Search

Population structure causes genome-wide linkage disequilibrium between unlinked loci, leading to statistical confounding in genome-wide association studies. Mixed models have been shown to handle the confounding effects of a diffuse background of large numbers of loci of small effect well, but do not always account for loci of larger effect. Here we propose a multi-locus mixed model as a general method for mapping complex traits in structured populations. Simulations suggest that our method outperforms existing methods, in terms of power as well as false discovery rate. We apply our method to human and Arabidopsis thaliana data, identifying novel associations in known candidates as well as evidence for allelic heterogeneity. We also demonstrate how a priori knowledge from an A. thaliana linkage mapping study can be integrated into our method using a Bayesian approach. Our implementation is computationally efficient, making the analysis of large datasets (n > 10000) practicable.

Simulation of floods in the river Desaguadero basin A hydrological study of the Desaguadero river, effluent of the lake Titicaca (3810 m.s.n.m.) and tributary of the Lake Poopó (3686 m.s.n.m.), has been carried out on a rainfall - runoff modelation. An analysis of the existing models allowed to select two models (HEC-1 and RORB), which are the most adequate for the available data and the characteristics of this region. The analysis and the simulation of the floods, show the existence of losts between Ulloma and Chuquiña, as a result of a complex interaction between the evaporation and the infiltration. These features lead to introduce a coefficient for lost within the process of modelation, in order to improve the simulation. In a second stage, the stochastic component has been added to the process, thus establishing a hybrid model, permitting the residuals to be independent with a constant variance., Simulation de crues dans le bassin de la rivière Desaguadero Une étude hydrologique de la rivière Desaguadero, effluent du lac Titicaca (3 810 m.s.n.m.) et tributaire du lac Poopó (3 686 m.s.n.m.), basée sur la modélisation pluie-ruissellement, a été réalisée en deux étapes. Tout d'abord, l'analyse des modèles existants a permis la sélection des deux modèles HEC-1 et RORB comme étant les mieux adaptés aux données disponibles et aux caractéristiques de la région. L'analyse et la simulation des crues montrent l'existence de pertes entre Ulloma et Chuquiña, interprétée comme résultat de l'interaction complexe entre l'évaporation et l'infiltration. L'introduction d'un coefficient de pertes, lors de la modélisation, a amélioré la simulation. Comme seconde étape, une composante stochastique a été ajoutée pour établir ainsi un modèle mixte qui a permis d'obtenir des résidus indépendants avec une variance constante., Un estudio hidrológico del río Desaguadero, efluente del lago Titicaca (3810 m s.n.m.) y tributario del Lago Poopó (3686 m s.n.m.) ha sido realizado en base a una modelación precipitación-caudal. Un análisis de los modelos existentes permitió retener dos modelos (HEC-1 y RORB), como los más adecuados a los datos disponibles y a las características de esta región. El análisis y simulación de las crecidas muestran la existencia de pérdidas en el tramo Ulloma-Chuquiña, como efecto de una interacción compleja de la evaporación y de la infiltración. Este elemento ha inducido a introducir un coeficiente de pérdidas dentro el proceso de modelación, a fin de mejorar la simulación. En una segunda etapa, la componente estocástica ha sido adicionada al proceso, estableciendo de esta manera un modelo mixto, permitiendo la obtención de residuos independientes con una varianza constante., Gárfias Jaime, André Cécile, Llanos Hilario, Antigüedad Iñaki. Simulación de crecidas en la cuenca del río Desaguadero. In: Bulletin de l'Institut Français d'Études Andines, tome 24, N°3, 1995. Eaux, glaciers & changements climatiques dans les Andes tropicales. pp. 449-460.

Dans le cas des modeles a risques proportionnels, la fonction de risque d'un animal λ(t), c'est-a-dire sa probabilite de mourir ou d'etre reforme au temps t sachant qu'il est vivant juste avant t, a la forme λ(t) = λ 0 (t)e W'e ou λ 0 (t) est une fonction de risque «de base» et e W'e represente l'effet des covariables w sur le taux de reforme. Une distribution peut etre associee aux termes sq de θ, identifiant, par exemple, des effets genetiques et conduisant a des modeles de survie mixtes, aussi appeles modeles de fragilite. Pour l'estimation des parametres τ de la distribution des termes aleatoires, une analyse bayesienne est proposee. Les inferences statistiques sont faites a partir de la densite marginale a posteriori π(T) qui peut etre obtenue a partir de la distribution conjointe a posteriori par integration laplacienne, une technique liee aux approximations point-selles. La validite de cette technique est demontree ici a partir d'exemples simules, en comparant les resultats de l'approximation de π(τ) avec ceux obtenus apres integration algebrique. Cette derniere correspond a un calcul exact realisable uniquement dans des cas tres particuliers, alors que l'approximation point-selle peut etre appliquee dans des situations ou λ 0 (t) est completement arbitraire (modeles de Cox) ou parametrique (par exemple, de type Weibull), ou les termes aleatoires sont correles a travers une matrice de parente connue, ou avec des modeles plus generaux avec stratification et/ou covariables dependantes du temps. L'influence du taux de censure et de la structure des donnees est aussi illustree.