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1. Targeted temperature management in the ICU: Guidelines from a French expert panel

Author: Alain Cariou, Jean-François Payen, Karim Asehnoune, Gerard Audibert, Astrid Botte, Olivier Brissaud, Guillaume Debaty, Sandrine Deltour, Nicolas Deye, Nicolas Engrand, Gilles Francony, Stéphane Legriel, Bruno Levy, Philippe Meyer, Jean-Christophe Orban, Sylvain Renolleau, Bernard Vigue, Laure De Saint Blanquat, Cyrille Mathien, Lionel Velly, for the Société de Réanimation de Langue Française (SRLF) and the Société Française d’Anesthésie et de Réanimation (SFAR) In conjunction with the Association de Neuro Anesthésie Réanimation de Langue Française (ANARLF), the Groupe Francophone de Réanimation et Urgences Pédiatriques (GFRUP), the Société Française de Médecine d’Urgence (SFMU), and the Société Française Neuro-Vasculaire (SFNV), Unité de Soins Intensifs [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Neuro-imagerie fonctionnelle et métabolique (ANTE-INSERM U836, équipe 5), Grenoble Institut des Neurosciences (GIN), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Faculté de Médecine [Nancy], Université de Lorraine (UL), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), CHU Bordeaux [Bordeaux], Physiologie cardio-Respiratoire Expérimentale Théorique et Appliquée (TIMC-IMAG-PRETA), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), Service des Urgences Cérébro-Vasculaires [CHU Pitié-Salpétriêre], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Fondation Ophtalmologique Adolphe de Rotschild, Unité de Soins Intensifs [CH Versailles], Centre Hospitalier de Versailles André Mignot (CHV), Défaillance Cardiovasculaire Aiguë et Chronique (DCAC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Neurobiologie des processus adaptatifs (NPA), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Service d'Anesthésie Réanimation [CHU Necker], Centre Hospitalier Emile Muller [Mulhouse] (CH E.Muller Mulhouse), Groupe Hospitalier de Territoire Haute Alsace (GHTHA), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP], CHU Cochin [AP-HP], Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Service des Urgences cérébrovasculaires [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Unité de Soins Intensifs [Versailles], Centre Hospitalier de Versailles (CHV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Geometry and Lighting (ALICE), Inria Nancy - Grand Est, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Department of Algorithms, Computation, Image and Geometry (LORIA - ALGO), Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]
Subjects: medicine.medical_specialty, Critical Care, Critical Illness, medicine.medical_treatment, MEDLINE, Psychological intervention, Review, Guidelines, Targeted temperature management, Critical Care and Intensive Care Medicine, Body Temperature, law.invention, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Hypothermia, Induced, law, Anesthesiology, Intensive care, Humans, Medicine, Intensive care unit, Grading (education), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, business.industry, Critically ill, lcsh:Medical emergencies. Critical care. Intensive care. First aid, French, 030208 emergency & critical care medicine, lcsh:RC86-88.9, General Medicine, Evidence-based medicine, medicine.disease, language.human_language, 3. Good health, Intensive Care Units, Anesthesiology and Pain Medicine, language, France, Medical emergency, business, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: International audience; Over the recent period, the use of induced hypothermia has gained an increasing interest for critically ill patients, in particular in brain-injured patients. The term “targeted temperature management” (TTM) has now emerged as the most appropriate when referring to interventions used to reach and maintain a specific level temperature for each individual. TTM may be used to prevent fever, to maintain normothermia, or to lower core temperature. This treatment is widely used in intensive care units, mostly as a primary neuroprotective method. Indications are, however, associated with variable levels of evidence based on inhomogeneous or even contradictory literature. Our aim was to conduct a systematic analysis of the published data in order to provide guidelines. We present herein recommendations for the use of TTM in adult and paediatric critically ill patients developed using the Grading of Recommendations Assessment, Development, and Evaluation (GRADE) method. These guidelines were conducted by a group of experts from the French Intensive Care Society (Société de Réanimation de Langue Française [SRLF]) and the French Society of Anesthesia and Intensive Care Medicine (Société Francaise d’Anesthésie Réanimation [SFAR]) with the participation of the French Emergency Medicine Association (Société Française de Médecine d’Urgence [SFMU]), the French Group for Pediatric Intensive Care and Emergencies (Groupe Francophone de Réanimation et Urgences Pédiatriques [GFRUP]), the French National Association of Neuro-Anesthesiology and Critical Care (Association Nationale de Neuro-Anesthésie Réanimation Française [ANARLF]), and the French Neurovascular Society (Société Française Neurovasculaire [SFNV]). Fifteen experts and two coordinators agreed to consider questions concerning TTM and its practical implementation in five clinical situations: cardiac arrest, traumatic brain injury, stroke, other brain injuries, and shock. This resulted in 30 recommendations: 3 recommendations were strong (Grade 1), 13 were weak (Grade 2), and 14 were experts’ opinions. After two rounds of rating and various amendments, a strong agreement from voting participants was obtained for all 30 (100%) recommendations, which are exposed in the present article.
Published: 2018

2. Down-regulation of NOX2 activity in phagocytes mediated by ATM-kinase dependent phosphorylation

Author: Franck Fieschi, Sylvain Beaumel, Corinne Vivès, Anne-Marie Hesse, Franck Debeurme, Antoine Picciocchi, Marie José Stasia, Didier Grunwald, Myriam Ferro, Susan M.E. Smith, Heather Stieglitz, Pahk Thepchatri, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Biologie du Cancer et de l'Infection (BCI ), Department of Molecular and Cellular Biology, Kennesaw State University (KSU), Thérapeutique Recombinante Expérimentale (TIMC-IMAG-TheREx), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Department of Molecular and Cellular Biology [Kennesaw], Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Cytochrome, [SDV]Life Sciences [q-bio], Mutant, Down-Regulation, Ataxia Telangiectasia Mutated Proteins, Biochemistry, Article, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Downregulation and upregulation, Cell Line, Tumor, Physiology (medical), Humans, Phosphorylation, Ataxia telangiectasia mutated (ATM), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Phagocytes, NADPH oxidase, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], 030102 biochemistry & molecular biology, biology, urogenital system, Kinase, Chemistry, Superoxide, Neutrophil, NOX, Cell biology, 030104 developmental biology, Gene Expression Regulation, NADPH Oxidase 2, NOX-specific Insertion Sequence (NIS), cardiovascular system, biology.protein, Phorbol, Protein Processing, Post-Translational, hormones, hormone substitutes, and hormone antagonists, Signal Transduction, circulatory and respiratory physiology
Abstract: International audience; NADPH oxidases (NOX) have many biological roles, but their regulation to control production of potentially toxic ROS molecules remains unclear. A previously identified insertion sequence of 21 residues (called NIS) influences NOX activity, and its predicted flexibility makes it a good candidate for providing a dynamic switch controlling the NOX active site. We constructed NOX2 chimeras in which NIS had been deleted or exchanged with those from other NOXs (NIS1, 3 and 4). All contained functional heme and were expressed normally at the plasma membrane of differentiated PLB-985 cells. However, NOX2-ΔNIS and NOX2-NIS1 had neither NADPH-oxidase nor reductase activity and exhibited abnormal translocation of p47(phox) and p67(phox) to the phagosomal membrane. This suggested a functional role of NIS. Interestingly after activation, NOX2-NIS3 cells exhibited superoxide overproduction compared with wild-type cells. Paradoxically, the Vmax of purified unstimulated NOX2-NIS3 was only one-third of that of WT-NOX2. We therefore hypothesized that post-translational events regulate NOX2 activity and differ between NOX2-NIS3 and WT-NOX2. We demonstrated that Ser486, a phosphorylation target of ataxia telangiectasia mutated kinase (ATM kinase) located in the NIS of NOX2 (NOX2-NIS), was phosphorylated in purified cytochrome b558 after stimulation with phorbol 12-myristate-13-acetate (PMA). Moreover, ATM kinase inhibition and a NOX2 Ser486Ala mutation enhanced NOX activity whereas a Ser486Glu mutation inhibited it. Thus, the absence of Ser486 in NIS3 could explain the superoxide overproduction in the NOX2-NIS3 mutant. These results suggest that PMA-stimulated NOX2-NIS phosphorylation by ATM kinase causes a dynamic switch that deactivates NOX2 activity. We hypothesize that this downregulation is defective in NOX2-NIS3 mutant because of the absence of Ser486.
Published: 2017

3. Simulation of calcium signaling in fine astrocytic processes: effect of spatial properties on spontaneous activity

Author: Soula Hédi, Berry Hugues, Nägerl U. Valentin, Arizono Misa, Denizot Audrey, Berry, Hugues, Artificial Evolution and Computational Biology (BEAGLE), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Interdisciplinary Institute for Neuroscience (IINS), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC - U1138), and École pratique des hautes études (EPHE)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)
Subjects: Macroglial Cells, Physiology, Cell Membranes, Endoplasmic Reticulum, Biochemistry, Hippocampus, Ion Channels, law.invention, Cytosol, 0302 clinical medicine, Cell Signaling, Animal Cells, law, Medicine and Health Sciences, Inositol 1,4,5-Trisphosphate Receptors, Biology (General), Spatial organization, Calcium signaling, Mass Diffusivity, Physics, 0303 health sciences, Secretory Pathway, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Voltage-dependent calcium channel, Simulation and Modeling, Brain, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Electrophysiology, Chemistry, medicine.anatomical_structure, Cell Processes, Physical Sciences, [SDV.NEU]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], Cellular Types, Cellular Structures and Organelles, Research Article, Signal Transduction, Astrocyte, Cell type, QH301-705.5, Models, Neurological, Biophysics, Neurophysiology, chemistry.chemical_element, Glial Cells, Calcium, Research and Analysis Methods, 03 medical and health sciences, Spatio-Temporal Analysis, Confocal microscopy, medicine, Animals, Humans, Computer Simulation, Calcium Signaling, [SDV.NEU] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], Spatial analysis, 030304 developmental biology, Stochastic Processes, Chemical Physics, Biology and Life Sciences, Proteins, Computational Biology, Cell Biology, chemistry, Astrocytes, Calcium Channels, 030217 neurology & neurosurgery, Neuroscience
Abstract: Astrocytes, a glial cell type of the central nervous system, have emerged as detectors and regulators of neuronal information processing. Astrocyte excitability resides in transient variations of free cytosolic calcium concentration over a range of temporal and spatial scales, from sub-microdomains to waves propagating throughout the cell. Despite extensive experimental approaches, it is not clear how these signals are transmitted to and integrated within an astrocyte. The localization of the main molecular actors and the geometry of the system, including the spatial organization of calcium channels IP3R, are deemed essential. However, as most calcium signals occur in astrocytic ramifications that are too fine to be resolved by conventional light microscopy, most of those spatial data are unknown and computational modeling remains the only methodology to study this issue. Here, we propose an IP3R-mediated calcium signaling model for dynamics in such small sub-cellular volumes. To account for the expected stochasticity and low copy numbers, our model is both spatially explicit and particle-based. Extensive simulations show that spontaneous calcium signals arise in the model via the interplay between excitability and stochasticity. The model reproduces the main forms of calcium signals and indicates that their frequency crucially depends on the spatial organization of the IP3R channels. Importantly, we show that two processes expressing exactly the same calcium channels can display different types of calcium signals depending on the spatial organization of the channels. Our model with realistic process volume and calcium concentrations successfully reproduces spontaneous calcium signals that we measured in calcium micro-domains with confocal microscopy and predicts that local variations of calcium indicators might contribute to the diversity of calcium signals observed in astrocytes. To our knowledge, this model is the first model suited to investigate calcium dynamics in fine astrocytic processes and to propose plausible mechanisms responsible for their variability., Author summary Astrocytes process information in the brain via calcium signals that can modulate neuronal communication. Astrocytic calcium signals are associated with brain functioning, including memory and learning, and are altered in the diseased brain. Astrocytic calcium signals display a huge spatio-temporal diversity, which mechanisms and functional roles are poorly understood. 80% of calcium signals occur in the gliapil, corresponding to astrocytic ramifications that are too thin to be detected by conventional light microscopy. Because of the small volumes at stake, we modeled astrocytic calcium signals in the gliapil with a stochastic spatially-explicit individual-based model. Our model successfully reproduces calcium signals that we measured in hippocampal astrocytic gliapil and sheds light to the importance of the localization of calcium sources. We predict that the diversity of calcium signals measured with fluorescent indicators might be partly due to local variations of the concentration of those indicators. We believe that this model will be useful to investigate the propagation of calcium signals within the sponge-like network of astrocytic processes, and eventually to better understand information processing in the brain.
Published: 2019

4. Amphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation

Author: Patrick Wincker, Pierre Pontarotti, Elisa de la Calle-Mustienes, Zbynek Kozmik, Malcolm Perry, José Luis Gómez-Skarmeta, Cristian Cañestro, Stéphanie Bertrand, Yamile Marquez, Èlia Benito-Gutiérrez, Juan J. Tena, Hector Escriva, Alexandra Louis, Anthony Leon, Matthew T. Weirauch, Juan Ramón Martínez-Morales, Panos N. Firbas, Peter W. H. Holland, Iryna Kozmikova, Daniel Aldea, Sandra Jiménez-Gancedo, Jordi Garcia-Fernàndez, Jean-Marc Aury, Michael Schubert, Paul Edward Duckett, Beatriz Albuixech-Crespo, Simon J. van Heeringen, Boris Lenhard, Piero Carninci, Carlos Herrera-Úbeda, Olivier Mirabeau, Demian Burguera, Lorena Buono, Tokiharu Takahashi, Rafael D. Acemel, Silvia Naranjo, Ryan Lister, Sophie Mangenot, Lucie Subirana, Ksenia Skvortsova, Jr-Kai Yu, Hugues Roest Crollius, Ildiko M. L. Somorjai, Vincent Laudet, Piotr J. Balwierz, Gabriel A. B. Marais, Ignacio Maeso, Anlong Xu, Christopher D. R. Wyatt, Shengfeng Huang, Ozren Bogdanovic, David E. K. Ferrier, Ferdinand Marlétaz, Salvatore D'Aniello, Jon Permanyer, Filipe Castro, Manuel Irimia, Ricard Albalat, Yann Le Petillon, Ensieh Farahani, Hervé Seitz, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University (OIST), Department of Zoology [Oxford], University of Oxford, Centro Andaluz de Biología del Desarrollo, Universidad Pablo Olavide, University of New South Wales [Sydney] (UNSW), The University of Western Australia (UWA), Imperial College London, Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), Biologie intégrative des organismes marins (BIOM), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST), Universidad Pablo de Olavide [Sevilla] (UPO), Radboud University [Nijmegen], University of Barcelona, Garvan Institute of medical research, Institute of Molecular Genetics of the Czech Academy of Sciences (IMG / CAS), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Department of Genetics and IrBio, University of Cambridge [UK] (CAM), Universidade do Porto = University of Porto, Stazione Zoologica Anton Dohrn (SZN), University of St Andrews [Scotland], Sun Yat-Sen University [Guangzhou] (SYSU), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Microbes évolution phylogénie et infections (MEPHI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche sur mer (LBDV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de génétique humaine (IGH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Manchester [Manchester], Université Paris sciences et lettres (PSL), Academia Sinica, RIKEN Center for Life Science Technologies (RIKEN CLST), RIKEN - Institute of Physical and Chemical Research [Japon] (RIKEN), University of Cincinnati (UC), University of Bergen (UiB), ANR-16-CE12-0008,CHORELAND,Détermination de la conservation du landscape génomique de régulation au cours de l'embryogenèse des chordés(2016), European Project: 637591,H2020,ERC-2014-STG,NEURAL AS(2015), European Project: 658521,H2020,H2020-MSCA-IF-2014,EVOREL(2016), European Project: 268513,EC:FP7:ERC,ERC-2010-AdG_20100317,GENEVA(2011), European Commission, The Leverhulme Trust, University of St Andrews. School of Biology, University of St Andrews. Marine Alliance for Science & Technology Scotland, University of St Andrews. Scottish Oceans Institute, University of St Andrews. Biomedical Sciences Research Complex, University of Oxford [Oxford], Radboud university [Nijmegen], Garvan Institute of Medical Research, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Universidade do Porto, Commission of the European Communities, Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), Wellcome Trust, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Departament de Genetica, Facultat de Biologia, Universitat de Barcelona (UB), Centro Andaluz de Biología del Desarrollo, Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Max F. Perutz Laboratories, University of Vienna [Vienna], DYnamique et Organisation des GENomes - Equipe de l'IBENS (DYOGEN), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-IFR140-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (UBIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Génomique d'Evry (IG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Departament de Genètica, Universitat Autònoma de Barcelona [Barcelona] (UAB), Texas A&M University [College Station], Sun Yat-Sen University (SYSU), Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sexe et évolution, Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Analyse, Topologie, Probabilités (LATP), Université Paul Cézanne - Aix-Marseille 3-Université de Provence - Aix-Marseille 1-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de génétique et biologie des cancers (U830), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut Curie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Medical Sciences / Beijing, Institute of Cellular and Organismic Biology, Ctr Life Sci Technol, Div Gen Technol, Tsurumi Ku, RIKEN, Centre of Excellence in Plant Energy Biology (ARC), Australian National University (ANU)-School of Biochemistry and Molecular Biology, SARS International Centre for Marine Molecular Biology, Modèles en biologie cellulaire et évolutive (MBCE), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), European Research Council, Ministerio de Economía y Competitividad (España), Australian Research Council, Maeso, Ignacio [0000-0002-6440-8457], Tena, Juan J [0000-0001-8165-7984], Perry, Malcolm [0000-0001-5228-3434], Wyatt, Christopher DR [0000-0001-8033-2213], de la Calle-Mustienes, Elisa [0000-0002-8975-6503], Bertrand, Stephanie [0000-0002-0689-0126], Naranjo, Silvia [0000-0002-4529-3332], Jimenez-Gancedo, Sandra [0000-0002-2247-1319], Aldea, Daniel [0000-0001-5101-0194], Buono, Lorena [0000-0002-5457-4515], Louis, Alexandra [0000-0001-7032-5650], Balwierz, Piotr J [0000-0002-1548-4605], Aury, Jean-Marc [0000-0003-1718-3010], Albalat, Ricard [0000-0003-0282-9595], Benito-Gutiérrez, Èlia [0000-0003-2435-0948], Cañestro, Cristian [0000-0003-4623-8105], Castro, Filipe [0000-0001-7697-386X], Ferrier, David EK [0000-0003-3247-6233], Schubert, Michael [0000-0002-2341-712X], Seitz, Hervé [0000-0001-8172-5393], Somorjai, Ildiko [0000-0001-5243-6664], Takahashi, Tokiharu [0000-0002-5785-8660], Yu, Jr-Kai [0000-0001-8591-0529], Carninci, Piero [0000-0001-7202-7243], Martinez-Morales, Juan Ramon [0000-0002-4650-4293], Garcia-Fernàndez, Jordi [0000-0001-5677-5970], Lister, Ryan [0000-0001-6637-7239], Escriva, Hector [0000-0001-7577-5028], Irimia, Manuel [0000-0002-2179-2567], Apollo - University of Cambridge Repository, CIIMAR - Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, COMBE, Isabelle, Détermination de la conservation du landscape génomique de régulation au cours de l'embryogenèse des chordés - - CHORELAND2016 - ANR-16-CE12-0008 - AAPG2016 - VALID, Functions and evolutionary impact of transcriptomic novelties in the vertebrate brain - NEURAL AS - - H20202015-04-01 - 2020-03-31 - 637591 - VALID, Evolution of Regulatory Landscapes in Chordates - EVOREL - - H20202016-01-01 - 2017-12-31 - 658521 - VALID, Genome Evolution in the Animal Kingdom - GENEVA - - EC:FP7:ERC2011-06-01 - 2016-05-31 - 268513 - VALID, Institute of Molecular Genetics of the Czech Academy of Sciences, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives (CEA) - Grenoble, Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule (LBMC), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Mathématiques de Marseille (I2M), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Centrale de Marseille (ECM)-Aix Marseille Université (AMU), Riken Omics Science Center, Riken Yokohama Institute, Cincinnati Children's Hospital Medical Center, and Computational Regulatory Genomics
Subjects: Epigenomics, Branchiostoma, genetic analysis, animal cell, transcriptomics, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, vertebrate, zebra fish, histone modification, Branchiostoma lanceolatum, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, comparative study, Lancelets, Regulation of gene expression, DDC model, DNA methylation, adult, Vertebrate, Genomics, priority journal, Science & Technology - Other Topics, Molecular Developmental Biology, LANDSCAPES, whole genome duplication, Functional genomics, chordate evolution, CONSERVATION, embryo, gene sequence, PLURIPOTENCY, Article, animal tissue, 03 medical and health sciences, regulatory genomics, biology.animal, genomics, Humans, genome, mouse, Science & Technology, Molecular Sequence Annotation, TRANSGENESIS, DNA Methylation, Ancestral expression, developmental stage, 030104 developmental biology, hourglass model, Amfiox, Evolutionary biology, molecular genetics, chromatin, Subfunctionalization, transcriptome, 030217 neurology & neurosurgery, CHROMATIN, 0301 basic medicine, Branchiostoma Lanceolatum, Genome, specialization, Gene duplication, Vertebrats, Promoter Regions, Genetic, Whole-genome Duplication (WGD), Multidisciplinary, gene control, BRANCHIOSTOMA-LANCEOLATUM, innovation, Multidisciplinary Sciences, female, SEQ, Vertebrates, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Phylotypic Period, General Science & Technology, invertebrate, QH426 Genetics, Biology, DNA DEMETHYLATION, male, evolution, Animals, controlled study, gene, QH426, multigene family, Body Patterning, Vertebrata, nonhuman, Amphioxus, ZEBRAFISH, gene duplication, embryo development, DAS, biology.organism_classification, EVOLUTION, [SDV.BDD.EO]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Embryology and Organogenesis, Gene Expression Regulation, gene expression, Molecular evolution, Transcriptome
Abstract: Vertebrates have greatly elaborated the basic chordate body plan and evolved highly distinctive genomes that have been sculpted by two whole-genome duplications. Here we sequence the genome of the Mediterranean amphioxus (Branchiostoma lanceolatum) and characterize DNA methylation, chromatin accessibility, histone modifications and transcriptomes across multiple developmental stages and adult tissues to investigate the evolution of the regulation of the chordate genome. Comparisons with vertebrates identify an intermediate stage in the evolution of differentially methylated enhancers, and a high conservation of gene expression and its cis-regulatory logic between amphioxus and vertebrates that occurs maximally at an earlier mid-embryonic phylotypic period. We analyse regulatory evolution after whole-genome duplications, and find that—in vertebrates—over 80% of broadly expressed gene families with multiple paralogues derived from whole-genome duplications have members that restricted their ancestral expression, and underwent specialization rather than subfunctionalization. Counter-intuitively, paralogues that restricted their expression increased the complexity of their regulatory landscapes. These data pave the way for a better understanding of the regulatory principles that underlie key vertebrate innovations., This research was funded primarily by the European Research Council (ERC) under the European Union’s Horizon 2020 and Seventh Framework Program FP7 research and innovation programs (ERC-AdG-LS8-740041 to J.L.G.-S., ERC-StG-LS2-637591 to M.I., a Marie Sklodowska-Curie Grant (658521) to I.M. and a FP7/2007-2013-ERC-268513 to P.W.H.H.), the Spanish Ministerio de Economía y Competitividad (BFU2016-74961-P to J.L.G.-S., RYC-2016-20089 to I.M., BFU2014-55076-P and BFU2017-89201-P to M.I. and BFU2014-55738-REDT to J.L.G.-S, M.I. and J.R.M.-M), the ‘Centro de Excelencia Severo Ochoa 2013-2017’(SEV-2012-0208), the ‘Unidad de Excelencia María de Maetzu 2017-2021’(MDM-2016-0687), the People Program (Marie Curie Actions) of the European Union’s Seventh Framework Program FP7 under REA grant agreement number 607142 (DevCom) to J.L.G.-S., and the CNRS and the ANR (ANR16-CE12-0008-01) to H.E. O.B. was supported by an Australian Research Council Discovery Early Career Researcher Award (DECRA; DE140101962).
Published: 2018

5. Chapitre 16. Espaces naturels, biodiversité et développement durable

Author: Armelle Caron, Valérie Angeon, Centre de Recherche en Economie, Gestion, Modélisation et Informatique Appliquée (CEREGMIA), Université des Antilles et de la Guyane (UAG), CFort, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Bertrand Zuindeau, Estel, Fanny, Centre de Recherche en Economie, Gestion, Modélisation et Informatique Appliquée ( CEREGMIA ), Université des Antilles et de la Guyane ( UAG ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et forêts (CEMAGREF)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)
Subjects: [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, 05 social sciences, 0211 other engineering and technologies, OS, 021107 urban & regional planning, SCI020000, 02 engineering and technology, 15. Life on land, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, environnement, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, politique territoriale, développement durable, 0502 economics and business, RNC, [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, 050202 agricultural economics & policy, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [ SDE.ES ] Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract: aménagement durable des territoires; biodiversité; réseau écologique; corridor écologique; gouvernance adaptative; socio-écosystème; trame verte et bleue; La Trame verte et bleue (TVB), nouveau dispositif d'action publique visant à enrayer la perte de biodiversité traduit un renouvellement des référentiels de justification des politiques de conservation et de leur stratégie territoriale. Il s'agit d'intégrer la planification écologique dans l'aménagement de l'ensemble du territoire. Le processus de territorialisation de la TVB met en rapport de multiples niveaux de décision et d'action imbriqués. Il crée de ce fait des configurations inédites de complexité et d'incertitude et implique des innovations en termes de gouvernance que le cadre analytique de la gouvernance adaptative permet d'appréhender. En nous appuyant sur l'exemple du Parc Naturel Régional des Volcans d'Auvergne, nous analysons le rôle que ces institutions sont susceptibles de jouer dans ces dynamiques de changement et d'apprentissage socio-technique et politique qui conditionnent une mise en œuvre effective de la TVB.
Published: 2018

6. Performance of fluorescence spectroscopy for beef meat authentication: Effect of excitation mode and discriminant algorithms

Author: M. Loudiyi, Dominique Gruffat, Abderrahmane Aït-Kaddour, A. Ferlay, VetAgro Sup ( VAS ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité Mixte de Recherche sur le Fromage - UMR 545 (UMRF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité Mixte de Recherche Fromagère (UMRF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)
Subjects: Male, Support Vector Machine, [SDV]Life Sciences [q-bio], synchronous fluorescence, chemometry, Fluorescence spectroscopy, meat, 0404 agricultural biotechnology, Animals, Least-Squares Analysis, Muscle, Skeletal, front face fluorescence, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Mathematics, Synchronous fluorescence, Excitation wavelength, Principal Component Analysis, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Discriminant Analysis, 04 agricultural and veterinary sciences, Linear discriminant analysis, 040401 food science, beef, Red Meat, Spectrometry, Fluorescence, Discriminant, Principal component analysis, authentication, Cattle, Precision and recall, Algorithm, Excitation, Algorithms, Food Science
Abstract: International audience; This study evaluated the performance of classical front face (FFFS) and synchronous (SFS) fluorescence spectroscopy combined with Partial Least Square Discriminant Analysis (PLSDA), Support Vector Machine associated with PLS (PLS-SVM) and Principal Components Analysis (PCA-SVM) to discriminate three beef muscles (Longissimus thoracis, Recto abdominis and Semitendinosus). For the FFFS, 5 excitation wavelengths were investigated, while 6 offsets were studied for SFS. Globally, the results showed a good discrimination between muscles with Recall and Precision between 47.82 and 94.34% and Error ranging from 6.03 to 32.39%. For the FFFS, the PLS-SVM with the 382 nm excitation wavelength gave the best discrimination results (Recall, Precision and Error of 94.34%, 89.53% and 6.03% respectively). For SFS, when performing discrimination of the three muscles, the 120 nm offset gave the highest Recall and Precision (from 57.66% to 94.99%) and the lowest Error values (from 6.78 to 8.66%) whatever the algorithm (PLSDA, PLS-SVM and PCA-SVM).
Published: 2018

7. The coexistence of multiple worldviews in livestock farming drives agroecological transition. A case study in french Protected Designation of Origin (PDO) cheese mountain areas

Author: Cayre, Patrice, Michaud, Audrey, Theau, Jean Pierre, Rigolot, Cyrille, Reserach and teaching general direction, Ministry of Agriculture, AgroParisTech, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Clermont Auvergne (UCA), UMR : AGroécologie, Innovations, TeRritoires, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Territoires - UMR 1273 (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne (UCA), ATOUS CAS DAR programme, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Territoires (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), French Ministry of Agriculture, ATOUS CASDAR programme, French government IDEX-ISITE initiative [16-IDEX-0001], Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Université Clermont Auvergne ( UCA ), Université de Toulouse, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), ANR-16-IDEX-0001,CAP 20-25,CAP 20-25(2016), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: lcsh:GE1-350, agroecology, livestock farming system, worldview, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], foraging system, Biodiversité et Ecologie, lcsh:Environmental effects of industries and plants, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:TJ807-830, lcsh:Renewable energy sources, transformations, sustainability, dairy system, grazing system, [SHS]Humanities and Social Sciences, Biodiversity and Ecology, [SPI]Engineering Sciences [physics], lcsh:TD194-195, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, lcsh:Environmental sciences
Abstract: International audience; Livestock systems contribute significantly to environmental issues and need to undergo an agroecological transition. This transition is not only technical, but also involves an evolution of farmers' ways of seeing and interpreting the world, i.e., worldviews. We investigate livestock farmers' worldviews and their relationships with farming practices (grazing and mowing management) in three Protected Designation of Origin (PDO) cheese areas in the French mountains. The study is based on quantitative and comprehensive qualitative surveys in 37 farms. We identify entities typically considered by farmers and the kind of relations they have with these entities, as well as the ontological background, sources of knowledge, and worlds of justifications. Four ideal-typical worldviews emerge: Modern; Traditional; Ecological Intensive; Holist. These four worldviews coexist in each area and also at the farm scale. Three selected farmer monographs illustrate this complexity in detail. The four worldviews are consistent with other typologies in literature. Both Ecological Intensive and Holist worldviews can be considered as "agroecological"; however, they correspond to very different conceptions of agroecology. Different worldviews imply different sustainability indicators and pathways, as well as alternative knowledge-management systems. Finally, the coexistence of multiple worldviews is a key driver of the agroecological transition, which can be enhanced by facilitating confrontation and exchanges between worldviews.
Published: 2018

8. Bacterial microbiota associated with Rhipicephalus sanguineus (s.l.) ticks from France, Senegal and Arizona

Author: Van Tran Van, Guillaume Minard, Patrick Mavingui, Raphaël Massot, Luc Chabanne, Magalie René-Martellet, Claire Valiente Moro, Biosciences, Life-history Evolution Research Group, Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Metapopulation Research Centre [Helsinki] (MRC), University of Helsinki, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical (PIMIT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IRD-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de La Réunion (UR), Cyclotron Réunion Océan Indien (CYROI), Université de La Réunion (UR)-Centre Hospitalier Universitaire de La Réunion (CHU La Réunion), CNRS-INEE through Programme PEPS-Ecologie de la Sante ECOSAN, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Unité de recherche d'Épidémiologie Animale ( UEA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), VetAgro Sup ( VAS ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Metapopulation Research Centre, Department of Biosciences, Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical ( PIMIT ), Université de la Réunion ( UR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IRD-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Cyclotron Réunion Océan Indien ( CYROI ), Université de la Réunion ( UR ) -Centre Hospitalier Universitaire de La Réunion ( CHU La Réunion ), Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IRD-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Entomology, tique, Bacillus, ACARI, Coxiella, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, RNA, Ribosomal, 16S, Acari, Dog Diseases, Rickettsia, Phylogeny, symbionts, coxiella, rhipicephalus sanguineus, bacillus, Phylogenetic tree, Geography, Ecology, Microbiota, Microbiology and Parasitology, BORNE DISEASES, Arizona, 319 Forensic science and other medical sciences, Symbionts, Senegal, Microbiologie et Parasitologie, Infectious Diseases, Genes, Mitochondrial, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Female, France, LATREILLE, Ixodidae, host pathogen systems, TRANSMISSION, Rhipicephalus sanguineus, Zoology, Biology, Tick, analyse phylogénétique, DNA, Ribosomal, lcsh:Infectious and parasitic diseases, 03 medical and health sciences, Dogs, Sensu, microbiote, Phylogenetics, classification taxonomique, lcsh:RC109-216, Symbiosis, PATHOGENS, Research, interaction hôte pathogène, ANIMALS, Genetic Variation, Sequence Analysis, DNA, biology.organism_classification, TURANICUS, 030104 developmental biology, IXODIDAE, 1182 Biochemistry, cell and molecular biology, Parasitology, COMMUNITIES
Abstract: Background Ticks of the group Rhipicephalus sanguineus (sensu lato) are distributed worldwide and are major pathogen vectors of both dogs and humans. Previous phylogenetic reconstructions have suggested the existence of two main lineages within this group, “Tropical” and “Temperate”. Symbiotic interactions contribute to vector development, survival, reproduction and competence. The diversity of microbial communities associated with different populations of R. sanguineus (s.l.) remains poorly characterized, however, this knowledge will aid in future studies of hosts-microbiota-pathogen interactions. To gain insight into the bacterial communities associated with R. sanguineus (s.l.) ticks, 40 specimens from France, Senegal and Arizona were analyzed by high-throughput 16S amplicon sequencing. All tick specimens were taxonomically classified using the mitochondrial 12S rDNA gene, which provides sufficient phylogenetic resolution to discriminate different lineages of R. sanguineus. Results Rhipicephalus sanguineus (s.l.) samples from Senegal belonged to the “Tropical” lineage, samples from France belonged to the “Temperate” lineage, whereas both lineages were identified in samples from Arizona. Regardless of origin, each bacterial microbiota was dominated by three genera: Coxiella, Rickettsia and Bacillus. Rickettsia and Coxiella were the two main genera found in females whereas males had a higher proportion of Bacillus. Significant differences of relative abundances were evidenced between specimens from different geographical origins. Conclusions This study highlights differences in the microbiota composition within R. sanguineus (s.l.) specimens from different genotypes, genders and geographical origins. This knowledge will help in future studies of the symbiotic interactions, biology and vector competence of the R. sanguineus (s.l.) complex. Electronic supplementary material The online version of this article (10.1186/s13071-017-2352-9) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2017

9. The importance of livestock in crop-livestock regions: competition with cash crops or opportunities

Author: Ryschawy , Julie, Benoit , Marc, Delfosse , Claire, Hostiou , Nathalie, Dumont , Bertrand, AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Territoires (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), UMR : AGroécologie, Innovations, TeRritoires, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Territoires - UMR 1273 (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne (UCA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ProdInra, Archive Ouverte, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Université Lumière (Lyon 2) ( UL2 ), UMR Territoires - Clermont Auvergne ( UMR Territoires ), and AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne ( UCA ) -Institut national de la recherche agronomique [Auvergne/Rhône-Alpes] ( INRA Auvergne/Rhône-Alpes )
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Session 28. Local solutions, global answer: facing global challenges with local productions systems?Session 28. Local solutions, global answer: facing global challenges with local productions systems?; The importance of livestock in crop-livestock regions: competition with cash crops or opportunities. 68. Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP)
Published: 2017

10. Quels leviers pour aboutir à des solutions « gagnant-gagnant » dans les territoires d’élevage herbagers ?

Author: Bertrand Dumont, Julie Ryschawy, Michel Duru, Pierre Dupraz, Marc Benoit, Luc Delaby, Olivier Huguenin-Elie, Katja Klumpp, Servane Lavenant, Dominique Vollet, Rodolphe Sabatier, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Agroscope, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions (EVA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Territoires (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), UMR : AGroécologie, Innovations, TeRritoires, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires ( SMART ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Unité de Recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions ( EVA ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), UMR Territoires - Clermont Auvergne ( UMR Territoires ), AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne ( UCA ) -Institut national de la recherche agronomique [Auvergne/Rhône-Alpes] ( INRA Auvergne/Rhône-Alpes ), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires ( SADAPT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Territoires - UMR 1273 (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne (UCA), ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], prairie, cartographie, legume, grassland, mapping, relation herbe troupeau, légumineuse, élevage
Abstract: Session 2-B : Alimenter les troupeaux à partir de ressources variéesSession 2-B : Alimenter les troupeaux à partir de ressources variées; Cette proposition émane d’un collectif interdisciplinaire mobilisé dans le cadre d’une expertise scientifique collective réalisée par l’INRA sur les « rôles, impacts et services issus des élevages en Europe ». Au-delà d’une synthèse exhaustive de la littérature, cette expertise a conduit à deux productions originales : -Une cartographie des principaux territoires d’élevage européens selon les densités animales et la part de « l’herbe » dans l’alimentation des animaux d’élevage, - Un cadre d’analyse sous forme d’une « grange » afin de représenter et d’analyser les synergies, antagonismes et compromis à mettre en œuvre pour assurer une meilleure durabilité de l’élevage selon les territoires. Ici, nous nous proposons de présenter ce cadre d’analyse et de le décliner dans quatre territoires le long d’un gradient de densités animales : la Bretagne, l’Irlande, les zones AOP du Massif central et les systèmes transhumants de Méditerranée. Nous discutons ensuite des leviers à mettre en œuvre selon les territoires pour aboutir à des solutions « gagnant-gagnant » conciliant les performances productives et environnementales des systèmes d’élevage. A l’échelle du système, il s’agit i) de préserver des prairies riches en légumineuses et en diverses, ii) de conserver les infrastructures agro-écologiques et iii) de repenser la gestion du troupeau en lien avec la pousse de l’herbe. A l’échelle du territoire, les principaux enjeux concernent i) le maintien et le développement de filières de qualité, ii) le développement de cercles d’information et de lieux d’apprentissage, et iii) la préservation des organisations paysagères complexes assurant la connectivité des milieux.
Published: 2017

11. Effects of a chronic stress treatment on vaccinal response in lambs

Author: Véronique Deiss, Alain Boissy, Stéphane Andanson, Karine Laroucau, Alexandra Destrez, Armel Souriau, Laurence Guilloteau, Elodie Chaillou, Territoires (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherches Avicoles (URA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Laboratoire de Santé animale, Unité Zoonoses Bactériennes, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Recherches Avicoles (SRA), UR Infectiologie animale et Santé publique (UR IASP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Unité Zoonoses Bactériennes (UZB), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Recherches Avicoles ( SRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), UR Infectiologie animale et Santé publique ( UR IASP ), Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort ), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] ( PRC ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: 040301 veterinary sciences, Sheep Diseases, Granulocyte, Affect (psychology), SF1-1100, 0403 veterinary science, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Immune system, Stress, Physiological, Animals, Medicine, Chronic stress, Animal Husbandry, Chlamydia, chronic stress, 2. Zero hunger, Sheep, Attenuated vaccine, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, biology, business.industry, negative affective state, Stressor, health, 04 agricultural and veterinary sciences, Chlamydia Infections, vaccination, Animal culture, 3. Good health, Vaccination, ovine, medicine.anatomical_structure, Bacterial Vaccines, Immunology, biology.protein, Female, Animal Science and Zoology, [ SDV.BA.MVSA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Antibody, business, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: International audience; Farming systems can expose animals to chronic mild stress which is known to induce negative affective state. Affective state in animals, as in humans, can be assessed through behavioral cues. This study aimed to describe the effect of a chronic mild stress, known to induce a negative affective state, on sheep health through their response to vaccination. The study used 15 lambs subjected to a model of chronic mild stress for 15 weeks and 15 lambs reared under conventional farming as a control group. After 7 weeks of stressful treatment, the lambs were individually exposed to a judgment bias test to assess a putative stress-induced 'pessimism.' After 15 weeks of stressful treatment, antibody immune response was measured after an injection of a live vaccine challenge (Chlamydia abortus attenuated vaccine strain 1B). Stressed lambs displayed a pessimistic-like perception in the judgment bias test, revealing a negative affective state. Stressed and control animals showed different immunological reactions to vaccine challenge: stressed sheep had lower hemoglobin concentrations and higher platelet, granulocyte and acute-phase protein concentrations. Antibody response induced by the vaccine strain was not different between stressed and control sheep. Our results suggest that negative affective state induced by chronic stress treatment may induce a stronger inflammatory response to vaccine challenge in sheep. Improvement of animal health may be achieved through consideration of stressors that may affect the emotional and immunological state of sheep.
Published: 2017

12. Assessment of Mucosal Healing in Inflammatory Bowel Disease

Author: Julie Auzoux, Widad Lahlou, Stéphane Nancey, Alex, Gilles Boschetti, Bernard Flourié, Thierry Lecomte, Laurence Picon, re Aubourg, Alban Girault, Driffa Moussata, William Raoul, Departement d'Hépato-Gastroentérologie et Cancérologie Digestive [CHRU Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Département d'hépato-gastro-entérologie [Hôpital Trousseau : CHRU Tours], CHU Trousseau [APHP]-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Génétique, Immunothérapie, Chimie et Cancer (GICC), Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Autophagie infections immunité – Autophagy Infection Immunity, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup (VAS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup (VAS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Nutrition, croissance et cancer (U 1069) (N2C), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Tours
Subjects: ECSS: Endocytoscopy System Score, medicine.medical_specialty, Pathology, VCE: Video-capsule Endoscopy, FC: Fecal Calprotectin, CDEAS: Crohn's Disease Endomicroscopy Activity Score, Gastroenterology, Inflammatory bowel disease, Chromoendoscopy, MRE: Magnetic Resonance Enterography, CD: Crohn's Disease, Quality of life, Internal medicine, CLE: Confocal Laser Endomicroscopy, medicine, Histological healing, CE: NBI Narrow Banding Imaging Coupled with Endocytoscopy, PPV: Positive Predictive Value, NPV: Negative Predictive Value, medicine.diagnostic_test, business.industry, Spe: Specificity, CDAS: Crohn's Disease Activity Score, UCEIS: Ulcerative Colitis Endoscopic Index Of Severity, Endoscopy, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, UEGW: United European Gastroenterology Week, Gold standard (test), FICE: Fuji Intelligent Chromo Endoscopy, CDEIS: Crohn's Disease Endoscopic Index of Severity, Magnetic resonance enterography, medicine.disease, IBD: Inflammatory Bowel Disease, UC: Ulcerative Colitis, MARIA: Magnetic Resonance Index Of Activity, Mucosal healing, CRP: C-Reactive Protein, Se: Sensitivity, NBI: Narrow Banding Imaging, CECDAI: Capsule Endoscopy Crohn's Disease Activity Index, SES-CD: Simplified Endoscopic Score For Crohn's Disease, Calprotectin, business, Biomarkers, MH: Mucosal Healing, AIS: Histopathological Scoring of Acute Inflammation
Abstract: International audience; In recent decades, the advent of biological therapy has changed the treatment of inflammatory bowel disease (IBD) and has opened new therapeutic endpoints such as mucosal healing (MH). MH incorporated with clinical remission presents a new concept: deep remission, which correlates with a decrease in hospitalization and surgery and improvement in the patient's quality of life. Several techniques can be used to assess mucosal healing such as endoscopy which remains the gold standard. But considerable variations may exist in the interpretation of the definition of mucosal healing which may also be histological or evaluated by radiological or biological methods. Thus, it is important to study mucosal inflammation by endoscopic scores and by new, more sensitive techniques such as videocapsule endoscopy (VCE), magnetic resonance enterography (MRE), chromoendoscopy and confocal laser endomicroscopy (CLE). Biomarkers, such as fecal calprotectin (FC) were also studied in the evaluation of MH and showed positive results. These methods are currently the subject of validation studies.
Published: 2017

13. Impact of precision livestock farming on work and human- animal interactions on dairy farms. A review

Author: Hostiou , Nathalie, Fagon , Jocelyn, Chauvat , Sophie, Turlot , Amélie, Kling , Florence, Boivin , Xavier, Allain , Clément, Territoires - UMR 1273 (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut de l'Elevage, Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Maison Nationale des Eleveurs (MNE), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Territoires (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut de l'élevage (IDELE), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UMR Territoires - Clermont Auvergne ( UMR Territoires ), AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne ( UCA ) -Institut national de la recherche agronomique [Auvergne/Rhône-Alpes] ( INRA Auvergne/Rhône-Alpes ), Centre Wallon de Recherches Agronomiques ( CRA-W ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), and VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Introduction. With increasing herd sizes and decreasing workforce availability, precision livestock farming (PLF) is being developed in the dairy sector to facilitate herd monitoring. A desire to reduce the drudgery of repetitive tasks is another factor contributing to the adoption of PLF. This study, based on a review of the scientific literature, focuses on the impact of PLF on the profession and work organization of dairy farmers.Literature. Time savings are observed because robots and sensors take on recurrent physical tasks (milking, feeding) while simplifying the monitoring of animals (heat, health problems, etc.). Farmers appreciate the additional flexibility in organizing their work. The information provided can reduce the mental workload due to the anticipation of events (insemination, health problems). However, the mental workload can sometimes be increased due to the complexity of the information involved in managing the multiple alarms or alerts and equipment failures. The relationship between farmers and their animals is also modified.Conclusions. Precision livestock farming can have a positive impact on dairy farmers’ work and can be attractive for young people. However, if the tools are not adapted to farmers’ needs and skills, PLF can also lead to negative impacts on farmers and animals. It is therefore critical to consider the different dimensions of farmers’ work to facilitate their adoption of these new technologies.
Published: 2017

14. Impact of precision livestock farming on work and human-animal interactions on dairy farms. A review

Author: Nathalie Hostiou, Fagon, Jocelyn, Chauvat, Sophie, Turlot, Amelie, Kling-Eveillard, Florence, Boivin, Xavier, Allain, Clement, Territoires (Territoires), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de l'élevage (IDELE), Département Productions et Filières, Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Territoires - UMR 1273 (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut de l'Elevage, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UMR Territoires - Clermont Auvergne ( UMR Territoires ), AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne ( UCA ) -Institut national de la recherche agronomique [Auvergne/Rhône-Alpes] ( INRA Auvergne/Rhône-Alpes ), Centre Wallon de Recherches Agronomiques ( CRA-W ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])
Subjects: automate, Human animal, lcsh:Biotechnology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Geography, Planning and Development, Plant Science, labour, Precision agriculture, sensor, robots, automation, agriculture de précision, capteur, automatisation, travail, PLF can also lead to negative impacts on farmers and animals. It is therefore critical to consider the different dimensions of farmers’ work to facilitate their adoption of these new technologies, lcsh:TP248.13-248.65, Political science, lcsh:Environmental sciences, élevage laitier, if the tools are not adapted to farmers’ needs and skills, lcsh:GE1-350, 2. Zero hunger, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], 0402 animal and dairy science, Forestry, éleveur, organisation du travail, 04 agricultural and veterinary sciences, 040201 dairy & animal science, 3. Good health, Livestock farming, Conclusions. Precision livestock farming can have a positive impact on dairy farmers’ work and can be attractive for young people. However, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, relation homme animal, Agronomy and Crop Science, Humanities, Biotechnology
Abstract: Introduction. With increasing herd sizes and decreasing workforce availability, precision livestock farming (PLF) is being developed in the dairy sector to facilitate herd monitoring. A desire to reduce the drudgery of repetitive tasks is another factor contributing to the adoption of PLF. This study, based on a review of the scientific literature, focuses on the impact of PLF on the profession and work organization of dairy farmers. Literature. Time savings are observed because robots and sensors take on recurrent physical tasks (milking, feeding) while simplifying the monitoring of animals (heat, health problems, etc.). Farmers appreciate the additional flexibility in organizing their work. The information provided can reduce the mental workload due to the anticipation of events (insemination, health problems). However, the mental workload can sometimes be increased due to the complexity of the information involved in managing the multiple alarms or alerts and equipment failures. The relationship between farmers and their animals is also modified., Conséquences de l’élevage de précision sur le travail et les relations homme-animal en élevage laitier (synthèse bibliographique)Introduction. L’élevage de précision se développe en élevage laitier pour faciliter la surveillance de troupeaux dans un contexte d\'accroissement de la taille des élevages et de diminution de la disponibilité en main-d’œuvre. La réduction de la pénibilité de certaines tâches répétitives est aussi un facteur d’adoption de ces nouvelles technologies. Cette étude, réalisée à partir d’une revue de la littérature scientifique et professionnelle, analyse l’impact de l’élevage de précision sur le métier des éleveurs laitiers et l’organisation de leur travail. Littérature. Des gains de temps sont observés car les automates et capteurs remplacent les tâches physiques récurrentes (traite, alimentation) tout en simplifiant la surveillance des animaux (chaleurs, problèmes sanitaires, etc.). Les éleveurs apprécient la flexibilité pour organiser leur travail. Les informations fournies peuvent aussi alléger la charge mentale en anticipant des évènements (insémination, problèmes sanitaires). Mais la charge mentale peut parfois être accrue du fait de la complexité des informations à gérer, de la multiplicité des alarmes ou des alertes ou encore des risques de pannes plus fréquents. Les relations entre l’éleveur et ses animaux sont également modifiées. Conclusions. Les conséquences sur le travail des éleveurs laitiers, si elles comportent des aspects positifs susceptibles d\'exercer un attrait pour le métier notamment de jeunes en quête de modernité, peuvent se révéler sources d\'échecs si elles ne sont pas adaptées aux besoins et aux compétences des éleveurs. Il est donc essentiel de prendre en compte le travail, selon ses différentes dimensions, pour favoriser l’appropriation de ces nouvelles technologies par les éleveurs laitiers.
Published: 2017

15. Face-based perception of emotions in dairy goats

Author: Lucille G. A. Bellegarde, Alain Boissy, Alexander Weiss, Hans W. Erhard, Marie J. Haskell, Christine Duvaux-Ponter, Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants (MoSAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, University of Edinburgh, Scotland's Rural College (SRUC), Université Paris-Saclay, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Scotland's Rural College (SCUR), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants ( MoSAR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, SRUC, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), AgroParisTech, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), and VetAgro Sup ( VAS )
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], goats, cognitive bias, chèvre, media_common.quotation_subject, émotion, emotion, Emotional valence, perception, réponse émotionnelle, emotions, comportement animal, Developmental psychology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Food Animals, Perception, [SDV.BA.ZV]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, 0501 psychology and cognitive sciences, 050102 behavioral science & comparative psychology, Emotion recognition, [ SDV.OT ] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], nannygoats, media_common, Facial expression, 05 social sciences, goat, face, Cognition, Gaze, Cognitive bias, Face (geometry), Face, [ SDV.BA.ZV ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, Animal Science and Zoology, Psychology, 030217 neurology & neurosurgery, ear postures, Cognitive psychology
Abstract: Faces of conspecifics convey information about identity, but also gaze, and attentional or emotional state. As a cognitive process, face-based emotion recognition can be subject to judgment bias. In this study we investigated whether dairy goats (n=32) would show different responses to 2-D images offaces of familiar conspecifics displaying positive or negative emotional states. We also examined the possible use of images of faces as stimuli in cognitive bias studies. The faces of four subjects were photographed in a positive and a negative situation. Three types of images of ambiguous facial expressions were then created using morphing software (75% positive, 50% positive, and 25%positive). In a test-pen, each goat was exposed for 3 seconds to each type of image, obtained from the same goat. All goats were shown non-morphed faces first, before being shown the three types of morphed faces, balanced for order. Finally, the first non-morphed face was shown again. Spontaneous behavioural reactions including ear postures (forward, backward and asymmetrical) and interactions with the screen (time spent looking or touching) were recorded during the 3 seconds. Results were analysed using REML with repeated measurements. Goats spent more time with their ears forward when the negative was shown compared to the positive(F4,121.3 = 2.51, P = 0.018), indicating greater interest in negative faces. Identity of the photographed goat influenced the time spent with the ears forward (F2,57.4 = 7.01, P = 0.002). We conclude that goats react differently to images of faces displaying different emotional states and that they seem to perceive the emotional valence expressed in these images. Response to morphed faces was not necessarilyintermediate to response to negative and positive faces, and not on a continuum. Further study is thus needed to clarify the potential use of faces in cognitive bias studies.
Published: 2017

16. Les politiques de biodiversité

Author: Arrignon, Mehdi, Ana Flavia, Barros Platiau, Bosc, Christel, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, UMR Territoires - Clermont Auvergne ( UMR Territoires ), AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne ( UCA ) -Institut national de la recherche agronomique [Auvergne/Rhône-Alpes] ( INRA Auvergne/Rhône-Alpes ), Territoires (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Mainet, Helene, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Territoires - UMR 1273 (Territoires), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne (UCA)
Subjects: [SDV.SA.AGRO] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, [ SDV.SA.AGRO ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, [SHS.SCIPO] Humanities and Social Sciences/Political science, [ SHS.SCIPO ] Humanities and Social Sciences/Political science, [SHS.SCIPO]Humanities and Social Sciences/Political science, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2017

17. Greenhouse gas emissions and efficiency in French sheep meat farming: a non-parametric framework of pollution-adjusted technologies

Author: K Hervé Dakpo, Laure Latruffe, Philippe Jeanneaux, UMR Territoires - Clermont Auvergne ( UMR Territoires ), AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne ( UCA ) -Institut national de la recherche agronomique [Auvergne/Rhône-Alpes] ( INRA Auvergne/Rhône-Alpes ), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires ( SMART ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Mainet, Helene, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Pollution, Economics and Econometrics, Shadow price, media_common.quotation_subject, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, 7. Clean energy, chemistry.chemical_compound, Agricultural science, [ SDV.SA.AGRO ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, 0502 economics and business, 050207 economics, by-production approach, media_common, [SDV.SA.AGRO] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, 2. Zero hunger, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], business.industry, greenhouse gas emissions, 05 social sciences, Subsidy, Nitrous oxide, Agricultural and Biological Sciences (miscellaneous), French sheep meat farming, Incentive, shadow prices, chemistry, Agronomy, 13. Climate action, Agriculture, Greenhouse gas, Environmental science, non-parametric models, 050202 agricultural economics & policy, business, Inefficiency
Abstract: Cet article a fait l'objet d'un WP SMART-LERECO n° 14-08, voir lien ci-contrehttp://prodinra.inra.fr/record/277658; Our paper evaluates the efficiency adjusted for greenhouse gas (GHG) emissions for sheep meat breeding farms in French grassland areas during 1987–2013. The results show that by modifying the mix of polluting inputs farmers could, on average, offset more than 35% of their total inefficiency. The computation of shadow prices with an innovative approach reveals that, while prices for carbon dioxide and methane range within acceptable levels, the price of nitrous oxide is exorbitant. This suggests that, if policy-makers intend to encourage farmers to reduce this type of pollution, policy measures should be accompanied by sufficient subsidies to compensate farmers or other incentives aiming at nitrous oxide reduction.
Published: 2016

18. Insights on the virulence of swine respiratory tract mycoplasmas through genome-scale metabolic modeling

Author: Franciele Maboni Siqueira, Florence Tardy, Mariana Galvão Ferrarini, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, Marie-France Sagot, Arnaldo Zaha, Bénédicte Elena-Herrmann, Elodie Jobard, Tony Lionel Palama, Scheila G. Mucha, Irene Silveira Schrank, Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (ERABLE), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Centro de Biotecnologia [Porto Alegre] (CBiot), Universidade Federal do Rio Grande do Sul [Porto Alegre] (UFRGS), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre Léon Bérard [Lyon], NMR Methods for Metabolism - Methodes RMN en métabolomique, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Laboratorio Nacional de Computação Cientifica [Rio de Janeiro] (LNCC / MCT), Mycoplasmoses des Ruminants - UMR (MYCO), Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Baobab, Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale ( ERABLE ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ), Centro de Biotecnologia [Porto Alegre] ( CBiot ), Universidade Federal do Rio Grande do Sul [Porto Alegre] ( UFRGS ), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés ( LISBP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse ( INSA Toulouse ), Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratorio Nacional de Computação Cientifica [Rio de Janeiro] ( LNCC / MCT ), Mycoplasmoses des ruminants [Lyon], Université de Lyon-VetAgro Sup ( VAS ), VetAgro Sup ( VAS ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ISA NMR Methods for Metabolism - Methodes RMN en métabolomique (2014-2018), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Magnetic Resonance Spectroscopy, Swine, Whole-genome metabolic reconstruction, Mycoplasma hyorhinis, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Mollicutes, Virulence, Biology, medicine.disease_cause, Models, Biological, Microbiology, 03 medical and health sciences, Mycoplasma, Mycoplasma hyopneumoniae, Genetics, medicine, Animals, Metabolomics, Biomass, Microbial Viability, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Computational Biology, Metabolic network, Genomics, Pneumonia of Swine, Mycoplasmal, biology.organism_classification, medicine.disease, Hydrogen peroxide, Virology, Bacterial Load, Gene Ontology, medicine.anatomical_structure, Metabolism, Enzootic, Energy Metabolism, Pneumonia (non-human), Genome, Bacterial, Metabolic Networks and Pathways, Research Article, Biotechnology, Respiratory tract
Abstract: Background The respiratory tract of swine is colonized by several bacteria among which are three Mycoplasma species: Mycoplasma flocculare, Mycoplasma hyopneumoniae and Mycoplasma hyorhinis. While colonization by M. flocculare is virtually asymptomatic, M. hyopneumoniae is the causative agent of enzootic pneumonia and M. hyorhinis is present in cases of pneumonia, polyserositis and arthritis. The genomic resemblance among these three Mycoplasma species combined with their different levels of pathogenicity is an indication that they have unknown mechanisms of virulence and differential expression, as for most mycoplasmas. Methods In this work, we performed whole-genome metabolic network reconstructions for these three mycoplasmas. Cultivation tests and metabolomic experiments through nuclear magnetic resonance spectroscopy (NMR) were also performed to acquire experimental data and further refine the models reconstructed in silico. Results Even though the refined models have similar metabolic capabilities, interesting differences include a wider range of carbohydrate uptake in M. hyorhinis, which in turn may also explain why this species is a widely contaminant in cell cultures. In addition, the myo-inositol catabolism is exclusive to M. hyopneumoniae and may be an important trait for virulence. However, the most important difference seems to be related to glycerol conversion to dihydroxyacetone-phosphate, which produces toxic hydrogen peroxide. This activity, missing only in M. flocculare, may be directly involved in cytotoxicity, as already described for two lung pathogenic mycoplasmas, namely Mycoplasma pneumoniae in human and Mycoplasma mycoides subsp. mycoides in ruminants. Metabolomic data suggest that even though these mycoplasmas are extremely similar in terms of genome and metabolism, distinct products and reaction rates may be the result of differential expression throughout the species. Conclusions We were able to infer from the reconstructed networks that the lack of pathogenicity of M. flocculare if compared to the highly pathogenic M. hyopneumoniae may be related to its incapacity to produce cytotoxic hydrogen peroxide. Moreover, the ability of M. hyorhinis to grow in diverse sites and even in different hosts may be a reflection of its enhanced and wider carbohydrate uptake. Altogether, the metabolic differences highlighted in silico and in vitro provide important insights to the different levels of pathogenicity observed in each of the studied species. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s12864-016-2644-z) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2016

19. Evaluer la robustesse des vaches laitières: l’approche biologique

Author: OLLION , Emilie, Blanc , Fabienne, Ingrand , Stéphane, Institut supérieur d'agriculture et d'agroalimentaire Rhône-Alpes (ISARA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut Supérieur d'Agriculture et d'Agroalimentaire Rhône-Alpes (ISARA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Institut supérieur d'agriculture et d'agroalimentaire Rhône-Alpes (I.S.A.R.A.), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), ProdInra, Archive Ouverte, Institut Supérieur d'Agriculture et d'Agroalimentaire Rhône-Alpes ( ISARA ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], analyse biologique, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], vache laitière, [SDV]Life Sciences [q-bio], biological techniques, système d'élevage, dairy cows, robustness, robustesse
Abstract: Evaluer la robustesse des vaches laitières: l’approche biologique. Séminaire Ensemble
Published: 2016

20. Metabolic Investigation of the Mycoplasmas from the Swine Respiratory Tract

Author: Ferrarini , Mariana G, Siqueira , Franciele Maboni, Mucha , Scheila G, Palama , Tony, Jobard , Elodie, Elena-Herrmann , Bénédicte, Vasconcelos , Ana Tereza Ribeiro, Tardy , Florence, Schrank , Irene S, Zaha , A, Sagot , Marie-France, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centro de Biotecnologia [Porto Alegre] (CBiot), Universidade Federal do Rio Grande do Sul [Porto Alegre] (UFRGS), Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (ERABLE), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), ISA NMR Methods for Metabolism - Methodes RMN en métabolomique (2014-2018), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Léon Bérard [Lyon], Laboratorio Nacional de Computação Cientifica [Rio de Janeiro] (LNCC / MCT), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Mycoplasmoses des Ruminants - UMR (MYCO), Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centro de Biotecnologia [Porto Alegre] ( CBiot ), Universidade Federal do Rio Grande do Sul [Porto Alegre] ( UFRGS ), Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale ( ERABLE ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ), NMR Methods for Metabolism - Methodes RMN en métabolomique, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratorio Nacional de Computação Cientifica [Rio de Janeiro] ( LNCC / MCT ), VetAgro Sup ( VAS ), Mycoplasmoses des ruminants [Lyon], Université de Lyon-VetAgro Sup ( VAS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: MESH: Mycoplasma, Mollicutes, Metabolic network, Metabolism, Whole-genome metabolic reconstruction, Hydrogen peroxide, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [ SDV.BBM.BM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], MESH : Mycoplasma
Abstract: International audience; BackgroundThe respiratory tract of swine is colonized by several bacteria among which are three Mycoplasma species: Mycoplasma flocculare, Mycoplasma hyopneumoniae and Mycoplasma hyorhinis. While colonization by M. flocculare is virtually asymptomatic, M. hyopneumoniae is the causative agent of enzootic pneumonia and M. hyorhinis is present in cases of pneumonia, polyserositis and arthritis. The genomic resemblance among these three Mycoplasma species combined with their different levels of pathogenicity is an indication that they have unknown mechanisms of virulence and differential expression, as for most mycoplasmas.MethodsIn this work, we performed whole-genome metabolic network reconstructions for these three mycoplasmas. Cultivation tests and metabolomic experiments through nuclear magnetic resonance spectroscopy (NMR) were also performed to acquire experimental data and further refine the models reconstructed in silico.ResultsEven though the refined models have similar metabolic capabilities, interesting differences include a wider range of carbohydrate uptake in M. hyorhinis, which in turn may also explain why this species is a widely contaminant in cell cultures. In addition, the myo-inositol catabolism is exclusive to M. hyopneumoniae and may be an important trait for virulence. However, the most important difference seems to be related to glycerol conversion to dihydroxyacetone-phosphate, which produces toxic hydrogen peroxide. This activity, missing only in M. flocculare, may be directly involved in cytotoxicity, as already described for two lung pathogenic mycoplasmas, namely Mycoplasma pneumoniae in human and Mycoplasma mycoides subsp. mycoides in ruminants. Metabolomic data suggest that even though these mycoplasmas are extremely similar in terms of genome and metabolism, distinct products and reaction rates may be the result of differential expression throughout the species.ConclusionsWe were able to infer from the reconstructed networks that the lack of pathogenicity of M. flocculare if compared to the highly pathogenic M. hyopneumoniae may be related to its incapacity to produce cytotoxic hydrogen peroxide. Moreover, the ability of M. hyorhinis to grow in diverse sites and even in different hosts may be a reflection of its enhanced and wider carbohydrate uptake. Altogether, the metabolic differences highlighted in silico and in vitro provide important insights to the different levels of pathogenicity observed in each of the studied species.
Published: 2016

21. Developing win-win outcomes across a range of grassland-based livestock systems

Author: Dumont, Bertrand, Benoit, Marc, Delaby, Luc, Duru, Michel, Hughenin-Elie, Olivier, Lavenant, Servane, Ryschawy, Julie, Sabatier, RODOLPHE, Vollet, Dominique, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Agrosystèmes Cultivés et Herbagers (ARCHE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Agroscope, Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions (EVA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Institute for Sustainability Sciences (ISS), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Agrosystèmes Cultivés et Herbagers ( ARCHE ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Institute for Sustainability Sciences ( ISS ), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions ( EVA ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires ( SADAPT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: In Europe, grassland-based livestock farming systems develop across a wide range of biogeographicalconditions. These systems allow producing meat, milk and cheese with limited competition with human foodsupply. Intensive grazing systems limit greenhouse gas emission per unit of product, but high animal densitieslead to nitrate leaching and various other nuisances. Favorable grass-growth conditions combined with theuse of grass-legume mixtures allows limiting the inputs needed for production and system environmentalfootprint. Under more marginal conditions, permanent grasslands and rangelands provide valuable habitats forvarious forms of biodiversity, and a wide bundle of regulating (e.g. climate regulation via carbon sequestration,pollination, flood regulation, fire prevention, erosion prevention) and cultural (e.g. aesthetic value, productquality, ecotourism) ecosystem services. Provisioning services usually exhibit negative correlations withcultural and regulating services so that trade-offs between stakeholders occur. Though win-wins are theexception, not the rule, case-studies from various European countries illustrate opportunities for win-winsin grassland-based systems. Analyzing the mechanisms involved in grazing management and acting on thespatial arrangement of practices to increase landscape heterogeneity can help reconciling production andbiodiversity. In order to create win-win situations, it is also necessary to take into account the point of viewof all stakeholders. Importantly, it should not be assumed that provisioning services must always dominateany other ecosystem services. Finally, prospective scenarios offer opportunities to quantify whether shifts inproduction systems or food choices are likely to lead to win-win solutions.
Published: 2016

22. Histone Deacetylases and Their Inhibition in Candida Species

Author: Cecile Garnaud, Morgane Champleboux, Daniele Maubon, Muriel Cornet, Jerome Govin, Thérapeutique Recombinante Expérimentale (TIMC-IMAG-TheREx), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université Grenoble Alpes - UFR Pharmacie (UGA UFRP), Université Grenoble Alpes (UGA), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Laboratoire Adaptation et pathogénie des micro-organismes [Grenoble] (LAPM), and Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Drug, Microbiology (medical), Tuberculosis, media_common.quotation_subject, Mini Review, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, lcsh:QR1-502, Virulence, Biology, Microbiology, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, HDAC inhibitors, In vivo, HDAC, Transcriptional regulation, medicine, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, media_common, Candida, Biofilm, Acetylation, medicine.disease, Chromatin, 3. Good health, 030104 developmental biology, Histone, biology.protein
Abstract: Fungi are generally benign members of the human mucosal flora or live as saprophytes in the environment. However, they can become pathogenic, leading to invasive and life threatening infections in vulnerable patients. These invasive fungal infections are regarded as a major public health problem on a similar scale to tuberculosis or malaria. Current treatment for these infections is based on only four available drug classes. This limited therapeutic arsenal and the emergence of drug-resistant strains are a matter of concern due to the growing number of patients to be treated, and new therapeutic strategies are urgently needed. Adaptation of fungi to drug pressure involves transcriptional regulation, in which chromatin dynamics and histone modifications play a major role. Histone deacetylases (HDACs) remove acetyl groups from histones and actively participate in controlling stress responses. HDAC inhibition has been shown to limit fungal development, virulence, biofilm formation, and dissemination in the infected host, while also improving the efficacy of existing antifungal drugs toward Candida spp. In this article, we review the functional roles of HDACs and the biological effects of HDAC inhibitors on Candida spp., highlighting the correlations between their pathogenic effects in vitro and in vivo. We focus on how HDAC inhibitors could be used to treat invasive candidiasis while also reviewing recent developments in their clinical evaluation.
Published: 2016

23. Fan-Beam Reconstruction Under Motion and Data Truncation: Comparing Analytic and Iterative Approaches

Author: Jan Hoskovec, Fabien Momey, Rolf Clackdoyle, Laurent Desbat, Simon Rit, Imagerie Tomographique et Radiothérapie, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé ( CREATIS ), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Léon Bérard [Lyon], Laboratoire Hubert Curien [Saint Etienne] ( LHC ), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut d'Optique Graduate School ( IOGS ), Gestes Medico-chirurgicaux Assistés par Ordinateur ( TIMC-IMAG-GMCAO ), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 ( TIMC-IMAG ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology ( Grenoble INP ) -IMAG-VetAgro Sup ( VAS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ) -Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology ( Grenoble INP ) -IMAG-VetAgro Sup ( VAS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), ANR-12-BS01-0018,DROITE,Dynamic Reconstruction of Region Of Interest Tomography. Theory and Experiments ( 2012 ), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire Hubert Curien [Saint Etienne] (LHC), Institut d'Optique Graduate School (IOGS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Gestes Medico-chirurgicaux Assistés par Ordinateur (TIMC-IMAG-GMCAO), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), ANR-12-BS01-0018,DROITE,Dynamic Reconstruction of Region Of Interest Tomography. Theory and Experiments(2012), Rit, Simon, BLANC - Dynamic Reconstruction of Region Of Interest Tomography. Theory and Experiments - - DROITE2012 - ANR-12-BS01-0018 - BLANC - VALID, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut d'Optique Graduate School (IOGS)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [ INFO.INFO-IM ] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Index Terms-Tomography, Dynamic Tomography, Region-Of-Interest Tomography, Tomography, [ SDV.IB.IMA ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging
Abstract: International audience; In this paper we propose comparisons and correlations between analytic and iterative fan-beam reconstruction approaches when object's rigid motion and data truncation occur during a circular scan. Based on our recent work presenting an exact analytic reconstruction method, we are able to predict the field of theoretically reconstructible points and transform the problem from a dynamic to a static point a view where the source trajectory is virtually modified taking into account the known rigid motion. We implement the iterative reconstruction as the convex minimization of a data-fidelity term under non-negativity constraint and regularization to solve this virtually static inverse problem. We compare the reconstructed field of view by the two methods on 2D fan-beam Shepp-Logan phantom simulations. Our results show that both methods validate the predicted reconstructible zone and are in good correlation in terms of reconstruction quality. The iterative reconstruction also demonstrates that in certain cases it is possible to recover structures beyond the analytic strict frontier of reconstructibilty.
Published: 2016

24. Les intermédiaires de la distribution dans la relocalisation des systèmes alimentaires : perspectives de recherche

Author: Baritaux, Virginie, Billion, Camille, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Mainet, Helene, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), UMR Territoires - Clermont Auvergne ( UMR Territoires ), AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne ( UCA ) -Institut national de la recherche agronomique [Auvergne/Rhône-Alpes] ( INRA Auvergne/Rhône-Alpes ), and Sciencesconf.org, CCSD
Subjects: SYAL, [SHS.GEO] Humanities and Social Sciences/Geography, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, détaillants, retailers, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, [SHS]Humanities and Social Sciences, local food networks 2, [ SDV.SA.AGRO ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, localized food systems, wholesalers, [ SHS ] Humanities and Social Sciences, grossistes, [SHS.GESTION]Humanities and Social Sciences/Business administration, circuits alimentaires de proximité, [SHS] Humanities and Social Sciences, [SHS.GESTION] Humanities and Social Sciences/Business administration, [SHS.ECO] Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: Agri-food systems re-localisation is considered a mean to foster regional sustainable development. We distinguish two main forms of re-localisation: localised food systems and local food networks. Whosalers and retailers are involved in these dynamics. However, they are neglected in literature as well as in public initiatives. The objective of the paper is twofold. First, a literature review shows the part the distribution intermediaries take in re-localisation of food chains. Second, we posit perspectives for future research about these issues., La relocalisation des systèmes agroalimentaires est perçue comme un outil au service du développement durable des territoires. On en distingue deux principales tendances : les initiatives de type « systèmes alimentaires localisés » (SYAL) et les « systèmes alimentaires de proximité ». Les intermédiaires de la distribution (détaillants, grossistes) qui participent largement à ces dynamiques sont pourtant souvent négligés tant dans la littérature que dans les initiatives des acteurs des territoires. Cette contribution vise à (1) montrer, à partir de la littérature, le rôle et la place des intermédiaires de la distribution dans les dynamiques de relocalisation des systèmes alimentaires ; (2) poser des perspectives de recherche sur ces questions
Published: 2016

25. Toward a Political Economy of Territorial License to Operate

Author: Berthome , Karim, CFort, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Estel, Fanny, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Political economy, [ SHS.ECO ] Humanities and Social Sciences/Economies and finances, [SHS.ECO] Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2016

26. Genomic rearrangements and functional diversification of lecA and lecB lectin-coding regions impacting the efficacy of glycomimetics directed against pseudomonas aeruginosa

Author: Rachel Tabaroni, Amine M. Boukerb, Anne Imberty, Loris Commin, Annabelle Varrot, Benoit Cournoyer, Aude Decor, Sébastien Vidal, Anne Doléans-Jordheim, Samuel Buff, Audric Rousset, Sébastien Ribun, Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Centre de recherches sur les macromolécules végétales ( CERMAV ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Chimie et Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires ( ICBMS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Interactions Cellules Environnement ( UR ICE ), VetAgro Sup ( VAS ), Chimie Organique 2-Glycochimie ( CO2GLYCO ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre de Recherches sur les Macromolécules Végétales (CERMAV), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Chimie Organique 2-Glycochimie (CO2GLYCO), Institut de Chimie et Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires (ICBMS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions Cellules Environnement - UR (ICE), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Centre de Recherches sur les Macromolécules Végétales (CERMAV ), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Anses project 'pyo-eau' of the 'Programme Environnement-Sante-Travail' (French Ministers in charge of ecological and environmental issues) 2011/1/137, CNRS, Universite Lyon 1, VetAgro Sup, Cluster 'Infectiology' of the Rhone-Alpes region, Labex IMU (Intelligence des Mondes Urbains) (France), French Fond Unique Interministeriel, FUI anti-pyo, Labex ARCANE ANR-11-LABX-0003-01, COST Action CM-1102, Conseil Regional Rhone-Alpes, and GDR Pseudomonas
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), glycan array, 030106 microbiology, lcsh:QR1-502, cytométrie de flux, Fucose binding, glycoclusters, Biology, medicine.disease_cause, PA7 clade, Microbiology, lcsh:Microbiology, pseudomonas aeruginosa, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, [ SDV.BBM.BC ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [ CHIM.ORGA ] Chemical Sciences/Organic chemistry, Genomic island, medicine, élément soluble, region of genomic plasticity (RGP), [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], crystallography, Prophage, Original Research, chemistry.chemical_classification, soluble lectins, PA7 glade, flow cytometry, Pseudomonas aeruginosa, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, Lectin, réarrangement génomique, Phenotype, Amino acid, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Crystallography, 030104 developmental biology, efficacité, chemistry, Biochemistry, Galactose, biology.protein, lectine
Abstract: International audience; LecA and LecB tetrameric lectins take part in oligosaccharide-mediated adhesion-processes of Pseudomonas aeruginosa. Glycomimetics have been designed to block these interactions. The great versatility of P. aeruginosa suggests that the range of application of these glycomimetics could be restricted to genotypes with particular lectin types. The likelihood of having genomic and genetic changes impacting LecA and LecB interactions with glycomimetics such as galactosylated and fucosylated calix[4]arene was investigated over a collection of strains from the main clades of P. aeruginosa. Lectin types were defined, and their ligand specificities were inferred. These analyses showed a loss of lecA among the PA7 clade. Genomic changes impacting lec loci were thus assessed using strains of this clade, and by making comparisons with the PAO1 genome. The lecA regions were found challenged by phage attacks and PAGI-2 (genomic island) integrations. A prophage was linked to the loss of lecA. The lecB regions were found less impacted by such rearrangements but greater lecB than lecA genetic divergences were recorded. Sixteen combinations of LecA and LecB types were observed. Amino acid variations were mapped on PAO1 crystal structures. Most significant changes were observed on LecBPA7, and found close to the fucose binding site. Glycan array analyses were performed with purified LecBPA7. LecBPA7 was found less specific for fucosylated oligosaccharides than LecBPAO1, with a preference for H type 2 rather than type 1, and Lewis(a) rather than Lewis(x). Comparison of the crystal structures of LecBPA7 and LecBPAO1 in complex with Lewis(a) showed these changes in specificity to have resulted from a modification of the water network between the lectin, galactose and GlcNAc residues. Incidence of these modifications on the interactions with calix[4]arene glycomimetics at the cell level was investigated. An aggregation test was used to establish the efficacy of these ligands. Great variations in the responses were observed. Glycomimetics directed against LecB yielded the highest numbers of aggregates for strains from all clades. The use of a PAO1ΔlecB strain confirmed a role of LecB in this aggregation phenotype. Fucosylated calix[4]arene showed the greatest potential for a use in the prevention of P. aeruginosa infections.
Published: 2016

27. Rôles, impacts et services issus des élevages en Europe. Rapport final

Author: Bertrand Dumont, Pierre Dupraz, Joël Aubin, Miroslav Batka, Diane Beldame, Jaume Boixadera, Alain Bousquet-Mélou, Marc Benoit, Zohra Bouamra-Mechemache, Vincent Chatellier, Michael Corson, Luc Delaby, Claire Delfosse, Catherine Donnars, Jean-Yves Dourmad, Michel Duru, Nadège Edouard, Estelle Fourat, Lise Frappier, Marine Friant-Perrot, Carl Gaigné, Agnès Girard, Jean-Luc Guichet, Nadia Haddad, Petr Havlik, Jonathan Hercule, Nathalie Hostiou, Olivier Huguenin-Elie, Katja Klumpp, Alexandra Langlais, Servane Lavenant, Sophie Le Perchec, Olivier Lepiller, Elodie Letort, Fabrice Levert, Bruno Martin, Bertrand Méda, Elise Line Mognard, Christian Mougin, Carlos Ortiz, Laurent Piet, Thierry Pineau, Julie Ryschawy, Rodolphe Sabatier, Stéphane Turolla, Isabelle Veissier, Etienne Verrier, Dominique Vollet, Hayo van der Werf, Aurélie Wilfart, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), International Institute for Applied Systems Analysis (IIASA), Chercheur indépendant, Gouvernement de Catalogne, ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Toulouse School of Economics (TSE-R), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Laboratoire d'Études Rurales (LER), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes (UAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Centre d'Etude et de Recherche Travail Organisation Pouvoir (CERTOP), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Droit et changement social (DCS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes - UFR Droit et Sciences Politiques (UFR DSP), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Université de Nantes (UN), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre Amiénois de Recherche en Education et Formation - UR UPJV 4697 (CAREF), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Agroscope, Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial (UREP), Institut de l'Ouest : Droit et Europe (IODE), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions (EVA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Normandie Université (NU), DIST Délégation Information Scientifique et Technique (DV-IST), Université de Toulouse (UT), Unité de Recherches Avicoles (URA), Taylor’s University, Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Département Santé Animale (DEPT SA), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt, Commanditaire : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (France), Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Partenaires : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (MAAF), Ministère de l'Environnement, de l'Energie et de la Mer (MEEM), Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Toulouse School of Economics (TSE), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Isara, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Nantes - UFR Droit et Sciences Politiques (UFR DSP), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), UR 0874 Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial (UREP)-Ecologie des Forêts, Prairies et milieux Aquatiques (EFPA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Taylor's University, École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Prospective (PROSPECTIVE), UMR : AGroécologie, Innovations, TeRritoires, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes (UN), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Recherches Avicoles (SRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires ( SMART ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), International Institute for Applied Systems Analysis ( IIASA ), Indépendant, ToxAlim ( ToxAlim ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Toulouse School of Economics ( TSE ), Toulouse School of Economics, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Laboratoire d’études rurales, EA 3728 LER - Institut des sciences de l’Homme, Université Lumière (Lyon 2) ( UL2 ), Unité Prospective ( PROSPECTIVE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Centre d'Etude et de Recherche Travail Organisation Pouvoir ( CERTOP ), Université Toulouse - Jean Jaurès ( UT2J ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Institut national universitaire Champollion - Albi ( INU Champollion ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Droit et changement social ( DCS ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Nantes ( UN ), Université de Nantes ( UN ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques ( BIPAR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort-AFSSA-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut de l'Ouest : Droit et Europe, UMR 6262 IODE, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions ( EVA ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Normandie Université ( NU ), DIST Délégation Information Scientifique et Technique ( DV-IST ), Université de Toulouse, Recherches Avicoles ( SRA ), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes ( ECOSYS ), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Département Santé Animale ( DEPT SA ), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires ( SADAPT ), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, and Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA )
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, 030309 nutrition & dietetics, évaluation, [ SHS.DROIT ] Humanities and Social Sciences/Law, 03 medical and health sciences, [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, [ SHS.ECO ] Humanities and Social Sciences/Economies and finances, appraisement, service, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, 0303 health sciences, [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, indicator, [SHS.PHIL]Humanities and Social Sciences/Philosophy, [ SHS.SOCIO ] Humanities and Social Sciences/Sociology, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, élevage, [ SHS.PHIL ] Humanities and Social Sciences/Philosophy, impact, expertise, impact économique, impact sur l'environnement, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, europe, indicateur
Abstract: Rapport de l’Expertise scientifique collective réalisée par l’INRA à la demande des ministères en charge de l'Ecologie et de l'Agriculture, et de l'Ademe; Rôles, impacts et services issus des élevages en Europe. Rapport final
Published: 2016

28. Rôles, impacts et services issus des élevages en Europe. Synthèse de l’expertise scientifique collective

Author: Bertrand Dumont, Pierre Dupraz, Joel Aubin, Marc Benoit, Vincent Chatellier, Zohra Bouamra-Mechemache, Luc Delaby, Claire Delfosse, Jean-Yves Dourmad, Michel Duru, Lise Frappier, Marine Friant-Perrot, Carl Gaigné, Agnès Girard, Jean-Luc Guichet, Petr Havlik, Nathalie Hostiou, Olivier Huguenin-Elie, Katja Klumpp, Alexandra Langlais, Servane Lavenant, Sophie Le Perchec, Olivier Lepiller, Bertrand Méda, Julie Ryschawy, Rodolphe Sabatier, Isabelle Veissier, Etienne Verrier, Dominique Vollet, Isabelle Savini, Jonathan Hercule, Catherine Donnars, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire d'Études et de Recherches en Economie (LERECO CEDRAN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Toulouse School of Economics (TSE), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), UMR : AGroécologie, Innovations, TeRritoires, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Université de Nantes (UN), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), International Institute for Applied Systems Analysis (IIASA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Agroscope, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut de l'Ouest : Droit et Europe (IODE), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions (EVA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Normandie Université (NU), DIST Délégation Information Scientifique et Technique (DV-IST), Centre d'Etude et de Recherche Travail Organisation Pouvoir (CERTOP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Recherches Avicoles (SRA), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Collège de Direction, Unité Prospective (PROSPECTIVE), auto-saisine, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), UR 0874 Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial (UREP)-Ecologie des Forêts, Prairies et milieux Aquatiques (EFPA), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Unité de Recherches Avicoles (URA), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Collège de Direction (CODIR), Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes (UAR), Commanditaire : (France), Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Partenaires : Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (MAAF), Ministère de l'Environnement, de l'Energie et de la Mer (MEEM), Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Amiénois de Recherche en Education et Formation - UR UPJV 4697 (CAREF), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial (UREP), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Toulouse School of Economics (TSE-R), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires ( SMART ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), Laboratoire d'Études et de Recherches en Economie ( LERECO CEDRAN ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Toulouse School of Economics ( TSE ), Toulouse School of Economics, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Université Lumière (Lyon 2) ( UL2 ), Université de Nantes ( UN ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), International Institute for Applied Systems Analysis ( IIASA ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherche sur l'Ecosystème Prairial, IODE, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions ( EVA ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Normandie Université ( NU ), DIST Délégation Information Scientifique et Technique ( DV-IST ), Centre d'Etude et de Recherche Travail Organisation Pouvoir ( CERTOP ), Université Toulouse - Jean Jaurès ( UT2J ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Institut national universitaire Champollion - Albi ( INU Champollion ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Recherches Avicoles ( SRA ), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires ( SADAPT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ), and Unité Prospective ( PROSPECTIVE )
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, cultural inheritance, nitrogen, service écosystémique, labour, patrimoine culinaire, droit de l'environnement, [ SHS.ECO ] Humanities and Social Sciences/Economies and finances, phosphorus, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, gastronomie régionale, azote, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, climat, market, patrimoine culturel, expertise collective, [SHS.PHIL]Humanities and Social Sciences/Philosophy, système d'élevage, [ SHS.SOCIO ] Humanities and Social Sciences/Sociology, marché, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, élevage, phosphore, évaluation de l'impact environnemental, [ SHS.PHIL ] Humanities and Social Sciences/Philosophy, travail, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, europe
Abstract: À la demande des ministères en charge de l’Écologie et de l’Agriculture, et de l’Ademe, l’Inra a conduit une expertise scientifique collective sur les systèmes d’élevage européens et leurs produits. Leurs rôles, leurs impacts économiques, sociaux et environnementaux, ainsi que les services marchands ou non marchands qu’ils rendent à la société ont été analysés sur la base d’un important travail de synthèse bibliographique internationale. Les résultats, qui suggèrent aussi des leviers d’action pour les différents systèmes d’élevage, sont présentés et mis en débat lors d’un colloque le 30 novembre 2016 à Paris.
Published: 2016

29. Régulation des émotions chez l'animal d'élevage : focus sur les acteurs neurobiologiques

Author: Menant, Ophélie, Destrez, Alexandra, Deiss, Veronique, Boissy, Alain, Delagrange, P., Calandreau, Ludovic, Chaillou-Sagon, Elodie, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Servier, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] ( PRC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), and VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], [SCCO.NEUR]Cognitive science/Neuroscience, émotion, animal d'élevage, réponse émotionnelle, neuron, comportement animal, neurobiologie, [ SCCO.NEUR ] Cognitive science/Neuroscience, neurone, Neurosciences (Sciences cognitives), [ SDV.OT ] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Autre (Sciences du Vivant), Neuroscience
Abstract: La question des émotions des animaux d’élevage s’inscrit dans la volonté d’améliorer les conditions d’élevage en prenant en compte leur bien-être. La genèse des émotions repose sur la capacité cognitive des individus à percevoir, évaluer et réagir à leur environnement. La capacité de perception met en jeu différentes sensorialités et participe à la reconnaissance des éléments de l’environnement de l’animal sans nécessairement déclencher d’émotions. Les situations déclenchantes d’émotion les plus étudiées chez les animaux d’élevage sont la nouveauté, la séparation sociale ou la présence d’un être humain. De plus, les réactions émotionnelles, évaluées par les réponses comportementales, endocriniennes et neurovégétatives sont modulées par le genre, l’état physiologique ou certaines hormones comme la mélatonine. Les structures cérébrales du réseau neuronal des émotions sont impliquées dans la perception et le traitement des informations de l’environnement, et/ou dans l’expression des réponses émotionnelles. Chez les animaux d’élevage, les structures cérébrales les plus étudiées sont le système olfactif pour la perception, le cortex frontal et l’amygdale pour le traitement des informations, le noyau paraventriculaire de l’hypothalamus pour les réponses endocriniennes. D’autres travaux suggèrent le rôle potentiel de structures du tronc cérébral dans les réponses neurovégétatives et de la substance grise périaqueducale dans les réponses comportementales et plus largement dans les stratégies d’adaptation. En perspective, il est maintenant nécessaire d’étudier l’impact de l’expérience précoce sur le développement du réseau neuronal des émotions et de mieux comprendre la part de l’évaluation cognitive dans la genèse des émotions., The interest for emotion in farm animals is motivated by the aim to improve welfare in livestock production. The study of emotions is based on the cognitive capacities of animals to perceive, evaluate and react to their environment. The perception capacity involves different senses, allows the animal to recognize its environment, and not necessarily induces emotion. Emotions are induced by specific situations as novelty, social separation or predator. Moreover, emotional reactions, evaluated by behavioural, endocrine and neurovegetative responses, are modulated by gender, physiological state or some hormones such as melatonin. The brain structures of the neuronal network of emotions are involved in perception, integrative levels and expression of emotional responses. In farm animals, the most studied brain structures are those of the olfactory system for perception, the frontal cortex and amygdala for integration of the environment, the paraventricular nucleus of the hypothalamus for endocrine responses. Other studies hypothesize the role of the brainstem nuclei in neurovegetative responses, and those of the periaqueductal grey for its putative role in behavioural responses and more generally in the coping strategy. In perspective, it is necessary to better understand the development of the neuronal network of emotions in farm animals, especially the effect of early experience, and the cognitive evaluation involved in emotion.
Published: 2016

30. Development of an ecofriendly anticoagulant rodenticide based on the stereochemistry of difenacoum

Author: Isabelle Fourel, Etienne Benoit, Florence Popowycz, Marlène Damin-Pernik, Hervé Caruel, Stéphane Besse, Bernadette Espana, Virginie Lattard, Liphatech, Rongeurs Sauvages, Risques Sanitaires et Gestion des Populations - UR 1233 (RS2GP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Chimie Organique et Bioorganique (COB), Institut de Chimie et Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires (ICBMS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bpi France [ISI] I1301001W, Rongeurs Sauvages – Risques Sanitaires et Gestion des Populations, INRA, VetAgro Sup ( USC1233/RS2GP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Chimie Organique et Bioorganique ( COB ), Institut de Chimie et Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires ( ICBMS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Pathogènes émergents et rongeurs sauvages ( USC1233/PERS ), Université de Lyon-VetAgro Sup ( VAS ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Vitamin K, Difenacoum, Stereochemistry, medicine.drug_class, [SDV]Life Sciences [q-bio], Pharmaceutical Science, antivitamine k, 010501 environmental sciences, Pharmacology, 4-Hydroxycoumarins, Vitamin k, 01 natural sciences, Rats sprague dawley, Rats, Sprague-Dawley, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, [ SDV.BBM.BC ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Isomerism, [ CHIM.ORGA ] Chemical Sciences/Organic chemistry, medicine, Animals, antivitamin k, Rodenticide, 0105 earth and related environmental sciences, Epoxide Hydrolases, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], rongeur, Anticoagulant, rodent, Anticoagulants, Rodenticides, rodenticide anticoagulant, Rats, 3. Good health, 030104 developmental biology, chemistry, Vitamin K epoxide reductase, Half-Life
Abstract: International audience; Difenacoum, an antivitamin K anticoagulant, has been widely used as rodenticide to manage populations of rodents. Difenacoum belongs to the second generation of anticoagulant, and, as all the molecules belonging to the second generation of anticoagulant, difenacoum is often involved in primary poisonings of domestic animals and secondary poisonings of wildlife by feeding contaminated rodents. To develop a new and ecofriendly difenacoum, we explored in this study the differences in properties between diastereomers of difenacoum. Indeed, the currently commercial difenacoum is a mixture of 57% of cis-isomers and 43% of trans-isomers. Cis- and trans-isomers were thus purified on a C18 column, and their respective pharmacokinetic properties and their efficiency to inhibit the coagulation of rodents were explored. Tissue persistence of trans-isomers was shown to be shorter than that of cis-isomers with a half-life fivefold shorter. Efficiency to inhibit the vitamin K epoxide reductase activity involved in the coagulation process was shown to be similar between cis- and trans-isomers. The use of trans-isomers of difenacoum allowed to drastically reduce difenacoum residues in liver and other tissues of rodents when the rodent is moribund. Therefore, secondary poisonings of wildlife should be decreased by the use of difenacoum largely enriched in trans-isomers.
Published: 2016

31. La diversité de l’élevage ovin dans les territoires

Author: Cournut, Sylvie, Rapey, Hélène, Mainet, Helene, Mutations des activités, des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et forêts (CEMAGREF)-ENITA Clermont-AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Mutations des activités, des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-ENITA Clermont-CEMAGREF-UR MECF, UMR Territoires - Clermont Auvergne ( UMR Territoires ), AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne ( UCA ) -Institut national de la recherche agronomique [Auvergne/Rhône-Alpes] ( INRA Auvergne/Rhône-Alpes ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)
Subjects: [SDV.SA.AGRO] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, [ SDV.SA.AGRO ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2016

32. Caractérisation de la robustesse des vaches laitières

Author: Blanc , Fabienne, Ingrand , Stéphane, OLLION , Emilie, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut supérieur d'agriculture et d'agroalimentaire Rhône-Alpes (I.S.A.R.A.), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Institut Supérieur d'Agriculture et d'Agroalimentaire Rhône-Alpes (ISARA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut supérieur d'agriculture et d'agroalimentaire Rhône-Alpes (ISARA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Institut Supérieur d'Agriculture et d'Agroalimentaire Rhône-Alpes ( ISARA )
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], vache laitière, [SDV]Life Sciences [q-bio], système d'élevage, dairy cows, robustness, robustesse
Abstract: Caractérisation de la robustesse des vaches laitières. Réseau Santé Animale Elevage Bio (SAEB)
Published: 2016

33. Assessing the diversity of trade-offs between life functions in early lactation dairy cows

Author: J.M. Trommenschlager, Luc Delaby, Stéphane Ingrand, S. Colette-Leurent, Fabienne Blanc, E. Ollion, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Agro-Systèmes Territoires Ressources Mirecourt (ASTER Mirecourt), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), ISARA-Lyon, Domaine Expérimental du Pin (DEP), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Agro-Systèmes Territoires Ressources Mirecourt ( ASTER Mirecourt ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), and Domaine expérimental animal du Pin ( SEA )
Subjects: 0301 basic medicine, media_common.quotation_subject, Yield (finance), [SDV]Life Sciences [q-bio], Ice calving, Biology, Trade-off, multi-trait, 03 medical and health sciences, Lactation, medicine, media_common, trade-off, 2. Zero hunger, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], General Veterinary, business.industry, dairy cow, Trade offs, 0402 animal and dairy science, food and beverages, 04 agricultural and veterinary sciences, 040201 dairy & animal science, Breed, Biotechnology, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, Animal Science and Zoology, Reproduction, business, Diversity (business), cluster analysis
Abstract: This study objective was to develop a method to characterize the diversity of trade-offs between life functions expressed by dairy cows. Trade-offs between life functions involve adaptive responses of dairy cows to suboptimal nutritional environments. Until now, they have been explored mainly by examining unfavorable correlations between two traits. These two-trait approaches are limiting for exploring the diversity of trade-offs among cows. A multi-trait and dynamic method was developed to phenotype trade-offs between life functions involved in cow fitness (lactation, reproduction, and ability to survive) and explore their diversity. Records from 334 lactating cows reared in two experimental INRA (France) units were used to study the dynamics of cow milk yield, body condition changes and reproduction performance. The analysis focused on the first 13 weeks postpartum, when cows are supposed to experience a negative energy balance. Ten variables accounting for the dynamics of responses were calculated and included in a clustering analysis. Four main clusters of trade-offs were obtained. Profile 1 of trade-off (N=53) included cows giving priority to lactation and mobilizing much of their body fat reserves, with poor reproductive performance. Trade-off profile 2 (N=111) identified cows mobilizing much of their body fat reserves, giving priority to reproduction at the expense of high milk yield. Trade-off profile 3 (N=67) consisted of thin cows presenting difficulties in all functions: a large body-reserve mobilization after calving that does not benefit to milk yield and long delays before reproducing and low success rates. Profile 4 of trade-off (N=103) was composed of cows with no trade-off between functions, since they recorded average milk yield, maintained their body condition and had good reproductive performances. Our approach highlighted the relevance of considering the three life functions simultaneously when phenotyping dairy cows for their ability to manage prioritization between life functions and this multi-trait clustering approach represents an operational tool to do so, using readily available farm data. Since classification of cows into clusters is not fully determined by the breed or parity, our study underlined also the utility of better understanding the mechanisms that drive nutrient allocation between life functions. We also believe in the benefit of considering this individual diversity, as a herd management tool for farmers.
Published: 2016

34. Modelling pollution-generating technologies in performance benchmarking: Recent developments, limits and future prospects in the nonparametric framework

Author: K Hervé Dakpo, Philippe Jeanneaux, Laure Latruffe, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), UMR 1302 Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), Région Auvergne, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires ( SMART ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), and Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech
Subjects: Productive efficiency, Information Systems and Management, General Computer Science, Computer science, weak-G disposability, 020209 energy, [SDV]Life Sciences [q-bio], bad outputs, by-production, 02 engineering and technology, Management Science and Operations Research, Industrial and Manufacturing Engineering, 0502 economics and business, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Data envelopment analysis, Production (economics), 050207 economics, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Management science, 05 social sciences, Nonparametric statistics, Benchmarking, 13. Climate action, weak disposability, Modeling and Simulation, data envelopment analysis
Abstract: This article is a critical review of methods integrating environmental aspects into productive efficiency. We describe the classic modelling approach relying on the weak disposability assumption, and explain the major recent developments around the inclusion of undesirable outputs in production technology modelling, namely the materials balance principles and the weak G-disposability, the by-production modelling and the cost disposability assumption, and the unified model under natural and managerial disposability concepts. We discuss the limits inherent in each methodology and suggest future research perspectives.
Published: 2016

35. Penser les effets de la participation sur l'action publique à partir de ses impensés

Author: Alice Mazeaud, Marie-Hélène Sa Vilas Boas, Guy-El-Karim Berthomé, Laboratoire d'Analyses de l'Action Publique et de l'Europe (LASAPE), Université de La Rochelle (ULR), Croyance, Histoire, Espace, Régulation Politique et Administrative (CHERPA), Aix Marseille Université (AMU)-Institut d'Études Politiques [IEP] - Aix-en-Provence, CFort, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Institut d'Études Politiques [IEP] - Aix-en-Provence-Aix Marseille Université (AMU), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), La Rochelle Université (ULR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Laboratoire d'Analyses de l'Action Publique et de l'Europe ( LASAPE ), Université de La Rochelle ( ULR ), Croyance, Histoire, Espace, Régulation Politique et Administrative ( CHERPA ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut d'Études Politiques [IEP] - Aix-en-Provence, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: vision séquentielle, [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, effet, 05 social sciences, 0211 other engineering and technologies, 021107 urban & regional planning, [ SHS.SOCIO ] Humanities and Social Sciences/Sociology, 02 engineering and technology, [SHS.SCIPO]Humanities and Social Sciences/Political science, 0506 political science, décision, 050602 political science & public administration, participation, [SHS.GESTION]Humanities and Social Sciences/Business administration, [ SHS.GESTION ] Humanities and Social Sciences/Business administration, [ SHS.SCIPO ] Humanities and Social Sciences/Political science, action publique, ACLN, tropisme procédural
Abstract: Cet article propose un bilan critique de la littérature en science politique, sociologie et économie-gestion portant sur les effets des dispositifs participatifs sur la décision et l'action publiques. Il souligne combien la vision séquentielle, qui sous-tend les analyses sur les effets de la participation, explique les difficultés récurrentes à rendre compte de l'influence de la participation sur l'action publique. Ainsi, une vision renouvelée de l'action publique, et la clarification systématique de l'analyse conduite (liens de causalité étudiés, variables saisies, éléments de contexte distinctifs), apparaissent comme les conditions nécessaires pour repenser collectivement les liens entre participation et action publique.
Published: 2012

36. Mobilisation des races, d'ici ou d'ailleurs, en vue de l'adaptation des activités d'élevage

Author: Couix, Nathalie, Gaillard, Claire, Lauvie, Anne, Mugnier, Sylvie, Verrier, Etienne, UMR : AGroécologie, Innovations, TeRritoires, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Systèmes d’ELEvage, Coordination, Territoires (Select), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Les travaux présentés ici ont été financés par le projet « Organismes et Organisations Localement Adaptés » (O2LA) du programme ANR Systerra ainsi que par le projet COOPIGEN du Métaprogramme INRA SELGEN, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux ( UMR SELMET ), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ), Systèmes d’ELEvage, Coordination, Territoires ( Select ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Les travaux présentés ici ont été financés par le projet « Organismes et Organisations Localement Adaptés » (O2LA) du programme Systerra ainsi que par le projet COOPIGEN du Métaprogramme INRA SELGEN, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). FRA., ANR-09-STRA-0009,O2LA,Organismes et Organisations Localement Adaptés(2009), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)
Subjects: races locales, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, grand ouest, adaptation, activités d’élevage, théorie de l’enquête, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology
Abstract: Session V-SP5-2. Session spéciale : Génétique et santé animaleSession V-SP5-2. Session spéciale : Génétique et santé animale; National audience; Depuis toujours, les activités d’élevage se transforment de manière plus ou moins visible, à des rythmes plus ou moins soutenus, en lien avec l’environnement dans lequel elles s’inscrivent. Avec la montée en puissance d’enjeux exprimés en termes de développement durable ou plus récemment d’agro-écologie, et la mise en œuvre de politiques publiques spécifiques, on assiste à de multiples transformations, légères ou en profondeur, des systèmes d’élevage déjà en place. De même, les modalités d’installation ainsi que les conceptions du travail et de l’agriculture qui les sous-tendent évoluent. Parmi ces transformations, certaines concernent très directement les races animales mobilisées et les savoirs et savoir-faire qui leurs sont associés. Cette communication propose une interprétation de la mobilisation de races, d’ici ou d’ailleurs, dans le développement de systèmes alternatifs et plus généralement dans les processus d’adaptation des activités d’élevage. Nous y analysons deux cas différents de transformations au sein du bassin laitier du Grand Ouest de la France en nous appuyant sur un cadre conceptuel inspiré d’un courant de la philosophie pragmatiste. Un premier cas correspond à des éleveurs qui substituent à leurs vaches de race Holstein des vaches appartenant à des races extérieures à la région, la Montbéliarde ou la Simmental Française. Le second cas est celui d’éleveurs bretons qui font le choix de s’installer avec une race locale à petits effectifs, la Bretonne Pie Noir. Nous interprétons la mobilisation de races « d’ici ou d’ailleurs » comme la mobilisation de ce qui apparait à un moment donné comme une ressource à des éleveurs pour adapter leurs activités d’élevage à leur environnement local et que de par leurs activités ils contribuent à transformer, plus ou moins en profondeur, leur environnement local.
Published: 2015

37. The World Health Organization (WHO) dataset for guiding suicide prevention policies: A 3-decade French national survey

Author: Godin, O., Gaman, A., Richieri, R., Vidalhet, P., Girerd, N., Aouizerate, B., Berna, F., Blanc, O., Bulzacka, E., Capdevielle, D., Chereau, I., Chesnoy-Servanin, G., Danion, M., d'Amato, T., Deloge, A., Delorme, C., Denizot, H., Depradier, M., Dorey, M., Dubertret, C., Dubreucq, J., Faget, C., Fluttaz, C., Fonteneau, S., Gabayet, F., Giraud-Baro, E., Hardy-Bayle, M., Lacelle, D., Lancon, C., Laouamri, H., Leboyer, M., Le Gloahec, T., Le Strat, Y., Metairie, E., Misdrahi, D., Offerlin-Meyer, I., Passerieux, C., Peri, P., Pires, S., Portalier, C., Rey, R., Roman, C., Sebilleau, M., Schandrin, A., Schürhoff, F., Tessier, A., Tronche, M., Urbach, M., Vaillant, F., Vehier, A., Vidailhet, P., Vila, E., Yazbek, H., Zinetti-Bertschy, A., de Chazeron, I., Pereira, B., Chéreau-Boudet, I., Durif, F., Lemaire, J., Brousse, B., Ulla, M., Derost, P., Debilly, B., Llorca, M., Fond, Guillaume, Zendjidjian, Xavier, Boucekine, Mohamed, Brunel, Lore, Llorca, Pierre-Michel, Boyer, Laurent, Fondation FondaMental [Créteil], Departement de Psychiatrie, Hôpital de la Conception [CHU - APHM] (LA CONCEPTION ), Neuropsychologie Cognitive et Physiopathologie de la Schizophrénie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Civil de Strasbourg, Biostatistiques santé, Département biostatistiques et modélisation pour la santé et l'environnement [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université Montpellier 1 (UM1), Centre Hospitalier le Vinatier [Bron], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud ), Hopital Louis Mourier - AP-HP [Colombes], Institut de Recherches sur les lois Fondamentales de l'Univers (IRFU), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, ONERA - The French Aerospace Lab [Toulouse], ONERA, Centre Hospitalier d'Annecy, Centre hospitalier d'Annecy, IHU-LIRYC, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-CHU Bordeaux [Bordeaux], Neuro-Psycho Pharmacologie des Systèmes Dopimanégiques sous-corticaux - Clermont Auvergne (NPsy-Sydo), CHU Clermont-Ferrand-Université Clermont Auvergne (UCA), Biostatistiques, Inferential, Laboratoire de Chimie Physique D'Orsay (LCPO), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie du Développement de Marseille (IBDM), Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Centre d'études et de recherche sur les services de santé et la qualité de vie (CEReSS), Aix Marseille Université (AMU), Laboratoire de l'intégration, du matériau au système (IMS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé Publique et maladies Chroniques : Qualité de vie Concepts, Usages et Limites, Déterminants (SPMC), and Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)
Subjects: Gerontology, Male, Suicide Prevention, medicine.medical_specialty, Time Factors, Adolescent, Databases, Factual, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Population, Poison control, World Health Organization, Suicide prevention, Sex Factors, Surveys and Questionnaires, Health care, Medicine, Humans, Mortality, education, Health policy, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Aged, education.field_of_study, [SDV.NEU.PC]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Psychology and behavior, business.industry, Mortality rate, Public health, Health Policy, [SCCO.NEUR]Cognitive science/Neuroscience, Age Factors, [SDV.NEU.SC]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Cognitive Sciences, Middle Aged, Psychiatry and Mental health, Clinical Psychology, Suicide, Health promotion, Socioeconomic Factors, Female, France, business, Demography
Abstract: Background Public health policies aim to prevent suicide in the general population. Assessing their effectiveness is required to further guide public health policies. The present article focuses on the French paradox. The French health care system was classified as the best in the world according the World Health Organization (WHO). However, suicide rates in France remain high compared to other European countries. The aim of the present article was to analyze (i) the evolution of suicide Age-Standardized Death (ASDRs) in France during the last three decades and the associations with socio-economic parameters and (ii) to understand which populations may specifically benefit from further targeted suicide prevention policies. Methods The database of the World Health Organization (WHO), freely available, was explored in April 2015. ASDRs were calculated each year by ratio between the number of deaths by suicide and the total population (per 100,000 inhabitants). Number of deaths by gender and age were also analyzed. Results Overall, ASDR suicide has decreased since 1987 in France (−32.8% between 1987 and 2010). However, France kept the same rank (10/26) when compared to other European countries between 1987 and 2010. The relative burden of suicide in all-causes mortality increased during the same period (+28.2%) while the total number of deaths by suicide increased only slightly (+3.9%). More specifically, the number of deaths by suicide increased substantially in [35–54] years old (+40%) and 75+ years old (+27%) males, and in [35–54] (+41%) years old females. Between 2000 and 2010, suicide rates significantly decreased when yearly mean income increased, and when general and psychiatric care beds decreased. Conclusion Although ASDR suicide has decreased in France since 1987, this decline is quite modest when considering its universal access to care, the prevention of depression and suicide public policies. Suicide prevention public policies should focus on evaluation and improvement of prevention and care in the [35–54] years old population, and in the males aged 75+.
Published: 2015

38. Evaluation de la robustesse des vaches laitières : entre aptitudes biologiques des animaux et stratégies de conduite des éleveurs

Author: OLLION, Emilie, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique (France). Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores (Clermont-Ferrand, Puy-de-Dôme), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, Fabienne Blanc, Stéphane Ingrand, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Trade-offs, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Points de vue des éleveurs, Dairy farmer points of view, Robustesse, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Animal-system balance, Réponse adaptative, Adéquation animal-système, Dairy cow, Adaptive response, Robustness, Vache laitière, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: Agroecological livestock farming systems have to be able to adapt to environmental variability because they are designed to maximize the use of local resources and minimize the use of inputs. The animal component of livestock farming systems could represent a lever to adapt to environmental disturbances and contribute to systems durability. Thus, producing scientific knowledge allowing the selection of robust animals, able to maintain and maintain their performances in a fluctuating environment is one main stake for farming system research. Few methods have been developed to assess robustness in farm animals, and the only operational measurement (reaction norm) that relies only on the analysis of one function at a given time is currently turned into question. This thesis objective is to propose an operational assessment framework of robustness, that is to say, usable on the field. To that end, we focused on the dairy cow model and carried two complementary approaches, one based on the analysis of data collected from INRA experimental units, aiming at assessing biological aptitudes of dairy cows to manage trade-offs between function (lactation, reproduction and survival) in stable and disturbed environments. The second approach is based on data collected during interviews with dairy farmers in order to characterize their management strategies (objectives and performance thresholds) associated with the search of the animal-system balance contributing to animals’ robustness. Finally, a synthesis integrated the respective inputs of the two approaches in the assessment framework of robustness, in order to make it usable by actors from research, farms and development. This operational framework suggests that robustness of dairy cows should be assessed by comparing biological aptitudes of the animals expressed in a given environment, with the management strategies of farmers. It requires, 1/ to characterized productive trajectories of dairy cows including trade-offs between function in stable and disturbed environment, 2/ to compare them with performance objective and thresholds of farmers, 3/ to analyze the balance between the performances profiles expressed by the animal and the profiles of performances prioritization of farmers, 4/ account for complementarities between animals to step up to the herd level. Animals’ fitness indicators (longevity, number of descendants) are used to validate the analysis; Les systèmes d’élevage répondant aux principes de l’agroécologie doivent pouvoir s’adapter aux variations de leur environnement, en particulier parce qu’ils sont pensés pour maximiser l’utilisation des ressources locales et minimiser l’utilisation d’intrants. La composante animale des systèmes d’élevage peut dans ce contexte représenter un levier d’adaptation aux perturbations de l’environnement et contribuer à la pérennité des systèmes. Ainsi, produire des connaissances qui permettront de sélectionner des animaux robustes c’est-à-dire capables de se maintenir et de maintenir leurs performances dans un environnement changeant est actuellement un objectif prioritaire de la recherche en zootechnie. Peu de méthodes d’évaluation scientifique de la robustesse des animaux d’élevage ont été développées, et la seule méthode opérationnelle à ce jour, basée sur l’étude statique d’une seule fonction (l’approche norme de réaction) est remise en question. L’objectif de cette thèse est de proposer un cadre d’évaluation opérationnel de la robustesse, c’est-à-dire utilisable en élevage. Dans ce but, nous nous sommes focalisés sur le modèle vache laitière et avons mené deux démarches complémentaires, l’une basée sur l’analyse de données issues de fermes expérimentales de l’INRA et visant à évaluer les aptitudes biologiques des vaches à gérer les compromis (trade-offs) entre fonctions biologiques (lactation, reproduction et survie) en environnement stable puis perturbé. La seconde démarche est basée sur des enquêtes auprès d’éleveurs laitiers en vue de caractériser les stratégies de conduite (objectifs et seuils de performances) qui relèvent de la recherche d’adéquation animal-système et contribue à la robustesse des animaux. Enfin un travail de synthèse a permis d’intégrer les contributions respectives des deux approches dans la conception du cadre d’évaluation de la robustesse, ceci afin qu’il puisse être manipulable par l’ensemble des acteurs de la recherche, du terrain et du développement. Ce cadre opérationnel propose que la robustesse des vaches laitières soit évaluée en confrontant les aptitudes biologiques des animaux exprimées dans un environnement donné, aux stratégies de conduite des éleveurs. Pour ce faire, il convient 1/ de caractériser les trajectoires productives des vaches laitières sur la base de l’expression des compromis entre fonctions biologiques en situation stable et perturbée, 2/ de les confronter aux objectifs et les seuils de performances des éleveurs, 3/ d’analyser l’adéquation entre les profils de performances exprimés par l’animal et les profils de priorisation des performances des éleveurs, 4/ de prendre en compte les complémentarités entre animaux pour passer au niveau troupeau. Des indicateurs de fitness des animaux (longévité, nombre de descendants dans le troupeau) permettent de valider cette analyse.
Published: 2015

39. Quel rôle pour une organisation territoriale dans l’opérationnalisation du développement durable autour de la RSE et de la norme ISO 26000 ? - L’action du Parc Naturel Régional du Livradois-Forez (Auvergne, France)

Author: Marsat, Jean-Bernard, Diemer, Arnaud, Trognon, Laurent, EIDER, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Triangle : action, discours, pensée politique et économique (TRIANGLE), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Sciences Po Lyon - Institut d'études politiques de Lyon (IEP Lyon), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CFort, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Sciences Po Lyon - Institut d'études politiques de Lyon (IEP Lyon), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Triangle : action, discours, pensée politique et économique ( TRIANGLE ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Lumière - Lyon 2 ( UL2 ) -Sciences Po Lyon - Institut d'études politiques de Lyon ( IEP Lyon ), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sciences Po Lyon - Institut d'études politiques de Lyon (IEP Lyon), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), and Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech
Subjects: Développement durable, Organisation territoriale, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [ SHS.GEO ] Humanities and Social Sciences/Geography
Abstract: International audience
Published: 2015

40. Strategies to improve livestock system robustness: moving toward diversity

Author: Blanc-Vazeille, Fabienne, Ollion, Emilie, Dumont, Bertrand, Ingrand, Stéphane, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), and VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: diversification agricole, productivité, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], système d'élevage, Agroécologie, robustesse, environnement, diversité
Abstract: Métaprogramme INRA « Adaptation au Changement Climatique de l’Agriculture et de la Forêt » (ACCA F); absent
Published: 2015

41. Update on epidemiology of canine babesiosis in Southern France

Author: Jeanne Chêne, Gilles Bourdoiseau, Magalie René-Martellet, Claire Valiente Moro, Patrick Mavingui, Luc Chabanne, Jeune Equipe Hémopathogènes Vectorisés, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical (PIMIT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IRD-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de La Réunion (UR), Merial (Lyon, France), CNRS, Jeune équipe Hémopathogènes vectorisés, Université de Lyon-VetAgro Sup ( VAS ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical ( PIMIT ), Université de la Réunion ( UR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IRD-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), ProdInra, Archive Ouverte, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IRD-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)
Subjects: tique, Veterinary medicine, Time Factors, [SDV.BA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Rhipicephalus sanguineus, Tick, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, caractérisation moléculaire, molecular characterization, dermacentor reticulatus, Dogs, Dermacentor reticulatus, Babesiosis, Biologie animale, Theileria, parasitic diseases, medicine, Animals, rhipicephalus sanguineus, Dog Diseases, sud de la france, Animal biology, General Veterinary, biology, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, canine babesiosis, General Medicine, biology.organism_classification, medicine.disease, veterinary(all), détection pcr rflp, 3. Good health, Canis, babesia canis, chien, Babesia, Babesia canis, epidemiology, France, babesiose, Research Article, babesia vogeli
Abstract: Background: Canine babesiosis is an emerging or re-emerging disease caused by Babesia and Theileria protozoans, also called piroplasms, transmitted by Ixodid ticks. In Europe, four etiological agents have been identified to date, namely Babesia canis, B. vogeli, B. gibsoni and Theileria annae. France has a high prevalence of canine babesiosis and two tick species, Dermacentor reticulatus and Rhipicephalus sanguineus, are supposed to transmit B. canis and B. vogeli respectively. In southern France, where dog infections with B. vogeli were recently confirmed, no comprehensive study was performed to date on piroplasm species infecting dogs. Thus, a large scale survey involving veterinary clinics, kennels and tick collection from the environment was conducted from 2010 to 2012 in this area. Results: From 2010 to 2012, 140 dog blood samples and 667 ticks were collected. All blood and a subset of ticks were screened for the presence of piroplasms by PCR amplification of 18S rDNA. B. vogeli, B. canis and T. annae were detected in 13.6, 12.9 and 0.7 % dogs respectively. B. vogeli and B. canis were detected in 10.5 % and in 1.6 % R. sanguineus ticks including 1.3 % co-infections. B. canis was the only species detected in D. reticulatus ticks (9.7 %). B. canis infections were only recorded in the southwest of France whereas B. vogeli was mainly found in the southeast. Finally, a significantly higher prevalence of B. vogeli infection was found in Gard compared to Corsica and Drme regions, both in dogs (p < 0.002) and R. sanguineus ticks (p < 0.02) although R. sanguineus was the main ticks species removed from dogs in those three areas. Conclusions: The survey confirmed the circulation of both B. canis and B. vogeli in dogs in southern France with differences in distribution probably linked to the distribution of their respective vectors. It also showed differences in prevalence of B. vogeli infection in areas similar in terms of risk of dogs infestation with R. sanguineus. Further studies focusing on genetic and microbiota of R. sanguineus ticks should be conducted to explore other biological interactions that may explain the differences observed.
Published: 2015

42. Conséquences de l’élevage de précision sur le travail, les compétences et les relations homme-animal

Author: Hostiou, Nathalie, Fagon, Jocelyn, Chauvat, Sophie, Turlot, Amélie, Kling, Florence, Boivin, Xavier, Allain, Clément, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de l'élevage (IDELE), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut d'Agriculture et d'Elevage de Mongolie Intérieure, Sylvie Chastant-Maillard, Marie Saint-Dizier, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Institut de l'Elevage, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre Wallon de Recherches Agronomiques ( CRA-W ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Conséquences de l’élevage de précision sur le travail, les compétences et les relations homme-animal
Published: 2015

43. Accompagner le partenariat acteurs-chercheurs. Une approche par les situations de gestion

Author: Trognon, Laurent, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Estel, Fanny, CFort, AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Programme de recherche PSDR Auvergne 2007-2011,financé par l'INRA, le CEMAGREF et le Conseil Régional d'Auvergne, Projet IngeTerr, Programme PSDR3, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech
Subjects: [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, [SHS.SOCIO] Humanities and Social Sciences/Sociology, [SHS.GESTION]Humanities and Social Sciences/Business administration, [ SHS.SOCIO ] Humanities and Social Sciences/Sociology, situation de gestion, [ SHS.GESTION ] Humanities and Social Sciences/Business administration, COM, [SHS.GESTION] Humanities and Social Sciences/Business administration, Partenariat, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Accompagnement
Abstract: National audience
Published: 2015

44. Incidence des organisations urbaines sur le microbiote des eaux de ruissellement et la dissémination de formes pathogènes

Author: Marti, Romain, Michalon, Jérôme, Jean-Yves, Toussaint, LIPEME KOUYI, Gislain, Marjolet, Laurence, Gleizal, Audrey, Claire, Bernardin, Blaha, D., Barraud, Sylvie, Ribun, S, Aubin, Jean-Baptiste, Sophie, Vareilles, COURNOYER, Benoit, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre Max Weber (CMW), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Laboratoire de Génie Civil et d'Ingénierie Environnementale (LGCIE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Déchets Eaux Environnement Pollutions (DEEP), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Probabilités, statistique, physique mathématique (PSPM), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnement Ville Société (EVS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Camille Jordan (ICJ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Centre Max Weber ( CMW ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Lumière - Lyon 2 ( UL2 ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Laboratoire de Génie Civil et d'Ingénierie Environnementale ( LGCIE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), VetAgro Sup ( VAS ), Microbiologie, adaptation et pathogénie ( MAP ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Déchets Eaux Environnement Pollutions ( DEEP ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] ( ICJ ), École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Environnement Ville Société ( EVS ), and École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Lumière - Lyon 2 ( UL2 ) -Université Jean Moulin - Lyon III-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -École Nationale des Travaux Publics de l'État ( ENTPE ) -Ecole Nationale Supérieure des Mines de Saint-Etienne-École nationale supérieure d'architecture de Lyon ( ENSAL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon )
Subjects: [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, Contamination, [ SHS.SOCIO ] Humanities and Social Sciences/Sociology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

45. La modélisation pour concevoir et évaluer des expérimentations 'système'. Exemple du modèle Ostral en production ovine allaitante

Author: Benoit, Marc, Tournadre, Hervé, Laignel, Gabriel, Hostiou, Nathalie, Thomas, Yoan, Prache, Sophie, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), UE 1354 Unité d'expérimentation sur les Ruminants de Theix, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage ( PHASE ) -Unité d'expérimentation sur les Ruminants de Theix ( UE RT ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité d'expérimentation sur les Ruminants de Theix, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). FRA. Institut de l'Elevage (IDELE), FRA., ProdInra, Archive Ouverte, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (PHASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Unité d'expérimentation sur les Ruminants de Theix (UE RT), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, expérimentation système, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, modélisation, ovins
Abstract: Systemic approach experiments are implemented in experimental devices to study the functioning and performances of atypical or innovative farming systems. The parallel use of models has many advantages: in ex-ante use, they can be used to test hypotheses in the frame of coherent systems from flock functioning for example. Ex-post, they can allow correcting some unavoidable experimental "bias" in this type of device, and extrapolating the performances in non-experimental situations while assessing structural cost on commercial farm size. There can be various performance criteria: technical, economic, environmental, labor. Ostral was used in such an experiment on an INRA farm in Auvergne. It was thus possible to compare two sheep breeding systems cancelling the effects of fodder purchases; it was also possible to assess performance by increasing three-fold the size of the flocks. Nevertheless, it is necessary to identify the limits of such a tool, especially for quantitative and qualitative variability of forage resources throughout the year. In addition, some effects are difficult to assess during a change of scale, for example the size of batches of grazing animals regarding the size of the paddocks., Des expérimentations de type système sont développées dans des domaines expérimentaux pour étudier le fonctionnement et les performances de systèmes d’élevage atypiques ou innovants. L’utilisation en parallèle de modèles présente de nombreux atouts : en utilisation ex-ante, ils permettent de tester des hypothèses dans le cadre de systèmes cohérents d’un point de vue zootechnique (fonctionnement du troupeau par exemple). Ex-post, ils peuvent permettre d’une part de corriger certains biais expérimentaux incontournables dans ce type dispositif, d’autre part d’extrapoler les performances à des situations non expérimentales tout en évaluant les charges de structures sur des dimensions de fermes commerciales. Les critères de performances peuvent être de divers niveaux : techniques, économiques, environnementaux, travail. Ostral a été utilisé dans le cadre d’une telle expérimentation sur un domaine Inra auvergnat. Il a ainsi été possible de comparer deux systèmes d’élevage ovin en cherchant à annuler les incidences de l’achat de fourrages; il a aussi été possible d’évaluer les performances en augmentant d’un facteur trois la taille des troupeaux Néanmoins, il est nécessaire d’identifier les limites d’un tel outil, en particulier concernant la variabilité quantitative et qualitative des ressources fourragères tout au long de l’année. Certains effets restent toutefois difficiles à évaluer lors d’un changement d’échelle, tel que la taille des lots d’animaux au pâturage vis-à-vis du dimensionnement des parcelles
Published: 2014

46. Les impacts du campagnol terrestre sur les systèmes fourrragers : le cas de l’élevage bovin allaitant en Bourgogne

Author: Destrez, Alexandra, PERROT, ELODIE, Granger, Sylvie, Gaillard, Claire, Michelin, Yves, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Systèmes d’ELEvage, Coordination, Territoires ( Select ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Ecole Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles de Clermont-Ferrand ( ENITAC ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], water vole, système fourrager, integraded control, type of management, vegetation, pratiques des agriculteurs, Bourgogne, bromadiolone, campagnol terrestre, Arvicola terrestris, permanent pasture, production fourragère, pesticide, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], forage production, prairie, suckling cattle, prairie permanente, lutte raisonnée, farmers'practices, degât, mode d'exploitation, forage system, grassland, déprédateur, Burgundy, damage, bovin allaitant, depredator
Abstract: International audience; Do vole outbreaks have the same effects on suckler beef farms in Burgundy as they do on daily farms in Auvergne and Franche-Comte? Semi-structured interviews were carried out with 19 farmers from Burgundy who had been affected by a water vole outbreak in 2011. The results indicate that, just like farmers in Auvergne and Franche-Comte, farmers in Burgundy witnessed a decrease in forage quantity and quality. Farmers used diverse measures to deal with the outbreak (e.g., avoidance strategies or the use of bromadiolone). Farmers that described water voles as pests were more likely to have used bromadiolone, while those who described water voles in morphological terms or in terms of their role in agricultural systems were less likely to have used bromadiolone. Farmers in Burgundy do not seem concerned by the possibility of future water vole outbreaks and are unfamiliar with the measures that can be used to control voles between outbreaks.
Published: 2014

47. Évaluation quantitative de la robustesse des vaches et du troupeau laitier : quels principes retenir ?

Author: OLLION, Emilie, Delaby, Luc, Ingrand, Stéphane, Puillet, Laurence, Blanc, Fabienne, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants (MoSAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants ( MoSAR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: absent
Published: 2014

48. Selective BET bromodomain inhibition as an antifungal therapeutic strategy

Author: Marie Courçon, Charles E. McKenna, Murielle Chauvel, Jérôme Govin, Morgane Champleboux, Danièle Maubon, Flore Mietton, Didier Spittler, Christophe d'Enfert, Ninon Zala, Boris A. Kashemirov, Cécile Garnaud, Carlo Petosa, Muriel Cornet, Michael B. Harbut, Yingsheng Zhou, Mitchell V. Hull, Elena Ferri, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biosciences et de Biotechnologies de Grenoble (ex-IRTSV) (BIG), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Department of Chemistry, University of Southern California (USC), Institut de Biologie et Pathologie, CHU Grenoble, California Institute for Biomedical Research - calibr, Scripps Research Institute, Biologie et Pathogénicité fongiques, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Thérapeutique Recombinante Expérimentale (TIMC-IMAG-TheREx), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), This work used the platforms of the Grenoble Instruct Center (ISBG: UMS 3518 CNRS-CEA-UJF-EMBL) with support from FRISBI (ANR-10-INSB-05-02) and GRAL (ANR-10-LABX-49-01) within the Grenoble Partnership for Structural Biology. We acknowledge the European Synchrotron Radiation Facility for provision of synchrotron radiation facilities and thank EMBL and ESRF staff for assistance at beamlines ID23-2, ID29 and ID30A-1, particularly M. Bowler and D. de Sanctis. We thank Myriam Ferro and Christophe Bruley for their general support, Sandrine Miesch-Fremy and Marie Arlotto for technical support, Joanna Timmins for access to and help with the CLARIOstar plate reader, Inah Kang for administrative support and EDyP team members for scientific discussions. This work was supported by grants from the FACE foundation (Partner University Fund to C.E.M. and C.P.), the National Institutes of Health (1R21AI113704 to C.E.M.), the Agence Nationale de Recherche (ANR-14-CE16-0027-01 (FungiBET) to C.P., J.G. and M.Co., ANR-11-PDOC-011-01 (EpiGam) to J.G., ANR-10-INBS-08 (ProFI) to J.G., ANR-10-LABX-62-IBEID to C.D.), the EU FP7 Marie Curie Action (Career Integration Grant 304003 to J.G.) aswell as by the USC Dornsife College of Letters, Arts and Sciences (E.F. and C.E.M.), a Chateaubriand Fellowship (E.F.) and a FINOVI fellowship from the Region Rhone Alpes, France (M.Cham.)., ANR-14-CE16-0027,FungiBET,Etude d'une nouvelle cible thérapeutique anti-fongique potentielle: structure, fonction et inhibition des bromodomaines BET fongiques(2014), ANR-10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), ANR-11-PDOC-0011,EpiGam,Epigénétique et dynamique chromatinienne des gamètes : modèle 'spores de levure' et protéomique(2011), ANR-10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), The Scripps Research Institute [La Jolla, San Diego], Biologie et Pathogénicité fongiques (BPF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Pasteur [Paris], Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), ANR: FungiBET,ANR-14-CE16-0027-01, ANR-10-INBS-05-01/10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), ANR-10-LABX-0049/10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), ANR-11-PDOC-0011,EpiGam,Epigénétique et dynamique chromatinienne des gamètes : modèle spores de levure et protéomique(2011), ANR-10-INBS-08-01/10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010), ANR-10-LABX-0062/10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), This work was supported by grants from the FACE foundation (Partner University Fund to C.E.M. and C.P.), the National Institutes of Health (1R21AI113704 to C.E.M.), the Agence Nationale de Recherche (ANR-14-CE16-0027-01 (FungiBET) to C.P., J.G. and M.Co., ANR-10-LABX-62-IBEID to C.D.), the EU FP7 Marie Curie Action (Career Integration Grant 304003 to J.G.) as well as by the USC Dornsife College of Letters, Arts and Sciences (E.F. and C.E.M.), a Chateaubriand Fellowship (E.F.) and a FINOVI fellowship from the Région Rhône Alpes, France (M.Cham.)., ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010), European Project: 304003,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2011-CIG,EPIGAM2(2012), McKenna, Charles E., Govin, Jérôme, Petosa, Carlo, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA), Thomas, Frank, Appel à projets générique - Etude d'une nouvelle cible thérapeutique anti-fongique potentielle: structure, fonction et inhibition des bromodomaines BET fongiques - - FungiBET2014 - ANR-14-CE16-0027 - Appel à projets générique - VALID, Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée - - FRISBI2010 - ANR-10-INBS-0005 - INBS - VALID, Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology - - GRAL2010 - ANR-10-LABX-0049 - LABX - VALID, Retour Post-Doctorants - Epigénétique et dynamique chromatinienne des gamètes : modèle 'spores de levure' et protéomique - - EpiGam2011 - ANR-11-PDOC-0011 - RPDOC - VALID, Infrastructure Française de Protéomique - - ProFI2010 - ANR-10-INBS-0008 - INBS - VALID, and Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID
Subjects: 0301 basic medicine, Models, Molecular, Antifungal Agents, Pyridines, Antifungal drug, General Physics and Astronomy, Gene Expression, Protein-Degradation, Plasma protein binding, [CHIM.THER]Chemical Sciences/Medicinal Chemistry, Pharmacology, Crystallography, X-Ray, Salt Stress, Protein Structure, Secondary, Benzodiazepines, Mice, Small-Molecule Inhibitors, Candida albicans, Validation, Molecular Targeted Therapy, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, Fungal protein, Multidisciplinary, Crystallography, biology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Candidiasis, hemic and immune systems, Acetylation, Azepines, Corpus albicans, Recombinant Proteins, Chromatin, 3. Good health, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Protein Binding, [SDV.BBM.BS] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], [CHIM.THER] Chemical Sciences/Medicinal Chemistry, Science, 030106 microbiology, Virulence, chemical and pharmacologic phenomena, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Histone Deacetylases, Fungal Proteins, 03 medical and health sciences, Species Specificity, Candida-Albicans, Animals, Humans, Saccharomyces-Cerevisiae, Protein Interaction Domains and Motifs, Amino Acid Sequence, Binding Sites, Sequence Homology, Amino Acid, General Chemistry, Triazoles, biology.organism_classification, In vitro, Bromodomain, 030104 developmental biology, Immunology, Azabicyclo Compounds, Sequence Alignment, Transcription Factors
Abstract: Invasive fungal infections cause significant morbidity and mortality among immunocompromised individuals, posing an urgent need for new antifungal therapeutic strategies. Here we investigate a chromatin-interacting module, the bromodomain (BD) from the BET family of proteins, as a potential antifungal target in Candida albicans, a major human fungal pathogen. We show that the BET protein Bdf1 is essential in C. albicans and that mutations inactivating its two BDs result in a loss of viability in vitro and decreased virulence in mice. We report small-molecule compounds that inhibit C. albicans Bdf1 with high selectivity over human BDs. Crystal structures of the Bdf1 BDs reveal binding modes for these inhibitors that are sterically incompatible with the human BET-binding pockets. Furthermore, we report a dibenzothiazepinone compound that phenocopies the effects of a Bdf1 BD-inactivating mutation on C. albicans viability. These findings establish BET inhibition as a promising antifungal therapeutic strategy and identify Bdf1 as an antifungal drug target that can be selectively inhibited without antagonizing human BET function.
Published: 2017

49. Proteomic consequences of expression and pathological conversion of the prion protein in inducible neuroblastoma N2a cells

Author: Stéphane Roche, Manuela Pastore, Monique Provansal, Sandrine Alais, Maxime Belondrade, Danielle Casanova, Pascal Leblanc, Sylvain Lehmann, Otto Windl, Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Plateforme de Protéomique Clinique, CHU Saint-Eloi, Institut de génétique humaine (IGH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), EFS, Oncogenèse rétrovirale – Retroviral Oncogenesis, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup (VAS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup (VAS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut NeuroMyoGène (INMG), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pôle Protéome de Montpellier (PPM), Université de Montpellier (UM), Institut de recherche en biothérapie (IRB), Université Montpellier 1 (UM1)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), European Project, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Larose, Catherine, and Food CT 2004 506579, European Netword of Excellence of Neuroprion - INCOMING
Subjects: Cell Extracts, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, PrPSc Proteins, animal diseases, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Vimentin, [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], Proteomics, Biochemistry, Mice, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, MESH: Cell Extracts, [SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], Electrophoresis, Gel, Two-Dimensional, MESH: Animals, Peptide-mass fingerprint, Endoplasmic Reticulum Chaperone BiP, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, mass spectrometry, 0303 health sciences, biology, MESH: Proteomics, MESH: PrPSc Proteins, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Infectious Diseases, 2D-PAGE, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Protein folding, HSP60, Signal transduction, Research Paper, Gene isoform, MESH: Cell Line, Tumor, Blotting, Western, Models, Biological, prion, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, neuroblastoma, proteomics, Cell Line, Tumor, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Animals, chaperones, MESH: Blotting, Western, PrPC Proteins, MESH: PrPC Proteins, MESH: Mice, 030304 developmental biology, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, MESH: Models, Biological, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Cell Biology, MESH: Electrophoresis, Gel, Two-Dimensional, Molecular biology, MESH: Neuroblastoma, nervous system diseases, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, biology.protein, Calreticulin, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: International audience; Neurodegenerative diseases are often associated with misfolding and deposition of specific proteins in the nervous system. The prion protein, which is associated with transmissible spongiform encephalopathies (TSEs), is one of them. The normal function of the cellular form of the prion protein (PrP(C)) is mediated through specific signal transduction pathways and is linked to resistance to oxidative stress, neuronal outgrowth and cell survival. In TSEs, PrP(C) is converted into an abnormally folded isoform, called PrP(Sc), that may impair the normal function of the protein and/or generate toxic aggregates. To investigate these molecular events we performed a two-dimensional gel electrophoresis comparison of neuroblastoma N2a cells expressing different amounts of PrP(C) and eventually infected with the 22L prion strain. Mass spectrometry and peptide mass fingerprint analysis identified a series of proteins with modified expression. They included the chaperones Grp78/BiP, protein disulfide-isomerase A6, Grp75 and Hsp60 which had an opposite expression upon PrPC expression and PrP(Sc) production. The detection of these proteins was coherent with the idea that protein misfolding plays an important role in TSEs. Other proteins, such as calreticulin, tubulin, vimentin or the laminin receptor had their expression modified in infected cells, which was reminiscent of previous results. Altogether our data provide molecular information linking PrP expression and misfolding, which could be the basis of further therapeutic and pathophysiological research in this field.
Published: 2014

50. L’innovation dans les territoires de faible densité

Author: Vanessa, Cordoba, Planchat, Claire, Talandier, Magali, CFort, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Pacte, Laboratoire de sciences sociales, Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 ( UPMF ) -Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Sciences Po Grenoble - Institut d'études politiques de Grenoble ( IEPG ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), CGET - commissariat à l'égalité des territoires, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Pacte, Laboratoire de sciences sociales (PACTE), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Sciences Po Grenoble - Institut d'études politiques de Grenoble (IEPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Sciences Po Grenoble - Institut d'études politiques de Grenoble (IEPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)
Subjects: [SHS.ARCHI]Humanities and Social Sciences/Architecture, space management, [ SHS.ARCHI ] Humanities and Social Sciences/Architecture, space management, faible densité, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, innovation, ruralité, [ SHS.GEO ] Humanities and Social Sciences/Geography
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