Detection and quantization of biopsy samples from biopsy cassette images

When a biopsy study is performed, specimens are placed into plastic containers called cassettes. One of the steps that samples undergo consists of a macroscopic examination where the main traits of the specimens in cassettes are documented. The aim of this project is to minimise the time spent on this step by retrieving the information from images automatically from cassette images. Additionally, it aims to reduce human error. This thesis proposes an algorithm that allows reading the alphanumeric code printed on the cassettes specimens are contained in and obtaining the number of samples present, measurements, shape, and colour. The algorithm has been evaluated with MacroPath images provided by Hospitals within the DigiPatICS project. Relying on traditional image processing methods, the system has shown results that compare to the ones currently obtained by pathologists.
Cuando se realiza un estudio de una biopsia, los especímenes se colocan en contenedores de plástico llamados casetes. Uno de los pasos a los que se someten las muestras consiste en un examen macroscópico en el que se documentan los principales rasgos de los especímenes en los casetes. El objetivo de este proyecto es minimizar el tiempo empleado en este paso recuperando la información de las imágenes automáticamente a partir de las imágenes de los casetes. Además, también pretende disminuir los errores producidos en esta parte del proceso. Esta tesis propone un algoritmo que permite leer el código alfanumérico impreso en los casetes que contienen los especímenes y obtener el número de muestras presentes, las medidas, la forma y el color. El algoritmo se ha evaluado con imágenes tomadas con MacroPath proporcionadas por los hospitales dentro del proyecto DigiPatICS. Usando métodos tradicionales de procesado de imagen, el sistema ha mostrado resultados comparables a los obtenidos actualmente por los patólogos.
Quan es realitza un estudi d'una biòpsia, els espècimens es col·loquen en contenidors de plàstic anomenats cassets. Un dels passos als quals se sotmeten les mostres consisteix en un examen macroscòpic en el qual es documenten els principals trets dels espècimens. L'objectiu d'aquest projecte és minimitzar el temps emprat en aquest pas recuperant la informació de les imatges automàticament a partir de les imatges dels cassets. A més, també es pretén disminuir els errors produïts en aquesta part del procés. Aquesta tesi proposa un algorisme que permet llegir el codi alfanumèric imprès en els cassets que contenen els espècimens i obtenir el nombre de mostres presents, les mesures, la forma i el color. L'algorisme s'ha avaluat amb imatges preses amb MacroPath, les quals han estat proporcionades pels hospitals dins del projecte DigiPatICS. Fent servir mètodes tradicionals de processament d'imatge, el sistema ha mostrat resultats comparables als obtinguts actualment pels patòlegs.