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8 results on '"Emmanuel Vignal"'

1. Single cell RNA sequencing reveals hemocyte heterogeneity in Biomphalaria glabrata: Plasticity over diversity

Author

Rémi Pichon, Silvain Pinaud, Emmanuel Vignal, Cristian Chaparro, Marine Pratlong, Anaïs Portet, David Duval, Richard Galinier, and Benjamin Gourbal

Subjects
single cell RNA seq, B. glabrata, hemocytes, innate immune system, S. mansoni, Immunologic diseases. Allergy, RC581-607
Abstract

The freshwater snail Biomphalaria glabrata is an intermediate host of Schistosoma mansoni, the agent of human intestinal schistosomiasis. However, much is to be discovered about its innate immune system that appears as a complex black box, in which the immune cells (called hemocytes) play a major role in both cellular and humoral response towards pathogens. Until now, hemocyte classification has been based exclusively on cell morphology and ultrastructural description and depending on the authors considered from 2 to 5 hemocyte populations have been described. In this study, we proposed to evaluate the hemocyte heterogeneity at the transcriptomic level. To accomplish this objective, we used single cell RNA sequencing (scRNAseq) technology coupled to a droplet-based system to separate hemocytes and analyze their transcriptome at a unique cell level in naive Biomphalaria glabrata snails. We were able to demonstrate the presence of 7 hemocyte transcriptomic populations defined by the expression of specific marker genes. As a result, scRNAseq approach showed a high heterogeneity within hemocytes, but provides a detailed description of the different hemocyte transcriptomic populations in B. glabrata supported by distinct cellular functions and lineage trajectory. As a main result, scRNAseq revealed the 3 main population as a super-group of hemocyte diversity but, on the contrary, a great hemocytes plasticity with a probable capacity of hemocytes to engage to different activation pathways. This work opens a new field of research to understand the role of hemocytes particularly in response to pathogens, and towards S. mansoni parasites.

Published
2022
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3. MBNL1 and RBFOX2 cooperate to establish a splicing programme involved in pluripotent stem cell differentiation

Author

Jamal Tazi, Manuel Irimia, Panagiotis Prinos, Sherif Abou Elela, Pierre Roux, Julian P. Venables, Philippe Fort, Gilles Gadea, Philippe Thibault, Laure Lapasset, Jean-Marc Lemaitre, Roscoe Klinck, Benoit Chabot, Emmanuel Vignal, Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical (PIMIT), Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IRD-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en Biologie Cellulaire (CRBM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Génomique Fonctionnelle, Université de Sherbrooke (UdeS), Centre Nationale de Recherche Scientifique, Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Université de Montpellier (UM), Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IRD-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de La Réunion (UR)

Subjects
RNA Splicing Factors, Mesoderm, Cellular differentiation, Induced Pluripotent Stem Cells, General Physics and Astronomy, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], Biology, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, medicine, Humans, Gene Regulatory Networks, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Induced pluripotent stem cell, Cells, Cultured, 030304 developmental biology, Genetics, 0303 health sciences, Multidisciplinary, Gene Expression Profiling, Alternative splicing, Infant, Newborn, Gene Expression Regulation, Developmental, RNA-Binding Proteins, Cell Differentiation, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, General Chemistry, Fibroblasts, Cellular Reprogramming, Cell biology, Repressor Proteins, Gene expression profiling, Alternative Splicing, medicine.anatomical_structure, [SDV.BDD.EO]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Embryology and Organogenesis, RNA splicing, Reprogramming, 030217 neurology & neurosurgery, Protein Binding, Signal Transduction
Abstract

International audience; Reprogramming somatic cells into induced pluripotent stem cells (iPSCs) has provided huge insight into the pathways, mechanisms and transcription factors that control differentiation. Here we use high-throughput RT-PCR technology to take a snapshot of splicing changes in the full spectrum of high- and low-expressed genes during induction of fibroblasts, from several donors, into iPSCs and their subsequent redifferentiation. We uncover a programme of concerted alternative splicing changes involved in late mesoderm differentiation and controlled by key splicing regulators MBNL1 and RBFOX2. These critical splicing adjustments arise early in vertebrate evolution and remain fixed in at least 10 genes (including PLOD2, CLSTN1, ATP2A1, PALM, ITGA6, KIF13A, FMNL3, PPIP5K1, MARK2 and FNIP1), implying that vertebrates require alternative splicing to fully implement the instructions of transcriptional control networks.

Published
2013
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4. Applying ecological and evolutionary theory to cancer : a long and winding road

Author

Frédérique Billy, Annabelle Ballesta, Philippe Fort, Benoît Perthame, Serge Koscielny, Helene Trauchessec, Daniel Fisher, Céline Cosseau, Guillaume Mitta, Ruoping Tang, Patrice Lassus, W. Vainchenker, Christoph Grunau, Damien Grégoire, Corinne Quittau-Prévostel, Vjekoslav Dulic, Vitali Volpert, Eric Assenat, Michael E. Hochberg, Alexander Lorz, Philippe Blache, Thomas Lepoutre, François Delhommeau, Jean-Pierre Marie, Urszula Hibner, Peggy Raynaud, Frédéric Thomas, Jean Clairambault, Dorothée Missé, Fanny Fava, Eric Solary, Benjamin Roche, François Rousset, Emmanuel Vignal, Liliana Krasinska, Raphael Itzykson, Stephen Baghdiguian, Simon P. Daoust, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en Biologie Cellulaire (CRBM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre de Recherche sur l'Education, les apprentissages et la didactique (CREAD), Institut universitaire de formation des maîtres - Bretagne (IUFM Bretagne), Université de Brest (UBO)-Université de Brest (UBO)-Université européenne de Bretagne - European University of Brittany (UEB)-Université de Rennes 2 (UR2), Ecologie et évolution des interactions [2011-2014] (2EI), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service Médico-Chirurgical des Maladies de l'Appareil Digestif et de Transplantation Hépatique, Hôpital Saint Eloi (CHRU Montpellier), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Laboratoire Jacques-Louis Lions (LJLL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Nonlinear Analysis for Biology and Geophysical flows (BANG), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Paris-Rocquencourt, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CIC Saint-Antoine, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Hématopoïèse normale et pathologique, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département de Mathématiques et Applications - ENS Paris (DMA), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Multi-scale modelling of cell dynamics : application to hematopoiesis (DRACULA), Centre de génétique et de physiologie moléculaire et cellulaire (CGPhiMC), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut Camille Jordan (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Camille Jordan (ICJ), Laboratoire Parole et Langage (LPL), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA), National Center for Ecological Analysis and Synthesis (NCEAS), Santa Fe Institute, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle ( MIVEGEC ), Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ), Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier ( IGMM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Montpellier ( UM ), Centre de recherches de biochimie macromoléculaire ( CRBM ), Université Montpellier 1 ( UM1 ) -Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques ( UM2 ) -IFR122-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Centre de Recherche sur l'Education, les apprentissages et la didactique ( CREAD ), Institut universitaire de formation des maîtres - Bretagne ( IUFM Bretagne ), Université de Brest ( UBO ) -Université de Brest ( UBO ) -Université européenne de Bretagne ( UEB ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Ecologie et évolution des interactions ( 2EI ), Université de Perpignan Via Domitia ( UPVD ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier ( ISEM ), Université de Montpellier ( UM ) -Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), CHU Saint-Eloi, Laboratoire Jacques-Louis Lions ( LJLL ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Nonlinear Analysis for Biology and Geophysical flows ( BANG ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Inria Paris-Rocquencourt, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Saint-Antoine [APHP], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Département de Mathématiques et Applications - ENS Paris ( DMA ), École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Multi-scale modelling of cell dynamics : application to hematopoiesis ( DRACULA ), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] ( ICJ ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre de génétique et de physiologie moléculaire et cellulaire ( CGPhiMC ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Lyon, Laboratoire Parole et Langage ( LPL ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Aix Marseille Université ( AMU ), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), National Center for Ecological Analysis and Synthesis ( NCEAS ), National Center for Ecological Analysis and Synthesis, Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre de recherches de biochimie macromoléculaire (CRBM), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-IFR122-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecologie et évolution des interactions (2EI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Saint-Antoine [APHP], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Centrale de Lyon (ECL), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre de génétique et de physiologie moléculaire et cellulaire (CGPhiMC), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Laboratoire d'Ingénierie dirigée par les modèles pour les Systèmes Embarqués (LISE), Département Ingénierie Logiciels et Systèmes (DILS), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Laboratoire d'Etudes Aérodynamiques (LEA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-ENSMA-Université de Poitiers, Hématopoïèse normale et pathologique (U1170 Inserm), Centre de Recherche Saint-Antoine (CR Saint-Antoine), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de biostatistique et d'épidémiologie (SBE), Direction de la recherche clinique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Multi-Models and Numerical Methods (M3N), Inria Paris-Rocquencourt, Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), and Modat, Anne

Subjects
Process (engineering), cancer, disease biology, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, disease biology, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], Biology, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, Synthesis, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Genetics, Neoplastic progression, medicine, cancer, evolutionary theory, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Evolutionary theory, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Ecology, Cancer, Evolutionary medicine, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Evasion (ethics), medicine.disease, 3. Good health, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.BDD.EO]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Embryology and Organogenesis, evolutionary medicine, 030220 oncology & carcinogenesis, Darwinism, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, General Agricultural and Biological Sciences
Abstract

International audience; Since the mid 1970s, cancer has been described as a process of Darwinian evolution, with somatic cellular selection and evolution being the fundamental processes leading to malignancy and its many manifestations (neoangiogenesis, evasion of the immune system, metastasis, and resistance to therapies). Historically, little attention has been placed on applications of evolutionary biology to understanding and controlling neoplastic progression and to prevent therapeutic failures. This is now beginning to change, and there is a growing international interest in the interface between cancer and evolutionary biology. The objective of this introduction is first to describe the basic ideas and concepts linking evolutionary biology to cancer. We then present four major fronts where the evolutionary perspective is most developed, namely laboratory and clinical models, mathematical models, databases, and techniques and assays. Finally, we discuss several of the most promising challenges and future prospects in this interdisciplinary research direction in the war against cancer.

Published
2013
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5. Tissue-Specific Alternative Splicing of Tak1 Is Conserved in Deuterostomes

Author

Philippe Fort, Jamal Tazi, Emmanuel Vignal, Julian P. Venables, Stephen Baghdiguian, Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre de recherche en Biologie Cellulaire (CRBM), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226, Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier ( IGMM ), Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de recherches de biochimie macromoléculaire ( CRBM ), Université Montpellier 1 ( UM1 ) -Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques ( UM2 ) -IFR122-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier ( ISEM ), Université de Montpellier ( UM ) -Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Molecular Sequence Data, Sequence alignment, tissue specificity, FOX proteins, TGF beta signaling, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, Splicing factor, Exon, Mice, Xenopus laevis, Transforming Growth Factor beta, evolution, Genetics, Animals, Humans, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Amino Acid Sequence, Ambulacraria, Molecular Biology, Gene, [ SDV.BBM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, Mammals, 0303 health sciences, biology, Muscles, Myocardium, 030302 biochemistry & molecular biology, Alternative splicing, Fishes, Exons, biology.organism_classification, MAP Kinase Kinase Kinases, Cell biology, Isoenzymes, Organ Specificity, Sea Urchins, RNA splicing, Sequence Alignment
Abstract

International audience; Alternative splicing allows organisms to rapidly modulate protein functions to physiological changes and therefore represents a highly versatile adaptive process. We investigated the conservation of the evolutionary history of the "Fox" family of RNA-binding splicing factors (RBFOX) as well as the conservation of regulated alternative splicing of the genes they control. We found that the RBFOX proteins are conserved in all metazoans examined. In humans, Fox proteins control muscle-specific alternative splicing of many genes but despite the conservation of splicing factors, conservation of regulation of alternative splicing has never been demonstrated between man and nonvertebrate species. Therefore, we studied 40 known Fox-regulated human exons and found that 22 had a tissue-specific splicing pattern in muscle and heart. Of these, 11 were spliced in the same tissue-specific manner in mouse tissues and 4 were tissue-specifically spliced in muscle and heart of the frog Xenopus laevis. The inclusion of two of these alternative exons was also downregulated during tadpole development. Of the 40 in the starting set, the most conserved alternative splicing event was in the transforming growth factor (TGF) beta-activated kinase Tak1 (MAP3K7) as this was also muscle specific in urochordates and in Ambulacraria, the most ancient deuterostome clade. We found exclusion of the muscle-specific exon of Tak1 was itself under control of TGF beta in cell culture and consistently that TGF beta caused an upregulation of Fox2 (RBFOX2) expression. The alternative exon, which codes for an in-frame 27 amino acids between the kinase and known regulatory domain of TAK1, contains conserved features in all organisms including potential phosphorylation sites and likely has an important conserved function in TGF beta signaling and development. This study establishes that deuterostomes share a remarkable conserved physiological process that involves a splicing factor and expression of tissue-specific isoforms of a target gene that expedites a highly conserved signaling pathway.

Published
2012
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6. Activity of the RhoU/Wrch1 GTPase is critical for cranial neural crest cell migration

Author

Sandrine Faure, Pascal de Santa Barbara, Cécile Notarnicola, Linda Guémar, Nathalie Morin, Philippe Fort, Emmanuel Vignal, Centre de recherche en Biologie Cellulaire (CRBM), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Muscle et pathologies, Université Montpellier 1 (UM1)-IFR3, Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Physiologie & médecine expérimentale du Cœur et des Muscles [U 1046] (PhyMedExp), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherches de biochimie macromoléculaire (CRBM), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-IFR122-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Dubois, Frederic

Subjects
rho GTP-Binding Proteins, Xenopus, Cell, Ectoderm, MESH: rac GTP-Binding Proteins, Chick Embryo, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], Xenopus Proteins, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, Xenopus laevis, 0302 clinical medicine, Cranial neural crest, Cell Movement, Rho GTPases, MESH: Animals, RhoU, MESH: Cell Movement, MESH: Xenopus Proteins, Migration, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0303 health sciences, education.field_of_study, Wnt signaling pathway, Cell Polarity, Neural crest, Cell migration, MESH: Chick Embryo, rac GTP-Binding Proteins, Cell biology, medicine.anatomical_structure, Neural Crest, MESH: Cell Polarity, MESH: Focal Adhesion Kinase 2, MESH: p21-Activated Kinases, Population, RAC1, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Biology, 03 medical and health sciences, MESH: Xenopus laevis, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, medicine, Animals, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, education, Molecular Biology, 030304 developmental biology, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Cell Biology, MESH: rho GTP-Binding Proteins, MESH: Neural Crest, Focal Adhesion Kinase 2, [SDV.BDD.EO]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Embryology and Organogenesis, p21-Activated Kinases, 030217 neurology & neurosurgery, Developmental Biology
Abstract

International audience; The neural crest (NC) is a stem cell-like population that arises at the border of neural and non-neural ectoderm. During development, NC undergoes an epithelio-mesenchymal transition (EMT), i.e. loss of epithelial junctions and acquisition of pro-migratory properties, invades the entire embryo and differentiates into a wide diversity of terminal tissues. We have studied the implication of Rho pathways in NC development and previously showed that RhoV is required for cranial neural crest (CNC) cell specification. We show here that the non-canonical Wnt response rhoU/wrch1 gene, closely related to rhoV, is also expressed in CNC cells but at later stages. Using both gain- and loss-of-function experiments, we demonstrate that the level of RhoU expression is critical for CNC cell migration and subsequent differentiation into craniofacial cartilages. In in vitro cultures, RhoU activates pathways that cooperate with PAK1 and Rac1 in epithelial adhesion, cell spreading and directional cell migration. These data support the conclusion that RhoU is an essential regulator of CNC cell migration.

Published
2011
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7. A cell active chemical GEF inhibitor selectively targets the Trio/RhoG/Rac1 signaling pathway

Author

Sophie Charrasse, Anne Blangy, Emmanuel Vignal, Philippe Fort, Susanne Schmidt, Mylène Weill, Jean-Paul Leonetti, Nathalie Bouquier, Centre de recherche en Biologie Cellulaire (CRBM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Réplication virale, pathogenèse et immunité, Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier (IRIM), Pasqualini, Nathalie, Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherches de biochimie macromoléculaire (CRBM), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-IFR122-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École pratique des hautes études (EPHE), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226

Subjects
rac1 GTP-Binding Protein, rho GTP-Binding Proteins, MESH: Signal Transduction, RHOA, Cellular differentiation, Clinical Biochemistry, GTPase, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, PC12 Cells, Biochemistry, Mice, MESH: Protein Structure, Tertiary, 0302 clinical medicine, Cell Movement, Drug Discovery, Guanine Nucleotide Exchange Factors, MESH: Guanine Nucleotide Exchange Factors, MESH: Animals, MESH: Cell Movement, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0303 health sciences, biology, MESH: Kinetics, Cell Differentiation, General Medicine, Cell biology, SIGNALING, 030220 oncology & carcinogenesis, Molecular Medicine, Guanine nucleotide exchange factor, Signal transduction, Signal Transduction, MESH: Cell Differentiation, Membrane ruffling, MESH: Rats, MESH: Thiazoles, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Cell Line, 03 medical and health sciences, Neurites, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Animals, Humans, MESH: PC12 Cells, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Cell adhesion, Molecular Biology, MESH: Mice, Nitrobenzenes, 030304 developmental biology, Pharmacology, MESH: Humans, MESH: rac1 GTP-Binding Protein, MESH: Nitrobenzenes, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, MESH: rho GTP-Binding Proteins, MESH: Neurites, Protein Structure, Tertiary, Rats, MESH: Cell Line, Kinetics, Thiazoles, CHEMBIO, [SDV.BDD.EO]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Embryology and Organogenesis, biology.protein, Benzimidazoles, CELLBIO, RhoG, MESH: Benzimidazoles
Abstract

SummaryRhoGEFs (guanine nucleotide exchange factors of the Rho GTPase family) are upstream regulators of cell adhesion and migration pathways, thus representing attractive yet relatively unexplored targets for the development of anti-invasive drugs. We screened for chemical inhibitors of TrioN, the N-terminal GEF domain of the multidomain Trio protein, and identified ITX3 as a nontoxic inhibitor. In transfected mammalian cells, ITX3 blocked TrioN-mediated dorsal membrane ruffling and Rac1 activation while having no effect on GEF337-, Tiam1-, or Vav2-mediated RhoA or Rac1 activation. ITX3 specifically inhibited endogenous TrioN activity, as evidenced by its ability to inhibit neurite outgrowth in nerve growth factor (NGF)–stimulated PC12 cells or C2C12 differentiation into myotubes. This study introduces a selective cell active inhibitor of the Trio/RhoG/Rac1 pathway and validates RhoGEFs as druggable targets.

Published
2009
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8. Kinectin Is a Key Effector of RhoG Microtubule-Dependent Cellular Activity

Author

Anne Blangy, M. Martin, Philippe Fort, Emmanuel Vignal, Cécile Gauthier-Rouvière, Centre de recherches de biochimie macromoléculaire (CRBM), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-IFR122-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des technologies de la microélectronique (LTM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), inconnu, Inconnu, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
rac1 GTP-Binding Protein, rho GTP-Binding Proteins, RHOA, Gene Expression, Kinesins, CDC42, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], Endoplasmic Reticulum, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, Microtubules, GTP Phosphohydrolases, Jurkat Cells, 0302 clinical medicine, cdc42 GTP-Binding Protein, Cell Growth and Development, Cytoskeleton, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0303 health sciences, Microscopy, Video, biology, Blood Proteins, 3. Good health, Cell biology, Phenotype, Cdc42 GTP-Binding Protein, COS Cells, Kinesin, Protein Binding, Lysosomal transport, Rho family of GTPases, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Transfection, 03 medical and health sciences, Microtubule, Two-Hybrid System Techniques, Animals, Humans, Antibodies, Blocking, Molecular Biology, 030304 developmental biology, Membrane Proteins, Biological Transport, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Cell Biology, Fibroblasts, Protein Structure, Tertiary, Rats, [SDV.BDD.EO]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Embryology and Organogenesis, biology.protein, RhoG, Lysosomes, rhoA GTP-Binding Protein, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract

RhoG is a member of the Rho family of GTPases that activates Rac1 and Cdc42 through a microtubule-dependent pathway. To gain understanding of RhoG downstream signaling, we performed a yeast two-hybrid screen from which we identified kinectin, a 156-kDa protein that binds in vitro to conventional kinesin and enhances microtubule-dependent kinesin ATPase activity. We show that RhoG(GTP) specifically interacts with the central domain of kinectin, which also contains a RhoA binding domain in its C terminus. Interaction was confirmed by coprecipitation of kinectin with active RhoG(G12V) in COS-7 cells. RhoG, kinectin, and kinesin colocalize in REF-52 and COS-7 cells, mainly in the endoplasmic reticulum but also in lysosomes. Kinectin distribution in REF-52 cells is modulated according to endogenous RhoG activity. In addition, by using injection of anti-kinectin antibodies that challenge RhoG-kinectin interaction or by blocking anti-kinesin antibodies, we show that RhoG morphogenic activity relies on kinectin interaction and kinesin activity. Finally, kinectin overexpression elicits Rac1- and Cdc42-dependent cytoskeletal effects and switches cells to a RhoA phenotype when RhoG activity is inhibited or microtubules are disrupted. The functional links among RhoG, kinectin, and kinesin are further supported by time-lapse videomicroscopy of COS-7 cells, which showed that the microtubule-dependent lysosomal transport is facilitated by RhoG activation or kinectin overexpression and is severely stemmed upon RhoG inhibition. These data establish that kinectin is a key mediator of microtubule-dependent RhoG activity and suggest that kinectin also mediates RhoG- and RhoA-dependent antagonistic pathways.

Published
2001
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