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Ce rapport présente les actions entreprises en 2019 par INRAE, l'ONF et le CNPF dans le cadre du programme d'évaluation des variétés forestières améliorées issues des vergers à graines de l'Etat. Elles concernent le Douglas et les mélèzes. Pour le Douglas, les actions visent à caractériser les produits des huit vergers français en s’appuyant sur un réseau de plantations comparatives, installé de 2008 à 2016, et explorant une grande diversité de contextes stationnels. De nouveaux résultats ont été obtenus à l’âge de 8 ans, pour la hauteur et la circonférence - les résultats ne remettent pas en cause la hiérarchie établie à 5 ans -, ainsi que pour deux caractères de branchaison qui ont fait l’objet d’une analyse en réseau. Des différences inter-provenances significatives ont été mises en évidence pour l’angle d’insertion des branches mais les écarts sont faibles en valeur absolue ; leur impact économique mériterait d’être quantifié. De plus, a été réalisée une synthèse des résultats obtenus pour la phénologie du débourrement végétatif et l’état sanitaire, dans la perspective d’un article destiné aux propriétaires et gestionnaires. Enfin, des démarches ont été initiées pour mieux caractériser les sites d’essai (climat, sol) et étudier d’éventuelles différences de stratégie entre variétés en conditions de stress hydrique. Pour le mélèze hybride, les actions entreprises ont eu pour effet d’améliorer la qualité génétique et le potentiel fructifère du verger Les Barres-F2 via une éclaircie génétique et d’informer les propriétaires forestiers de ses performances. Enfin, des données inédites ont été obtenues sur la sensibilité au chancre, après inoculation artificielle, des clones de la population d’amélioration de mélèze d’Europe Sudetica d’INRAE. Elles seront mobilisées dans le cadre d’une éclaircie génétique programmée prochainement dans le verger à graines Sudètes-Le Theil.

Ce rapport présente les actions entreprises en 2019 par INRAE, l'ONF et le CNPF dans le cadre du programme d'évaluation des variétés forestières améliorées issues des vergers à graines de l'Etat. Elles concernent le Douglas et les mélèzes. Pour le Douglas, les actions visent à caractériser les produits des huit vergers français en s’appuyant sur un réseau de plantations comparatives, installé de 2008 à 2016, et explorant une grande diversité de contextes stationnels. De nouveaux résultats ont été obtenus à l’âge de 8 ans, pour la hauteur et la circonférence - les résultats ne remettent pas en cause la hiérarchie établie à 5 ans -, ainsi que pour deux caractères de branchaison qui ont fait l’objet d’une analyse en réseau. Des différences inter-provenances significatives ont été mises en évidence pour l’angle d’insertion des branches mais les écarts sont faibles en valeur absolue ; leur impact économique mériterait d’être quantifié. De plus, a été réalisée une synthèse des résultats obtenus pour la phénologie du débourrement végétatif et l’état sanitaire, dans la perspective d’un article destiné aux propriétaires et gestionnaires. Enfin, des démarches ont été initiées pour mieux caractériser les sites d’essai (climat, sol) et étudier d’éventuelles différences de stratégie entre variétés en conditions de stress hydrique. Pour le mélèze hybride, les actions entreprises ont eu pour effet d’améliorer la qualité génétique et le potentiel fructifère du verger Les Barres-F2 via une éclaircie génétique et d’informer les propriétaires forestiers de ses performances. Enfin, des données inédites ont été obtenues sur la sensibilité au chancre, après inoculation artificielle, des clones de la population d’amélioration de mélèze d’Europe Sudetica d’INRAE. Elles seront mobilisées dans le cadre d’une éclaircie génétique programmée prochainement dans le verger à graines Sudètes-Le Theil.

National audience; L'URFM a participé au colloque BÂTIR DEMAIN AVEC LE PIN D’ALEP: La nouvelle richesse de nos forêts ! qui a eu lieu le vendredi 12 juillet à l'Hotel de Région PACA à Marseille. Cette journée évènement était destiné à l’attention des professionnels et partenaires de la filière forêt-bois, organisée par l’association France Forêt Provence-Alpes-Côte d’Azur avec l’interprofession FIBOIS Sud. Bruno Fady a fait une communication sur les capacités d'adaptation du pin d'Alep au changement climatique et de sa place dans le sud de la France pour la filière bois au 21eme siècle.

La compréhension de l'émergence des maladies infectieuses végétales causées par les bactéries passe par l'identification des populations sources, des routes d'invasion et des voies de dissémination, ainsi que par l'estimation des paramètres biotiques et abiotiques associé s. Xanthomonas citri pv. citri (Xcc) est l'agent pathogène responsable du chancre Asiatique des agrumes. La bactérie est distribuée dans plusieurs pays agrumicoles du monde et listée comme organisme de quarantaine par ceux où elle est absente. Nous avons abordé l'épidémiologie moléculaire de Xcc à deux échelles spatio-temporelles grâce à un schéma de 14 microsatellites (MLVA-14) et un schéma de 31 marqueurs minisatellites (MLVA-31). Le typage MLVA-14 s'est montré adapté au génotypage d'une bactérie monomorphe comme Xcc. Le typage MLVA-31 a permis de diviser le pathovar Xcc en quatre groupes génétiques distincts correspondant aux différences de gammes d'hôtes mise en évidence chez cette bactérie. Le pathotype A (souches à large gamme d'hôtes parmi les rutacées) est séparé en deux groupes génétiques, tandis que les pathotypes A* et A w (souches à gamme d'hôtes restreinte au limettier Mexicain et quelques espèces proches) constituent chacun un groupe génétique. Alors que l'expansion géographique de Xcc depuis son aire d'origine dans la première moitié du XXème siècle a quasi exclusivement concerné un seul groupe génétique, trois des quatre groupes décrits ont contribué à l'émergence de Xcc en Afrique au cours de la dernière décennie. La bactérie est pré-adaptée et a été introduite avec son hôte depuis sa population d'origine, faisant de la barrière migratoire la seule étape à franchir pour rencontrer un succès d'invasion. L'objectif de cette thèse a été de décrire les différentes populations émergentes grâce à des approches d'épidémiologie moléculaire et inférentielles, et identifier les différentes origines, routes et acteurs de la dissémination. Nous avons dans un premier temps montré la coexistence de deux groupes génétiques distincts au Mali : DAPC1 qui est dispersé dans quatre provinces du pays et DAPC2 qui est resté cantonné à l'espace péri-urbain de Bamako. L'analyse de l'émergence de Xcc au Sénégal a révélé le succès invasif de DAPC2 dans un autre environnement. La structure des populations DAPC1 du Mali et D APC2 du Sénégal suggèrent que les plants de pépinières constituent une voie de dissémination majeure dans ces pays. A l'opposé, DAPC2 de Bamako n'est pas détecté en pépinières au Mali et n'a pas montré de caractère invasif. L'existence d'une population "tête de pont" invasive de souches DAPC1 au Mali donnant lieu à une épidémie au Burkina Faso a été mise en évidence par une approche ABC (calcul Bayésien approché). Les populations DAPC2 du Mali et du Sénégal ne présentent pas de lien épidémiologique direct mais partagent des liens de parenté avec des souches présentes dans le sous-continent Indien. Dans un deuxième temps, l'analyse d'une population de souches appartenant au pathotype A* en Ethiopie nous a permis de procéder à des estimations de paramètres démographiques, tels que les tailles efficaces. Nous avons montré que l'approche inférentielle nous permettait d'éclairer l'histoire démographique de Xcc dans un cas d'émergence, et de mettre en avant une dynamique saisonnière accentuant probablement le dés équilibre mutation-dérive lié à la situation d'émergence. L'émergence de Xcc en Afrique est principalement associée aux activités humaines. Sa dissémination locale et globale peut alors être considérablement limitée par des mesures de gestion plus stricte au niveau des pépinières et des flux de commerces.

Human African trypanosomiasis (sleeping sickness), an endemic disease, is currently reemerging in Africa with an estimated incidence of 45,000 new cases per year. It is caused by Trypanosoma brucei subspecies and transmitted by day-biting tsetse flies.We report a case of West African trypanosomiasis due to Trypanosoma brucei gambiense involving a Frenchman living in Libreville, Gabon. The patient presented with fever and polyadenopathies as well as two skin ulcerations highly suggestive of trypanosomiasis. Microscopic examination of cutaneous and peripheral blood smears confirmed the diagnosis of haemolymphatic infection with T. b. gambiense with trypanosomal chancres. Examination of the cerebrospinal fluid was normal. The patient was successfully treated with pentamidine isethionate.Recognition of cutaneous manifestations may allow a rapid diagnosis of African trypanosomiasis that is essential for timely and efficient treatment and survival.

Syphilitic ocular manifestations are polymorphous and usually occur during the secondary or tertiary stage of syphilis. We report a case of primary syphilis revealed by papillitis.A 22 year old man presented with blurred vision in the left eye and decreased visual acuity. Fundus examination and fluorescein angiography revealed a papilledema in the left eye and chorioretinitis in the right one. Clinical examination revealed a painless ulceration of the chin. Blood tests were positive for syphilis (positive reaction to the VDRL test and TPHA titer at 1/640) but negative for HIV. After penicillin therapy, the ocular manifestations resolved.Papillitis is a relatively rare ocular manifestation of syphilis. Our case is original because papillitis was the presenting manifestation of the disease and that it was concomitant with the primary chancre.Systematic screening for syphilis should be performed in unexplained ocular inflammation.

Clinical manifestations of syphilis are highly variable, and currently on the rise. We report five cases of ischemic stroke related to neurosyphilis.The cases of five men aged 37, 34, 41, 42 and 44 years are reported. A notion of a genital chancre was noted in three. The clinical presentation was typical of ischemic stroke in four patients. One presented with intellectual deterioration. Imaging revealed zones of ischemia in all five patients. Examination of the cerebrospinal fluid revealed lymphocytic meningitis and all five patients exhibited positive syphilis serology. Brain angiography demonstrated signs of arthritis in four patients and carotid dissection in one. Improvement was achieved with penicillin G in four patients.When the cause is doubtful, the routine work-up for ischemic stroke in young subjects should include syphilis serology.

Quarante clones de Larix decidua originaires du centre de la Pologne ont ete inocules dans trois sites francais (Orleans, Peyrat-le-Chateau, Cendrieux) avec un isolat de Lachnellula willkommii au printemps 1991. Chaque clone represente par 3 a 15 ramets âges de 11 ans, a recu 20 a 40 inoculations. Les symptomes ont ete suivis pendant trois saisons de vegetation. Le taux general d'infection obtenu a varie de 10 a 30 % selon les sites, confirmant une sensibilite faible a moderee de la race « polonica » etudiee et revelant un effet marque du site sur la reussite et le deroulement de l'infection. Une forte variabilite clonale (a noter l'absence de clone immun) est mise en evidence ainsi qu'un controle genetique non negligeable de la resistance au niveau des moyennes clonales, mais le classement des clones varie selon les sites. La variabilite residuelle (intraclonale) forte, due aux effets du milieu reste un obstacle a la realisation de tests a portee generale. Des progres sont attendus d'une meilleure connaissance de l'interaction hote-parasite, en particulier par la definition des conditions optimales d'expression de la maladie (en particulier pour le choix du site experimental) et d'autre part par une reduction des bruits de fond lies a l'experimentation (par exemple homogeneisation de la taille des organes inocules).

Les variations saisonnières de qualité dévalorisent fortement la banane d'origine antillaise sur les marchés européens. La principale cause de dépréciation est due à l'anthracnose (ou chancre), provoquée par un champignon Colletotrichum musae. Afin de pallier les effets négatifs des traitements fongicides, un programme structuré original comportant une enquête-diagnostic a été engagé par le CIRAD-FLHOR. Ce programme a pour ambition de hiérarchiser les facteurs responsables de la sensibilité des fruits et de proposer des solutions pour minimiser, voire supprimer la manifestation du phénomène. L'originalité d'une telle enquête est d'associer une approche agronomique au champ à une approche "post récolte" intégrant l'évolution du fruit et l'évolution du pathogène

L'un des problèmes majeurs de la production de bananes aux Antilles est l'importance des variations de qualité, principalement sur les fruits issus des bananeraies situées en zone de bases altitudes. Ces variations qualitatives sont dues à l'apparition d'une maladie post-récolte ; l'anthracnose de blessure ou de chancre causée par #Colletotrichum musae#. Pour évaluer et appréhender cette problématique, une méthodologie d'étude a été développée afin d'identifier les facteurs écologiques qui influencent les variations saisonnières et géographiques de l'intensité de la maladie. Les critères mesurables d'évaluation de la qualité du fruit au stade récolte (dureté, fermeté, durée de vie verte, vitesse de développement des nécroses et efficacité du fongicide post-récolte) ont été déterminés dans un premier temps. La phase d'enquête comprend 2 étapes qui se dérouleront en pleine période de mauvaise qualité. Au cours de cette phase, des prélèvements seront effectués sur les régimes, les parties aériennes et souterraines du bananier, ainsi que l'évolution du chancre. La région d'étude s'étend sur toute la zone bananière guadeloupéenne, qui correspond à la partie Sud de la Basse-Terre jusqu'à Petit-Bourg

L'anthrachnose, provoquée par Colletotrichum musae, est la principale cause de dépréciation de la banane antillaise sur les marchés européens. La résistance aux fongicides et les difficultés de la mise en oeuvre des traitements contre ce champignon ont conduit à rechercher d'autres voies de contrôle en s'intéressant aux relations hôte-pathogène. L'enquête menée en Martinique et en Guadeloupe permettra de hiérarchiser les facteurs responsables de la sensibilité des fruits par rapport au climat. Des tests sont également en cours pour étudier l'incidence de la gaine Katrix sur la croissance des fruits

Les feuilles et la bractée sont les principales sources d'inoculum de C. musae et de Fusarium. L'ablation des pièces flocales permet de diminuer la quantité des spores qui arrivent sur les fruits. Une méthode de dosage de C. musae qui arrive sur les bananes est mise au point par la technique ELISA. Le champignon est reconnu par anticorps et révèlé par colorimétrie. Le système enzymatique utilisé est encore peu adapté. Des études seront menées pour tester l'emploi de la phosphatase alcaline

La production antillaise est caractérisée par de fortes variations qualitatives au cours de l'année, principalement dans les bananeraies situées en zones de basse altitude. Elles se concrétisent par l'apparition de chancres sur la peau des fruits, dûs à #Colletotrichum musae#, au cours du transport maritime et du mûrissage. Un suivi sur deux parcelles distinctes quant à leur situation géographique a été réalisé pendant une année afin de déterminer des critères relatifs au potentiel de qualité du fruit au champ. La dureté et la fermeté du fruit, relatifs à l'état mécanique du fruit, sont des paramètres qui connaissent des variations dans le temps semblables aux évolutions de la qualité. La dureté est à son minimum, et la fermeté à son maximum, au coeur de la saison de mauvaise qualité. La durée de vie verte est également un paramètre important. Les fruits d'altitude ont un potentiel de conservation plus important pendant la période de mauvaise qualité que les fruits des zones basses. Pendant la période de mauvaise qualité, la progression des nécroses est plus forte sur les fruits de basse altitude. Des inoculations au champ, suivies à la récolte de chocs et d'un traitement fongicide, ont montré que le traitement fongicide est de moindre efficacité sur les fruits de basse côte que sur les fruits d'altitude. Ce critère est relatif à l'état d'avancement de l'infection. Enfin, la révélation de chancres par chocs calibrés multiples permet d'évaluer la pression d'inoculum

L'anthracnose de blessure est la principale maladie de conservation affectant les bananes en provenance des Antilles françaises. L'intérêt du conditionnement en sac polyéthylène clos (polybag) a été étudié au moyen d'un modèle carton réduit/bouquet unique de 4 fruits emballés dans un polybag, comparé au système d'emballage classique en polyfilm. Des temps de conservation croissants à 13 C de 10, 17 et 28 jours ont permis de montrer que la vitesse de développement des nécroses dues au champignon et que la vitesse de maturation des fruits sont considérablement ralenties tant que les fruits sont maintenus dans leur emballage en polybag. Les différences entre les deux types d'emballage sont significatives lorsque le temps de conservation est élevé. L'effet du polybag est dû à une modification d'atmosphère qui après avoir atteint son état d'équilibre s'est enrichie en CO2 et appauvrie en O2. Dans un sac polyéthylène de 55 µm état d'équilibre de 5% de CO2 et 5% d'O2 a été mesuré. Cet état d'équilibre ne s'instaure que si les sacs sont rigoureusement fermés et que les échanges de gaz ne se font qu'au travers du plastique, la solidité du matériaux est donc un critère à rendre en considération. L'action de différentes atmosphères sur la germination et la croissance mycélienne #C.musae# a aussi été étudiée, et seule une atmosphère fiche en CO2 (20%) et pauvre en O2 (2%) permet de ralentir significativement la croissance mycélienne.