Detección de regiones genómicas con elevado desequilibrio de ligamiento en poblaciones de vacuno de carne españolas con análisis de BovineHD BeadChip

The objective of this study was to evaluate the pattern of linkage disequilibrium along the genome in seven autochthonous Spanish cattle beef populations (Asturiana de los Valles, Avileña Negra-Ibérica, Bruna dels Pirineus, Morucha, Pirenaica, Retinta and Rubia Gallega). The BovineHD BeadChip was used to genotype 171 trios of individual/sire/dam. 573,134 SNPs were available after filtering. With this information, a parameter that measures the mean disequilibrium of the genome in regions of 1 Mb in each population was defined. The results show that the linkage disequilibrium is very heterogeneous along the genome, and this heterogeneity is consistent among the considered populations. The causes of this heterogeneity could be structural, and attributed to a lower mutation rate and/or recombination rate, or a result of stabilizing selection.
El objetivo de este trabajo fue evaluar el patrón de desequilibrio de ligamiento a lo largo del genoma en siete poblaciones españolas autóctonas de vacuno de carne (Asturiana de los Valles, Avileña Negra-Ibérica, Bruna dels Pirineus, Morucha, Pirenaica, Retinta y Rubia Gallega). Para ello, se utilizó el BovineHD BeadChip con el que se genotiparon 171 tríos formados por individuo/padre/madre. Después del filtrado, se dispuso de 573.134 SNP. A partir de esta información se definió un parámetro que mide el desequilibrio medio del genoma por regiones de 1Mb en cada una de las poblaciones. Los resultados mostraron que el desequilibrio de ligamiento es muy heterogéneo a lo largo del genoma y que, además, esta heterogeneidad es consistente entre poblaciones. Las causas de esta heterogeneidad pueden ser, o bien estructurales y atribuibles a una menor tasa de mutación y/o recombinación, o bien consecuencia de procesos de selección estabilizadora.