Phylogénie et phylogéographie des bégomovirus associés à la maladie de la mosaïque du manioc à Madagascar

Les bégomovirus (Geminiviridae) transmis par l'aleurode Bemisia tabaci sont responsables de nombreuses maladies virales d'importance économique, notamment en ce qui concerne la culture du manioc, essentielle en Afrique. A Madagascar, la maladie de la mosaïque du manioc (CMD) est une préoccupation agronomique majeure, le manioc constituant une denrée de réserve et une base alimentaire pour la population paysanne. Face à l'incidence élevée de la maladie et à la sévérité des symptômes observés sur le terrain, nous avons entrepris une caractérisation moléculaire des bégomovirus bipartites (CMGs) impliqués dans la CMD. Depuis 2006, nous avons récolté plus de 300 échantillons foliaires de manioc symptomatique à travers le pays. Pour l'ensemble des échantillons, des amorces PCR universelles ont d'une part démontré la présence de bégomovirus ; d'autre part, le design et l'utilisation d'amorces PCR spécifiques ont permis d'identifier la présence inédite de quatre espèces de CMGs à Madagascar, à savoir l'African cassava mosaic virus (ACMV), l'East African cassava mosaic virus (EACMV), l'East African cassava mosaic Kenya virus (EACMKV) et le South African cassava mosaic virus (SACMV). Par ailleurs, 35% des échantillons se sont révélés être co-infectés par deux (26%), trois (8%), voire quatre (1%) espèces de CMGs, ceci se traduisant à l'échelle du pays par un large chevauchement des aires de répartition des espèces de CMGs. Afin de caractériser les relations phylogénétiques entre les CMGs malgaches et leurs liens de parenté avec les isolats africains, nous avons entrepris de cloner et séquencer à large échelle leurs ADN-A et ADN-B. Les premières séquences de génomes complets (102 ADN-A et 12 ADN-B) confirment la présence des trois principaux génotypes de CMGs connus (ACMV, EACMV et SACMV) à Madagascar, ainsi que d'une nouvelle espèce virale nommée provisoirement South East African cassava mosaic virus (SEACMV). En conclusion, le territoire malgache semble héberger des CMGs d'un