KillSwitch & pSENSE-RS : illuminer les bactéries pour étudier le métabolisme à l'aide des riborégulateurs

Pour survivre et croître, les bactéries ont besoin de réguler leur expression génique pour s’adapter à leur environnement. Les riborégulateurs sont un des moyens à la disposition de ces organismes pour atteindre ce but. Les riborégulateurs sont des ARN structurés retrouvés majoritairement en 5’ des gènes qu’ils régulent que ce soit au niveau de la transcription ou de la traduction. Cette régulation est rendue possible par la liaison d’un ligand particulier qui va entraîner le changement de conformation du riborégulateur, changement qui résultera en l’expression ou non du gène en aval. Ces structures sont largement répandues chez les bactéries et quelques exemples existent également chez les plantes. Ceci amène deux questions : quelle est leur importance dans la survie bactérienne et comment s’en servir pour étudier le métabolisme bactérien ? Dans un premier projet appelé KillSwitch, j’ai essayé de déterminer leur impact en procédant à leur délétion pour observer la survie et la compétitivité de la bactérie, lorsque privée de ce moyen de régulation. Si ce projet n’a pas été mené à son terme pour diverses raisons, il semblerait que dans certaines conditions particulières, la bactérie est affectée par la perte de son riborégulateur. D’autres études sont nécessaires pour confirmer et compléter ces premiers résultats. Dans un second projet, j’ai développé un outil basé sur un riborégulateur utilisé comme un biosenseur pour suivre la concentration en ligand en fonction de mutations dans le génome. En effet, cet outil plasmidique a été transféré dans une collection de gènes mutants d’E. coli pour étudier la régulation d’une protéine fluorescente via un riborégulateur TPP. Ceci nous a permis d’identifier un certain nombre de gènes dont l’absence fait varier la concentration en TPP dans la cellule, effets connus pour certains, mais observés pour la première pour d’autres. Ce système peut être adapté à d’autres riborégulateurs qu’ils soient naturels ou synthétiques. Il devrai