geisenheim University, Regional Council of Burgundy, Interprofessional Office of Burgundy wines, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Institut für Mikrobiologie & Biochemie, Zentrum für Analytische Chemie und Mikrobiologie (IMB)
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Grape berries, Cerevisiae, Wine yeast, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, 030106 microbiology, Starmerella, lcsh:QR1-502, Strains, Candida-stellata, Hanseniaspora, Microbiology, Saccharomyces, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, cellar, Botany, Original Research, Winemaking, Diversity, biology, fungi, food and beverages, persistence, Enological properties, biology.organism_classification, Sulfur-dioxide, Yeast, Candida zemplinina, Yeast in winemaking, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, non-Saccharomyces strains, Hanseniaspora guilliermondii, Alcoholic fermentation, Population-dynamics
Abstract: International audience; Different genera and/or species of yeasts present on grape berries, in musts and wines are widely described. Nevertheless, the community of non-Saccharomyces yeasts present in the cellar is still given little attention. Thus it is not known if the cellar is a real ecological niche for these yeasts or if it is merely a transient habitat for populations brought in by grape berries during the winemaking period. This study focused on three species of non-Saccharomyces yeasts commonly encountered during vinification: Starmerella bacillaris (synonymy with Candida zemplinina), Hanseniaspora guilliermondii and Hanseniaspora uvarum. More than 1200 isolates were identified at the strain level by FT-IR spectroscopy (207 different FTIR strain pattern). Only a small proportion of non-Saccharomyces yeasts present in musts came directly from grape berries for the three species studied. Some strains were found in the must in two consecutive years and some of them were also found in the cellar environment before the arrival of the harvest of second vintage. This study demonstrates for the first time the persistence of non-Saccharomyces yeast strains from year to year in the cellar. Sulfur dioxide can affect yeast populations in the must and therefore their persistence in the cellar environment.
Published: 2016

13. Effect of Biofilm Formation by Oenococcus oeni on Malolactic Fermentation and the Release of Aromatic Compounds in Wine

Author: Christian Coelho, Jean Guzzo, Romain Briandet, Stéphanie Weidmann, Hervé Alexandre, Alexis Canette, Alexandre Bastard, Régis D. Gougeon, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Alimentaires et Physico-Chimie (PAPC), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Conseil Regional de Bourgogne, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Weidmann, Stephanie, Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Procédés Alimentaires et Physico-Chimie ( PAPC ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé humaine ( MICALIS ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, lcsh:QR1-502, Ethanol fermentation, Stress-response, Lactic-acid bacteria, Microbiology, Wine color, lcsh:Microbiology, biofilm, 03 medical and health sciences, Immobilized yeast, oak, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Malolactic fermentation, Food science, Gene-expression, Microbial biofilms, wine, Oenococcus oeni, Winemaking, Original Research, Wine, Leuconostoc-oenos, biology, Chemistry, Aging of wine, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Biofilm, food and beverages, biology.organism_classification, Stainless-steel, malolactic fermentation, Heat-shock-protein
Abstract: The winemaking process involves the alcoholic fermentation of must, often followed by malolactic fermentation. The latter, mainly carried out by the lactic acid bacterium Oenococcus oeni, is used to improve wine quality when acidity reduction is required. Moreover, it prevents microbial spoilage and improves the wine’s organoleptic profile. Prior observations showed that O. oeni is able to resist several months in harsh wine conditions when adhered on oak barrels. Since biofilm is a prevailing microbial lifestyle in natural environments, the capacity of O. oeni to form biofilms was investigated on winemaking material such as stainless steel and oak chips. Scanning Electron Microscopy and Confocal Laser Scanning Microscopy showed that O. oeni was able to adhere to these surfaces and form spatially organized microcolonies embedded in extracellular substances. To assess the competitive advantage of this mode of life in wine, the properties of biofilm and planktonic cells were compared after inoculation in a fermented must (pH 3.5 or 3.2 and 12% ethanol) The results indicated that the biofilm culture of O. oeni conferred (i) increased tolerance to wine stress, and (ii) functional performance with effective malolactic activities. Relative gene expression focusing on stress genes and genes involved in EPS synthesis was investigated in a mature biofilm and emphasized the role of the matrix in increased biofilm resistance.As oak is commonly used in wine aging, we focused on the O. oeni biofilm on this material and its contribution to the development of wine color and the release of aromatic compounds. Analytical chromatography was used to target the main oak aging compounds such as vanillin, gaiacol, eugenol, whisky-lactones and furfural. The results reveal that O. oeni biofilm developed on oak can modulate the wood-wine transfer of volatile aromatic compounds during malolactic fermentation and aging by decreasing furfural, gaiacol and eugenol in particular.This work showed that O. oeni forms biofilms consisting of stress-tolerant cells capable of efficient malolactic fermentation under winemaking conditions. Therefore surface-associated behaviors should be considered in the development of improved strategies for the control of malolactic fermentation in wine.
Published: 2016

14. FT-IR spectroscopy : A powerful tool for studying the inter- and intraspecific biodiversity of cultivable non-Saccharomyces yeasts isolated from grape must

Author: Sébastien Terrat, Sandrine Rousseaux, Christian von Wallbrunn, Michèle Guilloux-Benatier, Daniel Gerhards, Hervé Alexandre, Samuel Dequiedt, Cédric Grangeteau, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut für Mikrobiologie & Biochemie, Zentrum für Analytische Chemie und Mikrobiologie (IMB), Hochschule Geisenheim University, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Regional Council of Burgundy, Interprofessional Office of Burgundy wines, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Institut für Mikrobiologie & Biochemie, Zentrum für Analytische Chemie und Mikrobiologie ( IMB ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 0301 basic medicine, Identification, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Biodiversity, Wine, Hanseniaspora, Saccharomyces, Microbial ecology, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Yeasts, Spectroscopy, Fourier Transform Infrared, Vitis, DNA, Fungal, Mycological Typing Techniques, Phylogeny, Candida, Intragenomic variation, biology, Sp-nov, Pyrolysis mass-spectrometry, Pyrosequencing, Candida zemplinina, Yeast in winemaking, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, FT-IR spectroscopy, Metschnikowia, Alcoholic fermentation, Microbiology (medical), food.ingredient, Wine yeast, 030106 microbiology, Microbiology, Intraspecific competition, Candida-zemplinina, 03 medical and health sciences, food, Botany, RNA, Ribosomal, 18S, Molecular Biology, Base Sequence, Computational Biology, Sequence Analysis, DNA, biology.organism_classification, Green lacewings, Strain typing, Transform-infrared-spectroscopy, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Botrytis-affected wine
Abstract: International audience; The efficiency of the FT-IR technique for studying the inter- and intra biodiversity of cultivable non-Saccharomyces yeasts (NS) present in different must samples was examined. In first, the capacity of the technique FF-IR to study the global diversity of a given sample was compared to the pyrosequencing method, used as a reference technique. Seven different genera (Aureobasidium, Candida, Cryptococcus, Hanseniaspora, Issatchenkia, Metschnikowia and Pichia) were identified by FT-IR and also by pyrosequencing. Thirty-eight other genera were identified by pyrosequencing, but together they represented less than 6% of the average total population of 6 musts. Among the species identified, some of them present organoleptic potentials in winemaking, particularly Starmerella bacillaris (synonym Candida zemplinina). So in a second time, we evaluated the capacity of the FT-IR technique to discriminate the isolates of this species because few techniques were able to study intraspecific NS yeast biodiversity. The results obtained were validated by using a classic method as ITS sequencing. Biodiversity at strain level was high: 19 different strains were identified from 58 isolates. So, FT-IR spectroscopy seems to be an accurate and reliable method for identifying major genera present in the musts. The two biggest advantages of the FT-IR are the capacity to characterize intraspecific biodiversity of non-Saccharomyces yeasts and the possibility to discriminate a lot of strains.
Published: 2016

15. The Antisense RNA Approach: a New Application for In Vivo Investigation of the Stress Response of Oenococcus oeni, a Wine-Associated Lactic Acid Bacterium

Author: Tarek Msadek, Maud Darsonval, Cosette Grandvalet, Hervé Alexandre, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Biologie des Bactéries pathogènes à Gram-positif, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Universitaire de la Vigne et du Vin 'Jules Guyot' ( IUVV Jules Guyot ), Université de Bourgogne ( UB ), Ministère de la Recherche et de l'Enseignement Supérieur (France), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Universitaire de la Vigne et du Vin 'Jules Guyot' (IUVV Jules Guyot), Université de Bourgogne (UB), Ministere de la Recherche et de l'Enseignement Superieur (France), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, 030106 microbiology, Lactobacillus-plantarum, Wine, Escherichia-coli, Applied Microbiology and Biotechnology, molecular characterization, 03 medical and health sciences, Growth-phase, Bacterial Proteins, Membrane stabilization, Heat shock protein, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Antisense Technology, Gene expression, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Malolactic fermentation, Environmental Microbiology, RNA, Antisense, Gene-expression, Lactic Acid, Heat-Shock Proteins, Oenococcus, Oenococcus oeni, Leuconostoc-oenos, Ecology, biology, Ethanol, Lactococcus lactis, [ SDV.BIO ] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Gene Expression Regulation, Bacterial, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Antisense RNA, Biochemistry, Lactococcus-lactis, Heat-shock-protein, Fermentation, Food Science, Biotechnology
Abstract: Oenococcus oeni is a wine-associated lactic acid bacterium mostly responsible for malolactic fermentation in wine. In wine, O. oeni grows in an environment hostile to bacterial growth (low pH, low temperature, and ethanol) that induces stress response mechanisms. To survive, O. oeni is known to set up transitional stress response mechanisms through the synthesis of heat stress proteins (HSPs) encoded by the hsp genes, notably a unique small HSP named Lo18. Despite the availability of the genome sequence, characterization of O. oeni genes is limited, and little is known about the in vivo role of Lo18. Due to the lack of genetic tools for O. oeni , an efficient expression vector in O. oeni is still lacking, and deletion or inactivation of the hsp18 gene is not presently practicable. As an alternative approach, with the goal of understanding the biological function of the O. oeni hsp18 gene in vivo , we have developed an expression vector to produce antisense RNA targeting of hsp18 mRNA. Recombinant strains were exposed to multiple stresses inducing hsp18 gene expression: heat shock and acid shock. We showed that antisense attenuation of hsp18 affects O. oeni survival under stress conditions. These results confirm the involvement of Lo18 in heat and acid tolerance of O. oeni . Results of anisotropy experiments also confirm a membrane-protective role for Lo18, as previous observations had already suggested. This study describes a new, efficient tool to demonstrate the use of antisense technology for modulating gene expression in O. oeni .
Published: 2015

16. The establishment of a fungal consortium in a new winery

Author: Abdo, Hany, Catacchio, Claudia Rita, Ventura, Mario, D'Addabbo, Pietro, Alexandre, Hervé, Guilloux-Benatier, Michèle, Rousseaux, Sandrine, Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Department of Biology [University of Bari], and Università degli studi di Bari Aldo Moro (UNIBA)
Subjects: lcsh:R, Fungi, lcsh:Medicine, Wine, Biodiversity, Food microbiology, Biological Evolution, Article, Microbial ecology, Fermentation, lcsh:Q, Fungal ecology, lcsh:Science, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; The biodiversity and evolution of fungal communities were monitored over a period of 3 vintages in a new winery. Samples were collected before grape receipt and 3 months after fermentation from 3 different wine related environments (WRE): floor, walls and equipment and analyzed using Illumina Mi-Seq. Genera of mold and filamentous fungi (294), non-enological (10) and wine-associated yeasts (25) were detected on all WREs before the arrival of the first harvest. Among them, genera like Alternaria and Aureobasidium persisted during two vintages. Therefore, these genera are not specific to winery environment and appear to be adapted to natural or anthropic environments due to their ubiquitous character. Some genera like Candida were also detected before the first harvest but only on one WREs, whereas, on the other WREs they were found after the harvest. The ubiquitous character and phenotypic traits of these fungal genera can explain their dynamics. After the first harvest and during 3 vintages the initial consortium was enriched by oenological genera like Starmerella introduced either by harvest or by potential transfers between the different WREs. However, these establishing genera, including Saccharomyces, do not appear to persist due to their low adaptation to the stressful conditions of winery environment.
Published: 2020

17. Prediction of Genetic Groups within Brettanomyces bruxellensis through Cell Morphology Using a Deep Learning Tool

Author: Emmanuel Denimal, Sandrine Rousseaux, Hervé Alexandre, Ambroise Marin, Déborah De Oliveira, Stéphanie Weidmann, Manon Lebleux, Nicolas Desroche, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Service d’Appui à la Recherche - AgroSup Dijon, AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Dispositif Inter-régional d'Imagerie Cellulaire [Dijon] (DImaCell), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ingénierie et biologie cellulaire et tissulaire (IBCT (ex IFR133)), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), NEXIDIA, AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Microbiology (medical), RAPD-PCR, QH301-705.5, genetic groups, [SDV]Life Sciences [q-bio], Brettanomyces bruxellensis, Plant Science, Computational biology, Biology, Cell morphology, Intraspecific competition, 03 medical and health sciences, morphology, Biology (General), Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, Oenology, Winemaking, Wine, 0303 health sciences, 030306 microbiology, Strain (biology), deep learning, biology.organism_classification, RAPD
Abstract: Brettanomyces bruxellensis is described as a wine spoilage yeast with many mainly strain-dependent genetic characteristics, bestowing tolerance against environmental stresses and persistence during the winemaking process. Thus, it is essential to discriminate B. bruxellensis isolates at the strain level in order to predict their stress resistance capacities. Few predictive tools are available to reveal intraspecific diversity within B. bruxellensis species, also, they require expertise and can be expensive. In this study, a Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) adapted PCR method was used with three different primers to discriminate 74 different B. bruxellensis isolates. High correlation between the results of this method using the primer OPA-09 and those of a previous microsatellite analysis was obtained, allowing us to cluster the isolates among four genetic groups more quickly and cheaply than microsatellite analysis. To make analysis even faster, we further investigated the correlation suggested in a previous study between genetic groups and cell polymorphism using the analysis of optical microscopy images via deep learning. A Convolutional Neural Network (CNN) was trained to predict the genetic group of B. bruxellensis isolates with 96.6% accuracy. These methods make intraspecific discrimination among B. bruxellensis species faster, simpler and less costly. These results open up very promising new perspectives in oenology for the study of microbial ecosystems.
Published: 2021

18. Shedding Light on the Formation and Structure of Kombucha Biofilm Using Two-Photon Fluorescence Microscopy

Author: Thierry Tran, Cosette Grandvalet, Pascale Winckler, François Verdier, Antoine Martin, Hervé Alexandre, Raphaëlle Tourdot-Maréchal, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Dispositif Inter-régional d'Imagerie Cellulaire [Dijon] (DImaCell), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ingénierie et biologie cellulaire et tissulaire (IBCT (ex IFR133)), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), and Biomère SA
Subjects: 0106 biological sciences, Microbiology (medical), Kombucha, two-photon fluorescence microscopy, interaction, 01 natural sciences, Microbiology, biofilm, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, [SPI]Engineering Sciences [physics], 010608 biotechnology, Microscopy, Cellulose, Acetic acid bacteria, 030304 developmental biology, Original Research, 0303 health sciences, biology, Biofilm, biology.organism_classification, Two photon fluorescence, Yeast, QR1-502, cellulose, chemistry, Bacterial cellulose, Biophysics, kombucha, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Kombucha pellicles are often used as inoculum to produce this beverage and have become a signature feature. This cellulosic biofilm produced by acetic acid bacteria (AAB) involves yeasts, which are also part of the kombucha consortia. The role of microbial interactions in thede novoformation and structure of kombucha pellicles was investigated during the 3 days following inoculation, using two-photon microscopy coupled with fluorescent staining. Aggregated yeast cells appear to serve as scaffolding to which bacterial cellulose accumulates. This initial foundation leads to a layered structure characterized by a top cellulose-rich layer and a biomass-rich sublayer. This sublayer is expected to be the microbiologically active site for cellulose production and spatial optimization of yeast–AAB metabolic interactions. The pellicles then grow in thickness while expanding their layered organization. A comparison with pellicles grown from pure AAB cultures shows differences in consistency and structure that highlight the impact of yeasts on the structure and properties of kombucha pellicles.
Published: 2021

19. Interlaboratory evaluation of Mucorales PCR assays for testing serum specimens: a study by the fungal PCR Initiative and the Modimucor study group

Author: Rosemary Ann Barnes, J.P. Donnelly, Valérie Letscher-Bru, S Fuchs, Emeline Scherer, Maud Gits-Muselli, Birgit Willinger, Boualem Sendid, Massimo Cogliati, Ferry Hagen, R Hare, Stéphane Bretagne, Carlo Mengoli, Steffi Rocchi, Martina Lengerová, Michaela Lackner, Julie Denis, J. Loeffler, Alexandre Alanio, Wilfried Posch, P. L. White, Jan Springer, Laurence Millon, Françoise Botterel, Frédéric Dalle, Marie-Elisabeth Bougnoux, Xavier Iriart, C Klaassen, Céline Nourrisson, Céline Damiani, Florent Morio, Marjorie Cornu, Catriona Halliday, Mario Cruciani, Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire de parasitologie et de mycologie médicales [CHU Amiens], CHU Amiens-Picardie, Agents infectieux, résistance et chimiothérapie - UR UPJV 4294 (AGIR ), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Laboratoire de Parasitologie et de Mycologie Médicale [Strasbourg], Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Service de Parasitologie et Mycologie, CHU Toulouse [Toulouse]-Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Medical Microbiology & Infectious Diseases, University of Padova Medical School, Génomique évolutive, modélisation et santé (CNRS-UMR2000), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), CHU Henri Mondor, Unité de Parasitologie-Mycologie, Service de Microbiologie [Hôpital Necker-Enfants-Malades, Paris], Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques - National Reference Center Invasive Mycoses & Antifungals (CNRMA), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie [CHU Saint Louis, Paris], Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Westerdijk Fungal Biodiversity Institute, and Westerdijk Fungal Biodiversity Institute - Medical Mycology
Subjects: 0301 basic medicine, Mucorales, Veterinary medicine, Lichtheimia corymbifera, 030106 microbiology, Pcr assay, Mucorales PCR, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Real-Time Polymerase Chain Reaction, law.invention, Rhizomucor pusillus, Hospitals, University, 03 medical and health sciences, interlaboratory assay, 0302 clinical medicine, SDG 3 - Good Health and Well-being, law, Humans, Mucormycosis, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, 030212 general & internal medicine, DNA, Fungal, Polymerase chain reaction, Observer Variation, standardization, biology, Clinical Laboratory Techniques, Reproducibility of Results, General Medicine, circulating DNA, biology.organism_classification, University hospital, Diagnostic strategy, DNA extraction, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Infectious Diseases, Molecular Diagnostic Techniques, France, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: Interlaboratory evaluations of Mucorales qPCR assays were developed to assess the reproducibility and performance of methods currently used. The participants comprised 12 laboratories from French university hospitals (nine of them participating in the Modimucor study) and 11 laboratories participating in the Fungal PCR Initiative. For panel 1, three sera were each spiked with DNA from three different species (Rhizomucor pusillus, Lichtheimia corymbifera, Rhizopus oryzae). For panel 2, six sera with three concentrations of R. pusillus and L. corymbifera (1, 10, and 100 genomes/ml) were prepared. Each panel included a blind negative-control serum. A form was distributed with each panel to collect results and required technical information, including DNA extraction method, sample volume used, DNA elution volume, qPCR method, qPCR template input volume, qPCR total reaction volume, qPCR platform, and qPCR reagents used. For panel 1, assessing 18 different protocols, qualitative results (positive or negative) were correct in 97% of cases (70/72). A very low interlaboratory variability in Cq values (SD = 1.89 cycles) were observed. For panel 2 assessing 26 different protocols, the detection rates were high (77–100%) for 5/6 of spiked serum. There was a significant association between the qPCR platform and performance. However, certain technical steps and optimal combinations of factors may also impact performance. The good reproducibility and performance demonstrated in this study support the use of Mucorales qPCR as part of the diagnostic strategy for mucormycosis.
Published: 2021

20. Interlaboratory evaluation of Mucorales PCR assays for testing serum specimens: A study by the fungal PCR Initiative and the Modimucor study group

Author: Rocchi, S, Scherer, E, Mengoli, C, Alanio, A, Botterel, F, Bougnoux, M, Bretagne, S, Cogliati, M, Cornu, M, Dalle, Frédéric, Damiani, Céline, Denis, J, Fuchs, S, Gits-Muselli, M, Hagen, F, Halliday, C, Hare, R, Iriart, Xavier, Klaassen, C, Lackner, M, Lengerova, M, Letscher-Bru, V, Morio, F, Nourrisson, C, Posch, W, Sendid, B, Springer, J, Willinger, B, White, P, Barnes, R, Cruciani, M, Donnelly, J, Loeffler, J, Millon, L, Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Università degli Studi di Padova = University of Padua (Unipd), Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques - National Reference Center Invasive Mycoses & Antifungals (CNRMA), Institut Pasteur [Paris] (IP), Mycologie moléculaire - Molecular Mycology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpitaux Universitaire Saint-Louis, Lariboisière, Fernand-Widal, Université Paris Cité (UPCité), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Faculté de médecine (UPEC Médecine), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), CHU Henri Mondor [Créteil], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Biologie et Pathogénicité fongiques (BPF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Pasteur [Paris] (IP), Università degli Studi di Milano = University of Milan (UNIMI), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire de parasitologie et de mycologie médicales [CHU Amiens], CHU Amiens-Picardie, Agents infectieux, résistance et chimiothérapie - UR UPJV 4294 (AGIR ), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Laboratoire de Parasitologie et de Mycologie Médicale [Strasbourg], Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Leopold Franzens Universität Innsbruck - University of Innsbruck, UFR Médecine [Santé] - Université Paris Cité (UFR Médecine UPCité), Univ Utrecht, Westerdijk Fungal Biodivers Inst, Fungal Physiol, Uppsalalaan 8, NL-3584 CT Utrecht, Netherlands, Partenaires INRAE, University Medical Center [Utrecht], Shanghai Key Laboratory of Molecular Medical Mycology, Changzheng Hospital, Second Military Medical University, Statens Serum Institut [Copenhagen], Service de Parasitologie et Mycologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Erasmus University Medical Center [Rotterdam] (Erasmus MC), Innsbruck Medical University = Medizinische Universität Innsbruck (IMU), University Hospital Brno, CHU Strasbourg, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), CHU Clermont-Ferrand, University Hospital Wuerzburg / Universitätsklinikum Würzburg, Medizinische Universität Wien = Medical University of Vienna, Public Health Wales [Cardiff, Royaume uni], University of Texas Health Science Center at San Antonio [San Antonio, Tx, USA], This work was supported by a grant from the French Ministry of Health PHRC (Projet Hospitalier de Recherche Clinique) national-ModiMucor 2014-A00580-47., Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Génomique évolutive, modélisation et santé (CNRS-UMR2000), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris Cité - UFR Médecine [Santé] (UPCité UFR Médecine), CHU Henri Mondor, Biologie des ARN des Pathogènes fongiques - RNA Biology of Fungal Pathogens, Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité), University of Innsbruck, Service de Parasitologie et Mycologie, CHU Toulouse [Toulouse]-Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie et Pathogénicité fongiques - Fungal Biology and Pathogenicity (BPF), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Padova Medical School, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Université Paris Cité - UFR Médecine Paris Centre [Santé] (UPC Médecine Paris Centre), Université Paris Cité (UPC), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPC), and Università degli Studi di Milano [Milano] (UNIMI)
Subjects: standardization, MESH: Clinical Laboratory Techniques / instrumentation, MESH: Humans, MESH: Mucorales / genetics, Mucorales PCR, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, circulating DNA, MESH: Molecular Diagnostic Techniques / standards, MESH: Observer Variation, MESH: Mucormycosis / blood, MESH: Reproducibility of Results, MESH: France, interlaboratory assay, MESH: Real-Time Polymerase Chain Reaction / standards, MESH: Hospitals, University / statistics & numerical data, MESH: Clinical Laboratory Techniques / standards, MESH: DNA, Fungal / genetics, MESH: Clinical Laboratory Techniques / methods, MESH: Mucormycosis / diagnosis, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: International audience; Interlaboratory evaluations of Mucorales qPCR assays were developed to assess the reproducibility and performance of methods currently used. The participants comprised 12 laboratories from French university hospitals (nine of them participating in the Modimucor study) and 11 laboratories participating in the Fungal PCR Initiative. For panel 1, three sera were each spiked with DNA from three different species (Rhizomucor pusillus, Lichtheimia corymbifera, Rhizopus oryzae). For panel 2, six sera with three concentrations of R. pusillus and L. corymbifera (1, 10, and 100 genomes/ml) were prepared. Each panel included a blind negative-control serum. A form was distributed with each panel to collect results and required technical information, including DNA extraction method, sample volume used, DNA elution volume, qPCR method, qPCR template input volume, qPCR total reaction volume, qPCR platform, and qPCR reagents used. For panel 1, assessing 18 different protocols, qualitative results (positive or negative) were correct in 97% of cases (70/72). A very low interlaboratory variability in Cq values (SD = 1.89 cycles) were observed. For panel 2 assessing 26 different protocols, the detection rates were high (77-100%) for 5/6 of spiked serum. There was a significant association between the qPCR platform and performance. However, certain technical steps and optimal combinations of factors may also impact performance. The good reproducibility and performance demonstrated in this study support the use of Mucorales qPCR as part of the diagnostic strategy for mucormycosis.
Published: 2021

21. Multicenter Comparative Study of Six Cryptosporidium parvum DNA Extraction Protocols Including Mechanical Pretreatment from Stool Samples

Author: Damien Costa, Louise Basmaciyan, Philippe Poirier, Romy Razakandrainibe, Loïc Favennec, Florence Robert-Gangneux, Anne Vincent, Stéphane Valot, Céline Nourrisson, Frédéric Dalle, Nicolas Valeix, Bruno Pereira, Emilie Fréalle, Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Hôpital Charles Nicolle [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Centre national de référence des Cryptosporidioses, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Laboratoire de Parasitologie et Mycologie [CHU Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Service de Parasitologie-Mycologie [CHRU LIlle], Institut de Microbiologie [CHRU Lille], Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This research was funded by Sante Publique France., Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), and Chard-Hutchinson, Xavier
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Lysis, [SDV]Life Sciences [q-bio], animal diseases, 030106 microbiology, 030231 tropical medicine, Cryptosporidium parvum, Microbiology, stool samples, Matrix (chemical analysis), 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, fluids and secretions, Virology, parasitic diseases, molecular diagnosis, lcsh:QH301-705.5, DNA extraction, Feces, Chromatography, biology, Chemistry, Extraction (chemistry), digestive, oral, and skin physiology, Cryptosporidium, biology.organism_classification, grinding, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Real-time polymerase chain reaction, lcsh:Biology (General), real-time PCR
Abstract: Background: Nowadays, many commercial kits allow the detection of Cryptosporidium sp. in stool samples after deoxyribonucleic acid (DNA) extraction. Protocols of stool pretreatment have been proposed to optimize oocysts&rsquo, DNA extraction. Among them, mechanical grinding was reported to improve the performance of Cryptosporidium oocysts&rsquo, DNA extraction. Methods: A multicenter comparative study was conducted within the framework of the French National Reference Center-Expert Laboratory for Cryptosporidiosis. Six extraction systems (i.e., manual or automated) associated with various mechanical pretreatment protocols, were compared for the Cryptosporidium parvum oocyst&rsquo, DNA extraction, before amplification using the same real-time PCR method targeting. Results: The sensitivity of real-time PCR assay was unequally impacted by the pretreatment/extraction protocol. We observed significant differences for the lowest concentrations of C. parvum oocysts (i.e., 0&ndash, 94.4% and 33.3&ndash, 100% respectively for 10 and 50 oocysts/mL). All in all, the protocol using Quick DNA Fecal/Soil Microbe-Miniprep&reg, manual kit showed the best performances. In addition, optimal performances of mechanical pretreatment were obtained by combining a grinding duration of 60 s with a speed of 4 m/s using Fastprep24&reg, with Lysing Matrix E&reg, Conclusions: Sample pretreatment, as well as the extraction method, needs to be properly adapted to improve the diagnostic performances of the C. parvum DNA amplification methods.
Published: 2020
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22. Microbial Dynamics between Yeasts and Acetic Acid Bacteria in Kombucha: Impacts on the Chemical Composition of the Beverage

Author: Raphaëlle Tourdot-Maréchal, Antoine Martin, François Verdier, Thierry Tran, Hervé Alexandre, Cosette Grandvalet, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Biomère SA
Subjects: Kombucha, Health (social science), Brettanomyces, yeasts, Plant Science, lcsh:Chemical technology, Hanseniaspora, Health Professions (miscellaneous), Microbiology, Saccharomyces, Article, 03 medical and health sciences, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, lcsh:TP1-1185, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, acetic acid bacteria, Food science, Acetic acid bacteria, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, Chemistry, pellicle, Microbial consortium, interactions, biology.organism_classification, sucrose hydrolysis, Yeast, symbiosis, kombucha, Acetobacter, Food Science
Abstract: Kombucha is a traditional low-alcoholic beverage made from sugared tea and transformed by a complex microbial consortium including yeasts and acetic acid bacteria (AAB). To study the microbial interactions and their impact on the chemical composition of the beverage, an experimental design with nine couples associating one yeast strain and one AAB strain isolated from original black tea kombucha was set up. Three yeast strains belonging to the genera Brettanomyces, Hanseniaspora, and Saccharomyces and three strains of Acetobacter and Komagataeibacter species were chosen. Monocultures in sugared tea were analyzed to determine their individual microbial behaviors. Then, cultivation of the original kombucha consortium and cocultures in sugared tea were compared to determine the interactive microbial effects during successive phases in open and closed incubation conditions. The results highlight the main impact of yeast metabolism on the product&rsquo, s chemical composition and the secondary impact of bacterial species on the composition in organic acids. The uncovered microbial interactions can be explained by different strategies for the utilization of sucrose. Yeasts and AAB unable to perform efficient sucrose hydrolysis rely on yeasts with high invertase activity to access released monosaccharides. Moreover, the presence of AAB rerouted the metabolism of Saccharomyces cerevisiae towards higher invertase and fermentative activities.
Published: 2020

23. Bio-Protection as an Alternative to Sulphites: Impact on Chemical and Microbial Characteristics of Red Wines

Author: Simonin, Scott, Roullier-Gall, Chloé, Ballester, Jordi, Schmitt-Kopplin, Philippe, Quintanilla-Casas, Beatriz, Vichi, S. (Stefania), Peyron, Dominique, Alexandre, Hervé, Tourdot Maréchale, Raphaëlle, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Helmholtz-Zentrum München (HZM), University of Barcelona, and The Regional Council of Burgundy and the European Funds for Regional Development (FEDER).
Subjects: [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Sulfits, Wine, Wine Bio-protection, Metabolomic, Phenolic And Volatile Compounds, Sulphites, Metschnikowia Pulcherrima, Metschnikowia pulcherrima, Microbiology, phenolic and volatile compounds, Phenols, sulphites, Sulfites, Vi, Fenols, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, wine bio-protection, Original Research, metabolomic
Abstract: International audience; In wine, one method of limiting the addition of sulphites, a harmful and allergenic agent, is bio-protection. This practice consists of the early addition of microorganisms on grape must before fermentation. Non-Saccharomyces yeasts have been proposed as an interesting alternative to sulphite addition. However, scientific data proving the effectiveness of bio-protection remains sparse. This study provides the first analysis of the chemical and microbiological effects of a Metschnikowia pulcherrima strain inoculated at the beginning of the red winemaking process in three wineries as an alternative to sulphiting. Like sulphiting, bio-protection effectively limited the growth of spoilage microbiota and had no influence on the phenolic compounds protecting musts and wine from oxidation. The bio-protection had no effect on the volatile compounds and the sensory differences were dependent on the experimental sites. However, a non-targeted metabolomic analysis by FTICR-MS highlighted a bio-protection signature.
Published: 2020

24. Yeast–Yeast Interactions: Mechanisms, Methodologies and Impact on Composition

Author: Chloé Roullier-Gall, Géraldine Klein, Alexis Joran, Fanny Bordet, Hervé Alexandre, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Microbiology (medical), Computer science, Process (engineering), Review, sensory, Microbiology, 03 medical and health sciences, Mixed culture, Virology, wine, Composition (language), lcsh:QH301-705.5, 030304 developmental biology, Winemaking, Wine, 0303 health sciences, Matrix composition, 030306 microbiology, Integrated approach, mixed culture, Yeast, omics, fermentation conditions, lcsh:Biology (General), yeast–yeast interactions, Biochemical engineering, methodologies, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; During the winemaking process, alcoholic fermentation is carried out by a consortium of yeasts in which interactions occurs. The consequences of these interactions on the wine matrix have been widely described for several years with the aim of controlling the winemaking process as well as possible. In this review, we highlight the wide diversity of methodologies used to study these interactions, and their underlying mechanisms and consequences on the final wine composition and characteristics. The wide variety of matrix parameters, yeast couples, and culture conditions have led to contradictions between the results of the different studies considered. More recent aspects of modifications in the composition of the matrix are addressed through different approaches that have not been synthesized recently. Non-volatile and volatile metabolomics, as well as sensory analysis approaches are developed in this paper. The description of the matrix composition modification does not appear sufficient to explain interaction mechanisms, making it vital to take an integrated approach to draw definite conclusions on them.
Published: 2020

25. Microbiological and technological parameters impacting the chemical composition and sensory quality of kombucha

Author: Thierry Tran, Cosette Grandvalet, Raphaëlle Tourdot-Maréchal, Antoine Martin, Hervé Alexandre, François Verdier, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Biomère SA
Subjects: Kombucha, sensory, 01 natural sciences, Mouthfeel, Acetic acid, chemistry.chemical_compound, 0404 agricultural biotechnology, Yeasts, process, Food science, Acetic acid bacteria, Aroma, Bacteria, biology, Chemistry, 010401 analytical chemistry, food and beverages, Kombucha Tea, 04 agricultural and veterinary sciences, Sweetness, biology.organism_classification, 040401 food science, 0104 chemical sciences, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Polyphenol, quality, Taste, Odorants, Fermentation, Food Science
Abstract: International audience; Kombucha is a beverage made from sugared tea transformed by yeasts and acetic acid bacteria. Being originally homemade, it has become an industrially produced soft drink whose quality standards are poorly defined and whose production process is still not fully controlled. Based on current knowledge in beverages, links between kombucha's chemical composition and sensorial compounds are drawn. Macromolecules create turbidity, whereas uncharacterized tea pigments derivatives participate in the color. Residual sugars bring sweetness and organic acids produced by acetic acid bacteria form its characteristic sour taste. Acetic acid is also part of its aroma profile, although little data are available on the smell of kombucha. Carbon dioxide, potentially polyphenols, and residual ethanol are involved in the mouthfeel. In this review, after defining the key compounds that shape the characteristic sensory properties of kombucha, the impact of different production parameters is discussed. Water composition is determinant in the extraction of tea compounds along with the tea type and infusion duration and temperature. The type and amount of sweeteners play a role in the sweetness and influences the production kinetics. Similarly, the amount of inoculum and its microbial composition have an effect on the production, but the role of the vessels' geometry and temperature are also essential parameters that can be used to adjust the acidification phase's duration. Despite the amount of research carried out, further investigations of kombucha's sensory characteristics are needed. Such research could lead to a better definition of kombucha's quality and to an improved control over its production process.
Published: 2020

26. Influence of nitrogen status in wine alcoholic fermentation

Author: Raphaëlle Tourdot-Maréchal, Christophe Morge, Antoine Gobert, Hervé Alexandre, Céline Sparrow, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Volatile Organic Compounds, 030306 microbiology, Nitrogen, [SDV]Life Sciences [q-bio], Context (language use), Wine, Saccharomyces cerevisiae, Ethanol fermentation, Microbiology, Yeast, Amino acid, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Biosynthesis, chemistry, Biochemistry, Fermentation, Amino Acids, Essential nutrient, 030304 developmental biology, Food Science, Winemaking
Abstract: Nitrogen is an essential nutrient for yeast during alcoholic fermentation. Nitrogen is involved in the biosynthesis of protein, amino acids, nucleotides, and other metabolites, including volatile compounds. However, recent studies have called several mechanisms that regulate its role in biosynthesis into question. An initial focus on S. cerevisiae has highlighted that the concept of "preferred" versus "non-preferred" nitrogen sources is extremely variable and strain-dependent. Then, the direct involvement of amino acids consumed in the formation of proteins and volatile compounds has recently been reevaluated. Indeed, studies have highlighted the key role of lipids in nitrogen regulation in S. cerevisiae and their involvement in the mechanism of cell death. New winemaking strategies using non-Saccharomyces yeast strains in co- or sequential fermentation improve nitrogen management. Indeed, recent studies show that non-Saccharomyces yeasts have significant and specific needs for nitrogen. Moreover, sluggish fermentation can occur when they are associated with S. cerevisiae, necessitating nitrogen addition. In this context, we will present the consequences of nitrogen addition, discussing the sources, time of addition, transcriptome changes, and effect on volatile compound composition.
Published: 2019

27. Listeria monocytogenes ability to survive desiccation: Influence of serotype, origin, virulence, and genotype

Author: Laurent Beney, Cyril Iaconelli, Patrick Gervais, Fiona Zoz, Cosette Grandvalet, Emilie Lang, Olivier Firmesse, Stéphane Guyot, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, French Agency for Food, Environmental and Occupational Health Safety [Maisons-Alfort] ( ANSES ), and ANSES
Subjects: 0301 basic medicine, Serotype, Genotype, Food Handling, Resistance, 030106 microbiology, Virulence, Biology, Serogroup, medicine.disease_cause, Microbiology, Desiccation tolerance, 03 medical and health sciences, Listeria monocytogenes, Stress, Physiological, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, medicine, Listeriosis, Desiccation, 2. Zero hunger, Bacteria, Dehydration, Strain (chemistry), [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Genomics, General Medicine, biology.organism_classification, Phenotype, Food-processing, Viability, Food Science
Abstract: International audience; Listeria monocytogenes, a bacterium that is responsible for listeriosis, is a very diverse species. Desiccation resistance has been rarely studied in L. monocytogenes, although it is a stress that is largely encountered by this microorganism in food-processing environments and that could be managed to prevent its presence. The objective of this study was to evaluate the resistance of 30 L. monocytogenes strains to moderate desiccation (75% relative humidity) and evaluate the correlation of such resistance with the strains' virulence, serotype and genotype. The results showed a great heterogeneity of strains regarding their ability to survive (loss of cultivability between 0.4 and 2.0 log). Strains were classified into three groups according to desiccation resistance (sensitive, intermediate, or resistant), and the strain repartition was analyzed relative to serotype, virulence level and environmental origin of the strains. No correlation was found between isolate origin and desiccation resistance. All serotype 1/2b strains were classified into the group of resistant strains. Virulent and hypovirulent strains were distributed among the three groups of desiccation resistance. Finally, a genomic comparison was performed based on 31 genes that were previously identified as being involved in desiccation resistance. The presence of those genes was localized among the genomes of some strains and compared regarding strain-resistance levels. High nucleotide conservation was identified between resistant and desiccation-sensitive strains. In conclusion, the findings regarding the strains of serotype 1/2b indicate potential serotype-specific resistance to desiccation, and thus, to relative humidity fluctuations potentially encountered in food-related environments. The genomic comparison of 31 genes associated to desiccation tolerance did not reveal differences among four strains which have different level of resistance to desiccation.
Published: 2017

28. Protective role of glutathione addition against wine-related stress in Oenococcus oeni

Author: Albert Bordons, Cristina Reguant, Mar Margalef-Català, Isabel Araque, Jean Guzzo, Stéphanie Weidmann, Departament de Bioquímica i Biotecnologia - Department of Biochemistry and Biotechnology [Tarragone], Universitat Rovira i Virgili, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Spanish Ministry of Economy and Competitiveness, Oenological Biotechnology research group, Biotecnologia Enològica, and Bioquímica i Biotecnologia
Subjects: Enologia, 0301 basic medicine, Antioxidant, Enología, medicine.medical_treatment, 030106 microbiology, Expression, Stress, Lactic-acid bacteria, Gene, Vi -- Fermentació malolàctica, Wine conditions, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Quantification, Malolactic fermentation, medicine, Fatty acids, Adaptation, Selection, Oenococcus oeni, Wine, Ethanol, biology, Lactococcus lactis, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Glutathione, biology.organism_classification, Quantitative pcr, Oenology, Biochemistry, chemistry, Lactococcus-lactis, 0963-9969, Glutatió, Anisotropy, Bacteria, Food Science
Abstract: FIliació URV: SIInclòs a la memòria: SI Oenococcus oeni is the main species responsible for the malolactic fermentation (MLF) of wine due to its ability to survive in this environment. Some wine-related stress factors, such as ethanol and low pH, may alter the cell redox balance of O. oeni. For the first time, the ability to uptake glutathione (GSH), an almost universal tripeptide with antioxidant properties, has been associated to the improvement of stress response in O. oeni. Despite the inability of O. oeni to synthesize GSH, this bacterium can capture it from the media. The ability of 30 O. oeni strains to uptake GSH was assessed in this study. Although all of the strains tested were able to import GSH, substantial variability among them was detected. To assess the physiological function of GSH, three strains with different GSH-import capacities were selected. Significant changes in membrane fatty acids composition were observed due to GSH addition. The most relevant was the increase of cyclopropane fatty acids in cell membrane, in both the exponential and the stationary phases. Cells grown with GSH showed an improved survival against ethanol shock (14% v/v). GSH addition also increased biomass production during the adaptation to wine stress conditions (pH 4, pH 3.4 and 6% ethanol). The results suggest that GSH enrichment could improve the resistance to stress to O. oeni, which could be useful for the adaptation of MLF starter cultures.
Published: 2016
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29. New advances on the Brettanomyces bruxellensis biofilm mode of life

Author: Julie Laurent, Manon Lebleux, Hany Abdo, Julie Maupeu, Sandrine Rousseaux, Warren Albertin, Chloé Roullier-Gall, Louise Basmaciyan, Hervé Alexandre, Christian Coelho, Stéphanie Weidmann, Michèle Guilloux-Benatier, Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Physico-Chimie de l'Aliment et du Vin (PCAV), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Unité de Recherche Oenologie [Villenave d'Ornon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Université de Bordeaux (UB), ADERA-MICROFLORA, Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Research Unit Analytical BioGeoChemistry (BGC), Helmholtz-Zentrum München (HZM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Brettanomyces, Oenologie, [SDV]Life Sciences [q-bio], Food spoilage, Brettanomyces bruxellensis, Wine, Microcolonies, Microbiology, 03 medical and health sciences, Extracellular polymeric substance, Spoilage microorganism, Food science, Vinification, Chlamydospore, 030304 developmental biology, Winemaking, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, Chemistry, Biofilm, Microsatellite, food and beverages, General Medicine, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, biology.organism_classification, Yeast, Biofilms, Food Microbiology, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Food Science
Abstract: International audience; The wine spoilage yeast Brettanomyces bruxellensis can be found at several steps in the winemaking process due to its resistance to multiple stress conditions. The ability to form biofilm is a potential resistance strategy, although it has been given little attention so far for this yeast. In this work, the capacity to form biofilm and its structure were explored in YPD medium and in wine. Using microsatellite analysis, 65 isolates were discriminated into 5 different genetic groups from which 12 strains were selected. All 12 strains were able to form biofilm in YPD medium on a polystyrene surface. The presence of microcolonies, filamentous cells and extracellular polymeric substances, constituting the structure of the biofilm despite a small thickness, were highlighted using confocal and electronic microscopy. Moreover, different cell morphologies according to genetic groups were highlighted. The capacity to form biofilm in wine was also revealed for two selected strains. The impact of wine on biofilms was demonstrated with firstly considerable biofilm cell release and secondly growth of these released biofilm cells, both in a strain dependent manner. Finally, B. bruxellensis has been newly described as a producer of chlamydospore-like structures in wine, for both planktonic and biofilm lifestyles.
Published: 2019

30. Using CRISPR/Cas platform for Genetic Modification of Commercial Saccharomyces cerevisiae strains

Author: Eicher, C., Klein, Géraldine L., Winckler, Pascale, Parrou, Jean-Luc, Alexandre, Hervé, Grandvalet, Cosette, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut Universitaire de la Vigne et du Vin 'Jules Guyot' (IUVV Jules Guyot), Université de Bourgogne (UB), Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Dispositif Inter-régional d'Imagerie Cellulaire [Dijon] (DImaCell), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ingénierie et biologie cellulaire et tissulaire (IBCT (ex IFR133)), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] (EFS [Bourgogne-France-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] (EFS [Bourgogne-France-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Dijon (Kevin Oudard), Institut Agro, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, food and beverages, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology
Abstract: International audience; Traditional wine fermentation is a complex microbial process initiated by various yeast species classified as Saccharomyces and non-Saccharomyces species.To better understand the different interactions occurring within wine fermentations and track a specific yeast population, we wish to obtain GFP-tagged yeast cells that stably expres fluorescence signal without compromising the fermentative capability of the strain.To this end, the CRISPR/Cas system was investigated to genetically modify the commercial Saccharomyces Saccharomyces cerevisiae diploid strain Lalvin EC 1118
Published: 2019

31. Chemical Transfers Occurring Through Oenococcus oeni Biofilm in Different Enological Conditions

Author: Jean Guzzo, Luc Perepelkine, Régis D. Gougeon, Hervé Alexandre, Stéphanie Weidmann, Christian Coelho, Physico-Chimie de l'Aliment et du Vin (PCAV), Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut Universitaire de la Vigne et du Vin 'Jules Guyot' (IUVV Jules Guyot), Université de Bourgogne (UB), SATT SAYENS [Dijon], Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 0301 basic medicine, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, 030209 endocrinology & metabolism, lcsh:TX341-641, Ethanol fermentation, biofilm, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Malolactic fermentation, chemical transfers, Food science, Winemaking, Oenococcus oeni, Wine, optical indices, 030109 nutrition & dietetics, Nutrition and Dietetics, biology, Chemistry, Biofilm, food and beverages, biology.organism_classification, malolactic fermentation, Polyphenol, Fermentation, planktonic, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, O. oeni, lcsh:Nutrition. Foods and food supply, Food Science, wood
Abstract: International audience; Chardonnay wine malolactic fermentations were carried out to evaluate the chemical transfers occurring at the wood/wine interface in the presence of two different bacterial lifestyles. To do this, Oenococcus oeni was inoculated into must and wine in its planktonic and biofilm lifestyles, whether adhering or not to oak chips, leading to three distinct enological conditions: (i) post-alcoholic fermentation inoculation in wine in the absence of oak chips, (ii) post-alcoholic fermentation inoculation in wine in the presence of oak chips, and (iii) co-inoculation of both Saccharomyces cerevisiae and O. oeni directly in Chardonnay musts in the presence of oak chips. Classical microbiological and physico-chemical parameters analyzed during the fermentation processes confirmed that alcoholic fermentation was completed identically regardless of the enological conditions, and that once O. oeni had acquired a biofilm lifestyle in the presence or absence of oak, malolactic fermentation occurred faster and with better reproducibility compared to planktonic lifestyles. Analyses of volatile components (higher alcohols and wood aromas) and non-volatile components (Chardonnay grape polyphenols) carried out in the resulting wines revealed chemical differences, particularly when bacterial biofilms were present at the wood interface. This study revealed the non-specific trapping activity of biofilm networks in the presence of wood and grape compounds regardless of the enological conditions. Changes of concentrations in higher alcohols reflected the fermentation bioactivity of bacterial biofilms on wood surfaces. These chemical transfers were statistically validated by an untargeted approach using Excitation Emission Matrices of Fluorescence combined with multivariate analysis to discriminate innovative enological practices during winemaking and to provide winemakers with an optical tool for validating the biological and chemical differentiations occurring in wine that result from their decisions.
Published: 2019

32. A potential acetyltransferase involved in Leishmania major metacaspase-dependent cell death

Author: Nadine Azas, Magali Casanova, Louise Basmaciyan, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA)
Subjects: 0301 basic medicine, Programmed cell death, Curcumin, Therapeutic target, Phosphorylcholine, 030231 tropical medicine, Protozoan Proteins, Apoptosis, lcsh:Infectious and parasitic diseases, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Acetyltransferases, parasitic diseases, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Autophagy, Leishmania major, lcsh:RC109-216, Leishmaniasis, Caspase, Leishmania, biology, Research, biology.organism_classification, Metacaspase, 3. Good health, Cell biology, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, Acetyltransferase, Caspases, biology.protein, Parasitology
Abstract: Background Currently, there is no satisfactory treatment for leishmaniases, owing to the cost, mode of administration, side effects and to the increasing emergence of drug resistance. As a consequence, the proteins involved in Leishmania apoptosis seem a target of choice for the development of new therapeutic tools against these neglected tropical diseases. Indeed, Leishmania cell death, while phenotypically similar to mammalian apoptosis, is very peculiar, involving no homologue of the key mammalian apoptotic proteins such as caspases and death receptors. Furthermore, very few proteins involved in Leishmania apoptosis have been identified. Results We identified a protein involved in Leishmania apoptosis from a library of genes overexpressed during Leishmania differentiation during which autophagy occurs. Indeed, the gene was overexpressed when L. major cell death was induced by curcumin or miltefosine. Furthermore, its overexpression increased L. major curcumin- and miltefosine-induced apoptosis. This gene, named LmjF.22.0600, whose expression is dependent on the expression of the metacaspase, another apoptotic protein, encodes a putative acetyltransferase. Conclusions This new protein, identified as being involved in Leishmania apoptosis, will contribute to a better understanding of Leishmania death, which is needed owing to the absence of a satisfactory treatment against leishmaniases. It will also allow a better understanding of the original apoptotic pathways of eukaryotes in general, while evidence of the existence of such pathways is accumulating. Electronic supplementary material The online version of this article (10.1186/s13071-019-3526-4) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2019

33. A novel hydrolase with a pro-death activity from the protozoan parasite Leishmania major

Author: Magali Casanova, Nadine Azas, Louise Basmaciyan, Pauline Jacquet, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Microbes évolution phylogénie et infections (MEPHI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA)
Subjects: 0301 basic medicine, Cancer Research, Programmed cell death, Parasitic infection, Immunology, Apoptosis, Trypanosoma brucei, lcsh:RC254-282, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, 0302 clinical medicine, parasitic diseases, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Leishmania major, lcsh:QH573-671, Caspase, biology, lcsh:Cytology, Cell Biology, biology.organism_classification, Leishmania, lcsh:Neoplasms. Tumors. Oncology. Including cancer and carcinogens, Metacaspase, 3. Good health, Cell biology, 030104 developmental biology, Cell Death Process, 030220 oncology & carcinogenesis, biology.protein
Abstract: Apoptosis is a cell death process generally described as involving a cascade of caspase activation, death receptors and/or pro- and antiapoptotic molecules from the BcL-2 family. But about 20 years ago, a caspase-independent apoptotic pathway has been described. Regarding this pathway, we can learn a lot from Leishmania parasites. Indeed, these parasitic protozoa enter, in response to different stimuli, in a form of cell death phenotypically similar to mammalian apoptosis but without involving caspases or death receptors. So far, only two proteins have been clearly identified as being involved in Leishmania-regulated cell death: the metacaspase and the endonuclease G. We report here the identification of a new protein modeled as a potential hydrolase, highly conserved among Leishmania species and absent in the very close parasite Trypanosoma brucei. This protein is involved in L. major-regulated cell death induced by curcumin, miltefosine and pentamidine, after gene overexpression and/or protein translocation to the nucleus. The identification of proteins involved in Leishmania-regulated cell death will provide a better understanding of nonconventional apoptotic pathways in higher eukaryotes. It will also allow the development of new therapeutic tools via the identification of new specific targets.
Published: 2019

34. Corrigendum: Flor Yeast Diversity and Dynamics in Biologically Aged Wines

Author: Vanessa David-Vaizant, Hervé Alexandre, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Microbiology (medical), Wine, vin jaune, biology, Chemistry, Saccharomyces cerevisiae, lcsh:QR1-502, Biofilm, Correction, Flor, FLO11, biology.organism_classification, Microbiology, lcsh:Microbiology, biofilm, flor yeast, Food science, wine, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, scanning electron microscopy
Abstract: International audience; [This corrects the article DOI: 10.3389/fmicb.2018.02235.].
Published: 2019

35. Assessment of the first commercial multiplex PCR kit (ParaGENIE Crypto-Micro Real-Time PCR) for the detection of Cryptosporidium spp., Enterocytozoon bieneusi, and Encephalitozoon intestinalis from fecal samples

Author: M. Leterrier, Yohann Le Govic, Adrien Laude, Philippe Poirier, Marie Machouart, Patrice Le Pape, Nicolas Argy, Guillaume Desoubeaux, Frédéric Dalle, Jessica Beser, Nathalie Bourgeois, Rose-Anne Lavergne, Florent Morio, Estelle Cateau, Céline Nourrisson, Françoise Botterel, Stéphane Valot, Christelle Pomares, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Centre de Bio-Archéologie et d'Ecologie (CBAE), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-École pratique des hautes études (EPHE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupe d'Etude des Interactions Hôte-Parasite (GEIHP), Université d'Angers (UA), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (Institut de biologie, CHU de Nantes), CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Mère et enfant face aux infections tropicales (MERIT - UMR_D 216), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement - Clermont Auvergne (LMGE), Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU de Poitiers), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Public Health Agency of Sweden, Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan ex IFR 30 et IFR 150 (CPTP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cibles et médicaments de l'infection, de l'immunité et du cancer (IICiMed), Université de Nantes - UFR des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques, Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène (GEIHP), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Mère et enfant en milieu tropical : pathogènes, système de santé et transition épidémiologique (MERIT - UMR_D 216), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cibles et Médicaments des Infections et de l'Immunité (IICiMed), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU de Clermont-Ferrand), CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU d'Angers), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Service de parasitologie, mycologie, médecine tropicale CHRU Bretonneau, Laboratoire de Parasitologie Mycologie (AP-HP, Hôpital Bichat), Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Parasitologie-Mycologie [CHRU Nancy], Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (AP-HP Hôpital Henri Mondor), Hôpital Henri Mondor, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU de Montpellier), Pôle Biologie-Pathologie [CHRU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Laboratoire de Microbiologie (CHD de la Roche-Sur-Yon), CHD Vendee (La Roche Sur Yon), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Enterocytozoon bieneusi, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Cryptosporidium, Microsporidiosis, Cryptosporidium spp, Sensitivity and Specificity, Microbiology, law.invention, Encephalitozoon intestinalis, 03 medical and health sciences, Feces, 0302 clinical medicine, fluids and secretions, law, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Multiplex polymerase chain reaction, parasitic diseases, medicine, CE-IVD, Humans, 030212 general & internal medicine, DNA, Fungal, Polymerase chain reaction, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Bacteriological Techniques, biology, Encephalitozoon, General Medicine, Multiplex PCR, DNA, Protozoan, Enterocytozoon, biology.organism_classification, medicine.disease, 3. Good health, Infectious Diseases, Real-time polymerase chain reaction, Stool, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Reagent Kits, Diagnostic, Multiplex Polymerase Chain Reaction
Abstract: International audience; Cryptosporidium spp. Enterocytozoon bieneusi and Encephalitozoon intestinalis are opportunistic pathogens responsible for gastrointestinal diseases. We evaluated the ParaGENIE Crypto-Micro Real-Time PCR kit (Ademtech, France), the first CE-IVD compliant PCR assay available for these pathogens. This study was conducted blindly against a reference panel of 115 stool specimens including positive samples for Cryptosporidium spp. (n = 48) and E. bieneusi (n = 38) as well as negative or positive samples for other parasites to test for cross-reactivity. An additional set of samples corresponding to 8 rare Cryptosporidium species was also included. Discrepancies were evaluated with external in-house PCR tests. The ParaGENIE Crypto-Micro PCR assay displayed a sensitivity/specificity of 91.7%/100% and 97.3%/98.7% for Cryptosporidium spp. and E. bieneusi, respectively, and was able to detect all 12 Cryptosporidium species of the reference panel, including rare species. This new CE-IVD assay will facilitate the diagnosis of intestinal cryptosporidiosis and microsporidiosis, a major concern in immunocompromised patients and travelers.
Published: 2019

36. Influence of cell-cell contact between L. thermotolerans and S. cerevisiae on yeast interactions and the exo-metabolome

Author: Philippe Schmitt-Kopplin, Géraldine Klein, Diane Julien-David, Chloé Roullier-Gall, Clément Petitgonnet, Beatriz Quintanilla-Casas, Stefania Vichi, Hervé Alexandre, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Helmholtz-Zentrum München (HZM), Department of Nutrition and Food Science-XARTA-INSA, School of Pharmacy, University of Barcelona, Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC), and Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Metabolite, L. thermotolerans, Interactions, S. cerevisiae, Wine, Saccharomyces cerevisiae, Microbiology, Flow cytometry, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Metabolomics, Metabolome, medicine, [CHIM]Chemical Sciences, Vitis, Viability assay, Cell-cell contact, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Cell cell contact, Microbial Viability, medicine.diagnostic_test, Ethanol, 030306 microbiology, Chemistry, food and beverages, Yeast, Coculture Techniques, Oxygen, Biochemistry, S. Cerevisiae, L. Thermotolerans, Cell-cell Contact, Flow Cytometry, Fermentation, Saccharomycetales, Microbial Interactions, Food Science
Abstract: International audience; Sequential fermentation of grape must inoculated with L. thermotolerans and then S. cerevisiae 24 h later (typical wine-making practice) was conducted with or without cell-cell contact between the two yeast species. We monitored cell viability of the two species throughout fermentation by flow cytometry. The cell viability of S. cerevisiae decreased under both conditions, but the decrease was greater if there was cell-cell contact. An investigation of the nature of the interactions showed competition between the two species for nitrogen compounds, oxygen, and must sterols. Volatile-compound analysis showed differences between sequential and pure fermentation and that cell-cell contact modifies yeast metabolism, as the volatile-compound profile was significantly different from that of sequential fermentation without cell-cell contact. We further confirmed that cell-cell contact modifies yeast metabolism by analyzing the exo-metabolome of all fermentations by FT-ICR-MS analysis. These analyses show specific metabolite production and quantitative metabolite changes associated with each fermentation condition. This study shows that cell-cell contact not only affects cell viability, as already reported, but markedly affects yeast metabolism.
Published: 2019

37. La mort cellulaire chez Leishmania

Author: Magali Casanova, Louise Basmaciyan, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire d'ingénierie des systèmes macromoléculaires (LISM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), and Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Programmed cell death, phenotype, Veterinary (miscellaneous), Cell, pathways, Context (language use), Apoptosis, Review Article, lcsh:Infectious and parasitic diseases, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, leishmania, parasitic diseases, medicine, Animals, Humans, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, lcsh:RC109-216, Leishmaniasis, Caspase, biology, Effector, Leishmania, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Metacaspase, 3. Good health, Cell biology, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, medicine.anatomical_structure, cell death, 030220 oncology & carcinogenesis, Insect Science, biology.protein, role, Animal Science and Zoology, Parasitology, Psychodidae, Metabolic Networks and Pathways
Abstract: Leishmaniases still represent a global scourge and new therapeutic tools are necessary to replace the current expensive, difficult to administer treatments that induce numerous adverse effects and for which resistance is increasingly worrying. In this context, the particularly original organization of the Leishmania parasite in comparison to higher eukaryotes is a great advantage. It allows for the development of new, very specific, and thus non-cytotoxic treatments. Among these originalities, Leishmania cell death can be cited. Despite a classic pattern of apoptosis, key mammalian apoptotic proteins are not present in Leishmania, such as caspases, cell death receptors, and anti-apoptotic molecules. Recent studies have helped to develop a better understanding of parasite cell death, identifying new proteins or even new apoptotic pathways. This review provides an overview of the current knowledge on Leishmania cell death, describing its physiological roles and its phenotype, and discusses the involvement of various proteins: endonuclease G, metacaspase, aquaporin Li-BH3AQP, calpains, cysteine proteinase C, LmjHYD36 and Lmj.22.0600. From these data, potential apoptotic pathways are suggested. This review also offers tools to identify new Leishmania cell death effectors. Lastly, different approaches to use this knowledge for the development of new therapeutic tools are suggested: either inhibition of Leishmania cell death or activation of cell death for instance by treating cells with proteins or peptides involved in parasite death fused to a cell permeant peptide or encapsulated into a lipidic vector to target intra-macrophagic Leishmania cells.La mort cellulaire chez Leishmania.Alors que les leishmanioses représentent toujours un fléau mondial, de nouveaux outils thérapeutiques sont nécessaires pour remplacer les traitements actuels qui sont chers, difficiles à administrer, qui induisent de nombreux effets secondaires et pour lesquels la résistance est de plus en plus inquiétante. Pour cela, l’organisation très originale du parasite Leishmania par rapport aux eucaryotes supérieurs est un grand avantage. En effet, cela permet le développement de nouveaux traitements très spécifiques et donc non cytotoxiques. Parmi ces originalités, la mort cellulaire de Leishmania peut être citée. Malgré un aspect classique d’apoptose, les protéines apoptotiques clefs des mammifères ne sont pas présentes chez Leishmania, telles que les caspases, les récepteurs de mort et les molécules anti-apoptotiques. Des études récentes ont participé à une meilleure compréhension de la mort cellulaire du parasite, identifiant de nouvelles protéines ou même de nouvelles voies apoptotiques. Cette revue fait le point sur l’état actuel des connaissances sur la mort cellulaire de Leishmania, décrivant ses rôles physiologiques et son phénotype et discutant l’implication de différentes protéines : endonucléase G, métacaspase, aquaporine Li-BH3AQP, calpaïnes, cystéine protéinase C, LmjHYD36 et Lmj.22.0600. À partir de ces données, différentes voies apoptotiques potentielles sont suggérées. Cette revue fournit également des outils pour identifier de nouveaux effecteurs de la mort cellulaire de Leishmania. Pour finir, différentes approches pour utiliser ces connaissances pour le développement de nouveaux outils thérapeutiques sont suggérées : soit inhibition de la mort cellulaire de Leishmania, soit activation de celle-ci par exemple en traitant les cellules avec des protéines/peptides impliqués dans la mort du parasite fusionnés à un peptide pénétrant dans les cellules ou encapsulés dans un vecteur lipidique pour cibler les cellules de Leishmania intra-macrophagiques.
Published: 2019

38. Flor Yeast Diversity and Dynamics in Biologically Aged Wines

Author: Vanessa David-Vaizant, Hervé Alexandre, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Conseil Regional de Bourgogne through the plan d'actions regional pour l'innovation (PARI), and European Union through the PO FEDER-FSE Bourgogne programs
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), vin jaune, 030106 microbiology, Saccharomyces cerevisiae, lcsh:QR1-502, Flor, Ethanol fermentation, Microbiology, Saccharomyces, lcsh:Microbiology, biofilm, velum formation, sherry wines, 03 medical and health sciences, expression, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Food science, wine, fermentation, saccharomyces-cerevisiae strains, chromosomal rearrangements, Original Research, Wine, for yeast, adaptive evolution, biology, Biofilm, genetic diversity, biology.organism_classification, FLO11, Yeast, flor yeast, liquid biofilm formation, identification, Fermentation, scanning electron microscopy
Abstract: International audience; Wine biological aging is characterized by the development of yeast strains that form a biofilm on the wine surface after alcoholic fermentation. These yeasts, known as flor yeasts, form a velum that protects the wine from oxidation during aging. Thirty-nine velums aged from 1 to 6 years were sampled from "Vin jaune" from two different cellars. We show for the first time that these velums possess various aspects in term of color and surface aspects. Surprisingly, the heterogeneous velums are mostly composed of one species, S. cerevisiae. Scanning electron microscope observations of these velums revealed unprecedented biofilm structures and various yeast morphologies formed by the sole S. cerevisiae species. Our results highlight that different strains of Saccharomyces are present in these velums. Unexpectedly, in the same velum, flor yeast strain succession occurred during aging, supporting the assumption that environmental changes are responsible for these shifts. Despite numerous sample wine analyses, very few flor yeasts could be isolated from wine following alcoholic fermentation, suggesting that flor yeast development results from the colonization of yeast present in the aging cellar. We analyzed the FLO11 and ICR1 sequence of different S. cerevisiae strains in order to understand how the same strain of S. cerevisiae could form various types of biofilm. Among the strains analyzed, some were heterozygote at the FLO11 locus, while others presented two different alleles of ICR1 (wild type and a 111 bp deletion). We could not find a strong link between strain genotypes and velum characteristics. The same strain in different wines could form a velum having very different characteristics, highlighting a matrix effect.
Published: 2018

39. The sensitivity of yeasts and yeasts-like fungi to copper and sulfur could explain lower yeast biodiversity in organic vineyards

Author: Alexandre Hervé, Vanessa David, Sandrine Rousseaux, Cédric Grangeteau, Michèle Guilloux-Benatier, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques ( PMB ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), and Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS )
Subjects: 0301 basic medicine, food.ingredient, 030106 microbiology, Saccharomyces cerevisiae, chemistry.chemical_element, Wine, Applied Microbiology and Biotechnology, Microbiology, 03 medical and health sciences, food, Yeasts, Botany, Vitis, biology, Pichia membranifaciens, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Biodiversity, General Medicine, biology.organism_classification, Plant protection, Sulfur, Yeast, Fungicide, Aureobasidium pullulans, chemistry, Fermentation, Hanseniaspora guilliermondii, Metschnikowia, Copper
Abstract: International audience; Although differences in yeast biodiversity have often been found between vineyards subjected to organic protection or conventional protection, little is known about the effect of copper and sulfur fungicides (the only fungicides allowed in organic farming) on yeast populations. The sensitivity to copper and sulfur of 158 yeast isolates of seven different species (Aureobasidium pullulans, Hanseniaspora guilliermondii, Hanseniaspora uvarum, Metschnikowia sp., Pichia membranifaciens, Saccharomyces cerevisiae and Starmerella bacillaris) was evaluated. The species Aureobasidium pullulans and Starmerella bacillaris appeared to be more resistant to copper than the other species tested. The species Aureobasidium pullulans, Hanseniaspora guilliermondii and Metschnikowia sp. had the highest sulfur resistance. Thus, only isolates of the species Aureobasidium pullulans exhibited high resistance to both antifungal agents. These results may explain the lower diversity of yeasts present on berries and the strong dominance of the species Aureobasidium pullulans for vineyards protected by copper or sulfur-based fungicides compared to other vineyards reported by several studies.
Published: 2017

40. Efficiency of population-dependent sulfite against Brettanomyces bruxellensis in red wine

Author: Claudine Degueurce, Sandrine Rousseaux, Michèle Guilloux-Benatier, Frédérique Julliat, Cédric Longin, Hervé Alexandre, Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Regional Council of Burgundy, Interprofessional Office of Burgundy Wines E110CVPARI, and FranceAgriMer (GNBrett project) 7120164497
Subjects: 0301 basic medicine, 030106 microbiology, Organoleptic, Population, Dekkera-bruxellensis, Brettanomyces bruxellensis, Saccharomyces-cerevisiae, complex mixtures, B. bruxellensis, Viable but nonculturable, Intracellular ph, Culturability, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Molecular sulfite, Sulfite, VBNC state, Food science, education, Wine, education.field_of_study, biology, Chemistry, Aging of wine, Red wine, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, 4-EP production, biology.organism_classification, Sulfur-dioxide, Yeast, respiratory tract diseases, Biochemistry, Viability, Mousy off-flavor, State, Food Science
Abstract: Brettanomyces bruxellensis is considered as a spoilage yeast encountered mainly in red wine. It is able to reduce vinylphenols from phenolic acids to ethylphenols. These volatiles are responsible for the phenolic “Brett character” described as animal, farm, horse sweat and animal leather odors. Other molecules are responsible for organoleptic deviations described as “mousiness taint”. SO 2 is the product most often used by winemakers to prevent B. bruxellensis growth. Usually, the recommended molecular dose of SO 2 (active SO 2 , mSO 2 ) is highly variable, from 0.3 to 0.8 mg/L. But these doses do not take into account differences of strain resistance to sulfites or population levels. Moreover, SO 2 is known as a chemical stressor inducing a viable but nonculturable (VBNC) state of B. bruxellensis . These cells, which are non-detectable by plate counting, can lead to new contamination when the amount of sulfite decreases over time. Consequently, we first assessed the effect of SO 2 levels in red wine on two strains with phenotypically different sulfite resistances. Then, we studied the relationship between amounts of SO 2 (0, 0.5, 0.9 and 1.1 mg/L active SO 2 ) and population levels (10 3 , 10 4 and 10 5 cells/mL) in red wine. Yeasts were enumerated by both plate counting and flow cytometry over time using viability dye. Our results showed different SO 2 resistances according to the strain used. A relationship between yeast population level and SO 2 resistance was demonstrated: the higher the yeast concentration, the lower the efficiency of SO 2 . Under certain conditions, the VBNC state of B. bruxellensis was highlighted in red wine. Yeasts in this VBNC state did not produce 4-EP. Moreover, cells became culturable again over time. All these results provide new information enabling better management of sulfite addition during wine aging.
Published: 2016

41. Control of Relative Air Humidity as a Potential Means to Improve Hygiene on Surfaces: A Preliminary Approach with Listeria monocytogenes

Author: Patrick Gervais, Fiona Zoz, Hayet Iddir, Cyril Iaconelli, Stéphane Guyot, Laurent Beney, Cosette Grandvalet, Emilie Lang, Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), French Agence Nationale de la Recherche (ANR) under the project 'EcoSec', ANR-12-ALID-0005,EcoSec,Réduction de l'impact environnemental des opérations d'hygiène dans les ateliers agro-alimentaires réfrigérés par une utilisation optimale de la déshumidification de l'air(2012), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and ANR-12-ALID-0005,EcoSec,Réduction de l'impact environnemental des opérations d'hygiène dans les ateliers agro-alimentaires réfrigérés par une utilisation optimale de la déshumidification de l'air ( 2012 )
Subjects: 0301 basic medicine, Atmospheric Science, Food Safety, Polymers, Microorganism, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Evaporation, lcsh:Medicine, Escherichia-coli, medicine.disease_cause, Pathology and Laboratory Medicine, Persistence (computer science), Foodborne Diseases, Foodborne Organisms, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Medicine and Health Sciences, Prevalence, Listeriosis, Food science, lcsh:Science, Multidisciplinary, Vaporization, Cell Death, Dehydration, Physics, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Temperature, Contamination, Condensed Matter Physics, Bacterial Pathogens, Laboratory Equipment, Chemistry, Macromolecules, Medical Microbiology, Cell Processes, Physical Sciences, Engineering and Technology, Pathogens, Polypropylene, Phase Transitions, Sodium-chloride, Research Article, Field gel-electrophoresis, Materials by Structure, Desiccation survival, 030106 microbiology, Materials Science, Ventilators, Equipment, Food soils, Biology, Microbiology, 03 medical and health sciences, Meteorology, Listeria monocytogenes, medicine, Humans, Cross-contamination, Survival rate, Microbial Pathogens, Microbial Viability, business.industry, lcsh:R, Humidity, Biology and Life Sciences, Bacteriology, Cell Biology, Food safety, medicine.disease, Listeria Monocytogenes, Polymer Chemistry, Stainless-steel, 030104 developmental biology, Earth Sciences, Lethality (Bacteriology), lcsh:Q, business, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; Relative air humidity fluctuations could potentially affect the development and persistence of pathogenic microorganisms in their environments. This study aimed to characterize the impact of relative air humidity (RH) variations on the survival of Listeria monocytogenes, a bacterium persisting on food processing plant surfaces. To assess conditions leading to the lowest survival rate, four strains of L. monocytogenes (EGDe, CCL500, CCL128, and LO28) were exposed to different RH conditions (75%, 68%, 43% and 11%) with different drying kinetics and then rehydrated either progressively or instantaneously. The main factors that affected the survival of L. monocytogenes were RH level and rehydration kinetics. Lowest survival rates between 1% and 0.001% were obtained after 3 hours of treatment under optimal conditions (68% RH and instantaneous rehydration). The survival rate was decreased under 0.001% after prolonged exposure (16h) of cells under optimal conditions. Application of two successive dehydration and rehydration cycles led to an additional decrease in survival rate. This preliminary study, performed in model conditions with L. monocytogenes, showed that controlled ambient RH fluctuations could offer new possibilities to control foodborne pathogens in food processing environments and improve food safety.
Published: 2016

42. À propos de quelques ferrures du cheval de labeur conservées dans les collections du musée Fragonard de l’École nationale vétérinaire d’Alfort : la question de l’adhérence sur les pavés

Author: Christophe Degueurce, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: musculoskeletal diseases, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, lcsh:Fine Arts, ferrure, media_common.quotation_subject, technology, industry, and agriculture, Art, pavé, [SHS.MUSEO]Humanities and Social Sciences/Cultural heritage and museology, Charlier, horse, [SHS.HISPHILSO]Humanities and Social Sciences/History, Philosophy and Sociology of Sciences, horse shoes, otorhinolaryngologic diseases, lcsh:N, Humanities, Lafosse, cobblestone, media_common, Cheval
Abstract: International audience; At a time when the work horse was subjected to heavy work such as pulling heavy loads, the adherence of his hoofs to the ground was a condition for the effectiveness of the animal machine. Horse shoes didn’t vary in the Middle Ages, the horses being shod systematically with corrugated outer rim and fixed crampons shoes. Horse shoeing diversified considerably from the Renaissance and enjoyed its greatest variety in the nineteenth century, at a time when horses were selected to meet specialized stains. Hauling horse had shoes preserving them from injuries caused by the stones in the riverbeds; military horses were equipped with mobile spikes. In the field of civil traction, shoes often remained solid but the search for efficiency led inventors to propose highly innovative systems which were lighter and enhanced adherence. The transport companies that developed in Paris in the second half of the nineteenth century, and for which shoeing was a major economic and security issue, promoted innovations in this technical field. The horse shoe of Charlier, a variation of the shoes proposed by Lafosse during the XVIIIth century, enjoyed some success in the late 1860s. It was made of a thin metal rod embedded in the rim of the hoof, allowing the contact of the horn of the hoof with the ground while limiting its wear. Before being adopted, this innovation provoked controversy and conflict between the most influential veterinarians of the capital.; À une époque où le cheval de travail était soumis à des travaux de force comme la traction de charges lourdes, l’adhérence de ses pieds au sol était une condition de l’efficacité de la machine animale. Si la ferrure a été assez peu variée au Moyen Âge, les chevaux étant ferrés systématiquement avec des fers à rive externe ondulée et à crampons fixes, elle s’est ensuite considérablement diversifiée à partir de la Renaissance et a connu sa plus grande variété au XIXe siècle, à une époque où les chevaux étaient sélectionnés pour répondre à des tâches spécialisées. C’est ainsi que le cheval de halage bénéficia d’un fer couvert propre à le préserver des contusions par les pierres des lits de rivière ou que le cheval d’arme fut équipé de crampons mobiles. Dans le domaine de la traction civile, les fers restèrent souvent massifs mais la recherche de l’efficacité conduisit des inventeurs à proposer des ferrures très innovantes, plus légères et renforçant l’adhérence. Les compagnies de transports parisiens qui se développèrent dans la seconde moitié du XIXe siècle, et pour lesquelles la ferrure était un enjeu économique et sécuritaire majeur, furent des vecteurs d’innovation. La ferrure Charlier, qui connut un succès certain à la fin des années 1860, reprenait les idées que Lafosse avait développées au XVIIIe siècle ; elle consistait en un fin jonc métallique incrusté dans le pourtour du sabot, autorisant le contact de la corne du sabot avec le sol tout en en limitant l’usure. Avant de s’imposer, cette innovation suscita la polémique et des conflits entre les vétérinaires les plus influents de la capitale.
Published: 2015

43. Les collections de modèles anatomiques équins de Louis Auzoux, une collection à constituer

Author: Christophe Degueurce, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: [SHS.HISPHILSO]Humanities and Social Sciences/History, Philosophy and Sociology of Sciences, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, lcsh:Fine Arts, Auzoux, papier mâché, lcsh:N, cheval, modèle anatomique, [SHS.MUSEO]Humanities and Social Sciences/Cultural heritage and museology, horse, anatomical model
Abstract: International audience; The Louis Auzoux collections of anatomical horse models. Doctor Louis Auzoux (1797-1880) is well known for the anatomical models he made in papier mâché, models that were exported throughout the world. The models of the human body had aesthetic qualities that made them especially appreciated, but they are not the only pieces that the industrialists designed and sold. Animals, plants and flowers in particular demonstrate other aspects of his art. Models of horses were of special significance for the firm. Its papier maché horses and its collections of bone defects and horses’ jaws were purchased in large numbers by the Ministry of War and used in regimental centres for training new recruits. These fascinating objects are a reflection of the programme that set out to improve horse-breeding in mid-nineteenth-century France. These collections which were diffused throughout the world and were a source of national pride are often badly damaged today, neglected and in danger of being lost.; Le docteur Louis Auzoux (1797-1880) est bien connu pour les mannequins anatomiques de papier qu’il produisit et exporta dans le monde entier. Si les modèles se rapportant à l’homme ont une force esthétique qui leur a donné une visibilité prépondérante, ils sont loin d’être les seuls que le célèbre industriel a conçus et commercialisés ; les animaux, les végétaux et tout particulièrement les fleurs, constituent une autre facette de son art. Mais les modèles dédiés au cheval eurent une importance toute particulière pour l’entreprise ; les chevaux de papier qu’il créa, les collections de tares et de mâchoires furent massivement achetées par l’administration de la Guerre qui en pourvut les régiments afin de former les recrues. Au travers de ces objets fascinants, c’est tout un programme d’amélioration de l’élevage du cheval qui fut ainsi mis en œuvre dans la France du milieu du XIXe siècle. Ces collections qui ont été diffusées dans le monde entier et qui ont fait l’orgueil de la France sont aujourd’hui abîmées, ignorées, dispersées et en grand danger de disparition.
Published: 2015

44. Micafungin susceptibility of the most common Candida species in 16 French University Hospitals: comparison between the Etest and the EUCAST methods (MICACAND study)

Author: Bougnoux, Marie-Elisabeth, Dannaoui, Eric, Accoceberry, Isabelle, Angoulvant, A., Bailly, E., Bouchara, Jean-Philippe, Chartier-Botterel, F., Chevrier, S., Chouaki, T., Cornet, Muriel, Dupuis, Adrian, Fekkar, A., Dalle, Frédéric, Datry, A., Gangneux, Jean-Pierre, Guitard, J., Hennequin, Christophe, Le Pape, Patrice, Maubon, D., Ranque, Stéphane, Sautour, Marc, Sendid, Boualem, Chandenier, Jacques, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Biologie et Pathogénicité fongiques, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Parasitologie-Mycologie [CHU HEGP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Dynamic Microbiology - EA 7380 (DYNAMIC), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité (MCMP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène (GEIHP), Université d'Angers (UA), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Centre Hospitalier Universitaire [Rennes], Université de Picardie Jules Verne (UPJV), CHU Amiens-Picardie, TheREx, Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology [2007-2019] (Grenoble INP [2007-2019])-IMAG-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology [2007-2019] (Grenoble INP [2007-2019])-IMAG-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de parasitologie - mycologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Hopital Saint-Louis, Assistance Publique – Hôpitaux de Paris (AP-HP), Cibles et médicaments de l'infection, de l'immunité et du cancer (IICiMed), Université de Nantes - UFR des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques, Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Institut de Biologie et Pathologie, CHU Grenoble, Thérapeutique Recombinante Expérimentale [?-2015] (TIMC-TheREx [?-2015]), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Physiopathologie des Candidoses, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Droit et Santé, Service de parasitologie, mycologie, médecine tropicale [CHRU Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 [2011-2015] (TIMC [2011-2015]), and Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMAG-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology [2007-2019] (Grenoble INP [2007-2019])-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMAG-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology [2007-2019] (Grenoble INP [2007-2019])-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

45. Use of antisense RNA to modulate HSP gene expression in oenococcus oeni

Author: Darsonval, Maud, Msadek, Tarek, Alexandre, Herve, Grandvalet, Cosette, Dijon (Kevin Oudard), Institut Agro, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Biologie des Bactéries Pathogènes à Gram-positif, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Oenococcus oeni, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

46. Impact of Oenococcus oeni esterase EstA7 on wine aromatic compounds

Author: Maud Darsonval, Alexandre, H., Cosette Grandvalet, ProdInra, Archive Ouverte, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Bourgogne (UB), Institut Universitaire de la Vigne et du Vin 'Jules Guyot' (IUVV Jules Guyot), Université de Bordeaux (UB). FRA., and Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV). FRA.
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Impact of Oenococcus oeni esterase EstA7 on wine aromatic compounds. 10. symposium international d'oenologie de Bordeaux (Oeno 2015).
Published: 2015

47. La cytométrie appliquée aux mircoorganismes du vin

Author: Michèle Guilloux-Benatier, Clément Petitgonnet, Cédric Longin, Sandrine Rousseaux, Hervé Alexandre, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), and Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC )
Subjects: Wine, education.field_of_study, Environmental Engineering, lcsh:QP1-981, biology, Brettanomyces, Microorganism, Population, lcsh:QR1-502, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Total population, Ethanol fermentation, biology.organism_classification, lcsh:Microbiology, lcsh:Physiology, Industrial and Manufacturing Engineering, lcsh:Zoology, Malolactic fermentation, Enumeration, lcsh:QL1-991, Food science, education
Abstract: International audience; Flow cytometry (FCM) is a powerful technique allowing detection and enumeration of microbial populations in food and during food process. Thanks to the fluorescent dyes used and specific probes, FCM provides information about cell physiological state and allows enumeration of a microorganism in a mixed culture. Thus, this technique is increasingly used to quantify pathogen, spoilage microorganisms and microorganisms of interest. Since one decade, FCM applications to the wine field increase greatly to determine population and physiological state of microorganisms performing alcoholic and malolactic fermentations. We will describe FCM principles and the available techniques allowing quantification of wine microorganisms by FCM using fluorescent dyes. Different examples of FCM analysis regarding monitoring of alcoholic fermentation, malolactic fermentation (total population, viable population, physiological state), specific detection and quantification of spoilage microorganisms like Brettanomyces will be presented.
Published: 2017

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