Search

Bu çalışma, TÜBİTAK (Proje No: 112S636) ve PAÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi tarafından desteklenmiştir (Proje No: 2018SABE012). Küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK) yüksek metastatik kapasitesinden dolayı agresif bir kanser tipidir. Nükleer Faktör Kappa B (NF-κB), malign akciğer kanseri hücrelerinde sürekli aktif bir transkripsiyon faktörüdür ve KHDAK progresyonunda hayati öneme sahiptir. Aynı zamanda, tümör baskılayıcı ve onkogen olarak fonksiyon gösteren mikroRNA’lar (miRNA’lar) dahil olmak üzere birçok genin transkripsiyonel düzenlenmesinde yer almaktadır. Bazı miRNA’ların NF-κB tarafından indüklenen gen üyeleri olarak tanımlanmasının giderek arttığı bildirilmiştir. Bu çalışma NF-κB tarafından düzenlenen yeni miRNA'ları bulmayı amaçlamıştır. NF-κB bağımlı miRNA'ların belirlenmesinde Kromatin İmmünopresipitasyon Sekans (ChIP-Seq) deneyi ve biyoenformatik analiz kullanılmıştır. Western blot analizi, kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR), lusiferaz reporter gen deneyleri miRNA'ların hedef genlerini araştırmak için gerçekleştirildi. Biyolojik aktiviteyi belirlemek için, H1299 ve A549 KHDAK hücre hatlarında transwell invazyon, migrasyon ve MTT testi yapılmıştır. miRNA ekspresyon düzeyi, metastatik tanı almış ve almamış olan KHDAK hastalarının primer tümör doku örneklerinde değerlendirildi. ChIP-Seq ve qRT-PCR deneyleri miR-548as-3p, miR-8078, miR-1915-5p, miR-621, miR-1203 ve miR-3179'un tümör nekroz faktör-α (TNF-α) aracılı NF-κB tarafından transkripsiyonel olarak düzenlendiğini gösterdi. Sonra, tümör baskılayıcı fosfataz ve tensin homolog (PTEN)’un miR-548as-3p’nin doğrudan hedefi olduğunu bulduk. Üstelik miR-548as-3p, fosfatidilinositol-3-OH kinaz (PI3K)/AKT/NF-κB yolağını ve Slug, Zeb1 ve matriks metalloproteinaz 9 (MMP9)’un dahil olduğu NF-κB ilişkili genleri aktive etmektedir. Ayrıca, miR-8078'in C2 kalsiyum bağımlı domain içeren 2 (C2CD2)’yi hedefleyerek KHDAK hücrelerinin invazyon ve çoğalmasını arttırdığını tespit ettik. miR-548as-3p ve miR-8078'in KHDAK hücrelerinin invazyonunu arttırdığını ve metastatik tanı almış olan KHDAK hastalarının tümör dokularında metastatik tanı almamışlara göre yüksek seviyede olduğunu gösterdik. Tüm bu bulgular, miR-548as-3p ve miR-8078'in, akciğer kanserinin tedavisi için yeni bir aday hedef molekül olabileceğini göstermektedir. Non-small cell lung cancer (NSCLC) is an aggressive cancer type due to high metastatic capacity. Nuclear Factor Kappa B (NF-κB) is a consistently active transcription factor in malignant lung cancer cells and has crucial significance in NSCLC progression. It is also implicated in the transcriptional regulation of many genes including microRNAs (miRNAs) that function as tumor suppressor or oncogene. It has been increasingly reported that several miRNAs defined as gene members are induced by NF-κB. The present study aimed to find novel miRNAs that are regulated by NF-κB. Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-Seq) experiment and bioinformatic analysis were used to determine NF-κB–dependent miRNAs. Western blot analysis, quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR), luciferase reporter gene assays were carried out to investigate the target genes of miRNAs. To determine biologic activity, transwell invasion, migration and MTT assay were carried out on H1299 and A549 NSCLC cell lines. miRNA expression level was evaluated in primer tumor tissue samples of NSCLC patients with or without metastatic diagnosis. ChIP-Seq and qRT-PCR experiments showed that miR-548as-3p, miR-8078, miR-1915-5p, miR-621, miR-1203 and miR-3179 are transcriptionally regulated by tumor necrosis factor-α (TNF-α)-mediated NF-κB. Then, we found that tumor suppressor phosphatase and tension homolog (PTEN) is a direct target of miR-548as-3p. Furthermore, miR-548as-3p activates phosphatidylinositol-3-OH kinase (PI3K)/AKT/NF-κB pathway and NF-κB-related genes including matrix metalloproteinase 9 (MMP9), Slug and Zeb1. Also, we determined that miR-8078 increases invasion and proliferation of NSCLC cells by targeting C2 calcium dependent domain containing 2 (C2CD2). We further showed that miR-548as-3p and miR-8078 increased invasiveness of NSCLC cells and was upregulated in tumor samples of NSCLC with metastatic diagnosis compared to without non-metastatic diagnosis. All these findings provide that miR-548as-3p and miR-8078 could be a new candidate target molecule for the treatment of lung cancer.

Endometrial kanser dünya genelinde kadınlar arasında oldukça yaygınlık gösteren bir kanser tipidir. Son yıllarda yapılan çalışmalarda, sağlıklı hücreler ile kanser hücreleri arasındaki lipit metabolizması arasındaki farklılıklara ait kanıtlar oldukça artmıştır. Lipit metabolizmasındaki değişimler hücrede büyüme, çoğalma ve farklılaşma gibi önemli süreçleri etkiler. Bu çalışma kapsamında endometrial kanser tanısı konmuş ve sağlıklı endometrial dokularda lipogenez ile ilişkili enzim ve sinyal ileti yolu üyelerinin gen ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Bu çalışma kapsamında kullanılan dokularda lipogenez ile ilişkili olarak yağ asit sentaz (FASN) ve Sterol düzenleyici element bağlayıcı protein (SREBP) molekülü ile PI3K/Akt/mTOR sinyal ileti yolu mediyatörleri, fosfotidilinozitol 3-kinaz (PI3K), memeli rapamisin hedef kompleksi (mTOR) ve Protein kinaz B (Akt) ve ayrıca AMP- aktive edici protein kinaz (AMPK) belirteçleri değerlendirilmiştir. Bu çalışmaya, endometrioid adenokarsinom tanısı almış Grade 1 (n=20), Grade 2 (n=20), Grade 3 (n=20) dokuları; endometrial kanser tanısı almamış kontrol 1(n=15) sekretuar faz ve kontrol 2 (n=15) proliferatif faz sağlıklı endometrium dokuları dahil edildi. Gen ekspresyon analizleri Real time PCR yöntemi kullanılarak yapıldı. PI3K gen ekspresyon düzeylerinde Grade 3 grubunda göre Grade 1 ve 2 gruplarına göre azalma belirlendi (p

Amaç ve Hipotez: Bu çalışma, farklı uyaranlar arası süre ile verilen ağrısız dokunsal uyaranların habituasyon süreci ve zaman algısı üzerindeki etkilerini ortaya çıkarmayı amaçlamaktadır.Yöntem: Çalışmaya sağ el baskın 25 sağlıklı katılımcı (11 erkek; ortalama yaş: 21,7 ± 3,28 yıl) katılmıştır. Tek tip ağrısız dokunsal basınç uyaranı (~140 kPa) katılımcıların sağ el işaret parmak pulpasına uygulanmıştır. Katılımcılara dokunsal uyarılma potansiyeli paradigması (Somatosensory evoked potential-SEP) ve atlanan uyaran paradigması (Omitted stimulus paradigm-OSP) uygulanmıştır. Uyaranlar arası süre 2, 4 ve 8 saniye olarak belirlenmiştir. Oturumlar boyunca 64 kanallı elektroensefalografi kayıtları alınmıştır. Beyin yanıtlarında tepeden tepeye en yüksek genlik ölçümleri ve yanıt oluşum süreleri (duration) N200 (N2) ve P300 (P3) yanıt bileşenleri için elde edilmiştir. Öncelikli olarak dokuz elektrot bölgesi (Fz, FCz, Cz, CPz, Pz, C3, C4, P3, P4) analizlere dahil edilmiştir. Dokunsal uyarılma potansiyelleri tüm elektrotlar ve hemisferik farklar açısından değerlendirilmiştir. OSP yanıtlarının değerlendirilmesinde ise frekans analizi yaklaşımı uygulanmıştır.Bulgular: Tüm elektrot bölgelerinde uyaranlar arası sürenin artışıyla ağrısız dokunsal uyaranlara karşı oluşan yanıt genliklerinde anlamlı bir artış saptanmıştır (p

SIÇANLARDA PAKLİTAKSEL İLE OLUŞTURULAN NÖROPATİ MODELİNDE OKSİTOSİN VE PROGESTERONUN ETKİLERİ Ekici M. Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Fizyoloji (Veteriner) Programı Doktora Tezi, Aydın, 2019. Bu çalışma sıçanlarda deneysel paklitaksel (Ptx) kaynaklı periferik nöropati modelinde elektrofizyolojik ve histopatolojik değişiklikler üzerine progesteron (Pg) ve oksitosinin (Oxy) olası etkilerini araştırmayı amaçlamıştır. Çalışmada, 38 adet erkek Sprague Dawley sıçan kontrol (n1=6), Ptx (n2=8), Ptx+Oxy (n3=8), Ptx+Pg (n4=8) ve Ptx+Oxy+Pg (n5=8) olarak rastgele 5 gruba ayrıldı. Ptx grubuna paklitaksel 3 mg/kg dozunda gün aşırı 7 kez, kümülatif 21 mg/kg olacak şekilde intraperitoneal yolla uygulandı. Diğer deney gruplarına paklitaksele ek olarak oksitosin (120 μg/kg), progesteron (12 mg/kg) ve oksitosin-progesteron kombinasyonu (aynı dozlarda) intraperitoneal uygulandı. Kontrol grubundaki sıçanlara steril serum fizyolojik deney süresince intraperitoneal olarak uygulandı. Elektromiyografik ölçümler çalışmanın başında (0. gün), ortasında (7. gün) ve sonunda (14. gün) kaydedildi. Deney sonunda siyatik sinir örnekleri histopatolojik inceleme için toplandı. Hayvanların vücut ağırlığı değişimi ve sağlık durumları günlük takip edildi. Deney süresince gruplarda (Ptx=2, Ptx+Oxy=3, Ptx+Pg=2 ve Ptx+Oxy+Pg=3) ölümler görüldü. Deney sonunda paklitaksel uygulanan grupların kontrol grubuna göre yüzde canlı ağırlık değişiminin önemli olduğu, ancak Ptx grubu ile diğer uygulama grupları arasında farkın önemli olmadığı görüldü. Deney sonu elektromiyografik ölçümlerde kontrol grubuna göre Ptx grubunda %18,4 MSİH azalışı görüldü. Kontrol ile Ptx+Pg grupları deney sonu ortalama MSİH değerleri arasında fark yoktu. Ayrıca, Ptx grubu ile Ptx+Oxy ve Ptx+Oxy+Pg gruplarının MSİH ortalama değerleri arasında fark anlamsızdı. Kontrol grubuna göre Ptx grubu deney sonu ortalama proksimal latans değerleri yüksek bulundu. Ancak, kontrol grubu ile diğer gruplar arasında fark yoktu. Deney süresince, girişimin distal latans, proksimal ve distal amplitüd ile alan ortalama değerleri üzerine etkisi bulunmadı. Siyatik sinirin histopatolojik incelemesinde, Ptx grubunda diğer gruplardan daha fazla sinir lifi dejenerasyonu olduğu görüldü. Ptx+Oxy ve Ptx+Pg gruplarında Ptx grubuna göre daha az dejeneratif hasar olduğu bulundu. Ptx grubuna göre en düşük dejenerasyon Ptx+Pg grubunda görüldü. Ptx+Oxy+Pg grubunda, Ptx+Pg ve x Ptx+Oxy gruplarından daha fazla sinir ipliklikleri dejenerasyonu olmasına rağmen, Ptx grubundan azdı. Bu sonuçlar progesteronun paklitaksel kaynaklı periferik nöropati sıçan modelinde koruyucu etkisinin olabileceğine işaret etmektedir. EFFECTS OF OXYTOCIN AND PROGESTERONE ON PACLITAXEL INDUCED NEUROPATHY MODEL IN RATS Ekici M. Department of Physiology, Health Science Institute, Aydin Adnan Menderes University, Ph.D. Thesis. Aydın, 2019. This study aims to investigate the possible effects of progesterone (Pg) and oxytocin (Oxy) on electrophysiological and histopathological changes in experimentally paclitaxel (Ptx)-induced peripheral neuropathy model in rats. In the study, thirty-eight male Sprague Dawley rats were randomly divided into 5 groups; control (n1=6), Ptx (n2=8), Ptx+Oxy (n3=8), Ptx+Pg (n4=8) Ptx+Oxy+Pg (n5=8). Paclitaxel (3 mg/kg) was administered in the rats received paclitaxel every other day intraperitoneally (seven injections in total) for 14 days. Together with paclitaxel, oxytocin (120 μg/kg), progesterone (12 mg/kg), and oxytocin- progesterone combination (same doses) were also administered to other experimental rats consisting of three different groups throughout the experiment. Sterile saline was administrated in the control rats by intraperitoneally. The electromyographic measurements and motor nerve conduction velocity were recorded at the beginning (day 0), in the middle (day 7), and at end of the study (Day 14). Sciatic nerve samples were collected for the histopathological examination at the end of the experiment. Body weight and changes in health status of the animals were monitored daily during the study. During the experiment, deaths (Ptx = 2, Ptx+Oxy = 3, Ptx+Pg = 2 and Ptx+Oxy+Pg = 3) were observed in the rats received paclitaxel. At the end of the study, the difference in BW (%) between the rats received Ptx and the control rats was significantly important, but there was no difference between the rats received Ptx only and the rats received Ptx+Pg (or Ptx +Oxy). Electromyographic evaluation revealed that there was a reduction (~18.4%) in MNCV of Ptx group compared to the control group. Importantly, there was no difference in MNCV between control and Ptx+Pg groups. In addition, there was no significant difference in the mean of MNCV among groups Ptx and Ptx+Oxy and Ptx+Oxy+Pg. At the end of the experiment, the proximal latency was high in Ptx group compared with the control group. However, there was no difference in proximal latency between the control group and other groups. The intervention did not affect distal latency, proximal and distal amplitude and area throughout xii the experiment. Histopathological examination of the sciatic nerve showed that the rats in Ptx group have more nerve fiber degeneration than that of the rats in other groups. Notably, the nerve fiber degeneration in groups Ptx+Oxy and Ptx+Pg was lower compared to that of Ptx group. Compared to group Ptx, the lowest nerve fiber dejeneration was seen in group Ptx+Pg. Group Ptx+Oxy+Pg had more degenerative nerve fibers than those of groups Ptx+Pg and Ptx+Oxy, but less than that of Ptx group. These results indicate that progesterone might have a protective effect on paclitaxel-induced peripheral neuropathy rat model. İÇİNDEKİLER KABUL VE ONAY SAYFASI........................................................ i TEŞEKKÜR............................................................................... ii İÇİNDEKİLER ........................................................................... iii SİMGELER ve KISALTMALAR DİZİNİ........................................... v ŞEKİLLER DİZİNİ..................................................................... vi RESİMLER DİZİNİ.................................................................... vii TABLOLAR DİZİNİ.................................................................... viii ÖZET..................................................................................... ix ABSTRACT.............................................................................. xi 1. GİRİŞ ................................................................................... 1 2. GENEL BİLGİLER................................................................... 4 2.1. Periferik Sinir Sistemine İlişkin Çalışmalar....................................... 4 2.2. Periferik Sinir Sistemi............................................................... 5 2.3. Sıçan Siyatik Sinir Anatomisi....................................................... 7 2.4. Periferik Sinir Sisteminde Dejenerasyon ve Rejenerasyon..................... 8 2.5. Sinir İletim Çalışmalarını Etkileyen Fizyolojik Faktörler...................... 9 2.6. Sinir İletim Hızı Çalışmaları ....................................................... 10 2.7. Polinöropatilerde Elektrodiyagnostik Testler............................................ 14 2.8. Nöropatilerde Gözlemlenen Histopatolojik Değişiklikler...................... 16 2.9. Paklitaksel ............................................................................ 18 2.10. Oksitosin ............................................................................. 20 2.11. Progesteron........................................................................... 21 3. GEREÇ VE YÖNTEM................................................................ 23 3.1. Laboratuvar Koşulları ve Hayvanlar.............................................. 23 3.2. Deney Dizaynı....................................................................... 23 3.3. ENMG Kayıtları..................................................................... 24 3.4. Histopatolojik Değerlendirme..................................................... 27 3.5. İstatistiksel Analizler................................................................ 28 4. BULGULAR........................................................................... 29 4.1. Vücut Ağırlığı Değişimleri........................................................... 29 4.2. Latans Değerleri ................................................................... 31 iv 4.3. Birleşik Kas Aksiyon Potansiyeli Değerleri.................................... 33 4.4. Proksimal ve Distal Alan Verileri................................................ 36 4.5. Motor Sinir İletim Hızı............................................................ 38 4.6. Histopatoloji Bulgular............................................................ 40 5. TARTIŞMA.......................................................................... 43 5.1. Canlı Ağırlık ve Genel Toksisite................................................ 43 5.2. Birleşik Kas Aksiyon Potansiyeli, Sinir İletim Hızı .......................... 43 5.3. Histopatoloji........................................................................ 46 6. SONUÇLAR VE ÖNERİLER...................................................... 48 KAYNAKLAR.......................................................................... 49 EKLER.................................................................................... 63 ÖZGEÇMİŞ.............................................................................. 64

Pankreas kanseri, 6 ay ortalama hasta sağkalımı ile son derece zayıf sağkalım oranlarına sahip en agresif kanserlerden biridir ve karşılanamayan bir terapötik zorluğu temsil etmektedir. Pankreas kanseri ilerleyişini ve mekanizmaları hala tam olarak anlaşılamamıştır. Yalnızca tümör hücrelerini hedef alan stratejilerin pankreas kanseri hücrelerini ortadan kaldırmada başarısız olduğu ve metastazı, ilaca direnci ve hasta ölümlerini önlediği kanıtlanmıştır. Kanser kök hücreleri hücre göçü / istilası, ilaç direnci ve metastaz özellikleri sebebiyle önemli klinik etkilere sahiptir. NOTCH ve ilişkili sinyal yolaklarının kanser kök hücrelerinde yüksek/artmış aktivite gösterdikleri; bu hücrelerin sürdürülmesi ve sağkalımı için önemli olduğu bilinmektedir. NOTCH1'in pankreas kanseri kök hücrelerinin regülasyonundaki fonksiyonel rolü açıklığa kavuşmamıştır. Planlanan çalışmayla klinikte kullanılan toksik olmayan nanolipozom teknolojisi ile NOTCH1'i hedefleyen miRNA temelli tedavi modeli uygulanmıştır. NOTCH1 hedef alınarak kanser kök hücre özelliklerinin baskılandığı, tümör büyümesi ve yayılmasının durduğu görülmüştür. Tedavi yaklaşımı olarak etkin bir şekilde kullanılabileceği öngörülmektedir ., Pancreatic cancer is one of the most aggressive cancers with extremely poor survival rates with an average patient survival of 6 months and represents an unmet therapeutic challenge. The progress and mechanisms of pancreatic cancer are still not fully understood. Strategies targeting tumor cells alone have been shown to fail to eliminate pancreatic cancer cells and prevent metastasis, drug resistance, and patient deaths. Cancer stem cells have important clinical effects due to cell migration / invasion, drug resistance and metastasis. NOTCH and related signaling pathways exhibit high / increased activity in cancer stem cells; it is known to be important for the maintenance and survival of these cells. The functional role of NOTCH1 in the regulation of pancreatic cancer stem cells remains unclear. In the planned study, a miRNA based treatment model targeting NOTCH1 was applied with non-toxic nanoliposome technology used in the clinic. By targeting NOTCH1, it was observed that cancer stem cell properties were suppressed and tumor growth and spread stopped. It can be used effectively as a treatment approach.

Lisansüstü tezlerin elektronik ortamda toplanması, düzenlenmesi ve erişime açılması konusuna ilişkin yök'ün 18.06.2018 tarihli yönergesine istinaden artık bu tarihten sonra gizlilik şartı aranmayan bütün tezler erişime açılacaktır. Tüberküloz hastalığı günümüzün en öldürücü hastalıklarından biri olup buna Mycobacterium tuberculosis (Mtb) neden olmaktadır. Bu durumda, bu hastalığa neden olan bu bakeriyi hedef alan ilaç geliştirme stratejileri önem arzeden güncel araştırma konularıdır. Bu bakterinin büyüme ve çoğalma gibi işlemlerinde sinyal iletim mekanizmasını kullanarak başarılı bir şekilde yaşamını sürdürdüğü ve bunun için temel olarak 11 adet (A-K) ökaryotik benzeri serin/treonin kinaz kullandığı bilinmektedir. Dolayısıyla bu proteinlerin sinyal iletimindeki rollerinin bilinmesi bunları kayda değer ilaç hedefleri haline getirmektedir. Bu çalışmanın da amacı Mtb'nin sinyal iletiminde yeri anlaşılan Protein Kinaz B (PknB)'nin bilgisayar destekli yaklaşımlarla detaylı bir şekilde araştırılmasını içermektedir. Model yaklaşımlar kullanılarak bu kinazın mevucut x-ray yapısındaki eksik olan kısımlar tamamlandı ve ilgili treoninler (Thr171 ve Thr179) fosforlanarak bunların proteinin konformasyonunda yaptığı değişiklikler incelendi. Bu değişimlerin PknB'nin sübstratı olarak düşünülen glikojen birikimi düzenleyici (GarA) ile yaptığı etkileşimlere etkisi gözlemlendi. Sonuçlar PknB'nin fosforlandığı zaman anlamlı olarak konformasyonal değişikliğe uğradığını ve neticede GarA ile etkileşiminde anlamlı katkı sağladığı görüldü. PknB-T179'dan ziyade PknB-T171'nin GarA'yı THR22 artığını fosforladığı düşünüldü. Bu kinazın GarA ile etkileşiminde GarA'daki ARG81, 96 ve 97 artıkları fosforlanmış THR171 ile etkileştikleri bulundu. Bunun yanısıra sırasıyla kinazdaki ASP191 ve ARG189 ile GarA'daki ARG26 ve GLU32 ile ASP34 arasında çapraz tuz köprülerinin oluştuğu görüldü. Bu sonuçlar bağlanma mekanizmasını esas alarak bu bakteriye karşı ilaç geliştirme olanakları sunmaktadır. Bütün hesaplamalar AMBER (Assisted Model BuildingwithEnergyRefinement) paket programları kullanılarak yapılırken protein-protein etkileşimleri Z-DOCK vasıtasıyla yapıldı. Tuberculosis caused by Mycobacterium Tuberculosis (Mtb) is one of the most lethal diseases. Therefore, it is a strategic goal to design drugs against this bacterium, which emploes 11 (A-K) eukaryotic-like ser/thr kinases in the signal transduction mechanism in the growth and proliferation processes. Knowing the roles of these kinases and targeting them are important drug design targets. In this study, we aimed to investigate the role of protein kinase G (PknG) in signal transduction by using computer assisted approaches. The missing part of the protein was completed by molecular modelling calculations. The corresponding threonines were phosphorylated and the effect of the phosphorylation on the conformation of the protein was observed by molecular dynamic calculations. The conformational changes in phsophorylated PknG were found to be very significant in its ability to bind to glycogen accumulation regulator (GarA). Docking results indicate that PknB-T171 rather than PknB-T179 forms a complex with an orientation to phosphorylate THR22. In this complex, phosphorylated THR171 interacts with ARG81, ARG96 and ARG97 in GarA. Besides, ASP and ARG189 in PknB-T171 interact with ARG26 and GLU32 and ASP34, respectively. All calculations were performed by AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) and protein-protien interactions were studied by Z-DOCK. TÜBİTAK

Genel popülasyonda büyüme, genetik ve epigenetik faktörler arasındaki karmaşık bir etkileşimle belirlenir. miR-124, yetişkin beyninde özel olarak ifade edilen en iyi karakterize edilmiş ve en bol bulunan miRNA'lardan biri olup, bazı genlerin ifadesini doğrudan etkileyebilen epigenetik bir faktördür.Bu çalışmada miR-124'ün anabolik bir sistem olan GH-IGF-1 aksı üzerine etkisi araştırıldı. İlk olarak Balb/c ırkı fare embriyolarına miR-124-3p mikroenjeksiyonu yapıldı. Mikroenjeksiyon sonrası doğan (paramutant/miR-124*) 5 erkek, 1dişi fare (F0) çalışma grubu olarak kullanıldı.Kontrol grubu olarak da 4 erkek, 4 dişi 8 fare kullanıldı. Kilo takibi yapılan bu farelerden, miR-124* lar kendi aralarında kontrol fareler de kendi aralarında çiftleştirilerek F1 nesli elde edilmiştir.3 erkek 2 dişi olmak üzere 5 tane F1 miR-124* fare ve 4 erkek 10 dişi olmak üzere 14 tane kontrol fare kullanılmıştır. F1 nesli için de kilo takipleri yapılmıştır. Ağırlık ve vücut büyüklüğü açısından farelerin çok farklandıkları tespit edilmiştir. Daha sonra bu farelere ait hipotalamus, hipofiz ve kan örneklerinde GH-IGF-1 yolağında görevli olan GH, IGF1, GHRH, IGFBP5, GHR, IGF1R, IGFBP1, GHRL genlerinin ekspresyonları Real Time PCR ile, GH ve IGF-1 genlerinin ekspresyonları ayrıca ELISA metodu ile de tespit edilmiştir.F0 miR-124*erkekler ve F1 miR-124*erkeklerin, kontrol erkeklere kıyasla ağırlık artışları istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (pF1>kontrol şeklindeki GH düzeyleri ve bununla korele GH kan ekspresyon seviyeleri tespit edilmiştir. IGFBP5 geni için istatistiksel olarak ispatlanamasa da tüm dokularda F0 ve F1 paramutant erkeklerde kontrollerine göre belirgin ekspresyon artışı izlenmiştir. IGFIR kan ekspresyon bulgularında F1 paramutant erkeğin kontrol erkek ve F1 paramutant dişilere göre istatistiksel olarak anlamlı olmasa da bariz artmış ekpresyonu saptanmıştır.Dişilerde de birer örnek olmalarına rağmen her iki jenerasyonda da kontrollerine göre artmış bir ekspresyon gözlenmiştir.Sonuç olarak miR-124 enjeksiyonu farelerde kilo artışı ve iri fenotipe neden olmaktadır.Bu etkinin bir sonraki kuşakta azalarak ta olsa devam ettiği belirlenmiştir. Bu küçülmenin IGFBP1 ekspresyonundaki artış nedeni ile olabileceği kanısındayız.Diğer taraftan GH ekspresyonundaki artış ile kilo artışı arasında pozitif bir korelasyon olduğu diğer bir bulgumuzdur .IGFBP5 ve IGF1R genlerinin ise büyümeye katkı sağladıklarını düşündürecek sayısal olarak ekspresyon bulgularımız olmakla birlikte,istatistiksel olarak anlamlandırılamamıştır.Bu durumun temel nedeninin de örnek sayısındaki yetersizlik olduğunu düşünmekteyiz. Bu mekanizmanın net olarak aydınlatılabilmesi ve bu çalışmanın desteklenmesi için daha fazla örnek sayısıyla benzer çalışmalar yapılmalıdır. Growth in the general population is determined by a complex interaction between genetic and epigenetic factors. miR-124 is an epigenetic factor that can now influence the expression of genes, whether one of the best expressed and most abundant miRNAs is specifically expressed in the adult brainIn this study, miR-124-3p microinjection was performed on Balb / c breed mouse embryos to investigate the effect of miR-124 on an anabolic system GH-IGF-1 axis. 5 male, 1 female mice (F0) born after microinjection (paramutant / miR-124 *) were used as study group. As a control group, 4 males and 4 females, 8 mice were used.These mice were then weight-tracked, miR-124 * s were mated among themselves and control mice were mated among each other to obtain F1 generation. 5 F1 miR-124 * mice (3 male and 2 female) and 14 control mice (4 male and 10 female) were used in our study. Weight tracing was performed for F1 generation. Mice were found to be very different in weight and body size. The expressions of GH, IGF1, GHRH, IGFBP5, GHR, IGF1R, IGFBP1, GHRL genes which were involved in the GH-IGF-1 pathway in the hypothalamus, pituitary and blood samples of these mice were also analyzed by Real Time PCR. Expression of GH and IGF-1 gene has also been determined with ELISA method.Weight increases of F0 miR-124 * males and F1 miR-124 * males were found statistically significant compared to control males (p F1> control and correlated with GH blood expression levels were determined in both sexes. Although there was no statistical evidence for IGFBP5 gene, F0 and F1 paramutant in all tissues showed significant increase in expression compared to controls. In the IGFIR blood expression findings, an increased expression of F1 paramutant male compared to control male and F1 paramutant females was found, although not statistically significant. Although they were also one example in females, increased expression was observed in both generations.As a result, miR-124 injection causes weight gain and large phenotype in mice. This effect is reduced in the next generation, but is nevertheless determined to continue. We think that this decrease may be due to the increase in IGFBP1 expression. On the other hand our other findings that there is a positive correlation between weight gain and an increase in the expression of GH. Although the IGFBP5 and IGF1R genes are thought to contribute to growth, we have numerical expression findings, but they were not statistically significant. We think that the main reason of this situation is the inadequacy in the number of samples. Similar studies should be carried out with more number of samples in order to clarify this mechanism and support this study. 146

Amaç: Amacımız, Tip1 ve Tip2 diyabet hastalarında hücre dejenerasyonlarına ve ölümüne neden olan Src ve Src' la ilişkili MapK VE STAT-3 sinyal yolaklarının araştırılması, bu proteazlarda meydana gelen ekspresyon düzeylerinin belirlenmesidir.Gereç ve Yöntem: 15'er Tip1, Tip2 diyabet hastaları ve sağlıklı bireylerden toplanan 20 ml total kandan periferik kan mononükleer hücreleri izole edildi. Western Blot ve İmmünohistokimyasal yöntemler kullanılarak MapK'lar, Src ve Stat-3 aktiviteleri araştırıldı.Bulgular: Tip1 diyabet grubunda Lenfosit, B tipi lenfosit, nötrofil ve trombositlerde Stat-3 ekspiresyonunda artış, lenfositlerin çoğunda Src ekspiresyonu negatif bazı nötrofillerin nükleuslarında pozitif görüldü. P38 ekspresyonu nötrofil hücrelerinin nükleuslarında belirgin, lenfosit ve monosit hücrelerinin bazılarında hafif gözlendi. Lenfosit ve monosit nükleuslarında ve küçük trombosit pulcuklarında Erk ½ ekspresyonunda pozitif artış gözlendi. Tip2 diyabet grubunda ise lenfosit, monosit ve nötrofillerde negatif, bazı lökositer yapıların membranında ve trombositlerde hafif düzeyde Stat-3 ekspiresyonu görüldü. Lenfosit, monosit ve özellikle nötrofil nükleus ve stoplazmalarında Src ekspresyonu pozitif görüldü. Lenfositler, monositler, bazı dejenere olmuş nötrofil nükleuslarında ve trombosit pulcuklarında P38 ekspresyonu artış göstermiştir. Bazı nötrofillerin nükleer yapılarında pozitif Erk ½ ekspresyonu gözlenirken lenfosit, monosit, diğer nötrofil ve granüllü lökositlerde negatif gözlendi.Sonuç: Kontrol grubu ile kıyaslandığında Tip1 hastalarında Tip2'nin aksine Stat-3 ekspresyonunun arttığı ve fosforilasyonun baskılandığı görülmüştür. Src ve P38 için kontrol ve Tip1 grubunda ekspresyon düzeyinin baskılanıp fosforilasyonun arttığı izlenirken, Tip2 grubunda Src ve P38 fosforilasyonunun baskılanıp ekspresyonun arttığı gözlemlenmiştir. Erk ½ ekspresyonu Tip1 ve Kontrol grubunda artıp, fosforilasyonu baskılanırken,Tip2 grubunda ekspresyon ve fosforilasyon düzeyinin baskılandığı görülmüştür. Hücresel olarakta sonuçlar desteklenmiştir.Anahtar Kelimeler: Tip1 diyabet, Tip2 diyabet, PBMC, Ekspresyon, Fosforilasyon Aim: Our aim is to investigate the Src and Src-related MapK and STAT-3 signaling pathways that cause cell degeneration and death in Type 1 and Type 2 diabetes patients, and to determine the expression levels occurring in these proteases.Material and methods: Peripheral blood mononuclear cells were isolated from 20 ml total blood collected from 15 patients with Type 1, Type 2 diabetes and healthy individuals. MapKs, Src and Stat-3 activities were investigated by using Western blot and immunohistochemical methods. Results: An increase in Stat-3 expression in lymphocytes, B-type lymphocytes, neutrophils and platelets in the type 1 diabetes group was found positive in the nucleus of some neutrophils negative for Src expression in most lymphocytes. The expression of P38 was evident in the nuclei of neutrophil cells and mild in some of the lymphocyte and monocyte cells. A positive increase in Erk ½ expression was observed in lymphocytes and monocyte nuclei and small platelet platelets. In Type 2 diabetes, lymphocytes, monocytes and neutrophils were negative, while some leukocytic structures were found to have a slight Stat-3 expression in the membranes and platelets. Src expression was found positive in lymphocytes, monocytes and especially neutrophil nuclei and its stains. P38 expression in lymphocytes, monocytes, some degenerated neutrophil nuclei, and platelet scales increased. Positive expression of Erk ½ was observed in nuclear structures of some neutrophils, but negative for lymphocytes, monocytes, other neutrophils and granular leukocytes.Conclusion: Contrary to type 2, Stat-3 expression increased and phosphorylation was suppressed in Type 1 patients compared to control group. For Src and P38, it was observed that the expression level was suppressed and phosphorylation increased in the control and Tip1 groups, whereas in the Type 2 group Src and P38 phosphorylation was suppressed and expression increased. While expression of Erk ½ was increased in Type 1 and Control groups, phosphorylation was suppressed and expression and phosphorylation level were suppressed in Type 2 group. Cellular, results are supported.Keywords: Type 1 diabetes, Type 2 diabetes, PBMC, Expression, Phosphorylation 83

Amaç: Mekanizmalar açık olmasa da, enfeksiyon preterm doğum için öne sürülen enönemli nedenlerden biridir. Bu nedenle tedavi odaklı pek çok çalışma yapılmaktadır.Surfactant A (SP-A) gebelik için mükemmel bir güvenlik profiline sahip endojen fetal birmaddedir. Bu çalışmanın amacı; SP-A ve bir prostaglandin inhibitörü olan İndomethacin(IND)' nin erken doğumu önleme potansiyelini daha ayrıntılı tanımlamak ve SP-A' nıngebelerde preterm doğum için koruyucu bir ajan olarak kullanım potansiyelinibelirleyebilmektir.Yöntem: RAW (267.7 Mouse Macrophage Cell) ve RAW Blue (267.7 MouseMacrophage Reporter Cell Line) hücrelerinin kullanıldığı kültür ortamında, SP-A ilefragmentlerine ait doz ve etki süresi belirlemesi yapılarak, SP-A ve IND'nin etkisi,lipopolysaccharide (LPS) indüklü cerrahi model üzerinde, koitus sonrası 14.5 günlük gebeCD-1 fareleri kullanılarak değerlendirilmiştir.Bulgular: 5 saatlik 0.2 ng/ml LPS indüksiyonu sonrası RAW hücrelerinde PolymeraseChain Reaction (PCR) ile doğrulanan Interlökin 1 beta (IL1ß) ekspresyonununoluşturduğu inflamatuar cevabı, SP-A; 20 ug/ul ile baskılamaktadır. Aynı doz LPS ileindüklenen deney hayvanı modelinde LPS aracılı erken doğum yapan grupta Notchaktivitesinin arttığı ve SPA ve IND' nin özellikle mast hücreleri ile Jag-2 aracılımodülasyon yaptığı görüldü.Sonuç: SP-A ve fragmentlerine ait doz zaman eğrisi incelendiğinde, SP-A' nıninflamatuar yanıtı baskıladığı ancak SP-A'yı oluşturan parçaların farklı cevapözelliklerine sahip olabileceği görülmüştür. Ayrıca, SP-A'nın moleküler etkimekanizmasının karakterize edilmesinde Notch sinyali ile bağlantısının incelenmesininönemli olduğu tespit edildi. Bu alanda daha çok araştırmanın yapılmasına ihtiyaçduyulmakla birlikte, bu çalışma, SP-A için, tedavi amaçlı ilaç dizaynına yardımcıolacaktır.Anahtar Kelimeler: SP-A, Indomethacin, Notch, Serviks Objective: Although the mechanisms are not clear, infection is one of the most importantreasons for preterm labor. For this reason, many studies are carried out for treatment.Surfactant A (SP-A) is an endogenous fetal substance with an excellent safety profile forpregnancy. The aim of this study is to identify the potential of indomethacin (IND) whichis a prostaglandin inhibitor and of the SP-A as a protective agent for preterm delivery inpregnant women.Method: The dose-effect duration of SP-A and fragments was determined using RAWand RAW Blue cells. The effect of SP-A and Indomethacin was evaluated on a LPSinduced surgical model using 14.5 dpc CD-1 mice.Results: After induction with 0.2 ng/ml LPS for 5 hours, expression of IL1β by PCR inRAW cells was evaluated. This effect was suppressed in RAW Blue cells with 20 ug/mland evaluated by Quanti Blue analysis. The response of the fragments is differentdepending on the dose and time. Molecular structure after Commassie Blue staining; themonomeric (24 kDa) and dimeric (50-60 kDa) for the full-length SP-A. KINK (22 kDa)was detected as CDM (4 kDa) with GLOB (28 kDa) and PL (2 kDa) with smallerfragments. In the experimental animal model induced by the same dose LPS. The Notchactivity in the LPS-mediated preterm delivery group was increased. At the same time,SPA and IND affected the Jag-2 mediated mast cell modulation.Conclusion: When the dose time curve of SP-A and fragments was examined, it was seenthat SP-A suppressed the inflammatory response, but SP-A components had differentresponse characteristics. In addition, it was determined that SP-A was important toinvestigate the linkage of Notch signal in characterizing the molecular mechanism ofaction. Although more research is needed in this area, this study will be help the design todrug for SP-A.Keywords: SP-A, Indomethacin, Notch, Cervix 121

GİRİŞ: Migren, yaygın, yineleyen, çoğunlukla unilateral, şiddetli, zonklayıcı ve geçici özürlülük oluşturan sık rastlanan bir baş ağrısı bozukluğudur. Auralı ve aurasız olmak üzere temel olarak 2 migren tipi vardır. Migrenin yaygın formları olan auralı ve aurasız migrende nöromüsküler iletimin anormal olduğu tek lif elektromiyografi (TLEMG) yöntemi aracılığıyla daha önce gösterilmiştir. TLEMG insan deneklerde in vivo nöromüsküler bileşke performanslarını değerlendiren en iyi ve en güvenli elektrofizyolojik yöntemdir. Çalışmamızda migrenli hastalarda TLEMG yöntemiyle farklı migren tiplerinde olası altta yatan P/Q tipi kalsiyum kanallarında var olan kanalopatiye bağlı olarak motor son plakta subklinik nöromüsküler iletimin etkilenip etkilenmediğini göstermeyi, yapılan bundan önceki çalışmaların sonuçlarını doğrulamayı ve migren patofizyolojisini anlamayı amaçladık.MATERYAL VE METOT:18-55 yaş arası oluşan 25 sağlıklı gönüllü (19 kadın 6 erkek), kontrol grubuyla benzer yaş aralığında, International Headache Society (IHS) tarafından 2013'te belirlenmiş olan kriterlere göre migren tanısı konan ve tipleri belirlenmiş olan 30 aurasız migren hastası (26 kadın 4 erkek) ve 30 auralı migren hastası (28 kadın 2 erkek) olmak üzere toplam 85 kişi çalışmaya alındı. Çalışmaya alınan migren hastalarının disabilite durumları Migraine Disability Assesment Scale - Migren Yeti Yitimi Ölçeği (MIDAS) ile ve ağrı şiddeti ise Sayısal Değerlendirme Skalası (NRS) testi ile değerlendirildi. Hastalara ve sağlıklı gönüllülere frontalis kasından volünter TLEMG yapıldı. Kontrol grubuyla migrenli grubun anormal bireysel jitter değerleri, jitter artışı olan lif sayısı, ortalama MCD (Mean Consecutive Difference - tüm incelenen liflerin ortalama jitter indeksi, ardışık farkların ortalama değeri, en düşük ve en yüksek jitter değerleri karşılaştırıldı. Motor son plak işlevleri bireylerden kaydedilen ve jitter artışı olan lif sayısına göre yorumlandı. Buna göre, kaydedilen jitter değerlerinin hepsinin normal olduğu durumda veya 1 tanesinin 55 mikrosaniyenin üzerinde olduğu durumda motor son plak işlevleri normal kabul edildi. 20 jitter değerinden 2'si 55 mikrosaniyeden yüksek olan hastalarda motor son plak işlevlerinde sınırda bir bozukluk olduğu, 3 ve daha fazlasında yükseklik bulunan hastalarda ise motor son plak işlevinin bozuk olduğu kabul edildi ve buna göre analiz yapıldıSONUÇLAR: Toplam hasta sayısı 60'tı. Bunların arasında auralı migren grubunda olan 30 hastanın 5 tanesinde nöromüsküler iletim bozuk olarak saptandı, 8 tanesinde nöromüsküler iletimdeki bozukluk sınırdaydı, 17'sinde ise normaldi. Aurasız migrenli 30 hastanın ve kontrol grubu 25 kişinin ise hiçbirinde nöromüsküler iletim bozuk olarak saptanmadı, (3 tanesinde bozukluk sınırdaydı, 27 tanesinde normaldi). Çalışmamızda kontrol grubunda yer alan bireylerin ve migrenli hastaların en yüksek jitter ortalaması değerleri karşılaştırıldığında migrenli hastaların en yüksek jitter değerlerinin daha yüksek olduğu saptanmıştır. Ayrıca auralı bireylerin ortalama MCD değerleri aurasızlara ve kontrollere göre daha yüksektir. TARTIŞMA:Bu bulgular migren grubunda sağlıklı kontrollere kıyasla ve auralı migrenlilerde aurasız ve kontrollere kıyasla motor son plak işlevlerinin bozuk olması yönünde bir eğilimin bulunduğunu göstermiştir. Günümüzde migrenin poligenetik ve multifaktöriyel bir hastalık olduğu yönünde ortak bir kanı olmasına rağmen migren patogenezi hala tam olarak aydınlatılamamıştır. Patogenezin ortaya konması için klinik özellikler, genetik ve çevresel faktörler ve muhtemelen nörofizyolojik testler bilgi verici olacaktır. TLEMG ile tespit edilen nöromüsküler iletim bozukluğu, daha fazla genetik test için aday olan migren hastalarının fenotipinin tanımlanmasında ve aynı zamanda tedavi seçiminde de etkili olabilir. Sonuç olarak literatürdeki diğer çalışmalarda da görülenlere benzer şekilde bizim frontalis kasından volünter TLEMG ile yaptığımız bu çalışmada da migrende, özellikle de auralı migrende kontrol ve aurasız migrene göre, aurasız migrenlilerde de kontrol grubuna göre motor son plak işlevlerinde bozukluğa eğilim olduğu, bunun da genetik yatkınlığa bağlı bir kanalopatiden ileri gelebileceği görüşü desteklenmiştir.Anahtar Kelimeler: ardışık farkların ortalama değeri, jitter, migren, nöromusküler ileti, tek lif elektromiyografi. INTRODUCTION: Migraine is a common headache disorder that is widespread, recurrent, mostly unilateral, severe, throbbing and cause temporary disability. There are basically 2 types of migraine with and without aura. The common forms of migraine have previously been demonstrated by the single-fiber electromyography (SFEMG) method in which neuromuscular transmission is abnormal in migraine with and without aura. SFEMG is the best and safest electrophysiological method to evaluate in vivo neuromuscular junction performance in human subjects. In our study, we aimed to show whether the subclinical neuromuscular transmission was affected in the motor end plate due to possible underlying canalopathy in P/Q type calcium channels in different migraine types with migraine patients, to confirm the results of previous studies and to understand the pathophysiology of migraine.MATERIALS AND METHODS: 25 healthy volunteers (19 females 6 males) aged between 18-55 years old, 30 migraine patients without aura (26 females 4 males, 30 migraine patients without aura (28 female and 2 male) ) that diagnosed according to the criteria determined by the International Headache Society (IHS) in 2013, similar age range with control group, total of 85 people were included in the study. Disability status of migraine patients included in the study was evaluated by Migraine Disability Assesment Scale (MIDAS) and pain severity by Numeric Pain Rating Scale (NRS). Voluntary TLEMG was performed from the frontalis muscle to the patients and healthy volunteers. The mean individual jitter values of the migraine group, the number of fibers with increased jitter, mean MCD (Mean Consecutive Difference), lowest and highest jitter values were compared with the control group. Motor end plate functions were interpreted according to the number of fibers recorded from individuals and increased jitter. Accordingly, in the case that all recorded jitter values were normal or 1 was above 55 microseconds, the motor end plate functions were considered normal. In patients with 2 more than 55 microseconds of 20 jitter values, there was a borderline defect in the motor end plate functions, and in patients with an elevation of 3 or more, the motor end plate function was considered to be defective and analyzed accordingly.RESULTS: The total number of patients was 60. Among these, 5 of 30 patients with migraine with aura had neuromuscular conduction disorder, 8 had neuromuscular conduction disorder, and 17 had normal. Neither 30 patients with a migraine without aura and 25 of the control group had no neuromuscular conduction disorder (3 had borderline disorder, 27 were normal). In our study, the highest jitter values of migraine patients were found to be higher when the highest jitter mean values of the patients in the control group and migraine patients were compared. In addition, the average MCD values of individuals with aura are higher than those without aura and controls.DISCUSSION: These findings suggest that migraine patients with aura and without aura have a tendency to abnormal motor end-plate functions compared to controls in the migraine group compared to healthy controls. Although there is a common evidence that migraine is a polygenetic and multifactorial disease, the pathogenesis of migraine has still not been fully elucidated. Clinical features, genetic and environmental factors, and possibly neurophysiological tests will be informative to reveal the pathogenesis. The neuromuscular conduction disorder detected by SFEMG may also be effective in identifying the phenotype of migraine patients who are candidates for further genetic testing, as well as treatment selection. As a result, in this study which is performed by voluntary SFEMG from frontalis muscle, compared than other studies in literature, in migraine, especially in migraine with aura, than migraine without aura and patients with migraine without any aura there is a tendency to disorder in motor end plate functions compared to the control group and the idea of that this may be due to a genetical susceptibility channelopathies has been supported.Keywords: jitter, mean consecutive difference, migraine, neuromuscular transmission, single-fiber electromyography 128

Kadın hastalarda görülen erken ovaryum yetmezliği veya kanser tedavisi gibi fizyopatolojik durumlar fertilizasyonu olumsuz etkilemektedir. Fertiliteyi korumak için oosit, embriyo ve ovaryum dokusu kriyoprezervasyon yöntemleri kullanılmaktadır. Kriyoprezervasyon yöntemlerinin içinde vitrifikasyon yöntemi daha az toksik olması nedeniyle tercih edilir. Ancak bazı durumlarda en uygun yöntemler seçilmesine rağmen yine de hücre ölümü görülebilir. Otofaji, programlı hücre ölüm mekanizmalarından biridir. Otofajik aktivitenin kontrolünde belirteç olan mTOR hücrede protein sentezi ve hücresel büyümeyi kontrol eden bir kinazdır. Bu proteinin baskılanması, otofajiyi aktif hale getirir. Çalışmamızda ovaryum dokusunda vitrifikasyon işlemi öncesi ve sonrasında mTOR ve ve aktif hali olan PmTOR ekspresyonları immunohistokimyasal yöntemle incelenmesi amaçlandı Bu çalışmada 12 haftalık Wistar Albino cinsi sıçanlardan alınan ovaryumlar kontrol (n=6) ve vitrifikasyon (n=6) olmak üzere iki grup oluşturuldu. Kontrol grup için alınan ovaryumlar formalin içinde 48 saat tespit edildi. Vitrifikasyon grubu için alınan ovaryumlar, içinde vitrifikasyon solüsyonu bulunan kriyoviallere konularak -120C◦ de sıvı azot tankı içinde donduruldu. Bir hafta sonra dokular çözdürüldü. Her iki grup rutin parafin takibine alındı. Her bir dokudan 5μm kalınlığında kesitler alındı. Hematoksilen&Eozin boyama ve immünohistokimya işlemi uygulandı. Histolojik boyama yapılan doku örneklerinden tüm foliküller ışık mikroskopunda incelenerek sayımları yapıldı. Elde edilen veriler istatistiksel olarak değerlendirildi. Folikül sayıları kontrol grubu ve vitrifikasyon grubunda istatiksel olarak farklı değildi. Ovar yum dokusunda gelişimin her aşamasındaki foliküller izlenmekteydi. MTOR ekspresyonu her iki gruptaki bütün foliküllerin granülosa hücrelerinde ve oositlerinde kuvvetli pozitifti. PmTOR ekspresyonu ise kontrol grubundaki oositler ve granulosa hücrelerinde pozitif ekspresyon gösterirken vitrifikasyon işleminin uygulandığı gruptaki oositlerde ve granulosa hücrelerindeki negatif eksprese olmuştu.Sonuç olarak bulgularımıza göre vitrifikasyon işleminin ovaryum dokusunda otofajiyi indüklemediğini saptadık. Literatürde oosit kalitesiyle ilişkilendirilen pmTOR aktivitesinin vitrifiye edilen ovaryum dokularında olmaması vitrifikasyon yönteminin oosit kalitesini bozduğunu düşündürtmektedir.Key Words: Ovary, Vitrification, autophagy, mTOR, PmTOR Physiopathological conditions such as early ovarian failure and cancer treatment negatif affect fertilization in female patient. Cryopreservation method was used oocytes, embryos and ovarian tissues to protect fertility. The vitrification method is minimizing toxic due to vitrification is prefered method in cryopreservation methods. However, in some cases, although the most appropriate methods are selected, cell death can be seen. Autophagy is one of the mechanisms of programmed cell death. Mtor is a protein kinase that controls protein synthesis and cellular growth in the cells. Suppression of this protein activates autophagy. The aim of this study was to investigate the mTOR and active form PmTOR expressions before and after vitrification of the ovary tissue by immunohistochemical methodTwo groups were formed: control (n= 6) and vitrification (n= 6) of Ovaries from 12-week-old rats in this study. Control group fixed for 48 hours in buffered formalin. Vitrification group were placed in cryovials with vitrification solution and frozen in liquid nitrogen tank at -120 C. One week later the tissues were thawed. Both groups performed routine paraffin tracking. 5μm sections were taken with microtome from each sample. immunohistochemistry examination for mTOR and PmTOR expression and Hematoksilen&Eozin saining were performed. All foliküllicles in histologically stained tissues were counted and examined by light microscope. Data were evaluated by using statistical methods. Foliküllicle numbers were not statistically different in the control and vitrification groups. foliküllicles showing different developmental stages in ovarian tissue. Mtor ekspression were strongly positive in granulosa cells and oocytes in all foliküllicles in two groups. Although PmTOR has positive expression in oocytes and granulosa cells in control group, it is negative in oocytes and granulosa cells in the vitrification group.In concluiding, Based on our findings, we found that vitrification methods did not induce autophagy in ovarian tissue. The PmTOR activity associated with oocyte quality In the literature. However, the absence of PmTOR activity in frozen over tissues suggested that vitrification deteriorates the quality of oocyteKey Words: Ovary, Vitrification, autophagy, mTOR, PmTOR 57

Sentetik biyoloji, mühendisliğin temel ilkelerinin biyolojiye, özellikle de hücreye uygulanmasına yönelik yeni ve disiplinlerarası bir araştırma alanıdır. Yapay biyolojik sistemler tasarlamayı ve üretmeyi amaçlar. Sentetik biyoloji, hücresel işlevleri değiştirmek veya düzeltmek, hücrenin çevresel koşullara yanıt vermesini sağlamak veya hücresel gelişimi yönetmek için tasarlanıp uygulanabilen yeni sinyal yollarını tasarlamak veya ayarlamak için çok önemlidir. Araştırmacıları biyolojik devre tasarımının elektronikteki entegre devrelerin tasarımına benzeyeceği ve genetik mühendisliğinin yeteneklerini artıracağı bir gelecek bekliyor. Bir hücre programlama dili olarak geliştirilen uygulamaların amacı, canlı hücreler için genetik devreler tasarlamak ve hücrede tasarlanmış genetik devreyi gerçekleştirmektir. Bunlardan biri, elektronik devre tasarım programına dayanan, verilog olan ve elektronik devreleri tasarlamak için mantık kapılarını kullanan Cello'dur. Elektronik devre tasarım mantığının biyolojik devrelere uygulanmasının yeterli olamayacağını düşündüğümüzden, bu tezde prCell adını verdiğimiz biyolojik devrelerin tasarımı için yeni bir programlama dili geliştirdik. prCell'in ana özelliği, herhangi bir elektronik devre tasarımında biyolojik devreyi tasarlamak için kullanılan mantık geçitleri yerine, kullanıcının giriş-çıkış ve kontrol nesnelerini belirleyeceği dinamik yapılara dayanan bir mantığa sahip olmasıdır. Bu, çok büyük ve karmaşık bir biyolojik devre tasarlama esnekliği ve imkanı sağlar. İnternet üzerinden yayınlanacak olan prcell'de bir üyelik sistemi olacağından, kullanıcının bir veritabanı ve kullanıcının bir biyolojik devre tasarım ortamı olacaktır. En önemli hedefimiz sentetik biyoloji ile ilgilenen herkesin sinyal yolunu kolay ve etkili bir şekilde tasarlayıp canlı hücrede uygulayabilmesidir. Hücre içi olayları daha iyi modellemek için, prcell'in kullanıcı taleplerine göre geliştirileceğine ve canlıları yeniden programlamak için farklı bir bakış açısı sağlayacağına inanıyoruz.Anahtar kelimeler: Sentetik Biyoloji, Genetik Devreler, Hücre Programlama Synthetic biology is a new and interdisciplinary field of research aimed at applying the fundamental principles of engineering to biology, especially to the cell. It aims to design and produce artificial biological systems. Synthetic biology is very important to for design or adjust new signaling pathways that can be designed and implemented to alter or correct cellular functions, enable the cell to respond to environmental conditions, or manage cellular development. Researchers expect a future in which the design of biological circuits will resemble the design of integrated circuits in electronics and increase the capabilities of genetic engineering. The purpose of the applications developed as a cell programming language is to design genetic circuits for living cells and to realize the designed genetic circuit in the cell. One of these is Cello, which is based on the electronic circuit design program, verilog, and uses logic gates to design electronic circuits. Since we think that the application of electronic circuit design logic to biological circuits cannot be enough, in this thesis we have developed a new programming language for designing biological circuits which we call prCell. The main feature of prCell is that instead of the logic gates used for any electronic circuit design to design the biological circuit, it has a logic based on the dynamic structures in which the user will determine the input-output and control objects. This provides flexibility and possibility to design a very large and complex biological circuit. Since there will be a membership system in prcell to be published over the internet, there will be a database of the user and a biological circuit design environment of the user. Our most important goal is that anyone interested in synthetic biology can easily and effectively design the signal pathway and apply it in the living cell. We believe that in order to better model intracellular events, prcell will be developed according to user demands and will provide a different perspective for reprogramming living things.Key Words: Synthetic biology, Genetic circuits, Cell programming 94

Nikotinik asetilkolin reseptörleri (nAChR'leri) hücre fizyolojisinde önemli rol oynamaktadır. nAChR'leri kanseri de içeren birçok hastalıkla ilişkilidir. nAChR'ler iyonotropik katyon kanallarıdır. Bu reseptörler nöronal ve nöronal olmayan hücrelerde eksprese olmaktadır. nAChR'lerin nöronal olmayan hücrelerdeki expresyonu tam olarak bilinmemektedir. Nikotinik reseptörler sinapslarda aksiyon potansiyeline aracılık eden ligand kapılı iyon kanalı olarak bilinmesine rağmen çeşitli nöronal olmayan dokularda hücre kominikasyonları, hücre çoğalması, adhezyon, migrasyon, salgı, hücre sağkalımı ve apoptoz gibi hücresel fonksiyonlarda önemlidir. Bu çalışmanın amacı asetilkolinin insan eritrolösemi hücrelerinde alfa 7 nikotinik reseptor ekspresyonuna, hücre çoğalmasına ve kalsiyum düzeyine etkisini belirlemektir. Eritrolösemi hücrelerinde alfa 7 nAChR expresyonu düzeyi Western blot yöntemi ile belirlenmiştir. Asetilkolinin hücre çoğalmasına ve kalsiyum düzeyine etkisi sırasıyla BrdU kiti ve ELISA kiti kullanılarak belirlenmiştir. Eritrolösemi hücrelerinde nikotinik agonist ve/veya antagonistler ile hücre çoğalması, kalsiyum düzeyinin, alfa 7 nAChR nikotinik reseptör ekspresyonunun belirlenmesi niklotinik reseptörlerin farklı sinyal ileti yolakları ile etkileşiminin aydınlatılmasına ve literatüre katkı sağlayacak ve gerekli tedaviler için bilgi oluşturacaktır. Nicotinic acetylcholine receptors (nAChRs) play an important role in cellular physiology. nAChRs are closely associated with many human diseases including cancer. These nAChRs typically are ionotropic cationic nicotinic receptor channels. These receptors are widely expressed on neuronal and non-neuronal cells. Expression pattern of nAChRs in nonneuronal cells is largely unknown. Nicotinic receptors are important in cellular functions such as cell communication, cell proliferation, adhesion, migration, secretion, cell survival and apoptosis in various non-neuronal tissues, although ligand-gated ion channels mediate synaptic potency at synapses. Aim of the study at examining the effect of acethylcholine on expression of α7 nAChRs, determining in cell proliferation and levels of calcium in human eryhroleukemia cells. Immuno bloting is used to quantify α7-nAChR expression in erythroleukemia cells. The effect of acethylcholine on cell proliferation and calcium level are detected by BrDu kit and ELISA kit recpectively. Determination of cell proliferation, calcium level, α7 nAChR nicotinic receptor expression by nicotinic agonists and / or antagonists in erythroleukemic cells will elucidate the interaction of nicotinic receptors with different signaling pathways and will contribute to the literature and provide information for the necessary therapies. 112

Fare, sıçan ve insan klotho proteinini kodlayan Klotho sırasıyla kromozom 5 (5; 5 G3), 12(12p12) ve 13 ( 13q13.1) lokalizedir. Klotho geni insanlar, fareler ve sıçanlarda büyük orandakorunur. Klotho proteini, biri transmembran formunu (sırasıyla insan ve farede sırasıyla 1012ve 1014 aa, -130 kDa) ve ikincisi kısa çözülebilir formunu (550 aa, ∼70 kDa) kodlayan ikimRNA türü tarafından kodlanır. Faredeki klotho gen ekspresyonundaki bir kusur insanyaşlanmasına benzer şekilde mutant farelerde kısa bir ömür ve nöronal dejenerasyon,arterioskleroz, vasküler kalsifikasyonlar, doku kalsifikasyonları amfizem, gonadal displazi,infertilite, cilt atrofisi, ataksi, hipoglisemi ve ciddi hiperfosfatemi gibi birçok hastalığa nedenolduğu belirlenmiştir. Mitojenle aktive olan protein kinazlar (MAPK'ler) büyüme faktörleriyleve diğer sinyalleşme molekülleriyle aktifleşen ve çekirdeğe transloke olan, çeşitli hücreselfaaliyetlerin hücre içi sinyal iletimine aracılık eden serin-treonin protein kinazlardır. MemeliMAPK ailesi, hücre dışı sinyal düzenleyici kinazlar (ERK), c-Jun NH2-terminal kinazlar(JNK; ayrıca stresle aktive olan protein kinaz veya SAPK olarak da bilinir) ve p38 ailesinikapsar. p38 geni, insanlarda 6. Kromozomun p kolu üzerinde (6p21.31) lokalizedir ve 22eksondan oluşur. İnsanlarda ve farelerde p38 proteini 360 aminoasitten oluşur ve molekülağırlığı 38 kDA' dır. P38 MAPK'lar başlangıçta hiperosmolarite ve pro-enflamatuar sitokinlergibi hücresel streslere yanıt olarak aktifleşmiş proteinler olarak tanımlandı. P38 MAPK'lardört gen tarafından kodlanır. p38 MAPK'ler: MAPK14 (p38a'yı kodlayan), MAPK11 (p38β'yikodlayan), MAPK12 (p38γ'yi kodlayan) ve MAPK13 (p38δ'yi kodlayan) olarak raporedilmiştir. P38 MAP kinazlar öncelikle MAPKK izoformları, MKK3 ve MKK6 tarafındanfosforillenmek suretiyle aktive edilir. Hücre dışı uyaranlarla aktifleşen MAPK'lar çekirdeğegiderek çeşitli transkripsiyon faktörlerinin DNA'ya bağlanmasını uyarır. HT22 hippokampalhücre hattı kullanılarak Klotho proteininin p38 MAPK ifadesi üzerine etkisi araştırılmıştır. Buçalışmada hücre kültürü, cDNA eldesi, Real Time PCR, protein izolasyonu ve western blotyöntemi çalışılmıştır. Elde ettiğimiz Real Time Pcr ve Western Blot sonuçları baz alındığındaklotho proteinin p38 MAPK sinyal yolağını inhibe ettiği ve nöron hücreleri üzerindekoruyucu etkisi olduğu söylenebilir ancak bunun net bir şekilde belirlenebilmesi içinfosforillenerek aktifleşen p38'in fosfo-p38 protein miktarının da çalışılması gereklidir.Anahtar kelimeler: Nörodejenerasyon, Klotho, Map Kinaz, p38 Map Kinaz, Hücre kültürü Klotho protein is a highly conserved protein encoded by the Klotho gene localized inchromosome 5 (5; 5 G3), 12 (12p12) and 13 (13q13.1), respectively, in mouse, rat and human.The Klotho gene is alternatively transcribed into at least two mRNAs, one encoding the largetransmembrane (1012 and 1014 aa, -130 kDa, respectively in human and mouse), and theother in short soluble form (550 aa, ∼70 kDa). A defect in Klotho gene expression in themouse were caused the short life and the many diseases in mutant mice, as similar to humanaging.Mitogen-activated protein kinases (MAPKs) are serine-threonine protein kinases, which areactivated by growth factors and other signaling molecules and are translocated into thenucleus, mediating intracellular signal transduction of various cellular activities. Themammalian MAPK family includes extracellular signal regulatory kinases (ERK), c-JunNH2-terminal kinases (JNK; also known as stress-activated protein kinase or SAPK) and thep38 family. The p38 gene is located on the p arm of chromosome 6 in humans (6p21.31) andconsists of 22 exons. In humans and mice, the p38 protein consists of 360 amino acids and hasa molecular weight of 38 kDA. P38 MAPKs were initially identified as activated proteins inresponse to cellular stresses such as hyperosmolarity and pro-inflammatory cytokines. P38MAP kinases are activated primarily by phosphorylation by MAPKK isoforms, MKK3 andMKK6. Studies have shown that p38MAPK also has role in to responding to DNA damageand redox imbalance, which plays an important role in cellular aging.In this study, the effect of Klotho protein on p38 MAPK expression in HT22 hippocampal cellline where DNA double chain fracture was produced by endusulfan, was investigated. Whenthe Real Time PCR and Western Blot results were examined, it was observed that p38MAPKexpression, which increased approximately 100 times only in Endosulfan treated cells, waslimited in cells using Klotho protein. This is probably due to the suppression of the negativeeffects of Endosulfan by the Klotho protein. However, in order to be able to say this clearly, itis necessary to determine the level of double chain breakage in DNA and also to study thephospho-p38 protein amount of p38 which is activated by phosphorylation.Key worlds: Aging, Klotho, p38 MAPK, Cell culture 102

TEZ11622 Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2019. Kaynakça (s. 42-47) var. xiii, 48 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm. Bu çalışma ile aplastik anemili hastaların T hücre reseptör sinyal yolundaki gen ifadelerindeki değişimlerin incelenmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda CD-28 ve CTLA-4 genlerinin ekspresyon düzeyleri Real Time PCR metoduyla belirlenmiş ve istatistiksel analizleri yapılmıştır. Çalışmamız Eylül 2017- Ağustos 2018 tarihleri arasında yapılmıştır. Çalışma için Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Hematoloji Bilim Dalında Aplastik Anemi (AA) tanısı konulmuş 18 yaş altı 31 çocuk hastadan oluşan grup ve aynı yaş grubunda 30 sağlıklı kontrol grubunun tam kan numuneleri kullanılmıştır. Alınan kan numunelerinin kırmızı kan hücrelerinden arındırılması işlemleri Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Hematoloji Bilim Dalı Laboratuvarında yapılmıştır. Ardından Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyokimya Anabilim Dalında Roche LightCycler 480 Real Time- PCR Cihazında gen ekspresyon düzeyleri çalışılmıştır. Tüm verilerin istatistiksel analizleri Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı’nda Statistical Package for the Social Sciences (SPSS, version 20.0) programı yardımıyla yapılmıştır. Çalışma sonunda bölgemizdeki Aplastik Anemili (AA’lı) çocukların CD28 ve CTLA-4 gen ekpresyon düzeylerinin kontrol grubuna göre daha yüksek tespit edildiği ve istatistiksel analizin anlamlı (p değeri ? 0.05) olduğu görülmüştür. T hücre reseptör sinyal yolundaki gen ifadeleri ile ilgili elde ettiğimiz verilerin, çocuk hematoloji kliniği hastalarına tanı, takip ve tedavi süreçlerinde fayda sağlayabilir. The purpose of this study was to investigate the changes in gene expression in T cell receptor signaling pathways of aplastic anemia patients. In this context, the expression levels of CD28 and CTLA-4 genes were determined by Real Time PCR and statistical analyses were performed. Our study was conducted between September 2017- August 2018. The whole blood samples of 31 children with aplastic anemia (AA) and whole blood samples of 30 healthy the controls in the same of groups were included in the study who are in follow-up at Çukurova University Pediatric Hematology Department. Red blood cell removal of blood samples was done in the Laboratory of Pediatric Hematology. Then, gene expression levels were determined in Roche LightCycler 480 Real Time-PCR Device in the Çukurova University Department of Medical Biochemistry. Statistical analysis of all data was performed by the Statistical Package for the Social Sciences (SPSS, version 20.0) program in the Çukurova University Department of Biostatistics. At the end of the study, it was seen that CD-28 and CTLA-4 gene expression levels of children with Aplastic Anemia (FAA) in our region were higher than the control group and the importance between two groups were significant (p value ? 0.05) with statistical analysis. Our data on gene expression in the T cell receptor signaling pathway could provide significant benefits for the diagnosis, follow-up and the treatment of aplastic anemia patients. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TYL-2017-9150.

24 amino asitli bir peptid olan Humanin (HN), keşfedildikten sonra Alzheimer hastalığı da dahil olmak üzere birçok nörodejeneratif hastalıkta incelenmiştir. HN çok biyoaktif bir peptittir. Böylece, birçok hücre içi ve hücre dışı sinyalleşme mekanizmasını etkiler. HN, PI3k / Akt, JAK / STAT, MAPK / ERK yolları ve IGFBP, Bax proteinleri üzerinden hücre büyümesini, çoğalmasını ve hayatta kalmasını düzenler. Bu çalışmanın amacı, HN'nin 6 hidroksidopamin (6-OHDA) ile indüklenen in vitro Parkinson hastalığı modelinde nöroprotektif bir etkisinin olup olmadığını araştırmaktır. Bu çalışmada Parkinson hastalığının deneysel olarak taklit edilmesi için 6-OHDA ile indüklenen insan nöroblastom hücre hattı (SH-SY5Y) kullanıldı. HN'nin 6-OHDA nörotoksisitesine karşı nöroprotektif etkisi ise mitokondriyal disfonksiyon, apoptoz ve sitotoksisite parametreleri ile değerlendi. Mitokondriyal disfonksiyonun belirlenmesinde MTT, apoptoz'un belirlenmesi için kaspaz-3 ve sitotoksisitenin belirlenmesi için LDH testleri kullanıldı. İstatistiksel analiz için GraphPad Prism 8.0 programı kullanıldı ve gruplar arasındaki farklar tek yönlü ANOVA istatistikleri ile değerlendirildi. Yapılan analiz sonucunda IC50 dozu 233.7 µM olarak belirlendi. MTT testinde elde edilen bulgulara göre, HN tek başına uygulandığında proliferatif bir etkiye sahip değildi (p>0,05). Bununla birlikte, 10 µM ve 20 µM HN içeren 24 saatlik ön işleme hücrelerinin 6-OHDA nörotoksisitesine karşı koruduğu görüldü (p 0, 05)., Humanin (HN), a 24 amino acid peptide, has been studied in several neurodegenerative diseases including Alzheimer's disease following its discovery. HN is a very bioactive peptide. Thus, it affects many intracellular and extracellular signaling mechanisms. HN, PI3k / Akt, JAK / STAT, MAPK / ERK pathways and IGFBP regulate cell growth, proliferation and survival through Bax proteins. The aim of this study was to investigate whether HN has a neuroprotective effect in an in vitro Parkinson's disease model induced by 6-hydroxydopamine (6-OHDA). In this study 6-OHDA induced human neuroblastoma cell line (SH-SY5Y) was used to experimentally mimic Parkinson's disease. The neuroprotective effect of HN against 6-OHDA neurotoxicity was evaluated by mitochondrial dysfunction, apoptosis and cytotoxicity parameters. MTT test for determination of mitochondrial dysfunction, caspase-3 test for apoptosis and LDH test for cytotoxicity were used. GraphPad Prism 8 program was used for statistical analysis and the differences between the groups were evaluated with one-way ANOVA. IC50 dose was 233.7 μM. In MTT test, HN did not have a proliferative effect when administered alone (p>0.05). However, 24 h pre-treatment cells containing 10 μM and 20 μM HN were shown to protect against 6-OHDA neurotoxicity (p0,05).

Memelilerde implantasyon, blastosist aşamasındaki embriyo ile reseptif endometrium arasındaki diyalog sonucu meydana gelen en karmaşık biyolojik olaylardan biridir. Wnt proteinleri, fonksiyonlarını plazma membranında yerleşmiş özel reseptörler üzerinden intraselüler kanonikal ve non-kanonikal olmak üzere iki esas haberleşme yolağı aracılığıyla gerçekleştirirler. İmplantasyon sırasında, çalışılan Ang-1, ET-1 ve VE-kadherin proteinlerinin, endometriumda ve embriyo invazyonu sırasında vasküler proliferasyonda, endotel ve çevresindeki matriks ve mezenşim arasındaki karşılıklı etkileşime aracılık etmekte kritik rol oynadığı bilinmektedir.Bu çalışmada, sıçan endometriumunda östrus siklusu ve gebelik günlerinde Wnt-β katenin sinyal yolağı ile Ang-1, ET-1 ve VE-kadherin proteinlerinin immünolokalizasyonları belirlenerek anjiogenezdeki olası rollerinin araştırılması amaçlandı. Uterus dokularından alınan kesitlere hematoksilen&eozin (H&E) ve immünfloresan (IF) boyamalar uygulandı. Ayrıca uterus endometriumu küretaj yoluyla kazınarak alınan parçalardan bu proteinlerin mRNA ekspresyonları Real-Time PZR yöntemi ile belirlendi. Real-Time PZR analizleri, peri-implantasyon döneminde sıçan endometriumunda Wnt3, Wnt7a, β-katenin, Ang-1, ET-1 ve VE-kadherin proteinlerinin mRNA'larının ekspresyon düzeyleri gösterilmiştir. Wnt7a, β-katenin, Ang-1, ET-1 ve VE-kadherin'in ifadeleri özellikle östrus ve/veya metaöstrus evrelerinde daha yüksekti. Özellikle östrus siklusunda β-katenin ve VE-kadherin mRNA'sı için metaöstrusta; ET-1 için ise östrus evresinde çok kuvvetli sinyaller tespit edildi. İlerleyen gebelik günlerinde ise çoğunlukla bütün proteinlerin mRNA'sında ifade artışı söz konusudur.İmmünfloresan analizlerinin sonuçlarına göre, peri-implantasyon sürecinde sıçan endometriumunda Wnt'lerin ve Ang-1 ile ET-1'in tüm östrus evreleri boyunca genellikle endometrial luminal epitelde ve kan damarlarının endotelinde, β-kateninin hemen hemen endometriumun bütün bölgelerinde, VE-kadherin'nin ise çoğunlukla endometrial bazal stroma ve kan damarlarının endotelinde lokalizasyonları gösterildi. Gebe sıçan uterusunda ise çalışılmış olan bütün proteinlerin artan gebelik günlerine bağlı olarak ekspresyon ifadelerinde bir artış söz konusudur.Sonuç olarak, Wnt-β katenin sinyal yolağının çalışılan anjiogenetik faktör proteinleri üzerinde etkili bir rolünün olması, östrus siklusundaki değişimlerin ve embriyo implantasyonunda gerçekleşen anjiogenik olayların önemli bir modülatörü olabileceği ve insan endometriumunda implantasyon, desidualizasyon ve plasentasyon gibi kritik fonksiyonları üstlenebileceği düşüncesini desteklemektedir. Implantation in mammals is one of the most complex biological events that occurs as a result of the dialogue between the blastocyst stage embryo and the receptive endometrium.Wnt proteins carry out their functions through two major pathways, intracellular canonical and non-canonical, via specific receptors on plasma membrane.Ang-1, ET-1 and VE-cadherin proteins are known to play critical roles during implantation, in mediating the interaction between the endothelium and its surrounding matrix and the mesenchyme in vascular proliferation during endometrial and embryonal invasion.In the present study, we aimed to investigate the angiogenesis in the rat endometrium by determining the immunolocalization of Ang-1, ET-1 and VE-cadherin proteins along with Wnt/β catenin proteins in the estrous cycle and pregnancy. Paraffin sections were stained by haematoxylene-eosine and immunoflouroscence methods. The mRNA expressions of these proteins from fragments by scraping the uterine endometrium through curettage were also determined by using Real-Time PCR.Real-Time PCR analysis showed the expression levels of mRNAs of Wnt3, Wnt7a, β-catenin, Ang-1, ET-1 and VE-cadherin proteins in rat endometrium during peri-implantation period. The expressions of Wnt7a, β-catenin, Ang-1, ET-1 and VE-cadherin were higher in the estrous and/or metaestrous stages. The mRNA of β-catenin and VE-cadherin were detected as very strong in the metaestrous stage, while the ET-1 mRNA was very strong in the estrous stage of estrous cycle. On the days of progressing pregnancy, there is mostly an increase in the expressions of mRNA of all proteins.According to the findings of immunofluorescence analysis, during the peri-implantation process, Wnts, Ang-1 and ET-1 were usually found in endometrial luminal epithelium and blood vessel endothelium in almost all regions of rat endometrium in the estrous cycle; β-catenin in all parts of the endometrium throughout all stages; and VE-cadherin was mostly localized in the endometrial basal stroma and blood vessels in endothelium. There is an increase in expressions of all proteins studied in pregnant rat uterus, depending on the progressing pregnancy days.In conclusion, the role of Wnt-β catenin signaling pathway on angiogenetic factor proteins may be a crucial modulator of angiogenic events in estrous cycle and the embryo implantation and support the idea that they can modulate critical functions such as implantation, decidualization and placentation in the human endometrium. 184

Egzersiz uygulanan ratlarda, L-karnitinin kasda bazı anabolik ve katabolik sinyal yolakları üzerine etkileri araştırılmıştır.Araştırma materyalini, 6 grupta (Kontrol, L-karnitin, Egzersiz, Egzersiz + L-karnitin, Akut Egzersiz ve Akut Egzersiz + L-karnitin) 7 adet olmak üzere toplam 42 adet 8 haftalık yaşta erkek Wistar albino ırkı rat kullanıldı. Ratlar başlangıçta 10 m/dk hızla koşmaya başlatıldı ve kontrollü artışlarla 2 haftalık alışma süresinin sonunda 30 m/dk, %0 eğim, 30 dakika koşu protokolü uygulandı. Ratlar, diyetle L-karnitin uygulanmaya başladıktan sonra 6 hafta boyunca haftada 5 gün olmak üzere koşu testine tabi tutuldu ve son gün akut egzersiz (ratlar yoruluncaya kadar koşu bandında koşması) protokolü uygulandı.Veriler gruplar arasındaki farklılıkları ortaya koymak için SAS paket programında bulunan PROC GLM prosedürü kullanılarak analiz edilmiştir. İstatistiksel anlamlılık P

İmplantasyon süreci, uterus ve implante embriyo arasında karmaşık ve senkronize moleküler ve hücresel olayları içerir. Wnt-β katenin sinyal yolağı pre-implantasyon embriyo gelişimi, implantasyon için blastosist aktivasyonu, uterus gelişimi ve desidualizasyon gibi çoklu implantasyon ve desidualizasyon olaylarında oldukça kritik rollerde görev alır. İmplantasyon sırasında, matriks metalloproteinazların, endometriumda ve embriyo invazyonunda desidualizasyona eşlik eden doku yeniden şekillenmesinde rol oynadığı bilinmektedir.Bu çalışmada, peri-implantasyon döneminde sıçan endometriumunda Wnt-β katenin sinyal yolağı aracılığıyla matriks metalloproteinaz ailesinden MMP-2 (Jelatinaz-A), MMP-7 (Matrilsin-1) ve MMP-9 (Jelatinaz-B) proteinlerinin immünolokalizasyonları belirlenerek olası rollerinin araştırılması amaçlandı. Uterus dokularından alınan kesitlere hematoksilen&eozin (H&E) ve immünfloresan (IF) boyamalar uygulandı. Ayrıca uterus endometriumu küretaj yoluyla kazınarak alınan parçalardan bu proteinlerin mRNA ekspresyonları Real-Time PZR yöntemi ile belirlendi. Real-Time PZR analizleri, peri-implantasyon döneminde tüm endometrium mRNA'sında Wnt'ler ve β-katenin'in yanı sıra MMP-2, MMP-7 ve MMP-9'un ekspresyon varlığını göstermiştir. MMP-2, MMP-7 ve MMP-9'un ifadesi özellikle östrus ve/veya metaöstrus evresinde daha yüksekti. Özellikle östrus siklusunda MMP-7 mRNA'sı için çok kuvvetli sinyaller tespit edildi. Gebelik sırasında endometrial MMP ekspresyon seviyesinde 7,5. günden 9,5. güne doğru gidildikçe bir artış gözlendi. Bununla birlikte, 7,5. gün gebe uterusunda Wnt7a'nın mRNA düzeyi saptanmadı.İmmünfloresan analizlerinin sonuçlarına göre, peri-implantasyon sürecinde gebe olmayan sıçan endometriumunda Wnt'lerin ve MMP-2 ile MMP-9'un tüm evreler boyunca genellikle endometrial bazal stromada ve kan damarlarının endotelinde, β-kateninin tüm evreler boyunca endometriumun bütün bölgelerinde, MMP-7'nin ise çoğunlukla luminal epitel, endometrial bez epiteli ve kan damarlarının endotelinde lokalizasyonları gösterilmiştir. Gebe sıçan uterusunda çalışılmış olan bütün proteinlerin gebelik süresi boyunca anti-mezometrial ve mezometrial desidual lokalizasyonlarda ekspresyonları gösterilmiştir. Sonuç olarak, kanonikal Wnt-β katenin sinyal yolağı proteinlerinin ekspresyonları arasındaki önemli farklılık ve matriks kompozisyonundaki bu değişikliklerin, östrus siklusu homeostazisinde ve başarılı embriyo implantasyonunda gerçekleşen desidualizasyon, trofoblast invazyonunun kontrolü ve plasentasyon gibi süreçlerde önemli roller üstlendiği savını güçlendirmiştir. The implantation process involves complex and synchronized molecular and cellular events between the uterus and the implanted embryo. The Wnt-β catenin signaling pathway (canonical pathway) plays a critical role in multiple implantation and decidualization events such as pre-implantation embryo development, blastocyst activation for implantation, uterine growth and decidualization.During implantation, matrix metalloproteinases are known to play a role in tissue remodeling associated with decidualization in endometrium and embryonic invasion.In the present study, we aimed to investigate the possible roles and immunolocalizations of MMP-2 (Gelatinase-A), MMP-7 (Matrylsin-1) and MMP-9 (Gelatinase-B) proteins through the Wnt-β catenin signaling pathway in the rat endometrium during peri-implantation period. Paraffin sections were stained by using haematoxylene-eosine and immunoflouroscence methods. The mRNA expressions of these proteins were also determined by using Real-Time PCR, obtained fragments by scraping the uterine endometrium through curettage. Real-Time PCR analysis showed expression of MMP-2, MMP-7 and MMP-9 as well as Wnts and β-catenin in all endometrium mRNA during the peri-implantation period. The expression of MMP-2, MMP-7 and MMP-9 was higher, especially in the estrous and/or metaestrous. In particular, very strong signals for MMP-7 mRNA were detected in the estrous cycle. During pregnancy, an increase in endometrial MMP expression level was observed from 7.5th day to 9.5th day. However, Wnt7a mRNA was not detected on the 7.5th day of pregnancy.According to the findings of our immunofluorescence analysis, during the peri-implantation period, Wnt3, Wnt7a, MMP-2 and MMP-9 in the non-pregnant rat endometrium were usually found in the endothelial basal stroma and endothelium of the blood vessels in all stages of estrous cycle; β-catenin in all parts of the endometrium throughout all stages; and MMP-7 has been shown in the localization of the luminal epithelium, endometrial glandular epithelium and endothelium of the blood vessels. All proteins studied in pregnant rat uterus have been shown to be expressed in anti-mesometrial and mesometrial decidual localizations during pregnancy.In conclusion, significant differences between the expression of canonical Wnt-β catenin signaling pathway proteins and changes in matrix composition were considered to play crucial roles in processes such as decidualization, trophoblast invasion control and placentation in estrous cycle homeostasis and in a successful embryo implantation. 182

Amaç. Bu çalışmada, kanser kaynaklı ölümlerde ikinci sırada yer alan mide kanserinin tanı ve tedavisinde ayrıca bu kanser türünün mekanizmalarının aydınlatılmasında etkili bir alan olan metabolomiks çalışmaları ile potansiyel biyobelirteçlerin keşfi ve metabolik yolakların karakterize edilmesi amaçlanmaktadır..Materyal ve Metot. Alınan doku örnekleri sıvı azot içerisinde dondurularak -80 ° C'de saklandı. Ekstraksiyon işlemi için çıkarılan doku örneklerinin tartımı yapıldıktan sonra elektrik homojenizatörde parçalandı. Santrifüj sonrası toplanan süpernatantları vakumlu konsantratörde tamamen kuruyuncaya kadar uçurma işlemi gerçekleştirildi. Doku örnekleri mobil faz içerisinde çözüldükten sonra Q-TOF LC/MS cihazı ile pozitif iyon modunda analiz edildi. Analiz sonuçları çoklu değişkenli veri analiz yöntemleri kullanılarak değerlendirildi.Bulgular: LC/QTOF-MS ile analiz edilen kanserli ve kontrol gruplarının sonuçları karşılaştırıldı ve istatistiksel olarak anlamlı 31 metabolit tanımlandı. Metabolitlerin ilişkili olduğu yolaklar analiz edildiğinde aminoaçil t-RNA biyosentezi, alanine, aspartat, glutamat metabolizması, glisin, serin, treonin metabolizması ve valin, lösin, izolösin biyosentezi ve yağ asidi biyosenteziyle anlamlı derecede ilişkili olduğu görüldü.Sonuç: Tanımlanan 31 tane anlamlı metabolitin tümörlü dokulardaki glutamin seviyesindeki değişiklikler, l-alanin, l-asparajin, l-lösin, l-valin, glisin, l-treonin, gibi amino asitlerin seviyelerindeki değişiklikler, glukoz konsantrasyonunda meydana gelen değişiklikler, miristik asit, palmitik asit, oleik asit gibi yağ metabolizmasında etkili olan değişiklikler ve C16 sfingan seviyesindeki artışın ileri dönemde yapılacak araştırmalara yol göstereceği kanaatindeyiz.Anahtar Kelimeler. Adenokarsinom, biyobelirteç, , metabolomiks, metabolik yolak,omiks teknolojisi, Q-TOF LC/MS AİM:. The aim of this study is to identify the potential biomarkers and metabolic pathways in the diagnosis and treatment of gastric cancer which is the second most common cause of cancer-related deaths.Materials and Methods: Tissue samples were frozen in liquid nitrogen and stored at -80 ° C. After weighing the extracted tissue samples for the extraction process, the electricity was disintegrated in the homogenizer. After centrifugation, the supernatants were collected in the vacuum concentrator until complete drying. Tissue samples were analyzed in the positive ion mode with the Q-TOF LC / MS device after dissolving in the mobile phase. Analysis results were evaluated using multivariate data analysis methodsResults: Results of cancer and control groups analyzed by QTOF-LC/MS were compared and 31 metabolites were identified statistically significant. When the pathways associated with metabolites were analyzed, it was seen that aminoacyl t-RNA biosynthesis, alanine, aspartate, glutamate metabolism, glycine, serine, threonine metabolism and valine, leucine, isoleucine biosynthesis and fatty acid biosynthesis were significantly related.Conclusion: Changes in glutamine levels in tumor tissues of 31 significant metabolites identified, changes in levels of amino acids such as 1-alanine, 1-asparagine, 1-leucine, 1-valine, glycine, 1-threonine, changes in glucose concentration, myristic acid, palmitic acid We believe that changes in fat metabolism like oleic acid and increase in C16 sfingan level will lead to further research.Keywords. Adenocarcinoma, biomarker, metabolomics, metabolic pathway, QTOFLC/MS omix technology, 102

Amaç: Multiple Skleroz (MS) inflamasyon, demiyelinizasyon ve akson hasarı ile karakterize otoimmün merkezi sinir sistemi hastalığıdır. Son çalışmalarda WNT sinyal yolunun miyelinizasyon sürecinde negatif bir faktör olduğu gösterilmiştir. miRNA'lar hedef genleri baskılayarak hücrenin gelişim, farklılaşma, çoğalma ve hücrenin ölümü gibi süreçlerde rol oynayan protein kodlamayan RNA'lardır. Bir çok yolakta olduğu gibi miRNA'lar WNT sinyal yolunun düzenlenmesinde de etkilidir. Çalışmamızda WNT sinyal yolağında görev alan genleri hedefleyen miRNA'lar (miR-145, miR-301b , miR-214, miR-190a, miR-1304) ekspresyon seviyelerine bakıldı. MS ve WNT sinyal yolağı arasındaki ilişkinin anlaşılması, elde edilecek sonuçlar ile MS'in etiyolojisinin aydınlatılmasında, tedavi stratejilerinin belirlenmesinde kliniğe ve literatüre katkı sağlamak amacıyla çalışmamız gerçekleştirildi.Materyal ve Metot: Çalışmamıza alınan MS tanılı (17) hastanın hem atak hem de remisyon dönemlerinde kan örnekleri alındı. Çalışmaya katılan kontrol grubundan (16) kan örneği alınarak, RT-PCR yöntemi kullanılarak çalışmamıza alınan miRNA'ların ekspresyon düzeylerine kantitatif olarak bakıldı.Bulgular: Kontrol grubu ile kıyaslandığında; MS atak dönemine ait miRNA seviyelerinin (miR-145, miR-301b, miR-214, miR-190a ve miR-1304) kat artış değerleri bakımından istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık gözlenmezken, Remisyon dönemine ait tüm miRNA seviyelerinin kat artış değerleri bakımından istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar (sırasıyla; p=0.010, p=0.023, p=0.002, p=0.006, p=0.003) tespit edilmiştir. Hastaların kullandığı ilaçlara ve atak sayılarına göre bakıldığında ise miRNA ekspresyon seviyelerinde istatistiksel olarak anlamlı farklılık bulunmamıştır.Sonuç: Çalışmamızda, MS'in klinik seyri ve genetik mekanizmasının aydınlatılmasında özellikle remisyon döneminde WNT sinyal yolağında etkili olan miRNA ekspresyon düzeylerinin rolü olabileceği sonucuna varıldı.Anahtar Kelimeler: miRNA, multiple skleroz, WNT sinyal yolağı Aim: Multiple sclerosis (MS) is an autoimmune central nervous system disease characterized by inflammation, demyelination and axon damage. Recent studies have shown that the WNT signaling pathway is a negative factor in the myelination process. miRNAs are protein-encoding RNA's that play a role in processes such as cell growth, differentiation, proliferation, and cell death by suppressing target genes. As in many pathways, miRNAs are also effective in regulating the WNT signaling pathway. In our study, expression levels of miRNAs (miR-145, miR-301b, miR-214, miR-190a, miR-1304) targeting genes involved in the WNT signaling pathway were examined. Our study was carried out to understand the relationship between MS and WNT signaling pathway, to clarify the etiology of MS, to determine the treatment strategies and to contribute to the clinic and literature.Material and Method: Blood samples were obtained from both the attack and remission periods of the patient with MS (17). Blood samples were taken from the control group (16) and the expression levels of miRNAs were evaluated quantitatively by using the RT-PCR method.Results: When compared with the control group; While there was no statistically significant difference in miRNA levels (miR-145, miR-301b, miR-214, miR-190a, miR-1304) in MS attack period, there was no statistically significant difference in terms of fold increase values of all miRNA levels of remission period. statistically significant differences (p = 0.010, p = 0.023, p = 0.002, p = 0.006, p = 0.003, respectively). There was no statistically significant difference in miRNA expression levels according to the drugs used and the number of attacks.Conclusion: In our study, it was concluded that miRNA expression levels, which are effective in the WNT signaling pathway, may play a role in clarifying the clinical course and genetic mechanism of MS, especially during remission.Key Words: miRNA, multiple sclerosis, WNT signaling pathway 76

Giriş: AML moleküler patogenezinin tanımı son yıllarda çarpıcı bir ilerleme kaydetmiştir. Lösemik transformasyon için hayati önem taşıyan iki ana genetik olay türü tanımlanmıştır: hematopoietik farklılaşmayı yöneten miyeloid transkripsiyon faktörlerinde değişiklikler ve sinyal transdüksiyon ara ürünlerinin aktive edici mutasyonları. Hematopoietik progenitör hücrelerdeki transkripsiyonel kontrolü değiştiren moleküler olaylar, büyüme faktörü reseptörleri için mevcut olan sinyal iletim moleküllerinin kompozisyonunu değiştirirken, sinyal transdüksiyon moleküllerindeki aktive edici mutasyonlar, çeşitli transkripsiyon faktörlerinin aktivitesinde ve ekspresyonunda değişikliğe neden olurlar. Bu süreçler birbirine oldukça bağımlıdırlar ve normal miyeloid farklılaşması için çok önemlidir. AML, olgunlaşmamış progenitör hücrelerin klonal büyümesi ile karakterizedir. Artan çoğalma ve apoptoz direnci ve aynı zamanda farklılaşma inhibisyonu bu patojenik olayın merkezinde ve büyüme faktörü reseptör sinyal yolaklarının yapıcı ve/veya anormal aktivasyonuna katkıda bulunması muhtemel görünmektedir. Sinyal transdüksiyon moleküllerinin anormal ve yapısal olarak aktivasyonu primer AML kemik iliği örneklerinin yaklaşık %50'sinde bulunmuştur. Bu aktive edici olayların en yaygın olanı RTK FLT3, N-Ras ve K-Ras, KIT'te ve diğer RTK'lerde gözlenmiştir. Bu mutasyonlardan bazıları için, miyeloid hücrelerdeki aktive etme ve dönüştürme yetenekleri in vitro veya fare kemik iliğinde gösterilmiştir. Bu patogenezde hücre sitosteleti ve polaritesinde olan değişikliklerle bağlı literatürde çok az veri bulunmaktadır. Amaç: Bu çalışmada, AML KG-1 ve Kasumi -3 hücrelerinde Planar Hücre Kutuplaşması yolağı proteinlerinin ekspresyonunun hastalığa bağlı olarak değişikliğini öğrenmek ve bu değişikliğe FLT3 inhibitörleri olan Quizartinib (Faz II), Midostaurin (Faz II) ve Lestaurtinib (klinik deneylerde) moleküllerinin ve Mezenkimal Kök Hücre co-kültürünün in vitro hedef tedavisine ektisini öğrenmek amaçlanmıştır. Gereç ve yöntem: KG-1, Kasumi-3, Kemik İliği Kök Hücreleri ve Mezenkimal Kök Hücre hatları hücre protokolünde de gösterildiği gibi 75 sm2'lik flasklara ekilir. Hücreler 37oC ve %5 CO2 ortamında 1 hafta inkübe edilir. Bu süre zarfında hücrelerin besiyeri değiştirilir, gerektiğinde pasaj yapılır. Gereken sayıya ulaştıktan sonra hücreler 6 kuyucuklu yeni flasklara ekilir. Her flaskta 3 kuyucuğa Mezenkimal Kök hücreler ekilir. Üç flaska Quizartinib, üç flaska Lestaurtinib ve son üç flaska Midostaurin eklendi. Çalışma 3 tekrar olarak yapıldı. 24 saat inkübasyon sonrası flasklardan hücreler alındı ve mRNA ekspresyonu yapıldı. Alınan RNA örneklerinden Taqman Reverse Transciptase Reagents ile cDNA elde edildi. Alınan cDNA materyali jel elektroforezinde kontrol edildikten sonra her gen için önceden ısmarlanmış Tagman hazır primerler ile elde olunan karışımlar Taqman 2x RT-PCR kullanılarak ABI7000 RT PCR cihazına yüklendi. Reaksiyon eş zamanlı olarak ABI7000 makinesinin bilgisayarından gözlemlenmiştir. Cihazdan alınan Ct değerlerinden Ct değeri hesaplandı ve katlama formülü ile Fold Change değerleri hesaplandı. Bulgular: Alınan değerlere göre Planar Hücre Kutuplaşması yolağı proteinlerini kodlayan genlerin ekspresyonunda değişim gözlemlendi. Hedef tedavisinde kullanılan moleküllerin etkisi ile malum genlerin ekspresyonlarında azalma görüldü. Mezenkimal kök hücre ko-kültürü ve FLT3 inhibitörleri kullanılan modellerde Fold Change değerleri ortalama 3 defa azalmıştır. Tartışma ve sonuç: Deney bulgularımıza göre sağlıklı kemik iliği hücrelerine kıyasla, lösemi hücre hatlarında hücre polarite genlerinin ekspresyonu artmıştır. Bunun da lösemi prognozunu negatif etkilediği bilinmektedir. Diğer yandan, Quizartinib, Lestaurtinib, Midostaurin ve mezenkimal kök hücre ko-kültürü kullanılan modellerde genlerin ekspresyonu, dolaysıyla lösemi prognozu pozitif etkilendiği sonucuna varılmıştır. Bu sonuçlar, kullanılan FLT3 inhibitörü moleküllerinden Quizartinib, Lestaurtinib, Midostaurin için yeni bir etki mekanizmasını ortaya koymaktadır., The definition of molecular pathogenesis of AML has made remarkable progress in recent years. Two major types of genetic events that are vital for leukemic transformation have been described: changes in myeloid transcription factors that govern hematopoietic differentiation and activating mutations of signal transduction intermediates. Molecular events that alter the transcriptional control in hematopoietic progenitor cells alter the composition of signal transduction molecules present for growth factor receptors, while activating mutations in signal transduction molecules change the activity and expression of various transcription factors. These processes are highly dependent on each other and are very important for normal myeloid differentiation. AML is characterized by clonal growth of immature progenitor cells. Increased growth and apoptosis resistance, as well as differentiation inhibition, seem likely to contribute to the constitutive and / or abnormal activation of this pathogenic event and growth factor receptor signaling pathways. Abnormal and structural activation of signal transduction molecules was found in approximately 50% of the primary AML bone marrow samples. The most common of these activating events was observed in RTK FLT3, N-Ras and K-Ras, KIT and other RTKs. For some of these mutations, the ability to activate and transform myeloid cells has been demonstrated in vitro or in the mouse bone marrow. There is little data in the literature related to changes in cell cytoskeleton and polarity in this pathogenesis. Goal: In this study, it was aimed to learn the change of the expression of Planar Cell Polarization pathway proteins in AML KG-1 and Kasumi-3 cells depending on the disease and to investigate the effect of FLT3 inhibitors, Quizartinib, Midostaurin and Lestaurtinib molecules and mesenchymal stem cell co-culture in in vitro target therapy. Materials and Methods: KG-1, Kasumi-3, Bone Marrow Stem Cells and Mesenchymal Stem Cell lines are transplanted into 75 cm 2 flasks as shown in the cell protocol. Cells are incubated at 37 ° C and 5% CO 2 for 1 week. During this time, the media of the cells are changed and the passage is made when necessary. After reaching the required number, the cells are planted in 6-well new flasks. Mesenchymal stem cells are planted in 3 wells at each flask. To three flask added quizartinib, to three Lestaurtinib and to the last three added Midostaurin. The study was performed as 3 repetitions. After 24 h incubation, cells were taken from flasks and mRNA expression was performed. cDNA was obtained from Taqman Reverse Transciptase Reagents from RNA samples. After the cDNA material was checked in gel electrophoresis, mixtures obtained with pre-ordered Tagman ready primers for each gene were loaded onto the ABI7000 RT PCR device using Taqman 2x RT-PCR. The reaction was monitored simultaneously from the computer of the ABI7000 machine. The Ct value was calculated from the Ct values taken from the device and Fold Change values were calculated with the folding formula. Results: Changes in the expression of genes encoding Planar Cell Polarization pathway proteins were observed according to the values obtained. The effect of the molecules used in the target treatment decreased the expression of known genes. Fold Change values decreased by 3 times in the models using mesenchymal stem cell co-culture and FLT3 inhibitors. Discussion and Conclusion: According to our experimental findings, the expression of cell polarity genes in leukemia cell lines increased compared to healthy bone marrow cells. It is known that this negatively affects the prognosis of leukemia. On the other hand, the expression of genes in the models using Quizartinib, Lestaurtinib, Midostaurin and mesenchymal stem cell co-culture was found to be positively influenced by the prognosis of leukemia. These results demonstrate a novel mechanism of action for Quizartinib, Lestaurtinib, Midostaurin from the FLT3 inhibitor molecules used.

Sunulan tez çalışmasında, in vitro embriyo kültürü ve embriyo transferi işlemlerinin fötal (E18.5) akciğer dokusunda Notch sinyal yolağı hedef genlerinden Hey1 ve Skp2 genlerinin ekspresyonu üzerine herhangi bir etkisinin olup olmadığının incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada bir Kontrol grubu ve bir Deneme grubuna yer verilmiştir. Kontrol grubunu oluşturan fötal akciğer doku örnekleri, PMSG+hCG uygulaması yapılmamış olan dişilerin, aynı yaştaki erkeklerle çiftleştirilmelerinden elde edilen fötuslardan; Deneme grubunu oluşturan fötal akciğer doku örnekleri ise PMSG+hCG uygulamasını takiben çiftleştirilen dişilerden elde edilen döllenmiş yumurta hücrelerinin (zigot) atmosferik oksijen konsantrasyonunda büyütülmesiyle elde edilen blastosistlerin yalancı gebelere transferi sonucunda elde edilen fötuslardan izole edilmiştir. Akciğer dokularında, Hey1 ve Skp2 proteinlerinin ekspresyonlarını belirlemek amacıyla immunohistokimya/immunofloresan boyama teknikleri uygulanmıştır. Hey1 ve Skp2 genlerinin transkripsiyonel ve translasyonel düzeylerde ekspresyonlarının belirlenmesinde kantitatif real-time PCR (qRT-PCR) ve western blot yöntemlerinden yararlanılmıştır. İmmunohistokimya/immunofloresan boyama sonuçları, Kontrol ve Deneme gruplarına ait akciğer dokularında Hey1 ve Skp2 proteinlerinin benzer bir ekspresyon profiline sahip olduklarını göstermiştir. Birleştirilmiş total RNA örneklerinde TaqMan probları kullanılarak gerçekleştirilen qRT-PCR analizlerinden elde edilen sonuçlar, Kontrol grubu ile kıyaslandığında, Deneme grubunda Hey1 mRNA ekspresyonunun 3,30 kat azaldığını; Skp2 mRNA ekspresyonunun ise 8,53 kat arttığını göstermiştir. Aynı örneklerde, SYBR Green metodu ile gerçekleştirilen qRT-PCR analizleri, Hey1 mRNA ekspresyonunun 4,39 kat azaldığını; Skp2 mRNA ekspresyonunun ise 10,57 kat arttığını göstermiştir. Ayrıca, SYBR green qRT-PCR yöntemi ile bireysel örneklerde yapılan analizler, Kontrol grubu ile kıyaslandığında Deneme grubunda Hey1 mRNA ekspresyonunun 3,88 kat azaldığını; Skp2 mRNA ekspresyonunun ise 7,57 kat arttığını göstermiştir. Western blot analizleri, Kontrol grubu ile kıyaslandığında, Deneme grubunda Skp2 proteininin ekspresyon düzeyinin 2,34 kat arttığını; istatistiksel olarak anlamlı olmamakla birlikte Hey1 proteininin 1,17 kat azaldığını göstermiştir. Elde edilen veriler, Hey1 ve Skp2'nin farelerde fötal akciğer dokusunda belirli hücreler tarafından eksprese edildiğini göstermekte olup, in vitro embriyo kültürü ve embriyo transferi işlemlerinin Hey1 ve Skp2'nin transkripsiyonel/translasyonel ekspresyonlarını değiştirerek fötal akciğer dokusunun gelişimini etkiliyebileceğini düşündürmektedir. The aim of the present study was to investigate whether or not in vitro embryo culture and embryo transfer have any effect on the expression of Notch signaling target genes Hey1 and Skp2 in the fetal mouse lung tissue (E18.5). The study included one Control group (CG) and one Experimental group (EG). Lung tissues constituting the CG were harvested from fetuses of naturally ovulating females. The Experimental group consisted of fetuses generated by transfer of in vitro-developed blastocysts obtained through in vitro culture of zygotes. Immunohistochemistry/immunofluorescence staining techniques were used to reveal Hey1/Skp2 immunopositive cells. qRT-PCR and western blot methods were used to quantify the expression of Hey1/Skp2 genes. The results demonstrated that Hey1/Skp2 genes have a similar expression pattern in both groups. Results from TaqMan and SYBR Green qRT-PCR analyses performed on pooled total RNA samples indicated that Hey1 mRNA expression is decreased 3.30-fold and 4.34-fold, whereas the expression of Skp2 is increased 8.53-fold and 10.57-fold in the EG compared to the CG, respectively. SYBR Green qRT-PCR analyses performed on individual total RNA samples demonstrated that Hey1 mRNA expression is decreased by 3.88-fold; whereas Skp2 mRNA expression was increased by 7.57-fold in the EG compared to the CG. Western blot analysis showed that the expression of Skp2 protein was increased by 2.34-fold in the EG compared to the CG. On the other hand, there was a 1.17-fold decrease in the expression of Hey1 protein in the lung tissue of fetuses comprising the EG. Taken together, data gathered in the present study indicate that Hey1/Skp2 are specifically expressed by certain cells in fetal mouse lung tissues and further suggest that in vitro embryo culture and embryo transfer might affect lung development in the fetal period by altering the expressions of Hey1/Skp2 genes at transcriptional/translational levels. 139

Amaç: Wnt/Beta-katenin sinyal iletim yolu, karaciğer gelişimi ve rejenerasyonunda önemli görevlere sahip bir yolaktır. Bu yolakta meydana gelen anormal bir aktivasyonun hepatoblastom gelişimine neden olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada hakkında sınırlı sayıda çalışma olan, beta-katenin proteininin hücre içi ekspresyon özelliklerine göre hepatoblastom hastalarının prognozunu belirlemedeki yerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç-Yöntem: Mayıs 2004-Kasım 2018 yılları arasında kliniğimizde hepatoblastom nedeni ile opere edilen olguların demografik özellikleri, PRETEXT evreleri, risk sınıflamaları, radyolojik özellikleri, histopatolojik özellikleri, adjuvan-neoadjuvan kemoterapi (KT) protokolleri, KT yanıtları, nüks ve sağ kalım oranları geriye dönük olarak değerlendirildi. Radyolojik görüntülerine ulaşılan olgular radyolog tarafından vasküler tümör tutulumu açısından tekrar değerlendirildi. Olgular beta-katenin proteininin sitoplazmik ya da nükleer ekspresyonuna göre iki gruba ayrıldı. Bulgular iki grup arasında karşılaştırmalı olarak Fisher-Exact testi ile istatistiksel olarak değerlendirildi. p değeri 0.05Standart 1 4Yüksek 15 8Kemoterapi yanıtı (n:27) 0.0046KT yok 2/15 4/12≥%50 4/15 8/120.05Standard 1 4High 15 8Chemotherapy response (n:27) 0.0046No neoadjuvant 2/15 4/12≥%50 4/15 8/12

Tümör Nekrozis Faktör-alfa (Wang, Mayo ve ark.), pleiotropik bir sitokin olup, biyolojik işlevini TNFR1 ve TNFR2 ile bağlanarak gösterir. TNFR1 içerdiği `ölüm bölgesi` aracılığıyla kaspaz-8 aktivasyonuyla apoptozisi indüklerken, TAK1 aktivasyonuyla IKKα/β, MKK3/6, MKK4/7 gibi enzimleri aktive eder. IKKα/β aktivasyonu NF-kB indüksiyonu sağlarken, MKK3/6 ve MKK4/7 aktivasyonları sırasıyla p38 ve JNK kinazlarının aktivasyonlarını sağlar. TNFR1 sinyal yolağının aktivasyonu büyük oranda bilinmesine rağmen ERK1/2 ve AKT aktivasyonlarının nasıl sağlandığı bilinmemektedir. Bu iki enzimin aktivasyonunu Grb2-Ras veya SRC-Ras yolakları üzerinden yapabileceğini varsayarak bu adaptörlerin bağlanma bölgelerinin TNFR1 üzerinde yer alabileceğini düşündük ve TNFR1 amino asit dizisini incelediğimizde, C-terminalinde SH3 bölgesi tarafından tanınan `P448PAP451` bölgesini keşfettik. Bu bilgiler doğrultusunda, bu bölgenin TNFR1 sinyal iletim mekanizmasında rolü olup olmadığını tespit etmek ve TNF-α varlığında TNFR1 reseptörünün SH3 bölgesi üzerinden sinyal iletimi başlatıp başlatmadığını gün ışığına çıkarmak istedik. TNF-α is a pleitropic cytokine and shows its biological function by binding to its receptors TNFR1 and TNFR2. While TNFR1 induces apoptosis by activation of caspase-8 via the `death domain`, it also activates enzymes such as IKKα/β, MKK3/6, MKK4/7 by activation of TAK1. While activation of IKKα/β induces NF-kB, activations of MKK3/6 and MKK4/7 induces activations of p38 and JNK kinases, respectively it is not known how ERK1/2 and AKT activation are achieved in TNFR signalling pathway. Assuming that these two enzymes can act on Grb2-Ras or SRC-Ras pathways, we thought the binding sites of these adapters may be present on the TNFR1. A proline-rich PPAP region, `P448PAP451`, a binding site for proteins containing the SH3 domain very close to the C-terminus, was discovered in the translation map of the TNFR1. We wanted to determine whether this region has a role in the TNFR1 signal transduction mechanism, and whether the TNFR1 receptor in the presence of TNF-α initiates signal transduction over the SH3 domain. 87

IRE1-JNK yolağı Endoplazmik Retikulum (ER) stresine karşı hücrenin yanıt verdiği en güçlü sinyal yolağıdır. Hipoksi gibi koşullarda aşırı ER stresine bağlı olarak bu yolak üzerinden apoptotik mekanizma tetiklenerek hücre ölümü meydana gelmektedir. Kardiyovasküler hastalıklarda hücreler aşırı ER stresine maruz kalabilmekte ve apoptoza bağlı hücre ve doku kaybı meydana gelebilmektedir. Kardiyovasküler hastalıklarda etkili Statin, ACE İnhibitörleri, Anti-Aritmik İlaçlar ve Flavonoid’lerin IRE1-JNK yolağı üzerindeki IRE1, ASK1 ve JNK1 ile etkileşimi tam olarak bilinmemektedir. Ayrıca IRE1-JNK yolağının en önemli başlatıcı ya da durdurucu faktörü olan BİP-IRE1LD bağlanması bilinmesine karşın bağlanmanın moleküler mekanizması tam olarak aydınlatılamamıştır. Çalışmamızda kardiyovasküler hastalıklarda etkili etken maddeler ve Flavonoid’lerin kendi etkileri dışında IRE1-JNK yolağının inhibisyonunda rol oynayıp oynamadıklarını belirlemek amacıyla IRE1, ASK1 ve JNK1 ile etkileşimleri moleküler kenetleme, moleküler dinamik simülasyon ve serbest enerji hesaplamalarıyla araştırıldı. Ayrıca BİP’in konformasyonel dinamiği ve BİP-IRE1LD etkileşiminin moleküler mekanizmasını aydınlatmak hedefiyle moleküler dinamik simülasyon ve serbest enerji hesaplamaları yapıldı. Olası BİP-IRE1LD bağlanma paternlerini belirlemek amacıyla iri taneli model ve kübik oryantasyonda moleküler dinamik simülasyonlar gerçekleştirildi. Yaptığımız çalışmada BİP’in yüksek esneklikteki SBDα alt domaininin kısa süreli burkulması ve tekrar eski durumuna dönmesi sonucu serbest enerji yüzeyinde minima meydana geldiği gözlendi. Bağlanma konformasyonu bilinen farklı büyüklük ve esneklikte olan Ddi1 ubikuitin benzeri (UBL) domaini-ubikuitin kompleksi (2MWS), ubikuitin-USP2 kompleksi (2HD5), kimerik SDZ CHI621'in fab fragmenti (1MIM) ve Sil1-BİP komplekslerinin (3QML) bağlanma paternini iri taneli kübik oryantasyon yaklaşımı ile doğru tahmin etmek için istatistiksel olarak ROC eğrisi ile hesaplandığında F-değeri ve doğruluğu (ACC) 0,88 olarak ölçüldü. AUROC değeri ise 0,94 olarak belirlendi. BİP-IRELD etkileşiminin olası bağlanma paternleri taneli kübik oryantasyon yaklaşımı ile araştırıldığında, IRE1LD’in 4. bölgesi içinde yer alan düzensiz domainin BİP-NBDIIβ açık formunun kapalı forma göre daha yüksek afinite ile bağlandığı ayrıca BİP-SBDα alt domainin bağlanmada direkt rol oynadığı gözlendi. IRE1, ASK1 ve JNK1 ile kardiyovasküler hastalıklarda kullanılan etken maddeler ile Flavonoid’lerin etkileşimlerinin araştırıldığı bu çalışamada proteinlerin fosforilasyonunun inhibisyonunda Statinler’in en etkili moleküller olabileceği gözlendi. Ayrıca yaptığımız Umbrella Örnekleme Serbest Enerji Hesaplamlarında Statin’lerden Atorvastatin ve Pitavastatin ile Flavonoid’lerden Norizalpin, Chrysin ve Luteolin’in yüksek ortalama kuvvet potansiyelleri ile IRE1-JNK yolağının inhibisyonunda güçlü aday moleküller olabileceği gösterildi. Yaptığımız bu çalışmalar ile belirlenen BİP-IRE1LD bağlanma paterninin BİP ve IRE1LD hedefli ileri teröpatik çalışmalara ışık tutacağı, İri taneli kübik oryantasyon yaklaşımının hızlı ve kolay kullanımı için algoritmalar yazılarak yüksek esneklikteki protein-protein etkileşimlerinin belirlenmesinde kullanımının faydalı olabileceği ve IRE1-JNK yolağı etken madde etkileşimleri sonucu elde edilen veriler ışığında Statinler üzerinden geliştirilerek etken türev maddelerin ER stresi kaynaklı apoptozun önlenmesinde etkili olabileceğine inanmaktayız. Bu araştırmada yer alan kısmi nümerik hesaplamalar TÜBİTAK ULAKBİM, Yüksek Başarım ve Grid Hesaplama Merkezi'nde (TRUBA kaynaklarında) gerçekleştirilmiştir., The IRE1-JNK pathway is the strongest signaling pathway to respond to ER stress in the cell. Due to excessive ER stress in some conditions such as hypoxia, cell death occurs by initiating the apoptotic mechanism via this pathway. In cardiovascular diseases, cells may be exposed to excessive ER stress. Therefore, cells and tissue loss may occur due to apoptosis. The interaction of statins, ACE inhibitors, anti-arrhythmic drugs and flavonoids that effective in cardiovascular diseases with IRE1, ASK1 and JNK1 on the IRE1-JNK pathway is not fully known. In addition, binding of BİP-IRE1LD complex that is most important initiating or stopping factor of the IRE1-JNK pathway is known, but the molecular mechanism of the binding is not fully elucidated. In our study, the interactions of IRE1, ASK1 and JNK1 with the small molecule drugs and flavonoids were investigated by "molecular docking", "molecular dynamics simulation" and "free energy calculations" to determine whether these drugs and flavonoids could play a role or not in the inhibition of the IRE1-JNK pathway in cardiovascular diseases. In addition, molecular dynamic simulation and free energy calculations were performed to elucidate the conformational dynamics of BİP and molecular mechanism of BİP-IRE1LD binding interaction. In the coarse-grained model and cubic orientations, Molecular dynamic simulations were carried out to determine possible BİP-IRE1LD binding patterns. In our study, short term bending of highly flexible SBDα subdomain and returning to the old state was observed that there was a minima on the free energy surface of BİP. Whether correctly predicted the binding pattern of the four different protein complexes that are Ddi1 ubiquitinlike (UBL) domain-ubiquitin complex (2MWS), ubiquitin-USP2 complex (2HD5), fab fragment (1MIM) of chimeric SDZ CHI621 and Sil1-BIP complexes (3QML) known with their binding conformation by coarse-grained cubic orientation approach were statistically measured with F-value and accuracy (ACC) and calculated as 0,88. AUROC value was determined as 0.94. When the possible binding patterns of the BİP-IRELD interaction were investigated by the coarse-grained cubic orientation approach, the disordered domain of the IRE1LD IV. region was bound to the BİP-NBDIIβ open form with a higher free energy difference in comparison with closed form, in addition BİP-SBDα sub-domain played a direct role to the binding of IRE1LD. In the study of the interaction of small molecule drugs and Flavonoids that are effective in cardiovascular diseases with IRE1, ASK1 and JNK1, it was obsorved that Statins could be the most effective molecules in the inhibition of phosphorylation of these proteins. Furthermore, free energy calculations by umbrella sampling were shown that Norizalpine, Chrysin, Luteolin from flavonoids and Atorvastatin, Pitavastatin from Statins could be strong candidate molecules in the inhibition of IRE1-JNK pathway with high potential of mean force. The BİP-IRE1LD binding pattern determined by these studies will shed light on BİP and IRE1LD-targeted therapeutic studies. It may be useful to write algorithms for rapid and easy use of coarse-grained cubic orientation approach to determination of high flexible proteinprotein interactions. In the light of the data that we have obtained from result of small molecule interactions with the IRE1-JNK pathway, the molecules to be derived from Statins could be thought effective in preventing severe ER stress induced apoptosis. The numerical calculations reported in this paper were partially performed at TUBITAK ULAKBIM, High Performance and Grid Computing Center (TRUBA resources).

Pankreas duktal adenokarsinoma (PDAK), tüm dünyada 5 yıllık sağ kalım oranı %8'in altında gözlemlenen en agresif kanser türlerinden biri olarak tanımlanmaktadır. Hastalığın çoğu bireyde sergilediği agresif tümör davranışı ile konvansiyonel tedaviye direnç göstermesi ve erken tanıya uyumlu belirteçlerden yoksun olması, güncel etkin tedavi yaklaşımlarını uygun hastalarda cerrahi müdahale ile kısıtlamaktadır. Bu nedenle, hastalığın tedavisinde yeni stratejilerin geliştirilmesine yönelik çalışmalar, tüm dünyada önem kazanmıştır. Bu doğrultuda yapılan çalışmalar, duktal pankreas kanser modellemeleri aşamasında PANC-1 hücrelerini kullanmıştır ve bu hücrelerde VPA'nın apoptozu indüklediğini göstermiştir.Çalışmamızda, PANC-1 hücrelerine uygulanan VPA'nın, hücre proliferasyonunu %50 baskıladığı konsantrasyonu gösteren IC50 değerinin CFSE boyama yöntemi ile hesaplanmıştır. Bunu takiben Annexin V/PI boyası ile yapılan apoptoz ölçümü ile bulunan IC50 değeri desteklenmiştir. Daha sonra, IC50 değeri olarak tespit edilen VPA dozuna maruz kalmış PANC-1 hücrelerindeki Wnt/Beta katenin sinyal yolağı ana komponentlerinden olan LEF1, AXIN1, CCND1 ve CTNNB1 genlerinin anlatım düzeyleri kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (kRT-PZR) metodu kullanılarak ve 2-ΔΔCT analiz yöntemi incelenmiştir.48. saatte elde edilen proliferasyon analizleri sonucunda IC50 değeri, 2,5 mM olarak hesaplanmıştır. Apoptoz ölçümleri sonucunda, 2,5 mM'lık VPA dozuna maruz kalan hücrelerde erken apoptozun belirginleştiği tespit edilerek, bulunan IC50 değerinin etkinliği onaylanmıştır. VPA uygulanması sonucu AXIN1 ve CTNNB1 genlerinin anlatım düzeylerinde anlamlı bir fark gözlemlenmemiştir. CCND1 ve LEF1 genlerinde ise anlatım düzeylerinin anlamlı bir şekilde arttığı gözlemlenmiştir.Bu bulgular ile ilk kez IC50 değerinin, CFSE ve annexin V/PI metotlarının birleştirilmesiyle hesaplanabileceği gösterilmiştir. Ayrıca VPA'nın kanser hücrelerindeki bölünmeyi durdurarak apoptozu indüklediği teyit edilmiştir. Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is defined as one of the most aggressive cancers worldwide with a 5-year survival rate of less than 8%. The facts that the disease is resistant to conventional treatment with aggressive tumor behavior in most individuals and the lack of markers compatible with early diagnosis, limit current effective treatment approaches to surgical intervention in suitable patients. Therefore, development of new strategies for the treatment of the disease has gained importance all over the world. Accordingly, studies have used PANC-1 cells in the ductal pancreatic cancer modeling stage and have shown that VPA induces apoptosis in these cells. In our study, IC50 value that shows the concentration of VPA that inhibits cell proliferation by 50%, is calculated using CFSE staining method. This IC50 value is supported by the apoptosis measurement made by Annexin V/PI staining. Afterwards, PANC-1 cells were exposed to the determined IC50 dose of VPA, and the expression levels of LEF1, AXIN1, CCND1 and CTNNB1 genes, as the main components of Wnt/Beta-catenin signal pathway, were determined by qRT-PCR method, utilizing 2-ΔΔCT analysis.IC50 value is calculated as 2,5 mM after proliferation analyses made in 48th hour. Determination of early apoptosis in cells exposed to 2,5 mM VPA in the apoptosis analyses confirmed the calculated IC50 value. No significant difference has been observed in the expression levels of AXIN1 and CTNNB1 genes after the application of VPA. A significant increase was observed in the expression levels of CCND1 ve LEF1 genes.These findings have shown for the first time that IC50 value can be calculated by combining the CFSE and annexin V/PI methods. In addition, VPA has been confirmed to inhibit division of cancer cells and induce apoptosis. 77

İmplantasyonda birçok sinyal molekülünün, blastosist ile reseptiv endometrium arasındaki haberleşmede rol aldığı bilinmektedir. Bu çalışmada, Wnt sinyal yolağı proteinlerinin östrus ve gebelik endometriumundaki ekspresyonları, immünfloresan ve real time PZR yöntemleriyle gösterilerek endometriumda oluşan değişikliklerdeki rolleri ve çeşitli sinyallerle nasıl düzenlendiği belirlenmiştir. Diöstrus evresinde uterus epitelinde Wnt-3 ve beta-katenin, endometrial bazal stromada Wnt-3, Wnt-7a, kaspaz-9 ve TCF, kan damarlarında ise Wnt-7a, kaspaz-9 ve TCF molekülleri kuvvetli ekspresyon göstermiştir. LEF-1, en düşük ekspresyona sahiptir. Metaöstrus evresinde Wnt-7a, uterus epiteli hücreleri ve diğer alanlarda da çok kuvvetli lokalize olmuştur. Östrusta, LEF-1 ve TCF, perimetrial-miyometrial bağ dokuda lokalizasyon göstermiştir. Uterus epitelinde, beta-katenin ve kaspaz-9, bez epitelinde beta-katenin, subluminal stromada, Wnt-3 endometrial bazal stromada, Wnt-3 Wnt-7a ve kaspaz-9, kan damarlarında ise Wnt-3, Wnt-7a ve kaspaz-9 çok kuvvetli eksprese olmuştur. Gebeliğin 7. gününde LEF-1 yalnız mezometrial desiduada, TCF ise yalnız anti-mezometrial desiduada lokalizasyon göstermiştir. Gebeliğin 8. gününde, primer desidualizasyon zonunda Wnt-3, Wnt-7a, beta-katenin ve kaspaz-9 ekpresyonu maksimumdur. Gebeliğin 9. gününde, tüm moleküllerin lokalizasyonları, hem anti-mezometrial desiduada hem de mezometrial desiduada belirgin düzeyde artış göstermiştir. Real time PZR sonuçlarına göre Wnt-3 en iyi ekspresyonu gebeliğin 9. gününde gösterirken, en düşük östrustta görülmüştür. Wnt-7a, gebeliğin 7. 8. ve 9. günlerinde az çalışmıştır. Beta-katenin tüm bu moleküller arasında en yüksek ifadeye sahip olup siklusta ve gebelikte en iyi çalışan proteindir. Kaspaz-9 ise, en iyi östrus ve metaöstrus dönemlerinde eksprese olmuştur. Sonuç olarak, peri-implantasyon süreci boyunca Wnt moleküllerinin (Wnt-3, Wnt-7a, beta-katenin, kaspaz-9, Tcf, Lef-1) sıçan endometriumunda hücre sinyalizasyonu, transkripsiyon ve hücre ölümünün belirlenmesinde önemli bir rolü olduğu saptanmıştır.Anahtar Kelimeler: Rat, Wnt Sinyal Yolağı Proteinleri, İmplantasyon, Östrus veGebelik Endometriumu, İmmünflorasan, Real Time PZR It is well known that plenty of signal molecules play important roles between the receptive endometrium and the blastocyst during implantation. In the present study, expressions of Wnt signal pathway proteins were demonstrated in the oestrus cycle and in the pregnancy endometrium by immunflourescence and real time PCR techniques therefore their possible roles and interactions with several other signals on endometrial alterations have been determined. It has been shown in the dioestrus cycle that Wnt-3 and β-catenin in the uterine epithelium, Wnt-3, Wnt-7a, caspase-9 and TCF in the basal stroma and Wnt-7a, caspase-9 and TCF in the blood vessels were all expressed strongly whereas LEF-1 had the lowest immunlocalization in those areas. Wnt-7a was expressed very strongly in uterine epithelial cells and in other areas during the metaoestrus cycle. LEF-1 and TCF were localized only in the perimetrial-myometrial connective tissue during the oestrus period. The strongly immunlocalized molecules and their localization areas during the oestrus period were as follows; β-catenin and caspase-9 in the uterine surface epithelium, β-catenin in the glandular epithelium, Wnt-3 in the subluminal stroma, Wnt-3, Wnt-7a and caspase-9 in the endometrial basal stroma, Wnt-3, Wnt-7a and caspase-9 in the blood vessels. While LEF-1 was expressed only in the mesometrial decidua, TCF was expressed only in the anti-mesometrial decidua during the seventh day of pregnancy. Highest Wnt-3, Wnt-7a, β-catenin and caspase-9 expressions were determined in the primary decidualization zone on day 8 of pregnancy. An increased immunolocalizations of all related molecules were determined both in the anti-mesometrial decidua and in the mesometrial decidua on day 9 of pregnancy. According to real time PCR findings, while Wnt-3 demonstrated its' highest expression on day 9 of pregnancy, it was found to be lowest in the oestrus. Wnt-7a had weak expressions on days 7, 8, and 9 of pregnancy. On the other hand β-catenin had the highest expression levels among all studied molecules thus it was the only molecule that worked both during the oestrus cycle and pregnancy. Caspase-9 was highly expressed during the oestrus and metaoestrus periods. In conclusion, it could be postulated that Wnt molecules might play crucial roles in cell signalling, transcription and cell death in the rat endometrium throughout the peri-implantation process.Key Words: Rat, Wnt Signal Pathway Proteins, Implantation, Oestrus and PregnancyEndometrium, Immunoflourescence, Real Time PCR 199

Multipl skleroz (MS)'da, oto-reaktif immün hücreler merkezi sinir sistemine (MSS) göç etmektedir. Akt/PKB sinyal yolağı, T hücre gelişimi ve sağ kalımında önemli bir role sahiptir. Akt'nin artmış veya azalmış aktivasyonu, Tip-2 diabetes mellitus ve kanser dahil olmak üzere çeşitli hastalıklarda rol almaktadır. MS'li bireylerde CD4+CD25+CD127-/düşük Regülatör T (Treg) hücre fonksiyonel baskılamanın kaybını gösteren çalışmalar mevcuttur. Bu çalışmada, Treg hücrelerinde Akt molekülünün, özellikle fosforile-Akt (pAkt) molekülünün seviyeleri ile hastalığın ciddiyeti arasındaki ilişki araştırılmıştır. Klinik izole sendrom (KİS, n=8), benign (n=10) ve tekrarlayan remisyonlu multipl skleroz (RR-MS, n=7) olan üç farklı hasta grubu ve yaş, cinsiyet uyumlu sağlıklı bireyler (n=20) çalışmaya dahil edildi. Bireylerin periferik kan mononükleer hücreleri (PKMH), fikol konsantrasyon gradyan yöntemi ile izole edildi. Anti-CD3, -CD4, -CD25, -CD127 monoklonal antikorları Treg hücrelerini tanımlamak için kullanıldı. PMA/İonomisin ile 15 dk uyarımdan sonra Treg hücrelerindeki Akt1 (Ser473) ve p-Akt seviyelerini değerlendirmek için hücre içi boyama yapıldı. FACS DiVa yazılımı ve FACSAria II akan hücre ölçer ile veriler toplandı ve analiz edildi. Çalışmamızda MS hastalığında sağlıklılara göre periferik kan Treg'lerde p-Akt ve total Akt1 seviyesinin azalması progresyonda rol oynadığına dair kanıt sunmaktadır. Hasta bireylerin yıllık atak sayısı ve progresyon indeksinin, pAkt ve Akt1 ile pozitif yönde korele olduğu bulunmuştur. Hastalığın seyri ve sonuçlarının tahmini için Akt molekülünün biyobelirteç (biomarker) veya terapötik hedef molekül adaylığı ile ilgili bulgular elde edilmiştir. Multiple sclerosis (MS) is an autoimmune disorder prompted by infiltration of auto-reactive immune cells into the central nervous system (CNS). Akt/PKB signaling pathway has an importance in T cell development and survival. Studies revealed the loss of CD4+CD25+CD127-/low Regulatory T (Treg) cell suppression in MS patients. The relationship between the levels of the Akt and phosphorylated-Akt (pAkt) molecule in Treg cells, and the disease severity was investigated. Three different patient groups selected. These are clinically isolated syndrome (CIS, n=8), Benign (n=10) and relapsing remitting multiple sclerosis (RR-MS, n=7). Age and sex matched healthy individuals (n=20) were also involved. Peripheral blood mononuclear cells (PBMC) were seperated from heparinized blood samples by ficoll concentration gradient centrifugation method. Anti-CD3, -CD4, -CD25, -CD127 monoclonal antibodies were used to identify the Treg cells. After stimulus for 15 min with PMA/Ionomycin intracellular staining was made to detect the Akt1 (Ser473) and p-Akt levels in Treg cells. Data were collected and analyzed with FACS DiVa software and FACSAria II with flow cytometer. In the study, the decreases in the level of p-Akt and total Akt1 in MS subjects compared to the healthy groups presents sign that they play a role in progression of disorder. Annual attacks number and progression index of the patients were found to be positively correlated with pAkt and Akt1. The relationship between the Akt molecule and the disease progression was established, and findings were indicate that Akt might be a biomarker for prognosis or therapeutic target molecule. 99

Amaç: Bu çalışmada, sağlıklı erkeklerin ve menstrüel siklus fazlarına göre gruplandırılan kadınların, seks steroid hormon düzeylerinin, beynin kognitif becerileri, sinir ileti hızı ve sağ-sol el asimetrisi üzerine etkisinin araştırılması amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Çalışmamız 18-25 yaş arasındaki sağlıklı ve gönüllü, 30 kadın ve 30 erkek birey üzerinde gerçekleştirildi. Her bir kadının menstrüel siklusunun foliküler (3-4.gün), östrojen (12-15.gün) ve luteal fazında (21-22. gün) üç kere, erkeklerin ise herhangi bir zamanında bir kere venöz kandan serum estradiol (E2), progesteron, total serum testosteron, seks hormon bağlayıcı globulin (SHBG), serbest testosteron (erkeklerde) ve ELİSA yöntemi ile serum östrojen alfa ve beta düzeyleri ölçülmüştür. Erkekler ve kadınlara (üç fazda), sağ el ve sol el medyan sinirden elektromiyografi (EMG) ölçümü yapılmış ve motor sinir ileti hızları hesaplanmıştır. Kognitif beceri testlerinden reaksiyon zamanı testi (RTms), stres altında tepki verme hızı-kalitesi testi (DT-DTsüre ms), muhakeme yeteneği testi (SPMIQ), görsel algı-dikkat testi (LVT) ve görsel hafıza testi (TAVT) uygulanmıştır. Ayrıca duygu durumunu belirleyen anketlerden BECK depresyon ölçeği, STAI1 (durumluluk kaygı), STAI2 (sürekli kaygı) ölçekleri uygulanmıştır. Tüm veriler SPSS 15.0 ve MİNİTAB 18 istatistik programları ile analiz yapılmıştır.Bulgular: Kadınların (n=25) luteal dönemindeki DT ve DTsüre ms, SPMIQ ve TAVT ortalamaları ovulasyon ve foliküler dönemine göre yüksekti (p0,05). Sonuçlar: Seks steroid hormon düzeylerinin serebral asimetri, beyin fonksiyonları ve periferal sinir sistemi üzerinde nöromodülatör etkisi olabileceği görüşüne varılmıştır. Object: In this study, we aimed to investigate the effects of sex steroid hormone levels on cognitive skills, nerve conduction velocity and right-left hand asymmetry of healthy male and female examined according to menstrual cycle phases. Materials and Methods: Our study was carried out on healthy and voluntary, 30 female and 30 male individuals between the ages of 18-25. In the follicular of each female (3-4th day), in the estrogen (12-15th day) and in the luteal phase (21-22th day) and and once in any time in male, estradiol (E2), progesterone, total serum testosterone, sex hormone binding globulin (SHBG), free testosterone concentrations were measured. Serum estrogen alpha and beta levels were measured by ELISA method. Electromyography (EMG) was measured from the median nerve of the right hand and left hand, and motor nerve conduction velocities were calculated for male and female (in three phases). Cognitive skills tests; Reaction time test (RTms), reaction speed-quality test (DT-DTtime ms) under stress, reasoning test (SPMIQ) and visual perception-attention test (LVT), visual memory test (TAVT) were applied. In addition, BECK depression scale, state anxiety scale (STAI1), trait anxiety scale (STAI2) were applied to the questionnaires which determined the mood. Results: Female (n = 25) had a higher luteal response DT, DTsüre ms, SPMIQ, and TAVT than ovulation and follicular period (p

Lisansüstü tezlerin elektronik ortamda toplanması, düzenlenmesi ve erişime açılması konusuna ilişkin yök'ün 18.06.2018 tarihli yönergeye istinaden artık bu tarihten sonra gizlilik şartı aranmayan bütün tezler erişime açılacaktır. Mycobacterium Tuberculosis (Mtb)'nin neden olduğu tüberküloz hastalığı günümüzün en öldürücü hastalıklarından biridir. Dolayısıyla, bu bacteriye karşı ilaç tasarlamak stratejik bir hedeftir. Bu bacteri büyüme ve çoğalma gibi işlemlerinde sinyal iletim mekanizmasına başvurmakta olup bunun için başlıca 11 adet (A-K) okaryotik benzeri serin/treonin kinazlar kullanırlar. Bu kinazlarının rollerinin bilinmesi ve bunların hedef alınması önemli ilaç tasarım hedefleridir. Biz de bu çalışmada Mtb'sin sinyal iletiminde yer aldığı bilinen Protein Kinaz G (PknG)'nin bu sinyal iletimindeki rollünü bilgisayar destekli yaklaşımlarla araştırılmasını hedefledik. Bu kinazın mevuct x-ray yapısında eksik olan kısımlar model çalışmalarla tamamlandı ve ilgili treoninler fosforlanarak bunların proteinin konformasyonunda gösterdiği değişiklşikler gözlemlendi. Bu değişimlerin PknG'nin sübstratı olarak düşünülen glycogen accumulation regulator (GarA) ile yaptığı komplekslere etkisi araştırıldı. Sonuçlar PknG'nin fosforlandığı zaman anlamlı olarak konformasyonal değişikliğe uğradığını ve bunun GarA ile etkileşiminde önemli bir rol aldığını gösterdi. Bütün hesaplamalar AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) paket programları kullanılarak yapılırken protein-protein etkileşimleri Z-DOCK vasıtasıyla yapıldı. Tuberculosis caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb) is one of the most lethal diseases. Therefore, it is a strategic goal to design drugs against this bacterium, which emploes 11 (A-K) eukaryotic-like ser/thr kinases in the signal transduction mechanism in the growth and proliferation processes. Knowing the roles of these kinases and targeting them are important drug design targets. In this study, we aimed to investigate the role of protein kinase G (PknG) in signal transduction by using computer assisted approaches. The missing part of the protein was completed by molecular modelling calculations. The corresponding threonines were phosphorylated and the effect of the phosphorylation on the conformation of the protein was observed by molecular dynamic calculations. The conformational changes in phsophorylated PknG were found to be very significant in its ability to bind to glycogen accumulation regulator (GarA). All calculations were performed by AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) and protein-protien interactions were studied by Z-DOCK. Tübitak

Preeklampsi, maternal vasküler komplikasyonların görüldüğü, önemli oranda maternal ve fetal mortalite ve morbidite ile sonuçlanan, gebeliğe özgü hipertansif bir durumdur. Maternal inflamatuvar yanıt ve antianjiogenik faktörlerdeki aşırı artışın, preeklampsi patolojisi ve endotel fonksiyon bozukluğu ile yakından ilişkili olduğu bilinmektedir. Bu bağlamda proanjiogenik, antiinflamatuvar, vazodilatör etkilere sahip Sistatyonin gama liyaz – Hidrojen Sülfür (CSE-H2S) yolağının, antianjiogenik bir faktör olan çözünür fms-benzeri tirozin kinaz-1 (sFlt-1) ve proinflamatuvar sitokin Tümör nekroz faktör-α (TNF-α)'nın gebelik ve preeklampsi durumlarındaki rolünün değerlendirilmesi amaçlanmıştır. CSE'nin vazoprotektif rollerinin aydınlatılmasına yönelik çalışmalarımız, CSE geni işlevsiz hale getirilmiş (CSE knockout, CSE-/-) farelerden izole edilen mezenterik arterlerde endotel aracılı gevşeme yanıtlarında azalma meydana geldiğini göstermiştir. Bununla birlikte endotele spesifik olarak CSE geni işlevsiz hale getirilmiş (EC-CSE knockout, EC-CSE KO) farelerde de endotel aracılı gevşeme yanıtlarındaki azalma, endotele özgü CSE'nin önemini göstermiştir. Ayrıca bu farelerde, proinflamatuvar sitokin TNF-α ile indüklenen endotel hasarı ve nitrotirozin oluşumununda artış gösterilmiştir. Normal fizyolojik bir gebelikte gözlenen fenilefrin ile indüklenen vazokonstriksiyonda azalma, vazodilatör bir ajan olan sodyum nitroprussit'e duyarlılıkta artış gibi gebeliğe özgü adaptif vasküler yanıtların CSE geninin işlevsiz hale getirildiği durumda kaybolduğu gözlenmiştir. Bununla birlikte, sFlt-1 düzeylerinde artış, proanjiogenik bir faktör olan vasküler endotelyal büyüme faktörü (VEGF) düzeylerinde meydana gelen azalma, anjiogenik dengedeki bozulmayı göstermiştir. CSE-/- gebe farelerin mezenterik arterlerinde görülen endotel fonksiyon bozukluğu ile birlikte kan basıncı ve idrar albümin-kreatinin oranlarındaki artış, CSE eksikliğinde preeklampsi benzeri bir klinik tablonun geliştiğine işaret etmiştir. Adenoviral sFlt-1 ile indüklenen deneysel preeklampsi modelinde CSE geninin işlevsiz hale getirilmesi, proinflamatuvar sitokin TNF-α ve sFlt-1'e bağlı olarak görülen endotel fonksiyon bozukluğunu şiddetlendirmiştir. Moleküler çalışmalarımızın bulguları da, sFlt-1 ve TNF-α'nın sinerjistik bir etki ile nitric oksit biyoyararlanımını olumsuz etkilediğini ortaya koymuştur. Bulgularımız, CSE-H2S yolağının vazoprotektif özellikleri ile normal gebelik fizyolojisinde ve preeklampsi patolojisinde önemli bir role sahip olduğunu, bununla birlikte preeklampside görülen endotel fonksiyon bozukluğunda antianjiogenik faktör sFlt-1 ve proinflamatuvar sitokin TNF-α'nın sinerjistik rollerini ortaya koymuştur.Anahtar Kelimeler: CSE-H2S Yolağı, Preeklampsi, sFlt-1, TNF-α, Endotel DisfonksiyonBu çalışma, Aston Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma Enstitüsü tarafından desteklenmiştir. Proje No: PPL60/4227 Preeclampsia is a pregnancy specific hypertension that is characterized by maternal vascular complications and cause maternal and perinatal morbidity and mortality. It is well known that, increased inflammatory condition and antiangiogenic factors are associated with endothelial dysfunction and etiology of preeclampsia. It is demonstrated that cystathionine-γ-lyase/hydrogen sulphide (CSE-H2S) pathway has anti-inflammatory, vasodilatory and angiogenic properties. Therefore, the aim of the study is to investigate the role of CSE-H2S pathway in pregnancy and preeclampsia conditions and the influence of antiangiogenic factor, soluble fms-like tyrosine kinase-1 (sFlt-1) and proinflammatory cytokine tumor necrosis factor-α (TNF-α) on this pathway. Our study showed that, endothelium dependent relaxations were significantly decreased in mesenteric arteries from CSE knockout mice (CSE-/-) and also in endothelial spesific CSE knockout mice (EC-CSE KO), suggesting important role of endothelial CSE. Moreover, impairment of endothelial relaxation and increased nitrotyrosine production following TNF-α treatment was more pronounced in CSE-/- mice, indicating lack of CSE sensitizes the endothelium to proinflammatory factors. We observed increased sensitivity to sodium nitroprusside and decreased phenylephrine induced contractions in pregnant control mice (CSE+/+), whereas no change was observed in CSE-/- pregnant mice in terms of phenylephrine and sodium nitroprusside responses, suggesting that deficiency of CSE impairs pregnancy-induced adaptations in maternal vascular bed. Additionally, decreased endothelial growth factor (VEGF) level and increased sFlt-1 level in plasma of CSE-/- pregnant mice demonstrating dysregulation of angiogenic balance in the lack of CSE. Our results indicated that, CSE-/- pregnant mice has increased blood pressure, urine albumine-creatinine ratio and impairment of endothelial function in mesenteric arteries. These results suggest that deficiency of CSE reflects preeclampsia like condition. We demonstrated that deficiency of CSE exacerbated proinflammatory cytokine TNF-α and sFlt-1 induced endothelial dysfunction in adenoviral-sFlt-1 induced preeclampsia phenotype. Our molecular findings indicated that synergistic action of anti-angiogenic factor sFlt-1 and pro-inflammatory cytokine TNF-α decreased nitric oxide bioavailability. Taken together our results showed that, CSE-H2S pathway plays an important role in pregnancy and preeclampsia condition with his vasoprotective properties. Furthermore, synergistic action of anti-angiogenic factor sFlt-1 and pro-inflammatory cytokine TNF-α promote severe endothelial dysfunction which is associated with pathogenesis of preeclampsia.Key words: CSE-H2S Pathway, sFlt-1, TNF-α, Preeclampsia,Endothelial dysfunctionThe present work was supported by the Aston University Medical School Research Institute Project No. PPL60/4227 218

Beynin temel enerji kaynağı glukozdur ve beyin, glukozu yoğun bir şekilde kullanmaktadır. Dolayısıyla beynin fizyolojik rolünü yerine getirmesi, glukoz metabolizmasının sıkı bir şekilde kontrolü ile sağlanmaktadır. İnsülin Reseptör Substrat (IRS) proteinleri, glukoz metabolizmasının regülasyonunda rol alan en önemli adaptör proteinlerdir. IRS1 bu protein ailesinin üzerinde en çok çalışılan elemanıdır. IRS1, kanserle ilgili birçok reseptörle etkileşime geçmektedir ve literatürde IRS1'in meme, akciğer, prostat, böbrek gibi birçok kanser türünde ekspresyon artışı gösterilmiştir. Yapılan çalışmalarda merkezi sinir sistemi tümörlerinden biri olan medulloblastomda da IRS1 ekspresyonunun arttığı gösterilmiştir. Bizde bu bilgiler ışığında, IRS1'in merkezi sinir sisteminin bir diğer önemli tümörü olan glioblastoma multiforme (GBM) gelişiminde de böyle bir ekspresyon artışı olabileceğini düşündük. Buradan yola çıkarak in vitro ortamda IRS1 bağımlı sinyal iletim ağının GBM gelişimindeki rölünü belirlemeyi amaçladık. Çalışmada, U-87 MG hücre hattı kullanıldı. IRS1 proteinin ekspresyonunu U-87 MG hücrelerinde arttırmak amacıyla pcDNA3.1-flag tagged-insan IRS1 ekspresyon vektörü lipofektamin aracılığı ile hücrelere transfekte edildi. Ektopik IRS1 ekspresyon artışının GBM hücrelerinin sağkalımı üzerindeki fonksiyonel etkisi MTT analizi, insülin sinyali üzerindeki moleküler etkisi western blot analizi ile belirlendi. Elde ettiğimiz sonuçlar, ektopik IRS1 ekspresyon artışının GBM hücre sağkalımını arttırdığını göstermektedir. Ayrıca, IRS1 ekspresyon artışının, insülin indüklü Grb2, ERK ve AKT proteinlerinin aktivasyonlarında artış gerçekleştirdiği saptanmıştır. Çalışmamız, GBM hücrelerinde IRS1 ekspresyon ve aktivasyon artışının, hücre sağkalımını AKT aktivasyonu aracılığıyla arttırdığını ortaya koymaktadır.Anahtar Kelimeler: Beyin Tümörleri, Glioblastoma Multiforme, IRS1, İnsülin Reseptör SubstratProteinleri (IRS), İnsülin Sinyali. Glucose is the primary energy source in brain and it is extensively used in brain cells. Therefore, the brain performs its physiological role through the strict regulations of glucose metabolism. Insulin Receptor Substrate (IRS) proteins are the most important adapter proteins involved in the regulation of glucose metabolism. IRS1 is the most studied member of this family. It interacts with many cancer-related receptors and studies have shown that its overexpression is associated with many cancer types such as breast, lung, prostate and kidney. In addition to these cancer types, increased IRS1 expression has also been shown in medullablastoma is one of the central nervous tumors. Under the light of these studies, we thought that IRS1 expression might increase in Gliblastoma Multiforme (GBM) is one of the most important type of central nervous system tumors. Therefore, we aimed to figure out the role of IRS1 signaling network in the development of GBM. In this study, U-87 MG cell line was used. In order to increase the expression of IRS1 in GBM cells, U-87 MG cells were transfected with pcDNA3.1 flag-tagged-human IRS1 expression vector by lipofectamine. Functional and molecular effects of ectopic IRS1 overexpression on survival of GBM cells and insulin signaling were determined by MTT analysis and westen blotting, respectively. Our results suggested that ectopic IRS1 overexpression led a increase in cell survival. We also detected that expressions/activations of Grb2, ERK and AKT proteins increased through IRS1 overexpression in U-87 MG cells. Our study showed that increased IRS1 expression and activation promote cell viability via AKT activation.Keywords: Brain Tumors, Glioblastoma Multiforme, IRS1, Insulin Receptor Substrate Proteins (IRS),Insülin Signal. 66

Endotel hasarı ateroskleroz ve diyabet gibi pek çok hastalığın başlangıç patolojilerindenbiridir. Enflamatuvar bir süreç olan endotel hasarının gelişiminde, Nükleer Faktör κB(NF-κB) sinyal yolağı ve bu yolaktaki moleküller önemli rol oynamaktadır. ReseptörAktivatör NF-κB Ligandı (RANKL) ve onun reseptörü (RANK) ile osteoprotegerin(OPG), endotelde tanımlanan hasar sonucu oluşan kalsifikasyonun belirleyicimolekülleridir. Deneysel çalışmalarda OPG/RANK/RANKL yolağının inflamasyon,vasküler ve kemik sistemi yanısıra glikoz homeostazının düzenlenmesinde de roloynadığı, OPG ve Tip 2 Diabetes Mellitus arasında güçlü bir ilişki olduğubelirlenmiştir. Transgenik fare çalışmaları ile aterosklerozda plazma RANKL ve OPGdüzeyleri gösterilse de vasküler hastalıklardaki rolleri henüz tam olarakbilinmemektedir.Bu tez çalışmasında, ateroskleroz gelişiminin ilk basamağı olan endotel hasarında,OPG/RANKL sinyal yolağının rolü ve Vitamin D tedavisi ile bu yolakta rol alangenlerin ifade düzeylerindeki değişimlerin belirlenmesi amaçlandı. Bu nedenle, SpragueDawley erkek ratlarda oluşturulan Tip 2 Diyabet Mellitus (T2DM) Modeli kullanılarakOPG/RANKL yolağındaki aktivitelerin endotel hasarı üzerine etkisi araştırıldı.Endotelyal hasara bağımlı mikrovasküler etkileri belirlemek için, damardakikalsifikasyon ve enflamatuvar süreçlerde rol alan Opg, Rankl, Runx2, Bmp-2, Il-1ß,Tnfα, Nos3, Icam-1 gen ifade seviyeleri değerlendirildi. Buna göre diyabetli sıçanlardadiğer deney gruplarına kıyasla Opg, Il-1ß, Bmp-2 mRNA ifade seviyeleri ile endotelhasarı belirteci olarak seçilen Icam-1 gen ifade seviyesinin diyabetli sıçan grubundaarttığı belirlendi. Ayrıca çalışma kapsamında, OPG/RANKL yolağındakidüzenleyicilerden biri olan vitamin D3 uygulamasının diyabet varlığında yolakla ilişkiligenler üzerine etkisi araştırıldı. Vitamin D3 uygulanan diyabetli sıçanlarda 4 haftasonunda kan şekeri düzeylerinde anlamlı bir azalma olduğu (p

Dünyada ve ülkemizde görülme sıklığı gittikçe artan metabolik sendrom, insülin direnciyle başlayan abdominal obezite, hipertansiyon, dislipidemi, karaciğer yağlanması ve koroner arter hastalığı gibi sistemik bozukluklar ile karakterize hastalıklar bileşenidir. Yapılan araştırmalar, fazla fruktoz tüketiminin metabolik sendroma yol açan faktörlerden biri olabileceğini göstermektedir. Bu çalışmada, fruktozun karaciğer insülin sinyal yolağı ve ilişkili genler üzerine etkilerini aydınlatmak üzere, sıçanlara 30 hafta boyunca içme suyu içerisinde % 15 fruktoz verilerek metabolik sendrom modeli oluşturulmuştur. Yüksek fruktoz diyeti uygulamasının, plazma glukoz, insülin, trigliserid, LDL, VLDL ve total kolesterol düzeylerinde istatiksel açıdan önemli bir artışa yol açtığı, fakat HDL düzeyini değiştirmediği saptanmıştır. Ayrıca, karaciğer ağırlığının yüksek fruktoz verilen grupta önemli ölçüde arttığı bulunmuştur. Sıçanların karaciğer insülin sinyal yolağı ve ilişkili genler üzerine fruktoz diyetinin etkisini incelemek amacıyla: IRS-1, IRS-2, Akt, mTOR, FoxO3a, NRF2, PI3K, eNOS, iNOS ve NfκB gen ekspresyon düzeyleri Reel time PCR yöntemiyle ölçülmüştür. Elde ettiğimiz veriler, IR, IRS-1 IRS-2 ve FoxO3a mRNA düzeylerinin fruktoz diyeti alan karaciğer örneklerinde baskılandığını, fakat Akt, mTOR ve NFκB düzeylerinde anlamlı bir değişiklik olmadığını göstermektedir. Bu sonuçlar, yüksek fruktoz tüketiminin karaciğer insülin sinyal yolağının çalışmasını bozarak metabolik sendroma yol açabileceğini göstermektedir. Metabolic syndrome, which has an increased prevalence in the world as well as our country, is a systemic disorders characterized by insulin resistance, abdominal obesity, hypertension, dyslipidemia, liver steatosis and coronary artery disease. Studies showed that excessive fructose consumption may be one of the factors leading to metabolic syndrome. In this study, a model of metabolic syndrome was produced by giving 15% fructose in drinking water for 30 weeks to investigate the effects of fructose on liver insulin signaling pathway and related genes. It was determined that high fructose diet resulted in a significant increase in plasma glucose, insulin, triglyceride, LDL, VLDL and total cholesterol levels but did not change HDL levels. In addition, liver weight was found to be significantly increased in the high fructose-treated group. In order to investigate the effect of fructose diet on liver insulin signaling pathway and related genes in rats: IRS-1, IRS-2, Akt, mTOR, FoxO3a, NRF2, PI3K, eNOS, iNOS, NfκB gene expression levels were measured by Reel time PCR. Our data show that IR, IRS-1 IRS-2 and FoxO3a mRNA levels are suppressed in liver samples receiving fructose diet, but there is no significant change in Akt, mTOR and NFκB levels. These results suggest that high fructose consumption can impair the functioning of the liver insulin signaling pathway, thereby leading to metabolic syndrome. 94

Son yıllarda motor hareketlerin oluşmasıyla ilişkili olduğu öne sürülen pedinculopontine nucleus (PPN) ve uyanıklık reaksiyonu sistem fizyolojisine olan ilgi artmış, beyin sapı refleks çalışmaları çeşitli uyku bozukluklarında uygulanmıştır. PPN'un işlevleri prepulse inhibisyon (PPI), yöntemiyle ve bulbopontin beyinsapı reflekslerinden göz kırpma refleksi (GKR), işitsel irkilme refleksi (İİR) üzerinden değerlendirilebilir. Bu çalışmaya Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Nöroloji Uyku Bozuklukları Birimi'nde polisomnografi ile izole atonisiz REM uykusu ve idiyopatik RDB tanısı alan hastalarla sağlıklı kontrol katılımcılar dahil edilmiştir. Çalışmada Atonisiz REM uykusu, iRDB hasta ve kontrol gruplarında beyin sapında eksitabilite artışını varlığını araştırmak için İİR, GKR, GKR PPI, GKR R2 -TE bakılmıştır ve bulgular şunlardır: İİR analizlerinde İİR probabiliteleri SKM kasında iRBD hasta grubunda artmıştı. İİR total olasılıkları iRBD hasta grubunda diğer gruplara göre artmıştır. GKR analizlerinde R1 amplitüd, süre ve latansların grup içinde ve gruplar arasında normal, iRDB hasta grubunda diğer gruplara kıyasen R2 alanı artmıştır. GKR-PPI' da 100 ms uyarım aralıklarıyla; R2-PPM ve R2k-PPM atonisiz REM uykusu ve iRDB hasta grubunda sağlıklı kontrol bireylerine kıyasla artmıştır. GKR- R2 TE'de 200 ms uyarım aralığıyla R2 alanında şartlanma/ test yüzdeleri (toparlanmaları) atonisiz REM uykusu ve iRDB hasta gruplarında kontrollere kıyasen artmıştır. Bu bulguların, REM atoni yolağında bozulma ve/veya beyin sapı motor yapı jeneratörlerinde disinhibisyona bağlı olduğu düşünülmüştür. Çalışmamızda elde edilen patolojik bulgularla, elektrofizyolojik yöntemlerin nörodejenerasyon varlığını göstermek için kullananılabilecek erken dönem belirteçler olarak kullanılabileceği kanaatindeyiz. In recent years, the interest in the physiology of pedunculopontine nucleus and pedunculopontine arousal system has increased. The functions of PPN can be evaluated by the prepulse inhibition (PPI) method by the blink reflex (BR) and auditory startle reflex (ASR). The study includes REM sleep without atony and idiopathic RDD patients diagnosed with polysomnography in the Neurology Sleep Disorders Unit of Cerrahpaşa Medical Faculty and matched healthy control subjects. In order to investigate the presence of increased excitability, the study examined ASR, BR, BR PPI, BR R2 -RC in brain stem reflexes. Main findings are: In ASR analysis with ASR probabilities; in the SCM muscle, iRBD patient group were increased. Total ASR probabilities were increased in the iRBD patient group compared to other groups. In BR analyzes, R1 amplitude, latency, duration, R2k latency, R2k area were normal in groups; when R2 area increased in the iRDB patient group compared to the other groups. According to the results obtained in BR-PPI, with 100 ms excitation intervals; R2-PPM and R2k- PPM were increased in iRDB the patient group and REM sleep without atony compared to control subject. In BR-R2 RC, the conditioning/test percentages (recovery) in the R2 field were increased significantly at 200 ms stimulation interval compared to patient control groups in REM sleep atony and iRDB patients.These findings are thought to be due to abnormal behaviors resulting from an inability to suppress RDB, disruption of REM atony pathway and/or disinhibition of brain stem motor structure generators.In our study, pathological findings could be used as early markers that can be used to show the presence of neurodegeneration. 76

Bu tez projesinde, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi'nin desteklediği Multiple Myeloma Hastalarının Kemik İliği Myeloma Hücrelerinde Gen İfadesinin Transkriptom Dizileme Yöntemi İle Araştırılması (Proje No: 7348) başlıklı çalışmanın verileri değerlendirilmiştir. Değerlendirme sonucu elde edilen sinyal iletimi, immun sistem ve hücresel yanıt gibi bazı yolaklar ile ilişkili PTPN6, FUS, CD74, MS4A3, PRDX5 genlerinin ve hasta-kontrol örnekleri arasında ekspresyonunun en anlamlı farklılık gösterdiği tespit edilen UNC45B geninin ekspresyon düzeylerinin qRT-PZR tekniğiyle konfirme edilmesi amaçlanmıştır. Çalışma sonuçlarına göre PTPN6, CD74, MS4A3 ve UNC45B genlerinde hasta grubu (50 örnek) ile kontrol grubu (16 örnek) arasında istatistiki olarak anlamlı bir farklılık tespit edilmemiştir. Bununla birlikte FUS ve PRDX5 genlerinin hasta grubunda kontrol grubuna kıyasla anlamlı seviyede daha yüksek ifadesi tespit edilmiştir. FUS ve PRDX5 genlerinin fonksiyonları ve kanserdeki önemleri göz önüne alındığında multiple myeloma açısından yeni tedavi seçeneklerine ışık tutabileceklerini düşündürmektedir.Anahtar Kelimeler:Transkriptom, RNAseq, Multiple myeloma, Yolak analizi, qRT-PZRKey Words: Transcriptomics, RNAseq, Multiple myeloma, Pathway analysis, qRT-PCR In this thesis project, the data was evaluated which the study named the Investigation of Gene Expression in Bone Marrow Myeloma Cells by Multiple Myeloma Patients Using Transcriptome Sequencing Method that supported by the Istanbul University Scientific Research Projects Unit (Project No: 7348). Assessment of data revealed that the PTPN6, FUS, CD74, MS4A3, PRDX5 genes which are associated with some pathways such as signal transduction, immunological system and cellular response and UNC45B gene which is found to be the most significant difference in expression level between patient-control samples and it is aimed to make confirmation of the expression levels of these genes by the qRT-PCR technique. According to the study results, no statistically significant difference was found PTPN6, CD74, MS4A3 and UNC45B genes between the patient group (50 samples) and the control group (16 samples). However, FUS and PRDX5 genes were significantly higher in the patient group than in the control group. Considering the functions of FUS and PRDX5 genes and their importance in cancer, it is thought to be these genes may shed light on new treatment options for multiple myeloma. 129

Curcumin genellikle kanser araştırmalarında kullanılmış, diyabetik nöropatide de farklı çözücülerle tedavi etkinliği çalışılmış bir ajandır. Bu çalışmada ise, T1DM sıçan modelinde yağda çözülmüş curcuminin diyabetik nöropati gelişimini önlemedeki koruyucu rolü araştırılmıştır. Deneklerde 50 mg/kg STZ enjeksiyonu ile diyabet oluşturulmasını takiben periferal nöropati gelişmesi beklenmeden gliklazid (10 mg/kg), düşük doz curcumin (60 mg/kg) ve yüksek doz curcumin (200 mg/kg) uygulamaları gerçekleştirilmiş ve olası koruyucu etkiler, siyatik sinirde sinir ileti hızı ölçümleriyle; sinir uçlarında aksonal dejenerasyonun sebep olduğu ağrı eşiğinin yükselmesi ve his kaybının tespiti nosiseptif testler ile (hot plate ve tail flick testleri) ölçülmüş, ayrıca deneklerin kilo alımı, kan şekeri ve serum insülin seviyeleri incelenmiştir. Çalışmada elde edilen sonuçlara göre diyabet, siyatik sinir ileti hızında azalmaya neden olurken, gliklazid ve curcumin uygulanan gruplarda sinir ileti hızlarının kontrol seviyesine yakın olduğu gözlenmiştir. Ancak nosiseptif testlerde gruplar arasında anlamlı bir fark görülememiştir. Biyokimyasal incelemeler sonucunda ise kan glikozu seviyeleri diyabet oluşturulan hiçbir grupta düşmezken, serum insülin seviyeleri curcumin uygulanan diyabetik gruplarda kontrole yaklaşmıştır. Sonuçlara bakıldığında curcuminin düşük dozda (60 mg/kg) diyabetik nöropatinin gelişimini önlemede koruyucu bir rolü olduğu tespit edilip diyabetin komplikasyonlarını önlemede umut vaat eden doğal bir ajan olduğu söylenebilir Curcumin is generally used in cancer research, and in diabetic neuropathy,it is an agent studied with different solvents. In this study, the protective role of curcumin dissolved in oil in the prevention of diabetic neuropathy in T1DM rat model was investigated. Without waiting for peripheric neuropathy to develop after 50 mg/kg STZ injection, glyclazide (10 mg/kg), low dose curcumin (60 mg/kg) and high dose curcumin (200 mg/kg) were applied, and possible protective effects were observed in the sciatic nerve with nerve conduction velocity measurements, elevation of pain threshold caused by axonal degeneration at nerve endings and loss of sense were measured by nociceptive tests (hot plate and tail flick tests), and also subjects' weight gain, blood sugar and serum insulin levels were examined. According to the results obtained in the study, diabetes caused a decrease in the velocity of sciatic nerve conduction whereas it was observed that the nerve conduction velocities in the groups treated with gliclazide and curcumin were close to the control level. However, no significant difference was observed between the groups in the nociceptive tests. As a result of biochemical studies, blood glucose levels did not decrease in any group of diabetes,whereas serum insulin levels approached control in diabetic groups treated with curcumin. In conclusion, curcumin has a protective role in preventing the development of diabetic neuropathy at low dose (60 mg/kg) and it can be a promising natural agent to prevent diabetic complications.

AMAÇ. Bu çalışmada glutatyon S-transferaz (GST) izoenzimlerinin ve mammalian-target of rapamisin (mTOR) düzeylerinin pterjiyum ve sağlıklı konjonktiva dokuları arasında karşılaştırılması amaçlanmaktadır.YÖNTEM. Çalışma grubu hastaları olarak kliniğimizde pterjium nedeniyle ameliyat edilen hastaların doku örnekleri alındı. Kontrol grubu olarak ise şaşılık cerrahisi geçiren hastaların konjonktiva dokuları kullanıldı. Tüm doku örnekleri patoloji laboratuarına gönderildi ve bir patolog tarafından bloklara ayrıldı. Her iki grupta olan toplam 48 adet örneğin bloklarına biyoloji laboratuarında GST izoenzimleri (GST-Z, GST-K ve GST-S) ve mTOR proteini için immünohistokimyasal olarak boyama yapıldı. Boyanma şiddetleri grade 0 (negatif), grade 1 (zayıf), grade 2 (orta) ve grade 3 (güçlü) olarak değerlendirildi.BULGULAR. Çalışmaya alınan 48 hastanın 23 tanesi (%47,9) kadın, 25 tanesi (%52,1) erkekti. Gruplara bakıldığında ise kontrol grubundaki 20 hastadan 10 tanesi (%50) erkek, 10 tanesi (%50) kadındı. Pterjiyum grubunda toplam 28 hastanın 15 tanesi (%53,6) erkek, 13 tanesi (%46,4) kadındı. Hastaların demografik özellikleri açısından gruplar arasında istatistiksel anlamlı farklılık yoktu (p>0.01). 28 pterjiyum dokusundan 10 tanesinin (%35,7) GST-S izoenzimi, 15 tanesinin (%53,6) GST-Z izoenzimi ve 10 tanesinin (%35,7) GST-K izoenzimi ile boyandığı görüldü. mTOR ekspresyonu ise 22 tanesinde (% 75,5) görüldü. Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında GST-Z, GST-K ve Mtor ekspresyon düzeyleri açısından iki grup arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmadı (sırasıyla p= 0,751,p=0,749,p=1,00). GST-S ekspresyon düzeyi ise pterjiyum dokusunda, kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı şekilde yüksek bulundu (p=0,036).SONUÇ. Pterjiumdaki GST-S ekspresyonunun anlamlı artışının, ultraviyole maruziyeti ve diğer nedenlerle oluşan serbest radikal oluşumuna karşın yanıt olarak antioksidan kapasiteyi korumak için olabileceği düşünüldü. PURPOSE. In this study, we aimed to compare the levels of glutathione S-transferase (GST) isoenzymes and mammalian target of rapamycin (mTOR) in healthy conjunctiva with pterygium tissue.METHODS. Tissue samples were taken from the patients who were operated for pterygium in our clinic.In the control group, conjunctival tissues of the patients who underwent strabismus surgery were used. All tissue samples were sent to the pathology laboratory and divided into blocks by a pathologist. Expressions of GST (zeta, sigma, kappa) enzymes and mTOR protein were assessed by immunohistochemical staining The staining intensities were grade 0 (negative), grade 1 (weak), grade 2 (moderate) and grade 3 (strong).RESULTS: 23 (47,9%) were female and 25 (52,1%) were male. 10 patients (50%) were male and 10 patients (50%) were female in control group, 15 patients (53,6%) were male and 13 patients (46,4%) were female. There was no statistically significant difference between groups about demographic features (p >0,01). Ten of the 28 pterygium tissues (35,7%) were stained with GST-S isoenzyme, 15 (53,6%) with GST-Z isoenzyme, 10 (35,7%) with GST-K isoenzyme and 22 (75,5%) were stained mTOR. No statistically significant difference was found between GST-Z, GST-K and mTOR expression levels compared with control group (p=0,751,p=0,749,p=1,00). GST-S expressions were significantly higher in the pterygium specimens than in the controls (p=0,036).CONCLUSION. Increased expression of GST-S in pterygium may be due to increased activation of GST in response to free radical formation. 78

AMAÇ: Sunulan tez çalışmasında sıçan kalbinden deselülarizasyon tekniğiyle elde edilen kalp ekstraselüler matriksinin, kardiyomiyojenik uyarımın ve VEGF molekülünün sıçan kemik iliği kökenli mezenkimal kök hücrelerin farklılaşmasına olan etkilerinin Notch ve Hedgehog sinyal yolaklarındaki değişimler ile incelenmesi amaçlanmıştır.YÖNTEM: Deterjan uygulaması neticesinde kalp dokusundan hücreler uzaklaştırılarak deseleülarize doku ve organları oluşturacak olan mezenkimal kök hücrelerin tutunacağı ve farklılaşma sürecine gireceği kalp ekstraselüler matriksi elde edilmiştir. Deselülarize edilen kalbin ekstraselüler matriksinden hücre ve hücresel kalıntıların tamamen arındırıldığı histokimyasal, immünfloresan ve moleküler olarak kanıtlanmıştır. Sıçan kemik iliği kökenli mezenkimal kök hücreler deselülarize ekstraselüler matriks üzerine ekilmiştir ve matriks üzerinde çoğalmaları sağlanmıştır. Deselülarize ekstraselüler kalp matriksi üzerine ekilen hücreler standart besiyerinde kültüre edilerek, matriks kaynaklı fiziksel uyarım ve bu fiziksel uyarıma ek olarak kardiyomiyojenik farklılaşma eklentilerinin olduğu farklılaşma besiyerinden kaynaklı kimyasal uyarımın kardiyomiyojenik farklılaşma mekanizması üzerindeki etkileri incelenmiştir. Deselülarize yapı iskelesindeki hücrelerin kardiyomiyojenik farklılaşma durumları kardiyomiyosit hücrelerine, Notch ve Hedgehog sinyal yolaklarına özgü belirteçler kullanılarak gen ifadesi düzeyinde Real Time-PCR ile ve protein seviyesinde ise histokimyasal ve immünfloresan boyamalarla tespit edilmiştir.üç boyutlu deselülarize ekstraselüler matriksten elde edilen veriler, standart ve kardiyomiyojenik farklılaşma besiyerinde iki boyutlu olarak kültüre edilen hücrelerle kıyaslanmıştır. Böylece deselülarize kalp matriksi üzerinde yapılan farklılaşma yönteminin verimliliği incelenmiştir.BULGULAR: Elde edilen bulgular kalp deselülarizasyonunun etkili ve başarılı bir şekilde gerçekleştirilebildiğini göstermiştir. Kalp ekstraselüler matriksine ekilen hücrelerin canlılıklarını koruyabildiği ve çoğalmaya devam ettikleri gözlemlenmiştir. Üç boyutlu ekstraselüler matriks üzerinde kardiyomiyojenik farklılaşmaya alınan hücrelerin, iki boyutlu olarak kültüre edilen hücrelere kıyasla daha yüksek seviyede gen ifadesini tetiklediği tespit edilmiştir.SONUÇ: Kalp ekstraselüler matriksinin hücrelerinden tamamen arındırıldığı ortaya koyulmuştur. Deselülarize kalp ekstraselüler matriksinin sıçan kemik iliği kökenli mezenkimal kök hücrelerle reselülarize edilmesi sonrasında, hücrelerin matrikse tutunarak canlıklarını korudukları ve çoğalmaya devam ettikleri gösterilmiştir. Ayrıca deselülarize kalp ekstraselüler matriksinden kaynaklanan fiziksel uyarım ve kardiyomiyojenik farklılaşma eklentilerinden kaynaklanan kimyasal uyarım ile miyokard tabakasına benzer bir yapı elde edildiği gözlemlenmiştir. OBJECTIVE: In the present thesis study, it was aimed to investigate the effects of heart extracellular matrix obtained by decellularization technique from rat, cardiomiogenic stimulation and VEGF molecule on the differentiation of rat bone marrow derived mesenchymal stem cells with changes in Notch and Hedgehog signaling pathways.METHOD: At the end of the detergent application, the cells were removed from the heart tissue and a decellularized cardiac extracellular matrix was obtained. In this view, three dimensional scaffold was achieved for the mesenchymal stem cells, which will form the tissues and organs, and which will enter the differentiation process. It was proven that the cells and the cell debris were completely removed from the cardiac extracellular matrix as histochemical, immunofluorescent and molecular experiment. Rat bone marrow-derived mesenchymal stem cells were seeded and provided to proliferate onto decellularized extracellular matrix. Cells reseeded on a decellularized extracellular heart matrix were cultured in a standard medium to investigate the effects of matrix-induced physical stimulation and cultured with cardiomyogenic differentiation supplements containing medium to observe the effect of chemical stimulation for cardiomyogenic differentiation mechanism. Cardiomiogenic differentiation of cells in the decellularized scaffold was determined by cardiomyocyte cells, Notch and Hedgehog signaling pathways specific markers. This finding was gained by real time PCR at the gene expression level and by histochemical and immunofluorescent staining at the protein level. The data obtained from 3-dimensional decellularized extracellular matrix was compared with the cells cultured in 2-dimensional in standard and cardiomiogenic differentiation medium. Thus, the efficiency of the differentiation method on the decellularized heart matrix has been examined.RESULTS: Results obtained from investigations have shown that heart decellularization can be performed effectively and successfully. It has been observed that the cells reseeded onto the heart extracellular matrix can maintain their viability and continue to proliferation of their. Cells undergoing cardiomyogenic differentiation onto a 3-dimensional extracellular matrix were found to induce gene expression at a higher level than cells cultured in 2-dimensional.CONCLUSIONS: It has been shown that cells of the heart were completely removed from the extracellular matrix. It has been shown that after recellularization of the decellularized cardiac extracellular matrix with rat bone marrow derived mesenchymal stem cells, the cells retained their viability and continued to proliferate. It has also been observed that a similar structure to that of the myocardial layer is obtained by chemical stimulation from cardiomyogenic differentiation supplements and physical stimulation from decellularized cardiac extracellular matrix. 113

Meme kanseri kompleks kanser türü olup, dünya üzerinde kadınlarda görülme sıklığına göre birinci, kansere bağlı ölümler arasında ikinci sıradadır. Meme kanseri klinik özelliklerine, eksprese edilen tümör markerlarına ve histolojik tipine göre alt tiplere ayrılan heterojen bir hastalıktır. Duktal ve lobular karsinomalar en yaygın histolojik tiplerini oluşturmaktadır. Her alt tipin farklı prognozu ve tedaviye yanıtı vardır. Meme kanserinin oluşumunda birçok risk faktörü tanımlanmıştır. Mutasyonlar meme kanseri oluşumunda önemli rol oynamaktadır. PI3K/Akt/mTOR yolağının mutasyonlara bağlı anormal aktivasyonu meme kanserinde sık gözlenmektedir. Bu yolağın inhibisyonunun meme kanseri gelişimini önlemeye yardımcı olduğu yapılan çalışmalarda bildirilmiştir. Meme kanserlerinin tedavisinde cerrahi müdahale, kemoterapi ve radyoterapi uygulamaları sonucu başarı elde edilmekle birlikte genellikle tedavilere karşı direnç gelişimi ya da nüks görülmektedir. Kök hücreler terapi direnci ve nüksten sorumlu olan, kanser kitlesini yeniden oluşturma potansiyeline sahip hücrelerdir. Bu nedenle güncel araştırmalar tümör kitlesini oluşturan hücrelerin yanısıra kanser kök hücrelerinin de elimine edilmesini sağlayacak mekanizmaların aydınlatılmasına odaklanmıştır. Bu doğrultuda tez kapsamında, PI3K/Akt/mTOR inhibitörü PKI-402'nin farklı meme kanseri alt tiplerindeki ve meme kanseri kök hücrelerindeki sitotoksik, apoptotik etkinliği normal hücrelerle kıyaslanarak araştırılmıştır. Bu amaçla Sitoksisite, Apoptoz, γ-H2AX deneyi, Klonojenik sağkalım deneyi ve Fosforilasyon deneyi gerçekleştirilmiştir. Çalışmalar sonucunda, 48.saatte MCF-7 hücre hattında 109 nM, MDA-MB-231 hücre hattında 2.44 µM, BCSC hücre hattı için 5.941 µM ve MCF-10A hücre hattı için 142 nM IC50 dozuyla bu hücreler için PKI-402 sitotoksik bulunmuştur. İleri deneylere bu dozlarla devam edilmiş ve bu IC50 dozunun radyasyonla kombine edildiğinde MCF-7, BCSC ve MCF-10A hücre hatlarında apoptozu indüklediği, MDA-MB-231 hücre hattında apoptotik etki göstermediği bulunmuştur. γ-H2AX deneyi sonucunda ise MCF-7, MDA-MB -231 hücre hatlarında kontrole kıyasta ve gruplar arasında (İyonize radyasyon (IR) ve PKI-402+ İyonize radyasyon (IR)) anlamlı çift kırık yüzdesi gözlemlenmiştir. MCF-10A ve BCSC hücre hatlarındaki çift kırık yüzdesi ise anlamlı olarak değerlendirilmemiştir. Uygulamalardan sonraki sağ kalım kapasitesi klonojenik analizle değerlendirilmiştir. MCF-7 ve BCSC hücre hatlarında sağkalım yüzdesinde IR ve PKI-402+IR grupları arasında ve kontrole kıyasta anlamlı bir değişim gözlemlenmiştir. Fosforilasyon deneyi sonucunda, MCF-7, MDA-MB-231 ve BCSC hücre hatlarında PI3K/Akt/mTOR yolağının baskılanmasının göstergesi olan önemli 16 proteinden bazılarının baskılandığı gözlemlenirken, normal meme epiteli hücre hattı MCF-10A'da sadece 4E-BP1 (Thr37/46) fosforillenmesinin baskılandığı gözlemlenmiştir. Tüm bu sonuçlara dayanarak, PKI-402'nin Radyasyona duyarlılığı arttırdığını düşünmekle birlikte, ileri deneylerde bunun teyit edilmesi gerektiğini düşünmekteyiz., Breast cancer is a complex type of cancer and is ranked first among women worldwide and second among cancer-related deaths worldwide. Breast cancer is a heterogeneous disease that is divided into subtypes according to clinical features, exposed tumor markers and histological type. Ductal and lobular carcinomas are the most common histological types. Each subtype has a different prognosis and treatment response. Many risk factors have been identified in the formation of breast cancer. Mutations play an important role in the development of breast cancer. The abnormal activation of the PI3K/Akt/mTOR pathway due to mutations is frequently observed in breast cancer. Studies have shown that inhibition of this pathway helps prevent breast cancer development. Surgical intervention, chemotherapy and radiotherapy in breast cancer treatments are usually successful, but resistance to treatment or recurrence is usually seen. Stem cells are potentially responsible for the resistance and reccurence, cells that have potency regenerating cancer cell bulk. For this reason, current research has focused on the elucidation of the mechanisms by which cancer cells, as well as cancer stem cells, are eliminated. In this thesis, the cytotoxic, apoptotic activity of PI3K/Akt/mTOR inhibitor PKI-402 was investigated in different breast cancer subtypes and breast cancer stem cells in comparison with normal cells. For this purpose, cytoxicity, apoptosis, γ-H2AX assay, clonogenic survival assay and phosphorylation assay were performed. PKI-402 cytotoxicity was found for these cells at a dose of 109 nM in the MCF-7 cell line, 2.44 μM in the MDA-MB-231 cell line, 5.941 μM in the BCSC cell line and 142 nM in the MCF-10A cell line at 48 hours. Advanced experiments were continued with these doses and it was found that when this IC50 dose was combined with radiation, apoptosis was induced in the MCF-7, BCSC and MCF-10A cell lines and not in the MDA-MB-231 cell line. As a result of the γ-H2AX , MCF-7, MDA-MB-231 cell lines showed a significant percentage of γ-H2AX between controls and between groups (IR and PKI-402 + IR). The percentage of -H2AX in the MCF-10A and BCSC cell lines was not significantly assessed. The survival capacity after the treatments was assessed by clonogenic assay. A significant change in survival percentages difference between MCF-7 and BCSC cell lines was observed between IR and PKI-402 + IR groups and control. As a result of the phosphorylation assay, it was observed that some of the important 16 proteins repressing the PI3K/Akt/mTOR pathway inhibition in MCF-7, MDA-MB-231 and BCSC cell lines were observed to suppress the phosphorylation of only 4E-BP1(Thr37/46) in normal mammary epithelial cell line MCF-10A . Based on all these results, we think PKI-402 should be confirmed in further experiments, considering that it enhances radiation sensitivity. Key Words: Breast Cancer, PI3K/Akt/mTOR pathway, PKI-402, Radiosensitivity

Giriş: Prostat karsinomu, erkek cinsiyette en sık izlenen kanser olup mortaliteaçısından ikinci sırada yer almaktadır. Etyolojisinde ailesel, hormonal ve çevreselfaktörleri içeren pek çok risk faktörü olduğu düşünülmektedir.Prostat karsinomunda prognozun belirlenmesi için Gleason skor, tümör hacmi,lenfovasküler invazyon, kapsül dışına yayılım, cerrahi sınır pozitifliği, seminalvezikül invazyonu gibi parametreler değerlendirilir. Bu çalışmada PanRas veSTAT3'ün prostat karsinomu ve benign prostat hiperplazi tanısı almış hastalardaekspresyonuna ve prognostik açıdan önemi olup olmadığı değerlendirilmiştir.Materyal ve metot: Çalışmada 2013-2017 yılları arasında 34 radikal prostatektomi,39 prostat tru-cut iğne biyopsisi sonrası tanı almış toplam 73 prostat karsinomu, 80benign prostat hiperplazi tanılı hasta retrospektif olarak incelenmiştir. Prognostikparametreler sadece radikal prostatektomi yapılan hastalarda değerlendirilmiştir.Bulgular: Prostat adenokarsinomu ve PanRas arasında anlamlı ilişki bulunmuştur.STAT3 ile ise anlamlı bir ilişki bulunamamıştır. Prognostik parametrelerden olancerrahi sınır pozitifliği ile PanRas ekspresyonu arasında anlamlı ilişki bulunmuş,diğer parametrelerle anlamlı ilişki bulunamamıştır.Sonuç: Bu bulgular ışığında prostat karsinomlu hastalarda PanRas ekspresyonuizlenebileceği görülmüştür. PanRas ekspresyonunun kötü prognostik bir parametreolabileceği düşünülmüştür. Objective: Prostate carcinoma is the most common cancer in male gender and is thesecond leading cause of mortality. It is thought that there are many risk factors in it'setiology including familial, hormonal and environmental factors.Parameters such as Gleason score, tumor volume, lymphovascular invasion,extracapsular extension, surgical border positivity, seminal vesicle invasion areexamined for prognosis in prostate carcinoma. This study examined the expressionand prognostic significance of PanRas and STAT3 in patients with prostatecarcinoma and benign prostatic hyperplasia.Material and methods: A total of 73 prostate carcinomas and 80 benign prostatichyperplasia cases were studied retrospectively (34 radical prostatectomies, 39prostate needle biopsy) diagnosed cases between 2013-2017. Prognostic parameterswere only assessed in patients undergoing radical prostatectomy.Findings: PanRas expression was found to be significant in cases with prostateadenocarcinoma. There was no significant relationship with STAT3. Among theprognostic parameters, PanRas expression of patients with tumors at the surgicalmargin was found to be significant, no relationship was found with other parameters. 115

Amaç: Mantarlar çok eski zamanlardan günümüze dek özellikle Orta Asya ülkelerinde çeşitli hastalıkların tedavisi için kullanılmaktadır. Günümüzde mantarlardaki bu tedaviyi sağlayan bileşenlerin birçoğu tespit edilmiş olup pek çok ilacın yapımında aktif olarak kullanılmaya başlanmıştır. Bunlardan biri olan β-glukanlar, günümüzde immün sistemi güçlendirmekten, kolesterolün düşürülmesine veya çeşitli tümörlerin azaltılmasını hedefleyen tedavi yöntemlerinde kullanılmaktadır. Bu çalışmada P.ostreatus'dan izole edilen β(1,3)-(1,6)-glukanların iKİ-MKH'lerin osteojenik farklılaşma üzerindeki etkilerinin ve bu süreçte MAPK sinyal yolağının rolünün incelenmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Bu çalışmada, ülkemiz florasında doğal olarak yetişen P.ostreatus'un hücre duvarı elemanlarından olan β-(1,3)-(1,6) zincir yapısına sahip olan glukanlar sıcak sodyum hidroksit yöntemi ile izole edilmiştir. iKİ-MKH'ler ile etkileşim kurabilmelerini sağlamak için izole edilen glukanlarla kültür kaplarının yüzeyleri kaplanmıştır. iKİ-MKH'ler bu yüzeyler üzerine ekilerek kültürü yapılmıştır. β-glukanların MKH'lerin osteojenik farklılaşması üzerindeki etkisi 21 gün süren osteojenik farklılaştırma sonrasında gen ifadesi analizi, alkalen fosfataz aktivitesi ölçümü ve histolojik boyamalar ile ortaya konmuştur. β-glukanların iKİ-MKH'lerin osteojenik farklılaşmalarını MAPK sinyal yolağı üzerinden desteklediğini anlayabilmek için p38α ve MKK/MEK proteinleri inhibe edilmiştir. Yapılan inhibisyonların sonucunda hücrelerde meydana gelen değişimler gen ifadesi analizi ve immün floresan boyamalar ile ortaya koyulmuştur.Bulgular: β-glukan kaplı yüzeylere ekilerek farklılaştırmaya yönlendirilen hücrelerde osteojenik farklılaşma belirteçlerinden olan OPN'in 252,5±7,6 kat, cFos, Runx2 ve BMP2 gibi genlerin ise yaklaşık 500 kat artış gösterdiği gözlemlenmiştir. Aynı hücrelerde MAPK sinyal yolağına ait proteinlerden olan MEK1'in 4255,2±170,2 kat, p38α'nın 528,2±19,5 kat, ERK1'in 63,6±2,7 kat ve Jnk'nın da 51,9±2,1 kat artmış olduğu gözlemlenmiştir. Bununla beraber β-glukan kaplı yüzeylere ekilen hücreler, p38α inhibisyonu yapılarak osteojenik farklılaşmaya alındığında hem osteojenik farklılaşma belirteçlerininin gen ifadesinde hem de MAPK sinyal yolağı elemanlarının gen ifadesinde anlamlı (p

Asit duyarlı iyon kanalları (ASIC); proton kapılı, voltajdan bağımsız, merkezi sinir sistemi ve periferik sinir sisteminde yaygın olarak bulunan hidrojen iyonuna duyarlı iyon kanallarıdır. Bu tez çalışmasında ASIC'lerin kohlear çekirdek nöronlarının uyarılabilirliğini etkileyerek, işitme sinyallerinin işlenmesinde önemli rol alacağı hipotezinin test edilmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada albino BALB/c ırkı fareler kullanılarak, kohlear çekirdek dokusunda Real time-polimeraz zincir reaksiyon tekniğiyle ASIC gen ekspresyonları mRNA düzeyinde ve kohlear çekirdekteki yıldız ve çalı hücrelerinin ASIC akımları yama kenetleme (patch clamp) tekniği ile karakterize edildi.Real-time PZR analizi ile 16 günlük, 75 günlük ve 2 yaşındaki fare kohlear çekirdek dokularında ASIC1, ASIC2 ve ASIC3 genlerinin ifadesi gösterildi. Voltaj kenetleme çalışmalarında kohlear çekirdek nöronlarına, asidik solüsyon uygulanmasıyla içe doğru (inward) akımlar oluştu. Kaydedilen ASIC akımlarının yarı aktivasyon pH değeri (pH50) yıldız hücreleri için 5,84, çalı hücreleri için 5,81 olarak bulundu. ASIC blokeri amilorid bu akımları doza bağımlı olarak inhibe etti. Amiloridin yarı maksimum inhibisyon değeri (IC50) yıldız hücrelerinde 32,5± 0,4 µM (n=30), çalı hücrelerinde ise 32,1 ± 0,2 µM (n=12) olarak bulundu. Sodyum içermeyen solüsyonda düşük pH ile indüklenen ASIC akımı büyük oranda azaldı (%87,5, p0.05 n= 13). Bu da ASIC3 kanallarının bulunmadığını göstermektedir. Akım kenetleme çalışmalarında ise asidik solüsyon uygulanmasının kohlear çekirdek yıldız ve çalı nöronlarında depolarizasyona neden olduğu belirlendi. Sonuç olarak elde edilen veriler kohlear çekirdek hücrelerindeki ASIC akımının ASIC1a ve ASIC2a kanalları tarafından taşındığını göstermektedir. ASIC kanallarının merkezi işitsel sistemdeki nöronların uyarılabilirliklerini etkilediğini ve dolayısıyla bunların işitsel bilgiyi işlemede rolünün olabileceğini ve /veya patolojik süreçlerde olası rolü bulunacağına işaret etmektedir. Acid sensing ion channels (ASICs) are voltage–independent and proton–gated channels commonly found in the both central and peripheral nervous systems. In this study, it was aimed to test the hypothesis that whether ASICs could have important roles in processing of auditory signals by affecting excitability of cells in the cochlear nucleus. In this study, ASIC gene expressions in the cochlear nuclei of albino BALB/mice were determined in terms of mRNA levels by using real time polymerase chain reaction and ASIC currents in stellate and bushy cells were characterized by using path clamp technique. ASIC1, ASIC2 and ASIC3 gene expressions were detected in 16 day-old, 75 day-old and 2 year-old mice. In the voltage-clamp experiments, inward currents were recorded upon application of acidic solution to the cochlear nucleus cells, whose half–maximum activation pH values (pH50) were 5,84 and 5,81 for stellate and bushy cells respectively. Amiloride, which is ASICs blockers, inhibited the acid induced-currents in a dose–dependent manner. Half–maximal inhibition concentration (IC50) of amiloride was 32,5 ± 0,4 µM (n=30) for stellates and 32,1 ± 0,2 µM (n=12) for bushy cells. ASIC current was significantly depressed (%87,5, p0.05 n= 13), which indicates that there are no ASIC3 channels. In current–clamp experiments, application of acidic extracellular solution resulted in depolarization of stellate and bushy cells of the cochlear nucleus.The results shows that the ASIC currents in the cochlear nucleus cells is carried by the ASIC1a and ASIC2a channels. ASIC channels affects excitability of the stellate and bushy cells and therefore they likely to have a role in processing of auditory information and / or pathological processes in the central auditory system. 99

Amaç: Önceki çalışmalar karaciğer (KC) ılık iskemi reperfüzyon (IR) hasarından sonra nötral sfingomyelinaz (N-SMase)/seramid yolağının hepatik dokuda aktive olduğunu göstermiştir. Fazla miktarda seramid birikiminin apoptotik stimulus oluşturduğu bilinmekte ve hepatik IR hasarından sonra apoptozis ve endoplazmik retikulum (ER) stresi arasında bağlantı kurulmaktadır. Bu sebeplerden dolayı mevcut çalışmada sıçan KC IR modelinde N-SMase inhibisyonunun ER stresi ve apoptotik biyobelirteçler üzerindeki etkisi incelenmiştir.Yöntem: Selektif N-SMase inhibitörü intraperitoneal enjeksiyonlar ile verildi. Karaciğer IR hasarı orta ve sol lateral hepatik loblara giden kan damarlarının 60 dakika klampe edilmesi ve sonrasında 60 dakika reperfüzyon ile sağlandı. Karaciğer dokusundaki sfingomyelin ve seramid düzeyleri optimize çoklu reaksiyon izleme (MRM) metoduyla ultrahızlı sıvı kromatografi ve tandem kütle spektrometri (MS/MS) ile ölçüldü.. Gen ekspresyon düzeyleri gerçek zamanlı revers transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile belirlendi.Bulgular: Tüm IR gruplarında sfingomyelin düzeyleri kontrollere göre anlamlı bir artış gösterdi. Spesifik N-SMase inhibitörüyle tedavi IR gruplarında ölçülen seramid düzeylerini anlamlı olarak azalttı. İskemi reperfüzyon hasarında ER stresi biyobelirteci olan C/EBP-homolog protein (CHOP) ve 78 kDa glukoz-regüle protein (GRP78) düzeyleri anlamlı olarak arttı. Karaciğer IR hasarında N-SMase inhibisyonu ER stresi biyobelirteçlerinde anlamlı bir etki göstermedi. İskemi reperfüzyon hasarında N-SMase inhibisyonu phospho NF-kB seviyelerinde, heptatik TUNEL boyanmasında, sitozolik sitokrom c, kaspaz-3, -8 ve -9 aktivitelerinde anlamlı bir azalma sağladı.Sonuç: Elde edilen bulgular KC IR hasarında seramid artışının apoptotik hücre ölümüne sebebiyet verdiğini doğruladı. Mevcut modelde N-SMase inhibisyonunun koruyucu etkisi apoptotik uyarıyı azaltmak suretiyle oluştu. Çalışmanın sonuçları KC IR hasarının önlenmesinde N-SMase inhibitörlerinin kullanılmasını destekler.Anahtar Kelimeler: Karaciğer; iskemi–reperfüzyon hasarı; seramid; nötral sfingomyelinaz. Objective: Previous studies have revealed the activation of neutral sphingomyelinase (N-SMase)/ceramide pathway in hepatic tissue following warm liver ischemia reperfusion (IR) injury. Excessive ceramide accumulation is known to potentiate apoptotic stimuli and a link between apoptosis and endoplasmic reticulum (ER) stress has been established in hepatic IR injury. Thus, this study determined the role of selective N-SMase inhibition on ER stress and apoptotic markers in a rat model of liver IR injury.Methods: Selective N-SMase inhibitor was administered via intraperitoneal injections. Liver IR injury was created by clamping blood vessels supplying the median and left lateral hepatic lobes for 60 min, followed by 60 min reperfusion. Levels of sphingmyelin and ceramide in liver tissue were determined by an optimized multiple reactions monitoring (MRM) method using ultrafast-liquid chromatography (UFLC) coupled with tandem mass spectrometry (MS/MS). Gene expression levels were determined by real-time reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR).Results: Spingomyelin levels were significantly increased in all IR groups compared with controls. Treatment with a specific N-SMase inhibitor significantly decreased all measured ceramides in IR injury. A significant increase was observed in ER stress markers C/EBP-homologous protein (CHOP) and 78 kDa glucose-regulated protein (GRP78) in IR injury, which was not significantly altered by N-SMase inhibition. Inhibition of N-SMase caused a significant reduction in phospho NF-kB levels, hepatic TUNEL staining, cytosolic cytochrome c, and caspase-3, -8, and -9 activities which were significantly increased in IR injury. Conclusion: Data herein confirm the role of ceramide in increased apoptotic cell death and highlight the protective effect of N-SMase inhibition in downregulation of apoptotic stimuli responses occurring in hepatic IR injury. Key words: Liver; ischemia–reperfusion injury; ceramide; neutral sphingomyelinase. 50

HASTANEMİZ ÇOCUK NÖROLOJİ HASTALARINDA UYGULANAN ELEKTRONÖROMYOGRAFİ SONUÇLARI İSTATİSTİKSEL OLARAK DEĞERLENDİRİLEREK MOTOR VE DUYU SİNİRLERİNİN ENMG NORMAL DEĞER ARALIKLARININ BELİRLENMESİElektronöromyografi (ENMG) fonksiyonel anormallikleri ortaya koymakta ve yapısal anormalliklerin fonksiyonel kayba yol açıp açmadığını belirlemede kullanılan bir testtir. Bu konuda, çocuk hastaların verileri erişkin verilerine göre, henüz tam aydınlatılmış değildir. Daha önceki çalışmalarda verileri etkileyecek ısı, yaş, boy parametreleri ile aynı zamanda etnik köken ve dermografik değişiklikler de gösterilmiştir. Bu nedenle, daha aydınlatıcı ve kolay değerlendirme sağlanabilmesi için her hastanenin kendi alt ve üst sınırlarını belirlenmesi gerekmektedir. Bu konuda 2009-2016 yılları arasında ENMG çekilmiş hastaların sağlam taraf verileri kullanılarak yaptığımız 249 hastaya ait sağ ve sol extremite verilerden oluşan çalışmada, duyu ve motor sinirler için distal latans, amplitüd, hız verilerinin minimum, maximum ve median değerlerini saptadık. Çalışmadaki hastaların verilerinin 252 'si kız (%50.8), 244 'ü erkek (%49.2) 'ten oluşmaktadır. Bu sinirlerden mevcut veriler yaş grupları olarak 0-3 ay, 3-6 ay, 6-12 ay, 12-24 ay, 24-48 ay, 48-72 ay, 72-120 ay, 120-168 ay, 168-216 ay şeklinde gruplandırıldı. Duyusal sinir sonuçlarında, yaş ile median distal latans, amplitüd ve hız arasında pozitif korelasyon saptandı. Yaş ile duyusal ulnar sinirin distal latans, amplitüd ve hızı arasında pozitif korelasyon, aynı zamanda yaş ile radial distal latans ve hız arasında pozitif korelasyon saptandı. Motor sinir sonuçlarında ise: yaş ile median amplitüd ve hız arasında pozitif korelasyon saptandı. Yaş arttıkça motor radial sinir distal latans ve tibial latansın da artarak pozitif korelasyon gösterdiği görüldü.Aynı zamanda literatürle uyumlu olarak, çocuklarda duyusal sinir iletim hızının erişkin değerlerine ulaşması 4 yaş civarını bulduğu görülmüştür. Çalışmamız, her bölümün kendi sınır değerlerini yansıtan daha çok sayıda verileri içeren ENMG çalışmalarına gereksinim olduğunu düşündürmüştür.Anahtar sözcükler: ENMG, çocuk. STATISTICAL EVALUATION OF ELECTRONEUROMYOGRAPHY RESULTS FROM CHILD PATIENTS AND DETERMINATION OF NORMAL ENMG RANGES FOR MOTOR AND SENSORY NERVESElectroneuromyography (ENMG) is a test to reveal functional anomalies and determine whether structural anomalies lead to functional loss. The data of child patients are not yet fully established in comparison to adult patients. In the previous studies, factors such as temperature, age, height parameters which affect the data have been presented along with ethnicity and dermographic variations. For this reason, it is necessary for each hospital to determine its own upper and lower limits in order to provide more informative and easy evaluation. In this study we have detected the minimum, maximum and median values of distal latency, amplitudes, and velocity data for sensory and motor nerves in a study of 249 patients using normal data of ENMG patients between 2009 and 2016. 252 of the data attained during the study were from female patients (50.8%) and 244 were from male patients (49.2%). The data from these nerves are clustered within age groups of 0-3 months, 3-6 months, 6-12 months, 12-24 months, 24-48 months, 48-72 months, 72-120 months, 120-168 months, 168-216 month. Sensory nerve results showed a positive correlation between age and median distal latency, amplitudes, and velocity. There was a positive correlation between age and distal latency, amplitudes and velocity of sensory ulnar nerve, and a positive correlation between age and radial distal latency and velocity at the same time. A positive correlation was found between age and median amplitudes and speeds in motor nerve results. As age increases, motor radial nerve distal latency and tibial latency also increases, showing a positive correlation. In accordance with the literature, it has been found that the rate of sensory neurotransmission in children reaches adult values around the age of 4. Our study suggests that each department needs ENMG studies involving a larger number of data to reflect their own limit values.Key words: ENMG, children. 57