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Séance : Génétique; International audience; The economic importance of genetically improving feed efficiency has been recognized in dairy production. Feed efficiency is a genetically complex trait that can be described as units of product output (e.g., milk yield) per unit of feed input. Previous work showed that feed efficiency is heritable in many species. This study aimed to investigate the heritability for Residual Energy Intake in two breeds of dairy goats (Alpine and Saanen) under commercial conditions. Heritabilities were moderate for both breeds (0.18 ± 0.08 in Alpine and 0.20 ± 0.07 in Saanen).; L'importance économique de l'amélioration génétique de l'efficience alimentaire est reconnue en production laitière. L'efficience alimentaire est un trait génétiquement complexe qui peut être décrit comme le rapport entre production (le rendement laitier, par exemple) et les ressources destinées à cette production (alimentation). Des travaux antérieurs ont montré que l'efficacité alimentaire était héréditaire chez de nombreuses espèces. Cette étude vise à étudier l'héritabilité de l’énergie résiduelle ingérée (REI) chez deux races de chèvres laitières (Alpine et Saanen) élevées en fermes commerciales. Les héritabilités sont modérées pour les deux races (0,18 ± 0,08 en Alpine et 0,20 ± 0,07 en Saanen).

Réunissant les contributions de plusieurs sociologues le présent ouvrage a pour objectif de retracer les principaux courants de recherches sociologiques sur l’éducation depuis 1945 dans un certain nombre de pays européens : l’Allemagne, le Royaume-Uni, l’Italie, l’Espagne, la Grèce et les Pays-Bas. Les contributions que nous présentons ici proposent au lecteur français un aperçu historique de l’évolution de ce champ de recherches en relation non seulement avec la discipline mère mais encore avec d’autres disciplines académiques qui traitent de l’éducation. La perspective adoptée par les différents auteurs est de resituer les approches théoriques et les démarches de recherche dans les contextes historiques, sociaux et institutionnels qui les ont engendrées. Il s’agit d’une perspective globale qui, tout en décrivant les principaux résultats des recherches concrètes, étayés par une bibliographie abondante, tente d’offrir des repères concis aux lecteurs francophones animés par la curiosité intellectuelle et par le désir de comprendre les cadres d’interprétation à l’œuvre dans les productions sociologiques européennes. Les histoires nationales sont complétées par la formulation, dans une perspective comparative, d’un cadre d’analyse des relations entre la sociologie de l’éducation et les contextes sociaux, de nature certes variée, dans lesquels s’enracine et évolue ce champ de recherches.

On s’entend généralement pour dire que la sociologie de l’éducation est d’abord et avant tout un champ spécifique de la sociologie. Aussi utilise-t-elle les théories de base, les perspectives d’analyse et la méthodologie de la discipline mère. C’est la raison pour laquelle il est nécessaire d’esquisser un bref aperçu d’ensemble de la sociologie hollandaise et de ses caractéristiques avant d’évoquer les origines et l’évolution de la sociologie de l’éducation dans ce pays. Comme ailleurs, la so...

Inlassable pourfendeur du système colonial et de ses effets pervers, l’historien Alain Ruscio publie un ouvrage consacré aux dessins et aux caricatures réalisés entre 1830, la prise d’Alger, et 1962, date de l’indépendance de l’Algérie. Une introduction de l’historien Marcel Dorigny rappelle la façon dont sont nés les stéréotypes raciaux. Les dessins sont regroupés en trois ensembles. La première partie reprend l’adage désignant l’Empire de Charles Quint : « Le soleil ne se couche jamais sur ...

International audience; Livestock production systems have considerably evolved over the 20th century. Research in animal breeding and genetics and the implementation of genetic improvement programmes have played an important role in this evolution. Today, the dominant model, characterized by an intensive use of inputs, a very high degree of specialization of production systems and the search for ever lower production costs, is questioned. A now widely shared objective is to contribute to the emergence of sustainable, equitable, healthy and environmentally-friendly food systems. Agroecology is a means to achieve this goal and a guide to the necessary transition of livestock systems, to which animal genetics must contribute. Examples of past, current and potential contributions are presented and positioned according to five agroecological principles proposed as a guide to the evolution of livestock systems. Most of them, such as the selection of animals resistant to different infectious diseases or making a more efficient use of feed, correspond to low levels of agroecological transitions in that they do not question the foundations, components or general design of production systems. Further contributions aimed at a strong transition, based on an in-depth redesign of livestock systems, should be developed in the future.; Les filières et systèmes d’élevage ont considérablement évolué au cours du XXe siècle. La recherche en génétique animale et la mise en place des programmes d’amélioration génétique ont joué un rôle important dans cette évolution. Aujourd’hui, le modèle dominant, caractérisé par une utilisation intensive d’intrants, une très grande spécialisation des systèmes et la recherche de coûts de production toujours plus bas, est remis en cause. Un objectif désormais largement partagé est de contribuer à l’émergence de systèmes alimentaires durables, équitables, sains et respectueux de l’environnement. L’agroécologie est un moyen pour atteindre cet objectif et guider la nécessaire transition des systèmes d’élevage, à laquelle la génétique animale doit contribuer. Des exemples de contributions passées, actuelles et potentielles sont présentés et positionnés selon cinq principes d’agroécologie proposés pour guider l’évolution des systèmes d’élevage. La plupart, telles que la sélection d’animaux résistants à différentes maladies infectieuses ou valorisant de façon plus efficace leur alimentation, correspondent à des niveaux de transition agroécologique faible, dans la mesure où elles ne remettent pas en cause les fondements, les composantes ou la conception générale des systèmes. De nouvelles contributions, visant une transition forte, fondée sur une reconception en profondeur des systèmes d’élevage, sont à développer à l’avenir.

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International audience; Maxi’mâle project focused on male management in selection scheme of small ruminants. Tools havebeen produced for AI (Animal Insemination) centers to help them to optimize male breeding, especially:1) use of ultrasonography to detect male with abnormalities of parenchyma texture and as an earlypredictor of sexual function set up, in order to anticipate involuntary cullings 2) breeding and semencollection practices recommendations with the aim of facilitating sperm collection and reduce the rate ofmales with behavioral problems, 3) estimated breeding values to improve males genetic level onmorphology and semen production traits.; Le projet Maxi’mâle s’est intéressé à la gestion des mâles reproducteurs dans les schémas de sélectionde petits ruminants. Des outils ont été fournis aux centres d’élevage et de production de semence pourles aider à optimiser l’élevage de leurs animaux, en particulier : 1) l’utilisation de l’échographie pourrepérer les mâles présentant des anomalies structurelles au niveau du parenchyme testiculaire etcomme indicateur précoce de la mise en place de la fonction sexuelle, de façon à anticiper les réformessubies 2) des recommandations au niveau de l’élevage et des pratiques d’entraînement, afin de faciliterla collecte et de réduire le taux de mâles avec des problèmes de comportement , 3) des index pouraméliorer le niveau génétique des mâles sur des caractères de morphologie fonctionnelle et deproduction de semence

International audience; Maxi’mâle project focused on male management in selection scheme of small ruminants. Tools havebeen produced for AI (Animal Insemination) centers to help them to optimize male breeding, especially:1) use of ultrasonography to detect male with abnormalities of parenchyma texture and as an earlypredictor of sexual function set up, in order to anticipate involuntary cullings 2) breeding and semencollection practices recommendations with the aim of facilitating sperm collection and reduce the rate ofmales with behavioral problems, 3) estimated breeding values to improve males genetic level onmorphology and semen production traits.; Le projet Maxi’mâle s’est intéressé à la gestion des mâles reproducteurs dans les schémas de sélectionde petits ruminants. Des outils ont été fournis aux centres d’élevage et de production de semence pourles aider à optimiser l’élevage de leurs animaux, en particulier : 1) l’utilisation de l’échographie pourrepérer les mâles présentant des anomalies structurelles au niveau du parenchyme testiculaire etcomme indicateur précoce de la mise en place de la fonction sexuelle, de façon à anticiper les réformessubies 2) des recommandations au niveau de l’élevage et des pratiques d’entraînement, afin de faciliterla collecte et de réduire le taux de mâles avec des problèmes de comportement , 3) des index pouraméliorer le niveau génétique des mâles sur des caractères de morphologie fonctionnelle et deproduction de semence

I. INTRODUCTION Je n'ai pas besoin de vous dire combien je me sens attaché à la France, tant par mes relations que par mes travaux. Rien au monde, pour moi, ne pourrait remplacer la Bibliothèque nationale. De plus, je n'ai qu'à me féliciter de l'accueil que j'ai trouvé en France dès 1923 ; de la bienveillance des autorités aussi bien que du dévouement de mes amis. C'est par ces mots dans une lettre à Horkheimer écrite en 1939 que Benjamin révèle l'importance qu'a revêtue dans sa vie et dans s...

Cet ouvrage réunit les contributions de spécialistes allemands et français sur un sujet qui, depuis les ouvrages d’Armin Mohler (1948) et de Kurt Sontheimer (1962) en Allemagne, de Jean-Louis Loubet del ßayle (1967) en France, n’a cessé de retenir l’attention des historiens du second après-guerre : la recherche d’une "troisième voie" entre marxisme et libéralisme durant le premier après-guerre, les chassés-croisés Idéologiques et politiques qu’elle entraîne, le problème des rapports de cette pensée "ni gauche, ni droite", "conservatrice-révolutionnaire" ou "non-conformiste" avec le fascisme et le national-socialisme. L’originalité de ce recueil vient de ce qu’il pose les jalons d’une étude comparative mettant en évidence les convergences et les divergences de ces "idéologies de la crise" en Allemagne et en France, ainsi que les différentes médiations qui ont pu s’effectuer d’un pays à l’autre. A l’heure où en Europe les Idéologies sont de nouveau en crise, ces études présentent, à n’en pas douter, un intérêt qui n’est pas seulement historique.

National audience; Nous presentons un ensemble d’algorithmes statistiques permettant d’effectuer le rendu d’une image thermique, en régime instationnaire, dans une scène quelconque. Simuler le signal reçu par chaque pixel de la camera consiste à propager les sources thermiques (conditions aux limites et initiales) par les phenomènes de conduction, convection et rayonnement. La technique ne nécessite pas un calcul préalable du champ de température en tout point de la scène et en tout temps. Un exemple en geométrie complexe est présenté, et qualitativement comparé à une prise de vue.

National audience; Chez les petits ruminants comme chez les bovins, l’insémination animale (IA) est un outil puissant pour créer le progrès génétique au niveau d’un noyau de sélection et le diffuser dans les élevages. Le choix des futurs mâles producteurs de semence pour l’IA est donc stratégique. Or, le pourcentage de mâles éliminés avant même leur diffusion, pour des raisons de manque de précocité, de mauvaise production de semence, de défaut de morphologie fonctionnelle ou de standard, est important (autour de 50% en ovins et en caprins), ce qui a un impact direct sur l’efficacité technico-économique des schémas. Le projet CAS DAR Maxi’mâle a pour objectif d’optimiser la gestion des mâles reproducteurs afin d’augmenter l’efficacité des schémas de sélection. En particulier, il vise à anticiper les réformes subies, par l’identification précoce des mâles qui seront capables de donner de la semence de qualité, à faciliter l’entraînement et la collecte, et à faire progresser le niveau global de la population sur des caractères liés à la fonction sexuelle. Ce projet associe tous les centres de production de semence des petits ruminants français : 9 centres ovins et le centre caprin.

National audience; La sélection génomique est un levier pertinent et pérenne pour moduler la production laitière tant sur le plan quantitatif que qualitatif, dans les contextes scientifique, agronomique et sociétal actuels. Elle repose en partie sur les informations données par de nombreux marqueurs génétiques utilisés pour prédire la valeur génétique d’animaux choisis comme potentiels candidats à la sélection. La précision de la sélection pourrait être accrue via la découverte de mutations causales responsables de la variabilité génétique de caractères et leur ajout dans les modèles de prédiction de valeurs génétiques. Des régions génomiques ayant un effet sur ces caractères quantitatifs (QTL) d’intérêt pour les espèces d’élevage ont été définies. Dans la plupart de ces QTL, les mutations candidates sont identifiées dans des régions non-codantes, parmi lesquelles des gènes de microARN. Ces petits ARNs non-codants ont un rôle de régulation post-transcriptionnelle et donc impactent l’expression de gènes. L’objectif est d’analyser des mutations de gènes de microARNs situés dans des QTL laitiers avec pour but d’identifier de nouveaux biomarqueurs pour une sélection plus précise, mais aussi de comprendre les mécanismes moléculaires des effets de ces variants

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National audience; The concentration of milk cells, or Somatic Cell Count (SCC), is an indirect indicator of mammary infection, which is widely used in the epidemiology of mastitis. It is also a predictor of intra-mammary infection susceptibility used for selection of dairy ruminants resistant to mastitis. Owing to the role attributed to milk cells in the immune protection against mastitis, the selection of animals with very low SCC has given rise to doubts and criticism, fearing that selection would lead to an increased susceptibility to mastitis. Epidemiological surveys have yielded apparently contradictory results, which did not settle this issue. Nevertheless, by taking into account the immunobiology of the mammary gland, along with the results of recent studies on SCC-based divergent selection of dairy animals, it is possible to give a definite answer to the question "Should we avoid selecting dairy animals with very low SCC?" It clearly appears that selection does not reduce the baseline SCC of uninfected healthy glands and does not weaken the capacity of the mammary gland to defend itself against infections.; La concentration en cellules du lait (CCS) est un indicateur indirect d’une infection mammaire très utilisé en épidémiologie, mais aussi un prédicteur de la sensibilité aux infections mammaires utile pour la sélection génétique d’animaux plus résistants aux mammites. En raison du rôle de protection immunitaire attribué aux cellules du lait, des réserves sont émises à l’encontre de la sélection d’animaux dont le lait serait pauvre en cellules, ce qui entrainerait une sensibilité accrue aux mammites. Des enquêtes épidémiologiques apparemment contradictoires n’ont pas permis de lever ces réticences. Cependant, une analyse critique des connaissances sur l’immunité mammaire et des études récentes réalisées sur des animaux issus d’une sélection divergente sur les valeurs génétiques du caractère « Cellules » permettent de répondre à la question « Faut-il éviter de sélectionner des animaux laitiers dont les CCS sont très faibles ? ». Il apparaît clairement qu’en l’absence d’infection, les valeurs de CCS sont physiologiquement très faibles et ne sont pas modifiées par la sélection, qui ne réduit pas non plus la capacité de la mamelle à se défendre contre les infections.

Chez les petits ruminants, les outils d’intervention et corolairement de gestion en matière d’infections mammaires, doivent être repensés en tenant compte de leurs spécificités sur le plan animal (étiologie, réponse cellulaire, caractéristiques morphologiques et fonctionnelles) comme de conduite d’élevage, d’équipement ou d’organisation du travail. L’étude s’est attachée à intégrer les apports de l’observation en élevage, élément central du travail des éleveurs et des techniciens, et différentes solutions technologiques ou enregistrements automatisés, disponibles ou en développement, sur le plan diagnostique (bactériologie moléculaire, comptages cellulaires, spectres en moyen infra-rouge, examen clinique de la mamelle) et sur le plan de l’aptitude et des conditions de traite (recours aux enregistrements de cinétiques d’éjection du lait, de fluctuations de vide, de thermographie). Dans un contexte de réduction de l’usage des antibiotiques, des critères de sélection des animaux à traiter (ou réformer) ont été proposés. Des phénotypes ont été explorés en vue d’une meilleure appréhension des facteurs de risque associés à la traite. Enfin, après étude des caractères et simulations en termes de progrès génétique et d’impact économique, l’inclusion de nouveaux caractères dans les schémas de sélection a été réalisée (cellules) ou proposée en vue d’une amélioration de la résistance des animaux aux infections mammaires.

This study is a preliminary work to the introduction of semen production traits in the goat selection scheme, which are a significant cause of elimination of the bucks before their use as elite male. The objective is 1) to estimate genetic parameters for semen production traits and to implement a genetic evaluation and 2) to investigate, with a Genome Wide Association Study, a locus which could have a significant effect on one of the traits in Alpine and Saanen breeds. Estimated heritabilities were moderate (from 0.13 to 0.23) for volume, concentration and number of spermatozoa, and lower (from 0.06 to 0.10) for percentage of spermatozoa and motility score. Analyses showed that there is a genetic antagonism between volume and other traits, except the number of spermatozoa. Other variables were positively correlated. In some cases, a genetic trend can be observed over time. It is due to the elimination, based on phenotypes, of less efficient bucks. For example, in the Saanen breed, motility score has increased of 0.13 points in 20 years. Genome Wide Association Study highlighted a Quantitative Trait Locus having a significant effect on semen quantity on chromosome 19 in the Saanen breed. It is responsible of an increase of volume and number of spermatozoa and a decrease of concentration. A candidate causal mutation has been found in the SHBG (Sex Hormone Binding Globulin) gene., Cette étude est un travail préliminaire avant la prise en compte dans le schéma de sélection caprin des caractères de production de semence qui constituent une des principales causes d’élimination des boucs avant leur utilisation en tant qu’améliorateurs. L’objectif est 1) d’estimer les paramètres génétiques de ces caractères et de mettre en place une évaluation génétique et 2) de rechercher par une analyse d’association une région du génome qui pourrait être associée à un des caractères en races Alpine et Saanen. Les héritabilités estimées étaient modérées (de 0,13 à 0,23) pour le volume, la concentration et le nombre de spermatozoïdes, et plus faibles (de 0,06 à 0,10) pour le pourcentage de spermatozoïdes vivants et la motilité. Les analyses ont montré qu’il existe un antagonisme génétique entre le volume et les autres caractères, excepté le nombre de spermatozoïdes. Les autres variables étaient positivement corrélées entre elles. Une tendance génétique positive peut être observée au cours du temps dans certains cas. Elle est liée à l’élimination, sur phénotypes, des boucs les moins performants. En race Saanen par exemple, la motilité a progressé de 0,13 points en 20 ans. L’analyse d’association a mis en évidence la présence d’une région du génome associée à la quantité de semence sur le chromosome 19 en race Saanen. Elle est responsable d’une augmentation du volume et du nombre de spermatozoïdes et d’une diminution de la concentration. Une mutation causale candidate a été trouvée dans le gène SHBG (Sex Hormone Binding Globulin).

The concentration of milk cells, or Somatic Cell Count (SCC), is an indirect indicator of mammary infection, which is widely used in the epidemiology of mastitis. It is also a predictor of intra-mammary infection susceptibility used for selection of dairy ruminants resistant to mastitis. Owing to the role attributed to milk cells in the immune protection against mastitis, the selection of animals with very low SCC has given rise to doubts and criticism, fearing that selection would lead to an increased susceptibility to mastitis. Epidemiological surveys have yielded apparently contradictory results, which did not settle this issue. Nevertheless, by taking into account the immunobiology of the mammary gland, along with the results of recent studies on SCC-based divergent selection of dairy animals, it is possible to give a definite answer to the question "Should we avoid selecting dairy animals with very low SCC?" It clearly appears that selection does not reduce the baseline SCC of uninfected healthy glands and does not weaken the capacity of the mammary gland to defend itself against infections., La concentration en cellules du lait (CCS) est un indicateur indirect d’une infection mammaire très utilisé en épidémiologie, mais aussi un prédicteur de la sensibilité aux infections mammaires utile pour la sélection génétique d’animaux plus résistants aux mammites. En raison du rôle de protection immunitaire attribué aux cellules du lait, des réserves sont émises à l’encontre de la sélection d’animaux dont le lait serait pauvre en cellules, ce qui entrainerait une sensibilité accrue aux mammites. Des enquêtes épidémiologiques apparemment contradictoires n’ont pas permis de lever ces réticences. Cependant, une analyse critique des connaissances sur l’immunité mammaire et des études récentes réalisées sur des animaux issus d’une sélection divergente sur les valeurs génétiques du caractère « Cellules » permettent de répondre à la question « Faut-il éviter de sélectionner des animaux laitiers dont les CCS sont très faibles ? ». Il apparaît clairement qu’en l’absence d’infection, les valeurs de CCS sont physiologiquement très faibles et ne sont pas modifiées par la sélection, qui ne réduit pas non plus la capacité de la mamelle à se défendre contre les infections.

Chez les ruminants, le déficit énergétique est associé à une sensibilité plus marquée aux mammites. Un certain degré de déficit énergétique est fréquent en période post-partum en raison de l’augmentation insuffisante de l’ingestion par rapport aux besoins en énergie pour la lactation. Cependant, les mécanismes liant fonction immunitaire, réponse inflammatoire et bilan énergétique demeurent mal connus. L’objectif de cette étude était donc de décrire les conséquences du déficit énergétique d’une part et la réponse à une épreuve inflammatoire d’autre part, ainsi que leur effet combiné, sur l’expression génique des leucocytes sanguins chez des brebis primipares en début de lactation. Pour cela, 24 brebis laitières ont été réparties en deux groupes homogènes : un groupe dont le bilan énergétique était négatif (BEN) avec une couverture de 60 % des besoins énergétiques à la suite d’une restriction des apports pendant 15 jours, et un groupe témoin dont les besoins énergétiques étaient couverts à 100 % et le bilan énergétique positif (BEP). Après 11 jours de ces régimes alimentaires, une solution de phlogogènes (Pam3CSK4 et MDP) a été injectée dans une hémi-mamelle saine afin d’induire une réponse inflammatoire chez toutes les brebis. L’analyse du transcriptome a été réalisée par la technique RNA-seq sur les leucocytes sanguins des brebis à quatre dates : 4 jours avant le début de la restriction énergétique, puis après 11 jours de régime alimentaire différencié, à 0, 8 et 24 h après l ‘induction de l’inflammation mammaire. L’analyse RNA-seq a révélé une inhibition des fonctions d’oxydation du glucose, et de synthèse du mévalonate, du cholestérol et des acides gras, et une activation de l’oxydation des acides gras en réponse au BEN dans les leucocytes sanguins. Elle a également révélé une activation marquée de la transcription en réponse précoce à l’épreuve inflammatoire (8 h après l’injection), notamment des voies de signalisation immunitaires comme B Cell Receptor Signaling ou Leukocyte Extravasation Signaling. Alors qu’aucune interaction entre le régime et la réponse à l’épreuve inflammatoire n’a pu être établie, certaines fonctions biologiques, en particulier le métabolisme lipidique et les voies de production énergétique, étaient modifiées de façon contraire par les deux stress. En effet, l’épreuve inflammatoire a entrainé une activation de l’oxydation du glucose et une inhibition de l’oxydation des acides gras, indiquant une utilisati

Apports de la génétique sur la santé de la mamelle et le débit de traite. 2. Journée UMT SPR – OMACAP

L’un des facteurs limitants identifiés dans les années 1950 était le potentiel laitier insuffisant des races de brebis traites en France, qui a initié la collaboration entre profession et recherche qui perdure depuis. Après une phase initiale où les deux stratégies génétiques possibles, croisement ou race pure, ont été explorées, la profession a fait le choix dans les années 1970 de la sélection de chaque race locale dans son terroir de production avec son fromage d'appellation d’Origine Protégée. La réussite de la sélection des cinq races locales concernées est le fruit d’une démarche raisonnée et optimisée dans l’espace (gestion pyramidale) et dans le temps (la quantité de lait, puis les aptitudes fromagères du lait, puis les caractères fonctionnels de la sphère mammaire), et de la mise en œuvre d’objectifs de sélection cumulatifs à l’échelle de chacune des populations concernées. Cette démarche est validée par des va-et-vient permanents entre élevages privés et expérimentaux, ou des expérimentations dans les élevages privés : elle a permis de proposer des solutions inédites comme le contrôle laitier qualitatif ponctuel pour les taux butyreux et protéiques, puis pour les comptages de cellules somatiques, tout en permettant de comprendre l’originalité de milieux de sélection induits par le pilotage global au troupeau, susceptible de favoriser des réponses génétiques indirectes durables (capacité d’ingestion, vitesse de traite et aptitude à la mono-traite des brebis) bien exploitées par les éleveurs. Cette démarche balisée n’interdit pas de sortir du cadre quand il s’agit de répondre à un objectif stratégique et imprévu, comme la résistance à la tremblante dans les années 1990. La diversification pour chacune des cinq races locales de nouveaux objectifs de sélection (aptitude à la mono-traite quotidienne, longévité fonctionnelle, persistance laitière, résistance aux strongles gastro-intestinaux) est susceptible d’intervenir avec le démarrage depuis 2015 de la sélection génomique des brebis laitières françaises., One of the limiting factors identified in the 1950’s was low milk yield level of the French dairy ewes, which initiated the collaboration between breeder organizations and researchers that has been developed. Initially, the two possible genetic strategies, crossbreeding or purebred selection, were investigated. Finally the breeders chose in the 1970’s the selection of each local French dairy sheep breed in its specific area of production related to its PDO cheese. The success of the selection of the five involved local breeds is the result of a rationalized and optimized approach, in space (pyramidal management of the population), and in time (progressiveness of the breeding goals from milk yield only to global merit giving the same weights to milk traits and udder functional traits). This approach was validated by permanent exchanges between private and experimental flocks: it permits, on the one hand to conceive and validate simplified tools such as lactation sampling for fat and protein contents, and SCC, and on the other hand to understand the originality of the dairy selection environment when management decisions are taken at the flock level and not individually, which may induce sustainable indirect genetic responses (feed intake ability, milking speed, once daily milking ability) used by the breeders. This rationalized approach does not preclude the implementation of other solutions to address a strategic and unforeseen new goal, such as scrapie resistance in the 1990’s. For each of the five local breeds, diversification of new breeding objectives (once daily milking ability, functional longevity, milk persistency, resistance to gastrointestinal strongyles) is likely to occur since the 2015 starting of genomic selection in French dairy sheep breeds.

National audience; Mastitis is an infectious disease mainly caused by bacteria invading the mammary gland. Genetic control of susceptibility to mastitis has been widely evidenced in dairy ruminants, but the genetic basis and underlying mechanisms are still largely unknown. We describe here the discovery, fine mapping and functional characterization of a genetic variant associated with mastitis in dairy sheep. After implementing genome-wide association studies, we identified a major QTL associated with an elevated milk leukocyte count on ovine chromosome OAR3. Fine mapping of the region, using full sequencing of the genomes of three animals with a 12X coverage, provided one strong SNP candidate that mapped to the coding sequence of a highly conserved gene, suppressor of cytokine signaling 2 (Socs2). The frequency of the allele associated with increased susceptibility to mastitis was 21.7% and the Socs2 genotype explained 12% of the variance of the trait. The point mutation induces the R96C substitution in the SH2 functional domain of SOCS2, i.e. the binding site of the protein to various ligands, as well-established for the growth hormone receptor GHR. Using surface plasmon resonance we show that the R96C point mutation completely abrogated SOCS2 binding affinity for the phosphopeptide of GHR. Additionally, the body size, body weight and milk production in R96C homozygote sheep, were significantly increased by 24%, 18%, and 4.4%, respectively, when compared to wild type sheep, supporting the view that the point mutation causes a loss of SOCS-2 functional activity. Altogether these results provide strong evidence for a causal mutation controlling mastitis in sheep and highlight the major role of SOCS-2 as a tradeoff between the host’s inflammatory response to mammary infections, and body growth and milk production, which are all mediated by the JAK/STAT signaling pathway.; Les mammites sont principalement liées à des infections de la glande mammaire par diverses bactéries. L’existence d’une variabilité génétique naturelle de la résistance des ruminants laitiers aux mammites a été largement établie, mais les gènes sous-jacents restent majoritairement inconnus. Dans cet article, nous rapportons les résultats de détection, de cartographie fine et de caractérisation fonctionnelle d’un variant génétique associé à la prédisposition aux mammites chez les ovins laitiers. En premier lieu, une analyse d’association basée sur le génotypage de 1009 béliers avec la puce Illumina 50K OvineSNP50Beadchip a permis d’identifier une région QTL, associée à des concentrations de cellules somatiques (CCS) élevées, sur le chromosome ovin OAR3. La cartographie fine de la région basée sur le séquençage complet de 3 animaux chez qui les allèles ségrégeaient a permis d’identifier un SNP candidat localisé dans la séquence codante d‘un gène hautement conservé dans le règne animal, Suppressor Of Cytokine Signaling 2 (Socs2). La fréquence de l’allèle associé à des CCS élevés est de 21,7% et le « génotype Socs2» explique 12% de la variance du caractère dans la population où il a été identifié. La mutation induit une substitution R96C dans le domaine fonctionnel SH2 de SOCS-2, le site de fixation de la protéine à de nombreux ligands tels que le récepteur à l’hormone de croissance (GHR). A l’aide d’un test fonctionnel basé sur la résonance des plasmons de surface, nous avons montré que la mutation R96C abroge l’affinité de SOCS-2 pour la tyrosine phosphorylée du domaine intracellulaire de GHR. Par ailleurs, nous avons montré que la croissance et la taille à l’âge adulte des brebis portant l’allèle muté étaient supérieures à celles des brebis de génotype sauvage, en adéquation avec l’hypothèse d’une invalidation de la fonction de SOCS-2. De plus, la mutation est également associée à une production laitière supérieure. L’ensemble de ces résultats conforte le fait que la mutation identifiée est probablement responsable du QTL pour les CCS sur OAR3. Ces résultats suggèrent un rôle de SOCS-2 dans le contrôle de l’inflammation médié par la voie de signalisation JAK/STAT et suggèrent un potentiel effet pléiotropique de cette mutation sur la croissance et les caractères de production.

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Les mammites sont principalement liées à des infections de la glande mammaire par diverses bactéries. L’existence d’une variabilité génétique naturelle de la résistance des ruminants laitiers aux mammites a été largement établie, mais les gènes sous-jacents restent majoritairement inconnus. Dans cet article, nous rapportons les résultats de détection, de cartographie fine et de caractérisation fonctionnelle d’un variant génétique associé à la prédisposition aux mammites chez les ovins laitiers. En premier lieu, une analyse d’association basée sur le génotypage de 1009 béliers avec la puce Illumina 50K OvineSNP50Beadchip a permis d’identifier une région QTL, associée à des concentrations de cellules somatiques (CCS) élevées, sur le chromosome ovin OAR3. La cartographie fine de la région basée sur le séquençage complet de 3 animaux chez qui les allèles ségrégeaient a permis d’identifier un SNP candidat localisé dans la séquence codante d‘un gène hautement conservé dans le règne animal, Suppressor Of Cytokine Signaling 2 (Socs2). La fréquence de l’allèle associé à des CCS élevés est de 21,7% et le « génotype Socs2» explique 12% de la variance du caractère dans la population où il a été identifié. La mutation induit une substitution R96C dans le domaine fonctionnel SH2 de SOCS-2, le site de fixation de la protéine à de nombreux ligands tels que le récepteur à l’hormone de croissance (GHR). A l’aide d’un test fonctionnel basé sur la résonance des plasmons de surface, nous avons montré que la mutation R96C abroge l’affinité de SOCS-2 pour la tyrosine phosphorylée du domaine intracellulaire de GHR. Par ailleurs, nous avons montré que la croissance et la taille à l’âge adulte des brebis portant l’allèle muté étaient supérieures à celles des brebis de génotype sauvage, en adéquation avec l’hypothèse d’une invalidation de la fonction de SOCS-2. De plus, la mutation est également associée à une production laitière supérieure. L’ensemble de ces résultats conforte le fait que la mutation identifiée est probablement responsable du QTL pour les CCS sur OAR3. Ces résultats suggèrent un rôle de SOCS-2 dans le contrôle de l’inflammation médié par la voie de signalisation JAK/STAT et suggèrent un potentiel effet pléiotropique de cette mutation sur la croissance et les caractères de production., Mastitis is an infectious disease mainly caused by bacteria invading the mammary gland. Genetic control of susceptibility to mastitis has been widely evidenced in dairy ruminants, but the genetic basis and underlying mechanisms are still largely unknown. We describe here the discovery, fine mapping and functional characterization of a genetic variant associated with mastitis in dairy sheep. After implementing genome-wide association studies, we identified a major QTL associated with an elevated milk leukocyte count on ovine chromosome OAR3. Fine mapping of the region, using full sequencing of the genomes of three animals with a 12X coverage, provided one strong SNP candidate that mapped to the coding sequence of a highly conserved gene, suppressor of cytokine signaling 2 (Socs2). The frequency of the allele associated with increased susceptibility to mastitis was 21.7% and the Socs2 genotype explained 12% of the variance of the trait. The point mutation induces the R96C substitution in the SH2 functional domain of SOCS2, i.e. the binding site of the protein to various ligands, as well-established for the growth hormone receptor GHR. Using surface plasmon resonance we show that the R96C point mutation completely abrogated SOCS2 binding affinity for the phosphopeptide of GHR. Additionally, the body size, body weight and milk production in R96C homozygote sheep, were significantly increased by 24%, 18%, and 4.4%, respectively, when compared to wild type sheep, supporting the view that the point mutation causes a loss of SOCS-2 functional activity. Altogether these results provide strong evidence for a causal mutation controlling mastitis in sheep and highlight the major role of SOCS-2 as a tradeoff between the host’s inflammatory response to mammary infections, and body growth and milk production, which are all mediated by the JAK/STAT signaling pathway.

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Cette étude présente les principaux résultats d’estimation de paramètres génétiques et de détection de QTL obtenus dans le cadre du programme PhénoFinlait sur les caractères de composition en Acides Gras (AG) et protéines du lait dans trois races bovines (Holstein, Montbéliarde et Normande), deux races ovines (Lacaune et Manech Tête Rousse) et deux races caprines (Alpine et Saanen). La composition du lait est estimée à partir de la spectrométrie dans le moyen infrarouge. Les paramètres génétiques sont estimés à partir des données de 102 000 contrôles laitiers de 22 000 vaches en première lactation, 67 000 contrôles de 20 000 brebis, et 45 000 contrôles de 13 700 chèvres. Ils sont très homogènes entre espèces et entre races. En revanche, ils dépendent beaucoup du mode d’expression des caractères, exprimés en proportion du lait ou de la matière. Exprimés en teneur dans le lait, les AG saturés présentent une héritabilité plus élevée que les insaturés chez les bovins et les ovins, mais l’écart est plus faible quand ils sont exprimés en teneur dans le gras. Chez les caprins, les estimations d’héritabilité sont plus élevées pour les caractères exprimés en teneur dans la matière grasse. Les mesures d’AG sont fortement corrélées entre stades de lactation, à l’exception du premier mois qui apparaît comme un caractère assez différent. Les corrélations génétiques sont positives entre AG saturés et entre AG insaturés. Entre AG saturés et insaturés, les corrélations sont positives pour les AG exprimés en teneur dans le lait mais négatives quand les AG sont exprimés en pourcentage de la matière grasse. Les AG saturés sont très fortement corrélés au taux butyreux du lait. Concernant les protéines, les estimations d’héritabilité sont très élevées pour la bêta-lactoglobuline, assez élevées pour les caséines, plus modérées pour l’alpha-lactalbumine. Concernant les corrélations, il existe une forte analogie entre AG et protéines. Ainsi, les caséines sont fortement corrélées entre elles et fortement liées au taux protéique. Leur corrélation avec les protéines sériques est positive quand les protéines sont exprimées en teneur dans le lait, mais très négatives quand elles sont exprimées en teneur dans les protéines. [br/] Les analyses de détection de QTL reposent sur les données de 7 800 vaches, 1 800 brebis et 2 300 chèvres génotypées avec des puces SNP pangénomiques. En moyenne, 9 QTL d’AG ont été détectés par caractère et par race bovine. Les QTL les plus importants ont été trouvés sur les chromosomes 14 (gène DGAT1), 5, 19, 27, 17, 11 et 13. On observe une forte co-localisation de QTL entre AG du même type, reflétant leur origine métabolique commune. Une fraction notable de ces QTL semble partagée entre races. 22 à 29 QTL sont détectés en moyenne pour chaque taux de protéine. Les plus significatifs se situent sur les chromosomes 6 (2 régions QTL, régions des gènes ABCG2 et des caséines), 11 (gène de la bêta-lactoglobuline) et 20 (gène GHR vers 32 Mb, mais aussi vers 58Mb). Le gène DGAT1 affecte également de nombreuses protéines exprimées en teneur dans le lait. [br/] Ces résultats indiquent que la composition fine du lait pourrait être modifiée par sélection, même si les grands équilibres entre composants peuvent difficilement être bouleversés. Il est ainsi possible d’augmenter la fraction de caséines dans les protéines. Il est aussi possible d’augmenter la fraction d’AG insaturés dans le lait, mais sans doute au prix d’une diminution du taux butyreux., This study presents the main genetic results obtained from the PhénoFinlait project with regards to genetic parameters and QTL detection for milk composition in fatty acids (FA) and proteins in three dairy cattle breeds (Montbeliarde, Normande, and Holstein), two goat breeds (Alpine and Saanen) and two sheep breeds (Lacaune and Manech Tete Rousse). Milk composition was estimated from midinfra red spectrometry. Genetic parameters were estimated from about 102,000 test-day records from 22,000 cows in first lactation, 67,000 records from 20,000 ewes and 45,000 records from 13,700 goats. Genetic parameter results were very homogeneous across species and breeds. They were found to be sensitive to the mode of expression of the traits, in % of milk or in % of fat or protein. Expressed in % of milk, test-day saturated FA (SAT) had higher heritability estimates than unsaturated FA (UNSAT) but this difference was smaller when traits were in % of fat. In goats, the results were markedly different with higher heritability estimates found for traits expressed in % of fat. FA measurements were highly genetically correlated across different stages of lactation except in the beginning of the lactation. Genetic correlation estimates were found to be positive across saturated FA, and also across unsaturated FA. Between saturated and unsaturated FA, correlation estimates were positive when FA were expressed in % milk but negative when FA were expressed in % fat. Saturated FA were strongly correlated with fat content. With regards to proteins, heritability estimates were very high for beta-lactoglobulin, moderate to high for caseins, moderate for alpha-lactalbumin. Correlation pattern showed a strong similarity between FA and proteins. Indeed, caseins were strongly correlated with each other and with protein content. Their correlation with whey proteins was positive or very negative, whether proteins were expressed in % milk or in % proteins. [br/] QTL detection analyses were based on pangenomic genotyping data of 7800 cows, 1800 ewes, and 2300 goats. On average, 9 QTL were detected per FA trait and cattle breed. The most important QTL were found on chromosome 14 (DGAT1 gene), 5, 19, 27, 17, 11, and 13. A strong co-location of QTL was observed for FA sharing a common metabolic origin. A large proportion of the QTL seems to be shared across breeds. Twenty-two to 29 QTL were detected for each protein. The most significant QTL were found on chromosome 6 (2 regions close to ABCG2 gene and to casein cluster), 11 (beta-lactoglobulin gene), and 20 (2 regions, around GHR gene and around 58 Mb). The DGAT1 gene (BTA14, around 1.8 Mb) was also found to affect many proteins when expressed in % of milk. [br/] These results show that milk composition in FA or proteins can be significantly modified by selection, even if the major characteristics cannot be changed. For instance, it is possible to increase the casein percentage in total proteins. It is also possible to increase the unsaturated FA fraction in fat, but at the expense of a decrease in fat content in milk.