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La réponse immunitaire de type humorale se déclenche suivant certaines infections virales et bactériennes de même que suivant une immunisation. Au niveau cellulaire, ce type de réponse favorise la formation de petites structures, nommées centres germinatifs (CG), qui se développeront dans les organes lymphoïdes secondaires (OLS) tels que la rate et les ganglions. Ces CG sont orchestrés par la présentation des antigènes étrangers par les cellules dendritiques et les cellules dendritiques folliculaires (FDC), aux cellules T et B respectivement, ainsi que par des interactions complexes survenant entre ces lymphocytes T et B. Suivant ce processus, les lymphocytes B quittant les CG se différencieront soient en plasmocytes sécréteurs d’anticorps de fortes affinités ou en cellules B mémoires qui assureront une protection lors d’une seconde exposition face à un antigène étranger ayant précédemment été rencontré. Plusieurs évidences suggèrent que la qualité de la réponse humorale est influencée par des variants génétiques. Par exemple, des études quantifiant les titres d’anticorps suivant la vaccination ont observé que ces titres variaient en fonction de différents groupes ethniques. Toutefois, malgré ces évidences, la contribution de la génétique quant à la variation des aspects cellulaires de la réponse humorale demeure incomplète. En utilisant douze lignées de souris génétiquement éloignées, nous avons donc évalué l'impact de la variabilité génétique sur les aspects cellulaires de cette réponse humorale, et ce, à l'état d'équilibre et suivant l’immunisation avec un antigène étranger. Pour ces deux conditions, nous avons quantifié, par cytométrie en flux, le nombre ainsi que la composition cellulaire (cellules B, plasmocytes et cellules T auxiliaires folliculaires) des CG contenus dans plusieurs OLS ainsi que dans la moelle osseuse des différentes lignées de souris. Après immunisation, le positionnement cellulaire au sein des CG de la rate a également été évalué par immunofluorescence. Nos résultats indiquent que le nombre et la taille des CG après immunisation ainsi que la composition cellulaire de ces CG à l’état d’équilibre et suivant l’immunisation varient entre les différentes lignées de souris à l’étude. Comme les douze lignées de souris ont été soumises aux mêmes conditions, ces résultats suggèrent que les variants génétiques, étant différents d’une lignée de souris à une autre, sont responsables des variations que nous avons observées au niveau des aspects cellulaires de la réponse humorale. Ce projet permettant de mieux comprendre l’impact de la variabilité génétique sur certains aspects de la réponse humorale pourrait ultimement mener à une amélioration des approches vaccinales chez les individus répondant moins bien à un certain type de vaccination., The humoral immune response is triggered following certain viral and bacterial infections as well as following immunization. At the cellular level, this type of response promotes the formation of small structures, called germinal centers (GC), which develop into secondary lymphoid organs such as the spleen and lymph nodes. These GC are orchestrated by the presentation of foreign antigens by dendritic cells and follicular dendritic cells (FDC), to T and B cells respectively, and by subsequent interactions between these T and B lymphocytes. Following this process, B cells leaving the GC will differentiate into high-affinity antibody-secreting plasma cells or memory B cells that will provide protection upon a second exposure to a previously encountered foreign antigen. There is some evidence to suggest that the quality of the humoral response is influenced by genetic variants. For example, studies quantifying antibody titers following vaccination have observed that these titers vary across different ethnic groups. However, despite this evidence, the contribution of genetics to the variation of the cellular aspects of the humoral responses remains incomplete. Using twelve genetically divergent mouse strains, we therefore evaluated the impact of genetic variability on the cellular aspects of this humoral response at steady state and following immunization with a foreign antigen. For these two conditions, we quantified, by flow cytometry, the number as well as the cellular composition (B cells, plasma cells and T follicular helper cells) of the GC contained in several SLO and in the bone marrow of the different mouse strains. After immunization, cell positioning within the GC of the spleen was also assessed by immunofluorescence. Our results indicate that the number and size of GC after immunization as well as the cellular composition of these GC at steady state and following immunization vary between the different mouse strains studied. As the twelve mouse strains were subjected to the same conditions, these results suggest that the genetic variants, being different from one mouse strain to another, are responsible for the variations that we observed in the cellular aspects of the humoral response. This project, which allows us to better understand the impact of genetic variability on some aspects of the humoral response, could ultimately lead to an improvement in vaccine approaches in individuals who respond less well to a certain type of vaccination.

Cultivated for its aromatic beans, vanilla is an orchid that plays an important economic role in the southwestern Indian Ocean region. Like many other tropical species introduced outsidetheir native area, the most cultivated species Vanilla planifolia G. Jackson has a narrow genetic base. Vanilla cultivation is limited by numerous diseases, including the root and stem rot disease caused by the soil fungus Fusarium oxysporum f. sp. radicis-vanillae (Forv). Chemical and prophylactic control methods have been unsuccessfully used and the study of resistance sources found in the natural diversity of the Vanilla genus seems to be the best strategy for a sustainable management of the disease. Genetic studies in many crop species have been facilitated by the new generation sequencing technologies and the development of high-throughput molecular markers. Genotyping by sequencing (GBS) is a cost-effective method to discover a large number of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers, in several individuals simultaneously, in species with a complex genome such as vanilla. GBS was applied in this study to the two cultivated species V. planifolia and Vanilla × tahitensis J.W. Moore, 7 closely related species and 19 interspecific hybrids. Based on 2,004 SNPs, the relationships between the different species were refined. The hybrid origin of V. × tahitensis, from Vanilla odorata C. Presl and a species genetically close to Vanilla sotoarenasii M. Pignal, was clarified by studying the genetic structure. A higherheterozygosity level was observed in the cultivated V. planifolia accessions compared to thewild species, suggesting a "single-step domestication” in accordance with their recentintroduction and their clonal multiplication mode. Greater genetic diversity was observed inindividuals derived from crosses, such as in individuals from the population obtained by self-fertilization of the traditional cultivar CR0040. GBS analysis of 125 individuals from thispopulation segregating for Forv resistance identified 1,804 SNPs used for the construction ofthe first high-density genetic map in V. planifolia. The markers were ordered into 16 linkagegroups, in accordance with the 16 chromosomes detected by previous cytogenetic studies.Their alignment against the 14 assembled chromosomes of the sequenced CR0040 genome suggested the assembly of 3 linkage groups on chromosome 1. Population resistance to the highly pathogenic strain Fo072 was assessed by an in vitro method. The 20 quantitative traitloci (QTLs) located on the genetic map explained, for each of the traits studied, from 23 to 66% of the total phenotypic variability, confirming the polygenic resistance to Forv. Genetic regions associated with resistance QTLs were investigated in the CR0040 genome annotation. These gene-rich chromosome regions included candidate genes potentially involved in bioticresistance mechanisms and encoding kinases, E3 ubiquitin ligases and pentatricopeptiderepeat-containing proteins. Bioinformatics analysis of the sequencing data, focusing on thestudy of resistance gene analogs that have conserved domains and motifs, such as leucin-richrepeat (LRR) motif, indicated a low representation of this gene family in V. planifolia. A gene encoding a LRR receptor-like protein was found in a region underlying a QTL and appeared to be a key candidate for resistance to Forv. Obtaining crops with high level of disease resistance is a major challenge for breeders and these results should contribute to a better understanding of the molecular mechanisms induced in response to infection by F. oxysporum f. sp. radicis, that cause severe losses in other economically important species.; Cultivé pour ses fruits aromatiques, le vanillier est une orchidée d’importance économique majeure dans la région Sud-Ouest de l’océan Indien. Comme beaucoup d’autres espèces tropicales introduites hors de leur aire d’origine, l’espèce cultivée Vanilla planifolia G. Jackson possède une base génétique restreinte, la rendant vulnérable aux maladies. La pourriture des racines et des tiges, causée par le champignon Fusarium oxysporum f.sp. radicis-vanillae (Forv), est une maladie majeure chez les vanilliers. Les méthodes de lutte chimique et prophylactiques se sont montrées inefficaces et l’utilisation de sources de résistance présentes dans la diversité naturelle du genre Vanilla apparaît comme la meilleure stratégie pour une gestion durable de la maladie. Les études génétiques chez les plantes ont été facilitées par les nouvelles technologies de séquençage et le développement de marqueurs moléculaires haut-débit. Le génotypage par séquençage (GBS) permet de générer rapidement un grand nombre de marqueurs moléculaires de type single nucleotide polymorphism (SNP) simultanément chez plusieurs individus avec des génomes complexes, comme celui du vanillier. La méthode GBS a été appliquée dans cette étude chez les deux espèces cultivées V. planifolia et Vanilla × tahitensis J.W. Moore, 7 espèces proches et 19 hybrides interspécifiques. Les 2004 SNPs identifiés ont permis d’affiner les relations de parenté entre les espèces. L’origine hybride de V. × tahitensis, entre Vanilla odorata C. Presl et une espèce proche de Vanilla sotoarenasii M. Pignal, a pu être précisée par l’étude de la structure génétique. Un taux d’hétérozygotie plus élevé a été observé chez les V. planifolia cultivées comparées aux espèces sauvages, suggérant une domestication « single step » en accord avec leur introduction récente et leur mode de multiplication clonale. Une plus grande diversité génétique a été observée chez les individus issus de croisements, comme la population obtenue par l’autofécondation du cultivar traditionnel CR0040. L’analyse GBS des 125 individus de cette population en ségrégation pour la résistance à Forv a permis de construire à l’aide de 1804 SNPs la première carte génétique haute-densité chez V. planifolia. Les marqueurs se regroupent en 16 groupes de liaison, conformément aux 16 chromosomes identifiés par cytogénétique. Leur alignement sur les 14 chromosomes du génome de CR0040 séquencé suggère l’assemblage de 3 groupes de liaison sur le chromosome 1. La résistance de la population à la souche hautement pathogène Fo072 a été évaluée par méthode in vitro. Les 20 quantitative trait loci (QTLs) localisés sur la carte génétique expliquent, pour chacun des caractères étudiés, entre 23 et 66 % de la variabilité phénotypique totale, montrant le caractère polygénique de la résistance à Forv. Les régions génétiques associées aux QTLs de résistance ont été recherchées dans le génome de CR0040. Ces régions sont riches en gènes, dont des gènes candidats potentiellement impliqués dans des mécanismes de résistance biotiques, codant pour des kinases, des ubiquitines ligases E3 et des protéines à motifs pentatricopeptide repeat. L’analyse bio-informatique des données de séquençage, en ciblant l’étude sur les analogues de gènes de résistance qui présentent des domaines et des motifs conservés, comme le domaine leucin-rich repeat (LRR), a révélé une faible représentation de cette famille de gènes chez V. planifolia. Un gène codant une protéine LRR receptor-like se retrouve dans une région sous-jacente à un QTL et apparaît comme un candidat clé pour la résistance à Forv. L’étude de la diversité génétique et des facteurs impliqués dans la résistance à Forv appuie les programmes d’amélioration variétale et permet de mettre en évidence des mécanismes moléculaires mis en place en réponse à l’infection par des F. oxysporum de forme radicis, responsables de maladies majeures chez d’autres espèces d’importance économique.

Cet article propose de comparer les diversités génétique et patronymique de la France métropolitaine. Pour cela sont discutées les quelques enquêtes de génétique des populations, menées du XXe siècle à nos jours, dont l’ambition était de décrire la diversité génétique de la France métropolitaine dans son entièreté. La critique porte sur leurs limites actuelles résultant soit d’une faible couverture géographique, soit d’un nombre réduit de systèmes génétiques et/ou de l’emploi de méthodes de représentation insatisfaisantes. Pour pallier ces divers inconvénients, il est proposé d’utiliser les patronymes comme substitut des gènes. Les avantages tiennent à leur mode de transmission, à leur nombre, à leur fréquence connue jusqu’au niveau géographique de la commune, sur l’ensemble du territoire français et sur plusieurs générations. Les résultats montrent l’existence de fortes disparités patronymiques entre le nord et le sud de la France, entre le centre et ses périphéries. Les différentes structures mises en évidence sont étroitement liées à des proximités géographiques, mais aussi à des variations génétiques, linguistiques ou dialectales, ainsi qu’aux relations historiques entretenues avec les pays voisins. This article seeks to compare genetic and patronymic diversity in mainland France. To do so, we discuss the small number of population genetics surveys that were carried out from the 20th century to the present day with the aim of describing the genetic diversity of mainland France as a whole. We highlight their present-day limitations, which result from their insufficient geographical coverage, the limited number of genetic systems included and/or the use of unsatisfactory methods of representation. To overcome these various drawbacks, our proposal is to use surnames as a substitute for genes, the advantages of this approach being their pattern of transmission, their huge number and their known frequency, down to the smallest administrative level across the whole of French territory and over several generations. The statistical results show the existence of strong patronymic disparities between the north and the south of France, and between the central and peripheral areas. The different patterns highlighted are closely linked to geographical proximity, but also to genetic, linguistic or dialectal variations, as well as to historical relationships with neighbouring countries.

Savannas, areas of dry forest and grasses, are rich in plant species of great interest. However, the origin and evolution of plant species within the savanna ecosystem remain poorly studied, especially in the Sahel, which hinders the development of protection and conservation strategies. During my thesis, I focused on two palm species that are important to local Sahelian populations, the Palmyra palm (Borassus aethiopum Mart.) and the bamboo palm (Raphia vinifera P. Beauv). First, I explored the genetic diversity and evolution of roast palms to understand the impact of past climate change on their distribution. The exploration of the genetic diversity of B. aethiopum required the collection of 180 leaf samples in 9 localities in Benin. An inter and intraspecific collection composed of 29 Borassus species, related genera, and 69 B. aethiopum individuals, respectively, was constituted for the phylogenetic reconstruction of the genus Borassus and the phylogeography of B. aethiopum. A gene-capture approach was used for the molecular phylogenetic analyses. The dated phylogenetic reconstruction of the genus Borassus was performed by the Maximum Likelihood Method (RAxML), with molecular dating performed with palm fossils and based on a strict molecular clock. The coalescent method was used to construct the evolutionary history of the genetic groups of B. aethiopum. We defined 11 microsatellite loci from partial sequencing of the B. aethiopum genome. Data analysis showed low genetic diversity in Benin. We also obtained a low genetic structuring with a higher intra-site molecular variance (53%). The dated phylogenetic reconstruction revealed an Asian origin for the Borassus genus 24.4 million years ago and a late divergence within the genus about 16 million years ago. Speciation of B. aethiopum dates to 3.05 million years and its sister species is found to be B. madagascariensis. Our results also provide genetic evidence for the presence of B. akeassii in Senegal. From the analysis of SNPs data, we detected three genetic groups in B. aethiopum in West and Central Africa. The evolutionary history of the constructed B. aethiopum genetic groups suggests an expansion during the Pleistocene oriented North-South in West Africa along the Dahomean dry corridor and in parallel with an expansion from West Africa to the Center (Cameroon) 0.92 million years ago. This period of expansion (1.38 – 0.92 million years) of the B. aethiopum genetic groups has been identified as a warm period of climate that favored the expansion of the savannas and the installation of the dahomean dry corridor. In the second part of my thesis, I sought to verify the anthropogenic impact on the genetic structuring of natural stands of R. vinifera concerning the strong anthropogenic influence that the species undergoes in western Cameroon. From a collection of 28 individuals, we analyzed the genetic structuring in R. vinifera using an SNP calling approach. Our results reveal a single genetic group for all R. vinifera populations collected in western Cameroon. These results indicate a lack of genetic structuring, and all of our accessions are found in the same genetic group, suggesting significant transfer of genetic material between these different populations. Our results postulate a landscape shaped by human activity over time, notably the cultivation of R. vinifera for several generations in western Cameroon.; Les savanes, étendues de forêts sèches et d’herbes, regorgent d'espèces végétales à grand intérêt. Cependant, l’origine et l’évolution des espèces végétales au sein de l'écosystème des savanes restent peu étudiées, notamment en Afrique de l’Ouest, ce qui freine le développement de stratégies de protection et de conservation. Au cours de ma thèse je me suis intéressé à deux espèces de palmiers importantes pour les populations locales sahéliennes, le palmier rônier (Borassus aethiopum Mart.) et le palmier bambou (Raphia vinifera P. Beauv). Dans un premier temps j’ai exploré la diversité génétique et l’évolution du palmier rônier pour comprendre l’impact des changements climatiques passés sur sa distribution. L’exploration de la diversité génétique de B. aethiopum a nécessité la collecte de 180 échantillons de feuilles dans 9 localités au Bénin. Une collection inter et intra spécifique composée respectivement de 29 espèces de Borassus et genres apparentés et 69 individus de B. aethiopum a été constituée pour la reconstruction phylogénétique du genre Borassus et la phylogéographie de B. aethiopum. Une approche de capture de gènes a été utilisée pour les analyses de phylogénie moléculaire. La reconstruction phylogénétique datée du genre Borassus a été réalisée par la méthode de maximum de vraisemblance (RAxML), la datation moléculaire étant réalisée avec des fossiles de palmier et sur la base d’une horloge moléculaire stricte. La méthode de coalescence a été utilisée pour construire l’histoire évolutive des groupes génétiques de B. aethiopum. Nous avons défini 11 loci microsatellites à partir d’un séquençage partiel du génome de B. aethiopum. L’analyse des données a montré une faible diversité génétique au Bénin. Nous avons obtenu également une faible structuration génétique avec une variance moléculaire plus importante en intra-site (53 %). La reconstruction phylogénétique datée a révélé une origine asiatique pour le genre Borassus il y a 24,4 Ma, et une divergence tardive au sein du genre il y a environ 16 millions d’années. La spéciation de B. aethiopum date de 3,05 Ma et son espèce-sœur se révèle être B. madagascariensis. Nos résultats apportent également la preuve génétique de la présence de B. akeassii au Sénégal. A partir de l’analyse des données SNPs, nous avons détecté trois groupes génétiques chez B. aethiopum en Afrique de l’Ouest et au Centre. L’histoire évolutive des groupes génétiques de B. aethiopum construite suggère une expansion longitudinale orienté Nord-Sud au cours du Pléistocène (2,58 Ma – 11,7 ka) en Afrique de l’Ouest suivant le couloir sec dahoméen et en parallèle à une expansion de l’Afrique de l’Ouest vers le Centre (Cameroun) il y a 0,92 Ma. Cette période d’expansion (1,38 – 0,92 Ma) des groupes génétiques de B. aethiopum a été identifiée comme une période chaude du climat qui a favorisé l’expansion des savanes et l’installation du couloir sec dahoméen. Dans un second volet de ma thèse, j'ai cherché à vérifier l’impact anthropique sur la structuration génétique des peuplements naturels de Raphia vinifera au regard de la forte influence anthropique que subit l’espèce dans l’Ouest du Cameroun. A partir d’une collection de 28 individus, nous avons analysé la structuration génétique chez R. vinifera en utilisant une approche d’appel de SNPs. Nos résultats révèlent un seul groupe génétique pour l’ensemble des populations de R. vinifera collectées dans l’Ouest du Cameroun. Ces résultats traduisent une absence de structuration génétique, et la totalité de nos accessions se retrouve dans un même groupe génétique suggérant un important transfert de matériel génétique entre ces différentes populations. Nos résultats postulent pour un paysage façonné par l’activité humaine au fil du temps, notamment la culture du R. vinifera depuis plusieurs générations à l’Ouest du Cameroun.

This thesis analysed the factors that can impact the success of restocking or stock-enhancement programs for the European abalone (Haliotis tuberculata). Indeed, over the last two decades several populations of this species have collapsed. The possibility to support these populations is considered in order to reconstitute their past level. In this perspective, the first two chapters were dedicated to analyse the effects of domestication on the behaviour of juveniles from nursery that would be implanted, and to evaluate the impact of several stressors (preparation, transport and feed restriction) prior to implantation on behaviours essential for the survival of abalone juveniles in the wild. The results suggest that domestication process does not impact the behaviours studied. However, the stress procedure caused behavioural changes that would be detrimental to survival after implantation in the wild. A third chapter focused on the characterisation of the biotic and abiotic factors constituting the abalone habitat, essential to their survival and development. It appeared that the size and arrangement of the boulders play a key role in the habitat quality. The fourth chapter compared the genetic diversity of wild populations from Brittany and Normandy, as farmed cohorts from three generations. It was shown that the natural populations located on either side of the Ouessant front are genetically differentiated, as this current probably represents a natural barrier to larval flows. In addition, the rearing process has so far maintained a high genetic diversity. These results are encouraging because they showed that there would be no effect of seeding on the genetic diversity of wild populations. The results from this thesis will be used to provide essential answers on the precautions to be taken prior restocking or stock-enhancement programs.; Cette thèse a consisté à définir et à analyser les facteurs déterminants la réussite d’opérations de repeuplement ou de soutien de stocks de certaines populations de l’ormeau européen (Haliotis tuberculata), qui se sont effondrées au cours des deux dernières décennies. Dans cette optique, les deux premiers chapitres ont été consacrés d’une part à analyser les effets de la domestication sur le comportement de juvéniles provenant de nurserie, et d’autre part à évaluer l’impact de plusieurs facteurs de stress en amont de l’implantation (préparation, transport et sous-nutrition) sur des comportements essentiels à la survie des ormeaux en milieu naturel. Les résultats suggèrent que la domestication n’impacte pas le comportement. En revanche, les stress ont engendré des modifications comportementales potentiellement préjudiciables à la survie dans le milieu naturel. Un troisième chapitre a permis de caractériser l’habitat de l’ormeau en plongée sous-marine, afin de mettre en évidence les facteurs environnementaux essentiels à sa survie et son développement. Il est apparu que la taille et l’agencement des blocs rocheux jouent un rôle prépondérant dans la capacité d’un environnement à accueillir des ormeaux. Le quatrième chapitre a étudié la diversité génétique de populations sauvages de Bretagne et de Normandie, ainsi que plusieurs cohortes de trois générations d’élevage. Il a été montré que les populations naturelles situées de part et d’autre du front de Ouessant sont génétiquement différenciées, ce courant représentant probablement une barrière naturelle aux flux larvaires. De plus, le processus d’élevage a permis jusqu’à maintenant de maintenir une diversité génétique élevée. Ces résultats sont encourageants car ils suggèrent l’absence d’effets délétères de futures implantations sur la diversité génétique des populations naturelles. Les résultats issus de cette thèse apportent des connaissances indispensables pour identifier les précautions à prendre en amont de la mise en place de projets de repeuplement ou de soutien de stocks de l’ormeau européen.

Apple breeding programs worldwide have usually been using a few recurrent parents for decades, which has resulted in a narrow genetic base in elite populations that is worrisome for many breeders. In this context, genotypes from genetic resources that contain rare favourable alleles could be used to broaden the genetic base of elite material. Genomic selection could then be an appealing approach in order to efficiently harness this diversity in a pre-breeding program. The aim of this thesis is to explore the value of genomic selection in such programs in apple. In order to use high density genotypic data to build prediction models, we first used simulations to quantify the imputation accuracy that could be obtained in several biparental families and showed that high quality imputed genotypic data could be obtained. We then explored the benefits of combining genetic resources and elite material into a single, diverse training set that could be used in multiple contexts and obtained moderate to high predictive abilities in doing so. We finally simulated two pre-breeding schemes and showed that genomic selection could lead to a higher genetic gain per unit of time and increases in rare allele frequencies than using phenotypic selection. The results from this work suggest that genomic selection could help improve the efficiency of pre-breeding programs in apple, Les programmes d’amélioration à l’échelle mondiale chez le pommier utilisent de façon récurrente un petit nombre de variétés comme géniteurs. Cette base génétique étroite des populations d’amélioration élite est une préoccupation pour les sélectionneurs. Dans ce contexte, l’utilisation de ressources génétiques présentant des allèles favorables rares pourrait permettre d’’enrichir cette base génétique. La sélection génomique pourrait alors représenter une approche intéressante pour valoriser de tels génotypes dans un programme de pré-breeding. L’objectif de cette thèse est d’étudier l’intérêt de la sélection génomique dans de tels programmes chez le pommier. Afin de construire des modèles de prédiction basés sur un grand nombre de marqueurs, nous avons dans un premier temps étudié par simulations la précision d’imputation qu’il était possible d’atteindre dans des familles biparentales et avons montré qu’il était possible d’obtenir des données imputées de haute qualité. Nous avons par la suite évalué l’intérêt de combiner des ressources génétiques et du matériel élite afin de constituer une population d’entrainement à large diversité utilisable dans différents contextes et avons obtenu des précisions de prédiction modérées à élevées selon le trait étudié. Nous avons enfin simulé deux schémas de pré-breeding et avons montré que la sélection génomique pouvait permettre un gain génétique par unité de temps et une augmentation de la fréquence des allèles favorables rares plus importants que la sélection phénotypique. Les résultats de la thèse montrent que la sélection génomique peut permettre d’améliorer l’efficacité des programmes de pré-breeding chez le pommier.

Biological diversity is unevenly distributed on the planet, being mostly concentrated in a few regions, called "biodiversity hotspots". The South West Indian ocean (SWIO) region is among the priority regions for biodiversity and orchid conservation. In addition to being a leader in Vanilla planifolia pods production, SWIO also presents an important specific richness in endemic leafless plants belonging to the genus Vanilla Plum. ex. Miller (Orchidaceae), mainly distributed in Madagascar. Because of their ability to adapt to drought and their medicinal properties, leafless Vanilla species are of major economic and scientific interest. They form a monophyletic group recently diverged from an African leafy ancestor. They cannot be differentiated by morphological traits and chloroplast genes, making their taxonomic status questionable. In Madagascar, leafless Vanilla species are distributed mainly in the dry forests along the West coast, classified among the most threatened ecosystems of the island. In order to contribute to their conservation, field surveys followed by sampling were carried out in several localities of Madagascar. Then, an integrative approach combining genetics, biology and ecology was carried out to solve the taxonomy of these species and determine their conservation status. According to genetic clustering using microsatellite loci and morphological analyses, the seven genetic groups identified in Madagascar differentiated likely due to several factors, including geographical barriers (rivers), isolation by environmental factors (IBE) (temperature, elevation, soil pH) strongly correlated to geographical isolation (IBD), and isolation by adaptation (IBA) of floral traits (resulting either from IBE or from divergent selection by pollinators). The integrative taxonomic strategy (ITS phylogeny, population-based microsatellite and morphological analyses) divides SOOI leafless Vanilla species into two major clades: white-flower versus yellow-flower species. In the white-flower species clade, V. decaryana (Madagascar) and V. roscheri (East Africa) each forms a monophyletic group, while V. madagascariensis (Madagascar), V. bosseri (Madagascar) and V. phalaenopsis (Seychelles) appear conspecific (ITS) although recently differentiated (microsatellites). The study also reveals the presence of two new species, distributed in the East, named V. allorgii and V. atsinananensis, and described. Within the yellow-flower leafless species clade, V. perrieri (Madagascar) appears to have differentiated from V. humblotii (Madagascar and Comoros). The ITS phylogenetic tree structure supports a Malagasy origin of these two major clades, followed by three independent colonization events to East Africa, the Comoros Archipelago and the Seychelles. The pollination tests conducted suggest that all species are self-compatible but pollinator-dependent and can interbreed. Analyses of genetic diversity, reproductive biology, and spatial and temporal modelling of suitable habitats indicated that V. allorgii and V. atsinananensis are threatened by low population density and loss of interaction with pollinators, respectively. Fragmentation of natural populations of V. decaryana has resulted in loss of genetic diversity and high inbreeding. V. madagascariensis and V. humblotii have restricted distribution areas in the North, which may threaten their long-term survival. V. perrieri and V. bosseri appear to be the least vulnerable because they are widely distributed along the West coast. Ex situ and in situ conservation measures are proposed to optimize the protection of these wild Vanilla species in Madagascar.; La diversité biologique est inégalement répartie sur la planète, étant majoritairement concentrée sur quelques points chauds appelées « hotspots de la biodiversité ». La région Sud-Ouest de l’océan Indien (SOOI) figure parmi les régions prioritaires pour la conservation de la biodiversité et des orchidées. Leader mondial en production de gousses de vanille, cette région abrite également une diversité importante en espèces aphylles endémiques appartenant au genre Vanilla Plum. ex. Miller (Orchidaceae), majoritairement distribuées à Madagascar. Les vanilliers aphylles, par leur capacité d’adaptation à la sècheresse et leurs potentialités médicinales, présentent un intérêt économique et scientifique majeur. Ces espèces forment un groupe monophylétique différencié récemment à partir d’un ancêtre folié africain. Elles ont des traits morphologiques similaires et sont indissociables à partir de marqueurs chloroplastiques, rendant leur statut taxonomique douteux. A Madagascar, elles sont réparties principalement dans les forêts sèches de la côte Ouest, classées parmi les écosystèmes les plus menacés de l’île. Dans l’objectif de contribuer à leur conservation, des prospections suivies d’échantillonnages ont été réalisés dans plusieurs localités de Madagascar. Ensuite, une approche intégrative combinant la génétique, la biologie et l’écologie a été réalisée pour résoudre la taxonomie de ces espèces et déterminer leur statut de conservation. D’après les analyses des données microsatellites et morphologiques, la différenciation des sept groupes génétiques identifiés à Madagascar résulterait de plusieurs facteurs dont principalement les barrières géographiques (rivières), l’isolement par les facteurs environnementaux (IBE) (température, élévation, pH du sol) fortement corrélé à la géographie (IBD), et l’isolement par adaptation (IBA) de traits floraux (résultant soit de l’IBE soit d’une sélection divergente par les pollinisateurs). L’étude taxonomique intégrative (phylogénie ITS, analyse populationnelle microsatellite et morphologique) divise les vanilliers du SOOI en deux grands clades : espèces à fleurs blanches versus espèces à fleurs jaunes. Dans le clade des espèces à fleurs blanches, V. decaryana (Madagascar) et V. roscheri (Afrique de l’Est) forment chacune un groupe monophylétique tandis que V. madagascariensis (Madagascar), V. bosseri (Madagascar) et V. phalaenopsis (Seychelles) apparaissent conspécifiques (ITS), mais récemment différenciées (microsatellites). L’étude révèle également la présence de deux nouvelles espèces, réparties à l’Est, qui ont été nommées V. allorgii et V. atsinananensis et décrites. Dans le clade des aphylles à fleurs jaunes, V. perrieri (Madagascar) semble s’être différenciée de V. humblotii (Madagascar et Comores). La configuration de l’arbre ITS soutient une origine malgache de ces deux grands clades, suivie de trois colonisations indépendantes vers l’Afrique de l’Est, l’Archipel des Comores et les Seychelles. D’après les tests de pollinisations réalisés, les espèces aphylles sont auto-compatibles mais dépendent de pollinisateurs et peuvent se croiser entre elles. Les analyses de la diversité génétique, de la biologie de la reproduction et la modélisation spatiale et temporelle des niches écologiques des sept espèces malgaches suggèrent que V. allorgii et V. atsinananensis sont menacées respectivement par la faible densité des populations et une perte d’interaction avec les pollinisateurs. La fragmentation des populations naturelles de V. decaryana a entrainé une perte de diversité génétique ainsi qu’une forte consanguinité. V. madagascariensis et V. humblotii ont des zones de distribution restreintes dans le Nord, pouvant menacer leur survie à long terme. V. perrieri et V. bosseri semblent être les moins vulnérables car largement réparties le long de la côte Ouest. Des mesures de conservation ex situ et in situ sont proposées pour optimiser la conservation de ces vanilliers sauvages à Madagascar.

In tropical forest ecosystems, humans have always benefited from useful plant species, whether as a source of food, fiber, fuel, or medicine. Among these forest products, some of them have been progressively cultivated. This is the case of the African plum tree (Dacryodes edulis, Burseraceae), an emblematic fruit tree of Central Africa. This PhD thesis addresses different aspects of the dynamics of the cultivated diversity of African plum trees via an interdisciplinary approach using population genetics and ethnoecology. The first part focuses on the evolutionary history of African plum tree; the second on the cultivation and management practices of the species by different ethnic groups in Cameroon. The third part, bringing together the two disciplines, aims to understand the influence of these different practices on the genetic diversity of the species.Over its distribution area, the genetic diversity of African plum trees is structured into three main groups. Geographically, the most extensive, which also presents an internal substructure, covers populations of Cameroon and North Gabon. The other two are located at its range margins, in Nigeria and the Democratic Republic of Congo. A historical barrier is suggested on either side of the meteorological equator. These patterns of intra-specific genetic diversity distribution might reflect the impact of Quaternary glaciation events rather than the one of species cultivation. Finally, the sharing of haplotypes between D. edulis and other sympatric congeneric species suggests that inter-specific gene flow can occur.An ethnoecological approach in different African plum production areas in West Cameroon has shown that greater integration into the plum market results in more diversified planting practices and does not have a deleterious effect on varietal diversity in the field. This morphological diversity is also supported by a rich vernacular nomenclature, counting more names for Beti than for Bamileke and Bassa, organized mainly around the morphological and organoleptic criteria of the fruit. Cultivators of African plums show different preferences that diverge according to fruit uses, among which fruit size becomes the most valuable trait for trade producers.The combination of ethnoecological and genetic approaches allowed to highlight the effects of informal seed exchange networks on the level of genetic diversity and structure. By comparing sites along three urbanization gradients each corresponding to Beti, Bassa or Bamileke, the different seed exchange dynamic between urbanized and rural sites was highlighted. Most seeds used to plant trees in the urban area come from long-distance exchanges, either through markets or not. Consequently, the level of genetic diversity in urban areas is similar or even higher than in rural areas. In addition, the levels of genetic diversity are similar between age classes, suggesting that the species’ management practices are not depleting its genetic resources: these practices can be considered sustainable.In conclusion, we have shown that local knowledge, practices and uses are particularly extensive around the African plum tree. Our results further suggest that local management practices do not, at this stage, impact negatively the species genetic diversity. Nevertheless, this emblematic species, which constitutes a strategic biological model for studying the effect of human practices on genetic diversity in Central Africa, still offers many research questions to be investigated, particularly regarding its cultivation origin and its diffusion history.; Dans les écosystèmes forestiers tropicaux, les humains utilisent depuis toujours les espèces végétales utiles, sources de nourriture, de fibre, de combustible ou de médication. Parmi ces produits forestiers, certains d’entre eux ont progressivement été mis en culture. C’est le cas du safoutier (Dacryodes edulis, Burseraceae), un arbre fruitier emblématique d’Afrique Centrale. Cette thèse aborde différents aspects de la dynamique de la diversité cultivée du safoutier via une approche interdisciplinaire alliant génétique des populations et ethnoécologie. Une première partie porte sur l’histoire évolutive du safoutier ; une seconde s’attache à caractériser les pratiques culturales et de gestion de l’espèce par différents groupes ethniques du Cameroun. Une troisième, faisant converger les approches, vise à comprendre l’influence de ces différentes pratiques sur la diversité génétique de l’espèce. Sur son aire de distribution, la diversité génétique se structure en trois principaux groupes. Le plus étendu spatialement regroupe les populations du Cameroun et du Nord-Gabon et présente aussi une sous-structuration interne. Les deux autres se situent aux marges de son aire, au Nigéria et en République Démocratique du Congo. Une barrière historique est suggérée de part et d’autre de l’équateur météorologique. Ces patrons de distribution de la diversité génétique au sein de l’espèce semblent résulter des événements de glaciation du Quaternaire plutôt que de la mise en culture de l’espèce. Enfin, le partage d’haplotypes entre D. edulis et d’autres Dacryodes laisse penser que les flux de gènes sont possibles entre espèces du genre. Une approche ethnoécologique dans différents bassins de production de safous de l’Ouest Cameroun a permis de montrer qu’une intégration plus forte au marché du safou se traduit par des pratiques de plantation plus diversifiées, et n’a pas d’effet délétère sur la diversité variétale aux champs. À cette diversité morphologique répond une importante nomenclature vernaculaire organisée surtout autour des critères morphologiques et organoleptiques du fruit, et plus étoffée chez les Béti que chez les Bamiléké et Bassa. Les cultivateurs de safous affichent des préférences différentes en fonction des usages du fruit, et une bascule s’opère vers une prédilection pour le critère de taille chez ceux destinant leur production au marché urbain. Le croisement des approches ethnoécologique et génétique a en particulier permis de mettre en valeur les effets des réseaux informels d’échanges de semences sur la diversité génétique et sa distribution. En procédant par comparaison entre sites le long de gradients à groupes ethniques dominants, les différentes dynamiques entre sites urbanisés ruraux sont soulignées. Les semences utilisées pour planter des arbres en ville proviennent en majorité d’échanges sur de longues distances, transitant ou non par des marchés. En conséquence, des niveaux de diversité identiques, voire supérieurs, sont présents dans les aires urbaines par rapport au milieu rural. Par ailleurs, les niveaux de diversité génétique comparés entre cohortes d’âges sont similaires, suggérant que les pratiques actuelles de gestion de l’espèce n’érodent pas son patrimoine génétique : ces pratiques peuvent être considérées comme durables. Ces résultats permettent de conclure qu’il existe une grande diversité de connaissances, de pratiques et d’usages autour du safoutier. De plus, les pratiques de gestion locale n’engendrent pas, à ce stade, d’effets néfastes sur sa diversité intra-spécifique. Néanmoins cette espèce emblématique, modèle stratégique pour étudier l’effet des pratiques humaines sur la diversité génétique en Afrique Centrale, soulève de nombreuses questions de recherche encore à examiner, notamment vis-à-vis de l’origine de sa mise en culture et de sa diffusion.

The contemporary genetic diversity of viruses is the result of the continuous and dynamic interaction of past ecological and evolutionary processes with its host. For more than 30 years, mortality episodes have been impacting the oyster industry. These have complex etiologies but are often associated with a Herpesvirus: Ostreid Herpesvirus 1 (OsHV-1). Since 2008, unprecedented mortality events in Crassostra gigas species have been reported worldwide. The appearance of these excess mortalities coincides with the emergence of a new genotype of the virus: the OsHV-1 µVar. After several years of research to understand this pathosystem, it was recently demonstrated that a Herpesvirus: Ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) was the agent initiating pathogenesis and leading to host death. In parallel, the observation of other related variants of OsHV-1 virus have been associated with other mortality epidemics in other bivalve species. However, until recently, studies on the genetic diversity of the virus used a short fragment of the virus genome. There is therefore an urgent need to characterize this OsHV-1 genetic diversity at the whole genome level. This thesis manuscript provides us with the tools necessary for a complete characterization of the virus genome. We confirm that OsHV-1 viral populations are different according to their geographical location with potential genomic signatures between sites. Finally, thanks to the complete assembly of twenty-one genomes, we propose a scheme of virus dissemination through molecular epidemiology analysis using innovative bioinformatics tools. Our results suggest that the genetic diversity of the virus within the C. gigas species is relatively small. This observation seems to contrast with previous work suggesting a significant genetic diversity of the OsHV-1 virus. However, we show that it is necessary to better define the diversity within a particular species and within a given time frame in order to correctly interpret it. However, this diversity is not non-existent and we discuss what could be the driving force behind the observed diversity. This thesis work is thus a notable starting point for future research characterizing genetic diversity in order to understand its biological consequences. Thus it provides the theoretical and methodological framework for a better understanding of pathogenic host interactions.; La diversité génétique contemporaine des virus est le résultat de l'interaction continue et dynamique des processus écologiques et évolutifs passés avec son hôte. Depuis plus de 30 ans des épisodes de mortalités impactent l’industrie ostréicole. Celles-ci ont des étiologies complexes mais sont souvent associées à un Herpèsvirus : l’Ostreid Herpèsvirus 1 (OsHV-1). Depuis 2008 l’apparition d'événements de mortalité sans précédent chez l’espèce Crassostra gigas ont été signalés à l’échelle mondiale. L’apparition de ces surmortalités coïncident avec l'émergence d’un nouveau génotype du virus : l’OsHV-1 µVar. Après plusieurs années de recherche pour comprendre ce pathosystème, il a été démontré récemment qu’un Herpèsvirus : l’Ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) était l’agent initiant la pathogenèse et aboutissant à la mort de l’hôte. En parallèle, l’observation d’autres variants apparentés du virus OsHV-1 ont été associés à d'autres épidémies de mortalité pour d’autres espèces de bivalves. Or jusqu'à récemment, les études sur la diversité génétique du virus utilisent un court fragment du génome du virus. Il est donc urgent de caractériser cette diversité génétique d’OsHV-1 à l’échelle du génome entier. Dans ce manuscrit de thèse nous apportant les outils nécessaire à la caractérisation complète du génome du virus. Nous confirmons que les populations virales d’OsHV-1 sont différentes selon leurs localisation géographique avec de potentiels signatures génomiques entre les sites. Enfin, grâce à l’assemblage complet de vingt et un génomes nous proposons un schéma de dissémination du virus au travers d'analyses d’épidémiologie moléculaire à l’aide d’outils bioinformatique innovants. Nos résultats semblent indiquer que la diversité génétique du virus au sein de l’espèce C. gigas est relativement restreinte. Cette observation semble contraster avec les travaux antérieurs suggérant une diversité génétique importante du virus OsHV-1. Cependant, nous montrons qu’il est nécessaire de mieux définir la diversité au sein d’une espèce en particulier et dans un temps donnée pour interpréter correctement celle-ci. Cette diversité n’est cependant pas inexistante et nous discutons quelle pourrait être le moteur de la diversité observé. Ce travail de thèse est donc un point de départ notable pour les recherches futures caractérisant la diversité génétique pour appréhender ses conséquences biologiques. Ainsi il fournit le cadre théorique et méthodologique pour mieux comprendre les interactions hôtes pathogènes.

Trees in urban areas are subject to restrictions and constraints such as water scarcity and trace element (TE) pollution that can alter the services they provide. Their responses to urban stresses depend in particular on the species and the urban landscapes in which they are planted. This thesis aims to: ((i) assess the diversity of Tilia spp. that can modulate tree responses to TE stress, (ii) characterise TE contamination and transfer in Tilia spp. according to different urban landscapes, (iii) estimate potential stress indicators (SI) (water stress and TE contamination) such as (proline (Pro), malondialdehydes (MDA) and photosynthetic pigments (PP)). A combination of an in situ experiment (ISE) in Paris and a controlled conditions experiment (CCE) at CEREEP in Seine-et-Marne showed the following results: (a) Among the 83 studied trees of Tilia spp. in Paris, many clones were identified within several observed species and thus a low genetic diversity. (b) Our results on contamination and transfer of TE from soil to leaves in copper (Cu), nickel (Ni), lead (Pb) and zinc (Zn) show that aged soils of Tilia spp. were the most contaminated in TE, and trees in streets were more contaminated than in parks, especially those with stabilized coating at their base. (c) The results on SI evaluation showed an increase in [Pro] and [MDA] and a decrease in [PP] when trees were dehydrated (in CCE) or in the presence of stabilized coating (in ISE). A comprehensive discussion on these results is the main focus of this thesis, Les arbres en milieu urbain sont soumis à des restrictions et contraintes comme le manque d’eau et la pollution en éléments traces (TE) pouvant altérer les services écologiques rendus. Les réponses des arbres face aux stress urbains sont dépendantes notamment de l’espèce et des paysages urbains dans lesquels ils ont été plantés. Les travaux de cette thèse visent à : (i) évaluer la diversité des Tilia spp. pouvant moduler les réponses des arbres à un stress par les TE, (ii) caractériser les contaminations et transferts en TE chez Tilia spp. selon différents paysages urbains, iii) estimer des indicateurs de stress (IS) potentiels (manque d’eau et contamination en TE) tels que (la proline (Pro), les malondialdéhydes (MDA) et les pigments photosynthétiques (PP)). Une combinaison d’une expérimentation in situ (ISE) dans Paris et une expérimentation en conditions contrôlées (CCE) au CEREEP en Seine-et-Marne ont permis de montrer les résultats suivants : (a) Parmi les 83 arbres étudiés de Tilia spp. à Paris, de nombreux clones ont été identifiés au sein de plusieurs espèces observées et donc une faible diversité génétique. (b) Nos résultats sur la contamination et les transferts de TE du sol aux feuilles en cuivre (Cu), nickel (Ni), plomb (Pb) et zinc (Zn) montrent que les sols âgés des Tilia spp. étaient les plus contaminés en TE, et les arbres en rues étaient plus contaminés qu’en parcs, en particulier ceux avec un revêtement stabilisé. (c) Les résultats sur les IS ont montré une augmentation des [Pro] et [MDA] et à une diminution des [PP] lors d’une déshydratation (en CCE) ou en présence du revêtement stabilisé (en ISE). Tous ces résultats seront discutés dans cette thèse.

The French rainbow trout breeding programs are using since 2004 a family selection method based on pedigrees established by molecular markers and performance measured on one to two thousand sibs of the candidates for selection. Genomic selection (GS) is an obvious development for these companies if it can be efficiently implemented technically and economically. A first medium density (MD) genotyp-ing tool, including 57,000 markers, being available since 2015, the aim of the thesis was to assess the interest of SG for three French lines of rainbow trout. A prerequisite was to assess whether the density of the MD chip was sufficient for the linkage desequi-librium between successive markers to allow effec-tive GS with regard to the genetic diversity of the French lines. The effective sizes of the lines were estimated at values from 50 to 70 and the linkage desequilibrium between successive markers at val-ues (r² ~ 0.30) compatible with a good GS efficiency. These results were confirmed by cross-validation studies of GS for various traits of reproduction, resistance to infectiouspancreatic necrosis (IPN), growth, cutting yield and quality flesh. With estimat-ed heritability at low (NPI) to high values (eviscer-ated and headed weight), all these traits are very polygenic: few genomic regions explain more than 1% of the genetic variance and no major effect re-gion (> 10% of the variance) has not been identified. The results obtained make it possible to conclude on an accuracy of GS superior of 10 to 30% (ac-cording to the studied traits) compared to the selec-tion based on the pedigree. They open up avenues for reflection on an economic optimization of GS by using low density chips to obtain a GS accuracy close to that obtained in MD (loss of efficiency 10% de la variance) n’a été identifiée. Les résultats obtenus permettent de conclure à une précision de la SG supérieure de 10 à 37% (selon les caractères étudiés) par rapport à la sélection basée sur le pedigree. Ils ouvrent des pistes pour l’optimisation économique de l’investissement en SG par utilisation de puces à plus basse densité permettant d’obtenir une précision de la SG proche de celle obtenue en MD (perte d’efficacité < 5% au-delà de 6000 marqueurs) et par réduction du nombre de collatéraux phénotypés. En effet, 700 individus collatéraux des candidats à la sélection semblent suffisants pour obtenir des précisions de la SG supérieures à celles d’une sélection sur pedigree. Les entreprises de sélection françaises peuvent donc mettre en œuvre une SG techniquement efficace et rapidement rentable en truite arc-en-ciel.

Cyst Nematodes of the genus Globodera are among the most studied plant parasitic nematodes because of their economic impact on crop production. Originated from high plains of the Andes, this genus would have been imported in Europe during the late XIXth century. The existence of a cryptic species complex within G. pallida – one of the most damaging species in the genus – is questioned. The taxonomic revision of this species could have major consequences on both risk assessment and management. During this work, an integrative taxonomic approach was implemented and has involved three disciplinary fields: genetics, morphometry and biology. Genetic diversity investigation revealed two groups differing from G. pallida. This study also raises the question of the processes implied in this divergence, apparently distinct for these two groupsMorphological differentiation was also demonstrated with an automatic image analysis tool. This tool was specifically developed for this work and is an innovative approach in studying the morphometry of this genus. This differentiation is based on the combined integration of three metrics adapted to automatic morphometry. Differential study of each entity ‘s host-range showed differences between studied groups. This differentiation is observed thanks to the investigation of the quantitative aspect of the nematode multiplication. Overall, these results bring the necessary evidence to claim the existence of a new species. This discovery questions the need for adapting surveillance and management methods against nematodes of the genus Globodera., Les nématodes à kyste du genre Globodera sont parmi les phytoparasites les plus étudiés de par l’impact économique qu’ils peuvent engendrer sur les productions agricoles. Originaire des hauts plateaux de la cordillère des Andes ce genre aurait été importé en Europe à la fin du XIX siècle. L’existence d’un complexe d’espèce cryptique chez G. pallida, nématode phytoparasites d’importance au sein du genre, est questionnée. La révision taxonomique de cette espèce peut avoir des conséquences fortes en termes d’épidémiologie, d’évaluation et de gestion des risques. Durant ce travail une approche de taxonomie intégrative impliquant trois champs disciplinaires, génétique, morphométrique et biologique, a été développée sur un panel de populations sud-américaines pour délimiter de nouvelles frontières au sein de cette espèce. L’exploration de la diversité génétique a permis de révéler l’exitence de deux groupes fortement distants de G. pallidaCette étude questionne aussi les processus impliqués dans cette divergence qui semblent distincts pour ces deux groupes. L’existence d’une différenciation morphologique a été observée grâce à un outil d’analyse d’image automatisé créé spécifiquement pour ce travail. Le développement de l’outil constitue une approche novatrice pour l’étude de la morphométrie dans ce genre et plus généralement chez les nématodes. Cette différenciation s’appuie sur l’intégration combinée de trois métriques adaptées à la morphométrie automatisée. Enfin, l’étude de la capacité de ces entités à se développer aux dépens de certaines plantes a elle aussi rapporté des

The management of crop pests has always been an important issue. In modern agriculture, this management involves notably the use of insecticides increasingly respectful of environment and health. In the control of the apple pests Cydia pomonella, bioinsecticides based on the baculovirus CpGV have been used in Europe for almost 30 years. However, the massive use of a single viral genotype has led to the emergence and spread of resistant insects, compromising fruit productions. It has been shown that baculovirus diversity of genotypes persists in resistant insect populations even when insects have developed a specific resistance against some of these genotypes. The use of this diversity in biological control, especially to get each insect infected by several genotypes, represents a solution against insect resistance emergence.The objective of this research is to provide sustainable resistance management by exploring the benefits of multiple infections and viral genetic diversity in agronomic uses. This work is divided into two parts, one deals with the development and the other with the use of exploration methods of multiples infections in field and laboratory conditions. Two tools allowing the monitoring of different CpGV genotypes at different scales have been developed. The first tool is the adaptation of the ANCHORTM technology to baculoviruses, which makes them autofluorescent and allows the monitoring of each genotype within a cell. The second tool is the use of differences in the melting temperature of specifics fragments in their genomes (HRM), here the differential fragment of the pe38 gene was used. This tool enables to quantify the frequency of genotypes CpGV-M and CpGV-R5 in infected insect and to analyze a large number of samples, in order to establish the prevalence of genotypes in a population. These tools have been used both in field and laboratory to assess the dynamics of multiple infections. The study of interactions between CpGV-M and CpGV-R5 highlighted the specific cooperation between the two genotypes. These works have led to improvement paths in commercial CpGV-based products and their application methods in particular the recommendation of increased CpGV doses during the 2nd and 3rd generations of insects.; La gestion des ravageurs des cultures a été de tout temps un enjeu d’importance. Dans l’agriculture moderne, cette gestion passe en particulier par l’utilisation d’insecticides de plus en plus respectueux de l’environnement et de la santé. Dans la lutte contre le ravageur du pommier Cydia pomonella, les bioinsecticides à base du baculovirus CpGV sont utilisés en Europe depuis presque 30 ans. Cependant, l’utilisation massive d’un seul génotype viral a conduit à l’apparition, et la dispersion, d’insectes résistants, compromettant les productions fruitières. Il a été montré que la diversité génétique des baculovirus persiste dans les populations d’insectes résistants, même les génotypes contre lesquels des résistances spécifiques ont été développées. L’utilisation de cette diversité en lutte biologique, en particulier l’obtention d’une infection multiple dans chaque insecte, représente une solution pour limiter l’apparition de résistance chez l’insecte.L’objectif de ces travaux de recherche est de garantir une gestion durable des résistances, en explorant les avantages de la diversité génétique virale et des infections multiples pour une utilisation agronomique. Ce travail comporte deux parties, l’une portant sur le développement et l’autre sur l’utilisation de méthodes d’exploration des infections en conditions de terrain et de laboratoire. Deux outils permettant le suivi des génotypes de CpGV à différentes échelles ont été développés. Le premier outil est l’adaptation de la technologie ANCHORTM aux baculovirus, en les rendant autofluorescents, cette technique permet de suivre chaque génotype à l’intérieur d’une cellule. Le deuxième outil est l’utilisation des différences de température de fusion de fragments spécifiques de leurs génomes (HRM), ici le fragment différentiel du gène pe38 a été utilisé. Cet outil permet de quantifier la fréquence des génotypes CpGV-M et CpGV-R5 dans un insecte infecté, et d’analyser un grand nombre d’échantillons, donc d’établir la prévalence de ces génotypes dans une population. Ces outils ont été mis en application sur le terrain et en laboratoire afin d’évaluer la dynamique des infections multiples. L’étude des interactions entre CpGV-M et CpGV-R5 a permis de mettre en évidence la coopération spécifique entre les deux génotypes. Ces travaux ont permis d’apporter quelques pistes d’amélioration pour les produits commerciaux à base de CpGV et leurs modes d’application en particulier de préconiser une augmentation des doses de CpGV pour contrôler les 2ème et 3ème générations d’insecte.