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The healthy function of the gastrointestinal system is influenced by changes in the microbiota and the adaptability of the host to different habitat conditions and food availability. We isolated and identified 64 bacterial morphospecies from rectal swabs from five captive black howler monkeys (CM) and 15 wild individuals (WM) from groups living in fragments with different compositions and vegetation structures (height, density, canopy width) in flooded and non-flooded areas. Low microbial diversity in CM and WM from the flooded area was observed while in WM from the non-flooded area, there was a higher microbial diversity and evenness. Free-ranging monkeys from different areas showed a significant difference in the replacement of morphospecies of gut microbiota (p = 0.0006); however, the bacterial communities are not differentiated as particular entities. The intestinal microbial community can be an indicator of howler monkeys' health and habitat quality. The change in the composition of the plant community into small landscape scales, as well as fragmentation and natural heterogeneity of the landscape, can affect the intestinal microbial community of howler monkeys. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Los estudios de mixomicetes en ecosistemas de manglar no son comunes; principalmente se han llevado a cabo en Brasil. En esta investigación, se realizó el primer muestreo de mixomicetes asociados a dos especies de plantas de manglar en El Salvador, y por extensión, en Centroamérica. Para ello, se recolectó material vegetal en descomposición en el campo y se aislaron los microorganismos con la técnica de cámara húmeda. Con un esfuerzo de 60 muestras de campo, se registraron 17 especies de mixomicetes, de las cuales 11 no habían sido previamente comunicadas para los ecosistemas de manglar a nivel mundial según la literatura revisada. Estos resultados mostraron que, si bien la presencia de mixomicetes en manglares era previamente conocida, la diversidad de especies asociadas a estos ecosistemas todavía es poco estudiada. Además, el estudio mostró que los manglares centroamericanos albergan especies diferentes a las presentes en los manglares de Sudamérica. Se requieren más estudios en la región centroamericana para evaluar las razones.

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Los oxisoles de la altillanura en Colombia contienen hasta 400 mg/kg de fósforo. Sin embargo, la fracción disponible para las plantas es inferior a 3,5 mg/kg, lo que obliga la suplementación con fertilizantes fosfóricos. Las plantas pueden adaptarse a estas condiciones por medio de interacciones con bacterias solubilizadoras de fosfatos (BSF) presentes en el suelo. Los oxisoles serían una potencial fuente de BSF; no obstante, existe un desconocimiento de su diversidad en la altillanura colombiana. El objetivo de esta investigación fue aislar, caracterizar e identificar BSF de oxisoles de la altillanura colombiana. A partir de muestras compuestas de suelo con cultivos transitorios y sabana, se obtuvieron 42 aislamientos. De estos, 14 cepas mostraron índices de solubilización de fosfatos entre 1,2 y 2,4. Las cepas M15 y M18 se seleccionaron por su alta actividad de las fosfatasas ácidas con 297,7 ± 89,6 y 638,3 ± 31,2 μg de p-nitrofenilfosfato/mL/h, respectivamente. Los dos aislamientos promovieron el crecimiento vegetal en plantas de arroz en condiciones de invernadero. Mediante la secuenciación parcial del gen 16S rRNA, las dos cepas fueron identificadas dentro del género Burkholderia. Esta investigación amplía el conocimiento de las BSF presentes en los oxisoles de la altillanura colombiana, así como sus capacidades para favorecer la disponibilidad de fósforo en el suelo y promover el crecimiento vegetal.

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Este artículo de revisión examina la importancia que tienen las comunidades microbianas que colonizan los ambien­tes y equipos de procesado de alimentos formando biopelículas o biofilms en la persistencia microbiana en la industria alimen­taria y consecuentemente, en la seguridad y la calidad de los alimentos. La atención se centra especialmente en biopelículas formadas por microorganismos no deseados, es decir, microor­ganismos alterantes y patógenos. Se presenta información so­bre la variabilidad intraespecífica en la formación, la ecología y la arquitectura de las biopelículas, y los factores que influyen en su formación. Asimismo, se resume la información disponible sobre nuevos agentes o estrategias para el control de la forma­ción o eliminación de biopelículas.

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La existencia de una organización social en los microorganismos, entre ellos las bacterias, es muy poco conocida entre el alumnado de los diferentes niveles de educación. Se tiene el preconcepto de que esta característica se presenta en organismos vivos de mayor complejidad. Las biopelículas constituyen una organización social donde una población bacteriana o una comunidad de diferentes microorganismos procariotas y eucariotas, permanecen adheridas a una matriz extracelular de polímeros sintetizados y excretados por sus propias células. Dentro de la biopelículas podemos encontrar subpoblaciones celulares diferenciadas metabólicamente y con actividades diferentes. La formación de biopelículas bacterianas es la principal causa de las infecciones crónicas en el ser humano y otros mamíferos. Éstas también se forman en el medio ambiente, como por ejemplo en medios acuáticos, donde podemos encontrar las que se constituyen mediante asociaciones de microorganismos fototróficos como las microalgas (cianobacterias, diatomeas y algas verdes). En el presente trabajo se propone una actividad o práctica de laboratorio escolar muy sencilla. En ésta se puede estudiar el efecto de una sola variable sobre el desarrollo y diversidad de una biopelícula de microorganismos fototróficos. La variable mencionada es la longitud de onda de la luz visible que incide en un cultivo de dichos microorganismos. Utilizando filtros de diferentes colores (azul, verde, amarillo y rojo), se observaron resultados diferenciales.

Introducción. Las especies de Moniliophthora spp. son endémicas de Sudamérica e infectan los cultivos de cacao de América. Objetivo. El objetivo del estudio fue analizar la distribución potencial y el nicho fundamental de Moniliophthora roreri (Mr) y M. perniciosa (Mp) en América y África. Materiales y métodos. Los registros de ocurrencia fueron obtenidos de una revisión bibliográfica. Se utilizaron variables bioclimáticas como predictores en el modelo de nicho de máxima entropía (MaxEnt) y para su visualización en Niche Analyst 3.0. Resultados. Las zonas donde se registró mayor probabilidad de ocurrencia de Mr fueron Esmeraldas y Los Ríos, Ecuador, zonas costeras de Costa Rica, Santander y Antioquia de Colombia, y para Mp los Estados de Bahía y Acré de Brasil. Las variables que más influyeron en la distribución de Mr están asociadas a las precipitaciones. Las condiciones relacionadas con la temperatura fueron más importantes en el modelo de Mp. Se identificó el riesgo de invasión de Mr en las regiones de Acré y Pará, Brasil. La transferencia de los modelos evidenció el potencial de invasión de Mr y Mp en los cultivos de cacao en África. El nicho fundamental de los patógenos y el cacao presentó valores de similitud medios, mientras que, el nicho de las especies de hongos mostró una baja similitud. La baja similitud de los nichos de los patógenos y las diferencias en las variables bioclimáticas que afectan su distribución se podrían relacionar a un proceso de partición del nicho. Conclusión. Se identificaron las regiones geográficas con una mayor distribución potencial de los patógenos y las características bioclimáticas que favorecerían su probabilidad de presencia en los cultivos de cacao de América. Es necesario regular el transporte de material vegetal y equipo contaminado entre regiones para evitar la introducción de los patógenos en cultivos de cacao sanos.

Leveduras são fungos unicelulares e cosmopolitas, porém com ocorrência e diversidade pouco conhecida no Bioma Cerrado. Objetivou-se neste trabalho avaliar a diversidade de leveduras em frutos de três plantas nativas do Cerrado do Jardim Botânico de Brasília: Eugenia lutescens (perinha do Cerrado), Campomanesia xanthocarpa (gabiroba) e Brosimum guadichaudii (mama-cadela). As amostras foram agitadas, diluídas seriadamente e 0,1mL de cada diluição foi plaqueado em meio de cultivo MYGP. Após a incubação, foi feita a contagem de UFC e colônias morfologicamente diferentes foram isoladas em cultura pura e caracterizadas. O DNA dos isolados foi extraído e amplificado por meio de PCRs utilizando primers para a região D1/D2 do gene 26S do rDNA, sendo posteriormente sequenciada. Um total de 19 isolados foram recuperados dos frutos. A densidade de leveduras totais em frutos variou de 2.103 UFC.g de fruto-1 (perinha do Cerrado) a 7.103 UFC.g de fruto-1(mama-cadela). Os isolados foram agrupados em 10 morfotipos de acordo com as características morfológicas. Os gêneros encontrados foram: Rhodotorula, Cryptococcus, Candida, Hanseniaspora e Aureobasidium. A análise de diversidade demonstrou que frutos das plantas em estudo são habitats propícios para leveduras, podendo ser uma fonte de bioprospecção de substâncias bioativas com aplicação biotecnológica.

Para transmitir conceptos científicos complejos en un entorno escolar, la utilización de experimentos llamativosrepresenta una herramienta muy útil. En este artículo se presenta la columna bioelectrogénica, un sistemaexperimental que une la columna de Winogradsky clásica con las más recientes investigaciones en el campo de lamicrobiología aplicada. A través de su implementación es posible visualizar procesos físicos, químicos ybiológicos que forman parte de la enseñanza científica en institutos de secundaria. Además, la columnabioelectrogénica ha sido ideada para demostrar la existencia de bacterias capaces de producir energía eléctrica, unfenómeno que induce curiosidad y estupor, elementos claves para estimular la participación de los estudiantes.Este sistema ha sido presentado en varias actividades de divulgación para estudiantes de secundaria y siempre hadespertado un elevado grado de interés.

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The aim of this research was to analyze the relationship between soil microorganisms and the major diseases affecting promising clones of cocoa (Theobroma cacao L.) in the Ecuadorian Amazon. The EET-95, EET-96, EET- 103 and CCN-51 cocoa clones were evaluated, respectively, the latter used as a control, for this, the amount of bacteria, fungi and total actinomycetes, expressed in colony forming units (CFU) per soil gram, was determined, present in the soil rhizosphere of the three cocoa clones, as well as the appearance of the major plant diseases which attacks the cocoa crop. Data were statistically analyzed by one-way ANOVA and Tukey HSD test p≤0.05. The bacteria were the microorganisms with the greatest association to the evaluated cocoa clones in this study, followed by actinomycetes and fungi. Clone CCN-51 had achieved the highest number of bacteria, clones EET- 96 and EET-103, had achieved a higher incidence of actinomycetes and clone EET-103, the greater presence of parasitic fungi. The witch broom disease, whose causative agent is Cripinellis perniciosa Sthael Singer., affected to a lesser extent the EET-103 and CCN-51 clones, while frosty pod rot caused by the parasitic fungus Moniliophthora roreri (Cif & Par) Evans et al., showed the EET-103 clone with the highest incidence of this disease and conversely to the CCN-51 clone with the lowest incidence of this pathogen. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

The existence of a social organization in microorganisms, among them the bacteria, is little known among stutents of diferent educational levels. The most common preconcept is that this characteristic occurs in living organisms with greater complexity. Biofilms constitute a social organization where a bacterial population or a community of different prokaryotic and eukaryotic microorganisms, where the cells remain attached to an extracellular matrix of polymers sintetized and excreted by themselves. Within the biofilms we can find metabolically differentiated celullar subpopulations with different activities. The formation of bacterial biofilms is the main cause of chronic infections in humans and other mammals. These are also found in the environment, for example in aquatic ones, where could find those that are consituted by associations of phototrophic microorganisms such as microalgae (cyanobacteria, diatoms and green algae). In the present work, a very simple school laboratory activity is proposed, where the effect of a single variable on the developmental level and diversity of a biofilm of phototrophic microorganisms can be studied. The variable mentioned is the visible light wave lenght that affects upon a culture of these kinds of microorganisms. Using different color filters (blue, green, yellow and red), differential results were observed. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

The association of wild grasses with diazotrophic bacteria in Brazilian biomes is poorly understood. The isolation and characterization of bacteria associated with wild grasses can contribute to understand the diazotrophic ecology as well as to identify bacteria with biotechnological applications. In this study, we isolated and characterized diazotrophic bacterial isolates from Oryza glumaepatula collected in Cerrado and Forest areas of the Amazon in Roraima State, Brazil. Healthy O. glumepatula plants were collected at five sampling sites at Forest and seven at Cerrado, respectively. The plants were collected at the Cerrado areas in September 2008 while the Forest plants were collected in June/2008 and April/2009. The plants and the soil adhering to the roots were transferred to pots and grown for 35 days in greenhouse conditions. During the harvest, the shoots and the roots were crushed separately in a saline solution; the suspension was diluted serially and inoculated in Petri dishes containing Dyg’s medium. All distinct bacterial colonies were purified in the same medium. The diazotrophic capacity of each bacterium in microaerophilic conditions was assessed in semisolid BMGM medium. In addition, the pellicles forming bacterial isolates were also evaluated by PCR amplification for nifH gene. The diversity of nifH+ bacteria was analyzed by Box-PCR fingerprinting. For selected strains, the growth promoting capacity of O. sativa as a model plant was also evaluated. A total of 992 bacterial isolates were obtained. Fifty- one bacteria were able to form pellicles in the semisolid medium and 38 also positively amplified the 360bp nifH gene fragment. Among the 38 nifH+ isolates, 24 were obtained from the shoots, while 14 originated from the roots. The Box-PCR profiles showed that the bacterial isolates obtained in this study presented a low similarity with the reference strains belonging to the Herbaspirillum, Azospirillum and Burkholderia genus. The growth- promoting ability was confirmed for at least five isolates. For these bacteria, the root and shoot growing results showed higher increases when compared to those observed in plants inoculated with the evaluated reference strains. These results indicate that O. glumaepatula is colonized by a high diverse diazotrophic community in the Brazilian Amazon. Further investigations are now being carried out to determine the taxonomic positions of these isolates and their growth promoting mechanisms.

The objective of this work was to evaluate the catabolic gene diversity for the bacterial degradation of aromatic hydrocarbons in anthropogenic dark earth of Amazonia (ADE) and their biochar (BC). Functional diversity analyses in ADE soils can provide information on how adaptive microorganisms may influence the fertility of soils and what is their involvement in biogeochemical cycles. For this, clone libraries containing the gene encoding for the alpha subunit of aromatic ring-hydroxylating dioxygenases (α-ARHD bacterial gene) were constructed, totaling 800 clones. These libraries were prepared from samples of an ADE soil under two different land uses, located at the Caldeirão Experimental Station - secondary forest (SF) and agriculture (AG) -, and the biochar (SF_BC and AG_BC, respectively). Heterogeneity estimates indicated greater diversity in BC libraries; and Venn diagrams showed more unique operational protein clusters (OPC) in the SF_BC library than the ADE soil, which indicates that specific metabolic processes may occur in biochar. Phylogenetic analysis showed unidentified dioxygenases in ADE soils. Libraries containing functional gene encoding for the alpha subunit of the aromatic ring-hydroxylating dioxygenases (ARHD) gene from biochar show higher diversity indices than those of ADE under secondary forest and agriculture.

Fluorescent Pseudomonas are one of the most important benefic bacteria of the rizhosphere. It is because they can control some soil borne phytopatogen agents as a result of their antagonistic capacity. There are few works about the composition and diversity of fluorescent Pseudomonas in tropical countries. In this work we studied the composition of fluorescent Pseudomonas form different potato crops located at the Cundiboyacense región between 2100 and 3200 mosl, which is the most important area of potato production in Colombia. This study also assesses the effect of some crop practices variables on rizosphere bacteria richness and diversity. Finally, it was determined the antagonistic capacity of some Pseudomonas fluorescens isolates against Rhizoctonia solani. A total of 45 rhizosphere samples were taken from 15 potato fields. To isolate the Pseudomonas it was used king B medium modified by us. Our results showed that this modified medium consistently allowed a more efficient recovery of the fluorescent Pseudomonas than the media reported in the literature. 80.7% and 82.7% of the fluorescent Pseudomonas isolated from the rizosphere and rizoplane respectively were Pseudomonas fluorescens. It suggest a low fluorescent pseudomonas diversity. Our work also denotes an effect of the maize-potato crop rotation strategy on the amount of the fluorescent Pseudomonas isolated from the rizosphere. These results may have importance in designing appropriate strategies for bio-controlling soil borne phytopathogens. In tropical countries like Colombia, this knowledge might help to improve crop yields. Finally it was found native isolates with antagonistic activity against Rhizoctonia solani in the bioassays in vitro, such results if not assure an efficient control of the pathogen in field conditions, may give an idea of the potentiality of P.fluorescens to be applied as bacterial community, strains or derived products of them.

Em solos com baixa disponibilidade de fósforo, como os de terra firme da Amazônia, a habilidade de estirpes de rizóbio de solubilizar compostos de fosfato inorgânico é extremamente importante. Assim, o objetivo deste trabalho foi determinar a capacidade de solubilização de fosfato de cálcio (P-Ca) e fosfato de alumínio (P-Al) de isolados de rizóbio de solos na Amazônia em laboratório e a eficiência simbiótica dos isolados em aumentar os conteúdos de N e P em caupi. Os isolados de rizóbio foram avaliados em meios específicos para solubilização desses fosfatos por um período de 15 dias, obtendo-se os seus índices de solubilização (I.S.). Dos 205 isolados avaliados, 68 solubilizaram P-Ca, 47 solubilizaram P-Al e 32 solubilizaram tanto P–Ca quanto P–Al. Entre 14 isolados solubilizadores testados, 8 (INPA R820, INPA R825, INPA R843, INPA R894, INPA R914, INPA R917, INPAR969 e INPA R982) proporcionaram maiores teores de P na parte a��rea, consequentemente melhor eficiência na utilização de P e N pelas plantas assim como maior matéria seca da parte aérea.On soils with low available phosphorus, such as the Amazonian upland, the ability of rhizobium strains to solubilize inorganic phosphates is of extreme importance. The objective of this work was to determine the ability of rhizobium isolates from Amazonian soil to solubilize calcium and aluminum phosphate in laboratory, and their symbiotic efficiency to increase N and P contents in cowpea. The rhizobiumisolates were evaluated on specific growth media during a period of 15 days, when solubilizing indexes (S.I.) were obtained. From the 205 isolates, 68 solubilized P-Ca and 47 solubilized P-Al, and 32 solubilized P-Ca as well as P-Al. Among the 14 isolates with highest solubilizing activities, eight isolates (INPA R820, INPA R825, INPA R843, INPA R894, INPA R914, INPA R917, INPA R969 and INPA R982) provided higher shoot P and N contents and dry matter.

Few are the details concerning the molecular characterization of native rhizobia isolates from Amazonas soils. The aim of the present study was the genetic characterization of rhizobia isolated from nodules of cowpea using the method PCR-RFLP of the ribosome genes 16S rRNA and the restriction enzymes HinfI, MspI, and MboI. The analysis included 20 native isolates and ten reference strains from different origins. The results indicated a great genetic variability with the formation of eight groups in one dendrogram with a varied level of similarity.Poucas são as informações referentes à caracterização molecular de rizóbios nativos isolados de solos no Amazonas. Assim, o objetivo deste trabalho foi a caracterização genética de rizóbios isolados de nódulos de caupi usando o método PCR-RFLP dos genes ribossomais 16S rRNA e as enzimas de restrição HinfI, MspI, e MboI. A análise incluiu 20 isolados nativos e dez estirpes-referência de diferentes origens. Os resultados indicaram uma grande variabilidade genética com a formação de oito grupos em um dendrograma com um nível de similaridade variado.

O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade funcional e genética de bactérias associadas à rizosfera de genótipos de milho contrastantes quanto à eficiência de uso de fósforo, por meio do teste de fontes de carbono no sistema EcoPlate e da eletroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE) dos fragmentos amplificados dos genes 16S ribossomais (rDNA) das bactérias. Foram coletadas amostras de solo da rizosfera de linhagens e híbridos contrastantes quanto à eficiência de uso de fósforo, cultivados em Latossolo Vermelho-Escuro fase cerrado, com baixo e alto teor de P. Bactérias da rizosfera de híbridos e linhagens eficientes, sob estresse de P, analisadas pelo sistema EcoPlate, tenderam a se agrupar conforme a análise de componentes principais, o que indica que utilizaram fontes de carbono semelhantes. Não houve diferença na diversidade bacteriana, analisada pela DGGE, entre bactérias associadas a genótipos eficientes e ineficientes no uso de P. Com base no sequenciamento do 16S rDNA, foi verificado que a rizosfera de genótipos de milho sob estresse de P parece selecionar grupos específicos de bactérias. A estrutura populacional genética e metabólica de bactérias da rizosfera foi mais influenciada pelo teor de fósforo no solo do que pela eficiência das plantas em usar o fósforo.The objective of this work was to evaluate the functional and genetic diversity of bacteria associated to the rhizosphere of maize genotypes contrasting for phosphorus use efficiency by means of the EcoPlate carbon source test and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) of amplified 16S ribosomal DNA (rDNA) fragments of bacteria. Rhizosphere soil samples of maize genotypes (hybrids and lineages) contrasting for phosphorus use efficiency cultivated in an Oxisol with high and low P content were collected. Bacteria from the rhizosphere of P-efficient maize genotypes under P stress conditions analyzed by the EcoPlate system tended to group together according to main components analysis, which indicates that these bacteria used similar carbon sources. Microbial diversity analyzed by DGGE did not differ between P-efficient and inefficient maize genotypes. Based on the 16S rDNA fragment sequencing, the rhizosphere of maize genotypes growing on low-P soils seemed to select specific bacteria species. The genetic and metabolic structure of the rhizosphere bacterial community was more strongly influenced by the level of P in the soil than by the genotypes with contrasting P-use efficiency.

O feijão-caupi (Vigna unguiculata) é uma cultura importante na Amazônia Central, mas os rizóbios associados a essa leguminosa são poucos estudados. O objetivo deste estudo foi avaliar a efetividade e caracterizar fenotipicamente os isolados de rizóbio que nodulam feijão-caupi na região. As populações de rizóbio de Novo Ayrão proporcionaram as maiores produções de matéria seca da parte aérea e total, raiz, número de nódulos e peso dos nódulos secos nas plantas de feijão-caupi; porém, não diferiram do tratamento testemunha com N. Com base nos critérios fenotípicos avaliados, foi possível identificar uma ampla diversidade de populações de rizóbios contidos nos solos da Amazônia.Cowpea (Vigna unguiculata) is an important legume cultivated in central Amazonia, but its rhizobia have been little studied. The present study aimed to evaluate the effectiveness and to characterize phenotypically the population of indigenous rhizobia that infect cowpea in the region. The rhizobia population from Novo Ayrão soils provided the highest shoot, root and total dry matter yields, number of nodules and nodule dry weights in cowpea plants; however, they were not different from those found for the control treatment with N. Based on phenotypic criteria, it was possible to identify a wide diversity of populations of rhizobia contained in Amazonian soils.

Nucleic acid-based techniques which can be used to characterise complex microbial communities without incubation are now being employed regularly in ruminant nutrition studies. Conventional culture-based methods for enumerating rumen microorganisms (bacteria, archaea, protozoa, and fungi) have been superseded and are now used mainly to obtain pure isolates of novel organisms and reference strains that are required for the development and validation of the nucleic acid approaches. These reference strains are also essential for physiological studies of the lifestyle of the organisms as well as sources of genomic DNA and RNA that can be analysed for functional gene activity. The foundation of the molecular ecology techniques is 16S/18S rDNA sequence analysis which has provided a phylogenetically based classification scheme for enumeration and identification of microbial community members. The use of this marker gene in assays involving the use of single nucleic acid probes or primer sets is rapidly evolving to high throughput approaches such as microarray analysis and new generation sequencing technologies. While these analyses are very informative for determining the composition of the microbial community and monitoring changes in population size, they can only infer function based on these observations. The focus of nucleic acid research is now shifting to the functional analysis of the ecosystem which involves the measurement of functional genes and their expression in the predominant or specific members of the rumen microbial community. Functional gene studies are less developed than 16S rDNA-based analysis of community structure. Also for gene expression studies there are inherent problems involved in extracting high quality RNA from digesta, and priming cDNA synthesis from bacterial mRNA. This paper reviews nucleic acid based molecular methods which have recently been developed for studying the structure and function of rumen microbial communities.Metodologias baseadas na análise de ácidos nucléicos, que possam ser utilizadas para caracterizar comunidades microbianas complexas, sem a necessidade da incubação de amostras, têm sido empregadas atualmente, de forma rotineira, em estudos de nutrição de ruminantes. Os métodos convencionais, dependentes do cultivo microrganismos ruminais (bactérias, archaea, protozoarios e fungos) para sua enumeração foram superados e atualmente passaram a ser utilizados especialmente para o isolamento de cepas puras de organismos ainda desconhecidos e para o cultivo de cepas de referência, necessários para o desenvolvimento e a validação das metodologias de análise de ácidos nucléicos. Tais cepas de referência são também essenciais para estudos fisiológicos e ainda, funcionam como fontes de DNA e RNA para avaliação da expressão gênica. O fundamento das metodologias de ecologia molecular é a análise de sequências de 16S / 18S rDNA, que fornece um esquema de classificação de base filogenética, utilizado para a enumeração e identificação de membros de uma comunidade microbiana. O uso de marcadores de genes e estudos envolvendo o uso de sondas individuais de ácidos nucléicos ou de conjuntos de primers tem evoluído rapidamente para abordagens de alto desempenho ("high throughput"), como por exemplo analises de microsatélites e novas metodologias para sequenciamento. Entretanto, se por um lado tais métodos são muito úteis para a determinação da composição da microbiota e para o monitoramento de variações nos tamanhos das populações componentes, por outro lado, os mesmos apenas auxiliam na inferência das funções em relação à composição ou ao tamanho de determinada população. Portanto, o foco de pesquisas baseadas em metodologia de ácidos nucléicos esta mudando para a analise funcional de um ecossistema, o quê envolve a mensuração de genes funcionais e sua expressão nos membros predominantes ou, membros específicos da microbiota ruminal. Estudos da expressão gênica ainda são menos desenvolvidos do que aqueles de analise da microbiota baseada no rDNA. Além disso, existem problemas intrínsecos aos estudos de expressão gênica relacionados à extração de RNA de alta qualidade a partir da digesta, e também em relação ao processo da iniciação da síntese de cDNA a partir de mRNA bacteriano. Este artigo oferece uma revisão dos métodos moleculares baseados em ácidos nucléicos que foram desenvolvidos recentemente para estudos de estrutura e função da microbiota ruminal.

Este trabalho teve como objetivo caracterizar alguns atributos químicos do solo e avaliar a comunidade de fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) em uma área de pastagem e um sistema agroflorestal (SAF). A área de estudo está localizada na "Fazendinha Agroecológica do Km 47", 22° 45'S, 43° 41'W, no município de Seropédica, Rio de Janeiro, Brasil. Foram coletadas amostras de solo na profundidade de 0-5 cm e quantificados os teores de carbono orgânico total (COT), Ca, Mg, pH, P e K. Os FMAs foram quantificados e posteriormente identificados. Os resultados encontrados foram analisados como delineamento inteiramente casualizado, com aplicação do teste F. Verificaram-se valores estatisticamente maiores de COT, Ca, Mg e K no SAF, assim como o maior número de esporos de fungos micorrízicos. Observou-se uma baixa diversidade de espécies de FMAs, sendo que Glomus macrocarpum e Acaulospora scrobiculata foram as espécies dominantes nas duas áreas. O manejo do solo pode ter influenciado no menor número de esporos de FMAs encontrados sob pastagem. Por meio da análise de componentes principais foi possível separar as duas áreas avaliadas, sendo o comportamento semelhante ao verificado na análise univariada.

Este trabalho teve como objetivo caracterizar alguns atributos químicos do solo e avaliar a comunidade de fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) em uma área de pastagem e um sistema agroflorestal (SAF). A área de estudo está localizada na "Fazendinha Agroecológica do Km 47", 22° 45'S, 43° 41'W, no município de Seropédica, Rio de Janeiro, Brasil. Foram coletadas amostras de solo na profundidade de 0-5 cm e quantificados os teores de carbono orgânico total (COT), Ca, Mg, pH, P e K. Os FMAs foram quantificados e posteriormente identificados. Os resultados encontrados foram analisados como delineamento inteiramente casualizado, com aplicação do teste F. Verificaram-se valores estatisticamente maiores de COT, Ca, Mg e K no SAF, assim como o maior número de esporos de fungos micorrízicos. Observou-se uma baixa diversidade de espécies de FMAs, sendo que Glomus macrocarpum e Acaulospora scrobiculata foram as espécies dominantes nas duas áreas. O manejo do solo pode ter influenciado no menor número de esporos de FMAs encontrados sob pastagem. Por meio da análise de componentes principais foi possível separar as duas áreas avaliadas, sendo o comportamento semelhante ao verificado na análise univariada.This study had as objective characterize the chemical attributes of soil and to evaluate the community of arbuscular mycorrhizal fungi (AMFs) in a pasture area and agroforest system (AFS). The area this study is located in the Agroecological Farm, 22° 45'S, 43° 41'W, in the Seropédica, Rio de Janeiro State, Brazil. The soil samples were taken in depth of 0-5 cm and quantified the tenors of total organic carbon (TOC), Ca, Mg, pH, P and K. They were counted and identified the spores of FMAs. The found results were analyzed as design entirely casuality, with application of the test F. Verified statistically higher values of COT, Ca, Mg and K in AFS, as well as the largest number of spores of mycorrhizal fungi. One was observed lowers diversity of species of FMAs, and Glomus macrocarpum and Acaulospora scrobiculata were the dominant species in the two areas. The management of the soil might have influenced in the smallest number of spores of FMAs found under pasture. Through the analysis of main components it was possible to separate the two appraised areas, being the behavior similar to the verified in the univariate analysis.

Embora estudos recentes relatem a utilização de RCPC (Rizobactérias Promotoras de Crescimento de Plantas) no Brasil, raríssimos trabalhos avaliam a presença natural dessas espécies bacterianas no solo. O objetivo deste trabalho foi avaliar a ocorrência de RPCP em duas amostras de solo sob diferentes tipos de manejo, através da construção e do seqüenciamento de bibliotecas de DNA metagenômico. Utilizaram-se oligonucleotídeos específicos para amplificação da região hipervariável do espaço intergênico dos genes ribossomais 16S-23S de DNA extraído de diferentes solos, sob Eucalyptus sp. e sob mata. Os fragmentos obtidos foram inseridos em vetor e clonados. As bibliotecas geraram 495 clones, que foram seqüenciados e identificados através de comparações realizadas pelo software Blast. O solo sob Eucalyptus sp. apresentou maior número de RPCP do que sob mata. Os filos Actinobacteria e Proteobacteria eram maiores no solo sob Eucalyptus sp., estando o filo Firmicutes ausente no solo sob mata. Somente oito espécies diferentes de RPCP foram detectadas: Bacillus subtilis, Bacillus megaterium, Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium elkanii, Bradyrhizobium sp., Frankia sp., Pseudomonas fluorescens e Pseudomonas gladioli. O trabalho forneceu valiosos dados sobre a presença de RPCP em solos com espécies florestais e sua possível utilização em reflorestamentos, assim como para o melhor conhecimento desses microrganismos nos solos do Brasil.Although new studies describe the use of PGPR (Plant Growth-Promoting Rhizobacteria) in Brazil, they rarely evaluate the natural existence of these bacterial species in the soil. The objective of this study was to evaluate PGPR in two samples under different use types, one with native forest and the other with eucalyptus, through construction and sequencing of a metagenomic DNA library. Using specific probes from the internally transcribed region of 16S-23S rRNA genes, fragments of PCR products were inserted into the vector and cloned. The library generated 495 clones, which were sequenced and identified using Blast software. A greater number of PGPR was found in the soil under eucalyptus than under forest. Actinobacteria and Proteobacteria phyla were more abundant in Eucalyptus sp soil, and the phylum Firmicutes was not found in forest soil. Only eight different species were detected: Bacillus subtilis, Bacillus megaterium, Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium elkanii, Bradyrhizobium sp., Frankia sp., Pseudomonas fluorescens and Pseudomonas gladioli. This study provided valuable information about PGPR in soils under forest species and their possible used in reforestation, as well as for a more detailed understanding of these microorganisms in Brazilian soils.

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da solarização e da biofumigação sobre a comunidade microbiana do solo, por meio da atividade da enzima beta-glicosidase e do perfil do 16S rDNA, determinado com PCR-DGGE. A solarização do solo, com cobertura de plástico, foi feita por períodos de dois, quatro e seis meses, e a biofumigação foi realizada pela incorporação de 2 e 5% (v/v) de cama-de-frango ao solo. Logo após a retirada da cobertura de plástico e aos 30 dias após a remoção, a atividade da beta-glicosidase foi menor em relação ao tratamento não solarizado. Aos 60 dias, não foram mais observadas diferenças entre os tratamentos. A adição de cama-de-frango a 5% estimulou a atividade da beta-glicosidase. O perfil da estrutura da comunidade bacteriana foi influenciado pelo tempo de solarização, independentemente da época da retirada da cobertura de plástico. Não foi observado efeito da adição de cama-de-frango ao solo, no perfil da comunidade. A solarização afeta a atividade da beta-glicosidase, mas esses efeitos não são mais detectáveis após 60 dias da retirada da cobertura de plástico, diferentemente do que foi observado em relação à estrutura da comunidade bacteriana por PCR-DGGE. A biofumigação estimula a atividade da beta-glicosidase, mas não afeta o perfil da comunidade microbiana.The objective of this work was to evaluate the effects of solarization and biofumigation on the soil microbial communities, by means of beta-glucosidase activity and 16S rDNA PCR-DGGE analyses. Solarization with a plastic covering of the soil took place over two, four and six months, and the soils were biofumigated by the addition of 2 and 5% (v/v) of chicken litter to the soil. Right after the plastic cover removal and after 30 days, beta-glucosidase was lower than in the nonsolarizated control. After 60 days, there were no longer significant differences in beta-glucosidase activity between treatments. The addition of 5% chicken litter stimulated beta-glucosidase activity. Bacterial community profile was influenced by solarization time, regardless of time of plastic cover removal. There was no effect of chicken litter amendments over the bacterial community structure. Solarization affects beta-glucosidase activity but, after 60 days, its effects are no longer detectable, differently of the observed data regarding soil bacterial community structure by PCR-DGGE. Biofumigation stimulates beta-glicosidase activity, but it doesn't affect the bacterial community structure.

O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade intra-específica de isolados de Azospirillum amazonense e estabelecer a possível influência de diferentes espécies de Brachiaria ssp. e diferentes condições edafoclimáticas. A caracterização da diversidade desses isolados foi conduzida, utilizando-se a análise de restrição da região intergênica 16S-23S DNAr. As estirpes estudadas separaram-se em dois grupos, definidos a 56% de similaridade. As espécies de Brachiaria ssp. influenciaram a diversidade de estirpes. A maioria dos isolados oriundos de B. decumbens e B. brizantha está inserida no primeiro grupo, enquanto os oriundos de B. humidicola concentram-se no segundo grupo.The aim of this work was to study the intra-specific diversity of Azospirillum amazonense isolates and to establish possible influences of different Brachiaria spp. and edaphoclimatic conditions. The characterization of the diversity among the isolates of A. amazonense studied was conducted using restriction analysis of the 16S-23S rDNA intergenic spacer region. The evaluated strains were separated in two groups, defined at 56% of similarity. Brachiaria spp. showed effects on strain diversity. Most part of the isolates from B. decumbens and B. brizantha are inserted in the first group, while B. humidicola isolates concentrate in the second group.

A germinação de sementes e o desenvolvimento de protocórmios de Oncidium flexuosum (Orchidaceae) induzidos simbioticamente são descritos pela primeira vez. As sementes de O. flexuosum foram inoculadas com dez fungos micorrízicos rizoctonióides, previamente isolados de micorrizas de dez espécies de orquídeas neotropicais do Brasil, incluindo O. flexuosum. Foram utilizados um isolado pertencente à espécie Epulorhiza repens, dois pertencentes à Epulorhiza epiphytica, seis de Ceratorhiza spp. e um de Rhizoctonia sp. Sementes inoculadas com o isolado M2 de Ceratorhiza sp., originalmente isolado do sistema radicular de O. flexuosum em habitat natural, promoveu a germinação das sementes em sete dias e em, aproximadamente, 30 % das plântulas, houve formação de folhas após 50 dias de incubação, apresentando pelotons em algumas células do protocórmio e das radicelas. Os demais isolados promoveram a germinação das sementes; entretanto, não promoveram um desenvolvimento ótimo dos protocórmios. Sementes incubadas na ausência de fungos micorrízicos não germinaram. A especificidade e a alta dependência de O. flexuosum pela associação micorrízica ficaram claras. Aspectos relativos à especificidade, anatomia da interação fungo-planta e a importância da seleção de estirpes fúngicas, previamente ao uso de fungos micorrízicos para o cultivo simbiótico a partir de sementes de O. flexuosum são discutidos.Symbiotic in vitro seed germination and protocorm development of Oncidium flexuosum is described for the first time. O. flexuosum seeds were inoculated with ten mycorrhizal isolates, originally obtained from the mycorrhiza of ten neotropical Brazilian orchid species, including O. flexuosum. One of the isolates belongs to Epulorhiza repens, two to Epulorhiza epiphytica, six to Ceratorhiza spp., and one to Rhizoctonia sp. Seeds inoculated with the M2 isolate of Ceratorhiza sp., originally isolated from the root system of wild O. flexuosum, promoted seed germination within 7 days and about 30% of the seedlings produced leaves after 50 days of incubation, all of which presented pelotons in some protocorm and rhizoid cells. The other isolates stimulated seed germination, although they did not lead to an ideal protocorm development. Seeds incubated in the absence of the mycorrhizal fungi failed to germinate. The degree of specificity and dependence of O. flexuosum from mycorrhizal fungi thus was evident. Aspects of the specificity, anatomy of the plant-fungus interaction and the importance of the fungal strain selection prior to the use of mycorrhizal fungi for the symbiotical O. flexuosum cultivation from seeds are discussed.

Distúrbios causados pelo homem têm resultado no aumento do risco de extinção de diversos táxons de orquídeas nativas da Mata Atlântica no Brasil. Na natureza, orquídeas utilizam obrigatoriamente fungos endomicorrízicos para a germinação de sementes e desenvolvimento da plântula, ao menos nos primeiros estádios do seu ciclo de vida. Assim, fungos micorrízicos associados ao sistema radicular de orquídeas nativas vêm sendo isolados, caracterizados e armazenados para uso em futuros programas de conservação de espécies de orquídeas, por meio da germinação simbiótica. Três isolados de fungos micorrízicos rizoctonióides foram obtidos do sistema radicular de três espécies de orquídeas neotropicais, Gomesa crispa, Campylocentrum organense e Bulbophyllum sp., de três diferentes fragmentos de Mata Atlântica no Brasil. Estudos taxonômicos, baseados na condição nuclear, morfologia da hifa vegetativa e ultra-estrutura do septo dolipórico, revelaram que os isolados pertencem aos gêneros Ceratorhiza e Rhizoctonia. Esse é o primeiro relato do isolamento de fungos micorrízicos associados ao sistema radicular dessas espécies de orquídeas neotropicais. Aspectos relativos à taxonomia e ao uso desses isolados no contexto de um programa de conservação de orquídeas nativas são discutidos.Anthropogenic disturbances have resulted in an increased threat of extinction of many native orchid taxa in Brazil's Atlantic rain forest. In nature, orchids utilize mycorrhizal fungi to initiate seed germination and seedling development, at least in the early stages of their life cycle. Mycorrhizal fungi associated with the roots of orchids have thus been isolated, characterized and stored as important resources for a future conservation program of orchid species through symbiotic seed germination. Three mycorrhizal Rhizoctonia-like fungi were isolated from roots of three neotropical orchid species Gomesa crispa, Campylocentrum organense and Bulbophyllum sp. from three different Atlantic rain forest fragments in Brazil. Taxonomic studies based on the nuclear condition, vegetative hyphal morphology and septal pore ultrastructure revealed that the isolates belong to the genera Ceratorhiza and Rhizoctonia. This is the first report on the isolation of mycorrhizal fungal species associated to the referred neotropical orchid species. Aspects concerning their taxonomy and use in the context of a native orchid conservation programs are discussed.

As micorrizas arbusculares podem ser importantes na nutrição das plantas em solos ácidos e de baixa fertilidade, como são os da Amazônia de modo geral. Avaliaram-se a colonização radicular por fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) nativos e os teores de nutrientes em cupuaçuzeiro e guaranazeiro em um sistema agroflorestal no município de Manaus, Amazonas. Dez plantas de cada espécie foram selecionadas, das quais foram coletadas amostras de raiz, folha e solo durante o período seco e chuvoso da região de Manaus. Os guaranazeiros e os cupuaçuzeiros apresentaram maior colonização radicular por FMAs na época chuvosa. Os teores foliares de Ca, Mg, K, P, Zn, Cu e Mn nas duas espécies não foram influenciados pelas épocas de amostragem. O teor de Fe nas folhas dos cupuaçuzeiros foi maior na época chuvosa, enquanto o dos guaranazeiros, na época seca. A colonização micorrízica correlacionou-se com a concentração foliar de Ca, Mg, P e Cu nos cupuaçuzeiros e com a de Ca, Fe, Zn e Cu nos guaranazeiros.Arbuscular mycorrhiza can be important for plant nutrition in acid and low fertility soils such as those of the Amazon. The present study evaluated the mycorrhizal colonization by native arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) and nutrient concentrations of cupuassu and guarana leaves in an agroforestry system in Manaus, Amazonas State, Brazil. Ten plants of each species were selected, of which the roots, soil and leaves were sampled during the rainy and dry seasons. Guarana and cupuassu trees presented higher levels of AMF colonization during the rainy season. Ca, Mg, K, P, Zn, Cu, and Mn concentrations in both species were not affected by the season. Fe concentration was higher during the rainy season in the cupuassu leaves, but higher in the dry season in the guarana leaves. Mycorrhizal colonization correlated with Ca, Mg, P, and Cu concentrations in cupuassu plants and with Ca, Fe, Zn, and Cu in guarana plants.

In order to detect fluctuations in ruminal microbial populations due to forage tannins using 16S ribosomal RNA (rRNA) probes, recovery of intact rRNA is required. The objective of this work was to evaluate the effect of polyethylene glycol (PEG) and polyvinylpirrolidone (PVP) on extraction of bacterial rRNA, in the presence of tannins from tropical legume forages and other sources, that hybridize with oligonucleotide probes. Ruminococcus albus 8 cells were exposed to 8 g/L tannic acid or 1 g/L condensed tannins extracted from Acacia angustissima, banana (Musa sp.) skin, Desmodium ovalifolium, red grape (Vitis vinifera) skin and Inga edulis, or no tannins. Cells were rinsed with Tris buffer pH 7 containing either 8% PEG or 6% PVP prior to cell lysis. Total RNA samples rinsed with either PEG or PVP migrated through denaturing agarose gels. The 16S rRNA bands successfully hybridized with a R. albus species-specific oligonucleotide probe, regardless of tannin source. The effect of rinsing buffers on the density of 16S rRNA bands, as well as on the hybridization signals was compared. There were significant effects (PA recuperação de RNA ribossômico (rRNA) intacto é necessária para a detecção de flutuações na população microbiana ruminal decorrentes dos taninos de forrageiras, utilizando-se sondas para 16S rRNA. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de polietilenoglicol (PEG) e polivinilpirrolidona (PVP) na extração de rRNA bacteriano, em presença de taninos de leguminosas forrageiras tropicais e de outras fontes, que possa ser hibridizado com sondas de oligonucleotídeos. Culturas de Ruminococcus albus 8 foram expostas ou não a 8 g/L de ácido tânico ou a 1 g/L de taninos condensados, extraídos de Acacia angustissima, casca de banana (Musa sp.), Desmodium ovalifolium, cascas de uvas vermelhas (Vitis vinifera) e Inga edulis. As culturas foram lavadas com tampão Tris pH 7 contendo 8% PEG ou 6% PVP antes do rompimento das células. Amostras de RNA total lavadas com PEG ou PVP migraram em géis de agarose. Bandas de 16S rRNA hibridizaram com uma sonda de oligonucleotídeos espécieespecífica para R. albus, independentemente da fonte de tanino. Comparou-se o efeito dos tampões de lavagem sobre a densidade das bandas de 16S rRNA, assim como sobre a intensidade de hibridização. Ocorreram efeitos significativos para fontes de taninos, tampões e para a interação entre taninos e tampões (P

A adaptação das plantas à baixa fertilidade dos solos amazônicos é uma alternativa de baixo insumo que satisfaz à maioria dos produtores regionais. Essa adaptação pode estar relacionada às micorrizas arbusculares, que podem aumentar a capacidade das plantas em absorverem os nutrientes do solo. O estudo foi conduzido num plantio de bananeiras sobre um Latossolo amarelo na Faculdade de Ciências Agrárias (Fundação Universidade do Amazonas), objetivando verificar a colonização de fungos micorrízicos e teores de nutrientes foliares das cultivares de bananeira Maçã, Pacovan e Prata, durante três meses de avaliações (Dezembro/98, Janeiro e Fevereiro/99). Coletou-se amostras de raízes para avaliar as taxas de colonização e amostras foliares para verificar os teores de macro e micronutrientes. As médias da colonização radicular por fungos micorrízicos foram de 60,7% na cultivar Maçã, 55,2% na Pacovan e 53,6% na Prata. Na amostragem feita em dezembro de 1998, a cultivar Maçã apresentou menor colonização micorrízica (48,3% das raízes), do que a Pacovan (73,6%) e Prata (67,8%). No mês de janeiro de 1999 essa situação se inverteu: a Maçã apresentou a maior colonização micorrízica (75,3%) quando comparada com a da Pacovan (47,8%) e Prata (40,3%). As cultivares não apresentaram diferenças entre si quanto às concentrações de P e Fe, mas houve uma variação significativa entre elas quanto aos teores de Ca, Mg, K, Zn, Cu e Mn. A colonização radicular por fungos micorrízicos correlacionou-se positivamente com os teores de Ca, K e Zn na cultivar Maçã e, Cu na cultivar Prata. Estas correlações positivas permitem inferir que a associação micorrízica foi importante no estímulo às absorções de Ca, K e Zn pela cultivar Maçã e Cu pela Prata nas bananeiras de cinco anos na fase de produção comercial.Plant adaptation to low fertility of Amazonian soils is a low input alternative which satisfies most of the regional producers. Adaptation can be related to arbuscular mycorrhizae, that can increase the plant's capacity to absorb soil nutrients. This study was carried out in a banana plantation on a yellow Oxisol in the Agrarian Sciences Faculty (University of Amazonas Foundation), to verify the mycorrhizal colonization and the plant's nutrient status in the banana cultivars Maçã, Pacovan and Prata, during three months of evaluations (December/98, January and February/99). Samples of roots were collected to evaluate the rates of mycorrhizal colonization and leaves to verify the macro and micronutrient concentrations. The average of mycorrhizal colonization were 60.7% in the cultivar Maçã, 55.2% in Pacovan and 53.6% in Prata. Sampling done in December 1998 showed that the cultivar Maçã had lower fungal colonization (48.3% of the roots) than Pacovan (73.6%) and Prata (67.8%). In January 1999 the situation was inverted: Maçã presented the highest colonization (75.3%) when compared with Pacovan (47.8%) and Prata (40.3%). No difference in P and Fe concentrations was observed among cultivars, but there was significant variation among them for Ca, Mg, K, Zn, Cu and Mn. The mycorrhizal colonization was correlated positively with Ca, K and Zn in the cultivar Maçã, and Cu in Prata. These positive correlations allow us to infer that the mycorrhizal association was important to stimulate Ca, K and Zn absorption in the cultivar Maçã, and Cu in Prata in the commercial production stage of five years old banana trees.

Azospirillum amazonense é uma bactéria fixadora de N2 atmosférico de ampla ocorrência, principalmente em associações radiculares com gramíneas e palmeiras. Para verificar sua presença em outras espécies vegetais, ainda não estudadas, e a eficiência de meios para sua detecção, foram testados os meios Fam e LGI para contagens em solo rizosférico ou em culturas de enriquecimento com solo rizosférico, ecto e endorrizosfera. A. amazonense foi detectada no solo rizosférico, ecto e endorrizosfera de várias espécies de monocotiledôneas, incluindo Orchidaceae e dicotiledôneas, sendo o meio Fam mais eficiente para sua detecção

Os fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) ocorrem de forma generalizada e formam importante simbiose com a maioria das plantas, mesmo em solos poluídos com metais pesados. Neste estudo, avaliaram-se a ocorrência e a diversidade dos FMAs em quatro locais com gramíneas em uma área de solo contaminado com metais pesados pela extração e industrialização do Zn. Verificou-se a ocorrência generalizada dos FMAs nos locais estudados, sendo esta influenciada pelas concentrações de metais no solo. Encontrou-se um total de 21 espécies, sendo: sete pertencentes ao gênero Acaulospora, seis de Scutellospora, cinco de Glomus, duas de Gigaspora e uma de Entrophospora,Glomus occultum, Acaulospora morrowiae, Acaulospora mellea, Glomus intraradices, Glomus clarum e Scutellospora pellucida foram as de maior ocorrência. A densidade de esporos, a riqueza de espécies e o aumento da dominância relacionaram-se inversamente com as concentrações de metais no solo. Acaulospora mellea, Glomus clarum e Glomus occultum dominaram as populações de esporos no solo. Concluiu-se que os metais pesados exerceram efeito diferenciado sobre os FMAs, dependendo do grau de poluição.

O uso de bactérias solubilizadoras de fosfato pode ser uma alternativa de baixo custo em sistemas agroflorestais na Amazônia, onde os preços e o transporte, aliados à baixa capacidade de aquisição dos produtores, dificultam o uso de adubos solúveis. Em solos sem histórico de cultivo, os fosfatos estão ligados principalmente ao Al, enquanto nos previamente cultivados e corrigidos com calagem, esses fosfatos podem estar ligados ao Ca, limitando seus usos pelas plantas. Existem poucas informações sobre bactérias solubilizadoras de fosfato (BSF) na Amazônia, sendo necessário intensificar os estudos nesse sentido. O primeiro passo dessas pesquisas é um estudo sobre a ecologia dessas bactérias, identificando o local e a freqüência de ocorrência. Para isso, foram coletadas amostras de raízes de plantas nos estados do Acre, Amazonas e Rondônia, as quais foram colocadas em placas de Petri com um meio específico capaz de identificar suas presenças. Foram utilizados 28 espécies de plantas de diversas famílias e dois tipos de vegetação múltipla (pastagem e capoeira). Os índices de presença dessas bactérias foram muito baixos (0-10%), evidenciando que, nessas condições, essas bactérias não contribuem efetivamente para melhorar a nutrição das plantas com fósforo.

Muitos aspectos ecológicos envolvidos nas interações entre espécies leguminosas e estirpes de rizóbio têm sido facilmente entendidos com o emprego de técnicas que utilizam genes marcadores. A introdução de um gene marcador específico tem se mostrado altamente viável para análises dessas interações. Os genes marcadores são capazes de codificar para produtos que podem ser facilmente identificados ou medidos, especialmente, enzimas que podem atuar em diferentes substratos, fornecendo produtos coloridos ou fluorescentes facilmente detectáveis. De uma maneira geral, os genes marcadores têm sido utilizados em diferentes aspectos da ecologia microbiana, como nos estudos de competição entre estirpes de rizóbio, expressão de genes simbióticos, colonização da rizosfera e raízes, entre outros. Em todos esses estudos, os genes repórteres precisam ser introduzidos no genoma alvo através de um plasmídeo ou por inserção cromossomal. Nesta revisão, são enfatizados, principalmente, os diversos usos e aplicações de genes marcadores nos estudos de ecologia microbiana, com ênfase no sistema GUS (b-glucuronidase).Many of the ecological aspects involved with the interactions between legume species and rhizobia strains have been made easily to understood with the use of reporter gene techniques. The introduction of a specific reporter gene in an organism has shown to be highly efficient to analyze such interactions. These reporter genes generally code for products that can be easily identified or measured, mainly enzymes that can act on a variety of substrates, supplying colored or fluorescent detectable products. In general, the marker genes have been used in different aspects of microbial ecology, as in the competition studies among rhizobia strains, symbiotic gene expression, rhizosphere and root colonization, among others. In all studies, the marker genes need to be introduced into the genome by a plasmid or through a chromosomal insert. The present review focus, mainly, on the diverse use and applications of marker genes on ecological microbial studies with emphasis on the GUS gene system (b-glucuronidase).

Este trabalho objetivou selecionar bactérias diazotróficas isoladas de bananeira (Musa spp.) e avaliar sua influência no crescimento de mudas micropropagadas. Bactérias do tipo Herbaspirillum e relacionadas a Burkholderia cepacia foram inoculadas em plântulas de banana cv. Prata Anã e cv. Caipira. As bananeiras cv. Prata Anã, cultivadas in vitro com substrato pobre em N, apresentaram maior crescimento na presença de bactérias do tipo Herbaspirillum, ao passo que as bananeiras cv. Caipira cresceram melhor com o inóculo contendo bactérias do gênero Burkholderia. Em casa de vegetação, as bananeiras cv. Caipira crescidas em sacolas de plástico contendo areia e vermiculita (1:2), suplementada com a solução de Hoagland contendo 5 mg L-1 de N, apresentaram maior crescimento quando da inoculação simultânea dos dois gêneros de bactérias, em comparação à inoculação individual. A inoculação simultânea proporcionou um crescimento nas bananeiras equivalente ao observado nas plantas-controles adubadas com 50 mg L-1 de N no substrato, porém o teor e o acúmulo de N na parte aérea das bananeiras foram menores. A contribuição de bactérias diazotróficas no crescimento de bananeiras é demonstrada pela primeira vez.

The use of inspiring experimental demonstrations is a fundamental tool for teaching complex scientific concepts in secondary schools. In this article we present the bioelectrogenic column, an experimental system that joins the classic Winogradsky column to the most recent findings in the field of applied microbiology. With this system we can visualise physical, chemical and biological processes that are at the heart of a sound scientific education. Furthermore, the bioelectrogenic column had been designed to demonstrate the existence of bacteria capable of producing electric energy, an astonishing phenomenon that leaves students highly inquisitives, a key for stimulating their participation. This system has been presented in various scientific outreaching activities for secondary school, always awakening a strong interest in the audience. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Este trabalho teve como objetivo avaliar a ocorrência, isolar e identificar fungos micorrízicos arbusculares associados à cultura da mandioca (Manihot esculenta). Amostras de solo rizosférico e de várias partes da planta (raízes, tubérculos, manivas e folhas) de locais nos Estados do Rio de Janeiro, São Paulo e Paraná, foram inoculadas nos meios LGI-P, NFb-malato e NFb-GOC, avaliando-se o número mais provável de células e a atividade de redução de acetileno. Bactérias diazotróficas foram isoladas de todas as partes da planta, com exceção das folhas, sendo identificadas como Klebsiella sp., Azospirillum lipoferum e uma bactéria denominada "E", provavelmente pertencente ao gênero Burkholderia. A Bactéria E acumulou de 7,63 mg a 14,84 mg de N/g de C em meio semi-sólido, isento de N, e conseguiu manter a capacidade de fixação biológica de N, mesmo após uma dezena de repicagens consecutivas. A colonização micorrízica variou de 31% a 69%, e a densidade de esporos de 10 a 384 esporos/100 mL de solo, predominando as espécies Entrophospora colombiana e Acaulospora scrobiculata no Rio de Janeiro, A. scrobiculata e Scutellospora heterogama no Paraná e em Piracicaba (São Paulo) e A. appendicula e S. pellucida em Campinas (São Paulo).

La presencia de vertimientos líquidos con contenidos de colorantes ha generado deterioro en la calidad del agua de las fuentes que reciben esta descarga, desfavoreciendo sus características estéticas, organolépticas y la presencia de fauna íctica debido a las interferencias que provocan con el ingreso luz natural para que se dé la productividad primaria en estos ecosistemas, de esta forma se deterioran los eslabones en la cadena trófica y la pérdida de biodiversidad; es por ello, que es importante las iniciativas para disminuir la demanda de bienes y servicios ambientales, además, de los pasivos ambientales entorno a los vertimientos coloreados, de esta forma, mediante este estudio de degradación del colorante rojo Punzó se pretende dar solución e incrementar la capacidad técnica y científica entorno al tratamiento de efluentes con presencia de colorantes azoicos como es el caso del rojo Punzó. El presente trabajo determinó la biodegradabilidad anaerobia del colorante Rojo Punzó empleando recuentos microbianos.

Las poblaciones microbianas de ambientes salinos están adaptadas fisiológicamente a condiciones extremas de salinidad y escasez de oxígeno, y son las principales responsables del retorno de elementos químicos a la atmósfera en este tipo de sistemas. La laguna Mar Chiquita es un extenso lago salado de la provincia de Córdoba (Argentina), que ha sido muy poco explorado, en particular en sus aspectos microbiológicos. En este trabajo se presenta una primera aproximación al conocimiento de sus comunidades microbianas y se analizan las eventuales interacciones entre los diferentes metabolismos microbianos y las condiciones ambientales de la laguna. En muestras de agua y sedimentos de sitios costeros y aguas abiertas a distinta profundidad, se analizaron las características físicas y químicas y la abundancia de los grupos metabólicos microbianos involucrados en la degradación de compuestos orgánicos y en el ciclado de nitrógeno, hierro y azufre. La laguna presentó una comunidad microbiana abundante, en la que se observaron todos los grupos analizados, si bien los oxidadores de amonio fueron escasos. Las diferencias en abundancia y distribución de los diferentes grupos metabólicos podrían explicarse mediante los factores que regulan las disponibilidad de oxígeno y los aportes de carbono orgánico alóctono y autóctono. La reducción del sulfato parece ser un metabolismo preponderante, probablemente debido a la concentración elevada de sulfato en el agua y a la reducida capacidad de disolver oxígeno del agua salada. La presencia de organismos aeróbicos en ambientes con alta salinidad respondería a la interacción con organismos fotótrofos oxigénicos (cianobacterias). Por último, el metabolismo del nitrógeno parece ser muy conservador debido a la cantidad elevada de microorganismos fijadores y a la escasa abundancia de nitrato-reductores.

Em solos com baixa disponibilidade de fósforo, como os de terra firme da Amazônia, a habilidade de estirpes de rizóbio de solubilizar compostos de fosfato inorgânico é extremamente importante. Assim, o objetivo deste trabalho foi determinar a capacidade de solubilização de fosfato de cálcio (P-Ca) e fosfato de alumínio (P-Al) de isolados de rizóbio de solos na Amazônia em laboratório e a eficiência simbiótica dos isolados em aumentar os conteúdos de N e P em caupi. Os isolados de rizóbio foram avaliados em meios específicos para solubilização desses fosfatos por um período de 15 dias, obtendo-se os seus índices de solubilização (I.S.). Dos 205 isolados avaliados, 68 solubilizaram P-Ca, 47 solubilizaram P-Al e 32 solubilizaram tanto P–Ca quanto P–Al. Entre 14 isolados solubilizadores testados, 8 (INPA R820, INPA R825, INPA R843, INPA R894, INPA R914, INPA R917, INPA R969 e INPA R982) proporcionaram maiores teores de P na parte aérea, consequentemente melhor eficiência na utilização de P e N pelas plantas assim como maior matéria seca da parte aérea.

On soils with low available phosphorus, such as the Amazonian upland, the ability of rhizobium strains to solubilize inorganic phosphates is of extreme importance. The objective of this work was to determine the ability of rhizobium isolates from Amazonian soil to solubilize calcium and aluminum phosphate in laboratory, and their symbiotic efficiency to increase N and P contents in cowpea. The rhizobium isolates were evaluated on specific growth media during a period of 15 days, when solubilizing indexes (S.I.) were obtained. From the 205 isolates, 68 solubilized P-Ca and 47 solubilized P-Al, and 32 solubilized P-Ca as well as P-Al. Among the 14 isolates with highest solubilizing activities, eight isolates (INPA R820, INPA R825, INPA R843, INPA R894, INPA R914, INPA R917, INPA R969 and INPA R982) provided higher shoot P and N contents and dry matter. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

A.J. Kluyver and C.B. van Niel introduced many scientists to the exceptional metabolic capacity of microbes and their remarkable ability to adapt to changing environments in The Microbe's Contribution to Biology. Beyond providing an overview of the physiology and adaptability of microbes, the book outlined many of the basic principles for the emerging discipline of microbial ecology. While the study of pure cultures was highlighted, provided a unifying framework for understanding the vast metabolic potential of microbes and their roles in the global cycling of elements, extrapolation from pure cultures to natural environments has often been overshadowed by microbiologists' inability to culture many of the microbes seen in natural environments. A combination of genomic approaches is now providing a culture-independent view of the microbial world, revealing a more diverse and dynamic community of microbes than originally anticipated. As methods for determining the diversity of microbial communities become increasingly accessible, a major challenge to microbial ecologists is to link the structure of natural microbial communities with their functions. This article presents several examples from studies of aquatic and terrestrial microbial communities in which culture and culture-independent methods are providing an enhanced appreciation for the microbe's contribution to the evolution and maintenance of life on Earth, and offers some thoughts about the graduate-level educational programs needed to enhance the maturing field of microbial ecology. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

The discoveries over the last decade have demonstrated that microbiology is a central scientific discipline with practical applications in agriculture, medicine, bioremediation, biotechnology, engineering, and other fields. It is clear that the roles of microbes in nature are so diverse that the process of mining this genetic variation for new applications will continue long into the future. Moreover, the rapid rate of microbial evolution ensures that there will be no permanent solution to agricultural, medical, or environmental problems caused by microbes. These problems will demand a continual stream of creative new approaches that evolve along with the microbes. Thus, the excitement of this field will continue long into the future. However, these opportunities and imperatives demand a deep understanding of basic microbial physiology, genetics, and ecology. Major challenges that lay ahead are to impart the broad training needed to entice and enable the next generation of microbiologists, and to educate the public and government representatives about the continued and critical importance of this field for health and the economy. [ABSTRACT FROM AUTHOR]