POPULATION GENETIC STRUCTURE OF AN ENDANGERED KALIBAUS, Labeo calbasu (HAMILTON, 1822) REVEALED BY MICROSATELLITE DNA MARKERS

The population genetic structure of kalibaus Labeo calbasu collected from four wild and a hatchery population was studied using microsatellite DNA marker analysis. Five heterologous microsatellite markers (Lr10, Lr21, Lr24, Lr26 and CcatG1) developed from rohu (Labeo rohita) and catla (Gibelion catla) were analyzed to test the genetic variability of kalibaus stocks. The number of alleles observed in the loci ranged from 2-10. The loci were found to be polymorphic (<P95) in all the populations. The average numbers of possessed alleles were higher by the four wild stocks than the hatchery stock. The average number of allele was the highest in the Jamuna population (5.8) and the least in the Hatchery population (4.8). The observed average heterozygosity (Ho) in the Jamuna population (0.776) was the highest followed by the Halda (0.667), the Haor (0.661) and the Padma (0.642) populations. Except loci Lr10 and Lr24 in the Halda and locus Lr10 in the Padma and Hatchery populations, significant deviations from Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) were detected in all cases. The FST values and the Nm values indicated high level of differentiation and a low level of gene flow between the populations. The largest genetic distance value (D = 0.543) was measured between the Jamuna and the Hatchery populations while the least value (D =0.124) was observed between the Padma and the Halda populations. The estimated genetic population structure and potential applications of microsatellite markers may assist the proper management of kalibaus populations in the wild.
Genetska struktura populacija ciprinida Labeo calbasu, prikupljena od četiri divlje i jedne uzgajane populacije, proučavana je koristeći mikrosatelitske markere. Pet heterogenih mikrosatelitskih markera (Lr10, Lr21, Lr24, Lr26 i CcatG1) sastavljenih za indijske ciprinide su proučavani da bi se istražila genetska varijabilnost L. calbasu populacija. Broj uočenih alela u lokusu se kretao od 2 do 10. U proučavanim populacijama lokusi su bili polimorfni (<P95). Prosječan broj alela je bio veći kod divljih nego kod uzgajanih populacija. Prosječan broj alela je bio najveći u Jamuna populaciji (5.8), te najmanji u uzgajanoj populaciji (4.8). Uočena prosječna heterozigotnost (Ho) u Jamuna populaciji (0.776) bila je najveća, slijedile su je populacije Halda (0.667), Haor (0.661) i Padma (0.642). Izuzev lokusa Lr10 i Lr24 u populaciji Halda i lokusa Lr10 u Padma populaciji i uzgajanoj populaciji, zabilježeno je značajno odstupanje od Hardy-Weinbergovog zakona ravnoteže (HWE) u svim slučajevima. Vrijednosti FST i Nm ukazuju na visok stupanj diferencijacije i nizak stupanj protoka gena između populacija. Najveća genetska udaljenost (D = 0.543) je izmjerena između populacije Jamuna i uzgajane populacije, dok je najmanja vrijednost (D = 0.124) uočena između populacija Padma i Halda. Procijenjena genetska struktura populacije i moguća upotreba mikrosatelitskih markera mogu pomoći pri upravljanju populacija L. calbasu u otvorenim vodama.