Search

Amaç:Spermatogenezprimordiyalgerm hücrelerinin çeşitli aşamalardan geçerek sperm üretilme sürecidir.Bu süreçte hem kromozomal seviyede meydana gelen sayısal ve yapısal bozukluklar hem de gen düzeyinde oluşan mutasyonlar infertiliteye neden olabilir. Y kromozomu, erkek germ hücrelerinin gelişimi ve devamlılığından sorumlu olduğundan infertilitede temel rol oynar. Bu çalışmada infertil erkeğin değerlendirilmesinde, semen analizi doğrultusunda Y kromozom mikrodelesyon testinin klinik açısından önemi araştırılmıştır.Materyal-Metod: Bu retrospektif çalışmada 2011-2018 yılları arasında özel bir merkeze başvuran toplam 1606 hastanın (NOA, oligozoospermik ve kriptozoospermik ) Y kromozomu mikrodelesyon sonuçları incelenmiştir.Bu çalışmada incelenen sonuçlar PCR ve elektroforez yöntemiyle elde edilmiştir.Y kromozomu mikrodelesyonu için `GML Y ChoromosomeMicrodeletion Kit` kullanılmıştır. Y kromozom mikrodelesyon testi çalışılmış hastalar aynı zamanda FSH,LH, Testosteron, hasta yaşı, infertilite tipi , microTESE de sperm eldesi yönünden değerlendirilmiştir.Bulgular:Dataları incelenen infertil erkekler Y kromozom mikrodelesyonu bulunan hastalar ve Y kromozom mikrodelesyonu bulunmayan hastalar olarak iki grupta değerlendirilmiştir.Y kromozomu mikrodelesyonu bulunan hastalarda mikro TESE operasyonu yapılan hasta sayısı 26(%46,43); mikroTESE operasyonu sonucunda sperm elde edilemeyen hasta sayısı 13(%21,3) tür.Y kromozom mikrodelesyonu bulunmayan hastalarda mikroTESE operasyonu yapılan hasta sayısı 568(%38,4) ; mikroTESE operasyonu sonucunda sperm elde edilemeyen hasta sayısı 291 dir. İki grup arasında mikroTESE operasyon sonucu sperm elde edilmeme oranları açısından anlamlı bir fark gözlenmemiştir(p:0,628). Y kromozom mikrodelesyon tespit edilen 61 hastanın 3'ünde (%4,91) AZFa delesyonu, 2'sinde (%3,27) AZFb delesyonu , 56'sında(%91,8) ise AZFc delesyonu tespit edildi.Sonuç: İnfertil erkek olguların Y kromozom durumlarının bilinmesi, genetik defekt açısından gereksiz medikal veya cerrahi tedavilerin yapılmasını önleme açısından da aydınlatıcı olacaktır. Aim: Spermatogenesis is the process of producing sperm through various stages of primordial germ cells. In this process, chromosomal level of numerical and structural disorders or mutations at gene level may couse of infertility. Among them, the Y chromosome is essential because it is responsible fort he change and continuity of male germ cells. In this study, the importance of Y chromosome microdeletion test for the evaluation of infertile men was investigated.Materials and methods: In this retrospective study, the results of the microdeletions of y chromosomes of 1606 patients who applied to a private center between 2011-2018 were examined. The results of this study were obtained by PCR and electrophoresis. `GML Y Choromosome Microdeletion Kit` wed for y choromosome microdeletions.FSH,LH,testosterone, patient age, infertility type, micro TESE were evaluated on the same patients.Results: The infetile men whose data were analyzed were avaluated in two groups as patients with y chromosome microdeletion and patients without y chromosome microdeletion. Number of patients undergoing TESE operation who with y choromosome microdeletion 26(46,43%); Number of patients who could not find sperm in TESE operation 13 (21,3%). Number of patients under going micro-TESE operation who without y choromosome microdeletion 568 (38,4%): Number of patients who could not find sperm in TESE operation 291.No significant difference was observed between the two groups in terms of non-sperm retention rates.Conclusions:Knowing the Y chromosome states of infertile male cases will also be illuminating in terms of preventing unnecessary medical or surgical treatments for genetic defects. 49

Körfareler genel görüşe göre Türkiye Cumhuriyeti sınırları içerisinde 3 tür ile temsil edilmektedir. Türkiye körfarelerin gen kaynağı olmasına rağmen, yapılan çalışmalar ağırlıklı olarak kromozomlar ve morfoloji üzerine yoğunlaşmış, sınırlı sayıda genetik çalışma yapılmıştır. Bu tez çalışmasında, Anadolu'da geniş bir yayılış alanına sahip olan Nannosplax xanthodon popülasyonları arasındaki genetik farklılıklar ilk kez Y kromozomu, yani babasal hat üzerinden ortaya çıkarılmaya çalışılmıştır. Bu amaçla, söz konusu kromozom üzerinde yer alan ZFY ve SMCY8 gen bölgeleri PCR yöntemi ile çoğaltılarak dizi analizleri yapılmış ve farklı filogenetik yaklaşımlar ile değerlendirilmiştir. 60 lokaliteden 12 farklı diploit kromozom (2n = 36, 38, 40, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60) sayısına sahip 65 erkek bireyin kullanıldığı çalışma sonucunda, ZFY gen bölgesi için 6, SMCY 8 gen bölgesi için ise 8 farklı haplotip tespit edilmiştir. İki gen bölgesi için de yapılan filogenetik analizler benzer örüntüler verirken, Anadolu' da yayılış gösteren Nannosplax xanthodon popülasyonunun genetik olarak iki ana gruba ayrıldığı net şekilde görülmektedir. Özellikle İç Anadolu ve çevresini kapsayan merkez popülasyonunun daha önceki çalışmalarda da belirtildiği şekilde diğer örneklerden ayrıldığı görüşü desteklenmiştir., Mole rats are represented by three species in the Republic of Turkey according to the general opinion. Although Turkey is a source of mole rat genes, studies have mainly focused on the chromosome and morphology was made a limited number of genetic studies. In this thesis, the genetic differences between the populations of Nannosplax xanthodon species which have a wide spread area in Anatolia have been tried to be revealed for the first time on the Y chromosome, that is, on the paternal line. For this purpose, ZFY and SMCY 8 gene regions on the chromosome Y were amplified by PCR method and sequence analyzes were performed and evaluated with different phylogenetic approaches. As a result of the study using 65 male subjects with 12 different diploid chromosomes (2n = 36, 38, 40, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60) from 60 localities, 6 for ZFY and 8 different haplotypes were detected for the SMCY 8 gene region. While phylogenetic analyzes performed for two gene regions give similar patterns, it is clearly seen that Nannosplax xanthodon species distributed in Anatolia is genetically divided into two main groups. In particular the view that separated from the other sample as stated in previous studies of population centers including Turkey and the surrounding interior is supported.

Amaç: Bu çalışma en az bir yıl evli olmalarına rağmen çocuk sahibi olamamış primer infertilite ön tanılı non-obstrüktif azospermili (NOA) erkek bireylerde AZFc (sY254, sY255) ve TTY2 gen ailesi (TTY2L2A ve TTY2L12A), mikrodelesyonlarının oranlını saptamak ve karşılaştırmak için yapılmıştır.Gereç ve Yöntem: Laboratuarımıza başvuran 100 infertil ve 100 fertil kontrol erkeğe öncelikle sitogenetik analiz yöntemi uygulanmış ve kromozomal anomali yönünden değerlendirilmiştir. Ayrıca olgulara Real Time PCR tekniği uygulanarak AZFc ve TTY2 gen ailesi mikrodelesyonlarını taşıyıp taşımadıkları araştırılmıştır. Ayrıca bu çalışmada hasta ve normal fertil kontrolde AZFc mikrodelesyonunun sıklığı, TTY2 gen ailesi, yani TTY2L2A ve TTY2L12A ile karşılaştırıldı.Bulgular: Çalışma serisini oluşturan 100 olgudan 71 olgunun (%71) normal karyotipe (46,XY), 16 olgunun Klinefelter ve 13 olgunun da (%13) yapısal kromozomal anomalili karyotipe sahip olduğu görüldü.Bu çalışmada, AZFc bölgelerinden Sy254'de hem fertil kontrol hem de NOA'lı infertil vakalarda mutasyon tespit edilmemiştir. Sy255 mikrodelesyonu fertil kontrollerde görülmezken, NAO olguların 1'inde (% 1) görülmüştür. TTY2L2A mikrodelesyonu fertil kontrollerde görülmemiştir, fakat NOA'lı olguların 1'inde (% 1) mikrodelesyon tespit edilmiştir (p>0,05). Ayrıca 100 NOA hastasının 11'inde (% 11) TTY2L12A mikrodelesyonu olduğu görülmüş ve normal kontrolde 5 vakada (%5) TTY2L12A mikrodelesyonu saptanmıştır (p>0,05).2Sonuç: Çalışmamızdaki infertil azoospermili hastalarda AZFc mutasyonlarına oranla daha yüksek oranlarda görülen TTY2 gen ailesinde delesyonların, TTY2L2A ve TTY2L12A genlerinin de erkek infertilitesi için yeni bir markır olarak kullanılabileceğini, rutin olarak taranan AZF genleri kadar önemli olabileceği sonucunu doğurmaktadır.Anahtar Kelimeler: obstrüktif olmayan azospermi; Y kromozomu mikrodelesyonu; AZFc; TTY2 genleri Aim: This study was carried out to determine and compare the ratio of AZFc (sY254, sY255) and TTY2 gene family (TTY2L2A and TTY2L12A) microdeletions in male patients with non-obstructive azoospermia (NOA) who had been married for at least one year.Material and Method: In this study, 100 infertile and 100 fertile control men who applied to our laboratory were firstly subjected to cytogenetic analysis method and evaluated for chromosomal anomaly. In addition, the patients were evaluated by using Real Time PCR technique in order to determine whether they carry AZFc and TTY2 gene family microdeletions. In addition, the frequency of AZFc microdeletion in patients and normal fertile controls was compared with TTY2 gene family, namely TTY2A2A and TTY2A12A.Results: Of the 100 cases that included the study series, 71 cases (71%) had normal karyotera (46, XY) and 16 Klinefelter ( 16%) and 13 cases (13%) had a karyotype with structural chromosomal anomaly.In this study, no mutation was detected in both fertile control and NOA infertile cases in Sy254 from AZFc regions. Sy255 microdeletion was not seen in fertile controls, while NAO was observed in 1 (1%) cases (p>0,05). TTY2L2A microdeletion was not observed in fertile controls, but 1 (1%) of NOA cases had microdeletion. In addition, TTY2L12A microdeletion was observed in 11 (11%) of 100 NOA patients and TTY2L12A microdeletion was detected in 5 cases (5%) under normal control (p>0,05).4Conclusion: In our study, it is concluded that in TTY2 gene family, TTY2L2A and TTY2L12A genes can be used as a new marker for male infertility in routine infertile azoospermia patients compared to AZFc mutations.Keywords: non-obstructive azoospermia; Y-chromosome microdeletion; AZFc; TTY2 genes 66

TEZ11181 Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2018. Kaynakça (s. 66-73) var. xii, 74 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm. Y kromozomu, telomer bölgelerinde bulanan psödo-otozomal bölgeleri dışında, rekombinasyona uğramaması sebebi ile Y kromozomundaki değişimler sadece mutasyonlar aracılığıyla oluşmakta ve bu mutasyonlar kişiler arasında ayrım yapabilmeyi sağlayabilmektedir. Bu sebeple Rapidly Mutating Y-STR (RM Y-STR) adı verilen mutasyon oranları yüksek lokuslar incelenmektedir. Yapılan çalışmalarda; DYF387S1, DYF399S1, DYF403S1ab, DYF404S1, DYS449, DYS518, DYS526ab, DYS547, DYS570, DYS576, DYS612, DYS626 ve DYS627 lokuslarının adli kullanıma uygun olduğu gözlemlenmiştir. Bu 13 RM Y-STR ile dünya genelinde birçok popülasyon çalışması yapılmaktadır. Sonuçlar incelendiğinde verilerin rutin adli kullanıma uygun olduğu görülmektedir. Bu çalışmada Ç.Ü. Tıp Fakültesi Adli Tıp Anabilim Dalı’nda otozomal STR lokusları ile baba-oğul olduğu doğrulanan 100 örnek çiftinde 13 RM-YSTR lokusunun mutasyon oranları saptanmıştır. Çalışma sonucunda 13 RM Y-STR lokusunun multipleks PCR’ı optimize edilmiş ve rutin kullanıma hazır hale getirilmiştir. Çalışılan 13 RM-YSTR lokusundan en yüksek ayrım gücüne sahip lokusun DYF399S1 (GD = 0.996161), en düşük ayrım gücüne sahip lokusun DYS576 (GD = 0.786868) olduğu görülmüştür. 13 lokusun haplotip çeşitliliği ise 1.000000’dir. Mutasyon oranları; DYS612 lokusunun 3.0 x 10-2 (95% CI, 0.0062-0.0852), DYF399S1 lokusunun 6.0 x 10-2 (95% CI, 0.0223-0.1260), DYS547 lokusunun 2.0 x 10-2 (95% CI, 0.0024-0.0704), DYF404S1 lokusunun 3.0 x 10-2 (95% CI, 0.0062-0.0852), DYS626 lokusunun 1.0 x 10-2 (95% CI, 0.0002-0.0545), DYS576 lokusunun 2.0 x 10-2 (95% CI, 0.0024-0.0704), DYS627 lokusunun 1.0 x 10-2 (95% CI, 0.0002-0.0545), DYS570 lokusunun 2.0 x 10-2 (95% CI, 0.0024-0.0704), DYF387S1 lokusunun 2.0 x 10-2 (95% CI, 0.0024-0.0704) ve DYS449 lokusunun 1.0 x 10-2 (95% CI, 0.0002-0.0545)’dir. DYS526 a, DYS526 b ve DYS518 lokuslarında mutasyon gözlenmemiştir. 13 lokusun ortalama mutasyonu ise 1.77 x 10-2 (95% CI, 0.0005-0.0067)’dir. Paternal soydaş şahısların karıştığı cinsel saldırı gibi zorlu vakalarda kimliklendirme için 13 RM Y-STR lokusu önemli sonuçlar verebilir. Ek olarak bu set zorlu soybağı davalarında ve şüphelenilen babaların paternal soydaş olduğu babalık davalarında sonuçların belirlenmesini kolaylaştıracaktır. The Y chromosome changes occurs only through mutations due to this chromosome do not recombinate except of the pseudo-autosomal area found in telomere areas. These mutations allow people to be distinguished between. Y chromosome constitutes an important place in paternity cases, brotherhood determination, sexual assaults and evolutionary studies. Therefore, loci with high in mutation rates called Rapidly Mutating Y-STR (RM Y-STR) are examined. In the studies conducted, it was observed that DYF387S1, DYF399S1, DYF403S1ab, DYF404S1, DYS449, DYS518, DYS526ab, DYS547, DYS570, DYS576, DYS612, DYS626 and DYS627 loci are appropriate for forensic use. Numerous population studies are conducted worldwide with these 13 RM Y-STR. The results analyzed are shown to be suitable for routine use of forensic analysis. In this study, mutation rates of 13 RM Y-STR will be determined by using 100 sample pairs that are confirmed to be father-son with autosomal STR loci in Ç.U. Faculty of Medicine, Department of Forensic Medicine. At the end of the study, the multiplex PCR of 13 RM Y-STR locus was optimized and made ready for routine use. It is seen that the locus with the highest discrimination power from the 13 RM-YSTR loci studied is DYF399S1 (GD = 0.996161) and the locus with the lowest discrimination power is DYS576 (GD = 0.786868). Mutation ratios; for DYS612 was 3.0 x 10-2 (95% CI, 0.0062-0.0852), DYF399S1 was 5.0 x 10-2 (95% CI, 0.0223-0.1260), for DYS547 was 2.0 x 10-2 (95% CI, 0.0024-0.0704), for DYF404S1 was 3.0 x 10-2 (95% CI, 0.0062-0.0852), for DYS626 was 1.0 x 10-2 (95% CI, 0.0002-0.0545), for DYS576 was 2.0 x 10-2 (95% CI, 0.0024-0.0704), for DYS627 was 1.0 x 10-2 (95% CI, 0.0002-0.0545), for DYS570 was 2.0 x 10-2 (95% CI, 0.0024-0.0704), for DYF387S1 was 2.0 x 10-2 (95% CI, 0.0024-0.0704) and for DYS449 was 1.0 x 10-2 (95% CI, 0.0002-0.0545). There were no mutation at DYS526 a, DYS526 b and DYS518 loci. Mean mutation ratio for 13 loci was 1.77 x 10-2 (95% CI, 0.0005-0.0067). Mean hapotype diversity for 13 locis was 1.000000. In hard cases such as identification of suspects in sexsual assault cases which involved by individuals who had same male lineage 13 RM Y-STR loci can provide crucial results. Moreover this set will facilitate to determination of hard paternity cases such as suspected fathers share same paternal lineage. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TYL-2016-7550.

Y kromozomunun yapısal anomalileri sıklıkla testiküler disfonksiyon ile ilişkilidir. Bu anomaliler Y kromozomunun uzun ya da kısa kolununun delesyonları, izokromozom Y, izodisentrik Y kromozomu, ve ring Y kromozomu olabilir. Ring Y kromozomuna sahip hastalar Turner sendromu, ambiguus genitalya, kısa boy, infertilite gibi birçok farklı fenotiple karşımıza çıkabilmektedir. SHOX (short stature homeobox-containing) geni X ve Y kromozomlarının psödootozomal 1 (PAR1) bölgelerinde yer alır ve bir kopyasında görülen fonksiyon kaybı boy kısalığı ile ilişkilidir. Bu çalışmada infertilite nedeniyle polikliniğimize başvuran ve konvansiyonel sitogenetik analiz sonucunda 46,X,r (Y)/45,X mozaikliği tespit edilen hastada, Y kromozomunda ring yapıya ek olarak SHOX geni delesyonunun nadir görülen birlikteliği sunulmuştur., Structural rearrangements of the Y chromosome are frequently associated with testicular dysfunction. These anomalies may be long or short arm deletions of Y chromosome, isochromosome Y, isodicentric Y chromosome, and ring Y chromosome. Patients with ring Y chromosome can present with many different phenotypes, such as Turner's Syndrome, ambiguous genitalia, short stature and infertility. The SHOX (short stature homeobox-containing) gene is located in the pseudoautosomal 1 (PAR 1) region of the X and Y chromosomes and loss of function of one copy is associated with short stature. In this study, we present a rare combination of SHOX gene deletion in addition to the ring structure of Y chromosome in a patient who was referred to our clinic with infertility and having 46,X,r (Y) /45,X mosaicism as a result of conventional cytogenetic analysis.

Y kromozomu mikrodelesyonları, azosperminin en yaygın nedenidir veazospermik infertil erkeklerin %5-15'inde görülmektedir. Azospermik erkeklerin bir kısmında, Y kromozomunun uzun kolunda (Yq) delesyonların saptanması üzerine spermatogenezin bu bölgeden regüle edildiği tahmin edilmiştir ve bu bölge azospermi faktör bölgesi (AZF) olarak tanımlanmıştır. Sperm gelişimi ve farklılaşmasından sorumlu olan AZF bölgesi, AZFa, AZFb, AZFc bölgelerini içermektedir Bu bölgeler çok kopyalı gen aileleri içerir. Yöntem karşılaştırması amacıyla planladığımız bu çalışmamızda; Üroloji Anabilim Dalı'na başvurup, detaylı öykü alımı, fizik muayene ve sperm analizleri yapıldıktan sonra herhangi bir ek sağlık problemi olmayan, klinik olarak azospermi tanısı alan hastalar Tıbbi Genetik polikliniğimize yönlendirilmiştir. Sitogenetik analiz sonrasında normal karyotipe sahip olduğu belirlenen ve multipleks PCR (mPCR) ile yapılan moleküler analiz sonucunda normal olarak değerlendirilen 50 azospermik bireyden oluşan hasta grubumuz ve 15 fertil bireyden oluşan kontrol grubumuz MLPA yöntemiyle analiz edilmiştir. Daha önce mPCR (Polymerase Chain Reaction) analiz yöntemiyle delesyon saptanmayan hasta grubumuzun 8 bireyinde %16 oranında MLPA tekniği ile AZFc ve AZFb bölgelerine ait parsiyel delesyonlar saptanmıştır. AZFb bölgesinde yerleşen EIF1AY geninde delesyon 2 hastada, AZBb+c bölgesindeki EIF1AY ve BPY2 genine ait parsiyel delesyonlar ise sadece 1 hastada görülmüştür. Bunun yanısıra yine 5 hastada AZFc bölgesinde yerleşen BPY2 geninde parsiyel delesyonlar tespit edilmiştir. Fertil bireylerden oluşan kontrol grubumuzda herhangi bir değişiklik saptanmamıştır.Bu yöntem; daha geniş bölgeleri kapsayan mikrodelesyon/mikroduplikasyon analizinin yapılabilmesine ve bunun yanısıra detaylı genotip/fenotip korelasyonlarının kurulmasına yardımcı olacaktır. AZF bölgelerinin parsiyel ve komplet delesyonların erkek infertilitesine etkilerinin araştırılması açısından mPCR yöntemine kıyasladığımızda MLPA yönteminin daha elverişli olduğunu düşünmekteyiz. Buna sebep ise, saptanabilecek bazı delesyonların oluştuğu bölgelerin rutinde kullanılan mPCR yöntemiyle bakılan bölgeler arasında olmaması ile ilişkilendirilebilir. Multipleks PCR yöntemi ile çalışıldığı zaman bu bölgelere özgü primerlerin dizayn edilmesi gerekirken, MLPA yöntemiyle tek prob miksle analiz edilebilmektedir. Y chromosome microdeletions are the most common cause of azospermia and occur in 5-15% of infertile men with azospermia. In some of the azoospermic males detection of deletions in the long arm (Yq) of the Y chromosome predicted that spermatogenesis was to be regulated from this region, which was defined as the azoospermia factor region (AZF). The AZF region which responsible for sperm development and differentiation contains regions AZFa, AZFb, AZFc. These regions contain multiple copies of gene families. Azospermia is seen as a pre-meiotic spermatogenic arrest or SCOS (Sertoli cell-only syndrome).In this study which we planned to compare the methods; patients who applied to the Department of Urology and received clinical history of azoospermia without any additional health problems after detailed history taking, physical examination and sperm measurements were directed to our Medical Genetics clinic. Our patient group consisting of 50 azoospermic patients and 15 fertile individuals, which are normally evaluated as a result of cytogenetic and molecular analyzes, has been analyzed by MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) method. Partial deletions of AZFc and AZFb regions were detected by MLPA technique in 8 (16%) patients which had no deletions were detected by previously analyzed multiplex PCR method. Partial deletions of the EIF1AY and BPY2 genes were seen in 2 patients in the AZFb locus and only in 1 patient in the AZBb+c region. In addition, in 5 patients were detected partial deletions of BPY2 gene which located in AZFc region. İn our control group which consist of fertile individuals were not determine any microdeletion or microduplication.This method will enable the analysis of microdeletions/ microduplications covering a wider area and will also assist in the establishment of detailed genotype/phenotype correlations. We think that MLPA is more suitable when compared to mPCR in terms of investigating the effects of partial and complete deletions of AZF regions on male infertility. The reason for this may be related to the fact that some of the deletions which can be detected are not among the regions examined by the mPCR method used in the routine. When using the multiplex PCR method, it is necessary to design the primers specific to these regions, it can be analyzed with a single probe mix with MLPA method. 80

Bu çalışmada, infertil (kısır) Türk erkeklerinde, cinsiyet kromozomu olan Y kromozomunun uzun kolu üzerinde, q11.23 bandında bulunan AZF bölgesindeki mikrodelesyonların saptanması hedeflenmiştir. GEREÇ ve YÖNTEM: Çalışmada; STS ( Sequence Tagged Site) bölgelerine özgül primerlerin tasarlanarak, Kuadrupleks Gerçek Zamanlı PZR Yöntemi ile Y kromozomu mikrodelesyonlarının moleküler tanısının gerçekleştirilmesi ve yöntemin duyarlılığının test edilerek, saptanan mikrodelesyonların klinik açıdan önemi ve ilişkisinin belirlenmesi planlanmıştır. Y kromozomu mikrodelesyonu tespiti, infertilitenin belirlenmesi açısından önemlidir. Erkek infertilitesinde genetik değerlendirme; infertil erkek hastalarda infertilite oluşumunun nedeninin araştırılması, fetüs oluşumu, fetüste oluşabilecek genetik hasarların ve bunlara bağlı olarak meydana gelebilecek metabolik hastalıkların öngörülerek aile ile birlikte tıbbi kararların alınması açısından önemlidir. Daha güvenilir ve doğru tedavi seçenekleri ile ilgili kararda mikrodelesyon tespitinin yol gösterici olduğu düşünülmektedir. BULGULAR ve SONUÇLAR: Çalışmada 6 infertil erkek, Y kromozomu AZF gen mikrodelesyonları yönünden incelenmiştir. Y delesyon analizi, periferal kan örneklerinden Y kromozomunun 18 bölgesinin Kuadrupleks Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyon yöntemi ile çoğaltılmasıyla gerçekleştirilmiştir. Anahtar Kelimeler: Infertilite, Y kromozomu mikrodelesyonu, AZF AIM: Our study was planned to realize molecular diagnosis of Y chromosome microdeletions by Quadrupleks Real-Time Polymerase Chain Reaction method with using specific primers to the Sequence Tagged Sites (STSs) and by testing sensitivity of this method, to determine clinical significance of microdeletion detection in infertile Turkish male. MATERIAL METHOD: Specific primers of the STSs are designed for the detection of Azoospermia Factor (AZF) gene microdeletions that gene is located on the long arm of Y chromosome. Analysis of Y chromosome microdeletions are essential to detection of infertility.The importance of genetic evaluation in male infertility is necessary for investigation of the causes of infertility formation in male infertile patients, fetus formation, foreseeing the genetic abnormalities that may ocur in the fetus and metabolic diseases associated with these abnormalities, and in taking some medical decision together with the families. It is believed that detection of microdeletion guides for a decision regarding the more reliable and accurate treatment options. RESULTS In this study, 6 infertile male were selected and examined in terms of Y chromosome AZF gene microdeletions. Peripheral blood samples were examined for Y chromosomes microdeletions by a Quadrupleks Real-Time Polymerase Chain Reaction amplification of sequence-tagged-sites (STS) of Y chromosome. Keywords: Infertility, Y chromosome microdeletions, AZF 80

Çalışmamızda, infertilite nedeniyle kliniğimize başvuran ve spermiogram tetkikindenonobstrüktif azospermi (NOA) saptanan erkek hastalardaki genetik analiz sonuçlarınındeğerlendirilmesi ve genetik olarak anormallik saptanan hastalardaki mikroskopik testikülersperm ekstraksiyonu (mikro-TESE) operasyonu sonuçlarının incelenmesi amaçlanmıştır.Eylül 2003-Ocak 2015 tarihleri arasında NOA nedeniyle mikro-TESE operasyonuyapılan 994 hasta arasından karyotip analizi ve Y kromozomu mikrodelesyonu testleri yapılan540 hasta çalışmaya dahil edildi. Bu hastalar arasında genetik analiz sonucunda Klinefeltersendromu (KS), Y kromozomu mikrodelesyonu ve diğer genetik anormallikler tespit edilenhastaların mikro-TESE operasyonundaki sperm bulma oranları, genetik analiz sonucu normalolan NOA hastalarıyla karşılaştırıldı. Ayrıca, hastaların yaşları, infertilite süreleri, testisboyutları, serum FSH ve testosteron seviyeleri ile mikro-TESE operasyonunda sperm bulmaoranları arasındaki ilişki incelendi.Mikro-TESE operasyonu yapılan tüm NOA hastalarında sperm bulma oranı %47.5 idi.Genetik analiz yapılan 540 hastada sperm bulma oranı %40 iken, genetik analiz yapılmayan454 hastada bu oran %56 idi. Karyotip analizleri sonucunda 104 hastada KS saptandı.Klinefelter sendromu saptanan hastaların 22'sinde (%21.2) mikro-TESE'de spermbulunurken, karyotip analizi normal olan hastalarda bu oran %45 idi, sperm bulma oranlarıarasındaki farklılık istatistiksel olarak anlamlı idi (p

Amaç: Kısırlık yakınmalı erkek olguların yaklaşık %30'unda bir neden bulunamamaktadır. Son yıllarda Y kromozomunun subdelesyonlarının (parsiyel delesyon) da testiküler yetmezliğe yol açarak kısırlık nedeni olabileceği öne sürülmüştür. Bu çalışmada açıklanamayan infertilite nedeniyle değerlendirilen erkek olgularda Y kromozomu üzerindeki AZFc subdelesyonları ve klinik yansımaları araştırılacaktır.Olgular ve Yöntem: Çalışma, 2008-2012 yılları arasında infertilite tanısı konulmuş, non-obstrüktif azoospermi (NOA) veya şiddetli oligozoospermi (sperm konsantrasyonu

Bu çalışmada, Türkiye'de yayılış gösteren kanid türlerinin Y kromozomal DNA'sında genetik varyasyonu araştırmak ve filogenetik ilişkilerini ortaya koymak için ilk önce kanid örneklerinin eşey tayini yapıldı. Daha sonra üç kanid türünün (Vulpes vulpes, Canis lupus ve C. aureus) Y kromozom DNA'sı üzerindeki Zfy geninin (539-562 bç) nükleotid dizileri elde edildi. Her bir tür için bir haplotip tespit edildi. Üç kanid türü için Türkiye ve Gen Bankası'ndan elde edilen DNA dizileri birlikte analiz edildi ve bu analiz her bir tür için DNA dizilerinin aynı haplotipe ait olduğunu ortaya çıkardı. Analiz sonuçlarına göre, her bir türün DNA dizileri arasında varyasyon bulunmamaktadır. Bu çalışma, üç kanid türünde analiz edilen Zfy gen bölgesinin oldukça korunmuş olduğunu gösterdi.Anahtar Kelimeler: Vulpes vulpes, Canis lupus, Canis aureus, Y kromozomu,Zfy geni, Türkiye In the present study, to investigate the genetic variation and to infer phylogenetic relationships of Turkish canids, firstly, the sex determination of canid samples were performed. Secondly, sequences of the Zfy gene (539-562 bp) on the Y chromosome DNA for three canid species (Vulpes vulpes, Canis lupus and C. aureus) were obtained. It was determined that each species had single haplotype. The sequences obtained from Turkish samples and GenBank for three canid species were analyzed together, and this revealed that all sequences belonged to single haplotype for each species. According to the present analysis, there was no variation among the sequences of each canid species. This study indicated that the Zfy gene region analyzed in three the Turkish canid species was highly conserved.Key Words: Vulpes vulpes, Canis lupus, Canis aureus, Y chromosome, Zfy gene,Turkey 73

Y kromozomundaki kısa ardışık tekrarlar (Y-STR), insan göçü ve evrim çalışmalarının yanı sıra adli DNA analizlerinde çok sık kullanılmaktadır. Y-STR?nin diğer lokuslardan farkı, Y kromozomunun NRY bölgesinin mayozda rekombinasyona uğramaması ve baba tarafından oğula değişmeden aktarılmasıdır. Bu nedenle baba tarafından akraba olan tüm erkeklerin genotipleri mutasyon haricinde birbiri ile örtüşmektedir. Bir uyumsuzluk gözlenmesi durumunda, bunun nedeninin mutasyon mu yoksa gerçek bir dışlama mı olduğunu belirleyebilmek için mutasyon oranlarının bilinmesi gerekir. Bu çalışmada, 17 Y-STR lokusunun (DYS456, DYS389 I, DYS390, DYS389 II, DYS458, DYS19, DYS385 a/b, DYS393, DYS391, DYS439, DYS635, DYS392, Y GATA H4, DYS437, DYS438, DYS448) mutasyon oranlarını belirlemek amacıyla 90 baba-oğul çiftinde 17 Y-STR lokusları çalışıldı. Üç baba-oğul çifti arasında DYS439 ve DYS458 lokuslarında mutasyon bulundu. Ortalama mutasyon oranı ise 1.96x10-3 olarak belirlendi. Ayrıca DYS389 II lokusunda bir duplikasyon (30, 31) ve DYS458 lokusunda iki farklı ara alel (19.2, 20.2) gözlendi. Ayrıca bu çalışmada, Türkiye genelindeki gen sıklıkları ve gen çeşitliliği belirlendi. Elde edilen gen sıklıkları, Türkiye?de yapılan daha önceki Y-STR çalışmalarla karşılaştırıldı. Genel Türkiye popülasyonuyla çalışılmış lokuslarda uyum gözlenmekle birlikte, bölgesel yapılan bazı çalışmalarda farklılıklar saptandı. Diğer toplumlarla karşılaştırıldığında ırklar arasında farklılıklar saptandı. Short-tandem repeats on the Y chromosome (Y-STR) have often used for forensic DNA analyses beside this, studies of human migration and evolution. The differences of Y-STR from other loci are NRY region of Y chromosome hasn?t got a recombination in meiosis and it is transferred without any changing from father to son. For these reasons, genotypes of all males who are paternal relatives overlap each other except mutation events. When incompatibility occurs, mutation rates must be known to determine that this incompatibility are occured by a mutation or a true exclusion. In this work, 17 Y-STR loci (DYS456, DYS389 I, DYS390, DYS389 II, DYS458, DYS19, DYS385 a/b, DYS393, DYS391, DYS439, DYS635, DYS392, Y GATA H4, DYS437, DYS438, DYS448) from 90 father-son pairs are used in order to estimate mutational rates. Mutations at DYS439 and DYS458 loci were detected between three father-son pairs. 1.96x10-3 was determined as the average mutation rate in the total population. In addition, a duplication in DYS389 II locus and two different intermediate alleles in DYS458 locus (19.2, 20.2) were observed. Furthermore in this study, gene frequencies and gene diversity in Turkey are determined. Gene frequencies compared with the earlier work of Y-STR in Turkey. Although there was compliance at the loci studied with overall Turkish population, some differences were found in some regional studies. The differences between races were found when the other communities data were compared. 102

Bu çalışmada, Güneydoğu Anadolu popülasyonunda 17 Y-STR lokusunun allel ve haplotip frekanslarının belirlenmesi ve Y Kromozom Haplotip Referans Veritabanı (YHRD) 'nda yer alan haplotip verilerinin analizi ile popülasyonlar arası genetik ilişkinin incelenmesi amaçlanmıştır. Y-STR lokusları periferik kandan izole edilen DNA örneklerinde AmpFlSTR® Yfiler? PCR kiti kullanılarak çoğaltılmış ve genotiplendirme ABI PRISM® 3130 Genetic Analyzer ile yapılmıştır. Verilerin analizi için ?GeneMapper Software v. 3.2? (Applied Biosystems, FosterCity, CA, USA) ve Arlequin (Versiyon 3.5) programları kullanılmıştır. Sonuç olarak, 86 bireyde 79 farklı haplotip gözlenmiş, tüm lokuslar için haplotip çeşitliliği ve ayrım gücü (DC) sırasıyla 0.99 ve 0.92 olarak hesaplanmıştır. YHRD' de yer alan farklı popülasyonlara ait haplotip verileri bu çalışmanın sonuçları ile birlikte analiz edilmiş ve en düşük genetik uzaklık değeri Güneydoğu Anadolu popülasyonu ile İran popülasyonları arasında bulunmuştur.Anahtar Kelimeler: Y-STR, Güneydoğu Anadolu, polimorfizm, genetik uzaklık In this study, it was aimed to determine the allele and haplotype frequencies of 17 Y-STR loci in Southeastern Anatolia population and investigate the genetic relationships between populations by analyzing the haplotype data present in Y Chromosome Haplotype Reference Database (YHRD). Y-STR loci were amplified in DNA samples isolated from peripheral blood by using AmpFlSTR® Yfiler? PCR kit and genotyping was done by ABI PRISM® 3130 Genetic Analyzer. ?GeneMapper Software v. 3.2? (Applied Biosystems, FosterCity, CA, USA) and Arlequin (Version 3.5) programmes were used for the analysis of the data. As a result, 79 different haplotypes were observed in 86 indivuals, the haplotype diversity for all loci and discrimination capacity (DC) were calculated as 0.99 and 0.92, respectively. The haplotype data for different populations present in YHRD were analysed together with the result of this study and the lowest genetic distance value was found between Southeastern Anatolia population and Iranian populations.Keywords: Y-STR, Southeastern Anatolia, polymorphism, genetic distance 74

İnfertilite insan popülasyonunda çiftlerin yaklaşık olarak % 10- 25'ini etkileyen bir üreme sağlığı sorunudur. Erkek faktörü, infertil çiftlerin yaklaşık % 50'sinde önemli rol oynar. Erkek faktörü infertilitesinin temel nedeni olguların yaklaşık olarak % 30-40'ında bilinmemekle birlikte özellikle nonobstrüktif azoospermide, genetik kusurların güçlü bir role sahip olduğuna inanılmaktadır.Spermatogenez sürecinde meydana gelen mayoz bölünmedeki hatalar, azoospermiye neden olan önemli bir sebeptir. Mayotik profaz I'de homolog kromozomlar arasındaki rekombinasyona, Sinaptonemal Kompleks (SC) adında üçlü bir yapı aracılık eder. SCP3 geni null mutasyonu için homozigot (Scp3-/-) olan erkek farelerde spermatogenez, aksiyal veya lateral eleman yapılarının gelişmemesi nedeni ile mayotik profaz I'in zigoten/pakiten evresinde durur ve ağır apoptotik hücre ölümünün bir sonucu olarak infertildirler.Çalışmanın amacı Türk toplumundaki non-obstruktif azoospermik infertil erkeklerde SCP3 genindeki olası mutasyonların ve/veya tek nükleotid polimorfizmlerinin araştırılmasıdır.Çalışmaya 531 infertil erkek hastadan spermiyogram sonucu Dünya Sağlık Örgütü kriterlerine göre azoospermi olan, 46,XY kromozom yapısına sahip, Y kromozom mikrodelesyonu taşımayan, birbirileri ile akrabalık ilişkisi bulunmayan 75 infertil erkek hasta ve fertilitesi doğurganlık ile kanıtlanmış 75 kontrol dahil edildi.SCP3 genine ait 9 ekson intron bölgeleri içerisinde yer alan sentetik oligonükleotid dizileri tasarlanarak PZR ile çoğaltıldı ve otomatize DNA dizi analizi yöntemi ile nükleotid dizileri belirlendi.Çalışmada SCP3 genine ait 9 eksonda mutasyon saptanmadı. Bununla birlikte NCBI SNP veri tabanında tanımlanmış yedi, tanımlanmamış dört varyasyon saptadık.Sonuç olarak, SCP3 mutasyonlarının çalışma popülasyonumuzda non obsturiktif azoospermik infertil erkek hastalarda mayotik duraksama için genetik yatkınlıkla ilişkili olmadığı, SCP3 ile birlikte sinaptonemal kompleksin diğer bileşenlerinin de (SCP1, SCP2) araştırılması gerektiği öngörüsündeyiz. Infertility is a reproductive health problem affecting about 10-25% couples in human population. Male factor plays an important role in approximately 50% of couples. Although the main cause of male factor infertility is not known in 30-40% of the cases, genetic defects are believed to have significant effect particularly in non-obtstructive azoospermia.Errors in meiotic division during spermatogenesis are major causes resulting in azoospermia. A small tripartite structure called synaptonemal complex (SC) mediates the recombination between the homologous chromosomes in prophase I of meiosis. Spermatogenesis stops at the zygotene/pachytene stage of meiotic prophase I due to the undevelopment of axial or lateral element structures in male mice that are homozygous (Scp3-/-) for the null mutation of SCP3 gene and these mice are infertile as a result of massive apoptotic cell death.The purpose of the present study is to investigate the possible mutations and/or single nucleotide polymorphisms in SCP3 gene among non-obstructive azoospermic infertile males of Turkish population.Seventy-five infertile male patients out of 531 infertile males were included in the study according to the spermiograms in which azoospermia was diagnosed with respect to World Health Organization standarts. These 75 patients were unrelated to each other and had 46,XY chromosome structure without Y microdeletion. In addition 75 indivuduals whose fertility was proven by reproduction were enrolled into study as controls. Nine exon deep intronic primers belonging to SCP3 gene were designed and amplified by PCR and the nucleotide sequences were identified by automated DNA sequence analysis.We did not detect any mutations in 9 exons of SCP3. However, we detected 11 variations 7 of which are identified in NCBI SNP database whereas 4 are not.As a result, we agree with the idea that SCP3 mutations are not associated to genetic susceptibility for meiotic arrest in infertile male patients in our study population with non-obstructive azoospermia and that further studies investigating the other components of synaptonemal complex (SCP1, SCP2) in addition to SCP3 should be conducted. 107

Çalışmamızda, Elazığ populasyonundaki erkek bireylerin Y kromozomu üzerinde bulunan 16 lokusa ait kısa ardışık tekrar dizilerinin polimorfizm oranlarının saptanması amaçlanmaktadır. Saptanan bu polimorfizm ile Türkiye populasyonuna ait Y-STR DNA bankalarının oluşturulması ve adli olaylarda Elazığ populasyonuna ait 16 Y-STR lokusunun ayırt etme gücü incelenmiştir. Ayrıca bazı soy ağacı belirleme çalışmaları ve toplu göç olaylarının aydınlatılmasında da katkı sağlayacağı düşünülmektedir.Bu çalışma, Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Adli Tıp Anabilim Dalı DNA Laboratuarında, en az üç nesil Elazığ'da yaşayan ve birbiriyle erkek atasal akrabalığı olmayan 250 erkek bireyden alınan kan örnekleri üzerinde yapıldı. Alınan kan örneklerinden Invisorb Spin Blood Mini Kit ile genomik DNA'lar elde edildi. Elde edilen izolat DNA'ların saflığı ve miktarı Nanodrop 2000c spektrofotometre cihazı ile ölçüldükten sonra AmpF/STR Y-Filer TM PCR Amplification Kiti kullanılarak istenilen lokuslara ait gen bölgeleri çoğaltıldı. PCR ürünlerinin ABI 310 Sekans cihazında elektroforezleri yapıldı ve GeneMapper Software Version 3.2 programında sonuçlar analiz edildi. Elde edilen sonuçlar Arlequin 3.0 programında değerlendirildikten sonra gözlenen haplotipler ve sıklıkları belirlendi.Türkiye'de 16 Y-STR lokuslarına (DYS456, DYS389I, DYS390, DYS389II, DYS458, DYS19, DYS385a/b, DYS393, DYS391, DYS439, DYS635, DYS392, Y GATA H4, DYS437, DYS438, DYS448) ait az sayıda, Elazığ'da ise henüz hiçbir çalışma yapılmamıştır. Y-STR sıklıkları her ülkenin toplumları için farklı olduğu gibi aynı ülkedeki etnik gruplar için bile farklı olabilmektedir. Bu nedenle yurt dışındaki çalışmalarla belirlenen Y-STR sıklıklarının Türkiye için de geçerli olduğunu varsaymak ya da bu sıklıklara dayalı işlemleri uygulamak sakıncalı ve bilimsel temelden yoksun olmaktadır. Bu çalışmada Elazığ iline ait belirleyici özel bir alel tespit edilmemiş olup, genetik çeşitliliği en yüksek lokus DYS385a/b (0,962), en düşük lokus ise DYS391 (0,473) olarak bulunmuştur. Ayrıca DYS19 lokusunda 15-16 duplikasyonu tespit edilmiştir. Tüm lokuslar dikkate alındığında 250 bireyde 250 çeşit haplotip elde edilmiş ve ayırma gücü 1.0000 olarak bulunmuştur. Elazığ populasyonu için ayırma gücünün yüksek olması sebebiyle 16 Y-STR lokusunun, babalık tayinleri ve adli olaylarda kullanımının güvenilir olacağı belirlenmiştir.Sonuç olarak, bu çalışma ile 16 Y-STR lokusu haplotipleri ile alel frekansları ve genetik çeşitlilikleri elde edilerek, bu veriler ile önceki populasyon çalışmalarının karşılaştırılmasına ve filogenetik ilişkilerin aydınlatılmasına katkı sağlanacağı düşünülmektedir.Anahtar kelimeler: Y kromozomu, kısa ardışık tekrar dizileri, haplotip, Elazığ The purpose of our study is to research the polymorphism rates in the short sequential iterative sequences of the 16 loci on the Y- chromosome of masculine individuals, who are members of the population in Elazığ. It has been aimed with the detected polymorphism to constitute Y-STR DNA banks which belong to the Turkish population, and to examine the sensibility of 16 Y-STR loci which belong to the population of Elazığ in forensic cases. It?s also considered that it will also have a share in enlightening some familytree determinations and mass migrations.This study was carried out at the DNA Laboratory of the Department of Forensic Medicines at the Firat University Faculty of Medicines, on blood species of local 250 masculine individuals in Elazığ who weren?t relatives of eachother. GenoMik DNA isolations were derived from blood species. The AmpF/STR Y-Filer TM PCR Amplification Kit of the isolated DNA were used for ingreasing the gens areas of the desired loci. The electrophoresis of PCR items was carried out with the ABI 310 Sequence Device, and the results were analyzed with GeneMapper Software Version 3.2. The haplotypes and densities which emerged after the results were evaluated with Arlequin 3.0, and were determined respectively.There are few studies related with Y-STR loci in Turkey (DYS456, DYS389I, DYS390, DYS389II, DYS458, DYS19, DYS385a/b, DYS393, DYS391, DYS439, DYS635, DYS392, Y GATA H4, DYS437, DYS438, DYS448), and none in Elazığ. Y-STR are unique for each community and are also unique for every ethnic society in the same country. Thus, considering that Y-STR densities which were determined abroad, were also valid for Turkey or applying processes based on these densities is wrong and displays a deprivation of any scientific basis. In our study, no special allele was found in Elazığ, and the highest genetic variety locus was DYS385a/b (0,962), the lowest was DYS391 (0,473). 15-16 dublication was detected in locus DYS19. 250 varieties of haplotypes were derived from 250 individuals and a sensibility of 1.0000 resulted when all the loci were taken into attention. It?s determined that the 16 Y-STR loci is reliable for paternity tests, and forensic cases because the sensibility for the population of Elazığ is high.As a result, the haplotypes, allele and haplotype frequences of locus 16 Y-STR were derived, and it?s supposed that contribution will be caused to the comparison of these data and the previous population studies, and enlightenment to the phylogenetic relations.Keywords: Y chromosome, short tandem repeat, haplotype, Elazig 76

Günümüzde Y kromozomu bireyler veya ırklar arasındaki kökensel ilişkileri bulmak amacıyla sıklıkla incelenmektedir. Y-DNA insanların yüzyıllar önce yaptıkları göçlerin haritalarını tahmin etmek için de kullanılmaktadır.Bu tez çalışmasında, Y kromozomu kısa bitişik tekrarları kullanılarak filogenetik ağaç oluşturmak için dört adımlı bir yöntem öneriyoruz. Yöntemimizi, Y-DNA G haplogrubuna ait 145 örnek üzerinde 12 kısa bitişik tekrar belirteci kullanarak uyguladık. Yöntemimizin birinci adımında örnekler arası uzaklıkları hesaplayarak bir uzaklık matrisinde tutuyoruz. İkinci adımda ise örnekleri kümelere bölüyoruz. Üçüncü adımda her bir küme için bir filogenetik ağaç oluşturuyoruz. Dördüncü adımda ise ağaçları birleştirerek tek bir büyük ağaç elde ediyoruz.Verilerimizi filogenetik ağaç oluşturmadan önce kümelere bölmek ağaç oluşturma adımını dağıtık veya paralel hale getirebilme olanağı sağlayarak büyük miktardaki verileri daha hızlı şekilde işlememizi sağlar. Kümeleme adımında bölümleme ve yoğunluk tabanlı algoritmalarını kullandık ve sonuçlarını karşılaştırarak verilerimiz için hangi yöntemin daha etkin olduğu belirttik. Filogenetik ağaç oluşturma adımında Komşu Birleştirme algoritması kullandık. Son adımda ise oluşan ağaçların her birinden bir kök seçerek onlar için Komşu Birleştirme algoritmasını uyguladık ve tüm örnekleri kapsayan büyük bir ağaç elde ettik. Today, Y chromosome is frequently examined to find ancestral relationships between individuals or ethnic groups. Y-DNA is also used for estimating the migration that humans made centuries ago.In this thesis, we propose a four-step method for constructing phylogenetic trees by using short tandem repeats of Y chromosome. We implemented our method for 12 different short tandem repeat markers on 145 samples from Y-DNA Haplogroup G. In the first step of our method we calculate pairwise distances between samples and keep them in a distance matrix. In the second step we divide the samples into clusters. In the third step we construct a phylogenetic tree for each cluster. In the fourth step we connect the trees and obtain one large tree.Clustering our data before constructing phylogenetic trees enables us to process large of data sets faster by making tree construction step parallel or distributed. In clustering process we use partitioning-based and density-based algorithms and according to the resulting clusters we show which approach is more efficient for our data. We use neighbor-joining algorithm in the phylogenetic tree construction step. In the final step, we select roots from each tree and connect the trees into one large tree by using neighbor-joining algorithm again for these roots. 96

Summary Freemartinism syndrome is a case of sterility in female twin off spring when twin pregnancy exists with the diff erent sexes, and caused by involvement of male twin’s blood stem cell factor and anti-Mullerian hormone into female twin. Freemartinism may develop in female twin at a rate of 82.5% and 92% in twins with diff erent sexes. Diff erent methods are used to determine freemartinism syndrome. However, early identification of freemartinism is very important to determine the potential of calf for breeding purposes. Early identification of freemartinism could be accomplished by cytogenetic and molecular methods via Y-specific primers. However, molecular methods are preferred due to their accuracy, ease of application and shorter duration of process. In this study, freemartinism status of three female calves born with twin male calves was investigated by polymerase chain reaction (PCR). PCR process was carried out by using two primer sets, specific to Y-chromosome. Moreover, the length of the vagina and reproductive tract was examined by transrectal ultrasonography. PCR process revealed that the two female calves had the Y chromosome, whereas the other calf did not have the Y chromosome. Furthermore, length of vagina is longer (9 cm) in a calf not having Y chromosome than the other calves, and ultrasound examination indicated the presence of cervix in a calf without Y chromosome. According to current results, it was concluded that PCR technique could be used to investigate freemartinism cases in female twin calves with male twins and non-pregnant females following recurrent breeding.

Tezimizde azoospermik ve oligozoospermik erkek hastalarda hem kromozom anomalilerinin hem de Y kromozom mikrodelesyonlarının sıklığını ve tiplerini belirlemek; saptanan genetik anomaliler ile infertil erkeklerdeki klinik veriler arasındaki ilişkiyi incelemektir. Genetik anomali saptanan azoospermik ve oligozoospermik erkeklerde, genetik anomali varlığının intrasitoplazmik sperm injeksiyonu (ICSI) sonrası fertilizasyon üzerine etkisini araştırmaktır. Çalışmamız 97 infertil ve 10 kontrol fertil erkek üzerinde yürütüldü. Y kromozom mikrodelesyonu saptanan bazı hastaların babalarında da aynı durumun varlığı araştırılmıştır. Çalışmaya dahil edilen 97 infertil erkek arasında azoospermik olan 73 olgunun 2'inde (~%3) hastada Y kromozom mikrodelesyonu saptanmıştır. Azoospermik olan 73 hastadan 13'ünde ve oligozoospermik 24 hastanın ise 3'ünde toplam 16 infertil hastada kromozom anomalisi saptanmıştır. Y kromozom mikrodelesyonu ve kromozom anomalisi sıklığı açısından araştırıldığında infertil erkek popülasyonda toplam genetik anomali sıklığı olarak belirlenmiştir. Genetik anomalisi olan vakaların ICSI sonrası gebelik sonuçları ile genetik anomalisi olmayan vakaların ICSI sonrası gebelik sonuçları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır. Fertil olduğu bilinen ve kontrol grubunu oluşturan 10 kişide ise ne Y kromozomu mikrodelesyonu ne de kromozom anomalisi saptanmamıştır. In our thesis, is to determine both the frequency and types of chromosome abnormalities and Y chromosome microdeletion in male patients with azoospermic and oligozoospermic and to detect the relationship between clinical data of infertile males determined genetic abnormalities. Genetic abnormalities detected in men with azoospermic and oligozoospermic, is to investigate impact of the presence of genetic abnormalities on outcome of fertilization through after ICSI. In our thesis is performed 97 infertile patients and 10 control fertile male. The same situation was also investigated in fathers of patients with Y chromosome microdeletions. The study of 97 infertile male, 73 were azoospermic and 24 were oligozoospermic. Totally 2 patients detected Y chromosome microdeletions; 2 out of 73 azoospermic patients had Y chromosome microdeletions. Totally 16 patients detected chromosome abnormalities; 13 out of 73 in patients with azoospermic and 3 out of 24 in patients with oligozoospermic detected chromosomal abnormalities. We investigate the incidence of Y chromosome microdeletion and chromosomal abnormalities and the incidence of genetic abnormalities in the infertil male population. Among patients who had pregnancy after ICSI, there was no correlation found between patients those has genetic abnormality and the patients those hasn?t. We detected neither Y chromosome deletion nor chromosomal abnormalities in the fertile control group of 10 person. 61

Amaç: Cinsel saldırı olgularında mağdurun elbiselerinde veya ortamda saptanan delil niteliğindeki semen lekelerinin kimliklendirilmesiyle suçluya ulaşmak mümkündür. Y kromozomuna özgü short tandem repeat'ler (ardışık kısa tekrarlar) günümüzde cinsel saldırı olgularında, olay yerinde bulunan kadın-erkek karışımı biyolojik materyalden yola çıkarak erkek saldırganın ayrımında, babanın bulunamadığı soy davalarında başarıyla kullanılmaktadır. Olay yerinde saptanan semen lekeleri sıklıkla kötü ortam koşullarında beklemiştir ve olaydan uzun zaman geçmiştir. Bu lekelerin parçalanmış DNA örnekleri içermesi ve az miktarda olması nedeniyle bir defada DNA profili yapılabilmesi gereklidir. Bu çalışmada farklı ortam koşullarında beklemiş semen lekelerinde Y kromozomu short tandem repeat'lerin saptanabilirliği araştırılacaktır.Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada 5 gönüllüden alınan semen sıvısından hazırlanan lekeler kullanıldı. Gazlı beze oluşturulan lekeler oda ısısında kurutuldu. Kurutulan bu lekeler etüv (37 °C), buzdolabı (4 °C) ve oda ısısı(25 °C)'nda 6 aya kadar bekletilerek zamanı gelen örneklerden DNA ekstraksiyonu yapıldı. Elde edilen DNA, Polimeraz zincir Reaksiyonu ile çoğaltılarak kapiller elektroforezde yürütüldü. Çalışmanın 3. ve 6. ayına ait lekelerde DNA kantitasyonu çalışıldı.Bulgular: Altı aya kadar bekletilen tüm lekelerden Y kromozomuna özgü short tandem repeat profili elde edildi. DNA kantitasyon çalışmasında 6 aylık örneklerdeki DNA yıkımının 3 aylık örneklerden daha fazla olduğu görüldü. Buzdolabında tutulan örneklerde DNA yıkımının en az olduğu, bunu oda ısısı ve etüvün izlediği görüldü.Sonuç: Farklı ortam koşullarında 6 aya kadar beklemiş eski semen lekelerinde adli Y kromozomuna özgü short tandem repeat tiplendirmesinin yapılabileceği görülmektedir. Literatür bulgularıyla uyumlu olarak DNA yıkımının zamana bağlı olarak arttığı ve sıcaklığın yıkımı olumsuz etkilediği görüldü. Purpose: In cases of sexual assault, it is possible to achieve the identity of perpetrators by examining semen stains detected on the victim?s garments or environment. In daily routine, Y chromosome short tandem repeat analysis is successfully used in sexual assault cases, to identify male perpetrator from biological materials of female-male mixture in crime scene and in cases of paternity. Semen stains detected at crime scenes are generally expose to poor environmental conditions with a long time interval. Since these stains contain degraded DNA samples in a small amount of material, DNA profiling should be performed at one analysis. In this study, the determination of Y chromosome short tandem repeats of semen stains exposed different environment conditions will be investigated.Materials and Methods: In this study, samples prepared from semen of five volunteer individuals were used. Semen samples spotted on gauze were dried at room temperature. Following this step, three different environments, incubator (37 °C) refrigerator (4 °C) room temperature (25 °C), were prepared for dried samples for six months. DNA extraction was performed from each sample. Obtained DNA underwent polymerase chain reaction amplification and capillary electrophoresis. As the last step, DNA quantitation performed for samples at the third and sixth month of storage.Results: Y chromosome short tandem repeat profile was obtained from all of the stains kept for six months. DNA quantitation revealed that the level of DNA degradation were higher in the samples of sixth month compared to third month. DNA degradation level was the lowest in the samples kept in the refrigerator, which followed by room environment and oven.Conclusion: It is concluded that, Y chromosome short tandem repeat profiling can be carried out in semen stains stored in different environment conditions for six months. In concordance with literature findings, it was found that DNA degradation increases depending on the time and temperature has negative effects on degradation. 71

Y kromozomal STR lokusları adli vakaların çözülmesinde, babalık davalarında, evrim ve antropolojik çalışmalar ile moleküler çalışmalarda kullanılmaktadır. Bu çalışmada Türk populasyonuna ait 130 sağlıklı ve birbirleriyle akrabalığı bulunmayan bireyde 16 Y kromozomal kısa tekrar dizilerinin haplotip frekansları belirlenmiştir. DNA örnekleri ağız svapları kullanılarak toplanmış ve Qiagen ticari kiti ile DNA ekstraksiyonları yapılmıştır. PCR amplifikasyonu ve elektroforezi uygulandıktan sonra DYS456, DYS389I, DYS390, DYS389II, DYS458, DYS19, DYS385a/b, DYS393, DYS391, DYS439, DYS635, DYS392, Y GATA H4.1, DYS437, DYS438 ve DYS448 lokuslarının tiplendirilmesi yapılmıştır. Çalışmamızda alel duplikasyonu ve mutasyonları gibi olağan dışı durumlara rastlanmıştır. DYS389 I, DYS458, DYS19, DYS393, DYS439, DYS635, DYS438 ve DYS448 lokuslarında lokus başına birden fazla alel gözlenmiştir. Daha önce Türk populasyonunda bildirilmemiş toplam 14 duplikasyon DYS389I (iki duplikasyon), DYS458(dört duplikasyon) DYS19 (dupliasyon), DYS393 (duplikasyon), DYS 391 (iki duplikasyon), DYS439 (duplikasyon), DYS635 (üç duplikasyon), DYS438 (duplikasyon), DYS448 (duplikasyon) bulunmuştur. Lokus duplikasyonlarının tanımlanması, genetik varyasyonun dağılımı ve ilk kez belirlenen aleller referans databazlar için daha konsantre örnekleme stratejilerine ihtiyaç olduğunu işaret etmektedir. Çalışmamızda bilinen alel aralığının dışında beş alel daha tanımlanmıştır: lokus DYS389I de alel 7, lokus DYS635 de alel 27, lokus DYS437de alel 9 ve 12, lokus DYS438de alel 15.Çalışmada, elde edilen tüm haplotipler birbirinden farklı olup haplotip çeşitliliği 1.0 ve ayırım gücü %100'dür. Y STR lokusu için gen çeşitlilik değerleri 0.6002 (DYS391) ile 0.9689 (DYS385a/b) arasında değişmektedir. Yüksek haplotip çeşitliliğini etkileyen nedenlerden biri çalışılan populasyonda yakın zamanda meydana gelen demografik farklılıklar olabilir. Anadolu populasyonunu çoklu etnik ve ırksal populasyonlardan oluştuğu unutulmamalıdır. Adli açıdan, 16 Y STR'nin ortak polimorfizmi teşhis etkinliğini artırmaktadır. Aynı zamanda sonuçlar bu lokusların Türkiye'de adli alanda insan identifikasyonu ve babalık testlerinde çok kullanışlı olduğunu ortaya koymaktadır. Y-Chromosomal STR loci are used as powerful tools in forensic casework, paternity testing, evolutionary and anthropological studies and moleculer diagnostics. In this study haplotype frequencies for 16 Y-chromosomal short tandem repeat (STR) loci, were determined in 130 unrelated healthy individuals from Turkey. DNA was extracted from buccal swabs by Qiagen Tissue kit.After PCR amplification and denaturing electrophoresis, DYS456, DYS389, DYS390, DYS389II, DYS458, DYS19, DYS385a/b, DYS393, DYS391, DYS439, DYS635, DYS392, Y GATA H4.1, DYS437, DYS438 and DYS448 loci were typed. We report some non-standard situations, such as allele duplications and mutations. More than one allele per locus at the DYS389 I, DYS458, DYS19, DYS393, DYS439, DYS635, DYS438 and DYS448 loci was observed. A total of fourteen duplications, not reported previously in Turkish population, were found at DYS389I (two duplication), DYS458(four duplication) DYS19 (duplication), DYS393 (duplication), DYS 391 ( two duplication), DYS439 (duplication), DYS635 (three duplication), DYS438 (duplication), DYS448 (duplication). Identification of locus duplications, distribution of genetic variation and firstly identified alleles point to the necessity of more focused sampling strategies for reference databases. We additionally identified five allele outside the known allelic range: allele 7 at locus DYS389I, allele 27 at locus DYS635, allele 9 and 12 at locus DYS437, allele 15 at locus DYS438.In this sample, all haplotypes obtained were different, therefore, haplotype diversity was 1.0 and discrimination capacity was 100%. The gene diversity values for the Y-STRs loci ranged from 0.6002 (DYS391) to 0.9689 (DYS385a/b). One factor that may have influenced the high haplotype diversity observed is the recent demographic change of the studied population. It must be remembered that Anatolian population is a combination of multiethnic and multiracial one. From the forensic point of view, the combined polymorphisms of the 16 Y-STRs provide a high diagnostic efficiency. Also the results demonstrate that these loci will be very useful for human identification in forensic cases and paternity tests in Turkey. 176

nfertilite, çiftlerin en az bir yıl süreyle, hiçbir kontrasepsiyon yöntemikullanmaksızın, düzenli cinsel iliskide bulunmalarına rağmen, çocuk sahibi olamamadurumudur ve üretken çağdaki çiftlerin %10-15'inde görülen major bir sağlık problemidir.Erkek faktörü, infertil çiftlerin yaklasık olarak %50'sinden sorumludur. ?nsan Y kromozomu,spermatogenez için gerekli olan ve gonadal farklılasmanın testis yönünde gelismesi içingerekli olan genleri içermektedir. Bu çalısmanın temel amacı, ciddi erkek faktör infertilitesiolan hastalarda ve fertil kontrol grubunda hem kromozomal anomali hem de Y kromozommikrodelesyonlarının frekansını ve tipini belirlemektir. Çalısmada 90 infertil hasta, 75 fertilerkek kontrol grubu olarak incelendi. 90 infertil hastadan 30'u nonobstruktif azospermik, 30'uoligospermik, 30'u ise normospermik infertil hasta idi. Bunlardan 5 azospermik hastada(%16.7), 4 ciddi oligospermik hastada (%13.3), 2 de normospermik infertil hastada (%6.7) Ykromozom mikrodelesyonu saptandı. AZFc lokusu en fazla delesyona uğrayan bölge (%63.6)idi. 10 azospermik, 4 oligospermik, 3 de normospermik infertil hastada kromozomal anomalitespit edildi. 75 fertil erkek ise genetik olarak normal bulundu. Sonuç olarak çesitlikromozomal anomaliler ve Y kromozom mikrodelesyonları infertiliteye neden olabilir, buyüzden infertil hastalara genetik inceleme mutlaka önerilmelidir.Anahtar Kelimeler: Erkek infertilitesi, Y kromozom mikrodelesyonu, kromozomal anomali. Infertility is defined as an inability to conceive a child after one year ofregular unprotected intercourse and it is a major health problem affecting about 10-15% of all the couples. Infertility is due to a male factor in approximately 50% ofcases. Human Y chromosome contains genes necessary for gonadal differentiationinto a testis and genes for full spermatogenesis. The main purpose of this study is todetect the frequency and type of both chromosomal abnormalities and Ychromosome microdeletions in patients with severe male factor infertility and fertilecontrol subjects. This study was carried out in 90 infertile and 75 fertile men. Resultsof 90 patients, 30 had nonobstructive azoospermia, 30 had oligozoospermia and 30had normozoospermia. 5 out of 30 (16.7%) azoospermic patients, 4 out of 30(13.3%) oligozoospermic patients and 2 out of 30 (6.7%)normozoospermic patientshad Y chromosome microdeletions. AZFc locus (63.6%) was the most frequentlydeleted region. 10 cases with azoospermia, 4 cases with oligozoospermia and 3 caseswith normozoospermia had chromosomal abnormalities. 75 men with proven fertilitywere genetically normal. As a result, various chromosomal abnormalities anddeletions of Y chromosome can cause infertility, therefore genetic screening must besuggested to infertile patients.Key words: Male infertility, Y chromosome microdeletion, chromosomalabnormality. 96

ÖZET İNSAN Y KROMOZOMU MİKRODELESYONLARININ SPERM MORFOLOJİSİ İLE İLİŞKİSİ Bu çalışma erkek infertilitesinde önemli rolü olan Y kromozomu mikrodelesyonları ile sperm morfolojisi arasındaki ilişkiyi ortaya koymak üzere planlanmıştır. Erkek infertilitesine neden olan faktörler günümüze kadar yeterince anlaşılamamıştır. Son zamanlarda yapılan çalışmalar, Y kromozomu mikrodelesyonlarının erkek infertilitesindeki önemini vurgulamaktadır. Farklı etkenlerin yanında, sperm morfolojisi de erkek infertilitesinin değerlendirilmesinde önemli rol oynamaktadır. Çalışmada 34 infertü erkek, sperm morfolojisi ve Y kromozomu mikrodelesyonları yönünden incelenmiştir. Hastaların semen analizi Kruger Strict Morfoloji Kriterleri'ne göre yapılmış ve sperm anomalilerine göre gruplandırılmıştır. Y delesyonu analizi, periferal kan örneklerinden Y kromozomunun 18 bölgesinin multipleks polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmasıyla yapılmıştır. 34 hastanın 5 'inde delesyon saptanmıştır. Buna göre delesyon oram % 14.7'dir. Y delesyon oranları; büyük baş için % 33.3, uzun baş için % 33.3, iğne baş için % 100, yuvarlak baş için % 0, şiddetli teratozoospermi için % 14,3 şiddetli boyun anomalisi için % 33.3, küt ve kısa kuyruk anomalisi için % 0 olarak belirlenmiştir. Delesyonlu hastalara uygulanan yardımcı üreme teknikleri hiçbirinde canlı doğumla sonuçlanmamıştır. Anormal sperm sayısı dışında, anormal sperm morfolojisi de Y kromozomu mikrodelesyonları açısından başka bir risktir. Çalışmanın sonuçlan, sperm baş ve boyun anomalisi olan hastalarda mikrodelesyon olma olasılığının arttığını düşündürmektedir. Y kromozomu mikodelesyonu ile sperm morfolojisi arasındaki ilişkiyi aydınlatmak için sperm yapısının daha detaylı olarak incelenmesi, uygun sınıflandırmanın yapılması ve örnek sayısının artırılması gerekmektedir. Mikrodelesyonla morfoloji arasındaki ilişkinin daha iyi belirlenmesi hangi hastalarda yardımcı üreme tekniklerinin başarılı olacağı konusunda da bu açıdan bir ışık tutacaktır. Eylül,2002 Deniz Sevinç IV ABSTRACT THE RELATION BETWEEN HUMAN Y CHROMOSOME MİCRODELETIONS AND SPERM MORPHOLOGY The aim of our study was to understand the relation between Y chromosome microdeletions and sperm morphology in different risk groups. The aetiology of male factor infertility has been poorly understood. Recent investigations have supported the importance of Y chromosome microdeletions in male infertility. Besides different factors, sperm morphology is also very important component of the clinical evaluation of male fertility potential. In this study, 34 infertile men were selected and examined in terms of sperm morphology and Y chromosome microdeletions. Semen analysis of the patients were performed by using Strict criteria and the samples were grouped according to the sperm abnormalities. Peripheral blood samples were examined for Y chromosome microdeletions by a multiplex polymerase chain reaction amplification of sequence-tagged sites (STS) of the Y chromosome. The incidence of deletions in the group was 14.7 % (5/34). The rates of Y chromosome microdeletion were 33.3% for megalohead, 33.3% for elongehead, 0% for roundhead, 100% for pinhead, 14.3% for severe teratozoospermia, 33.3% for severe neck abnormalities and 0% for tail-stump. Pregnancy could not obtained from Y chromosome deleted cases. Besides abnormal sperm count, abnormal sperm morphology has additional risk in term of Y chromosome microdeletions. It seems that especially patients with sperm head and neck abnormality have increased microdeletion risk. It is suggested that a detailed sperm morphology examination and classification is needed to clarify the Y chromosome deletion- sperm morphology relation. September,2002 Deniz Sevinç 64

ÖZET İNFERTİL ERKEKLERDE AZF BÖLGELERİNİ KAPSAYAN Y KROMOZOM MİKRODELESYON TARAMASI EMONTS OKUTMAN, Özlem Yüksek Lisans Tezi, Moleküler Biyoloji Anabilim Dah Tez Yöneticisi: Yrd. Doç. Dr. Sacide PEHLİVAN Prof.Dr. Erol TAVMERGEN 26.9.2001, 61 Sayfa Çocuk sahibi olmak isteyen çiftlerin %15'i infertilite (kısırlık) sorunu ile karşılaşmaktadır ve bunların %30-40'ında problem erkekten kaynaklanır. Mikroenjeksiyon yönteminden önce çocuk sahibi olamayan ileri derecede erkek faktörlü infertilite hastalan ve Y delesyonu (mikro ve makro) taşıyan erkekler artık çocuk sahibi olabilmektedir. Y kromozomunun kalıtımı her zaman babadan olacağından mikrodelesyon taşıyan erkeklerin oğullan da benzer genetik bozuklukları taşıyacaktır. Günümüzde moleküler genetik analizler sayesinde Y kromozomunda yer alan mikrodelesyonlar saptanabilmektedir. Yöntemin geçmişi çok olmamasına rağmen ICSI (intracytoplasmic sperm injection - mikroenjeksiyon) bebeklerinin %9.4'ünün mikrodelesyon taşıdığı rapor edilmiştir. Literatüre geçen Y kromozomu mikrodelesyon oranları %1 ile %55.5 arasında değişmektedir. Oranlardaki değişiklik etnik grup, çalışılan hasta grubu ve kullanılan STS (sequence tagged sites)'lerin seçimindeki farklılıklardan kaynaklanır.VI Bu çalışmada; toplumumuzdaki Y kromozom mikrodelesyon oranlarım belirlemek amacıyla 40 azospermi ve 31 oligospermi hastası ile son beş yıl içerisinde çocuk sahibi olan 20 erkek birey olmak üzere toplam 91 kişide mikrodelesyon taraması yapılmıştır. Venöz kandan elde edilen DNA, Y kromozomu üzerinde AZF (azospermi faktörü) bölgelerine özel 18 STS primeri kullanılarak multipleks PCR (polimeraz zincir reaksiyonu) yöntemi ile çoğaltılmış ve %3 NuSieve: agaroz (3:1) jel elektroforezinde yürütülerek incelenmiştir. Yapılan analizler sonucunda, biri AZFb bölgesinde diğeri AZF b+c+d bölgelerinde olmak üzere toplam 2 azospermik hastada (2/91= %2.2; 2/40= %5) mikrodelesyon saptanmıştır. Literatürle uyumlu olarak her iki hastanın biyopsisinde de spermatogenetik aktivite bulunamamıştır. Bu sonuçlar Y kromozom mikrodelesyon analizlerinin TESE (testiküler sperm ekstraksiyonu) sonucu sperm bulunabilmesi olasılığım belirlemede önemli olduğu görüşünü destekler niteliktedir. Y kromozom mikrodelesyon analizleri, bu delesyonları taşıyan erkeklerin klinik yönlendirilmeleri ve çiftlerin ilerde doğabilecek sorunlara karşı uyarılmaları açısından önemlidir. Anahtar kelimeler: Y kromozomu, mikrodelesyon, AZF, erkek infertilitesi, DNA vn ABSTRACT SCANNING OF Y CHROMOSOME MICRODELETION THAT CONTAIN AZF REGIONS IN INFERTILE MEN EMONTS Okutman,Öziem M.SC in Biology Supervisor: Assist Prof. Dr. Sacide PEHLİVAN Prof.Dr. Erol TAVMERGEN 26.9.2001, 61 pages Among couples with a desire for a child, 15% have an infertility problem in which male factor is responsible for 30-40%. Men who could not have children before the microinjection technique was developed can become a father even with severe male factor and with micro and macro deletion in Y chromosome. Son of fathers with genetic disorders would have the same problem because Y chromosome is always inherited from father. Today microdeletions can be detected by molecular genetic analysis. Although it is a new technique, it has been reported that 9.4% of ICSI (intracytoplasmic sperm injection) babies have microdeletion. The incidance of Y chromosome microdeletions in literature varies between 1% and 55.5%. The variance results from ethnic group differences, patients and STS (sequence tagged sites) selection. In this study, in order to determine Y chromosome microdeletion rate in Turkey, a total of 91 men (40 azoospermic, 31 oligospermic patients and 20 males with proven infertility who had a child in the last five years) have been analysed. DNA obtained from vein blood was amplified with 18 STS primers special to AZF (azoospermia factor)vm region on Y chromosome by using multiplex PCR (polymerase chain reaction). Products were analysed on 3% NuSieve:agarose (3:1) gel electrophrose. In 2 azoospermic men microdeletion were detected (2/91=2.2%, 2/40=5%), one had a deletion in the AZFb region while the other had multiple deletions (AZF b+c+d). Compatible with the literature, spermatogenetic activity could not be detected in biopsies. These results support the theory that Y chromosome microdeletion analysis can be important for possibility of finding sperm in TESE (testicular sperm extraction). Y chromosome microdeletion analysis is essential for guidance of males who have microdeletion and to warn couples for possible problems arising in the future. Key words: Y chromosome, microdeletions, AZF, male infertility, DNA. 61

ÖZET Yüksek Lisans Tezi TÜRKİYE'DE (İÇ ANADOLU) Y KROMOZOMU POLİMORFİZMİ Aydın RÜSTEMOV Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı Danışman: Prof. Dr. Ahmet KADIKIRAN İnsan Y-kromozom STR alel sıklıklarının belirlenmesi, dağılımı ve buna bağlı olarak haplotip analizleri, insan evrimi sırasında gen göçünün arştırılması ve takibinde, erkekler tarafından gerçekleştirilen adli olayların aydınlatılmasında ve babalık tayinlerinde (erkek çocuklar için) gün geçtikçe artan oranda önemli rol oynamaya başlamıştır. Otozomal STR'Ierden farklı olarak genomda tek kopya halinde bulunması ve çalışma kolaylığı, sınırlı çalışma gurubu içermesine rağmen Y-STR'leri daha avantajlı duruma getirmiştir. Bizim yaptığımız çalışmada Türkiye sınırları içinde İç Anadoluda yaşayan insanlar arasında sekiz Y-spesifık(DYS19, DYS388, DYS389/I, DYS3389/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393) STR lokusları incelenmiştir. Çalışma gurubu, aynı bölgede en az üç nesil yaşamış sağlıklı erkeklerden oluşturulmuştur. Çalışma gurubunu oluşturan kişilerin periferik kanlarından izole edilen DNA örnekleri kullanılarak incelenmesi amaçlanmış STR bölgeleri PCR yöntemiyle çoğaltılmıştır. Elde edilen PCR ürünlerinin boylarının belirlenmesi için Poliakrilamid Jel Elektroforezi yöntemi kullanılmıştır. PAGE ile ayrılan ürünler ve uygun markerler gümüş boyama ile görünür hale getirilerek sonuçlar değerlendirilmiştir. İncelenen lokuslara ait alellerin dağılım sıklıkları incelenmiş, elde edilen sonuçların diğer coğrafik bölgelerle karşılaştırılmalı değerlendirilmesi yapılmıştır. Ayrıca bu lokuslara bağlı gözlenen haplotipler belirlenerek, bunların da dağılım sıkları belirlenmiştir.Bu polimorfik lokuslar itibariyle en sık rastlanan alellerin uzunlukları, tekrar sayısı ve % bulunma sıklıkları sırasıyla DYS19'da 194(15) %56,1, DYS388'de 131(13), DYS389Pde 251(13) %48,15, DYS389Il'de 371(30) %30,0, DYS390'da 215(24) %33,96, DYS391'de 287(11) %52,0, DYS392'de 254(13) %30,77 ve DYS393'de 119(12) %49,12 olarak çıkarılmıştır. Gözlenen alellerin oluşturdukları haplotip analizi yapılmıştır. ANAHTAR KELİMELER: Y kromozomu, STR, Mikrosatellit, Polimorfizm, Haplotip, Türkiye, İç Anadolu. ABSTRACT MASTER THESIS THE Y CHROMOSOME POLYMORPHISM IN TURKEY (CENTRAL ANATOLIA) Aydın RÜSTEMOV Ankara University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. Ahmet KADIKIRAN Determination of frequency and distribution of human Y-chromosome short tandem repeats (STR) allelles and haplotype analysis plays an important role in fornesic medicine, paternity testing and tracing back to genomic drift in human evolution. Though disadvantages due to it's sex-limited nature, Y- STRs also have some advantages since they present as single copy sequences in genome and do not necessiate complex molecular methods which differs from autosomal STRs. In this study, eight Y-STR loci including DYS19, DYS388, DYS389/I, DYS3389/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393 in males from Internal Anatolian Region were investigated. Normal healthy males living in the same geographical region for at least three generations were included in the study. PCR analysis were carried out with Y-STR specific primers on genomic DNA from peripheral blood samples after obtaining informed consent. Size determination of PCR products were detected by silver staining following %6 polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE). Distribution of allelles for each Y-STR locus was determined and haplotype analysis was carried out and compared with data in the literature from other geographical regions. Regarding these eight loci, the lenght, repeat number and the frequencies of the most common alleles were found as 194(15) %56,1 in DYS19, 131(13) %66,1 in DYS388, 251(13) %48,15 in DYS389I, 371(30) %30,0 in DYS389II, 215(24) %33,96 in DYS390, 287(11) %52,0 in DYS391, 111254(13) %30,77 in DYS392 and 1 19(12) %49,12 in DYS393 respectively. Haplotype analyses was also performed in the content of this study. KEY WORDS: Y chromosome, STR, Microsatellite, Polymorphism, Haplotype, Turkey, Central Anatolia IV 54

ÖZET INFERTIL ERKEKLERDE Y KROMOZOMU ÜZERİNDEKİ MİKRODELESYONLARIN PCR İLE SAPTANMASI Canan Figen SARGIN Yüksek Lisans Tezi, Biyoteknoloji Anabilim Dalı Danışman : Prof.Dr.Şeyda KARA VELİ Aralık 2000, 53 + 9 sayfa İdiyopatik infertilite görülen erkek bireylerde yapılan sitogenetik çalışmalarda Y kromozomuna ilişkin yapısal değişikliklerin gösterilmiş olması, Y kromozomunun spermatogenezisi kontrol eden genleri içerdiği görüşünü desteklemektedir. Son yıllarda gelişen moleküler genetik tekniklerle, Yq 11.23 de interval V ve VI da `Azoospermik faktör` (AZF) olarak tanımlanan spermatogenezisten sorumlu genler klonlanmıştır. Bu çalışmada etiyolojileri 23 'ünde idiyopatik, yedisinde varikosel üçünde enfeksiyon, dördünde obstrüksiyon ve birinde toksik ajana maruz kalma olarak belirlenmiş, toplam 38 infertil erkek birey ele alınmıştır. 38 olgunun 26'sında azoospermi, 12' sinde oligospermi tesbit edilmiştir. Sitogenetik olarak karyotipleri normal (46,XY) bulunan 38 infertil erkek bireyde, Y kromozumunda q 11.23 bölgesinde mikrodelesyonların varlığım belirlemek amacı ile AZFa bölgesi için SY134, SY84, AZFb bölgesi için SY127, SY86, AZFc için SY255, SY254 ve internal kontrol amaçlı SRY geni için de SY14 primerleri kullanılarak multipleks PCR tekniği uygulanmıştır. Bir olguda (% 2.6), SY254 ve SY127 primerleri ile amplifikasyon sonucunda bant gözlenememiştir. Bu bölgede amplifikasyon olmaması AZFb ve AZFc (DAZ geni) bölgesinde delesyonun varlığını göstermektedir. Anahtar Kelimeler: İnfertilite, azoospermi, oligospermi, AZF, mikrodelesyon Jüri: Prof.Dr.Şeyda KARAVELİ Prof.Dr.Güven LÜLECİ _. Yrd.Doç.Dr. Sibel BERKER KARAÜZÜM ABSTRACT DETERMINATION OF MICRODELETIONS ON Y CHROMOSOME BY PCR IN INFERTILE MAN Canan Figen SARGIN M. Sc. in Biotechnology Adviser: Prof.Dr. Şeyda KARAVELİ October 2000, 53 + 9 page Cytogenetic studies on idiopathic infertile men have shown structural defects on Y chromosome. These findings suggest that Y chromosome contains the genes regulating spermatogenesis. Recently the genes responsible for spermatogenesis wich are located at intervals V and VI of Yq 11 23 regions have been cloned and named as `Azoospermia Factor Lokus` (AZF) by the use of molecular techniques. In this study; we studied 38 infertilite men. Infertility etiology of twenty three of these patients had been defined as idiopathic, while varicocele, infection, obstruction, and toxic agent exposure was given as the reason for infertility in seven, three, four and one patients respectively. Twenty six patients had azoospermia and twelve had oligospermia. SY84 and SY86 primers of AZFa zone, SY127 and SY134 primers of AZFb zone, SY255 and SY254 primers of AZFc zone and SY14 primers of SRY gene were used as internal controls and target DNA's samples were amplified by multiplex PCR method to determine the presence of microdeletions in ql 1.23 region of Y chromosome of 38 infertile men whose karyotypes were cytogenetically normal (46,XY). Amplification by SY254 and SY127 has not revealed and any visible bands in one cases (2.6%), indicating deletions in AZFb and AZFc (DAZ gene) region. Key words: Infertility, azoospermia, oligospermia, AZF, microdeletion Committee: Prof.Dr. Şeyda KARAVELİ ProfDr. Güven LÜLECİ Yrd.Doç.Dr. Sibel BERKER KARAÜZÜM 1 u 53

ÖZET Yüksek Lisans Tezi FLORESAN İN SİTU HİBRÎDİZASYON (FISH) YÖNTEMİ İLE X VE Y KROMOZOMLARININ BELİRLENMESİ Metin BİRIŞIK Gaziantep Üniversitesi-Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Biyoloji Genetik Anabilim Dalı Danışman : Yard.Doç.Dr. MEmin ERDAL HAZİRAN 98 50 Sayfa Kalıtsal hastalıklar çoğunlukla, DNA üzerindeki tek bir bazın değişimi olarak tanımlanan nokta mutasyonlardan ve genin küçük ya da büyük bölümünün bazen de tümünün eksilmesinden yani delesyonundan kaynaklanmaktadır. Böyle bir gen delesyonunun klasik sitogenetik yöntemlerle saptanması mümkün değildir. Geliştirilen analiz yöntemleri ile artık DNA molekülü kolaylıkla incelenebilmektedir. Belirli bir DNA parçası sınırsız sayıda çoğaltılabilmekte, nükleotid dizileri çok kısa süre içerisinde kolaylıkla saptanabilmektedir. Bu analiz yöntemlerinden biride Floresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemidir. FISH yöntemi; Morfolojik yapısı korunmuş kromozomlarda, hücre ve doku kesitlerinde özel nükleik asit dizilerinin tanımlanması temeline dayanan bir hibridositokimyasal yöntemdir. FISH, nükleik asit problan aracılığı ile preparat üzerinde bulunan hücresel ya da kromozomal DNA veya RNA nın incelenmesi temeline dayanan bir tekniktir. iBu çalışmada sağlıklı 10 kadın, 10 erkek olmak üzere toplam 20 bireyden alman kanlardan, lenfosit doku kültürü yöntemi ile kromozomlar elde edilmiş ve kromozomlara: a) Direkt Boyama (Solid Staining), b) Giemsa Bantlama (G-Banding = GTG), c) Floresan İn Situ Hibridizasyon (Fluorescence In Situ Hybridization = FISH) yöntemleri uygulanarak sonuçlar değerlendirilmiştir. Elde edilen veriler incelendiğinde kromozomlarda sayısal olarak herhangi bir düzensizliğe rastlanmamıştır. Cinsiyet kromozomları (X ve Y) her üç yöntemle de belirlenmiştir. Bu yöntemlerden, Floresan İn Situ Hibridizasyon (FISH) yöntemi moleküler biyolojik bir yöntem olması ve yanılgı payının çok az olması nedeniyle diğer yöntemlerden daha güvenilir olduğu sonucuna varılmıştır. FISH yöntemi, gerek tek tek kromozomların belirlenmesinde, gerekse mikro delesyonların ve translokasyonların belirlenmesinde etkili bir moleküler sitogenetik yöntem olduğu ileri sürülebilinir. Anahtar Kelimeler: X, Y, Kromozom, Floresan İn Situ Hibridizasyon, FISH ıı ABSTRACT M. S. Thesis DETECTION OF X AND Y CHROMOSOMES BY FLORESAN İN SITU HİBRİDİZASYON (FISH) METHOD Metin BİRIŞIK Gaziantep University-Graduate School of Health Sciences Department of Medical Biology and Genetics Supervisor: Assist. Prof. M.Emin ERDAL JUNE '98 50 Pages Hereditary diseases usually results from point mutations which are defined by changing of one base on DNA, and deletion or lacking of a small or big part of gene or sometimes whole gene it is impossible to determine such gene deletions with cytogenetic methods. With new analysis methods it is easy to examine DNA molecule. A specific piece of DNA can be multiplied to limitless numbers. Nucleotide sequences can be determined easily in a short time. One of these analysis methods is fluorescence in situ hybridization (FISH). FISH is a hybridocytochemical method which is based on determination of specific nucleic acid sequences in intact chromosomes and cell and tissue sections. FISH is a technique that is based on investigation of chromosomal or cellular DNA or RNA which are on the preparate by nucleic acid probes. iiiIn this study blood from 10 females and 10 males is used chromosomes are got from lymphocyte tissue culture. Applied methods are : a)Direct Staining (Solid Staining) b)Giemsa Banding (G-Banding = GTG) c)Fluorescence In Situ Hybridization (FISH). When we evaluated the data. We couldn't find any numerical disorder. Sex chromosomes (X and Y) are determined by either of these three methods. FISH, being a molecular, biological method and having a little mistake portion found to be more dependable. We conclude that FISH is an effective molecular and cytogenetic method in either identification of chromosomes or determination of micro deletions and translocations. Key Words: X, Y, Chromosome, Fluorescence In Situ Hybridization, FISH IV 50

61 ÖZET Y kromozom taşıyan spermleri ayırmaya yönelik `bu araştır mamızda ilk `basamak olarak, kinakrin türevlerinin metafaz kromo zomlarının tümüne eşit sürede `bağlandığını gözledik. Y kromozom taşıyan spermleri izole edebilmek için önce spermler kinakrin dihidroklorürle `boyanarak Yf sperm oranı saptandı. Hiçbir iş lem yapılmadan hazırlanan sperm yaymalarında bulunan Yfsperm oranlırmın genellikle teorik Y/X sperm oranını yansıtmadığını saptadık. Albuminin değişik gradietlerini kullanarak yaptığımız zenginleştirme işleminde, üst fraksiyonlarda daha fazla Y+ sperm oranı saptarken, daha yoğun olan alt fraksiyonlarda bu oranın gittikçe azaldığını tesbit ettik. Değişik pH gradientleriyle il gili zenginleştirme işleminde Y* ve Y- sperm dağılımının nötr kabul ettiğimiz pH 7. 2 'den 0.1 ünite alkaliye kayması halinde değişmesine karşın, pH'nın 0.7 ünite alkaliye kayması halinde spermlerin emigrasyonu üzerinde herhangi bir etkisinin bulunma dığını gözledik. Y+ ve Y- sperm dağılımının 0.7 pH ünitesi asi- te kayması halinde rastgele olmadığını saptadık. Elektriksel alanda ise Y+ sperm yoğunluğunun nötr fraksiyonda en fazla ol masına karşın, anod ve katotta giderek azaldığını tesbit ettik. 67

27 - ÖZET Bu çalışmada normal erkeklerde değişik yaş gruplarında Y kromatini değerleri araştırılmış ve bunların anlamlılığı saptanmaya çalışılmıştır. Y kromozomunun genotipteki değişimleri sitogenetik in celeme yapılarak anlaşı labilmekte ise de bu yöntem hem zor, hem pahalı ve hem de uzun zaman gerektiren bir yöntemdir. Bu çalışma ile erkeklerdeki Y kromatini kromozom tahlili yapıl maksızın yanak mukozasından alınan hücrelerin (Buccal smear) Quinacrine Mustard ile boyanıp floresans mikroskobunda ba kılmasından sonra saptanabilmiştir. Lenfosit kültürleri ve kemik iliği hücrelerinde de Y kromatini sayı labilmektedir. Fakat `Buccal smear` yöntemi ile kısa bir sürede değerlendirme yapılabilmektedir. Bu nedenle yeterli bir tanı yöntemi olarak bu araştırmada tercih edil miştir. 37