Search

İnsan toplumsal bir varlıktır. Bu nedenle toplum içinde yaşar ve toplumsal iş bölümüne dayalı olarak varlığını devam ettirir. İnsanın toplum içinde nizami olarak yaşabilmesi bir takım kurallara uymasıyla mümkündür. İnsanın olduğu her yerde kurallar ve hukuk kuralları vardır. Kurallar, insanın ve toplumun değişmesiyle değişirler. Zira toplumun ihtiyaçlarına cevap vermesi hukukun doğası gereğidir. Devlet toplum sözleşmesiyle kurulan ve bireylerin toplumda barış içinde yaşamak için güç kullanma yetkilerini devrettikleri, hukuk ile sınırlı bir aygıttır. Devletin hukuk devleti olması, hukukun içinde kalması ve hukukun üstünlüğünü tanımasıyla mümkündür. Yargıda reformun ülkemizde tartışılmadığı ve gündeme gelmediği bir dönem neredeyse yoktur. Hukukun toplumsal ihtiyaçlara cevap vermek için reforma tabi tutulması elbette bir gerekliliktir. Ancak, salt mevzuat değişiklikleri hukuk reformu için yeterli olmayabilir. Zira hukuk sadece mevzuat değildir. Mevzuatı somut vakaya uygulayıp, hukuksal sorunu çözen yargıcın verdiği karar da hukuka dahildir. Hukukun üstünlüğünün tanınmadığı, hukuk devleti ilkesinin devletin en ince kılcal damarlarına kadar içselleştirilmediği bir düzlemde yargıda reformun hukuku adalete yaklaştıracak bir rol icra edebilmesi oldukça zordur. Buradan hareketle yargının adaleti tesis edebilmesinde ve toplumsal ihtiyaçlara cevap verebilmesinde bir zihniyet ve algı reformuna ihtiyaç duyulmaktadır

Terör örgütleri, terör eylemleriyle ulaşmak istedikleri maksatların ve bu maksatlara ulaşmak için kullandıkları yöntemlerin ve yine sahip oldukları ideolojilerin toplumda kabul görmesini, ve bu fikirlerin yayılmasını istemektedirler. Dolayısıyla bu propaganda, terörle mücadelede bir engel olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu kapsamda devletlerin bahsi edilen `propaganda` yöntemlerine terörle mücadele anlamında müdahale etmesi için yasal bir zeminin oluşturulması gerekmektedir.Terör örgütünün propagandası suçu 3713 sayılı Terörle Mücadele Yasası'nın 7/2. maddesinde tanzim edilmiştir. İfade özgürlüğüne kamu toritesi tarafından yapılan her müdahale bu özgürlüğün alanını sınırlayacaktır. Ancak sınırsız bir özgürlük alanının aslında özgürlükleri ortadan kaldıracak bir kaos durumunu ortaya çıkaracağı düşünüldüğünde özgürlüklerin belirli ilkeler ışığında sınırlanması hak ve özgürlüklerin korunması açısından elzemdir. Bu çerçevede Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi sınırlamanın kanun ile olması, meşru ve haklı bir sebebinin olması, demokratik bir toplumda gerekli ve ölçülü olması gerektiğini belirtmiş, bu kriterlere uymayan müdahalenin özgürlüğü kısıtladığını ve hakkı ihlal ettiğini vurgulamıştır. Çalışmamızın birinci bölümünde terör, terörizm, terör örgütü, propaganda kavramlarının üzerinde durulacaktır. İkinci bölümünde ise terör örgütünün propagandası suçu genel olarak açıklanmış, benzer suçlarla mukayese edilerek ortaya konulmuş, Terörle Mücadele Yasasında yapılan değişikliklere değinilmiştir. Suçun unsurları, suça etki eden nedenler, suçun özel görünüş biçimleri, suçun yaptırımı ve infazına ilişkin özellikler ile soruşturma ve kovuşturmaya ilişkin özellikler sırasıyla açıklanmış ve çalışma sonuç kısmıyla bitirilmiştir. Terrorist organizations, via terrorist acts, seek to achieve their objectives, legitimize their methods and diffuse their ideologies. Therefore, propaganda issue appears as an obstacle in fight against terrorism. The crime of terrorist organization propaganda has been legislated in article 7/2 of the Anti-terror Act. Every intervention carried out by the public authority against the freedom of expression will limit the scope of this freedom. Taking note that a limitless freedom will in fact only destruct the freedoms and will cause chaos, limitation of freedoms in line with some principles is necessary to preserve the rights and freedoms. Within this framework the ECHR underlines that the limitation shall be made through law, there should be a legitimate and righteous reason, the limitation shall be necessary and proportional in a democratic society, any intervention which does not fit these criterion will obstruct this freedom and violate this right.In the first part of our study, terror, terrorism, terrorist organization, freedom of expression and propaganda notions will be analyzed. In the second part, the crime of terrorist organization propaganda has been explained in general terms, it has been compared with similar crimes and modifications made to the Anti-terror Act are explained. Aspects of the crime, reasons affecting the crime, special appearance types of the crime, sanctions of the crime and particularities regarding its execution, investigation and prosecution aspects are explained in an order and the study has been finalized with the conclusion part. 142

Amaç: Hipermetilatör fenotipi, hem akut miyeloid lösemi (AML)hem de diğer tümörler için bir terim olarak kullanılır. On geninmetilasyon durumlarını analiz ettik (DAP-kinaz, SOCS1, ER, p15,Ecadherin, RARβ, p16, GSTP1, HIC1 ve p73) ve bunları DNA metiltransferazların (DNMT’ler) ifadesiyle korele ettik.Gereç ve Yöntem: 25 pediatrik ve 25 yetişkin AML örneğinde metilasyon spesifik PCR ve COBRA ve DNMT’lerin (DNMT 1, 3A ve 3B)ekspresyonunu kullanarak metilasyon profillerini analiz ettik.Bulgular: ER, SOCS1, p15, E cadherin ve RARB genleri, aynı hastalarda ve metilasyon fenotipinin üyeleri arasında önemli ölçüdebirlikte metillendi.Sonuç: Çalışmamız, DNMT3A geninin dramatik bir şekilde yukarıregüle edildiğini ve metilasyon fenotipi ile anlamlı şekilde koreleolduğunu gösterdi., Objectives: The hypermethylator phenotype is used as a term forboth acute myeloid leukemia (AML) and other tumors. We analyzed the methylation statuses of ten genes (DAP-kinase, SOCS1,ER, p15, Ecadherin, RARβ, p16, GSTP1, HIC1 and p73) and correlated them with the expression of DNA methyltransferases (DNMTs).Material and Method: We analyzed the methylation profiles usingmethylation specific PCR and COBRA and the expression of DNMTs(DNMT 1, 3A and 3B) by quantitative RT-PCR in 25 pediatric and 25adult AML samples.Results: The ER, SOCS1, p15, E cadherin, and RARB genes methylated together significantly in the same patients and members ofthe methylator phenotype.Conclusion: Our study demonstrated that the gene DNMT3A wasdramatically upregulated and significantly correlated with themethylator phenotype.

The availability of Internet has accorded people with the opportunity to get education via Distance Learning. Universities, companies even people have their own online teaching tools. Indeed, learners or people who have business with these institutions want to know the quality of their services and how successful they are. This reason is vital to the institutions in getting ranked and rated in our competitive and challenging world. According to many research works measurement of student performance has a great value to rate and rank educational institutions. In this approach we develop a new measuring methodology of student performance for Distance Learning Institutions based on fuzzy logic. We divided Student Performance into major and additional factors. Major factor contains four sub-parameters and additional consists of three sub-parameters. In our view, it is very necessary to scale these seven factors to be able to get accurate results. The nature of fuzzy logic makes scaling easy to the above mentioned parameters which could lead to the achievement of the expected outcomes and result. However, essence of fuzzy logic cannot be over emphasized.Keywords: Student Performance Evaluation, Fuzzy Logic, Fuzzy Operators and Reasoning, Linguistic Variables and Rules, Membership Function.

Amaç: Bu çalışmada video yardımıyla minimal invazif yöntemle yapılan mitral kapak ve atriyal septal defekt (ASD) kapatılması ameliyatlarının erken dönem sonuçları değerlendirildi. Yöntem: Ocak - Aralık 2002 tarihleri arasında video yardımıyla 8 ASD 'nin kapatılması, 38 mitral kapak değişimi ve 16 mitral kapak tamiri ameliyatları gerçekleştirildi (n=62). Bu ameliyatlara ek olarak 31 hastada atriyal fibrilasyon tedavisi için radyofrekans ablasyon işlemi, 7 hastada triküspit kapak tamiri ameliyatları yapıldı. ASD grubunda yaş ortalaması 27 ±10 iken mitral kapak değişimi grubunda 51,8± 11 ve mitral kapak tamiri grubunda 48.2+12.5 idi. ASD grubunda kadın/erkek oranı 6/2 iken mitral kapak değişimi grubunda 28/10, mitral kapak tamiri grubunda 10/6 idi. Ortalama ejeksiyon fraksiyonu (EF) %45±7 idi. Perkutan internal juguler ven, femoral ven kanülasyonu ve femoral arter kanülasyonu ile kardiyapulmoner bypass' a geçildi. Ameliyatlar 5mm-lik endoskop yardımı ile 4-6 cm-lik sağ anterolateral mini torakotomiden gerçekleştirildi. Aort transtorasik aort klempi (Chitwood) ile klemplendi ve kardiak koruma için antegrad kan kardioplejisi kullanıldı. Bulgular: ASD grubunda iskemi süresi 39.1 ± 14.2 dak iken mitral kapak değişimi grubunda 102.2+29.4 dak ve mitral tamir grubunda 111 .1 ± 23.3 dak idi. ASD grubunda pompa süresi 93.3 ±24. l dak iken mitral kapak değişimi grubunda 158+30.8 dak ve mitral kapak tamir grubunda 166.6+24. 1 dak idi. Yoğun bakımda ve hastanede kalış süreleri ASD grubunda 1 ile 5±0.9 gün, mitral kapak değişimi grubunda l .7+1.2 ile7. l ±1 .2 gün, mitral kapak tamiri grubunda 1,8 ± 1.3 ile 8 ±I .7 gün idi. Mitral kapak tamiri yapılan bir hasta akciğer enfeksiyonu nedeni ile kaybedildi. (% l .6). Miyokard enfarktüsü, nörolojik hadise ve periferik kanülasyona bağlı komplikasyon gözlenmedi. Kanama nedeni ile 2 hasta (% 3.2) revizyona alındı. Uygulanan prosedüre bağlı herhangi bir komplikasyon gözlenmedi. Ameliyat sonunda vapılan transözofajial ekokardiografik tetkiklerde kapak tamiri yapılan 14 vakada kaçak yokken, iki vakada minimal kaçak mevcuttu. ASD grubunda ve mitral kapak replasınanı yapılan grubda kaçak tespit edilmedi. Sonuç: Video yardımı ile minimal invazif mitral kapak ve ASD 'nin kapatılması ameliyatları güvenli ve iyi sonuçlar göstermektedir. Hasta konforunun iyi olması, kozmetik yönü ve sonuçlarının güvenilir olması nedeııivle bu tekniğin belli hasta grubunda tercih edilebileceği düşünülebilir. Objective: This study was conducted to evaluate early results of video-assisted minimally invasive atrial septal defect closure and mitral valve surgery operations. Material and Methods: Between January and December 2002, 8 atrial septal defect (ASD) closure, 38 mitral valve replacementand 16 mitral valve repair operations were performed (n=62). The concomitant procedures were radiofrequency ablation procedure for the treatment of atrial fibrillation (n=31 ) and tricuspid valve repair (n=7). The mean age of the patients wax 27+10, J years in ASD group, 51.8±11 years in mitral valve replacement group, 48.2+12.5 years in mitral valve repair group. The female / male ratio was 6/2 in ASD group, 28/10 in mitral valve replacement group and 10/6 in mitral valve repair group. Mean ejection fraction was 45±7 %. Cardiopulmonary bypass was initiated via femoral artery, femoral vein, percutaneous juguler vein cannulation Procedures were performed through a 4-6 cm. anterolateral right mini thoracotomy incision with the assistance of 5 mm. endoscope. Aorta was cross-clamped using a transthoracic clamp (Chitwood), and cardioplegic arrest was achieved via antegrade blood cardioplegia. Results:. Ischemic time was 39.1±14.2 minutes in ASD group, I02.2±29.4 minutes in mitral valve replacement group, and 111.1 ±23.3 minutes in mitral valve repair group. Total CPB time was 93.3+24.1 minutes in ASD group, whereas I58+30.8 minutes in mitral valve replacement group and 166.6+24.1 minutes in mitral valve repair group. Intensive care unit and hospital stay were I and 5 ±0.9 days for ASD group, respectively, 1.7+1.2 and 7.1+1.2 days in mitral valve replacement group and 1.8±l .3 and 8+1.7 days in mitral valve repair group. There was only one mortality due to pulmonary infection (1.6%). Myocardial infarction, neurological event or complication due to cannulation were not observed. There were 2 reoperations due to bleeding (3.2%). There were no procedure related complications. Transesophageal echocardiography at the end of the operation revealed competent mitral valves with no insufficiency in 14 patients and minimal regurgitation in two patients in the repair group and no leakage in ASD closure and mitral valve replacement group. Conclusion: Video assisted minimally invasive valve and ASD closure operations could be performed safely and efficiently. This technique provides better cosmetic and reliable surgical results with superior patient satisfaction. We can recommend this technique in selected group of patients.

We aimed to show conventional coronary sinus (CS) catheter could be used with transesophageal echocardiography (TEE) guidance through the limited surgical field in aortic valve surgery with 'J' sternotomy. This method was performed in 14 patients and completed successfully in 12. We believe that in minimally invasive aortic valve surgery the insertion of the conventional retrograde cardioplegia catheter to the CS with routine way may not be possible but application of TEE guidance is cost-effective and easily applicable method without significant complications.

&nbsp

Bu çalışmada arılar ve karıncalar gibi sosyal canlıların kolektif davranışlarından birebir ilham alınarak tasarlanan ağ yönlendirme algoritmaları incelenip özellikleri ele alınmıştır.Biyolojik sistemlerden esinlenen yönlendirme algoritmaları son 10 yılda geliştirilmiştir. Günümüz ve gelecek nesil ağların mevcut zorluklarla mücadele edebilmesinde, ilham alınan biyolojik sistemlerden aktarılan otonomi, kendi kendine organizasyon, uyarlanabilirlik, sağlamlık ve ölçeklenebilirlik karakteristik özellikler bu algoritmaları güçlendirmektedir.Çalışmada kablolu ve kablosuz ağları farklı sınıflar olarak göz önünde bulundurup her bir sınıf için literatürde yer alan karınca ve arı koloni algoritmalarının özellikleri ele alınmıştır. Algoritmaların ayırt edici özelliklerini ortaya çıkarıp ve bağlantılı olduğu en gelişmiş algoritmalarla genel olarak artı ve eksi yönleri detaylandırılmıştır. In this study I am discuss the properties and review the main instances of network routing algorithms whose bottom-up design has been inspired by collective behaviors of social insects such as ants and bees. This class of bio-inspired routing algorithms includes a relatively large number of algorithms mostly developed during the last ten years. The characteristics inherited by the biological systems of inspiration almost naturally empower these algorithms with characteristics such as autonomy, self-organization, adaptivity, robustness, and scalability, which are all desirable if not necessary properties to deal with the challenges of current and next-generation networks. In this study I am consider di?erent classes of wired and wireless networks, and for each class I briey discuss the characteristics of the main ant- and bee-colony-inspired algorithms which can be found in literature. I point out their distinctive features and discuss their general pros and cons in relationship to the state of the art. 77

Ribonukleik asid (RNA) interferans evrimsel olarak korunmuş ve çift iplikli kısa RNA dizilerinin hedef mRNA'lara bağlanarak gen anlatımını baskılayan bir biyolojik süreçtir. Keşfini takiben deneysel kullanımı son derece yaygınlaşmış ve farklı alanlarda çok sayıda çalışma yapılmıştır. Bu çalışmada Akut Lenfoblastik Lösemi (ALL) hücre serilerinde, WNT sinyal ileti yolağının kilit molekülü olan BETA KATENİN genini siRNA ile baskılayarak apoptotik etkilerini inceledik. Sonuçta siRNA yöntemi ile beta-catenin genini %60 başarı ile kapatarak anlatımını baskılanmıştır. Ayrıca baskılanma sonrası MOLT4 hücre serilerinde apoptozun baskılanmamış hücrelere göre iki kat arttığı belirlenmiştir. Buna göre ALL hücre serilerinde var olan aktif WNT sinyalleri, siRNA kullanımı ile kapatılarak apoptozdan kaçan lösemi hücrelerinin yeniden apoptoza yönelmesi sağlanmıştır. siRNA uygulamaları, özellikle in vitro çalışmalarda hızlı, etkin ve ucuz bir yöntemdir. Ancak in vivo çalışmalardaki etkinliğini ve klinik uygulamaları için daha geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.

Amaç: Sinyal yolakları ve proteinlerin fonksiyonel olarak derinlemesine çalışılmasının gerekliliği nedeni ile, proteomiks çalışmalarında protein-protein etkileşimlerinin analizi her geçen gün daha da önemli hale gelmektedir. Proksimiti ligasyon assay (PLA), hücre ve doku kesitlerinde hücre içi proteinlerin ve protein interaksiyonlanmn keşfedilmesi amacı ile kullanılan yeni bir yöntemdir. Bu çalışmada, PLA yöntemini kullanarak, WNT sinyal ileti yolağı proteinlerinden aktive β-katenin ve Axin2 proteinlerinin etkileşimlerini bir T-hücreli akut lenfoblastik lösemi (T-ALL) hücre hattı olan Jurkat hücrelerinde göstermeyi amaçladık. Gereç ve Yöntem: Jurkat hücreleri RPMT lı besi yerinde yetiştirilip lamlara fikse edilir. Geçirgen hale getirilen hücreler blokaj aşamasından ardından birincil antikorlar ve PLA problan ile muamele edilirler. Hibridizasyon ve ligasyonunun ardından sirküle oligonükleotidler, sirküle dönen amplifikasyon (RCA) için substrat oluştururlar. RCA ürünleri Texas Red işaretli probların hibridizasyonu ile işaretlenir ve in situ PLA sinyalleri floresan mikroskobunda görüntülenir. Bulgular: Öncelikle hücre içi β-katenin and Axin2 protein ekspresyonlan belirlendi. Ardından aktive β-katenin-Axin2 protein interaksiyon varlığı hem nükleus hem de sitoplazmada gösterildi. Sonuç: Burada sunulan sonuçlar, in situ PLA tekniğinin, WNT yolağı üyelerinin birbirleri ile olan etkileşimlerinin hücresel boyutta tespit edilmesinde kullanılabileceğini göstermiştir. Çalışmamızda, aktive β-katenin-Axin2 protein etkileşimini T-ALL hücre soyunda (Jurkat) gösterdik. Bu WNT sinyal yolağının T-ALL de bozulmuş regülasyonuna işaret ettiğini göz önünde bulundurursak WNT yolağı elemanları yeni tedavi protokolleri için birer hedef molekül halini alabilirler.

Amaç: Sinyal yolakları ve proteinlerin fonksiyonel olarak derinlemesine çalışılmasının gerekliliği nedeni ile, proteomiks çalışmalarında protein-protein etkileşimlerinin analizi her geçen gün daha da önemli hale gelmektedir. Proksimiti ligasyon assay, hücre ve doku kesitlerinde hücre içi proteinlerin ve protein interaksiyonlarının keşfedilmesi amacı ile kullanılan yeni bir yöntemdir. Bu çalışmada, PLA yöntemini kullanarak, WNT sinyal ileti yolağı proteinlerinden b-katenin ve Axin2 proteinlerinin etkileşimlerini bir T-hücreli akut lenfoblastik lösemi (T-ALL) hücre hattı olan Jurkat hücrelerinde göstermeyi amaçladık. Gereç ve Yöntem: Jurkat hücreleri RPMI' lı besi yerinde yetiştirilip lamlara fikse edilir. Geçirgen hale getirilen hücreler blokaj aşamasından ardından birincil antikorlar ve PLA probları ile muamele edilirler. Hibridizasyon ve ligasyonunun ardından sirküle oligonükleotidler, sirküle dönen amplifikasyon (RCA) için substrat oluştururlar. RCA ürünleri Texas Red işaretli probların hibridizasyonu ile işaretlenir ve in situ PLA sinyalleri floresan mikroskobunda görüntülenir. Bulgular: Öncelikle hücre içi b-katenin and Axin2 protein ekspresyonları belirlendi. Ardından b-katenin-Axin2 protein interaksiyon varlığı hem nükleus hem de sitoplazmada gösterildi. Sonuç: Burada sunulan sonuçlar, in situ PLA tekniğinin, WNT yolağı üyelerinin birbirleri ile olan etkileşimlerinin hücresel boyutta tespit edilmesinde kullanılabileceğini göstermiştir. Çalışmamızda, artmış düzeyde b-katenin-Axin2 protein etkileşimini T-ALL hücre soyunda (Jurkat) gösterdik. Bu WNT sinyal yolağının T-ALL de bozulmuş regülasyonuna işaret ettiğini göz önünde bulundurursak WNT yolağı elemanları yeni tedavi protokolleri için birer hedef molekül halini alabilirler.&nbsp

Bu tezin amacı diş hekimliği alanında kullanılan diş radyograflarını kullanarak radyograflar üzerinde görüntü zenginleştirmesi yapmaktır. Diş hekimlerinin hastalık teşhis ve tedavi planlamasında değişik çekim teknikleriyle alınmış diş radyografları sıklıkla kullanılır. Eğer elde edilen diş görüntülerinde uygun çekim teknikleri kullanılmazsa röntgen sonuçları bulanık olur. Bu istenmeyen etkilerden kurtulmak, iyi bir seçiciliğin sağlanabilmesi için bilgisayar tabanlı görüntü işlemeye ihtiyaç varıdır. Bir diğer uygulama ise yapay sinir ağları ile görüntü işlemeyi birlikte kullanan bir çalışmadır. Bu çalışmada amaç değişik sınıflara ait dişleri yapay sinir ağına öğreterek sınıflandırmaktır. Bu nedenle önce görüntü işleme teknikleri kullanılmıştır. Bu tekniklerle dişin ayırt edici özellikleri çıkartılmış ve sonra elde edilen bu özellikler yapay sinir ağına verilerek sınıflandırma başarıları çıkartılmıştır. Son çalışma olarak günümüzde sıklıkla kullanılan hücresel yapay sinir ağları ile kenar bulma uygulaması denenmiştir. Bu sayede hücresel yapay sinir ağlarına da bir giriş yapılmış ve kenar bulma sonuçları tartışılmıştır., The objective of this thesis is making image enhancement on tooth radiographs that are used in dentistry area. Usually Dentists are using dental radiographs that are obtained with different imaging techniques for identificaton of illness and planning of medical treatment. If suitable imaging techniques did not used for obtaining dental images, the x-ray results would be blured. For escaping from these unwanted effects and for a good selectivity, there is a necessity for computer based image processing. One Another application is, a study that is using neural networks with image processing. In this study the aim is classification of tooth by educating the neural network with different tooth classes. For this reason the image processing techniques are used firstly. With this technique the discerning properties of teeth is obtained firstly and then classification success rates are obtained by entering this properties to neural network. As a final study, the edge sellection application by using cellular neural networks that is used frequently in recent days, is tried. With the assistance of this, an introduction to cellular neural networks is made and edge sellection results are discussed.

6. ÖZETRastlantısal olmayan kromozomal anomaliler tüm lösemi türlerinde en sıkrastlanan genetik değişikliktir. Yapısal ve sayısal anomaliler sıklıkla görülürken,kromozomal translokasyonlar özellikle alt guruplar açısından belirleyici önemdedir. Butranslokasyonlar sıklıkla malign süreçte rol alan yeni bir füzyon proteininin kodlanmasınaneden olan kimerik genlerin oluşması ile sonuçlanır.Akut indiferansiye lösemili bir olguda saptanan t(9;9)(q;34;q34) translokasyonusonucu oluşan SET-CAN füzyonu da yine benzer şekilde oluşan bir protein kodlar. SETgeni, çekirdekte bulunan bir fosfoprotein kodlar ve her dokuda expresyon gösterir. SET(TAF1B) geni, INHAT kompleksin alt ünitesidir. INHAT kompleks, histonlarabağlanarak, asetilasyonu önler ve transkripsiyonel baskılanmaya neden olur. SET genininaşırı ekspresyonu metile olmuş DNA'nın demetilasyonunu engelleyerek, genbaskılanmasına neden olduğu gösterilmişir. Bu bilgiler, artmış SET geni ekspresyonun,tümör supresor gen baskılanması veya apoptozisin inhibisyonu yolu ile lösemi gelişminderol oynayabileceğini düşündürmektedir. Bu çalışmada, SET geninin lösemi gelişimiyleilişkisini saptamak amacıyla, 70 akut lösemili hasta ve 8 sağlıklı kontrol kemik iliğiörneğinde kantitatif real-time PCR tekniği ile SET geninin ekspresyon düzeyi araştırıldı.Genel akut lösemi ve ALL olgularında, sağlıklı olgulara göre artmış düzeyde SET genekspresyonu düzeyi saptandı. SET-CAN ekspresyonu muhtemelen apoptozu azaltarakerken progenitor hücre sayısını artırmakta ancak bu durum hematopoetik maliniteye tekbaşına neden olmamaktadır. Akut indiferansiye lösemide SET-CAN füzyon gen varlığıhematopoetik hastalığın erken fenotipini oluştururken, hastalığın gelişimi için ikincilgenetik lezyonlara gereksinim vardır.58 7. SUMMARYOne of the characteristic of many leukemias is the presence of recurring andconsistent chromosome rearrangements. Chimeric genes encoding fusion proteins aregenerated when breakpoints of chromosomal translocations are located in introns offusion partners. Most translocations are associated with specific leukemia subtypessuggesting that in vivo oncogenicity of these genes is restricted to hematopoietic cells.CAN, a nucleoporin gene involved in the t(6;9) (p21;q32) in AML, is also targetedby the t(9;9)(q32;q32) found in a case of Acute Undifferentiated Leukemia (AUL).Rather than forming a fusion gene with DEK, as in AML, CAN is fused to SET andencodes a chimeric SET-CAN fusion protein. In this study, we have analyzed theexpression levels of SET gene in acute lymphoblastic leukemia (n=57) and acute myeloidleukemia (n=13) by quantitative real time polymerase chain reaction. SET geneexpression level was higher in total acute leukemia patients (n=70) and also acute myeloidleukemia patients when we compare them with healthy control (n=8) samples. Accordingto the literature this oncoprotein is not a single cancer initiator but rather responsible fromprogression. Prognostic significance of the SET gene expression in this patient group stillneeds to be studied and that might give further details for clinical application.59 81

Background: The aim of the study was to assess the feasibility and effectiveness of the irrigated radiofrequency modified maze procedure through a port-access approach during mitral valve surgery. Methods: Forty-three patients with atrial fibrillation (AF) and mitral valve disease underwent a combined procedure through a port-access approach. The indication was a history of continuous AF for more than 6 months in patients eligible for minimally invasive mitral valve surgery. Results: The incidence of early mortality was 1 patient (2.3%) and that of freedom from AF was 100% at the end of the operation (70% of patients with normal sinus rhythm 30% with a pacemaker). One patient (2.3%) required permanent pacemaker implantation after surgery. One patient (2.3%) required reoperation for bleeding. There were no reoperations for failed valve repairs. The incidences of freedom from AF were 87% and 92% at 6 and 12 months respectively. At 12 months functional capacity had improved significantly (P < .05). There were no procedure-related complications. No thromboembolic events were detected during follow-up. Conclusion: The port-access approach provided a good access for both valve surgery and the radiofrequency maze procedure. The combination of direct and videoscopic vision allowed an adequate view and led to a safe and efficient combined procedure. Short- and intermediate-term follow-up results were favorable.

Background: The aim of this study was to compare intraoperative coronary graft flows performed on pump and off pump and to evaluate the effects of hemodilution on coronary graft flows in off-pump coronary artery bypass grafting (CABG) patients by using transit time flow measurements (TTFM). Methods: Three hundred patients undergoing only CABG procedures were enrolled in a prospective randomized manner into 3 groups. Group 1 consisted of 100 patients undergoing operations with standard cardiopulmonary bypass techniques. Group 2 consisted of 100 patients scheduled for revascularizations using off-pump techniques. Group 3 consisted of 100 patients who underwent operations with off-pump techniques under controlled hemodilution (hematocrit levels kept between 25% and 28%). TTFM were performed with the coronary Flometer system. Mean flows pulsatility indices and flow patterns were evaluated. Twenty-five patients in each group were randomly assigned for control angiography 6 days postoperatively. Thromboelastographic (TEG) measurements were performed for each patient before and after surgery to evaluate the patient's coagulation status. Results: The mean number of anastomoses was higher in group 1 than in groups 2 and 3 (P < .05). Mean arterial pressures and heart rates were similar between groups during measurements. Hematocrit values were higher in group 2 than in groups 1 and 3 (P < .05). Mean flows for left anterior descending coronary artery and right coronary artery territories were significantly lower in group 2 patients (P < .05). For the circumflex artery territory mean flows did not reach statistically significant levels despite lower flows again in group 2. The pulsatility indices were similar in all 3 groups for all 3 coronary territories. Postoperative coronary angiographic results revealed similar graft patencies among the 3 groups (not significantly different). Postoperative TEG patterns failed to show a hypercoagulable state in off-pump patients. Conclusion: Off-pump CABG patients with hemodilution had significantly higher graft flows than off-pump CABG patients without hemodilution. Although we failed to show the existence of a hypercoagulable state for patients in the off-pump group an examination of the TTFM findings suggests that hemodilution may help to improve graft patency in off-pump CABG patients during the early postoperative period.

Background: Early and mid-term results of stentless valves for the treatment of ascending aortic aneurysm ( AAA) were evaluated in a retrospective manner. Material and Methods: During a four-year period 26 patients with ascending aortic aneurysms and aortic valve insuffiency underwent a total root replacement procedure using a stentless Freestyle valve (Medtronic Inc. Minneapolis MN). Mean age was 71 +/- 4 years ( range 66 to 79 years). Eight patients were in NYHA Class 2 13 in Class 3 and 5 in Class 4. Cardiopulmonary bypass (CPB) was begun with femoral artery-right atrium (two-stage) cannulation in all cases but four in which the right axillary artery was used. Myocardial protection was established by retrograde cold-blood cardioplegia and direct antegrade blood cardioplegia from the right coronary ostium. The left ventricle outflow tract was constructed by using 2-0 ticron sutures and incorporating a pericardial strip in between. Coronary buttons were sewn to the xenograft with 6-0 polypropylene sutures. Meanwhile the patient was cooled down to 18 degrees nasopharyngeal temperature and the distal anastomosis with the proximal arch was performed with a Dacron graft under total circulatory arrest (TCA) using 4-0 polypropylene sutures. During rewarming the connection between the Freestyle valve and the Dacron graft was performed. Results: Ischemic time was 91 +/- 11 minutes and TCA time was 9 +/- 4 minutes. Operative mortality was zero and there was one 30-day mortality (3.8%). At discharge all 25 patients had a functional valve with low transvalvular gradients. Patients were followed for a mean period of 15 months with one patient being lost to follow-up and one patient dying of non-cardiac causes. Follow-up was 97% complete and echocardiographic control during the follow-up period revealed competent valves with gradients comparable to those at discharge. Two patients were screened with electron beam tomography (EBT) three years after the operation and there was no sign of wall or lea et calcification. At the end of the 15 months ( mean) follow-up the functional capacity of the patients had improved significantly (p < 0.05). Conclusions: Our early results suggest that use of the Freestyle valve in conjunction with a Dacron tube graft can be a good alternative for patients over 65 years of age who present with ascending aortic aneurysm with aortic valve insufficiency.

ÖZET Kamu İktisadi Teşebbüsleri ekonomik, sosyal ve politik yönleri ile uzun yıllardır ülkemiz gündeminin vazgeçilmez tartışma konu larından birisi olmuştur. Kamu İktisadi Teşebbüslerinin ekonomimiz içindeki yerleri, önemleri ve sorunları bu tartışmaların odak nok tasını oluşturmuş, çeşitli dönemlerde alınan çeşitli önlemlerle bu so runlar giderilmeye çalışılmıştır. Nihayet Kamu İktisadi Teşebbüs lerinin reform çalışmalarından, bu teşebbüslerin özelleştirilmesi çalışmalarına gelinmiştir. Özelleştirme son yıllarda Türkiye'nin gündeminde önemle yer alan bir konudur. Düşük verimlilik Kamu İktisadi Teşebbüslerinin temel sorunlarından birisi olarak görülmekte ve özelleştirme bu soru nun çözümü için başlıca araç olarak öne sürülmektedir. Bu çalışmada Özelleştirme konusundaki kuramsal tartışmalar gözden geçirilmiş ve Türkiye'deki uygulamaların bir değerlen dirilmesi yapılmıştır. ABSTRACT Economical, social and political aspects of Public Economical Enterprises have been one of the vital subjects discussed in our country for a long time. The share of Public Economical Enterprises in country economy, their importance and their problems have been focal points of the discussions. From time to time, various measures were taken to solve these problems. Lastly, privatization prosess has started after these enterprises were reformed. Recently, privatization became an important item in Turkey's agenda. Low productivity was identified as one of the basic problems of Public Economical Enterprises and privatization was proposed as the unique instrument to solve this problem. In this study, theoretical dicussions on privatization was reviwed and an evaluation on the applications in Turkey were given. 106

ÖZET Çalışmamızda volüm ve basınç kontrollü mekanik ventilasyon uygulamalarının hemodinami ve oksijen sunumuna etkilerini değerlendirirken düşük doz dopamin ve dobutamin uygulamalarının avantajlarını karşılaştırmayı amaçladık. Primer akciğer patolojisi olmayan ve sepsis belirtileri göstermeyen 10 hasta çalışma kapsamına alındı. Hsatalarda EKG, sistemik ve pulmoner arter basınçların devamlı monitörzasyonu sağlandı. Ortalama arter basıncı, kan gazı analizleri, hemodinamik ve oksijenasyona ait parametreler radiyal arterin ve internal juguler ven yoluyla pulmoner arterin kateierizasyonuyla elde edildi. Çalışmaya başlamadan önce : l)Mekanik ventilasyon cihazı Pa02 değeri 80 - 140 mmHg, PaC02 değeri 35 - 45 rnmHg arasında olacak şekilde, sinuzoidal akımlı volüm kontrollü ventilasyon uygulamak üzere ayarlandı. 2) idrar çıkışı>lml/kg/sa, Hb>9 gr/dl olacak şekilde sıvı ve kan transfüzyonu yapıldı. 3)Çalışma süresince hastaların sedasyon, analjezi ve kas gevşekliği; Propofol, Fentanyl sitrat, Vecuronium bromid ile sağlandı. Hastaların hemodinamik yönden stabilizasyonu sağlandıktan sonra altı ayrı fazda KAH, OAB, MPAP, PCWP, CI, SVR, PVR, D02I, V02I, Ca02, Cv02, 02ER, PIP, Paw, C, arteriyel kan gazlan analizleri ve mikst venöz oksijen satürasyonu değerleri kaydedildi. Bu fazlar sırasıyla: 1-Sabit akımlı VCV (K-l grubu), 2-PCV (K-2 grubu), 3-Sabit akımlıVCV+Dopamin infuzyonu (DP-1 grubu), 4-PCV+Dopamin infüzyon (DP-2 grubu), 5-Sabiî akımlı VCV+Dobutamin infüzyon (DB-1 grubu), 6-PCV+Dobutamin infüzyon (DB-2 grubu). SVR değerleri, PCV uygulamalarında VCV uygulamalarına göre anlamlı olarak düşük bulundu. CI ve D02I değerleri, Dobutamin grubu ölçümlerde Kontrol ve Dopamin grubu ölçümlere göre anlamlı artış gösterdi. Yine grup içi değerlendirmelerde PCV'de, VCV'ye göre anlamlı artış saptandı. Çalışmamızda düşük doz doputamin uyguladığımız PCV uygulamalarında optimal CI, SVR ve DO2I değerleri elde ettik. Sonuç olarak; mekanik ventilasyon endikasyonu olan yoğun bakım hastalarında dikkatli monitörize edilmiş PCV uygulamalarıyla birlikte düşük, doz dobutamin kullanımının KAH ve OAB gibi parametrelerde değişiklik oluşturmaksızın daha yüksek D02I değerlerinin elde edilmesinde uygun bir tedavi yaklaşımı olabileceği kanısına vardık. SUMMARY In this study, the effects of volume and pressure controlled ventilation to hemodynamical parameters and oxygen delivery were investigated with comparison of the advantages of low dose dopamin and dobutamine application. 10 patients without any signs of sepsis and primary diffuse pulmonary pathology were selected for the study. Continuos monitarization of ECG, systemic and pulmonary arterial pressure and urine output was done. Systemic arterial pressure and blood gases analysis and hemodynamical and oxygenation parameters were obtained by catheterization of radial and pulmonary artery inserted via the internal jugulary vein, respectively. Before starting the study: 1 -Sinusoidal flow volume controlled mode was used for mechanical ventilation and the ventilator was adjusted to hold Pao2 and PaC02 values between 80-140 mmHg and 30-45 mmHg, respectively. 2-Fluid replacement and blood transfusion was made according to urine output>l ml/kg/hr and Hb>9 gr/dl. 3 -Sedation, analgesia and muscle relaxation of the patients during the study interval were supplied by Propofol, Fentanyl citrate and Vecuronium bromide infusion. After patients were hemodynamically stabilized; values of HR, MAP, MPAP, PCWP, CO, CI, PVR, arterial blood gases analysis and venous 02 saturation were obtained from each of the patients in six different phases in the order of: 1- Constant flow VCV, 2- 63PCV, 3- Constant flow VCV+Dopamin infusion, 4- PCV+Dopamin infiision, 5- Constant flow VCV+Dobutamine infusion, 6- PCV+Dobutamine infusion. After measurement of hemodynamical and oxygenation parameters, SVR values were found significantly lower in PCV than VCV applied groups. CI and D02 values were increased significantly in the Dobutamine infused groups when compared with control and Dopamin used groups. When comparison of these two values were made according to ventilator mode application (VCV vs. PCV) they were found increased in PCV in significant degree. Optimal CI, SVR and D02I values were obtained in the PCV+Dobutamine infused group. In conclusion, we thought that application of PCV with low dose Dobutamine infusion was the choice of therapy in the mechanically ventilated intensive care patients to get more increased D02I values without changing the values of parameters such as HR and MAP. 64 71

p53, SV 40 trasforme edilmiş hücrelerde bulunmuş ve tanımlanmış bir nukleer fosfoproteindir. P53'ün mutasyona uğramış ya da 'wild-type' formu, hücre bölünmesinde negatif regülatör rolü olan bir tümör-supressör gen olarak kabul edilir. P53 geninin yüksek oranda korunmuş dizilerinden birinde nokta mutasyonu ortaya çıktığında, aktive olmuş onkogen ürünü özellikleri gösteren bir mutant protein eksprese edilir. p53 proteini monoklonal antikorlarla ayırt edilebilir. Mutant p53 serum düzeyleri 37 primer MM kanser hastasında, enzim immunassay yöntemi ile ölçüldü. MM hasta grubunda mutant p53 ortlama değeri 0,13#0,13 ng/ml, kontrol grubunda ise 0,14#0,15 ng/ml'dir. ve 2 grup arasında istatistiksel bir anlamlılık yoktur(p>0,05).

Terör örgütleri, terör eylemleriyle ulaşmak istedikleri maksatların ve bu maksatlara ulaşmak için kullandıkları yöntemlerin ve yine sahip oldukları ideolojilerin toplumda kabul görmesini, ve bu fikirlerin yayılmasını istemektedirler. Dolayısıyla bu propaganda, terörle mücadelede bir engel olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu kapsamda devletlerin bahsi edilen "propaganda" yöntemlerine terörle mücadele anlamında müdahale etmesi için yasal bir zeminin oluşturulması gerekmektedir. Terör örgütünün propagandası suçu 3713 sayılı Terörle Mücadele Yasası'nın 7/2. maddesinde tanzim edilmiştir. İfade özgürlüğüne kamu toritesi tarafından yapılan her müdahale bu özgürlüğün alanını sınırlayacaktır. Ancak sınırsız bir özgürlük alanının aslında özgürlükleri ortadan kaldıracak bir kaos durumunu ortaya çıkaracağı düşünüldüğünde özgürlüklerin belirli ilkeler ışığında sınırlanması hak ve özgürlüklerin korunması açısından elzemdir. Bu çerçevede Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi sınırlamanın kanun ile olması, meşru ve haklı bir sebebinin olması, demokratik bir toplumda gerekli ve ölçülü olması gerektiğini belirtmiş, bu kriterlere uymayan müdahalenin özgürlüğü kısıtladığını ve hakkı ihlal ettiğini vurgulamıştır. Çalışmamızın birinci bölümünde terör, terörizm, terör örgütü, propaganda kavramlarının üzerinde durulacaktır. İkinci bölümünde ise terör örgütünün propagandası suçu genel olarak açıklanmış, benzer suçlarla mukayese edilerek ortaya konulmuş, Terörle Mücadele Yasasında yapılan değişikliklere değinilmiştir. Suçun unsurları, suça etki eden nedenler, suçun özel görünüş biçimleri, suçun yaptırımı ve infazına ilişkin özellikler ile soruşturma ve kovuşturmaya ilişkin özellikler sırasıyla açıklanmış ve çalışma sonuç kısmıyla bitirilmiştir. Anahtar Kelimeler: Terör Örgütünün Propagandası Suçu, İfade Özgürlüğü, Terör Örgütü, Terörizm, Propaganda, Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi, Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi, Terörle Mücadele Kanunu, Cebir, Şiddet, Tehdit., Terrorist organizations, via terrorist acts, seek to achieve their objectives, legitimize their methods and diffuse their ideologies. Therefore, propaganda issue appears as an obstacle in fight against terrorism. The crime of terrorist organization propaganda has been legislated in article 7/2 of the Anti-terror Act. Every intervention carried out by the public authority against the freedom of expression will limit the scope of this freedom. Taking note that a limitless freedom will in fact only destruct the freedoms and will cause chaos, limitation of freedoms in line with some principles is necessary to preserve the rights and freedoms. Within this framework the ECHR underlines that the limitation shall be made through law, there should be a legitimate and righteous reason, the limitation shall be necessary and proportional in a democratic society, any intervention which does not fit these criterion will obstruct this freedom and violate this right. In the first part of our study, terror, terrorism, terrorist organization, freedom of expression and propaganda notions will be analyzed. In the second part, the crime of terrorist organization propaganda has been explained in general terms, it has been compared with similar crimes and modifications made to the Anti-terror Act are explained. Aspects of the crime, reasons affecting the crime, special appearance types of the crime, sanctions of the crime and particularities regarding its execution, investigation and prosecution aspects are explained in an order and the study has been finalized with the conclusion part. Keywords: Crime of Propaganda of Terrorist Organization, Freedom of Expression, Terrorist Organization, Terrorism, Propaganda, European Convention on Human Rights, European Court of Human Rights, Law on Fight Against Terrorism, Force, Violence, Threat, Tez (Yüksek Lisans) - Süleyman Demirel Üniversitesi, Sosyal Bilimler Enstitüsü, Kamu Hukuku Anabilim Dalı, 2019., Kaynakça var.

Objective: genomic DNA obtained from paraffin blocks of the intended colorectal cancer cases was evaluated for promoting colorectal cancer by investigating the promoter methylation of 6 different gene promoter regions and microsatellite instability. Methods: DNA was isolated from the paraffin tissue of 76 sporadic colorectal cancer patients by cross sections from the areas determined to be tumorous. The methylation specific PCR (MS-PCR) method was used for these DNA samples fo rmethlylation studies in promoter region of six different APC, hMLH1, p16INK4A, p15, p73 and DAPK1 genes. In the same samples, the presence of microsatellite instability (MSI). Results: the fequencey of methylation was 24% for hMLH1, 31.5% for APC, 19.6% for DAPK1, 42.8% for p16, 30% for p15, 17% for p73. We calculated a methylation index (MI=ratio between the number of genes methylated and the number of genes analyzed). MI was ranged from 0-0.83, with an average of 0.271 corresponding to 1.6 genes/sample and median was 0.225 and there were 15 samples which doesn't methylated in any loci. We analysed MSI in C-kit (21%), hMSH2 (18%) and APC (15%), microsatellite region. Conclusion: we observed APC methylation was common then the other population for Turkish patient. P16 was the most commenest methylated loci among the 6 of gene and it seems storongly related with female patients. P73 was releated with left colorectal cancer and additionally it was related with the MSI., Istanbul University Research Fund

Yaygın Değişken İmmün Yetersizlik (YDİY), ESID kayıt sistemine göre en sık gözlenen antikor eksikliğidir (Common Variable Immunodeficiency – CVID) (%20). YDİY, Mendel kalıtımı göstermekte olup tek gen kusurları ile karşımıza çıkan, fenotipik ve genetik olarak da heterojenite gösteren bir immün sistem hastalığıdır. YDİY azalmış serum IgG, düşük IgA ve/veya IgM düzeyleri, sık tekrarlayan üst ve alt solunum yolu enfeksiyonları, bozulmuş antikor yanıtı ile karakterize edilen, heterojen bir primer immünyetmezliktir. Her iki cinsiyetin de eşit olarak etkilendiği YDİY hastalığı genellikle sporadiktir fakat yaklaşık %10-20'si ailesel özellik gösterir. Bu tez çalışmasında, primer immün yetersizliklerin en sık tipi olan YDİY klinik fenotipini sergileyen hastalarda, ICOS, TNFRSF13B (TACI), CD19 ve TNFRSF13C (BAFF-R) gen varyasyonlarının incelenmesi hedeflenmiştir. Bu çalışmata YDİY ön tanısı alan toplam 25 örnek dahil edilmiştir. Hasta ve yakınlarından aldığımız periferik kandan DNA izolasyonu, ardından ICOS, TACI, CD19 ve BAFF-R genlerinin kodlayan bölgelerine özgün tasarlanmış primer çiftleri ile polimeraz zincir reaksiyonu yapılmış ve elde edilen PZR ürünlerini Sanger dizileme yöntemiyle dizilenerek hastalara ait patojenik varyantlar tespit edilmiştir. Ayrıca akım sitometrisi ile hücre alt tipleri incelenmiştir. ICOS, TACI, CD19 genlerinde mutasyon taradığımız 25 hastanın 3'ünde (%12) olası paojenik varyant tespit edilmiştir. Bunlardan ikisi CD19 geninde bulunmuş olup daha önce tanımlanmamıştır (p.Arg490Trp ve c.1084+1G>T). Diğer varyant ise TACI (p.C104R) geninde belirlenmiş olup literatürde YDİY hastalığı ile ilişkilendrilmiştir. Varyant belirlenen hastaların ayrıca aile bireyleri de incelenmiş ve ebeveynlerinin aynı varyasyonu heterozigot formda taşıdıkları belirlenmiştir. Ülkemizde, YDİY hastalarında her üç genin de incelendiği ilk çalışmadır. Common variable immune deficiency (CVID) is one of the most commonly diagnosed primary immunodeficiencies according to the ESİD registration system. CVID, is a single gene disorder with Mendelian inheritance pattern but a very few gene defects have been characterized despite the heterogeneous phenotype. Generally, patients have a history of recurrent sinopulmonary infections, hypogammaglobulinemia of two or more immunoglobulin isotypes, and impaired functional antibody responses. It effects the both gender equally. CVID is generally sporadic but 10-20 % show familial transition. In this thesis we aimed to analyze ICOS ,TNFRSF13B (TACI), CD19 and TNFRSF13C (BAFF-R) gene variations in the most common type of primary immunodeficiencies, CVID.Here we studied 25 patients samples with CVID. We received peripheral blood samples from the patients and their family members and isolate, DNA. ICOS, TACI, CD19 and BAFF-R genes were amplified with specific primers and analyzed with direct sequencing. Furthermore, we investigated B cell subsets by Flow cytometry. We found three pathogenic (12%) variants in 25 samples. Two of them, were found in CD19 gene and they were novel mutations (p.Arg490Trp ve c.1084+1G>T). The other variant was detected in TACI (p.Cys104Arg) gene and it was associated with CVID in literature. Also parents of these patients were studied and found that they were heterozygous for the same variations. To our knowledge this is the first study in Turkey among CVID patients to investigate all three genes . 86

Akut lösemilerin genetik karakterizasyonu genellikle sitogenetik analizler ve spesifik translokasyonların veya mutasyonların moleküler tekniklerle tespitine dayanmaktadır. Bu yaklaşım tanı için önemli olmakla beraber lösemilerin genetik alt yapısını açıklamak ve yüksek riskli hastaların belirlenebilmesi için yeterli değildir. Akut lenfoblastik lösemi nüksü çocukluk çağı kanserleri arasında dördüncü en sık rastlanan malignitedir. Var olan tedavi protokolleri ile daha iyi sonuçlar alınamaması ve akut löseminin heterojen bir hastalık olması nedeni ile nüks akut lösemilerin biyolojik ve moleküler temelinin daha iyi anlaşılması gerekmektedir.Bu doğrultuda hematoloji kliniklerinde n=10 B-ALL, n=6 T-ALL tanısı almış 16 hastanın tanı ve erken dönem nüks örnekleri ile ilgili kontrol örnekleri tüm genom metilasyonu Infinium HumanMethylation450K BeadChip kullanılarak incelenmiştir. Genel metilasyon profili analizlerinde, ALL örneklerinin kontrol örneklerine nazaran artmış metilasyon gösterdiği tespit edilmiştir. Kümelendirme analizlerinde ise ALL hastaları farklı alt gruplara ayrılmıştır. Eşlenik karşılaştırma analizlerinde nüks örnekleri artmış CpG metilasyonu ve kanser yolaklarında bozulmuş metilasyon paterni göstermiştir. Kontrol grupları ile yapılan analizlerde hücre döngüsü, adezyon ve glikolizlenmede rol oynayan genlerde anlamlı düzeyde metilasyon farklılığı tespit edilmiştir. Tüm genom metilasyon yaklaşımının uygulanması ile ALL'de sadece CpG adalarında değil genler arası bölgelerde de değişmiş metilasyon varlığı gösterilmiştir. Erken dönem nüks örnekleri genellikle kendi tanı örneklerine benzer bir profil göstermektedir. Bu bulgular tanı anında var olan klonun baskın hale geçerek nükse yol açtığını desteklemektedir. Kanser gelişiminde anahtar role sahip olan genlerdeki (transmembran proteinleri, glikoprotein, homebox genleri, kinaz genleri, çinko parmak proteinleri) bozulmuş metilasyon, epigenetik mekanizmaların ALL'de tedavi direnci ve kötü prognoz ile ilişkili olabileceği savını kuvvetlendirmektedir. Our understanding of the genetic factors contributing to the pathogenesis of acute lymphoblastic leukemia has relied on the detection of gross chromosomal alterations and mutational analysis of individual genes. Although these approaches have identified many important abnormalities, they have been unable to identify the full repertoire of genetic alterations in ALL. Relapsed ALL ranks as the fourth most common childhood malignancy. To identify targets for new therapies, a through understanding of the genetic lesions contributing to establishment of the leukemic clone and resistance to therapy is required.In this study, we screened diagnosis/relapse bone marrow samples from children with early relapsed Pre B-ALL (n=10), T-ALL (n=6) and related control samples by using Infinium HumanMethylation450K BeadChip.Our genome-wide methylation analysis revealed a distinctly higher methylation level in the ALL cohort compared with controls. In cluster analysis, ALL patients clustered different branch according to their methylation subsets. ALL cases displayed increased CpG methylation and aberrant methylation of cancer pathways in the relapsed samples compared with diagnose materials. Significant aberrant DNA methylation had been detected in cell cycle, cell adhesion and glycosylation related genes in ALL according to controls. Greater methylation enrichment was observed not only in CpG islands but also in intergenic regions by using whole genome methylation application in ALL. Early relapse samples were more likely to be similar to their respective diagnostic sample suggests that early-relapse results from the emergence of a related clone. Differential methylation profile had been detected in key genes (such as transmembrane proteins, glycoprotein, homeobox genes, kinase genes, zinc finger proteins) that play important role in cancer development. These findings support the contribution of epigenetics changes during the evolution of drug resistance and relapsed ALL. 161

Tuncer, F. N. Ailesel Geçiş Gösteren İdiyopatik Epilepsilerin Genetik Altyapısının Aydınlatılması. İstanbul Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Genetik AD. Doktora Tezi. İstanbul. 2014 İdiyopatik jeneralize epilepsiler (İJE), belirlenebilir beyin lezyonu ya da metabolik anormalliklerden yoksun, tüm epilepsilerin %40'ını oluşturan, genetik temelli bir epilepsi grubudur. Kalıtımında birden fazla genin rol oynamas ile epigenetik faktörler ve çevre koşullarının etkisi, İJE ile ilişkili genlerin aydınlatılmasını güçleştirmiştir. Bu nedenle, bu çalışmanın temelinde akraba evliliği yapmış ve birden fazla idiyopatik epilepsi hastalı dört geniş ailede SNP genotiplemesi ile tüm genom ekzom dizileme teknikleri birleştirilerek İJE için yeni aday genetik varyasyonlar tespit edilmiştir. Bu doğrultuda SNP/haplotip, homozigot haritalama ve bağlantı analizleri gerçekleştirilmiş, aday bölgelerde ve bu bölgelerin dışında bulunan varyasyonlar ekzom dizilemesi ile tespit edilmiştir. Ailesel segregasyon gösteren varyantların Türk toplumunda taranması HRM ile gerçekleştirilmiş, in silico araçlar ile amino asit değişimlerinin protein fonksiyonuna etkisi yordanmış ve türler arası korunma durumları tespit edilmiştir. Bu çalışmaların sonucunda A1 ailesinde ZRANB3 geninde c.1802 G>A (rs76333606) (p.R601Q) ve R3HDM1 geninde c.1898 A>C (rs2305165) (p.Q633P) varyasyonları, A3 ailesinde CECR5 c.536 C>T (rs35665085) (p.T179M), DGCR14 c.92 C>T (rs113904207) (p.A31V) ve c.1006 G>A (rs17743887) (p.V336M), ZNF160 c.370 C>G (rs113127122) (p.P124A) ve ZNF611 C.119 G>T (rs149629821) (p.C40F) varyasyonları, bu ailedeki fenotiplerle ilişkilendirilmişlerdir. Öte yandan A2 ailesinde novel CHMP5 c.281 A>G (p.Y94C) ve A4 ailesinde Dravet sendromuyla ilişkilendirilmiş klinik SCN1A c.302 G>A (rs121917918) (p.R101Q) varyantı ile kosegregasyon gösteren novel SCN1A c.4727 T>C (p.I1576T) varyantlarının bu ailelerdeki fenotiplerle ilişkisi belirlenmiştir. Böylece bu çalışma sonucunda toplumda düşük sıklıkla gözlemlenen varyasyonlar ile henüz gözlemlenmemiş yeni varyasyonlar İJE ile ilişkilendirilerek literatüre katkı sağlanmıştır. Anahtar Kelimeler: İdiyopatik Jeneralize Epilepsi, SNP Genotipleme, Bağlantı Analizi, Homozigot Haritalama, Ekzom DizilemeBu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi Idiopathic generalized epilepsies (IGEs) occupy 40% of all epilepsies and occur without the presence of brain lesions or metabolic abnormalities, indicating a genetic background. The presence of multigenic inheritance and epigenetic and environmental factors challenged the identification of responsible genes of IGE. For this study, four consanguineous families having multiple members affected with IGE are recruited, where SNP genotyping and whole genome exome sequencing techniques are combined to detect gene variants. For this purpose, SNP haplotyping, homozygosity mapping and linkage analysis were performed and variations residing within and outside of candidate linkage regions were detected utilizing exome sequencing. Among the variants depicted, population screening of the ones exhibiting familial segregation were determined via HRM assay. Further, in silico tools were utilized to determine the impact of the amino acid change on protein function, in addition to analysis of conservation across species. These analyses associated ZRANB3 c.1802 G>A (rs76333606) (p.R601Q) and R3HDM1 c.1898 A>C (rs2305165) (p.Q633P) variants with IGE in family A1 and CECR5 c.536 C>T (rs35665085) (p.T179M), DGCR14 c.92 C>T (rs113904207) (p.A31V) and c.1006 G>A (rs17743887) (p.V336M), ZNF160 c.370 C>G (rs113127122) (p.P124A) and ZNF611 C.119 G>T (rs149629821) (p.C40F) variations with IGE in family A3. In addition, novel CHMP5 c.281 A>G (p.Y94C) variation in family A2 and novel SCN1A c.4727 T>C (p.I1576T) variant cosegregating with the clinical SCN1A c.302 G>A (rs121917918) (p.R101Q) variant, which was previously implicated in Dravet syndrome, in family A4, were associated with the phenotypes observed in the pertinent families. In this way, this work increased the spectrum of IGE associated variants, either with low population frequencies or novel ones. Key Words: Idiopathic Generalized Epilepsy, SNP Genotyping, Linkage Analysis, Homozygosity Mapping, Exome Sequencing 199

MikroRNA lar (miRNA), 19-23 nükleotid uzunluğunda küçük, tek iplikli ve fonksiyonel protein kodlamayan RNA?lardır. miRNA lar gelişim, hücre farklılaşması, apoptoz ve proliferasyon gibi önemli biyolojik süreçlerde görev yaparlar. Gelişim esnasında ve gen anlatımında büyük roller üstlendiklerinin bilinmesine rağmen normal ve neoplastik hücrelerdeki anlatım düzeyleri ve fonksiyonları hakkında sınırlı sayıda bilgi mevcuttur. Ayrıca miRNA, hem tümör baskılayıcı genleri (TS) hem de onkogenleri regüle etmektedirler, bu fonksiyonları bakımından oncomiR veya TS miRNA olarak adlandırılırlar. miRNA lar hematopoetik hastalıklarda rol oynamaktadır. miRNA gen anlatımlarının farklı kanser türlerinde belirlenmesi, kanser tanı ve tedavisinde de kullanılabilecek önemli bir araç olarak görülmektedir.Çalışmamızda ALL hastalarının (n=42) kemik iliği örnekleri ve ALL açısından sağlıklı bireyin (n=3) periferik kanlarından elde edilen CD19+ örneklerin daha önce yapılan çalışmalar sonucu lösemi hastalarında gen anlatımının aşırı derecede artmış olduğu belirlenen Beta-katenin (CTNNB1) genini hedef alan miR-214 mikroRNA'sı, Stem Loop Ters Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Stem-Loop RT-PZR) ile incelenmiştir.Yayınlarda miR-214'ün CTNNB1'i direkt olarak hedeflediği bildirildiğinden CTNNB1 seviyesi artarken miR-214 seviyesinin azalması beklenirdi fakat çalışmamız sonucu hasta grubumuzda her iki mRNA düzeyinin, miR-214 (p=0,6989) ve CTNNB1(p=0,5027), yüksek olduğu belirlendi. Bu nedenle, diğer hastalıklardan farklı olarak B-ALL hastalarında miR-214'ün CTNNB1'i dolaylı yoldan etkilediği düşüncesine varılmıştır. Ayrıca farklı klinik özellikler ile miR-214 anlatımı arasındaki ilişkiler araştırılmıştır. Bunun yanında çalışmada işlevselliği ve yüksek hassasiyeti nedeniyle seçilen Stem-Loop RT qPZR yöntemi ilk defa B-ALL patogenezi ve miRNA ilişkisinin araştırılmasında uygulanmış ve bu çalışma ile yöntem bölümümüzde farklı araştırmalarda kullanılmaya başlanmıştır. MicroRNAs (miRNAs) are small (~19/23 nt in length), non-protein coding RNAs and play important roles in biological processes like development, cell differentiation, proliferation and apoptosis. Their role in development and gene expression are well known where as limited evidence is published on their roles in normal and neoplastic cells regulations. miRNAs which are associated with various cancers, are located especially in fragile regions of chromosomes. In addition, miRNAs are regulate the tumor suppressor and oncogenes therefore they called as 97

Epilepsi dünyada görülen en yaygın nörolojik bozukluklardan biri olup, tüm epilepsi vakalarının 1/3'ü idiyopatik jeneralize epilepsi (İJE) olarak sınıflandırılmıştır. İJE etiyolojisindeki genetik faktörlerin etkisi bilinmektedir. İJE ile ilgili az sayıda kromozom veya gen bölgesinin hastalıkla ilişkili olduğu gösterilebilmiştir. Kalıtım paterninin kompleks olmasından ve birden fazla genin ve çevresel etmenlerin de epileptik nöbetler üzerinde etki gösterebilmesinden ötürü epilepsi genlerini belirleyebilmek oldukça zordur. Bu zorlukların yanında birçok etkilenmiş birey barındıran İJE aileleri epilepsi genlerini keşfetmekte büyük öneme sahiptir.Genetik bağlantı analizi hastalıkla ilişkili kromozom bölgelerinin tanımlanmasında kullanılan bir yöntemdir. Belirteç ve hastalık durumunun bireylerdeki dağılımının izlenmesiyle hastalığa sebep olan kromozom bölgelerini tespit etmek mümkündür. Bağlantı varlığı LOD skor olarak derecelendirilir.Bu projede otozomal çekinik kalıtım gösteren iki İJE ailesi EPICURE projesi kapsamında daha önce oluşturulmuş genotip verileri ve Illumina CytoSNP-12 mikroçipi ile tüm genom genotiplendirmesi yapılarak analiz edilmiştir. Ailelerden ilkinde en yüksek LOD skor 22q11.1-q11.21 bölgesinde 2,50 olarak hesaplanmıştır. İkinci ailede ise heterojen klinik bulgular dolayısı ile farklı parametrelerle çalışılmış fakat bağlantı analizi açısından yeterli anlamlılıkta bir sonuç bulunamamıştır. Ayrıca CytoSNP-12 ile genotiplenen bireylerdeki kopya sayısı değişimleri de incelenmiş, ailede hatalıkla birlikte kalıtılan kopya sayısı değişimi tespit edilmemiştir.Çalışma kapsamında erken başlangıçlı absans epilepsisi olan 17 birey ile GLUT1 yetmezliği sendromundan şüphelenilen 3 bireyin SLC2A1 geni mutasyon taraması gerçekleştirilmiştir. Yaygın polimorfizmler dışında NM_006516.2:c.516+38C>T ile NM_006516.2:c.680-1G>T değişimleri heterozigot olarak tespit edilmiştir. c.680-1G>T değişimi hastanın aile bireylerinde ve 94 sağlıklı kontrol örneğinde tespit edilememiştir. Değişimin alternatif kırpılma mekanizmasını etkilediği öngörülmüş, hasta ve ebeveynlerinin SLC2A1 geni rölatif anlatım seviyeleri -referans olarak ABL geni kullanılarak- GZ-PZR ile belirlenmiştir. Hastanın ebeveynlerine oranla %49 daha düşük seviyede SLC2A1 anlatımına sahip olduğu belirlenmiştir (p=0,0002). Tespit edilen mutasyonun de novo olduğu ve dominant etki ile hastalığa sebep olduğu düşünülmektedir. Epilepsy is one of the most common neurological disorders and approximately 1/3 of all epilepsy cases are classified as IGE. Only a few genes or chromosomal regions that is associated with IGE can be shown yet. It is hard to identify epilepsy genes because inheritance pattern is complex, there are possibly more than one major gene causing seizures and, environmental factors play a role on seizures. Beside its difficulties, IGE families with many affected individuals have substantial importance for exploring major epilepsy genes.Genetic linkage analysis is used to identify chromosomal regions of the genome that contain genes associated with disease. It is possible to detect localization of disease locus by observing segregation of marker and disease status in families. Evidence for linkage is expressed as a logarithm of the odds (LOD) score.In this project, two IGE families with autosomal recessive inheritance were analyzed using EPICURE genotyping data and Illumina CytoSNP-12 genotyping data. In first family, highest LOD score was estimated as 2.50 in region 22q11.1-q11.21. In another family, different parameters were used in linkage analysis due to clinical heterogeneity. However, any significant result for linkage analysis was not detected. Furthermore, copy number variations in all individuals genotyped with CytoSNP-12 were estimated but any variation that segregates with trait was not detected.In addition, 17 patients with early onset absence epilepsy and 3 patient suspected from GLUT1 deficiency syndrome were screened for mutations in SLC2A1. As a result, excluding common polymorphisms, heterozygous novel variations NM_006516.2:c.516+38C>T and NM_006516.2:c.680-1G>T were detected. c.680-1G>T was not detected neither her family members nor 94 healthy control samples. It is suggested that mutation alters the alternative splicing mechanism. SLC2A1 relative expression levels (ABL gene used as reference) were determined with RT-PCR method. As a result, patient has 49% decreased SLC2A1 transcript with respect to her parents (p=0.0002). Detected novel mutation in E11-169 occurred de novo and it is suspected as a dominant cause of disease. 81

Mikro RNAlar (miRNA), 19-23 nükleotid uzunluğunda küçük, fonksiyonel protein kodlamayan, tek iplikli RNA'lardır. Apoptoz, farklılaşma ve proliferasyon vb pek çok hücresel yolakta görev alırlar. Yapılan araştırmalarda miRNAlardaki mutasyon veya gen anlatımı seviyesi değişimleri kanseri de içine alan birçok hastalığın süreci ile ilişkilendirilmiştir. Ayrıca bilinen miRNAların %50'sinden fazlasının tümör oluşumuna onkogen ya da tümör baskılayıcı genleri hedefleyerek katkıda bulunabildikleri gösterilmiştir. Çalışmamızda bu veriler doğrultusunda T hücreli akut lenfoblastik lösemi (T-ALL) tanısı almış hastalarda (n=42) Transforme Edici Büyüme Faktör ß (TGFß) yolağı üyelerinden SKIL genini hedefleyen mir-223 anlatımı, Stem Loop Revers Transkriptaz-Kantitatif Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir reaksiyonu yöntemi ile tespit edildi. Kontrol olarak kullanılan timositlere (n=3) kıyasla artmış mir-223 anlatımı tespit edildi (p=0.004). Ayrıca SKIL geni anlatım profili ile mir-223 gen anlatımı arasında ilişki araştırıldı. mir-223 anlatımının T soyu hücrelerine özgün olup olmadığını tartışabilmek için B hücreli lösemi (B-ALL) hastalarında da bu mikroRNA'nın anlatımı tespit edildi (n=11). Sonuçta kontrol CD19+ periferik kan hücrelerine kıyasla B-ALL hastalarında anlatım azalmış bulundu (p=0.012). Bir başka deyişle mir-223 aracılığıyla gerçekleştiği düşünülen düzenlemenin T- hücrelerine ve T-ALL hastalarına özgü olduğu görüldü. T-ALL, lösemiler arasında ağır seyri olan, tedaviye dirençli ve hastalığın takip edilebileceği özgün belirteçlerin henüz bulunamadığı bir hastalık grubudur. Elde edilen bulguların hastalığın patogenizinin aydınlatılmasına yardımcı olması, tedavisinde ise hastalığa özgün yeni biyobelirteçler olarak kullanılabilmesini amaçlamaktayız. MicroRNAs (miRNAs) are small, single stranded, non-coding RNAs of 19?25 nucleotide length. MicroRNAs play a crucial role in fundamental processes such as apoptosis, differentiation and proliferation. Several publications have showed that changes in microRNA expression profile or mutations in miRNAs have association with various cancer types. Also 50% of miRNAs contribute tumorogenesis by targeting tumor supressor genes or oncogenes. According to all these findings, we analysed the mir-223 expression levels, targeting SKIL gene which is a member of the transforming growth factor ß signaling pathway (TGFß), by Stem Loop-Reverse Transcriptase-Real Time Polimerase Chain Reaction (PCR) method in patients with pediatric T cell leukemia (T-ALL) (n=42). When results were compared with control cells (thymocytes, (n=3)) we found significant up-regulation (p=0.004) in mir-223 expression levels. Besides, we analysed the correlation between mir-223 expression profiles and downregulated SKIL gene expression profiles. On the other hand to be sure about whether mir-233 over expression is specific to T lineage or not, we alsoanalysed mir-223 expression levels in B cell acute lymphoblastic leukemia (B-ALL) patients (n=11), down-regulation was also observed in B-ALL patients compared to control CD19+ cells (p=0.012). Here we provided significant findings that, the rearrangement due to mir-223 is T-ALL or T lineage specific.T-ALL has a poor prognosis, resistance to treatment protocols and there are not any specific biomarkers for patient follow up yet. By our results, we aimed to identfy new, more specific biomarkers for the follow-up and treatment stages of T-ALL patients. These findings may help to understand the mechanism underlying the leukemia pathogenesis more clearly. 97

hücreli akut lenfoblastik lösemi (T-ALL) hastalığı timustan kökenlenen ve T- hücrelerinin malin transformasyonu sonucu ortaya çıkan, ağır seyirli bir lösemi türüdür. Çocukluk çağı lösemilerinin %10-15'ini oluşturan T-ALL, yüksek risk grubu protokolleri ile tedavi edilmektedir. Yapılan çalışmalar T-ALL hastalığı gelişiminde, B-hücreli lösemide (B-ALL) sıkça gözlenen translokasyonlardan ayrı olarak özellikle, T-hücre reseptörü gelişimi ile ilgili genler başta olmak üzere, çok sayıda sinyalizasyon mekanizmasının rol oynadığını göstermektedir. Bölümümüzde gerçekleştirilen moleküler lösemi çalışmalarından elde ettiğimiz sonuçlar, toplumumuzda gözlenen T-ALL profillerinin genel literatür bilgisinden farklı olduğunu göstermektedir. Bu amaçla 31 çocukluk çağı T-ALL hastasında, mikro dizi teknolojisi kullanılarak genom boyu anlatım analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sonuçlar çerçevesinde hastalığın temelinde yatan belli başlı sinyal ileti mekanizmalarının yanı sıra, etkin WNT sinyali gözlenen T-ALL hastalarında, TGF-ß sinyal ileti yolağı üyesi SnoN/SKIL geni anlatımının anlamlı düzeyde arttığı ancak T-ALL hasta geneli karşılaştırıldığında SnoN/SKIL geni anlatımının kontrol timositlerine oranla azaldığı gözlenmiştir. Bu azalma daha geniş bir hasta grubunda eş zamanlı kantitatif PZR ve protein analizleri ile de onaylanmıştır. SnoN geni anlatımındaki azalmanın kontrolsüz TGF-ß sinyalizasyonuna sebep olarak T-hücre gelişiminde baskılanmalara sebep olduğu düşünülmektedir. T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL), is a severe disease that occurs in the malignant transformation of T-cells in the thymus. Among all childhood leukemias 15% is T-ALL and is treated with high-risk protocols. The studies so far showed that the chromosomal translacations that is broadly detected in B-cell leukemia can not be detected in T-ALL, but the genes that are involved in T-cell receptor signaling show molecular abberations. Moreover many signalling pathways were shown to play a role in te pathogenesis of T-ALL. The studies that are held in our department reveal that T-ALL patients of our population show a different molecular background than other populations. These results led us to identify expression profiles of our T-ALL patients. Thus we studied 31 T-ALL chilhood patients with whole genome expression arrays. In addition to some well known targets a new target has been identified in the patient group with a high WNT signaling profile. A TGF-ß pathway regulator SnoN/SKIL gene was found to be up regulated, in patients with active WNT signaling. Moreover when the all T-ALL samples were compared with control thymocytes, SnoN/SKIL gene was down regulated. Quantitative Real Time PCR and protein analysis also confirmed this down regulation in a larger patient group (n=72). This deregulation in TGF-ß pathway might inhibit T-cell development in different stages and lead to malignant transformation. 149

Temporal lobe epilepsisi (TLE) ilaca dirençli epilepsilerin en sık görülen tipidir ve tüm parsiyel epilepsilerin %50?sini oluşturur. Temporal lob kaynaklı, nöbetlerle karakterize hipokampal skleroz (HS) TLE?nin en fazla görülen nedenlerindendir. Etiyopatogenezi bilinmemesine rağmen HS oluşumunda sinaptik değişiklikler ve aksonal reorganizasyon görüldüğü rapor edilmiştir. MTLE?nin hipokampal patogenezinde kompleks değişikliklerin, apoptotik genleri de içeren çeşitli gen ve sinyal yolaklarının etkili olduğu gösterilmiştir. Bu çalışmadaki amacımız, cerrahi olarak çıkartılmış beyin dokularında, hipokampal skleroz patogenezinde rolü olduğu düşünülen iç ve dış apoptotik yolağa ait genlerin gen anlatım düzeylerini incelemekti. Çalışmamızda, 8 MTLE hastası ve 8 kontrol otopsisinden elde edilen insan hipokampal dokularında, apoptotik yolak genlerinin anlatım düzeyleri TaqMan hidroliz probu kullanılarak RT-PZR (gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu) yöntemi ile incelendi. Rölatif anlatım düzeyleri delta Ct metoduna göre hesaplandı ve sonuçlar Mann Whitney U testi ile karşılaştırıldı. Çalışmamızın önemi, insan beyin dokusunda apoptoz ile ilişkili genlerin gen anlatımlarının incelendiği sayılı çalışmalardan biri olmasıdır. Yapılan immünohistokimya çalışmalarında, insan hipokampal dokularında apoptotik protein seviyelerinde artış rapor edilmiştir. Çalışmamız sonucunda, dış yolakta görevli olan TNFR1 ve FAS genlerinde yüksek anlatım düzeyleri belirlenmekle beraber istatistiksel olarak anlamlılık ifade etmemektedir (p= 0.146, p= 0.062). Ayrıca hasta ve kontrol örnekleri arasında da iç yolak genleri için (TP53, BAX, BCL2, CASPASE3 ve CASPASE 9) gen anlatımı düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır (p= 0.865, p= 0.141, p= 0.865, p= 0.534, p= 0.152). Artmış HS örnek sayısı ile çalışılması ve doku bankamızın genişletilmesiyle MTLE patogenezinde apoptoz ilişkili genlerin olası rolünün aydınlatılması sonraki hedeflerimizi oluşturmaktadır.Anahtar Kelimeler : Epilepsi, Apopotoz, Mezyal Temporal Lob Epilepsisi, Hipokampal Skleroz, Gen anlatımı. Temporal lobe epilepsy (TLE) is one of the most frequent types of intractable epilepsy and comprises 50% of all partial epilepsies. Hippocampal sclerosis (HS), one of the most common causes of TLE, is characterized by seizure generation from the temporal lobe. Although etiopathogenesis is unknown, changes in synaptic and axonal reorganization have been reported during the course of HS. Complex alterations leading to hippocampal pathogenesis of MTLE suggest involvement of various genes and signaling pathways including apoptosis. In this study our aim was to explore the role of both extrinsic and intrinsic apoptotic pathway genes in the pathogenesis of hippocampal sclerosis through evaluation of gene expression in surgically removed human brain tissues. Herein we investigated gene expression profile of apoptotic pathway genes in human hippocampal tisuses that obtained from 8 MTLE patients and 8 autopsy controls by using RT-PCR with TaqMan hydrolyzis probes. Relative expressions were calculated according to the delta Ct method and results were compared with Mann Whitney U test. Significance of our study resides in the fact that it is among the one of the first apoptosis related genes? expression analyses in the human brain tissue. Previous immunohistochemistry reports have shown that the levels of the apoptotic proteins in human hippocampal tissue are increased. There is high expression for extrinsic pathway genes such as TNFR1 and FAS, however expression results are statistically not significant (p= 0.146, p= 0.062). In addition, we didn?t find any significant difference between patients and controls for intrinsic pathway genes? expression levels (p= 0.865, p= 0.141, p= 0.865, p= 0.534, p= 0.152 respectively). Our future aims are to work with more HS samples and to expand our tissue bank to enlighten the possible role of apoptosis-related genes in the pathogenesis of MTLE.Key Words: : Epilepsy, Apoptosis, Mesial Temporal Lobe Epilepsy, Hippocampal Sclerosis, Gene Expression. 58

Temporal lob epilepsisinde, hipokampusta mevcut değişikliklerin kompleksliği olayın patogenezinde birçok gen ve sinyal yolağının rol aldığını düşündürmektedir. Bu patogenezde yer alan enflamasyon süreci, hayvan modelleri ile yapılan çalışmalarda ortaya konmuştur. Enflamasyon, damarlı dokularda lökositlerin ve plazma proteinlerinin enfeksiyon, toksin veya doku yaralanma bölgesine göçü ve aktivasyonunu içeren bir doğal immün sistem reaksiyonudur. Sitokinler ise enflamasyon sırasında hücreler arası haberleşmeyi sağlayan proteinlerdir ve doğal-adaptif immün yanıtın koordinasyonunu sağlama açısından önemlidir. Bu çalışmada, uygun süre ve kombinasyonlarda uygulanan antiepileptik tedaviye dirençli, mezyal temporal lob epilepsi tanısı konmuş, 20-63 yaşları arasındaki toplam 4 kadın ve 5 erkek hastanın tıbbi endikasyon sonucu amigadalohipokampektomi sonrası elde edilen doku materyalleri kullanılmıştır. Dokulardan elde edilen RNA örneklerinden ters transkriptaz PZR yöntemi ile cDNA sentezlendikten sonra enflamasyon sürecinde yer alan genlerin ekspresyonları gerçek-zamanlı PZR yöntemi ile kantitatif olarak incelendi. Kontrol dokusu olarak epilepsi dışı nedenlerle ölümü gerçekleşmiş 9 kadavradan otopsi sırasında alınan hipokampus materyali kullanıldı. Sonuçların normalizasyonunda genorm analizi sonucunda belirlenen abl ve siklofilin genleri kontrol geni olarak seçildi. Rölatif ekspresyon değerleri delta delta CT yöntemi ile hesaplandı. Sonuçlar ?Mann-Whitney U testi? kullanılarak istatistiksel olarak karşılaştırıldı.Yapılan analizde, hasta bireylerin dokularındaki IL12, IL10, IL6 ekspresyon düzeylerinin sağlıklı bireyler ile karşılaştırılmasında anlamlı bir farklılık gözlenmezken (sırasıyla; P=0.73, P= 0.59, P= 0.24) hastalardaki IL1-ß, TNF-?, IFN-? ve TGF-ß ekspresyonunun sağlıklı bireylere göre anlamlı bir artış gösterdiği saptandı (P= 0.001, P= 0.0006, P= 0.007, P= 0.027). Bunun yanında IL1-?, IL2 ve IL17' nin ekspresyonuna hasta ve sağlıklılarda rastlanmamıştır. Bu çalışmada ortaya çıkan sonuçlar hipokampal sklerozlu MTLE hastalarında lokal bir immün atak olduğunu göstermektedir. In temporal lobe epilepsy it is thought that various genes and signalling pathways take place due to presence of complex changes in hippocampus during the pathogenesis of disease. The inflammation period in this pathogenesis has been exhibited by the studies of animal models. In this study, we used hippocampus materials which are obtained from post amygdalohippocampectomy period after medical indication of 4 women and 5 men patients who are diagnosed with mesial temporal lobe epilepsy and resistant to antiepileptic treatment applied in convenient time and combinations. RNA samples, isolated from these tissues were used for the synthesis of cDNAs by reverse transcriptase PCR method, in order to quantify the inflammation-related gene expressions by real-time PCR. As control tissue, hippocampus material were taken during autopsy from 9 different cadaver of which the reason of death excluding neurological reasons. In the normalization of results, abl and cyclophilin genes were used Relative expression values were calculated with deltaCt method. Results were compared statistically by using `Mann-whitneyU`test.In the analysis of the expression levels of IL12, IL10, IL6, it has been depicted that these genes do not show any significant differences in the materials of epileptic versus autopsy tissues (P=0.73, P=0.59, P=0.24). On the other hand, it is determined that the expression of IL1-beta, TNF-alfa, IFN-gama and TGF-beta in patients indicate significant increase according to healthy controls (P=0.001, P=0.0006, P=0.007, P=0.027). In addition to these, there was no expression of IL1-alfa, IL2 and IL17 detected neither in patients or in healthy individuals.Results in this study show that an increased level of inflammation-related gene expression participates in the pathogenesis of mesial temporal lobe epilepsy. 87

B-hücreli akut lenfoblastik lösemi (B-ALL), B lenfosit gelişiminin erken safhasında meydana gelen somatik genetik değişiklikler sonucu aşırı çoğalma ile ortaya çıkan ve çocukluk çağında yaygın olarak görülen bir lösemi tipidir. PAX5; B hücre gelişim ve farklılaşmasında önemli bir rol oynar. Bu çalışmada, eş zamanlı kantitatif PZR kullanılarak çocukluk çağı B-ALL hastaları (n=134) ve sağlıklı kemik iliği (n=10) örnekleri PAX5 mRNA düzeyleri açısından analiz edilmiş ve hastaların kontollere göre anlamlı şekilde artış gösterdiği bulunmuştur (p

Mezyal temporal skleroz (MTS) ilaç tedavisine dirençli semptomatik parsiyel epilepsilerin en sık nedenidir. Bu özel durumun gelişim mekanizması ve genetik temeli tam olarak anlaşılamamıştır. Amacımız, gama-aminobütirik asit reseptörü alfa-1 (GABRA1), `'four-and-a-half lim domains'' (FHL2), 5-hidroksitriptamin reseptör 2A (HTR2A), beyin kaynaklı nörotrofik faktör (BDNF), nöropeptid-Y 1R (NPY1R), akuaporin-1 ve 4, çoklu ilaca direnç (MDR1) geni ekspresyonlarını inceleyerek, MTS'ye neden olan patogenetik mekanizmaların aydınlatılmasıdır.Gen ekspresyonları cerrahi tedavi amacıyla çıkarılan insan beyin dokularında incelenmiştir. Kontrol grubu ise ilk 24 saatte yapılan, otopsi örneklerinden oluşmuştur. Yukarda belirtilen sekiz aday ve üç referans gen kantitatif gerçek zamanlı PZR ile incelenmiştir. Rölatif ekspresyon delta Ct yöntemine göre hesaplanmış ve sonuçlar Mann Whitney U testi ile karşılaştırılmıştır.MTS'ye bağlı dirençli epilepsisi olan 23 ve 9 otopsi örneği dahil edilmiştir. Klinik bulgular daha önceki çalışmalarla uyumludur ve hastaların %60,9'u postoperatif dönemde nöbetsizdir. MTS hastalarında FHL2, HTR2A ve BDNF genleri düşük ekspresyonlu, MDR1 geni ise yüksek ekspresyonlu bulunmuştur. GABRA1, NPY1R, AQP-1 ve 4 genlerinin ekspresyon düzeyleri 2 grup arasında farklılık göstermemektedir. AQP-4 ile yapılan immunhistokimya analizi ekspresyon sonuçlarını desteklemektedir.Çalışmamız insan beyin dokusunda yapılan ilk aday gen ekspresyon çalışmalarından olması açısından önem taşımaktadır. Verilerimiz belirtilen genlerin MTSli olgularda inhibitör nörotransmisyonda, nörogenezin düzenlenmesinde ve tedaviye direnç gelişiminde yer aldığını düşündürmektedir. İlişkili diğer genlerin çalışmaya dahil edilmesi ve ''microarray'' tekniği ile hedefin genişletilmesi bu çalışmanın daha sonraki hedeflerini oluşturacaktır. Mesial temporal sclerosis (MTS) is the most frequent cause of medically refractory symptomatic partial epilepsy. The developmental mechanism and genetic background of this unique pathology is not well understood. Our aim was to explore the pathogenetic mechanisms causing MTS through the evaluation of expression of gamma-aminobutyric acid receptor alpha-1 (GABRA1), four-and-a-half lim domains (FHL2), 5-alpha hydroxytryptamine receptor 2A (HTR2A), brain-derived neurotrophic factor (BDNF), neuropeptide-Y 1R (NPY1R), Aquaporin-1 and 4, multidrug resistance (MDR1) genes.Gene expressions were investigated in surgically removed human brain tissues. The control group was constituted from autopsy samples. We analysed the 8 above candidate and 3 reference genes by quantitative real-time PCR. Relative expressions were calculated according to the delta Ct method and the results were compared by Mann Whitney U test.23 epileptic patients with refractory epilepsy due to MTS and 9 autopsy specimens were included. Clinical findings were concordant with previous studies and 60.9% of the patients were seizure-free in the postoperative period. FHL2, HTR2A and BDNF genes were down-regulated and MDR1 gene expression was up-regulated in MTS patients. GABRA1, NPY1R and AQP-1 and 4 genes expression levels did not differ between the 2 groups. Immunohistochemical analysis of AQP-4 supported the expression results.The significance of our study resides in the fact that it is among the first candidate gene expression analyses in the human brain tissue. Our data supported the roles of these genes in inhibitory neurotransmission, modulation of neurogenesis and resistance to therapy in MTS patients. Prospective studies should include the expresssion analysis of other related candidate genes, and ultimately the comparison of the gene expression profile using microarray technology. 112

Akut lösemiler çocukluk çağı kanserleri içinde ölümcül etkisi bilinen en yaygın hastalıklardır. Akut myeloid lösemi çocukluk çağındaki akut lösemilerin %15-20'sini oluşturmaktadır. AML ile ilgili translokasyonlar genellikle CBF, RAR? ve ETS ailesine ait transkripsiyon faktörlerini ve Homeobox gen ailesini etkiler. CBF ile ilgili lösemiler AML'lerin %25'ini oluşturur. Bu genin dahil olduğu genetik değişiklikler arasında: t(8;21) translokasyonu sonucu oluşan AML1-ETO füzyon geni ve inv(16) (p13;q22) sonucu oluşan CBFb-MYH11 füzyon geni yer almaktadır. t(8;21) (q22;q22) AML1-ETO tüm AML'lerin %10-14'ünde, inv(16) (p13;q22) CBFb-MYH11 tüm AML'lerin %5-7'sinde, t(15;17) PML-RAR? tüm AML'lerin %8-10'unda görülür. Kromozomal translokasyonlar dışında AML hastalarında saptanan diğer bir genetik değişiklik ise FLT3 genindeki aktive edici mutasyonlardır. Bu çalışmada yeni tanı almış 50 çocukluk çağı (0-18 yaş-ort.: 8.42±5.24) AML hastasına ait kan veya kemik iliği örneğinde RT-PZR yöntemi ile t(15;17), t(8;21), inv(16) kromozomal translokasyonları ve PZR yöntemi ile FLT3 geni ITD tipi mutasyonlar ve D835 nokta mutasyonları varlığı araştırıldı. Olguların 4'ünde t(15;17) (%8.16), 12'sinde t(8;21) (%24), 3'ünde inv(16) (%6.38) kromozomal düzensizliği, 2 olguda FLT3-ITD mutasyonu (%4.44), 1 olguda FLT3-D835 nokta mutasyonu (%2.22) olduğu tespit edildi. t(15;17) pozitif AML M3'lü bir olguda hem FLT3-ITD hem de FLT3-D835 mutasyonları bakımından heterozigotluk tespit edildi. Aynı olgudaki hem iyi prognostik belirteç olan t(15;17) ve hem de kötü prognostik belirteç olan FLT3 geni mutasyonlarının bir arada bulunması ile birlikte hastanın yaklaşık 1 yıldır sağ ve remisyonda olması AML hastalarında prognostik belirteçler arasında bir ilişki olabileceğini düşündürmektedir. Yapılacak klinik korelasyon ve tedavi izlemi sonrasında translokasyon ve mutasyonların pozitiflik gösterdiği olgularda prognostik yeni ilişkilendirmelerin bulunmasının mümkün olabileceği düşünülmektedir. Bu çalışma ile görülme sıklığı açısından nadir bir hastalık olan çocukluk çağı AML grubunda FLT3 mutasyon sıklığı %6 oranında bulunmuştur. Bu oran çocukluk çağı AML hasta grubu için ülkemizdeki ilk sonuçları oluşturmaktadır. Acute leukemias are the most common malignancy disease with mortal effects among childhood cancers. Acute myeloid leukemia comprises 15-20% of childhood acute leukemia. Translocations related to AML generally affect CBF, RAR?, ETS family transcription factors and Homeobox gene family. Leukemia related to CBF comprises 25% of AML. AML1-ETO fusion gene due to t(8;21) translocation, inv(16) (p13;q22) and CBFb-MYH11 fusion gene are among genetic alterations due to this gene. t(8;21) (q22;q22) AML1-ETO is found in 10-14% of all AMLs, inv(16) (p13;q22) CBFb-MYH11 is found in 5-7% of all AMLs and t(15;17) PML-RAR? is found in 8-10% of all AMLs. In addition to chromosomal translocations, activating mutations in FLT3 gene are another genetic alterations observed in AML patients. In the present study, blood or bone marrow samples of newly diagnosed 50 childhood (0-18 age-median.: 8.42±5.24) AML patients are analysed to determine t(15;17), t(8;21), inv(16) chromosomal translocations by using real-time PCR and FLT3 gene ITD, D835 mutations are also detected by PCR method. t(15;17) (%8.16), t(8;21) (%24.0), inv(16) (%6.38) chromosomal aberrations, and FLT3-ITD mutations (%4.44), FLT3-D835 point mutation heterozygosity (%2.22) are observed in 4,12, 3, 2, 1 patients, out of 50 patients respectively. In one case with t(15;17) positive AML M3, both FLT3-ITD and heterozygous FLT3-D835 mutations are observed. The same patient who has both good prognostic marker t(15;17) and bad prognostic marker FLT3 gene mutations together is still in remission approximately for 1 year after diagnosis. This conditions may show a possible relationship in the prognostic markers of AML patients. In the cases with positive translocation and mutations together, it is thought to be possible to find out prognostic new associations after clinical correlations. 93

T-ALL çocuk ve yetişkinlerde timositleri etkileyen, kötü seyirli bir lösemi türüdür. Çoğunlukla transkripsiyon faktörlerinin bozulmuş ekspresyonuna öncülük eden kromozom translokasyonları, genetik ve epigenetik anormalliklerle karakterizedir. Tüm pediatrik ALL vakalarının %15'i ve yetişkin ALL vakalarının %25'i T-hücreli akut lösemidir. NOTCH1, T-ALL hastalarının

ÖZETSırma, S. Akut Myeloid Lösemi Etiyolojisinde MN1 Geninin Rolü. stanbul ÜniversitesiSağlık Bilimleri Enstitüsü, Genetik ABD. Doktora Tezi. stanbul. 2007.Akut myeloid lösemide nadir olarak görülen t(12:22) translokasyonundan etkilenen MN1 genitranskripsiyon aktivatörü olarak fonksiyon göstermektedir. Fakat MN1 geninin lösemigelişimindeki rolü tam olarak bilinmememektedir. Çalışmamızda 41 pediatrik akut myeloidlösemi hasta örneğinde Nicel Ters Transkriptaz-Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemi ileMN1 anlatımı analiz edildi. MN1 anlatımı CBFb-MYH11 füzyon geni bulunan AMLhastalarında anlamlı derecede yüksek bulundu (Mann-Whitney U testi, P=0.001). MN1anlatımının normal hematopoezde durumunu belirlemek için, farklı hematopoetik gelişimaşamalarındaki fare kemik iliği hücrelerinde Mn1 anlatımı araştırıldı. Mn1 anlatımınınhematopoetik kök hücrede en yüksek seviyede bulunduğu ve myeloid hücre gelişimi boyuncahücreler farklılaştıkça giderek azaldığı gösterildi. Bunlara ek olarak, MN1 anlatımınındüzenlenmesi ve promoter bölgesi ile ilgili bilgi mevcut değildir. Çalışmamızda reporter gendeneyleri ile MN1 geni 5' bölgesinde 673 bç'lik dizinin MN1 promoter'ını içerdiği gösterildi.Bu sonuçlar, normalde myelomonositik hücrelerde MN1 anlatımının düşük seviyede olmasıgerekirken, yüksek olmasının bu hücre tipinde aşırı çoğalmaya ve lösemi gelişimine nedenolduğunu düşündürmektedir. Ayrıca Cbfb-MYH11 kimerik farelerde endojen Mn1anlatımının normal bulunması, inv(16) sonucu oluşan CBFb-MYH11'in Mn1 anlatımınıarttırmadığını, Mn1 anlatımınndaki artışın akut meyloid lösemi gelişiminde ikinci bir olayolarak, inv(16) ile birlikte etkili olduğunu düşündürmektedir.Anahtar Kelimeler: Akut Myeloid Lösemi, MN1 geni, MN1 anlatımı, Menıngioma1,AML'de genetik değişiklikler ABSTRACTSirma, S. The Role of MN1 Gene in Acute Myeloid Leukemia. stanbul University, Instituteof Health Science, Genetics Programme, stanbul. 2007.The MN1 gene is the target of a rare t(12;22) in patients with myeloid leukemia and encodes atranscriptional coactivator. The role of the MN1 gene in leukemogenesis is not known. In thisstudy, we analyzed MN1 expression in 41 pediatric acute myeloid leukemia samples usingQuantitative Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction technique. We found thatMN1 is overexpressed in pediatric AML patients with inv(16) (Mann-Whitney U testi,p=0.001). We also determined MN1 expression level in normal mouse bone marrowhematopoetic progenitor cells at different stages. Our results indicated that Mn1 wasexpressed in higher amounts in the hematopoietic stem cells than in total BM, and still higherin the common myeloid progenitors, whereas it was considerably downregulated in the moredifferentiated megakaryocytic/erythroid progenitors and granulocytic/monocytic progenitors.In addition, regulation of MN1 gene expression and the promoter region of MN1 was notknown. To determine MN1 promoter region we used luciferase reporter assay. The resultsshowed that MN1 promoter lies 673 bp. upstream of the MN1 gene. These results suggestedthat downregulation of MN1 might be essential to control normal expansion ofmyelomonocytic cells and overexpression of MN1 in these cells might force this progenitorpopulation to proliferate abnormally and cause to leukemogenesis. Based on the observationthat expression of the endogenous mouse Mn1 gene was similar in Cbfb-MYH11 chimericand normal mouse BM, we think that CBFb-MYH11 fusion gene, created by inv(16) does notcause MN1 upregulation directly.Key Words: Acute myeloid leukemia, MN1 gene, MN1 expression, Meningioma1, geneticabnormalities in AML. 110

76

Behçet hastalığı, mukokutanoz lezyonlar, artrit, venöz tromboz, arter anevrizması, intestinal ülserler, akciğer ve merkezi sinir sistemi lezyonlan ile pek çok organ ve doku tutulumu gösterebilen, sistemik inflamatuvar bir hastalık olarak tanımlanmaktadır Behçet hastalığının patogenezi bilinmemektedir. Patolojisinin temelinde, kontrolsüz olarak artmış bir immün yanıtın olduğu ileri sürülmektedir. Genetik olarak yatkınlığı olan kişilerde çevresel ajanlar ve çeşitli mikroorganizmalar tarafından inflamatuar yanıt başlatılabilmektedir. Alternatif olarak, Behçet hastalığının kökeninde birincil olarak otoimmünite olabilir denmektedir. Behçet hastalığında bazı otoantij enlere yönelik immün cevabın varlığı gösterilmiştir. Örneğin, anti-endotelial hücre antikoru, non-spesifik bulgu olmasına rağmen hastalarda sık rastlanmaktadır. Retinal S antijen, retinada ifade edilen ve hastalarda üveit ile ilişkili antikorların geliştirebildiği bir otoantij endir. Diğer olası aday otoantij enler içinde, ısı şoku proteinleri (hsp), tropomiyosin ve okside düşük yoğunluklu lipoprotein yer almaktadır. Bununla birlikte, bu antijenlerin gerçekten patojenik olup olmadıkları veya onlara karşı direkt immün cevabın hastalık aktivasyonu ile bağlantılı non spesifik inflamatuar reaksiyondan kaynaklanıp kaynaklanmadığı hala bilinmemektedir. Bu çalışmada, SEREX metodu ile Behçet hastalığına özgü yeni antijenlerin belirlenmesi amaçlandı. SEREX (Serological Analysis of cDNA Expression libraries), yüksek titre IgG antikorlarını meydana çıkaran insan tümör antijenlerini belirlemek amacıyla, serolojik analiz yöntemini antijen klonlama teknikleriyle birleştirmek için geHştirilmiştir. SEREX metodu kullanılarak yapılan araştırmalar sonucu, birkaç otoimmün hastalıkta, bazı otoantikorların varlığı belirlenmiştir. Bugüne kadar çalışılan otoimmün hastalıklar, dev hücreli arteritis, sistemik skleroz, sistemik lupus eritromatozus, IDDM, panuveite neden olan bazı hastalıklar, Sjogren Sendromu ve polimiyaljiya römatikadır. Bu çalışmada, SEREX metodu ile Behçet hastalığı patogenezinde rol alabilecek antijenlerin belirlenmesi amaçlandı. Bunun için çalışmamızda, dört Behçet hasta örneğinden oluşturulan ilk serum havuzu, SEREX ile, insan testis cDNA 94ekspresyon kütüphanesinde tarandı. Tarama sonucunda 20 pozitif klon belirlendi. Bu 20 örneğe ait dizileme sonuçlarına göre, klonlardan 13 tanesi OMIM de kayıtlı (ribozomal protein L3, ubikutin spesifik proteaz 29-USP29, imidazolin-1 -reseptör, sitokromB, kinesin hafif zinciri, p68 RNA helikaz, AKAP450, kinektin, ubikutin spesifik proteaz28, JK-rekombinasyon proteaz, EEA1- erken endosom bağlantılı antijen Agl, C-NAP1 ve 7 tanesi ise kabul numarası almış imaj klonlara veya fonksiyonu tam olarak bilinmeyen genlere (Image klon, Putative NY-REN37 antijen isoform 2/ nuclear protein Ukp68, Kinesin benzeri 8,transcript varyantı, Hs trigger transposable element derivation 4 -TIGD4, Zayıf peregrine benzeri klon, Ras association domain family4 -RASSF4 ve KIAA1074 benzeri gen ürünü) ait diziler olduğu gösterildi. Bu antijenlerin seroepidomiyolojisi çalışmasında, belirlenen antijenlere karşı antikor reaksiyonları sıklığı, Behçet hasta alt grubu serumlarında (n=31) ve kontrol serumunda (n=30) serolojik plak analizi ile uygulanarak belirlendi. Belirlenen genlerin, Behçet hastalığının gelişimi ve ortaya çıkışma ait parametrelerle ilişkisinin anlaşılması için, belirlenen antijenlere karşı elde ettiğimiz seroreaktivite sonuçlan ve klinik veriler arasındaki korelasyonunun değerlendirildi. Belirlenen antijenlerin Behçet hasta alt gruplarındaki ve normallerdeki dağılımları bakıldığında, hastalar ve kontroller arasında, herhangi bir antijenin görülme sıklığı arasında istatistiksel olarak önemli bir farklılık gözlenmedi (p>0.05). Buna rağmen imidazolin-1 -reseptör (p= 0.200), kinektin (p- 0.144) ve ubikutin spesifik proteaz-28-USP28 (p=0.352) antijenleri normal ve kontroller arasında en farklı olan antijenler olarak bulundu. îstatiksel olarak, belirlenen antijenlerin Behçet hasta alt gruplarındaki dağılımlarına bakıldığında da, antijenlerin gruplar arasındaki dağılımlarında önemli anlamlı bir fark bulunamadı. Tüm antijenler için p değeri > 0.05 olarak bulundu. Belirlenen antijenlerin Behçet hastalığı manifestasyonları arasındaki ilişkiye bakıldığında ise, antijenlerin manifestasyonlar arasında dağılımlarında yine istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamadı. Tüm antijenler için p değeri > 0.05 olarak bulundu. 95Bununla beraber, çalışma grubunun küçüklüğü nedeniyle, tip II istatistik hata olasılığının yüksek olduğu ve buna bağlı olarak gerçekçi değerlendirmenin yapılamadığı kabul edildi. Sonuç olarak, etiyolojisi henüz tam olarak aydınlatılmamış olan Behçet hastalığının temelinde otoimmünitenin gelişebilir bir durum olması ve buna yol açan antikorların saptanabilmesi için bu çalışmamızın, bu konuda yapılan ilk çalışma olması, çalışmanın devamını gerektirmektedir. İleriki çalışmalarımızda, benzer klinik özellik gösteren Behçet hastalığı alt gruplarından oluşturulan spesifik serum havuzunda (örneğin, üveitli hasta grubundan oluşturulacak), farklı bir cDNA ekspresyon kütüphanesinin (örneğin retinal cDNA kütüphanesi) taranması hedeflenmektedir. Behcet's disease is a multisystem inflammatory disorder characterized by recurrent oral ulcers, genital ulcers and ocular inflammation, and which frequently involve the joints, skin, central nervous system (CNS) and gastrointestinal tract The aetiology and pathogenesis of Behcet's disease are still unclear, but there is evidence for genetic, immunologic and infectious factors in the onset and throughout the course of the disease. There is no doubt that an inflammatory response to several autoantigens is found Behcet's disease. Anti-endothelial antibodies, for example, are a frequent but non-specific findings. The retinal S antigen is an interesting candidate autoantigen found mainly in the retina. Other putative autoantigens include heat shock proteins, killer immunoglobulin-like receptors, tropomyosin, co-stimulatory molecules, oxidized low-density lipoprotein and retinal S antigen. However, whether any of these autoantigens are truly pathogenic or whether the immune response directed towards them results from the profound inflammatory reaction associated with disease activation remains unknown. SEREX (serological analysis of recombinant expression of cDNA libaries) is a technique designed to isolate tumor antigens that have elicited high-titer IgG responses in human hosts. This is an immunoscreening method for gene cloning, with two key features that distinguish it from earlier immunoscreenings used to identify targets in autoimmune disease. First, the assay was designed, at last originally, to analyze autologous immunological responses to cancer. Second, the screening is performed with serum samples at high dilution (1:1000-1:100), and the secondary antibody used was specific for human IgG. Several tumor antigens identified by SEREX on various types of cancer and autoimmune diseases. This strategy proved effective to identify disease related autoantigens, in insulin-dependent diabetes mellitus (IDDM), Systemic lupus erythematosus (SLE), Systemic sclerosis (SSc), Sjogren's Syndrome, giant cell arteritis and polymyalgia rheumatica. In this study, to identify the target autoantigens in Behcet's disease, we made use of an immunoscreening of a amplified human testis cDNA expression library with serum samples obtained from patients with Behcet's disease (n=4) by SEREX 97method. We isolated 20 positive clones. These are: ribosomal protein L3, ubqutin specific protease 29-USP29, imidazolin-1 -receptor, cytochrom B, kinesin light chain, p68 RNA helicase, AKAP450, kinectin, ubiquitin specific protease 28, JK- rekombination protease, EEA1 -early endosome associated Agl, C-NAP1, an image clone, a putative NY-REN37 antigen isoform 2/ nuclear protein Ukp 68, Kinesin-like 8,transcript variantl, Hs trigger transposable element derivation 4 -TIGD4, a clone, weakly similar to peregrine, Ras association domain family4 -RASSF4 and a clone, like KIAA1074. To understand of these identified antigens in patients with Behcet's disease and healty controls, and also to understand their relation with clinical parameters; we screened the antigens in patients (n=31) and controls (n=30) by serologic plaque analysis. We observed that there was no statistically significant difference in the frequency/distribution of defined antigens between the patient and control groups. Similarly, we observed that distribution of these antigens between Behçet patient sub groups did not differ significantly. We think that these results are due to the limited number of the groups studied and also the homogeneous content of the first patient sera pool. Our preliminary study is important for being the first study in this area and for that it targeted autoimmunogenic baseline of Behcet's Disease aetiology which is still unclear. Despite its limitation based on just four patient sera and testis cDNA libary, our preliminary study shows the use of SEREX in Behcet patients autoimmune repertoir. The possibility of success in that kind of study, will give rise to determine the unique antibodies for Behcet's disease, to understand usefulnes of these antibodies in diagnosis and prognosis and also to evaluate the T-cell responses that are possibly present together with these antibodies, all of which will open new doors to understand the pathology of the disease.Key words: Behcet Disease, SEREX, immunogenic antigen 142

6. ÖZET: KRONİK MYELOID LÖSEMİ (KML) HASTALARINDA, SOCS-1 GEN METİLLENMESİNİN ARAŞTIRILMASI Her ne kadar KML patogenezinin temel sebebinin BCR-ABL geni olduğu bilinse de lökomogeneze giden süreç ve sebep halen belirlenebilmiş değildir. Son yıllarda yapılan çalışmalarda gen metilasyonunun lösemi etyolojisinde önemli rol oynadığı gösterilmiştir. SOCS-1 geni sitokin baskılayıcıları olarak bilinen SOCS gen ailesinin bir üyesi olup, transkripsiyonu kapatıldığında ağır sonuçlar doğurduğu bilinen önemli bir proteindir. Bütün SOCS proteinlerinde olduğu gibi, SOCS-1 de sitokin spesifik çalışmaktadır. Özellikle IL-2, IL-4, IL-6 ve INF-a gibi sitokinlerin sinyal yolunu kapatmaktadır. Daha önce yapılan çalışmalarda SOCS-1 geni metilasyonu tespit edilmiş ve farklı kanser türlerinde belirlenen metilasyonların kanserleşme sürecine sebep olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışma ile KML gelişimindeki sinyal ileti yollarından biri olan JAK/STAT yolağında görevli bir sitokin sinyalizasyon baskılayıcısı olan SOCS-1 geninde metilasyon varlığını tespit edilmesi amaçlandı. KML tanısı almış 90 olgu ve 17 sağlıklı kontrol bireyin DNA?ları, sodyum bisulfit muamelesi sonrasında SOCS-1 geninin promolör ve 2. ekzon bölgelerine özgü iki farklı gen çifti kullanılarak (metile bölgeye özgü ve unmetile bölgeye özgü) metilasyon spesifik PZR yöntemi ile metilasyon açısından incelendi. İkinci ekzon bölgesi hastalarda %64,4 oranında, sağlıklı kontrollerde ise %94, 1 oranında metile halde bulundu. Promotör bölgesinde ise herhangi bir metilasyon tespit edilmedi. Elde edilen sonuçlar KML hastalığı ve SOCS-1 metilasyonunun arasında bir ilişki olmadığını göstermektedir. 51 7.SUMMARY: DETECTION OF SOCS-1 GENE METHYLATION IN CHRONIC MYELOID LEUKEMIA (CML) PATIENTS DCR-ABL is known to be the main underlying reason of the pathogenesis in CML but how this leukomogenesis occurs is still unkown. In the last few years, gene methylation is shown to have an important role in the etiology of leukemias. SOCS-1 gene is one of the members of SOCS protein family which are suppressors of cytokine signaling and inhibition of its transcription could cause severe defects. Like all the members of SOCS family, SOCS-1 has a cytokine specific inhibition. Especially the signaling of IL-2, IL-4, IL-6 and IFN-a are suppressed by SOCS-1 protein. In previous studies, the methylation of SOCS-1 was shown to have a role in the development and progression of different types of cancers as well as CML. The aim of this study was to detect the methylation of SOCS-1 gene in CML patients. Ninety CML patients and 17 healthy individuals were studied for the methylation of SOCS-1 promoter and exon 2 regions. After the sodium bisulfite treatment, the DNA samples were amplified by 2 different primer sets (one for methylated region and one for unmethylated region). The methylation of exon 2 was found to be around 64,4% and 94,1% in CML patients and controls respectively. The promoter region methylation was not detected in any patient samples or controls. The results of this study showed no relation between the SOCS-1 methylation and development of CML. 52 67

ÖZET 'Kolo-Rektal Kanserli Olgularda, Genetik ve Epignetik Değişikliklerin Araştırılması' başlıklı tez çalışmamızda son yıllarda yoğun bir şekilde kanser gelişiminde rol alabileceği düşünülen metilasyonu 6 farklı tümör baskılayıcı gen bölgesinde (APC, hMLHl, DAPKinaz, pl5, pl6 ve p73) ve üç farklı lokus (c-Kit, MSH2, APC) için mikrosatellit karasızlığı araştırıldı. Hipermetilasyon tümör gelişiminin çok erken aşamalarında oluştuğu için tümör gelişiminde hassas bir marker olarak kullanılabileceği gibi genlerin promoterlarındaki metilasyon değişiklikleri tümör davranışının tahmini açısından da bir marker olarak kullanılabilir. Kolorektal kanserlerden korunma yöntemleri patogenezisi anlamaktan geçmektedir. Çevresel faktörlerin etkisini araştırmış çok fazla sayıda epidemiyolojik çalışma bulunmaktadır. Çok basamaklı bir ilerleme gösteren kolorektal kanserlerin, tümör gelişiminde çevre-genetik ilişkisi hakkında çok az bilgi bulunmaktadır. Çalışmaların büyük çoğunluğu, belli toplumlarda yapılmakta ve topluma özgü bilgiler sağlayabilmektedir. Bu çalışmada Türk toplumunda ilk kez kolorektal kanserlerde, epigenetik değişiklikleri araştırdık. 76 olguya ait parafin bloklardan elde edilen DNA' lar kullanılarak 6 farklı tümör baskılayıcı gen bölgesinde metilasyon durumu ve üç farklı lokus için mikrosatellit karasızlığı araştırıldı. 6 farklı tümör baskılayıcı gen bölgesinde metilasyon durumu, 3 gen bölgesindeki mikrosatellit karasızlığı sonuçlan ile karşılaştırarak, tümörün histolojik ve patolojik özellikleri ile ilişkisi ve diğer toplumlardan farkı sorgulandı. En fazla metilasyon pl6 geninde gözlenirken, en az p73 geninde metilasyon belirlendi. P16 metilasyonu kadın hasta örneklerinde istatistiksel olarak anlamlı bir biçimde sık gözlendi. APC metilasyonuna diğer toplumlara göre daha sık rastlandı. hMLHl metilasyonu mikrosatellit kararsızlığı arasında, batı toplumlarına benzer sonuçlar elde edildi. P73 metilasyonu tümörün sol kolona yerleşimi ile ilişkili bulunması yam sıra mikrosatellit karasızlığı ile de oldukça ilişkili bulundu. 104 SUMMARY Recently, several reports have suggested that aberrant methylation of CGIs may play an important role in cancer development. However, there is little integrated information on aberrant CGI methylation in cancer at multiple loci, probably because of the lack of a method to detect methylation in a large number of samples. Furthermore, it has been shown that cultured cell lines have a high degree of CGI methylation but it was not known to what extent this reflects methylation in primary cancers. Aberrant methylation of promoter region CpG islands is associated with transcriptional inactivation of tumor-suppressor genes in neoplasia. The causes and global patterns of CpG methylation in human cancers remain poorly defined. In addition, aberrant methylation of CpG has been associated with the MSI phenotype in colorectal cancer as well as specific carcinogen exposures. To understand global patterns of CpG island methylation in colorectal cancer, we have used Methylation specific -PCR technique to examine 6 differentially methylated tumor-suppressor genes and we analysed 3 Microsatellite loci for MSI. We perform these analyses on 76 sporadic kolorectal cancer samples from their parafin embeded tissue block. This was the first known study for the extend of aberrant methylation in Turkey. We compare the result of methylation and MSI with the available proporties of patients reports. We couldn't observe any relation in between methylation profiles of gene with each other. While hMLHl methylation was similar with available publication report, APC methylation was common then the other population for Turkish patient. PI 6 was the most commenest methylated loci among the 6 of them and it seems storongly related with female patients. p73 was releated with left colorectal cancer and additionally it was related with the MSI. 105 106

6. ÖZET Lösemiler diğer kanser tiplerinden farklı olarak çok nadir şekilde ailevi karakter göstermekte ve bu da lösemi gelişiminde tek gen defektinden çok multifaktöryel- gen/çevre ilişkisi- olduğunu düşündürmektedir. Daha önce yapılan çalışmalarda iyonize radyasyon, benzen ve kanser kemoterapisi gibi etkenlerin kısıtlı sayıdaki lösemi hastalarının etiyolojisinde yer aldığı gösterilmiştir. Ancak bilinen az sayıdaki risk faktörü, ve genetik değişimler tüm lösemi olgularının çok az bir kısmının etiyolojisini açıklayabilmektedir Yapılan moleküler epidemiyolojik çalışmalar sonucu çeşitli detoksifikasyon enzimleri (faz I ve faz II) ile spesifik kanser türleri (akciğer kanseri, kolon, mide, meme, over, safra kesesi kanserleri) arasında ilişkiler gösterilmiştir. Bu çalışmada karaciğer detoksifikasyon enzimlerinden sitokromp450 -faz I-CYP1A1, CYP2D6 ve CYP2E1 ve glutatyon S-transferaz -fez II-GSTT1 ve GSTMİ gen polimorfizmlerinin pediatrik (n=248) ve yetişkin (n=92) akut lösemilerin etiyolojisindeki rolleri Türkiye/İstanbul populasyonu açısından incelemiştir. PCR-RFLP yöntemi kullanılarak yapılan genotipleme sonucu, pediatrik ve yetişkin akut lösemi guruplarında GSTT1 `null`, CYP2D6 *4, CYP1A1*2A ve CYP2E1*6 allelik varyantları ile kontrol gurubu karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamıştır, CYP2D6*3 varyantı akut lösemi hasta gurubu (n=337, %3), kontrol gurubu (n=140, %7) ile karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (i>

6) ÖZET: Allogeneic hematopoetik kök hücre nakli; alıcı hematopetik hücrelerinin sitotoksik ilaçlar ve/ veya radyasyon ile yok edilmesi ve hematopoezin HLA doku grubu uygun sağlıklı bir vericinin hematopoetik kök hücrelerinden gelişmesini kapsamaktadır. Özellikle lösemiler olmak üzere çeşitli hastalıkların tedavisinde kullanılan bir tedavi yöntemidir. Allogeneik hematopoetik kök hücre nakli sonrasında görülen önemli mortalite ve morbidite nedenlerinden biri graft-versus-host hastalığıdır. Hazırlama rejiminin yol açtığı sitokinlerin salimim, alıcı (hasta) hücre hasarı ve aktivasyonuna yol açmaktadır. Aktif alıcı hücrelerinde; inflamatuar sitokinlerin (TNF-a ve IL-1), büyüme faktörlerinin (GM-CSF, TGF-ct v.b) adezyon moleküllerinin ve MHC kompleksi antijenlerinin ekspresyonu artmakta ve bu süreç konak hücre hasan ile sonlanmaktadır. TNF-a ve IL-6 çeşitli hücre tiplerinin çoğalmasından, farklılaşmasından ve aktivasyonundan sorumludur, EL- 10 ise bu aktivasyonlan baskılayıcı olarak görev yapmaktadır. IL-l'de TNF-a'ya benzer görev yapmaktadır. DL-1 Ra ise DL-l'le aynı hücre yüzeyine çekişmeli olarak bağlanarak IL-l'in fonksiyonunu baskılamaktadır. Bu çalışmada 1995-2002 yıllarında farklı kurumlarda allogeneik hematopoetik kök hücre nakli olan vakalarda TNF-a -308, IL-10 -1082, IL-6 -174, EL-lp -511, IL-1 Ra intron 2 gen polimorfizmlerinin GvHH ortaya çıkışı ve şiddeti için prediktif değeri araştırıldı. Daha önceki çalışmalarda, promotör bölgelerdeki bu polimorfizmlerin, sitokinlerin az yada çok salınmasından sorumlu olduğu gösterildi. Bu amaçla çalışmamızda TNF-a için 147 hasta/ 162 verici, IL-10 için 121 hasta/ 131 verici, IL-6 için 109 hasta/ 119 verici, IL-1 için 114 hasta/ 122 verici, IL-1 Ra için 111 hasta/ 119 verici genotiplendi. Çalışmamızda hematopoetik kök hücre nakli sonrası GvHH sıklığı ve ağırlığı ile alıcı ve verici TNF-a, IL-10, DL-1 Ra sitokin gen polimorfizmleri genotipik farklılıkları arasında ilişki gösterilmedi. Öte yandan hematopoetik kök hücre nakli sonrası alıcı akut GvHH sıklığı ile DL-6 gen polimorfizmi arasında ilişki saptandı. DL-6 -174 gen polimorfizmi G alleli varlığı, akut GvHH sıklığı açısından bir risk faktörü olarak belirlendi. (P= 0,015, O.R: 1,597) 66Çalışmamız yaş grupları açısından değerlendirildiğinde ve erişkin yaş grubu ayrı ele alındığında İL- ip -511 ile akut yada kronik GvHH sıklığı arasında ilişki saptandı. EL- ip - 511 polimorfizmi Allel 2 varlığı, GvHH sıklığı açısından bir risk faktörü olarak belirlendi. (P= 0,037, O.R.: 2,97) Daha homojen kitleleri kapsayan birden çok risk faktörü ile birlikte değerlendirme yapılan yeni çalışmalarda sitokin gen polimorfizmlerinin GvHH'na etkisi daha net gösterilebilecektir. Bu durumda GvHH profılaksi sinin genetik risk faktörüne göre önceden yönlendirilebilmesi mümkün olabilecektir ve GvHH fîzyopatolojisi hakkında teorik bilgiler genişleyebilecektir. 67 7) SUMMARY Allogeneic stem cell transplantation includes the destruction of the host hematopoietic cells by cytotoxic agent and transfer healty donor's hematopoetic stem cells whose HLA tissue group is matched. This treatment is used in various diseases especially in leukaemia. One of the important reasons of mortality and morbidity seen after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation is the graft versus host disease. The cytokines released during the conditioning regimen causes the host cell damage and activation. The expression of inflamatory cytokines (TNF-a ve IL-1), growth factors (GM-CSF, TGF-a..), adhesion molecules and the antigens of MHC complex increases and this causes the host cell damage. TNF-a and IL-6 are responsible for the proliferation, differentiation and activation of the cell types, IL-10 supresses these activations. IL-1, acts as TNF-a. IL-1 Ra competitively binds the same cell surface as IL-1 and inhibits the function of IL-1. In this study, the incidence and severity of GvHD the predictive value of the TNF- a 308, IL-10 -1082, IL-6 -174, IL-1 -511, IL-1 Ra intron 2 gene polymorphisms were investigated. The subjects were patients and their donors who underwent hematopoietic stem cell transplantation in different centers between 1995-2002. In the previous studies it was shown that, these polimorphisms taking place in the promoter regions was responsible for the secretion of the cytokines. Therefore 147 patients/ 162 donors for TNF-a, 121 patients/ 131 donors for IL-10, 109 patients/ 119 donors for IL-6, 114 patients/ 122 donors for IL-1, 111 patients/ 1 19 donors for IL-1 Ra was genotyped in our study. No relationships are shown between GvHD incidence and severity after hematopoietic stem cell transplantation and genotypic differences of host and donor TNF- a, IL-10, IL-1 Ra cytokine gene polymorphisms. On the other hand, correlation was seen between host aGvHD incidence after hematopoietic stem cell transplantation and IL-6 gene polymorphism. The presence of IL-6 -174 gene polymorphism, G allele, was determined as a risk factor for aGvHD frequency. (P= 0.015, OR: 1.59) 68Our study involves two different groups of age distribution (child 1-17, adult 18- 51). When the adult age group was considered alone, correlation was found between IL-ip -511 and acute or chronic GvHD frequency. The presence of IL-ip -511 polymorphism, allele 2 was determined as a risk factor with regard to GvHD frequency (P=0.037, OR:2,97) The affect of cytokine gene polymorphisms to GvHD can be shown definitely in further studies which involves the assesment of multiple genetic risk factors and more homogeneous populations. If so, the prophylaxis to GvHD will be able to pre-guided according to the risk factor. Moreover the theoric knowledge about GvHD physiopathology will be able to be broaden. 69 84

VI. ÖZET: Obesite, yağ dokusunun, vücut ağırlığı içinde orantısız artışıdır. Obesitenin en sık nedeni alınan enerji ile tüketilen enerji arasındaki dengesizlik sonucu alınan enerjinin fazlası yağ dokusunda depolanmasıdır. Buna `eksojen obesite` denir. Obesite üzerinde genetik faktörlerin etkisinin bugün % 40-70 arasında olduğu kabul edilmektedir. Endojen nedenlere bağlı olarak ortaya çıkan obesite şekli ise obesler içinde % 5 dolaylarındadır. Obesite tanımında en sık; 1- BMI (Body Mass Index) veya 2-Rölatif Tartı (Boya uyan tartı) kriterleri kullanılır. Erişkin için bu değerler BMI için 30 kg/m2 ve rölatif tartı için % 120' dir. BMI çocuklarda yaşa göre değişkenlik gösterir (9). Obes çocuğu bekleyen en önemli sağlık sorunları Tip 2 diyabet, hipertansiyon, makrovasküler bozukluklardır. Bu nedenle obes çocuklarda; açlık kan şekeri, insulin, kortizoL, trigliserid, kolesterol, HDL kolesterol düzeylerine bakılması, gerekirse ilave tetkikler yapılması gerekebilir (9). Glukokortikoidler, metabolik, endokrin, immün ve sinir sisteminin cevaplarım düzenler ve transkripsiyonu dengeler (2,25). Glukokortikoid hormonlar,diğer steroid hormonlar gibi, nükleusa geçip kromatinin spesifik bölgelerine bağlanmak için spesifik sitoplazmik reseptör kompleksini kullanırlar. Glukokortikoid reseptörü 94 kD' luk bir polipeptid olup, steroid ve DNA-bağlayan domainlere sahiptir. Reseptör geni 5. kromozomun uzun kolunun q31-32. bölgesine lokalize olmuştur (2). m < ; ' J-.r~ i!,--i 83Glukokortikoid reseptörün 3 izoformu vardır. Alfa, beta (2) ve gama (21). Alfa transkripsiyonel olarak aktifken, beta inaktiftir. Gama' nın işlevi tam olarak bilinmemektedir (21). Biz bu çalışmada insan glukokortikoid reseptör geninin (GRL) 2. ekzonunda görülen Asn363Ser (A1220G) polimorfiznıini 2-18 yaş arası 78 obes ve 71 non-obes çocuklarda araştırdık. Daha önceden tanımlanan primerleri (13) kullanarak GRL' nin 2. ekzonun 1220. noktasmdaki polimorfik bölgeyi Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile amplifiye ettik. 249 baz çifti (bp) olan PCR ürünümüzü, ürünü iki ayn noktada kesen Tsp509I (TspEI) enzimi ile kestik. Deneylerin sonucunda 78 obes olgu içinde 14 A/G genotipi (%17,9) bulunurken G/G genotipi tesbit edilemedi. Kontrol grubunda ise 71 non-obes olguda 3 A/G genotipi ve 1 G/G genotipi (%5,7) bulundu. Obes ve kontrol grubunu biyokimyasal parametreler açısından karşılaştırdığımızda, şeker (p=0,002), kolesterol (p

ÖZET Protoonkogenler ve tümör süpressör genlerdeki bir değişiklik (genetik değişiklik) kanser oluşumuna neden olabilmektedir. Bu genetik değişikliklerin tespiti medüller tiroid kanserinde olduğu gibi çeşitli kanser tiplerinin gelişim mekanizmalarının aydınlatılmasına ve böylece erken teşhise ve tedaviye olanak sağlamaktadır. RET protoonkogendeki nokta mutayonları Medüller Tiroid Kanserine sebep olmaktadır. Genin 10. ve 11. eksonlanndaki nokta mutayonları Mutipl Endokrin Neoplazi Tip 2A ve Ailevi Medüller Tiroid Kanserine 16. eksondaki nokta mutasyonu Mutipl Endokrin Neoplazi Tip 2B'ye sebep olmaktadır.RET protoonkogenindde ki belirli nokta mutasyonlan; MEN 2A % 95-97, MEN 2B % 95, AMTK % 75-85 ve sporadik Medüller Tiroid Kanseri (sMTK) somatik mutasyon olarak yaklaşık % 30 oranında belirlenmiştir (17). Bu mutasyonlar hasta olgularla sağlıklı akrabalarında da tespit edilmiştir. Bu sağlıklı olgularda bir süre sonra titoid kanseri gelişebileceği görülmüştür. Ülkemizde ilk olan çalışmamızda beş aile (4 mEN 2A;1 MEN 2B) 35 hasta ve hasta yakını ile 12 sMTK'Iı olgu çalışılmıştır. Tespit edilen sonuçlar genelde belirlene oranlara yakındır. Olgulardan 15'inde mutasyon tespit edilmiştir. Bu olguların beşi sağlıklı bireylerdir. Sonuçlarımız kliniğe bildirilmiştir. Bu sonuçlar itibariyle RET protoonkogendeki incelenen nokta mutayonları sağlıklı olgular içinde mutasyon taşıyıcı bireylerde hastalığın ortaya çıkmadan erken teşhis ve tedavisini sağlamaktadır. Genetik testlerin diğer biyokimyasal testlerden daha güvenli ve kısa sürede sonuç alınması sebebiyle klinikte uygulanmasının uygun olduğu gözlenmiştir. 88 SUMMARY Changes in proto-onco§enes and tumor supressor genes changes cause the initiation of cancer. Detection of these changes helps to understand the mechanism of cancer and enables an early diagnostic and treatment. Germline mutation in RET proto-oncogene causes medullary thyroid cancer especially at exon 10, 11 and 16. Mutations at exons 10 and 11 relate to MEN 2A and FMTC; mutations at exon 16, however releates MEN 2B. DNA analyses sr*ow that the% 95 to 97 of MEN 2A, % 75 to 85 of FMTC and % 95 of MEN 2B are germline mutations in the RET proto-oncogene. In sMTC no germline mutations have been identified, however somatic mutations have been found in approximately % 30 of the sporadic cases at exon 16. Using a PCR-Restriction Enzyme Analysis, the 10th, the 11th and 16th exons of the RET proto-oncogene were analysed. 47 patients and their relatives had been analysed. 10 patients and 5 relatives carried germline mutation at those exons.The results were announced to the doctors. Therefore the results show that the detection of germline mutations in RET proto- oncogene especially in healthy people provides early diagnosis and treatment. This genetic test is faster and more reliable than other biochemical tests such as pentagastrin measurements. Therefore the genetic test is more powerful test in the diagnostics and follow up the patients. 89 96

VI.OZET Hematopoetik sistemden kaynaklanan lösemiler sıklıkla translokasyon, delesyon gibi kromozomal dengesizliklerle ilişkilidir. Somatik olarak oluşan translokasyonlar lösemi patogenezinde önemli rol oynar. Bu translokasyonlar sıklıkla normal hematopoezde regülatör rol oynayan proteinleri kodlayan genlerin yapısını veya ekspresyonunun değiştirir. Lösemilerle ilişkili translokasyonlarm karakterizasyonu lösemi prognozu ve sınıflanmasında gelişmeler sağlar. t( 12,21) translokasyonu, TEL geni ile AML1 genini birleştirir. TEL ve Amil genleri ilk olarak myeloid malignansilere spesifik olan kromozomal translokasyonlarda saptanmıştır. TEL-AML1 kimerik proteininin ekspresyonu ile sonuçlanan t(12;21) translokasyonu sitogenetik yöntemlerle çocukluk çağı ALL'lerinin %0,05'inde saptanır (52). TEL-AML1 tanının hassasiyetini arttıran RT-PCR(reverse transcriptase polimerase chain reaction) ve Southern Blot analizleriyle çocukluk çağı ALL'lerinin %20-30'unda saptanır (5, 8, 29, 31, 36, 40, 54, 55, 67). t(12;21) erişkin ALL'lerinde ise yalnız %3 oranında saptanır (36). TEL-AML1 pozitif çocukluk çağı ALL'lerinin uzun süreli klinik sonuçlan belli değildir. Tanı sırasında yapılan çalışmalar iyi prognozlu olduğunu gösterir. Fakat relapslı hastalarda yapılan çalışmalarda TEL-AML1 pozitifliğinin yüksek insidans göstermesinden dolayı iyi prognozlu olmayabilir (32, 59, 83). Çalışmamızda TEL-AML1 fuzyon geninin sıklığını ve prognostik önemini araştırdık. BFM86 ve BFM90 tedavi protokolleriyle tedavi edilen, t(9;22)-pl90 ve t(4;ll) translokasyonlan bulunmayan 102 çocukluk çağı ALL'li hastada TEL-AML1 fuzyon geni varlığını araştırdık. RT-PCR analiziyle TEL-AML1 fuzyon geni, yeni tanı almış hastaların %23,4 (22/94)'ünde ve relapstaki hastaların %12,5 (l/8)'inde saptandı. 23 TEL-AML1 pozitif hastamn yaşlan 2-9 arasındaydı ve ikisi dışında hepsi pre-B immunfenotip gösterirken, kalan iki hasta olgun B hücre immunfenotipi gösteriyordu. Hastalann sağkalımmı değerlendirmek için yapılan istatistiksel analizler, t(12;21) pozitif olan ve t(12;21), t(9,22) P190, t(4;ll) negatif olan hastalann sağkalımlan arasında anlamlı fark olmadığını gösterdi. t(9;22) ve t(4;ll) translokasyonlan çocukluk çağı ALL'lerinde kötü prognozla birliktedir. Bu durum, t(9;22) ve t(4;ll) pozitif hastalann çalışmaya alınmamasına bağlı olabilir. Aynca hastalann izlenme süreside oldukça kısadır. 90Bu sonuçlar, daha önce yapılan çalışmalardaki gibi, çocukluk çağı ALL'lerinde t(12;21) translokasyonunun en sık translokasyon olduğunu gösterir. TEL-AML1 füzyon geninin prognostik öneminin belirlenmesi için hastaların uzun süre takip edilmesi gerekmektedir. 91 VII. SUMMARY Leukemias derived from the hematopoietic system are frequently associated with spesific chromosomal aberrations, such as translocations and deletions. Somatically acquired translocations play a major role in the pathogenesis of leukemias. These translocations frequently alter the structure or expression of genes encoding key regulatory proteins involved in normal hematopoiesis. The identification and characterization of translocation associated with leukemias has lead to advances in classification and prognosis of leukemia. The recurrent t(12;21) (pl3;q22) translocation fuses two genes, TEL and AML1, that have previously been described in chromosomal translocations specific for myeloid malignancies. t(12;21) translocation that results in expression of a TEL-AML1 chimeric product, can be detected in 0,05 % of childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL) by cytogenetic analysis (52). TEL-AML1 detected in 20-30 % of childhood ALL, when analyzed by southern analysis and reverse transcriptase - polimerase chain reaction (RT-PCR), which increases the sensitivity of diagnosis (5, 8, 29, 31, 36, 40, 54, 55, 67). t(12,21) detected only in 3 % of adult ALL (36 ). Long term outcome of children with TEL-AML1 positive ALL is uncertain. Although studies of newly diagnosed patients have indicated that TEL-AML1 fusions confers a favorable prognosis, analysis of relapsed cases suggests that this may not be true, because some studies indicate that it has relatively high insidance (19-21%) in relapsed patients (32, 59, 83). In our study, we have investigated, the frequency and prognostic significance of TEL-AML1 fusion genes. We have analyzed 102 childhood ALL patients without t(9;22)-pl90 and t(4;ll) who had been treated by BFM86 and BFM90 therapy protocols. We detected, presence of TEL-AML1 chimeric transcript, in 23,4% (22/94) of newly diagnosed and 12,5% (1/8) of relapsed childhood ALL patients by RT-PCR analysis. Ages of 23 patients that positive for the TEL-AML1 fusion product, ranged between 2 and 9 years and all but two, showed pre-B cell immunophenotype. Interestingly two patients showed mature B cell immunophenotype. Statistical analysis for the survival of patients, indicated that there is not significant difference t(12;21) positive patients and t( 12,21), t(4,ll) and t(9;22)-pl90 negative patients. This result may due to exclude of t(9;22)-P190 and t(4;ll) positive patients. t(9;22)-P190 and 92t(4;l 1) is associated with poor prognosis in childhood ALL. Moreover, clinical follow- up has been very short in childhood ALL patients. These results shows that t(12,21)is the most frequent translocation in childhood ALL, as previously shown other studies. The prognostic significance of TEL-AML1 requires long term follow-up of TEL-AML1 positive childhood ALL. 93 106