Vergelijking van methoden voor detectie en typering van virussen in voedsel : Hepatitis A-virus en rotavirus

RIVM rapport:Voedseloverdraagbare virussen kunnen vooral worden overgedragen via voedsel dat niet of nauwelijks is verhit. Voorbeelden zijn schelpdieren, verse groente en fruit en kant-en-klare producten, zoals belegde broodjes en salades. Om de bron van een voedselinfectie te kunnen achterhalen wordt onderzocht of op het voedsel en in de patiënt hetzelfde virus aanwezig is. Tot nu toe werd hiervoor bij de patiënt een ander stukje van het genetisch materiaal van het virus aangetoond dan bij het virus dat aanwezig is op voedsel of in water. Door deze werkwijze was het niet mogelijk om de aangetroffen virussen te vergelijken, waardoor de besmettingsbron niet kon worden vastgesteld. Uit onderzoek van het RIVM blijkt nu dat zowel voor hepatitis A-virus als voor rotavirus één stukje genetisch materiaal kan worden aangetoond in de drie soorten monsters. Dit maakt het eenvoudiger om de bronnen van voedselgerelateerde virusinfecties te achterhalen. Voor het onderzoek zijn de verschillende methoden vergeleken die momenteel worden gebruikt om de bronnen van voedseloverdraagbare virusinfecties op te sporen. Virusonderzoek wordt vaak gedaan met de moleculaire techniek PCR (polymerase chain reaction), waarmee een deel van het genetisch materiaal van een virus wordt aangetoond. Er zijn verschillende PCR's beschikbaar waarmee verschillende delen van het genetisch materiaal worden gedetecteerd. Vaak wordt eerst aangetoond óf en welk virus aanwezig is (detectie). Vervolgens wordt bepaald om welk type virus het gaat (typering). Voor het onderliggende onderzoek zijn van twee virussen, hepatitis A-virus en rotavirus, meerdere detectie- en typerings-PCR's vergeleken. Voor beide virussen is bepaald welk stukje genetisch materiaal het best met PCR kan worden aangetoond om het in de mens, op voedsel en in water te kunnen detecteren. Daarnaast is bekeken welk stukje genetisch materiaal het meest geschikt is om het type virus vast te stellen (typerings-PCR). Voor beide virussen bleek dat de detectie-PCR
Foodborne viruses can be transmitted through the consumption of food that has had little or no treatment, such as shellfish, fresh produce and ready-to-eat food products. To be able to trace the source of a foodborne virus infection, viruses present in the food and in the patient have to be compared. Currently, a different part of the viral genome is detected in patients than in food and water samples, indicating that viruses cannot be compared and the source not established. Research by the National Institute for Public Health and the Environment (RIVM) has now determined which part of the viral genome of hepatitis A virus and rotavirus can be detected in all three sample types. This will facilitate the tracing of the source of foodborne virus infections. Several methods that are currently used for the tracing of viruses involved in foodborne infections were compared. Virus research is often done by the molecular technique PCR (polymerase chain reaction), which detects part of the genetic material of the virus. Several PCRs are available that target different parts of the viral genome. Generally, the presence of a virus in a suspected food item is determined by a detection PCR, after which the identity of the virus is established by a typing PCR. In the present study, several detection and typing PCRs specific for hepatitis A virus and rotavirus were compared. For both viruses it was determined which part of the viral genome was most efficiently detected in patients, food and water samples. Furthermore, the study showed which part of the viral genome was most suitable for typing the virus in the three different sample types. For both viruses, the detection PCR appeared to be more sensitive than the typing PCR, indicating that at low levels of contamination viruses may be detected, but cannot be typed. This means that viruses detected in the patient and in a suspected food product cannot always be conclusively determined as identical. If this is the case, then it re