Search

Domates lekeli solgunluk virüsü (Tomato spotted wilt virus, TSWV), Dünya'da kültür bitkilerinde zarar yapan en tehlikeli 10 bitki virüsünden birisidir. Orta Karadeniz Bölgesi'nde Amasya, Samsun ve Tokat illerinde son yıllarda domates alanlarında TSWV' nin problem oluşturduğu gözlenmektedir. Bu tez çalışması kapsamında Amasya, Samsun ve Tokat illerinde domates üretimi yapılan alanlardan çeşit isimleri öğrenilerek, 2014 yılı içerisinde 510 adet simptomlu domates meyve ve yaprak örneği toplanmıştır. Alınan örneklerdeki TSWV'nin bulaşıklık durumu DAS-ELISA (Double antibody sandwich-enzyme linked immunosorbent assay) yöntemi ile belirlenmiştir. Elde edilen test sonuçlarına göre örneklerin % 16.1 (83)'inin TSWV ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. Örneklerin illere göre bulaşıklık oranları; Amasya'da % 13.6, Samsun'da % 22.6, Tokat'ta ise % 13.5 olarak belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, özellikle TSWV'ye karşı dayanıklı olduğu bilinen bazı domates çeşitlerinde doğal şartlarda TSWV'nin enfeksiyon oluşturduğu tespit edilmiştir. ELISA absorbans değeri en yüksek olan örnekler seçilerek biyolojik ve moleküler çalışmalarda kullanılmıştır. Bu çalışmalar sırasında bazı izolatların çoğaltımında başarılı olunamamıştır. Çoğaltılan izolatlardan SÇ-13, SB-01, TP-16 ve AM-29 izolatlarının test bitkilerindeki reaksiyonları bakımından izolata göre herhangi bir farklılık belirlenememiştir.TSWV kılıf protein genine (N) spesifik primerler ile RT-PCR yöntemi kullanılarak SÇ-13, SB-01 ve TP-16 izolatlarının N geninin tamamını içine alan bölge çoğaltılmış ve daha sonra nükleotit dizisi elde edilmiştir. İzolatların sekans verileri GeneBank (NCBI)'a kayıt edilmiştir. İzolatların kendi aralarındaki ve diğer izolatlar ile olan genetik ilişkileri incelenmiştir. Ranking among the top 10 most economically important plant viruses worldwide, Tomato spotted wilt virus (TSWV) causes significant problems in tomato growing areas in the world. It has been noticed that TSWV is one of the main tomato disease agent in Amasya, Tokat, Samsun provinces in the Black Sea Region. Surveys was carried out in tomato growing areas located in these provinces in 2014, and a total of 510 leaf and fruit samples were collected. The incidence of TSWV in the samples were examined by DAS-ELISA (Double antibody sandwich-enzyme linked immunosorbent assay). According to ELISA results, 83 samples (16.1%) were found to be infected with TSWV. The incidences of TSWV infections in three provinces were 13.6%, 22.6% and 13.5% in Amasya, Samsun and Tokat, respectively. According to symptom appearance and ELISA results, it was determined that some TSWV isolates are able to infect some tomato cvs. which are known as TSWV-resistant. The samples giving high ELISA absorbance values were selected and used in biological characterisation and molecular studies. Mechanical inoculation and propagation studies of some TSWV isolates in herbaceous hosts were not successful. No differences were observed in host reaction studies according to TSWV isolates of SC-13, SB-01, TP-16 and AM-29, after mechanical inoculation.RT-PCR were applied with primers spesific to N gene encoding the caot protein region of TSWV, and the nucleotide sequences of the isolates, SC-13, SB-01 and TP-16, were obtained and depozited in GeneBank (NCBI). Genetic relationships among TSWV isolates were investigated. 129

Bu tez çalışmasında, farklı domates çeşitlerinin Tomato spotted wilt virus (TSWV)' e karşı fizyolojik, morfolojik ve biyokimyasal faaliyetleri üzerindeki etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla serada TSWV' e karşı iki dayanıklı (Asil F1, Ferman F1), bir tolerant (Çiğdem F1) ve bir duyarlı (Kardelen F1) çeşit materyal olarak kullanılmıştır. Hastalıklı domates bitkilerinden alınan izolatla yapılan mekanik inokulasyon sonucu enfekteli bitkilerle enfekteli olmayan kontrol bitkileri karşılaştırılmıştır. İnokulasyondan en fazla etkilenen Çiğdem ve Kardelen çeşitleri olmuştur. TSWV enfekteli Çiğdem ve Kardelen çeşitleri, sağlıklılara oranla bitki organlarında kuru madde kayıpları ve klorofil miktarında azalmalar gözlenirken prolin miktarında istatistiksel anlamda değişim olmadığı saptanmıştır. İnokulasyondan en az etkilenen çeşitlerin ise Asil ve Ferman olduğu saptanmıştır. Ayrıca çeşitlerin patojene karşı göstermiş oldukları duyarlılık seviyeleri de farklılık göstermiştir. Sonuç olarak, seralarda oldukça yaygın olan TSWV' e karşı kimyasal mücadele yönteminin olmaması nedeniyle enfeksiyondan korunmada en etkili faktör olan dayanıklı çeşitlerin tespit edilerek hastalığa karşı kontrolde kullanılmasının önemi bir defa daha vurgulanmıştır., The purpose of this thesis was conducted to determine the physiological, morphological and biochemical changes in different genotypes due to infection of Tomato spotted wilt virus. For this aim, two resistant (Asil F1, Ferman F1), one tolerant (Çiğdem F1) and one sensitive (Kardelen F1) was used as a material aganist TSWV in greenhouse. Diseased tomato plants conducted with samples from non-infected control mechanical inoculation results were compared with the infected plant crops. Çiğdem and Kardelen have been most affected by the genotypes of inoculation. TSWV infection Çiğdem and Kardelen genotypes, the observed in reduction of dry matter losses and chlorophyll content in plant organs but no statistical change of proline contentin leaves. Asil and Ferman affected was least than genotype of inoculation. The level of response differed depending on varieties.As a result, greenhouse which is quite common in the absence of chemical control methods against TSWV is the most effective factor in the prevention of infections due to resistant varieties resistant to the disease detected by propagating material should be used.

Domates lekeli solgunluk virüsü (Tomato spotted wilt virus, TSWV) tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de domates yetiştirilen alanlarda yaygın olarak bulunmakta ve domates üretiminde sorun oluşturmaktadır. TSWV bitkide solgunluk, meyvede deformasyon, sürgün uçlarından geriye doğru ölüme neden olup ürün kalitesi ve verimini düşürerek domates üretiminde önemli ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Daha önce yapılan araştırmalarda yabani bir domates türü olan Solanum peruvianum'da bulunan dominant Sw-5 geninin domateste TSWV'e karşı dayanıklılk sağladığı belirlenerek bu gen birçok ticari domates çeşidine melezleme yoluyla aktarılmıştır. Sw-5 geniyle bağlantılı moleküler markörler geliştirilerek klasik ıslah yöntemlerin en büyük dezavantajı olan uzun seleksiyon süreleri kısaltılması için markör destekli seleksiyon yöntemi dünyada başarılı bir şekilde uygulanmaktadır. Ancak markör yarımıyla seleksiyon (MAS) gerek TSWV`ye dayanıklı çeşitlerin belirlenmesi gerekse ıslah çalışmalarında dayanıklı bireylerin belirlenmesi amacıyla ülkemizde pek yaygın olarak kullanılmamaktadır. Bu çalışmada ülkemizde faaliyet gösteren 8 farklı tohumculuk firmasından temin edilen 71 farklı domates çeşidinin Sw-5 TSWV dayanıklılık genini taşıyıp taşımadıkları belirlenmiştir. Bu amaçla elde edilen domates tohumları ekilerek farklı domates çeşitlerinin fideleri geliştirilmiştir. Yetiştirilen domates fidelerinden genomik DNA izolasyonu yapıldıktan sonra bu çeşitlerin TSWV'a dayanıklılık durumları daha önce geliştirilen ve Sw5 lokusuyla bağlantılı olduğu gösterilen Sw-5-2, CT220 markörleri ve bu çalışmada geliştirilen Sw-5a-e markörüne spesifik primerler kullanılarak PCR yöntemiyle belirlenmiştir. Sw-5-2 markörüne spesifik primerlerle yapılan PCR sonuçlarında 71 örnekten 15 tanesi TSWV'un dayanıklı olduğu ve bunların 14 tanesinin sw-5 geni için heterozigot olduğu belirlenmiştir. Buna karşın CT220 markörüne spesifik primerler yapılan PCR sonucunda 25 tane domates çeşidinin Sw-5 lokusu içermediği ve TSWV'a karşı dayanıksız olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmada geliştirilen Sw5-a-e markörüne spesifik primerlerle yapılan PCR taraması sonucunda ise 65 örneğin TSWV'una dayanıklı olduğu tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar domateste MAS yöntemi kullanılarak Sw-5 geninin varlığının etkin bir şekilde belirleneceği ve ülkemizde yaygın olarak yetiştirilen domates çeşitlerinin çoğunun TSWV'a dayanıklılık sağlayan sw-5 lokusunu taşıdığı yani virüse karışı dayanıklı olduğu belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Domates, domates lekeli solgunluk virüsü, markör destekli seleksiyon, PCR Tomato spotted wilt virus (TSWV) is common in the tomato growing regions of Turkey as it is in the world, and it is considered as a main problem in tomato cultivation. TSWV decreases the quality and outturn of the crop, thereby leading to substantial economic loss by causing wilting in plants, deformation in fruits, dieback in shoot tips and reducing the economic value of tomato. As result of previously research, it was found that wild tomato species Solanum peruvianum contains the Sw-5 gene conferring resistance to TSWV, and the resistance was transferred to many commercial tomato cultivars through classical breeding. In order to shorten the long periods of selection which is the most considerable disadvantage of classical breeding methods, with the help of developments in molecular markers marker assisted selection (MAS) was successfully implemented all over the world linked to the Sw-5 gene. However, MAS has not bee commonly used in Turkey to determine the cultivar resistant to TSWV or to determine resistant lines and hybrids in breeding programs. In this study, the presence of Sw-5 TSWV resistance gene in 71 different tomato cultivars supplied from 8 separate seeding companies operating in our country is determined. The tomato seeds obtained for this purpose was planted and seedlings of different tomato cultivars were grown in controlled environmental chamber. After the isolation of the genomic DNA from the grown tomato seedlings, the presence of the sw-5 gene conferring the resistance to TSWV was determined by PCR method using primers specific to three markers linked to Sw-5 gene While two of these markers Sw-5-2 and CT220 were developed previously and proved to be related to Sw5 locus and one additional marker, sw5 a-e, was developed in this study. In PCR results obtained with primers specific to Sw-5-2 marker, 15 samples out of 71 were determined to be resistant to TSWV, and 14 out of these samples were determined to be heterozygote for sw-5 gene. On the other hand, the PCR results obtained by the primers specific to CT220 marker revealed that 25 tomato species did not contain Sw-5 gene and shown to be sensitive to TSWV. As a result of the PCR scan through the use of primers specific Sw5-a-e marker, it was ascertained that 66 of the samples were resistant to TSWV. The results of the all three markers showed that that the presence of the Sw-5 gene can effectively be identified by the use of MAS and that most of the tomato species commonly grown in Turkey contained sw-5 locus conferring resistance to TSWV and they are considered resistant to the virus.Key Words: Tomato, tomato spotted wilt virus, marker assisted selection, PCR 71

Domates, Solanacea familyasına ait dünyada ve ülkemizde yetiştiriciliği en fazla yapılan sebze türüdür. Bugün tüm dünyada domatesle ilgili ıslah çalışmalarında kullanılabilecek farklı kaynakların ortaya çıkarılması amacıyla araştırmalar devam etmektedir. Bu çalışmada, 52 farklı ilden toplanmış 76 adet yerel domates genotipi ile, 4 adet yurtdışı kökenli ve 8 adet yabani türe ait toplam 88 domates genotipi kullanılmıştır. Bu materyaller arasındaki varyasyon hem morfolojik, hem de moleküler olarak araştırılmıştır. Ayrıca yerel genotiplerin Domates Lekeli Solgunluk Virüsü (Tomato Spotted Wilt Virus, TSWV)'üne karşı herhangi bir dayanıklılık kaynağına sahip olup olmadıkları araştırılmıştır. Morfolojik ve moleküler verilere göre Kümeleme ve Temel Bileşen Analizleri gerçekleştirilerek dendogramlar ile iki ve üç boyutlu ölçeklemeler gerçekleştirilmiştir. Yerel genotipler içerisinde 6 (Mersin), 13 (Adana), 35 (Bilecik), 44 (Kırşehir), 50 (Kayseri), 54 (Eskişehir), 57 (Samsun), 58 (Tokat), 63 (Artvin TR), 67 (Ağrı) ve 75 (Siirt) no'lu örneklerin; varyasyonu yükselten genotipler olduğu tespit edilmiştir. TSWV'ye karşı bilinen dayanıklılık kaynağı olan Sw-5 geninin taranması çalışmasında ise tüm genotipler CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequence) moleküler işaretleyicisi ile taranmıştır. Bunun yanı sıra, olası farklı dayanıklılık kaynaklarını belirleyebilmek amacıyla mekanik inokulasyonlar yapılarak tüm yerel genotiplerin hastalık etmenine karşı gösterdiği yanıtlar incelenmiştir. Çalışmalarda 76 yerel domates genotipinin yanında Sw-5 genini taşıyan LA 3667, Formula F1 ve S. peruvianum genotipleri dayanıklı kontrol olarak kullanılmış; ayrıca hassas kontrol olarak da BATEM (Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitü) domates hatlarından Hat-1 denemelerde yer almıştır. Yerel genotiplerin tümü, hastalık etmeni ile yapılan inokülasyonlar sonucunda simptom göstermiş, bu genotiplerin arasında TSWV'ye karşı dayanıklılığı sağlayabilecek bilinen ya da yeni ve farklı bir dayanıklılık kaynağı bulunamamıştır. Tomato-which belongs to solanacea family, is the most popular vegetable species in Turkey and in all around the world.Today, the studies for the purpose of exploring the different resources to be used in the improvement Tomato work are progressing. In this research, with 76 local tomato genotypes those were collected from 52 different provence, 4 foreign and 8 wild species, total 88 tomato genotypes were used. Both the morphological and the mollecular variations among these materials were investigated. Besides, the local genotypes were examined to explore if they have the source of any resistance to TSWV. According to the morphological and the mollecular data, Clustering and Principal Component Analysis with the dendograms, two and three dimensioned scalings were realized. Among the local genotypes, it was determined that accessiones; 6 (Mersin), 13 (Adana), 35 (Bilecik), 44 (Kırşehir), 50 (Kayseri), 54 (Eskişehir), 57 (Samsun), 58 (Tokat), 63 (Artvin), 67 (Ağrı) and 75 (Siirt) were increase variations. During the scanning study of Sw-5 gene?s- which is known to have the resource to resist to TSWV, all the materials were scanned by CAPS(Cleaved Amplified Polymorphic Sequence). In addition to these, to state the different possible resistance resources, the reactions of the whole local genotypes against the disease factor were examined by using the mechanical innoculations. During the studies, 76 local tomato genotypes and LA3667- which carries the Sw-5 gene, Formula F1 and Solanum peruvianum genotypes were used as the resistant controlls. Separately, as the sensitive controll, batem (west mediterranean agricultural researching institute) tomato lines Hat-1 were taken place. All the local genotypes had the symptoms eventually after the innoculations made by the disease factor. No resistance resource to TSWV or a new and different resistance resource could be found in these genotypes. 178

Bu çalışmada, Samsun'un Bafra, Çarşamba, Alaçam, Vezirköprü ve Tekkeköy ilçelerindeki domates, biber ve tütün alanlarından 2008 yılında 414 adet örnek toplanmış ve örnekler Domates lekeli solgunluk virüsü (Tomato spotted wilt virus; TSWV) poliklonal antiserumu kullanılarak DAS-ELISA (Double antibody sandwich-enzyme linked immunosorbent assay) yöntemi ile test edilmiştir. Test edilen örneklerin 28 (% 6.8)'inin TSWV ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. Virüsün ilçelere göre bulaşıklık oranı Alaçam'da % 21.2, Vezirköprü'de % 9.6, Çarşamba'da % 7.5 ve Bafra ilçesinde % 6.3 olarak tespit edilirken, Tekkeköy ilçesinden alınan hiçbir örnekte TSWV enfeksiyonu saptanmamıştır. Surveyler sırasında toplanan tütün örneklerinin % 39.4'ü, domates örneklerinin % 35.6'sı, biber örneklerinin % 25'i TSWV ile bulaşık olarak tespit edilmiştir.ELISA testi sonucuna göre biber, tütün ve domates örneklerine ait ve yüksek absorbans değerlerine sahip birer TSWV izolatı [sırasıyla Ba-Ağ-Bi (1), Al-Ka-Tü (1), Ba-Gü-Do (1)] seçilerek, konukçu reaksiyonlarına göre izolatların biyolojik olarak ayrımında ve dayanıklılık çalışmalarında kullanılmıştır. Seçilen 3 izolatın bazı bitkilerde oluşturdukları simptomlara göre, biyolojik olarak birbirinden farklı olduğu belirlenmiştir.TSWV'ye karşı dayanıklılıkta rol oynayan Sw-5 genini içerdiği belirlenen Esin F1, Logero RZ F1, Swanson F1 ve Petek F1 domates çeşitleri ve kontrol olarak hassas olduğu bilinen Falcon çeşidi kullanılarak domateste dayanıklılığı kıran TSWV varyantlarının Samsun ilinde bulunup bulunmadığı araştırılmıştır. Bu çeşitlere ait bitkiler, Ba-Ağ-Bi (1), Al-Ka-Tü (1), Ba-Gü-Do (1) izolatları ile ayrı ayrı mekanik olarak inokule edilmişler ve 25 gün sonra ELISA ve RT-PCR ile test edilmişlerdir. Al-Ka-Tü (1) izolatının Esin F1 çeşidinde, Ba-Gü-Do (1) izolatının ise Logure RZ F1 ve Petek F1 çeşitlerinde dayanıklılığın kırılmasına sebep olduğu saptanmıştır. In this study 414 pepper, tomato and tobacco samples were collected during surveys conducted in Alaçam, Bafra, Çarşamba, Vezirköprü and Tekkeköy districts of Samsun province in the 2008 growing season and tested by DAS-ELISA (Double Antibody Sandwich-Enzyme Linked Immunosorbent Assay) using the polyclonal antiserum of Tomato spotted wilt virus. The results of ELISA tests showed that a total of twenty eight samples (6.8%) were infected with TSWV. Incidences of TSWV infection were 21.2 % in Alaçam, 9.6 % in Vezirköprü, 7.5 % in Çarşamba, 6.3 % in Bafra districts, but none of the samples collected from Tekkeköy district were found to be positive for TSWV. The percentages of TSWV infection in tobacco tomato, pepper samples collected during surveys were 39.4%, 35.6% and 25%, respectively.Three TSWV isolates [Ba-Ağ-Bi (1), Al-Ka-Tü (1), Ba-Gü-Do (1) belonging to pepper, tobacco and tomato, respectively], which had higher absorbance values in ELISA tests, were selected to inoculate indicator plants and tomato cultivars for host reactions and resistance tests. It was found that these three isolates differ in biological characteristics in respect to their symptom occurrence in some test plants.Tomato varieties (Esin F1, Logero RZ F1, Swanson F1 and Petek F1) containing resistance gene ?Sw-5? were used to investigate whether TSWV isolates determined in Samsun province were resistant-breaking variants or not. Three seedlings of each tomato cultivars were mechanically inoculated with Ba-Ağ-Bi (1), Al-Ka-Tü (1), Ba-Gü-Do (1) isolates separately and tested by ELISA and RT-PCR 25 days after inoculation. The TSWV isolate named Al-Ka-Tü (1) was found to break resistance in Esin F1, and the other isolate, Ba-Gü-Do (1) in Logure RZ F1 and Petek F1 cultivars. 98

Bu çalışma, Antalya ili Merkez (Aksu, Kurşunlu, Çamköy, Altınova), Serik (Merkez, Çakallık) ve Kumluca (Merkez, Mavikent, Beykonak) ilçelerinde yetiştirilen domates, biber ve marul alanlarında Domates Lekeli Solgunluk Virüsü (Tomato Spotted Wilt Virus, TSWV)'nin, saptanması ve yaygınlığının ortaya koyulması amacıyla 2007 ile 2009 yılları arasında yürütülmüştür.Araziden toplanan ve virüslü olduğundan şüphelenilen bitkiler, öncelikle ELISA yöntemi ile testlenmiş ve hastalık oranı % 88.25 olarak hesaplanmıştır.ELISA testi sonucunda TSWV ile bulaşık olduğu saptanılan örneklerden 3 tanesi A1, S1 ve K1 olarak kodlanarak, mekanik inokulasyon ve PCR çalışmalarında kullanılmıştır.A1 izolatı ile inokule edilmiş indikatör bitkiler üzerinde 7-10 gün sonra, S1 ve K1 izolatları 20-24 gün sonra simptom çıkışına neden olmuştur.TSWV ile infekteli test bitkilerinden elde edilen total RNA ekstraktları RT- PCR yönteminde kullanılmış ve % 1.5' lik agarose jel elektroforezde beklenen band büyüklükleri gözlenmiştir. The objectives of this study are, serological and molecular detection of TSWV in tomatos peppers and lettuces growing in Antalya center (Aksu, Kurşunlu, Çamköy, Altınova), Serik (Center, Çakallık) and Kumluca (Center, Mavikent, Beykonak) provinces between 2007 and 2009.Collected samples were firstly tested with ELISA and infection ratio was determined as 88.25 %.TSWV positives were coded and used for mechanical inoculation. The symptoms were observed on A1, isolates inoculated test plants in 7-10 days, S1 and K1 isolates showed in 20-24 days after TSWV inoculation..Total RNA extraction was done from infected test plants and used for RT-PCR method. DNA bands were observed in respected sizes after the PCR products were tested in agarose gel electrophoresis. 75

Virüs hastalıkları özellikle son yıllarda Samsun ilinde domates üretiminin yapıldığıalanlarda bir problem haline gelmiştir. Domateste zarar oluşturan virüsleri n başındaDomates lekeli solgunluk virüsü [rSWV) gelmektedir. Bu çalışmada, TSWV' nin Samsunilinde domates üretim alanlarındaki bulunuş ve yayılış oranlarının saptanması, bölgede virüstaşınmasında etkili olan vektör türlerinin ve bunların hastalığın bulaşma ve yayılmasındakirollerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 2002 yılında 55 farklı alandan 295, 2003 yılında 45alandan 265 olmak üzere toplam 560 adet örnek toplanmıştır. 2002 yılında örneklerin %14.6'sının, 2003 yılında ise % 18.11'inin TSWV ile enfekteli olduğu saptanmıştır.Bafra ve Çarşamba Ovaları'nda 2003 ve 2004 yıllarında Nisan-Ekim dönemindeönceden belirlenen domates alanlarına sarı yapışkan tuzaklar yerleştirilerek, üretim sezonuboyunca trips türlerinin populasyon takibi yapılmıştır. Bölgede domates üretim alanlarındaThrips tabaci Undeman ve Frankliniella intonsa Trybom türleri tespit edilmiş ve T. tabacı' ninpopulasyon yoğunluğunun F. intonsa' ya göre daha fazla olduğu belirlenmiştir. Genelolarakher iki türün populasyon yoğunluğunun mayıs ayı sonundan itibaren artmaya başladığı, 15Temmuz-15 Ağustos tarihleri arasında ise en yüksek seviyeye ulaştığı saptanmıştır.TSWV yayılımını izlemek amacıyla, merkezine TSWV-enfekteli bitkilerin yerleştirildiğiiki dekarlık bir alanda deneme kurularak, virüsün yayılması haftalık olarak takip edilmiştir.Hastalıklı bitkilerin oranındaki vektör populasyonuna bağlı olarak meydana gelen değişikliklersonucunda oluşan, zamana ve mesafeye bağlı artış ve azalışlar kaydedilmiştir. Denemealanında ilk enfekteli bitki hem serolojik, hem de simptomatolojik olarak inokulum kaynağınınaraziye bırakılmasından 3 hafta sonra tespit edilmiştir. Temmuz-Ağustos dönemindenitibaren artan vektör faaliyeti sonucunda, yeni enfekteli hale gelen bitkilerin oranı inokulumunaraziye bırakılmasından 5 hafta sonra daha da artmıştır. Yapışkan tuzaklarda yakalananvektör sayısı He enfekteli bitkilerin oranı arasındaki ilişki istatistiki olarak önemli bulunmuştur.TSWV 'nin domateste %42.1 oranında ürün kaybına ve %95.5 oranındapazarlanabilir değer kaybına sebep olduğu belirlenmiştir. Bazı ülkelerde T. tabaci iletaşınamayan izolatlara sahip olan TSWV' nin in vitro' da T. tabaci ile tütünden tütüne vetütünden domates bitkisine taşındığı ortaya konmuştur. Ayrıca, TSWV' nin kapsid protein (N)genine spesifik primerler ile enfekteli bitkilerde ve tripsıerde TSWV enfeksiyonu reversetranskripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) yöntemi ile de belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Domates,·Virüs, TSWV, ELISA, Trips, Vektör Virus diseases have become a serious problem in tomato crop in Samsun province.Tomato spofted wilt virus (TSWV) is one of the most destructive viruses in the region.Objective of the present study was to determine the incidence and spread of TSWV and findout its possible vector species that can be important in virus spread in tomato field s inSamsun province.The results of surveys showed that the incidences of TSWV in tomato fields were14.6% and 18.1% in 2002 and 2003, respectively. Thrips species were caught by yellowsticky traps which were placed in tomato fields in Bafra and Carsamba plains, and theirpopulation densities were monitored between April and October during in 2002 and 2003growing season. Two different species, Thrips tabaci Undernan and Frankliniella intonsaTrybom were identified. Population density of T. tabaci was found to be higher than that of F.intonsa. Both species occurred at the end of May and reached the highest levels betweenmid-June and mid-August, 2004. AIso, the progress of TSWV incidence in the experimentalfield given a single internal virus source was monitored weekly. The virus incidence wasrecorded in time and space in relation to vector abundance. The first infected plants weredetermined 3 weeks after the field was exposed to virus source plants. High vector f1ightsbetween the mid-July and m id-August, 2004 caused an more increase in the number of newinfected plants after 5th week (August 2) of sampling. There was a significant correlationbetween the number of vectors caught in sticky traps and the number of infected plants.The yield and quality losses caused by TSWV infection in tomato were also estimatedin this study. TSWV caused 42.1%and 95.5% in yield and marketable value of tomato,respectively.TSWV, which have been reported to have some non-transmissible tomato isolates byT. tabaci in other countries, was shown to be transmitted from tobacco to tobacco, and totomato by T. tabaci in this study.In addition, TSWV were alsa determined in the infected plants and thrips by reversetranscription-polymerase chain reaction (RT-PCR) using primers specific to the capsidprotein gene of TSWV.Key words. Tomato, Virus, TSWV, ELISA, Thrips, Vector. 142

TEZ5770 Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2006. Kaynakça (s. 59-65) var. ix, 72 s. : rnk. ; 29 cm. The objectives of this study are purification and biological, serological and molecular detection of TSWV in tomatos and peppers growing in Adana and Mersin provinces between 2005 and 2006. Collected samples were firstly tested with ELISA and infection ratio was determined as 45.4%. TSWV positives were coded and used for mechanical inoculation. The symptoms were observed on E8, D2 and M5 isolates inoculated test plants in 5-15 days however, T1 inoculated ones showed in 1-2 months after TSWV inoculation. Only one protein of TSWV was observed in SDS-PAGE and molecular weight of it was estimated as 27 kDa. Centrifugation method was succesfully used for semi purification of TSWV. Column chromatography and PEG precipitation methods were not be successed for TSWV purification. TSWV virions were purified and four bands were obtained in SDS-PAGE and one band in agarose gel electrophoresis. Total RNA extraction was done from infected test plants and used for RTPCR method. DNA bands were observed in respected sizes after the PCR products were tested in agarose gel electrophoresis. Bu çalışma, Adana ve Mersin illerinde yetiştirilen domates ve biberlerde zararlı Domates Lekeli Solgunluk Virüsü (Tomato Spotted Wilt Virus, TSWV)'nin saflaştırılması, biyolojik, serolojik ve moleküler yöntemler kullanılarak tanısının yapılması amacıyla 2005-2006 yılları arasında yürütülmüştür. Araziden toplanan virüslü olduğundan şüphelenilen bitkiler, öncelikle ELISA yöntemi ile testlenmiş ve hastalık oranı % 45.4 olarak hesaplanmıştır. TSWV ile infekteli olan örnekler kodlanarak, mekanik inokulasyon çalışmalarında kullanılmıştır. E8, D2, M5 kodlu izolatlar ile aşılı bitkilerde 5-15 gün içerisinde simptom gözlenmiş, bununla birlikte T1 izolatı ise, 30-60 gün gibi bir sürede simptom çıkışına neden olmuştur. SDS-PAGE'de virüse ait bir protein band gözlenmiş ve molekül ağırlığı 27 kDa olarak saptanmıştır. TSWV, santrifüjleme yöntemi kullanılarak yarı saflaştırılmış, PEG çöktürme ve kolon kromotogrofisi yöntemleri başarılı olmamıştır. TSWV virionları saflaştırılmış ve SDS-PAGE'de dört band, agarose jel elektroforez'de ise tek band gözlenmiştir. TSWV ile infekteli test bitkilerinden total RNA ekstraksiyonu yapılmış ve bunlar RT-PCR yönteminde kullanılmıştır. PCR ürünleri agarose jel elektroforez ile test edilmiş ve beklenen band büyüklükleri gözlenmiştir. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi Tarafından Desteklenmiştir. Proje No:ZF2005YL19

Bu çalışma, Çanakkale yöresinde 2003 ve 2004 üretim sezonu içinde, domatestarlalarında TSWV'nin varlığının belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür.Bu amaçla 2003 ve 2004 yıllarında Çanakkale yöresinde domates ekilialanlarda bir sörvey çalışması yapılarak TSWV'ye benzer simptom gösteren bitkilerdenörnekler alınmış ve ELISA ve/veya DTBIA yöntemleriyle test edilmiştir. Yapılantestlerin sonucunda TSWV ile infekteli olan veya olduğu düşünülen örnekler mekanikinokulasyon yöntemiyle indikatör bitkilere taşınmıştır.2003 yılında toplam 61 tarlada gözlem yapılmış, 24 tarlada TSWV tarafındanoluşturulan simptomlara benzer simptom oluşturan bitkilerden toplam 127 örnekalınmıştır. Serolojik testler sonucunda TSWV ile infekteli bitki örneğinerastlanmamıştır. 2004 yılında ise toplam 29 tarlada örnekleme yapılmış, 9 tarladaTSWV simptomlarına benzer simptom gösteren bitkilerden 73 örnek alınmıştır.Serolojik testler sonucunda 9 örnek TSWV ile infekteli olarak bulunmuştur. TSWV ileinfekteli olarak bulunan örnekler aynı zamanda mekanik inokulasyonla indikatörbitkilere taşınmış ve bu bitkilerde sistemik simptomlar oluşturmuştur.Anahtar Kelimeler: Domates, sörvey, seroloji, mekanik inokulasyon, TSWV This study was carried out to determine presence of TSWV in tomatoes gown inopen fields during growing seasons of 2003 and 2004 in Çanakkale Province.Therefore, a survey study was conducted in tomato fields of Çanakkale Province in2003 and 2004, and samples taken from the plants showing TSWV-like symptoms weretested using ELISA and/or DTBIA methods. According to the results of tests, TSWVinfected or thought to be infected samples were used for mechanical inoculation totransmit the virus into indicator plants.In 2003, total 61 different fields were examined and 127 samples were takenfrom 24 fields in where the plants showed the similar symptoms with TSWV.According to the results of serological tests, there was not any infected plant sample. In2004, sampling was carried out in 29 fields; the 73 samples were taken from 9 fields inwhere TSWV-like symptoms were observed. Serological tests showed that 9 of 73samples were found to be TSWV-infected. In addition, these TSWV-infected sampleswere also used for transmission of the virus into the indicator plants and it causedsystemic symptoms on these plantsKeywords: Tomatoes, survey, serology, mechanical inoculation, TSWV 53