Methodische Entwicklung eines standardisierten Verfahrens zur quantitativen Proteomanalyse aus Formalin fixierten Geweben und dessen Einsatz in Protein Microarrays

Klinisches Archivmaterial stellt eine umfangreiche und wertvolle Quelle an Gewebeproben für Forschung und Diagnose dar. Aufgrund früherer Studien wurde angenommen, dass aus Formalin fixierten und Paraffin eingebetteten Proben keine intakten Proteine isoliert werden können. In der vorliegenden Arbeit konnte eine Methode etabliert werden, mit der nicht degradierte Proteine effizient extrahiert werden können. Die Proteindetektion erfolgte durch etablierte molekularbiologische Verfahren wie Western- und Dot-Blots. Fixierte und nicht fixierte Lysate zeigten sich weitestgehend vergleichbar. Weiterhin konnte die Methode auf die Hochdurchsatzanwendung mit Reverse Phase Protein Microarrays adaptiert werden. Sie eignet sich daher auch für den Einsatz in der klinischen Diagnostik, zur personalisierten, exakten Quantifizierung von Biomarkern aus entnommenen Gewebeproben und ergänzt sinnvoll die histopathologische Bewertung von Gewebeschnitten.
Clinical archive material represents a substantial and valuable source of tissue samples for research and diagnostic approaches. Based on earlier studies the extraction of intact proteins was considered not possible. In the present theses a method was established for efficient extraction of full length proteins from formalin fixed and paraffin embedded tissues. The protein detection was done by established molecular biologic techniques like western blotting and dot blots. Fixed and non fixed samples showed almost identical results. In a next step the method was adapted to a high throughput application on reverse phase protein arrays. All together the developed method is applicable for clinical routine diagnostic, for a personalized exact quantitation of biomarker from tissue biopsy and therefore reasonable complements histopathological evaluations of patient tissue sections.