Detección y cuantificación de SARS-CoV-2 y su posible correlación con la presencia de crAssphage

[ES] El SARS-CoV-2 (del inglés severe acute respiratory síndrome coronavirus 2) es un virus respiratorio causante de la COVID-19. Como ya ocurre con otros virus respiratorios, el SARS-CoV-2 se excreta también en heces lo que nos permite poder detectarlo y cuantificarlo en las aguas residuales con técnicas de biología molecular como la RT-qPCR. Gracias a la detección del ARN de SARS-CoV-2 en aguas residuales podemos utilizar los resultados como una herramienta epidemiológica complementaria a las ya utilizadas a nivel clínico, pudiendo así adelantarnos a la situación que se va a dar en clínica y ejercer una mejor y rápida respuesta sanitaria, previa a la aparición de casos clínicos severos. Por otro lado, el bacteriófago crAssphage se encuentra de forma natural en el tracto gastrointestinal de los seres humanos y, por tanto, se excreta en las heces. Esta característica nos permite utilizarlo como indicador de contaminación fecal vírica en el agua. Se han realizado estudios (Wilder et al. 2021; Haramoto et al. 2018; Polo et al. 2020) los cuales demuestran que esta técnica de co-cuantificación con crAssphage en aguas residuales ayuda a estandarizar los resultados debido al factor de dilución que presentan las muestras de agua residual al mezclarse con agua pluviales. El objetivo del trabajo se centró tanto en la detección y cuantificación de SARS-CoV-2 para observar su dinámica poblacional y su incidencia, como en normalizar los resultados obtenidos con el indicador de contaminación fecal vírica crAssphage en aguas residuales procedentes de colectores de la ciudad de Valencia. Para ello se utilizaron técnicas de biología molecular, como la RT-qPCR para SARS-CoV-2 y la qPCR para crAssphage, para la detección y cuantificación de ambos virus en muestras de colectores de la provincia de Valencia y un control de proceso (PEDV) para evaluar la eficiencia del proceso de concentración y extracción. Los resultados obtenidos se utilizaron para seguir la evolución de SARS-CoV-2 en
[EN] Detection and quantification of SARS-CoV-2 and normalization of the results with the indicator of fecal viral contamination crAssphage. SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) is a respiratory virus that causes COVID-19. As with other respiratory viruses, SARS-CoV-2 is also excreted in faeces, which allows us to detect and quantify it in wastewater with molecular biology techniques such as RT-qPCR. Due to the detection of SARS-CoV-2 RNA in wastewater, we can use the results as an epidemiological tool complementary to those already used at the clinical level, thus being able to anticipate the situation that will occur in the clinic and exercise a better and rapid health response, prior to the appearance of severe clinical cases. On the other hand, the bacteriophage crAssphage is found naturally in the gastrointestinal tract of humans and is therefore excreted in faeces. This characteristic allows us to use it as an indicator of viral fecal contamination in water. Studies have been carried out (Wilder et al. 2021; Haramoto et al. 2018; Polo et al. 2020) which show that this co-quantification technique with crAssphage in wastewater helps to standardize the results due to the dilution factor presented by the wastewater samples when mixed with rainwater. The objective of the work focused both on the detection and quantification of SARS-CoV-2 to observe its population dynamics and its incidence, and on normalizing the results obtained with indicator of viral fecal contamination crAssphage in wastewater. For this, molecular biology techniques were used, such as RT-qPCR for SARS-CoV2 and qPCR for crAssphage, for the detection and quantification of both viruses in samples from collectors in the city of Valencia and a process control (PEDV) to monitor the efficiency of the concentration and extraction process. The results obtained were used to follow the evolution of SARS-CoV-2 in the city of Valencia. In this study, a total of 53 samples were analyz