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Geotrichum candidum is a hemiascomycetous yeast frequently found in the environment and foodstuffs. It is one of the main yeasts in cheese and it is widely used as adjunct culture in the maturation of cheese. Within ANR project ALIA Food Microbiomes in partnership with industry, we characterized the species the species G. candidum by a multigene phylogenetic study. MLST analysis allowed us to separate the studied strains into two groups. The first contains mainly environmental strains while the second contains only strains isolated from cheese. This suggests a specialization or a selection of a group of strains within industry. We developed a typing method by inter LTR profiles, which can provide a robust tool for an industrial monitoring of strains. The genome of G. candidum CLIB 918 = ATCC 204307 was sequenced. Preliminary analyses revealed evolutionary discontinuities among genes. 6802 genes where identified in which 315 genes have orthologs in filamentous fungi and not in yeast. This suggests that during evolution, G. candidum has retained a large number of genes which have been lost in other yeasts or has received some by horizontal gene transfer. The existence of this other yeasts also having a basal position in hemiascomycetous tree suggests that G. candidum and these other yeasts have an intermediate position during the evolutionary transition fungus to yeast. It is noteworthy that some of them are involved in the metabolism and may play a role in the adaptation of the yeast to the cheese environment.; Geotrichum candidum est une levure hémiascomycète ubiquitaire longtemps considérée comme un champignon filamenteux. C’est l’une des levures les plus fréquemment trouvées dans les fromages dans les quelles elle contribue à l’affinage. Dans le cadre du projet ANR ALIA Food Microbiomes en partenariat avec des industriels fromagers et producteur de levain, nous avons caractérisé l’espèce G. candidum par une étude phylogénétique et placé de manière non ambigüe G. candidum parmi les levures hémiascomètes. Une analyse MLST a permis de séparer les souches étudiées en deux groupes. Le premier contient essentiellement des souches environnementales tandis que le second ne contient que des souches isolé du fromage. Cela suggère une certaine sélection ou spécialisation d’un groupe de souche dans la fabrication du fromage. Une méthode de typage inter LTR plus discriminante a permis de typer l’ensemble des souches et peut fournir aux industriels un outil robuste pour le suivi d’une souche en production. Le génome de G. candidum CLIB 918 = ATCC 204307 a été séquencé. Les premières analyses ont mis en évidence des discontinuités évolutives parmi les gènes qui le composent. Parmi les 6802 gènes identifiés, 315 gènes présentent des orthologues chez les champignons filamenteux et non chez les levures. Cela suggère que durant l’évolution, G. candidum a conservé un grand nombre de gènes qui a été perdu chez les autres levures ou en a reçu certain par transfert horizontal de gènes. L’existence de ce même type de gènes chez d’autres levures ayant une position basale dans l’arbre des hémiascomycètes, suggère que G. candidum et ces levures ont une position intermédiaire lors de la transition évolutive champignon vers levure. Il est à noter que certains d’entre eux sont impliqués dans le métabolisme et pourraient jouer un rôle dans l’adaptation de cette levure à la fabrication du fromage.

Diplôme : Dr. d'Universite; Kluyveromyces lactis is one of the most important yeast in cheeses. It is of double interest: fundamental and industrial. Indeed, in spite of its close phylogenetic proximity to the classical model Saccharomyces cerevisiae, its physiology is very different. Its weaker fermentative activity makes of it a model of choice for recombinant proteins production and its ability to metabolize the lactose justifies its utilization for dairy industry. Although K. lactis is the most studied non-conventional yeast, many aspects of its physiology remained to be understood, what we undertook thanks to the data of the partial sequencing of its genome. This work started with the construction of a DNA microarray representing 482 K. lactis genes, involved mainly in the main cellular functions. The comparison of gene expression between the reference strain and an industrial strain in the presence of glucose and/or lactose evidenced a variability that was not detectable at the molecular level. We observed in particular changes in the expression of the genes involved in glucose and lactose transport, in the glycolysis, the Pentose Phosphate Pathway, the Tricarboxylic Acids Cycle, the ethanol metabolism and the amino-acids metabolism, which were perfectly correlated with the physiological data made in parallel. Our results show a very different sensitivity to the glucose repression between both strains, which may be linked to a difference in the sugar transport and may reflect the way by which K. lactis adapts to its environment.; Kluyveromyces lactis est l'une des espèces de levures majoritaires dans les fromages. Elle présente un intérêt à la fois fondamental et industriel. En effet, malgré sa proximité relative du modèle classique Saccharomyces cerevisiae sa physiologie est très différente. Sa plus faible activité fermentaire en fait un organisme de choix pour la production de protéines recombinantes et sa capacité à métaboliser le lactose justifie son utilisation en industrie laitière. Bien que K. lactis soit la levure non conventionnelle la plus étudiée, de nombreux aspects de sa physiologie restaient à éclaircir, ce que nous avons entrepris grâce aux données du séquençage partiel de son génome. Ce travail a débuté par l'élaboration d'une puce à ADN représentant 482 gènes de K. lactis, impliqués dans les principales fonctions cellulaires. La comparaison de l'expression des gènes entre la souche de référence et une souche industrielle en présence de glucose et/ou de lactose a mis en évidence une variabilité indétectable du point de vue moléculaire. Nous avons observé en particulier des changements d'expression des gènes impliqués dans le transport du glucose et du lactose, la glycolyse, la voie des pentoses phosphate, le cycle de Krebs, le métabolisme de l'éthanol et le métabolisme des acides aminés, parfaitement corrélées aux données physiologiques effectuées en parallèle. Nos résultats montrent notamment une sensibilité à la répression par le glucose totalement différente entre les deux souches, qui pourrait être liée à une différence de transport des sucres et refléter la façon dont K. lactis s'adapte à son environnement.