" El mezcal es un destilado tradicional mexicano que se elabora a partir de diferentes especies de agave. En el estado de Oaxaca la especie de agave más utilizada es el Agave angustifolia. Para la elaboración del mezcal se llevan a cabo 4 etapas principales que son: la cocción, la molienda, la fermentación y la destilación. La etapa de fermentación es la más importante, ya que por acción de los microorganismos, principalmente levaduras, se produce el etanol y otros compuestos que caracterizan al mezcal. La información publicada sobre la búsqueda e identificación de la microbiota presente en la fermentación del mezcal es actualmente escasa, por lo que en el presente trabajo se abordaron 2 diferentes procesos de fermentación en 2 fábricas y en 2 diferentes años, con el objetivo de identificar y caracterizar las levaduras presentes en estas fermentaciones artesanales. Se identificaron 26 especies pertenecientes a 18 géneros mediante la utilización de técnicas moleculares. Los marcadores RFLP de la región ITS-5 -8S mostraron un gran potencial dada su alta sensibilidad para la identificación de las levaduras a nivel de especie. Sacchamomyces cerevisiae fue la levadura mayoritaria en las 2 fábricas estudiadas, asimismo se encontraron cepas de no-Saccharomyces que también estuvieron presentes en altas concentraciones a lo largo de la fermentación. El análisis de la diversidad genética mediante la técnica de AFLP mostró una clara separación de las cepas dependiendo del proceso de donde fueron asiladas, comprobando que las levaduras se han adaptado a las condiciones de fermentación de cada fábrica permitiendo obtener destilados característicos y únicos debido a la microbiota que se ha desarrollado en cada proceso"