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The present invention relates to the use of 2-phenylbutyric acid or 3-phenylbutyric acid or 4-phenylbutyric acid, or a salt thereof, or a combination thereof, to combat cryptogamic diseases which are caused by fungi or oomycetes. The present invention also relates to the use of these compounds and these combinations as fungicidal or fungistatic agents in preventing or curing cryptogamic diseases., La présente invention concerne l'utilisation de l'acide 2-phénylbutyrique, ou de l'acide 3-phénylbutyrique, ou de l'acide 4-phénylbutyrique, ou de l'un de leurs sels, ou de l'une de leurs combinaisons, pour lutter contre les maladies cryptogamiques causées par les champignons et les oomycètes. La présente invention porte également sur l'utilisation de ces composés et de ces combinaisons comme agents fongicides ou fongistatiques pour la prévention ou le traitement curatif de maladies cryptogamiques.

CONTEXTE - La sélection de génotypes debioagresseurs résistantsconstitue un des effetsnon intentionnels del’utilisation des produitsde protection des plantes(PPP). Le suivi et la gestion de ces génotypesreprésentent un enjeuagronomique majeurafin de préserver durablement l’efficacité des PPP.PRINCIPE DE GESTION - La résistance estle résultat de l’adaptation des bioagresseurs àla pression de sélectionexercée par les pratiquesde contrôle. Les élémentsde compréhension présentés dans cet articles’appliquent à tous lesPPP, qu’ils soient d’originesynthétique ou d’originenaturelle. Notre objectifest de sensibiliser leslecteurs à la nécessité dediversifier les leviers deprotection des cultureset de promouvoir des« bonnes pratiques » enphase avec la transitionagroécologique.

Avant d'entamer le dossier, voici un petit glossaire à l'usage des gestionnaires de la résistance aux produits phytopharmaceutiques.La résistance aux PPP est un phénomène souvent complexe, faisant appel à des notions de biochimie, génétique, sciences de l’évolution. De ce fait, pour apprécier au mieux les articles de ce dossier, il apparaît utile d’avoir sous la main un mémento donnant une définition scientifique des termes les plus courants.

National audience

Réseau de Réflexion et de Recherche sur la Résistance aux Pesticides (R4P) : www.r4p-inra.frCe site met à disposition des outils et des informations sur la résistance aux produits de protection des plantes. Ces informations peuvent intéresser les professionnels impliqués dans la prévention et la gestion des résistances, des enseignants ou étudiants, et quiconque intéressé par cette thématique.Ring for Research and Reflection on Resistance to Pesticides (R4P) :www.r4p-inra.frThis site provides tools and information on resistance to plant protection products. This information may be of interest to professionals involved in the prevention and management of resistance, teachers or students, and anyone interested in this topic.

SPEGESTAD INRA; Organisateurs du congrès. Journées d’Échanges sur les Résistances aux Produits de Protection des Plantes 2017

National audience; Un réseau de surveillance des pertes d’efficacité des fongicides sur les principales maladies des céréales à pailles a été mis en place en France sous l’égide de l’Association Française de Protection des Plantes en 1997. Ce réseau d’essais de comparaison de spécialités fongicides mono substance active estime l’évolution, sur la septoriose des feuilles due à (Zymoseptoria tritici), de l’efficacité des fongicides prochloraze, époxiconazole, chlorothalonil, prothioconazole. Le protocole inclue également l’époxiconazole associé au boscalid et au fluxapyroxad. Les efficacités sont mesurées au champ et la sensibilité des populations est caractérisée au laboratoire lorsqu’une méthode est disponible. Ce réseau d’essais a permis de constater la perte d’efficacité des strobilurines sur la septoriose des feuilles et interroge sur une érosion progressive mais notable des IDM les plus performants suite à l’augmentation des populations à phénotypes émergents.

National audience; La sclérotiniose du colza représente la maladie la plus dommageable pour la culture du colza en France, et fait, à ce titre, l’objet d’un à 2 traitements annuels. L’utilisation de fongicides inhibant la succinate deshydrogénase (SDHI), principalement représentés par le boscalid, ont conduit à la sélection de souches faiblement à fortement résistantes in vitro, selon la molécule utilisée, en progression rapide dans les populations françaises. Cette résistance est corrélée systématiquement dans notre échantillonnage à une des sept substitutions détectées dans les sous-unités protéiques B, C et D de la succinate deshydrogénase, cible des SDHIs. Ces altérations ont été détectées par séquençage mais également par un outil de diagnostique utilisable en routine et basé sur la technologie HRM.

National audience; La résistance multidrogues (MDR) est en progression dans les populations françaises de Z. tritici, depuis sa première détection en 2008. Ce mécanisme original est lié à un efflux accru de fongicides, induit par la surexpression du transporteur membranaire MgMFS1. Le phénotype MDR est déterminée par une insertion de 519 bp dans la région promotrice de MgMFS1, mais également, pour certaines souches, par au moins un autre mécanisme, à identifier. Le mécanisme MDR, associé à des modifications de cible de fongicides, notamment Cyp51 (cible des triazoles), confère de forts niveaux de résistance croisée. Ces résultats posent plus généralement la question de l’efficacité résiduelle des différentes spécialités fongicides si les souches MDR venaient à se généraliser.

National audience; Le contrôle de la septoriose reste largement dépendant de l’utilisation des fongicides, malgré la mise en œuvre de bonnes pratiques agricoles et le recours à des variétés résistantes. A cela s’ajoutent des perspectives de restrictions croissantes des molécules disponibles pour cet usage, du fait des évolutions réglementaires européennes et nationales. Dans ce contexte, l’utilisation des fongicides mérite d’être accompagnée de recommandations assurant la durabilité de l’ensemble des solutions disponibles. A partir du Réseau Performance animé par Arvalis Institut du Végétal et l’INRA Bioger, les résultats d’efficacité des fongicides en fonction de l’évolution des populations de Zymoseptoria tritici en France sont présentés et discutés. Une étude de la pression sélective, exercée par les représentants des IDMs et des SDHI ainsi que du chlorothalonil, a été réalisée de 2010 à 2013, Les résultats sont présentés et discutés.

SPEPôle GEAPSICT2communication orale invitée, résumé; La résistance est le résultat inéluctable de la sélection exercée par les PPP sur les populations de bio-agresseurs. On ne peut pas empêcher une résistance d’évoluer, mais on peut retarder substantiellement son évolution en mettant en place des stratégies appropriées avant (prévention) et après (gestion) la détection des premiers individus résistants. Le point-clef à retenir pour cela est que plus le contrôle d’un bio-agresseur est basé sur une chimie peu diversifiée, plus le risque de sélectionner rapidement une résistance est élevé. Un exemple type de ce qu’il ne faut pas faire est de contrôler un bio-agresseur présent sur de grandes surfaces en utilisant exclusivement des PPP ayant un même mode d’action, voire un seul PPP. Cette stratégie peut fonctionner à court terme, mais à moyen et long terme, elle est extrêmement risquée du point de vue de la sélection des résistances. Pour limiter le risque de sélection de résistances, il faut une stratégie de contrôle des bio-agresseurs qui soit diversifiée et efficace. Ceci implique de limiter le plus possible la prolifération des bio-agresseurs en utilisant une diversité de moyens (chimiques et non chimiques) dont la combinaison soit la plus efficace possible : rotations culturales (quand c’est possible), prophylaxie (destruction des sources d’inoculum ou des formes hivernantes...), et mise en oeuvre de toute pratique de contrôle non chimique efficace et acceptable dans un système de production donné. L’emploi des PPP ne devrait idéalement se faire qu’après la mise en oeuvre de ces moyens, pour « finir le travail » : l’idée est de réduire le risque de sélection de résistances en réduisant l’infestation sur laquelle on applique un PPP. Et bien entendu, il faut aussi diversifier à la fois dans l’espace et dans le temps la partie chimique du contrôle : alterner les modes d’action, et/ou utiliser des mélanges contenant des substances ayant des modes d’action différents, tout en se plaçant dans des conditions d’application qui permettront une efficacité maximale de l’application. La dose appliquée (pleine ou réduite) peut également fortement influencer l’évolution de la résistance. Au vu de la facilité d’emploi des PPP (« un pt’it coup de pulvé, et c’est plié »), ces recommandations peuvent sembler contraignantes. À court terme, il semble logique de privilégier la simplicité dans le contrôle des bio-agresseurs. Mais le contrôle des bio-agresseurs ne peut se raisonner que dans la durée, collectivement, et en considérant l’efficacité des PPP comme un bien commun. En cas de généralisation de la résistance, et sans efficacité pratique résiduelle du PPP concerné, il est souvent inutile de continuer à utiliser le PPP concerné. Le contrôle du bio-agresseur résistant devra être recherché par d’autres méthodes, chimiques ou non. Une fois la résistance établie, mettre en place des mesures de gestion est en général bien plus contraignant, moins efficace, voire plus coûteux, qu’utiliser une stratégie de prévention des résistances, surtout dans le contexte actuel de réduction de l’utilisation des intrants chimiques et de manque de nouveaux modes d’action.

ECHAP : un projet pour identifier les possibilités de réduction de l'utilisation des fongicides en utilisant l'architecture des couverts. 45e Congrès du Groupe Français des Pesticides Devenir et impact des pesticides : verrous à lever et nouveaux enjeux

La fusariose de l'épi est une maladie du blé induite par un complexe d'espèces de champignons des genres Fusarium et Microdochium, aux caractères épidémiologiques différents, productrices ou non de toxines. Ces espèces n'ont pas la même sensibilité intrinsèque aux fongicides et certaines ont sélectionné des résistances. L'apparition de ces résistances et la réduction programmée de l'usage des produits phytosanitaires ont conduit Arvalis-institut du végétal associé aux unités Bioger et MycSA, de l'Inra, à proposer le projet de recherche "EcoFusa" dans le cadre de l'appel à projet "Recherche finalisée et innovation des instituts techniques agricoles" soutenu par le Casdar.

National audience

National audience

Les inhibiteurs respiratoires du complexe III résisteront-ils tous ? Présentation des substances utilisées comme fongicides, acaricides ou médicaments et qui peuvent être en butte à la résistance de bioagresseurs. Quelles sont ces résistances, que faire face à elles ? Le point.

Pour le professionnel du conseil à l'utilisation de produits de protection des plantes, il n'est pas toujours évident d'accéder aux connaissances scientifiques sur les résistances à ces produits (cas de résistance, mécanismes d'évolution, stratégies de gestion de résistances...). Pour le scientifique, il n'est pas toujours facile d'avoir une vue actualisée de la situation au champ (problèmes émergents, questions que se posent les professionnels...). La solution ? Les JÉR, dont le but est de permettre un dialogue direct entre recherche et " terrain " !

Pour le professionnel du conseil à l'utilisation de produits de protection des plantes, il n'est pas toujours évident d'accéder aux connaissances scientifiques sur les résistances à ces produits (cas de résistance, mécanismes d'évolution, stratégies de gestion de résistances...). Pour le scientifique, il n'est pas toujours facile d'avoir une vue actualisée de la situation au champ (problèmes émergents, questions que se posent les professionnels...). La solution ? Les JÉR, dont le but est de permettre un dialogue direct entre recherche et " terrain " !

SPEPôle GEAPSICT2Communication orale invitée; Au niveau d’un individu, la résistance « biologique » correspond à une moindre sensibilité à un PPP en comparaison d’individus sensibles de référence, mesurée au laboratoire. Un individu résistant peut être caractérisé par son facteur de résistance (l’« intensité » ou la « force » de la résistance, correspondant au rapport entre la quantité de PPP requise pour avoir le même effet sur un individu résistant que sur un individu sensible), et son profil (ou spectre) de résistance (la gamme de substances auquel l’individu sera résistant). Le caractère de résistance est transmis aux générations suivantes de bio-agresseurs, car déterminé par une ou des modifications du génome. En fonction de son contrôle génétique, on distingue : - la résistance croisée positive, qui est une résistance à plusieurs substances due à une seule modification du génome. - la résistance multiple, qui est due à l’accumulation, au sein d’un même individu, de plusieurs modifications du génome induisant des résistances à plusieurs substances. Le profil de résistance d’un individu dépend de ses mécanismes de résistance. On distingue globalement deux types de résistances, selon la nature du mécanisme en cause : - la résistance liée à la cible du PPP. Ce type de résistance ne concerne qu’un seul mode d’action, mais ne concerne pas forcément toutes les substances ayant ce mode d’action. - la résistance par d’autres mécanismes comme la métabolisation, la séquestration ou l’efflux accru du PPP (résistance non liée à la cible). Ce type de résistance, souvent complexe car nécessitant plusieurs modifications du génome, peut concerner des substances ayant des modes d’action différents. Certains de ces mécanismes peuvent avoir des effets secondaires (« pléiotropes ») sur le cycle de vie du bio-agresseur, et peuvent ou non entraîner une pénalité en l’absence de l’application de PPP pour les individus résistants (« coût génétique » ou « altération de la fitness » : individus moins vigoureux, se reproduisant moins...). À l’échelle de la population de bio-agresseurs, la résistance « en pratique » s’observe au champ. Elle est due à la présence dans les populations d’individus résistants (donc présentant une résistance biologique) en fréquence suffisante et avec des facteurs de résistance suffisamment forts pour entraîner une perte visible d’efficacité des PPP. La résistance en pratique nécessite donc la sélection d’une résistance biologique à l’échelle individuelle, mais cette condition n’est pas suffisante. Plus généralement, la résistance aux PPP est un phénomène évolutif. La pression de sélection exercée par les PPP favorise la reproduction des individus les moins sensibles (les plus résistants), qui préexistent en faible fréquence dans les populations de bio-agresseurs. Sous l’effet des applications, la fréquence des individus résistants augmente dans les populations, jusqu’à causer éventuellement une perte de contrôle. L’enjeu des stratégies anti-résistance est donc de ralentir la sélection par les PPP (sans pouvoir garantir de l’éviter totalement à partir du moment où des populations de bio-agresseurs sont exposées à des PPP).

Natural selection is the most powerful force driving population adaptation to their environment, favoring the variants with the best fitness. Fungi generally exhibit biological traits (diversity of reproduction modes, large population sizes, and intense dispersion) that favor their adaptation to changing environments. Therefore, disentangling the mechanisms that explain their evolution under natural and anthropic constraints constitute a major challenge for plant protection, especially in the actual context of agriculture sustainability. In this thesis, we described Botrytis cinerea population structure and diversity, using neutral and selected markers and a hierarchical sampling, and proposed mechanisms that may explain these observations. We then analyzed the adaptive answer of this species towards fungicide applications. First, we showed that grey mold populations were caused by a complex of two cryptic species, living sympatrically on the same hosts. Second, B. cinerea populations are divided into five demes, according to the cropping system (directional selection), the host-plant (ecological adaptation), and to a lesser extent, by geography. On grapevine, we identified a specific populations exhibiting temporal isolation, as an evidence of extreme exploration of the viticultural conditions. Moreover, fungicide applications select resistance towards all unisite modes of action, with few exceptions, but at varying proportions according to vineyards and fungicide use. More specifically, resistance to succinate dehydrogenase inhibitors (SDHIs) is caused by at least seven mutations altering the target genes of these fungicides, and determines a large variety of phenotypes in the field. At last, we showed that fungicides did not shape population structure but that they could decrease allele richness in treated areas and lead to migration-selection equilibrium, detectable in some situation and for loci under contemporary selective pressures as clines. Modeling the evolution of resistance during winter allowed estimating fitness cost of four loci involved in contemporary fungicide resistance, such as multidrug resistance. As a conclusion, this thesis helped to understand how B. cinerea populations evolve and to detect and quantify selective mechanisms at work in natura. This information will be useful to deign sustainable and locally-adapted anti-resistance strategies.; La sélection naturelle constitue un processus clé de l’adaptation des populations à leur environnement, favorisant les variants présentant les meilleures valeurs sélectives. Les champignons présentent généralement des traits biologiques (diversité des modes de reproduction, grandes tailles de populations, fortes capacités de dispersion, entre autres) qui favorisent leur adaptation à des environnements variés. La compréhension des mécanismes qui sous-tendent l’évolution de leurs populations sous les contraintes, naturelles et anthropiques, qu’elles subissent constituent donc un enjeu majeur pour la protection des plantes, en particulier dans le contexte actuel de durabilité des méthodes de lutte. Dans cette thèse, nous avons décrit la structure et la diversité des populations Botrytis cinerea à l’aide de marqueurs neutres et sélectionnés et d’un échantillonnage emboîté, et avons proposé des mécanismes pouvant expliquer les résultats observés. Puis nous avons analysé la réponse adaptative des populations de B. cinerea en Champagne, aux applications de fongicides. Premièrement, nous avons montré que la pourriture grise était causée par un complexe de deux espèces cryptiques, vivant en sympatrie sur des hôtes communs. De plus, les populations françaises de B. cinerea sont structurées en cinq dèmes, caractérisés par le système de culture (sélection directionnelle), la plante-hôte (adaptation écologique), et dans une moindre mesure, par la géographie. Sur vigne, nous avons mis en évidence une entité dont l’isolement génétique semble lié à un isolement temporel. Par ailleurs, nous avons montré que l’application de fongicides conduit à la sélection de phénotypes résistants spécifiquement à quasiment tous les modes d’action homologués, selon des proportions variant suivant les vignobles et les usages. Plus particulièrement, la résistance aux fongicides inhibiteurs de la succinate déshydrogénase (SDHI) est causée par au moins sept mutations affectant les gènes encodant la protéine cible de ces fongicides, déterminant ainsi une grande variété de phénotypes. Enfin, nous avons montré que les fongicides ne modifiaient pas la structure neutre des populations mais qu’ils pouvaient conduire à une perte de richesse allélique dans les populations traitées ainsi qu’à un équilibre sélection-migration détectable dans certaines situations sous forme de clines au loci sous pression de sélection contemporaine tels que ceux déterminant la résistance multidrogues. La modélisation de l’évolution des fréquences de résistance hivernale a permis d’estimer le coût de la résistance pour quatre loci déterminant la résistance aux fongicides. Cette thèse a permis d’appréhender le fonctionnement des populations de B. cinerea et de comprendre et quantifier partiellement les mécanismes sélectifs opérant in natura. Ces informations seront utilisées pour raisonner des stratégies anti-résistance adaptées localement et durables.

National audience

National audience; La résistance est le résultat inéluctable de la sélection exercée par les PPP sur les populations de bio-agresseurs. À terme, on ne peut pas empêcher une résistance d’évoluer. Mais on peut retarder substantiellement cette évolution. Le point-clef à retenir pour ce faire est que plus une pression de sélection est répétée dans le temps et homogène, plus elle conduit rapidement et efficacement à une adaptation. Autrement dit, plus les techniques de contrôle déployées contre un bio-agresseur sont peu diverses, plus le risque de sélectionner rapidement une résistance est élevé. En agriculture, un exemple type d’application d’une pression de sélection homogène et répétée est de contrôler un bio-agresseur présent sur de grandes surfaces en utilisant exclusivement des PPP ayant un même mode d’action, voire un seul PPP. Cette stratégie peut fonctionner à court terme, mais à moyen et long terme, elle est extrêmement risquée du point de vue de la sélection des résistances. En conséquence, pour limiter le risque de sélection de résistances, il faut une stratégie de contrôle des bio-agresseurs qui soit diversifiée et efficace. Ceci implique de limiter le plus possible la prolifération des bio-agresseurs, en utilisant une diversité de moyens (chimiques et non chimiques) dont la combinaison soit la plus efficace possible : jouer sur les rotations culturales (quand c’est possible), faire de la prophylaxie (destruction des sources d’inoculum ou des formes hivernantes...), et mettre en oeuvre toute pratique de contrôle non chimique efficace et acceptable dans un système de production donné. L’emploi des PPP ne devrait idéalement se faire qu’après la mise en oeuvre de ces moyens, pour « finir le travail », car l’idée est de réduire le risque de sélection de résistances en réduisant l’infestation sur laquelle on applique un PPP. Et bien entendu, il faut aussi diversifier à la fois dans l’espace et dans le temps la partie chimique du contrôle des bio-agresseurs : alterner les modes d’action, et/ou utiliser des mélanges contenant des substances ayant des modes d’action différents, tout en se plaçant dans des conditions d’application qui permettront une efficacité maximale de l’application. Le choix de la dose appliquée peut également fortement influencer l’efficacité des PPP, et donc la sélection exercée. Au vu de la facilité d’emploi des PPP (« un pt’it coup de pulvé, et c’est plié »), ces recommandations peuvent sembler contraignantes. Si l’on raisonne à court terme, il semble en effet logique de privilégier la simplicité dans le contrôle des bio-agresseurs. Mais justement, le contrôle des bio-agresseurs ne peut se raisonner que dans la durée. Une fois la résistance établie, mettre en place des mesures de gestion est en général bien plus contraignant, voire plus coûteux, qu’utiliser une stratégie de prévention des résistances, surtout dans le contexte actuel de réduction de l’utilisation des intrants chimiques et de manque de nouveaux modes d’action. En matière de résistances, les calculs à courte vue sont souvent risqués.

Natural selection is the most powerful force driving population adaptation to their environment, favoring the variants with the best fitness. Fungi generally exhibit biological traits (diversity of reproduction modes, large population sizes, and intense dispersion) that favor their adaptation to changing environments. Therefore, disentangling the mechanisms that explain their evolution under natural and anthropic constraints constitute a major challenge for plant protection, especially in the actual context of agriculture sustainability. In this thesis, we described Botrytis cinerea population structure and diversity, using neutral and selected markers and a hierarchical sampling, and proposed mechanisms that may explain these observations. We then analyzed the adaptive answer of this species towards fungicide applications. First, we showed that grey mold populations were caused by a complex of two cryptic species, living sympatrically on the same hosts. Second, B. cinerea populations are divided into five demes, according to the cropping system (directional selection), the host-plant (ecological adaptation), and to a lesser extent, by geography. On grapevine, we identified a specific populations exhibiting temporal isolation, as an evidence of extreme exploration of the viticultural conditions. Moreover, fungicide applications select resistance towards all unisite modes of action, with few exceptions, but at varying proportions according to vineyards and fungicide use. More specifically, resistance to succinate dehydrogenase inhibitors (SDHIs) is caused by at least seven mutations altering the target genes of these fungicides, and determines a large variety of phenotypes in the field. At last, we showed that fungicides did not shape population structure but that they could decrease allele richness in treated areas and lead to migration-selection equilibrium, detectable in some situation and for loci under contemporary selective pressures as clines. Modeling the evolution of resistance during winter allowed estimating fitness cost of four loci involved in contemporary fungicide resistance, such as multidrug resistance. As a conclusion, this thesis helped to understand how B. cinerea populations evolve and to detect and quantify selective mechanisms at work in natura. This information will be useful to deign sustainable and locally-adapted anti-resistance strategies.; La sélection naturelle constitue un processus clé de l’adaptation des populations à leur environnement, favorisant les variants présentant les meilleures valeurs sélectives. Les champignons présentent généralement des traits biologiques (diversité des modes de reproduction, grandes tailles de populations, fortes capacités de dispersion, entre autres) qui favorisent leur adaptation à des environnements variés. La compréhension des mécanismes qui sous-tendent l’évolution de leurs populations sous les contraintes, naturelles et anthropiques, qu’elles subissent constituent donc un enjeu majeur pour la protection des plantes, en particulier dans le contexte actuel de durabilité des méthodes de lutte. Dans cette thèse, nous avons décrit la structure et la diversité des populations Botrytis cinerea à l’aide de marqueurs neutres et sélectionnés et d’un échantillonnage emboîté, et avons proposé des mécanismes pouvant expliquer les résultats observés. Puis nous avons analysé la réponse adaptative des populations de B. cinerea en Champagne, aux applications de fongicides. Premièrement, nous avons montré que la pourriture grise était causée par un complexe de deux espèces cryptiques, vivant en sympatrie sur des hôtes communs. De plus, les populations françaises de B. cinerea sont structurées en cinq dèmes, caractérisés par le système de culture (sélection directionnelle), la plante-hôte (adaptation écologique), et dans une moindre mesure, par la géographie. Sur vigne, nous avons mis en évidence une entité dont l’isolement génétique semble lié à un isolement temporel. Par ailleurs, nous avons montré que l’application de fongicides conduit à la sélection de phénotypes résistants spécifiquement à quasiment tous les modes d’action homologués, selon des proportions variant suivant les vignobles et les usages. Plus particulièrement, la résistance aux fongicides inhibiteurs de la succinate déshydrogénase (SDHI) est causée par au moins sept mutations affectant les gènes encodant la protéine cible de ces fongicides, déterminant ainsi une grande variété de phénotypes. Enfin, nous avons montré que les fongicides ne modifiaient pas la structure neutre des populations mais qu’ils pouvaient conduire à une perte de richesse allélique dans les populations traitées ainsi qu’à un équilibre sélection-migration détectable dans certaines situations sous forme de clines au loci sous pression de sélection contemporaine tels que ceux déterminant la résistance multidrogues. La modélisation de l’évolution des fréquences de résistance hivernale a permis d’estimer le coût de la résistance pour quatre loci déterminant la résistance aux fongicides. Cette thèse a permis d’appréhender le fonctionnement des populations de B. cinerea et de comprendre et quantifier partiellement les mécanismes sélectifs opérant in natura. Ces informations seront utilisées pour raisonner des stratégies anti-résistance adaptées localement et durables.

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National audience; Grapevine grey mould is caused by a complex of two cryptic species living in sympatrie. Botrytis cinerea is the main species, responsible for the damages observed at vintage. B. pseudocinerea is the newly described species, present at low frequency in populations but with a higher Spring abundance. This papers aims to establish this second entity, previously known as Botrytis group I, as a separate species, while comparing it to B. cinerea with phylogenetic, biological, morphological and ecological criteria. B. pseudocinerea (tel. Botrytotinia pseudofuckeliana) is now a fully described species, available in international collections; La pourriture grise de la vigne est générée par un complexe de deux espèces cryptiques, vivant en sympatrie, Botrytis cinerea est l’espèce majoritaire, responsable des dégâts à la vendange, alors que B. pseudocinerea constitue l’espèce nouvellement décrite, minoritaire dans les populations et prépondérante au printemps. Cet article a pour objectif d’établir cette seconde entité précédemment décrite comme «Botrytis groupe I» en tant qu’espèce distincte, en la comparant à B. cinerea sur le plan phylogénétique, biologique, morphologique et écologique. B. pseudocinerea (tel. Botrytotinia pseudofuckeliana) est maintenant une espèce officiellement décrite, disponible dans les collections internationales.

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Oral - Session 4 : Génétique et Evolution des Populations; absent

Session 4 : Génétique et Evolution des Populations Poster n°4.5; absent

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La pourriture grise de la vigne est générée par un complexe de deux espèces cryptiques, vivant en sympatrie, Botrytis cinerea est l’espèce majoritaire, responsable des dégâts à la vendange, alors que B. pseudocinerea constitue l’espèce nouvellement décrite, minoritaire dans les populations et prépondérante au printemps. Cet article a pour objectif d’établir cette seconde entité précédemment décrite comme «Botrytis groupe I» en tant qu’espèce distincte, en la comparant à B. cinerea sur le plan phylogénétique, biologique, morphologique et écologique. B. pseudocinerea (tel. Botrytotinia pseudofuckeliana) est maintenant une espèce officiellement décrite, disponible dans les collections internationales., Grapevine grey mould is caused by a complex of two cryptic species living in sympatrie. Botrytis cinerea is the main species, responsible for the damages observed at vintage. B. pseudocinerea is the newly described species, present at low frequency in populations but with a higher Spring abundance. This papers aims to establish this second entity, previously known as Botrytis group I, as a separate species, while comparing it to B. cinerea with phylogenetic, biological, morphological and ecological criteria. B. pseudocinerea (tel. Botrytotinia pseudofuckeliana) is now a fully described species, available in international collections

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Le fenhexamid, fongicide à spectre étroit, de la famille des hydroxyanilides, a été introduit dans le vignoble français en 2000 pour lutter contre la pourriture grise. Ce fongicide est un inhibiteur de la biosynthèse des stérols, dont la cible est la 3-cétoréductase intervenant dans les étapes de C4-déméthylation des stérols. Or, plusieurs phénotypes résistants ont pu être détectés au vignoble : deux phénotypes HydR3- et HydR3+ ont acquis la résistance spécifique au fenhexamid et deux phénotypes MDR résistent faiblement au fenhexamid et simultanément à d'autres fongicides. à noter que le phénotype HydR1, préexistant à l'introduction du fenhexamid, correspond à la résistance naturelle de Botrytis pseudocinerea, une espèce cryptique de Botrytis cinerea. Pour cette nouvelle espèce, la résistance n'est que partiellement liée à la modification de la cible mais majoritairement à la métabolisation du fenhexamid, impliquant une monooxygénase à cytochrome P450, mécanisme rare chez les champignons phytopathogènes. La fréquence de B. pseudocinerea dans les populations reste modérée et ne pose pas de problème en pratique. En ce qui concerne les isolats de B. cinerea HydR3- et HydR3+, respectivement modérément et très résistants au fenhexamid, plusieurs mutations ont été détectées dans le gène codant la cible du fenhexamid. La création de mutants isogéniques de B. cinerea par remplacement de gène a permis de démontrer l'implication totale de ces mutations dans la résistance ainsi que leur effet pénalisant sur divers paramètres de la fitness, en particulier pour les souches HydR3+ les plus fréquentes au vignoble. Ce coût biologique lié à la sélection de la résistance pourrait contribuer à expliquer l'évolution contenue des isolats HydR3+ détectés depuis 2003. La gestion de la résistance au fenhexamid impose de surveiller l'évolution des souches HydR3+ dans les différents vignobles, ce qui pourrait être réalisé grâce à une nouvelle technique de PCR permettant de quantifier plusieurs allèles résistants simultanément.

Si elle existe depuis des années 60-70, la famille des inhibiteurs de la succinate déshydrogénase (SDHI) est en train de s'enrichir de nouveaux représentants. Fongicides à large spectre, ils permettent de lutter contre un grand nombre de champignons.

Septoria tritici, champignon responsable de septoriose du blé, a continué à évoluer en 2010 malgré une faible pression globale de maladie. Les résistances spécifiques aux fongicides benzimidazoles et strobilurines restent bien implantées. Les résistances spécifiques aux SDHI restent absentes. En revanche les résistances aux IDM ont évolué notamment concernant les phénotypes émergents. Ces phénotypes, décelés en France depuis 2008, représentent 8 nouvelles souches identifiées. Elles sont toutes plus résistantes que les 8 phénotypes peu ou moyennement résistants connus auparavant. Elles sont classées en trois catégories dont une MDR. En 2010, la fréquence de ces souches émergentes, tant MDR que "non MDR" a augmenté. Elle reste faible. L'efficacité des fongicides n'a pas été affectée en pratique. Les raisons de cette situation et les évolutions probables sont discutées. Les stratégies anti-résistances envisageables pour préserver l'efficacité des produits sont évoquées.

Le développement en grandes cultures de populations de bioagresseurs résistantes nécessite de limiter le recours systématique à la lutte chimique et de préserver l'efficacité des substances actives autorisées. Leur usage raisonné est basé sur une bonne connaissance des populations de bioagresseurs, grâce à des réseaux de surveillance spécifiques septoriose du blé et sclérotinia du colza, et la conception d'outils d'aide à la décision. Des tests précoces de diagnostic moléculaire offrent une mesure du potentiel infectieux utile dans la conception d'OAD. Pour la septoriose, maladie à incubation lente, une quantification fongique permet une prédiction du développement ultérieur des symptômes. En sclérotinia, la quantification d'ADN d'un échantillon de 40 fleurs n'est malheureusementpas corrélée à l'indicateur de risque " pourcentage de fleurs contaminées ". Pour la septoriose du blé, la conception d'un modèle épidémiologique opérationnel SeptoLIS, intégrant les facteurs de variations climatiques et phénologiques, permet de se rapprocher du positionnement idéal du premier traitement fongicide. De plus, la modélisation des interactions Hôte x agents pathogènes du blé décrivant l'évolution de la plante et permettant d'évaluer l'impact d'une maladie sur le couvert constitue un outil innovant de conception d'itinéraires techniques permettant de minimiser voire d'échapper à une attaque parasitaire.

National audience

National audience; Les fongicides affectant les processus respiratoires sont utilisés contre les champignons pathogènes des plantes cultivées. Les plus anciens, des produits minéraux et des molécules organiques de synthèse "multisites", n'ont jamais été confrontés à la résistance. Mais deux classes d'unisites récentes et affectant spécifiquement les complexes mitochondriaux II (SDHI) ou III (Qol et Qil) peuvent être confrontés à la sélection de souches fongiques résistantes. Après un premier article consacré aux classes anciennes et aux SDHI, cet article expose les modes d'action des Qol et Qil et explique les mécanismes moléculaires de résistance à ces familles, ainsi que le phénomène de multirésistance de type MDR.

National audience; Les fongicides agricoles affectant les processus respiratoires occupent actuellement une place prépondérante dans le cadre de la lutte chimique contre les champignons pathogènes des plantes cultivées. Les plus anciens sont des produits minéraux et des molécules organiques de synthèse "multisites" qui n'ont jamais été confrontés à la résistance, ainsi que des unisites affectant la biodisponibilité de l'ATP. Par ailleurs deux classes d'unisites, plus récentes, affectent spécifiquement les complexes mitochondriaux II (SDHI) ou III (Qol et Qil) ; leur utilisation peut entrainer la sélection de souches fongiques résistances. Cet article évoque les modes d'action des anciennes substances ainsi que des SDHI, et précise les mécanismes moléculaire de résistance. Un prochain article traitera des Qol et Qil ainsi que des résistances de type MDR.

National audience; La résistance MDR des champignons pathogènes existe en pharmacie et en phytopharmacie. En pharmacie c'est-à-dire dans le domaine médical, elle s'observe en pratique chez divers pathogènes fongiques appartenant aux genres Candida et Aspergillus. Elle concerne particulièrement des triazoles de type IDM. En phytopharmacie - domaine agricole - de nombreux travaux menés par M. De Waard de l'Université de Wageningen aux Pays-Bas sur Botrytis cinerea et Mycosphaerella graminicola chez des mutants de laboratoire ont montré que la résistance MDR pouvait concerner les IDM mais aussi d'autres classes de fongicides (ex: phénylpyrroles, Qql). Mais les investigations au champ n'ont démontré l'existence de ce phénomène que dans un nombre limité de cas. Trois d'entre eux ont été détectés en France chez B. cinerea, M. graminicola et Oculimacula yallundae, responsables respectivement de la pourriture grise de la vigne, de la septoriose du blé et du piétin-verse des céréales ; un cas concernant Penicillium italicum a été signalé au Japon. L'objectif de cet article est de faire le point sur la résistance de type MDR rencontrée en France.

Depuis le début des années 2000. Les agronomes observent régulièrement de fortes infestations d'oïdium sur le triticale dans plusieurs pays européens, dont la France. Des variétés qui étaient résistantes lors de leurs inscription au catalogue sont maintenant totalement sensibles et nécessitent l'utilisation de fongicides. Cette maladie émergente peut se montrer très nuisible. Des pertes de rendement allant jusqu'à 20 % ont pu être observées dans de nombreuses situations d'infestation par l'oïdium. Parfois, cela va jusqu'à remettre en cause l'intérêt de l'utilisation du triticale.

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