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Objective • Understanding the circuit of PhD manuscripts in Sorbonne Universit&eacute

Surmontant les difficultés sanitaires et les obstacles juridiques, la vie de nos associations a repris un cours régulier : rencontre annuelle du CEBC à Berne, reprise du séminaire de l’AIBC à Paris, parution de notre revue commune. Contribuent à la relance des activités autour de Cendrars des rencontres, des conférences, des spectacles, les thèses universitaires de jeunes chercheurs et de nouvelles publications annoncées chez Gallimard et Denoël., Overcoming sanitary difficulties and legal obstacles, associational life resumed on a regular basis: annual encounter of the CEBC in Berne, resumption of the AIBC seminar in Paris, publication of our common review. Contributed in the revival of activities concerning Cendrars, encounters, lectures, shows, academic thesis of young researchers and new publications announced at Gallimard and Denoël.

Kevin Saliou réexamine la thèse méconnue que Michel Pierssens avait consacrée en 1972 aux Poésies d’Isidore Ducasse. Ce travail, inspiré par le structuralisme dominant alors le paysage intellectuel, met en lumière la logique interne de ces recueils de maximes., Kevin Saliou re-examines the little-known thesis that Michel Pierssens devoted in 1972 to Isidore Ducasse’s Poésies. This work, inspired by the structuralism that then held sway over the intellectual landscape, sheds light on the internal logic of these collections of maxims.

If we speak today of indexing to designate the registration of a website in the database of a search engine, the notion of indexing knowledge goes back to the Encyclopedia of Diderot and Alembert or the projects that followed (Otlet project, Dewey classification ...). The indexation of knowledge originates from the disciplinary field of the documentation, it remains nevertheless during the questions and the debates related to interdisciplinary. Can the indexation of knowledge be applied in favor of interdisciplinarity? We try to answer it in this article. We propose an experiment to use the International Patent Classification (IPC) as an interdisciplinary pivot. The field studied concerns "science in the making", here doctoral theses, but can be modeled on other sources of data. We detail the results by an example directly related to the hard sciences, but which can also be applied to the human and social sciences. This original study is at the crossroads of the academic world and the technological world., Si l’on parle aujourd’hui d’indexation pour désigner l’enregistrement d’un site internet dans la base de données d’un moteur de recherche, la notion d’indexation des connaissances remonte quant à elle à l’Encyclopédie de Diderot et d’Alembert ainsi que les projets qui s’en sont suivis (projet d’Otlet, la classification de Dewey…). L'indexation des connaissances tire son origine du champ disciplinaire de la documentation, elle reste néanmoins au cours des questionnements et des débats liés à l’interdisciplinarité. L’indexation des connaissances peut-elle s’exercer au profit de l’interdisciplinarité ? Nous tentons d’y répondre dans cet article. Nous proposons une expérimentation visant à utiliser la classification internationale des brevets (CIB) comme pivot de classement interdisciplinaire. Le terrain étudié concerne la « science en train de se faire », ici les thèses de doctorat, mais peut être calqué à d’autres sources de données. Nous détaillons les résultats par un exemple lié directement aux sciences dures, mais qui peut être également appliqué aux sciences humaines et sociales. Cette étude originale est au croisement du monde académique et du monde technologique.

Cette thèse a pour principal objet la reconnaissance du local et de l'autochtonie au sein des aires protégées en général et des Parcs nationaux français en particulier.

Indoor airflows, of natural or mechanical origin, contribute significantly to particle transport and heat transfer within buildings. Whether for reasons of health and safety at work, thermal comfort or energy saving, it is crucial to study them on site to better control them. The objective of this thesis was to develop a method to measure on site, the speed of indoor air flows over large areas of observation (≥ 1 m2). To this end, we turned to image-based techniques that consist in following the movement of passive tracers introduced into the air to infer an estimate of its velocity. This kind of method is already widely used in research laboratories to study flows in well-controlled contexts. However, the transition to on-site measurement and wide field of interest requires some adaptations. These adaptations concern, in particular, the choice of new tracers, the lighting system as well as the motion estimation method from image sequences. First, we developed a motion estimation algorithm that allows the estimation of large-scalevelocitiesfromparticleimagesand scalar images. We then tested in our wind tunnel, on mixing layer and cylinder wake flows, a large-scale image-based measurement method using only one camera, a LED lighting system, bubbles or smoke tracers as well as the algorithm mentioned above. We compared the obtained measurement with a measurement carried out by hot-wire anemometry. The results of this measurement campaigns howed the ability of the method to measure the main characteristics of the considered flows. Finally, we applied the developed method to an on-site measurement of the suction flow of a laboratory fume hood under real operating conditions. This measure has made it possible to highlight areas of high turbulence and recirculation, causing potential leakages.; Les flux d'air intérieurs, d'origine naturelle ou mécanique, participent de manière significative au transport de particules et aux transferts thermiques au sein des bâtiments. Que ce soit pour des raisons de santé et sécurité au travail, de confort thermique ou encore d'économie d'énergie, il est crucial de pouvoir les étudier sur place pour mieux les maîtriser. L'objectif de cette thèse aura été de développer une méthode permettant de mesurer, sur site, la vitesse de flux d'air intérieurs sur de grands domaines d'observation (≥ 1 m2). Pour cela, nous nous sommes tournés vers les techniques basées images qui consistent à suivre le mouvement de traceurs passifs introduits dans l'air pour en déduire une estimation de sa vitesse. Ce type de méthode est déjà largement utilisé en laboratoire de recherche pour étudier les écoulements dans des contextes bien maîtrisés. Cependant, le passage à la mesure sur le terrain et à l'observation grand champ nécessitent quelques adaptations. Ces adaptations concernent notamment le choix de nouveaux traceurs, l'éclairage ainsi que la méthode d'estimation de mouvement à partir de séquences d'images. Dans un premier temps, nous avons développé un algorithme d'estimation de mouvement permettant l'estimation de la vitesse aux grandes échelles à partir d'images de particules et d'images de scalaire. Nous avons ensuite éprouvé en soufflerie, sur des écoulements de couche de mélange et de sillage de cylindre, une méthode de mesure basée image grand champ n'utilisant qu'une seule caméra, un éclairage LED, des traceurs de type bulles ou fumée ainsi que l'algorithme évoqué plus haut. Nous avons confronté la mesure obtenue à une mesure réalisée par anémométrie à fil chaud. Les résultats de cette campagne de mesure ont montré la capacité de la méthode à mesurer les principales caractéristiques des écoulements considérés. Enfin, nous avons appliqué la méthode développée à une mesure sur site du flux d'aspiration d'une sorbonne de laboratoire en conditions réelles de fonctionnement. Cette mesure a permis de mettre en évidence des zones de forte turbulence et de recirculation, sources de fuites potentielles.

To cope with changing climate, several silvicultural practices are deemed important including managing mixed species stands and decreasing stand density. The main aims of the thesis are to find key processes for growth response and to highlight the possible mechanisms of the practices (1) on availability of water resources, and during a summer drought on (2) individual growth and resistance, (3) the complementarity between the two species on the depth of water acquisition and (4) maintenance of sap-flow density (Fd). Sessile oak (Quercus petraea (Matt.) Liebl.) and Scots' pines (Pinus sylvestris L.) are used in this thesis based on the OPTMix experimental site. The oaks functional strategy, by keeping higher stomatal conductance, leads to a greater rate of decrease in groundwater table level and to lower water availability compared to the pines. This strategy allows the oaks to show greater drought resistance in mixed stands. Positive effects of mixture on oak growth did not occur in low density stands. Pine trees did not show this mixing - density interaction. Partial complementarity between the two species on the depth of water acquisition in mixed stands decreased water stress on oaks without any changes for the pines. This resulted in an independent Fd - composition response. Nevertheless, drought periods accumulation decreased Fd more for oaks more than that of pines. The interaction of the two silvicultural practices during summer drought seems to be only beneficial for oak.; Pour faire face aux changements climatiques plusieurs solutions sylvicoles sont envisagées, dont le mélange des essences et la diminution de la densité. Les principaux objectifs de la thèse étaient d'isoler les processus déterminants la croissance et d'identifier les mécanismes sous-jacents de ces stratégies sylvicoles (mélange - densité) (1) sur les ressources hydriques disponibles, et en contexte de sécheresse estivale sur (2) la croissance et la résistance des individus, (3) la complémentarité entre les deux essences sur la profondeur d'acquisition de l'eau et (4) le maintien de la densité de flux de sève (Fd). Le chêne sessile (Quercus petraea (Matt.) Liebl.) et le pin sylvestre (Pinus sylvestris L.) ont été utilisés dans ce travail de thèse en s'appuyant sur le dispositif OPTMix. La stratégie fonctionnelle des chênes, grâce au maintien de la conductance stomatique plus important de cette essence, entraîne une vitesse de retrait de la nappe et une diminution de l'eau disponible plus importantes que celles des pins. Elle lui permet également d'augmenter sa résistance à la sécheresse en mélange. L'effet positif du mélange sur la croissance des chênes n'est pas observé dans les densités faibles. Le pin ne présente pas cette interaction mélange - densité. La complémentarité partielle de l'acquisition de l'eau entre les deux essences en mélange diminue le stress des chênes sans influer sur celui des pins. Cela ne s'est pas traduit sur la Fd qui ne dépend pas de la composition. Néanmoins, le cumul des périodes de contrainte diminuait davantage la Fd des chênes que celle des pins. L'interaction des deux stratégies sylvicoles en contexte de sécheresse estivale ne semble bénéfique que pour le chêne.

Lakeshores zones are of very high ecological value. As they are ecotones between terrestrial and aquatic ecosystems, lake shoreline and littoral zones are characterized by a high level of biodiversity, including macroscopic aquatic plants known as macrophytes. Plant distribution, abundance and species composition are determined by physical features of lakeshores. This work aims to assess relationships between macrophyte populations and communities and hydromorphological components in shallow lakes at different scales. Plant and environmental variables were modeled or collected on the field in large lakes located along the western French Atlantic coast. Wind and wave action, slope, depth, sediment grain size and organic matter content are well known for their influence on macrophyte species distribution and assemblages. Physical variables can be used to predict the potential distribution of plant communities. Anthropogenic physical disturbances enhances the development of invasive species while they threaten rare and endangered native species. Plant management issues were also highlighted from a long-term field data (fourty years) analysis of macrophyte dynamics in these shallow lakes. Management strategies are needed for the conservation of native species, or even their restoration, and the control of alien species spread in these lakes. Similar in some ways to northern European lakes such as softwater lakes or Lobelia lakes, the ecological processes identified in these Atlantic shallow lakes could foreshadow the future situation for all lakes of the same type in the context of global change. Lakeshore ecosystems gather ecological, economic and societal issues, raising scientific questions and issues about their functioning and the bioindication of their ecological status that needs to be further explored.; Les écosystèmes littoraux lacustres, ou ceintures des lacs, ont une valeur écologique très importante. Zones de transition et d'échanges entre les écosystèmes terrestre et aquatique, les rives des lacs et leurs zones littorales sont reconnues pour abriter une forte biodiversité, dont des plantes aquatiques visibles à l'œil nu : les macrophytes. La structure spatiale, l'abondance et la composition spécifique de ces peuplements végétaux sont conditionnées par le caractère et le fonctionnement physiques des biotopes littoraux lacustres. Ce travail de thèse est dédié à l'acquisition de connaissances sur les relations entre les peuplements macrophytiques et les déterminants physiques de biotopes littoraux lacustres dans les lacs peu profonds. Il s'applique à définir, à différentes échelles, les préférences hydroécologiques et la structure fonctionnelle et spatiale de communautés et populations de plantes aquatiques. Cette recherche s'appuie sur la modélisation et sur des observations, mesures et prélèvements menés in situ sur les macrophytes et les variables environnementales dans les grands lacs naturels du littoral aquitain. Les principaux résultats indiquent que l'action du vent et des vagues, la pente des rives, la profondeur, la granulométrie et la matière organique des sédiments influencent l'organisation spatiale et les assemblages d'espèces de macrophytes. Ces variables peuvent être utilisées pour prédire la distribution potentielle de certaines communautés végétales. Les altérations anthropiques de l'hydromorphologie favorisent le développement des espèces exotiques tout en compromettant le maintien des espèces indigènes patrimoniales. Les enjeux liés à la gestion des espèces exotiques et des espèces indigènes ont également été identifiés à partir d'une analyse diachronique des dynamiques écologiques de la végétation depuis quarante ans dans les lacs aquitains. Il est désormais urgent d'établir une stratégie de conservation des espèces indigènes, voire de restauration pour les patrimoniales, et de limiter la dispersion des espèces exotiques dans les lacs. Présentant de nombreuses analogies avec les lacs d'Europe du Nord tels que les softwater lakes ou les Lobelia lakes, les processus écologiques en cours dans les lacs du sud-ouest de la France pourraient préfigurer la situation à venir pour l'ensemble des lacs du même type dans le contexte du changement global. Les écosystèmes littoraux lacustres concentrent des enjeux écologiques, économiques et sociétaux, soulevant des questions et problématiques scientifiques sur leur fonctionnement et sur la bioindication de leur état écologique qu'il est nécessaire de continuer à explorer.

The structuration of biotic communities is generally caused by an interplay between stochastic and deterministic processes. Species sorting, i.e. environmental filtering coupled with biological interactions, and dispersal processes are particularly important divers of communities, however, their relative influence are constrained by the effects of spatial scale and therefore poorly understood. Quantitative multi-scales approaches are thus recommended to better understand how local and regional processes affect communities. However, few studies have actually implemented quantitative scale-explicit frameworks to explore such relationships. This is one of our aims here, to quantify the relative contributions of local community assembly processes vs. stochastic processes in driving benthic diatom communities, and to assess how spatial scale and anthropogenic disturbance interact to dictate which driver dominates. Using French and US databases encompassing more than 4 000 spatially distinct localities, this work provides strong evidences stating that nutrient supply mediated community structuring whatever the scale considered. Nutrient enrichment was associated with an overall decline in diatom β-diversity and a shift in assembly processes from species sorting to dispersal. Dispersal limitation and mass effect are the two major dispersal processes acting on diatom communities. While dispersal limitation can be detected by experimental or modeling techniques, mass effect is more challenging to detect as it can allow species to persist in unfavorable habitats, i.e. far away from their environmental optimum. Here, we developed an innovative and robust method for the detection of this process for passive dispersers, such as diatoms. Beyond its importance in the taxonomic homogenization, causing extensive impairment of freshwater ecosystems, mass effect is also evoked for its potential impact on bio-assessment methods. Our results largely supported the idea that mass effect may induce a biased evaluation of water quality, since taking into account this process for the calculation of the Biological Diatom Index leads to a more acute assessment of river ecological status. We then advocate for a better integration of spatial mechanisms in any diatom-based indices, and by extension in any biotic index based on passive dispersers., La structuration des communautés biotiques apparaît aujourd'hui comme étant le résultat d'une interaction entre processus déterministes et stochastiques. Le species sorting, c'est-à-dire le couplage de l'influence des filtres environnementaux et des interactions biotiques, ainsi que les processus de dispersion apparaissent comme des facteurs déterminants pour la structuration des communautés, mais leur importance relative est encore mal comprise car conditionnée par les échelles spatiales, et les niveaux d'anthropisation considérés. Si des approches quantitatives multi-échelles sont donc vivement recommandées pour mieux comprendre comment les processus locaux et régionaux affectent les communautés, celles-ci sont encore trop rares dans la littérature. Nous avons ainsi tenté de mettre en place ce type d'étude, en prenant comme organisme modèle les diatomées, producteurs primaires jouant un rôle clef au sein des écosystèmes aquatiques. L'objectif était d'appréhender le rôle des processus déterministes et stochastiques dans la structuration des méta-communautés de diatomées benthiques en cours d'eau soumises à différents niveaux d'eutrophisation, de l'échelle locale à l'échelle intercontinentale. A l'aide de bases de données françaises et américaines comprenant plus de 4 000 stations d'échantillonnage, ce travail a permis de mettre en évidence une forte influence de l'eutrophisation tout au long du gradient spatial d'observation, induisant une baisse de la diversité β. La structuration des communautés diatomiques est de plus apparue fortement influencée par les processus déterministes locaux (species sorting) aux faibles niveaux d'anthropisation, puis par les processus de dispersion lorsque le niveau trophique augmentait. La dispersion limitée et l'ef- fet de masse sont les deux processus évoqués pour expliquer cette forte influence de la dispersion sur la structuration des communautés. L'effet de masse permet à une espèce de subsister en dehors de son optimum environnemental grâce à l'arrivée constante d'individus via un processus d'immigration, induisant de fait une forte homogénéisation des communautés. Si la dispersion limitée est plutôt bien appréhendée aujourd'hui dans la littérature, l'effet de masse restait jusqu'ici difficile à mettre en évidence, constituant un verrou scientifique important à lever. Nos travaux ont permis de développer une méthode innovante capable de mesurer l'influence de ce processus sur les communautés de disperseurs passifs que sont les diatomées. Une meilleure compréhension de ce mécanisme représente une avancée conséquente, notamment dans le cadre du déclin mondial de la biodiversité. Ce phénomène impacte également significativement les méthodes de bio-indication de la qualité des milieux puisque la présence d'espèces dans des habitats qui leur sont a priori peu favorables peut potentiellement masquer l'effet des conditions locales du milieu sur les communautés, et ainsi induire un biais dans l'évaluation de l'état écologique des cours d'eau. Nos résultats vont dans ce sens, en révélant que la prise en compte de ce processus dans le calcul de l'Indice Biologique Diatomées permet une réponse plus fine de l'indice à l'environnement local, mettant ainsi en évidence l'importance de prendre en compte les processus de dispersion lors de l'élaboration de nouvelles méthodes de bio-indication.

Thèse en Binôme; Introduction: The end of the general medical studies is marked by the defense of an exercise thesis. This thesis is made more and more in a format "thesis article" more adapted to a possible publication in a scientific journal.Our work aims on the one hand to determine the evolution of the rate of publication on the platforms PUBMED and/or GOOGLE SCHOLAR of the thesis of General medicine exercises supported at the Faculty of Medicine of Aix-Marseille between the first January 2008 and 31 December 2013. And on the other hand the impact factor of theses published.Method: This is a retrospective study that covers all the thesis supported between 2008 and 2013 that we have listed in relation to the University library.We searched for the identity of the PhD student and/or thesis Director first on PubMed and then on GOOGLE SCHOLAR if the thesis was not found on PubMed.Results: 645 theses were supported between 2008 and 2013, 68 were published on PUBMED and GOOGLE SCHOLAR, an average publication rate of 10.54%. The minimum publication rate was 7.08% in 2010 and the maximum of 14.17% in 2012. The average impact factor in the study period was 2.321.Discussion/Conclusion: The rate of publication of general medicine theses during this period increases but still remains low compared to other specialties. There are opportunities to overcome this lack: to encourage interns to publish (training in scientific research), to promote English as a language of publication, or to speed up certain administrative formalities necessary for research For interns. Between 2008 and 2013 the IF doubled. This means that there is an improvement in the quality of theses published.; Introduction : la fin des études de médecine générale est marquée par la soutenance d’une thèse d’exercice. Cette thèse se fait de plus en plus sous un format « thèse article » plus adapté à une éventuelle publication dans une revue scientifique.Notre travail a pour objectif d’une part la détermination de l’évolution du taux de publication sur les plateformes PUBMED et/ou GOOGLE SCHOLAR des thèses d’exercices de médecine générale soutenues à la faculté de médecine d’Aix-Marseille entre le premier Janvier 2008 et le 31 Décembre 2013. Et d’autre part l’impact factor des thèses publiées.Méthode : il s’agit d’une étude rétrospective qui porte sur l’ensemble des thèses soutenues entre 2008 et 2013 que nous avons répertorié en relation avec la bibliothèque universitaire. Nous avons recherché l’identité du thésard et/ou du directeur de thèse premièrement sur PUBMED puis sur GOOGLE SCHOLAR si la thèse n’était pas retrouvée sur PUBMED.Résultats : 645 thèses ont été soutenues entre 2008 et 2013, 68 ont été publiées sur PUBMED et GOOGLE SCHOLAR, soit un taux de publication moyen de 10,54 %. Le taux de publication minimum été de 7,08 % en 2010 et le maximum de 14,17 % en 2012.Le facteur d’impact moyen dans la période étudiée était de 2,321.Discussion/conclusion : Le taux de publication des thèses de médecine générale durant cette période augmente mais reste encore faible comparé à d’autres spécialités. Il existe des perspectives pour pallier ce manque : inciter les internes à la publication (formation à la recherche scientifique), favoriser l’anglais comme langue de publication, ou accélérer certaines formalités administratives nécessaires à la recherche pour les internes. Entre 2008 et 2013 l’IF a doublé. Cela signifie qu’il y a une amélioration de la qualité des thèses publiées.

An indicator is a tool to measure metrics or phenomenons too complex or costly to measure directly. In the case of biodiversity, indicators are essential regarding the complexity to assess species state and dynamics. In forest, tree microhabitats (e.g.cavities, cracks in the wood, conks of lignicolous fungi) have been recently considered as a potential biodiversity indicator, with a more specific focus than other structures like deadwood volume. However, scientific references linking tree microhabitat metrics and biodiversity measures are still rare, and limited to a few taxonomic groups. More generally, like other indicators, the validation process of microhabitats as biodiversity indicators is not standardized. This ph-d thesis contributes to this validation and adresses three aspects included in an indicator validation process. The main aims were to: (i) Quantify and reduce incertitudes on tree microhabitat inventories. We thus proposed a first reference typology to standardize and homogenize microhabitats inventories. This typology has a hierarchical and evolutive structure, which allows its use in different contexts and for different purposes. We also quantified the potential bias linked to observer effects, in order to better take it into account in future inventories; (ii) Better understand the influence of different factors on tree microhabitats at two different scales. At the tree scale, through the analysis of a national database, we generalized the relationships between tree characteristics (species, diameter, vitality) and number and occurrence of tree microhabitats. At the stand scale, we analysed the densities and types of microhabitat-bearing trees on an enlarged forest management gradient, comparing strict reserves and managed forests. These two studies evidenced the crucial role of large trees and snags in the provision of tree microhabitats; (iii) Link tree microhabitats with the biodiversity of three taxonomic groups through the framework of structural equation models. We showed that microhabitats mediate the effects of management abandonment and old-growth forest features (large living and dead trees) on the biodiversity of birds and bats, and to a lesser extent on saproxylic beetles. In the end, tree microhabitat are not a universal biodiversity indicator but have a complementary role compared to other forest structures traditionally used to assess biodiversity. This ph-d thesis specifies the role of tree microhabitats as biodiversity indicators and proposes further research to continue validating them as such.; Un indicateur permet de mesurer des grandeurs ou des phénomènes trop compliqués ou trop coûteux à mesurer de manière directe. Lorsqu'il s'agit de biodiversité, les indicateurs sont indispensables au regard de la complexité à avoir une image précise de l'état et de la dynamique des espèces. En forêt, les microhabitats des arbres (e.g.cavités, fentes du bois, carpophores de champignons lignicoles) sont considérés comme des indicateurs potentiels de biodiversité, plus spécifiques que des structures telles que le volume de bois mort total. Cependant, les références scientifiques établissant le lien entre métriques de microhabitats et mesures de biodiversité restent rares, et ne concernent la plupart du temps qu'un seul groupe taxonomique. Plus largement, et à l'instar d'autres indicateurs, les microhabitats ne bénéficient pas d'une démarche standardisée permettant de les valider en tant qu'indicateurs de biodiversité forestière. Ce travail de thèse contribue à cette validation. Il s'articule autour de trois aspects entrant en compte dans la validation d'un indicateur, il s'est agi : (i) De quantifier et réduire les incertitudes sur les inventaires de microhabitats. A cette fin, une première typologie de référence a été établie, avec pour but de standardiser et d'homogénéiser les relevés de microhabitats. Cette typologie adopte une structure hiérarchique et évolutive, ce qui permet de l'utiliser dans différents contextes. Le biais potentiel lié aux observateurs a également été quantifié, de manière à pouvoir mieux le prendre en compte dans les futurs inventaires ; (ii) De mieux comprendre les facteurs d'influence des microhabitats aux deux échelles. A l'échelle de l'arbre, l'analyse d'un jeu de données national a permis de généraliser la relation entre caractéristiques individuelles des arbres (espèce, diamètre, vitalité) et le nombre et l'occurrence des microhabitats. A l'échelle de la parcelle forestière, une analyse des densités et des types d'arbres porteurs de microhabitats sur un gradient élargi d'exploitation forestière, comparant zones exploitées et non exploitées, a permis de mettre en évidence le rôle crucial des gros arbres et des arbres morts. (iii) D'établir le lien entre microhabitats et la diversité de trois groupes taxonomiques au travers d'une approche mobilisant le cadre analytique des modèles d'équations structurelles. Les microhabitats sont médiateurs de l'arrêt de l'exploitation et de structures typiques des vieilles forêts (gros arbres vivants et morts) sur la biodiversité des chauves-souris et des oiseaux, et dans une moindre mesure des coléoptères saproxyliques. Au final, les microhabitats ne constituent pas un indicateur universel de biodiversité mais ont un rôle complémentaire des autres structures forestières traditionnellement utilisées pour décrire la biodiversité. Ce travail de thèse contribue à préciser leur potentiel indicateur et envisage des pistes de recherche permettant de continuer à valider leur rôle.

The Nuremberg Code (1947), and the Helsinki Declaration (1964) several times revised, are the founding international texts in research ethics. They aim to protect the person suitable for research and advocate balancing the individual participant incurred risk and the expected society benefit. In France, the Huriet-Sérusclat Act in 1988 laid the foundations for a research legal framework focused exclusively on risk. In use, the text proved unsuitable for French researchers. Thus, the law n° 2012-300 of March 5, 2012 relating to research involving the human person, called "law Jardé" was promulgated. It proposes a new typology for health research, dividing "research involving the human person" (RIPH) into three categories: interventional, interventional with minimal risk and constraints, and non-interventional. In our work, we studied the contribution of standard-setting procedures for individuals protection of people involved in primary care research; through the application of this law to the general practise residents (GPR) thesis. Our pilot-study made on dissertation summaries found only 10% of the IMG research involving the human person within the meaning of Jardé’s law. According to our sample, the law does not affect 90% of research carried out by GPR for their thesis. However, 70% of them asked questions under international principles of ethics. Thus, many of IMG's work that remains outside the law’s scope should at best benefit from their protocols review by a Research Ethics Board (REB). The French law on research involving the human does not meet all the requirements of the Declaration of Helsinki. It remains unclear, subject to multiple interpretations and inaccessible to understanding. However, we have been able to produce an algorithm-type tool integrating the last orders of April 2018. It made possible to classify 100% of the research projects of GPR according to whether they came under the law Jardé or not. This tool is in no way an "ethical" guarantee for research. Nevertheless, it is useful to classify researcher’s project, in order to identify those who have to be reviewed by a “CPP”. A “thesis-sheet” asking the essential questions for fundamentals respect would be a desirable procedural ethics tool in order to initiate an "ethical" reflection among researchers. Researches "not involving the person within the meaning of the law Jardé" however raising ethical issues are numerous in general medicine. Out of REB review, one cannot prejudge their existence nor protect the person as a whole. The legislator should provide appropriate research ethics committees as mandatory alternatives for "out of scope" research, as long as they concern human beings.; Les textes fondateurs internationaux en éthique de la recherche sont le Code de Nuremberg (1947), et la Déclaration d’Helsinki (1964), plusieurs fois révisée. Ils visent à protéger la personne qui se prête à la recherche et préconisent de mettre en balance le risque encouru par l’individu y participant et le bénéfice attendu par la société. En France, la Loi Huriet-Sérusclat a posé en 1988 les premiers jalons d’un encadrement légal de la recherche centré exclusivement sur le risque. À l’usage, le texte s’est avéré inadapté pour les chercheurs français. Ainsi, la loi n° 2012-300 du 5 mars 2012 relative aux recherches impliquant la personne humaine, dite « loi Jardé » a été promulguée. Elle propose une nouvelle typologie de la recherche en santé divisant la « recherche impliquant la personne humaine » (RIPH) en trois catégories : interventionnelle, interventionnelle à risques et contraintes minimes, et non interventionnelle. Au cours de notre travail, nous avons étudié l’apport des procédures normatives en matière de protection des personnes qui participent à la recherche en soins primaires, à travers l’application de cette loi aux thèses d’exercice des internes en médecine générale (IMG). Notre étude pilote sur résumés de thèses retrouvait seulement 10% des recherches d’IMG qui impliquaient la personne humaine au sens de la loi Jardé. D’après notre échantillon, 90% des recherches menées par les IMG pour leur thèse ne seraient pas concernées par la loi. Cependant, 70% d’entre elles posaient des questions au regard des principes internationaux de l’éthique de la recherche. Ainsi, de nombreux travaux d’IMG qui restent en dehors du champ de la loi devraient au mieux bénéficier de l’évaluation de leurs protocoles par un comité d’éthique de la recherche (CER). Le texte de loi français sur la recherche impliquant la personne humaine ne satisfait pas toutes les exigences de la Déclaration d’Helsinki, même pour les RIPH. Il reste flou, sujet à interprétations multiples et peu accessible à la compréhension. Toutefois, nous avons pu réaliser un outil de type algorithme intégrant les derniers arrêtés d’avril 2018, qui a permis de classer 100% des projets de recherches des IMG selon qu’ils relevaient de la loi Jardé ou non. Cet outil n’est en aucun cas une garantie « éthique » pour la recherche. Néanmoins, il est utile au chercheur dans la classification de son projet de recherche, afin d’identifier ceux qui ont l’obligation légale d’être examinés par un Comité de protection des personnes (CPP). Une fiche de thèse posant les questions indispensables au respect des fondamentaux serait un outil d’éthique procédurale souhaitable afin d’amorcer une réflexion « éthique » chez les chercheurs. Le nombre de recherches « n’impliquant pas la personne au sens de la loi Jardé » et soulevant toutefois des problématiques éthiques est élevé en médecine générale. En l’absence d’examen par un CER, on ne peut préjuger de leur existence ni protéger la personne dans sa globalité. Des comités d’éthique de la recherche adaptés devraient être prévus par le législateur comme alternatives obligatoires pour les recherches considérées « hors champ », dès lors que celles-ci concernent des personnes humaines.

River levees as protective measures against flooding are a matter of utmost strategic importance for the security of people and property. A better knowledge of their structural reliability is a major challenge for engineers and managers of these structures in order to meet current regulations and potentially develop them. In France, the regulations relating to the safety of hydraulic structures require the realization of hazard studies, in which probabilistic safety evaluation procedures take on a more and more important role. Due to the complexity of their failure mechanisms and the lack of a specific condition of limit-state for some failure mechanisms such as internal erosion and overtopping or scour, calculating a probability of failure by quantitative approaches remains impossible to this day. Levees induce specific problems in evaluating their structural reliability where expert intervention is necessary and pivotal. They must interpret the available data and take into account the uncertainties in their analysis, in order to evaluate the structural reliability of levees in terms of probability of failure. The aim of the thesis is to develop and elaborate a complete approach for supporting probabilistic evaluation of structural reliability of levees based on expert judgements. It is designed as a scientifically justified approach to collect and use uncertain but quantitative expert evaluations of structural reliability, in the form of a failure probability or a safety factor, accompanied by a margin of probabilistic uncertainty. To meet this goal, two approaches have been developed, "EiCAD" and "EiDA" composed of the following phases (in different orders): - individual elicitation phase of expert judgement (Ei) allowing the collection of probabilistic expert evaluations by a constricted questionnaire ; - calibration phase (C) to weigh the probabilistic expert evaluations elicited depending on the degrees of precision and accuracy that can be provided; - aggregation phase (A) during which the probabilistic expert evaluations elicited by several experts are taken into account ; - debiasing phase (D) during which biases that may affect the probabilistic expert evaluations are removed. The developed approaches have been implemented for the cases of Drac levees, located in the Grenoble agglomeration, to assess the probability of failure, by expert judgement, with regard to sliding and internal erosion mechanism of failure.; Les digues de protection contre les inondations sont d'une importance stratégique incontournable pour la sécurité des personnes et des biens. Une meilleure connaissance de leur fiabilité structurelle constitue un enjeu majeur pour les ingénieurs et pour les gestionnaires de ces ouvrages afin de répondre aux réglementations en vigueur et potentiellement les faire évoluer. La réglementation en France relative à la sûreté des ouvrages hydrauliques exige la réalisation d'études de dangers, au sein desquelles les démarches probabilistes d'évaluation de la sécurité prennent une place de plus en plus importante. De par la complexité de leurs mécanismes de rupture et l'absence de condition d'état-limite précis pour certains mécanismes de défaillance tels que l'érosion interne, la surverse ou l'affouillement, le calcul d'une probabilité de défaillance par des approches quantitatives demeure à ce jour impossible. Les digues induisent des problématiques particulières pour l'évaluation de leur fiabilité structurelle où l'intervention d'experts s'avère nécessaire et centrale. Ceux-ci doivent procéder à l'interprétation des données disponibles et la prise en compte de leurs incertitudes, pour pouvoir ensuite évaluer la fiabilité structurelle de digues en termes de probabilité de défaillance. L'objectif de la thèse est l'élaboration d'une démarche complète d'aide à l'évaluation probabiliste de la fiabilité structurelle des digues à partir du jugement expert. Une démarche scientifiquement justifiée pour le recueil et l'exploitation des évaluations expertes, incertaines mais quantitatives, de la fiabilité structurelle des ouvrages, sous la forme d'une probabilité de défaillance ou d'un coefficient de sécurité, assorti(e) d'une marge d'incertitude probabiliste. Afin de répondre à cet objectif, deux démarches ont été développée, « EiCAD » et « EiDA », toutes reposant (dans des ordres différents) sur les phases suivantes : - Une phase d'élicitation individuelle des avis experts (Ei) permettant le recueil des évaluations expertes probabilistes par la construction d'un formulaire de questionnement ; - Une phase de calibration (C) permettant de pondérer les évaluations expertes en fonction des degrés de précision et de justesse ; - Une phase d'agrégation (A) permettant une prise en compte simultanée de plusieurs évaluations expertes probabilistes ; - Une phase de dé-biaisage (D) permettant de traiter les biais susceptibles d'entacher les évaluations expertes probabilistes. Les démarches développées ont été mises en oeuvre sur des cas de digues du Drac, dans l'agglomération grenobloise, pour évaluer la probabilité de défaillance, par jugement expert, vis-à-vis de mécanisme de rupture par glissement et par érosion interne.

A researcher or university professor is often required to be a member of a thesis jury. This is part of their scientific activities. However, in an increasingly specialized academic world, it is sometimes difficult to create a thesis jury without being confronted with conflicts of interest between the members and the supervisory team. While in recent years some universities have organized processes to manage these conflicts, others have not yet decided. This case study adapts several real-life situations to show the challenges of such conflict of interest management in setting up a doctoral thesis jury., Un chercheur ou un enseignant universitaire est souvent amené à être membre d'un jury de thèse. Cela fait partie de ses activités scientifiques. Cependant, dans un monde académique de plus en plus spécialisé, il est parfois difficile de créer un jury de thèse sans être confronté à des conflits d'intérêts entre les membres et l'équipe d'encadrement. Si certaines universités ont organisé des processus pour gérer ces conflits depuis quelques années, d'autres n'ont pas encore statué. Cette étude de cas adapte plusieurs situations réelles pour montrer les défis d'une telle gestion des conflits d'intérêts dans la constitution d'un jury de thèse de doctorat.

Anticipating floods is a major challenge for communities at risk of flooding as the entire warning system - responsible for the safety of people and goods - relies on this anticipation. There is an existing monitoring system "Vigicrues" for flood damage for a fifth of the river network in France. But for four-fifths of this network, made of small rivers, no monitoring is available. Yet those rivers are the most affected by flash floods which especially require anticipation for crisis management purposes. This is why at the beginning of 2017, the Vigicrues system for flood monitoring has been completed with a new flood warning system called Vigicrues Flash. This system provides automatic information in real-time on flood severity of ungauged basins for 10 000 French communities. Even if this new system is a real innovation for communities with no monitoring at all, the AIGA method which is used in Vigicrues-Flash has some limits. The first one is that the warnings are only based on the assessment of flood severity. But estimating flood severity is not enough to issue efficient flood warnings. To be able to do so, taking into account potential flood losses is essential. The main goal of this work is to enable an anticipated estimation of flood related damage, especially for ungauged basins. We offer a method to assess the risk of flood related damage based on flood severity assessed by the AIGA method and a territorial vulnerability assessment. This last one has been built on a bottom-up approach developed with crisis managers. Putting together this data has enabled a first assessment of the risk of flood risk damage as a dynamic risk index. By adjusting performance testing used in the meteorology field, we have been able to evaluate our risk index and to compare the results with the AIGA method. In order to do so, we have used existing damage data (CATNAT from the GASPAR database) as well as a specific multisource database (using notably social media data) which has been put together as part of this study (DamaGIS). The evaluation process has been tested for 12 communities in the Alpes-Maritimes, 69 in the Gard and 28 in the Var department. Two types of evaluation have been performed: a first comprehensive one continuously with CATNAT data on the 1988-2016 period; and another one per flood event at a finer scale. Our results show that moving from hazard assessment to risk assessment has significantly increased the relevance of the warnings and mostly at a smaller scale than the community one. Though, there is a better detection of flood related damage as the false alarm rate has been significantly reduced. This PhD work offers promising prospects to improve the current French warning system for floods and enable a more efficient emergency response.; Anticiper les inondations constitue un enjeu majeur pour les communes exposées aux crues car c'est sur cette anticipation que repose l'ensemble de la chaîne d'alerte, garante de la sécurité des personnes et des biens. Si un système de suivi du risque de dommages liés aux crues est disponible pour un cinquième du réseau hydrographique français, les petits cours d'eau composant les quatre cinquièmes restants ne font pas partie du dispositif de suivi temps réel du ministère en charge de l'écologie, appelé « Vigicrues ». Or il s'agit également des cours d'eau les plus concernés par le phénomène de crues rapides, pour lesquelles l'anticipation joue un rôle crucial en gestion de crise. Voilà pourquoi début 2017, Vigicrues a été complété par un service automatique d'avertissement des crues appelé Vigicrues Flash. Ce système permet de fournir en temps réel une information sur l'intensité de la crue des cours d'eau pour 10 000 communes françaises. Même si ce nouveau service constitue un réel progrès pour les communes jusqu'alors dépourvues de système d'anticipation, la méthode AIGA qui constitue le coeur de Vigicrues Flash possède certaines limites. L'une d'entre elles, est le fait que la méthode n'avertit que sur le niveau de rareté de la crue, sans tenir compte des enjeux présents. Or, pour générer un avertissement efficace, il est nécessaire de prendre en compte les conséquences potentielles de cette crue. Cette thèse a donc pour but de permettre l'estimation anticipée des dommages liés aux crues rapides, en particulier sur les bassins non jaugés. Pour cela, nous proposons une méthode d'estimation du risque de dommages fondée d'une part sur la qualification de l'intensité de l'aléa crue par la méthode AIGA et d'autre part sur la prise en compte de la vulnérabilité du territoire. Cette dernière a été construite à partir d'une approche bottom-up innovante, directement auprès de gestionnaires du risque. Le croisement de ces deux types d'informations a permis de fournir une première caractérisation du risque de dommages liés aux inondations sous la forme d'un indice de risque dynamique. En adaptant des tests de performances issus de la météorologie, nous avons pu évaluer notre indice par rapport à la méthode AIGA seule. Des informations sur les dommages déjà existantes (les arrêtés « CATNAT » issus de la BD GASPAR) ou spécifiquement collectées (la BD DamaGIS constituée pour cette thèse à partir d'informations présentes notamment sur les réseaux sociaux) constituent nos données de validation. Notre évaluation a porté sur 12 communes dans les Alpes-Maritimes, 69 dans le Gard et 28 dans le Var, et s'est faite de deux manières complémentaires : d'une part une évaluation en continue et exhaustive à partir des arrêtes CATNAT pris pour nos communes sur toute la période 1998-2016 ; et d'autre part une évaluation événementielle, mais à l'échelle infra-communale. Nos résultats montrent que le passage de la caractérisation de l'aléa à celle du risque améliore nettement la pertinence des avertissements émis, surtout à l'échelle infra-communale. Les dommages y sont mieux détectés, avec un taux moindre de fausse alertes. Cette thèse ouvre donc de réelles perspectives d'amélioration de la chaîne de l'alerte actuelle, permettant de mieux organiser la réponse des services de secours et de gestion de crise face à l'annonce de dommages potentiels liés aux crues rapides.

Nowadays, remotely sensed images constitute a rich source of information that can be leveraged to support several applications including risk prevention, land use planning, land cover classification and many other several tasks. In this thesis, Satellite Image Time Series (SITS) are analysed to depict the dynamic of natural and semi-natural habitats. The objective is to identify, organize and highlight the evolution patterns of these areas. We introduce an object-oriented method to analyse SITS that consider segmented satellites images. Firstly, we identify the evolution profiles of the objects in the time series. Then, we analyse these profiles using machine learning methods. To identify the evolution profiles, we explore all the objects to select a subset of objects (spatio-temporal entities/reference objects) to be tracked. The evolution of the selected spatio-temporal entities is described using evolution graphs. To analyse these evolution graphs, we introduced three contributions. The first contribution explores annual SITS. It analyses the evolution graphs using clustering algorithms, to identify similar evolutions among the spatio-temporal entities. In the second contribution, we perform a multi-annual cross-site analysis. We consider several study areas described by multi-annual SITS. We use the clustering algorithms to identify intra and inter-site similarities. In the third contribution, we introduce à semi-supervised method based on constrained clustering. We propose a method to select the constraints that will be used to guide the clustering and adapt the results to the user needs. Our contributions were evaluated on several study areas. The experimental results allow to pinpoint relevant landscape evolutions in each study sites. We also identify the common evolutions among the different sites. In addition, the constraint selection method proposed in the constrained clustering allows to identify relevant entities. Thus, the results obtained using the unsupervised learning were improved and adapted to meet the user needs.; Les images satellites représentent de nos jours une source d'information incontournable. Elles sont exploitées dans diverses applications, telles que : la gestion des risques, l'aménagement des territoires, la cartographie du sol ainsi qu'une multitude d'autre taches. Nous exploitons dans cette thèse les Séries Temporelles d'Images Satellites (STIS) pour le suivi des évolutions des habitats naturels et semi-naturels. L'objectif est d'identifier, organiser et mettre en évidence des patrons d'évolution caractéristiques de ces zones. Nous proposons des méthodes d'analyse de STIS orientée objets, en opposition aux approches par pixel, qui exploitent des images satellites segmentées. Nous identifions d'abord les profils d'évolution des objets de la série. Ensuite, nous analysons ces profils en utilisant des méthodes d'apprentissage automatique. Afin d'identifier les profils d'évolution, nous explorons les objets de la série pour déterminer un sous-ensemble d'objets d'intérêt (entités spatio-temporelles/objets de référence). L'évolution de ces entités spatio-temporelles est ensuite illustrée en utilisant des graphes d'évolution. Afin d'analyser les graphes d'évolution, nous avons proposé trois contributions. La première contribution explore des STIS annuelles. Elle permet d'analyser les graphes d'évolution en utilisant des algorithmes de clustering, afin de regrouper les entités spatio-temporelles évoluant similairement. Dans la deuxième contribution, nous proposons une méthode d'analyse pluriannuelle et multi-site . Nous explorons plusieurs sites d'étude qui sont décrits par des STIS pluriannuelles. Nous utilisons des algorithmes de clustering afin d'identifier des similarités intra et inter- site. Dans la troisième contribution, nous introduisons une méthode d'analyse semi- supervisée basée sur du clustering par contraintes. Nous proposons une méthode de sélection de contraintes. Ces contraintes sont utilisées pour guider le processus de clustering et adapter le partitionnement aux besoins de l'utilisateur. Nous avons évalué nos travaux sur différents sites d'étude. Les résultats obtenus ont permis d'identifier des profils d'évolution types sur chaque site d'étude. En outre, nous avons aussi identifié des évolutions caractéristiques communes à plusieurs sites. Par ailleurs, la sélection de contraintes pour l'apprentissage semi-supervisé a permis d'identifier des entités profitables à l'algorithme de clustering. Ainsi, les partitionnements obtenus en utilisant l'apprentissage non supervisé ont été améliorés et adaptés aux besoins de l'utilisateur.

Black sigatoka is the main disease of banana crop, it is generally controlled through the use of either systemic or contact fungicides by different spraying techniques. The main control method is aerial spraying. Sustainable banana production requires the development of low-dose fungicide control strategies while ensuring satisfying biological efficacy. The use of contact fungicides is widespread because of the development of resistant strains to systemic fungicides. However, contact fungicides are very sensitive to spray application quality as the challenge is to protect the new banana leaf against black sigatoka contamination. Usually, the methodologies used to assess the biological efficacy of fungicide applications are applied along the cropping cycle from 8-10 month with natural infestation and periodical spray applications. The development of a faster methodology to assess the biological efficacy of a contact fungicide offers promising prospects for the systematic testing of current and potentially new fungicides and application techniques. The objective of this PhD work is to develop a methodology based on the time of appearance of the first disease symptoms on young banana plants. This methodology was tested to study fungicide dose reductions, formulations and different application techniques. The first challenge was to inoculate the plants in order to obtain a significant number of black sigatoka lesions in a short period of time, using an artificial infestation. The first three tests were inconclusive, so the infestation protocol was optimized by multiplying the number of infestation sources and covering the infested plants. Once the infestation was found to be effective, biological efficacy tests were performed on the basis of a single spray application after the infestation. Six spray modalities were tested by combining three mancozeb doses varying from 50%, 25% and 10% of the reference dose, with two types of nozzles producing two types of droplets representing actual situations previously measured on a swath of aerial spraying. Biological efficacy tests, conducted on 80 plants per plot (240 plants per test), showed that reducing the fungicide dose by up to 25% of the mancozeb reference dose resulted in significant efficacy, regardless of nozzle type, with a reduction in the number of lesions up to 63% compared to untreated controls. These results have led to the optimization of the settings of the aerial treatment equipment, as well as dose reduction tests with very satisfactory results at the plantation level., La cercosporiose noire est la principale maladie de la production bananière, elle est généralement contrôlée via l'utilisation de fongicides systémiques ou de contact par différentes techniques de pulvérisation. Le principal moyen de lutte est la pulvérisation aérienne. Une production durable de bananes nécessite le développement de stratégies de lutte à faible doses de fongicides tout en assurant une efficacité biologique satisfaisante. L'utilisation des fongicides de contact s'est répandue à cause du développement de souches résistantes aux fongicides systémiques, les fongicides de contact sont par contre très sensibles à la qualité de l'application car ils ont pour rôle de protéger les nouvelles feuilles de bananier contre les attaques de cercosporiose. Les méthodologies utilisées habituellement pour l'évaluation de l'efficacité biologique des traitements sont généralement appliquées sur tout le cycle de culture de 8 à 10 mois avec une infestation naturelle et des applications périodiques par pulvérisation. Le développement d'une méthodologie plus rapide pour l'évaluation de l'efficacité biologique d'un fongicide de contact offre des perspectives prometteuses pour l'essai systématique des fongicides utilisés mais aussi potentiellement nouveaux ainsi que des techniques d'application. L'objectif de ce travail de thèse est de développer une méthodologie basée sur le temps d'apparition des premiers symptômes sur des jeunes plants de bananiers. Cette méthodologie a été par la suite testée pour étudier des réductions de doses de fongicides, des formulations ainsi que des techniques d'application. Le premier enjeu était d'inoculer les plants afin d'obtenir un nombre suffisant de lésions de cercosporiose en peu de temps, en utilisant une infestation artificielle. Les trois premiers tests n'étant pas concluants, le protocole d'infestation a été optimisé en multipliant le nombre de sources d'infestation et en couvrant les plants infestés. Une fois que l'infestation s'est révélée efficace, des tests d'efficacité biologique ont été effectués sur la base d'une seule application par pulvérisation après l'infestation. Six modalités de pulvérisation ont été testées en combinant trois doses de mancozèbe variant de 50 %, 25 % et 10 % de la dose de référence, deux types de buses produisant deux typologies de gouttelettes représentant les situations réelles précédemment mesurées sur un andain obtenu par traitement aérien. Les tests d'efficacité biologique, réalisés sur 80 plants par parcelle (240 plants par essai), ont démontré que la réduction de dose de fongicide jusqu'à 25 % de la dose de référence de mancozèbe a donné une efficacité significative indépendamment du type de buse avec une réduction du nombre de lésions jusqu'à 63 % par rapport aux témoins non traités. Ces résultats ont donné lieu à des optimisations des réglages des appareils de traitement aérien, ainsi que des essais de réduction de doses avec des résultats très satisfaisants à l'échelle de la plantation.

Des thèses de doctorat entre des mondes divergents sont de belles occasions pour les doctorants et pour les équipes qui les accompagnent de s’ouvrir à d’autres modes d’élaboration de savoir et d’en inventer des formes nouvelles en adéquation avec l’altérité, l’interculturalité et le caractère inédit des phénomènes étudiés. Ces occasions d’ouverture et de création se heurtent néanmoins à de redoutables obstacles occasionnant plutôt fermeture et souffrance. De telles impasses, lorsqu’elles sont reconnues, élaborées et dépassées entre les acteurs engagés, peuvent déboucher sur de nouveaux chemins et, si on s’en instruit collectivement, frayer la route aux suivants et ouvrir l’avenir. Une chose est de tirer parti des difficultés affrontées sur un parcours de thèse pour aboutir tout de même à un résultat qui en vaut la peine. Autre chose est de tirer enseignement des obstacles rencontrés ensemble pour baliser autrement de futurs parcours possibles. Des points de souffrance qui hantent les traversées doctorales interculturelles deviennent des points de repères pour converger vers des formes plus ouvertes de construction de savoirs entre mondes divergents. [Towards other doctorates between divergent worlds] Summary Doctoral theses between divergent worlds are beautiful occasions for the doctoral candidates and the teams accompanying them to open themselves to other modes of developing knowledge and inventing new forms in adequation with alterity, interculturality and the unprecedented character of the phenomena studied. These occasions of overture and creation nevertheless run up against formidable obstacles occasioning rather closure and suffering. Such impasses, when they are recognized, worked through and overcome between the actors engaged, can lead to new paths and, if one learns collectively, blaze the trail and open the future. It is one thing to benefit from the difficulties faced in the course of a thesis and arrive, just the same, at a result which made it worthwhile. It is another thing to learn lessons from obstacles faced together to mark out future possible courses differently. Points of suffering which haunt intercultural doctoral journeys become benchmarks converging towards more open forms of construction of knowledge between divergent worlds.

A large variety of hydrological responses of catchments exist. This diversity is due to the multiplicity of hydrological processes that govern these responses. Consequently, it is difficult to find a representation that is rich and flexible enough to be adapted to all possible conditions. The hydrological models, which are mathematical representations of hydrological responses built to transform climatic variables (i.e. the rainfall) to hydrological variables (i.e. the river flow), are sometimes limited by their capacity to correctly reproduce these responses. One option to overcome this issue is to combine different models that are complementary in terms of processes representation. These combination methods are called "multimodel approaches". Such methods are based on the mixture of models simulated flows without any interaction between the models. This thesis aims at testing a multimodel approach based on the dynamical coupling of several models by transferring information during the run. The used method, called "supermodel", was set up by climatologists and the present work aims at evaluating its transferability to the context of hydrological modelling. The method relies on the modification of each model's internal states values regarding the values of the other models corresponding internal states (a parallel can be made with a simulated data assimilation technique). The hydrological models used in this thesis are bucket-type models. An implementation of the models into state-space representations was made prior to the set up of the supermodel. This thesis presents two applications of this method using bucket-type rainfall-runoff models:; Il existe une grande diversité de réponses hydrologiques des bassins versants

(trad auto)Restoration ecology is a scientific discipline that began some 40 years ago to try to compensate for the negative impacts of societal development on ecosystems. Today, following global meta-analyses revealing the relative success of ecological restoration operations, a new question is emerging: should degraded ecosystems be actively restored or left to evolve freely? It is in this context that this thesis project took place with a multidisciplinary approach and focused on the study of the impact of quarries on the Mediterranean steppe of Crau (Bouches-du-Rhône, France). Two cases were taken into account, (i) former quarries operated in the 1970s and abandoned with a variety of operating or redevelopment modalities and (ii) a quarry still in operation whose rehabilitation is required by law. The objective is to better identify possible scientific obstacles to knowledge for restoration and to better define societal expectations in order to ultimately propose a general strategy for the future management of these ecosystems. The research for this thesis was based on two main questions, reflections: (1) Do the ecological restoration operations implemented make it possible to restore the reference ecosystem (= here the pre-existing ecosystem)? By comparing different long-term restoration treatments (soil transfer in different modalities, anthropogenic material deposition, lack of rehabilitation), we were able to show that soil transfer remains a good method, especially when the initial soil characteristics are respected. However, it still does not compensate in the medium term (35 years) for the destruction of the pre-existing ecosystem: the soil and plant community of the reference steppe have not yet been fully restored. A second soil mixing technique when the original soil is no longer available has also been tested, but it also does not present a total short-term (3 years) restoration success. A second question therefore arose in parallel: (2) Without active restoration, what is the value of biodiversity generated by human activities? And more generally, what kind of things do we want? The quarries have destroyed the pre-existing steppe ecosystem but have also created new conditions (soil, new habitats) that support the functioning and connectivity of pioneer species and support important heritage biodiversity that is absent from the original ecosystem. In addition, the comparison between the quarry landscapes and the reference ecosystem with different territorial actors and the general public showed that the old quarries are perceived as being much more natural than the reference steppe and that they are also associated with high biodiversity. These results could therefore redirect restoration or management choices, in order to choose between 1) what is currently recommended (active restoration applied at the end of exploitation with the historical ecosystem as a reference) and 2) a free expression of the federal nature still called passive restoration (with or without initial reallocation; i.e. where the reference ecosystem is different from the pre-existing ecosystem)"; L'écologie de la restauration est une discipline scientifique qui a vu le jour il y a une quarantaine d'années pour tenter de compenser les impacts négatifs du développement des sociétés sur les écosystèmes. Aujourd'hui, suite à des méta-analyses planétaires révélant le succès relatif des opérations de restauration écologique, une nouvelle question émerge : faut-il restaurer activement ou laisser en libre évolution les écosystèmes dégradés ? C'est dans ce contexte que ce projet de thèse a eu lieu avec une démarche qui s'est voulue pluridisciplinaire et a porté sur l'étude de l'impact de carrières sur la steppe méditerranéenne de Crau (Bouches-du-Rhône, France). Deux cas ont été pris en compte, (i) d'anciennes carrières exploitées dans les années 1970 et abandonnées présentant une diversité de modalités d'exploitation ou de réaménagement et, (ii) une carrière encore en cours d'exploitation dont la législation oblige la remise en état. L'objectif est de mieux identifier les éventuels verrous scientifiques en matière de connaissances pour la restauration et mieux définir les attentes sociétales afin de proposer au final une stratégie générale destinée à servir à la gestion future de ces écosystèmes. Les recherches de cette thèse se sont basées sur deux grandes questions, réflexions : (1) Les opérations de restauration écologique mises en place permettent-elles de restaurer l'écosystème de référence (= ici l'écosystème préexistant) ? En comparant différents traitements de restauration sur le long terme (transfert de sol selon différentes modalités, dépôts de matériaux anthropogéniques, absence de réhabilitation), nous avons pu montrer que le transfert de sol reste une bonne méthode, surtout lorsque les caractéristiques initiales du sol sont respectées. Néanmoins, il ne compense toujours pas à moyen-terme (35 ans) la destruction de l'écosystème préexistant : le sol et la communauté végétale de la steppe de référence ne sont pas encore complètement rétablis. Une deuxième technique de mélange de sol lorsque le sol originel n'est plus disponible a également été testée, mais elle ne présente pas non plus un succès total de restauration à court terme (3 ans). Une deuxième question s'est donc posée en parallèle: (2) Sans restauration active, quelle est la valeur de la biodiversité générée par les activités humaines ? Et plus globalement, quelles natures voulons-nous ? Les carrières ont détruit l'écosystème steppique qui préexistait mais ont créé également de nouvelles conditions (pédologiques, de nouveaux habitats) qui soutiennent le fonctionnement et la connectivité d'espèces pionnières et abritent une importante biodiversité patrimoniale absente de l'écosystème d'origine. De plus, la comparaison entre les paysages de carrières et l'écosystème de référence auprès de différents acteurs territoriaux et du grand public a montré que les anciennes carrières sont perçues comme étant beaucoup plus naturelles que la steppe de référence et qu'elles sont également associées à une importante biodiversité. Ces résultats pourraient donc réorienter les choix de restauration ou de gestion, afin de choisir entre 1) ce qui est actuellement recommandé (une restauration active appliquée en fin d'exploitation avec l'écosystème historique en référence) et 2) une libre expression de la nature férale encore appelée restauration passive (avec ou pas réaffectation initiale ; i.e. où l'écosystème de référence est différent de l'écosystème préexistant).

[Departement_IRSTEA]Territoires [ADD1_IRSTEA]Dynamique et fonctionnement des écosystèmes [Encadrant_IRSTEA]Roche, P.; Ecosystem services (ES) are the benefits that humans derive from ecosystems. Among the different approaches developed to assess ES, the capacity matrix is flexible and quick to implement. The matrix is a look-up table that assigns each ecosystem type a score expressing its ES capacity. It is increasingly used in France, Europe and internationally. However, for a filling-in process based on experts' judgements, recommendations are needed on collecting and integrating the experts' knowledge to improve control of some of the method's biases and limitations. The first part describes a methodological analysis of the potential and limits of the expert- based matrix. We studied the number of participants required to complete the matrix, analysed variability and determined a confidence index. We compared three approaches to estimate the score means and standard errors: usual statistics, bootstrapping, and Bayesian models. We proposed a seven-step methodology for the expert-based matrix approach to promote cogency in the method and coherence in the matrices produced. Finally, we compared the scores of seven services in the expert matrix with eight spatial quantitative biophysical indicators at the scale of the Hauts-de-France Region. We show that using expert knowledge through the matrix approach yields results very close to those from quantitative proxies, indicators or biophysical models for the evaluation of ES at the regional level. In the second part, we assess the capacity of all the habitats of the Hauts-de-France Region to produce ES. We tested, in partnership with DREAL and the Ecosphere design office, the integration of ES into environmental assessments based on the matrix results. Findings show the usefulness of integrating ES into the existing components of environmental assessments in France. We addressed the assessment of the sustainability of ES use in the Scarpe-Escaut Regional Natural Park (RNP). We assessed the biophysical sustainability of ecosystem uses through the balance of capacity and use of services and their relation to ecological integrity indicators. We thus developed a capacity matrix and a usage matrix and validation of the results in a feedback workshop and an online survey. On the Scarpe-Escaut RNP, we found a majority of positive situations, indicating sustainability. We also highlight sensitive and potentially unsustainable ecosystem types and ES to integrate them into public policies. The third part addresses the need for a more integrative assessment of ES and a fuller account of the relation between humans and nature. Here we focused on the assessment of ecosystem disservices and on the concept of ecological integrity as a complement to ES. We show that the use of capacity matrices is also relevant for the assessment of disservices. Although we initiate a conceptual and bibliographical reflection on ecological integrity, we cannot yet assess ecological integrity based on appropriate indicators. However, we highlight the importance of clearly defining the desired form of ecological integrity to use appropriate indicators. This work clarifies the methodology of the matrix approach, proposes innovative methodological developments and moves towards an integrative approach of ES to respond to territorial issues with scientific robustness.; Les services écosystémiques (SE) sont définis comme les bénéfices que les humains retirent des écosystèmes. Parmi les différentes approches d'évaluation des SE, la matrice de capacité est une méthode considérée comme flexible et rapide à mettre en oeuvre. Constituée d'une table d'allocation d'un score pour chaque SE et chaque écosystème considéré, elle est de plus en plus utilisée en France, ainsi qu'à l'international. Dans le cadre de cette thèse nous avons travaillés sur l'évaluation des scores à dire d'experts dans le but, notamment, de déterminer certains biais et limites méthodologiques, mais également d'explorer des développements innovants pour différentes applications. La première partie de la thèse porte sur l'analyse méthodologique des potentialités et des limites des matrices de capacité à dire d'experts. Nous avons étudié la variabilité, les indices de confiance, ainsi que le nombre de participants nécessaires pour remplir la matrice. De plus, nous avons comparé plusieurs calculs du score final de la matrice en utilisant des statistiques classiques, bootstrappées et des estimations bayésiennes. Nous avons ensuite développé une méthodologie en sept points pour produire des matrices basées sur les connaissances d'experts et clarifier les différentes façons de remplir la matrice. Enfin, nous avons comparé les scores de sept services de la matrice à dire d'experts à huit indicateurs biophysiques quantitatifs à l'échelle de la Région Hauts-de-France. Les résultats montrent que l'utilisation des connaissances des experts par le biais de l'approche des matrices permet de disposer de résultats proches des proxys quantitatifs ou des modèles biophysiques pour l'évaluation des SE au niveau régional. En deuxième partie, en partenariat avec la DREAL nous avons réalisé une évaluation de la capacité de l'ensemble des habitats de la Région Hauts-de-France à produire des SE. Puis, en partenariat avec la DREAL et le bureau d'étude Écosphère, nous avons testé l'intégration des SE dans les évaluations environnementales à partir des résultats de la matrice. Nous avons également testé l'évaluation de la durabilité de l'usage en SE sur le Parc Naturel Régional (PNR) Scarpe-Escaut à travers la balance entre la capacité et l'usage des services ainsi que leur relation avec des indicateurs de l'intégrité écologique. Dans ce but, nous avons élaboré une matrice des capacités et une des usages, une validation des résultats de la balance lors d'un atelier de restitution et une enquête en ligne. Sur le PNR Scarpe-Escaut, le bilan montre une majorité de situations positives, indiquant un usage durable. Nous avons aussi mis en avant les types d'écosystèmes et les SE sensibles et susceptibles d'être non durables pour les intégrer aux politiques publiques. La troisième partie est basée sur une volonté d'aller vers une méthode plus intégrative au niveau territorial pour prendre en compte plusieurs dimensions de la relation Homme-Nature. Pour cela, nous nous sommes intéressés à l'évaluation des disservices écosystémiques et de l'intégrité écologique en complément des SE eux-mêmes. Bien que nous ayons initié des travaux et notamment une réflexion conceptuelle et bibliographique sur la notion d'intégrité écologique, nous n'avons pas pu aller jusqu'à l'évaluation de l'intégrité écologique sur la base d'indicateurs ad-hoc. Nos résultats mettent notamment en avant l'importance de définir clairement la forme d'intégrité écologique souhaitée pour utiliser des indicateurs appropriés. En conclusion, les travaux réalisés pendant la thèse ont permis de clarifier la méthodologie des matrices à dire d'experts, de proposer des développements méthodologiques innovants et de tendre vers une approche intégrative des services pour répondre aux problématiques territoriales avec une robustesse scientifique.

A large variety of hydrological responses of catchments exist. This diversity is due to the multiplicity of hydrological processes that govern these responses. Consequently, it is difficult to find a representation that is rich and flexible enough to be adapted to all possible conditions. The hydrological models, which are mathematical representations of hydrological responses built to transform climatic variables (i.e. the rainfall) to hydrological variables (i.e. the river flow), are sometimes limited by their capacity to correctly reproduce these responses. One option to overcome this issue is to combine different models that are complementary in terms of processes representation. These combination methods are called "multimodel approaches". Such methods are based on the mixture of models simulated flows without any interaction between the models. This thesis aims at testing a multimodel approach based on the dynamical coupling of several models by transferring information during the run. The used method, called "supermodel", was set up by climatologists and the present work aims at evaluating its transferability to the context of hydrological modelling. The method relies on the modification of each model's internal states values regarding the values of the other models corresponding internal states (a parallel can be made with a simulated data assimilation technique). The hydrological models used in this thesis are bucket-type models. An implementation of the models into state-space representations was made prior to the set up of the supermodel. This thesis presents two applications of this method using bucket-type rainfall-runoff models:; Il existe une grande diversité de réponses hydrologiques des bassins versants

Precision Agriculture (PA) aims at combining georeferenced information and communication technologies to improve agrosystems' management. Within-field yield data arising from sensors mounted on combine harvesters are one of the primary and symbolic information in precision agriculture. Thanks to global navigation satellite systems (GNSS), yield sensors enable to generate highly resolute within-field yield maps. These latter maps can be used to help to characterize the within-field crop production variability and make decisions for the management of upcoming crops. Nowadays, yield maps are however under-exploited and sometimes not even used by the agriculture professionals for a couple of reasons: non-reliable processing chain, non-simplified maps, very few yield-based operational services.... Although several works have already been dedicated to yield data processing when yield monitors were first put into place, it is stressed here that digital technologies have significantly evolved since the raise of these yield monitors, e.g. improvement of communication networks, farm management information systems on the cloud, more and more connected farms. Those new factors require processing methodologies to meet several demands, e.g. automation (lower manual interaction), robustness (given the diversity of data to process), non-parametricity. This digital disruption in the agricultural world supports the need to revisit existing yield processing methods to make sure that they come along with the new context that agriculture is facing. The objective being to (i) evaluate their effectiveness in this new digital context, and (ii) identify the possible paths for improvement and the scientific obstacles that might be faced. During this PhD program, several yield processing methods and algorithms have been proposed algorithms so that raw yield data could be turned into information and decision layers. Three major axes have been investigated (1) data quality, (2) data spatial representation, and (3) data interpretation. More specifically, a filtering approach has first been implemented to improve the reliability of within-field yield monitor data (1). The proposed methodology is original because it accounts for the data acquisition process of the combine harvester and because the filtering approach can be applied on irregularly-spaced within-field data. Two zoning methods have then been proposed to delineate homogeneous yield units from annual or multi-temporal yield mapping datasets (2). The zoning procedure is interesting in the sense that it can be applied to irregularly-spaced spatial data and that it incorporates operational considerations (farmer's expertise, size of agriculture machinery). Finally, a decision tree has been put into place to help users to select an appropriate descriptor of within-field variability when working with spatial data (3). Careful attention was paid to the development of automated, robust, and unsupervised methods to cope with the new digital context previously mentioned.; (trad auto)L'agriculture de précision (AP) vise à combiner les technologies de l'information et de la communication géoréférencées pour améliorer la gestion des agrosystèmes. Les données de rendement à l'intérieur du champ provenant des capteurs montés sur les moissonneuses-batteuses sont l'une des informations primaires et symboliques de l'agriculture de précision. Grâce aux systèmes mondiaux de navigation par satellite (GNSS), les capteurs de rendement permettent de générer des cartes de rendement très précises à l'intérieur du champ. Ces dernières cartes peuvent servir à caractériser la variabilité de la production agricole à l'intérieur du champ et à prendre des décisions pour la gestion des cultures à venir. Aujourd'hui, les cartes de rendement sont cependant sous-exploitées et parfois même pas utilisées par les professionnels de l'agriculture pour plusieurs raisons : chaîne de transformation non fiable, cartes non simplifiées, très peu de services opérationnels basés sur le rendement Bien.... que plusieurs travaux aient déjà été consacrés au traitement des données de rendement lors de la mise en place de ces indicateurs de rendement, il est souligné ici que les technologies numériques ont considérablement évolué depuis leur augmentation, par exemple, amélioration des réseaux de communication, systèmes informatiques pour la gestion agricole en ligne et plus en plus des exploitations en réseau. Ces nouveaux facteurs nécessitent des méthodologies de traitement pour répondre à plusieurs demandes, par exemple l'automatisation (interaction manuelle réduite), la robustesse (étant donné la diversité des données à traiter), la non-paramétrie. Cette perturbation numérique dans le monde agricole justifie la nécessité de revoir les méthodes actuelles de transformation du rendement pour s'assurer qu'elles s'inscrivent dans le nouveau contexte auquel l'agriculture est confrontée. L'objectif étant (i) d'évaluer leur efficacité dans ce nouveau contexte numérique et (ii) d'identifier les pistes d'amélioration possibles et les obstacles scientifiques qui pourraient se présenter. Au cours de ce programme de doctorat, plusieurs méthodes et algorithmes de traitement du rendement ont été proposés afin que les données brutes de rendement puissent être transformées en couches d'information et de décision. Trois grands axes ont été étudiés : (1) la qualité des données, (2) la représentation spatiale des données et (3) l'interprétation des données. Plus précisément, une approche de filtrage a d'abord été mise en œuvre pour améliorer la fiabilité des données de surveillance du rendement à l'intérieur du champ (1). La méthodologie proposée est originale parce qu'elle tient compte du processus d'acquisition des données de la moissonneuse-batteuse et parce que l'approche de filtrage peut être appliquée aux données à espacement irrégulier à l'intérieur du champ. Deux méthodes de zonage ont ensuite été proposées pour délimiter des unités de rendement homogènes à partir d'ensembles de données annuelles ou multitemporelles de cartographie du rendement (2). La procédure de zonage est intéressante en ce sens qu'elle peut être appliquée à des données spatiales à espacement irrégulier et qu'elle intègre des considérations opérationnelles (expertise de l'agriculteur, taille des machines agricoles). Enfin, un arbre de décision a été mis en place pour aider les utilisateurs à choisir un descripteur approprié de la variabilité à l'intérieur du champ lorsqu'ils travaillent avec des données spatiales (3). Une attention particulière a été portée au développement de méthodes automatisées, robustes et non supervisées pour faire face au nouveau contexte numérique mentionné précédemment.

The objective of this work is to develop an approach allowing to predict the evolution of microbial load on the surface of pork carcasses during a refrigerated transport according to the operating conditions (temperature and humidity of the blowing air) and initial conditions of product (temperature profile at the outlet of the slaughterhouse cold room). Since microbial growth depends mainly on temperature and water activity, it is necessary to study heat and mass transfer within and around the carcasses. These phenomena depend on the airflow pattern in the refrigerated vehicle loaded with hundreds of half-carcasses which makes the geometry particularly complex. Thus, this work involves various disciplines: fluid mechanics, heat/mass transfer and predictive microbiology. The coupling of these three disciplines makes it possible to provide scientific answers as to the sanitary quality of the pork carcasses. Experiments at the laboratory scale were built by reproducing the real conditions as closely as possible thanks to the support of specialists in the meat sector. Thus the pork carcass models were made in molds obtained by 3D printing from X-Ray scanners of real carcasses. By conducting experiments on a reduced scale semitrailer loaded with these carcasses, the airflow could be characterized using 2D Doppler Laser Velocimetry in two air distribution configurations (with and without air ducts). In addition, local convective heat transfer coefficients could be estimated at the surface of different parts of pork carcasses and at different positions in the reduced-scale trailer using fluxmeters. A simplified airflow diagram and the ratio of air distribution in the loaded vehicle have been established, helping in the identification of the "risk zones" in the loaded semi-trailer (low air circulation and low convective transfer coefficients). Based on the experimental results in laboratory scale and those measured during real refrigerated transport, the variability of the parameters characterizing the air circulating around the carcasses could be estimated. This information served as boundary conditions for heat and mass (water) transfer modelling within the most microbial sensitive part of carcass: the ham. This 3D model, solved by the finite element method, allows the prediction of the evolution of the temperature, the water content and the microbial load (Pseudomonas) on the surface of the lean part of the ham for different transport scenarios. The results showed that if the transport begins while the carcasses center is still warm (15°C instead of 7°C according to current regulation) the microbial growth on the surface of pork carcasses is generally not more between slaughter and arrival at the cutting site. Finally, a field study was conducted to monitor the temperature evolution of the pork carcass located at different positions in semitrailer. The cooling capacity of semitrailer required for the transport of different ratio of warm carcasses was estimated. Finally, the developed experimental and numerical methodologies for airflow and heat transfer characterization in a particularly complex geometry showed the interest of coupling transfer models and predictive microbiology models. The results of this study are usable by the profession and the public authorities for the adaptation of the refrigerated transport regulations. The approach developed may be adapted for similar problems in ventilated enclosures.; L'objectif de ce travail est de développer une démarche permettant de prédire l'évolution de la charge microbienne à la surface de carcasses de porc lors d'un transport frigorifique selon les conditions opératoires (température et humidité de l'air de soufflage) et les conditions initiales (profil de température en sortie de chambre froide d'abattoir). La croissance microbienne dépendant notamment de la température et de l'activité de l'eau, il est nécessaire d'étudier les transferts de chaleur et de matière de type diffusif au sein des carcasses et de type convectif autour des carcasses. Ces derniers dépendent de la circulation d'air dans le véhicule frigorifique lorsqu'il est chargé de centaines de demi-carcasses ce qui rend la géométrie particulièrement complexe. De ce fait, ce travail fait appel à diverses disciplines : mécanique des fluides, transferts thermiques et microbiologie prévisionnelle. Le couplage de ces trois disciplines permet d'apporter des réponses scientifiques quant à la qualité sanitaire des carcasses de porc. En travaillant sur un dispositif expérimental reproduisant une semi-remorque chargée de carcasses de porc à l'échelle réduite, les écoulements d'air ont pu être caractérisés par vélocimétrie laser Doppler 2D dans deux configurations de distribution d'air (avec et sans conduits). De plus, les coefficients de transfert convectifs locaux ont pu être estimés à la surface de différentes parties des carcasses de porc et à différentes positions dans la semi-remorque à l'échelle réduite. Un schéma simplifié des écoulements d'air a été établi, il permet de localiser les « zones à risque » dans la semi-remorque chargée (faible circulation d'air et faible coefficients de transfert convectif). En se basant sur les résultats de l'étude expérimentale à l'échelle laboratoire et sur ceux récoltés au cours de vrais transports frigorifiques, la variabilité des paramètres caractérisant l'air circulant autour des carcasses a pu être estimée. Ces informations ont servi de conditions aux limites d'un modèle de transfert de chaleur et de matière (eau) au sein de la partie la plus sensible au niveau microbiologique: le jambon. Ce modèle 3D, résolu par la méthode des éléments finis, permet de prédire l'évolution de la température, de la teneur en eau et de la charge microbienne (Pseudomonas) à la surface de la partie maigre du jambon pour différents scénarios de transport frigorifique. Les résultats ont montré que si le transport commence alors que le coeur des carcasses est encore tiède (15°C au lieu de 7°C selon la réglementation actuelle) la croissance des microorganismes à la surface des carcasses de porc n'est globalement pas plus importante entre l'abattage et l'arrivée sur le site de découpe. Enfin, une étude de terrain a permis d'étudier les profils de température de la surface et du coeur des carcasses dans des conditions réelles de transport. De plus, cette étude a permis d'évaluer les besoins frigorifiques supplémentaires dus au transport des carcasses chaudes par rapport transport de carcasses froides selon différents taux de chargement. Cette étude a permis de développer des méthodes de caractérisation des écoulements et des transferts dans une géométrie particulièrement complexe. Elle a montré l'intérêt de coupler des modèles de transfert et de microbiologie prévisionnelle. Les expérimentions à l'échelle laboratoire ont été construites en reproduisant au plus près les conditions réelles grâce à l'appui de spécialistes de la filière viande. Ainsi les carcasses modèles ont été réalisées dans des moules obtenus par impression 3D d'après des scanners X de vraies carcasses. Les résultats de cette étude sont utilisables par la profession et les pouvoirs publics pour l'adaptation de la réglementation des transports réfrigérés. La démarche développée pourra être adaptée pour des problèmes similaires dans des enceintes ventilées très encombrées.

In 2015, the United Nations have set high priorities for the water sector: achieving universal and equitable access to safe and affordable water, on premise by 2030. For developing countries, completing it represents very high extension investment costs, in addition to existing cost associated with asset renewal obligations, while the means of financing are limited. Our research focuses on the conditions of sustainability of universal individual drinking water service regarding its economic, environmental and social dimensions in a context of global change. We focus on Tunisia, which is confronted with a dual water supply, with households safely piped to the national network and other poorly or not piped at all. In the non-piped rural areas, public dissatisfaction is rising, and the population has been making increasing demands for individual access since the revolution of 2011. In this context, our dissertation is structured around three research papers, partly based on an original data set we collected during a survey in 2014-2015 towards 654 households in rural Tunisia. The first article assesses the effectiveness of the tariff structure applied by the Tunisian Water Utility (TWU) national operator as the unique instrument used to manage demand of drinking water. It concludes that tariff rate is too low to cover the cost of long-term service. But the original structure manages to encourage water savings while allowing all households a minimum level of consumption at an affordable price, thus ensuring access to water for all TWU piped households. The second article presents the results of the contingent evaluation we carried out within the household survey: non-TWU piped households are not willing to pay for an individual connection although they accept to pay relatively large amounts for the future bill giving value to water service. TWU-piped households accept a significant increase in their water bill to preserve attributes of their satisfying current service. The third article studies water consumption level and determinants through estimation of demand function using econometrics. For TWU-piped households, results inform about an average daily consumption of 90 lcd and low but significant income (+0.08) and price (-0.14) elasticities. Non- TWU piped rural areas consume on average 35 lcd and their water demand is strongly driven by variables characterizing physical accessibility of water source (for instance poor transport conditions -0.64) in addition to monetary constraints (price and income elasticities stand respectively at -0.50 and +0.50). These findings can inform public decision on several aspects of pricing evolution which remains the only instrument of demand. Beyond this, they confirm that universal service is a political objective, pursued at a global and national level, which should be analyzed in the light of the long-term economic, environmental and social benefits, which can be specific to local contexts.; En 2015, les Nations Unies ont réaffirmé les priorités à assigner au secteur de l'eau d'ici 2030 : assurer un accès universel, équitable et abordable aux services d'eau potable et d'assainissement, avec comme norme de desserte le branchement individuel sur la parcelle. Pour les pays en développement, atteindre ces objectifs représente des coûts d'investissement d'extension très élevés, auxquels s'ajoutent les obligations de renouvellement du patrimoine existant, tandis que les moyens de financement sont limités. Notre recherche porte sur les conditions de durabilité d'un service d'eau potable par branchement individuel au regard des dimensions économique, environnementale et sociale dans un contexte de changement global. Elle les étudie au travers du cas tunisien, caractérisé par une desserte en eau duale : les ménages des milieux urbain et rural dense disposent d'un branchement individuel de bonne qualité fourni par l'opérateur public national, les autres sont majoritairement mal voire pas du tout desservis. Pour ces derniers, l'accès à l'eau par branchement individuel est devenu, depuis la révolution démocratique de 2010, un des points forts de la revendication d'amélioration globale des conditions de vie. Dans ce contexte, notre thèse s'articule autour de trois articles, dont les analyses ont été nourries notamment par une enquête réalisée auprès de 654 ménages dans 16 localités urbaines et rurales de Tunisie centrale. Le premier article évalue l'efficacité du tarif appliqué sur le périmètre de l'opérateur national, unique instrument de gestion de la demande pour le secteur de l'eau potable. Il conclut que bien que d'un niveau faible donc insuffisant pour couvrir le coût du service à long-terme, il incite aux économies d'eau tout en permettant un niveau minimum de consommation à un prix abordable, assurant ainsi l'accès à l'eau pour tous les ménages raccordés. Le deuxième article présente les résultats de l'évaluation contingente conduite in situ dans les localités : les ménages non raccordés sont peu enclins à payer pour obtenir un branchement individuel même s'ils reconnaissent que le service a un coût auquel il faut contribuer, acceptant ainsi de payer des sommes relativement élevées pour la facture future ; les ménages raccordés déclarent accepter une hausse de leur facture pour préserver les attributs de leur service actuel dont ils sont très satisfaits. Le troisième article étudie les niveaux de consommation des ménages ainsi que leurs déterminants dans les deux périmètres raccordé et non raccordé de respectivement 90 et 35 litres par jour par habitant. A partir des données collectées, il estime économétriquement les fonctions de demande, révélant ainsi des élasticités revenu et prix respectivement de +0,08 et -0,14 pour les ménages raccordés et de +0,50 et -0,50 pour les ménages non raccordés. S'agissant de ces derniers, les fonctions de demande mettent toutefois en avant le rôle prépondérant des facteurs d'accès physique à la ressource en eau (comme de mauvaises conditions de transport -0,64). Ces résultats peuvent notamment éclairer la décision publique sur les différentes modalités de conception et de mise en oeuvre de la tarification, qui demeure l'unique instrument de la demande. Au-delà, ils confirment que la desserte universelle est un objectif politique, poursuivi au niveau mondial et national, qui devrait être analysé au regard des bénéfices économiques, environnementaux et sociaux de long-terme, lesquels peuvent être spécifiques aux contextes locaux.