Melanom je jedan od najagresivnijih i najzloćudnijih tumora kože, uz veliku sklonost metastaziranju. Uključenost i važnost signalnog puta Hedgehog-GLI u melanomu te njegova interakcija sa signalnim putem MAPK već je zabilježena u dosadašnjim istraživanjima. U ovom doktorskom radu se nastoje dodatno razjasniti još nedovoljno istražene uloge ovog signalnog puta u melanomu te pronaći nove gene koje on regulira. Sekvenciranjem RNA tri stanične linije s prekomjernom ekspresijom proteina GLI1, GLI2 ili GLI3 dobiveni su podaci da postoji 1 642 ciljna gena koji su preklapajući za GLI1 i GLI2, 23 preklapajuća ciljna gena za GLI2 i GLI3 i samo 9 preklapajućih gena za GLI1 i GLI3. Pronađeno je 607 jedinstvenih ciljnih gena GLI1, 1 080 jedinstvenih gena GLI2 i 37 jedinstvenih gena GLI3. Daljnje bioinformatičke analize su pokazale da je u slučaju uzoraka s prekomjernom ekspresijom GLI1 i GLI2, oko 20-30% gena sa značajno promijenjenom ekspresijom uključeno u signalne puteve Wnt, MAPK i RAS. Nakon detaljne selekcije i analize javnih baza podataka, odabrano je 12 gena za validaciju qPCRom na proširenom panelu od dodatnih 11 staničnih linija melanoma. Validacija qPCR-om je omogućila da se lista dobrih gena kandidata smanji na 6 gena koji su pokazali ujednačeno povećanu ekspresiju u velikom broju staničnih linija. Iako je prvotno planirana validacija odabranih gena u staničnim linijama s potpuno uklonjenim genima GLI1, GLI2, i GLI3, nije bilo moguće uspostaviti spomenute modele koristeći metodu CRISPR/Cas9. Također nije bilo moguće provesti utišavanje gena GLI pomoću siRNA. Iz tih razloga su kao model za smanjenu aktivnost signalnog puta HH-GLI, korištene stanične linije melanoma rezistentne na inhibitor GANT61 te je na njima validirano 6 ciljnih gena. Dodatno su ovi geni validirani na staničnoj liniji s prekomjernom ekspresijom SHH te na sferoidnim kulturama tri stanične linije melanoma (CHL-1, A375 i MEL224), uspostavljenih metodom viseće kapljice u svrhu ovog doktorskog rada. Novoidentificirani ciljni geni proteina GLI koji bi se trebali dodatno istražiti i funkcionalno validirati u melanomu su geni KRT16, KRT17, S100A7, IL1R2 te MRAS., Melanoma is one of the most aggressive and malignant skin tumors, with a high tendency to metastasize. The involvement and importance of the Hedgehog-GLI signaling pathway in melanoma and its interaction with the MAPK signaling pathway have already been reported in previous studies. In this PhD thesis, we are trying to further clarify the role of this signaling pathway in melanoma and to find its new target genes. RNA-sequencing of three melanoma cell lines with overexpressed GLI1, GLI2, or GLI3 revealed that there are 1 642 overlapping target genes for GLI1 and GLI2, 23 overlapping target genes for GLI2 and GLI3, and only 9 overlapping genes for GLI1 and GLI3. There were 607 unique target genes of GLI1, 1 080 unique targets of GLI2, and 37 unique targets of GLI3. Further bioinformatic analysis revealed that in case of GLI1 and GLI2 overexpression, about 20-30% of differentially expressed genes are involved in Wnt, MAPK and RAS signaling pathways. After detailed selection and analysis of several publicly available databases, 12 genes were selected for further validation by qPCR on an expanded panel of additional 11 melanoma cell lines. qPCR validation alowed us to narrow down the gene list to 6 genes that show consistent expression in majority of the cell lines. Although it was planned to conduct target gene validation on melanoma cell lines with completely removed GLI1, GLI2 and GLI3, this could not be achieved using CRISPR/Cas9 method. It was also not possible to achieve silencing of the GLI genes using siRNA. For that reason, melanoma cell lines resistant to GANT61 were used as a model for downregulated activity of the HH-GLI signaling pathway, and 6 target genes were validated on this model. Additionally, these 6 genes were validated on a cell line with stable overexpression of SHH and on spheroid cultures of three melanoma cell lines (CHL-1, A375 and MEL224), established by hanging drop method for the purpose of this thesis. Novel identified target genes of GLI proteins that should be investigated further and functioanlly validated in melanoma are KRT16, KRT17, S100A7, IL1R2 and MRAS.