Analisi comparativa del microbiota associato a carcasse di pollo convenzionali ed antibiotic-free mediante sequenziamento del 16sRNA

In questo lavoro di tesi il sequenziamento targettato del 16S rRNA è stato applicato per analizzare il microbiota associato a 30 campioni di pelle di collo e 30 di acque di lavaggio di carcasse da allevamenti convenzionali (n=15) ed antibiotic free (n=15). Il microbiota associato alle due tipologie di carcasse presenta differenze significative. Il phylum Firmicutes era prevalente in entrambe le tipologie di campioni e di carcasse. Le specie più abbondanti nei campioni di pelle da carcasse convenzionali sono risultate Bacillus thermoamylovorans, Ureibacillus thermosphaericus e Lactobacillus salivarius mentre Lactobacillus kitasatonis nelle carcasse antibiotic free. Sia nei campioni di pelle che nei campioni di acque di lavaggio il phylum Bacteroidetes ha mostrato abundance significativamente maggiore nelle carcasse da allevamenti antibiotic free e le specie più abbondanti sono risultate Chryseobacterium proteolyticum, Chryseobacterium formosense, Chryseobacterium indologenes, Chryseobacterium shigense. Il secondo phylum significativamente maggiore nei campioni di pelle da carcasse antibiotic free è risultato quello degli Actinobacteria con le specie Rothia mucilaginosa, Micrococcus lylae, Microbacterium oxydans e Clavibacter michiganensis. L’ unico phylum significativamente maggiore nei campioni di pelle da carcasse convenzionali è stato quello dei Proteobacteria, classe Gammaproteobacteria. Le specie significativamente più abbondanti sulla pelle sono risultate Pseudomonas fluorescens e Psychrobacter glacincola, mentre Psychrobacter pulmonis nelle acque di lavaggio. In tutti i campioni non è stata rilevata Salmonella enterica e Campylobacter ha mostrato valori di abundance < 0.4%. I risultati hanno dimostrato che il sequenziamento targettato sul 16S rRNA è una metodica efficace per valutare il microbiota delle carcasse di pollo e permette di valutare sia i microrganismi patogeni inclusi nel Regolamento EU 2073 che tutti gli altri gruppi batterici.