Search

Objective: Previous studies have demonstrated a higher incidence of ulcerative colitis in non-smokers. We investigated the beneficial effects of nicotine treatment on colitis-induced anxiety and oxidative colonic damage on rats.Materials and Methods: Wistar Albino (250-300 g) rats (n=40) were randomly divided into 5 groups as saline-treated colitis group, nicotine pre-treated colitis group, nicotine post-treated colitis group, continuously nicotine-treated colitis group and control group. Groups received intraperitoneal injections of saline or nicotine (0.1 mg/kg/day) for 15 days prior to and for 3 days following the colitis induction. Malondialdehyde (MDA) and glutathione (GSH) levels, myeloperoxidase (MPO), superoxide dismutase (SOD) and catalase (CAT) activities, histological evaluation and DNA fragmentation were studied in colonic samples. Anxiety levels were evaluated with the hole-board test. Results were evaluated using ANOVA and Mann-Whitney-U tests. Results: The saline-treated colitis group had increased MPO and MDA levels, DNA fragmentation and histological damage scores when compared with the control group. In the nicotinetreated groups MPO and MDA levels and DNA fragmentation were reduced, with lower histologic damage scores. Reduced SOD, CAT and GSH levels were also increased in nicotine-treated groups. Conclusion: This study demonstrates antioxidant effects of nicotine treatment in the acetic acid-induced colitis model including an increased antioxidant capacity, reduced migration of neutrophils to the inflamed colon and a reduction of membrane damage., Amaç: Epidemiyolojik çalışmalar ülseratif kolitin sigara kullanmayanlarda daha sık görüldüğünü bildirmektedir. Bu çalışmada kolitle oluşan oksidan hasar ve anksiyete üzerine nikotin ön tedavisinin ve/veya kolit sonrası tedavinin olası yararlı etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Wistar Albino (250-300 g) sıçanlar (n=40), serum fizyolojik (SF) verilen, ön-tedavili, tedavili ve ön-tedavi+ tedavili kolit grubu ve kontrol grubu olmak üzere beşe ayrıldı. Kolit öncesi 15 gün ve kolit sonrasında 3 gün sıçanlara intraperitoneal SF ya da nikotin (0,1 mg/kg/gün) uygulandı. Kolon örneklerinde oksidan hasarı belirlemek için malondialdehid (MDA), miyeloperoksidaz (MPO) aktivitesi, glutatyon (GSH), süperoksit dismutaz (SOD), katalaz ve DNA fragmantasyonu ölçümleri ile histolojik skorlama yapıldı. Delikli kutu testi ile anksiyete seviyeleri belirlendi. Sonuçlar ANOVA ve Mann Whitney U testi ile analiz edildi. Bulgular: Kolitte artan anksiyetenin nikotin ile değişmediği gözlendi. SF verilen kolit grubunda kolon MPO ve MDA düzeyleri ile DNA fragmantasyonunun ve hasar skorunun kontrol grubuna kıyasla arttığı, nikotin verilen tüm kolit gruplarında ise bu hasar göstergelerinin anlamlı şekilde düştüğü gözlendi. Histolojik doku hasarı skorunun nikotin uygulanan kolit grubunda daha az olduğu gözlendi. SOD, katalaz ve GSH düzeylerindeki azalmanın nikotin tedavisiyle anlamlı şekilde arttığı gözlendi. Sonuç: Çalışmada asetik asitle oluşturulan kolit modelinde, nikotin tedavisinin doku antioksidan kapasitesini arttırarak, inflamasyon sonucu nötrofil göçünü ve membran hasarını azaltarak antioksidan etki oluşturduğu gösterildi.

İnsulin benzeri büyüme faktörü (İGF-)-bağlayan protein-5 (İGFBP5), meme kanserinde hücre farklılaşması, metastaz, apoptoz, hücre büyümesi gibi biyolojik süreçlerde önemli fonksiyonlara sahip bir büyüme faktörüdür. DNA metilasyonu gibi epigenetik mekanizmalar gen ekspreyonu regülasyonunda önemli rol oynamaktadırlar. Bu çalışmanın amacı insan meme kanseri ve onların sağlıklı dokularında İGFBP5 geni promotor ve ekzon-1 bölgelerinin metilasyon düzeyini belirlemek ve bunun İGFBP5 ekspresyonuna etkisini ortaya çıkarmaktır. Çalışma 35 meme kanseri hastasından alınan 70 örnek (tümör ve komşu sağlıklı dokular) ile gerçekleştirildi. DNA metilasyon durumlarını ortaya çıkarmak için metilasyon spesifik PZR (MSP), metilasyonun ekspresyon üzerine etkisini belirlemek için ise gerçek zamanlı PZR (real time-PCR) tercih edildi. IGFBP5 ekspresyon analizi yapılan 14 örnekten üçünde DNA metilasyonu ile mRNA ekspresyonu arasında bir ilişki saptanmıştır. Bu örneklerden ilkinde kanserli dokuda promotor bölgesinin ve ikinci örnekte ekzon bölgesinin metilasyonunun azalması, sağlıklı dokuya oranla gen ekspresyonunu arttırmış, üçüncü örnekte ise yine kanserli dokuda artan ekzon metilasyonu mRNA ekspresyonunun azalmasına sebep olmuştur. Araştırılan 35 örneğin 11’nde kanserli ve sağlıklı doku arasında promotor ve ekzon bölge metilasyon kalıplarının farklı olduğu, diğerlerinde ise sağlıklı doku ve kanserli dokunun nerdeyse aynı metilasyon kalıbına sahip olduğu görülmüştür. İGFBP5 geni hem kanserli hem de sağlıklı dokuda ekzon bölgesi için çoğunlukla metillenmemiş, promotor bölgesi için çoğunlukla metile bantlar vermiştir. Elde edilen veriler ışığında İGFBP5 geni exon-1 ve promotor bölge metilasyon kalıplarının gen expresyonu üzerine etkili olduğu düşünülmektedir. İGFBP5 geni ekspresyon analiz çalışmaları devam etmektedir.

1. ÖZET Tromboz yatkınlığı, kalıtımla ya da sonradan edinilen etkenlere bağlı olarak gelişen bir bozukluktur. Edinsel etkenlere maruz kalmanın önlenebilirliği ve patofizyolojinin açıklanmasında, çoğu zaman, tek bir grup etkenin yeterli olmaması, özellikle kalıtsal tromboz yatkınlığı ile araştırmaların ön plana çıkmasına neden olmuştur. Gebeliğe bağlı, nedeni açıklanamayan hipertansiyon, preeklampsi, eklampsi, intrauterin gelişme geriliği, intrauterin fötus ölümü, plasenta dekolmanı gibi gebelikle ilişkili komplikasyonlar, anne ve fotus ölüm nedenlerinin önemli bir bölümünü oluşturmaktadır. Bu komplikasyonların gelişiminde endotel işlev bozukluğu, vazokonstriksiyon, plasenta iskemisi ve pıhtılaşma artışının rol oynadığı, bu etkenlerin uterusla plasenta arasındaki dolaşımın yetmezliğine yol açtığı gösterilmiştir. Tromboza yol açan kalıtsal etkenlerden pıhtılaşma ve fibrin yıkım düzeneklerinde yer alan moleküllere ait kusurlar, gebelikle ilişkili bu bozukluklarda araştırılmaktadır. Bu çalışmada, tromboza yatkınlığı arttırdığı düşünülen kalıtsal etkenlerden, pıhtılaşma düzeneği içinde yer alan faktör V, metionin-homosistein döngüsünde görev yapan metilentetrahidrofolat redüktaz enzimi ve fibrin yıkımında düzenleyici görevi yapan plazminojen aktivatör inhibitörü-1 moleküllerine ilişkin kusurların, nedeni açıklanamayan komplikasyonlu ve sağlıklı gebelerdeki sıklığı, klinik ve demografik özelliklerle ilişkisi incelenmiştir. İlerleyen yıllarda, riskli gebeliklerin erken dönemlerinde, kalıtsal tromboz yatkınlığı etkenlerine yönelik koruyucu tedaviler uygulanmasının rutin hale gelebileceği öne sürülmektedir. Bu tip çalışmaların, bu konuya katkı yapması beklenmektedir. 2. SUMMARY The Incidence and Interpretation of Factor V A4070G, Methylenetetrahydrofolate Reductase A1298C, and Plasminogen Activator Inhibitor-1 4G/5G Mutation Rates In Women With Complicated Pregnancies of Unknown Etiology Thrombophilia is a disorder, developing due to acquired or heritable factors. The preventable feature of acquired factors and the inefficiency of solely a group of etiologic causes, raise the importance of reserach on heritable factors of thrombophilia. Pregnancy complications with an unknown cause like pregnancy-induced hypertension, pre-eclampsia / eclampsia, intrauterine foetal death, intrauterine growth retardation and abruptio placentae are the major causes of maternal and foetal morbidity and mortality. Endothelial dysfunction, vasoconstriction, plasental ischemia, and increased coagulation are shown to be associated with the development of these complications by leading to utero-placental insufficiency. The association of defects in coagulation and fibrinolysis are currently being investigated in pregnancy complications with an unknown cause. In this study, in women with healthy and complicated pregnancies, the incidence of the defects of factor V of the coagulation cascade, methylenetetrahydrofolate reductase enzyme in methionine-homocysteine cycle, and plasminogen activator inhibitor-1 in fibrinolysis regulation and their relation to the clinical findins have been analysed. Preventive measures against heritable thrombophilic causes can be applied in management of pregnancies under risk, in the future. Such studies are expected to have additive effect on the knowledge about the subject. 103

Amaç: Bu çalışmada, hücre-hücre iletişiminin temel komponentleri olan eksozomların kronik, sistemik ve inflamatuvar bir hastalık olan ankilozan spondilit (AS) patogenezindeki olası rolü ve bu eksozomların kökeni araştırılmıştır.Gereç ve Yöntem: 10 AS hastası ve 10 sağlıklı kontrolden elde edilen serum içerisindeki eksozomlar, önce fiziksel özelliklerinden yararlanılarak Izon qEV2/35 nm kolonları ile, ardından biyokimyasal özelliklerinden yararlanılarak CD9, CD63 ve CD81 antikorlarıyla kaplı 3 µm çapındaki manyetik boncuklar ile izole edilmiştir. Filtratın saflığını değerlendirmek için BCA ve ELISA testleri yapılmıştır. Eksozom varlığını doğrulamak, eksozomların kökenini ve sitokin profilini ortaya çıkarmak için flow sitometri analizi ile eksozom yüzey belirteçleri karakterize edilmiştir. Eksozom konsantrasyonu ile ilgili flow sitometri bulgusunu desteklemek amacıyla, eksozom konsantrasyonu ile AS arasındaki ilişki BCA yöntemi ile test edilmiş ve sonuçlar karşılaştırılmıştır.Bulgular: Flow sitometri analizinde, AS grubunun CD86+TSG101+ ve CD3+TSG101+ eksozom yüzdeleri kontrol grubuna göre anlamlı derecede yüksekti (p

1.ÖZETSpondiloartropati (SpA) hastalık grubunda yer alan Ankilozan spondilit (AS); başlıca enflamatuvar sırt ağrısı, asimetrik periferal oligoartrit, entezit ile tanımlanmış, diğer çok etkenli hastalıklar gibi, ortaya çıkışı genetik ve çevresel etkenlerle tetiklenen romatizmal otoimmün bir hastalıktır. Geçtiğimiz yıllar içinde insan ve diğer organizma genomlarının dizilenmesiyle varyasyonların incelenmesi, birçok hastalıkta olduğu gibi, AS hastalığının da genetik temelinin anlaşılması konusunda anlamlı mesafe kaydedilmesine imkan sağlamıştır.Genetik temelin yanı sıra epigenetik değişikliklerin de fizyolojik süreçlerde olduğu kadar, hastalık gelişiminde de önemli olduğu bilinmektedir. Epigenetik değişiklikler, DNA dizisindeki değişimlerle açıklanamayan gen ifadesindeki kalıtsal değişiklikler olarak tanımlanır. Başlıca epigenetik değişiklikler; DNA metillenmesi, histon ve kromatin yapı değişiklikleri ve kodlamayan RNA havuzundan oluşur. Yapılan çalışmalarda, epigenetik özellikleri etkileyen moleküllerin ifade edilmesinde ortaya çıkan değişikliklerin artirit gelişimi ve romatoid artiritin patogeneziyle ilişkisi olduğu rapor edilmiştir.Bu çalışmada AS tanısı almış diskordant monozigotik ikizler ile hastalığın radyolojik skorlamasına göre ağır ve hafif grup olarak klinikte tanımlanan iki gruba dahil edilmiş hastalarda epigenetik yapıyı düzenleyen (DNA metilaz, histon metilaz, kromatin şekillendiriciler gibi) genlerin ekspresyonları analiz edilmiştir. Analiz sonucunda NEK6, PRMT6, KDM6B, AURKA, CARM1, SETD1B, SETDB1, PRMT1, DNMT1, PRMT3, SETD7, MBD3, HDAC1, KDM4A, MLL, SUV420H1, NCOA3, KAT2B, SMYD3, RPS6KA5 genlerinin ekspresyonlarında görünen gruplar arası farklılık, anılan genlerin daha yüksek sayıda hasta gruplarında ekspresyon açısıdan incelenerek, doğrulanması gerektiğini ortaya koymuştur. Anahtar Kelimeler: Spondiloartropati , Ankilozan Spondilit, Epigenetik, Epigenetik Modifiye Edici1.SUMMARYAnkylosing spondylitis (AS), which is a member of multifactorial autoinflammatory Spondyloarthropathies, is defined by inflammatory dorsal pain, asymmetric peripheral oligoarthritis, enthesitis.The analysis of variations by DNA sequencing in human and other organisms has enabled a significant progress in understanding of the genetic basis of AS and many other diseases. Beside genetical basic, epigenetic changes are also considered as important tools for physiological processes and disease development. Major epigenetic changes can be classified as DNA methylation, histone modifications, chromatin remodelling and non-coding RNA effects. Studies so far are indicating that expression changes of molecules involved in epigenetic modifications might have a role in development of arthritis and pathogenesis of rheumatoid arthritis.In this study the expression of so called “epigenetic modifiers” like DNA methylase, histon methylase, chromatin remodeller complex has been analysed in a discordant monozygotic twin couple for AS and AS patients that have been classified as “fast progressing” and slow progressing according to radiographic scoring. The differential expression in NEK6, PRMT6, KDM6B, AURKA, CARM1, SETD1B, SETDB1, PRMT1, DNMT1, PRMT3, SETD7, MBD3, HDAC1, KDM4A, MLL, SUV420H1, NCOA3, KAT2B, SMYD3, RPS6KA5 genes should be validated in the same patient groups with larger number of subjects. Key Words: Spondyloarthropathy, Ankylosing Spondylitis, Epigenetic, Epigenetic Modifier

1.ÖZET: GADD45 gen ailesi hücrede DNA hasarına cevap oluşturulması ve hücre bölünmesinin durdurulması süreçlerinde etkili olan, nükleer proteinler GADD45α,β ve γ’ yı kodlar. Her üç GADD45 gen ailesi üyesi de MTK1 kinazı aktive ederek p38/c-jun-NH2-kinaz aktivasyonunu ve apoptozu indüklemektedir. Yapılan çalışmalarda GADD45γ’nın tümör hücrelerinin koloni oluşturmasını ve bölünmesini baskıladığı gösterilmiştir. Ayrıca birçok kanser türünde GADD45γ’nın metile durumda bulunduğu ve metilasyonun ekspresyonu baskıladığı gösterilmiştir. Yapılan çalışmanın amacı hematolojik malignitelerde GADD45γ promotorunun metilasyon durumunun belirlenmesi ve metilasyonun ekspresyona etkisinin saptanmasıdır. Bunun için hemotolojik malignite hücre soylarından ve 117 akut miyeloid lösemi (AML), 94 multipl miyelom (MM) teşhisi konmuş hastadan alınan kan ve kemik iliği örneklerinden DNA izolasyonu yapılmıştır. Bisülfit modifikasyonunun ardından örneklerle metilasyon spesifik polimeraz zincir reaksiyonu (MSP) yapılmıştır. Non-Hodgkin lenfoma hücre serileri L–428 ve L–1236, Burkitt lenfoma hücre serisi Raji hücrelerinde GADD45γ promotoru tamamiyle metillenmiş olduğu, AML hücre serileri GDM–1, HL–60, KG1a ve MM hücre serisi OPM–2 hücrelerinde ise kısmen metillenmiş olduğu görülmüştür. İncelenen AML hasta örneklerinde metilasyon saptanmazken 94 MM hasta örneğinden 8’inde metilasyon saptanmıştır. İstatistiksel hesaplamalar sonucunda metilasyon saptanan hastalarda ortalama kalsiyum düzeyinin metilasyon görülmeyenlere oranla daha yüksek olduğu görülmüştür. Ayrıca GADD45γ’nın metile durumda olduğu hastaların ortalama sağ kalım sürelerinin 13,7 ay, genin metillenmemiş olarak bulunduğu hastalarda ise bu sürenin 57,1 ay olduğu görülmüştür. Metilasyonun genin ekspresyonuna etkisinin belirlenmesi amacıyla hücre soyları DNA metiltransferaz (DNMT) inhibitörü DAC ile 96 saat boyunca inkübe edilmiş ve RT-PCR uygulanmıştır. GADD45γ promotorunun tamamiyle metillenmiş durumda bulunduğu L–1236 hücrelerinde DAC uygulaması sonrası genin ekspresyonunda değişiklik olmazken, Raji, L–428, HL–60, KG1a, OPM–2 hücrelerinde DAC uygulaması sonrası genin ekspresyonunda artış gözlemlenmiştir. Elde edilen bulgular hemotolojik malignitelerde GADD45γ geninin tümör tipine bağlı olarak epigenetik mekanizmalarla sessizleştirilebileceğini göstermiştir.Anahtar Kelimeler: GADD45 gen ailesi, GADD45 gamma, epigenetik, DNA metilasyonu, hematolojik malinite 1.SUMMARYEpigenetic dysregulation of GADD45 in hematologic malignanciesGADD45 gene family encodes the nuclear proteins, GADD45α, β and γ, which response to damage in DNA in a cell and stopping cell proliferation. It has been shown from the research conducted in recent years that GADD45γ suppresses the colony formation and proliferation of tumor cells.The purpose of this study is to determine the methylation state of GADD45γ promoter in hemotologic malignities and the effect of methylation on expression. Therefore, DNA isolation is performed on blood and bone marrow samples of 117 acute myeloid leukemia (AML), and 94 multiple myelom (MM) patients and hematologic malignency cell lines . After the bisulfide modification of DNA, methylation specific polymerase chain reaction (MSP) has been performed on the samples. It has been found that, in Hodgkin lymphoma cell lines L-428 and L-1236 and Burkitt lymphoma cell lines Raji, GADD45γ promoter was fully methylated. However in AML cell lines GDM-1, HL-60, KG1a and MM cell lines OPM-2 , GADD45γ promoter has been found to be partially methylated. No methylation was found in AML patient samples whereas 8 of of 94 MM patient samples show promoter methylation. The survival time of the patients with methylated GADD45γ is 13.7 months, whereas the survival time of the patients with unmethylated GADD45γ is 57.1 months. In order to understand the effect of methylation on the gene expression, the cell lines were treated with DNA methyltransferase inhibitor (DAC) for 96 hours and then real-time polymerase-chain reaction (RT-PCR) was performed. In L-1236 cells where GADD45γ promoter was fully methylated, there has been no change in gene expression after DAC treatment whereas in Raji, L-428, HL-60, KG1a and OPM-2 cells, an increase in gene expression has been observed after DAC treatment,. The findings of this study indicate that in hemotoligic malignancies, GADD45γ gene may be silenced in epigenetic mechanisms according to the type of tumor.Key Words: GADD45 gene family, GADD45 gamma, Epigenetic, DNA methylation, heamatological malignancy

GADD45 gen ailesi hücrede DNA hasarına cevap oluşturulması ve hücre bölünmesinin durdurulması süreçlerinde etkili olan, nükleer proteinler GADD45?,ß ve ?' yı kodlar. Her üç GADD45 gen ailesi üyesi de MTK1 kinazı aktive ederek p38/c-jun-NH2-kinaz aktivasyonunu ve apoptozu indüklemektedir. Yapılan çalışmalarda GADD45?'nın tümör hücrelerinin koloni oluşturmasını ve bölünmesini baskıladığı gösterilmiştir. Ayrıca birçok kanser türünde GADD45?'nın metile durumda bulunduğu ve metilasyonun ekspresyonu baskıladığı gösterilmiştir. Yapılan çalışmanın amacı hematolojik malignitelerde GADD45? promotorunun metilasyon durumunun belirlenmesi ve metilasyonun ekspresyona etkisinin saptanmasıdır. Bunun için hemotolojik malignite hücre soylarından ve 117 akut miyeloid lösemi (AML), 94 multipl miyelom (MM) teşhisi konmuş hastadan alınan kan ve kemik iliği örneklerinden DNA izolasyonu yapılmıştır. Bisülfit modifikasyonunun ardından örneklerle metilasyon spesifik polimeraz zincir reaksiyonu (MSP) yapılmıştır. Non-Hodgkin lenfoma hücre serileri L?428 ve L?1236, Burkitt lenfoma hücre serisi Raji hücrelerinde GADD45? promotoru tamamiyle metillenmiş olduğu, AML hücre serileri GDM?1, HL?60, KG1a ve MM hücre serisi OPM?2 hücrelerinde ise kısmen metillenmiş olduğu görülmüştür. İncelenen AML hasta örneklerinde metilasyon saptanmazken 94 MM hasta örneğinden 8'inde metilasyon saptanmıştır. İstatistiksel hesaplamalar sonucunda metilasyon saptanan hastalarda ortalama kalsiyum düzeyinin metilasyon görülmeyenlere oranla daha yüksek olduğu görülmüştür. Ayrıca GADD45?'nın metile durumda olduğu hastaların ortalama sağ kalım sürelerinin 13,7 ay, genin metillenmemiş olarak bulunduğu hastalarda ise bu sürenin 57,1 ay olduğu görülmüştür. Metilasyonun genin ekspresyonuna etkisinin belirlenmesi amacıyla hücre soyları DNA metiltransferaz (DNMT) inhibitörü DAC ile 96 saat boyunca inkübe edilmiş ve RT-PCR uygulanmıştır. GADD45? promotorunun tamamiyle metillenmiş durumda bulunduğu L?1236 hücrelerinde DAC uygulaması sonrası genin ekspresyonunda değişiklik olmazken, Raji, L?428, HL?60, KG1a, OPM?2 hücrelerinde DAC uygulaması sonrası genin ekspresyonunda artış gözlemlenmiştir. Elde edilen bulgular hemotolojik malignitelerde GADD45? geninin tümör tipine bağlı olarak epigenetik mekanizmalarla sessizleştirilebileceğini göstermiştir. GADD45 gene family encodes the nuclear proteins, GADD45?, ß and ?, which response to damage in DNA in a cell and stopping cell proliferation. It has been shown from the research conducted in recent years that GADD45? suppresses the colony formation and proliferation of tumor cells.The purpose of this study is to determine the methylation state of GADD45? promoter in hemotologic malignities and the effect of methylation on expression. Therefore, DNA isolation is performed on blood and bone marrow samples of 117 acute myeloid leukemia (AML), and 94 multiple myelom (MM) patients and hematologic malignency cell lines . After the bisulfide modification of DNA, methylation specific polymerase chain reaction (MSP) has been performed on the samples. It has been found that, in Hodgkin lymphoma cell lines L-428 and L-1236 and Burkitt lymphoma cell lines Raji, GADD45? promoter was fully methylated. However in AML cell lines GDM-1, HL-60, KG1a and MM cell lines OPM-2 , GADD45? promoter has been found to be partially methylated. No methylation was found in AML patient samples whereas 8 of of 94 MM patient samples show promoter methylation. The survival time of the patients with methylated GADD45? is 13.7 months, whereas the survival time of the patients with unmethylated GADD45? is 57.1 months. In order to understand the effect of methylation on the gene expression, the cell lines were treated with DNA methyltransferase inhibitor (DAC) for 96 hours and then real-time polymerase-chain reaction (RT-PCR) was performed. In L-1236 cells where GADD45? promoter was fully methylated, there has been no change in gene expression after DAC treatment whereas in Raji, L-428, HL-60, KG1a and OPM-2 cells, an increase in gene expression has been observed after DAC treatment,. The findings of this study indicate that in hemotoligic malignancies, GADD45? gene may be silenced in epigenetic mechanisms according to the type of tumor. 59