Search

Earth’s human population continues to grow, and the demand for food and supplies is increasing as well. These increasing demands lead to a further intensification of agricultural activities, overgrazing, and deforestation. These, and other factors, contribute to the degradation of the physical structure and functionality of soil. In addition, climate change is intensifying extreme hydrological events, resulting in floods and more severe droughts. The proper functioning of soil is critical to sustaining the delivery of vital ecosystem services of both natural and agronomic ecosystems. Soil structure and function are highly dependent upon the stability of aggregates. The stability of soil aggregates refers to the ability to keep intact when exposed to different stresses. The research presented in this thesis seeks to examine the potential of microbial amendments as a strategy for improving soil structure and function under drought. We isolated and identified a collection of bacteria and fungi from a drought experimental field and utilized them in a series of experiments. In Chapter 2, a trait-based approach, relying on laboratory plate experiments, was used to select 24 bacterial strains that represented a range of predicted abilities to influence soil aggregations. These strains were inoculated individually in soil sterile microcosms under two moisture regimes (-0.03 and -0.96 MPa), considered optimal and close to permanent wilting points for plants, respectively. After 8 weeks of incubation, we found that bacteria improved aggregation better at high moisture, and bacterial traits provided a little predictive power to explain impacts on soil properties. Taxonomic affiliation had, however, a higher correlation to aggregation. In Chapter 3, we selected 29 fungal strains with higher abundance in drought field plots and taxonomy relevance to agriculture and inoculated them into soils using the same soil microcosm and moisture conditions as in the previous chapter. Fungal

Millions of microorganisms inhabit the soil, and some of them contribute to the growth of plants. To gain a better understanding of how microbes promote plant growth, we compared the impact of fungal and bacterial communities on litter decomposition and plant growth. Our study revealed that fungi are the primary decomposers of plant litter and have a more significant impact on nutrient cycling than bacteria. Furthermore, when the fungal and bacterial communities are working together, they have a complementary effect on plant growth that is greater than when either community is working alone. Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) are recognized as one of the most important types of plant symbiotic fungi. AMF are widely distributed in the soil and colonize plant roots. They can functionally extend the plant root system and reach areas in the soil beyond the plant roots, enabling plants to access more water and nutrients. We investigated the microbial community that surrounds the AMF hyphae and discovered that fungal hyphae are colonized by specific bacteria and protists. We demonstrate that the microbes that colonize the fungal hyphae play a crucial role in facilitating mycorrhizal development and assisting plant nutrient uptake. We showed that a particular bacterium of the genus Devosia is associated with AMF hyphae, interacts synergistically with the mycorrhiza and promotes plant growth by facilitating nitrogen uptake. This thesis deepens our understanding of the interactions between different microbial groups and their roles in litter decomposition and mycorrhization processes. A better understanding of plant-microbe interactions is essential for the development of effective application strategies for plant-growth-promoting microbes in agriculture. Ultimately microbes can help create sustainable agricultural practices that rely less on chemical inputs for food production.

The bacterium Escherichia coli initiates replication once per cell cycle at a precise volume per origin and adds an on average constant volume between successive initiation events, independent of the initiation size. Yet, a molecular model that can explain these observations has been lacking. Experiments indicate that E. coli controls replication initiation via titration and activation of the initiator protein DnaA. In chapters 2, 3 and 4, we study by mathematical modelling how these two mechanisms interact to generate robust replication-initiation cycles. We first show that a mechanism solely based on titration generates stable replication cycles at low growth rates, but inevitably causes premature reinitiation events at higher growth rates. In this regime, the DnaA activation switch becomes essential for stable replication initiation. Conversely, while the activation switch alone yields robust rhythms at high growth rates, titration can strongly enhance the stability of the switch at low growth rates. Our analysis thus predicts that both mechanisms together drive robust replication cycles at all growth rates. In addition, it reveals how an origin-density sensor yields adder correlations. Initiating replication synchronously at multiple origins of replication allows the bacterium E. coli to divide even faster than the time it takes to replicate the entire chromosome in nutrient rich environments. What mechanisms give rise to synchronous replication initiation remains however poorly understood. In chapter 5, we identify four distinct synchronization regimes depending on two quantities: the duration of the so-called licensing period during which the initiation potential in the cell remains high after the first origin has fired and the duration of the blocking period during which already initiated origins remain blocked. For synchronous replication initiation, the licensing period must be long enough such that all origins can be initiated, but shorter than the blockin

The application of micro-organisms has been increasingly suggested as sustainable agricultural approach. Soil micro-organisms include bacteria, archaea, fungi and protists. The majority of soil protists are free-living predators that feed, among others, on bacteria. Through their predatory activity, they typically unlock nutrients that can benefit plants. In addition, because soil protists do not equally feed on all bacteria, they influence their prey community structure which can further lead to an enrichment in plant-beneficial taxa. One challenge but also an opportunity of soil protist ecology lies in the high phylogenetic diversity of protists that likely mirrors an equally high functionality: each protist species could have a distinct impact on plant development. Most of the current understanding is, however, based on few model species and successful protist application typically follows a trial and error methodology with little a priori knowledges. In the present work, we investigated the potential of phylogenetically diverse soil protists to support plant development, especially via their impact on the bacterial community composition. We first pursued to identify relevant protist and bacterial traits to better understand and predict predator-prey interactions. We were able to relate the ability of bacteria to inhibit their predators to their ability to suppress pathogens (Chapter 2). We identified for each of the protist tested distinct prey consumption patterns which were related to their predatory impacts on soil bacterial communities: protist species that could feed on the same set of bacteria in a plate assay had a similar impact on the bacterial community structure in the soil (Chapter 3). After investigating the predator-prey interactions, we examined different aspects of protist application to best support plant development by using lettuce, Lactuca sativa, as model plant. We found that the effect on the plant varied depending on the protist species in

In een demonstratiefabriek in Dordrecht zetten bacteriën vetten om in een natuurlijk alternatief voor plastic. Het materiaal heeft de voordelen van plastic, maar niet de nadelen. Is dit dé oplossing voor ons plasticprobleem?

Een bacterie als chemiefabriek, raffinaderij of afvalverwerker? Als het aan de Wageningse hoogleraar Vitor Martins dos Santos ligt, gaat Pseudomonas putida de concurrentie aan met de fossiele industrie. Met zijn Europese collega’s onderzoekt hij de mogelijkheden.

In the past years, most chemicals and energy were produced from fossil-based resources. The continuous dependency on these depleting fossil resources have negatively impacted the environment with the emission of greenhouse gases and harmful materials. The replacement of fossil-based technologies to sustainable production methods such as those using microbes and fermentation has become a key research area. Non‐model thermophilic clostridia with native ability to ferment lignocellulose biomass, make them potential production organisms for industrial applications. However, the limitation of genetic accessibility and genetic tools for clostridial manipulation pose a major barrier for exploiting them as platform organisms. This thesis explores the genetic accessibility and tool development for two thermophilic clostridia, the ethanol-producing Hungateiclostridium thermocellum and the succinate- producing Pseudoclostridium thermosuccinogenes. In addition, we studied aspects such as xylose consumption, sporulation and CRISPRi-mediated silencing of central metabolism to improve strain engineering.For industrial strain development high engineering efficiencies are desired. Due to the user-friendliness and stringency, CRISPR-Cas-based technologies have strongly enhanced strain engineering efforts in bacteria. This has enabled more rapid metabolic engineering of both the model and non-model organisms, opening new possibilities to use them as improved cell factories. The discovery of novel Cas9-like systems from diverse microbial environments will extend the repertoire of applications and broaden the range of hosts to create novel platform organisms to produce biotechnologically relevant products.H. thermocellum DSM1313 has biotechnological potential as a whole-cell biocatalyst for ethanol production using lignocellulosic renewable sources. The full exploitation of H. thermocellum has been limited with the lack of high-throughput genome engineering tools. A thermophilic bacteri

De wereldwijde cementproductie is verantwoordelijk voor 8% van de CO2-uitstoot op aarde. Dat is twee keer zo veel als de uitstoot van alle vliegtuigen ter wereld bij elkaar. De helft daarvan is niet-constructief beton. Als dat biobased kan worden gemaakt, betekent het een enorme CO2-reductie. Bioclear earth uit Groningen heeft een oplossing: laat bacteriën het cement maken.

Rondleiding Kaumera Nereda Gum., Join us at the Raw materials plant in Zutphen to discover how Kaumera is produced.

RIVM rapport:Wereldwijd neemt het aantal bacteriën die resistent zijn tegen antibiotica toe. In Nederland blijft dat aantal over het algemeen stabiel en is het minder hoog dan in veel andere landen. Toch blijft er reden voor zorg en alertheid. Bij sommige bacteriesoorten neemt de resistentie tegen sommige antibiotica wel langzaam toe. Vooral bij Klebsiella pneumoniae, een veel voorkomende darmbacterie, werken de laatste 5 jaar meerdere antibiotica steeds vaker minder goed. Deze bacteriën kunnen onschuldige infecties zoals een blaasontsteking veroorzaken en zijn door de resistentie moeilijker te behandelen. Ook moeten dan vaker soorten antibiotica worden gebruikt die alleen als laatste redmiddel worden gebruikt. Om resistentie te voorkomen is het belangrijk om antibiotica op de juiste manier te gebruiken en alleen als het nodig is. Huisartsen schreven in het afgelopen jaar even veel antibioticakuren voor als de jaren daarvoor. In ziekenhuizen blijft het totale antibioticagebruik wel stijgen. Voor dieren is in 2018 is ongeveer evenveel antibiotica voorgeschreven als in 2017. Ten opzichte van 2009, het referentiejaar, is het gebruik met ruim 63 procent verminderd. Voor dieren zijn de afgelopen jaren bijna geen antibiotica gebruikt die belangrijk zijn om infecties bij de mens te behandelen. Het aantal resistente bacteriën bij dieren is ongeveer gelijk gebleven. Wel is het aantal ESBL-producerende darmbacteriën verder afgenomen bij bijna alle diersoorten die voor de voedselproductie worden gebruikt. Alleen bij vleeskalveren blijft het aantal stijgen. ESBL zijn enzymen die veelgebruikte antibiotica kunnen afbreken, zoals penicillines. Dit blijkt uit de jaarlijkse rapportage NethMap/MARAN 2019. Hierin presenteren diverse organisaties gezamenlijk de gegevens over het antibioticagebruik en -resistentie in Nederland, zowel voor mensen als voor dieren. In Nederland zijn de afgelopen jaren extra maatregelen genomen om antibioticaresistentie te bestrijden. Deze maatregelen reiken verder dan, The number of bacteria that are resistant to antibiotics is increasing worldwide. In the Netherlands, that number is basically remaining stable and it is not at such a high level as in many other countries. Nevertheless, there is reason to be concerned and alert. The resistance of some bacterial species to some antibiotics is increasing slowly. Particularly in the case of Klebsiella pneumoniae, a common intestinal bacterium, several antibiotics have been becoming less effective over the past five years. These bacteria can cause harmless infections, such as bladder infections, and resistance is making them more difficult to treat. Consequently, certain types of antibiotics that are considered a last resort are having to be used more often. To prevent resistance, it is important to use antibiotics properly and only when necessary. General practitioners prescribed the same number of courses of antibiotics as in the previous years. The overall use of antibiotics in hospitals is continuing to increase, though. Approximately the same amounts of antibiotics were prescribed for animals in 2018 as in 2017. With respect to 2009, the reference year, the use of antibiotics has dropped by over 63%. Almost no antibiotics that are important in treating infections in humans have been used for animals in recent years. The number of resistant bacteria in animals has remained roughly the same. However, the number of ESBL-producing intestinal bacteria has dropped further in almost all animal species that are used for food production. This number is only continuing to increase in veal calves. ESBLs are enzymes that can break down commonly used antibiotics such as penicillins. This is shown in the annual report NethMap/MARAN 2019, in which various organisations jointly present data on antibiotic use and resistance in the Netherlands, for both humans and animals. In recent years, extra measures have been taken in the Netherlands to combat antibiotic resistance. These measures go further t

Wereldwijd neemt het aantal bacteriën die resistent zijn tegen antibiotica toe. In Nederland blijft dat aantal over het algemeen stabiel en is het minder hoog dan in veel andere landen. Toch blijft er reden voor zorg en alertheid. Bij sommige bacteriesoorten neemt de resistentie tegen sommige antibiotica wel langzaam toe. Vooral bij Klebsiella pneumoniae, een veel voorkomende darmbacterie, werken de laatste 5 jaar meerdere antibiotica steeds vaker minder goed. Deze bacteriën kunnen onschuldige infecties zoals een blaasontsteking veroorzaken en zijn door de resistentie moeilijker te behandelen. Ook moeten dan vaker soorten antibiotica worden gebruikt die alleen als laatste redmiddel worden gebruikt. Om resistentie te voorkomen is het belangrijk om antibiotica op de juiste manier te gebruiken en alleen als het nodig is. Huisartsen schreven in het afgelopen jaar even veel antibioticakuren voor als de jaren daarvoor. In ziekenhuizen blijft het totale antibioticagebruik wel stijgen. Voor dieren is in 2018 is ongeveer evenveel antibiotica voorgeschreven als in 2017. Ten opzichte van 2009, het referentiejaar, is het gebruik met ruim 63 procent verminderd. Voor dieren zijn de afgelopen jaren bijna geen antibiotica gebruikt die belangrijk zijn om infecties bij de mens te behandelen. Het aantal resistente bacteriën bij dieren is ongeveer gelijk gebleven. Wel is het aantal ESBL-producerende darmbacteriën verder afgenomen bij bijna alle diersoorten die voor de voedselproductie worden gebruikt. Alleen bij vleeskalveren blijft het aantal stijgen. ESBL zijn enzymen die veelgebruikte antibiotica kunnen afbreken, zoals penicillines. Dit blijkt uit de jaarlijkse rapportage NethMap/MARAN 2019. Hierin presenteren diverse organisaties gezamenlijk de gegevens over het antibioticagebruik en -resistentie in Nederland, zowel voor mensen als voor dieren. In Nederland zijn de afgelopen jaren extra maatregelen genomen om antibioticaresistentie te bestrijden. Deze maatregelen reiken verder dan, The number of bacteria that are resistant to antibiotics is increasing worldwide. In the Netherlands, that number is basically remaining stable and it is not at such a high level as in many other countries. Nevertheless, there is reason to be concerned and alert. The resistance of some bacterial species to some antibiotics is increasing slowly. Particularly in the case of Klebsiella pneumoniae, a common intestinal bacterium, several antibiotics have been becoming less effective over the past five years. These bacteria can cause harmless infections, such as bladder infections, and resistance is making them more difficult to treat. Consequently, certain types of antibiotics that are considered a last resort are having to be used more often. To prevent resistance, it is important to use antibiotics properly and only when necessary. General practitioners prescribed the same number of courses of antibiotics as in the previous years. The overall use of antibiotics in hospitals is continuing to increase, though. Approximately the same amounts of antibiotics were prescribed for animals in 2018 as in 2017. With respect to 2009, the reference year, the use of antibiotics has dropped by over 63%. Almost no antibiotics that are important in treating infections in humans have been used for animals in recent years. The number of resistant bacteria in animals has remained roughly the same. However, the number of ESBL-producing intestinal bacteria has dropped further in almost all animal species that are used for food production. This number is only continuing to increase in veal calves. ESBLs are enzymes that can break down commonly used antibiotics such as penicillins. This is shown in the annual report NethMap/MARAN 2019, in which various organisations jointly present data on antibiotic use and resistance in the Netherlands, for both humans and animals. In recent years, extra measures have been taken in the Netherlands to combat antibiotic resistance. These measures go further t

RIVM rapport:Wereldwijd neemt het aantal bacteriën die resistent zijn tegen antibiotica toe. In Nederland blijft dat aantal over het algemeen stabiel en is het minder hoog dan in veel andere landen. Toch blijft er reden voor zorg en alertheid. Bij sommige bacteriesoorten neemt de resistentie tegen sommige antibiotica wel langzaam toe. Vooral bij Klebsiella pneumoniae, een veel voorkomende darmbacterie, werken de laatste 5 jaar meerdere antibiotica steeds vaker minder goed. Deze bacteriën kunnen onschuldige infecties zoals een blaasontsteking veroorzaken en zijn door de resistentie moeilijker te behandelen. Ook moeten dan vaker soorten antibiotica worden gebruikt die alleen als laatste redmiddel worden gebruikt. Om resistentie te voorkomen is het belangrijk om antibiotica op de juiste manier te gebruiken en alleen als het nodig is. Huisartsen schreven in het afgelopen jaar even veel antibioticakuren voor als de jaren daarvoor. In ziekenhuizen blijft het totale antibioticagebruik wel stijgen. Voor dieren is in 2018 is ongeveer evenveel antibiotica voorgeschreven als in 2017. Ten opzichte van 2009, het referentiejaar, is het gebruik met ruim 63 procent verminderd. Voor dieren zijn de afgelopen jaren bijna geen antibiotica gebruikt die belangrijk zijn om infecties bij de mens te behandelen. Het aantal resistente bacteriën bij dieren is ongeveer gelijk gebleven. Wel is het aantal ESBL-producerende darmbacteriën verder afgenomen bij bijna alle diersoorten die voor de voedselproductie worden gebruikt. Alleen bij vleeskalveren blijft het aantal stijgen. ESBL zijn enzymen die veelgebruikte antibiotica kunnen afbreken, zoals penicillines. Dit blijkt uit de jaarlijkse rapportage NethMap/MARAN 2019. Hierin presenteren diverse organisaties gezamenlijk de gegevens over het antibioticagebruik en -resistentie in Nederland, zowel voor mensen als voor dieren. In Nederland zijn de afgelopen jaren extra maatregelen genomen om antibioticaresistentie te bestrijden. Deze maatregelen reiken verder dan, The number of bacteria that are resistant to antibiotics is increasing worldwide. In the Netherlands, that number is basically remaining stable and it is not at such a high level as in many other countries. Nevertheless, there is reason to be concerned and alert. The resistance of some bacterial species to some antibiotics is increasing slowly. Particularly in the case of Klebsiella pneumoniae, a common intestinal bacterium, several antibiotics have been becoming less effective over the past five years. These bacteria can cause harmless infections, such as bladder infections, and resistance is making them more difficult to treat. Consequently, certain types of antibiotics that are considered a last resort are having to be used more often. To prevent resistance, it is important to use antibiotics properly and only when necessary. General practitioners prescribed the same number of courses of antibiotics as in the previous years. The overall use of antibiotics in hospitals is continuing to increase, though. Approximately the same amounts of antibiotics were prescribed for animals in 2018 as in 2017. With respect to 2009, the reference year, the use of antibiotics has dropped by over 63%. Almost no antibiotics that are important in treating infections in humans have been used for animals in recent years. The number of resistant bacteria in animals has remained roughly the same. However, the number of ESBL-producing intestinal bacteria has dropped further in almost all animal species that are used for food production. This number is only continuing to increase in veal calves. ESBLs are enzymes that can break down commonly used antibiotics such as penicillins. This is shown in the annual report NethMap/MARAN 2019, in which various organisations jointly present data on antibiotic use and resistance in the Netherlands, for both humans and animals. In recent years, extra measures have been taken in the Netherlands to combat antibiotic resistance. These measures go further t

RIVM rapport:Wereldwijd neemt het aantal bacteriën die resistent zijn tegen antibiotica toe. In Nederland blijft dat aantal over het algemeen stabiel en is het minder hoog dan in veel andere landen. Toch blijft er reden voor zorg en alertheid. Bij sommige bacteriesoorten neemt de resistentie tegen sommige antibiotica wel langzaam toe. Vooral bij Klebsiella pneumoniae, een veel voorkomende darmbacterie, werken de laatste 5 jaar meerdere antibiotica steeds vaker minder goed. Deze bacteriën kunnen onschuldige infecties zoals een blaasontsteking veroorzaken en zijn door de resistentie moeilijker te behandelen. Ook moeten dan vaker soorten antibiotica worden gebruikt die alleen als laatste redmiddel worden gebruikt. Om resistentie te voorkomen is het belangrijk om antibiotica op de juiste manier te gebruiken en alleen als het nodig is. Huisartsen schreven in het afgelopen jaar even veel antibioticakuren voor als de jaren daarvoor. In ziekenhuizen blijft het totale antibioticagebruik wel stijgen. Voor dieren is in 2018 is ongeveer evenveel antibiotica voorgeschreven als in 2017. Ten opzichte van 2009, het referentiejaar, is het gebruik met ruim 63 procent verminderd. Voor dieren zijn de afgelopen jaren bijna geen antibiotica gebruikt die belangrijk zijn om infecties bij de mens te behandelen. Het aantal resistente bacteriën bij dieren is ongeveer gelijk gebleven. Wel is het aantal ESBL-producerende darmbacteriën verder afgenomen bij bijna alle diersoorten die voor de voedselproductie worden gebruikt. Alleen bij vleeskalveren blijft het aantal stijgen. ESBL zijn enzymen die veelgebruikte antibiotica kunnen afbreken, zoals penicillines. Dit blijkt uit de jaarlijkse rapportage NethMap/MARAN 2019. Hierin presenteren diverse organisaties gezamenlijk de gegevens over het antibioticagebruik en -resistentie in Nederland, zowel voor mensen als voor dieren. In Nederland zijn de afgelopen jaren extra maatregelen genomen om antibioticaresistentie te bestrijden. Deze maatregelen reiken verder dan, The number of bacteria that are resistant to antibiotics is increasing worldwide. In the Netherlands, that number is basically remaining stable and it is not at such a high level as in many other countries. Nevertheless, there is reason to be concerned and alert. The resistance of some bacterial species to some antibiotics is increasing slowly. Particularly in the case of Klebsiella pneumoniae, a common intestinal bacterium, several antibiotics have been becoming less effective over the past five years. These bacteria can cause harmless infections, such as bladder infections, and resistance is making them more difficult to treat. Consequently, certain types of antibiotics that are considered a last resort are having to be used more often. To prevent resistance, it is important to use antibiotics properly and only when necessary. General practitioners prescribed the same number of courses of antibiotics as in the previous years. The overall use of antibiotics in hospitals is continuing to increase, though. Approximately the same amounts of antibiotics were prescribed for animals in 2018 as in 2017. With respect to 2009, the reference year, the use of antibiotics has dropped by over 63%. Almost no antibiotics that are important in treating infections in humans have been used for animals in recent years. The number of resistant bacteria in animals has remained roughly the same. However, the number of ESBL-producing intestinal bacteria has dropped further in almost all animal species that are used for food production. This number is only continuing to increase in veal calves. ESBLs are enzymes that can break down commonly used antibiotics such as penicillins. This is shown in the annual report NethMap/MARAN 2019, in which various organisations jointly present data on antibiotic use and resistance in the Netherlands, for both humans and animals. In recent years, extra measures have been taken in the Netherlands to combat antibiotic resistance. These measures go further t

Much of our food, including sauerkraut, chocolate and yoghurt, is the product of fermentation: it has already been digested by bacteria, fungi or yeasts. But these micro-organisms can do a lot more than that. Researchers are working in specialized labs on new tempeh, chemicals and biofuel.

Veel van ons voedsel, zoals zuurkool, chocola en yoghurt, komt voort uit fermentatie; het is voorgekauwd door bacteriën, schimmels of gisten. Maar deze micro-organismen kunnen nog veel meer. Onderzoekers werken in gespecialiseerde labs aan nieuwe tempé, chemicaliën en biobrandstof.

RIVM rapport:Wereldwijd neemt het aantal bacteriën die resistent zijn tegen antibiotica toe. In Nederland is dat aantal over het algemeen ongeveer stabiel gebleven. Toch blijft er reden voor zorg en oplettendheid. Zowel bij patiënten van huisartsen als van ziekenhuizen komen bepaalde resistente bacteriën de afgelopen 5 jaar vaker voor, de zogeheten ESBL-producerende darmbacteriën. ESBL zijn enzymen die veelgebruikte antibiotica kunnen afbreken, zoals penicillines. Deze bacteriën kunnen onschuldige infecties zoals een blaasontsteking veroorzaken die door de resistentie moeilijker te behandelen zijn. Ook moet dan vaker gebruik worden gemaakt van soorten antibiotica die alleen als laatste redmiddel worden ingezet. Om resistentie te voorkomen is het belangrijk om antibiotica op de juiste manier te gebruiken en alleen als het nodig is. In de afgelopen jaren schreven huisartsen minder antibioticakuren voor. In ziekenhuizen daarentegen steeg het totale antibioticagebruik in 2016 ten opzichte van het voorgaande jaar. Het totale antibioticagebruik voor dieren was in 2017 per saldo vergelijkbaar met 2016. In sommige diersectoren daalde het gebruik, terwijl het in andere sectoren licht toenam. Antibiotica die belangrijk zijn om infecties bij de mens te behandelen, zijn de afgelopen jaren nauwelijks meer voor dieren ingezet. Zo is het aantal ESBL's verder afgenomen bij bijna alle soorten dieren die voor de voedselproductie worden gebruikt. Een uitzondering daarop zijn vleeskalveren, waar een lichte toename is gezien. Dit blijkt uit de jaarlijkse rapportage NethMap/MARAN 2018. Hierin presenteren diverse organisaties gezamenlijk de gegevens over het antibioticagebruik en -resistentie in Nederland, zowel voor mensen als voor dieren. In de afgelopen twee jaar zijn in Nederland extra maatregelen genomen om antibioticaresistentie te bestrijden. Deze maatregelen reiken verder dan de gezondheidszorg. Resistente bacteriën houden zich immers niet aan landgrenzen en komen ook bij dieren, in voeding en, The number of bacteria that are resistant to antibiotics is increasing worldwide. That number has generally remained fairly stable in the Netherlands. Nevertheless, there is cause for concern and caution. Certain resistant bacteria, the so-called ESBL-producing intestinal bacteria, have become more common among patients of GPs and in hospitals during the past 5 years. ESBL are enzymes that can break down commonly used antibiotics such as penicillins. These bacteria can cause harmless infections, such as bladder infections, that are more difficult to treat because of resistance. Moreover, more frequent use must be made of types of antibiotics that are only used as a last resort. To prevent resistance it is important to use antibiotics properly and only when necessary. In recent years, GPs have been prescribing fewer antibiotics. In hospitals, on the other hand, total antibiotic use increased in 2016 compared to the previous year. On balance, total antibiotic use for animals in 2017 was comparable to 2016. Use declined in some animal sectors, while it increased slightly in other sectors. The antibiotics that are important to humans are only used to a limited extent in the animal sectors. The prevalence of ESBLs has declined further among almost all types of animals used for the food production, with the exception of veal calves where an increase was seen. This is evident from the annual report NethMap/MARAN 2018, in which various organisations jointly present data on antibiotic use and resistance in the Netherlands, both for humans and animals. In the past two years, extra measures have been taken in the Netherlands to combat antibiotic resistance. These measures go beyond healthcare. After all, resistant bacteria do not adhere to land borders and also occur in animals, food and in the environment (One Health). To support this approach, 'regional cooperative networks' were set up in 2017. They have the task of stimulating collaboration between different healthcare pro

Wereldwijd neemt het aantal bacteriën die resistent zijn tegen antibiotica toe. In Nederland is dat aantal over het algemeen ongeveer stabiel gebleven. Toch blijft er reden voor zorg en oplettendheid. Zowel bij patiënten van huisartsen als van ziekenhuizen komen bepaalde resistente bacteriën de afgelopen 5 jaar vaker voor, de zogeheten ESBL-producerende darmbacteriën. ESBL zijn enzymen die veelgebruikte antibiotica kunnen afbreken, zoals penicillines. Deze bacteriën kunnen onschuldige infecties zoals een blaasontsteking veroorzaken die door de resistentie moeilijker te behandelen zijn. Ook moet dan vaker gebruik worden gemaakt van soorten antibiotica die alleen als laatste redmiddel worden ingezet. Om resistentie te voorkomen is het belangrijk om antibiotica op de juiste manier te gebruiken en alleen als het nodig is. In de afgelopen jaren schreven huisartsen minder antibioticakuren voor. In ziekenhuizen daarentegen steeg het totale antibioticagebruik in 2016 ten opzichte van het voorgaande jaar. Het totale antibioticagebruik voor dieren was in 2017 per saldo vergelijkbaar met 2016. In sommige diersectoren daalde het gebruik, terwijl het in andere sectoren licht toenam. Antibiotica die belangrijk zijn om infecties bij de mens te behandelen, zijn de afgelopen jaren nauwelijks meer voor dieren ingezet. Zo is het aantal ESBL's verder afgenomen bij bijna alle soorten dieren die voor de voedselproductie worden gebruikt. Een uitzondering daarop zijn vleeskalveren, waar een lichte toename is gezien. Dit blijkt uit de jaarlijkse rapportage NethMap/MARAN 2018. Hierin presenteren diverse organisaties gezamenlijk de gegevens over het antibioticagebruik en -resistentie in Nederland, zowel voor mensen als voor dieren. In de afgelopen twee jaar zijn in Nederland extra maatregelen genomen om antibioticaresistentie te bestrijden. Deze maatregelen reiken verder dan de gezondheidszorg. Resistente bacteriën houden zich immers niet aan landgrenzen en komen ook bij dieren, in voeding en, The number of bacteria that are resistant to antibiotics is increasing worldwide. That number has generally remained fairly stable in the Netherlands. Nevertheless, there is cause for concern and caution. Certain resistant bacteria, the so-called ESBL-producing intestinal bacteria, have become more common among patients of GPs and in hospitals during the past 5 years. ESBL are enzymes that can break down commonly used antibiotics such as penicillins. These bacteria can cause harmless infections, such as bladder infections, that are more difficult to treat because of resistance. Moreover, more frequent use must be made of types of antibiotics that are only used as a last resort. To prevent resistance it is important to use antibiotics properly and only when necessary. In recent years, GPs have been prescribing fewer antibiotics. In hospitals, on the other hand, total antibiotic use increased in 2016 compared to the previous year. On balance, total antibiotic use for animals in 2017 was comparable to 2016. Use declined in some animal sectors, while it increased slightly in other sectors. The antibiotics that are important to humans are only used to a limited extent in the animal sectors. The prevalence of ESBLs has declined further among almost all types of animals used for the food production, with the exception of veal calves where an increase was seen. This is evident from the annual report NethMap/MARAN 2018, in which various organisations jointly present data on antibiotic use and resistance in the Netherlands, both for humans and animals. In the past two years, extra measures have been taken in the Netherlands to combat antibiotic resistance. These measures go beyond healthcare. After all, resistant bacteria do not adhere to land borders and also occur in animals, food and in the environment (One Health). To support this approach, 'regional cooperative networks' were set up in 2017. They have the task of stimulating collaboration between different healthcare pro

RIVM rapport:Wereldwijd neemt het aantal bacteriën die resistent zijn tegen antibiotica toe. In Nederland is dat aantal over het algemeen ongeveer stabiel gebleven. Toch blijft er reden voor zorg en oplettendheid. Zowel bij patiënten van huisartsen als van ziekenhuizen komen bepaalde resistente bacteriën de afgelopen 5 jaar vaker voor, de zogeheten ESBL-producerende darmbacteriën. ESBL zijn enzymen die veelgebruikte antibiotica kunnen afbreken, zoals penicillines. Deze bacteriën kunnen onschuldige infecties zoals een blaasontsteking veroorzaken die door de resistentie moeilijker te behandelen zijn. Ook moet dan vaker gebruik worden gemaakt van soorten antibiotica die alleen als laatste redmiddel worden ingezet. Om resistentie te voorkomen is het belangrijk om antibiotica op de juiste manier te gebruiken en alleen als het nodig is. In de afgelopen jaren schreven huisartsen minder antibioticakuren voor. In ziekenhuizen daarentegen steeg het totale antibioticagebruik in 2016 ten opzichte van het voorgaande jaar. Het totale antibioticagebruik voor dieren was in 2017 per saldo vergelijkbaar met 2016. In sommige diersectoren daalde het gebruik, terwijl het in andere sectoren licht toenam. Antibiotica die belangrijk zijn om infecties bij de mens te behandelen, zijn de afgelopen jaren nauwelijks meer voor dieren ingezet. Zo is het aantal ESBL's verder afgenomen bij bijna alle soorten dieren die voor de voedselproductie worden gebruikt. Een uitzondering daarop zijn vleeskalveren, waar een lichte toename is gezien. Dit blijkt uit de jaarlijkse rapportage NethMap/MARAN 2018. Hierin presenteren diverse organisaties gezamenlijk de gegevens over het antibioticagebruik en -resistentie in Nederland, zowel voor mensen als voor dieren. In de afgelopen twee jaar zijn in Nederland extra maatregelen genomen om antibioticaresistentie te bestrijden. Deze maatregelen reiken verder dan de gezondheidszorg. Resistente bacteriën houden zich immers niet aan landgrenzen en komen ook bij dieren, in voeding en, The number of bacteria that are resistant to antibiotics is increasing worldwide. That number has generally remained fairly stable in the Netherlands. Nevertheless, there is cause for concern and caution. Certain resistant bacteria, the so-called ESBL-producing intestinal bacteria, have become more common among patients of GPs and in hospitals during the past 5 years. ESBL are enzymes that can break down commonly used antibiotics such as penicillins. These bacteria can cause harmless infections, such as bladder infections, that are more difficult to treat because of resistance. Moreover, more frequent use must be made of types of antibiotics that are only used as a last resort. To prevent resistance it is important to use antibiotics properly and only when necessary. In recent years, GPs have been prescribing fewer antibiotics. In hospitals, on the other hand, total antibiotic use increased in 2016 compared to the previous year. On balance, total antibiotic use for animals in 2017 was comparable to 2016. Use declined in some animal sectors, while it increased slightly in other sectors. The antibiotics that are important to humans are only used to a limited extent in the animal sectors. The prevalence of ESBLs has declined further among almost all types of animals used for the food production, with the exception of veal calves where an increase was seen. This is evident from the annual report NethMap/MARAN 2018, in which various organisations jointly present data on antibiotic use and resistance in the Netherlands, both for humans and animals. In the past two years, extra measures have been taken in the Netherlands to combat antibiotic resistance. These measures go beyond healthcare. After all, resistant bacteria do not adhere to land borders and also occur in animals, food and in the environment (One Health). To support this approach, 'regional cooperative networks' were set up in 2017. They have the task of stimulating collaboration between different healthcare pro

Een deel van de organische stof in het afvalwater wordt door zogenaamde heterotrofe bacteriën met zuurstof geoxideerd tot kooldioxide en water. De energie die hierbij vrijkomt gebruiken de bacteriën om van het andere deel nieuwe biomassa te vormen.

RIVM rapport:Wereldwijd neemt het aantal bacteriën die resistent zijn tegen antibiotica toe. In Nederland is dat aantal over het algemeen ongeveer stabiel gebleven. Toch blijft er reden voor zorg en oplettendheid. Zowel bij patiënten van huisartsen als van ziekenhuizen komen bepaalde resistente bacteriën de afgelopen 5 jaar vaker voor, de zogeheten ESBL-producerende darmbacteriën. ESBL zijn enzymen die veelgebruikte antibiotica kunnen afbreken, zoals penicillines. Deze bacteriën kunnen onschuldige infecties zoals een blaasontsteking veroorzaken die door de resistentie moeilijker te behandelen zijn. Ook moet dan vaker gebruik worden gemaakt van soorten antibiotica die alleen als laatste redmiddel worden ingezet. Om resistentie te voorkomen is het belangrijk om antibiotica op de juiste manier te gebruiken en alleen als het nodig is. In de afgelopen jaren schreven huisartsen minder antibioticakuren voor. In ziekenhuizen daarentegen steeg het totale antibioticagebruik in 2016 ten opzichte van het voorgaande jaar. Het totale antibioticagebruik voor dieren was in 2017 per saldo vergelijkbaar met 2016. In sommige diersectoren daalde het gebruik, terwijl het in andere sectoren licht toenam. Antibiotica die belangrijk zijn om infecties bij de mens te behandelen, zijn de afgelopen jaren nauwelijks meer voor dieren ingezet. Zo is het aantal ESBL's verder afgenomen bij bijna alle soorten dieren die voor de voedselproductie worden gebruikt. Een uitzondering daarop zijn vleeskalveren, waar een lichte toename is gezien. Dit blijkt uit de jaarlijkse rapportage NethMap/MARAN 2018. Hierin presenteren diverse organisaties gezamenlijk de gegevens over het antibioticagebruik en -resistentie in Nederland, zowel voor mensen als voor dieren. In de afgelopen twee jaar zijn in Nederland extra maatregelen genomen om antibioticaresistentie te bestrijden. Deze maatregelen reiken verder dan de gezondheidszorg. Resistente bacteriën houden zich immers niet aan landgrenzen en komen ook bij dieren, in voeding en, The number of bacteria that are resistant to antibiotics is increasing worldwide. That number has generally remained fairly stable in the Netherlands. Nevertheless, there is cause for concern and caution. Certain resistant bacteria, the so-called ESBL-producing intestinal bacteria, have become more common among patients of GPs and in hospitals during the past 5 years. ESBL are enzymes that can break down commonly used antibiotics such as penicillins. These bacteria can cause harmless infections, such as bladder infections, that are more difficult to treat because of resistance. Moreover, more frequent use must be made of types of antibiotics that are only used as a last resort. To prevent resistance it is important to use antibiotics properly and only when necessary. In recent years, GPs have been prescribing fewer antibiotics. In hospitals, on the other hand, total antibiotic use increased in 2016 compared to the previous year. On balance, total antibiotic use for animals in 2017 was comparable to 2016. Use declined in some animal sectors, while it increased slightly in other sectors. The antibiotics that are important to humans are only used to a limited extent in the animal sectors. The prevalence of ESBLs has declined further among almost all types of animals used for the food production, with the exception of veal calves where an increase was seen. This is evident from the annual report NethMap/MARAN 2018, in which various organisations jointly present data on antibiotic use and resistance in the Netherlands, both for humans and animals. In the past two years, extra measures have been taken in the Netherlands to combat antibiotic resistance. These measures go beyond healthcare. After all, resistant bacteria do not adhere to land borders and also occur in animals, food and in the environment (One Health). To support this approach, 'regional cooperative networks' were set up in 2017. They have the task of stimulating collaboration between different healthcare pro

Fossil fuels, including oil, natural gas, and coal are primary energy sources and account for 86% of the world’s energy consumption. These fossil fuels are also used as a feedstock for the production of chemicals and materials. It took millions of years to form these fuels from biomass and their consumption is therefore considered non-renewable. At a certain moment the reserves of these fossil resources will be depleted and prior to that moment mining for bulk use will be economically unfeasible. Beside the finite reserves there are also many negative effects on the environment. These include the pollution of the environment and global warming. It is generally considered that global warming is caused by the release of greenhouse gasses, such as CH4, NOx, water vapour and CO2 into the atmosphere. Alternative resources for the generation of heat and power can be formed by geothermal, water, wind, and solar energy. However, these resources do not form an alternative for the production of chemicals and materials since this requires (chemical) building blocks.Biomass can form a suitable alternative resource for the formation of these building blocks. Biomass in its pure form is complex and can in most instances not directly be used for the production of renewable compounds. Just like fossil fuels it should be processed or biorefined to obtain building blocks for chemicals and materials. In the biorefining process all the non-food fractions such as the oils, gums, carbohydrates, proteins, and lignin should be used for their most energetically favourable applications.Nitrogen containing molecules are used in many chemical applications like the production of nylon, polyurethane and acrylonitrile. Naphtha does not comprise nitrogen-containing molecules and they have to be synthesised by binding nitrogen derived from air, a very energy intensive process. Forty percent of the integral cost price of nitrogen containing chemicals from fossil resources is formed by the energy and

Onderzoekers van de leerstoelgroep Milieutechnologie hebben drie kansrijke methoden geselecteerd om medicijnresten te verwijderen uit afvalwater.

Sea sponges are the tropical forest of the oceans looking at the amount of organisms that are discovered to be useful in medicine. Sponges are present at the soil of the sea and are there for quite some time now. Only a few animal species are able to digest sponges. This is because of a range of toxins the sponges produce to keep them safe from harm. It is discovered that some of those toxins can be used in medicine against cancer and other diseases. Actually, the sponges are not the ones making the toxins...

Bacteriën zijn de kleinste levende organismen op aarde. Zij waren de eerste bewoners van onze planeet en hebben de milieuomstandigheden gemaakt zoals wij die nu kennen en die ons in staat stellen om te leven. Door hun enorme aantallen en ongelooflijke diversiteit spelen zij een beslissende rol bij het voortbestaan van de mens. Daarnaast kunnen bacteriën zowel bruikbaar als ook schadelijk voor ons zijn.

´If you don’t like bacteria, you are on the wrong planet´ is een citaat van de Amerikaanse schrijver en ecoloog Stewart Brand. Als je niet van bacteriën houdt, zit je op de verkeerde planeet. Een mooie uitspraak, maar ik kan me voorstellen dat je de wenkbrauwen even fronst. Toch is het niet alleen maar een grappige uitspraak, het is ook nog eens héél erg waar. Hoogleraar Microbiologie aan de Radboud Universiteit in Nijmegen en Spinozaprijswinnaar Prof. Mike Jetten zegt het ook vaak: we leven op een microbiële planeet, maar liefst 50 procent van alle (!) biomassa op aarde bestaat uit bacteriën en schimmels. Bacteriën zijn er al veel langer dan wij. De aarde bestaat ongeveer 4,3 miljard jaar en de eerste bacteriën waren er al na zo’n driekwart miljard jaar.

RIVM rapport:The number of bacteria that are resistant to antimicrobials is increasing worldwide. In the Netherlands, the number of resistant bacteria that can cause infections in humans has remained broadly stable. Nevertheless there is cause for concern and caution. Compared to 2015, in 2016 more 'outbreaks' in healthcare institutions of bacteria that are resistant to last-resort antimicrobials were reported. There is a chance that these bacteria will become more and more common. Although healthy people are not affected, these bacteria can make vulnerable people very sick. If more and more bacteria become resistant to antimicrobials, the treatment options will eventually become limited and it will also become more difficult to treat less serious conditions such as urinary tract infections. The more antimicrobials are used, the greater the chance that bacteria will develop resistance. In 2016, general practitioners wrote approximately two percent fewer prescriptions for antimicrobials than in 2015. The total use of antimicrobials in Dutch hospitals remained stable in 2015, compared to an increase in antimicrobial use in the previous year. The use of antimicrobials for animals decreased further in 2016 compared to 2015, but has been decreasing more slowly in recent years than it did previously. The degree of bacterial resistance in animals also decreased further. This is shown in the annual NethMap/MARAN 2017 report, in which various organisations present their data on antimicrobial use and resistance in the Netherlands, for humans as well as animals. Firstly, to combat resistance, it is important to base the choice to prescribe antimicrobials on the individual patient and the infection concerned. Secondly, it is important that it quickly becomes clear when resistant bacteria are involved and that proper tests are used to determine this. Thirdly, it is important that healthcare providers carefully follow existing hygiene procedures, such as handwashing, in order to prevent resis, Wereldwijd neemt het aantal bacteriën die resistent zijn tegen antibiotica toe. In Nederland is het aantal resistente bacteriën die bij mensen infecties kunnen veroorzaken, ongeveer stabiel gebleven. Toch blijft er reden voor zorg en oplettendheid. In 2016 zijn er ten opzichte van 2015 meer 'uitbraken' in zorginstellingen gemeld van bacteriën die resistent zijn tegen de antibiotica die als laatste redmiddel worden gebruikt. De kans bestaat dat deze bacteriën nog vaker gaan voorkomen. Gezonde mensen hebben daar geen last van, maar kwetsbare mensen kunnen er ziek van worden. Als steeds meer bacteriën resistent worden tegen antibiotica, worden de behandelmogelijkheden op den duur beperkt en wordt het moeilijker om ook onschuldige kwalen als een blaasontsteking te kunnen behandelen. Hoe meer antibiotica worden gebruikt, hoe groter de kans dat bacteriën resistent worden. In 2016 hebben huisartsen ongeveer 2 procent minder antibioticakuren voorgeschreven dan in 2015. In Nederlandse ziekenhuizen is het totale gebruik in 2015 stabiel gebleven, in tegenstelling tot een stijging van antibioticagebruik in het jaar ervoor. Het gebruik van antibiotica voor dieren is in 2016 verder gedaald ten opzichte van 2015, maar neemt de laatste jaren minder snel af dan daarvoor. De mate waarin resistente bacteriën bij dieren voorkomen bleek ook verder te zijn afgenomen. Dit blijkt uit de jaarlijkse rapportage NethMap/MARAN 2017, waarin diverse organisaties de gegevens over het antibioticagebruik en -resistentie in Nederland, zowel voor mensen als voor dieren, gezamenlijk presenteren. Om resistentie tegen te gaan is het van belang de keuze om antibiotica voor te schrijven af te stemmen op de individuele patiënt en de infectie. Ten tweede is het belangrijk dat snel duidelijk wordt wanneer er sprake is van resistente bacteriën en dat goede tests worden gebruikt om dat te bepalen. Ten derde is het van belang dat zorgverleners zorgvuldig de bestaande (hygiëne)maatregelen, zoals handen wassen, na

The number of bacteria that are resistant to antimicrobials is increasing worldwide. In the Netherlands, the number of resistant bacteria that can cause infections in humans has remained broadly stable. Nevertheless there is cause for concern and caution. Compared to 2015, in 2016 more 'outbreaks' in healthcare institutions of bacteria that are resistant to last-resort antimicrobials were reported. There is a chance that these bacteria will become more and more common. Although healthy people are not affected, these bacteria can make vulnerable people very sick. If more and more bacteria become resistant to antimicrobials, the treatment options will eventually become limited and it will also become more difficult to treat less serious conditions such as urinary tract infections. The more antimicrobials are used, the greater the chance that bacteria will develop resistance. In 2016, general practitioners wrote approximately two percent fewer prescriptions for antimicrobials than in 2015. The total use of antimicrobials in Dutch hospitals remained stable in 2015, compared to an increase in antimicrobial use in the previous year. The use of antimicrobials for animals decreased further in 2016 compared to 2015, but has been decreasing more slowly in recent years than it did previously. The degree of bacterial resistance in animals also decreased further. This is shown in the annual NethMap/MARAN 2017 report, in which various organisations present their data on antimicrobial use and resistance in the Netherlands, for humans as well as animals. Firstly, to combat resistance, it is important to base the choice to prescribe antimicrobials on the individual patient and the infection concerned. Secondly, it is important that it quickly becomes clear when resistant bacteria are involved and that proper tests are used to determine this. Thirdly, it is important that healthcare providers carefully follow existing hygiene procedures, such as handwashing, in order to prevent resis, Wereldwijd neemt het aantal bacteriën die resistent zijn tegen antibiotica toe. In Nederland is het aantal resistente bacteriën die bij mensen infecties kunnen veroorzaken, ongeveer stabiel gebleven. Toch blijft er reden voor zorg en oplettendheid. In 2016 zijn er ten opzichte van 2015 meer 'uitbraken' in zorginstellingen gemeld van bacteriën die resistent zijn tegen de antibiotica die als laatste redmiddel worden gebruikt. De kans bestaat dat deze bacteriën nog vaker gaan voorkomen. Gezonde mensen hebben daar geen last van, maar kwetsbare mensen kunnen er ziek van worden. Als steeds meer bacteriën resistent worden tegen antibiotica, worden de behandelmogelijkheden op den duur beperkt en wordt het moeilijker om ook onschuldige kwalen als een blaasontsteking te kunnen behandelen. Hoe meer antibiotica worden gebruikt, hoe groter de kans dat bacteriën resistent worden. In 2016 hebben huisartsen ongeveer 2 procent minder antibioticakuren voorgeschreven dan in 2015. In Nederlandse ziekenhuizen is het totale gebruik in 2015 stabiel gebleven, in tegenstelling tot een stijging van antibioticagebruik in het jaar ervoor. Het gebruik van antibiotica voor dieren is in 2016 verder gedaald ten opzichte van 2015, maar neemt de laatste jaren minder snel af dan daarvoor. De mate waarin resistente bacteriën bij dieren voorkomen bleek ook verder te zijn afgenomen. Dit blijkt uit de jaarlijkse rapportage NethMap/MARAN 2017, waarin diverse organisaties de gegevens over het antibioticagebruik en -resistentie in Nederland, zowel voor mensen als voor dieren, gezamenlijk presenteren. Om resistentie tegen te gaan is het van belang de keuze om antibiotica voor te schrijven af te stemmen op de individuele patiënt en de infectie. Ten tweede is het belangrijk dat snel duidelijk wordt wanneer er sprake is van resistente bacteriën en dat goede tests worden gebruikt om dat te bepalen. Ten derde is het van belang dat zorgverleners zorgvuldig de bestaande (hygiëne)maatregelen, zoals handen wassen, na

RIVM rapport:The number of bacteria that are resistant to antimicrobials is increasing worldwide. In the Netherlands, the number of resistant bacteria that can cause infections in humans has remained broadly stable. Nevertheless there is cause for concern and caution. Compared to 2015, in 2016 more 'outbreaks' in healthcare institutions of bacteria that are resistant to last-resort antimicrobials were reported. There is a chance that these bacteria will become more and more common. Although healthy people are not affected, these bacteria can make vulnerable people very sick. If more and more bacteria become resistant to antimicrobials, the treatment options will eventually become limited and it will also become more difficult to treat less serious conditions such as urinary tract infections. The more antimicrobials are used, the greater the chance that bacteria will develop resistance. In 2016, general practitioners wrote approximately two percent fewer prescriptions for antimicrobials than in 2015. The total use of antimicrobials in Dutch hospitals remained stable in 2015, compared to an increase in antimicrobial use in the previous year. The use of antimicrobials for animals decreased further in 2016 compared to 2015, but has been decreasing more slowly in recent years than it did previously. The degree of bacterial resistance in animals also decreased further. This is shown in the annual NethMap/MARAN 2017 report, in which various organisations present their data on antimicrobial use and resistance in the Netherlands, for humans as well as animals. Firstly, to combat resistance, it is important to base the choice to prescribe antimicrobials on the individual patient and the infection concerned. Secondly, it is important that it quickly becomes clear when resistant bacteria are involved and that proper tests are used to determine this. Thirdly, it is important that healthcare providers carefully follow existing hygiene procedures, such as handwashing, in order to prevent resis, Wereldwijd neemt het aantal bacteriën die resistent zijn tegen antibiotica toe. In Nederland is het aantal resistente bacteriën die bij mensen infecties kunnen veroorzaken, ongeveer stabiel gebleven. Toch blijft er reden voor zorg en oplettendheid. In 2016 zijn er ten opzichte van 2015 meer 'uitbraken' in zorginstellingen gemeld van bacteriën die resistent zijn tegen de antibiotica die als laatste redmiddel worden gebruikt. De kans bestaat dat deze bacteriën nog vaker gaan voorkomen. Gezonde mensen hebben daar geen last van, maar kwetsbare mensen kunnen er ziek van worden. Als steeds meer bacteriën resistent worden tegen antibiotica, worden de behandelmogelijkheden op den duur beperkt en wordt het moeilijker om ook onschuldige kwalen als een blaasontsteking te kunnen behandelen. Hoe meer antibiotica worden gebruikt, hoe groter de kans dat bacteriën resistent worden. In 2016 hebben huisartsen ongeveer 2 procent minder antibioticakuren voorgeschreven dan in 2015. In Nederlandse ziekenhuizen is het totale gebruik in 2015 stabiel gebleven, in tegenstelling tot een stijging van antibioticagebruik in het jaar ervoor. Het gebruik van antibiotica voor dieren is in 2016 verder gedaald ten opzichte van 2015, maar neemt de laatste jaren minder snel af dan daarvoor. De mate waarin resistente bacteriën bij dieren voorkomen bleek ook verder te zijn afgenomen. Dit blijkt uit de jaarlijkse rapportage NethMap/MARAN 2017, waarin diverse organisaties de gegevens over het antibioticagebruik en -resistentie in Nederland, zowel voor mensen als voor dieren, gezamenlijk presenteren. Om resistentie tegen te gaan is het van belang de keuze om antibiotica voor te schrijven af te stemmen op de individuele patiënt en de infectie. Ten tweede is het belangrijk dat snel duidelijk wordt wanneer er sprake is van resistente bacteriën en dat goede tests worden gebruikt om dat te bepalen. Ten derde is het van belang dat zorgverleners zorgvuldig de bestaande (hygiëne)maatregelen, zoals handen wassen, na

RIVM rapport:The number of bacteria that are resistant to antimicrobials is increasing worldwide. In the Netherlands, the number of resistant bacteria that can cause infections in humans has remained broadly stable. Nevertheless there is cause for concern and caution. Compared to 2015, in 2016 more 'outbreaks' in healthcare institutions of bacteria that are resistant to last-resort antimicrobials were reported. There is a chance that these bacteria will become more and more common. Although healthy people are not affected, these bacteria can make vulnerable people very sick. If more and more bacteria become resistant to antimicrobials, the treatment options will eventually become limited and it will also become more difficult to treat less serious conditions such as urinary tract infections. The more antimicrobials are used, the greater the chance that bacteria will develop resistance. In 2016, general practitioners wrote approximately two percent fewer prescriptions for antimicrobials than in 2015. The total use of antimicrobials in Dutch hospitals remained stable in 2015, compared to an increase in antimicrobial use in the previous year. The use of antimicrobials for animals decreased further in 2016 compared to 2015, but has been decreasing more slowly in recent years than it did previously. The degree of bacterial resistance in animals also decreased further. This is shown in the annual NethMap/MARAN 2017 report, in which various organisations present their data on antimicrobial use and resistance in the Netherlands, for humans as well as animals. Firstly, to combat resistance, it is important to base the choice to prescribe antimicrobials on the individual patient and the infection concerned. Secondly, it is important that it quickly becomes clear when resistant bacteria are involved and that proper tests are used to determine this. Thirdly, it is important that healthcare providers carefully follow existing hygiene procedures, such as handwashing, in order to prevent resis, Wereldwijd neemt het aantal bacteriën die resistent zijn tegen antibiotica toe. In Nederland is het aantal resistente bacteriën die bij mensen infecties kunnen veroorzaken, ongeveer stabiel gebleven. Toch blijft er reden voor zorg en oplettendheid. In 2016 zijn er ten opzichte van 2015 meer 'uitbraken' in zorginstellingen gemeld van bacteriën die resistent zijn tegen de antibiotica die als laatste redmiddel worden gebruikt. De kans bestaat dat deze bacteriën nog vaker gaan voorkomen. Gezonde mensen hebben daar geen last van, maar kwetsbare mensen kunnen er ziek van worden. Als steeds meer bacteriën resistent worden tegen antibiotica, worden de behandelmogelijkheden op den duur beperkt en wordt het moeilijker om ook onschuldige kwalen als een blaasontsteking te kunnen behandelen. Hoe meer antibiotica worden gebruikt, hoe groter de kans dat bacteriën resistent worden. In 2016 hebben huisartsen ongeveer 2 procent minder antibioticakuren voorgeschreven dan in 2015. In Nederlandse ziekenhuizen is het totale gebruik in 2015 stabiel gebleven, in tegenstelling tot een stijging van antibioticagebruik in het jaar ervoor. Het gebruik van antibiotica voor dieren is in 2016 verder gedaald ten opzichte van 2015, maar neemt de laatste jaren minder snel af dan daarvoor. De mate waarin resistente bacteriën bij dieren voorkomen bleek ook verder te zijn afgenomen. Dit blijkt uit de jaarlijkse rapportage NethMap/MARAN 2017, waarin diverse organisaties de gegevens over het antibioticagebruik en -resistentie in Nederland, zowel voor mensen als voor dieren, gezamenlijk presenteren. Om resistentie tegen te gaan is het van belang de keuze om antibiotica voor te schrijven af te stemmen op de individuele patiënt en de infectie. Ten tweede is het belangrijk dat snel duidelijk wordt wanneer er sprake is van resistente bacteriën en dat goede tests worden gebruikt om dat te bepalen. Ten derde is het van belang dat zorgverleners zorgvuldig de bestaande (hygiëne)maatregelen, zoals handen wassen, na

Sulfur cycle is one of the main geochemical cycles on Earth. Oxidation and reduction reactions of sulfur are mostly biotic and performed by microorganisms. In anaerobic conditions – marine and some freshwater systems, dissimilatory sulfur- and sulfate-reducing bacteria and archaea are key players in the decomposition of organic carbon releasing sulfide as the product of their metabolism. Sulfide can then be used as terminal reductant by anoxygenic photosynthetic microorganisms or it can be used as electron donor for aerobic or nitrate-reducing bacteria, etc. One particular case of the sulfur cycle is the naturally occurring oxidation of metallic sulfide-ores, which produce sulfur-rich waters with low pH and high heavy metals content. Extremophilic sulfur-reducing microorganisms are of scientific and technological interest. They are abundant in natural conditions in extreme environments, so they are environmentally relevant. Although hydrogen sulfide is corrosive and odorous, its production can be beneficial for industrial activities such as the precipitation and recovery of heavy metals. Therefore, sulfur reducers have also potential for extending the range of operating conditions of metal precipitation. This thesis describes the isolation and characterization of acidotolerant sulfur-reducing bacteria, providing a first understanding on their metabolism of sulfur compounds and insights on the beneficial microbial interactions for biotechnological purposes. In Chapter 2, the ecology and physiology of sulfur-reducing prokaryotes is investigated. The ability of sulfur reduction is wide-spread phylogenetically over the microbial tree of life, found in more than 70 genera. Elemental sulfur reduction can occur via direct cell attachment to the solid substrate or with polysulfide as an intermediate. At least four different enzymes are described to be involved in sulfur reduction pathways, and these enzymes were also detected in several microorganisms that are potential sul

The research of Bacterial Cell Factories aims to apply bacteria for production of biobased chemicals from renewable resources. The focus lies on thermophilic Gram-positives. This group of relatively unexplored thermophiles has many relevant characteristics that make them attractive as production organism for green chemicals. Development of genetic tools is a requirement for high-throughput engineering. The scientific challenge lies in exploring and exploiting the microbial physiology of the selected production organisms, involving an integrated approach of various disciplines. Successful development of such Bacterial Cell Factories is crucial for establishing the biobased economy.

Microalgae are photosynthetic organisms that are found worldwide in many different aquatic environments and therefore display an immense biological diversity. They are a promising source of many useful polymers that have industrial applications such as food, fuel, material and pharmaceutical. One microalga that has gathered quite a research community is Botryococcus braunii. The reason for its scientific club is the fact it can synthetize long chain hydrocarbons molecules from C20 to C40. These hydrocarbons have been found in oil-shales and tests show that it can be used as aviation fuel. Besides producing hydrocarbons, some strains of B. braunii can produce exopolysaccharides (EPS) composed mainly of galactose and a small fraction of fucose. The EPS has interesting rheological properties for the food industry and potential active compounds that could be used in the pharmaceutical industry . Like many other microorganisms, microalgae in the natural environment are usually in the presence of bacteria. The presence of bacteria with microalgae can either have a beneficial or an antagonistic effect. For B. braunii little is known about the bacteria community present especially for the EPS producing strain. For that reason, the aim of this thesis was to investigate B. braunii’s associated bacteria with the aim of improving B. braunii’s biomass growth and hydrocarbon and EPS content. In chapter one, we introduced the topic of microalgae as a potential source of sustainable polymers and we introduced the species B. braunii, describing its characteristics and scientific interest. It is also introduced the topic of microalgae and bacteria associations by looking at other studies from literature. In chapter two, 16 publically available strains of B. braunii were ordered in culture banks and screened for biomass productivity, hydrocarbon and total carbohydrate content. The aim of the study was to identify one or more good strains that displayed high biomass productivity as wel

Host-pathogen interactions are among the most prevalent and evolutionary important interactions known today. The predation of prokaryotes by their viruses is happening on an especially large scale and had a major influence on the evolutionary history of prokaryotes. Since most viruses are lytic at some point in their life-cycle, there is a high selection pressure for prokaryotes to develop defense mechanisms. As described in Chapter 1, the CRISPR-Cas system is a relatively recently discovered defense system and is also the first adaptive defense system discovered in prokaryotes. CRISPR-Cas systems are widespread, occurring in the majority of archaea and also a considerable fraction of bacteria. This diversity is also reflected in the diversity of different types of CRISPR-Cas systems, currently being divided into 6 major types with a large number of subtypes. The type I-E system of Escherichia coli is a well-studied model system and of high relevance, since it is a major subtype of type I systems which make up around 50 % of all discovered CRISPR-Cas systems. CRISPR-Cas systems basically comprise the CRISPR array, made up of repeats and foreign derived spacers, and a set of cas genes. Immunity is commonly divided into three functional stages, adaptation, expression and interference. Adaptation is the acquisition of new spacers from the foreign nucleic acid and its incorporation into the CRISPR array. During expression, the CRISPR array is transcribed, processed and assembled with Cas proteins into CRISPR RNA (crRNA) guided ribonucleoprotein complexes (crRNP). Interference is the detection, binding and destruction of foreign nucleic acids by the crRNP and in type I systems the Cas3 nuclease. The type I-E system contains another function, called primed adaptation. Primed adaptation is a more rapid and efficient version of regular (naïve) adaptation. In addition to the adaptation machinery, primed adaptation also requires the interference machinery. Chapter 2 describes

Consumption of water that is contaminated with pathogens still causes high numbers of death and disease. Understanding the factors that influence the dynamic distribution of waterborne pathogens is important, as this will help understanding improvements and possible solutions. Such understanding is particularly important in a developing country like Bangladesh, where large proportions of the population often have little or no access to clean water. Despite the high relevance for public health, few studies currently exists on the fate and transport of pathogens and the so-called Faecal Indicator Bacteria (FIB, e.g. E. coli, enterococci) in (sub)tropical systems. FIB are susceptible to shifts in water flow and quality. The predicted increases in rainfall and floods due to climate change will exacerbate the faecal contamination scenarios. This could be further compounded by the rapid change in socio-economic conditions (population growth, urbanization, sanitation and agricultural management) in the developing countries. Therefore, to reduce future health risks, understanding the influence of changes in socio-economic conditions and climate on microbial dynamics is important. Very few studies have quantified the relationship between the waterborne pathogens/FIB concentrations and climate and socio-economic changes. In this study a process-based model was developed and a scenario analysis was performed based on the new combined climate and socio-economic changes scenarios, to assess the present and future river hydrodynamics, FIB sources, die-off processes and concentrations. We used FIB, because measuring FIB are cheaper than pathogens. FIB are usually not pathogenic but their presence indicates the likely presence of waterborne pathogens. These pathogens are expected to respond to climate change in a comparable way to FIB. The present study is based on the Betna River basin in southwestern Bangladesh, where faecal contamination is not monitored and very little knowledg

Video over micro-organismen in de biobased economy

Veel van ons voedsel – zuurkool, chocola, yoghurt – is al voorgekauwd door bacteriën, schimmels of gisten. Maar deze microorganismen kunnen nog veel meer. Zo werken WUR-onderzoekers in gespecialiseerde fermentatielabs aan natuurlijke vervangers van E-nummers, bouwstenen voor plastic en biobrandstof.

Op basis van internationaal literatuuronderzoek blijken er interessante kansen voor toepassing van microalgen producten in landbouwgewassen te zijn. In dit rapport worden zowel groene algen als cyanobacteriën gedefinieerd als microalgen. Stoffen uit microalgen (met name uit cyanobacteriën) blijken in diverse onderzoeken uit de literatuur een goede bestrijding te geven van verschillende schimmels en aaltjes die in landbouwgewassen schade aanrichten. Verder is er (buiten de landbouw) insecticide-, molluscicide-, herbicide- en algacidewerking met stoffen uit cyanobacteriën aangetoond. In Nederland zijn zeewier- en algenextracten krachtens de Verordening gewasbescherming als werkzame stof goedgekeurd voor de groeiregulatie van planten. Het gebruik als bodemverbeteraar of als plantenstimulator is vooralsnog veel minder gereguleerd dan als gewasbeschermingsmiddel. Om de kansen met microalgen te benutten zou er verder geïnvesteerd moeten worden in onderzoek. Het zou duidelijk moeten worden welke werkzame stoffen uit micro algen of welke algenpreparaten andere organismen bestrijden, in welke formulering en met welke dosering. De bestrijdende, bemestende, bodem verbeterende, plantweerstand verhogende en milieueffecten van algentoepassingen zouden vergeleken moeten worden met conventionele methoden.

Within this project, two new methods of the control of pathogens were investigated. New methods are: a. use of local bacteria that are isolated from soils or growing substrates; and b. bacteria that are present within the plant. By using local antagonists, already present in growing substrates or within plants in the greenhouse, the chance is higher that antagonist can be successfully used against local pathogens. Bacteria that were isolated from soil of growers were assessed on their antagonistic potential in lab trials against Pythium ultimum, Meloidogyne spp. and Rhizobium rhizogenes and Fusarium solani and F. oxysporum. Finally, the effect of antagonists against Pythium and Meloidogyne was evaluated in pot trials in the greenhouse. All antagonists diminished brown colourization symptoms in stems caused by Pythium. Alcaligenues sp., Bacillus sp. en two unidentified species diminished root damage and Alcaligenues sp. as well as Bacillus also reduced also the number of offspring of Meloidogyne spp. within the roots. The use of local microorganisms offers a sustainable-, new solution to control pathogens. In this study, it was shown that Proteinase inhibitor 2 (PINII), Glucanase (LeGluB) and Chitinase (LeChi3) can be used in tomato to investigate the influence of antagonists or endophytes on the plant defence., Binnen dit project worden twee nieuwe methoden van plantversterking tegen ziekten en plagen onderzocht: a. het gebruik van bacteriën die al op het bedrijf aanwezig zijn; en b. bacteriën die in de plant aanwezig zijn. Door het gebruik van bacteriën uit de plant of teelt substraat is de kans groter dat antagonisten succesvol ingezet kunnen worden. Bacteriën werden in vitro getoetst tegen Pythium ultimum uit chrysant, tegen het wortelknobbelaaltje Meloidogyne incognita en tegen de schadelijke bacterie Rhizobium rhizogenes uit tomaat en tegen Fusarium solani en F. oxysporum uit Amaryllis. Vervolgens werden antagonisten van Pythium en Meloidogyne getoetst in potproeven met grond afkomstig van de glastuinbouw bedrijven. Alle isolaten verminderde de bruin-verkleuring symptomen van Pythium in de stengel van chrysant. Alcaligenues sp., Bacillus sp. en twee niet-geïdentificeerde soorten gaven een onderdrukking van de wortelschade van Meloidogyne spp. terwijl Alcaligenues sp. en Bacillus sp. ook een vermindering gaf van het aantal nakomelingen. De inzet van lokaal micro-leven tegen ziekten en plagen biedt een duurzame-, en nieuwe oplossing voor de verkleining van het beschikbare middelenpakket. Uit de studie blijkt dat Proteïnase remmer 2 (PINII), Glucanase (LeGluB) en Chitinase (LeChi3) gebruikt kunnen worden als merkers in tomaat voor onderzoek naar het effect van antagonisten en endofieten op de plantafweer.

The increasing prevalence of antibiotic resistance in pathogenic bacteria and the potential future implications for human and animal morbidity and mortality, health-care costs and economic losses pose an urgent worldwide problem. As a result, exploration of alternative strategies to combat antibiotic resistant bacteria have intensified over the last decades. The work described in this thesis focused on the study of naturally occurring antimicrobial peptides (AMPs) and other bioactive molecules produced by bacteria as potential alternatives to prevent or treat infections with pathogenic bacteria. A large part of the thesis aimed to increase knowledge about the role of the microbiota (the collection of microbes present at a certain location of the body) of the oral cavity or small intestine in the abundance of Streptococcus suis, a pathogenic bacteria that mostly causes disease in young pigs. We identified commensal bacteria that displayed strong and selective antagonism against this S. suis. Several bacteria that showed strong growth inhibition of S. suis in the lab through the production of AMPs were isolated and characterised. This thesis increased the understanding of the role of host- and microbiota-derived biologically active small molecules in microbe-microbe and microbe-host interplay. Such knowledge may contribute to the development of novel therapeutic solutions to treat antibiotic resistant bacteria, such as beneficial microbial communities (i.e. next-generation probiotics) or biotechnological applications of natural or modified AMPs.

Fibrillar structures are important structuring elements for food products. Understanding the behaviour of fibrillar structures in complex food systems is essential for successful industrial applications. This thesis presents the behaviour of two different fibrillar structures, i.e. whey protein isolate (WPI) fibrils and bacterial cellulose (BC) microfibrils in mixtures under various conditions. The WPI fibrils are prepared from WPI and the BC microfibrils are extracted from commercial available ‘Nata de Coco’ by high-energy de-agglomeration. In Chapter 1, a general introduction is given, where we introduce two different fibrillar structures that were studied in this thesis. Also, the aim and the outline of the thesis are presented. In Chapter 2, 3, 4 and 5, the behaviour of mixtures containing WPI and BC microfibrils under different conditions are investigated. By varying the concentration ratios, pH, NaCl concentration and further applying heating treatment, their physico-chemical properties in mixed solutions, mixed solutions after heating and further heat-induced mixed gels are investigated and characterized at both pH 2 and pH 7. In general, both mixing WPI and BC microfibrils without heating and subsequently applying heating treatment lead to stable and homogeneous mixtures at pH 7, as long as BC microfibril concentration is above a critical value. Microscopic images showed that the WPI aggregates and BC microfibrils co-existed in the system. WPI denatured and aggregated in the mixture in the same way as when it is heated alone. Upon gelation, the WPI and BC microfibrils form a duplex gel consisting of two independent and homogeneous networks spanning the whole system. At pH 2, the WPI and BC microfibrils also form stable and homogeneous mixtures in the liquid state, both before and after heating. Microscopic images showed two fibrillar structures that are uniformly and independently present. Upon gelation at higher WPI concentration, a bi-fibrillar gel is form

Organohalide-respiring bacteria (OHRB) are able to breathe natural and anthropogenically produced organohalides persistent in a broad range of oxygen-depleted environments. Therefore, these microorganisms are of high interest for organohalide-contaminated site bioremediation and natural halogen and carbon cycle. Nevertheless, to assess and adjust in situ bioremediation strategies and to enhance current understanding about the role of OHRB in natural habitats, thorough understanding of their ecophysiology and interaction with surrounding biotic and abiotic forces is necessary. To this end, this thesis focused on exploring ecophysiology and environmental distribution of OHRB in pristine and contaminated sites and unraveling their interactions with the co-existing microbial guilds in the community and geochemical parameters by application of a suite of physiological, molecular and geochemical analyses. Based on a comprehensive overview of currently known organohalide-respiring isolates and their environmental distribution, the presence of yet unknown OHRB in extreme environments was proposed as the known organohalide-respiring isolates survive/thrive at a moderate range of pH and salinity in laboratory culture. Therefore, the OHRB were surveyed in alkaline and hypersaline sediments collected from Lake Strawbridge, Western Australia, that was known to emit organohalides. As a result, for the first time, the dechlorination of chloroform and perchloroethene (PCE) to dichloromethane and trichloroethene, respectively， was documented from an alkaline hypersaline pristine environment. Corrinoids are essential cofactors for the activity of reductive dehalogenase enzymes. Ironically, some OHRB are reported to be corrinoid auxotrophs. Using transcriptional analysis and shotgun proteomics, here we show corrinoid auxotrophy in Dehalobacter restrictus PER-K23T. This detrimental deficiency seems to be compensated by up-regulation of relevant cobalamin salvaging and transport pathway

Slangen, schildpadden en andere reptielen zijn van nature vrij ongevoelig voor infecties met bacteriën. Voor mensen vormen bacteriële infecties echter nog altijd een groot probleem. Aan de Universiteit Utrecht wordt onderzoek gedaan rondom de vraag: wat zijn de mechanismen waarmee reptielen zich beschermen tegen bacteriën en wat kunnen wij daarvan leren in onze eigen strijd met ziekmakende micro-organismen? Bacterial infections are still a major threat to human health. Reptiles, however, appear to be relatively insensitive to infections caused by bacteria. It is presumed that reptiles have an extraordinary immune system that protects the animals from harmful bacteria. At the University of Utrecht in the Netherlands, research is being carried out into the molecular mechanisms of the reptile immune system to try to understand how these animals protect themselves. This may lead to discoveries that can be of use in our battle against harmful bacteria.

Plants are just like people. The fitter they are, the more resistant they are to diseases. But how do you create such a fit crop? According to the experts it begins at the roots, the heart of the plant. In recent years more attention has been paid to strengthening the root environment. Good bacteria and fungi in the slab help the plant itself to fight disease. This makes chemical products completely or partly superfluous. Tomato grower Geert Koot of Gebr. Koot, of Poeldijk, the Netherlands, became open to ‘another way of thinking’ with positive results.