Análisis de Genes Candidatos de QTLs para la Composición de la Microbiota Intestinal del Cerdo

[ES] La microbiota intestinal es un ecosistema complejo y dinámico con un papel muy importante en el desarrollo del animal en las diferentes etapas en el ciclo productivo. Además, la interacción de estos microorganismos con los receptores en la mucosa gástrica influye en alto grado en la expresión génica del hospedador. Este proyecto parte de una investigación de Crespo-Piazuelo et al., (2019) donde se identificaron regiones genómicas asociadas con la composición de varios géneros bacterianos. Los genes candidatos del genoma porcino se seleccionaron por posición y función para cada género microbiano: Streptococcus (UROS), Akkermansia (CHST12), Phascolarctobacterium (ST14, IKBKE, JAM3), y Prevotella (MAN2B2). Se utilizó cDNA para el gen UROS Y DNA genómico para los genes CHST12, MAN2B2, ST14, IKBKE Y JAM3 de un material animal Duroc x Ibérico, 16 animales extremos para la abundancia relativa de cada género microbiano (8 de la línea alta, 8 de la línea baja). Para identificar los polimorfismos genéticos ya anotados en estos genes se utilizó la aplicación BioMartTool de Ensembl Project (www.ensembl.org) para cada gen y se hizo la correspondiente predicción del efecto de los SNPs. Se seleccionaron preferentemente SNPs de interés que determinaban un cambio en la secuencia de aminoácidos de la proteína. Se diseñaron los primers para amplificar las regiones genómicas de interés por medio de la reacción de la cadena de la polimerasa (PCR) mediante la aplicación Web Primer3Plus y se secuenciaron por el método Sanger. Las secuencias obtenidas se alinearon por medio del software SEQUENCHER 5.4.6 y se visualizaron y anotaron los SNPs en el genoma de los genes UROS, IKBKE, ST14 y JAM3. El gen UROS presento 16 polimorfismos para un solo individuo, sin arrojar información de importancia. Para los demás genes se encontraron 3 SNPs de interés. El primero se encuentra en el gen JAM3, común para siete de los ocho animales de la línea alta en abundancia del género bacteriano Phascolarc
[EN] The gut microbiota is a complex and dynamic ecosystem with a very important role in the development of the animal at different stages in the production cycle. Furthermore, the interaction of these microorganisms with the receptors in the gastric mucosa greatly influences the gene expression of the host. This project starts from an investigation by Crespo-Piazuelo et al., (2019) where genomic regions associated with the composition of various bacterial genera were identified. Porcine genome candidate genes were selected by position and function for each microbial genus: Streptococcus (UROS), Akkermansia (CHST12), Phascolarctobacterium (ST14, IKBKE, JAM3), and Prevotella (MAN2B2). CDNA was used for the UROS gene and genomic DNA for the CHST12, MAN2B2, ST14, IKBKE and JAM3 genes from a Duroc x Iberian animal material, 16 extreme animals for the relative abundance of each microbial genus (8 from the high line, 8 from the line down). To identify the genetic polymorphisms already noted in these genes, the BioMartTool application from Ensembl Project (www.ensembl.org) was used for each gene and the corresponding prediction of the effect of the SNPs was made. SNPs of interest were preferably selected which determined a change in the amino acid sequence of the protein. Primers were designed to amplify the genomic regions of interest by means of the polymerase chain reaction (PCR) using the Primer3Plus Web application and were sequenced by the Sanger method. The sequences obtained were aligned by means of the SEQUENCHER 5.4.6 software and the SNPs in the genome of the UROS, IKBKE, ST14 and JAM3 genes were visualized and annotated. The UROS gene presented 16 polymorphisms for a single individual, without yielding important information. For the other genes, 3 SNPs of interest were found. The first is found in the JAM3 gene, common to seven of the eight abundant high-line animals of the bacterial genus Phascolarctobacterium. This polymorphism is not annotated in Ensembl and
[CA] La microbiota intestinal és un ecosistema complex i dinàmic amb un paper molt important en el desenvolupament de l'animal en les diferents etapes en el cicle productiu. A més, la interacció d'aquests microorganismes amb els receptors en la mucosa gàstrica influeix enlaire grau en l'expressió gènica de l'hoste. Aquest projecte parteix d'una investigació de Crespo-Piazuelo et al., (2019) on es van identificar regions genòmiques associades amb la composició de diversos gèneres bacterians. Els gens candidats del genoma porcí es van seleccionar per posició i funció per a cada gènere microbià: Streptococcus (UROS), Akkermansia (CHST12), Phascolarctobacterium (ST14, IKBKE, JAM3), i Prevotella (MAN2B2). Es va utilitzar cDNA per al gen UROS I DNA genómico per als gens CHST12, MAN2B2, ST14, IKBKE I JAM3 d'un material animal Duroc x Ibèric, 16 animals extrems per a l'abundància relativa de cada gènere microbià (8 de la línia alta, 8 de la línia baixa). Per a identificar els polimorfismes genètics ja anotats en aquests gens es va utilitzar l'aplicació BioMartTool de Ensembl Project (www.ensembl.org) per a cada gen i es va fer la corresponent predicció de l'efecte dels SNPs. Es van seleccionar preferentment SNPs d'interés que determinaven un canvi en la seqüència d'aminoàcids de la proteïna. Es van dissenyar els primers per a amplificar les regions genòmiques d'interés per mitjà de la reacció de la cadena de la polimerasa (PCR) mitjançant l'aplicació Web Primer3Plus i es van seqüenciar pel mètode Sanger. Les seqüències obtingudes es van alinear per mitjà del programari SEQUENCHER 5.4.6 i es van visualitzar i van anotar els SNPs en el genoma dels gens UROS, IKBKE, ST14 i JAM3. El gen UROS presente 16 polimorfismes per a un sol individu, sense llançar informació d'importància. Per als altres gens es van trobar 3 SNPs d'interés. El primer es troba en el gen JAM3, comú per a set dels huit animals de la línia alta en abundància del gènere bacterià Phascolarctobacterium. Aquest p