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We are at the dawn of the efforts to describe and understand the origins of genetic diversity in Argentina from high-throughput data. This knowledge is a primary step in the intent of deciphering the specific genetic bases of diseases and drug response in the country. Similarly to other populations across the Americas, genetic ancestry in Argentinean populations traces back into African, European and Native American ancestors, reflecting a complex demographic history with multiple migration and admixture events in pre- and post-colonial times. However, little is known about the sub-continental origins of these three main ancestries. We present new high-throughput genotyping data for 87 admixed individuals across Argentina. This data was combined to previously published data for admixed individuals in the region and then compared to different reference panels specifically built to run population structure analyses at a sub-continental level. Concerning the European and African ancestries, we confirmed previous results about their main origins, and we provide new insights into the presence of other origins that reflect historical records. As for the Native American ancestry, leveraging genotype data for archaeological samples in the region in order to gain temporal depth in our analyses, we could identify four Native American components segregating in modern Argentinean populations. Three of them are also found in modern South American populations and are specifically represented in Central Chile/Patagonia, Lowlands and Central Andes geographic areas. The fourth one may be specific to the Central Western region of Argentina. Identifying such component has not been straightforward since it is not well represented in any genomic data from the literature. Altogether, we provide useful insights into the multiple population groups from different continents that have contributed to present-days genetic diversity in Argentina. We encourage the generation of massive genotype data locally to further describe the genetic structure in Argentina. Author Summary The human genetic diversity in Argentina reflects demographic mechanisms during which the European colonists invaded a territory where Native American populations were settled. During colonial period, the slave trade also prompted many African people to move to Argentina. Little is known about the origins of the Native American and African components in Argentinean populations nowadays. Genotyping data for 87 admixed individuals throughout Argentina was generated and data from the literature was re-analyzed to shed light on this question. We confirmed that most of the European genetic ancestry comes from the South, although several individuals are related to Northern Europeans. We found that African origins in Argentina trace back from different regions. As for the Native American ancestry, we identified that it can be divided into four main components that correspond to Central Chile/Patagonia, Lowlands, Central Andes and Central Western region of Argentina. In order to understand the specificity of the genetic diversity in Argentina, we should not rely on knowledge generated in other populations. Instead, more effort is required to generate specific massive genomic knowledge at the local level.

Non-syndromic cleft lip with or without cleft palate (NSCLP) is a congenital malformation that shows the characteristics of a multifactorial pathology. In order to describe the genetic predisposition to this disorder, NAT genes were analyzed with special interest since they codify for N-acetyltransferases, the enzymes responsible for the biotransformation of arylamines, hydrazine drugs and a great number of toxins and carcinogens present in diet, cigarette smoke and the environment. The allelic transmission of NAT2 that determines the slow acetylator phenotype in 174 trios (case-mother/father) from ECLAMC (Latin American Collaborative Study of Congenital Malformations) maternities in Argentina was evaluated. The *4, *5B, *6, and *7 variants by PCR-RFLP were analyzed. A higher risk for the 5B*5B* genotypes (OR=2. 24; p=0.050) was found, at the expense of the cases from Patagonia, without the influence of the maternal genotype. Rev Arg Antrop Biol 21(1), 2019. doi:10.17139/raab.2019.0021.01.08 El labio leporino con o sin paladar hendido (NSCLP) es una malformación congénita que presenta las características de una patología multifactorial. Se consideran de especial interés los genes NAT que codifican para las N-acetiltransferasas, enzimas responsables de la biotransformación de arilaminas, fármacos de hidrazina, y de un gran número de toxinas y carcinógenos presentes en la dieta, el humo de cigarro y el medio ambiente. Lo expuesto anteriormente ha despertado la sospecha de un posible rol de NAT2en la manifestación de LL/PH en el recién nacido expuesto. En este trabajo se ha evaluado la transmisión alélica de variantes que determinan el fenotipo acetilador lento en 174 tríos (caso, madre y/o padre) reclutados por el ECLAMC (Estudio Colaborativo Latinoamericano de Malformaciones Congénitas) en maternidades de Argentina. Se analizaron las variantes *4, *5B, *6 y *7 mediante PCR-RFLP. Se halló un riesgo mayor en los casos con genotipos 5B*5B* (OR=2,24; p=0,050), a expensas de los casos de Patagonia, sin influencia del genotipo materno. Rev Arg Antrop Biol 21(1), 2019. doi:10.17139/raab.2019.0021.01.08

Tradicionalmente se agrupó a los linajes del ADN mitocondrial nativos de América dentro de los cinco haplogrupos A, B, C, D y X. En forma posterior, el avance en las técnicas moleculares permitió distinguir la existencia de, al menos, trece linajes que habrían ingresado a América previamente diferenciados. En la actualidad se está avanzando en la definición de sublinajes con distribución geográfica acotada. En este trabajo se analizan 743 secuencias de la Región Control (RC) completa, obtenidas en nueve poblaciones actuales de Argentina en el contexto de una recopilación de más de 6000 secuencias de linajes nativos de Sudamérica. Se identificaron grupos potencialmente monofiléticos (linajes) sobre la base de la presencia de mutación(es) compartida(s) en la RC, de los cuales se analiza su distribución geográfica. Se concluye que, si bien en cada región coexisten múltiples linajes maternos –producto de distintos procesos demográficos a lo largo del tiempo–, es posible identificar linajes que, por su frecuencia y diversidad, estarían asociados a momentos tempranos del poblamiento de cada región. Se discuten los alcances y limitaciones de este tipo de aproximación metodológica y sus implicancias en relación con las hipótesis de poblamiento, con especial énfasis en el Cono Sur., Previously, mitochondrial DNA (mtDNA) lineages of Native Americans were typically grouped as only five haplogroups: A, B, C, D and X. However, advances in molecular techniques have allowed investigators to further delineate the existence of at least thirteen lineages differentiated before arrival in America. Definition of mitochondrial lineages with more restricted geographical distribution is currently in progress. In this study, 743 Control Region (CR) sequences obtained from nine extant populations from Argentina were analyzed through comparison to >6000 CR sequences of Native American lineages from throughout South America. Putative monophyletic groups (lineages) were identified based on the presence of shared mutation(s) and their geographical spread was examined. It is concluded that although multiple maternal lineages coexist today in each region – the product of different demographic processes - it is possible to identify lineages that were potentially associated with early moments of the settlement of the Americans due to their frequency and diversity. The scope and limitations of this type of methodological approach and its implications in relation to settlement hypotheses, with special emphasis on the Southern Cone, are discussed., Instituto Multidisciplinario de Biología Celular

Tradicionalmente se agrupó a los linajes del ADN mitocondrial nativos de América dentro de los cinco haplogrupos A, B, C, D y X. En forma posterior, el avance en las técnicas moleculares permitió distinguir la existencia de, al menos, trece linajes que habrían ingresado a América previamente diferenciados. En la actualidad se está avanzando en la definición de sublinajes con distribución geográfica acotada. En este trabajo se analizan 743 secuencias de la Región Control (RC) completa, obtenidas en nueve poblaciones actuales de Argentina en el contexto de una recopilación de más de 6000 secuencias de linajes nativos de Sudamérica. Se identificaron grupos potencialmente monofiléticos (linajes) sobre la base de la presencia de mutación(es) compartida(s) en la RC, de los cuales se analiza su distribución geográfica. Se concluye que, si bien en cada región coexisten múltiples linajes maternos –producto de distintos procesos demográficos a lo largo del tiempo–, es posible identificar linajes que, por su frecuencia y diversidad, estarían asociados a momentos tempranos del poblamiento de cada región. Se discuten los alcances y limitaciones de este tipo de aproximación metodológica y sus implicancias en relación con las hipótesis de poblamiento, con especial énfasis en el Cono Sur. Fil: Motti, Josefina M. B. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Sociales; Argentina. Fil: Schwab, Marisol E. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Universidad Nacional de La Plata; Argentina. Fil: Beltramo, Julieta. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Universidad Nacional de La Plata; Argentina. Fil: Jurado-Medina, Laura S. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Universidad Nacional de La Plata; Argentina. Fil: Muzzio, Marina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Universidad Nacional de La Plata; Argentina. Fil: Ramallo, Virginia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Fil: Bailliet, Graciela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Universidad Nacional de La Plata; Argentina. Fil: Bravi, Claudio M. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Universidad Nacional de La Plata; Argentina. Previously, mitochondrial DNA (mtDNA) lineages of Native Americans were typically grouped as only five haplogroups: A, B, C, D and X. However, advances in molecular techniques have allowed investigators to further delineate the existence of at least thirteen lineages differentiated before arrival in America. Definition of mitochondrial lineages with more restricted geographical distribution is currently in progress. In this study, 743 Control Region (CR) sequences obtained from nine extant populations from Argentina were analyzed through comparison to >6000 CR sequences of Native American lineages from throughout South America. Putative monophyletic groups (lineages) were identified based on the presence of shared mutation(s) and their geographical spread was examined. It is concluded that although multiple maternal lineages coexist today in each region – the product of different demographic processes - it is possible to identify lineages that were potentially associated with early moments of the settlement of the Americans due to their frequency and diversity. The scope and limitations of this type of methodological approach and its implications in relation to settlement hypotheses, with special emphasis on the Southern Cone, are discussed.

Background: NAT genes are considered candidate genes for the genetic predisposition to non-syndromic Cleft lip with or without cleft palate (NSCLP), since they codify for N-acetyltransferases, enzymes responsible for the biotransformation of arylamines, hydrazine drugs, and a great number of toxins and carcinogens present in diet, cigarette smoke, and environment. Aim: To determine the association between alleles determining slow acetylator phenotype and the risk of NSCLP. Material and Methods: We analyzed *5 (481C>T), *6 (590G>A) and *7 (857G>A) alleles which determine the slow acetylator phenotype and *4 (wild type) allele by polymerase chain reaction/restriction fragment length polymorphism in 97 progenitor-case trios of NSCLP in Argentinian Obstetric Wards. We evaluated the transmission disequilibrium (TDT). Results: TDT showed a positive association between allele *5 and NSCLP (odds ratio = 1,6; p = 0,03). Conclusions: The presence of *5 allele is significantly higher in cases with congenital NSCLP.

Background: NAT genes are considered candidate genes for the genetic predisposition to non-syndromic Cleft lip with or without cleft palate (NSCLP), since they codify for N-acetyltransferases, enzymes responsible for the biotransformation of arylamines, hydrazine drugs, and a great number of toxins and carcinogens present in diet, cigarette smoke, and environment. Aim: To determine the association between alleles determining slow acetylator phenotype and the risk of NSCLP. Material and methods: We analyzed *5 (481C>T), *6 (590G>A) and *7 (857G>A) alleles which determine the slow acetylator phenotype and *4 (wild type) allele by polymerase chain reaction/restriction fragment length polymorphism in 97 progenitor-case trios of NSCLP in Argentinian Obstetric Wards. We evaluated the transmission disequilibrium (TDT). Results: TDT showed a positive association between allele *5 and NSCLP (odds ratio=1.6; p=0.03). Conclusions: The presence of *5 allele is significantly higher in cases with congenital NSCLP. Fil: Santos, María Rita. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comision de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Ramallo, Virginia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; Argentina Fil: Muzzio, Marina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comision de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; Argentina Fil: López Camelo, Jorge Santiago. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; Argentina. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas “Norberto Quirno”; Argentina Fil: Bailliet, Graciela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comision de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; Argentina

El poblamiento temprano de América ha sido foco de debate incesante durante más de 100 años. Varios sitios arqueológicos han encontrado evidencias de ocupación humana temprana en Mesoamérica y Sudamérica que datan de 18000 años y antes. El cromosoma Y humano, posee el tramo más largo de ADN no recombinante de todo el genoma humano y es transmitido por completo de padres a hijos, contiene un registro de la historia del linaje paterno siendo utilizado como una herramienta altamente informativa para investigar la historia de las poblaciones humanas. Para realizar un estudio sobre las relaciones filogenéticas de linajes nativos americanos e inferir sobre el poblamiento de América, realizamos un análisis del haplogrupo Q del cromosoma Y, el cual es el único haplogrupo panamericano y representa prácticamente todos los linajes nativos americanos en Mesoamérica y Sudamérica. Se construyó un árbol filogenético calibrado para el haplogrupo Q en base a 102 secuencias completas de cromosomas Y, de las cuales, 13 secuencias son nuevas presentadas en este trabajo. Se definieron 17 sub-haplogrupos Q. De estos, 13 sub-haplogrupos son específicos de nativos americanos y pertenecen a Q-Z780 y Q-M3 (incluye a Q-M848). Una de las secuencias realizadas en este trabajo se identificó dentro del sub-linaje Q-M346* (el sufijo "*" está indicando en este caso, que es derivado para Q-M346 pero ancestral para Q-L54), para un individuo de San Juan, Argentina, no identificado antes en esta región. Q-M346* podría ser un tercer sub-linaje autóctono de América, pero se necesitan más estudios para su confirmación. Otras dos secuencias obtenidas en este trabajo aportan nueva información a Q-Z780; cinco secuencias aportan nueva información a sub-linajes definidos dentro de Q-M848; y cinco secuencias forman parte junto a otras 12 secuencias de las bases de datos, de ramas dentro de Q-M3 donde sus relaciones filogenéticas no pueden resolverse y representan la gran variabilidad presente en linajes nativos americanos que todavía no se explican con los datos disponibles de secuencias. Se presentan 72 SNPs validados que aportan nueva información a Q-M346*, Q-Z780 y Q-M848, denominados como Q-GMP1 a Q-GMP72. Los tiempos de divergencia y la estructura poblacional encontrada dentro de Q-Z780 aportan soporte genético a evidencias arqueológicas de ocupación humana temprana anteriores a 18000 años en Mesoamérica y Sudamérica. Estudios más exhaustivos en linajes nativos americanos más antiguos, como Q-Z780 (y quizás Q-M346*), permitirían acceder a la historia humana más ancestral en estas regiones., The early settlement of America has been the focus of incessant debate for more than 100 years. Several archaeological sites have shownevidence of early human occupation in Mesoamerica and South America dating back 18000 years and before. The human Y chromosome has the longest stretch of non-recombinant DNA in the entire human genome and is completely transmitted from parent to child, thus contains a register of the paternal lineage history and is used as a highly informative tool to investigate the history of human populations. To carry out a study on the phylogenetic relationships of Native American lineages and infer the history of the American settlement, we analyzed the Y-chromosome Q haplogroup, which is the only Pan-American haplogroup and represents practically all Native American lineages in Mesoamerica and South America. A calibrated phylogenetic tree for Haplogroup Q was constructed based on 102 whole Ychromosome sequences, of which 13 sequences are new presented in this work. We defined 17 Qsubhaplogroups. Of these, 13 subhaplogroups are Native American specific and belong to Q-Z780 and Q-M3 (includes Q-M848). One of the sequences presented in this work was identified within the Q-M346* sub-lineage (the suffix "*" is indicating in this case that it is derived for Q-M346 but ancestral for Q-L54), for an individual of San Juan, Argentina, not previously identified in America. Q-M346* could be a third Native American sub-lineage, however, more studies are needed for confirmation. Two other sequences obtained in this work provide new information to Q-Z780; five sequences contribute new information to defined sub-lineages within Q-M848; and five sequences are part, along with 12 other sequences in the databases, of branches within Q-M3 where their phylogenetic relationships cannot be resolved and represent the great variability present in Native American lineages that are not yet explained with the available data from sequences. We present 72 validated SNPs that provide new information to Q-M346*, Q-Z780 and Q-M848, referred to as Q-GMP1 to Q-GMP72. The divergence times and the population structure found within Q-Z780 provide genetic support for archaeological evidence of early human occupation in Mesoamerica and South America before 18000 years. More exhaustive studies in older Native American lineages, such as Q-Z780 (and perhaps Q-M346*) would allow access to the most ancient human history in these regions., Facultad de Ciencias Naturales y Museo